See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sun. 01 Mar 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5230) 6 geneLenDataBase (2190) 11 pasilla (1137)
2 celldex (4732) 7 scRNAseq (1826) 12 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (958)
3 ALL (3617) 8 bcellViper (1213) 13 sesameData (929)
4 HSMMSingleCell (3441) 9 dorothea (1155) 14 affydata (879)
5 airway (2283) 10 tximportData (1147) 15 msigdb (810)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (54)

adductData (107)

affycompData (143)

affydata (879)

Affyhgu133A2Expr (123)

Affyhgu133aExpr (124)

Affyhgu133Plus2Expr (139)

AffymetrixDataTestFiles (245)

Affymoe4302Expr (139)

Affymoe430Expr (0)

airway (2283)

ALL (3617)

allenpvc (2)

ALLMLL (403)

alpineData (40)

AmpAffyExample (177)

AneuFinderData (161)

antiProfilesData (174)

aracne.networks (148)

ARRmData (133)

AshkenazimSonChr21 (108)

ASICSdata (125)

AssessORFData (107)

AWAggregatorData (40)

B

bcellViper (1213)

beadarrayExampleData (143)

BeadArrayUseCases (126)

BeadSorted.Saliva.EPIC (104)

benchmarkfdrData2019 (41)

beta7 (189)

BioImageDbs (124)

BioPlex (87)

biotmleData (123)

biscuiteerData (111)

bladderbatch (637)

blimaTestingData (125)

BloodCancerMultiOmics2017 (149)

bodymapRat (109)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (167)

breastCancerMAINZ (273)

breastCancerNKI (257)

breastCancerTRANSBIG (247)

breastCancerUNT (240)

breastCancerUPP (265)

breastCancerVDX (265)

brgedata (148)

bronchialIL13 (156)

bsseqData (226)

bugphyzz (83)

C

cancerdata (155)

CardinalWorkflows (153)

ccdata (165)

CCl4 (259)

ccTutorial (108)

celarefData (86)

celldex (4732)

CellMapperData (98)

CENTREprecomputed (43)

ceu1kg (66)

ceu1kgv (45)

ceuhm3 (67)

cfToolsData (98)

cgdv17 (56)

ChAMPdata (790)

charmData (66)

cheung2010 (75)

ChIC.data (20)

ChimpHumanBrainData (119)

ChIPDBData (31)

chipenrich.data (202)

ChIPexoQualExample (110)

chipseqDBData (125)

ChIPXpressData (150)

chromstaRData (138)

CLL (310)

CLLmethylation (90)

CluMSIDdata (113)

clustifyrdatahub (95)

cMap2data (148)

cnvGSAdata (125)

COHCAPanno (131)

colonCA (162)

CONFESSdata (110)

ConnectivityMap (147)

COPDSexualDimorphism.data (135)

CopyhelpeR (141)

CopyNeutralIMA (107)

CopyNumber450kData (19)

CoSIAdata (81)

COSMIC.67 (145)

CRCL18 (107)

crisprScoreData (186)

curatedAdipoArray (88)

curatedAdipoChIP (93)

curatedAdipoRNA (99)

curatedBladderData (160)

curatedBreastData (149)

curatedCRCData (41)

curatedMetagenomicData (529)

curatedOvarianData (227)

curatedPCaData (89)

curatedTBData (92)

curatedTCGAData (379)

CytoMethIC (94)

D

DAPARdata (196)

davidTiling (170)

depmap (551)

derfinderData (183)

DeSousa2013 (136)

DExMAdata (112)

diffloopdata (102)

diggitdata (118)

DLBCL (270)

DmelSGI (51)

DMRcatedata (367)

DNAZooData (99)

dominatRData (20)

DonaPLLP2013 (116)

DoReMiTra (32)

dorothea (1155)

DREAM4 (62)

dressCheck (156)

DropletTestFiles (346)

DrugVsDiseasedata (131)

dsQTL (57)

DuoClustering2018 (194)

DvDdata (124)

dyebiasexamples (171)

E

easierData (194)

EatonEtAlChIPseq (135)

ecoliLeucine (184)

EGSEAdata (212)

ELMER.data (290)

emtdata (89)

EMTscoreData (4)

ENCODEFig4Band4D (4)

encoDnaseI (72)

eoPredData (78)

EpiMix.data (101)

epimutacionsData (104)

EpipwR.data (90)

estrogen (247)

etec16s (98)

ewceData (244)

F

faahKO (633)

fabiaData (148)

facopy.annot (19)

facsDorit (83)

FANTOM3and4CAGE (160)

ffpeExampleData (155)

fibroEset (301)

FieldEffectCrc (89)

FIs (130)

fission (247)

Fletcher2013a (141)

Fletcher2013b (160)

flowFitExampleData (37)

flowPloidyData (113)

flowQBData (8)

FlowSorted.Blood.450k (473)

FlowSorted.Blood.EPIC (379)

FlowSorted.CordBlood.450k (142)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (143)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (150)

FlowSorted.DLPFC.450k (142)

flowWorkspaceData (432)

fourDNData (100)

frmaExampleData (165)

FunciSNP.data (44)

furrowSeg (121)

G

gageData (480)

gaschYHS (205)

gatingMLData (83)

gcspikelite (179)

gDNAinRNAseqData (91)

gDRtestData (96)

geneLenDataBase (2190)

genomationData (217)

GenomicDistributionsData (136)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (7)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (9)

GeuvadisTranscriptExpr (152)

geuvPack (16)

geuvStore (7)

geuvStore2 (19)

GGdata (94)

ggtut (33)

GIGSEAdata (99)

golubEsets (653)

gpaExample (96)

grndata (143)

GSBenchMark (127)

GSE103322 (95)

GSE13015 (90)

GSE159526 (83)

GSE62944 (127)

gskb (18)

GSVAdata (758)

GWASdata (213)

H

h5vcData (313)

hapmap100khind (161)

hapmap100kxba (277)

hapmap500knsp (150)

hapmap500ksty (144)

hapmapsnp5 (215)

hapmapsnp6 (253)

harbChIP (192)

HarmanData (132)

HarmonizedTCGAData (92)

HCAData (165)

HCATonsilData (110)

HD2013SGI (150)

HDCytoData (266)

healthyControlsPresenceChecker (87)

healthyFlowData (120)

HEEBOdata (172)

HelloRangesData (243)

hgu133abarcodevecs (102)

hgu133plus2barcodevecs (120)

hgu133plus2CellScore (116)

hgu2beta7 (150)

HiBED (84)

HiCDataHumanIMR90 (139)

HiCDataLymphoblast (122)

HiContactsData (126)

HighlyReplicatedRNASeq (89)

Hiiragi2013 (182)

HIVcDNAvantWout03 (139)

HMP16SData (158)

HMP2Data (141)

hmyriB36 (74)

homosapienDEE2CellScore (66)

HSMMSingleCell (3441)

HumanAffyData (97)

humanHippocampus2024 (86)

humanStemCell (504)

I

IHWpaper (139)

Illumina450ProbeVariants.db (648)

IlluminaDataTestFiles (257)

imcdatasets (165)

iModMixData (38)

ind1KG (50)

iontreeData (39)

ITALICSData (160)

Iyer517 (157)

J

JASPAR2014 (306)

JASPAR2016 (312)

JctSeqData (41)

JohnsonKinaseData (80)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (188)

KEGGdzPathwaysGEO (317)

kidpack (163)

KOdata (119)

L

leeBamViews (246)

LegATo (84)

leukemiasEset (203)

LiebermanAidenHiC2009 (128)

ListerEtAlBSseq (112)

LRcellTypeMarkers (91)

lumiBarnes (237)

LungCancerACvsSCCGEO (124)

LungCancerLines (155)

lungExpression (255)

lydata (125)

lymphoma (5)

M

M3DExampleData (175)

macrophage (343)

MACSdata (91)

mammaPrintData (144)

mAPKLData (37)

maqcExpression4plex (274)

MAQCsubset (189)

MAQCsubsetAFX (71)

MAQCsubsetILM (75)

marinerData (91)

mCSEAdata (152)

mcsurvdata (90)

MEALData (11)

MEDIPSData (165)

MEEBOdata (169)

MerfishData (114)

MetaGxBreast (106)

MetaGxOvarian (46)

MetaGxPancreas (86)

metaMSdata (152)

MetaScope (92)

MethylAidData (116)

methylclockData (259)

MethylSeqData (92)

methyvimData (13)

MicrobiomeBenchmarkData (95)

microbiomeDataSets (235)

microRNAome (104)

MIGSAdata (23)

minfiData (667)

minfiDataEPIC (281)

minionSummaryData (131)

miRcompData (112)

miRNATarget (154)

mitoODEdata (25)

MMAPPR2data (12)

MMDiffBamSubset (125)

MOFAdata (294)

mosaicsExample (159)

mouse4302barcodevecs (108)

MouseAgingData (83)

MouseGastrulationData (288)

MouseThymusAgeing (120)

MSBdata (17)

msd16s (135)

msdata (792)

msigdb (810)

MSMB (123)

msPurityData (117)

msqc1 (113)

MSstatsBioData (12)

mtbls2 (151)

MTseekerData (6)

MUGAExampleData (101)

Mulder2012 (52)

muleaData (81)

multiWGCNAdata (86)

muscData (360)

muSpaData (82)

MutSeqRData (9)

mvoutData (185)

N

NanoporeRNASeq (116)

nanotubes (102)

NCIgraphData (128)

NestLink (102)

NetActivityData (99)

netDx.examples (0)

Neve2006 (182)

NGScopyData (109)

nmrdata (27)

nullrangesData (110)

NxtIRFdata (150)

O

ObMiTi (85)

oct4 (94)

octad.db (95)

OMICsPCAdata (129)

OnassisJavaLibs (101)

optimalFlowData (104)

orthosData (112)

P

parathyroid (26)

parathyroidSE (293)

pasilla (1137)

pasillaBamSubset (731)

PasillaTranscriptExpr (151)

PathNetData (135)

pathprintGEOData (10)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (37)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (37)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (40)

PCHiCdata (121)

pcxnData (21)

pd.atdschip.tiling (140)

pepDat (153)

PepsNMRData (117)

PGPC (8)

PhyloProfileData (89)

plasFIA (17)

plotgardenerData (138)

ppiData (127)

prebsdata (140)

preciseTADhub (85)

PREDAsampledata (152)

ProData (185)

pRolocdata (484)

prostateCancerCamcap (115)

prostateCancerGrasso (115)

prostateCancerStockholm (102)

prostateCancerTaylor (102)

prostateCancerVarambally (108)

ProteinGymR (83)

ptairData (122)

PtH2O2lipids (101)

pumadata (191)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (154)

PWMEnrich.Hsapiens.background (159)

PWMEnrich.Mmusculus.background (139)

pwrEWAS.data (14)

Q

QDNAseq.hg19 (259)

QDNAseq.mm10 (164)

qPLEXdata (83)

QUBICdata (107)

R

raerdata (88)

rcellminerData (191)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (160)

ReactomeGSA.data (129)

RegParallel (131)

restfulSEData (16)

rfcdmin (37)

RforProteomics (245)

RGMQLlib (116)

rheumaticConditionWOLLBOLD (133)

RIPSeekerData (42)

RITANdata (123)

RLHub (41)

RMassBankData (157)

RNAinteractMAPK (70)

RNAmodR.Data (105)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (10)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (958)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (11)

RnaSeqSampleSizeData (202)

RnaSeqTutorial (41)

RnBeads.hg19 (245)

RnBeads.hg38 (207)

RnBeads.mm10 (153)

RnBeads.mm9 (188)

RnBeads.rn5 (120)

RRBSdata (112)

rRDPData (126)

RTCGA.clinical (376)

RTCGA.CNV (208)

RTCGA.methylation (210)

RTCGA.miRNASeq (230)

RTCGA.mRNA (282)

RTCGA.mutations (230)

RTCGA.PANCAN12 (201)

RTCGA.rnaseq (279)

RTCGA.RPPA (209)

RUVnormalizeData (171)

S

sampleClassifierData (105)

SBGNview.data (173)

scaeData (84)

scanMiRData (106)

scATAC.Explorer (90)

SCATEData (12)

SCLCBam (133)

scMultiome (106)

scpdata (147)

scRNAseq (1826)

scTHI.data (102)

seq2pathway.data (120)

seqc (131)

seqCNA.annot (37)

serumStimulation (121)

sesameData (929)

seventyGeneData (133)

SFEData (161)

shinyMethylData (121)

signatureSearchData (152)

SimBenchData (87)

simpIntLists (148)

Single.mTEC.Transcriptomes (131)

SingleCellMultiModal (146)

SingleMoleculeFootprintingData (88)

smokingMouse (85)

SNAData (145)

SNAGEEdata (162)

SNPhoodData (108)

SomatiCAData (110)

SomaticCancerAlterations (165)

SpatialDatasets (106)

spatialDmelxsim (82)

spatialLIBD (423)

SpikeIn (198)

SpikeInSubset (334)

spqnData (95)

stemHypoxia (139)

STexampleData (328)

stjudem (80)

SubcellularSpatialData (99)

SVM2CRMdata (98)

synapterdata (85)

systemPipeRdata (326)

T

TabulaMurisData (141)

TabulaMurisSenisData (161)

TargetScoreData (123)

TargetSearchData (140)

tartare (118)

TBX20BamSubset (152)

TCGAbiolinksGUI.data (5230)

TCGAcrcmiRNA (94)

TCGAcrcmRNA (110)

TCGAMethylation450k (160)

tcgaWGBSData.hg19 (7)

TCGAWorkflowData (133)

TENET.ExperimentHub (76)

TENxBrainData (358)

TENxBUSData (98)

TENxPBMCData (693)

TENxVisiumData (141)

TENxXeniumData (90)

timecoursedata (123)

TimerQuant (82)

tinesath1cdf (142)

tinesath1probe (152)

tissueTreg (140)

TMExplorer (93)

tofsimsData (100)

topdownrdata (114)

TransOmicsData (80)

tuberculosis (85)

TumourMethData (88)

tweeDEseqCountData (243)

tximportData (1147)

V

VariantToolsData (108)

VectraPolarisData (88)

vulcandata (106)

W

waveTilingData (36)

WeberDivechaLCdata (92)

WES.1KG.WUGSC (124)

WGSmapp (117)

X

xcoredata (93)

XhybCasneuf (158)

Y

yeastCC (217)

yeastExpData (197)

yeastGSData (134)

yeastNagalakshmi (361)

yeastRNASeq (248)

yri1kgv (40)

yriMulti (35)

Z

zebrafishRNASeq (432)