See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sat. 13 Jul 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (58765) 26 edgeR (22689) 51 genefilter (12753)
2 GenomeInfoDb (57592) 27 DESeq2 (21558) 52 multtest (12328)
3 BiocGenerics (55778) 28 rtracklayer (21456) 53 BiocSingular (12070)
4 S4Vectors (54767) 29 ggtree (20461) 54 ScaledMatrix (11975)
5 zlibbioc (51350) 30 GenomicFeatures (20126) 55 ProtGenerics (11617)
6 IRanges (50973) 31 treeio (19827) 56 AnnotationHub (11380)
7 XVector (47852) 32 rhdf5 (19623) 57 AnnotationFilter (10470)
8 Biobase (47477) 33 BiocIO (19477) 58 BiocNeighbors (10419)
9 Biostrings (46017) 34 rhdf5filters (18963) 59 impute (10380)
10 DelayedArray (42789) 35 graph (18435) 60 ensembldb (9947)
11 GenomicRanges (42574) 36 annotate (17846) 61 scuttle (9817)
12 BiocParallel (41404) 37 clusterProfiler (17683) 62 Rgraphviz (9787)
13 MatrixGenerics (39733) 38 DOSE (17273) 63 interactiveDisplayBase (9681)
14 SummarizedExperiment (38017) 39 enrichplot (17142) 64 VariantAnnotation (9422)
15 S4Arrays (37088) 40 qvalue (17034) 65 RBGL (9401)
16 AnnotationDbi (36558) 41 GOSemSim (16906) 66 GEOquery (9132)
17 KEGGREST (35854) 42 fgsea (16679) 67 GSEABase (8632)
18 limma (31357) 43 DelayedMatrixStats (16226) 68 affy (8439)
19 SparseArray (26959) 44 sparseMatrixStats (15504) 69 affyio (8276)
20 BiocFileCache (26133) 45 beachmat (15303) 70 ExperimentHub (7552)
21 Rhtslib (24451) 46 SingleCellExperiment (14857) 71 sva (7078)
22 GenomicAlignments (23927) 47 ComplexHeatmap (14193) 72 scater (6866)
23 Rhdf5lib (23602) 48 preprocessCore (14015) 73 geneplotter (6777)
24 biomaRt (23595) 49 BSgenome (13629) 74 BiocStyle (6440)
25 Rsamtools (23325) 50 HDF5Array (12945) 75 ShortRead (6274)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (89)

a4Base (139)

a4Classif (117)

a4Core (165)

a4Preproc (182)

a4Reporting (119)

ABAEnrichment (11)

ABarray (76)

abseqR (60)

ABSSeq (119)

acde (66)

ACE (90)

aCGH (214)

ACME (88)

ADaCGH2 (75)

ADAM (129)

ADAMgui (92)

adaptest (5)

adductomicsR (57)

ADImpute (74)

adSplit (72)

adverSCarial (35)

AffiXcan (59)

affxparser (1602)

affy (8439)

affycomp (98)

AffyCompatible (23)

affyContam (102)

affycoretools (402)

AffyExpress (14)

affyILM (70)

affyio (8276)

affylmGUI (87)

affyPara (16)

affypdnn (14)

affyPLM (1173)

affyQCReport (19)

AffyRNADegradation (64)

AffyTiling (8)

AGDEX (67)

aggregateBioVar (73)

Agi4x44PreProcess (4)

agilp (92)

AgiMicroRna (137)

AHMassBank (52)

AIMS (424)

airpart (59)

alabaster (46)

alabaster.base (740)

alabaster.bumpy (87)

alabaster.files (39)

alabaster.mae (92)

alabaster.matrix (721)

alabaster.ranges (705)

alabaster.sce (305)

alabaster.schemas (691)

alabaster.se (693)

alabaster.spatial (87)

alabaster.string (102)

alabaster.vcf (88)

ALDEx2 (1175)

alevinQC (87)

AllelicImbalance (103)

AlphaBeta (58)

AlphaMissenseR (19)

alpine (40)

ALPS (4)

AlpsNMR (67)

alsace (16)

altcdfenvs (119)

AMARETTO (133)

AMOUNTAIN (95)

amplican (84)

ampliQueso (11)

AnalysisPageServer (7)

anamiR (7)

Anaquin (58)

ANCOMBC (1233)

AneuFinder (87)

ANF (54)

animalcules (122)

annaffy (273)

AnnBuilder (1)

annmap (117)

annotate (17846)

AnnotationDbi (36558)

AnnotationFilter (10470)

AnnotationForge (2417)

AnnotationFuncs (18)

AnnotationHub (11380)

AnnotationHubData (371)

annotationTools (130)

annotatr (471)

anota (87)

anota2seq (78)

antiProfiles (64)

AnVIL (570)

AnVILBilling (52)

AnVILPublish (53)

AnVILWorkflow (44)

APAlyzer (71)

apComplex (68)

apeglm (3463)

APL (133)

applera (1)

appreci8R (101)

aroma.light (1967)

ArrayExpress (424)

ArrayExpressHTS (17)

arrayMagic (2)

arrayMvout (64)

arrayQCplot (1)

arrayQuality (122)

arrayQualityMetrics (496)

ArrayTools (17)

ArrayTV (14)

ARRmNormalization (59)

artMS (81)

ASAFE (50)

ASEB (60)

ASGSCA (61)

ASICS (87)

asmn (3)

ASpediaFI (6)

ASpli (103)

AssessORF (71)

ASSET (109)

ASSIGN (111)

ASURAT (65)

ATACCoGAPS (48)

ATACseqQC (368)

ATACseqTFEA (64)

atena (111)

AtlasRDF (8)

atSNP (73)

attract (78)

AUCell (2231)

autonomics (53)

Autotuner (6)

AWFisher (62)

awst (53)

B

BaalChIP (61)

BAC (16)

bacon (107)

BADER (65)

BadRegionFinder (58)

BAGS (62)

ballgown (637)

bambu (284)

bamsignals (1109)

BANDITS (109)

bandle (63)

Banksy (37)

banocc (79)

barcodetrackR (57)

basecallQC (68)

BaseSpaceR (66)

Basic4Cseq (67)

BASiCS (170)

BASiCStan (71)

BasicSTARRseq (57)

basilisk (4541)

basilisk.utils (4078)

batchelor (3834)

BatchQC (109)

BayesKnockdown (58)

BayesPeak (16)

BayesSpace (230)

bayNorm (83)

baySeq (448)

BBCAnalyzer (59)

BCRANK (73)

bcSeq (61)

BDMMAcorrect (33)

beachmat (15303)

beachmat.hdf5 (56)

beadarray (715)

beadarraySNP (53)

BeadDataPackR (661)

BeadExplorer (1)

BEARscc (56)

BEAT (62)

BEclear (71)

beer (57)

benchdamic (87)

BERT (15)

betaHMM (14)

betr (9)

bettr (13)

BG2 (45)

bgafun (12)

BgeeCall (48)

BgeeDB (121)

BGmix (23)

bgx (65)

BHC (83)

BicARE (135)

BiFET (59)

BiGGR (69)

bigmelon (65)

bigmemoryExtras (15)

bigPint (34)

bim (1)

BindingSiteFinder (59)

bioassayR (77)

Biobase (47477)

biobroom (196)

biobtreeR (53)

bioCancer (73)

BioCartaImage (34)

BiocBaseUtils (5654)

BiocBook (43)

BiocCaseStudies (16)

BiocCheck (1640)

biocDatasets (1)

BiocDockerManager (18)

BiocFHIR (47)

BiocFileCache (26133)

BiocGenerics (55778)

biocGraph (175)

BiocHail (39)

BiocHubsShiny (82)

BiocInstaller (427)

BiocIO (19477)

BiocNeighbors (10419)

BiocOncoTK (77)

BioCor (83)

BiocParallel (41404)

BiocPkgTools (160)

biocroxytest (25)

BiocSet (239)

BiocSingular (12070)

BiocSklearn (73)

BiocStyle (6440)

biocthis (233)

BiocVersion (58765)

biocViews (4222)

BiocWorkflowTools (176)

biodb (194)

biodbChebi (85)

biodbExpasy (49)

biodbHmdb (60)

biodbKegg (66)

biodbLipidmaps (42)

biodbMirbase (32)

biodbNcbi (51)

biodbNci (46)

biodbUniprot (51)

bioDist (258)

biomaRt (23595)

BioMedR (2)

biomformat (5501)

BioMM (19)

BioMVCClass (62)

biomvRCNS (60)

BioNAR (67)

BioNERO (273)

BioNet (279)

BioNetStat (78)

BioQC (117)

BioSeqClass (16)

biosigner (83)

Biostrings (46017)

biosvd (12)

BioTIP (70)

biotmle (63)

biovizBase (5480)

BiRewire (119)

birta (17)

birte (6)

biscuiteer (67)

BiSeq (148)

BitSeq (22)

blacksheepr (60)

blima (57)

BLMA (71)

BloodGen3Module (135)

bluster (5108)

bnbc (131)

bnem (60)

BOBaFIT (59)

borealis (52)

BPRMeth (93)

BRAIN (112)

brainflowprobes (47)

brainImageR (2)

BrainSABER (7)

BrainStars (14)

branchpointer (74)

breakpointR (62)

brendaDb (52)

BREW3R.r (11)

BRGenomics (141)

bridge (16)

BridgeDbR (80)

BrowserViz (173)

BrowserVizDemo (2)

BSgenome (13629)

BSgenomeForge (110)

bsseq (1428)

BubbleTree (72)

BufferedMatrix (96)

BufferedMatrixMethods (61)

bugsigdbr (161)

BUMHMM (69)

bumphunter (2737)

BumpyMatrix (558)

BUS (60)

BUScorrect (52)

BUSpaRse (195)

BUSseq (50)

C

CaDrA (35)

CAEN (46)

CAFE (72)

CAGEfightR (168)

cageminer (60)

CAGEr (134)

CALIB (14)

calm (46)

CAMERA (497)

CAMTHC (3)

CaMutQC (13)

canceR (87)

cancerclass (79)

CancerInSilico (17)

CancerMutationAnalysis (15)

CancerSubtypes (100)

CAnD (9)

caOmicsV (7)

cardelino (62)

Cardinal (172)

CardinalIO (126)

CARNIVAL (145)

casper (62)

CATALYST (503)

Category (1915)

categoryCompare (72)

CausalR (67)

cbaf (63)

CBEA (109)

cBioPortalData (429)

CBNplot (137)

cbpManager (55)

ccfindR (96)

ccImpute (50)

ccmap (80)

CCPlotR (45)

CCPROMISE (64)

ccrepe (91)

CDI (34)

celaref (73)

celda (680)

CellaRepertorium (51)

CellBarcode (65)

cellbaseR (73)

CellBench (133)

cellGrowth (13)

cellHTS (10)

cellHTS2 (216)

CelliD (249)

cellity (63)

CellMapper (65)

cellmigRation (48)

CellMixS (81)

CellNOptR (194)

cellscape (44)

CellScore (53)

CellTrails (56)

cellTree (13)

cellxgenedp (103)

CEMiTool (144)

censcyt (60)

Cepo (169)

ceRNAnetsim (49)

CeTF (82)

CexoR (64)

CFAssay (51)

cfdnakit (47)

cfDNAPro (59)

cfTools (47)

CGEN (65)

CGHbase (431)

CGHcall (395)

cghMCR (68)

CGHnormaliter (70)

CGHregions (82)

ChAMP (562)

CHARGE (5)

charm (15)

ChemmineOB (321)

ChemmineR (836)

CHETAH (98)

ChIC (17)

Chicago (95)

chihaya (61)

chimera (18)

chimeraviz (106)

ChIPanalyser (56)

ChIPComp (64)

chipenrich (159)

ChIPexoQual (68)

ChIPpeakAnno (1008)

ChIPQC (352)

ChIPseeker (1827)

chipseq (628)

ChIPseqR (85)

ChIPSeqSpike (8)

ChIPsim (85)

ChIPXpress (102)

chopsticks (93)

chroGPS (14)

chromDraw (57)

ChromHeatMap (126)

ChromoViz (1)

chromPlot (150)

ChromSCape (68)

chromstaR (89)

chromswitch (22)

chromVAR (1128)

CHRONOS (58)

cicero (212)

CIMICE (52)

CINdex (73)

circRNAprofiler (74)

CircSeqAlignTk (55)

cisPath (57)

CiteFuse (90)

ClassifyR (305)

cleanUpdTSeq (106)

cleaver (196)

clevRvis (52)

clippda (65)

clipper (102)

cliProfiler (50)

cliqueMS (114)

Clomial (56)

Clonality (28)

clonotypeR (19)

clst (95)

clstutils (63)

CluMSID (67)

ClustAll (12)

clustComp (64)

clusterExperiment (352)

ClusterFoldSimilarity (14)

ClusterJudge (55)

clusterProfiler (17683)

clusterSeq (46)

ClusterSignificance (58)

clusterStab (79)

clustifyr (141)

ClustIRR (35)

CMA (116)

cmapR (397)

cn.farms (65)

cn.mops (261)

CNAnorm (66)

CNEr (3320)

CNORdt (67)

CNORfeeder (73)

CNORfuzzy (69)

CNORode (93)

CNPBayes (6)

CNTools (134)

CNVfilteR (60)

CNVgears (27)

cnvGSA (66)

CNViz (54)

CNVMetrics (52)

CNVPanelizer (62)

CNVRanger (127)

CNVrd2 (64)

CNVtools (12)

cobindR (13)

CoCiteStats (57)

COCOA (71)

codelink (76)

CODEX (103)

coexnet (12)

CoGAPS (270)

cogena (87)

cogeqc (68)

Cogito (49)

coGPS (59)

COHCAP (56)

cola (132)

comapr (60)

combi (74)

coMET (83)

coMethDMR (56)

compartmap (34)

COMPASS (80)

compcodeR (85)

compEpiTools (72)

CompGO (12)

ComplexHeatmap (14193)

CompoundDb (278)

ComPrAn (44)

compSPOT (29)

conclus (5)

concordexR (69)

condcomp (2)

condiments (92)

CONFESS (61)

consensus (51)

ConsensusClusterPlus (2973)

consensusDE (71)

consensusOV (112)

consensusSeekeR (105)

consICA (119)

CONSTANd (51)

contiBAIT (49)

conumee (152)

convert (149)

copa (58)

COPDSexualDimorphism (2)

copynumber (135)

CopyNumber450k (7)

CopyNumberPlots (153)

CopywriteR (25)

coRdon (175)

CoRegFlux (2)

CoRegNet (40)

CoreGx (368)

Cormotif (59)

CorMut (13)

coRNAi (11)

corral (76)

CORREP (49)

coseq (124)

CoSIA (49)

cosmiq (68)

cosmo (2)

cosmoGUI (2)

cosmosR (69)

COSNet (52)

COTAN (73)

CountClust (11)

countsimQC (168)

covEB (51)

CoverageView (68)

covRNA (57)

cpvSNP (59)

cqn (288)

CRImage (82)

CRISPRball (15)

crisprBase (161)

crisprBowtie (153)

crisprBwa (61)

crisprDesign (134)

crisprScore (163)

CRISPRseek (160)

crisprseekplus (28)

crisprShiny (14)

CrispRVariants (132)

crisprVerse (70)

crisprViz (114)

crlmm (251)

CrossICC (2)

crossmeta (172)

CSAR (79)

csaw (601)

csdR (47)

CSSP (26)

CSSQ (49)

ctc (283)

CTdata (44)

CTDquerier (55)

CTexploreR (17)

ctgGEM (4)

cTRAP (71)

ctsGE (60)

CTSV (52)

cummeRbund (226)

CuratedAtlasQueryR (54)

customCMPdb (55)

customProDB (84)

CVE (5)

cyanoFilter (53)

cycle (61)

cydar (88)

cypress (12)

CytoDx (71)

cytofast (4)

cytofkit (23)

CyTOFpower (53)

cytofQC (55)

CytoGLMM (98)

cytoKernel (48)

cytolib (2781)

cytomapper (313)

CytoMDS (12)

cytoMEM (93)

CytoML (455)

CytoPipeline (91)

CytoPipelineGUI (31)

CytoTree (14)

cytoviewer (98)

D

dada2 (2244)

dagLogo (84)

daMA (59)

DAMEfinder (60)

DaMiRseq (122)

DAPAR (133)

dar (15)

DART (64)

DASC (1)

DASiR (7)

dasper (15)

DAVIDQuery (6)

DBChIP (17)

dcanr (125)

DCATS (41)

dce (68)

dcGSA (53)

DChIPRep (8)

ddCt (92)

ddgraph (10)

ddPCRclust (74)

dearseq (174)

debCAM (62)

debrowser (178)

DECIPHER (2832)

deco (9)

DEComplexDisease (9)

decompTumor2Sig (130)

DeconRNASeq (219)

decontam (1672)

decontX (108)

deconvR (67)

decoupleR (1005)

DEDS (14)

DeepBlueR (42)

DeepPINCS (81)

deepSNV (163)

DEFormats (254)

DegCre (13)

DegNorm (59)

DEGraph (68)

DEGreport (584)

DEGseq (162)

DelayedArray (42789)

DelayedDataFrame (65)

DelayedMatrixStats (16226)

DelayedRandomArray (92)

DelayedTensor (51)

DELocal (60)

deltaCaptureC (50)

deltaGseg (57)

DeMAND (51)

DeMixT (96)

demuxmix (228)

demuxSNP (41)

densvis (2910)

DEP (496)

DepecheR (115)

DepInfeR (46)

DeProViR (12)

DEqMS (222)

derfinder (570)

derfinderHelper (567)

derfinderPlot (146)

DEScan2 (67)

DESeq (212)

DESeq2 (21558)

DEsingle (246)

DESpace (58)

destiny (684)

DEsubs (58)

DEWSeq (58)

DExMA (61)

DEXSeq (1519)

dexus (17)

DFP (56)

DIAlignR (57)

DiffBind (1069)

diffcoexp (192)

diffcyt (371)

DifferentialRegulation (55)

diffGeneAnalysis (57)

diffHic (104)

DiffLogo (65)

diffloop (26)

diffuStats (67)

diffUTR (53)

diggit (54)

Dino (57)

dinoR (12)

dir.expiry (4062)

Director (46)

DirichletMultinomial (4654)

discordant (84)

DiscoRhythm (65)

distinct (231)

dittoSeq (1432)

divergence (46)

dks (53)

DMCFB (45)

DMCHMM (54)

DMRcaller (82)

DMRcate (864)

DMRforPairs (25)

DMRScan (50)

dmrseq (202)

DNABarcodeCompatibility (46)

DNABarcodes (165)

DNAcopy (5181)

DNAfusion (49)

DNaseR (4)

DNAshapeR (78)

domainsignatures (11)

DominoEffect (58)

doppelgangR (137)

DOQTL (9)

Doscheda (62)

DOSE (17273)

doseR (50)

doubletrouble (65)

dpeak (22)

drawProteins (190)

dreamlet (52)

DRIMSeq (298)

DriverNet (59)

DropletUtils (2602)

drugTargetInteractions (60)

DrugVsDisease (136)

dSimer (6)

DSS (903)

dStruct (49)

DTA (86)

dualKS (15)

Dune (47)

DupChecker (5)

dupRadar (108)

dyebias (62)

DynDoc (1288)

E

easier (142)

EasyCellType (57)

easylift (36)

EasyqpcR (15)

easyreporting (53)

easyRNASeq (182)

EBarrays (224)

EBcoexpress (78)

EBImage (2682)

EBSEA (50)

EBSeq (406)

EBSeqHMM (47)

ecolitk (60)

EDASeq (1782)

edd (2)

EDDA (16)

edge (101)

edgeR (22689)

EDIRquery (41)

eds (353)

eegc (78)

EGAD (64)

EGSEA (149)

eiR (67)

eisa (14)

eisaR (112)

ELBOW (14)

ELMER (179)

EMDomics (73)

EmpiricalBrownsMethod (131)

ENCODExplorer (7)

EnhancedVolcano (4311)

enhancerHomologSearch (56)

EnMCB (53)

ENmix (217)

EnrichedHeatmap (580)

EnrichmentBrowser (566)

enrichplot (17142)

enrichTF (67)

enrichViewNet (43)

ensembldb (9947)

ensemblVEP (161)

ENVISIONQuery (13)

epialleleR (59)

EpiCompare (48)

epidecodeR (47)

EpiDISH (596)

epigenomix (64)

epigraHMM (57)

epihet (8)

EpiMix (51)

epimutacions (59)

epiNEM (148)

epiregulon (12)

epiregulon.extra (12)

epistack (52)

epistasisGA (44)

EpiTxDb (87)

epivizr (122)

epivizrChart (58)

epivizrData (131)

epivizrServer (147)

epivizrStandalone (61)

erccdashboard (66)

erma (96)

ERSSA (51)

esATAC (92)

escape (367)

escheR (114)

esetVis (76)

eudysbiome (47)

evaluomeR (53)

EventPointer (66)

EWCE (153)

ExCluster (46)

ExiMiR (60)

exomeCopy (290)

exomePeak (19)

exomePeak2 (98)

exonmap (2)

ExperimentHub (7552)

ExperimentHubData (297)

ExperimentSubset (56)

explorase (13)

ExploreModelMatrix (158)

ExpressionAtlas (175)

ExpressionView (15)

exprExternal (0)

externalVector (2)

extraChIPs (69)

F

fabia (177)

facopy (5)

factDesign (56)

factR (55)

faers (16)

FamAgg (76)

famat (60)

farms (44)

fastLiquidAssociation (56)

FastqCleaner (81)

fastreeR (72)

fastseg (755)

fbat (2)

FCBF (41)

fCCAC (56)

fCI (54)

fcoex (73)

fcScan (56)

fdrame (53)

FEAST (114)

FeatSeekR (42)

fedup (51)

FELLA (127)

FEM (20)

fenr (37)

ffpe (71)

fgga (50)

FGNet (114)

fgsea (16679)

FilterFFPE (48)

findIPs (10)

FindIT2 (57)

FindMyFriends (10)

FISHalyseR (52)

fishpond (277)

FitHiC (66)

flagme (60)

FLAMES (77)

flipflop (13)

flowAI (552)

flowBeads (63)

flowBin (70)

flowcatchR (61)

flowCHIC (62)

flowCL (18)

flowClean (200)

flowClust (818)

flowCore (2873)

flowCut (104)

flowCyBar (56)

flowDensity (262)

flowFit (15)

flowFlowJo (6)

flowFP (162)

flowGate (72)

flowGraph (52)

flowMap (45)

flowMatch (70)

flowMeans (159)

flowMerge (140)

flowPeaks (181)

flowPhyto (5)

flowPloidy (65)

flowPlots (59)

flowQ (9)

flowQB (16)

FlowRepositoryR (9)

FlowSOM (1081)

flowSpecs (71)

flowSpy (4)

flowStats (518)

flowTime (66)

flowTrans (86)

flowType (16)

flowUtils (40)

flowViz (1043)

flowVS (101)

flowWorkspace (1295)

fmcsR (267)

fmrs (119)

fobitools (51)

focalCall (6)

FoldGO (28)

FourCSeq (10)

FRASER (113)

frenchFISH (43)

FRGEpistasis (58)

frma (157)

frmaTools (75)

FScanR (22)

FunChIP (52)

FunciSNP (13)

funtooNorm (62)

FuseSOM (53)

G

GA4GHclient (110)

GA4GHshiny (66)

gaga (104)

gage (806)

gaggle (45)

gaia (25)

GAPGOM (8)

GAprediction (53)

garfield (55)

GARS (60)

GateFinder (61)

gatom (37)

gaucho (11)

GBScleanR (58)

gcapc (57)

gcatest (57)

gCMAP (15)

gCMAPWeb (13)

gCrisprTools (60)

gcrma (1369)

GCSConnection (4)

GCSFilesystem (5)

GCSscore (21)

GDCRNATools (297)

gDNAx (51)

gDR (39)

gDRcore (82)

gDRimport (85)

gDRstyle (69)

gDRutils (104)

GDSArray (147)

gdsfmt (2081)

GeDi (14)

geecc (7)

GEM (58)

gemini (53)

gemma.R (60)

genArise (58)

genbankr (112)

GENE.E (11)

gene2pathway (3)

GeneAccord (8)

GeneAnswers (22)

geneAttribution (53)

GeneBreak (64)

geneClassifiers (53)

GeneExpressionSignature (70)

genefilter (12753)

genefu (416)

GeneGA (48)

GeneGeneInteR (55)

GeneGroupAnalysis (2)

GeneMeta (102)

GeneNetworkBuilder (77)

GeneOverlap (447)

geneplast (93)

geneplotter (6777)

GeneR (3)

geneRecommender (57)

GeneRegionScan (64)

GeneRfold (1)

geneRxCluster (58)

GeneSelectMMD (106)

GeneSelector (13)

GENESIS (346)

GeneSpring (2)

GeneStructureTools (79)

geNetClassifier (148)

GeneticsBase (2)

GeneticsDesign (13)

GeneticsPed (102)

GeneTonic (274)

GeneTraffic (2)

GeneTS (2)

geneXtendeR (112)

GENIE3 (1174)

genoCN (57)

GenoGAM (10)

genomation (657)

GenomAutomorphism (42)

GenomeBase (0)

GenomeGraphs (18)

GenomeInfoDb (57592)

genomeIntervals (179)

genomes (68)

GenomicAlignments (23927)

GenomicDataCommons (1159)

GenomicDistributions (91)

GenomicFeatures (20126)

GenomicFiles (1304)

genomicInstability (51)

GenomicInteractionNodes (49)

GenomicInteractions (358)

GenomicOZone (59)

GenomicPlot (55)

GenomicRanges (42574)

GenomicScores (678)

GenomicSuperSignature (57)

GenomicTuples (52)

Genominator (15)

genoset (22)

genotypeeval (14)

GenoView (1)

genphen (8)

GenProSeq (41)

GenRank (6)

GenVisR (277)

GeoDiff (74)

GEOexplorer (63)

GEOfastq (71)

GEOmetadb (236)

GeomxTools (400)

GEOquery (9132)

GEOsearch (3)

GEOsubmission (58)

GeoTcgaData (77)

gep2pep (54)

gespeR (87)

getDEE2 (49)

geva (45)

GEWIST (50)

gff3Plotter (1)

gg4way (35)

GGBase (17)

ggbio (2137)

ggcyto (903)

ggkegg (237)

ggmanh (143)

ggmsa (509)

GGPA (47)

ggsc (45)

ggspavis (155)

GGtools (19)

ggtree (20461)

ggtreeDendro (60)

ggtreeExtra (1032)

ggtreeSpace (12)

GIGSEA (47)

ginmappeR (13)

gINTomics (9)

girafe (90)

GISPA (43)

GLAD (225)

GladiaTOX (49)

Glimma (1198)

glmGamPoi (4083)

glmSparseNet (153)

GlobalAncova (995)

globalSeq (54)

globaltest (1725)

GloScope (32)

gmapR (169)

GmicR (67)

gmoviz (54)

GMRP (54)

GNET2 (53)

GNOSIS (42)

goCluster (0)

GOexpress (88)

GOfuncR (294)

GOFunction (14)

GoogleGenomics (6)

GOpro (130)

goProfiles (125)

GOSemSim (16906)

goseq (1197)

GOSim (112)

goSorensen (55)

goSTAG (62)

GOstats (1732)

GOsummaries (51)

GOTHiC (88)

goTools (66)

GPA (52)

gpart (15)

gpls (182)

gprege (14)

gpuMagic (52)

gQTLBase (11)

gQTLstats (9)

GrafGen (11)

gramm4R (3)

GRaNIE (143)

granulator (119)

graper (51)

graph (18435)

GraphAlignment (59)

GraphAT (58)

graphite (2995)

GraphPAC (104)

GRENITS (59)

GreyListChIP (993)

GRmetrics (87)

groHMM (74)

GRridge (14)

GSALightning (54)

GSAR (87)

GSCA (61)

gscreend (48)

GSEABase (8632)

GSEABenchmarkeR (84)

GSEAlm (81)

GSEAmining (63)

gsean (60)

GSgalgoR (50)

GSReg (63)

GSRI (63)

GSVA (6131)

gtrellis (132)

GUIDEseq (79)

Guitar (131)

Gviz (3879)

GWAS.BAYES (51)

gwascat (614)

GWASTools (603)

gwasurvivr (85)

GWENA (191)

gypsum (511)

H

h5vc (84)

hapFabia (58)

Harman (169)

HarmonizR (46)

Harshlight (73)

hca (63)

HCABrowser (4)

HCAExplorer (2)

HCAMatrixBrowser (1)

HCsnip (10)

HDF5Array (12945)

HDTD (49)

heatmaps (274)

Heatplus (411)

HelloRanges (134)

HELP (58)

HEM (56)

hermes (110)

HERON (34)

Herper (155)

hexbin (24)

HGC (63)

hiAnnotator (109)

HIBAG (127)

HicAggR (11)

HiCBricks (149)

HiCcompare (278)

HiCDCPlus (74)

HiCDOC (105)

HiCExperiment (146)

HiContacts (108)

HiCool (68)

hicrep (10)

hicVennDiagram (37)

hierGWAS (56)

hierinf (45)

HilbertCurve (88)

HilbertVis (181)

HilbertVisGUI (39)

HiLDA (71)

hipathia (139)

HIPPO (49)

hiReadsProcessor (59)

HIREewas (51)

HiTC (135)

hmdbQuery (72)

HMMcopy (260)

hoodscanR (50)

hopach (323)

HPAanalyze (126)

hpar (274)

HPAStainR (13)

HPiP (52)

HTqPCR (155)

HTSanalyzeR (16)

HTSeqGenie (55)

htSeqTools (15)

HTSFilter (217)

HubPub (118)

HumanTranscriptomeCompendium (50)

hummingbird (44)

HybridExpress (14)

HybridMTest (131)

hypeR (82)

hyperdraw (116)

hypergraph (164)

I

iASeq (53)

iasva (51)

iBBiG (125)

ibh (55)

iBMQ (49)

iCARE (120)

Icens (464)

icetea (55)

iCheck (55)

iChip (55)

iClusterPlus (354)

iCNV (54)

iCOBRA (179)

ideal (104)

IdeoViz (68)

idiogram (60)

IdMappingAnalysis (11)

IdMappingRetrieval (13)

idpr (66)

idr2d (53)

IFAA (46)

iFlow (2)

iGC (52)

IgGeneUsage (49)

igvR (111)

igvShiny (15)

IHW (712)

illuminaio (2924)

ILoReg (45)

imageHTS (22)

IMAS (59)

imcRtools (200)

Imetagene (7)

IMMAN (50)

ImmuneSpaceR (59)

immunoClust (67)

immunotation (52)

IMPCdata (49)

ImpulseDE (6)

ImpulseDE2 (11)

impute (10380)

INDEED (47)

iNETgrate (48)

infercnv (1063)

infinityFlow (69)

Informeasure (41)

InPAS (61)

INPower (57)

inSilicoDb (12)

inSilicoMerging (13)

INSPEcT (70)

INTACT (48)

InTAD (55)

intansv (81)

interacCircos (62)

InteractionSet (1871)

InteractiveComplexHeatmap (389)

interactiveDisplay (105)

interactiveDisplayBase (9681)

InterCellar (76)

IntEREst (71)

InterMineR (77)

IntOMICS (33)

IntramiRExploreR (50)

inveRsion (15)

IONiseR (72)

iontree (11)

iPAC (131)

iPath (44)

ipdDb (119)

IPO (122)

IPPD (13)

IRanges (50973)

IRISFGM (75)

IrisSpatialFeatures (3)

ISAnalytics (57)

iSEE (463)

iSEEde (55)

iSEEfier (14)

iSEEhex (145)

iSEEhub (123)

iSEEindex (47)

iSEEpathways (42)

iSEEu (112)

iSeq (53)

ISLET (45)

iSNetwork (1)

isobar (84)

IsoBayes (31)

IsoCorrectoR (101)

IsoCorrectoRGUI (61)

IsoformSwitchAnalyzeR (259)

IsoGeneGUI (16)

ISoLDE (45)

isomiRs (139)

iSPlot (1)

ITALICS (61)

iterativeBMA (61)

iterativeBMAsurv (55)

iterClust (44)

iteremoval (8)

IVAS (80)

ivygapSE (53)

IWTomics (53)

J

jmosaics (6)

joda (13)

JunctionSeq (11)

K

karyoploteR (872)

katdetectr (56)

KBoost (46)

KCsmart (65)

kebabs (148)

KEGGgraph (5482)

KEGGlincs (70)

keggorth (1)

keggorthology (156)

KEGGprofile (21)

KEGGREST (35854)

KEGGSOAP (5)

kimod (6)

KinSwingR (55)

kissDE (61)

KnowSeq (60)

knowYourCG (12)

L

LACE (125)

lapmix (54)

LBE (234)

ldblock (82)

LEA (514)

LedPred (48)

lefser (567)

lemur (60)

les (95)

levi (47)

lfa (289)

limma (31357)

limmaGUI (74)

limpca (14)

LINC (7)

LineagePulse (38)

lineagespot (48)

LinkHD (51)

Linnorm (225)

LinTInd (52)

lionessR (53)

lipidr (190)

LiquidAssociation (84)

lisaClust (138)

lmdme (56)

LMGene (14)

LOBSTAHS (62)

loci2path (51)

logicFS (88)

logitT (31)

Logolas (8)

lol (10)

LOLA (303)

LoomExperiment (600)

LowMACA (16)

LPE (90)

LPEadj (41)

lpNet (66)

lpsymphony (1087)

LRBaseDbi (117)

LRcell (51)

lumi (1135)

lute (15)

LVSmiRNA (14)

LymphoSeq (65)

M

M3C (703)

M3D (7)

M3Drop (613)

m6Aboost (43)

maanova (19)

Maaslin2 (1010)

Macarron (70)

macat (45)

maCorrPlot (56)

MACPET (9)

MACSQuantifyR (45)

MACSr (105)

maDB (3)

made4 (252)

MADSEQ (55)

maftools (2535)

MAGAR (170)

MAGeCKFlute (367)

magpie (51)

magrene (46)

MAI (58)

maigesPack (43)

MAIT (67)

makecdfenv (175)

makePlatformDesign (2)

MANOR (59)

manta (14)

MantelCorr (51)

MAPFX (10)

mAPKL (11)

maPredictDSC (62)

mapscape (53)

mariner (57)

marr (47)

marray (1898)

martini (57)

maser (120)

maSigPro (250)

maskBAD (63)

MassArray (54)

massiR (61)

MassSpecWavelet (1834)

MAST (2046)

mastR (121)

matchBox (56)

matchprobes (2)

MatrixGenerics (39733)

MatrixQCvis (133)

MatrixRider (61)

matter (208)

MaxContrastProjection (8)

MBAmethyl (42)

MBASED (56)

MBCB (56)

MBECS (72)

mbkmeans (444)

mbOmic (12)

mBPCR (61)

MBQN (56)

mbQTL (49)

MBttest (52)

mcaGUI (13)

MCbiclust (56)

MCRestimate (13)

mCSEA (107)

mdgsa (9)

mdp (57)

mdqc (103)

MDTS (48)

MEAL (79)

MeasurementError.cor (52)

MEAT (47)

MEB (50)

MEDIPS (110)

MEDME (55)

megadepth (122)

MEIGOR (57)

Melissa (53)

memes (197)

MergeMaid (15)

Mergeomics (65)

MeSHDbi (264)

meshes (141)

meshr (144)

MeSHSim (2)

MesKit (75)

messina (57)

metaArray (14)

Metab (33)

metabCombiner (61)

metabinR (43)

MetaboAnnotation (242)

MetaboCoreUtils (1376)

metabolomicsWorkbenchR (79)

metabomxtr (57)

MetaboSignal (118)

metaCCA (185)

MetaCyto (75)

metagene (29)

metagene2 (69)

metagenomeFeatures (8)

metagenomeSeq (1667)

metahdep (59)

metaMS (108)

MetaNeighbor (90)

MetaPhOR (55)

metapod (4762)

metapone (64)

metaSeq (71)

metaseqR (18)

metaseqR2 (58)

metavizr (12)

MetaVolcanoR (53)

metaX (2)

MetCirc (71)

MethCP (7)

methimpute (61)

methInheritSim (65)

methodical (11)

MethPed (54)

MethReg (70)

methrix (87)

MethTargetedNGS (52)

methVisual (13)

methyAnalysis (19)

MethylAid (92)

methylCC (71)

methylclock (151)

methylGSA (107)

methyLImp2 (13)

methylInheritance (66)

methylKit (637)

MethylMix (97)

methylMnM (76)

methylPipe (121)

methylscaper (67)

MethylSeekR (141)

methylSig (74)

methylumi (1453)

methyvim (8)

MetID (55)

MetNet (53)

mfa (84)

Mfuzz (1193)

MGFM (62)

MGFR (66)

MGnifyR (15)

mgsa (111)

mia (1482)

miaSim (95)

miaViz (245)

MiChip (55)

microbiome (1658)

microbiomeDASim (58)

microbiomeExplorer (82)

microbiomeMarker (380)

MicrobiomeProfiler (106)

MicrobiotaProcess (517)

microRNA (156)

microSTASIS (46)

MICSQTL (39)

midasHLA (53)

MIGSA (13)

miloR (274)

mimager (65)

MIMOSA (29)

mina (47)

MineICA (77)

minet (784)

minfi (2359)

MinimumDistance (67)

MiPP (56)

miQC (106)

MIRA (122)

MiRaGE (69)

miRBaseConverter (109)

miRcomp (54)

mirIntegrator (68)

MIRit (13)

miRLAB (66)

miRmine (33)

miRNAmeConverter (59)

miRNApath (66)

miRNAtap (146)

miRSM (42)

miRsponge (5)

miRspongeR (39)

Mirsynergy (11)

mirTarRnaSeq (64)

missMethyl (973)

missRows (54)

mistyR (87)

mitch (63)

mitoClone2 (57)

mitoODE (11)

mixOmics (2740)

MLInterfaces (400)

mlm4omics (2)

MLP (139)

MLSeq (156)

MMAPPR2 (17)

MMDiff (8)

MMDiff2 (51)

mmgmos (1)

mmnet (8)

MmPalateMiRNA (14)

MMUPHin (116)

mnem (154)

moanin (137)

mobileRNA (13)

MobilityTransformR (42)

MODA (57)

ModCon (44)

Modstrings (210)

MOFA (6)

MOFA2 (453)

MOGAMUN (52)

mogsa (176)

MoleculeExperiment (75)

MOMA (56)

monaLisa (138)

monocle (3088)

Moonlight2R (46)

MoonlightR (74)

MoPS (7)

mosaics (142)

mosbi (50)

MOSim (52)

Motif2Site (46)

motifbreakR (214)

motifcounter (59)

MotifDb (676)

motifmatchr (1361)

motifRG (15)

motifStack (740)

motifTestR (12)

MotIV (27)

MouseFM (116)

MPFE (46)

mpra (60)

MPRAnalyze (61)

MQmetrics (39)

mQTL.NMR (5)

msa (1520)

MSA2dist (128)

MsBackendMassbank (76)

MsBackendMgf (423)

MsBackendMsp (254)

MsBackendRawFileReader (62)

MsBackendSql (68)

MsCoreUtils (3504)

MsDataHub (62)

MSEADbi (3)

MsExperiment (1068)

MsFeatures (1601)

msgbsR (67)

MSGFgui (9)

MSGFplus (12)

msImpute (129)

mslp (40)

msmsEDA (289)

msmsTests (273)

MSnbase (3203)

MSnID (259)

MSPrep (121)

msPurity (77)

msqrob2 (130)

MsQuality (66)

MSstats (500)

MSstatsBig (33)

MSstatsConvert (476)

MSstatsLiP (76)

MSstatsLOBD (49)

MSstatsPTM (196)

MSstatsQC (78)

MSstatsQCgui (46)

MSstatsSampleSize (19)

MSstatsShiny (104)

MSstatsTMT (277)

MSstatsTMTPTM (3)

MTseeker (2)

MuData (58)

Mulcom (74)

MultiAssayExperiment (5319)

MultiBaC (67)

multiClust (89)

multicrispr (60)

MultiDataSet (1253)

multiGSEA (121)

multiHiCcompare (172)

MultiMed (56)

multiMiR (229)

MultimodalExperiment (39)

multiOmicsViz (41)

MultiRNAflow (40)

multiscan (55)

multiSight (66)

multistateQTL (11)

multiWGCNA (57)

multtest (12328)

mumosa (72)

MungeSumstats (1025)

muscat (438)

muscle (325)

musicatk (80)

MutationalPatterns (328)

MVCClass (93)

mvGST (4)

MWASTools (158)

mygene (336)

myvariant (86)

mzID (3061)

mzR (3339)

N

NADfinder (59)

NanoMethViz (81)

NanoStringDiff (94)

NanoStringNCTools (388)

NanoStringQCPro (39)

nanotatoR (97)

NanoTube (84)

NarrowPeaks (14)

NBAMSeq (100)

NBSplice (9)

ncdfFlow (1136)

ncGTW (54)

NCIgraph (116)

ncRNAtools (50)

ndexr (72)

neaGUI (7)

nearBynding (52)

Nebulosa (1024)

NeighborNet (23)

nem (17)

nempi (59)

NetActivity (44)

netbenchmark (7)

netbiov (30)

netboost (43)

netboxr (8)

netDx (47)

nethet (55)

netOmics (38)

NetPathMiner (61)

netprioR (49)

netReg (7)

netresponse (71)

NetSAM (78)

netSmooth (64)

networkBMA (15)

netZooR (61)

NeuCA (39)

NewWave (119)

NGScopy (6)

ngsReports (74)

nipalsMCIA (36)

nnNorm (60)

nnSVG (108)

NOISeq (566)

nondetects (63)

NoRCE (53)

normalize450K (50)

NormalyzerDE (167)

NormqPCR (167)

normr (134)

NPARC (57)

npGSEA (61)

NTW (54)

nucleoSim (58)

nucleR (81)

nuCpos (52)

nudge (10)

nullranges (171)

NuPoP (73)

NxtIRFcore (14)

O

occugene (51)

OCplus (80)

octad (56)

ODER (11)

odseq (66)

OGRE (56)

OGSA (6)

oligo (1646)

oligoClasses (1693)

OLIN (93)

OLINgui (58)

omada (43)

OmaDB (204)

omicade4 (153)

OmicCircos (186)

omicplotR (60)

omicRexposome (60)

OmicsLonDA (20)

OmicsMarkeR (7)

OMICsPCA (62)

omicsPrint (55)

omicsViewer (53)

Omixer (55)

OmnipathR (531)

ompBAM (104)

Onassis (9)

oncomix (52)

oncoscanR (47)

OncoScore (56)

OncoSimulR (61)

oneChannelGUI (12)

oneSENSE (19)

onlineFDR (47)

ontoCAT (11)

ontoProc (235)

ontoTools (2)

openCyto (665)

openPrimeR (141)

openPrimeRui (63)

OpenStats (49)

OperaMate (3)

oposSOM (79)

oppar (62)

oppti (47)

optimalFlow (59)

OPWeight (53)

OrderedList (81)

ORFhunteR (53)

ORFik (202)

Organism.dplyr (425)

OrganismDbi (3204)

orthogene (327)

orthos (36)

OSAT (67)

Oscope (90)

OTUbase (63)

OutlierD (14)

OUTRIDER (205)

OutSplice (49)

OVESEG (50)

P

PAA (69)

packFinder (54)

padma (46)

PADOG (248)

pageRank (55)

PAIRADISE (81)

paircompviz (63)

pairedGSEA (46)

pairkat (57)

pairseqsim (1)

pamr (5)

pandaR (127)

panelcn.mops (82)

PAnnBuilder (13)

PanomiR (67)

panp (59)

PANR (59)

PanViz (41)

PanVizGenerator (9)

PAPi (17)

pareg (53)

parglms (52)

parody (103)

partCNV (33)

PAST (47)

Path2PPI (60)

pathifier (119)

pathlinkR (17)

PathNet (70)

PathoStat (82)

pathprint (7)

pathRender (62)

pathVar (23)

pathview (4344)

pathwayPCA (77)

PathwaySplice (6)

PatientGeneSets (1)

paxtoolsr (84)

Pbase (10)

pbcmc (4)

pcaExplorer (469)

pcaGoPromoter (13)

pcaMethods (5145)

PCAN (59)

PCAtools (1184)

pcot2 (14)

PCpheno (14)

pcxn (50)

PDATK (98)

pdInfoBuilder (117)

pdmclass (11)

PeacoQC (221)

peakPantheR (60)

PECA (64)

peco (49)

Pedixplorer (13)

pengls (43)

PepsNMR (122)

pepStat (53)

pepXMLTab (62)

PERFect (38)

periodicDNA (49)

perturbatr (6)

pfamAnalyzeR (253)

PFP (14)

PGA (10)

pgca (50)

PGSEA (49)

pgUtils (3)

pgxRpi (17)

phantasus (159)

phantasusLite (42)

PharmacoGx (278)

phemd (33)

phenoDist (11)

PhenoGeneRanker (43)

phenomis (57)

phenopath (91)

phenoTest (136)

PhenStat (61)

philr (180)

PhIPData (100)

phosphonormalizer (51)

PhosR (113)

PhyloProfile (75)

phyloseq (5462)

Pi (68)

piano (472)

pickgene (52)

PICS (114)

Pigengene (119)

PING (70)

pint (10)

pipeComp (54)

pipeFrame (167)

PIPETS (13)

PIUMA (13)

pkgDepTools (21)

planet (185)

planttfhunter (58)

plasmut (30)

plateCore (14)

plethy (21)

plgem (113)

plier (116)

PloGO2 (64)

plotgardener (335)

plotGrouper (50)

PLPE (56)

plrs (12)

PLSDAbatch (16)

plw (14)

plyinteractions (43)

plyranges (1271)

pmm (46)

pmp (122)

PoDCall (48)

podkat (55)

pogos (61)

polyester (122)

Polyfit (8)

POMA (92)

POST (7)

PoTRA (7)

PowerExplorer (6)

powerTCR (378)

POWSC (61)

ppcseq (50)

PPInfer (135)

ppiStats (15)

pqsfinder (90)

prada (20)

pram (49)

prebs (71)

preciseTAD (60)

PrecisionTrialDrawer (6)

PREDA (84)

predictionet (13)

preprocessCore (14015)

primirTSS (59)

PrInCE (57)

Prize (7)

proActiv (64)

proBAMr (55)

proBatch (29)

PROcess (92)

procoil (64)

ProCoNA (12)

proDA (237)

proFIA (12)

profileplyr (231)

profileScoreDist (50)

progeny (414)

projectR (111)

pRoloc (262)

pRolocGUI (87)

PROMISE (104)

PROPER (87)

PROPS (55)

Prostar (79)

prot2D (12)

proteasy (27)

proteinProfiles (54)

ProteoDisco (53)

ProteomicsAnnotationHubData (10)

ProteoMM (79)

proteoQC (8)

protGear (56)

ProtGenerics (11617)

PSEA (43)

psichomics (74)

PSICQUIC (22)

PSMatch (554)

psygenet2r (73)

ptairMS (50)

PubScore (4)

pulsedSilac (6)

puma (99)

PureCN (159)

pvac (55)

pvca (247)

Pviz (77)

pwalign (944)

PWMEnrich (179)

pwOmics (120)

pwrEWAS (26)

Q

qckitfastq (59)

qcmetrics (97)

QDNAseq (376)

QFeatures (1579)

qmtools (53)

qpcrNorm (64)

qpgraph (183)

qPLEXanalyzer (73)

qrqc (22)

qsea (65)

qsmooth (146)

QSutils (69)

qsvaR (129)

QTLExperiment (34)

Qtlizer (52)

QUALIFIER (15)

quantiseqr (443)

quantro (348)

quantsmooth (626)

QuartPAC (63)

QuasR (357)

QuaternaryProd (75)

QUBIC (136)

qusage (393)

qvalue (17034)

R

R3CPET (56)

r3Cseq (88)

R453Plus1Toolbox (68)

R4RNA (622)

RadioGx (67)

raer (35)

RaggedExperiment (931)

RAIDS (37)

rain (90)

rama (16)

RamiGO (10)

ramr (47)

ramwas (128)

RandomWalkRestartMH (105)

randPack (57)

randRotation (45)

RankProd (287)

RAREsim (44)

RareVariantVis (62)

Rariant (14)

Rarr (127)

rawrr (207)

RbcBook1 (101)

Rbec (54)

RBGL (9401)

RBioFormats (120)

RBioinf (65)

rBiopaxParser (170)

rBLAST (24)

RBM (59)

Rbowtie (511)

Rbowtie2 (307)

rbsurv (64)

Rbwa (102)

Rcade (19)

RCAS (133)

RCASPAR (53)

rcellminer (66)

rCGH (111)

Rchemcpp (13)

RchyOptimyx (14)

RcisTarget (832)

RCM (63)

Rcollectl (30)

Rcpi (121)

RCSL (37)

Rcwl (105)

RcwlPipelines (97)

RCX (95)

RCy3 (950)

RCyjs (76)

RCytoscape (11)

RDAVIDWebService (32)

Rdbi (3)

RdbiPgSQL (2)

rDGIdb (78)

Rdisop (453)

RDRToolbox (125)

ReactomeContentService4R (105)

ReactomeGraph4R (46)

ReactomeGSA (222)

ReactomePA (2386)

readat (7)

ReadqPCR (196)

reb (12)

REBET (45)

rebook (161)

receptLoss (44)

reconsi (52)

recount (400)

recount3 (308)

recountmethylation (65)

recoup (57)

RedeR (332)

RedisParam (45)

REDseq (84)

RefNet (13)

RefPlus (38)

RegEnrich (102)

regionalpcs (38)

RegionalST (45)

regioneR (2046)

regioneReloaded (48)

regionReport (129)

regsplice (53)

regutools (62)

REMP (71)

Repitools (303)

ReportingTools (711)

reposTools (0)

RepViz (108)

ReQON (45)

ResidualMatrix (3474)

RESOLVE (53)

Resourcerer (5)

restfulSE (118)

retrofit (45)

ReUseData (46)

rexposome (104)

rfaRm (45)

Rfastp (140)

rflowcyt (2)

rfPred (58)

rGADEM (302)

RGalaxy (16)

rGenomeTracks (42)

Rgin (7)

RGMQL (50)

RgnTX (45)

rgoslin (73)

RGraph2js (55)

Rgraphviz (9787)

rGREAT (671)

RGSEA (69)

rgsepd (50)

rhdf5 (19623)

rhdf5client (149)

rhdf5filters (18963)

Rhdf5lib (23602)

Rhisat2 (223)

Rhtslib (24451)

rHVDM (12)

RiboCrypt (53)

RiboDiPA (52)

RiboProfiling (83)

ribor (49)

riboSeqR (52)

ribosomeProfilingQC (81)

rifi (41)

rifiComparative (38)

RImmPort (48)

Ringo (322)

Rintact (1)

RIPAT (25)

RIPSeeker (25)

Risa (72)

RITAN (64)

RIVER (54)

RJMCMCNucleosomes (57)

RLassoCox (52)

RLMM (55)

RLSeq (34)

RMAGEML (2)

Rmagpie (58)

RMAPPER (3)

RMassBank (103)

rMAT (11)

rmelting (68)

RmiR (14)

Rmmquant (51)

rmspc (56)

RNAAgeCalc (70)

RNAdecay (40)

rnaEditr (52)

RNAinteract (80)

RNAither (16)

RNAmodR (115)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (62)

RNAmodR.ML (54)

RNAmodR.RiboMethSeq (56)

RNAprobR (7)

RNAsense (46)

rnaseqcomp (60)

RNAseqCovarImpute (33)

rnaSeqMap (16)

RNASeqPower (147)

RNASeqR (7)

RnaSeqSampleSize (93)

RnBeads (288)

Rnits (54)

roar (62)

roastgsa (32)

ROC (1033)

ROCpAI (45)

RolDE (51)

Roleswitch (13)

Rolexa (8)

rols (442)

ROntoTools (214)

ropls (1220)

ROSeq (50)

ROTS (211)

RPA (106)

rprimer (74)

RProtoBufLib (2720)

RpsiXML (19)

rpx (268)

Rqc (265)

rqt (51)

rqubic (84)

rRDP (65)

Rredland (1)

RRHO (93)

rrvgo (466)

Rsamtools (23325)

rsbml (156)

rScudo (53)

rsemmed (45)

RSeqAn (82)

rSFFreader (10)

RSNPper (1)

Rsubread (2229)

RSVSim (66)

rSWeeP (48)

rTANDEM (17)

RTCA (60)

RTCGA (547)

RTCGAToolbox (573)

RTN (174)

RTNduals (81)

RTNsurvival (63)

RTools4TB (2)

RTopper (60)

Rtpca (48)

rtracklayer (21456)

Rtreemix (60)

rTRM (157)

rTRMui (65)

runibic (80)

Ruuid (4)

RUVcorr (58)

RUVnormalize (68)

RUVSeq (930)

Rvisdiff (33)

RVS (52)

RWebServices (3)

rWikiPathways (389)

S

S4Arrays (37088)

S4Vectors (54767)

safe (628)

SAGElyzer (1)

sagenhaft (56)

SAGx (17)

SAIGEgds (76)

samExploreR (7)

sampleClassifier (57)

SamSPECTRAL (149)

sangeranalyseR (178)

sangerseqR (898)

SANTA (55)

sapFinder (13)

saps (2)

SARC (35)

sarks (46)

saseR (14)

satuRn (274)

savR (27)

SBGNview (172)

sbgr (1)

SBMLR (68)

SC3 (389)

Scale4C (47)

ScaledMatrix (11975)

scAlign (17)

SCAN.UPC (163)

scanMiR (80)

scanMiRApp (60)

scAnnotatR (143)

SCANVIS (62)

SCArray (79)

SCArray.sat (49)

SCATE (75)

scater (6866)

scatterHatch (43)

scBFA (57)

SCBN (83)

scBubbletree (51)

scCB2 (54)

scClassifR (3)

scClassify (71)

sccomp (98)

scDataviz (81)

scDblFinder (1419)

scDD (139)

scDDboost (46)

scde (339)

scDesign3 (47)

scds (499)

SCFA (47)

scFeatureFilter (52)

scFeatures (65)

scfind (6)

scGPS (69)

schex (228)

scHOT (66)

scider (39)

scifer (54)

ScISI (20)

scMAGeCK (7)

scmap (255)

scMerge (512)

scMET (50)

scmeth (70)

scMitoMut (13)

scMultiSim (12)

SCnorm (98)

scone (112)

Sconify (57)

SCOPE (55)

scoreInvHap (59)

scp (140)

scPCA (90)

scPipe (136)

scran (4761)

scReClassify (47)

scRecover (58)

screenCounter (44)

ScreenR (44)

scRepertoire (410)

scRNAseqApp (66)

scruff (67)

scry (241)

scShapes (48)

scsR (13)

scTensor (124)

scTGIF (154)

scTHI (46)

scTreeViz (51)

scuttle (9817)

scviR (49)

SDAMS (57)

sechm (152)

segmenter (57)

segmentSeq (65)

selectKSigs (49)

SELEX (55)

SemDist (48)

semisup (51)

SemSim (1)

SEPA (5)

SEPIRA (25)

seq.hotSPOT (40)

seq2pathway (126)

seqArchR (83)

seqArchRplus (51)

SeqArray (914)

seqbias (74)

seqCAT (57)

seqCNA (48)

seqcombo (56)

SeqGate (45)

SeqGSEA (147)

seqLogo (3663)

seqPattern (687)

seqplots (11)

seqsetvis (68)

SeqSQC (101)

seqTools (120)

SeqVarTools (452)

sesame (692)

SEtools (146)

sevenbridges (67)

sevenC (51)

SGCP (112)

SGSeq (317)

SharedObject (156)

shiny.gosling (19)

shinyepico (69)

shinyMethyl (111)

shinyTANDEM (12)

ShortRead (6274)

SIAMCAT (112)

SICtools (48)

sigaR (14)

SigCheck (59)

sigFeature (214)

SigFuge (60)

siggenes (3280)

sights (54)

signatureSearch (222)

signeR (74)

signet (6)

signifinder (54)

sigPathway (26)

SigsPack (52)

sigsquared (52)

SIM (54)

SIMAT (55)

SimBindProfiles (53)

SimBu (76)

SIMD (53)

SimFFPE (46)

similaRpeak (61)

SIMLR (244)

simona (54)

simPIC (12)

simpleaffy (100)

simpleSeg (70)

simplifyEnrichment (766)

simulatorAPMS (2)

simulatorZ (9)

sincell (60)

single (44)

SingleCellAlleleExperiment (14)

SingleCellExperiment (14857)

SingleCellSignalR (252)

singleCellTK (258)

SingleMoleculeFootprinting (54)

SingleR (3934)

singscore (1285)

SiPSiC (46)

SISPA (27)

sitadela (50)

sitePath (56)

sizepower (63)

SJava (4)

sketchR (14)

skewr (45)

slalom (118)

SLGI (15)

slingshot (1459)

slinky (5)

SLqPCR (62)

SMAD (50)

SMAP (44)

smartid (11)

SMITE (57)

smoothclust (12)

SNAGEE (57)

snapCGH (103)

snapcount (59)

snifter (137)

snm (167)

SNPchip (19)

SNPediaR (53)

SNPhood (61)

snpMatrix (9)

SNPRelate (1632)

snpStats (2268)

soGGi (351)

sojourner (11)

SomatiCA (9)

SomaticSignatures (179)

SOMNiBUS (57)

SpaceMarkers (13)

SpacePAC (98)

spade (10)

Spaniel (79)

sparrow (121)

SparseArray (26959)

sparseDOSSA (34)

sparseMatrixStats (15504)

sparsenetgls (48)

SparseSignatures (56)

spaSim (61)

SpatialCPie (74)

spatialDE (105)

SpatialDecon (176)

SpatialExperiment (2024)

SpatialFeatureExperiment (160)

spatialHeatmap (171)

SpatialOmicsOverlay (66)

spatzie (48)

speckle (162)

specL (61)

SpeCond (72)

Spectra (1613)

SpectralTAD (79)

SPEM (78)

SPIA (652)

SPIAT (109)

spicyR (185)

SpidermiR (76)

spikeLI (50)

spiky (45)

spillR (16)

spkTools (55)

splatter (432)

splicegear (12)

spliceR (15)

spliceSites (14)

SpliceWiz (85)

SplicingFactory (43)

SplicingGraphs (91)

splineTCDiffExpr (0)

splineTimeR (68)

SPLINTER (59)

splots (207)

SPONGE (51)

spoon (12)

SpotClean (90)

SPOTlight (232)

spotSegmentation (11)

SpotSweeper (10)

spqn (48)

SPsimSeq (149)

SQLDataFrame (53)

SQUADD (45)

sRACIPE (64)

SRAdb (387)

sRAP (14)

SRGnet (7)

srnadiff (57)

sscore (29)

sscu (51)

sSeq (173)

ssize (92)

sSNAPPY (117)

SSPA (66)

ssPATHS (45)

ssrch (80)

ssviz (56)

stageR (181)

stam (1)

STAN (14)

standR (119)

staRank (65)

StarBioTrek (50)

Starr (13)

STATegRa (63)

Statial (66)

statTarget (96)

STdeconvolve (130)

stepNorm (57)

stepwiseCM (9)

stJoincount (53)

strandCheckR (54)

Streamer (62)

STRINGdb (1174)

STROMA4 (29)

struct (155)

Structstrings (156)

structToolbox (109)

StructuralVariantAnnotation (217)

SubCellBarCode (54)

subSeq (69)

SUITOR (43)

SummarizedBenchmark (48)

SummarizedExperiment (38017)

Summix (41)

supersigs (58)

supraHex (431)

surfaltr (46)

SurfR (12)

survcomp (1072)

survtype (54)

Sushi (58)

sva (7078)

svaNUMT (59)

SVAPLSseq (6)

svaRetro (59)

SVM2CRM (6)

SVMDO (102)

SWATH2stats (60)

SwathXtend (69)

swfdr (59)

SwimR (10)

switchBox (122)

switchde (58)

synapsis (43)

synapter (109)

synergyfinder (185)

SynExtend (55)

synlet (50)

SynMut (48)

syntenet (124)

systemPipeR (1192)

systemPipeShiny (61)

systemPipeTools (52)

T

tadar (40)

TADCompare (79)

tanggle (64)

TAPseq (57)

target (48)

TargetDecoy (46)

TargetScore (68)

TargetSearch (71)

TarSeqQC (13)

TBSignatureProfiler (70)

TCC (200)

TCGAbiolinks (3607)

TCGAbiolinksGUI (25)

TCGAutils (847)

TCseq (163)

TDARACNE (16)

TDbasedUFE (76)

TDbasedUFEadv (62)

TEKRABber (115)

TENxIO (53)

tenXplore (50)

TEQC (69)

ternarynet (58)

terraTCGAdata (54)

TFARM (50)

TFBSTools (3317)

TFEA.ChIP (70)

TFHAZ (55)

TFutils (77)

tidybulk (217)

tidyCoverage (14)

tidyomics (18)

tidySingleCellExperiment (206)

tidySpatialExperiment (18)

tidySummarizedExperiment (329)

tigre (60)

TileDBArray (58)

tilingArray (145)

timecourse (74)

timeOmics (72)

timescape (76)

TimeSeriesExperiment (9)

TimiRGeN (58)

TIN (51)

TissueEnrich (171)

TitanCNA (80)

tkWidgets (1287)

tLOH (48)

TMixClust (69)

TNBC.CMS (49)

TnT (40)

TOAST (385)

tofsims (8)

tomoda (44)

tomoseqr (45)

TOP (48)

ToPASeq (7)

topconfects (168)

topdownr (76)

topGO (3012)

ToxicoGx (69)

TPP (97)

TPP2D (53)

tpSVG (12)

tracktables (138)

trackViewer (492)

tradeSeq (502)

TrajectoryGeometry (42)

TrajectoryUtils (1885)

transcriptogramer (61)

transcriptR (72)

transformGamPoi (76)

transite (56)

tRanslatome (134)

transmogR (14)

transomics2cytoscape (52)

TransView (57)

TraRe (5)

traseR (54)

Travel (3)

traviz (60)

TreeAndLeaf (130)

treeclimbR (14)

treeio (19827)

treekoR (59)

TreeSummarizedExperiment (1650)

TREG (47)

trena (35)

TReNA (1)

Trendy (61)

TRESS (96)

tricycle (230)

triform (15)

trigger (64)

trio (100)

triplex (57)

tripr (50)

tRNA (142)

tRNAdbImport (115)

tRNAscanImport (75)

TRONCO (72)

TSAR (29)

TSCAN (620)

tscR (16)

tspair (16)

TSRchitect (10)

TSSi (13)

ttgsea (83)

TTMap (50)

TurboNorm (64)

TVTB (62)

tweeDEseq (138)

twilight (109)

twoddpcr (55)

txcutr (48)

txdbmaker (602)

tximeta (1148)

tximport (3344)

TxRegInfra (6)

TypeInfo (51)

U

UCell (1277)

UCSC.utils (5897)

Ularcirc (65)

UMI4Cats (59)

uncoverappLib (56)

UNDO (68)

unifiedWMWqPCR (51)

UniProt.ws (423)

Uniquorn (57)

universalmotif (558)

updateObject (46)

UPDhmm (11)

uSORT (51)

V

VAExprs (47)

VanillaICE (198)

VarCon (45)

variancePartition (948)

VariantAnnotation (9422)

VariantExperiment (49)

VariantFiltering (89)

VariantTools (169)

vasp (3)

VaSP (59)

vbmp (77)

VCFArray (60)

VDJdive (49)

Vega (12)

VegaMC (54)

velociraptor (122)

veloviz (49)

VennDetail (232)

VERSO (49)

vidger (100)

viper (696)

virtualArray (5)

ViSEAGO (130)

VisiumIO (15)

vissE (98)

Voyager (125)

VplotR (56)

vsclust (51)

vsn (5176)

vtpnet (74)

vulcan (67)

W

waddR (53)

wateRmelon (742)

wavClusteR (64)

waveTiling (15)

weaver (62)

webbioc (65)

weitrix (53)

widgetInvoke (1)

widgetTools (1288)

wiggleplotr (171)

wpm (57)

wppi (47)

Wrench (1654)

X

XBSeq (9)

XCIR (4)

xcms (1770)

xcore (48)

XDE (65)

Xeva (75)

XINA (46)

xmapbridge (57)

xmapcore (2)

XNAString (52)

xps (15)

XVector (47852)

Y

y2hStat (0)

yamss (62)

YAPSA (84)

yaqcaffy (15)

yarn (135)

Z

zellkonverter (1111)

zenith (137)

zFPKM (113)

zinbwave (890)

zlibbioc (51350)

ZygosityPredictor (46)