See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Fri. 28 Jun 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (58435) 26 edgeR (22883) 51 HDF5Array (12651)
2 GenomeInfoDb (56993) 27 DESeq2 (21452) 52 multtest (12325)
3 BiocGenerics (55426) 28 rtracklayer (21288) 53 BiocSingular (11901)
4 S4Vectors (54444) 29 ggtree (20073) 54 ScaledMatrix (11828)
5 IRanges (50802) 30 GenomicFeatures (20016) 55 ProtGenerics (11687)
6 zlibbioc (50608) 31 treeio (19666) 56 AnnotationHub (11139)
7 XVector (47480) 32 rhdf5 (19481) 57 impute (10399)
8 Biobase (47200) 33 BiocIO (19281) 58 AnnotationFilter (10373)
9 Biostrings (45169) 34 rhdf5filters (18798) 59 BiocNeighbors (10226)
10 DelayedArray (42870) 35 graph (18451) 60 interactiveDisplayBase (9991)
11 GenomicRanges (41912) 36 annotate (18003) 61 Rgraphviz (9911)
12 BiocParallel (41612) 37 clusterProfiler (17329) 62 ensembldb (9896)
13 MatrixGenerics (39803) 38 DOSE (16944) 63 scuttle (9772)
14 SummarizedExperiment (38056) 39 enrichplot (16937) 64 VariantAnnotation (9423)
15 AnnotationDbi (36496) 40 qvalue (16817) 65 RBGL (9411)
16 S4Arrays (35847) 41 GOSemSim (16609) 66 GEOquery (8975)
17 KEGGREST (35411) 42 fgsea (16403) 67 GSEABase (8633)
18 limma (31459) 43 DelayedMatrixStats (16174) 68 affy (8510)
19 BiocFileCache (25920) 44 sparseMatrixStats (15394) 69 affyio (8354)
20 Rhtslib (24210) 45 beachmat (15137) 70 ExperimentHub (7424)
21 biomaRt (23885) 46 SingleCellExperiment (14637) 71 geneplotter (7152)
22 GenomicAlignments (23755) 47 preprocessCore (14082) 72 sva (7107)
23 SparseArray (23738) 48 ComplexHeatmap (13905) 73 scater (6742)
24 Rhdf5lib (23346) 49 BSgenome (13517) 74 BiocStyle (6375)
25 Rsamtools (23110) 50 genefilter (12906) 75 ShortRead (6250)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (86)

a4Base (138)

a4Classif (115)

a4Core (162)

a4Preproc (180)

a4Reporting (117)

ABAEnrichment (11)

ABarray (75)

abseqR (57)

ABSSeq (116)

acde (64)

ACE (87)

aCGH (214)

ACME (87)

ADaCGH2 (72)

ADAM (114)

ADAMgui (90)

adaptest (5)

adductomicsR (54)

ADImpute (72)

adSplit (70)

adverSCarial (30)

AffiXcan (55)

affxparser (1576)

affy (8510)

affycomp (97)

AffyCompatible (24)

affyContam (100)

affycoretools (398)

AffyExpress (14)

affyILM (67)

affyio (8354)

affylmGUI (84)

affyPara (15)

affypdnn (14)

affyPLM (1192)

affyQCReport (19)

AffyRNADegradation (62)

AffyTiling (8)

AGDEX (65)

aggregateBioVar (70)

Agi4x44PreProcess (4)

agilp (91)

AgiMicroRna (135)

AHMassBank (51)

AIMS (426)

airpart (57)

alabaster (43)

alabaster.base (484)

alabaster.bumpy (83)

alabaster.files (35)

alabaster.mae (88)

alabaster.matrix (442)

alabaster.ranges (435)

alabaster.sce (215)

alabaster.schemas (468)

alabaster.se (443)

alabaster.spatial (84)

alabaster.string (100)

alabaster.vcf (85)

ALDEx2 (1174)

alevinQC (84)

AllelicImbalance (102)

AlphaBeta (56)

AlphaMissenseR (14)

alpine (44)

ALPS (4)

AlpsNMR (65)

alsace (16)

altcdfenvs (116)

AMARETTO (118)

AMOUNTAIN (93)

amplican (80)

ampliQueso (11)

AnalysisPageServer (7)

anamiR (8)

Anaquin (57)

ANCOMBC (1223)

AneuFinder (85)

ANF (51)

animalcules (109)

annaffy (275)

AnnBuilder (1)

annmap (115)

annotate (18003)

AnnotationDbi (36496)

AnnotationFilter (10373)

AnnotationForge (2476)

AnnotationFuncs (18)

AnnotationHub (11139)

AnnotationHubData (369)

annotationTools (129)

annotatr (474)

anota (85)

anota2seq (75)

antiProfiles (62)

AnVIL (587)

AnVILBilling (51)

AnVILPublish (52)

AnVILWorkflow (42)

APAlyzer (69)

apComplex (65)

apeglm (3388)

APL (117)

applera (0)

appreci8R (99)

aroma.light (1953)

ArrayExpress (423)

ArrayExpressHTS (16)

arrayMagic (2)

arrayMvout (61)

arrayQCplot (1)

arrayQuality (98)

arrayQualityMetrics (495)

ArrayTools (17)

ArrayTV (14)

ARRmNormalization (57)

artMS (79)

ASAFE (49)

ASEB (57)

ASGSCA (59)

ASICS (82)

asmn (3)

ASpediaFI (7)

ASpli (102)

AssessORF (55)

ASSET (105)

ASSIGN (108)

ASURAT (62)

ATACCoGAPS (45)

ATACseqQC (343)

ATACseqTFEA (62)

atena (110)

AtlasRDF (8)

atSNP (70)

attract (73)

AUCell (2174)

autonomics (50)

Autotuner (6)

AWFisher (59)

awst (50)

B

BaalChIP (59)

BAC (16)

bacon (104)

BADER (63)

BadRegionFinder (56)

BAGS (59)

ballgown (640)

bambu (280)

bamsignals (1114)

BANDITS (108)

bandle (59)

Banksy (25)

banocc (73)

barcodetrackR (54)

basecallQC (66)

BaseSpaceR (64)

Basic4Cseq (64)

BASiCS (167)

BASiCStan (55)

BasicSTARRseq (55)

basilisk (4624)

basilisk.utils (4178)

batchelor (3811)

BatchQC (106)

BayesKnockdown (55)

BayesPeak (16)

BayesSpace (224)

bayNorm (80)

baySeq (417)

BBCAnalyzer (57)

BCRANK (70)

bcSeq (60)

BDMMAcorrect (34)

beachmat (15137)

beachmat.hdf5 (49)

beadarray (699)

beadarraySNP (55)

BeadDataPackR (659)

BeadExplorer (1)

BEARscc (54)

BEAT (60)

BEclear (70)

beer (54)

benchdamic (85)

BERT (10)

betaHMM (9)

betr (9)

bettr (8)

BG2 (43)

bgafun (12)

BgeeCall (48)

BgeeDB (117)

BGmix (24)

bgx (65)

BHC (85)

BicARE (134)

BiFET (57)

BiGGR (68)

bigmelon (62)

bigmemoryExtras (14)

bigPint (37)

bim (1)

BindingSiteFinder (56)

bioassayR (75)

Biobase (47200)

biobroom (190)

biobtreeR (51)

bioCancer (72)

BioCartaImage (30)

BiocBaseUtils (5455)

BiocBook (38)

BiocCaseStudies (15)

BiocCheck (1642)

biocDatasets (1)

BiocDockerManager (20)

BiocFHIR (46)

BiocFileCache (25920)

BiocGenerics (55426)

biocGraph (162)

BiocHail (39)

BiocHubsShiny (78)

BiocInstaller (466)

BiocIO (19281)

BiocNeighbors (10226)

BiocOncoTK (76)

BioCor (81)

BiocParallel (41612)

BiocPkgTools (164)

biocroxytest (20)

BiocSet (241)

BiocSingular (11901)

BiocSklearn (71)

BiocStyle (6375)

biocthis (222)

BiocVersion (58435)

biocViews (4218)

BiocWorkflowTools (178)

biodb (195)

biodbChebi (82)

biodbExpasy (47)

biodbHmdb (59)

biodbKegg (65)

biodbLipidmaps (42)

biodbMirbase (34)

biodbNcbi (49)

biodbNci (44)

biodbUniprot (49)

bioDist (260)

biomaRt (23885)

BioMedR (2)

biomformat (5424)

BioMM (21)

BioMVCClass (59)

biomvRCNS (56)

BioNAR (60)

BioNERO (256)

BioNet (278)

BioNetStat (67)

BioQC (115)

BioSeqClass (16)

biosigner (82)

Biostrings (45169)

biosvd (12)

BioTIP (70)

biotmle (60)

biovizBase (5506)

BiRewire (116)

birta (17)

birte (6)

biscuiteer (66)

BiSeq (145)

BitSeq (22)

blacksheepr (58)

blima (55)

BLMA (69)

BloodGen3Module (118)

bluster (4960)

bnbc (115)

bnem (59)

BOBaFIT (56)

borealis (50)

BPRMeth (91)

BRAIN (109)

brainflowprobes (48)

brainImageR (1)

BrainSABER (7)

BrainStars (14)

branchpointer (72)

breakpointR (61)

brendaDb (50)

BREW3R.r (7)

BRGenomics (148)

bridge (16)

BridgeDbR (78)

BrowserViz (173)

BrowserVizDemo (2)

BSgenome (13517)

BSgenomeForge (100)

bsseq (1417)

BubbleTree (69)

BufferedMatrix (93)

BufferedMatrixMethods (58)

bugsigdbr (165)

BUMHMM (52)

bumphunter (2693)

BumpyMatrix (551)

BUS (58)

BUScorrect (50)

BUSpaRse (192)

BUSseq (48)

C

CaDrA (31)

CAEN (43)

CAFE (70)

CAGEfightR (156)

cageminer (57)

CAGEr (118)

CALIB (14)

calm (44)

CAMERA (484)

CAMTHC (3)

CaMutQC (8)

canceR (86)

cancerclass (77)

CancerInSilico (17)

CancerMutationAnalysis (14)

CancerSubtypes (107)

CAnD (9)

caOmicsV (7)

cardelino (61)

Cardinal (169)

CardinalIO (116)

CARNIVAL (141)

casper (62)

CATALYST (475)

Category (1906)

categoryCompare (69)

CausalR (63)

cbaf (59)

CBEA (106)

cBioPortalData (437)

CBNplot (135)

cbpManager (52)

ccfindR (91)

ccImpute (49)

ccmap (75)

CCPlotR (39)

CCPROMISE (61)

ccrepe (88)

CDI (30)

celaref (70)

celda (661)

CellaRepertorium (54)

CellBarcode (63)

cellbaseR (71)

CellBench (130)

cellGrowth (12)

cellHTS (10)

cellHTS2 (203)

CelliD (250)

cellity (61)

CellMapper (62)

cellmigRation (46)

CellMixS (79)

CellNOptR (194)

cellscape (41)

CellScore (50)

CellTrails (54)

cellTree (13)

cellxgenedp (104)

CEMiTool (140)

censcyt (58)

Cepo (161)

ceRNAnetsim (47)

CeTF (81)

CexoR (62)

CFAssay (50)

cfdnakit (43)

cfDNAPro (56)

cfTools (45)

CGEN (64)

CGHbase (438)

CGHcall (401)

cghMCR (67)

CGHnormaliter (67)

CGHregions (80)

ChAMP (544)

CHARGE (5)

charm (15)

ChemmineOB (336)

ChemmineR (897)

CHETAH (96)

ChIC (18)

Chicago (92)

chihaya (58)

chimera (18)

chimeraviz (104)

ChIPanalyser (53)

ChIPComp (62)

chipenrich (158)

ChIPexoQual (66)

ChIPpeakAnno (987)

ChIPQC (329)

ChIPseeker (1791)

chipseq (607)

ChIPseqR (85)

ChIPSeqSpike (8)

ChIPsim (86)

ChIPXpress (99)

chopsticks (92)

chroGPS (13)

chromDraw (54)

ChromHeatMap (124)

ChromoViz (1)

chromPlot (135)

ChromSCape (66)

chromstaR (86)

chromswitch (26)

chromVAR (1098)

CHRONOS (56)

cicero (211)

CIMICE (51)

CINdex (69)

circRNAprofiler (71)

CircSeqAlignTk (52)

cisPath (56)

CiteFuse (91)

ClassifyR (284)

cleanUpdTSeq (105)

cleaver (196)

clevRvis (49)

clippda (61)

clipper (101)

cliProfiler (48)

cliqueMS (107)

Clomial (53)

Clonality (29)

clonotypeR (18)

clst (92)

clstutils (60)

CluMSID (65)

ClustAll (7)

clustComp (61)

clusterExperiment (351)

ClusterFoldSimilarity (10)

ClusterJudge (53)

clusterProfiler (17329)

clusterSeq (41)

ClusterSignificance (55)

clusterStab (78)

clustifyr (134)

ClustIRR (31)

CMA (115)

cmapR (400)

cn.farms (63)

cn.mops (262)

CNAnorm (63)

CNEr (3231)

CNORdt (64)

CNORfeeder (70)

CNORfuzzy (67)

CNORode (92)

CNPBayes (6)

CNTools (131)

CNVfilteR (58)

CNVgears (28)

cnvGSA (64)

CNViz (52)

CNVMetrics (49)

CNVPanelizer (59)

CNVRanger (125)

CNVrd2 (62)

CNVtools (12)

cobindR (12)

CoCiteStats (54)

COCOA (68)

codelink (74)

CODEX (102)

coexnet (13)

CoGAPS (250)

cogena (85)

cogeqc (67)

Cogito (47)

coGPS (55)

COHCAP (59)

cola (126)

comapr (58)

combi (57)

coMET (86)

coMethDMR (54)

compartmap (34)

COMPASS (77)

compcodeR (86)

compEpiTools (70)

CompGO (12)

ComplexHeatmap (13905)

CompoundDb (331)

ComPrAn (42)

compSPOT (26)

conclus (5)

concordexR (68)

condcomp (2)

condiments (90)

CONFESS (59)

consensus (49)

ConsensusClusterPlus (2947)

consensusDE (67)

consensusOV (110)

consensusSeekeR (102)

consICA (104)

CONSTANd (49)

contiBAIT (51)

conumee (154)

convert (148)

copa (57)

COPDSexualDimorphism (2)

copynumber (143)

CopyNumber450k (7)

CopyNumberPlots (151)

CopywriteR (25)

coRdon (170)

CoRegFlux (2)

CoRegNet (43)

CoreGx (364)

Cormotif (57)

CorMut (13)

coRNAi (11)

corral (74)

CORREP (52)

coseq (112)

CoSIA (37)

cosmiq (57)

cosmo (2)

cosmoGUI (2)

cosmosR (65)

COSNet (50)

COTAN (70)

CountClust (11)

countsimQC (139)

covEB (49)

CoverageView (66)

covRNA (54)

cpvSNP (57)

cqn (285)

CRImage (80)

CRISPRball (10)

crisprBase (159)

crisprBowtie (152)

crisprBwa (59)

crisprDesign (133)

crisprScore (162)

CRISPRseek (159)

crisprseekplus (28)

crisprShiny (10)

CrispRVariants (131)

crisprVerse (68)

crisprViz (113)

crlmm (237)

CrossICC (2)

crossmeta (165)

CSAR (78)

csaw (604)

csdR (45)

CSSP (28)

CSSQ (47)

ctc (283)

CTdata (42)

CTDquerier (53)

CTexploreR (11)

ctgGEM (4)

cTRAP (60)

ctsGE (57)

CTSV (50)

cummeRbund (229)

CuratedAtlasQueryR (49)

customCMPdb (52)

customProDB (83)

CVE (5)

cyanoFilter (51)

cycle (60)

cydar (85)

cypress (7)

CytoDx (67)

cytofast (5)

cytofkit (24)

CyTOFpower (51)

cytofQC (53)

CytoGLMM (97)

cytoKernel (45)

cytolib (2789)

cytomapper (314)

CytoMDS (8)

cytoMEM (91)

CytoML (463)

CytoPipeline (90)

CytoPipelineGUI (27)

CytoTree (15)

cytoviewer (96)

D

dada2 (2205)

dagLogo (82)

daMA (57)

DAMEfinder (56)

DaMiRseq (120)

DAPAR (130)

dar (9)

DART (62)

DASC (1)

DASiR (7)

dasper (18)

DAVIDQuery (6)

DBChIP (17)

dcanr (121)

DCATS (37)

dce (65)

dcGSA (51)

DChIPRep (8)

ddCt (90)

ddgraph (10)

ddPCRclust (71)

dearseq (164)

debCAM (61)

debrowser (177)

DECIPHER (2784)

deco (9)

DEComplexDisease (9)

decompTumor2Sig (128)

DeconRNASeq (221)

decontam (1639)

decontX (94)

deconvR (65)

decoupleR (972)

DEDS (13)

DeepBlueR (44)

DeepPINCS (80)

deepSNV (161)

DEFormats (259)

DegCre (8)

DegNorm (56)

DEGraph (67)

DEGreport (577)

DEGseq (161)

DelayedArray (42870)

DelayedDataFrame (64)

DelayedMatrixStats (16174)

DelayedRandomArray (89)

DelayedTensor (49)

DELocal (43)

deltaCaptureC (47)

deltaGseg (55)

DeMAND (50)

DeMixT (96)

demuxmix (218)

demuxSNP (38)

densvis (3103)

DEP (484)

DepecheR (136)

DepInfeR (44)

DeProViR (8)

DEqMS (221)

derfinder (574)

derfinderHelper (572)

derfinderPlot (144)

DEScan2 (65)

DESeq (219)

DESeq2 (21452)

DEsingle (245)

DESpace (55)

destiny (681)

DEsubs (56)

DEWSeq (55)

DExMA (61)

DEXSeq (1486)

dexus (17)

DFP (54)

DIAlignR (55)

DiffBind (1042)

diffcoexp (175)

diffcyt (350)

DifferentialRegulation (52)

diffGeneAnalysis (55)

diffHic (106)

DiffLogo (63)

diffloop (28)

diffuStats (67)

diffUTR (49)

diggit (52)

Dino (55)

dinoR (8)

dir.expiry (4125)

Director (44)

DirichletMultinomial (4535)

discordant (82)

DiscoRhythm (62)

distinct (215)

dittoSeq (1397)

divergence (43)

dks (50)

DMCFB (42)

DMCHMM (52)

DMRcaller (80)

DMRcate (830)

DMRforPairs (26)

DMRScan (48)

dmrseq (198)

DNABarcodeCompatibility (44)

DNABarcodes (167)

DNAcopy (5209)

DNAfusion (48)

DNaseR (4)

DNAshapeR (75)

domainsignatures (11)

DominoEffect (56)

doppelgangR (121)

DOQTL (9)

Doscheda (59)

DOSE (16944)

doseR (46)

doubletrouble (64)

dpeak (23)

drawProteins (184)

dreamlet (43)

DRIMSeq (306)

DriverNet (57)

DropletUtils (2600)

drugTargetInteractions (57)

DrugVsDisease (134)

dSimer (6)

DSS (926)

dStruct (46)

DTA (85)

dualKS (15)

Dune (45)

DupChecker (5)

dupRadar (105)

dyebias (59)

DynDoc (1269)

E

easier (133)

EasyCellType (53)

easylift (32)

EasyqpcR (15)

easyreporting (51)

easyRNASeq (179)

EBarrays (226)

EBcoexpress (77)

EBImage (2652)

EBSEA (49)

EBSeq (410)

EBSeqHMM (50)

ecolitk (58)

EDASeq (1765)

edd (2)

EDDA (16)

edge (98)

edgeR (22883)

EDIRquery (39)

eds (342)

eegc (79)

EGAD (62)

EGSEA (136)

eiR (65)

eisa (14)

eisaR (105)

ELBOW (14)

ELMER (176)

EMDomics (68)

EmpiricalBrownsMethod (129)

ENCODExplorer (8)

EnhancedVolcano (4221)

enhancerHomologSearch (55)

EnMCB (50)

ENmix (205)

EnrichedHeatmap (557)

EnrichmentBrowser (550)

enrichplot (16937)

enrichTF (69)

enrichViewNet (39)

ensembldb (9896)

ensemblVEP (163)

ENVISIONQuery (13)

epialleleR (57)

EpiCompare (50)

epidecodeR (45)

EpiDISH (582)

epigenomix (60)

epigraHMM (54)

epihet (8)

EpiMix (47)

epimutacions (57)

epiNEM (145)

epiregulon (7)

epiregulon.extra (8)

epistack (50)

epistasisGA (42)

EpiTxDb (84)

epivizr (119)

epivizrChart (56)

epivizrData (129)

epivizrServer (146)

epivizrStandalone (59)

erccdashboard (65)

erma (94)

ERSSA (48)

esATAC (91)

escape (338)

escheR (109)

esetVis (73)

eudysbiome (46)

evaluomeR (50)

EventPointer (63)

EWCE (139)

ExCluster (44)

ExiMiR (59)

exomeCopy (299)

exomePeak (19)

exomePeak2 (100)

exonmap (2)

ExperimentHub (7424)

ExperimentHubData (294)

ExperimentSubset (54)

explorase (13)

ExploreModelMatrix (152)

ExpressionAtlas (160)

ExpressionView (15)

exprExternal (0)

externalVector (2)

extraChIPs (67)

F

fabia (175)

facopy (4)

factDesign (55)

factR (52)

faers (10)

FamAgg (73)

famat (58)

farms (46)

fastLiquidAssociation (54)

FastqCleaner (80)

fastreeR (71)

fastseg (754)

fbat (2)

FCBF (43)

fCCAC (54)

fCI (51)

fcoex (75)

fcScan (53)

fdrame (51)

FEAST (112)

FeatSeekR (40)

fedup (49)

FELLA (126)

FEM (21)

fenr (32)

ffpe (70)

fgga (47)

FGNet (113)

fgsea (16403)

FilterFFPE (46)

findIPs (6)

FindIT2 (54)

FindMyFriends (10)

FISHalyseR (51)

fishpond (280)

FitHiC (61)

flagme (58)

FLAMES (76)

flipflop (13)

flowAI (558)

flowBeads (61)

flowBin (68)

flowcatchR (59)

flowCHIC (60)

flowCL (18)

flowClean (203)

flowClust (831)

flowCore (2864)

flowCut (101)

flowCyBar (54)

flowDensity (263)

flowFit (15)

flowFlowJo (6)

flowFP (158)

flowGate (70)

flowGraph (50)

flowMap (46)

flowMatch (68)

flowMeans (158)

flowMerge (137)

flowPeaks (179)

flowPhyto (4)

flowPloidy (63)

flowPlots (57)

flowQ (9)

flowQB (16)

FlowRepositoryR (9)

FlowSOM (1073)

flowSpecs (68)

flowSpy (4)

flowStats (523)

flowTime (63)

flowTrans (83)

flowType (15)

flowUtils (40)

flowViz (1054)

flowVS (100)

flowWorkspace (1300)

fmcsR (267)

fmrs (116)

fobitools (47)

focalCall (5)

FoldGO (30)

FourCSeq (10)

FRASER (110)

frenchFISH (41)

FRGEpistasis (56)

frma (155)

frmaTools (73)

FScanR (22)

FunChIP (53)

FunciSNP (13)

funtooNorm (60)

FuseSOM (51)

G

GA4GHclient (108)

GA4GHshiny (63)

gaga (102)

gage (798)

gaggle (46)

gaia (26)

GAPGOM (7)

GAprediction (50)

garfield (53)

GARS (57)

GateFinder (58)

gatom (32)

gaucho (11)

GBScleanR (42)

gcapc (55)

gcatest (55)

gCMAP (15)

gCMAPWeb (13)

gCrisprTools (58)

gcrma (1368)

GCSConnection (4)

GCSFilesystem (5)

GCSscore (23)

GDCRNATools (295)

gDNAx (46)

gDR (34)

gDRcore (78)

gDRimport (79)

gDRstyle (64)

gDRutils (99)

GDSArray (131)

gdsfmt (2088)

GeDi (9)

geecc (7)

GEM (56)

gemini (51)

gemma.R (56)

genArise (56)

genbankr (119)

GENE.E (11)

gene2pathway (3)

GeneAccord (8)

GeneAnswers (24)

geneAttribution (51)

GeneBreak (63)

geneClassifiers (50)

GeneExpressionSignature (68)

genefilter (12906)

genefu (417)

GeneGA (45)

GeneGeneInteR (54)

GeneGroupAnalysis (2)

GeneMeta (99)

GeneNetworkBuilder (75)

GeneOverlap (432)

geneplast (92)

geneplotter (7152)

GeneR (3)

geneRecommender (55)

GeneRegionScan (62)

GeneRfold (1)

geneRxCluster (55)

GeneSelectMMD (105)

GeneSelector (13)

GENESIS (338)

GeneSpring (2)

GeneStructureTools (76)

geNetClassifier (148)

GeneticsBase (2)

GeneticsDesign (13)

GeneticsPed (101)

GeneTonic (256)

GeneTraffic (2)

GeneTS (1)

geneXtendeR (109)

GENIE3 (1172)

genoCN (54)

GenoGAM (9)

genomation (632)

GenomAutomorphism (40)

GenomeBase (0)

GenomeGraphs (18)

GenomeInfoDb (56993)

genomeIntervals (177)

genomes (66)

GenomicAlignments (23755)

GenomicDataCommons (1162)

GenomicDistributions (89)

GenomicFeatures (20016)

GenomicFiles (1285)

genomicInstability (48)

GenomicInteractionNodes (47)

GenomicInteractions (349)

GenomicOZone (57)

GenomicPlot (48)

GenomicRanges (41912)

GenomicScores (639)

GenomicSuperSignature (55)

GenomicTuples (50)

Genominator (15)

genoset (22)

genotypeeval (14)

GenoView (1)

genphen (8)

GenProSeq (39)

GenRank (6)

GenVisR (290)

GeoDiff (75)

GEOexplorer (60)

GEOfastq (67)

GEOmetadb (234)

GeomxTools (399)

GEOquery (8975)

GEOsearch (3)

GEOsubmission (56)

GeoTcgaData (61)

gep2pep (52)

gespeR (86)

getDEE2 (47)

geva (42)

GEWIST (49)

gff3Plotter (1)

gg4way (31)

GGBase (16)

ggbio (2135)

ggcyto (911)

ggkegg (195)

ggmanh (113)

ggmsa (509)

GGPA (45)

ggsc (40)

ggspavis (144)

GGtools (19)

ggtree (20073)

ggtreeDendro (59)

ggtreeExtra (1011)

ggtreeSpace (8)

GIGSEA (45)

ginmappeR (7)

gINTomics (5)

girafe (90)

GISPA (45)

GLAD (228)

GladiaTOX (46)

Glimma (1208)

glmGamPoi (3892)

glmSparseNet (137)

GlobalAncova (1085)

globalSeq (52)

globaltest (1798)

GloScope (28)

gmapR (168)

GmicR (66)

gmoviz (52)

GMRP (51)

GNET2 (51)

GNOSIS (37)

goCluster (0)

GOexpress (89)

GOfuncR (282)

GOFunction (14)

GoogleGenomics (5)

GOpro (114)

goProfiles (124)

GOSemSim (16609)

goseq (1152)

GOSim (116)

goSorensen (52)

goSTAG (59)

GOstats (1725)

GOsummaries (56)

GOTHiC (89)

goTools (64)

GPA (50)

gpart (15)

gpls (167)

gprege (13)

gpuMagic (50)

gQTLBase (11)

gQTLstats (9)

GrafGen (7)

gramm4R (3)

GRaNIE (138)

granulator (116)

graper (49)

graph (18451)

GraphAlignment (58)

GraphAT (56)

graphite (2950)

GraphPAC (102)

GRENITS (57)

GreyListChIP (968)

GRmetrics (84)

groHMM (72)

GRridge (15)

GSALightning (53)

GSAR (86)

GSCA (59)

gscreend (46)

GSEABase (8633)

GSEABenchmarkeR (81)

GSEAlm (79)

GSEAmining (62)

gsean (59)

GSgalgoR (47)

GSReg (60)

GSRI (60)

GSVA (5976)

gtrellis (128)

GUIDEseq (77)

Guitar (131)

Gviz (3899)

GWAS.BAYES (49)

gwascat (595)

GWASTools (595)

gwasurvivr (82)

GWENA (177)

gypsum (274)

H

h5vc (82)

hapFabia (56)

Harman (166)

HarmonizR (40)

Harshlight (70)

hca (65)

HCABrowser (4)

HCAExplorer (2)

HCAMatrixBrowser (2)

HCsnip (10)

HDF5Array (12651)

HDTD (47)

heatmaps (237)

Heatplus (406)

HelloRanges (133)

HELP (57)

HEM (53)

hermes (90)

HERON (29)

Herper (156)

hexbin (24)

HGC (60)

hiAnnotator (107)

HIBAG (128)

HicAggR (7)

HiCBricks (149)

HiCcompare (287)

HiCDCPlus (76)

HiCDOC (105)

HiCExperiment (138)

HiContacts (104)

HiCool (64)

hicrep (10)

hicVennDiagram (33)

hierGWAS (55)

hierinf (43)

HilbertCurve (88)

HilbertVis (181)

HilbertVisGUI (38)

HiLDA (69)

hipathia (123)

HIPPO (47)

hiReadsProcessor (57)

HIREewas (49)

HiTC (135)

hmdbQuery (70)

HMMcopy (259)

hoodscanR (45)

hopach (310)

HPAanalyze (123)

hpar (273)

HPAStainR (15)

HPiP (49)

HTqPCR (161)

HTSanalyzeR (16)

HTSeqGenie (54)

htSeqTools (15)

HTSFilter (221)

HubPub (115)

HumanTranscriptomeCompendium (48)

hummingbird (42)

HybridExpress (8)

HybridMTest (130)

hypeR (78)

hyperdraw (113)

hypergraph (161)

I

iASeq (51)

iasva (48)

iBBiG (123)

ibh (53)

iBMQ (47)

iCARE (111)

Icens (457)

icetea (53)

iCheck (53)

iChip (53)

iClusterPlus (334)

iCNV (52)

iCOBRA (164)

ideal (105)

IdeoViz (66)

idiogram (58)

IdMappingAnalysis (11)

IdMappingRetrieval (13)

idpr (66)

idr2d (51)

IFAA (46)

iFlow (2)

iGC (51)

IgGeneUsage (48)

igvR (109)

igvShiny (9)

IHW (717)

illuminaio (2895)

ILoReg (43)

imageHTS (22)

IMAS (58)

imcRtools (186)

Imetagene (7)

IMMAN (49)

ImmuneSpaceR (62)

immunoClust (65)

immunotation (49)

IMPCdata (47)

ImpulseDE (5)

ImpulseDE2 (11)

impute (10399)

INDEED (45)

iNETgrate (41)

infercnv (1056)

infinityFlow (66)

Informeasure (38)

InPAS (58)

INPower (55)

inSilicoDb (12)

inSilicoMerging (13)

INSPEcT (68)

INTACT (46)

InTAD (52)

intansv (79)

interacCircos (60)

InteractionSet (1847)

InteractiveComplexHeatmap (378)

interactiveDisplay (103)

interactiveDisplayBase (9991)

InterCellar (76)

IntEREst (67)

InterMineR (63)

IntOMICS (35)

IntramiRExploreR (48)

inveRsion (15)

IONiseR (70)

iontree (11)

iPAC (129)

iPath (42)

ipdDb (103)

IPO (119)

IPPD (13)

IRanges (50802)

IRISFGM (77)

IrisSpatialFeatures (3)

ISAnalytics (54)

iSEE (462)

iSEEde (45)

iSEEfier (9)

iSEEhex (146)

iSEEhub (107)

iSEEindex (41)

iSEEpathways (37)

iSEEu (112)

iSeq (50)

ISLET (43)

iSNetwork (1)

isobar (82)

IsoBayes (28)

IsoCorrectoR (97)

IsoCorrectoRGUI (59)

IsoformSwitchAnalyzeR (256)

IsoGeneGUI (15)

ISoLDE (43)

isomiRs (123)

iSPlot (1)

ITALICS (59)

iterativeBMA (58)

iterativeBMAsurv (53)

iterClust (46)

iteremoval (7)

IVAS (78)

ivygapSE (50)

IWTomics (51)

J

jmosaics (6)

joda (13)

JunctionSeq (12)

K

karyoploteR (873)

katdetectr (54)

KBoost (44)

KCsmart (63)

kebabs (147)

KEGGgraph (5579)

KEGGlincs (68)

keggorth (1)

keggorthology (141)

KEGGprofile (21)

KEGGREST (35411)

KEGGSOAP (5)

kimod (5)

KinSwingR (53)

kissDE (58)

KnowSeq (57)

knowYourCG (6)

L

LACE (109)

lapmix (51)

LBE (241)

ldblock (78)

LEA (513)

LedPred (46)

lefser (573)

lemur (50)

les (93)

levi (45)

lfa (292)

limma (31459)

limmaGUI (71)

limpca (9)

LINC (7)

LineagePulse (40)

lineagespot (46)

LinkHD (48)

Linnorm (221)

LinTInd (51)

lionessR (51)

lipidr (188)

LiquidAssociation (80)

lisaClust (134)

lmdme (54)

LMGene (13)

LOBSTAHS (53)

loci2path (48)

logicFS (87)

logitT (32)

Logolas (7)

lol (10)

LOLA (303)

LoomExperiment (587)

LowMACA (16)

LPE (88)

LPEadj (44)

lpNet (65)

lpsymphony (1135)

LRBaseDbi (114)

LRcell (49)

lumi (1119)

lute (10)

LVSmiRNA (14)

LymphoSeq (63)

M

M3C (689)

M3D (7)

M3Drop (592)

m6Aboost (41)

maanova (20)

Maaslin2 (1006)

Macarron (54)

macat (46)

maCorrPlot (55)

MACPET (9)

MACSQuantifyR (43)

MACSr (103)

maDB (3)

made4 (238)

MADSEQ (54)

maftools (2548)

MAGAR (168)

MAGeCKFlute (367)

magpie (48)

magrene (45)

MAI (55)

maigesPack (43)

MAIT (59)

makecdfenv (173)

makePlatformDesign (2)

MANOR (56)

manta (14)

MantelCorr (49)

MAPFX (6)

mAPKL (11)

maPredictDSC (60)

mapscape (50)

mariner (55)

marr (45)

marray (1874)

martini (55)

maser (122)

maSigPro (254)

maskBAD (60)

MassArray (53)

massiR (58)

MassSpecWavelet (1926)

MAST (2022)

mastR (105)

matchBox (54)

matchprobes (2)

MatrixGenerics (39803)

MatrixQCvis (116)

MatrixRider (60)

matter (205)

MaxContrastProjection (8)

MBAmethyl (40)

MBASED (54)

MBCB (53)

MBECS (62)

mbkmeans (446)

mbOmic (14)

mBPCR (59)

MBQN (52)

mbQTL (47)

MBttest (50)

mcaGUI (13)

MCbiclust (53)

MCRestimate (13)

mCSEA (104)

mdgsa (9)

mdp (55)

mdqc (101)

MDTS (46)

MEAL (79)

MeasurementError.cor (50)

MEAT (44)

MEB (48)

MEDIPS (110)

MEDME (53)

megadepth (119)

MEIGOR (56)

Melissa (50)

memes (183)

MergeMaid (15)

Mergeomics (63)

MeSHDbi (264)

meshes (148)

meshr (142)

MeSHSim (2)

MesKit (69)

messina (55)

metaArray (14)

Metab (26)

metabCombiner (55)

metabinR (41)

MetaboAnnotation (282)

MetaboCoreUtils (1329)

metabolomicsWorkbenchR (77)

metabomxtr (54)

MetaboSignal (116)

metaCCA (189)

MetaCyto (73)

metagene (32)

metagene2 (67)

metagenomeFeatures (8)

metagenomeSeq (1656)

metahdep (57)

metaMS (102)

MetaNeighbor (90)

MetaPhOR (54)

metapod (4696)

metapone (64)

metaSeq (68)

metaseqR (18)

metaseqR2 (53)

metavizr (12)

MetaVolcanoR (55)

metaX (2)

MetCirc (68)

MethCP (7)

methimpute (58)

methInheritSim (61)

methodical (8)

MethPed (52)

MethReg (68)

methrix (81)

MethTargetedNGS (50)

methVisual (13)

methyAnalysis (19)

MethylAid (90)

methylCC (71)

methylclock (147)

methylGSA (106)

methyLImp2 (8)

methylInheritance (64)

methylKit (637)

MethylMix (95)

methylMnM (74)

methylPipe (119)

methylscaper (51)

MethylSeekR (138)

methylSig (72)

methylumi (1439)

methyvim (7)

MetID (53)

MetNet (51)

mfa (81)

Mfuzz (1159)

MGFM (60)

MGFR (63)

MGnifyR (9)

mgsa (108)

mia (1451)

miaSim (96)

miaViz (242)

MiChip (54)

microbiome (1637)

microbiomeDASim (56)

microbiomeExplorer (73)

microbiomeMarker (373)

MicrobiomeProfiler (103)

MicrobiotaProcess (498)

microRNA (157)

microSTASIS (45)

MICSQTL (34)

midasHLA (52)

MIGSA (13)

miloR (266)

mimager (63)

MIMOSA (31)

mina (44)

MineICA (74)

minet (768)

minfi (2318)

MinimumDistance (65)

MiPP (54)

miQC (107)

MIRA (122)

MiRaGE (59)

miRBaseConverter (116)

miRcomp (52)

mirIntegrator (65)

MIRit (9)

miRLAB (64)

miRmine (34)

miRNAmeConverter (56)

miRNApath (65)

miRNAtap (143)

miRSM (40)

miRsponge (5)

miRspongeR (40)

Mirsynergy (11)

mirTarRnaSeq (61)

missMethyl (958)

missRows (49)

mistyR (86)

mitch (64)

mitoClone2 (55)

mitoODE (11)

mixOmics (2817)

MLInterfaces (382)

mlm4omics (2)

MLP (123)

MLSeq (156)

MMAPPR2 (17)

MMDiff (8)

MMDiff2 (49)

mmgmos (1)

mmnet (8)

MmPalateMiRNA (14)

MMUPHin (113)

mnem (151)

moanin (119)

mobileRNA (9)

MobilityTransformR (34)

MODA (55)

ModCon (42)

Modstrings (209)

MOFA (5)

MOFA2 (441)

MOGAMUN (50)

mogsa (171)

MoleculeExperiment (71)

MOMA (55)

monaLisa (130)

monocle (3060)

Moonlight2R (41)

MoonlightR (71)

MoPS (6)

mosaics (136)

mosbi (48)

MOSim (49)

Motif2Site (45)

motifbreakR (212)

motifcounter (57)

MotifDb (640)

motifmatchr (1330)

motifRG (15)

motifStack (712)

motifTestR (8)

MotIV (29)

MouseFM (100)

MPFE (44)

mpra (56)

MPRAnalyze (60)

MQmetrics (41)

mQTL.NMR (5)

msa (1530)

MSA2dist (127)

MsBackendMassbank (74)

MsBackendMgf (457)

MsBackendMsp (232)

MsBackendRawFileReader (60)

MsBackendSql (64)

MsCoreUtils (3604)

MsDataHub (60)

MSEADbi (3)

MsExperiment (982)

MsFeatures (1699)

msgbsR (65)

MSGFgui (9)

MSGFplus (12)

msImpute (112)

mslp (39)

msmsEDA (285)

msmsTests (268)

MSnbase (3289)

MSnID (241)

MSPrep (105)

msPurity (76)

msqrob2 (113)

MsQuality (63)

MSstats (504)

MSstatsBig (29)

MSstatsConvert (480)

MSstatsLiP (74)

MSstatsLOBD (47)

MSstatsPTM (196)

MSstatsQC (75)

MSstatsQCgui (44)

MSstatsSampleSize (21)

MSstatsShiny (98)

MSstatsTMT (275)

MSstatsTMTPTM (3)

MTseeker (2)

MuData (56)

Mulcom (74)

MultiAssayExperiment (5125)

MultiBaC (66)

multiClust (85)

multicrispr (57)

MultiDataSet (1210)

multiGSEA (107)

multiHiCcompare (180)

MultiMed (53)

multiMiR (221)

MultimodalExperiment (37)

multiOmicsViz (41)

MultiRNAflow (34)

multiscan (53)

multiSight (69)

multistateQTL (7)

multiWGCNA (49)

multtest (12325)

mumosa (70)

MungeSumstats (998)

muscat (418)

muscle (318)

musicatk (77)

MutationalPatterns (331)

MVCClass (91)

mvGST (3)

MWASTools (149)

mygene (342)

myvariant (84)

mzID (3144)

mzR (3444)

N

NADfinder (57)

NanoMethViz (79)

NanoStringDiff (92)

NanoStringNCTools (387)

NanoStringQCPro (43)

nanotatoR (100)

NanoTube (81)

NarrowPeaks (14)

NBAMSeq (84)

NBSplice (9)

ncdfFlow (1148)

ncGTW (42)

NCIgraph (116)

ncRNAtools (47)

ndexr (69)

neaGUI (6)

nearBynding (49)

Nebulosa (1000)

NeighborNet (23)

nem (17)

nempi (57)

NetActivity (42)

netbenchmark (7)

netbiov (31)

netboost (42)

netboxr (8)

netDx (47)

nethet (52)

netOmics (39)

NetPathMiner (60)

netprioR (48)

netReg (7)

netresponse (69)

NetSAM (61)

netSmooth (61)

networkBMA (15)

netZooR (60)

NeuCA (35)

NewWave (115)

NGScopy (6)

ngsReports (74)

nipalsMCIA (31)

nnNorm (58)

nnSVG (97)

NOISeq (555)

nondetects (66)

NoRCE (51)

normalize450K (47)

NormalyzerDE (159)

NormqPCR (173)

normr (133)

NPARC (54)

npGSEA (58)

NTW (52)

nucleoSim (56)

nucleR (80)

nuCpos (49)

nudge (10)

nullranges (162)

NuPoP (71)

NxtIRFcore (16)

O

occugene (49)

OCplus (80)

octad (54)

ODER (13)

odseq (65)

OGRE (54)

OGSA (7)

oligo (1593)

oligoClasses (1671)

OLIN (91)

OLINgui (56)

omada (39)

OmaDB (190)

omicade4 (136)

OmicCircos (187)

omicplotR (58)

omicRexposome (56)

OmicsLonDA (21)

OmicsMarkeR (7)

OMICsPCA (60)

omicsPrint (52)

omicsViewer (52)

Omixer (52)

OmnipathR (518)

ompBAM (100)

Onassis (9)

oncomix (49)

oncoscanR (44)

OncoScore (55)

OncoSimulR (60)

oneChannelGUI (12)

oneSENSE (19)

onlineFDR (46)

ontoCAT (11)

ontoProc (222)

ontoTools (2)

openCyto (673)

openPrimeR (126)

openPrimeRui (62)

OpenStats (47)

OperaMate (3)

oposSOM (76)

oppar (60)

oppti (44)

optimalFlow (57)

OPWeight (51)

OrderedList (79)

ORFhunteR (51)

ORFik (203)

Organism.dplyr (425)

OrganismDbi (3217)

orthogene (324)

orthos (31)

OSAT (65)

Oscope (89)

OTUbase (62)

OutlierD (13)

OUTRIDER (207)

OutSplice (47)

OVESEG (47)

P

PAA (68)

packFinder (52)

padma (44)

PADOG (236)

pageRank (53)

PAIRADISE (79)

paircompviz (60)

pairedGSEA (43)

pairkat (41)

pairseqsim (1)

pamr (5)

pandaR (126)

panelcn.mops (80)

PAnnBuilder (13)

PanomiR (64)

panp (57)

PANR (57)

PanViz (39)

PanVizGenerator (9)

PAPi (17)

pareg (49)

parglms (50)

parody (100)

partCNV (30)

PAST (46)

Path2PPI (59)

pathifier (123)

pathlinkR (12)

PathNet (67)

PathoStat (66)

pathprint (7)

pathRender (59)

pathVar (24)

pathview (4314)

pathwayPCA (74)

PathwaySplice (6)

PatientGeneSets (1)

paxtoolsr (79)

Pbase (9)

pbcmc (4)

pcaExplorer (471)

pcaGoPromoter (13)

pcaMethods (5218)

PCAN (58)

PCAtools (1174)

pcot2 (14)

PCpheno (14)

pcxn (49)

PDATK (83)

pdInfoBuilder (114)

pdmclass (11)

PeacoQC (217)

peakPantheR (58)

PECA (62)

peco (47)

Pedixplorer (8)

pengls (41)

PepsNMR (118)

pepStat (51)

pepXMLTab (59)

PERFect (40)

periodicDNA (47)

perturbatr (6)

pfamAnalyzeR (241)

PFP (15)

PGA (10)

pgca (47)

PGSEA (49)

pgUtils (3)

pgxRpi (12)

phantasus (144)

phantasusLite (35)

PharmacoGx (272)

phemd (36)

phenoDist (11)

PhenoGeneRanker (41)

phenomis (54)

phenopath (87)

phenoTest (136)

PhenStat (60)

philr (182)

PhIPData (97)

phosphonormalizer (48)

PhosR (101)

PhyloProfile (74)

phyloseq (5391)

Pi (71)

piano (467)

pickgene (50)

PICS (113)

Pigengene (118)

PING (68)

pint (10)

pipeComp (51)

pipeFrame (166)

PIPETS (8)

PIUMA (8)

pkgDepTools (21)

planet (181)

planttfhunter (42)

plasmut (26)

plateCore (13)

plethy (21)

plgem (112)

plier (115)

PloGO2 (65)

plotgardener (336)

plotGrouper (48)

PLPE (56)

plrs (12)

PLSDAbatch (11)

plw (14)

plyinteractions (37)

plyranges (1238)

pmm (44)

pmp (118)

PoDCall (46)

podkat (54)

pogos (59)

polyester (122)

Polyfit (8)

POMA (75)

POST (7)

PoTRA (7)

PowerExplorer (6)

powerTCR (380)

POWSC (58)

ppcseq (48)

PPInfer (117)

ppiStats (15)

pqsfinder (75)

prada (20)

pram (47)

prebs (70)

preciseTAD (57)

PrecisionTrialDrawer (6)

PREDA (85)

predictionet (13)

preprocessCore (14082)

primirTSS (57)

PrInCE (56)

Prize (7)

proActiv (61)

proBAMr (53)

proBatch (31)

PROcess (91)

procoil (61)

ProCoNA (11)

proDA (230)

proFIA (12)

profileplyr (227)

profileScoreDist (48)

progeny (408)

projectR (108)

pRoloc (256)

pRolocGUI (85)

PROMISE (101)

PROPER (84)

PROPS (52)

Prostar (76)

prot2D (12)

proteasy (28)

proteinProfiles (52)

ProteoDisco (51)

ProteomicsAnnotationHubData (9)

ProteoMM (76)

proteoQC (8)

protGear (53)

ProtGenerics (11687)

PSEA (45)

psichomics (71)

PSICQUIC (22)

PSMatch (422)

psygenet2r (69)

ptairMS (48)

PubScore (4)

pulsedSilac (5)

puma (98)

PureCN (160)

pvac (53)

pvca (244)

Pviz (75)

pwalign (505)

PWMEnrich (162)

pwOmics (105)

pwrEWAS (29)

Q

qckitfastq (57)

qcmetrics (93)

QDNAseq (383)

QFeatures (1495)

qmtools (49)

qpcrNorm (61)

qpgraph (181)

qPLEXanalyzer (70)

qrqc (23)

qsea (64)

qsmooth (129)

QSutils (63)

qsvaR (112)

QTLExperiment (30)

Qtlizer (50)

QUALIFIER (15)

quantiseqr (441)

quantro (336)

quantsmooth (617)

QuartPAC (61)

QuasR (353)

QuaternaryProd (73)

QUBIC (135)

qusage (393)

qvalue (16817)

R

R3CPET (54)

r3Cseq (88)

R453Plus1Toolbox (65)

R4RNA (624)

RadioGx (63)

raer (30)

RaggedExperiment (917)

RAIDS (32)

rain (90)

rama (16)

RamiGO (10)

ramr (45)

ramwas (124)

RandomWalkRestartMH (110)

randPack (56)

randRotation (42)

RankProd (290)

RAREsim (42)

RareVariantVis (61)

Rariant (14)

Rarr (114)

rawrr (202)

RbcBook1 (77)

Rbec (53)

RBGL (9411)

RBioFormats (111)

RBioinf (64)

rBiopaxParser (168)

rBLAST (13)

RBM (56)

Rbowtie (508)

Rbowtie2 (307)

rbsurv (63)

Rbwa (100)

Rcade (19)

RCAS (128)

RCASPAR (51)

rcellminer (64)

rCGH (109)

Rchemcpp (13)

RchyOptimyx (14)

RcisTarget (834)

RCM (62)

Rcollectl (30)

Rcpi (121)

RCSL (35)

Rcwl (104)

RcwlPipelines (95)

RCX (93)

RCy3 (942)

RCyjs (72)

RCytoscape (11)

RDAVIDWebService (32)

Rdbi (2)

RdbiPgSQL (2)

rDGIdb (76)

Rdisop (463)

RDRToolbox (123)

ReactomeContentService4R (102)

ReactomeGraph4R (44)

ReactomeGSA (220)

ReactomePA (2346)

readat (7)

ReadqPCR (202)

reb (12)

REBET (43)

rebook (170)

receptLoss (41)

reconsi (50)

recount (404)

recount3 (302)

recountmethylation (62)

recoup (54)

RedeR (333)

RedisParam (43)

REDseq (84)

RefNet (12)

RefPlus (40)

RegEnrich (100)

regionalpcs (34)

RegionalST (40)

regioneR (2038)

regioneReloaded (47)

regionReport (125)

regsplice (49)

regutools (60)

REMP (68)

Repitools (318)

ReportingTools (714)

reposTools (0)

RepViz (106)

ReQON (47)

ResidualMatrix (3432)

RESOLVE (52)

Resourcerer (5)

restfulSE (109)

retrofit (43)

ReUseData (44)

rexposome (102)

rfaRm (42)

Rfastp (136)

rflowcyt (2)

rfPred (56)

rGADEM (278)

RGalaxy (16)

rGenomeTracks (40)

Rgin (7)

RGMQL (49)

RgnTX (44)

rgoslin (62)

RGraph2js (53)

Rgraphviz (9911)

rGREAT (649)

RGSEA (67)

rgsepd (49)

rhdf5 (19481)

rhdf5client (144)

rhdf5filters (18798)

Rhdf5lib (23346)

Rhisat2 (218)

Rhtslib (24210)

rHVDM (12)

RiboCrypt (51)

RiboDiPA (50)

RiboProfiling (81)

ribor (46)

riboSeqR (47)

ribosomeProfilingQC (79)

rifi (39)

rifiComparative (37)

RImmPort (46)

Ringo (347)

Rintact (1)

RIPAT (26)

RIPSeeker (24)

Risa (58)

RITAN (62)

RIVER (51)

RJMCMCNucleosomes (54)

RLassoCox (49)

RLMM (53)

RLSeq (36)

RMAGEML (2)

Rmagpie (54)

RMAPPER (3)

RMassBank (101)

rMAT (11)

rmelting (66)

RmiR (13)

Rmmquant (48)

rmspc (53)

RNAAgeCalc (69)

RNAdecay (37)

rnaEditr (49)

RNAinteract (77)

RNAither (16)

RNAmodR (113)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (59)

RNAmodR.ML (52)

RNAmodR.RiboMethSeq (54)

RNAprobR (7)

RNAsense (43)

rnaseqcomp (59)

RNAseqCovarImpute (28)

rnaSeqMap (15)

RNASeqPower (144)

RNASeqR (7)

RnaSeqSampleSize (91)

RnBeads (286)

Rnits (52)

roar (59)

roastgsa (27)

ROC (1022)

ROCpAI (43)

RolDE (48)

Roleswitch (13)

Rolexa (8)

rols (425)

ROntoTools (214)

ropls (1194)

ROSeq (46)

ROTS (206)

RPA (104)

rprimer (71)

RProtoBufLib (2713)

RpsiXML (19)

rpx (241)

Rqc (262)

rqt (53)

rqubic (82)

rRDP (63)

Rredland (1)

RRHO (97)

rrvgo (440)

Rsamtools (23110)

rsbml (154)

rScudo (50)

rsemmed (43)

RSeqAn (80)

rSFFreader (10)

RSNPper (1)

Rsubread (2231)

RSVSim (65)

rSWeeP (46)

rTANDEM (16)

RTCA (58)

RTCGA (539)

RTCGAToolbox (572)

RTN (171)

RTNduals (80)

RTNsurvival (61)

RTools4TB (2)

RTopper (57)

Rtpca (45)

rtracklayer (21288)

Rtreemix (57)

rTRM (142)

rTRMui (63)

runibic (78)

Ruuid (4)

RUVcorr (57)

RUVnormalize (65)

RUVSeq (931)

Rvisdiff (28)

RVS (49)

RWebServices (3)

rWikiPathways (385)

S

S4Arrays (35847)

S4Vectors (54444)

safe (606)

SAGElyzer (1)

sagenhaft (54)

SAGx (17)

SAIGEgds (60)

samExploreR (7)

sampleClassifier (54)

SamSPECTRAL (146)

sangeranalyseR (173)

sangerseqR (897)

SANTA (55)

sapFinder (13)

saps (2)

SARC (31)

sarks (43)

saseR (9)

satuRn (264)

savR (28)

SBGNview (157)

sbgr (1)

SBMLR (66)

SC3 (393)

Scale4C (44)

ScaledMatrix (11828)

scAlign (17)

SCAN.UPC (161)

scanMiR (76)

scanMiRApp (58)

scAnnotatR (127)

SCANVIS (59)

SCArray (77)

SCArray.sat (48)

SCATE (77)

scater (6742)

scatterHatch (40)

scBFA (54)

SCBN (79)

scBubbletree (49)

scCB2 (53)

scClassifR (3)

scClassify (75)

sccomp (94)

scDataviz (79)

scDblFinder (1384)

scDD (138)

scDDboost (43)

scde (336)

scDesign3 (40)

scds (489)

SCFA (45)

scFeatureFilter (50)

scFeatures (63)

scfind (5)

scGPS (54)

schex (228)

scHOT (64)

scider (34)

scifer (52)

ScISI (20)

scMAGeCK (7)

scmap (259)

scMerge (491)

scMET (48)

scmeth (68)

scMitoMut (8)

scMultiSim (7)

SCnorm (93)

scone (110)

Sconify (54)

SCOPE (54)

scoreInvHap (56)

scp (128)

scPCA (88)

scPipe (133)

scran (4698)

scReClassify (44)

scRecover (56)

screenCounter (41)

ScreenR (42)

scRepertoire (385)

scRNAseqApp (63)

scruff (65)

scry (235)

scShapes (45)

scsR (13)

scTensor (122)

scTGIF (138)

scTHI (44)

scTreeViz (48)

scuttle (9772)

scviR (47)

SDAMS (54)

sechm (150)

segmenter (54)

segmentSeq (61)

selectKSigs (47)

SELEX (53)

SemDist (46)

semisup (47)

SemSim (1)

SEPA (5)

SEPIRA (27)

seq.hotSPOT (38)

seq2pathway (110)

seqArchR (82)

seqArchRplus (50)

SeqArray (909)

seqbias (77)

seqCAT (55)

seqCNA (51)

seqcombo (53)

SeqGate (42)

SeqGSEA (131)

seqLogo (3558)

seqPattern (650)

seqplots (11)

seqsetvis (65)

SeqSQC (86)

seqTools (120)

SeqVarTools (441)

sesame (655)

SEtools (129)

sevenbridges (64)

sevenC (49)

SGCP (101)

SGSeq (312)

SharedObject (150)

shiny.gosling (12)

shinyepico (65)

shinyMethyl (106)

shinyTANDEM (12)

ShortRead (6250)

SIAMCAT (112)

SICtools (45)

sigaR (13)

SigCheck (56)

sigFeature (205)

SigFuge (58)

siggenes (3327)

sights (53)

signatureSearch (217)

signeR (73)

signet (6)

signifinder (53)

sigPathway (27)

SigsPack (50)

sigsquared (51)

SIM (52)

SIMAT (54)

SimBindProfiles (54)

SimBu (61)

SIMD (50)

SimFFPE (43)

similaRpeak (59)

SIMLR (249)

simona (49)

simPIC (7)

simpleaffy (98)

simpleSeg (68)

simplifyEnrichment (739)

simulatorAPMS (2)

simulatorZ (8)

sincell (58)

single (42)

SingleCellAlleleExperiment (9)

SingleCellExperiment (14637)

SingleCellSignalR (252)

singleCellTK (246)

SingleMoleculeFootprinting (51)

SingleR (3850)

singscore (1245)

SiPSiC (45)

SISPA (28)

sitadela (47)

sitePath (55)

sizepower (61)

SJava (4)

sketchR (9)

skewr (43)

slalom (103)

SLGI (15)

slingshot (1449)

slinky (6)

SLqPCR (60)

SMAD (47)

SMAP (45)

smartid (8)

SMITE (56)

smoothclust (8)

SNAGEE (54)

snapCGH (105)

snapcount (56)

snifter (136)

snm (165)

SNPchip (20)

SNPediaR (50)

SNPhood (58)

snpMatrix (8)

SNPRelate (1638)

snpStats (2244)

soGGi (327)

sojourner (11)

SomatiCA (9)

SomaticSignatures (178)

SOMNiBUS (55)

SpaceMarkers (8)

SpacePAC (96)

spade (10)

Spaniel (76)

sparrow (107)

SparseArray (23738)

sparseDOSSA (35)

sparseMatrixStats (15394)

sparsenetgls (47)

SparseSignatures (54)

spaSim (58)

SpatialCPie (71)

spatialDE (102)

SpatialDecon (175)

SpatialExperiment (1774)

SpatialFeatureExperiment (151)

spatialHeatmap (153)

SpatialOmicsOverlay (63)

spatzie (47)

speckle (151)

specL (58)

SpeCond (71)

Spectra (1562)

SpectralTAD (78)

SPEM (71)

SPIA (647)

SPIAT (105)

spicyR (183)

SpidermiR (79)

spikeLI (48)

spiky (44)

spillR (10)

spkTools (53)

splatter (423)

splicegear (12)

spliceR (15)

spliceSites (14)

SpliceWiz (82)

SplicingFactory (42)

SplicingGraphs (90)

splineTCDiffExpr (0)

splineTimeR (66)

SPLINTER (56)

splots (207)

SPONGE (56)

spoon (8)

SpotClean (88)

SPOTlight (221)

spotSegmentation (11)

SpotSweeper (5)

spqn (47)

SPsimSeq (134)

SQLDataFrame (49)

SQUADD (45)

sRACIPE (62)

SRAdb (376)

sRAP (14)

SRGnet (6)

srnadiff (52)

sscore (31)

sscu (48)

sSeq (174)

ssize (91)

sSNAPPY (101)

SSPA (64)

ssPATHS (43)

ssrch (78)

ssviz (54)

stageR (179)

stam (1)

STAN (14)

standR (115)

staRank (63)

StarBioTrek (53)

Starr (13)

STATegRa (60)

Statial (63)

statTarget (95)

STdeconvolve (126)

stepNorm (54)

stepwiseCM (9)

stJoincount (52)

strandCheckR (52)

Streamer (60)

STRINGdb (1139)

STROMA4 (29)

struct (149)

Structstrings (156)

structToolbox (105)

StructuralVariantAnnotation (213)

SubCellBarCode (52)

subSeq (68)

SUITOR (40)

SummarizedBenchmark (51)

SummarizedExperiment (38056)

Summix (38)

supersigs (41)

supraHex (423)

surfaltr (44)

SurfR (7)

survcomp (1045)

survtype (52)

Sushi (62)

sva (7107)

svaNUMT (56)

SVAPLSseq (6)

svaRetro (57)

SVM2CRM (6)

SVMDO (100)

SWATH2stats (58)

SwathXtend (62)

swfdr (58)

SwimR (10)

switchBox (121)

switchde (56)

synapsis (41)

synapter (92)

synergyfinder (183)

SynExtend (52)

synlet (48)

SynMut (46)

syntenet (123)

systemPipeR (1181)

systemPipeShiny (59)

systemPipeTools (50)

T

tadar (36)

TADCompare (78)

tanggle (62)

TAPseq (55)

target (46)

TargetDecoy (44)

TargetScore (65)

TargetSearch (70)

TarSeqQC (13)

TBSignatureProfiler (67)

TCC (194)

TCGAbiolinks (3536)

TCGAbiolinksGUI (25)

TCGAutils (832)

TCseq (154)

TDARACNE (16)

TDbasedUFE (74)

TDbasedUFEadv (59)

TEKRABber (100)

TENxIO (50)

tenXplore (52)

TEQC (67)

ternarynet (55)

terraTCGAdata (52)

TFARM (47)

TFBSTools (3222)

TFEA.ChIP (67)

TFHAZ (52)

TFutils (74)

tidybulk (196)

tidyCoverage (9)

tidyomics (9)

tidySingleCellExperiment (195)

tidySpatialExperiment (12)

tidySummarizedExperiment (315)

tigre (58)

TileDBArray (54)

tilingArray (144)

timecourse (71)

timeOmics (70)

timescape (76)

TimeSeriesExperiment (9)

TimiRGeN (61)

TIN (50)

TissueEnrich (156)

TitanCNA (79)

tkWidgets (1269)

tLOH (45)

TMixClust (62)

TNBC.CMS (51)

TnT (42)

TOAST (382)

tofsims (8)

tomoda (42)

tomoseqr (43)

TOP (45)

ToPASeq (7)

topconfects (167)

topdownr (74)

topGO (3009)

ToxicoGx (66)

TPP (93)

TPP2D (51)

tpSVG (8)

tracktables (115)

trackViewer (485)

tradeSeq (498)

TrajectoryGeometry (40)

TrajectoryUtils (1857)

transcriptogramer (59)

transcriptR (68)

transformGamPoi (69)

transite (54)

tRanslatome (117)

transmogR (8)

transomics2cytoscape (49)

TransView (54)

TraRe (5)

traseR (51)

Travel (3)

traviz (57)

TreeAndLeaf (128)

treeclimbR (9)

treeio (19666)

treekoR (56)

TreeSummarizedExperiment (1550)

TREG (43)

trena (39)

TReNA (1)

Trendy (58)

TRESS (95)

tricycle (212)

triform (15)

trigger (61)

trio (98)

triplex (55)

tripr (47)

tRNA (140)

tRNAdbImport (113)

tRNAscanImport (73)

TRONCO (71)

TSAR (25)

TSCAN (610)

tscR (18)

tspair (16)

TSRchitect (10)

TSSi (13)

ttgsea (81)

TTMap (47)

TurboNorm (62)

TVTB (59)

tweeDEseq (135)

twilight (108)

twoddpcr (53)

txcutr (45)

txdbmaker (299)

tximeta (1140)

tximport (3310)

TxRegInfra (6)

TypeInfo (49)

U

UCell (1213)

UCSC.utils (3263)

Ularcirc (62)

UMI4Cats (57)

uncoverappLib (53)

UNDO (71)

unifiedWMWqPCR (53)

UniProt.ws (419)

Uniquorn (55)

universalmotif (511)

updateObject (44)

UPDhmm (6)

uSORT (48)

V

VAExprs (44)

VanillaICE (182)

VarCon (42)

variancePartition (944)

VariantAnnotation (9423)

VariantExperiment (48)

VariantFiltering (88)

VariantTools (168)

vasp (3)

VaSP (57)

vbmp (73)

VCFArray (58)

VDJdive (47)

Vega (11)

VegaMC (51)

velociraptor (117)

veloviz (47)

VennDetail (221)

VERSO (46)

vidger (96)

viper (697)

virtualArray (5)

ViSEAGO (123)

VisiumIO (8)

vissE (97)

Voyager (103)

VplotR (54)

vsclust (49)

vsn (5274)

vtpnet (72)

vulcan (64)

W

waddR (52)

wateRmelon (730)

wavClusteR (62)

waveTiling (15)

weaver (60)

webbioc (62)

weitrix (50)

widgetInvoke (1)

widgetTools (1269)

wiggleplotr (167)

wpm (54)

wppi (46)

Wrench (1639)

X

XBSeq (9)

XCIR (4)

xcms (1855)

xcore (45)

XDE (64)

Xeva (60)

XINA (44)

xmapbridge (55)

xmapcore (2)

XNAString (49)

xps (15)

XVector (47480)

Y

y2hStat (0)

yamss (60)

YAPSA (80)

yaqcaffy (15)

yarn (134)

Z

zellkonverter (1063)

zenith (133)

zFPKM (110)

zinbwave (873)

zlibbioc (50608)

ZygosityPredictor (44)