See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Tue. 08 Oct 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (3718) 6 geneLenDataBase (1832) 11 GSVAdata (792)
2 celldex (3553) 7 scRNAseq (1754) 12 TENxPBMCData (737)
3 ALL (3433) 8 pasilla (1012) 13 depmap (733)
4 HSMMSingleCell (2900) 9 sesameData (997) 14 ChAMPdata (722)
5 airway (1916) 10 tximportData (820) 15 msigdb (660)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (11)

adductData (87)

affycompData (77)

affydata (443)

Affyhgu133A2Expr (55)

Affyhgu133aExpr (97)

Affyhgu133Plus2Expr (82)

AffymetrixDataTestFiles (99)

Affymoe4302Expr (61)

Affymoe430Expr (0)

airway (1916)

ALL (3433)

allenpvc (2)

ALLMLL (166)

alpineData (11)

AmpAffyExample (64)

AneuFinderData (115)

antiProfilesData (84)

aracne.networks (66)

ARRmData (103)

AshkenazimSonChr21 (33)

ASICSdata (55)

AssessORFData (113)

B

bcellViper (619)

beadarrayExampleData (233)

BeadArrayUseCases (54)

BeadSorted.Saliva.EPIC (90)

benchmarkfdrData2019 (31)

beta7 (48)

BioImageDbs (31)

BioPlex (35)

biotmleData (63)

biscuiteerData (99)

bladderbatch (536)

blimaTestingData (55)

BloodCancerMultiOmics2017 (69)

bodymapRat (158)

brainImageRdata (3)

breakpointRdata (133)

breastCancerMAINZ (114)

breastCancerNKI (113)

breastCancerTRANSBIG (104)

breastCancerUNT (89)

breastCancerUPP (122)

breastCancerVDX (191)

brgedata (94)

bronchialIL13 (52)

bsseqData (121)

C

cancerdata (112)

CardinalWorkflows (94)

ccdata (129)

CCl4 (94)

ccTutorial (44)

celarefData (34)

celldex (3553)

CellMapperData (47)

ceu1kg (19)

ceu1kgv (13)

ceuhm3 (17)

cfToolsData (77)

cgdv17 (18)

ChAMPdata (722)

charmData (15)

cheung2010 (16)

ChIC.data (19)

ChimpHumanBrainData (41)

chipenrich.data (184)

ChIPexoQualExample (63)

chipseqDBData (48)

ChIPXpressData (134)

chromstaRData (119)

CLL (232)

CLLmethylation (33)

CluMSIDdata (58)

clustifyrdatahub (42)

cMap2data (184)

cnvGSAdata (52)

COHCAPanno (84)

colonCA (67)

CONFESSdata (52)

ConnectivityMap (62)

COPDSexualDimorphism.data (59)

CopyhelpeR (69)

CopyNeutralIMA (36)

CopyNumber450kData (8)

CoSIAdata (23)

COSMIC.67 (145)

CRCL18 (31)

crisprScoreData (181)

curatedAdipoArray (28)

curatedAdipoChIP (31)

curatedAdipoRNA (32)

curatedBladderData (81)

curatedBreastData (113)

curatedCRCData (40)

curatedMetagenomicData (307)

curatedOvarianData (278)

curatedPCaData (17)

curatedTBData (33)

curatedTCGAData (532)

CytoMethIC (19)

D

DAPARdata (165)

davidTiling (47)

depmap (733)

derfinderData (101)

DeSousa2013 (52)

DExMAdata (83)

diffloopdata (39)

diggitdata (50)

DLBCL (116)

DmelSGI (63)

DMRcatedata (281)

DNAZooData (47)

DonaPLLP2013 (48)

dorothea (608)

DREAM4 (16)

dressCheck (57)

DropletTestFiles (167)

DrugVsDiseasedata (157)

dsQTL (16)

DuoClustering2018 (96)

DvDdata (53)

dyebiasexamples (62)

E

easierData (173)

EatonEtAlChIPseq (60)

ecoliLeucine (64)

EGSEAdata (210)

ELMER.data (226)

emtdata (34)

ENCODEFig4Band4D (1)

encoDnaseI (13)

EpiMix.data (82)

epimutacionsData (93)

estrogen (106)

etec16s (32)

ewceData (251)

F

faahKO (332)

fabiaData (43)

facopy.annot (5)

facsDorit (19)

FANTOM3and4CAGE (58)

ffpeExampleData (62)

fibroEset (100)

FieldEffectCrc (29)

FIs (76)

fission (233)

Fletcher2013a (92)

Fletcher2013b (76)

flowFitExampleData (13)

flowPloidyData (60)

flowQBData (4)

FlowSorted.Blood.450k (342)

FlowSorted.Blood.EPIC (208)

FlowSorted.CordBlood.450k (55)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (58)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (41)

FlowSorted.DLPFC.450k (122)

flowWorkspaceData (186)

fourDNData (45)

frmaExampleData (68)

FunciSNP.data (17)

furrowSeg (39)

G

gageData (302)

gaschYHS (42)

gatingMLData (20)

gcspikelite (117)

gDNAinRNAseqData (62)

gDRtestData (71)

geneLenDataBase (1832)

genomationData (99)

GenomicDistributionsData (81)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)

GeuvadisTranscriptExpr (59)

geuvPack (6)

geuvStore (1)

geuvStore2 (8)

GGdata (20)

ggtut (16)

GIGSEAdata (28)

golubEsets (257)

gpaExample (42)

grndata (50)

GSBenchMark (87)

GSE103322 (42)

GSE13015 (37)

GSE159526 (27)

GSE62944 (72)

gskb (6)

GSVAdata (792)

GWASdata (98)

H

h5vcData (153)

hapmap100khind (44)

hapmap100kxba (73)

hapmap500knsp (55)

hapmap500ksty (67)

hapmapsnp5 (192)

hapmapsnp6 (225)

harbChIP (51)

HarmanData (50)

HarmonizedTCGAData (37)

HCAData (83)

HCATonsilData (47)

HD2013SGI (67)

HDCytoData (262)

healthyControlsPresenceChecker (25)

healthyFlowData (59)

HEEBOdata (55)

HelloRangesData (92)

hgu133abarcodevecs (35)

hgu133plus2barcodevecs (34)

hgu133plus2CellScore (45)

hgu2beta7 (37)

HiBED (25)

HiCDataHumanIMR90 (61)

HiCDataLymphoblast (54)

HiContactsData (103)

HighlyReplicatedRNASeq (28)

Hiiragi2013 (130)

HIVcDNAvantWout03 (36)

HMP16SData (47)

HMP2Data (51)

hmyriB36 (18)

homosapienDEE2CellScore (14)

HSMMSingleCell (2900)

HumanAffyData (44)

humanStemCell (165)

I

IHWpaper (47)

Illumina450ProbeVariants.db (618)

IlluminaDataTestFiles (109)

imcdatasets (78)

ind1KG (13)

iontreeData (10)

ITALICSData (71)

Iyer517 (41)

J

JASPAR2014 (111)

JASPAR2016 (177)

JctSeqData (7)

JohnsonKinaseData (16)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (106)

KEGGdzPathwaysGEO (377)

kidpack (43)

KOdata (112)

L

leeBamViews (81)

leukemiasEset (150)

LiebermanAidenHiC2009 (41)

ListerEtAlBSseq (41)

LRcellTypeMarkers (44)

lumiBarnes (74)

LungCancerACvsSCCGEO (80)

LungCancerLines (85)

lungExpression (82)

lydata (169)

lymphoma (1)

M

M3DExampleData (152)

macrophage (334)

MACSdata (47)

mammaPrintData (47)

mAPKLData (18)

maqcExpression4plex (70)

MAQCsubset (61)

MAQCsubsetAFX (19)

MAQCsubsetILM (28)

marinerData (51)

mCSEAdata (134)

mcsurvdata (32)

MEALData (3)

MEDIPSData (84)

MEEBOdata (58)

MerfishData (52)

MetaGxBreast (42)

MetaGxOvarian (38)

MetaGxPancreas (35)

metaMSdata (150)

MetaScope (30)

MethylAidData (73)

methylclockData (176)

MethylSeqData (29)

methyvimData (5)

MicrobiomeBenchmarkData (52)

microbiomeDataSets (181)

microRNAome (36)

MIGSAdata (10)

minfiData (502)

minfiDataEPIC (122)

minionSummaryData (63)

miRcompData (77)

miRNATarget (83)

mitoODEdata (10)

MMAPPR2data (34)

MMDiffBamSubset (60)

MOFAdata (183)

mosaicsExample (98)

mouse4302barcodevecs (34)

MouseAgingData (16)

MouseGastrulationData (162)

MouseThymusAgeing (72)

MSBdata (5)

msd16s (57)

msdata (617)

msigdb (660)

MSMB (78)

msPurityData (60)

msqc1 (34)

MSstatsBioData (5)

mtbls2 (128)

MTseekerData (5)

MUGAExampleData (49)

Mulder2012 (15)

muleaData (15)

multiWGCNAdata (27)

muscData (167)

mvoutData (60)

N

NanoporeRNASeq (59)

nanotubes (39)

NCIgraphData (41)

NestLink (35)

NetActivityData (60)

netDx.examples (0)

Neve2006 (55)

NGScopyData (64)

nullrangesData (230)

NxtIRFdata (113)

O

ObMiTi (27)

oct4 (47)

octad.db (66)

OMICsPCAdata (93)

OnassisJavaLibs (48)

optimalFlowData (79)

orthosData (79)

P

parathyroid (7)

parathyroidSE (377)

pasilla (1012)

pasillaBamSubset (340)

PasillaTranscriptExpr (64)

PathNetData (51)

pathprintGEOData (5)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (15)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (15)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (15)

PCHiCdata (69)

pcxnData (62)

pd.atdschip.tiling (48)

pepDat (55)

PepsNMRData (55)

PGPC (5)

PhyloProfileData (28)

plasFIA (9)

plotgardenerData (92)

ppiData (23)

prebsdata (72)

preciseTADhub (27)

PREDAsampledata (73)

ProData (47)

pRolocdata (247)

prostateCancerCamcap (38)

prostateCancerGrasso (45)

prostateCancerStockholm (31)

prostateCancerTaylor (34)

prostateCancerVarambally (33)

ptairData (64)

PtH2O2lipids (95)

pumadata (72)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (59)

PWMEnrich.Hsapiens.background (59)

PWMEnrich.Mmusculus.background (53)

pwrEWAS.data (18)

Q

QDNAseq.hg19 (154)

QDNAseq.mm10 (83)

qPLEXdata (53)

QUBICdata (50)

R

raerdata (46)

rcellminerData (89)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (145)

ReactomeGSA.data (83)

RegParallel (85)

restfulSEData (119)

rfcdmin (6)

RforProteomics (145)

RGMQLlib (63)

rheumaticConditionWOLLBOLD (44)

RIPSeekerData (17)

RITANdata (76)

RLHub (23)

RMassBankData (68)

RNAinteractMAPK (44)

RNAmodR.Data (79)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (3)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (342)

RNASeqDataSubset (2)

RNASeqRData (7)

RnaSeqSampleSizeData (116)

RnaSeqTutorial (14)

RnBeads.hg19 (199)

RnBeads.hg38 (128)

RnBeads.mm10 (83)

RnBeads.mm9 (96)

RnBeads.rn5 (43)

RRBSdata (47)

rRDPData (55)

RTCGA.clinical (288)

RTCGA.CNV (71)

RTCGA.methylation (68)

RTCGA.miRNASeq (122)

RTCGA.mRNA (193)

RTCGA.mutations (96)

RTCGA.PANCAN12 (154)

RTCGA.rnaseq (144)

RTCGA.RPPA (65)

RUVnormalizeData (81)

S

sampleClassifierData (52)

SBGNview.data (226)

scaeData (18)

scanMiRData (65)

scATAC.Explorer (29)

SCATEData (65)

SCLCBam (48)

scMultiome (74)

scpdata (71)

scRNAseq (1754)

scTHI.data (47)

seq2pathway.data (191)

seqc (43)

seqCNA.annot (45)

serumStimulation (37)

sesameData (997)

seventyGeneData (61)

SFEData (110)

shinyMethylData (71)

signatureSearchData (212)

SimBenchData (32)

simpIntLists (103)

Single.mTEC.Transcriptomes (37)

SingleCellMultiModal (95)

SingleMoleculeFootprintingData (50)

smokingMouse (44)

SNAData (44)

SNAGEEdata (76)

SNPhoodData (52)

SomatiCAData (37)

SomaticCancerAlterations (92)

SpatialDatasets (29)

spatialDmelxsim (26)

spatialLIBD (288)

SpikeIn (83)

SpikeInSubset (129)

spqnData (44)

stemHypoxia (85)

STexampleData (292)

stjudem (42)

SubcellularSpatialData (25)

SVM2CRMdata (37)

synapterdata (108)

systemPipeRdata (221)

T

TabulaMurisData (68)

TabulaMurisSenisData (81)

TargetScoreData (59)

TargetSearchData (68)

tartare (82)

TBX20BamSubset (99)

TCGAbiolinksGUI.data (3718)

TCGAcrcmiRNA (31)

TCGAcrcmRNA (40)

TCGAMethylation450k (78)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (111)

TENxBrainData (115)

TENxBUSData (54)

TENxPBMCData (737)

TENxVisiumData (88)

TENxXeniumData (17)

timecoursedata (220)

TimerQuant (31)

tinesath1cdf (45)

tinesath1probe (41)

tissueTreg (59)

TMExplorer (39)

tofsimsData (30)

topdownrdata (56)

TransOmicsData (14)

tuberculosis (27)

TumourMethData (36)

tweeDEseqCountData (204)

tximportData (820)

V

VariantToolsData (37)

VectraPolarisData (33)

vulcandata (72)

W

waveTilingData (18)

WeberDivechaLCdata (53)

WES.1KG.WUGSC (61)

WGSmapp (60)

X

xcoredata (43)

XhybCasneuf (43)

Y

yeastCC (116)

yeastExpData (211)

yeastGSData (37)

yeastNagalakshmi (94)

yeastRNASeq (98)

yri1kgv (17)

yriMulti (7)

Z

zebrafishRNASeq (220)