See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sat. 01 Nov 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (64967) 26 DESeq2 (24900) 51 BiocSingular (13089)
2 BiocGenerics (62385) 27 treeio (24660) 52 ScaledMatrix (12956)
3 GenomeInfoDb (59811) 28 Rhtslib (24320) 53 assorthead (12899)
4 IRanges (57843) 29 Rhdf5lib (24017) 54 BSgenome (12397)
5 S4Vectors (57435) 30 rhdf5 (23291) 55 genefilter (12076)
6 XVector (53427) 31 GenomicAlignments (23171) 56 AnnotationHub (11690)
7 Biobase (53161) 32 enrichplot (22521) 57 multtest (11586)
8 BiocParallel (53027) 33 clusterProfiler (22444) 58 BiocNeighbors (11475)
9 Biostrings (49369) 34 rhdf5filters (22372) 59 ProtGenerics (11434)
10 GenomicRanges (47239) 35 DOSE (22250) 60 impute (11080)
11 SparseArray (46665) 36 biomaRt (21780) 61 AnnotationFilter (11080)
12 MatrixGenerics (45185) 37 qvalue (21181) 62 GEOquery (10670)
13 DelayedArray (44947) 38 rtracklayer (20705) 63 ensembldb (9505)
14 UCSC.utils (43994) 39 graph (20584) 64 scuttle (9389)
15 SummarizedExperiment (43957) 40 GOSemSim (20530) 65 GSEABase (9383)
16 S4Arrays (43296) 41 BiocIO (19786) 66 Rgraphviz (9119)
17 zlibbioc (39401) 42 ComplexHeatmap (17964) 67 RBGL (9003)
18 AnnotationDbi (38765) 43 SingleCellExperiment (17932) 68 VariantAnnotation (8638)
19 KEGGREST (38706) 44 annotate (17767) 69 ExperimentHub (8301)
20 limma (36914) 45 GenomicFeatures (17502) 70 affyio (8272)
21 BiocFileCache (26859) 46 beachmat (16403) 71 affy (8074)
22 ggtree (25290) 47 DelayedMatrixStats (16341) 72 sva (7862)
23 Rsamtools (25212) 48 sparseMatrixStats (15846) 73 GSVA (7669)
24 edgeR (25099) 49 preprocessCore (15001) 74 pwalign (7484)
25 fgsea (24924) 50 HDF5Array (14996) 75 BiocBaseUtils (7315)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (200)

a4Base (211)

a4Classif (190)

a4Core (227)

a4Preproc (226)

a4Reporting (185)

ABAEnrichment (60)

ABarray (191)

abseqR (167)

ABSSeq (247)

acde (199)

ACE (187)

aCGH (288)

ACME (271)

ADaCGH2 (197)

ADAM (158)

ADAMgui (157)

ADAPT (80)

adaptest (16)

adductomicsR (156)

ADImpute (177)

adSplit (186)

adverSCarial (120)

AffiXcan (170)

affxparser (1813)

affy (8074)

affycomp (226)

AffyCompatible (79)

affyContam (189)

affycoretools (462)

AffyExpress (50)

affyILM (173)

affyio (8272)

affylmGUI (219)

affyPara (50)

affypdnn (70)

affyPLM (1038)

affyQCReport (51)

AffyRNADegradation (180)

AffyTiling (34)

AGDEX (179)

aggregateBioVar (175)

Agi4x44PreProcess (28)

agilp (182)

AgiMicroRna (279)

AHMassBank (122)

AIMS (427)

airpart (150)

alabaster (132)

alabaster.base (4130)

alabaster.bumpy (131)

alabaster.files (119)

alabaster.mae (137)

alabaster.matrix (3886)

alabaster.ranges (3805)

alabaster.sce (1227)

alabaster.schemas (3746)

alabaster.se (3769)

alabaster.sfe (62)

alabaster.spatial (137)

alabaster.string (128)

alabaster.vcf (126)

ALDEx2 (1398)

alevinQC (181)

AllelicImbalance (200)

AlphaBeta (173)

AlphaMissenseR (141)

alpine (51)

ALPS (17)

AlpsNMR (201)

alsace (58)

altcdfenvs (197)

AMARETTO (180)

AMOUNTAIN (191)

amplican (181)

ampliQueso (41)

AnalysisPageServer (39)

anamiR (17)

anansi (4)

Anaquin (151)

ANCOMBC (1532)

AneuFinder (182)

ANF (159)

anglemania (7)

animalcules (204)

annaffy (343)

AnnBuilder (10)

anndataR (7)

annmap (185)

annotate (17767)

AnnotationDbi (38765)

AnnotationFilter (11080)

AnnotationForge (1849)

AnnotationFuncs (41)

AnnotationHub (11690)

AnnotationHubData (382)

annotationTools (204)

annotatr (618)

anota (191)

anota2seq (231)

antiProfiles (166)

AnVIL (622)

AnVILAz (116)

AnVILBase (446)

AnVILBilling (141)

AnVILGCP (131)

AnVILPublish (135)

AnVILWorkflow (125)

APAlyzer (177)

apComplex (188)

apeglm (4519)

APL (137)

applera (4)

appreci8R (161)

aroma.light (1749)

ArrayExpress (477)

ArrayExpressHTS (42)

arrayMagic (15)

arrayMvout (173)

arrayQCplot (6)

arrayQuality (300)

arrayQualityMetrics (560)

ArrayTools (51)

ArrayTV (46)

ARRmNormalization (171)

artMS (199)

ASAFE (143)

ASEB (162)

ASGSCA (171)

ASICS (200)

asmn (4)

ASpediaFI (35)

ASpli (222)

AssessORF (171)

ASSET (202)

ASSIGN (230)

assorthead (12899)

ASURAT (161)

ATACCoGAPS (19)

ATACseqQC (491)

ATACseqTFEA (148)

atena (159)

AtlasRDF (19)

atSNP (171)

attract (215)

AUCell (3045)

autonomics (164)

Autotuner (18)

AWAggregator (15)

AWFisher (167)

awst (147)

B

BaalChIP (205)

BAC (66)

bacon (274)

BADER (170)

BadRegionFinder (151)

BAGS (165)

ballgown (1036)

bambu (384)

bamsignals (1066)

BANDITS (175)

bandle (156)

Banksy (385)

banocc (165)

barbieQ (82)

barcodetrackR (159)

basecallQC (182)

BaseSpaceR (171)

Basic4Cseq (179)

BASiCS (258)

BASiCStan (135)

BasicSTARRseq (148)

basilisk (3525)

basilisk.utils (3352)

batchCorr (25)

batchelor (4133)

BatchQC (248)

BatchSVG (100)

BayesKnockdown (153)

BayesPeak (60)

BayesSpace (432)

bayNorm (194)

baySeq (514)

BBCAnalyzer (188)

BCRANK (245)

bcSeq (150)

BDMMAcorrect (39)

beachmat (16403)

beachmat.hdf5 (189)

beachmat.tiledb (85)

beadarray (664)

beadarraySNP (79)

BeadDataPackR (628)

BeadExplorer (8)

BEARscc (39)

BEAT (188)

BEclear (180)

bedbaser (76)

beer (142)

benchdamic (115)

BERT (114)

betaHMM (119)

betr (34)

bettr (127)

BG2 (126)

bgafun (42)

BgeeCall (179)

BgeeDB (186)

BGmix (59)

bgx (109)

BHC (70)

BicARE (204)

BiFET (163)

BiGGR (158)

bigmelon (190)

bigmemoryExtras (35)

bigPint (64)

bim (5)

BindingSiteFinder (156)

bioassayR (180)

Biobase (53161)

biobroom (301)

biobtreeR (126)

Bioc.gff (9)

bioCancer (174)

BioCartaImage (122)

BiocBaseUtils (7315)

BiocBook (147)

BiocCaseStudies (53)

BiocCheck (1653)

biocDatasets (5)

BiocDockerManager (23)

BiocFHIR (139)

BiocFileCache (26859)

BiocGenerics (62385)

biocGraph (225)

BiocHail (75)

BiocHubsShiny (157)

BiocInstaller (126)

BiocIO (19786)

biocmake (493)

BiocNeighbors (11475)

BiocOncoTK (66)

BioCor (194)

BiocParallel (53027)

BiocPkgTools (286)

biocroxytest (112)

BiocSet (435)

BiocSingular (13089)

BiocSklearn (212)

BiocStyle (5974)

biocthis (302)

BiocVersion (64967)

biocViews (4381)

BiocWorkflowTools (234)

biodb (225)

biodbChebi (156)

biodbExpasy (20)

biodbHmdb (139)

biodbKegg (38)

biodbLipidmaps (22)

biodbMirbase (17)

biodbNcbi (141)

biodbNci (122)

biodbUniprot (125)

bioDist (332)

BioGA (111)

biomaRt (21780)

BioMedR (7)

biomformat (5998)

BioMM (40)

BioMVCClass (184)

biomvRCNS (184)

BioNAR (160)

BioNERO (287)

BioNet (358)

BioNetStat (51)

BioQC (232)

BioSeqClass (62)

biosigner (175)

Biostrings (49369)

biosvd (41)

BioTIP (183)

biotmle (165)

biovizBase (5258)

BiRewire (270)

birta (44)

birte (26)

biscuiteer (163)

BiSeq (245)

BitSeq (76)

blacksheepr (171)

blase (8)

blima (163)

BLMA (165)

BloodGen3Module (162)

bluster (6493)

bnbc (165)

bnem (141)

BOBaFIT (149)

borealis (126)

BPRMeth (201)

BRAIN (235)

brainflowprobes (40)

brainImageR (10)

BrainSABER (26)

BrainStars (41)

branchpointer (180)

breakpointR (170)

BreastSubtypeR (92)

brendaDb (151)

BREW3R.r (120)

BRGenomics (75)

bridge (58)

BridgeDbR (211)

broadSeq (114)

BrowserViz (227)

BrowserVizDemo (15)

BSgenome (12397)

BSgenomeForge (245)

bsseq (1400)

BubbleTree (191)

BufferedMatrix (171)

BufferedMatrixMethods (174)

bugsigdbr (579)

BulkSignalR (121)

BUMHMM (160)

bumphunter (2441)

BumpyMatrix (529)

BUS (202)

BUScorrect (170)

BUSpaRse (284)

BUSseq (153)

C

CaDrA (125)

CAEN (139)

CAFE (186)

CAGEfightR (266)

cageminer (158)

CAGEr (291)

CALIB (69)

CalibraCurve (4)

calm (129)

CAMERA (552)

CAMTHC (15)

CaMutQC (117)

canceR (194)

cancerclass (448)

CancerInSilico (50)

CancerMutationAnalysis (61)

CancerSubtypes (98)

CAnD (42)

caOmicsV (45)

cardelino (154)

Cardinal (374)

CardinalIO (235)

CARDspa (110)

CARNIVAL (282)

casper (172)

CATALYST (534)

Category (1287)

categoryCompare (204)

CatsCradle (120)

CausalR (176)

cbaf (153)

CBEA (45)

cBioPortalData (488)

CBN2Path (3)

CBNplot (168)

cbpManager (155)

CCAFE (100)

ccfindR (170)

ccImpute (142)

ccmap (161)

CCPlotR (150)

CCPROMISE (167)

ccrepe (215)

CDI (125)

celaref (147)

celda (862)

CellaRepertorium (42)

CellBarcode (164)

cellbaseR (168)

CellBench (233)

cellGrowth (34)

cellHTS (59)

cellHTS2 (154)

CelliD (286)

cellity (182)

CellMapper (148)

cellmig (11)

cellmigRation (143)

CellMixS (226)

CellNOptR (271)

cellscape (139)

CellScore (125)

CellTrails (184)

cellTree (51)

cellxgenedp (161)

CEMiTool (274)

censcyt (128)

Cepo (201)

ceRNAnetsim (142)

CeTF (181)

CexoR (198)

CFAssay (153)

cfdnakit (139)

cfDNAPro (161)

cfTools (129)

CGEN (184)

CGHbase (459)

CGHcall (435)

cghMCR (228)

CGHnormaliter (191)

CGHregions (175)

ChAMP (767)

CHARGE (13)

charm (43)

ChemmineOB (383)

ChemmineR (889)

CHETAH (208)

chevreulPlot (89)

chevreulProcess (97)

chevreulShiny (75)

ChIC (31)

Chicago (199)

chihaya (188)

chimera (54)

chimeraviz (202)

ChIPanalyser (186)

ChIPComp (166)

chipenrich (230)

ChIPexoQual (172)

ChIPpeakAnno (979)

ChIPQC (441)

ChIPseeker (2279)

chipseq (641)

ChIPseqR (216)

ChIPSeqSpike (27)

ChIPsim (187)

ChIPXpress (155)

chopsticks (202)

chroGPS (55)

Chromatograms (8)

chromDraw (177)

ChromHeatMap (199)

ChromoViz (7)

chromPlot (208)

ChromSCape (152)

chromstaR (96)

chromswitch (48)

chromVAR (1254)

CHRONOS (165)

cicero (362)

cigarillo (98)

CIMICE (142)

CINdex (173)

circRNAprofiler (181)

CircSeqAlignTk (125)

cisPath (134)

CiteFuse (175)

ClassifyR (373)

cleanUpdTSeq (212)

CleanUpRNAseq (121)

cleaver (312)

clevRvis (138)

clippda (187)

clipper (200)

cliProfiler (138)

cliqueMS (182)

Clomial (176)

Clonality (71)

clonotypeR (42)

clst (199)

clstutils (189)

CluMSID (139)

ClustAll (123)

clustComp (157)

clusterExperiment (406)

ClusterFoldSimilarity (125)

ClusterJudge (165)

clusterProfiler (22444)

clusterSeq (157)

ClusterSignificance (172)

clusterStab (184)

clustifyr (264)

ClustIRR (131)

clustSIGNAL (92)

CMA (263)

cmapR (551)

cn.farms (178)

cn.mops (292)

CNAnorm (183)

CNEr (2691)

CNORdt (164)

CNORfeeder (176)

CNORfuzzy (177)

CNORode (192)

CNPBayes (30)

CNTools (262)

CNVfilteR (129)

CNVgears (35)

cnvGSA (164)

CNViz (114)

CNVMetrics (150)

CNVPanelizer (172)

CNVRanger (197)

CNVrd2 (182)

CNVtools (41)

cobindR (50)

CoCiteStats (173)

COCOA (188)

codelink (236)

CODEX (238)

coexnet (37)

CoGAPS (329)

cogena (232)

cogeqc (161)

Cogito (147)

coGPS (193)

COHCAP (65)

cola (271)

comapr (130)

combi (146)

coMET (104)

coMethDMR (152)

compartmap (52)

COMPASS (230)

compcodeR (237)

compEpiTools (166)

CompGO (34)

ComplexHeatmap (17964)

CompoundDb (319)

ComPrAn (130)

compSPOT (111)

conclus (26)

concordexR (137)

condcomp (4)

condiments (202)

CONFESS (158)

consensus (152)

ConsensusClusterPlus (2927)

consensusDE (159)

consensusOV (174)

consensusSeekeR (174)

consICA (133)

CONSTANd (149)

contiBAIT (51)

conumee (285)

convert (225)

copa (185)

COPDSexualDimorphism (6)

copynumber (159)

CopyNumber450k (22)

CopyNumberPlots (172)

CopywriteR (55)

Coralysis (57)

coRdon (313)

CoRegFlux (14)

CoRegNet (91)

CoreGx (359)

Cormotif (196)

CorMut (37)

coRNAi (46)

corral (186)

CORREP (55)

coseq (238)

CoSIA (121)

cosmiq (162)

cosmo (18)

cosmoGUI (13)

cosmosR (208)

COSNet (161)

COTAN (178)

CountClust (40)

countsimQC (192)

covEB (149)

CoverageView (183)

covRNA (140)

CPSM (86)

cpvSNP (186)

cqn (365)

CRImage (216)

CRISPRball (109)

crisprBase (204)

crisprBowtie (172)

crisprBwa (117)

crisprDesign (193)

crisprScore (208)

CRISPRseek (267)

crisprseekplus (32)

crisprShiny (117)

CrispRVariants (228)

crisprVerse (144)

crisprViz (156)

crlmm (279)

CrossICC (7)

crossmeta (95)

crumblr (85)

crupR (84)

CSAR (202)

csaw (545)

csdR (136)

CSOA (10)

CSSP (44)

CSSQ (128)

ctc (326)

CTdata (129)

CTDquerier (162)

CTexploreR (118)

ctgGEM (18)

cTRAP (182)

ctsGE (163)

CTSV (133)

cummeRbund (359)

CuratedAtlasQueryR (140)

customCMPdb (130)

customProDB (178)

CVE (19)

cyanoFilter (147)

cycle (176)

cydar (214)

cypress (131)

CytoDx (157)

cytofast (16)

cytofkit (40)

CyTOFpower (69)

cytofQC (124)

CytoGLMM (144)

cytoKernel (143)

cytolib (2534)

cytomapper (432)

CytoMDS (119)

cytoMEM (176)

CytoML (530)

CytoPipeline (146)

CytoPipelineGUI (117)

CytoTree (34)

cytoviewer (164)

D

dada2 (2677)

dagLogo (201)

daMA (206)

DAMEfinder (171)

DaMiRseq (199)

Damsel (126)

dandelionR (100)

DAPAR (234)

dar (110)

DART (203)

DASC (3)

DASiR (26)

dasper (31)

DAVIDQuery (29)

DBChIP (58)

dcanr (275)

DCATS (138)

dce (76)

dcGSA (149)

DChIPRep (38)

ddCt (230)

ddgraph (33)

ddPCRclust (183)

dearseq (190)

debCAM (168)

debrowser (223)

DECIPHER (3021)

deco (40)

DEComplexDisease (49)

decompTumor2Sig (179)

DeconRNASeq (381)

decontam (1673)

decontX (428)

DeconvoBuddies (88)

deconvR (165)

decoupleR (1663)

DEDS (67)

DeeDeeExperiment (18)

DeepBlueR (54)

DeepPINCS (147)

deepSNV (259)

DeepTarget (116)

DEFormats (311)

DegCre (136)

DegNorm (152)

DEGraph (146)

DEGreport (651)

DEGseq (323)

DelayedArray (44947)

DelayedDataFrame (143)

DelayedMatrixStats (16341)

DelayedRandomArray (147)

DelayedTensor (144)

DELocal (129)

deltaCaptureC (130)

deltaGseg (175)

DeMAND (149)

DeMixT (187)

demuxmix (246)

demuxSNP (127)

densvis (763)

DEP (786)

DepecheR (181)

DepInfeR (141)

DeProViR (17)

DEqMS (399)

derfinder (575)

derfinderHelper (559)

derfinderPlot (218)

DEScan2 (164)

DESeq (194)

DESeq2 (24900)

DEsingle (334)

DESpace (147)

destiny (851)

DEsubs (182)

DEWSeq (169)

DExMA (145)

DEXSeq (1522)

dexus (59)

DFP (171)

DFplyr (109)

DIAlignR (49)

DiffBind (1201)

diffcoexp (191)

diffcyt (423)

DifferentialRegulation (148)

diffGeneAnalysis (170)

diffHic (240)

DiffLogo (191)

diffloop (81)

diffuStats (184)

diffUTR (134)

diggit (154)

Dino (153)

dinoR (123)

dir.expiry (3867)

Director (85)

DirichletMultinomial (4455)

discordant (197)

DiscoRhythm (175)

distinct (237)

dittoSeq (1362)

divergence (152)

dks (155)

DMCFB (151)

DMCHMM (152)

dmGsea (34)

DMRcaller (217)

DMRcate (1039)

DMRforPairs (70)

DMRScan (145)

dmrseq (280)

DNABarcodeCompatibility (129)

DNABarcodes (255)

DNAcopy (4156)

DNAcycP2 (91)

DNAfusion (148)

DNaseR (8)

DNAshapeR (233)

DNEA (46)

domainsignatures (34)

DominoEffect (138)

dominoSignal (117)

doppelgangR (165)

DOQTL (37)

Doscheda (163)

DOSE (22250)

doseR (164)

DOtools (1)

doubletrouble (161)

dpeak (34)

drawProteins (271)

dreamlet (184)

DRIMSeq (385)

DriverNet (193)

DropletUtils (2474)

drugTargetInteractions (148)

DrugVsDisease (170)

dSimer (17)

DspikeIn (3)

DSS (705)

dStruct (124)

DTA (184)

dualKS (53)

Dune (152)

DupChecker (24)

DuplexDiscovereR (115)

dupRadar (226)

dyebias (205)

DynDoc (1481)

E

easier (186)

EasyCellType (159)

easylift (129)

EasyqpcR (58)

easyreporting (155)

easyRNASeq (226)

EBarrays (253)

EBcoexpress (188)

EBImage (2956)

EBSEA (150)

EBSeq (490)

EBSeqHMM (90)

ecolitk (207)

EDASeq (1591)

edd (15)

EDDA (48)

edge (225)

edgeR (25099)

EDIRquery (131)

eds (305)

eegc (54)

EGAD (195)

EGSEA (238)

eiR (163)

eisa (67)

eisaR (215)

ELBOW (47)

ELMER (308)

ELViS (94)

EMDomics (214)

EmpiricalBrownsMethod (192)

ENCODExplorer (45)

EnhancedVolcano (6644)

enhancerHomologSearch (142)

EnMCB (145)

ENmix (406)

EnrichDO (130)

EnrichedHeatmap (794)

EnrichmentBrowser (518)

enrichplot (22521)

enrichTF (50)

enrichViewNet (129)

ensembldb (9505)

ensemblVEP (104)

ENVISIONQuery (39)

epialleleR (160)

EpiCompare (148)

epidecodeR (145)

EpiDISH (768)

epigenomix (171)

epigraHMM (161)

epihet (22)

EpiMix (146)

epimutacions (144)

epiNEM (179)

EpipwR (122)

epiregulon (116)

epiregulon.extra (128)

epistack (154)

epistasisGA (133)

EpiTxDb (172)

epivizr (210)

epivizrChart (165)

epivizrData (168)

epivizrServer (167)

epivizrStandalone (161)

erccdashboard (199)

erma (172)

ERSSA (162)

esATAC (172)

escape (466)

escheR (183)

esetVis (177)

eudysbiome (183)

evaluomeR (148)

EventPointer (192)

EWCE (267)

ExCluster (140)

ExiMiR (200)

exomeCopy (190)

exomePeak (46)

exomePeak2 (97)

exonmap (12)

ExperimentHub (8301)

ExperimentHubData (338)

ExperimentSubset (144)

explorase (50)

ExploreModelMatrix (335)

ExpressionAtlas (199)

ExpressionView (64)

exprExternal (2)

externalVector (13)

extraChIPs (159)

F

fabia (268)

facopy (24)

factDesign (177)

factR (130)

faers (164)

FamAgg (184)

famat (145)

farms (75)

fastLiquidAssociation (156)

FastqCleaner (196)

fastreeR (164)

fastseg (872)

fbat (12)

FCBF (68)

fCCAC (172)

fCI (182)

fcoex (48)

fcScan (155)

fdrame (168)

FEAST (249)

FeatSeekR (117)

fedup (148)

FELLA (254)

FEM (44)

fenr (134)

ffpe (183)

fgga (142)

FGNet (195)

fgsea (24924)

FilterFFPE (149)

findIPs (118)

FindIT2 (169)

FindMyFriends (44)

FinfoMDS (11)

FISHalyseR (150)

fishpond (382)

FitHiC (185)

flagme (161)

FLAMES (162)

flipflop (34)

flowAI (587)

flowBeads (175)

flowBin (159)

flowcatchR (198)

flowCHIC (181)

flowCL (42)

flowClean (306)

flowClust (809)

flowCore (2583)

flowCut (209)

flowCyBar (144)

flowDensity (379)

flowFit (34)

flowFlowJo (33)

flowFP (257)

flowGate (156)

flowGraph (150)

flowMap (73)

flowMatch (183)

flowMeans (243)

flowMerge (199)

flowPeaks (278)

flowPhyto (26)

flowPloidy (165)

flowPlots (156)

flowQ (49)

flowQB (39)

FlowRepositoryR (31)

FlowSOM (1076)

flowSpecs (169)

flowSpy (13)

flowStats (563)

flowTime (184)

flowTrans (204)

flowType (56)

flowUtils (92)

flowViz (967)

flowVS (227)

flowWorkspace (1233)

fmcsR (318)

fmrs (166)

fobitools (151)

focalCall (29)

FoldGO (39)

FourCSeq (47)

FRASER (242)

frenchFISH (121)

FRGEpistasis (146)

frma (237)

frmaTools (192)

FScanR (18)

FunChIP (60)

FunciSNP (54)

funOmics (118)

funtooNorm (162)

FuseSOM (146)

G

G4SNVHunter (126)

GA4GHclient (146)

GA4GHshiny (140)

gaga (193)

gage (822)

gaggle (74)

gaia (59)

GAPGOM (31)

GAprediction (138)

garfield (147)

GARS (150)

GateFinder (137)

gatom (153)

gaucho (23)

GBScleanR (149)

gcapc (180)

gcatest (177)

gCMAP (48)

gCMAPWeb (46)

GCPtools (36)

gCrisprTools (201)

gcrma (1156)

GCSConnection (14)

GCSFilesystem (10)

GCSscore (40)

GDCRNATools (287)

gDNAx (120)

gDR (110)

gDRcore (125)

gDRimport (126)

gDRstyle (123)

gDRutils (120)

GDSArray (195)

gdsfmt (2241)

GeDi (107)

geecc (39)

GEM (152)

gemini (145)

gemma.R (163)

genArise (179)

genbankr (117)

GENE.E (26)

gene2pathway (14)

GeneAccord (41)

GeneAnswers (93)

geneAttribution (181)

GeneBreak (181)

geneClassifiers (167)

GeneExpressionSignature (211)

genefilter (12076)

genefu (408)

GeneGA (142)

GeneGeneInteR (115)

GeneGroupAnalysis (11)

GeneMeta (246)

GeneNetworkBuilder (221)

GeneOverlap (844)

geneplast (197)

geneplotter (3902)

GeneR (15)

geneRecommender (178)

GeneRegionScan (208)

GeneRfold (5)

geneRxCluster (170)

GeneSelectMMD (173)

GeneSelector (44)

GENESIS (510)

GeneSpring (13)

GeneStructureTools (180)

geNetClassifier (216)

GeneticsBase (15)

GeneticsDesign (40)

GeneticsPed (213)

GeneTonic (271)

GeneTraffic (11)

GeneTS (7)

geneXtendeR (176)

GENIE3 (1575)

genoCN (123)

GenoGAM (33)

genomation (773)

GenomAutomorphism (143)

GenomeBase (2)

GenomeGraphs (62)

GenomeInfoDb (59811)

genomeIntervals (242)

genomes (175)

GenomicAlignments (23171)

GenomicDataCommons (972)

GenomicDistributions (206)

GenomicFeatures (17502)

GenomicFiles (1019)

genomicInstability (162)

GenomicInteractionNodes (131)

GenomicInteractions (402)

GenomicOZone (144)

GenomicPlot (152)

GenomicRanges (47239)

GenomicScores (634)

GenomicSuperSignature (177)

GenomicTuples (173)

Genominator (56)

genoset (54)

genotypeeval (39)

GenoView (18)

genphen (23)

GenProSeq (135)

GenRank (15)

GenVisR (356)

GeoDiff (143)

GEOexplorer (159)

GEOfastq (154)

GEOmetadb (359)

geomeTriD (119)

GeomxTools (441)

GEOquery (10670)

GEOsearch (15)

GEOsubmission (175)

GeoTcgaData (165)

gep2pep (157)

gespeR (79)

getDEE2 (159)

geva (151)

GEWIST (147)

geyser (104)

gff3Plotter (4)

gg4way (131)

GGBase (59)

ggbio (2164)

ggcyto (910)

ggkegg (523)

ggmanh (210)

ggmsa (641)

GGPA (150)

ggsc (175)

ggseqalign (101)

ggspavis (338)

GGtools (79)

ggtree (25290)

ggtreeDendro (139)

ggtreeExtra (1479)

ggtreeSpace (112)

GIGSEA (169)

ginmappeR (110)

gINTomics (133)

girafe (201)

GISPA (42)

GLAD (295)

GladiaTOX (155)

Glimma (1030)

glmGamPoi (5701)

glmSparseNet (214)

GlobalAncova (1042)

globalSeq (155)

globaltest (1604)

GloScope (129)

gmapR (227)

GmicR (161)

gmoviz (159)

GMRP (142)

GNET2 (147)

GNOSIS (118)

goatea (5)

goCluster (7)

GOexpress (239)

GOfuncR (324)

GOFunction (48)

GoogleGenomics (21)

GOpro (182)

goProfiles (211)

GOSemSim (20530)

goseq (1452)

GOSim (104)

goSorensen (135)

goSTAG (194)

GOstats (1233)

GOsummaries (98)

GOTHiC (199)

goTools (190)

GPA (139)

gpart (31)

gpls (209)

gprege (63)

gpuMagic (104)

gQTLBase (30)

gQTLstats (40)

GrafGen (120)

gramm4R (10)

GRaNIE (152)

granulator (203)

graper (150)

graph (20584)

GraphAlignment (164)

GraphAT (215)

graphite (3862)

GraphPAC (74)

GRENITS (168)

GreyListChIP (1087)

GRmetrics (201)

groHMM (180)

GRridge (53)

GSALightning (147)

GSAR (211)

GSCA (191)

gscreend (160)

GSEABase (9383)

GSEABenchmarkeR (178)

GSEAlm (217)

GSEAmining (176)

gsean (179)

GSgalgoR (153)

GSReg (165)

GSRI (168)

GSVA (7669)

gtrellis (262)

GUIDEseq (196)

Guitar (279)

gVenn (10)

Gviz (3159)

GWAS.BAYES (149)

gwascat (578)

GWASTools (697)

gwasurvivr (167)

GWENA (206)

gypsum (3652)

H

h5mread (5128)

h5vc (207)

hapFabia (198)

Harman (260)

HarmonizR (161)

Harshlight (139)

hca (140)

HCABrowser (8)

HCAExplorer (7)

HCAMatrixBrowser (4)

HCsnip (38)

HDF5Array (14996)

HDTD (157)

hdxmsqc (112)

heatmaps (323)

Heatplus (397)

HelloRanges (211)

HELP (187)

HEM (184)

hermes (232)

HERON (126)

Herper (182)

hexbin (58)

HGC (148)

hiAnnotator (204)

HIBAG (254)

HicAggR (120)

HiCaptuRe (14)

HiCBricks (229)

HiCcompare (366)

HiCDCPlus (172)

HiCDOC (152)

HiCExperiment (205)

HiContacts (198)

HiCool (117)

HiCParser (78)

HiCPotts (19)

hicrep (13)

hicVennDiagram (138)

hierGWAS (154)

hierinf (129)

HilbertCurve (209)

HilbertVis (237)

HilbertVisGUI (112)

HiLDA (164)

hipathia (218)

HIPPO (147)

hiReadsProcessor (179)

HIREewas (138)

HiTC (280)

hmdbQuery (160)

HMMcopy (438)

HoloFoodR (114)

hoodscanR (175)

hopach (368)

HPAanalyze (272)

hpar (345)

HPAStainR (16)

HPiP (147)

HTqPCR (217)

HTSanalyzeR (57)

HTSeqGenie (34)

htSeqTools (55)

HTSFilter (295)

HuBMAPR (115)

HubPub (224)

HumanTranscriptomeCompendium (55)

hummingbird (131)

HVP (31)

HybridExpress (122)

HybridMTest (207)

hypeR (204)

hyperdraw (189)

hypergraph (221)

I

iASeq (150)

iasva (185)

iBBiG (210)

Ibex (4)

ibh (164)

iBMQ (141)

iCARE (172)

Icens (406)

icetea (154)

iCheck (158)

iChip (202)

iClusterPlus (455)

iCNV (154)

iCOBRA (337)

ideal (194)

IdeoViz (195)

idiogram (199)

IdMappingAnalysis (56)

IdMappingRetrieval (35)

idpr (164)

idr2d (180)

IFAA (121)

iFlow (13)

igblastr (41)

iGC (175)

IgGeneUsage (157)

igvR (213)

igvShiny (143)

IHW (826)

illuminaio (2619)

ILoReg (170)

imageHTS (81)

imageTCGA (75)

IMAS (131)

imcRtools (311)

Imetagene (41)

IMMAN (148)

immApex (147)

ImmuneSpaceR (81)

immunoClust (175)

immunogenViewer (87)

immunotation (164)

iModMix (3)

IMPCdata (146)

ImpulseDE (12)

ImpulseDE2 (19)

impute (11080)

INDEED (133)

iNETgrate (125)

infercnv (1484)

infinityFlow (149)

Informeasure (129)

InPAS (190)

INPower (172)

inSilicoDb (28)

inSilicoMerging (31)

INSPEcT (193)

INTACT (126)

InTAD (161)

intansv (184)

interacCircos (133)

InteractionSet (1612)

InteractiveComplexHeatmap (496)

interactiveDisplay (229)

interactiveDisplayBase (3232)

InterCellar (171)

IntEREst (163)

InterMineR (81)

IntOMICS (16)

IntramiRExploreR (162)

inveRsion (44)

IONiseR (198)

iontree (27)

iPAC (83)

iPath (129)

ipdDb (140)

IPO (199)

IPPD (54)

IRanges (57843)

IRISFGM (31)

IrisSpatialFeatures (7)

ISAnalytics (152)

iscream (3)

iSEE (557)

iSEEde (144)

iSEEfier (126)

iSEEhex (154)

iSEEhub (150)

iSEEindex (131)

iSEEpathways (131)

iSEEtree (139)

iSEEu (214)

iSeq (176)

ISLET (143)

islify (77)

iSNetwork (6)

isobar (226)

IsoBayes (132)

IsoCorrectoR (197)

IsoCorrectoRGUI (130)

IsoformSwitchAnalyzeR (397)

IsoGeneGUI (76)

ISoLDE (147)

isomiRs (180)

iSPlot (10)

ITALICS (161)

iterativeBMA (183)

iterativeBMAsurv (161)

iterClust (31)

iteremoval (20)

IVAS (168)

ivygapSE (170)

IWTomics (184)

J

jazzPanda (87)

jmosaics (33)

joda (39)

JunctionSeq (27)

K

karyoploteR (927)

katdetectr (132)

KBoost (124)

KCsmart (200)

kebabs (253)

KEGGgraph (5633)

KEGGlincs (171)

keggorth (7)

keggorthology (197)

KEGGprofile (49)

KEGGREST (38706)

KEGGSOAP (21)

kimod (17)

KinSwingR (152)

kissDE (140)

kmcut (115)

KnowSeq (180)

knowYourCG (131)

koinar (119)

L

LACE (154)

lapmix (86)

LBE (252)

ldblock (195)

LEA (796)

LedPred (163)

lefser (596)

lemur (156)

les (172)

levi (145)

lfa (359)

Lheuristic (70)

limma (36914)

limmaGUI (210)

limpa (94)

limpca (123)

LimROTS (84)

LINC (22)

LineagePulse (40)

lineagespot (130)

LinkHD (163)

linkSet (16)

Linnorm (257)

LinTInd (128)

lionessR (188)

lipidr (237)

LipidTrend (38)

LiquidAssociation (167)

lisaClust (244)

lmdme (170)

LMGene (47)

LOBSTAHS (145)

loci2path (137)

logicFS (189)

logitT (65)

Logolas (19)

lol (32)

LOLA (302)

looking4clusters (7)

LoomExperiment (661)

LowMACA (47)

LPE (194)

LPEadj (78)

lpNet (162)

lpsymphony (997)

LRBaseDbi (139)

LRcell (141)

lumi (1121)

lute (111)

LVSmiRNA (38)

LymphoSeq (177)

M

M3C (615)

M3D (29)

M3Drop (482)

m6Aboost (120)

maanova (96)

Maaslin2 (1035)

maaslin3 (199)

Macarron (122)

macat (88)

maCorrPlot (184)

MACPET (32)

MACSQuantifyR (136)

MACSr (163)

maDB (22)

made4 (353)

MADSEQ (132)

maftools (2644)

MAGAR (140)

MAGeCKFlute (275)

magpie (141)

magrene (138)

MAI (137)

maigesPack (97)

MAIT (164)

makecdfenv (287)

makePlatformDesign (10)

MANOR (196)

manta (53)

MantelCorr (158)

MAPFX (116)

mAPKL (60)

maPredictDSC (160)

mapscape (151)

mariner (129)

markeR (8)

marr (139)

marray (1765)

martini (161)

maser (215)

maSigPro (465)

maskBAD (184)

MassArray (161)

massiR (209)

MassSpecWavelet (1747)

MAST (2103)

mastR (143)

matchBox (165)

matchprobes (17)

MatrixGenerics (45185)

MatrixQCvis (170)

MatrixRider (160)

matter (349)

MaxContrastProjection (22)

MBAmethyl (144)

MBASED (208)

MBCB (180)

MBECS (142)

mbkmeans (448)

mbOmic (11)

mBPCR (172)

MBQN (171)

mbQTL (119)

MBttest (172)

mcaGUI (54)

MCbiclust (186)

MCRestimate (45)

mCSEA (187)

mdgsa (44)

mdp (201)

mdqc (191)

MDTS (143)

MEAL (197)

MeasurementError.cor (162)

MEAT (155)

MEB (159)

MEDIPS (265)

MEDME (172)

megadepth (215)

MEIGOR (190)

Melissa (159)

memes (313)

MergeMaid (52)

Mergeomics (185)

MeSHDbi (266)

meshes (253)

meshr (212)

MeSHSim (22)

MesKit (193)

messina (166)

metaArray (51)

Metab (67)

metabCombiner (212)

metabinR (133)

MetaboAnnotation (249)

MetaboCoreUtils (2206)

MetaboDynamics (103)

metabolomicsWorkbenchR (178)

metabomxtr (157)

MetaboSignal (211)

metaCCA (164)

MetaCyto (172)

MetaDICT (7)

metagene (85)

metagene2 (177)

metagenomeFeatures (41)

metagenomeSeq (1759)

metahdep (161)

metaMS (191)

MetaNeighbor (233)

MetaPhOR (141)

metapod (5254)

metapone (150)

metaSeq (193)

metaseqR (53)

metaseqR2 (180)

metavizr (38)

MetaVolcanoR (76)

metaX (19)

MetCirc (179)

MethCP (27)

methimpute (174)

methInheritSim (150)

methodical (102)

MethPed (166)

MethReg (159)

methrix (215)

MethTargetedNGS (154)

methVisual (40)

methyAnalysis (61)

MethylAid (197)

methylCC (175)

methylclock (296)

methylGSA (217)

methyLImp2 (131)

methylInheritance (171)

methylKit (848)

MethylMix (223)

methylMnM (199)

methylPipe (178)

methylscaper (152)

MethylSeekR (289)

methylSig (183)

methylumi (1418)

methyvim (12)

MetID (164)

MetMashR (97)

MetNet (188)

mfa (160)

Mfuzz (1376)

MGFM (172)

MGFR (161)

MGnifyR (144)

mgsa (206)

mia (1485)

miaDash (85)

miaSim (151)

miaTime (20)

miaViz (392)

MiChip (172)

microbiome (2077)

microbiomeDASim (147)

microbiomeExplorer (159)

microbiomeMarker (378)

MicrobiomeProfiler (190)

MicrobiotaProcess (546)

microRNA (346)

microSTASIS (127)

MICSQTL (129)

midasHLA (148)

MIGSA (53)

miloR (674)

mimager (147)

MIMOSA (71)

mina (127)

MineICA (222)

minet (680)

minfi (2233)

MinimumDistance (189)

MiPP (175)

miQC (234)

MIRA (192)

MiRaGE (198)

miRBaseConverter (302)

miRcomp (180)

mirIntegrator (178)

MIRit (125)

miRLAB (172)

miRmine (53)

miRNAmeConverter (159)

miRNApath (162)

miRNAtap (243)

miRSM (163)

miRsponge (7)

miRspongeR (153)

Mirsynergy (32)

mirTarRnaSeq (157)

missMethyl (1131)

missRows (148)

mist (74)

mistyR (231)

mitch (190)

mitoClone2 (151)

mitology (101)

mitoODE (30)

mixOmics (3367)

MLInterfaces (431)

mlm4omics (8)

MLP (211)

MLSeq (237)

MMAPPR2 (18)

MMDiff (34)

MMDiff2 (173)

mmgmos (3)

mmnet (28)

MmPalateMiRNA (54)

MMUPHin (272)

mnem (185)

moanin (142)

mobileRNA (119)

MobilityTransformR (13)

MODA (161)

ModCon (138)

Modstrings (188)

MOFA (15)

MOFA2 (821)

MOGAMUN (149)

mogsa (290)

MoleculeExperiment (147)

MOMA (166)

monaLisa (257)

monocle (3392)

Moonlight2R (136)

MoonlightR (188)

MoPS (34)

mosaics (273)

mosbi (152)

MOSClip (116)

mosdef (345)

MOSim (168)

Motif2Site (144)

motifbreakR (302)

motifcounter (152)

MotifDb (682)

motifmatchr (1405)

MotifPeeker (104)

motifRG (54)

motifStack (757)

motifTestR (132)

MotIV (62)

MouseFM (132)

MPAC (109)

MPFE (142)

mpra (201)

MPRAnalyze (170)

MQmetrics (26)

mQTL.NMR (35)

msa (2252)

MSA2dist (175)

MsBackendMassbank (164)

MsBackendMetaboLights (131)

MsBackendMgf (523)

MsBackendMsp (333)

MsBackendRawFileReader (169)

MsBackendSql (132)

MsCoreUtils (3547)

MsDataHub (176)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1323)

MsFeatures (1415)

msgbsR (155)

MSGFgui (55)

MSGFplus (49)

msImpute (200)

mslp (109)

msmsEDA (323)

msmsTests (345)

MSnbase (3327)

MSnID (325)

mspms (109)

MSPrep (130)

msPurity (209)

msqrob2 (250)

MsQuality (143)

MSstats (652)

MSstatsBig (126)

MSstatsBioNet (88)

MSstatsConvert (577)

MSstatsLiP (155)

MSstatsLOBD (127)

MSstatsPTM (287)

MSstatsQC (171)

MSstatsQCgui (132)

MSstatsResponse (2)

MSstatsSampleSize (42)

MSstatsShiny (173)

MSstatsTMT (355)

MSstatsTMTPTM (7)

MTseeker (8)

MuData (156)

Mulcom (196)

MultiAssayExperiment (6304)

MultiBaC (169)

multiClust (194)

multicrispr (156)

MultiDataSet (1356)

multiGSEA (202)

multiHiCcompare (227)

MultiMed (157)

multiMiR (507)

MultimodalExperiment (133)

multiOmicsViz (61)

MultiRNAflow (134)

multiscan (174)

multiSight (26)

multistateQTL (112)

multiWGCNA (169)

multtest (11586)

mumosa (151)

MungeSumstats (776)

muscat (590)

muscle (460)

musicatk (160)

MutationalPatterns (424)

mutscan (12)

MVCClass (204)

mvGST (31)

MWASTools (202)

mygene (432)

myvariant (210)

mzID (3149)

mzR (3468)

N

NADfinder (160)

NanoMethViz (188)

NanoStringDiff (190)

NanoStringNCTools (431)

NanoStringQCPro (63)

nanotatoR (34)

NanoTube (174)

NarrowPeaks (40)

NBAMSeq (134)

NBSplice (34)

ncdfFlow (1153)

ncGTW (139)

NCIgraph (127)

ncRNAtools (136)

ndexr (159)

neaGUI (25)

nearBynding (164)

Nebulosa (1278)

NeighborNet (42)

nem (77)

nempi (136)

NetActivity (122)

netbenchmark (26)

netbiov (80)

netboost (147)

netboxr (31)

netDx (43)

nethet (165)

netOmics (49)

NetPathMiner (201)

netprioR (134)

netReg (18)

netresponse (188)

NetSAM (183)

netSmooth (176)

networkBMA (71)

netZooR (83)

NeuCA (39)

NewWave (182)

NGScopy (38)

ngsReports (198)

nipalsMCIA (141)

nnNorm (202)

nnSVG (211)

NOISeq (593)

nondetects (126)

NoRCE (144)

normalize450K (157)

NormalyzerDE (281)

NormqPCR (267)

normr (234)

notame (14)

notameStats (10)

notameViz (13)

NPARC (171)

npGSEA (166)

NTW (155)

nucleoSim (156)

nucleR (220)

nuCpos (155)

nudge (55)

nullranges (270)

NuPoP (204)

NxtIRFcore (37)

O

occugene (157)

OCplus (202)

octad (126)

ODER (18)

odseq (159)

OGRE (138)

OGSA (37)

oligo (2595)

oligoClasses (1768)

OLIN (221)

OLINgui (175)

omada (120)

OmaDB (207)

omicade4 (245)

OmicCircos (300)

omicplotR (164)

omicRexposome (174)

omicsGMF (2)

OmicsLonDA (41)

OmicsMarkeR (24)

OmicsMLRepoR (99)

OMICsPCA (196)

omicsPrint (169)

omicsViewer (157)

Omixer (161)

OmnipathR (1035)

ompBAM (181)

omXplore (140)

Onassis (34)

oncomix (166)

oncoscanR (147)

OncoScore (143)

OncoSimulR (210)

oneChannelGUI (63)

oneSENSE (42)

onlineFDR (130)

ontoCAT (45)

ontoProc (259)

ontoTools (25)

openCyto (714)

openPrimeR (196)

openPrimeRui (57)

OpenStats (124)

OperaMate (20)

oposSOM (216)

oppar (169)

oppti (97)

optimalFlow (148)

OPWeight (153)

OrderedList (200)

ORFhunteR (155)

ORFik (314)

Organism.dplyr (378)

OrganismDbi (2757)

orthogene (573)

orthos (139)

OSAT (185)

Oscope (188)

OSTA.data (111)

OTUbase (167)

OutlierD (49)

OUTRIDER (314)

OutSplice (138)

OVESEG (145)

P

PAA (209)

packFinder (166)

padma (164)

PADOG (276)

pageRank (142)

PAIRADISE (185)

paircompviz (168)

pairedGSEA (110)

pairkat (133)

pairseqsim (2)

pamr (28)

pandaR (229)

panelcn.mops (159)

PAnnBuilder (43)

PanomiR (138)

panp (188)

PANR (187)

PanViz (28)

PanVizGenerator (38)

PAPi (39)

pareg (29)

parglms (155)

parody (181)

partCNV (127)

PAST (151)

Path2PPI (185)

pathifier (207)

pathlinkR (154)

pathMED (56)

PathNet (181)

PathoStat (166)

pathprint (19)

pathRender (173)

pathVar (57)

pathview (4865)

pathwayPCA (206)

PathwaySplice (18)

PatientGeneSets (8)

paxtoolsr (75)

Pbase (40)

pbcmc (12)

pcaExplorer (401)

pcaGoPromoter (37)

pcaMethods (5318)

PCAN (173)

PCAtools (1240)

pcot2 (69)

PCpheno (62)

pcxn (36)

PDATK (135)

pdInfoBuilder (216)

pdmclass (42)

PeacoQC (323)

peakCombiner (6)

peakPantheR (151)

PECA (204)

peco (165)

Pedixplorer (129)

pengls (132)

PepSetTest (105)

PepsNMR (193)

pepStat (175)

pepXMLTab (167)

PERFect (32)

periodicDNA (161)

perturbatr (25)

pfamAnalyzeR (314)

PFP (23)

PGA (38)

pgca (133)

PGSEA (98)

pgUtils (13)

pgxRpi (120)

phantasus (176)

phantasusLite (127)

PharmacoGx (361)

phemd (38)

phenoDist (31)

PhenoGeneRanker (129)

phenomis (144)

phenopath (204)

phenoTest (216)

PhenStat (176)

philr (276)

PhIPData (158)

phosphonormalizer (142)

PhosR (235)

PhyloProfile (197)

phyloseq (5995)

Pi (59)

piano (481)

PICB (95)

pickgene (155)

PICS (153)

Pigengene (188)

PING (140)

pint (36)

pipeComp (189)

pipeFrame (207)

PIPETS (115)

Pirat (98)

PIUMA (115)

pkgDepTools (75)

planet (278)

planttfhunter (127)

plasmut (121)

plateCore (59)

plethy (64)

plgem (222)

plier (237)

PloGO2 (40)

plotgardener (304)

plotGrouper (133)

PLPE (174)

plrs (40)

PLSDAbatch (129)

plw (53)

plyinteractions (129)

plyranges (1156)

plyxp (119)

pmm (132)

pmp (222)

PMScanR (7)

PoDCall (122)

podkat (187)

poem (83)

pogos (154)

polyester (149)

Polyfit (29)

PolySTest (106)

Polytect (112)

POMA (222)

POST (14)

PoTRA (17)

PowerExplorer (16)

powerTCR (376)

POWSC (135)

ppcseq (152)

PPInfer (184)

ppiStats (94)

pqsfinder (231)

prada (54)

pram (151)

prebs (173)

preciseTAD (178)

PrecisionTrialDrawer (26)

PREDA (199)

predictionet (55)

preprocessCore (15001)

primirTSS (147)

PrInCE (161)

Prize (22)

proActiv (196)

proBAMr (153)

proBatch (42)

PROcess (219)

procoil (213)

ProCoNA (36)

proDA (312)

proFIA (60)

profileplyr (329)

profileScoreDist (132)

progeny (652)

projectR (188)

pRoloc (393)

pRolocGUI (222)

PROMISE (187)

PRONE (134)

PROPER (234)

PROPS (156)

Prostar (199)

prot2D (24)

proteasy (26)

proteinProfiles (141)

ProteoDisco (129)

ProteomicsAnnotationHubData (30)

ProteoMM (176)

proteoQC (41)

protGear (142)

ProtGenerics (11434)

PSEA (69)

psichomics (197)

PSICQUIC (60)

PSMatch (2543)

psygenet2r (67)

ptairMS (150)

PubScore (26)

pulsedSilac (24)

puma (216)

PureCN (282)

pvac (167)

pvca (366)

Pviz (172)

pwalign (7484)

PWMEnrich (304)

pwOmics (73)

pwrEWAS (27)

Q

qckitfastq (115)

qcmetrics (189)

QDNAseq (447)

QFeatures (2937)

qmtools (146)

qpcrNorm (167)

qpgraph (266)

qPLEXanalyzer (179)

qrqc (72)

QRscore (94)

qsea (168)

qsmooth (210)

QSutils (213)

qsvaR (138)

QTLExperiment (131)

Qtlizer (155)

QUALIFIER (44)

quantiseqr (749)

quantro (274)

quantsmooth (677)

QuartPAC (57)

QuasR (409)

QuaternaryProd (171)

QUBIC (212)

qusage (460)

qvalue (21181)

R

R3CPET (160)

r3Cseq (203)

R453Plus1Toolbox (195)

R4RNA (731)

RadioGx (159)

raer (130)

RaggedExperiment (796)

RAIDS (131)

rain (227)

rama (60)

RamiGO (29)

ramr (149)

ramwas (207)

RandomWalkRestartMH (72)

randPack (164)

randRotation (132)

RankProd (350)

RAREsim (129)

RareVariantVis (193)

Rariant (47)

Rarr (271)

rawDiag (118)

rawrr (263)

RbcBook1 (287)

Rbec (124)

RBGL (9003)

RBioFormats (335)

RBioinf (171)

rBiopaxParser (263)

rBLAST (270)

RBM (164)

Rbowtie (487)

Rbowtie2 (369)

RbowtieCuda (53)

rbsurv (188)

Rbwa (124)

Rcade (86)

RCAS (203)

RCASPAR (145)

rcellminer (211)

rCGH (219)

Rchemcpp (39)

RchyOptimyx (46)

RcisTarget (1403)

RCM (161)

Rcollectl (76)

Rcpi (234)

RCSL (149)

Rcwl (155)

RcwlPipelines (132)

RCX (151)

RCy3 (917)

RCyjs (194)

RCytoscape (36)

RDAVIDWebService (66)

Rdbi (15)

RdbiPgSQL (9)

rDGIdb (67)

Rdisop (559)

RDRToolbox (212)

ReactomeContentService4R (56)

ReactomeGraph4R (21)

ReactomeGSA (302)

ReactomePA (3647)

readat (20)

ReadqPCR (273)

reb (54)

REBET (144)

rebook (215)

receptLoss (125)

reconsi (133)

recount (473)

recount3 (471)

recountmethylation (165)

recoup (179)

RedeR (360)

RedisParam (125)

REDseq (178)

ReducedExperiment (107)

RefNet (31)

RefPlus (91)

RegEnrich (176)

regionalpcs (115)

RegionalST (105)

regioneR (1919)

regioneReloaded (141)

regionReport (258)

regsplice (142)

regutools (158)

REMP (170)

Repitools (365)

ReportingTools (626)

reposTools (2)

RepViz (141)

ReQON (78)

ResidualMatrix (4022)

RESOLVE (130)

Resourcerer (24)

restfulSE (62)

retrofit (133)

ReUseData (112)

rexposome (212)

rfaRm (140)

Rfastp (231)

RFLOMICS (80)

rflowcyt (22)

rfPred (187)

rGADEM (396)

RGalaxy (46)

rGenomeTracks (141)

Rgin (25)

RGMQL (33)

RgnTX (142)

rgoslin (208)

RGraph2js (171)

Rgraphviz (9119)

rGREAT (713)

RGSEA (190)

rgsepd (174)

rhdf5 (23291)

rhdf5client (205)

rhdf5filters (22372)

Rhdf5lib (24017)

rhinotypeR (109)

Rhisat2 (242)

Rhtslib (24320)

rHVDM (66)

RiboCrypt (120)

RiboDiPA (169)

RiboProfiling (197)

ribor (161)

riboSeqR (203)

ribosomeProfilingQC (179)

rifi (122)

rifiComparative (121)

Rigraphlib (512)

rigvf (82)

RImmPort (148)

Ringo (185)

Rintact (12)

RIPAT (35)

RIPSeeker (61)

Risa (112)

RITAN (127)

RIVER (174)

RJMCMCNucleosomes (148)

RLassoCox (140)

RLMM (169)

RLSeq (34)

RMAGEML (9)

Rmagpie (167)

RMAPPER (15)

RMassBank (251)

rMAT (41)

rmelting (168)

RmiR (45)

Rmmquant (152)

rmspc (142)

RNAAgeCalc (189)

RNAdecay (132)

rnaEditr (148)

RNAinteract (66)

RNAither (61)

RNAmodR (159)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (140)

RNAmodR.ML (164)

RNAmodR.RiboMethSeq (131)

RNAprobR (32)

RNAsense (145)

rnaseqcomp (179)

RNAseqCovarImpute (114)

rnaSeqMap (50)

RNASeqPower (309)

RNASeqR (25)

RnaSeqSampleSize (200)

RnBeads (400)

Rnits (154)

roar (181)

roastgsa (126)

ROC (1077)

ROCpAI (133)

RolDE (152)

Roleswitch (35)

Rolexa (30)

rols (413)

ROntoTools (274)

ropls (1417)

ROSeq (173)

ROTS (340)

RPA (180)

rprimer (157)

RProtoBufLib (2410)

RpsiXML (85)

rpx (366)

Rqc (376)

rqt (134)

rqubic (176)

rRDP (182)

Rredland (12)

RRHO (207)

rrvgo (610)

Rsamtools (25212)

rsbml (217)

rScudo (161)

rsemmed (138)

RSeqAn (173)

rSFFreader (41)

RSNPper (8)

Rsubread (2112)

RSVSim (187)

rSWeeP (148)

rTANDEM (53)

RTCA (172)

RTCGA (457)

RTCGAToolbox (569)

RTN (296)

RTNduals (152)

RTNsurvival (155)

RTools4TB (4)

RTopper (206)

Rtpca (152)

rtracklayer (20705)

Rtreemix (142)

rTRM (198)

rTRMui (169)

RUCova (91)

runibic (136)

Ruuid (15)

RUVcorr (167)

RUVnormalize (186)

RUVSeq (969)

Rvisdiff (120)

RVS (144)

RWebServices (26)

rWikiPathways (466)

S

S4Arrays (43296)

S4Vectors (57435)

safe (548)

SAGElyzer (6)

sagenhaft (192)

SAGx (51)

SAIGEgds (180)

samExploreR (14)

sampleClassifier (136)

SamSPECTRAL (222)

sangeranalyseR (315)

sangerseqR (718)

SanityR (21)

SANTA (184)

sapFinder (42)

saps (16)

SARC (131)

sarks (133)

saseR (108)

satuRn (375)

savR (41)

SBGNview (221)

sbgr (11)

SBMLR (177)

SC3 (447)

scafari (24)

Scale4C (176)

ScaledMatrix (12956)

scAlign (34)

SCAN.UPC (212)

scanMiR (163)

scanMiRApp (136)

scAnnotatR (172)

SCANVIS (164)

SCArray (160)

SCArray.sat (127)

SCATE (24)

scater (7309)

scatterHatch (129)

scBFA (157)

SCBN (146)

scBubbletree (146)

scCB2 (132)

scClassifR (13)

scClassify (182)

sccomp (196)

scDataviz (167)

scDblFinder (2221)

scDD (248)

scDDboost (127)

scde (500)

scDesign3 (155)

scDiagnostics (125)

scDotPlot (152)

scds (464)

SCFA (153)

scFeatureFilter (162)

scFeatures (137)

scfind (18)

scGPS (156)

scGraphVerse (4)

schex (228)

scHiCcompare (97)

scHOT (177)

scider (134)

scifer (139)

ScISI (79)

scLANE (1)

scMAGeCK (25)

scmap (378)

scMerge (408)

scMET (152)

scmeth (147)

scMitoMut (118)

scMultiSim (150)

SCnorm (219)

scone (237)

Sconify (160)

SCOPE (163)

scoreInvHap (174)

scoup (107)

scp (268)

scPCA (189)

scPipe (223)

scQTLtools (86)

scran (5209)

scrapper (589)

scReClassify (150)

scRecover (175)

screenCounter (118)

ScreenR (129)

scRepertoire (784)

scRNAseqApp (142)

scruff (167)

scry (384)

scShapes (127)

scsR (43)

scTensor (154)

scTGIF (152)

scTHI (133)

scTreeViz (136)

scuttle (9389)

scviR (109)

SDAMS (155)

seahtrue (109)

sechm (249)

segmenter (138)

segmentSeq (232)

selectKSigs (132)

SELEX (175)

SemDist (190)

semisup (144)

SemSim (7)

SEPA (21)

SEPIRA (47)

seq.hotSPOT (118)

seq2pathway (194)

seqArchR (134)

seqArchRplus (129)

SeqArray (986)

seqbias (81)

seqCAT (162)

seqCNA (74)

seqcombo (133)

SeqGate (135)

SeqGSEA (212)

Seqinfo (1749)

seqLogo (3536)

seqPattern (758)

seqplots (49)

seqsetvis (202)

SeqSQC (156)

seqTools (183)

SeqVarTools (554)

SEraster (88)

sesame (746)

SETA (2)

SEtools (165)

sevenbridges (190)

sevenC (179)

SGCP (124)

SGSeq (405)

SharedObject (206)

shiny.gosling (125)

shinybiocloader (12)

shinyDSP (93)

shinyepico (153)

shinyMethyl (229)

shinyTANDEM (35)

ShortRead (6155)

SIAMCAT (247)

SICtools (173)

sigaR (39)

SigCheck (152)

sigFeature (361)

SigFuge (182)

siggenes (2983)

sights (167)

signatureSearch (258)

signeR (198)

signet (8)

signifinder (128)

sigPathway (69)

SigsPack (140)

sigsquared (154)

SIM (171)

SIMAT (172)

SimBindProfiles (81)

SimBu (155)

SIMD (139)

SimFFPE (127)

similaRpeak (184)

SIMLR (250)

simona (713)

simPIC (115)

simpleaffy (90)

simpleSeg (222)

simplifyEnrichment (1225)

simulatorAPMS (12)

simulatorZ (31)

sincell (207)

single (31)

SingleCellAlleleExperiment (114)

SingleCellExperiment (17932)

SingleCellSignalR (291)

singleCellTK (318)

SingleMoleculeFootprinting (142)

SingleR (4812)

singscore (1618)

SiPSiC (119)

SISPA (46)

sitadela (131)

Site2Target (70)

sitePath (176)

sizepower (167)

SJava (22)

sketchR (114)

skewr (151)

slalom (146)

SLGI (77)

slingshot (2075)

slinky (42)

SLqPCR (171)

SMAD (133)

SMAP (82)

smartid (114)

SmartPhos (4)

SMITE (180)

smoothclust (118)

smoppix (89)

SNAGEE (173)

snapCGH (107)

snapcount (146)

snifter (282)

snm (229)

SNPchip (57)

SNPediaR (140)

SNPhood (199)

snpMatrix (18)

SNPRelate (2053)

snpStats (2166)

soGGi (458)

sojourner (31)

SomatiCA (35)

SomaticSignatures (269)

SOMNiBUS (127)

sosta (117)

SpaceMarkers (122)

SpacePAC (96)

SpaceTrooper (27)

spacexr (226)

spade (36)

Spaniel (174)

SpaNorm (152)

spARI (14)

sparrow (384)

SparseArray (46665)

sparseDOSSA (37)

sparseMatrixStats (15846)

sparsenetgls (129)

SparseSignatures (182)

spaSim (144)

SpatialCPie (175)

spatialDE (187)

SpatialDecon (254)

SpatialExperiment (6210)

SpatialExperimentIO (119)

spatialFDA (133)

SpatialFeatureExperiment (316)

spatialHeatmap (188)

SpatialOmicsOverlay (125)

spatialSimGP (102)

spatzie (139)

speckle (349)

specL (189)

SpeCond (214)

Spectra (2365)

SpectralTAD (189)

SpectraQL (112)

SpectriPy (20)

SPEM (173)

SPIA (647)

SPIAT (206)

SPICEY (10)

spicyR (315)

SpidermiR (49)

spikeLI (154)

spiky (142)

spillR (113)

spkTools (171)

splatter (460)

splicegear (48)

spliceR (28)

spliceSites (42)

SpliceWiz (191)

SplicingFactory (141)

SplicingGraphs (235)

SplineDV (111)

splineTCDiffExpr (1)

splineTimeR (196)

SPLINTER (142)

splots (228)

SPONGE (173)

spoon (112)

SpotClean (179)

SPOTlight (386)

spotSegmentation (40)

SpotSweeper (163)

spqn (157)

SPsimSeq (169)

SQLDataFrame (139)

SQUADD (57)

squallms (108)

sRACIPE (187)

SRAdb (440)

sRAP (47)

SRGnet (17)

srnadiff (153)

sscore (64)

sscu (166)

sSeq (265)

ssize (197)

sSNAPPY (152)

SSPA (142)

ssPATHS (154)

ssrch (154)

ssviz (175)

StabMap (112)

STADyUM (4)

stageR (323)

stam (15)

STAN (62)

standR (214)

staRank (67)

StarBioTrek (50)

Starr (66)

STATegRa (191)

Statial (175)

statTarget (216)

STdeconvolve (88)

stepNorm (178)

stepwiseCM (40)

stJoincount (141)

stPipe (11)

strandCheckR (157)

Streamer (169)

STRINGdb (2038)

STROMA4 (31)

struct (244)

Structstrings (162)

structToolbox (226)

StructuralVariantAnnotation (282)

SubCellBarCode (160)

subSeq (186)

SUITOR (124)

SummarizedBenchmark (71)

SummarizedExperiment (43957)

Summix (128)

SuperCellCyto (8)

supersigs (147)

supraHex (205)

surfaltr (144)

SurfR (109)

survClust (113)

survcomp (1535)

survtype (147)

Sushi (121)

sva (7862)

svaNUMT (119)

SVAPLSseq (12)

svaRetro (135)

SVM2CRM (24)

SVMDO (135)

SVP (98)

SWATH2stats (178)

SwathXtend (155)

swfdr (186)

SwimR (44)

switchBox (194)

switchde (168)

synapsis (148)

synapter (154)

synergyfinder (346)

SynExtend (175)

synlet (170)

SynMut (140)

syntenet (192)

systemPipeR (1329)

systemPipeShiny (165)

systemPipeTools (129)

T

tadar (130)

TADCompare (185)

tanggle (165)

TAPseq (158)

target (157)

TargetDecoy (156)

TargetScore (183)

TargetSearch (194)

TarSeqQC (59)

TaxSEA (82)

TBSignatureProfiler (148)

TCC (348)

TCGAbiolinks (5246)

TCGAbiolinksGUI (44)

TCGAutils (659)

TCseq (818)

TDARACNE (51)

TDbasedUFE (134)

TDbasedUFEadv (136)

TEKRABber (145)

TENET (80)

TENxIO (176)

tenXplore (166)

TEQC (183)

terapadog (90)

ternarynet (160)

terraTCGAdata (125)

TFARM (146)

TFBSTools (3317)

TFEA.ChIP (209)

TFHAZ (169)

TFutils (179)

tidybulk (311)

tidyCoverage (116)

tidyFlowCore (106)

tidyomics (138)

tidysbml (114)

tidySingleCellExperiment (336)

tidySpatialExperiment (138)

tidySummarizedExperiment (294)

tidytof (110)

tigre (182)

TileDBArray (158)

tilingArray (256)

timecourse (195)

timeOmics (191)

timescape (154)

TimeSeriesExperiment (41)

TimiRGeN (34)

TIN (190)

TissueEnrich (274)

TitanCNA (166)

tkWidgets (1479)

tLOH (141)

TMixClust (152)

TMSig (116)

TNBC.CMS (42)

TnT (162)

TOAST (570)

tofsims (26)

tomoda (144)

tomoseqr (145)

TOP (119)

ToPASeq (36)

topconfects (256)

topdownr (168)

topGO (2551)

ToxicoGx (165)

TPP (237)

TPP2D (159)

tpSVG (112)

tracktables (279)

trackViewer (670)

tradeSeq (808)

TrajectoryGeometry (127)

TrajectoryUtils (2222)

transcriptogramer (171)

transcriptR (191)

transformGamPoi (156)

transite (173)

tRanslatome (178)

transmogR (115)

transomics2cytoscape (155)

TransView (110)

TraRe (21)

traseR (179)

Travel (4)

traviz (61)

TreeAndLeaf (200)

treeclimbR (117)

treeio (24660)

treekoR (178)

TreeSummarizedExperiment (2241)

TREG (149)

trena (82)

TReNA (3)

Trendy (167)

TRESS (142)

tricycle (361)

TrIdent (91)

triform (38)

trigger (143)

trio (225)

triplex (194)

tripr (150)

tRNA (170)

tRNAdbImport (152)

tRNAscanImport (144)

TRONCO (213)

TSAR (110)

TSCAN (576)

tscR (28)

tspair (64)

TSRchitect (57)

TSSi (36)

ttgsea (131)

TTMap (157)

TurboNorm (190)

TVTB (157)

tweeDEseq (232)

twilight (224)

twoddpcr (175)

txcutr (133)

txdbmaker (5418)

tximeta (1234)

tximport (3923)

TxRegInfra (12)

TypeInfo (76)

U

UCell (1714)

UCSC.utils (43994)

Ularcirc (159)

UMI4Cats (155)

uncoverappLib (147)

UNDO (186)

unifiedWMWqPCR (157)

UniProt.ws (682)

Uniquorn (183)

universalmotif (1134)

updateObject (133)

UPDhmm (108)

uSORT (157)

V

VAExprs (133)

VanillaICE (231)

VarCon (156)

variancePartition (1227)

VariantAnnotation (8638)

VariantExperiment (109)

VariantFiltering (196)

VariantTools (259)

vasp (10)

VaSP (155)

vbmp (220)

VCFArray (155)

VDJdive (141)

Vega (33)

VegaMC (203)

velociraptor (222)

veloviz (134)

VennDetail (325)

VERSO (131)

vidger (194)

viper (913)

virtualArray (12)

ViSEAGO (194)

VisiumIO (179)

visiumStitched (106)

vissE (211)

vmrseq (71)

Voyager (240)

VplotR (161)

vsclust (133)

vsn (5284)

vtpnet (183)

vulcan (137)

W

waddR (123)

wateRmelon (858)

wavClusteR (166)

waveTiling (38)

weaver (170)

webbioc (183)

weitrix (167)

widgetInvoke (5)

widgetTools (1480)

wiggleplotr (244)

wpm (168)

wppi (129)

Wrench (1738)

X

XAItest (78)

XBSeq (38)

xCell2 (128)

XCIR (10)

xcms (1648)

xcore (139)

XDE (222)

XeniumIO (84)

xenLite (106)

Xeva (168)

XINA (165)

xmapbridge (184)

xmapcore (8)

XNAString (120)

xps (65)

XVector (53427)

Y

y2hStat (5)

yamss (147)

YAPSA (207)

yaqcaffy (45)

yarn (216)

Z

zellkonverter (2254)

zenith (200)

zFPKM (188)

zinbwave (721)

zitools (106)

zlibbioc (39401)

ZygosityPredictor (125)