See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2021-01-22 05:16:50 -0500 (Fri, 22 Jan 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (40081)
2BiocGenerics (38429)
3S4Vectors (36689)
4IRanges (34501)
5Biobase (33687)
6zlibbioc (29141)
7XVector (27497)
8AnnotationDbi (27424)
9GenomeInfoDb (27158)
10BiocParallel (26492)
11DelayedArray (26315)
12SummarizedExperiment (25280)
13GenomicRanges (25246)
14limma (23834)
15Biostrings (21430)
16biomaRt (17624)
17annotate (17209)
18Rsamtools (16976)
19genefilter (16292)
20graph (15504)
21GenomicAlignments (15211)
22BiocFileCache (15147)
23Rhtslib (15009)
24edgeR (14687)
25rtracklayer (14584)
26GenomicFeatures (13560)
27DESeq2 (13235)
28Rhdf5lib (13041)
29geneplotter (12901)
30rhdf5 (12538)
31preprocessCore (10683)
32multtest (9697)
33qvalue (9590)
34Rgraphviz (9302)
35RBGL (8622)
36GOSemSim (8245)
37fgsea (8165)
38clusterProfiler (8090)
39BSgenome (7828)
40DOSE (7615)
41enrichplot (7364)
42affyio (7292)
43affy (7280)
44HDF5Array (7158)
45impute (7048)
46ProtGenerics (6882)
47DelayedMatrixStats (6124)
48GEOquery (6016)
49ensembldb (5944)
50ComplexHeatmap (5914)
51VariantAnnotation (5839)
52AnnotationFilter (5826)
53ShortRead (5597)
54SingleCellExperiment (5559)
55AnnotationHub (5477)
56GSEABase (5446)
57sva (5264)
58beachmat (5104)
59KEGGREST (5103)
60interactiveDisplayBase (5018)
61BiocInstaller (4497)
62BiocStyle (4276)
63scater (4225)
64BiocSingular (4184)
65BiocNeighbors (4098)
66biovizBase (4010)
67KEGGgraph (3950)
68pathview (3863)
69MatrixGenerics (3821)
70vsn (3705)
71pcaMethods (3513)
72phyloseq (3436)
73DESeq (3404)
74biomformat (3221)
75biocViews (3094)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (71)
a4Base (101)
a4Classif (71)
a4Core (121)
a4Preproc (114)
a4Reporting (70)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (69)
ABarray (59)
abseqR (52)
ABSSeq (66)
acde (68)
ACE (60)
aCGH (129)
ACME (75)
ADaCGH2 (54)
ADAM (50)
ADAMgui (44)
adaptest (33)
adductomicsR (45)
ADImpute (7)
adSplit (56)
AffiXcan (45)
affxparser (1544)
affy (7280)
affycomp (83)
AffyCompatible (87)
affyContam (61)
affycoretools (345)
affydata (0)
AffyExpress (59)
affyILM (53)
affyio (7292)
affylmGUI (88)
affyPara (60)
affypdnn (30)
affyPLM (1300)
affyQCReport (182)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (56)
AffyTiling (1)
AGDEX (53)
aggregateBioVar (6)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (158)
AgiMicroRna (124)
agimicrorna (0)
AIMS (418)
ALDEx2 (362)
alevinQC (63)
AllelicImbalance (75)
AlphaBeta (45)
alpine (85)
ALPS (51)
AlpsNMR (6)
alsace (63)
altcdfenvs (62)
AMARETTO (53)
AMOUNTAIN (69)
amplican (68)
ampliQueso (6)
AnalysisPageServer (37)
anamiR (26)
Anaquin (55)
ANCOMBC (17)
AneuFinder (74)
ANF (52)
animalcules (56)
annaffy (394)
AnnBuilder (0)
annmap (49)
annotate (17209)
AnnotationDbi (27424)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (5826)
AnnotationForge (2748)
AnnotationFuncs (81)
AnnotationHub (5477)
AnnotationHubData (120)
annotationTools (96)
annotatr (307)
anota (62)
anota2seq (62)
antiProfiles (54)
AnVIL (118)
AnVILBilling (6)
AnVILPublish (6)
APAlyzer (53)
apcluster (0)
apComplex (64)
apcomplex (0)
apeglm (1924)
applera (0)
appreci8R (48)
aroma.light (2533)
ArrayExpress (616)
ArrayExpressHTS (42)
arrayMagic (0)
arrayMvout (48)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (68)
arrayQualityMetrics (524)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (97)
ArrayTV (40)
ARRmNormalization (53)
artMS (73)
ASAFE (47)
ASEB (52)
ASGSCA (55)
ASICS (69)
asmn (1)
ASpediaFI (42)
ASpli (80)
AssessORF (44)
ASSET (66)
ASSIGN (69)
ATACseqQC (284)
AtlasRDF (2)
atSNP (42)
attract (54)
AUCell (647)
Autotuner (59)
AWFisher (43)

B

BaalChIP (54)
BAC (51)
bacon (92)
BADER (54)
BadRegionFinder (51)
BAGS (49)
ballgown (702)
bambu (10)
bamsignals (658)
BANDITS (50)
banocc (53)
basecallQC (68)
BaseSpaceR (62)
Basic4Cseq (59)
BASiCS (104)
BasicSTARRseq (54)
basilisk (177)
basilisk.utils (176)
batchelor (1556)
BatchQC (129)
BayesKnockdown (46)
BayesPeak (59)
BayesSpace (8)
bayNorm (78)
baySeq (568)
BBCAnalyzer (51)
BCRANK (67)
bcSeq (49)
BDMMAcorrect (47)
beachmat (5104)
beadarray (754)
beadarraySNP (60)
BeadDataPackR (676)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (46)
BEAT (50)
BEclear (61)
betr (4)
bgafun (33)
BgeeCall (34)
BgeeDB (91)
BGmix (43)
bgx (57)
BHC (160)
BicARE (102)
BiFET (57)
BiGGR (53)
BigMatrix (0)
bigmelon (66)
bigmemoryExtras (57)
bigPint (74)
bim (0)
bioassayR (63)
Biobase (33687)
biobase (0)
biobroom (173)
biobtreeR (36)
bioCancer (57)
BiocCaseStudies (55)
BiocCheck (1561)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (31)
BiocFileCache (15147)
BiocGenerics (38429)
biocGraph (232)
BiocInstaller (4497)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (43)
biocLite (0)
BiocNeighbors (4098)
BiocOncoTK (57)
Bioconductor (0)
BioCor (58)
BiocParallel (26492)
BiocPkgTools (88)
BiocSet (61)
BiocSingular (4184)
BiocSklearn (415)
BiocStyle (4276)
biocthis (11)
BiocVersion (40081)
biocViews (3094)
BiocWorkflowTools (83)
bioDist (225)
biomaRt (17624)
BioMedR (1)
biomformat (3221)
BioMM (47)
BioMVCClass (48)
biomvRCNS (50)
BioNet (184)
bionet (0)
BioNetStat (56)
BioQC (111)
BioSeqClass (58)
biosigner (68)
Biostrings (21430)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (34)
BioTIP (40)
biotmle (56)
biovizBase (4010)
BiRewire (74)
birta (47)
birte (6)
biscuiteer (46)
BiSeq (93)
BitSeq (72)
blacksheepr (42)
blima (52)
BLMA (72)
bluster (433)
bnbc (50)
bnem (1)
BPRMeth (63)
BRAIN (145)
brainflowprobes (37)
brainImageR (4)
BrainSABER (15)
BrainStars (47)
branchpointer (58)
breakpointR (47)
brendaDb (42)
BRGenomics (41)
bridge (50)
BridgeDbR (63)
BrowserViz (95)
BrowserVizDemo (3)
BSgenome (7828)
bsseq (1023)
BubbleTree (58)
BufferedMatrix (57)
BufferedMatrixMethods (52)
BUMHMM (46)
bumphunter (2044)
BumpyMatrix (1)
BUS (53)
BUScorrect (44)
BUSpaRse (158)
BuxcoR (0)

C

CAEN (1)
CAFE (45)
CAGEfightR (72)
CAGEr (100)
CALIB (22)
calm (36)
CAMERA (466)
CAMTHC (33)
canceR (65)
cancerclass (55)
CancerInSilico (52)
CancerMutationAnalysis (54)
CancerSubtypes (157)
CAnD (43)
caOmicsV (51)
Cardinal (120)
CARNIVAL (42)
casper (57)
CATALYST (307)
Category (2681)
categoryCompare (51)
CausalR (55)
cbaf (46)
cBioPortalData (93)
ccfindR (62)
ccmap (76)
CCPROMISE (46)
ccrepe (71)
celaref (87)
celda (148)
CellaRepertorium (6)
cellbaseR (54)
CellBench (62)
cellGrowth (22)
cellHTS (1)
cellHTS2 (159)
cellity (52)
CellMapper (51)
CellMixS (55)
CellNOptR (94)
cellscape (62)
CellScore (45)
CellTrails (43)
cellTree (62)
CEMiTool (190)
censcyt (1)
ceRNAnetsim (33)
CeTF (54)
CexoR (51)
CFAssay (57)
cfDNAPro (6)
CGEN (57)
CGHbase (267)
CGHcall (235)
cghMCR (63)
CGHnormaliter (49)
CGHregions (60)
ChAMP (583)
CHARGE (32)
charm (10)
ChemmineOB (551)
ChemmineR (426)
chemminer (0)
CHETAH (92)
ChIC (44)
Chicago (79)
chimera (58)
chimeraviz (77)
ChIPanalyser (47)
ChIPComp (60)
chipenrich (96)
ChIPexoQual (52)
ChIPpeakAnno (897)
ChIPQC (296)
ChIPseeker (1187)
chipseq (500)
ChIPseqR (133)
ChIPSeqSpike (58)
ChIPsim (134)
ChIPXpress (39)
chopsticks (116)
chroGPS (21)
chromDraw (53)
ChromHeatMap (73)
ChromoViz (0)
chromPlot (94)
ChromSCape (8)
chromstaR (70)
chromswitch (50)
chromVAR (384)
CHRONOS (54)
cicero (186)
CINdex (56)
cindex (1)
circRNAprofiler (48)
cisPath (53)
CiteFuse (42)
ClassifyR (57)
cleanUpdTSeq (52)
cleaver (157)
clippda (52)
clipper (68)
cliqueMS (55)
Clomial (53)
Clonality (58)
clonotypeR (52)
clst (53)
clstutils (51)
CluMSID (52)
clustComp (53)
clusterExperiment (459)
ClusterJudge (48)
clusterProfiler (8090)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (50)
ClusterSignificance (51)
clusterStab (135)
clustifyr (56)
CMA (137)
cmapR (94)
cn.farms (52)
cn.mops (153)
CNAnorm (70)
cnanorm (0)
CNEr (724)
CNORdt (50)
CNORfeeder (52)
CNORfuzzy (50)
CNORode (75)
CNPBayes (6)
CNTools (139)
CNVfilteR (42)
CNVgears (1)
cnvGSA (49)
CNVPanelizer (64)
CNVRanger (75)
CNVrd2 (49)
CNVtools (45)
cnvtools (0)
cobindR (37)
CoCiteStats (50)
COCOA (49)
codelink (57)
CODEX (113)
coexnet (61)
CoGAPS (116)
cogena (83)
coGPS (48)
COHCAP (63)
cola (61)
combi (31)
coMET (77)
compartmap (45)
COMPASS (61)
compcodeR (66)
compEpiTools (65)
CompGO (63)
ComplexHeatmap (5914)
condcomp (3)
CONFESS (46)
consensus (42)
ConsensusClusterPlus (2211)
consensusDE (46)
consensusOV (56)
consensusSeekeR (53)
CONSTANd (0)
contiBAIT (48)
conumee (105)
convert (123)
copa (51)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (310)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (66)
CopywriteR (86)
coRdon (98)
CoRegFlux (38)
CoRegNet (73)
CoreGx (99)
Cormotif (47)
CorMut (37)
coRNAi (2)
corral (27)
CORREP (53)
coseq (91)
cosmiq (53)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
COSNet (50)
CountClust (91)
countsimQC (57)
covEB (44)
CoverageView (76)
covRNA (48)
cpvSNP (50)
cqn (201)
CRImage (74)
CRISPRseek (99)
crisprseekplus (46)
CrispRVariants (88)
crlmm (141)
CrossICC (36)
crossmeta (70)
CSAR (144)
csaw (319)
CSSP (50)
CSSQ (34)
ctc (282)
CTDquerier (17)
ctgGEM (30)
cTRAP (48)
ctsGE (54)
cummeRbund (434)
cummerbund (0)
customCMPdb (5)
customProDB (84)
CVE (20)
cycle (50)
cydar (80)
CytoDx (53)
cytofast (58)
cytofkit (57)
cytolib (1422)
cytomapper (33)
CytoML (873)
CytoTree (14)

D

dada2 (1584)
dagLogo (54)
daMA (46)
DAMEfinder (36)
DaMiRseq (79)
DAPAR (81)
DART (51)
DASC (2)
DASiR (1)
dasper (6)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (87)
dcanr (56)
dcGSA (47)
DChIPRep (38)
ddCt (96)
ddgraph (3)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (47)
dearseq (35)
debCAM (44)
debrowser (219)
DECIPHER (1162)
deco (48)
DEComplexDisease (46)
decompTumor2Sig (57)
DeconRNASeq (189)
decontam (220)
DEDS (35)
DeepBlueR (63)
deepSNV (97)
DEFormats (223)
DegNorm (15)
DEGraph (49)
DEGreport (400)
DEGseq (262)
DelayedArray (26315)
DelayedDataFrame (42)
DelayedMatrixStats (6124)
deltaCaptureC (37)
deltaGseg (48)
DeMAND (51)
DeMixT (63)
densvis (6)
DEP (285)
DepecheR (50)
DEqMS (78)
derfinder (500)
derfinderHelper (490)
derfinderPlot (97)
DEScan2 (49)
DESeq (3404)
deseq (0)
DESeq2 (13235)
DEsingle (195)
destiny (774)
DEsubs (52)
DEWSeq (44)
DEXSeq (668)
dexus (50)
DFP (47)
DIAlignR (33)
DiffBind (822)
diffcoexp (56)
diffcyt (210)
diffGeneAnalysis (48)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (88)
DiffLogo (60)
diffloop (109)
diffuStats (67)
diggit (49)
Director (39)
DirichletMultinomial (1195)
discordant (51)
DiscoRhythm (49)
distinct (30)
dittoSeq (117)
divergence (40)
dks (48)
DMCFB (40)
DMCHMM (50)
DMRcaller (83)
DMRcate (738)
DMRforPairs (47)
DMRScan (49)
dmrseq (93)
DNABarcodeCompatibility (42)
DNABarcodes (102)
DNAcopy (2097)
DNaseR (0)
DNAshapeR (78)
domainsignatures (3)
DominoEffect (45)
doppelgangR (55)
DOQTL (12)
Doscheda (46)
DOSE (7615)
doseR (40)
dpeak (31)
drawProteins (96)
DRIMSeq (286)
DriverNet (57)
DropletUtils (906)
DrugVsDisease (56)
dSimer (9)
DSS (791)
DTA (49)
dualKS (50)
Dune (34)
DupChecker (32)
dupRadar (90)
dyebias (49)
DynDoc (491)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (106)
easyreporting (35)
easyRNASeq (72)
easyrnaseq (0)
EBarrays (117)
EBcoexpress (57)
EBImage (2560)
EBSEA (44)
EBSeq (423)
EBSeqHMM (73)
ecolitk (48)
EDASeq (2339)
edd (0)
EDDA (59)
edge (111)
edgeR (14687)
edger (0)
eegc (48)
EGAD (64)
EGSEA (211)
eiR (49)
eisa (59)
eisaR (50)
ELBOW (49)
ELMER (263)
EMDomics (57)
EmpiricalBrownsMethod (79)
ENCODExplorer (75)
EnhancedVolcano (1898)
EnMCB (40)
ENmix (139)
EnrichedHeatmap (162)
EnrichmentBrowser (264)
enrichplot (7364)
enrichTF (49)
ensembldb (5944)
ensemblVEP (113)
ENVISIONQuery (38)
EpiCluster (0)
EpiDISH (144)
epigenomix (53)
epihet (44)
epiNEM (51)
EpiTxDb (33)
epivizr (65)
epivizrChart (46)
epivizrData (68)
epivizrServer (71)
epivizrStandalone (57)
erccdashboard (63)
erma (141)
ERSSA (42)
esATAC (109)
escape (17)
esetVis (68)
eudysbiome (46)
evaluomeR (42)
EventPointer (60)
EWCE (2)
ExCluster (38)
ExiMiR (51)
exomeCopy (222)
exomecopy (0)
exomePeak (25)
exomePeak2 (42)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (2987)
ExperimentHubData (85)
ExperimentSubset (6)
explorase (33)
ExploreModelMatrix (43)
ExpressionAtlas (87)
ExpressionView (51)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (115)
facopy (3)
factDesign (51)
FamAgg (59)
famat (6)
farms (55)
fastLiquidAssociation (47)
FastqCleaner (90)
fastseg (587)
fbat (0)
FCBF (65)
fCCAC (47)
fCI (48)
fcoex (44)
fcScan (37)
fdrame (53)
FELLA (108)
FEM (376)
ffpe (58)
FGNet (88)
fgsea (8165)
FilterFFPE (7)
FindMyFriends (78)
FISHalyseR (47)
fishpond (105)
FitHiC (64)
flagme (50)
flipflop (6)
flowAI (350)
flowBeads (48)
flowBin (48)
flowcatchR (53)
flowCHIC (52)
flowCL (73)
flowClean (166)
flowClust (940)
flowCore (1737)
flowCut (18)
flowCyBar (54)
flowDensity (150)
flowFit (41)
flowFlowJo (0)
flowFP (79)
flowGraph (1)
flowMap (53)
flowMatch (53)
flowMeans (144)
flowMerge (74)
flowPeaks (85)
flowPhyto (0)
flowPloidy (52)
flowPlots (52)
flowQ (3)
flowq (0)
flowQB (6)
FlowRepositoryR (56)
FlowSOM (847)
flowSpecs (43)
flowSpy (47)
flowStats (929)
flowTime (48)
flowTrans (73)
flowType (47)
flowUtils (308)
flowViz (1118)
flowVS (51)
flowWorkspace (1147)
flowworkspace (0)
fmcsR (176)
fmrs (15)
focalCall (32)
FoldGO (50)
FourCSeq (59)
FRASER (34)
frenchFISH (28)
FRGEpistasis (53)
frma (113)
frmaTools (55)
FScanR (8)
FunChIP (47)
FunciSNP (48)
funtooNorm (46)

G

GA4GHclient (47)
ga4ghclient (1)
GA4GHshiny (46)
gaga (62)
gage (919)
gaggle (47)
gaia (154)
GAPGOM (42)
GAprediction (50)
garfield (55)
GARS (47)
GateFinder (43)
gaucho (3)
gcapc (48)
gcatest (50)
gCMAP (42)
gCMAPWeb (22)
gCrisprTools (55)
gcrma (1780)
GCSConnection (30)
GCSFilesystem (6)
GCSscore (37)
GDCRNATools (432)
GDSArray (78)
gdsfmt (1363)
geecc (30)
GEM (48)
gemini (40)
genArise (52)
genbankr (192)
GENE.E (2)
gene2pathway (0)
GeneAccord (42)
GeneAnswers (91)
geneAttribution (47)
GeneBreak (48)
geneClassifiers (45)
GeneExpressionSignature (62)
genefilter (16292)
genefu (461)
GeneGA (45)
GeneGeneInteR (53)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (75)
GeneNetworkBuilder (77)
GeneOverlap (240)
geneplast (49)
geneplotter (12901)
GeneR (0)
geneRecommender (51)
GeneRegionScan (50)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (47)
GeneSelectMMD (55)
GeneSelector (5)
GENESIS (229)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (59)
geNetClassifier (82)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (45)
GeneticsPed (108)
GeneTonic (37)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (51)
GENIE3 (485)
genoCN (53)
GenoGAM (52)
genomation (425)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (104)
GenomeInfoDb (27158)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (197)
genomeintervals (0)
genomes (69)
GenomicAlignments (15211)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (911)
GenomicDistributions (1)
GenomicFeatures (13560)
GenomicFiles (874)
GenomicInteractions (189)
GenomicOZone (37)
GenomicRanges (25246)
GenomicScores (341)
GenomicTuples (46)
Genominator (24)
genoset (135)
genotypeeval (47)
GenoView (1)
genphen (44)
GenRank (32)
GenVisR (360)
GEOfastq (1)
GEOmetadb (211)
GEOquery (6016)
GEOsearch (2)
GEOsubmission (47)
gep2pep (45)
gespeR (66)
getDEE2 (12)
GEWIST (45)
gff3Plotter (0)
GGBase (98)
ggbio (1897)
ggcyto (990)
GGPA (26)
GGtools (93)
ggtree (2719)
ggtreeExtra (25)
GIGSEA (41)
girafe (138)
GISPA (50)
GLAD (263)
GladiaTOX (41)
Glimma (1205)
glmGamPoi (66)
glmSparseNet (55)
GlobalAncova (394)
globalSeq (48)
globaltest (1082)
gmapR (77)
GmicR (48)
gmoviz (28)
GMRP (48)
GNET2 (45)
goCluster (0)
GOexpress (102)
GOfuncR (124)
GOFunction (49)
GoogleGenomics (4)
GOpro (53)
goProfiles (101)
goprofiles (0)
GOSemSim (8245)
gosemsim (0)
goseq (1240)
GOSim (130)
goSTAG (54)
GOstats (2529)
gostats (0)
GOsummaries (84)
GOTHiC (60)
goTools (72)
gotools (0)
GPA (27)
gpart (59)
gpls (90)
gprege (65)
gpuMagic (34)
gQTLBase (115)
gQTLstats (114)
gramm4R (41)
graper (42)
graph (15504)
GraphAlignment (54)
GraphAT (50)
graphite (1487)
GraphPAC (49)
GRENITS (54)
GreyListChIP (141)
GRmetrics (117)
groHMM (64)
GRridge (56)
GSALightning (50)
GSAR (162)
GSCA (48)
gscreend (43)
GSEABase (5446)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (60)
GSEAlm (85)
GSEAmining (13)
gsean (51)
GSgalgoR (6)
GSReg (49)
GSRI (49)
GSVA (2217)
gtrellis (123)
GUIDEseq (58)
Guitar (90)
Gviz (3042)
GWAS.BAYES (5)
gwascat (444)
GWASTools (455)
gwasurvivr (73)
GWENA (17)

H

h5vc (64)
hapFabia (49)
Harman (187)
Harshlight (44)
harshlight (0)
HCABrowser (41)
HCAExplorer (40)
HCAMatrixBrowser (14)
HCsnip (3)
HDF5Array (7158)
HDTD (50)
heatmaps (266)
Heatplus (539)
HelloRanges (85)
HELP (50)
HEM (47)
Herper (6)
hexbin (1)
hiAnnotator (70)
HIBAG (91)
HiCBricks (47)
hicbricks (1)
HiCcompare (124)
hicrep (56)
hierGWAS (53)
hierinf (40)
HilbertCurve (74)
HilbertVis (180)
HilbertVisGUI (31)
HiLDA (41)
hipathia (61)
HIPPO (28)
hiReadsProcessor (53)
HIREewas (41)
HiTC (139)
hmdbQuery (62)
HMMcopy (201)
hopach (221)
HPAanalyze (58)
hpar (243)
HPAStainR (10)
HTqPCR (181)
HTSanalyzeR (59)
HTSeqGenie (35)
htSeqTools (20)
htseqtools (0)
HTSFilter (203)
HumanTranscriptomeCompendium (43)
hummingbird (10)
HybridMTest (66)
hypeR (73)
hyperdraw (69)
hypergraph (100)

I

iASeq (44)
iasva (44)
iBBiG (90)
ibh (45)
iBMQ (35)
iCARE (69)
Icens (289)
icetea (43)
iCheck (46)
iChip (43)
iClusterPlus (199)
iCNV (53)
iCOBRA (98)
ideal (87)
ideogram (0)
IdeoViz (79)
idiogram (49)
IdMappingAnalysis (17)
IdMappingRetrieval (17)
idpr (10)
idr2d (43)
iFlow (0)
iGC (46)
IgGeneUsage (39)
igvR (77)
IHW (817)
illuminaio (2379)
ILoReg (10)
imageHTS (59)
IMAS (45)
Imetagene (47)
IMMAN (44)
ImmuneSpaceR (51)
immunoClust (52)
IMPCdata (42)
ImpulseDE (36)
ImpulseDE2 (82)
impute (7048)
INDEED (40)
infercnv (323)
infinityFlow (13)
Informeasure (7)
InPAS (49)
INPower (47)
inSilicoDb (6)
inSilicoMerging (3)
insilicomerging (0)
INSPEcT (59)
InTAD (49)
intansv (67)
InteractionSet (428)
interactiveDisplay (82)
interactiveDisplayBase (5018)
IntEREst (55)
InterMineR (76)
IntramiRExploreR (44)
inveRsion (46)
inversion (0)
IONiseR (63)
iontree (3)
iPAC (54)
ipdDb (41)
IPO (119)
IPPD (101)
IRanges (34501)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (7)
iSEE (309)
iSEEu (46)
iSeq (46)
iSNetwork (0)
isobar (133)
IsoCorrectoR (55)
IsoCorrectoRGUI (42)
IsoformSwitchAnalyzeR (187)
IsoGeneGUI (44)
ISoLDE (31)
isomiRs (66)
iSPlot (0)
ITALICS (44)
iterativeBMA (50)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (50)
iterClust (49)
iteremoval (41)
IVAS (51)
ivygapSE (48)
IWTomics (45)

J

JASPAR2018 (4)
jmosaics (1)
joda (29)
JunctionSeq (75)

K

karyoploteR (584)
KCsmart (48)
kebabs (108)
KEGGgraph (3950)
KEGGlincs (57)
keggorth (0)
keggorthology (68)
KEGGprofile (202)
KEGGREST (5103)
KEGGSOAP (0)
kimod (32)
KinSwingR (45)
kissDE (54)
kmknn (0)
KnowSeq (44)

L

LACE (25)
lapmix (44)
LBE (228)
ldblock (71)
LEA (312)
LedPred (45)
lefser (12)
les (49)
levi (39)
lfa (200)
limma (23834)
limmaGUI (83)
LINC (29)
LineagePulse (46)
LinkHD (38)
Linnorm (114)
lionessR (43)
lipidr (66)
LiquidAssociation (48)
lmdme (53)
LMGene (44)
LOBSTAHS (47)
loci2path (41)
logicFS (90)
logitT (47)
Logolas (52)
lol (18)
LOLA (152)
LoomExperiment (125)
LowMACA (47)
LPE (60)
LPEadj (45)
lpNet (40)
lpsymphony (908)
LRBaseDbi (60)
lumi (1098)
LVSmiRNA (18)
LymphoSeq (63)

M

M3C (392)
M3D (41)
M3Drop (247)
maanova (65)
Maaslin2 (158)
macat (49)
maCorrPlot (49)
MACPET (43)
MACSQuantifyR (37)
maDB (0)
madb (0)
made4 (248)
MADSEQ (43)
maftools (1541)
MAGeCKFlute (262)
maigesPack (51)
MAIT (69)
makecdfenv (126)
makePlatformDesign (0)
MANOR (44)
manta (18)
MantelCorr (45)
mAPKL (49)
maPredictDSC (45)
mapscape (52)
marr (5)
marray (1511)
martini (47)
maser (73)
maSigPro (287)
maskBAD (47)
MassArray (53)
massarray (0)
massiR (53)
MassSpecWavelet (1080)
MAST (1008)
matchBox (46)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (3821)
MatrixRider (45)
matter (113)
MaxContrastProjection (29)
MBAmethyl (42)
MBASED (53)
MBCB (50)
mbkmeans (92)
mBPCR (49)
MBQN (33)
MBttest (43)
mcaGUI (46)
MCbiclust (51)
MCRestimate (21)
mCSEA (58)
mdgsa (76)
mdp (46)
mdqc (54)
MDTS (41)
MEAL (66)
MeasurementError.cor (44)
MEAT (34)
MEB (35)
MEDIPS (101)
MEDME (47)
megadepth (6)
MEIGOR (70)
Melissa (41)
MergeMaid (60)
mergemaid (0)
Mergeomics (58)
MeSHDbi (206)
meshes (112)
meshr (91)
MeSHSim (2)
MesKit (13)
messina (45)
metaArray (48)
metaarray (0)
Metab (52)
metabCombiner (6)
metabolomicsWorkbenchR (9)
metabomxtr (51)
MetaboSignal (61)
metaCCA (55)
MetaCyto (61)
metagene (73)
metagene2 (52)
metagenomeFeatures (61)
metagenomeSeq (636)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (46)
metaMS (88)
MetaNeighbor (63)
metapod (27)
metaR (0)
metaSeq (64)
metaseqR (92)
metaseqR2 (30)
metavizr (52)
MetaVolcanoR (66)
metaX (2)
MetCirc (50)
MethCP (36)
methimpute (52)
methInheritSim (43)
MethPed (44)
MethReg (7)
methrix (45)
MethTargetedNGS (43)
methVisual (36)
methyAnalysis (96)
MethylAid (68)
methylCC (41)
methylGSA (94)
methylInheritance (45)
methylKit (454)
MethylMix (128)
methylMnM (52)
methylPipe (72)
MethylSeekR (135)
methylSig (30)
methylumi (1274)
methyvim (42)
MetID (38)
MetNet (47)
mfa (63)
Mfuzz (314)
mfuzz (0)
MGFM (50)
MGFR (54)
mgsa (78)
MiChip (46)
microbiome (758)
microbiomeDASim (40)
microbiomeExplorer (6)
MicrobiotaProcess (59)
microRNA (127)
MIGSA (52)
mimager (44)
MIMOSA (51)
mina (1)
MineICA (61)
minet (527)
minfi (1797)
MinimumDistance (44)
MiPP (45)
MIRA (56)
MiRaGE (48)
miRBaseConverter (100)
miRcomp (44)
mirIntegrator (47)
miRLAB (60)
miRmine (55)
miRNAmeConverter (62)
miRNApath (62)
miRNAtap (109)
miRSM (40)
miRsponge (4)
miRspongeR (53)
Mirsynergy (29)
missMethyl (815)
missRows (42)
mitch (50)
mitoODE (30)
mixOmics (1906)
MLInterfaces (360)
mlm4omics (13)
MLP (77)
MLSeq (212)
MMAPPR2 (24)
MMDiff (1)
MMDiff2 (46)
mmgmos (1)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (32)
MMUPHin (45)
mnem (48)
moanin (2)
MODA (60)
Modstrings (79)
MOFA (137)
MOFA2 (14)
MOGAMUN (6)
mogsa (75)
MOMA (27)
monocle (1870)
MoonlightR (61)
MoPS (30)
mosaics (80)
MOSim (40)
motifbreakR (84)
motifcounter (52)
MotifDb (401)
motifmatchr (454)
motifRG (108)
motifStack (504)
MotIV (430)
MouseFM (13)
MPFE (36)
mpra (50)
MPRAnalyze (46)
mQTL.NMR (3)
msa (1072)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (279)
MSEADbi (6)
msgbsR (47)
MSGFgui (68)
MSGFplus (210)
msImpute (8)
msmsEDA (152)
msmsTests (153)
MSnbase (1788)
MSnID (202)
MSPrep (6)
msPurity (67)
msQC (0)
MSstats (338)
MSstatsConvert (6)
MSstatsPTM (5)
MSstatsQC (50)
MSstatsQCgui (43)
MSstatsSampleSize (37)
MSstatsTMT (93)
MSstatsTMTPTM (6)
mtbls2 (0)
MTseeker (11)
Mulcom (130)
MultiAssayExperiment (1247)
MultiBaC (11)
multiClust (78)
multicrispr (15)
MultiDataSet (457)
multiGSEA (18)
multiHiCcompare (61)
MultiMed (46)
multiMiR (161)
multiOmicsViz (59)
multiscan (43)
multtest (9697)
mumosa (1)
muscat (90)
muscle (178)
musicatk (7)
MutationalPatterns (292)
MVCClass (45)
mvGST (2)
MWASTools (73)
mygene (334)
myvariant (77)
mzID (1651)
mzR (1885)

N

NADfinder (49)
NanoMethViz (6)
NanoStringDiff (89)
NanoStringQCPro (73)
nanotatoR (42)
NarrowPeaks (36)
NBAMSeq (41)
NBSplice (44)
ncdfFlow (1050)
ncGTW (37)
NCIgraph (52)
ncRNAtools (8)
ndexr (54)
neaGUI (1)
nearBynding (8)
Nebulosa (28)
NeighborNet (38)
nem (43)
nempi (1)
netbenchmark (40)
netbiov (75)
netboost (32)
netboxr (32)
NetCRG (0)
netDx (38)
nethet (47)
NetPathMiner (62)
netprioR (43)
netReg (36)
netresponse (56)
NetSAM (47)
netSmooth (53)
networkBMA (57)
NewWave (7)
NGScopy (6)
ngsReports (65)
nnNorm (45)
NOISeq (651)
nondetects (103)
NoRCE (30)
normalize450K (43)
NormalyzerDE (74)
NormqPCR (249)
normr (116)
NPARC (37)
npGSEA (51)
NTW (41)
nucleoSim (46)
nucleR (62)
nucler (0)
nuCpos (40)
nudge (3)
NuPoP (52)

O

occugene (44)
OCplus (136)
odseq (51)
OGSA (29)
oligo (1686)
oligoClasses (1771)
OLIN (47)
OLINgui (45)
OmaDB (64)
omicade4 (81)
OmicCircos (242)
omiccircos (0)
omicplotR (53)
omicRexposome (43)
OmicsLonDA (41)
OmicsMarkeR (53)
omicsmarker (1)
OMICsPCA (44)
omicsPrint (48)
Omixer (10)
OmnipathR (86)
Onassis (51)
oncomix (51)
OncoScore (49)
OncoSimulR (63)
oneChannelGUI (4)
oneSENSE (43)
onlineFDR (48)
ontoCAT (4)
ontoProc (78)
ontoTools (0)
openCyto (904)
openPrimeR (100)
openPrimeRui (58)
OpenStats (26)
OperaMate (2)
oposSOM (62)
oppar (46)
oppti (33)
optimalFlow (20)
OPWeight (49)
OrderedList (90)
ORFik (101)
Organism.dplyr (432)
OrganismDbi (2682)
OSAT (58)
OSCA (0)
Oscope (58)
OTUbase (44)
OutlierD (62)
OUTRIDER (103)
OVESEG (38)

P

PAA (57)
packFinder (26)
padma (11)
PADOG (240)
pageRank (7)
PAIRADISE (52)
paircompviz (53)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (66)
panelcn.mops (62)
PAnnBuilder (3)
panp (53)
PANR (48)
PanVizGenerator (52)
PAPi (23)
parglms (42)
parody (58)
PAST (51)
Path2PPI (61)
pathifier (209)
PathNet (41)
PathoStat (59)
pathprint (29)
pathRender (48)
pathVar (46)
pathview (3863)
pathwayPCA (64)
PathwaySplice (35)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (82)
Pbase (18)
pbcmc (3)
pcaExplorer (396)
pcaGoPromoter (37)
pcaMethods (3513)
PCAN (52)
PCAtools (555)
pcot2 (127)
PCpheno (44)
pcxn (44)
pdInfoBuilder (105)
pdmclass (2)
PeacoQC (13)
peakPantheR (43)
PECA (58)
peco (28)
PepsNMR (65)
pepStat (49)
pepXMLTab (51)
PERFect (38)
periodicDNA (9)
perturbatr (42)
PFP (1)
PGA (52)
pga (1)
pgca (48)
PGSEA (185)
pgUtils (0)
phantasus (72)
PharmacoGx (172)
phemd (42)
phenoDist (3)
phenopath (70)
phenoTest (97)
PhenStat (57)
philr (132)
phosphonormalizer (36)
PhosR (7)
PhyloProfile (53)
phyloseq (3436)
Pi (85)
piano (296)
pickgene (42)
PICS (128)
Pigengene (68)
PING (46)
pint (17)
pipeComp (14)
pipeFrame (70)
pkgDepTools (67)
plateCore (6)
plethy (44)
plgem (68)
plier (180)
PloGO2 (27)
plotGrouper (48)
PLPE (46)
plrs (31)
plw (30)
plyranges (413)
pmm (40)
pmp (43)
PoDCall (1)
podkat (52)
pogos (44)
polyester (126)
Polyfit (46)
POMA (9)
POST (43)
PoTRA (39)
PowerExplorer (27)
powerTCR (108)
PPInfer (65)
ppiStats (52)
pqsfinder (63)
prada (253)
pram (40)
prebs (45)
preciseTAD (9)
PrecisionTrialDrawer (39)
PREDA (71)
predictionet (39)
preprocessCore (10683)
primirTSS (40)
PrInCE (40)
Prize (36)
proActiv (8)
proBAMr (47)
proBatch (54)
PROcess (101)
procoil (49)
ProCoNA (3)
proDA (54)
proFIA (49)
profileplyr (58)
profileScoreDist (40)
progeny (135)
projectR (55)
pRoloc (265)
pRolocGUI (75)
PROMISE (45)
PROPER (72)
PROPS (46)
Prostar (69)
prostar (1)
prot2D (5)
proteinProfiles (44)
ProteomicsAnnotationHubData (44)
ProteoMM (51)
proteoQC (22)
ProtGenerics (6882)
PSEA (51)
psichomics (75)
PSICQUIC (68)
psygenet2r (50)
PubScore (34)
pulsedSilac (37)
puma (131)
PureCN (139)
pvac (46)
pvca (202)
Pviz (51)
PWMEnrich (85)
pwOmics (49)
pwrEWAS (50)
pxr (0)

Q

qckitfastq (48)
qcmetrics (57)
QDNAseq (225)
QFeatures (22)
qpcrNorm (52)
qpgraph (106)
qPLEXanalyzer (46)
qrqc (153)
qsea (54)
qsmooth (53)
QSutils (49)
qtbase (0)
Qtlizer (38)
qtpaint (0)
QUALIFIER (19)
quantro (118)
quantsmooth (475)
QuartPAC (42)
QuasR (335)
QuaternaryProd (73)
QUBIC (90)
qusage (253)
qvalue (9590)

R

R3CPET (46)
r3Cseq (132)
R453Plus1Toolbox (48)
R4RNA (53)
RadioGx (16)
RaggedExperiment (566)
rain (76)
rama (48)
RamiGO (8)
ramigo (0)
ramr (0)
ramwas (70)
RandomWalkRestartMH (53)
randPack (49)
randRotation (24)
RankProd (352)
RareVariantVis (50)
Rariant (45)
RbcBook1 (48)
RBGL (8622)
RBioinf (65)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (154)
RBM (44)
Rbowtie (372)
Rbowtie2 (227)
rbsurv (80)
Rcade (66)
RCAS (59)
RCASPAR (45)
rcellminer (60)
rCGH (74)
Rchemcpp (11)
RchyOptimyx (54)
RcisTarget (470)
RCM (53)
RConferoMapping (0)
Rcpi (132)
Rcwl (48)
RcwlPipelines (38)
RCy3 (580)
RCyjs (57)
RCytoscape (8)
RDAVIDWebService (332)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (68)
Rdisop (283)
RDRToolbox (118)
ReactomeContentService4R (1)
ReactomeGSA (66)
ReactomePA (1328)
readat (36)
ReadqPCR (259)
reb (29)
REBET (38)
rebook (18)
receptLoss (26)
reconsi (28)
recount (431)
recount3 (8)
recountmethylation (9)
recoup (45)
RedeR (140)
REDseq (126)
RefNet (34)
RefPlus (48)
RegEnrich (11)
regioneR (1502)
regionReport (119)
regsplice (45)
regutools (26)
REMP (60)
Repitools (224)
ReportingTools (842)
reposTools (0)
RepViz (42)
ReQON (51)
ResidualMatrix (198)
Resourcerer (0)
restfulSE (55)
rexposome (62)
rfaRm (27)
Rfastp (10)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (45)
rGADEM (532)
RGalaxy (55)
Rgin (45)
RGMQL (34)
RGraph2js (47)
Rgraphviz (9302)
rGREAT (210)
RGSEA (83)
rgsepd (51)
rhdf5 (12538)
rhdf5client (63)
rhdf5filters (2060)
Rhdf5lib (13041)
Rhisat2 (327)
Rhtslib (15009)
rHVDM (5)
RiboProfiling (75)
ribor (29)
riboSeq (0)
riboSeqR (65)
ribosomeProfilingQC (34)
RImmPort (45)
Ringo (253)
Rintact (0)
RIPAT (9)
RIPSeeker (56)
Risa (56)
RITAN (55)
RIVER (45)
RJMCMCNucleosomes (46)
RLassoCox (1)
RLMM (47)
RMAGEML (0)
Rmagpie (49)
RMAPPER (0)
RMassBank (80)
rMAT (10)
rmelting (51)
RmiR (46)
rmir (0)
Rmmquant (37)
RNAAgeCalc (30)
RNAdecay (33)
rnaEditr (6)
RNAinteract (45)
RNAither (45)
rnaither (0)
RNAmodR (41)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (38)
RNAmodR.ML (34)
RNAmodR.RiboMethSeq (36)
RNAprobR (45)
RNAsense (34)
rnaseqcomp (49)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (50)
RNASeqPower (123)
RNASeqR (51)
RnaSeqSampleSize (47)
RnBeads (247)
Rnits (49)
roar (59)
ROC (1051)
ROCpAI (29)
Roleswitch (47)
Rolexa (1)
rols (293)
roma (0)
ROntoTools (99)
ropls (508)
ROSeq (25)
ROTS (143)
RPA (55)
RProtoBufLib (1219)
RpsiXML (66)
rpx (246)
Rqc (151)
rqt (46)
rqubic (76)
rRDP (46)
Rredland (0)
RRHO (82)
rrvgo (48)
Rsamtools (16976)
rsbml (83)
rScudo (44)
rsemmed (7)
RSeqAn (52)
rSFFreader (5)
RSNPper (0)
Rsubread (1694)
RSVSim (59)
rSWeeP (29)
rTANDEM (99)
RTCA (49)
RTCGA (590)
RTCGAToolbox (481)
RTN (109)
RTNduals (60)
RTNsurvival (57)
RTools4TB (0)
RTopper (48)
Rtpca (11)
rtracklayer (14584)
Rtreemix (51)
rTRM (60)
rTRMui (44)
runibic (62)
Ruuid (0)
RUVcorr (55)
RUVnormalize (63)
RUVSeq (790)
RVS (44)
RWebServices (1)
rWikiPathways (187)

S

S4Vectors (36689)
safe (406)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (41)
SAGx (172)
SAIGEgds (50)
samExploreR (38)
sampleClassifier (28)
SamSPECTRAL (75)
sangeranalyseR (35)
sangerseqR (253)
SANTA (21)
sapFinder (41)
saps (1)
sarks (28)
savR (65)
SBGNview (41)
sbgr (1)
SBMLR (52)
SC3 (399)
Scale4C (44)
ScaledMatrix (0)
scAlign (43)
SCAN.UPC (101)
SCANVIS (37)
SCArray (0)
SCATE (8)
scater (4225)
scBFA (39)
SCBN (48)
scCB2 (12)
scClassify (28)
scDataviz (14)
scDblFinder (115)
scDD (118)
scde (340)
scds (125)
SCFA (8)
scFeatureFilter (42)
scfind (40)
scGPS (39)
schex (108)
scHOT (31)
ScISI (56)
scMAGeCK (36)
scmap (154)
scMerge (112)
scmeth (49)
SCnorm (146)
scone (136)
Sconify (44)
SCOPE (29)
scoreInvHap (46)
scp (9)
scPCA (59)
scPipe (82)
scran (2174)
scRecover (48)
scRepertoire (16)
scruff (55)
scry (42)
scsR (29)
scTensor (64)
scTGIF (41)
scTHI (29)
scuttle (994)
SDAMS (48)
segmentSeq (126)
selectKSigs (29)
SELEX (47)
SemDist (42)
semisup (44)
SemSim (0)
SEPA (5)
SEPIRA (43)
seq2pathway (55)
SeqArray (530)
seqbias (56)
seqCAT (53)
seqCNA (57)
seqcombo (57)
SeqGate (8)
SeqGSEA (167)
seqLogo (1421)
Seqnames (0)
seqPattern (405)
seqplots (106)
seqsetvis (52)
SeqSQC (51)
seqTools (97)
SeqVarTools (421)
sesame (338)
SEtools (43)
sevenbridges (65)
sevenC (50)
SGSeq (425)
SharedObject (61)
shinyepico (1)
shinyMethyl (96)
shinyTANDEM (49)
ShortRead (5597)
shortread (0)
SIAMCAT (80)
SICtools (36)
sidap (0)
sigaR (47)
SigCheck (46)
sigFeature (81)
SigFuge (45)
siggenes (2075)
sights (51)
signatureSearch (65)
signeR (81)
signet (29)
sigPathway (157)
SigsPack (41)
sigsquared (42)
SIM (46)
SIMAT (49)
SimBindProfiles (42)
SIMD (38)
SimFFPE (29)
similaRpeak (51)
SIMLR (165)
simpleaffy (559)
simpleSingleCell (1)
simplifyEnrichment (23)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (49)
sincell (59)
SingleCellExperiment (5559)
SingleCellSignalR (67)
singleCellTK (90)
SingleR (1160)
singscore (446)
SISPA (48)
sitePath (38)
sizepower (55)
SJava (1)
skewr (43)
slalom (52)
SLGI (49)
slingshot (696)
slinky (53)
SLqPCR (61)
SMAD (39)
SMAP (44)
SMITE (55)
SNAData (0)
SNAGEE (41)
snapCGH (55)
snapcount (25)
snifter (15)
snm (144)
snpAssoc (0)
SNPchip (124)
SNPediaR (43)
SNPhood (45)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1079)
snpStats (1362)
soGGi (127)
sojourner (35)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (177)
SpacePAC (49)
spade (2)
Spaniel (44)
sparseDOSSA (48)
sparseMatrixStats (918)
sparsenetgls (37)
SparseSignatures (45)
SpatialCPie (47)
SpatialDecon (6)
SpatialExperiment (30)
spatialHeatmap (8)
specL (50)
SpeCond (125)
Spectra (31)
SpectralTAD (54)
SPEM (73)
SPIA (451)
spicyR (27)
SpidermiR (79)
spikeLI (41)
spkTools (44)
splatter (361)
splicegear (17)
spliceR (8)
spliceSites (7)
SplicingFactory (1)
SplicingGraphs (125)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (71)
SPLINTER (47)
splots (161)
SPONGE (50)
spotSegmentation (30)
spqn (26)
SPsimSeq (15)
SQLDataFrame (39)
SQUADD (40)
sRACIPE (44)
SRAdb (456)
sRAP (31)
SRGnet (45)
srnadiff (32)
sscore (47)
sscu (47)
sSeq (228)
ssize (75)
SSPA (397)
ssPATHS (37)
ssrch (44)
ssviz (48)
stageR (131)
stam (0)
STAN (52)
staRank (45)
StarBioTrek (54)
Starr (34)
STATegRa (56)
statTarget (88)
stepNorm (46)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (39)
Streamer (47)
STRINGdb (552)
STROMA4 (47)
struct (40)
Structstrings (66)
structToolbox (36)
StructuralVariantAnnotation (116)
SubCellBarCode (38)
subSeq (69)
SummarizedBenchmark (48)
SummarizedExperiment (25280)
supraHex (270)
survcomp (782)
survtype (43)
Sushi (266)
sva (5264)
SVAPLSseq (30)
SVM2CRM (5)
SWATH2stats (63)
SwathXtend (46)
swfdr (49)
SwimR (43)
switchBox (59)
switchde (54)
synapter (130)
synergyfinder (148)
SynExtend (25)
synlet (41)
SynMut (40)
systemPipeR (963)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (7)

T

TADCompare (21)
TAPseq (34)
target (39)
TargetScore (53)
TargetSearch (56)
targetsearch (0)
TarSeqQC (45)
TBSignatureProfiler (28)
TCC (304)
TCGAbiolinks (2404)
TCGAbiolinksGUI (131)
TCGAutils (563)
TCseq (105)
TDARACNE (50)
tdaracne (0)
tenXplore (45)
TEQC (64)
ternarynet (43)
TFARM (43)
TFBSTools (751)
TFEA.ChIP (61)
TFHAZ (44)
TFutils (39)
tidybulk (64)
tidySingleCellExperiment (15)
tidySummarizedExperiment (9)
tiger (0)
tigre (47)
TileDBArray (9)
tilingArray (78)
timecourse (67)
timeOmics (31)
TimerQuant (0)
timescape (78)
TimeSeriesExperiment (53)
TimiRGeN (8)
TIN (44)
TissueEnrich (91)
TitanCNA (92)
tkWidgets (474)
TMixClust (70)
TNBC.CMS (42)
TnT (53)
TOAST (52)
tofsims (51)
tomoda (6)
ToPASeq (59)
topconfects (80)
topdownr (46)
topGO (2971)
topicmodels (0)
ToxicoGx (16)
TPP (93)
TPP2D (41)
tracktables (77)
trackViewer (252)
tradeSeq (169)
transcriptogramer (47)
transcriptR (51)
transite (46)
tRanslatome (50)
transomics2cytoscape (10)
TransView (47)
traseR (47)
TreeAndLeaf (30)
treeio (2345)
TreeSummarizedExperiment (88)
TReNA (1)
trena (38)
Trendy (55)
triform (26)
trigger (46)
trio (78)
triplex (48)
tRNA (64)
tRNAdbImport (43)
tRNAscanImport (49)
TRONCO (76)
TSCAN (171)
tscR (32)
tspair (54)
TSRchitect (50)
TSSi (5)
ttgsea (1)
TTMap (43)
TurboNorm (43)
TVTB (54)
tweeDEseq (95)
twilight (97)
twoddpcr (50)
tximeta (853)
tximport (2690)
TxRegInfra (43)
TypeInfo (42)

U

Ularcirc (45)
UMI4Cats (10)
uncoverappLib (9)
UNDO (47)
unifiedWMWqPCR (47)
UniProt.ws (269)
Uniquorn (43)
universalmotif (149)
uSORT (44)

V

VanillaICE (68)
VarCon (1)
variancePartition (305)
VariantAnnotation (5839)
VariantExperiment (34)
VariantFiltering (57)
VariantTools (100)
vasp (28)
vbmp (65)
VCFArray (41)
Vega (31)
VegaMC (43)
velociraptor (15)
VennDetail (91)
VERSO (6)
vidger (89)
viper (307)
virtualArray (0)
ViSEAGO (129)
VplotR (10)
vsn (3705)
vtpnet (40)
vulcan (50)

W

waddR (42)
wateRmelon (700)
wavClusteR (54)
waveTiling (16)
weaver (58)
webbioc (49)
weitrix (23)
widgetInvoke (0)
widgetTools (479)
wiggleplotr (84)
wpm (14)
Wrench (521)

X

XBSeq (54)
XCIR (35)
xcms (1237)
XDE (45)
Xeva (46)
XINA (39)
xmapbridge (42)
xmapcore (0)
xps (51)
XVector (27497)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (50)
YAPSA (84)
yaqcaffy (59)
yarn (67)

Z

zellkonverter (30)
zFPKM (98)
zinbwave (615)
zlibbioc (29141)