See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-03-03 09:18:12 -0500 (Wed, 03 Mar 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2734)
2HSMMSingleCell (1897)
3airway (1673)
4geneLenDataBase (1239)
5scRNAseq (1081)
6pasilla (992)
7tximportData (646)
8TCGAbiolinksGUI.data (519)
9bladderbatch (487)
10ChAMPdata (476)
11Illumina450ProbeVariants.db (419)
12GSVAdata (386)
13TENxPBMCData (354)
14fission (341)
15RTCGA.clinical (340)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (47)
adductData (26)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (22)
affycoretools (0)
affydata (275)
Affyhgu133A2Expr (24)
Affyhgu133aExpr (28)
Affyhgu133Plus2Expr (40)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (35)
Affymoe4302Expr (25)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1673)
ALL (2734)
all (0)
allenpvc (3)
ALLMLL (67)
alpineData (23)
AmpAffyExample (22)
AneuFinderData (55)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (35)
aracne.networks (44)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (31)
AshkenazimSonChr21 (14)
ASICSdata (25)
AssessORFData (19)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (191)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (41)
BeadArrayUseCases (33)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (14)
beta7 (15)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (23)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (28)
bladderbatch (487)
blimaTestingData (20)
BloodCancerMultiOmics2017 (29)
bodymapRat (21)
brainImageRdata (13)
breakpointRdata (26)
breastCancerMAINZ (64)
breastCancerNKI (77)
breastCancerTRANSBIG (49)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (39)
breastCancerUPP (43)
breastCancerVDX (82)
brgedata (37)
bronchialIL13 (14)
BSgenome (0)
bsseqData (54)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (30)
CardinalWorkflows (34)
Category (0)
ccdata (58)
CCl4 (29)
ccTutorial (15)
celarefData (19)
celldex (282)
CellMapperData (19)
ceu1kg (11)
ceu1kgv (12)
ceuhm3 (11)
cgdv17 (39)
cghMCR (0)
ChAMPdata (476)
charmData (4)
cheung2010 (1)
ChIC.data (31)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (17)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (68)
ChIPexoQualExample (18)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (25)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (29)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (50)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (316)
CLLmethylation (15)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (23)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (7)
CMA (0)
cMap2data (35)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (41)
colonCA (26)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (18)
ConnectivityMap (24)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (130)
CopyhelpeR (57)
CopyNeutralIMA (15)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (38)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (12)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (10)
curatedAdipoChIP (12)
curatedAdipoRNA (15)
curatedBladderData (23)
curatedBreastData (38)
curatedCRCData (19)
curatedMetagenomicData (154)
curatedOvarianData (67)
curatedTCGAData (195)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (53)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (15)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (54)
derfinderData (45)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (13)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (25)
diggit (0)
diggitdata (20)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (51)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (301)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (12)
DOQTL (0)
dorothea (145)
DREAM4 (16)
dressCheck (13)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (26)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (35)
dsQTL (13)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (46)
DupChecker (0)
DvDdata (13)
dyebias (0)
dyebiasexamples (18)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (26)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (196)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (232)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (76)
etec16s (19)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (270)
fabia (0)
fabiaData (13)
facopy.annot (6)
facsDorit (14)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (23)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (16)
FGNet (0)
fibroEset (44)
FieldEffectCrc (5)
FindMyFriends (0)
FIs (52)
FISHalyseR (0)
fission (341)
flagme (0)
Fletcher2013a (27)
Fletcher2013b (25)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (17)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (21)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (3)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (235)
FlowSorted.Blood.EPIC (123)
FlowSorted.CordBlood.450k (45)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (46)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (39)
FlowSorted.DLPFC.450k (20)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (108)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (22)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (22)
furrowSeg (12)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (266)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (11)
gatingMLData (20)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (64)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1239)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (49)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (34)
geuvPack (20)
geuvStore (1)
geuvStore2 (19)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (36)
ggtut (1)
GIGSEAdata (11)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (276)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (14)
graph (1)
graphite (0)
grndata (41)
GSBenchMark (17)
GSE62944 (36)
GSEABase (0)
gskb (78)
GSVAdata (386)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (52)
GWASTools (0)

H

h5vcData (67)
hapmap100khind (11)
hapmap100kxba (31)
hapmap500knsp (11)
hapmap500ksty (11)
hapmapsnp5 (24)
hapmapsnp6 (33)
harbChIP (21)
HarmanData (21)
HarmonizedTCGAData (17)
HCAData (56)
HD2013SGI (14)
HDCytoData (130)
healthyFlowData (18)
HEEBOdata (17)
HelloRangesData (30)
hgu133abarcodevecs (11)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (11)
hgu133plus2CellScore (18)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (11)
HiCDataHumanIMR90 (27)
HiCDataLymphoblast (19)
HighlyReplicatedRNASeq (10)
Hiiragi2013 (78)
HIVcDNAvantWout03 (11)
HMP16SData (48)
HMP2Data (20)
hmyriB36 (11)
HSMMSingleCell (1897)
HumanAffyData (18)
humanStemCell (62)

I

IHW (0)
IHWpaper (14)
Illumina450ProbeVariants.db (419)
IlluminaDataTestFiles (47)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (1)
impute (1)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (27)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (36)
JASPAR2016 (140)
JctSeqData (19)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (40)
KEGGdzPathwaysGEO (243)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (15)
KOdata (37)

L

leeBamViews (52)
leukemiasEset (133)
LiebermanAidenHiC2009 (17)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (11)
lumi (0)
lumiBarnes (24)
LungCancerACvsSCCGEO (28)
LungCancerLines (24)
lungExpression (36)
lydata (24)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (32)
macrophage (80)
MACSdata (1)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (13)
mAPKLData (18)
maqcExpression4plex (35)
MAQCsubset (17)
MAQCsubsetAFX (17)
MAQCsubsetILM (12)
marray (0)
mCSEAdata (36)
mcsurvdata (13)
MEALData (1)
MEDIPSData (33)
MEEBOdata (16)
Metab (0)
MetaGxBreast (25)
MetaGxOvarian (22)
MetaGxPancreas (17)
metaMS (0)
metaMSdata (27)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
methylclockData (1)
MethylMix (0)
MethylSeqData (4)
methylumi (0)
methyvimData (14)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (2)
microRNAome (14)
MIGSAdata (19)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (333)
minfiDataEPIC (61)
minionSummaryData (21)
miRcompData (27)
miRNATarget (19)
mitoODEdata (19)
MMAPPR2data (14)
MMDiffBamSubset (18)
MOFAdata (61)
mosaicsExample (31)
mouse4302barcodevecs (10)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (73)
MSBdata (1)
msd16s (22)
msdata (337)
MSMB (32)
MSnbase (0)
msPurityData (38)
msqc1 (11)
MSstatsBioData (27)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (31)
MTseekerData (11)
MUGAExampleData (13)
Mulder2012 (3)
multtest (1)
muscData (55)
mvoutData (16)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (8)
nanotubes (19)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (11)
NestLink (12)
netDx.examples (5)
Neve2006 (10)
neve2006 (0)
NGScopyData (58)
NOISeq (0)

O

oct4 (11)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (29)
OnassisJavaLibs (52)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (17)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (302)
pasilla (992)
pasillaBamSubset (222)
PasillaTranscriptExpr (37)
pathifier (0)
PathNetData (17)
pathprintGEOData (15)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (28)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (24)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (16)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (25)
pcxnData (24)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (18)
PepsNMRData (22)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (11)
phyloseq (0)
plasFIA (16)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (34)
prebsdata (16)
preciseTADhub (1)
PREDAsampledata (38)
preprocessCore (1)
ProData (17)
pRolocdata (206)
prostateCancerCamcap (15)
prostateCancerGrasso (12)
prostateCancerStockholm (12)
prostateCancerTaylor (13)
prostateCancerVarambally (12)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (16)
pumadata (18)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (23)
PWMEnrich.Hsapiens.background (27)
PWMEnrich.Mmusculus.background (20)
pwrEWAS.data (38)

Q

QDNAseq.hg19 (71)
QDNAseq.mm10 (29)
qPLEXdata (17)
quantsmooth (0)
QUBICdata (27)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (41)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (30)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (29)
RegParallel (54)
ReportingTools (0)
restfulSEData (20)
rfcdmin (0)
RforProteomics (169)
RGMQLlib (25)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (10)
RIPSeekerData (13)
RITANdata (37)
RMassBankData (25)
RNAinteractMAPK (9)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (27)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (182)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (21)
RnaSeqSampleSizeData (56)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (151)
RnBeads.hg38 (108)
RnBeads.mm10 (92)
RnBeads.mm9 (29)
RnBeads.rn5 (11)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (11)
rRDPData (17)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (340)
RTCGA.CNV (42)
RTCGA.methylation (50)
RTCGA.miRNASeq (113)
RTCGA.mRNA (187)
RTCGA.mutations (99)
RTCGA.PANCAN12 (35)
RTCGA.rnaseq (177)
RTCGA.RPPA (40)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (41)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (15)
SBGNview.data (26)
SCATE (1)
SCATEData (9)
SCLCBam (20)
scpdata (1)
scRNAseq (1081)
scTHI.data (14)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (37)
seqc (22)
seqCNA.annot (41)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (318)
seventyGeneData (13)
shinyMethylData (24)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (34)
sigPathway (0)
simpIntLists (36)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (13)
SingleCellMultiModal (19)
SNAData (14)
snadata (0)
SNAGEEdata (25)
SNPhoodData (16)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (11)
SomaticCancerAlterations (55)
spade (0)
spatialLIBD (39)
SPIA (0)
SpikeIn (27)
SpikeInSubset (113)
spliceR (0)
spqnData (13)
stemHypoxia (32)
stjudem (16)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (15)
synapterdata (84)
systemPipeRdata (157)

T

TabulaMurisData (21)
TargetScoreData (16)
TargetSearchData (17)
tartare (16)
TBX20BamSubset (33)
TCGAbiolinksGUI.data (519)
TCGAcrcmiRNA (11)
TCGAcrcmRNA (12)
TCGAMethylation450k (24)
tcgaWGBSData.hg19 (11)
TCGAWorkflowData (112)
TENxBrainData (83)
TENxBUSData (26)
TENxPBMCData (354)
TFBSTools (0)
timecoursedata (6)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (10)
tinesath1probe (9)
tissueTreg (18)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (6)
tofsimsData (18)
topdownrdata (15)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (138)
twilight (0)
tximportData (646)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (11)
vsn (0)
vulcandata (16)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (56)
WGSmapp (18)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (11)
XVector (1)

Y

yeastCC (60)
yeastExpData (88)
yeastGSData (10)
yeastNagalakshmi (34)
yeastRNASeq (54)
yri1kgv (22)
yriMulti (10)

Z

zebrafishRNASeq (146)
zlibbioc (1)