See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Mon. 15 Apr 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 ALL (2446) 6 scRNAseq (1195) 11 ChAMPdata (481)
2 TCGAbiolinksGUI.data (2290) 7 geneLenDataBase (1108) 12 TENxPBMCData (455)
3 celldex (2222) 8 pasilla (672) 13 GSVAdata (448)
4 HSMMSingleCell (2055) 9 tximportData (592) 14 bladderbatch (440)
5 airway (1435) 10 sesameData (530) 15 depmap (436)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (4)

adductData (61)

affycompData (33)

affydata (297)

Affyhgu133A2Expr (25)

Affyhgu133aExpr (39)

Affyhgu133Plus2Expr (40)

AffymetrixDataTestFiles (61)

Affymoe4302Expr (32)

Affymoe430Expr (0)

airway (1435)

ALL (2446)

allenpvc (0)

ALLMLL (67)

alpineData (17)

AmpAffyExample (21)

AneuFinderData (78)

antiProfilesData (55)

aracne.networks (37)

ARRmData (66)

AshkenazimSonChr21 (13)

ASICSdata (27)

AssessORFData (26)

B

bcellViper (403)

beadarrayExampleData (75)

BeadArrayUseCases (22)

BeadSorted.Saliva.EPIC (11)

benchmarkfdrData2019 (13)

beta7 (15)

BioImageDbs (14)

BioPlex (18)

biotmleData (37)

biscuiteerData (60)

bladderbatch (440)

blimaTestingData (20)

BloodCancerMultiOmics2017 (32)

bodymapRat (49)

brainImageRdata (1)

breakpointRdata (138)

breastCancerMAINZ (72)

breastCancerNKI (59)

breastCancerTRANSBIG (56)

breastCancerUNT (43)

breastCancerUPP (61)

breastCancerVDX (122)

brgedata (42)

bronchialIL13 (16)

bsseqData (65)

C

cancerdata (29)

CardinalWorkflows (53)

ccdata (84)

CCl4 (37)

ccTutorial (20)

celarefData (18)

celldex (2222)

CellMapperData (21)

ceu1kg (1)

ceu1kgv (1)

ceuhm3 (1)

cfToolsData (36)

cgdv17 (1)

ChAMPdata (481)

charmData (1)

cheung2010 (1)

ChIC.data (22)

ChimpHumanBrainData (11)

chipenrich.data (113)

ChIPexoQualExample (24)

chipseqDBData (23)

ChIPXpressData (96)

chromstaRData (83)

CLL (154)

CLLmethylation (12)

CluMSIDdata (27)

clustifyrdatahub (22)

cMap2data (67)

cnvGSAdata (19)

COHCAPanno (66)

colonCA (33)

CONFESSdata (19)

ConnectivityMap (20)

COPDSexualDimorphism.data (34)

CopyhelpeR (31)

CopyNeutralIMA (14)

CopyNumber450kData (1)

CoSIAdata (18)

COSMIC.67 (96)

CRCL18 (11)

crisprScoreData (100)

curatedAdipoArray (12)

curatedAdipoChIP (12)

curatedAdipoRNA (13)

curatedBladderData (25)

curatedBreastData (30)

curatedCRCData (19)

curatedMetagenomicData (239)

curatedOvarianData (77)

curatedTBData (16)

curatedTCGAData (311)

D

DAPARdata (100)

davidTiling (13)

depmap (436)

derfinderData (42)

DeSousa2013 (17)

DExMAdata (60)

diffloopdata (17)

diggitdata (22)

DLBCL (65)

DmelSGI (37)

DMRcatedata (154)

DNAZooData (24)

DonaPLLP2013 (19)

dorothea (361)

DREAM4 (2)

dressCheck (15)

DropletTestFiles (148)

DrugVsDiseasedata (60)

dsQTL (1)

DuoClustering2018 (60)

DvDdata (15)

dyebiasexamples (21)

E

easierData (112)

EatonEtAlChIPseq (24)

ecoliLeucine (23)

EGSEAdata (106)

ELMER.data (159)

emtdata (15)

ENCODEFig4Band4D (0)

encoDnaseI (1)

EpiMix.data (56)

epimutacionsData (61)

estrogen (55)

etec16s (14)

ewceData (134)

F

faahKO (194)

fabiaData (12)

facopy.annot (0)

facsDorit (1)

FANTOM3and4CAGE (28)

ffpeExampleData (21)

fibroEset (59)

FieldEffectCrc (12)

FIs (47)

fission (185)

Fletcher2013a (50)

Fletcher2013b (38)

flowFitExampleData (1)

flowPloidyData (27)

flowQBData (0)

FlowSorted.Blood.450k (219)

FlowSorted.Blood.EPIC (123)

FlowSorted.CordBlood.450k (26)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (31)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (17)

FlowSorted.DLPFC.450k (109)

flowWorkspaceData (110)

fourDNData (24)

frmaExampleData (27)

FunciSNP.data (1)

furrowSeg (13)

G

gageData (231)

gaschYHS (11)

gatingMLData (4)

gcspikelite (76)

gDNAinRNAseqData (15)

gDRtestData (8)

geneLenDataBase (1108)

genomationData (51)

GenomicDistributionsData (42)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)

GeuvadisTranscriptExpr (22)

geuvPack (0)

geuvStore (0)

geuvStore2 (0)

GGdata (2)

ggtut (1)

GIGSEAdata (10)

golubEsets (176)

gpaExample (27)

grndata (26)

GSBenchMark (33)

GSE103322 (24)

GSE13015 (22)

GSE159526 (11)

GSE62944 (36)

gskb (1)

GSVAdata (448)

GWASdata (56)

H

h5vcData (90)

hapmap100khind (14)

hapmap100kxba (29)

hapmap500knsp (15)

hapmap500ksty (23)

hapmapsnp5 (67)

hapmapsnp6 (84)

harbChIP (14)

HarmanData (31)

HarmonizedTCGAData (18)

HCAData (61)

HCATonsilData (5)

HD2013SGI (32)

HDCytoData (111)

healthyControlsPresenceChecker (10)

healthyFlowData (19)

HEEBOdata (19)

HelloRangesData (39)

hgu133abarcodevecs (10)

hgu133plus2barcodevecs (9)

hgu133plus2CellScore (19)

hgu2beta7 (9)

HiBED (4)

HiCDataHumanIMR90 (34)

HiCDataLymphoblast (19)

HiContactsData (83)

HighlyReplicatedRNASeq (11)

Hiiragi2013 (77)

HIVcDNAvantWout03 (9)

HMP16SData (24)

HMP2Data (23)

hmyriB36 (1)

HSMMSingleCell (2055)

HumanAffyData (18)

humanStemCell (86)

I

IHWpaper (13)

Illumina450ProbeVariants.db (415)

IlluminaDataTestFiles (64)

imcdatasets (40)

ind1KG (1)

iontreeData (1)

ITALICSData (36)

Iyer517 (11)

J

JASPAR2014 (43)

JASPAR2016 (124)

JctSeqData (1)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (61)

KEGGdzPathwaysGEO (184)

kidpack (13)

KOdata (65)

L

leeBamViews (37)

leukemiasEset (80)

LiebermanAidenHiC2009 (12)

ListerEtAlBSseq (13)

LRcellTypeMarkers (32)

lumiBarnes (30)

LungCancerACvsSCCGEO (43)

LungCancerLines (39)

lungExpression (40)

lydata (60)

lymphoma (0)

M

M3DExampleData (47)

macrophage (153)

MACSdata (27)

mammaPrintData (17)

mAPKLData (13)

maqcExpression4plex (27)

MAQCsubset (24)

MAQCsubsetAFX (1)

MAQCsubsetILM (9)

marinerData (31)

mCSEAdata (83)

mcsurvdata (11)

MEALData (0)

MEDIPSData (38)

MEEBOdata (21)

MerfishData (22)

MetaGxBreast (18)

MetaGxOvarian (17)

MetaGxPancreas (13)

metaMSdata (48)

MetaScope (13)

MethylAidData (25)

methylclockData (114)

MethylSeqData (11)

methyvimData (1)

MicrobiomeBenchmarkData (12)

microbiomeDataSets (105)

microRNAome (14)

MIGSAdata (12)

minfiData (295)

minfiDataEPIC (61)

minionSummaryData (27)

miRcompData (47)

miRNATarget (26)

mitoODEdata (1)

MMAPPR2data (33)

MMDiffBamSubset (28)

MOFAdata (113)

mosaicsExample (59)

mouse4302barcodevecs (9)

MouseGastrulationData (109)

MouseThymusAgeing (41)

MSBdata (0)

msd16s (26)

msdata (375)

msigdb (343)

MSMB (47)

msPurityData (28)

msqc1 (11)

MSstatsBioData (0)

mtbls2 (47)

MTseekerData (0)

MUGAExampleData (22)

Mulder2012 (1)

muscData (103)

mvoutData (21)

N

NanoporeRNASeq (42)

nanotubes (20)

NCIgraphData (11)

NestLink (13)

NetActivityData (40)

netDx.examples (0)

Neve2006 (21)

NGScopyData (36)

nullrangesData (97)

NxtIRFdata (64)

O

ObMiTi (10)

oct4 (23)

octad.db (31)

OMICsPCAdata (56)

OnassisJavaLibs (23)

optimalFlowData (34)

orthosData (33)

P

parathyroid (0)

parathyroidSE (203)

pasilla (672)

pasillaBamSubset (212)

PasillaTranscriptExpr (26)

PathNetData (31)

pathprintGEOData (1)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (1)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (1)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (1)

PCHiCdata (35)

pcxnData (45)

pd.atdschip.tiling (17)

pepDat (25)

PepsNMRData (37)

PGPC (0)

PhyloProfileData (11)

plasFIA (3)

plotgardenerData (56)

ppiData (3)

prebsdata (27)

preciseTADhub (11)

PREDAsampledata (41)

ProData (12)

pRolocdata (170)

prostateCancerCamcap (13)

prostateCancerGrasso (14)

prostateCancerStockholm (9)

prostateCancerTaylor (13)

prostateCancerVarambally (11)

ptairData (31)

PtH2O2lipids (25)

pumadata (22)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (20)

PWMEnrich.Hsapiens.background (23)

PWMEnrich.Mmusculus.background (18)

pwrEWAS.data (25)

Q

QDNAseq.hg19 (92)

QDNAseq.mm10 (40)

qPLEXdata (22)

QUBICdata (33)

R

raerdata (7)

rcellminerData (55)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (43)

ReactomeGSA.data (50)

RegParallel (46)

restfulSEData (37)

rfcdmin (1)

RforProteomics (89)

RGMQLlib (32)

rheumaticConditionWOLLBOLD (13)

RIPSeekerData (4)

RITANdata (36)

RLHub (19)

RMassBankData (29)

RNAinteractMAPK (18)

RNAmodR.Data (36)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (212)

RNASeqDataSubset (0)

RNASeqRData (4)

RnaSeqSampleSizeData (69)

RnaSeqTutorial (2)

RnBeads.hg19 (130)

RnBeads.hg38 (67)

RnBeads.mm10 (50)

RnBeads.mm9 (53)

RnBeads.rn5 (13)

RRBSdata (14)

rRDPData (24)

RTCGA.clinical (230)

RTCGA.CNV (50)

RTCGA.methylation (47)

RTCGA.miRNASeq (84)

RTCGA.mRNA (129)

RTCGA.mutations (63)

RTCGA.PANCAN12 (63)

RTCGA.rnaseq (110)

RTCGA.RPPA (44)

RUVnormalizeData (43)

S

sampleClassifierData (22)

SBGNview.data (113)

scanMiRData (46)

scATAC.Explorer (14)

SCATEData (53)

SCLCBam (20)

scMultiome (16)

scpdata (32)

scRNAseq (1195)

scTHI.data (24)

seq2pathway.data (71)

seqc (18)

seqCNA.annot (43)

serumStimulation (9)

sesameData (530)

seventyGeneData (12)

SFEData (66)

shinyMethylData (27)

signatureSearchData (112)

SimBenchData (15)

simpIntLists (77)

Single.mTEC.Transcriptomes (13)

SingleCellMultiModal (59)

SingleMoleculeFootprintingData (22)

smokingMouse (4)

SNAData (11)

SNAGEEdata (43)

SNPhoodData (20)

SomatiCAData (10)

SomaticCancerAlterations (44)

SpatialDatasets (7)

spatialDmelxsim (10)

spatialLIBD (162)

SpikeIn (26)

SpikeInSubset (69)

spqnData (26)

stemHypoxia (50)

STexampleData (136)

stjudem (34)

SVM2CRMdata (19)

synapterdata (25)

systemPipeRdata (155)

T

TabulaMurisData (47)

TabulaMurisSenisData (50)

TargetScoreData (32)

TargetSearchData (37)

tartare (36)

TBX20BamSubset (59)

TCGAbiolinksGUI.data (2290)

TCGAcrcmiRNA (10)

TCGAcrcmRNA (17)

TCGAMethylation450k (34)

tcgaWGBSData.hg19 (1)

TCGAWorkflowData (59)

TENxBrainData (73)

TENxBUSData (26)

TENxPBMCData (455)

TENxVisiumData (52)

timecoursedata (79)

TimerQuant (11)

tinesath1cdf (16)

tinesath1probe (9)

tissueTreg (23)

TMExplorer (21)

tofsimsData (10)

topdownrdata (23)

tuberculosis (11)

TumourMethData (3)

tweeDEseqCountData (106)

tximportData (592)

V

VariantToolsData (11)

VectraPolarisData (15)

vulcandata (27)

W

waveTilingData (1)

WeberDivechaLCdata (29)

WES.1KG.WUGSC (30)

WGSmapp (34)

X

xcoredata (26)

XhybCasneuf (10)

Y

yeastCC (70)

yeastExpData (86)

yeastGSData (9)

yeastNagalakshmi (53)

yeastRNASeq (45)

yri1kgv (1)

yriMulti (0)

Z

zebrafishRNASeq (113)