See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Wed. 21 May 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (60847) 26 GenomicAlignments (22633) 51 preprocessCore (14353)
2 BiocGenerics (58191) 27 ggtree (22433) 52 BiocSingular (12687)
3 S4Vectors (55762) 28 treeio (22424) 53 ScaledMatrix (12444)
4 IRanges (55450) 29 DESeq2 (21960) 54 multtest (11783)
5 GenomeInfoDb (55129) 30 biomaRt (21480) 55 genefilter (11540)
6 zlibbioc (52371) 31 clusterProfiler (21429) 56 ProtGenerics (11243)
7 Biobase (50428) 32 rhdf5 (21017) 57 VariantAnnotation (11186)
8 XVector (50265) 33 fgsea (20977) 58 AnnotationHub (11106)
9 Biostrings (48051) 34 DOSE (20734) 59 BiocNeighbors (10892)
10 GenomicRanges (45414) 35 enrichplot (20654) 60 AnnotationFilter (10782)
11 BiocParallel (44021) 36 rhdf5filters (20613) 61 impute (10571)
12 DelayedArray (42710) 37 rtracklayer (20143) 62 GEOquery (9882)
13 SparseArray (42526) 38 graph (19396) 63 ensembldb (9527)
14 MatrixGenerics (42243) 39 BiocIO (19379) 64 scuttle (9098)
15 SummarizedExperiment (40868) 40 GOSemSim (19378) 65 Rgraphviz (9032)
16 S4Arrays (40396) 41 qvalue (19255) 66 RBGL (8969)
17 UCSC.utils (37967) 42 GenomicFeatures (17545) 67 GSEABase (8736)
18 AnnotationDbi (36761) 43 annotate (16955) 68 affyio (7785)
19 KEGGREST (36631) 44 SingleCellExperiment (16257) 69 affy (7665)
20 limma (35180) 45 ComplexHeatmap (16163) 70 ExperimentHub (7639)
21 BiocFileCache (25022) 46 DelayedMatrixStats (15983) 71 sva (7365)
22 Rhtslib (23738) 47 beachmat (15565) 72 GSVA (7270)
23 edgeR (23701) 48 sparseMatrixStats (15413) 73 scater (7107)
24 Rsamtools (23411) 49 BSgenome (15153) 74 BiocBaseUtils (6715)
25 Rhdf5lib (22946) 50 HDF5Array (14682) 75 pwalign (6295)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (160)

a4Base (180)

a4Classif (152)

a4Core (186)

a4Preproc (179)

a4Reporting (150)

ABAEnrichment (37)

ABarray (165)

abseqR (118)

ABSSeq (178)

acde (138)

ACE (141)

aCGH (211)

ACME (188)

ADaCGH2 (145)

ADAM (200)

ADAMgui (118)

ADAPT (27)

adaptest (13)

adductomicsR (113)

ADImpute (123)

adSplit (150)

adverSCarial (88)

AffiXcan (111)

affxparser (1584)

affy (7665)

affycomp (179)

AffyCompatible (69)

affyContam (165)

affycoretools (397)

AffyExpress (53)

affyILM (146)

affyio (7785)

affylmGUI (172)

affyPara (54)

affypdnn (55)

affyPLM (927)

affyQCReport (58)

AffyRNADegradation (136)

AffyTiling (39)

AGDEX (135)

aggregateBioVar (120)

Agi4x44PreProcess (22)

agilp (153)

AgiMicroRna (207)

AHMassBank (90)

AIMS (341)

airpart (115)

alabaster (102)

alabaster.base (3394)

alabaster.bumpy (102)

alabaster.files (83)

alabaster.mae (103)

alabaster.matrix (3397)

alabaster.ranges (3268)

alabaster.sce (1112)

alabaster.schemas (3054)

alabaster.se (3185)

alabaster.sfe (10)

alabaster.spatial (107)

alabaster.string (102)

alabaster.vcf (104)

ALDEx2 (1221)

alevinQC (133)

AllelicImbalance (150)

AlphaBeta (109)

AlphaMissenseR (98)

alpine (38)

ALPS (11)

AlpsNMR (136)

alsace (38)

altcdfenvs (154)

AMARETTO (206)

AMOUNTAIN (124)

amplican (135)

ampliQueso (32)

AnalysisPageServer (30)

anamiR (12)

Anaquin (115)

ANCOMBC (1260)

AneuFinder (148)

ANF (119)

animalcules (255)

annaffy (292)

AnnBuilder (11)

annmap (126)

annotate (16955)

AnnotationDbi (36761)

AnnotationFilter (10782)

AnnotationForge (1865)

AnnotationFuncs (42)

AnnotationHub (11106)

AnnotationHubData (304)

annotationTools (162)

annotatr (458)

anota (140)

anota2seq (132)

antiProfiles (131)

AnVIL (491)

AnVILAz (63)

AnVILBase (165)

AnVILBilling (98)

AnVILGCP (67)

AnVILPublish (106)

AnVILWorkflow (89)

APAlyzer (125)

apComplex (148)

apeglm (3725)

APL (190)

applera (3)

appreci8R (109)

aroma.light (1776)

ArrayExpress (421)

ArrayExpressHTS (45)

arrayMagic (9)

arrayMvout (138)

arrayQCplot (3)

arrayQuality (236)

arrayQualityMetrics (454)

ArrayTools (51)

ArrayTV (37)

ARRmNormalization (133)

artMS (127)

ASAFE (104)

ASEB (127)

ASGSCA (130)

ASICS (147)

asmn (5)

ASpediaFI (23)

ASpli (145)

AssessORF (199)

ASSET (156)

ASSIGN (158)

assorthead (5895)

ASURAT (108)

ATACCoGAPS (44)

ATACseqQC (389)

ATACseqTFEA (95)

atena (110)

AtlasRDF (20)

atSNP (126)

attract (151)

AUCell (2628)

autonomics (106)

Autotuner (10)

AWFisher (116)

awst (101)

B

BaalChIP (132)

BAC (48)

bacon (185)

BADER (132)

BadRegionFinder (112)

BAGS (139)

ballgown (549)

bambu (299)

bamsignals (931)

BANDITS (125)

bandle (104)

Banksy (244)

banocc (130)

barbieQ (7)

barcodetrackR (106)

basecallQC (123)

BaseSpaceR (139)

Basic4Cseq (136)

BASiCS (159)

BASiCStan (122)

BasicSTARRseq (112)

basilisk (3277)

basilisk.utils (3176)

batchelor (3948)

BatchQC (163)

BatchSVG (8)

BayesKnockdown (110)

BayesPeak (46)

BayesSpace (296)

bayNorm (136)

baySeq (445)

BBCAnalyzer (128)

BCRANK (163)

bcSeq (113)

BDMMAcorrect (32)

beachmat (15565)

beachmat.hdf5 (145)

beachmat.tiledb (29)

beadarray (646)

beadarraySNP (69)

BeadDataPackR (537)

BeadExplorer (7)

BEARscc (67)

BEAT (133)

BEclear (139)

bedbaser (19)

beer (100)

benchdamic (102)

BERT (84)

betaHMM (80)

betr (43)

bettr (82)

BG2 (95)

bgafun (47)

BgeeCall (99)

BgeeDB (155)

BGmix (43)

bgx (109)

BHC (76)

BicARE (166)

BiFET (118)

BiGGR (126)

bigmelon (125)

bigmemoryExtras (35)

bigPint (29)

bim (4)

BindingSiteFinder (105)

bioassayR (133)

Biobase (50428)

biobroom (260)

biobtreeR (93)

bioCancer (122)

BioCartaImage (88)

BiocBaseUtils (6715)

BiocBook (113)

BiocCaseStudies (53)

BiocCheck (1573)

biocDatasets (9)

BiocDockerManager (15)

BiocFHIR (98)

BiocFileCache (25022)

BiocGenerics (58191)

biocGraph (269)

BiocHail (55)

BiocHubsShiny (126)

BiocInstaller (174)

BiocIO (19379)

biocmake (38)

BiocNeighbors (10892)

BiocOncoTK (65)

BioCor (130)

BiocParallel (44021)

BiocPkgTools (184)

biocroxytest (90)

BiocSet (362)

BiocSingular (12687)

BiocSklearn (144)

BiocStyle (5435)

biocthis (271)

BiocVersion (60847)

biocViews (4318)

BiocWorkflowTools (202)

biodb (145)

biodbChebi (108)

biodbExpasy (51)

biodbHmdb (111)

biodbKegg (67)

biodbLipidmaps (31)

biodbMirbase (14)

biodbNcbi (98)

biodbNci (104)

biodbUniprot (96)

bioDist (274)

BioGA (59)

biomaRt (21480)

BioMedR (4)

biomformat (5562)

BioMM (24)

BioMVCClass (150)

biomvRCNS (131)

BioNAR (117)

BioNERO (253)

BioNet (275)

BioNetStat (60)

BioQC (171)

BioSeqClass (49)

biosigner (140)

Biostrings (48051)

biosvd (38)

BioTIP (124)

biotmle (119)

biovizBase (4937)

BiRewire (213)

birta (40)

birte (24)

biscuiteer (115)

BiSeq (151)

BitSeq (56)

blacksheepr (119)

blima (132)

BLMA (118)

BloodGen3Module (146)

bluster (5634)

bnbc (208)

bnem (100)

BOBaFIT (98)

borealis (93)

BPRMeth (134)

BRAIN (185)

brainflowprobes (31)

brainImageR (6)

BrainSABER (16)

BrainStars (40)

branchpointer (136)

breakpointR (118)

BreastSubtypeR (8)

brendaDb (112)

BREW3R.r (81)

BRGenomics (54)

bridge (52)

BridgeDbR (139)

broadSeq (64)

BrowserViz (176)

BrowserVizDemo (15)

BSgenome (15153)

BSgenomeForge (194)

bsseq (1353)

BubbleTree (143)

BufferedMatrix (141)

BufferedMatrixMethods (136)

bugsigdbr (306)

BulkSignalR (15)

BUMHMM (137)

bumphunter (2496)

BumpyMatrix (370)

BUS (146)

BUScorrect (113)

BUSpaRse (220)

BUSseq (110)

C

CaDrA (86)

CAEN (94)

CAFE (131)

CAGEfightR (269)

cageminer (104)

CAGEr (291)

CALIB (55)

calm (90)

CAMERA (475)

CAMTHC (11)

CaMutQC (83)

canceR (143)

cancerclass (378)

CancerInSilico (30)

CancerMutationAnalysis (46)

CancerSubtypes (75)

CAnD (34)

caOmicsV (26)

cardelino (104)

Cardinal (269)

CardinalIO (187)

CARDspa (19)

CARNIVAL (194)

casper (124)

CATALYST (555)

Category (1395)

categoryCompare (134)

CatsCradle (57)

CausalR (130)

cbaf (113)

CBEA (81)

cBioPortalData (355)

CBNplot (140)

cbpManager (103)

CCAFE (9)

ccfindR (128)

ccImpute (101)

ccmap (139)

CCPlotR (110)

CCPROMISE (111)

ccrepe (183)

CDI (87)

celaref (119)

celda (765)

CellaRepertorium (28)

CellBarcode (114)

cellbaseR (124)

CellBench (169)

cellGrowth (34)

cellHTS (45)

cellHTS2 (149)

CelliD (229)

cellity (120)

CellMapper (109)

cellmigRation (99)

CellMixS (128)

CellNOptR (165)

cellscape (102)

CellScore (111)

CellTrails (117)

cellTree (28)

cellxgenedp (124)

CEMiTool (187)

censcyt (95)

Cepo (157)

ceRNAnetsim (92)

CeTF (117)

CexoR (135)

CFAssay (110)

cfdnakit (91)

cfDNAPro (123)

cfTools (89)

CGEN (133)

CGHbase (347)

CGHcall (325)

cghMCR (171)

CGHnormaliter (144)

CGHregions (150)

ChAMP (717)

CHARGE (12)

charm (50)

ChemmineOB (326)

ChemmineR (789)

CHETAH (148)

chevreulPlot (10)

chevreulProcess (10)

chevreulShiny (9)

ChIC (23)

Chicago (144)

chihaya (176)

chimera (44)

chimeraviz (145)

ChIPanalyser (120)

ChIPComp (125)

chipenrich (169)

ChIPexoQual (115)

ChIPpeakAnno (933)

ChIPQC (364)

ChIPseeker (1964)

chipseq (571)

ChIPseqR (160)

ChIPSeqSpike (18)

ChIPsim (148)

ChIPXpress (113)

chopsticks (157)

chroGPS (45)

chromDraw (129)

ChromHeatMap (145)

ChromoViz (7)

chromPlot (235)

ChromSCape (112)

chromstaR (102)

chromswitch (34)

chromVAR (1173)

CHRONOS (116)

cicero (268)

CIMICE (98)

CINdex (123)

circRNAprofiler (116)

CircSeqAlignTk (85)

cisPath (115)

CiteFuse (126)

ClassifyR (337)

cleanUpdTSeq (137)

CleanUpRNAseq (61)

cleaver (241)

clevRvis (103)

clippda (147)

clipper (148)

cliProfiler (96)

cliqueMS (136)

Clomial (117)

Clonality (52)

clonotypeR (40)

clst (138)

clstutils (139)

CluMSID (101)

ClustAll (90)

clustComp (123)

clusterExperiment (316)

ClusterFoldSimilarity (87)

ClusterJudge (116)

clusterProfiler (21429)

clusterSeq (122)

ClusterSignificance (117)

clusterStab (159)

clustifyr (197)

ClustIRR (97)

clustSIGNAL (8)

CMA (204)

cmapR (447)

cn.farms (141)

cn.mops (219)

CNAnorm (137)

CNEr (3166)

CNORdt (128)

CNORfeeder (136)

CNORfuzzy (137)

CNORode (138)

CNPBayes (24)

CNTools (181)

CNVfilteR (97)

CNVgears (33)

cnvGSA (137)

CNViz (94)

CNVMetrics (103)

CNVPanelizer (126)

CNVRanger (134)

CNVrd2 (130)

CNVtools (40)

cobindR (43)

CoCiteStats (142)

COCOA (123)

codelink (166)

CODEX (153)

coexnet (21)

CoGAPS (325)

cogena (149)

cogeqc (113)

Cogito (101)

coGPS (139)

COHCAP (46)

cola (171)

comapr (97)

combi (129)

coMET (82)

coMethDMR (112)

compartmap (39)

COMPASS (151)

compcodeR (149)

compEpiTools (129)

CompGO (33)

ComplexHeatmap (16163)

CompoundDb (257)

ComPrAn (99)

compSPOT (80)

conclus (11)

concordexR (113)

condcomp (5)

condiments (137)

CONFESS (124)

consensus (107)

ConsensusClusterPlus (2893)

consensusDE (107)

consensusOV (123)

consensusSeekeR (124)

consICA (186)

CONSTANd (101)

contiBAIT (37)

conumee (216)

convert (184)

copa (143)

COPDSexualDimorphism (5)

copynumber (123)

CopyNumber450k (21)

CopyNumberPlots (137)

CopywriteR (45)

coRdon (221)

CoRegFlux (8)

CoRegNet (56)

CoreGx (235)

Cormotif (144)

CorMut (35)

coRNAi (39)

corral (122)

CORREP (46)

coseq (188)

CoSIA (82)

cosmiq (198)

cosmo (17)

cosmoGUI (16)

cosmosR (138)

COSNet (125)

COTAN (125)

CountClust (26)

countsimQC (295)

covEB (111)

CoverageView (132)

covRNA (108)

CPSM (14)

cpvSNP (128)

cqn (310)

CRImage (155)

CRISPRball (94)

crisprBase (150)

crisprBowtie (139)

crisprBwa (91)

crisprDesign (135)

crisprScore (153)

CRISPRseek (163)

crisprseekplus (34)

crisprShiny (83)

CrispRVariants (145)

crisprVerse (121)

crisprViz (119)

crlmm (285)

CrossICC (5)

crossmeta (116)

crumblr (9)

crupR (6)

CSAR (153)

csaw (475)

csdR (95)

CSSP (35)

CSSQ (97)

ctc (274)

CTdata (92)

CTDquerier (115)

CTexploreR (82)

ctgGEM (11)

cTRAP (122)

ctsGE (119)

CTSV (101)

cummeRbund (265)

CuratedAtlasQueryR (104)

customCMPdb (112)

customProDB (148)

CVE (17)

cyanoFilter (98)

cycle (141)

cydar (138)

cypress (81)

CytoDx (126)

cytofast (12)

cytofkit (33)

CyTOFpower (52)

cytofQC (98)

CytoGLMM (103)

cytoKernel (114)

cytolib (2384)

cytomapper (317)

CytoMDS (82)

cytoMEM (138)

CytoML (447)

CytoPipeline (110)

CytoPipelineGUI (86)

CytoTree (15)

cytoviewer (130)

D

dada2 (2433)

dagLogo (138)

daMA (139)

DAMEfinder (107)

DaMiRseq (127)

Damsel (73)

dandelionR (21)

DAPAR (164)

dar (72)

DART (144)

DASC (2)

DASiR (25)

dasper (17)

DAVIDQuery (30)

DBChIP (48)

dcanr (198)

DCATS (113)

dce (79)

dcGSA (105)

DChIPRep (29)

ddCt (169)

ddgraph (33)

ddPCRclust (131)

dearseq (232)

debCAM (117)

debrowser (154)

DECIPHER (2797)

deco (20)

DEComplexDisease (26)

decompTumor2Sig (134)

DeconRNASeq (320)

decontam (1625)

decontX (290)

DeconvoBuddies (9)

deconvR (114)

decoupleR (1301)

DEDS (48)

DeepBlueR (35)

DeepPINCS (99)

deepSNV (181)

DeepTarget (61)

DEFormats (249)

DegCre (76)

DegNorm (107)

DEGraph (106)

DEGreport (603)

DEGseq (232)

DelayedArray (42710)

DelayedDataFrame (104)

DelayedMatrixStats (15983)

DelayedRandomArray (103)

DelayedTensor (104)

DELocal (116)

deltaCaptureC (100)

deltaGseg (122)

DeMAND (107)

DeMixT (133)

demuxmix (259)

demuxSNP (86)

densvis (1237)

DEP (594)

DepecheR (125)

DepInfeR (96)

DeProViR (41)

DEqMS (289)

derfinder (488)

derfinderHelper (484)

derfinderPlot (153)

DEScan2 (115)

DESeq (183)

DESeq2 (21960)

DEsingle (284)

DESpace (104)

destiny (702)

DEsubs (111)

DEWSeq (110)

DExMA (104)

DEXSeq (1394)

dexus (46)

DFP (146)

DFplyr (46)

DIAlignR (57)

DiffBind (1076)

diffcoexp (167)

diffcyt (430)

DifferentialRegulation (102)

diffGeneAnalysis (127)

diffHic (168)

DiffLogo (138)

diffloop (36)

diffuStats (127)

diffUTR (87)

diggit (121)

Dino (101)

dinoR (80)

dir.expiry (3284)

Director (85)

DirichletMultinomial (4510)

discordant (137)

DiscoRhythm (125)

distinct (248)

dittoSeq (1317)

divergence (103)

dks (114)

DMCFB (113)

DMCHMM (107)

DMRcaller (154)

DMRcate (1094)

DMRforPairs (51)

DMRScan (99)

dmrseq (203)

DNABarcodeCompatibility (92)

DNABarcodes (194)

DNAcopy (4698)

DNAcycP2 (12)

DNAfusion (97)

DNaseR (7)

DNAshapeR (143)

domainsignatures (38)

DominoEffect (107)

dominoSignal (55)

doppelgangR (206)

DOQTL (28)

Doscheda (118)

DOSE (20734)

doseR (112)

doubletrouble (111)

dpeak (23)

drawProteins (213)

dreamlet (123)

DRIMSeq (296)

DriverNet (121)

DropletUtils (2398)

drugTargetInteractions (105)

DrugVsDisease (146)

dSimer (12)

DSS (726)

dStruct (93)

DTA (128)

dualKS (50)

Dune (93)

DupChecker (24)

DuplexDiscovereR (44)

dupRadar (174)

dyebias (152)

DynDoc (1395)

E

easier (137)

EasyCellType (121)

easylift (93)

EasyqpcR (44)

easyreporting (105)

easyRNASeq (174)

EBarrays (195)

EBcoexpress (143)

EBImage (2734)

EBSEA (108)

EBSeq (382)

EBSeqHMM (57)

ecolitk (161)

EDASeq (1592)

edd (21)

EDDA (36)

edge (161)

edgeR (23701)

EDIRquery (87)

eds (373)

eegc (46)

EGAD (128)

EGSEA (270)

eiR (127)

eisa (55)

eisaR (155)

ELBOW (35)

ELMER (231)

ELViS (11)

EMDomics (147)

EmpiricalBrownsMethod (138)

ENCODExplorer (35)

EnhancedVolcano (5488)

enhancerHomologSearch (87)

EnMCB (108)

ENmix (325)

EnrichDO (53)

EnrichedHeatmap (601)

EnrichmentBrowser (522)

enrichplot (20654)

enrichTF (33)

enrichViewNet (92)

ensembldb (9527)

ensemblVEP (103)

ENVISIONQuery (40)

epialleleR (108)

EpiCompare (66)

epidecodeR (98)

EpiDISH (661)

epigenomix (134)

epigraHMM (105)

epihet (17)

EpiMix (99)

epimutacions (95)

epiNEM (126)

EpipwR (48)

epiregulon (84)

epiregulon.extra (88)

epistack (102)

epistasisGA (94)

EpiTxDb (101)

epivizr (153)

epivizrChart (116)

epivizrData (123)

epivizrServer (115)

epivizrStandalone (107)

erccdashboard (154)

erma (151)

ERSSA (113)

esATAC (129)

escape (447)

escheR (115)

esetVis (120)

eudysbiome (121)

evaluomeR (109)

EventPointer (127)

EWCE (283)

ExCluster (91)

ExiMiR (142)

exomeCopy (153)

exomePeak (43)

exomePeak2 (78)

exonmap (14)

ExperimentHub (7639)

ExperimentHubData (260)

ExperimentSubset (116)

explorase (43)

ExploreModelMatrix (240)

ExpressionAtlas (232)

ExpressionView (49)

exprExternal (2)

externalVector (15)

extraChIPs (124)

F

fabia (212)

facopy (23)

factDesign (146)

factR (100)

faers (109)

FamAgg (133)

famat (101)

farms (63)

fastLiquidAssociation (125)

FastqCleaner (130)

fastreeR (122)

fastseg (765)

fbat (12)

FCBF (42)

fCCAC (113)

fCI (124)

fcoex (21)

fcScan (112)

fdrame (139)

FEAST (161)

FeatSeekR (86)

fedup (100)

FELLA (179)

FEM (39)

fenr (91)

ffpe (139)

fgga (97)

FGNet (146)

fgsea (20977)

FilterFFPE (111)

findIPs (84)

FindIT2 (107)

FindMyFriends (34)

FISHalyseR (117)

fishpond (272)

FitHiC (132)

flagme (125)

FLAMES (116)

flipflop (31)

flowAI (544)

flowBeads (130)

flowBin (122)

flowcatchR (143)

flowCHIC (132)

flowCL (39)

flowClean (250)

flowClust (699)

flowCore (2435)

flowCut (156)

flowCyBar (112)

flowDensity (275)

flowFit (33)

flowFlowJo (25)

flowFP (181)

flowGate (121)

flowGraph (97)

flowMap (54)

flowMatch (135)

flowMeans (165)

flowMerge (157)

flowPeaks (196)

flowPhyto (17)

flowPloidy (114)

flowPlots (120)

flowQ (41)

flowQB (35)

FlowRepositoryR (32)

FlowSOM (1003)

flowSpecs (126)

flowSpy (8)

flowStats (457)

flowTime (121)

flowTrans (157)

flowType (42)

flowUtils (65)

flowViz (887)

flowVS (163)

flowWorkspace (1066)

fmcsR (256)

fmrs (144)

fobitools (109)

focalCall (29)

FoldGO (35)

FourCSeq (34)

FRASER (156)

frenchFISH (87)

FRGEpistasis (112)

frma (170)

frmaTools (140)

FScanR (15)

FunChIP (43)

FunciSNP (43)

funOmics (61)

funtooNorm (113)

FuseSOM (106)

G

G4SNVHunter (37)

GA4GHclient (111)

GA4GHshiny (106)

gaga (148)

gage (830)

gaggle (65)

gaia (46)

GAPGOM (18)

GAprediction (102)

garfield (107)

GARS (107)

GateFinder (107)

gatom (103)

gaucho (26)

GBScleanR (128)

gcapc (120)

gcatest (140)

gCMAP (41)

gCMAPWeb (34)

gCrisprTools (120)

gcrma (1084)

GCSConnection (10)

GCSFilesystem (9)

GCSscore (25)

GDCRNATools (229)

gDNAx (95)

gDR (82)

gDRcore (87)

gDRimport (89)

gDRstyle (91)

gDRutils (87)

GDSArray (236)

gdsfmt (2108)

GeDi (91)

geecc (37)

GEM (111)

gemini (95)

gemma.R (119)

genArise (129)

genbankr (67)

GENE.E (27)

gene2pathway (15)

GeneAccord (24)

GeneAnswers (58)

geneAttribution (122)

GeneBreak (122)

geneClassifiers (113)

GeneExpressionSignature (160)

genefilter (11540)

genefu (317)

GeneGA (110)

GeneGeneInteR (111)

GeneGroupAnalysis (10)

GeneMeta (169)

GeneNetworkBuilder (146)

GeneOverlap (636)

geneplast (146)

geneplotter (4398)

GeneR (18)

geneRecommender (142)

GeneRegionScan (155)

GeneRfold (7)

geneRxCluster (137)

GeneSelectMMD (141)

GeneSelector (43)

GENESIS (400)

GeneSpring (13)

GeneStructureTools (121)

geNetClassifier (156)

GeneticsBase (12)

GeneticsDesign (44)

GeneticsPed (158)

GeneTonic (302)

GeneTraffic (12)

GeneTS (7)

geneXtendeR (114)

GENIE3 (1353)

genoCN (119)

GenoGAM (24)

genomation (656)

GenomAutomorphism (93)

GenomeBase (2)

GenomeGraphs (58)

GenomeInfoDb (55129)

genomeIntervals (187)

genomes (141)

GenomicAlignments (22633)

GenomicDataCommons (974)

GenomicDistributions (152)

GenomicFeatures (17545)

GenomicFiles (1068)

genomicInstability (116)

GenomicInteractionNodes (96)

GenomicInteractions (399)

GenomicOZone (117)

GenomicPlot (108)

GenomicRanges (45414)

GenomicScores (600)

GenomicSuperSignature (117)

GenomicTuples (128)

Genominator (48)

genoset (48)

genotypeeval (38)

GenoView (16)

genphen (20)

GenProSeq (90)

GenRank (14)

GenVisR (307)

GeoDiff (112)

GEOexplorer (113)

GEOfastq (121)

GEOmetadb (278)

geomeTriD (51)

GeomxTools (380)

GEOquery (9882)

GEOsearch (15)

GEOsubmission (139)

GeoTcgaData (210)

gep2pep (107)

gespeR (79)

getDEE2 (102)

geva (104)

GEWIST (114)

geyser (26)

gff3Plotter (3)

gg4way (88)

GGBase (55)

ggbio (1782)

ggcyto (787)

ggkegg (534)

ggmanh (278)

ggmsa (556)

GGPA (97)

ggsc (136)

ggseqalign (60)

ggspavis (227)

GGtools (63)

ggtree (22433)

ggtreeDendro (102)

ggtreeExtra (1159)

ggtreeSpace (82)

GIGSEA (101)

ginmappeR (83)

gINTomics (67)

girafe (166)

GISPA (35)

GLAD (219)

GladiaTOX (104)

Glimma (1018)

glmGamPoi (4958)

glmSparseNet (233)

GlobalAncova (994)

globalSeq (111)

globaltest (1765)

GloScope (96)

gmapR (165)

GmicR (106)

gmoviz (103)

GMRP (110)

GNET2 (100)

GNOSIS (90)

goCluster (2)

GOexpress (154)

GOfuncR (341)

GOFunction (43)

GoogleGenomics (22)

GOpro (162)

goProfiles (161)

GOSemSim (19378)

goseq (1444)

GOSim (83)

goSorensen (99)

goSTAG (124)

GOstats (1312)

GOsummaries (56)

GOTHiC (138)

goTools (146)

GPA (101)

gpart (22)

gpls (263)

gprege (38)

gpuMagic (97)

gQTLBase (32)

gQTLstats (36)

GrafGen (79)

gramm4R (9)

GRaNIE (125)

granulator (159)

graper (104)

graph (19396)

GraphAlignment (123)

GraphAT (160)

graphite (3174)

GraphPAC (93)

GRENITS (120)

GreyListChIP (984)

GRmetrics (149)

groHMM (123)

GRridge (32)

GSALightning (100)

GSAR (167)

GSCA (129)

gscreend (111)

GSEABase (8736)

GSEABenchmarkeR (130)

GSEAlm (157)

GSEAmining (110)

gsean (113)

GSgalgoR (104)

GSReg (124)

GSRI (137)

GSVA (7270)

gtrellis (171)

GUIDEseq (138)

Guitar (195)

Gviz (3185)

GWAS.BAYES (109)

gwascat (599)

GWASTools (647)

gwasurvivr (139)

GWENA (257)

gypsum (3028)

H

h5mread (433)

h5vc (155)

hapFabia (139)

Harman (179)

HarmonizR (103)

Harshlight (142)

hca (104)

HCABrowser (8)

HCAExplorer (6)

HCAMatrixBrowser (2)

HCsnip (32)

HDF5Array (14682)

HDTD (108)

hdxmsqc (70)

heatmaps (293)

Heatplus (458)

HelloRanges (133)

HELP (140)

HEM (147)

hermes (269)

HERON (85)

Herper (152)

hexbin (53)

HGC (105)

hiAnnotator (136)

HIBAG (176)

HicAggR (80)

HiCBricks (164)

HiCcompare (243)

HiCDCPlus (134)

HiCDOC (105)

HiCExperiment (171)

HiContacts (162)

HiCool (99)

HiCParser (18)

hicrep (10)

hicVennDiagram (91)

hierGWAS (126)

hierinf (91)

HilbertCurve (153)

HilbertVis (205)

HilbertVisGUI (97)

HiLDA (112)

hipathia (219)

HIPPO (100)

hiReadsProcessor (134)

HIREewas (107)

HiTC (206)

hmdbQuery (128)

HMMcopy (364)

HoloFoodR (60)

hoodscanR (124)

hopach (303)

HPAanalyze (196)

hpar (279)

HPAStainR (12)

HPiP (104)

HTqPCR (103)

HTSanalyzeR (47)

HTSeqGenie (51)

htSeqTools (44)

HTSFilter (227)

HuBMAPR (47)

HubPub (152)

HumanTranscriptomeCompendium (51)

hummingbird (94)

HybridExpress (95)

HybridMTest (164)

hypeR (157)

hyperdraw (151)

hypergraph (176)

I

iASeq (116)

iasva (119)

iBBiG (153)

ibh (126)

iBMQ (103)

iCARE (172)

Icens (402)

icetea (104)

iCheck (121)

iChip (143)

iClusterPlus (428)

iCNV (116)

iCOBRA (310)

ideal (137)

IdeoViz (141)

idiogram (149)

IdMappingAnalysis (42)

IdMappingRetrieval (40)

idpr (115)

idr2d (107)

IFAA (92)

iFlow (9)

iGC (125)

IgGeneUsage (104)

igvR (159)

igvShiny (98)

IHW (662)

illuminaio (2689)

ILoReg (105)

imageHTS (61)

imageTCGA (7)

IMAS (107)

imcRtools (258)

Imetagene (32)

IMMAN (105)

immApex (40)

ImmuneSpaceR (36)

immunoClust (128)

immunogenViewer (57)

immunotation (106)

IMPCdata (107)

ImpulseDE (12)

ImpulseDE2 (20)

impute (10571)

INDEED (89)

iNETgrate (94)

infercnv (1188)

infinityFlow (122)

Informeasure (97)

InPAS (136)

INPower (130)

inSilicoDb (30)

inSilicoMerging (32)

INSPEcT (128)

INTACT (90)

InTAD (113)

intansv (138)

interacCircos (103)

InteractionSet (1737)

InteractiveComplexHeatmap (423)

interactiveDisplay (154)

interactiveDisplayBase (4163)

InterCellar (117)

IntEREst (109)

InterMineR (89)

IntOMICS (9)

IntramiRExploreR (110)

inveRsion (37)

IONiseR (139)

iontree (30)

iPAC (94)

iPath (90)

ipdDb (190)

IPO (219)

IPPD (40)

IRanges (55450)

IRISFGM (20)

IrisSpatialFeatures (5)

ISAnalytics (85)

iSEE (487)

iSEEde (102)

iSEEfier (89)

iSEEhex (135)

iSEEhub (187)

iSEEindex (92)

iSEEpathways (93)

iSEEtree (92)

iSEEu (151)

iSeq (119)

ISLET (104)

islify (6)

iSNetwork (4)

isobar (159)

IsoBayes (89)

IsoCorrectoR (137)

IsoCorrectoRGUI (105)

IsoformSwitchAnalyzeR (299)

IsoGeneGUI (54)

ISoLDE (98)

isomiRs (167)

iSPlot (6)

ITALICS (135)

iterativeBMA (142)

iterativeBMAsurv (124)

iterClust (33)

iteremoval (18)

IVAS (129)

ivygapSE (116)

IWTomics (131)

J

jazzPanda (15)

jmosaics (25)

joda (41)

JunctionSeq (21)

K

karyoploteR (771)

katdetectr (103)

KBoost (88)

KCsmart (145)

kebabs (168)

KEGGgraph (5263)

KEGGlincs (120)

keggorth (7)

keggorthology (247)

KEGGprofile (48)

KEGGREST (36631)

KEGGSOAP (24)

kimod (16)

KinSwingR (108)

kissDE (105)

kmcut (61)

KnowSeq (115)

knowYourCG (82)

koinar (53)

L

LACE (190)

lapmix (110)

LBE (221)

ldblock (152)

LEA (647)

LedPred (107)

lefser (548)

lemur (111)

les (138)

levi (92)

lfa (307)

Lheuristic (9)

limma (35180)

limmaGUI (160)

limpa (12)

limpca (85)

LimROTS (14)

LINC (14)

LineagePulse (29)

lineagespot (90)

LinkHD (118)

Linnorm (183)

LinTInd (96)

lionessR (115)

lipidr (162)

LiquidAssociation (135)

lisaClust (171)

lmdme (134)

LMGene (49)

LOBSTAHS (145)

loci2path (117)

logicFS (158)

logitT (58)

Logolas (15)

lol (31)

LOLA (236)

LoomExperiment (626)

LowMACA (36)

LPE (148)

LPEadj (68)

lpNet (125)

lpsymphony (856)

LRBaseDbi (115)

LRcell (98)

lumi (1201)

lute (79)

LVSmiRNA (38)

LymphoSeq (128)

M

M3C (605)

M3D (28)

M3Drop (558)

m6Aboost (93)

maanova (71)

Maaslin2 (921)

maaslin3 (30)

Macarron (131)

macat (74)

maCorrPlot (130)

MACPET (18)

MACSQuantifyR (90)

MACSr (132)

maDB (24)

made4 (302)

MADSEQ (114)

maftools (2523)

MAGAR (107)

MAGeCKFlute (325)

magpie (88)

magrene (98)

MAI (104)

maigesPack (78)

MAIT (197)

makecdfenv (218)

makePlatformDesign (10)

MANOR (153)

manta (43)

MantelCorr (120)

MAPFX (85)

mAPKL (42)

maPredictDSC (123)

mapscape (94)

mariner (91)

marr (102)

marray (1700)

martini (112)

maser (160)

maSigPro (350)

maskBAD (134)

MassArray (120)

massiR (134)

MassSpecWavelet (1697)

MAST (2064)

mastR (187)

matchBox (113)

matchprobes (13)

MatrixGenerics (42243)

MatrixQCvis (196)

MatrixRider (114)

matter (249)

MaxContrastProjection (15)

MBAmethyl (104)

MBASED (128)

MBCB (132)

MBECS (111)

mbkmeans (369)

mbOmic (9)

mBPCR (139)

MBQN (102)

mbQTL (82)

MBttest (114)

mcaGUI (47)

MCbiclust (120)

MCRestimate (50)

mCSEA (141)

mdgsa (34)

mdp (112)

mdqc (142)

MDTS (100)

MEAL (147)

MeasurementError.cor (127)

MEAT (108)

MEB (103)

MEDIPS (184)

MEDME (131)

megadepth (178)

MEIGOR (139)

Melissa (109)

memes (253)

MergeMaid (53)

Mergeomics (126)

MeSHDbi (227)

meshes (188)

meshr (154)

MeSHSim (17)

MesKit (128)

messina (124)

metaArray (54)

Metab (133)

metabCombiner (156)

metabinR (88)

MetaboAnnotation (279)

MetaboCoreUtils (1746)

MetaboDynamics (23)

metabolomicsWorkbenchR (124)

metabomxtr (120)

MetaboSignal (156)

metaCCA (137)

MetaCyto (119)

metagene (50)

metagene2 (127)

metagenomeFeatures (31)

metagenomeSeq (1552)

metahdep (130)

metaMS (223)

MetaNeighbor (149)

MetaPhOR (104)

metapod (4666)

metapone (100)

metaSeq (139)

metaseqR (38)

metaseqR2 (121)

metavizr (25)

MetaVolcanoR (50)

metaX (14)

MetCirc (127)

MethCP (17)

methimpute (115)

methInheritSim (116)

methodical (67)

MethPed (117)

MethReg (94)

methrix (134)

MethTargetedNGS (122)

methVisual (42)

methyAnalysis (48)

MethylAid (147)

methylCC (115)

methylclock (200)

methylGSA (166)

methyLImp2 (92)

methylInheritance (115)

methylKit (671)

MethylMix (161)

methylMnM (132)

methylPipe (142)

methylscaper (133)

MethylSeekR (205)

methylSig (119)

methylumi (1474)

methyvim (15)

MetID (113)

MetMashR (40)

MetNet (117)

mfa (142)

Mfuzz (1395)

MGFM (126)

MGFR (112)

MGnifyR (116)

mgsa (170)

mia (1412)

miaDash (9)

miaSim (119)

miaViz (321)

MiChip (131)

microbiome (1833)

microbiomeDASim (98)

microbiomeExplorer (118)

microbiomeMarker (387)

MicrobiomeProfiler (160)

MicrobiotaProcess (498)

microRNA (234)

microSTASIS (95)

MICSQTL (86)

midasHLA (98)

MIGSA (25)

miloR (466)

mimager (108)

MIMOSA (45)

mina (88)

MineICA (141)

minet (670)

minfi (2250)

MinimumDistance (154)

MiPP (147)

miQC (156)

MIRA (114)

MiRaGE (143)

miRBaseConverter (176)

miRcomp (131)

mirIntegrator (126)

MIRit (93)

miRLAB (132)

miRmine (51)

miRNAmeConverter (121)

miRNApath (128)

miRNAtap (191)

miRSM (110)

miRsponge (9)

miRspongeR (99)

Mirsynergy (32)

mirTarRnaSeq (110)

missMethyl (1099)

missRows (109)

mist (11)

mistyR (157)

mitch (105)

mitoClone2 (114)

mitology (7)

mitoODE (32)

mixOmics (2837)

MLInterfaces (403)

mlm4omics (5)

MLP (180)

MLSeq (176)

MMAPPR2 (24)

MMDiff (29)

MMDiff2 (119)

mmgmos (4)

mmnet (27)

MmPalateMiRNA (43)

MMUPHin (199)

mnem (123)

moanin (208)

mobileRNA (79)

MobilityTransformR (59)

MODA (113)

ModCon (90)

Modstrings (126)

MOFA (11)

MOFA2 (589)

MOGAMUN (97)

mogsa (271)

MoleculeExperiment (113)

MOMA (109)

monaLisa (198)

monocle (3300)

Moonlight2R (86)

MoonlightR (131)

MoPS (28)

mosaics (223)

mosbi (100)

MOSClip (47)

mosdef (216)

MOSim (120)

Motif2Site (100)

motifbreakR (196)

motifcounter (110)

MotifDb (578)

motifmatchr (1282)

MotifPeeker (28)

motifRG (41)

motifStack (636)

motifTestR (101)

MotIV (57)

MouseFM (191)

MPAC (60)

MPFE (107)

mpra (129)

MPRAnalyze (121)

MQmetrics (16)

mQTL.NMR (30)

msa (1916)

MSA2dist (134)

MsBackendMassbank (111)

MsBackendMetaboLights (55)

MsBackendMgf (473)

MsBackendMsp (383)

MsBackendRawFileReader (102)

MsBackendSql (107)

MsCoreUtils (3468)

MsDataHub (127)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1315)

MsFeatures (1357)

msgbsR (106)

MSGFgui (37)

MSGFplus (34)

msImpute (240)

mslp (83)

msmsEDA (270)

msmsTests (271)

MSnbase (3007)

MSnID (319)

mspms (29)

MSPrep (185)

msPurity (128)

msqrob2 (199)

MsQuality (96)

MSstats (511)

MSstatsBig (87)

MSstatsBioNet (19)

MSstatsConvert (433)

MSstatsLiP (117)

MSstatsLOBD (99)

MSstatsPTM (202)

MSstatsQC (119)

MSstatsQCgui (100)

MSstatsSampleSize (25)

MSstatsShiny (135)

MSstatsTMT (269)

MSstatsTMTPTM (5)

MTseeker (6)

MuData (113)

Mulcom (144)

MultiAssayExperiment (6222)

MultiBaC (122)

multiClust (131)

multicrispr (102)

MultiDataSet (1157)

multiGSEA (174)

multiHiCcompare (158)

MultiMed (122)

multiMiR (334)

MultimodalExperiment (87)

multiOmicsViz (45)

MultiRNAflow (105)

multiscan (135)

multiSight (15)

multistateQTL (77)

multiWGCNA (131)

multtest (11783)

mumosa (113)

MungeSumstats (875)

muscat (545)

muscle (393)

musicatk (122)

MutationalPatterns (308)

MVCClass (162)

mvGST (27)

MWASTools (160)

mygene (356)

myvariant (137)

mzID (2921)

mzR (3139)

N

NADfinder (114)

NanoMethViz (133)

NanoStringDiff (148)

NanoStringNCTools (374)

NanoStringQCPro (47)

nanotatoR (27)

NanoTube (128)

NarrowPeaks (39)

NBAMSeq (196)

NBSplice (20)

ncdfFlow (1026)

ncGTW (178)

NCIgraph (102)

ncRNAtools (105)

ndexr (116)

neaGUI (22)

nearBynding (98)

Nebulosa (1230)

NeighborNet (33)

nem (63)

nempi (97)

NetActivity (93)

netbenchmark (26)

netbiov (57)

netboost (101)

netboxr (18)

netDx (46)

nethet (137)

netOmics (22)

NetPathMiner (120)

netprioR (100)

netReg (16)

netresponse (145)

NetSAM (162)

netSmooth (124)

networkBMA (50)

netZooR (90)

NeuCA (50)

NewWave (113)

NGScopy (28)

ngsReports (128)

nipalsMCIA (100)

nnNorm (147)

nnSVG (193)

NOISeq (587)

nondetects (62)

NoRCE (105)

normalize450K (110)

NormalyzerDE (216)

NormqPCR (212)

normr (177)

NPARC (123)

npGSEA (127)

NTW (123)

nucleoSim (115)

nucleR (162)

nuCpos (104)

nudge (42)

nullranges (197)

NuPoP (143)

NxtIRFcore (14)

O

occugene (124)

OCplus (162)

octad (95)

ODER (10)

odseq (112)

OGRE (97)

OGSA (27)

oligo (1886)

oligoClasses (1597)

OLIN (158)

OLINgui (141)

omada (90)

OmaDB (228)

omicade4 (207)

OmicCircos (238)

omicplotR (114)

omicRexposome (119)

OmicsLonDA (26)

OmicsMarkeR (27)

OmicsMLRepoR (44)

OMICsPCA (112)

omicsPrint (122)

omicsViewer (100)

Omixer (105)

OmnipathR (783)

ompBAM (140)

omXplore (53)

Onassis (22)

oncomix (113)

oncoscanR (104)

OncoScore (116)

OncoSimulR (132)

oneChannelGUI (54)

oneSENSE (32)

onlineFDR (88)

ontoCAT (36)

ontoProc (235)

ontoTools (23)

openCyto (612)

openPrimeR (174)

openPrimeRui (56)

OpenStats (89)

OperaMate (17)

oposSOM (163)

oppar (119)

oppti (96)

optimalFlow (106)

OPWeight (109)

OrderedList (149)

ORFhunteR (102)

ORFik (193)

Organism.dplyr (392)

OrganismDbi (2575)

orthogene (369)

orthos (100)

OSAT (153)

Oscope (134)

OSTA.data (12)

OTUbase (132)

OutlierD (50)

OUTRIDER (207)

OutSplice (86)

OVESEG (120)

P

PAA (139)

packFinder (114)

padma (110)

PADOG (312)

pageRank (87)

PAIRADISE (144)

paircompviz (124)

pairedGSEA (77)

pairkat (128)

pairseqsim (3)

pamr (23)

pandaR (165)

panelcn.mops (116)

PAnnBuilder (45)

PanomiR (100)

panp (164)

PANR (134)

PanViz (48)

PanVizGenerator (25)

PAPi (35)

pareg (54)

parglms (119)

parody (148)

partCNV (83)

PAST (104)

Path2PPI (129)

pathifier (140)

pathlinkR (116)

pathMED (6)

PathNet (137)

PathoStat (190)

pathprint (14)

pathRender (143)

pathVar (38)

pathview (4566)

pathwayPCA (126)

PathwaySplice (14)

PatientGeneSets (6)

paxtoolsr (108)

Pbase (30)

pbcmc (10)

pcaExplorer (366)

pcaGoPromoter (34)

pcaMethods (5028)

PCAN (124)

PCAtools (1217)

pcot2 (63)

PCpheno (49)

pcxn (48)

PDATK (175)

pdInfoBuilder (181)

pdmclass (47)

PeacoQC (260)

peakPantheR (104)

PECA (137)

peco (105)

Pedixplorer (81)

pengls (88)

PepSetTest (56)

PepsNMR (146)

pepStat (122)

pepXMLTab (125)

PERFect (28)

periodicDNA (102)

perturbatr (15)

pfamAnalyzeR (267)

PFP (14)

PGA (30)

pgca (92)

PGSEA (86)

pgUtils (14)

pgxRpi (88)

phantasus (222)

phantasusLite (102)

PharmacoGx (244)

phemd (26)

phenoDist (31)

PhenoGeneRanker (81)

phenomis (103)

phenopath (138)

phenoTest (156)

PhenStat (128)

philr (195)

PhIPData (111)

phosphonormalizer (96)

PhosR (167)

PhyloProfile (115)

phyloseq (5501)

Pi (45)

piano (358)

PICB (23)

pickgene (121)

PICS (153)

Pigengene (135)

PING (140)

pint (36)

pipeComp (107)

pipeFrame (143)

PIPETS (81)

Pirat (56)

PIUMA (84)

pkgDepTools (68)

planet (220)

planttfhunter (113)

plasmut (83)

plateCore (44)

plethy (48)

plgem (164)

plier (181)

PloGO2 (31)

plotgardener (230)

plotGrouper (98)

PLPE (136)

plrs (35)

PLSDAbatch (103)

plw (52)

plyinteractions (97)

plyranges (1073)

plyxp (45)

pmm (114)

pmp (156)

PoDCall (79)

podkat (135)

poem (15)

pogos (143)

polyester (122)

Polyfit (33)

PolySTest (55)

Polytect (29)

POMA (218)

POST (16)

PoTRA (14)

PowerExplorer (14)

powerTCR (306)

POWSC (108)

ppcseq (104)

PPInfer (220)

ppiStats (64)

pqsfinder (165)

prada (60)

pram (113)

prebs (120)

preciseTAD (106)

PrecisionTrialDrawer (18)

PREDA (146)

predictionet (45)

preprocessCore (14353)

primirTSS (100)

PrInCE (109)

Prize (25)

proActiv (117)

proBAMr (121)

proBatch (29)

PROcess (160)

procoil (138)

ProCoNA (30)

proDA (255)

proFIA (28)

profileplyr (257)

profileScoreDist (107)

progeny (479)

projectR (125)

pRoloc (272)

pRolocGUI (161)

PROMISE (135)

PRONE (51)

PROPER (156)

PROPS (106)

Prostar (141)

prot2D (25)

proteasy (23)

proteinProfiles (109)

ProteoDisco (96)

ProteomicsAnnotationHubData (27)

ProteoMM (125)

proteoQC (32)

protGear (102)

ProtGenerics (11243)

PSEA (53)

psichomics (114)

PSICQUIC (43)

PSMatch (2178)

psygenet2r (92)

ptairMS (90)

PubScore (13)

pulsedSilac (14)

puma (172)

PureCN (210)

pvac (135)

pvca (289)

Pviz (124)

pwalign (6295)

PWMEnrich (224)

pwOmics (157)

pwrEWAS (24)

Q

qckitfastq (118)

qcmetrics (139)

QDNAseq (314)

QFeatures (2636)

qmtools (102)

qpcrNorm (147)

qpgraph (199)

qPLEXanalyzer (108)

qrqc (50)

QRscore (6)

qsea (121)

qsmooth (185)

QSutils (178)

qsvaR (189)

QTLExperiment (92)

Qtlizer (103)

QUALIFIER (39)

quantiseqr (572)

quantro (248)

quantsmooth (654)

QuartPAC (77)

QuasR (350)

QuaternaryProd (118)

QUBIC (166)

qusage (409)

qvalue (19255)

R

R3CPET (108)

r3Cseq (152)

R453Plus1Toolbox (153)

R4RNA (652)

RadioGx (106)

raer (84)

RaggedExperiment (757)

RAIDS (87)

rain (159)

rama (49)

RamiGO (31)

ramr (102)

ramwas (138)

RandomWalkRestartMH (45)

randPack (129)

randRotation (94)

RankProd (279)

RAREsim (86)

RareVariantVis (127)

Rariant (41)

Rarr (192)

rawDiag (90)

rawrr (200)

RbcBook1 (215)

Rbec (94)

RBGL (8969)

RBioFormats (262)

RBioinf (151)

rBiopaxParser (195)

rBLAST (196)

RBM (125)

Rbowtie (429)

Rbowtie2 (266)

rbsurv (153)

Rbwa (99)

Rcade (53)

RCAS (148)

RCASPAR (113)

rcellminer (152)

rCGH (143)

Rchemcpp (31)

RchyOptimyx (41)

RcisTarget (1204)

RCM (116)

Rcollectl (55)

Rcpi (175)

RCSL (105)

Rcwl (100)

RcwlPipelines (105)

RCX (107)

RCy3 (791)

RCyjs (131)

RCytoscape (33)

RDAVIDWebService (61)

Rdbi (18)

RdbiPgSQL (13)

rDGIdb (76)

Rdisop (451)

RDRToolbox (186)

ReactomeContentService4R (91)

ReactomeGraph4R (46)

ReactomeGSA (259)

ReactomePA (2860)

readat (16)

ReadqPCR (233)

reb (51)

REBET (105)

rebook (178)

receptLoss (95)

reconsi (91)

recount (372)

recount3 (301)

recountmethylation (118)

recoup (119)

RedeR (300)

RedisParam (92)

REDseq (150)

ReducedExperiment (26)

RefNet (31)

RefPlus (81)

RegEnrich (113)

regionalpcs (98)

RegionalST (78)

regioneR (1717)

regioneReloaded (99)

regionReport (180)

regsplice (107)

regutools (109)

REMP (114)

Repitools (297)

ReportingTools (540)

reposTools (2)

RepViz (102)

ReQON (58)

ResidualMatrix (3802)

RESOLVE (88)

Resourcerer (22)

restfulSE (121)

retrofit (87)

ReUseData (87)

rexposome (139)

rfaRm (98)

Rfastp (188)

RFLOMICS (9)

rflowcyt (19)

rfPred (132)

rGADEM (370)

RGalaxy (43)

rGenomeTracks (100)

Rgin (18)

RGMQL (45)

RgnTX (93)

rgoslin (154)

RGraph2js (118)

Rgraphviz (9032)

rGREAT (626)

RGSEA (139)

rgsepd (116)

rhdf5 (21017)

rhdf5client (146)

rhdf5filters (20613)

Rhdf5lib (22946)

rhinotypeR (46)

Rhisat2 (212)

Rhtslib (23738)

rHVDM (49)

RiboCrypt (93)

RiboDiPA (105)

RiboProfiling (150)

ribor (110)

riboSeqR (140)

ribosomeProfilingQC (123)

rifi (93)

rifiComparative (89)

Rigraphlib (32)

rigvf (10)

RImmPort (95)

Ringo (142)

Rintact (9)

RIPAT (27)

RIPSeeker (48)

Risa (190)

RITAN (117)

RIVER (116)

RJMCMCNucleosomes (115)

RLassoCox (101)

RLMM (133)

RLSeq (20)

RMAGEML (11)

Rmagpie (145)

RMAPPER (15)

RMassBank (174)

rMAT (44)

rmelting (108)

RmiR (46)

Rmmquant (110)

rmspc (88)

RNAAgeCalc (119)

RNAdecay (97)

rnaEditr (109)

RNAinteract (75)

RNAither (55)

RNAmodR (103)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (100)

RNAmodR.ML (104)

RNAmodR.RiboMethSeq (106)

RNAprobR (30)

RNAsense (97)

rnaseqcomp (133)

RNAseqCovarImpute (85)

rnaSeqMap (44)

RNASeqPower (225)

RNASeqR (15)

RnaSeqSampleSize (150)

RnBeads (306)

Rnits (124)

roar (133)

roastgsa (90)

ROC (1101)

ROCpAI (91)

RolDE (106)

Roleswitch (37)

Rolexa (30)

rols (415)

ROntoTools (190)

ropls (1147)

ROSeq (115)

ROTS (246)

RPA (133)

rprimer (118)

RProtoBufLib (2334)

RpsiXML (61)

rpx (337)

Rqc (309)

rqt (85)

rqubic (149)

rRDP (133)

Rredland (9)

RRHO (147)

rrvgo (539)

Rsamtools (23411)

rsbml (174)

rScudo (105)

rsemmed (94)

RSeqAn (138)

rSFFreader (33)

RSNPper (11)

Rsubread (2089)

RSVSim (131)

rSWeeP (105)

rTANDEM (40)

RTCA (136)

RTCGA (469)

RTCGAToolbox (474)

RTN (213)

RTNduals (117)

RTNsurvival (112)

RTools4TB (7)

RTopper (143)

Rtpca (116)

rtracklayer (20143)

Rtreemix (148)

rTRM (172)

rTRMui (125)

RUCova (8)

runibic (115)

Ruuid (18)

RUVcorr (125)

RUVnormalize (132)

RUVSeq (860)

Rvisdiff (88)

RVS (105)

RWebServices (24)

rWikiPathways (375)

S

S4Arrays (40396)

S4Vectors (55762)

safe (606)

SAGElyzer (7)

sagenhaft (136)

SAGx (58)

SAIGEgds (150)

samExploreR (14)

sampleClassifier (112)

SamSPECTRAL (176)

sangeranalyseR (243)

sangerseqR (776)

SANTA (117)

sapFinder (36)

saps (15)

SARC (86)

sarks (98)

saseR (71)

satuRn (295)

savR (36)

SBGNview (198)

sbgr (11)

SBMLR (142)

SC3 (356)

Scale4C (128)

ScaledMatrix (12444)

scAlign (18)

SCAN.UPC (148)

scanMiR (114)

scanMiRApp (98)

scAnnotatR (208)

SCANVIS (113)

SCArray (114)

SCArray.sat (96)

SCATE (18)

scater (7107)

scatterHatch (94)

scBFA (108)

SCBN (112)

scBubbletree (103)

scCB2 (102)

scClassifR (6)

scClassify (157)

sccomp (141)

scDataviz (121)

scDblFinder (1708)

scDD (173)

scDDboost (96)

scde (425)

scDesign3 (114)

scDiagnostics (53)

scDotPlot (78)

scds (475)

SCFA (98)

scFeatureFilter (110)

scFeatures (94)

scfind (13)

scGPS (133)

schex (164)

scHiCcompare (8)

scHOT (112)

scider (91)

scifer (97)

ScISI (59)

scMAGeCK (12)

scmap (257)

scMerge (480)

scMET (93)

scmeth (108)

scMitoMut (82)

scMultiSim (89)

SCnorm (157)

scone (152)

Sconify (110)

SCOPE (116)

scoreInvHap (113)

scoup (45)

scp (250)

scPCA (134)

scPipe (137)

scQTLtools (23)

scran (4645)

scrapper (80)

scReClassify (113)

scRecover (112)

screenCounter (92)

ScreenR (90)

scRepertoire (664)

scRNAseqApp (95)

scruff (113)

scry (303)

scShapes (92)

scsR (34)

scTensor (108)

scTGIF (205)

scTHI (96)

scTreeViz (101)

scuttle (9098)

scviR (84)

SDAMS (114)

seahtrue (55)

sechm (214)

segmenter (106)

segmentSeq (149)

selectKSigs (96)

SELEX (136)

SemDist (127)

semisup (107)

SemSim (5)

SEPA (21)

SEPIRA (31)

seq.hotSPOT (83)

seq2pathway (222)

seqArchR (94)

seqArchRplus (86)

SeqArray (896)

seqbias (56)

seqCAT (119)

seqCNA (57)

seqcombo (102)

SeqGate (102)

SeqGSEA (241)

seqLogo (3587)

seqPattern (742)

seqplots (40)

seqsetvis (133)

SeqSQC (203)

seqTools (160)

SeqVarTools (467)

SEraster (7)

sesame (826)

SEtools (210)

sevenbridges (127)

sevenC (109)

SGCP (166)

SGSeq (315)

SharedObject (132)

shiny.gosling (94)

shinyDSP (8)

shinyepico (102)

shinyMethyl (165)

shinyTANDEM (33)

ShortRead (5993)

SIAMCAT (173)

SICtools (114)

sigaR (37)

SigCheck (114)

sigFeature (311)

SigFuge (134)

siggenes (3096)

sights (123)

signatureSearch (198)

signeR (128)

signet (10)

signifinder (74)

sigPathway (66)

SigsPack (96)

sigsquared (122)

SIM (144)

SIMAT (128)

SimBindProfiles (55)

SimBu (191)

SIMD (102)

SimFFPE (96)

similaRpeak (131)

SIMLR (197)

simona (346)

simPIC (80)

simpleaffy (106)

simpleSeg (113)

simplifyEnrichment (1015)

simulatorAPMS (13)

simulatorZ (32)

sincell (132)

single (40)

SingleCellAlleleExperiment (95)

SingleCellExperiment (16257)

SingleCellSignalR (240)

singleCellTK (344)

SingleMoleculeFootprinting (103)

SingleR (4339)

singscore (1514)

SiPSiC (94)

SISPA (41)

sitadela (95)

Site2Target (9)

sitePath (112)

sizepower (137)

SJava (20)

sketchR (95)

skewr (119)

slalom (145)

SLGI (61)

slingshot (1571)

slinky (19)

SLqPCR (140)

SMAD (99)

SMAP (67)

smartid (93)

SMITE (108)

smoothclust (90)

smoppix (23)

SNAGEE (125)

snapCGH (70)

snapcount (107)

snifter (171)

snm (167)

SNPchip (53)

SNPediaR (101)

SNPhood (127)

snpMatrix (15)

SNPRelate (1715)

snpStats (2026)

soGGi (372)

sojourner (20)

SomatiCA (25)

SomaticSignatures (193)

SOMNiBUS (84)

sosta (28)

SpaceMarkers (81)

SpacePAC (98)

spacexr (14)

spade (28)

Spaniel (124)

SpaNorm (53)

sparrow (390)

SparseArray (42526)

sparseDOSSA (33)

sparseMatrixStats (15413)

sparsenetgls (98)

SparseSignatures (117)

spaSim (100)

SpatialCPie (131)

spatialDE (139)

SpatialDecon (232)

SpatialExperiment (5024)

SpatialExperimentIO (31)

spatialFDA (43)

SpatialFeatureExperiment (230)

spatialHeatmap (236)

SpatialOmicsOverlay (104)

spatialSimGP (43)

spatzie (89)

speckle (267)

specL (131)

SpeCond (153)

Spectra (1858)

SpectralTAD (127)

SpectraQL (50)

SPEM (148)

SPIA (573)

SPIAT (162)

spicyR (203)

SpidermiR (33)

spikeLI (121)

spiky (94)

spillR (85)

spkTools (137)

splatter (452)

splicegear (49)

spliceR (30)

spliceSites (33)

SpliceWiz (161)

SplicingFactory (94)

SplicingGraphs (157)

SplineDV (32)

splineTCDiffExpr (1)

splineTimeR (131)

SPLINTER (99)

splots (188)

SPONGE (109)

spoon (83)

SpotClean (132)

SPOTlight (302)

spotSegmentation (41)

SpotSweeper (86)

spqn (102)

SPsimSeq (194)

SQLDataFrame (106)

SQUADD (48)

squallms (56)

sRACIPE (119)

SRAdb (462)

sRAP (43)

SRGnet (16)

srnadiff (91)

sscore (63)

sscu (111)

sSeq (192)

ssize (165)

sSNAPPY (191)

SSPA (113)

ssPATHS (104)

ssrch (104)

ssviz (134)

StabMap (46)

stageR (222)

stam (9)

STAN (43)

standR (172)

staRank (74)

StarBioTrek (34)

Starr (48)

STATegRa (135)

Statial (116)

statTarget (151)

STdeconvolve (138)

stepNorm (141)

stepwiseCM (35)

stJoincount (104)

strandCheckR (111)

Streamer (136)

STRINGdb (1404)

STROMA4 (31)

struct (171)

Structstrings (121)

structToolbox (162)

StructuralVariantAnnotation (215)

SubCellBarCode (114)

subSeq (139)

SUITOR (87)

SummarizedBenchmark (34)

SummarizedExperiment (40868)

Summix (96)

supersigs (188)

supraHex (346)

surfaltr (99)

SurfR (75)

survClust (62)

survcomp (1373)

survtype (105)

Sushi (74)

sva (7365)

svaNUMT (91)

SVAPLSseq (12)

svaRetro (96)

SVM2CRM (25)

SVMDO (101)

SVP (12)

SWATH2stats (122)

SwathXtend (111)

swfdr (122)

SwimR (30)

switchBox (144)

switchde (112)

synapsis (93)

synapter (183)

synergyfinder (260)

SynExtend (110)

synlet (121)

SynMut (102)

syntenet (138)

systemPipeR (1183)

systemPipeShiny (115)

systemPipeTools (101)

T

tadar (90)

TADCompare (126)

tanggle (121)

TAPseq (114)

target (113)

TargetDecoy (113)

TargetScore (139)

TargetSearch (143)

TarSeqQC (39)

TaxSEA (7)

TBSignatureProfiler (99)

TCC (269)

TCGAbiolinks (4745)

TCGAbiolinksGUI (34)

TCGAutils (652)

TCseq (587)

TDARACNE (47)

TDbasedUFE (93)

TDbasedUFEadv (94)

TEKRABber (185)

TENET (9)

TENxIO (110)

tenXplore (95)

TEQC (151)

terapadog (15)

ternarynet (121)

terraTCGAdata (101)

TFARM (105)

TFBSTools (3255)

TFEA.ChIP (141)

TFHAZ (106)

TFutils (127)

tidybulk (343)

tidyCoverage (82)

tidyFlowCore (63)

tidyomics (106)

tidysbml (50)

tidySingleCellExperiment (246)

tidySpatialExperiment (96)

tidySummarizedExperiment (349)

tidytof (58)

tigre (151)

TileDBArray (126)

tilingArray (171)

timecourse (159)

timeOmics (136)

timescape (116)

TimeSeriesExperiment (21)

TimiRGeN (22)

TIN (126)

TissueEnrich (263)

TitanCNA (149)

tkWidgets (1403)

tLOH (94)

TMixClust (130)

TMSig (47)

TNBC.CMS (29)

TnT (89)

TOAST (447)

tofsims (21)

tomoda (108)

tomoseqr (95)

TOP (85)

ToPASeq (34)

topconfects (191)

topdownr (115)

topGO (2635)

ToxicoGx (111)

TPP (169)

TPP2D (108)

tpSVG (81)

tracktables (214)

trackViewer (610)

tradeSeq (577)

TrajectoryGeometry (85)

TrajectoryUtils (1888)

transcriptogramer (115)

transcriptR (125)

transformGamPoi (113)

transite (116)

tRanslatome (219)

transmogR (80)

transomics2cytoscape (117)

TransView (101)

TraRe (12)

traseR (131)

Travel (4)

traviz (65)

TreeAndLeaf (160)

treeclimbR (82)

treeio (22424)

treekoR (113)

TreeSummarizedExperiment (2129)

TREG (98)

trena (30)

TReNA (3)

Trendy (112)

TRESS (104)

tricycle (258)

TrIdent (25)

triform (42)

trigger (142)

trio (170)

triplex (145)

tripr (97)

tRNA (118)

tRNAdbImport (110)

tRNAscanImport (110)

TRONCO (141)

TSAR (80)

TSCAN (596)

tscR (17)

tspair (51)

TSRchitect (23)

TSSi (36)

ttgsea (94)

TTMap (116)

TurboNorm (137)

TVTB (110)

tweeDEseq (184)

twilight (165)

twoddpcr (115)

txcutr (93)

txdbmaker (4129)

tximeta (996)

tximport (3464)

TxRegInfra (13)

TypeInfo (93)

U

UCell (1582)

UCSC.utils (37967)

Ularcirc (109)

UMI4Cats (99)

uncoverappLib (99)

UNDO (129)

unifiedWMWqPCR (94)

UniProt.ws (486)

Uniquorn (116)

universalmotif (938)

updateObject (93)

UPDhmm (74)

uSORT (119)

V

VAExprs (92)

VanillaICE (244)

VarCon (99)

variancePartition (917)

VariantAnnotation (11186)

VariantExperiment (82)

VariantFiltering (136)

VariantTools (172)

vasp (6)

VaSP (103)

vbmp (170)

VCFArray (104)

VDJdive (103)

Vega (34)

VegaMC (134)

velociraptor (186)

veloviz (92)

VennDetail (298)

VERSO (93)

vidger (164)

viper (726)

virtualArray (13)

ViSEAGO (147)

VisiumIO (102)

visiumStitched (28)

vissE (151)

Voyager (224)

VplotR (116)

vsclust (97)

vsn (4838)

vtpnet (134)

vulcan (103)

W

waddR (87)

wateRmelon (862)

wavClusteR (126)

waveTiling (39)

weaver (140)

webbioc (144)

weitrix (110)

widgetInvoke (6)

widgetTools (1398)

wiggleplotr (181)

wpm (114)

wppi (83)

Wrench (1550)

X

XAItest (11)

XBSeq (31)

xCell2 (27)

XCIR (10)

xcms (1561)

xcore (95)

XDE (157)

XeniumIO (21)

xenLite (50)

Xeva (165)

XINA (109)

xmapbridge (125)

xmapcore (9)

XNAString (103)

xps (45)

XVector (50265)

Y

y2hStat (3)

yamss (116)

YAPSA (136)

yaqcaffy (46)

yarn (145)

Z

zellkonverter (1651)

zenith (142)

zFPKM (165)

zinbwave (798)

zitools (49)

zlibbioc (52371)

ZygosityPredictor (84)