See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Wed. 27 Aug 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (62662) 26 Rsamtools (23337) 51 BiocSingular (12757)
2 BiocGenerics (59720) 27 Rhdf5lib (23182) 52 ScaledMatrix (12555)
3 IRanges (56480) 28 fgsea (22949) 53 BSgenome (12023)
4 S4Vectors (56388) 29 DESeq2 (22585) 54 multtest (11551)
5 GenomeInfoDb (55822) 30 GenomicAlignments (22429) 55 genefilter (11400)
6 XVector (51554) 31 clusterProfiler (22330) 56 AnnotationHub (11161)
7 Biobase (51480) 32 rhdf5 (21961) 57 BiocNeighbors (11073)
8 Biostrings (48104) 33 DOSE (21953) 58 ProtGenerics (11046)
9 BiocParallel (47759) 34 enrichplot (21921) 59 impute (10714)
10 GenomicRanges (46064) 35 rhdf5filters (21385) 60 AnnotationFilter (10614)
11 zlibbioc (45904) 36 biomaRt (21314) 61 GEOquery (10210)
12 SparseArray (43603) 37 GOSemSim (20214) 62 ensembldb (9430)
13 MatrixGenerics (43360) 38 qvalue (20177) 63 assorthead (9345)
14 DelayedArray (43242) 39 rtracklayer (20088) 64 scuttle (9119)
15 SummarizedExperiment (42083) 40 graph (19612) 65 Rgraphviz (8933)
16 S4Arrays (41502) 41 BiocIO (19253) 66 RBGL (8725)
17 UCSC.utils (41068) 42 GenomicFeatures (17150) 67 GSEABase (8700)
18 AnnotationDbi (37334) 43 ComplexHeatmap (17056) 68 VariantAnnotation (8215)
19 KEGGREST (37299) 44 annotate (16995) 69 affyio (7910)
20 limma (35670) 45 SingleCellExperiment (16886) 70 ExperimentHub (7892)
21 BiocFileCache (25062) 46 DelayedMatrixStats (16037) 71 affy (7762)
22 edgeR (24339) 47 beachmat (15727) 72 sva (7327)
23 ggtree (23681) 48 sparseMatrixStats (15461) 73 GSVA (7259)
24 Rhtslib (23518) 49 HDF5Array (15023) 74 scater (7140)
25 treeio (23494) 50 preprocessCore (14597) 75 pwalign (6910)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (197)

a4Base (196)

a4Classif (183)

a4Core (211)

a4Preproc (204)

a4Reporting (183)

ABAEnrichment (55)

ABarray (189)

abseqR (159)

ABSSeq (226)

acde (192)

ACE (176)

aCGH (256)

ACME (252)

ADaCGH2 (192)

ADAM (203)

ADAMgui (149)

ADAPT (53)

adaptest (19)

adductomicsR (148)

ADImpute (167)

adSplit (184)

adverSCarial (110)

AffiXcan (163)

affxparser (1673)

affy (7762)

affycomp (231)

AffyCompatible (95)

affyContam (187)

affycoretools (428)

AffyExpress (63)

affyILM (167)

affyio (7910)

affylmGUI (225)

affyPara (63)

affypdnn (81)

affyPLM (959)

affyQCReport (63)

AffyRNADegradation (174)

AffyTiling (43)

AGDEX (171)

aggregateBioVar (163)

Agi4x44PreProcess (34)

agilp (175)

AgiMicroRna (268)

AHMassBank (112)

AIMS (369)

airpart (137)

alabaster (123)

alabaster.base (3701)

alabaster.bumpy (122)

alabaster.files (107)

alabaster.mae (126)

alabaster.matrix (3639)

alabaster.ranges (3512)

alabaster.sce (1190)

alabaster.schemas (3409)

alabaster.se (3476)

alabaster.sfe (37)

alabaster.spatial (126)

alabaster.string (119)

alabaster.vcf (114)

ALDEx2 (1291)

alevinQC (168)

AllelicImbalance (189)

AlphaBeta (160)

AlphaMissenseR (128)

alpine (47)

ALPS (20)

AlpsNMR (181)

alsace (57)

altcdfenvs (193)

AMARETTO (226)

AMOUNTAIN (174)

amplican (175)

ampliQueso (46)

AnalysisPageServer (43)

anamiR (19)

Anaquin (140)

ANCOMBC (1364)

AneuFinder (168)

ANF (146)

animalcules (246)

annaffy (320)

AnnBuilder (11)

annmap (179)

annotate (16995)

AnnotationDbi (37334)

AnnotationFilter (10614)

AnnotationForge (1823)

AnnotationFuncs (47)

AnnotationHub (11161)

AnnotationHubData (341)

annotationTools (193)

annotatr (531)

anota (183)

anota2seq (184)

antiProfiles (160)

AnVIL (537)

AnVILAz (99)

AnVILBase (304)

AnVILBilling (130)

AnVILGCP (109)

AnVILPublish (123)

AnVILWorkflow (115)

APAlyzer (170)

apComplex (186)

apeglm (3935)

APL (182)

applera (2)

appreci8R (151)

aroma.light (1722)

ArrayExpress (432)

ArrayExpressHTS (51)

arrayMagic (15)

arrayMvout (166)

arrayQCplot (6)

arrayQuality (283)

arrayQualityMetrics (485)

ArrayTools (59)

ArrayTV (53)

ARRmNormalization (164)

artMS (181)

ASAFE (128)

ASEB (150)

ASGSCA (166)

ASICS (186)

asmn (5)

ASpediaFI (39)

ASpli (188)

AssessORF (219)

ASSET (186)

ASSIGN (200)

assorthead (9345)

ASURAT (148)

ATACCoGAPS (38)

ATACseqQC (436)

ATACseqTFEA (139)

atena (148)

AtlasRDF (21)

atSNP (156)

attract (211)

AUCell (2801)

autonomics (147)

Autotuner (19)

AWFisher (155)

awst (126)

B

BaalChIP (192)

BAC (68)

bacon (231)

BADER (165)

BadRegionFinder (139)

BAGS (160)

ballgown (566)

bambu (370)

bamsignals (975)

BANDITS (159)

bandle (138)

Banksy (322)

banocc (157)

barbieQ (47)

barcodetrackR (143)

basecallQC (174)

BaseSpaceR (165)

Basic4Cseq (166)

BASiCS (217)

BASiCStan (125)

BasicSTARRseq (138)

basilisk (3361)

basilisk.utils (3238)

batchCorr (1)

batchelor (4036)

BatchQC (216)

BatchSVG (64)

BayesKnockdown (141)

BayesPeak (67)

BayesSpace (364)

bayNorm (169)

baySeq (456)

BBCAnalyzer (179)

BCRANK (218)

bcSeq (144)

BDMMAcorrect (44)

beachmat (15727)

beachmat.hdf5 (171)

beachmat.tiledb (57)

beadarray (655)

beadarraySNP (88)

BeadDataPackR (551)

BeadExplorer (9)

BEARscc (58)

BEAT (183)

BEclear (170)

bedbaser (47)

beer (132)

benchdamic (114)

BERT (101)

betaHMM (105)

betr (47)

bettr (111)

BG2 (113)

bgafun (51)

BgeeCall (157)

BgeeDB (165)

BGmix (59)

bgx (131)

BHC (73)

BicARE (193)

BiFET (154)

BiGGR (161)

bigmelon (173)

bigmemoryExtras (41)

bigPint (48)

bim (5)

BindingSiteFinder (138)

bioassayR (172)

Biobase (51480)

biobroom (268)

biobtreeR (115)

bioCancer (168)

BioCartaImage (112)

BiocBaseUtils (6898)

BiocBook (133)

BiocCaseStudies (59)

BiocCheck (1587)

biocDatasets (10)

BiocDockerManager (24)

BiocFHIR (130)

BiocFileCache (25062)

BiocGenerics (59720)

biocGraph (270)

BiocHail (70)

BiocHubsShiny (145)

BiocInstaller (144)

BiocIO (19253)

biocmake (207)

BiocNeighbors (11073)

BiocOncoTK (67)

BioCor (170)

BiocParallel (47759)

BiocPkgTools (224)

biocroxytest (99)

BiocSet (404)

BiocSingular (12757)

BiocSklearn (200)

BiocStyle (5513)

biocthis (271)

BiocVersion (62662)

biocViews (4332)

BiocWorkflowTools (217)

biodb (181)

biodbChebi (134)

biodbExpasy (39)

biodbHmdb (136)

biodbKegg (62)

biodbLipidmaps (30)

biodbMirbase (19)

biodbNcbi (134)

biodbNci (114)

biodbUniprot (121)

bioDist (296)

BioGA (94)

biomaRt (21314)

BioMedR (7)

biomformat (5678)

BioMM (44)

BioMVCClass (184)

biomvRCNS (174)

BioNAR (150)

BioNERO (259)

BioNet (321)

BioNetStat (53)

BioQC (210)

BioSeqClass (72)

biosigner (167)

Biostrings (48104)

biosvd (48)

BioTIP (164)

biotmle (156)

biovizBase (4853)

BiRewire (255)

birta (48)

birte (29)

biscuiteer (154)

BiSeq (206)

BitSeq (84)

blacksheepr (161)

blima (160)

BLMA (159)

BloodGen3Module (152)

bluster (5911)

bnbc (214)

bnem (131)

BOBaFIT (140)

borealis (118)

BPRMeth (183)

BRAIN (222)

brainflowprobes (49)

brainImageR (10)

BrainSABER (29)

BrainStars (46)

branchpointer (174)

breakpointR (146)

BreastSubtypeR (57)

brendaDb (138)

BREW3R.r (109)

BRGenomics (60)

bridge (65)

BridgeDbR (185)

broadSeq (101)

BrowserViz (199)

BrowserVizDemo (15)

BSgenome (12023)

BSgenomeForge (221)

bsseq (1386)

BubbleTree (193)

BufferedMatrix (168)

BufferedMatrixMethods (175)

bugsigdbr (480)

BulkSignalR (70)

BUMHMM (150)

bumphunter (2463)

BumpyMatrix (426)

BUS (202)

BUScorrect (163)

BUSpaRse (258)

BUSseq (142)

C

CaDrA (116)

CAEN (129)

CAFE (178)

CAGEfightR (280)

cageminer (143)

CAGEr (302)

CALIB (79)

calm (115)

CAMERA (490)

CAMTHC (16)

CaMutQC (105)

canceR (187)

cancerclass (453)

CancerInSilico (50)

CancerMutationAnalysis (71)

CancerSubtypes (93)

CAnD (40)

caOmicsV (41)

cardelino (144)

Cardinal (322)

CardinalIO (216)

CARDspa (72)

CARNIVAL (226)

casper (167)

CATALYST (533)

Category (1275)

categoryCompare (192)

CatsCradle (94)

CausalR (157)

cbaf (146)

CBEA (65)

cBioPortalData (397)

CBNplot (160)

cbpManager (143)

CCAFE (67)

ccfindR (159)

ccImpute (134)

ccmap (162)

CCPlotR (134)

CCPROMISE (157)

ccrepe (206)

CDI (117)

celaref (153)

celda (809)

CellaRepertorium (45)

CellBarcode (151)

cellbaseR (144)

CellBench (201)

cellGrowth (41)

cellHTS (66)

cellHTS2 (147)

CelliD (268)

cellity (164)

CellMapper (138)

cellmigRation (131)

CellMixS (172)

CellNOptR (230)

cellscape (127)

CellScore (140)

CellTrails (168)

cellTree (49)

cellxgenedp (147)

CEMiTool (234)

censcyt (117)

Cepo (177)

ceRNAnetsim (126)

CeTF (164)

CexoR (191)

CFAssay (140)

cfdnakit (126)

cfDNAPro (151)

cfTools (120)

CGEN (172)

CGHbase (397)

CGHcall (370)

cghMCR (233)

CGHnormaliter (191)

CGHregions (170)

ChAMP (775)

CHARGE (17)

charm (57)

ChemmineOB (365)

ChemmineR (840)

CHETAH (196)

chevreulPlot (57)

chevreulProcess (60)

chevreulShiny (46)

ChIC (36)

Chicago (184)

chihaya (205)

chimera (62)

chimeraviz (191)

ChIPanalyser (171)

ChIPComp (149)

chipenrich (203)

ChIPexoQual (161)

ChIPpeakAnno (944)

ChIPQC (390)

ChIPseeker (2112)

chipseq (593)

ChIPseqR (216)

ChIPSeqSpike (29)

ChIPsim (178)

ChIPXpress (147)

chopsticks (198)

chroGPS (65)

chromDraw (173)

ChromHeatMap (191)

ChromoViz (7)

chromPlot (245)

ChromSCape (133)

chromstaR (109)

chromswitch (54)

chromVAR (1193)

CHRONOS (156)

cicero (317)

CIMICE (133)

CINdex (168)

circRNAprofiler (171)

CircSeqAlignTk (115)

cisPath (137)

CiteFuse (165)

ClassifyR (365)

cleanUpdTSeq (194)

CleanUpRNAseq (100)

cleaver (287)

clevRvis (128)

clippda (188)

clipper (183)

cliProfiler (126)

cliqueMS (161)

Clomial (163)

Clonality (72)

clonotypeR (47)

clst (193)

clstutils (189)

CluMSID (131)

ClustAll (110)

clustComp (154)

clusterExperiment (345)

ClusterFoldSimilarity (111)

ClusterJudge (157)

clusterProfiler (22330)

clusterSeq (153)

ClusterSignificance (162)

clusterStab (184)

clustifyr (239)

ClustIRR (116)

clustSIGNAL (57)

CMA (259)

cmapR (496)

cn.farms (178)

cn.mops (261)

CNAnorm (178)

CNEr (2909)

CNORdt (159)

CNORfeeder (178)

CNORfuzzy (174)

CNORode (167)

CNPBayes (32)

CNTools (237)

CNVfilteR (120)

CNVgears (37)

cnvGSA (163)

CNViz (107)

CNVMetrics (142)

CNVPanelizer (152)

CNVRanger (177)

CNVrd2 (177)

CNVtools (47)

cobindR (60)

CoCiteStats (170)

COCOA (164)

codelink (234)

CODEX (214)

coexnet (40)

CoGAPS (348)

cogena (199)

cogeqc (152)

Cogito (136)

coGPS (189)

COHCAP (56)

cola (215)

comapr (126)

combi (139)

coMET (101)

coMethDMR (148)

compartmap (58)

COMPASS (204)

compcodeR (198)

compEpiTools (161)

CompGO (37)

ComplexHeatmap (17056)

CompoundDb (307)

ComPrAn (117)

compSPOT (100)

conclus (20)

concordexR (132)

condcomp (6)

condiments (177)

CONFESS (150)

consensus (143)

ConsensusClusterPlus (2868)

consensusDE (147)

consensusOV (162)

consensusSeekeR (155)

consICA (180)

CONSTANd (139)

contiBAIT (58)

conumee (249)

convert (205)

copa (177)

COPDSexualDimorphism (6)

copynumber (137)

CopyNumber450k (23)

CopyNumberPlots (163)

CopywriteR (54)

Coralysis (33)

coRdon (271)

CoRegFlux (15)

CoRegNet (80)

CoreGx (285)

Cormotif (167)

CorMut (42)

coRNAi (55)

corral (170)

CORREP (55)

coseq (193)

CoSIA (95)

cosmiq (200)

cosmo (21)

cosmoGUI (17)

cosmosR (171)

COSNet (153)

COTAN (169)

CountClust (40)

countsimQC (267)

covEB (143)

CoverageView (173)

covRNA (133)

CPSM (53)

cpvSNP (182)

cqn (339)

CRImage (209)

CRISPRball (101)

crisprBase (191)

crisprBowtie (156)

crisprBwa (107)

crisprDesign (172)

crisprScore (186)

CRISPRseek (222)

crisprseekplus (37)

crisprShiny (105)

CrispRVariants (198)

crisprVerse (133)

crisprViz (144)

crlmm (308)

CrossICC (9)

crossmeta (104)

crumblr (53)

crupR (50)

CSAR (188)

csaw (482)

csdR (124)

CSSP (45)

CSSQ (122)

ctc (295)

CTdata (121)

CTDquerier (151)

CTexploreR (105)

ctgGEM (21)

cTRAP (170)

ctsGE (154)

CTSV (123)

cummeRbund (321)

CuratedAtlasQueryR (122)

customCMPdb (121)

customProDB (170)

CVE (25)

cyanoFilter (135)

cycle (175)

cydar (180)

cypress (113)

CytoDx (143)

cytofast (18)

cytofkit (43)

CyTOFpower (58)

cytofQC (121)

CytoGLMM (131)

cytoKernel (133)

cytolib (2407)

cytomapper (378)

CytoMDS (106)

cytoMEM (164)

CytoML (469)

CytoPipeline (132)

CytoPipelineGUI (106)

CytoTree (23)

cytoviewer (153)

D

dada2 (2482)

dagLogo (190)

daMA (199)

DAMEfinder (148)

DaMiRseq (180)

Damsel (110)

dandelionR (70)

DAPAR (213)

dar (95)

DART (198)

DASC (3)

DASiR (29)

dasper (29)

DAVIDQuery (33)

DBChIP (67)

dcanr (242)

DCATS (127)

dce (91)

dcGSA (144)

DChIPRep (42)

ddCt (218)

ddgraph (39)

ddPCRclust (175)

dearseq (232)

debCAM (156)

debrowser (212)

DECIPHER (2819)

deco (37)

DEComplexDisease (49)

decompTumor2Sig (172)

DeconRNASeq (360)

decontam (1598)

decontX (370)

DeconvoBuddies (51)

deconvR (150)

decoupleR (1446)

DEDS (71)

DeepBlueR (57)

DeepPINCS (137)

deepSNV (239)

DeepTarget (100)

DEFormats (267)

DegCre (102)

DegNorm (145)

DEGraph (137)

DEGreport (627)

DEGseq (291)

DelayedArray (43242)

DelayedDataFrame (127)

DelayedMatrixStats (16037)

DelayedRandomArray (134)

DelayedTensor (134)

DELocal (120)

deltaCaptureC (124)

deltaGseg (167)

DeMAND (136)

DeMixT (166)

demuxmix (261)

demuxSNP (115)

densvis (1006)

DEP (696)

DepecheR (170)

DepInfeR (131)

DeProViR (28)

DEqMS (340)

derfinder (522)

derfinderHelper (507)

derfinderPlot (186)

DEScan2 (154)

DESeq (201)

DESeq2 (22585)

DEsingle (318)

DESpace (134)

destiny (764)

DEsubs (167)

DEWSeq (148)

DExMA (132)

DEXSeq (1428)

dexus (67)

DFP (168)

DFplyr (79)

DIAlignR (59)

DiffBind (1122)

diffcoexp (175)

diffcyt (419)

DifferentialRegulation (139)

diffGeneAnalysis (165)

diffHic (205)

DiffLogo (172)

diffloop (53)

diffuStats (167)

diffUTR (120)

diggit (146)

Dino (139)

dinoR (111)

dir.expiry (3480)

Director (92)

DirichletMultinomial (4400)

discordant (175)

DiscoRhythm (165)

distinct (269)

dittoSeq (1313)

divergence (143)

dks (144)

DMCFB (142)

DMCHMM (141)

dmGsea (10)

DMRcaller (199)

DMRcate (1068)

DMRforPairs (80)

DMRScan (138)

dmrseq (244)

DNABarcodeCompatibility (116)

DNABarcodes (227)

DNAcopy (4460)

DNAcycP2 (60)

DNAfusion (140)

DNaseR (8)

DNAshapeR (188)

DNEA (22)

domainsignatures (41)

DominoEffect (130)

dominoSignal (93)

doppelgangR (207)

DOQTL (37)

Doscheda (157)

DOSE (21953)

doseR (152)

doubletrouble (148)

dpeak (32)

drawProteins (241)

dreamlet (162)

DRIMSeq (321)

DriverNet (177)

DropletUtils (2408)

drugTargetInteractions (127)

DrugVsDisease (171)

dSimer (19)

DSS (717)

dStruct (114)

DTA (176)

dualKS (59)

Dune (125)

DupChecker (25)

DuplexDiscovereR (84)

dupRadar (208)

dyebias (209)

DynDoc (1442)

E

easier (173)

EasyCellType (149)

easylift (115)

EasyqpcR (64)

easyreporting (143)

easyRNASeq (225)

EBarrays (233)

EBcoexpress (188)

EBImage (2845)

EBSEA (142)

EBSeq (432)

EBSeqHMM (79)

ecolitk (208)

EDASeq (1571)

edd (21)

EDDA (52)

edge (200)

edgeR (24339)

EDIRquery (121)

eds (357)

eegc (58)

EGAD (170)

EGSEA (269)

eiR (154)

eisa (79)

eisaR (183)

ELBOW (51)

ELMER (284)

ELViS (61)

EMDomics (179)

EmpiricalBrownsMethod (172)

ENCODExplorer (50)

EnhancedVolcano (6120)

enhancerHomologSearch (129)

EnMCB (135)

ENmix (366)

EnrichDO (96)

EnrichedHeatmap (687)

EnrichmentBrowser (528)

enrichplot (21921)

enrichTF (52)

enrichViewNet (117)

ensembldb (9430)

ensemblVEP (91)

ENVISIONQuery (47)

epialleleR (147)

EpiCompare (118)

epidecodeR (137)

EpiDISH (710)

epigenomix (168)

epigraHMM (135)

epihet (27)

EpiMix (134)

epimutacions (135)

epiNEM (170)

EpipwR (92)

epiregulon (104)

epiregulon.extra (116)

epistack (144)

epistasisGA (125)

EpiTxDb (152)

epivizr (191)

epivizrChart (155)

epivizrData (141)

epivizrServer (140)

epivizrStandalone (150)

erccdashboard (186)

erma (178)

ERSSA (153)

esATAC (165)

escape (429)

escheR (154)

esetVis (165)

eudysbiome (177)

evaluomeR (135)

EventPointer (181)

EWCE (280)

ExCluster (130)

ExiMiR (196)

exomeCopy (165)

exomePeak (56)

exomePeak2 (97)

exonmap (15)

ExperimentHub (7892)

ExperimentHubData (293)

ExperimentSubset (137)

explorase (60)

ExploreModelMatrix (275)

ExpressionAtlas (230)

ExpressionView (74)

exprExternal (2)

externalVector (17)

extraChIPs (148)

F

fabia (249)

facopy (26)

factDesign (174)

factR (126)

faers (141)

FamAgg (176)

famat (139)

farms (74)

fastLiquidAssociation (149)

FastqCleaner (176)

fastreeR (149)

fastseg (805)

fbat (13)

FCBF (57)

fCCAC (165)

fCI (170)

fcoex (38)

fcScan (145)

fdrame (164)

FEAST (213)

FeatSeekR (108)

fedup (134)

FELLA (224)

FEM (50)

fenr (118)

ffpe (168)

fgga (131)

FGNet (193)

fgsea (22949)

FilterFFPE (140)

findIPs (103)

FindIT2 (148)

FindMyFriends (49)

FISHalyseR (142)

fishpond (315)

FitHiC (175)

flagme (152)

FLAMES (151)

flipflop (38)

flowAI (560)

flowBeads (167)

flowBin (146)

flowcatchR (190)

flowCHIC (175)

flowCL (47)

flowClean (280)

flowClust (738)

flowCore (2455)

flowCut (189)

flowCyBar (138)

flowDensity (332)

flowFit (38)

flowFlowJo (41)

flowFP (230)

flowGate (146)

flowGraph (136)

flowMap (71)

flowMatch (181)

flowMeans (218)

flowMerge (188)

flowPeaks (250)

flowPhyto (29)

flowPloidy (152)

flowPlots (147)

flowQ (57)

flowQB (43)

FlowRepositoryR (35)

FlowSOM (1003)

flowSpecs (158)

flowSpy (14)

flowStats (491)

flowTime (171)

flowTrans (181)

flowType (62)

flowUtils (72)

flowViz (897)

flowVS (208)

flowWorkspace (1118)

fmcsR (281)

fmrs (164)

fobitools (138)

focalCall (32)

FoldGO (44)

FourCSeq (50)

FRASER (207)

frenchFISH (107)

FRGEpistasis (137)

frma (193)

frmaTools (175)

FScanR (17)

FunChIP (66)

FunciSNP (61)

funOmics (103)

funtooNorm (158)

FuseSOM (134)

G

G4SNVHunter (88)

GA4GHclient (137)

GA4GHshiny (131)

gaga (182)

gage (829)

gaggle (78)

gaia (55)

GAPGOM (34)

GAprediction (124)

garfield (135)

GARS (139)

GateFinder (131)

gatom (139)

gaucho (26)

GBScleanR (139)

gcapc (170)

gcatest (175)

gCMAP (54)

gCMAPWeb (51)

GCPtools (8)

gCrisprTools (183)

gcrma (1080)

GCSConnection (16)

GCSFilesystem (11)

GCSscore (43)

GDCRNATools (266)

gDNAx (113)

gDR (99)

gDRcore (111)

gDRimport (114)

gDRstyle (110)

gDRutils (106)

GDSArray (229)

gdsfmt (2211)

GeDi (100)

geecc (50)

GEM (134)

gemini (128)

gemma.R (155)

genArise (167)

genbankr (82)

GENE.E (30)

gene2pathway (21)

GeneAccord (46)

GeneAnswers (87)

geneAttribution (169)

GeneBreak (168)

geneClassifiers (156)

GeneExpressionSignature (206)

genefilter (11400)

genefu (356)

GeneGA (135)

GeneGeneInteR (130)

GeneGroupAnalysis (15)

GeneMeta (225)

GeneNetworkBuilder (199)

GeneOverlap (728)

geneplast (179)

geneplotter (4062)

GeneR (19)

geneRecommender (179)

GeneRegionScan (212)

GeneRfold (8)

geneRxCluster (162)

GeneSelectMMD (172)

GeneSelector (53)

GENESIS (447)

GeneSpring (14)

GeneStructureTools (160)

geNetClassifier (212)

GeneticsBase (17)

GeneticsDesign (47)

GeneticsPed (190)

GeneTonic (302)

GeneTraffic (13)

GeneTS (7)

geneXtendeR (166)

GENIE3 (1453)

genoCN (136)

GenoGAM (39)

genomation (698)

GenomAutomorphism (133)

GenomeBase (1)

GenomeGraphs (72)

GenomeInfoDb (55822)

genomeIntervals (209)

genomes (171)

GenomicAlignments (22429)

GenomicDataCommons (969)

GenomicDistributions (185)

GenomicFeatures (17150)

GenomicFiles (1019)

genomicInstability (150)

GenomicInteractionNodes (121)

GenomicInteractions (395)

GenomicOZone (136)

GenomicPlot (141)

GenomicRanges (46064)

GenomicScores (606)

GenomicSuperSignature (155)

GenomicTuples (163)

Genominator (69)

genoset (62)

genotypeeval (44)

GenoView (19)

genphen (27)

GenProSeq (126)

GenRank (19)

GenVisR (330)

GeoDiff (131)

GEOexplorer (149)

GEOfastq (141)

GEOmetadb (310)

geomeTriD (91)

GeomxTools (396)

GEOquery (10210)

GEOsearch (16)

GEOsubmission (172)

GeoTcgaData (205)

gep2pep (142)

gespeR (90)

getDEE2 (129)

geva (140)

GEWIST (137)

geyser (72)

gff3Plotter (3)

gg4way (113)

GGBase (72)

ggbio (1722)

ggcyto (818)

ggkegg (531)

ggmanh (258)

ggmsa (583)

GGPA (140)

ggsc (163)

ggseqalign (87)

ggspavis (284)

GGtools (91)

ggtree (23681)

ggtreeDendro (128)

ggtreeExtra (1252)

ggtreeSpace (101)

GIGSEA (157)

ginmappeR (102)

gINTomics (103)

girafe (211)

GISPA (46)

GLAD (266)

GladiaTOX (140)

Glimma (1007)

glmGamPoi (5257)

glmSparseNet (257)

GlobalAncova (981)

globalSeq (145)

globaltest (1666)

GloScope (116)

gmapR (199)

GmicR (149)

gmoviz (150)

GMRP (134)

GNET2 (126)

GNOSIS (105)

goCluster (5)

GOexpress (204)

GOfuncR (352)

GOFunction (56)

GoogleGenomics (22)

GOpro (180)

goProfiles (194)

GOSemSim (20214)

goseq (1496)

GOSim (87)

goSorensen (121)

goSTAG (181)

GOstats (1212)

GOsummaries (81)

GOTHiC (194)

goTools (183)

GPA (123)

gpart (36)

gpls (257)

gprege (57)

gpuMagic (115)

gQTLBase (33)

gQTLstats (49)

GrafGen (104)

gramm4R (11)

GRaNIE (143)

granulator (197)

graper (135)

graph (19612)

GraphAlignment (151)

GraphAT (212)

graphite (3437)

GraphPAC (94)

GRENITS (154)

GreyListChIP (1001)

GRmetrics (189)

groHMM (161)

GRridge (52)

GSALightning (134)

GSAR (196)

GSCA (176)

gscreend (152)

GSEABase (8700)

GSEABenchmarkeR (153)

GSEAlm (198)

GSEAmining (150)

gsean (167)

GSgalgoR (144)

GSReg (158)

GSRI (166)

GSVA (7259)

gtrellis (224)

GUIDEseq (184)

Guitar (252)

Gviz (3159)

GWAS.BAYES (138)

gwascat (602)

GWASTools (677)

gwasurvivr (156)

GWENA (260)

gypsum (3341)

H

h5mread (2658)

h5vc (193)

hapFabia (195)

Harman (228)

HarmonizR (126)

Harshlight (158)

hca (130)

HCABrowser (11)

HCAExplorer (8)

HCAMatrixBrowser (4)

HCsnip (45)

HDF5Array (15023)

HDTD (141)

hdxmsqc (99)

heatmaps (297)

Heatplus (434)

HelloRanges (164)

HELP (180)

HEM (179)

hermes (276)

HERON (112)

Herper (177)

hexbin (64)

HGC (121)

hiAnnotator (178)

HIBAG (238)

HicAggR (108)

HiCBricks (217)

HiCcompare (309)

HiCDCPlus (159)

HiCDOC (138)

HiCExperiment (194)

HiContacts (188)

HiCool (116)

HiCParser (48)

hicrep (13)

hicVennDiagram (124)

hierGWAS (144)

hierinf (115)

HilbertCurve (186)

HilbertVis (228)

HilbertVisGUI (116)

HiLDA (155)

hipathia (244)

HIPPO (137)

hiReadsProcessor (177)

HIREewas (132)

HiTC (257)

hmdbQuery (153)

HMMcopy (409)

HoloFoodR (95)

hoodscanR (158)

hopach (331)

HPAanalyze (246)

hpar (324)

HPAStainR (19)

HPiP (145)

HTqPCR (180)

HTSanalyzeR (69)

HTSeqGenie (53)

htSeqTools (64)

HTSFilter (247)

HuBMAPR (83)

HubPub (179)

HumanTranscriptomeCompendium (59)

hummingbird (119)

HVP (9)

HybridExpress (109)

HybridMTest (195)

hypeR (171)

hyperdraw (181)

hypergraph (206)

I

iASeq (140)

iasva (152)

iBBiG (198)

ibh (158)

iBMQ (139)

iCARE (182)

Icens (401)

icetea (144)

iCheck (147)

iChip (201)

iClusterPlus (441)

iCNV (149)

iCOBRA (326)

ideal (178)

IdeoViz (174)

idiogram (201)

IdMappingAnalysis (62)

IdMappingRetrieval (45)

idpr (150)

idr2d (159)

IFAA (109)

iFlow (13)

igblastr (14)

iGC (163)

IgGeneUsage (147)

igvR (197)

igvShiny (129)

IHW (715)

illuminaio (2645)

ILoReg (154)

imageHTS (93)

imageTCGA (43)

IMAS (130)

imcRtools (259)

Imetagene (45)

IMMAN (137)

immApex (97)

ImmuneSpaceR (56)

immunoClust (170)

immunogenViewer (75)

immunotation (152)

IMPCdata (133)

ImpulseDE (12)

ImpulseDE2 (23)

impute (10714)

INDEED (118)

iNETgrate (117)

infercnv (1311)

infinityFlow (146)

Informeasure (120)

InPAS (178)

INPower (167)

inSilicoDb (33)

inSilicoMerging (35)

INSPEcT (171)

INTACT (112)

InTAD (149)

intansv (175)

interacCircos (121)

InteractionSet (1666)

InteractiveComplexHeatmap (449)

interactiveDisplay (200)

interactiveDisplayBase (3568)

InterCellar (159)

IntEREst (153)

InterMineR (75)

IntOMICS (16)

IntramiRExploreR (155)

inveRsion (46)

IONiseR (183)

iontree (32)

iPAC (96)

iPath (125)

ipdDb (187)

IPO (220)

IPPD (60)

IRanges (56480)

IRISFGM (34)

IrisSpatialFeatures (8)

ISAnalytics (122)

iSEE (527)

iSEEde (130)

iSEEfier (105)

iSEEhex (149)

iSEEhub (191)

iSEEindex (116)

iSEEpathways (115)

iSEEtree (128)

iSEEu (187)

iSeq (166)

ISLET (132)

islify (44)

iSNetwork (6)

isobar (215)

IsoBayes (120)

IsoCorrectoR (178)

IsoCorrectoRGUI (119)

IsoformSwitchAnalyzeR (354)

IsoGeneGUI (86)

ISoLDE (133)

isomiRs (178)

iSPlot (10)

ITALICS (163)

iterativeBMA (173)

iterativeBMAsurv (150)

iterClust (36)

iteremoval (23)

IVAS (157)

ivygapSE (161)

IWTomics (173)

J

jazzPanda (50)

jmosaics (35)

joda (48)

JunctionSeq (31)

K

karyoploteR (835)

katdetectr (122)

KBoost (110)

KCsmart (197)

kebabs (213)

KEGGgraph (5398)

KEGGlincs (165)

keggorth (8)

keggorthology (248)

KEGGprofile (57)

KEGGREST (37299)

KEGGSOAP (27)

kimod (20)

KinSwingR (132)

kissDE (131)

kmcut (98)

KnowSeq (165)

knowYourCG (115)

koinar (90)

L

LACE (192)

lapmix (110)

LBE (250)

ldblock (195)

LEA (714)

LedPred (150)

lefser (564)

lemur (142)

les (168)

levi (129)

lfa (328)

Lheuristic (40)

limma (35670)

limmaGUI (211)

limpa (52)

limpca (105)

LimROTS (51)

LINC (25)

LineagePulse (43)

lineagespot (119)

LinkHD (153)

Linnorm (218)

LinTInd (122)

lionessR (168)

lipidr (211)

LipidTrend (16)

LiquidAssociation (165)

lisaClust (214)

lmdme (163)

LMGene (55)

LOBSTAHS (145)

loci2path (134)

logicFS (185)

logitT (73)

Logolas (22)

lol (34)

LOLA (256)

LoomExperiment (642)

LowMACA (46)

LPE (179)

LPEadj (93)

lpNet (150)

lpsymphony (881)

LRBaseDbi (132)

LRcell (132)

lumi (1198)

lute (101)

LVSmiRNA (45)

LymphoSeq (172)

M

M3C (589)

M3D (33)

M3Drop (514)

m6Aboost (113)

maanova (105)

Maaslin2 (952)

maaslin3 (115)

Macarron (125)

macat (100)

maCorrPlot (176)

MACPET (30)

MACSQuantifyR (121)

MACSr (151)

maDB (29)

made4 (313)

MADSEQ (144)

maftools (2554)

MAGAR (126)

MAGeCKFlute (311)

magpie (125)

magrene (125)

MAI (131)

maigesPack (107)

MAIT (203)

makecdfenv (272)

makePlatformDesign (11)

MANOR (194)

manta (60)

MantelCorr (149)

MAPFX (102)

mAPKL (66)

maPredictDSC (153)

mapscape (134)

mariner (118)

marr (128)

marray (1750)

martini (155)

maser (197)

maSigPro (410)

maskBAD (178)

MassArray (151)

massiR (182)

MassSpecWavelet (1635)

MAST (2072)

mastR (186)

matchBox (141)

matchprobes (20)

MatrixGenerics (43360)

MatrixQCvis (207)

MatrixRider (149)

matter (295)

MaxContrastProjection (25)

MBAmethyl (133)

MBASED (168)

MBCB (160)

MBECS (128)

mbkmeans (384)

mbOmic (12)

mBPCR (173)

MBQN (131)

mbQTL (110)

MBttest (165)

mcaGUI (62)

MCbiclust (170)

MCRestimate (54)

mCSEA (180)

mdgsa (48)

mdp (170)

mdqc (179)

MDTS (133)

MEAL (181)

MeasurementError.cor (158)

MEAT (146)

MEB (149)

MEDIPS (219)

MEDME (165)

megadepth (198)

MEIGOR (177)

Melissa (149)

memes (266)

MergeMaid (63)

Mergeomics (169)

MeSHDbi (235)

meshes (225)

meshr (189)

MeSHSim (23)

MesKit (167)

messina (151)

metaArray (62)

Metab (128)

metabCombiner (199)

metabinR (120)

MetaboAnnotation (283)

MetaboCoreUtils (1870)

MetaboDynamics (68)

metabolomicsWorkbenchR (157)

metabomxtr (147)

MetaboSignal (198)

metaCCA (151)

MetaCyto (155)

metagene (73)

metagene2 (167)

metagenomeFeatures (45)

metagenomeSeq (1633)

metahdep (155)

metaMS (238)

MetaNeighbor (202)

MetaPhOR (129)

metapod (4837)

metapone (140)

metaSeq (183)

metaseqR (58)

metaseqR2 (167)

metavizr (42)

MetaVolcanoR (63)

metaX (18)

MetCirc (170)

MethCP (30)

methimpute (160)

methInheritSim (139)

methodical (92)

MethPed (160)

MethReg (137)

methrix (172)

MethTargetedNGS (146)

methVisual (47)

methyAnalysis (71)

MethylAid (192)

methylCC (160)

methylclock (252)

methylGSA (197)

methyLImp2 (119)

methylInheritance (165)

methylKit (758)

MethylMix (207)

methylMnM (193)

methylPipe (171)

methylscaper (145)

MethylSeekR (254)

methylSig (151)

methylumi (1476)

methyvim (16)

MetID (152)

MetMashR (70)

MetNet (169)

mfa (157)

Mfuzz (1406)

MGFM (168)

MGFR (160)

MGnifyR (138)

mgsa (192)

mia (1408)

miaDash (55)

miaSim (141)

miaViz (353)

MiChip (167)

microbiome (1925)

microbiomeDASim (135)

microbiomeExplorer (146)

microbiomeMarker (378)

MicrobiomeProfiler (171)

MicrobiotaProcess (507)

microRNA (285)

microSTASIS (125)

MICSQTL (116)

midasHLA (137)

MIGSA (44)

miloR (548)

mimager (139)

MIMOSA (57)

mina (113)

MineICA (189)

minet (663)

minfi (2240)

MinimumDistance (187)

MiPP (171)

miQC (192)

MIRA (167)

MiRaGE (186)

miRBaseConverter (257)

miRcomp (173)

mirIntegrator (171)

MIRit (106)

miRLAB (154)

miRmine (61)

miRNAmeConverter (148)

miRNApath (155)

miRNAtap (210)

miRSM (148)

miRsponge (10)

miRspongeR (140)

Mirsynergy (36)

mirTarRnaSeq (145)

missMethyl (1123)

missRows (141)

mist (43)

mistyR (199)

mitch (140)

mitoClone2 (143)

mitology (64)

mitoODE (34)

mixOmics (3064)

MLInterfaces (434)

mlm4omics (8)

MLP (206)

MLSeq (206)

MMAPPR2 (25)

MMDiff (39)

MMDiff2 (164)

mmgmos (3)

mmnet (35)

MmPalateMiRNA (64)

MMUPHin (238)

mnem (168)

moanin (185)

mobileRNA (108)

MobilityTransformR (33)

MODA (143)

ModCon (122)

Modstrings (160)

MOFA (16)

MOFA2 (698)

MOGAMUN (126)

mogsa (289)

MoleculeExperiment (139)

MOMA (152)

monaLisa (222)

monocle (3316)

Moonlight2R (120)

MoonlightR (181)

MoPS (35)

mosaics (257)

mosbi (138)

MOSClip (83)

mosdef (294)

MOSim (151)

Motif2Site (134)

motifbreakR (250)

motifcounter (140)

MotifDb (587)

motifmatchr (1292)

MotifPeeker (72)

motifRG (60)

motifStack (683)

motifTestR (110)

MotIV (73)

MouseFM (180)

MPAC (92)

MPFE (129)

mpra (176)

MPRAnalyze (139)

MQmetrics (25)

mQTL.NMR (41)

msa (2127)

MSA2dist (160)

MsBackendMassbank (138)

MsBackendMetaboLights (90)

MsBackendMgf (469)

MsBackendMsp (346)

MsBackendRawFileReader (138)

MsBackendSql (125)

MsCoreUtils (3443)

MsDataHub (159)

MSEADbi (6)

MsExperiment (1257)

MsFeatures (1321)

msgbsR (150)

MSGFgui (58)

MSGFplus (39)

msImpute (227)

mslp (103)

msmsEDA (280)

msmsTests (297)

MSnbase (3087)

MSnID (338)

mspms (76)

MSPrep (181)

msPurity (181)

msqrob2 (207)

MsQuality (129)

MSstats (584)

MSstatsBig (115)

MSstatsBioNet (52)

MSstatsConvert (489)

MSstatsLiP (145)

MSstatsLOBD (114)

MSstatsPTM (244)

MSstatsQC (164)

MSstatsQCgui (127)

MSstatsSampleSize (45)

MSstatsShiny (161)

MSstatsTMT (307)

MSstatsTMTPTM (8)

MTseeker (9)

MuData (147)

Mulcom (195)

MultiAssayExperiment (6117)

MultiBaC (154)

multiClust (177)

multicrispr (133)

MultiDataSet (1196)

multiGSEA (168)

multiHiCcompare (199)

MultiMed (148)

multiMiR (402)

MultimodalExperiment (121)

multiOmicsViz (68)

MultiRNAflow (122)

multiscan (164)

multiSight (29)

multistateQTL (99)

multiWGCNA (160)

multtest (11551)

mumosa (136)

MungeSumstats (812)

muscat (555)

muscle (423)

musicatk (153)

MutationalPatterns (357)

MVCClass (206)

mvGST (36)

MWASTools (191)

mygene (374)

myvariant (162)

mzID (2942)

mzR (3222)

N

NADfinder (155)

NanoMethViz (170)

NanoStringDiff (172)

NanoStringNCTools (378)

NanoStringQCPro (56)

nanotatoR (39)

NanoTube (162)

NarrowPeaks (44)

NBAMSeq (187)

NBSplice (27)

ncdfFlow (1051)

ncGTW (184)

NCIgraph (118)

ncRNAtools (130)

ndexr (142)

neaGUI (27)

nearBynding (147)

Nebulosa (1254)

NeighborNet (49)

nem (90)

nempi (126)

NetActivity (112)

netbenchmark (30)

netbiov (84)

netboost (136)

netboxr (33)

netDx (51)

nethet (156)

netOmics (34)

NetPathMiner (168)

netprioR (124)

netReg (24)

netresponse (187)

NetSAM (176)

netSmooth (159)

networkBMA (76)

netZooR (99)

NeuCA (53)

NewWave (154)

NGScopy (40)

ngsReports (171)

nipalsMCIA (127)

nnNorm (200)

nnSVG (213)

NOISeq (601)

nondetects (97)

NoRCE (136)

normalize450K (153)

NormalyzerDE (241)

NormqPCR (239)

normr (208)

NPARC (145)

npGSEA (152)

NTW (143)

nucleoSim (150)

nucleR (207)

nuCpos (147)

nudge (59)

nullranges (235)

NuPoP (196)

NxtIRFcore (26)

O

occugene (155)

OCplus (202)

octad (121)

ODER (19)

odseq (144)

OGRE (128)

OGSA (38)

oligo (2203)

oligoClasses (1653)

OLIN (217)

OLINgui (174)

omada (113)

OmaDB (216)

omicade4 (203)

OmicCircos (274)

omicplotR (158)

omicRexposome (162)

OmicsLonDA (47)

OmicsMarkeR (28)

OmicsMLRepoR (75)

OMICsPCA (165)

omicsPrint (157)

omicsViewer (144)

Omixer (148)

OmnipathR (909)

ompBAM (175)

omXplore (88)

Onassis (38)

oncomix (157)

oncoscanR (130)

OncoScore (136)

OncoSimulR (179)

oneChannelGUI (79)

oneSENSE (49)

onlineFDR (114)

ontoCAT (51)

ontoProc (246)

ontoTools (33)

openCyto (634)

openPrimeR (176)

openPrimeRui (68)

OpenStats (107)

OperaMate (21)

oposSOM (204)

oppar (163)

oppti (106)

optimalFlow (139)

OPWeight (144)

OrderedList (183)

ORFhunteR (146)

ORFik (250)

Organism.dplyr (388)

OrganismDbi (2432)

orthogene (460)

orthos (127)

OSAT (181)

Oscope (175)

OSTA.data (56)

OTUbase (162)

OutlierD (58)

OUTRIDER (258)

OutSplice (123)

OVESEG (136)

P

PAA (188)

packFinder (153)

padma (153)

PADOG (305)

pageRank (132)

PAIRADISE (173)

paircompviz (156)

pairedGSEA (99)

pairkat (125)

pairseqsim (3)

pamr (34)

pandaR (207)

panelcn.mops (142)

PAnnBuilder (52)

PanomiR (127)

panp (189)

PANR (185)

PanViz (45)

PanVizGenerator (42)

PAPi (43)

pareg (49)

parglms (145)

parody (172)

partCNV (114)

PAST (143)

Path2PPI (177)

pathifier (183)

pathlinkR (142)

pathMED (33)

PathNet (165)

PathoStat (196)

pathprint (22)

pathRender (171)

pathVar (54)

pathview (4751)

pathwayPCA (172)

PathwaySplice (21)

PatientGeneSets (11)

paxtoolsr (107)

Pbase (43)

pbcmc (13)

pcaExplorer (379)

pcaGoPromoter (41)

pcaMethods (5058)

PCAN (168)

PCAtools (1227)

pcot2 (86)

PCpheno (71)

pcxn (47)

PDATK (177)

pdInfoBuilder (203)

pdmclass (53)

PeacoQC (282)

peakPantheR (137)

PECA (178)

peco (144)

Pedixplorer (108)

pengls (120)

PepSetTest (88)

PepsNMR (167)

pepStat (149)

pepXMLTab (154)

PERFect (32)

periodicDNA (146)

perturbatr (27)

pfamAnalyzeR (297)

PFP (25)

PGA (41)

pgca (119)

PGSEA (111)

pgUtils (17)

pgxRpi (111)

phantasus (230)

phantasusLite (120)

PharmacoGx (293)

phemd (41)

phenoDist (37)

PhenoGeneRanker (117)

phenomis (133)

phenopath (175)

phenoTest (201)

PhenStat (173)

philr (224)

PhIPData (151)

phosphonormalizer (128)

PhosR (203)

PhyloProfile (165)

phyloseq (5653)

Pi (67)

piano (410)

PICB (64)

pickgene (146)

PICS (173)

Pigengene (188)

PING (166)

pint (42)

pipeComp (150)

pipeFrame (190)

PIPETS (107)

Pirat (87)

PIUMA (103)

pkgDepTools (80)

planet (251)

planttfhunter (115)

plasmut (108)

plateCore (65)

plethy (71)

plgem (201)

plier (215)

PloGO2 (42)

plotgardener (264)

plotGrouper (123)

PLPE (171)

plrs (45)

PLSDAbatch (117)

plw (63)

plyinteractions (116)

plyranges (1070)

plyxp (86)

pmm (120)

pmp (195)

PoDCall (109)

podkat (175)

poem (49)

pogos (184)

polyester (129)

Polyfit (36)

PolySTest (88)

Polytect (79)

POMA (226)

POST (17)

PoTRA (20)

PowerExplorer (18)

powerTCR (307)

POWSC (134)

ppcseq (140)

PPInfer (224)

ppiStats (97)

pqsfinder (199)

prada (68)

pram (145)

prebs (166)

preciseTAD (148)

PrecisionTrialDrawer (29)

PREDA (196)

predictionet (64)

preprocessCore (14597)

primirTSS (140)

PrInCE (150)

Prize (26)

proActiv (162)

proBAMr (147)

proBatch (41)

PROcess (204)

procoil (198)

ProCoNA (40)

proDA (282)

proFIA (50)

profileplyr (303)

profileScoreDist (129)

progeny (554)

projectR (158)

pRoloc (329)

pRolocGUI (206)

PROMISE (180)

PRONE (97)

PROPER (199)

PROPS (147)

Prostar (193)

prot2D (26)

proteasy (33)

proteinProfiles (130)

ProteoDisco (114)

ProteomicsAnnotationHubData (33)

ProteoMM (159)

proteoQC (46)

protGear (131)

ProtGenerics (11046)

PSEA (72)

psichomics (166)

PSICQUIC (51)

PSMatch (2294)

psygenet2r (95)

ptairMS (124)

PubScore (27)

pulsedSilac (25)

puma (215)

PureCN (256)

pvac (168)

pvca (331)

Pviz (146)

pwalign (6910)

PWMEnrich (254)

pwOmics (141)

pwrEWAS (29)

Q

qckitfastq (122)

qcmetrics (184)

QDNAseq (376)

QFeatures (2703)

qmtools (134)

qpcrNorm (170)

qpgraph (250)

qPLEXanalyzer (151)

qrqc (64)

QRscore (60)

qsea (161)

qsmooth (191)

QSutils (214)

qsvaR (184)

QTLExperiment (117)

Qtlizer (141)

QUALIFIER (52)

quantiseqr (656)

quantro (258)

quantsmooth (661)

QuartPAC (73)

QuasR (374)

QuaternaryProd (157)

QUBIC (189)

qusage (427)

qvalue (20177)

R

R3CPET (155)

r3Cseq (203)

R453Plus1Toolbox (195)

R4RNA (673)

RadioGx (141)

raer (116)

RaggedExperiment (718)

RAIDS (118)

rain (196)

rama (59)

RamiGO (34)

ramr (138)

ramwas (178)

RandomWalkRestartMH (59)

randPack (157)

randRotation (126)

RankProd (308)

RAREsim (116)

RareVariantVis (183)

Rariant (56)

Rarr (218)

rawDiag (106)

rawrr (224)

RbcBook1 (267)

Rbec (116)

RBGL (8725)

RBioFormats (291)

RBioinf (186)

rBiopaxParser (226)

rBLAST (255)

RBM (154)

Rbowtie (446)

Rbowtie2 (317)

RbowtieCuda (28)

rbsurv (181)

Rbwa (114)

Rcade (82)

RCAS (183)

RCASPAR (136)

rcellminer (187)

rCGH (185)

Rchemcpp (42)

RchyOptimyx (52)

RcisTarget (1330)

RCM (152)

Rcollectl (68)

Rcpi (223)

RCSL (137)

Rcwl (131)

RcwlPipelines (126)

RCX (137)

RCy3 (842)

RCyjs (167)

RCytoscape (41)

RDAVIDWebService (76)

Rdbi (19)

RdbiPgSQL (14)

rDGIdb (67)

Rdisop (513)

RDRToolbox (207)

ReactomeContentService4R (73)

ReactomeGraph4R (36)

ReactomeGSA (287)

ReactomePA (3181)

readat (23)

ReadqPCR (248)

reb (60)

REBET (130)

rebook (198)

receptLoss (119)

reconsi (122)

recount (420)

recount3 (361)

recountmethylation (147)

recoup (165)

RedeR (336)

RedisParam (117)

REDseq (175)

ReducedExperiment (72)

RefNet (32)

RefPlus (100)

RegEnrich (153)

regionalpcs (108)

RegionalST (93)

regioneR (1776)

regioneReloaded (127)

regionReport (218)

regsplice (132)

regutools (128)

REMP (155)

Repitools (339)

ReportingTools (572)

reposTools (2)

RepViz (134)

ReQON (87)

ResidualMatrix (3867)

RESOLVE (116)

Resourcerer (27)

restfulSE (96)

retrofit (117)

ReUseData (101)

rexposome (189)

rfaRm (130)

Rfastp (206)

RFLOMICS (44)

rflowcyt (29)

rfPred (179)

rGADEM (373)

RGalaxy (52)

rGenomeTracks (125)

Rgin (27)

RGMQL (51)

RgnTX (130)

rgoslin (191)

RGraph2js (162)

Rgraphviz (8933)

rGREAT (653)

RGSEA (184)

rgsepd (168)

rhdf5 (21961)

rhdf5client (164)

rhdf5filters (21385)

Rhdf5lib (23182)

rhinotypeR (84)

Rhisat2 (235)

Rhtslib (23518)

rHVDM (73)

RiboCrypt (110)

RiboDiPA (148)

RiboProfiling (186)

ribor (147)

riboSeqR (182)

ribosomeProfilingQC (162)

rifi (112)

rifiComparative (109)

Rigraphlib (218)

rigvf (51)

RImmPort (128)

Ringo (162)

Rintact (13)

RIPAT (40)

RIPSeeker (66)

Risa (171)

RITAN (121)

RIVER (166)

RJMCMCNucleosomes (144)

RLassoCox (126)

RLMM (161)

RLSeq (30)

RMAGEML (15)

Rmagpie (164)

RMAPPER (17)

RMassBank (220)

rMAT (52)

rmelting (141)

RmiR (53)

Rmmquant (143)

rmspc (124)

RNAAgeCalc (175)

RNAdecay (126)

rnaEditr (138)

RNAinteract (72)

RNAither (76)

RNAmodR (140)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (129)

RNAmodR.ML (152)

RNAmodR.RiboMethSeq (122)

RNAprobR (35)

RNAsense (132)

rnaseqcomp (172)

RNAseqCovarImpute (99)

rnaSeqMap (55)

RNASeqPower (266)

RNASeqR (27)

RnaSeqSampleSize (184)

RnBeads (351)

Rnits (149)

roar (171)

roastgsa (114)

ROC (1094)

ROCpAI (120)

RolDE (142)

Roleswitch (43)

Rolexa (35)

rols (417)

ROntoTools (239)

ropls (1263)

ROSeq (155)

ROTS (281)

RPA (162)

rprimer (146)

RProtoBufLib (2318)

RpsiXML (92)

rpx (313)

Rqc (347)

rqt (120)

rqubic (172)

rRDP (176)

Rredland (14)

RRHO (174)

rrvgo (542)

Rsamtools (23337)

rsbml (207)

rScudo (143)

rsemmed (127)

RSeqAn (159)

rSFFreader (46)

RSNPper (11)

Rsubread (2065)

RSVSim (166)

rSWeeP (142)

rTANDEM (57)

RTCA (167)

RTCGA (448)

RTCGAToolbox (488)

RTN (268)

RTNduals (140)

RTNsurvival (146)

RTools4TB (7)

RTopper (195)

Rtpca (137)

rtracklayer (20088)

Rtreemix (167)

rTRM (192)

rTRMui (164)

RUCova (58)

runibic (131)

Ruuid (19)

RUVcorr (154)

RUVnormalize (158)

RUVSeq (889)

Rvisdiff (108)

RVS (135)

RWebServices (32)

rWikiPathways (405)

S

S4Arrays (41502)

S4Vectors (56388)

safe (577)

SAGElyzer (8)

sagenhaft (187)

SAGx (65)

SAIGEgds (167)

samExploreR (16)

sampleClassifier (133)

SamSPECTRAL (214)

sangeranalyseR (285)

sangerseqR (741)

SANTA (173)

sapFinder (48)

saps (17)

SARC (123)

sarks (124)

saseR (94)

satuRn (346)

savR (42)

SBGNview (218)

sbgr (11)

SBMLR (165)

SC3 (386)

scafari (1)

Scale4C (169)

ScaledMatrix (12555)

scAlign (20)

SCAN.UPC (182)

scanMiR (137)

scanMiRApp (126)

scAnnotatR (207)

SCANVIS (154)

SCArray (151)

SCArray.sat (119)

SCATE (26)

scater (7140)

scatterHatch (119)

scBFA (145)

SCBN (132)

scBubbletree (135)

scCB2 (123)

scClassifR (9)

scClassify (207)

sccomp (179)

scDataviz (162)

scDblFinder (1919)

scDD (201)

scDDboost (116)

scde (470)

scDesign3 (141)

scDiagnostics (98)

scDotPlot (121)

scds (476)

SCFA (142)

scFeatureFilter (150)

scFeatures (124)

scfind (20)

scGPS (146)

schex (196)

scHiCcompare (60)

scHOT (159)

scider (118)

scifer (128)

ScISI (89)

scMAGeCK (20)

scmap (315)

scMerge (444)

scMET (134)

scmeth (138)

scMitoMut (106)

scMultiSim (129)

SCnorm (186)

scone (191)

Sconify (151)

SCOPE (145)

scoreInvHap (164)

scoup (79)

scp (260)

scPCA (167)

scPipe (182)

scQTLtools (57)

scran (4851)

scrapper (274)

scReClassify (132)

scRecover (164)

screenCounter (108)

ScreenR (120)

scRepertoire (731)

scRNAseqApp (129)

scruff (157)

scry (347)

scShapes (116)

scsR (48)

scTensor (138)

scTGIF (201)

scTHI (123)

scTreeViz (126)

scuttle (9119)

scviR (103)

SDAMS (147)

seahtrue (93)

sechm (238)

segmenter (127)

segmentSeq (206)

selectKSigs (123)

SELEX (172)

SemDist (179)

semisup (135)

SemSim (6)

SEPA (23)

SEPIRA (50)

seq.hotSPOT (108)

seq2pathway (241)

seqArchR (127)

seqArchRplus (120)

SeqArray (921)

seqbias (76)

seqCAT (154)

seqCNA (83)

seqcombo (125)

SeqGate (127)

SeqGSEA (265)

Seqinfo (515)

seqLogo (3498)

seqPattern (744)

seqplots (57)

seqsetvis (165)

SeqSQC (208)

seqTools (165)

SeqVarTools (491)

SEraster (55)

sesame (806)

SEtools (202)

sevenbridges (174)

sevenC (160)

SGCP (176)

SGSeq (358)

SharedObject (176)

shiny.gosling (115)

shinyDSP (58)

shinyepico (144)

shinyMethyl (209)

shinyTANDEM (38)

ShortRead (5958)

SIAMCAT (210)

SICtools (165)

sigaR (43)

SigCheck (144)

sigFeature (346)

SigFuge (182)

siggenes (2982)

sights (162)

signatureSearch (241)

signeR (171)

signet (10)

signifinder (114)

sigPathway (83)

SigsPack (126)

sigsquared (148)

SIM (167)

SIMAT (168)

SimBindProfiles (85)

SimBu (194)

SIMD (127)

SimFFPE (120)

similaRpeak (176)

SIMLR (221)

simona (530)

simPIC (103)

simpleaffy (100)

simpleSeg (180)

simplifyEnrichment (1121)

simulatorAPMS (14)

simulatorZ (35)

sincell (189)

single (38)

SingleCellAlleleExperiment (103)

SingleCellExperiment (16886)

SingleCellSignalR (275)

singleCellTK (339)

SingleMoleculeFootprinting (130)

SingleR (4523)

singscore (1553)

SiPSiC (111)

SISPA (50)

sitadela (125)

Site2Target (42)

sitePath (159)

sizepower (157)

SJava (26)

sketchR (101)

skewr (143)

slalom (149)

SLGI (92)

slingshot (1790)

slinky (30)

SLqPCR (164)

SMAD (124)

SMAP (92)

smartid (101)

SMITE (158)

smoothclust (107)

smoppix (57)

SNAGEE (164)

snapCGH (100)

snapcount (134)

snifter (206)

snm (192)

SNPchip (66)

SNPediaR (125)

SNPhood (187)

snpMatrix (21)

SNPRelate (1813)

snpStats (2064)

soGGi (420)

sojourner (34)

SomatiCA (37)

SomaticSignatures (236)

SOMNiBUS (114)

sosta (71)

SpaceMarkers (109)

SpacePAC (116)

spacexr (113)

spade (40)

Spaniel (164)

SpaNorm (105)

sparrow (418)

SparseArray (43603)

sparseDOSSA (41)

sparseMatrixStats (15461)

sparsenetgls (119)

SparseSignatures (170)

spaSim (133)

SpatialCPie (169)

spatialDE (169)

SpatialDecon (233)

SpatialExperiment (5588)

SpatialExperimentIO (70)

spatialFDA (87)

SpatialFeatureExperiment (288)

spatialHeatmap (247)

SpatialOmicsOverlay (115)

spatialSimGP (74)

spatzie (132)

speckle (310)

specL (179)

SpeCond (207)

Spectra (1985)

SpectralTAD (173)

SpectraQL (87)

SPEM (171)

SPIA (610)

SPIAT (205)

spicyR (265)

SpidermiR (51)

spikeLI (144)

spiky (129)

spillR (104)

spkTools (169)

splatter (456)

splicegear (55)

spliceR (30)

spliceSites (46)

SpliceWiz (193)

SplicingFactory (121)

SplicingGraphs (229)

SplineDV (77)

splineTCDiffExpr (1)

splineTimeR (175)

SPLINTER (137)

splots (201)

SPONGE (160)

spoon (101)

SpotClean (171)

SPOTlight (354)

spotSegmentation (45)

SpotSweeper (132)

spqn (139)

SPsimSeq (190)

SQLDataFrame (133)

SQUADD (57)

squallms (88)

sRACIPE (151)

SRAdb (464)

sRAP (58)

SRGnet (20)

srnadiff (135)

sscore (74)

sscu (160)

sSeq (239)

ssize (186)

sSNAPPY (196)

SSPA (137)

ssPATHS (142)

ssrch (139)

ssviz (171)

StabMap (84)

stageR (273)

stam (15)

STAN (65)

standR (201)

staRank (83)

StarBioTrek (57)

Starr (74)

STATegRa (181)

Statial (150)

statTarget (185)

STdeconvolve (124)

stepNorm (175)

stepwiseCM (48)

stJoincount (132)

strandCheckR (150)

Streamer (164)

STRINGdb (1659)

STROMA4 (34)

struct (211)

Structstrings (141)

structToolbox (209)

StructuralVariantAnnotation (232)

SubCellBarCode (154)

subSeq (178)

SUITOR (115)

SummarizedBenchmark (62)

SummarizedExperiment (42083)

Summix (117)

supersigs (194)

supraHex (291)

surfaltr (136)

SurfR (94)

survClust (96)

survcomp (1462)

survtype (137)

Sushi (96)

sva (7327)

svaNUMT (109)

SVAPLSseq (14)

svaRetro (126)

SVM2CRM (25)

SVMDO (124)

SVP (60)

SWATH2stats (160)

SwathXtend (145)

swfdr (167)

SwimR (45)

switchBox (165)

switchde (145)

synapsis (135)

synapter (177)

synergyfinder (307)

SynExtend (149)

synlet (162)

SynMut (128)

syntenet (175)

systemPipeR (1247)

systemPipeShiny (143)

systemPipeTools (117)

T

tadar (116)

TADCompare (171)

tanggle (150)

TAPseq (146)

target (149)

TargetDecoy (144)

TargetScore (177)

TargetSearch (188)

TarSeqQC (59)

TaxSEA (43)

TBSignatureProfiler (133)

TCC (311)

TCGAbiolinks (5060)

TCGAbiolinksGUI (51)

TCGAutils (625)

TCseq (749)

TDARACNE (56)

TDbasedUFE (124)

TDbasedUFEadv (126)

TEKRABber (192)

TENET (48)

TENxIO (144)

tenXplore (157)

TEQC (176)

terapadog (61)

ternarynet (154)

terraTCGAdata (119)

TFARM (137)

TFBSTools (3241)

TFEA.ChIP (191)

TFHAZ (159)

TFutils (167)

tidybulk (327)

tidyCoverage (103)

tidyFlowCore (89)

tidyomics (130)

tidysbml (90)

tidySingleCellExperiment (301)

tidySpatialExperiment (128)

tidySummarizedExperiment (328)

tidytof (96)

tigre (175)

TileDBArray (146)

tilingArray (236)

timecourse (190)

timeOmics (166)

timescape (139)

TimeSeriesExperiment (34)

TimiRGeN (38)

TIN (183)

TissueEnrich (294)

TitanCNA (172)

tkWidgets (1444)

tLOH (129)

TMixClust (149)

TMSig (86)

TNBC.CMS (47)

TnT (131)

TOAST (515)

tofsims (29)

tomoda (135)

tomoseqr (126)

TOP (102)

ToPASeq (43)

topconfects (226)

topdownr (155)

topGO (2580)

ToxicoGx (148)

TPP (207)

TPP2D (148)

tpSVG (101)

tracktables (243)

trackViewer (649)

tradeSeq (670)

TrajectoryGeometry (114)

TrajectoryUtils (2015)

transcriptogramer (155)

transcriptR (184)

transformGamPoi (133)

transite (154)

tRanslatome (226)

transmogR (101)

transomics2cytoscape (150)

TransView (127)

TraRe (22)

traseR (174)

Travel (6)

traviz (73)

TreeAndLeaf (179)

treeclimbR (105)

treeio (23494)

treekoR (162)

TreeSummarizedExperiment (2148)

TREG (139)

trena (54)

TReNA (4)

Trendy (142)

TRESS (129)

tricycle (313)

TrIdent (60)

triform (49)

trigger (170)

trio (208)

triplex (184)

tripr (139)

tRNA (149)

tRNAdbImport (137)

tRNAscanImport (131)

TRONCO (187)

TSAR (103)

TSCAN (598)

tscR (30)

tspair (69)

TSRchitect (38)

TSSi (40)

ttgsea (122)

TTMap (149)

TurboNorm (187)

TVTB (142)

tweeDEseq (204)

twilight (214)

twoddpcr (165)

txcutr (121)

txdbmaker (4669)

tximeta (1067)

tximport (3614)

TxRegInfra (17)

TypeInfo (99)

U

UCell (1632)

UCSC.utils (41068)

Ularcirc (153)

UMI4Cats (143)

uncoverappLib (137)

UNDO (177)

unifiedWMWqPCR (136)

UniProt.ws (572)

Uniquorn (175)

universalmotif (1030)

updateObject (124)

UPDhmm (94)

uSORT (150)

V

VAExprs (123)

VanillaICE (267)

VarCon (145)

variancePartition (1024)

VariantAnnotation (8215)

VariantExperiment (100)

VariantFiltering (183)

VariantTools (211)

vasp (12)

VaSP (145)

vbmp (218)

VCFArray (136)

VDJdive (132)

Vega (38)

VegaMC (199)

velociraptor (199)

veloviz (121)

VennDetail (278)

VERSO (119)

vidger (187)

viper (792)

virtualArray (15)

ViSEAGO (166)

VisiumIO (140)

visiumStitched (70)

vissE (186)

vmrseq (39)

Voyager (240)

VplotR (153)

vsclust (123)

vsn (4964)

vtpnet (182)

vulcan (125)

W

waddR (111)

wateRmelon (877)

wavClusteR (154)

waveTiling (46)

weaver (168)

webbioc (180)

weitrix (157)

widgetInvoke (7)

widgetTools (1439)

wiggleplotr (206)

wpm (156)

wppi (111)

Wrench (1602)

X

XAItest (44)

XBSeq (42)

xCell2 (74)

XCIR (12)

xcms (1549)

xcore (130)

XDE (203)

XeniumIO (51)

xenLite (83)

Xeva (167)

XINA (157)

xmapbridge (175)

xmapcore (12)

XNAString (130)

xps (66)

XVector (51554)

Y

y2hStat (4)

yamss (141)

YAPSA (180)

yaqcaffy (52)

yarn (196)

Z

zellkonverter (1935)

zenith (173)

zFPKM (182)

zinbwave (784)

zitools (85)

zlibbioc (45904)

ZygosityPredictor (111)