See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Tue. 07 Oct 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4780) 6 airway (1897) 11 dorothea (824)
2 celldex (4169) 7 scRNAseq (1577) 12 sesameData (800)
3 ALL (3300) 8 pasilla (951) 13 ChAMPdata (748)
4 HSMMSingleCell (3194) 9 tximportData (896) 14 msigdb (739)
5 geneLenDataBase (2068) 10 bcellViper (853) 15 GSVAdata (655)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (31)

adductData (97)

affycompData (133)

affydata (509)

Affyhgu133A2Expr (117)

Affyhgu133aExpr (125)

Affyhgu133Plus2Expr (155)

AffymetrixDataTestFiles (195)

Affymoe4302Expr (131)

Affymoe430Expr (0)

airway (1897)

ALL (3300)

allenpvc (1)

ALLMLL (278)

alpineData (21)

AmpAffyExample (139)

AneuFinderData (161)

antiProfilesData (141)

aracne.networks (127)

ARRmData (126)

AshkenazimSonChr21 (100)

ASICSdata (104)

AssessORFData (91)

AWAggregatorData (8)

B

bcellViper (853)

beadarrayExampleData (168)

BeadArrayUseCases (131)

BeadSorted.Saliva.EPIC (98)

benchmarkfdrData2019 (60)

beta7 (143)

BioImageDbs (95)

BioPlex (79)

biotmleData (110)

biscuiteerData (99)

bladderbatch (472)

blimaTestingData (117)

BloodCancerMultiOmics2017 (151)

bodymapRat (91)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (126)

breastCancerMAINZ (198)

breastCancerNKI (188)

breastCancerTRANSBIG (192)

breastCancerUNT (175)

breastCancerUPP (199)

breastCancerVDX (226)

brgedata (130)

bronchialIL13 (135)

bsseqData (183)

bugphyzz (68)

C

cancerdata (140)

CardinalWorkflows (153)

ccdata (155)

CCl4 (163)

ccTutorial (59)

celarefData (77)

celldex (4169)

CellMapperData (87)

CENTREprecomputed (12)

ceu1kg (46)

ceu1kgv (31)

ceuhm3 (44)

cfToolsData (88)

cgdv17 (36)

ChAMPdata (748)

charmData (42)

cheung2010 (40)

ChIC.data (14)

ChimpHumanBrainData (114)

ChIPDBData (1)

chipenrich.data (180)

ChIPexoQualExample (99)

chipseqDBData (106)

ChIPXpressData (148)

chromstaRData (127)

CLL (282)

CLLmethylation (78)

CluMSIDdata (96)

clustifyrdatahub (87)

cMap2data (140)

cnvGSAdata (117)

COHCAPanno (108)

colonCA (126)

CONFESSdata (91)

ConnectivityMap (138)

COPDSexualDimorphism.data (132)

CopyhelpeR (125)

CopyNeutralIMA (93)

CopyNumber450kData (21)

CoSIAdata (69)

COSMIC.67 (138)

CRCL18 (99)

crisprScoreData (161)

curatedAdipoArray (77)

curatedAdipoChIP (76)

curatedAdipoRNA (86)

curatedBladderData (159)

curatedBreastData (141)

curatedCRCData (37)

curatedMetagenomicData (410)

curatedOvarianData (203)

curatedPCaData (76)

curatedTBData (77)

curatedTCGAData (302)

CytoMethIC (82)

D

DAPARdata (175)

davidTiling (140)

depmap (522)

derfinderData (163)

DeSousa2013 (124)

DExMAdata (97)

diffloopdata (88)

diggitdata (107)

DLBCL (188)

DmelSGI (43)

DMRcatedata (337)

DNAZooData (87)

DonaPLLP2013 (113)

dorothea (824)

DREAM4 (38)

dressCheck (142)

DropletTestFiles (202)

DrugVsDiseasedata (123)

dsQTL (37)

DuoClustering2018 (136)

DvDdata (115)

dyebiasexamples (132)

E

easierData (147)

EatonEtAlChIPseq (126)

ecoliLeucine (143)

EGSEAdata (205)

ELMER.data (239)

emtdata (78)

ENCODEFig4Band4D (3)

encoDnaseI (45)

eoPredData (67)

EpiMix.data (96)

epimutacionsData (97)

EpipwR.data (77)

estrogen (203)

etec16s (77)

ewceData (218)

F

faahKO (387)

fabiaData (115)

facopy.annot (21)

facsDorit (54)

FANTOM3and4CAGE (127)

ffpeExampleData (122)

fibroEset (189)

FieldEffectCrc (76)

FIs (108)

fission (252)

Fletcher2013a (134)

Fletcher2013b (153)

flowFitExampleData (28)

flowPloidyData (97)

flowQBData (6)

FlowSorted.Blood.450k (359)

FlowSorted.Blood.EPIC (293)

FlowSorted.CordBlood.450k (118)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (114)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (90)

FlowSorted.DLPFC.450k (126)

flowWorkspaceData (242)

fourDNData (88)

frmaExampleData (132)

FunciSNP.data (36)

furrowSeg (98)

G

gageData (336)

gaschYHS (134)

gatingMLData (63)

gcspikelite (176)

gDNAinRNAseqData (82)

gDRtestData (86)

geneLenDataBase (2068)

genomationData (171)

GenomicDistributionsData (115)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (6)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (6)

GeuvadisTranscriptExpr (108)

geuvPack (20)

geuvStore (12)

geuvStore2 (9)

GGdata (57)

ggtut (32)

GIGSEAdata (86)

golubEsets (347)

gpaExample (86)

grndata (136)

GSBenchMark (138)

GSE103322 (77)

GSE13015 (79)

GSE159526 (74)

GSE62944 (103)

gskb (20)

GSVAdata (655)

GWASdata (166)

H

h5vcData (186)

hapmap100khind (146)

hapmap100kxba (194)

hapmap500knsp (134)

hapmap500ksty (135)

hapmapsnp5 (169)

hapmapsnp6 (191)

harbChIP (149)

HarmanData (98)

HarmonizedTCGAData (79)

HCAData (137)

HCATonsilData (97)

HD2013SGI (128)

HDCytoData (220)

healthyControlsPresenceChecker (72)

healthyFlowData (114)

HEEBOdata (137)

HelloRangesData (131)

hgu133abarcodevecs (95)

hgu133plus2barcodevecs (107)

hgu133plus2CellScore (108)

hgu2beta7 (121)

HiBED (72)

HiCDataHumanIMR90 (136)

HiCDataLymphoblast (110)

HiContactsData (118)

HighlyReplicatedRNASeq (76)

Hiiragi2013 (167)

HIVcDNAvantWout03 (119)

HMP16SData (124)

HMP2Data (106)

hmyriB36 (50)

homosapienDEE2CellScore (69)

HSMMSingleCell (3194)

HumanAffyData (83)

humanHippocampus2024 (62)

humanStemCell (261)

I

IHWpaper (107)

Illumina450ProbeVariants.db (617)

IlluminaDataTestFiles (166)

imcdatasets (142)

iModMixData (6)

ind1KG (40)

iontreeData (33)

ITALICSData (144)

Iyer517 (112)

J

JASPAR2014 (197)

JASPAR2016 (201)

JctSeqData (10)

JohnsonKinaseData (71)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (152)

KEGGdzPathwaysGEO (303)

kidpack (137)

KOdata (112)

L

leeBamViews (169)

LegATo (67)

leukemiasEset (184)

LiebermanAidenHiC2009 (117)

ListerEtAlBSseq (106)

LRcellTypeMarkers (79)

lumiBarnes (147)

LungCancerACvsSCCGEO (126)

LungCancerLines (133)

lungExpression (158)

lydata (117)

lymphoma (2)

M

M3DExampleData (123)

macrophage (252)

MACSdata (81)

mammaPrintData (139)

mAPKLData (32)

maqcExpression4plex (175)

MAQCsubset (147)

MAQCsubsetAFX (52)

MAQCsubsetILM (58)

marinerData (81)

mCSEAdata (140)

mcsurvdata (78)

MEALData (15)

MEDIPSData (146)

MEEBOdata (135)

MerfishData (110)

MetaGxBreast (90)

MetaGxOvarian (59)

MetaGxPancreas (73)

metaMSdata (154)

MetaScope (75)

MethylAidData (110)

methylclockData (213)

MethylSeqData (75)

methyvimData (6)

MicrobiomeBenchmarkData (86)

microbiomeDataSets (191)

microRNAome (89)

MIGSAdata (17)

minfiData (543)

minfiDataEPIC (188)

minionSummaryData (124)

miRcompData (110)

miRNATarget (139)

mitoODEdata (27)

MMAPPR2data (9)

MMDiffBamSubset (115)

MOFAdata (232)

mosaicsExample (167)

mouse4302barcodevecs (98)

MouseAgingData (73)

MouseGastrulationData (212)

MouseThymusAgeing (103)

MSBdata (22)

msd16s (111)

msdata (590)

msigdb (739)

MSMB (118)

msPurityData (106)

msqc1 (90)

MSstatsBioData (9)

mtbls2 (141)

MTseekerData (4)

MUGAExampleData (99)

Mulder2012 (35)

muleaData (74)

multiWGCNAdata (79)

muscData (198)

muSpaData (44)

mvoutData (133)

N

NanoporeRNASeq (105)

nanotubes (91)

NCIgraphData (114)

NestLink (87)

NetActivityData (92)

netDx.examples (0)

Neve2006 (149)

NGScopyData (109)

nullrangesData (116)

NxtIRFdata (145)

O

ObMiTi (75)

oct4 (88)

octad.db (87)

OMICsPCAdata (123)

OnassisJavaLibs (96)

optimalFlowData (100)

orthosData (107)

P

parathyroid (16)

parathyroidSE (245)

pasilla (951)

pasillaBamSubset (461)

PasillaTranscriptExpr (112)

PathNetData (116)

pathprintGEOData (8)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (40)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (40)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (38)

PCHiCdata (109)

pcxnData (18)

pd.atdschip.tiling (116)

pepDat (121)

PepsNMRData (108)

PGPC (4)

PhyloProfileData (77)

plasFIA (13)

plotgardenerData (121)

ppiData (71)

prebsdata (124)

preciseTADhub (75)

PREDAsampledata (127)

ProData (139)

pRolocdata (304)

prostateCancerCamcap (108)

prostateCancerGrasso (104)

prostateCancerStockholm (90)

prostateCancerTaylor (93)

prostateCancerVarambally (90)

ProteinGymR (68)

ptairData (109)

PtH2O2lipids (89)

pumadata (142)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (139)

PWMEnrich.Hsapiens.background (139)

PWMEnrich.Mmusculus.background (119)

pwrEWAS.data (14)

Q

QDNAseq.hg19 (216)

QDNAseq.mm10 (136)

qPLEXdata (91)

QUBICdata (93)

R

raerdata (78)

rcellminerData (166)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (162)

ReactomeGSA.data (124)

RegParallel (118)

restfulSEData (28)

rfcdmin (22)

RforProteomics (210)

RGMQLlib (92)

rheumaticConditionWOLLBOLD (117)

RIPSeekerData (35)

RITANdata (107)

RLHub (17)

RMassBankData (141)

RNAinteractMAPK (65)

RNAmodR.Data (90)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (6)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (577)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (10)

RnaSeqSampleSizeData (153)

RnaSeqTutorial (36)

RnBeads.hg19 (199)

RnBeads.hg38 (243)

RnBeads.mm10 (154)

RnBeads.mm9 (150)

RnBeads.rn5 (118)

RRBSdata (105)

rRDPData (122)

RTCGA.clinical (290)

RTCGA.CNV (117)

RTCGA.methylation (115)

RTCGA.miRNASeq (150)

RTCGA.mRNA (197)

RTCGA.mutations (154)

RTCGA.PANCAN12 (109)

RTCGA.rnaseq (205)

RTCGA.RPPA (109)

RUVnormalizeData (131)

S

sampleClassifierData (93)

SBGNview.data (160)

scaeData (79)

scanMiRData (93)

scATAC.Explorer (78)

SCATEData (10)

SCLCBam (110)

scMultiome (99)

scpdata (107)

scRNAseq (1577)

scTHI.data (97)

seq2pathway.data (140)

seqc (133)

seqCNA.annot (37)

serumStimulation (110)

sesameData (800)

seventyGeneData (123)

SFEData (173)

shinyMethylData (128)

signatureSearchData (151)

SimBenchData (78)

simpIntLists (136)

Single.mTEC.Transcriptomes (108)

SingleCellMultiModal (125)

SingleMoleculeFootprintingData (79)

smokingMouse (75)

SNAData (109)

SNAGEEdata (136)

SNPhoodData (106)

SomatiCAData (118)

SomaticCancerAlterations (135)

SpatialDatasets (104)

spatialDmelxsim (73)

spatialLIBD (348)

SpikeIn (169)

SpikeInSubset (253)

spqnData (87)

stemHypoxia (130)

STexampleData (321)

stjudem (62)

SubcellularSpatialData (92)

SVM2CRMdata (98)

synapterdata (103)

systemPipeRdata (279)

T

TabulaMurisData (121)

TabulaMurisSenisData (131)

TargetScoreData (118)

TargetSearchData (130)

tartare (97)

TBX20BamSubset (145)

TCGAbiolinksGUI.data (4780)

TCGAcrcmiRNA (90)

TCGAcrcmRNA (108)

TCGAMethylation450k (143)

tcgaWGBSData.hg19 (4)

TCGAWorkflowData (136)

TENET.ExperimentHub (43)

TENxBrainData (181)

TENxBUSData (85)

TENxPBMCData (543)

TENxVisiumData (121)

TENxXeniumData (79)

timecoursedata (142)

TimerQuant (97)

tinesath1cdf (126)

tinesath1probe (127)

tissueTreg (115)

TMExplorer (81)

tofsimsData (90)

topdownrdata (104)

TransOmicsData (70)

tuberculosis (73)

TumourMethData (80)

tweeDEseqCountData (215)

tximportData (896)

V

VariantToolsData (93)

VectraPolarisData (80)

vulcandata (97)

W

waveTilingData (36)

WeberDivechaLCdata (81)

WES.1KG.WUGSC (124)

WGSmapp (116)

X

xcoredata (82)

XhybCasneuf (128)

Y

yeastCC (167)

yeastExpData (179)

yeastGSData (119)

yeastNagalakshmi (181)

yeastRNASeq (189)

yri1kgv (32)

yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (248)