See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sun. 07 Dec 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4959) 6 geneLenDataBase (2099) 11 dorothea (941)
2 celldex (4382) 7 scRNAseq (1640) 12 sesameData (813)
3 ALL (3413) 8 tximportData (1037) 13 msigdb (782)
4 HSMMSingleCell (3282) 9 pasilla (987) 14 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (772)
5 airway (2109) 10 bcellViper (976) 15 ChAMPdata (739)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (33)

adductData (102)

affycompData (134)

affydata (643)

Affyhgu133A2Expr (119)

Affyhgu133aExpr (125)

Affyhgu133Plus2Expr (148)

AffymetrixDataTestFiles (192)

Affymoe4302Expr (132)

Affymoe430Expr (0)

airway (2109)

ALL (3413)

allenpvc (1)

ALLMLL (311)

alpineData (21)

AmpAffyExample (139)

AneuFinderData (173)

antiProfilesData (146)

aracne.networks (140)

ARRmData (128)

AshkenazimSonChr21 (102)

ASICSdata (107)

AssessORFData (85)

AWAggregatorData (21)

B

bcellViper (976)

beadarrayExampleData (134)

BeadArrayUseCases (128)

BeadSorted.Saliva.EPIC (97)

benchmarkfdrData2019 (53)

beta7 (145)

BioImageDbs (102)

BioPlex (80)

biotmleData (113)

biscuiteerData (106)

bladderbatch (517)

blimaTestingData (117)

BloodCancerMultiOmics2017 (150)

bodymapRat (97)

brainImageRdata (3)

breakpointRdata (135)

breastCancerMAINZ (205)

breastCancerNKI (200)

breastCancerTRANSBIG (194)

breastCancerUNT (182)

breastCancerUPP (203)

breastCancerVDX (220)

brgedata (128)

bronchialIL13 (136)

bsseqData (183)

bugphyzz (77)

C

cancerdata (135)

CardinalWorkflows (153)

ccdata (157)

CCl4 (187)

ccTutorial (54)

celarefData (82)

celldex (4382)

CellMapperData (91)

CENTREprecomputed (24)

ceu1kg (40)

ceu1kgv (28)

ceuhm3 (38)

cfToolsData (94)

cgdv17 (31)

ChAMPdata (739)

charmData (37)

cheung2010 (33)

ChIC.data (14)

ChimpHumanBrainData (113)

ChIPDBData (12)

chipenrich.data (186)

ChIPexoQualExample (104)

chipseqDBData (115)

ChIPXpressData (145)

chromstaRData (130)

CLL (286)

CLLmethylation (82)

CluMSIDdata (99)

clustifyrdatahub (91)

cMap2data (140)

cnvGSAdata (117)

COHCAPanno (111)

colonCA (132)

CONFESSdata (96)

ConnectivityMap (139)

COPDSexualDimorphism.data (134)

CopyhelpeR (126)

CopyNeutralIMA (97)

CopyNumber450kData (17)

CoSIAdata (77)

COSMIC.67 (137)

CRCL18 (102)

crisprScoreData (174)

curatedAdipoArray (82)

curatedAdipoChIP (81)

curatedAdipoRNA (90)

curatedBladderData (150)

curatedBreastData (140)

curatedCRCData (33)

curatedMetagenomicData (448)

curatedOvarianData (198)

curatedPCaData (81)

curatedTBData (83)

curatedTCGAData (299)

CytoMethIC (89)

D

DAPARdata (186)

davidTiling (141)

depmap (521)

derfinderData (165)

DeSousa2013 (123)

DExMAdata (104)

diffloopdata (94)

diggitdata (106)

DLBCL (204)

DmelSGI (31)

DMRcatedata (351)

DNAZooData (93)

dominatRData (4)

DonaPLLP2013 (113)

DoReMiTra (11)

dorothea (941)

DREAM4 (35)

dressCheck (140)

DropletTestFiles (240)

DrugVsDiseasedata (124)

dsQTL (32)

DuoClustering2018 (154)

DvDdata (117)

dyebiasexamples (129)

E

easierData (169)

EatonEtAlChIPseq (124)

ecoliLeucine (144)

EGSEAdata (194)

ELMER.data (256)

emtdata (81)

ENCODEFig4Band4D (3)

encoDnaseI (39)

eoPredData (75)

EpiMix.data (98)

epimutacionsData (101)

EpipwR.data (87)

estrogen (200)

etec16s (83)

ewceData (225)

F

faahKO (438)

fabiaData (117)

facopy.annot (18)

facsDorit (50)

FANTOM3and4CAGE (128)

ffpeExampleData (123)

fibroEset (195)

FieldEffectCrc (81)

FIs (121)

fission (250)

Fletcher2013a (127)

Fletcher2013b (143)

flowFitExampleData (24)

flowPloidyData (102)

flowQBData (6)

FlowSorted.Blood.450k (388)

FlowSorted.Blood.EPIC (321)

FlowSorted.CordBlood.450k (124)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (123)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (96)

FlowSorted.DLPFC.450k (131)

flowWorkspaceData (287)

fourDNData (94)

frmaExampleData (131)

FunciSNP.data (32)

furrowSeg (101)

G

gageData (381)

gaschYHS (139)

gatingMLData (59)

gcspikelite (168)

gDNAinRNAseqData (87)

gDRtestData (89)

geneLenDataBase (2099)

genomationData (180)

GenomicDistributionsData (121)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (4)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (4)

GeuvadisTranscriptExpr (120)

geuvPack (16)

geuvStore (9)

geuvStore2 (9)

GGdata (54)

ggtut (28)

GIGSEAdata (91)

golubEsets (469)

gpaExample (91)

grndata (135)

GSBenchMark (136)

GSE103322 (82)

GSE13015 (83)

GSE159526 (79)

GSE62944 (106)

gskb (16)

GSVAdata (659)

GWASdata (181)

H

h5vcData (193)

hapmap100khind (145)

hapmap100kxba (199)

hapmap500knsp (137)

hapmap500ksty (135)

hapmapsnp5 (150)

hapmapsnp6 (172)

harbChIP (151)

HarmanData (102)

HarmonizedTCGAData (83)

HCAData (150)

HCATonsilData (105)

HD2013SGI (123)

HDCytoData (218)

healthyControlsPresenceChecker (78)

healthyFlowData (116)

HEEBOdata (139)

HelloRangesData (166)

hgu133abarcodevecs (97)

hgu133plus2barcodevecs (111)

hgu133plus2CellScore (110)

hgu2beta7 (125)

HiBED (78)

HiCDataHumanIMR90 (134)

HiCDataLymphoblast (111)

HiContactsData (120)

HighlyReplicatedRNASeq (81)

Hiiragi2013 (162)

HIVcDNAvantWout03 (123)

HMP16SData (147)

HMP2Data (124)

hmyriB36 (46)

homosapienDEE2CellScore (70)

HSMMSingleCell (3282)

HumanAffyData (87)

humanHippocampus2024 (77)

humanStemCell (356)

I

IHWpaper (109)

Illumina450ProbeVariants.db (617)

IlluminaDataTestFiles (181)

imcdatasets (156)

iModMixData (18)

ind1KG (33)

iontreeData (30)

ITALICSData (144)

Iyer517 (115)

J

JASPAR2014 (227)

JASPAR2016 (229)

JctSeqData (10)

JohnsonKinaseData (76)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (163)

KEGGdzPathwaysGEO (295)

kidpack (141)

KOdata (116)

L

leeBamViews (173)

LegATo (76)

leukemiasEset (185)

LiebermanAidenHiC2009 (117)

ListerEtAlBSseq (106)

LRcellTypeMarkers (85)

lumiBarnes (158)

LungCancerACvsSCCGEO (126)

LungCancerLines (135)

lungExpression (162)

lydata (115)

lymphoma (2)

M

M3DExampleData (118)

macrophage (246)

MACSdata (86)

mammaPrintData (142)

mAPKLData (28)

maqcExpression4plex (182)

MAQCsubset (143)

MAQCsubsetAFX (49)

MAQCsubsetILM (55)

marinerData (85)

mCSEAdata (143)

mcsurvdata (82)

MEALData (12)

MEDIPSData (149)

MEEBOdata (138)

MerfishData (111)

MetaGxBreast (95)

MetaGxOvarian (53)

MetaGxPancreas (76)

metaMSdata (132)

MetaScope (79)

MethylAidData (110)

methylclockData (238)

MethylSeqData (81)

methyvimData (6)

MicrobiomeBenchmarkData (90)

microbiomeDataSets (199)

microRNAome (96)

MIGSAdata (17)

minfiData (574)

minfiDataEPIC (198)

minionSummaryData (121)

miRcompData (111)

miRNATarget (138)

mitoODEdata (24)

MMAPPR2data (8)

MMDiffBamSubset (115)

MOFAdata (252)

mosaicsExample (158)

mouse4302barcodevecs (101)

MouseAgingData (79)

MouseGastrulationData (234)

MouseThymusAgeing (105)

MSBdata (19)

msd16s (114)

msdata (628)

msigdb (782)

MSMB (121)

msPurityData (107)

msqc1 (99)

MSstatsBioData (9)

mtbls2 (129)

MTseekerData (4)

MUGAExampleData (101)

Mulder2012 (30)

muleaData (78)

multiWGCNAdata (83)

muscData (250)

muSpaData (61)

mvoutData (134)

N

NanoporeRNASeq (106)

nanotubes (95)

NCIgraphData (116)

NestLink (92)

NetActivityData (95)

netDx.examples (0)

Neve2006 (144)

NGScopyData (111)

nmrdata (9)

nullrangesData (103)

NxtIRFdata (146)

O

ObMiTi (79)

oct4 (92)

octad.db (92)

OMICsPCAdata (125)

OnassisJavaLibs (97)

optimalFlowData (103)

orthosData (110)

P

parathyroid (16)

parathyroidSE (226)

pasilla (987)

pasillaBamSubset (593)

PasillaTranscriptExpr (124)

PathNetData (117)

pathprintGEOData (8)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (36)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (36)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (34)

PCHiCdata (107)

pcxnData (16)

pd.atdschip.tiling (115)

pepDat (131)

PepsNMRData (112)

PGPC (4)

PhyloProfileData (82)

plasFIA (15)

plotgardenerData (126)

ppiData (65)

prebsdata (125)

preciseTADhub (79)

PREDAsampledata (127)

ProData (142)

pRolocdata (356)

prostateCancerCamcap (108)

prostateCancerGrasso (105)

prostateCancerStockholm (94)

prostateCancerTaylor (96)

prostateCancerVarambally (95)

ProteinGymR (78)

ptairData (117)

PtH2O2lipids (92)

pumadata (144)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (140)

PWMEnrich.Hsapiens.background (150)

PWMEnrich.Mmusculus.background (128)

pwrEWAS.data (13)

Q

QDNAseq.hg19 (231)

QDNAseq.mm10 (136)

qPLEXdata (90)

QUBICdata (97)

R

raerdata (84)

rcellminerData (178)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (147)

ReactomeGSA.data (124)

RegParallel (123)

restfulSEData (9)

rfcdmin (23)

RforProteomics (221)

RGMQLlib (94)

rheumaticConditionWOLLBOLD (116)

RIPSeekerData (31)

RITANdata (111)

RLHub (28)

RMassBankData (141)

RNAinteractMAPK (52)

RNAmodR.Data (95)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (6)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (772)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (9)

RnaSeqSampleSizeData (171)

RnaSeqTutorial (30)

RnBeads.hg19 (224)

RnBeads.hg38 (234)

RnBeads.mm10 (153)

RnBeads.mm9 (168)

RnBeads.rn5 (121)

RRBSdata (106)

rRDPData (123)

RTCGA.clinical (293)

RTCGA.CNV (120)

RTCGA.methylation (121)

RTCGA.miRNASeq (149)

RTCGA.mRNA (198)

RTCGA.mutations (152)

RTCGA.PANCAN12 (113)

RTCGA.rnaseq (203)

RTCGA.RPPA (115)

RUVnormalizeData (153)

S

sampleClassifierData (95)

SBGNview.data (164)

scaeData (81)

scanMiRData (99)

scATAC.Explorer (83)

SCATEData (10)

SCLCBam (112)

scMultiome (101)

scpdata (114)

scRNAseq (1640)

scTHI.data (99)

seq2pathway.data (121)

seqc (133)

seqCNA.annot (34)

serumStimulation (111)

sesameData (813)

seventyGeneData (121)

SFEData (167)

shinyMethylData (124)

signatureSearchData (148)

SimBenchData (82)

simpIntLists (137)

Single.mTEC.Transcriptomes (111)

SingleCellMultiModal (129)

SingleMoleculeFootprintingData (81)

smokingMouse (81)

SNAData (113)

SNAGEEdata (136)

SNPhoodData (106)

SomatiCAData (109)

SomaticCancerAlterations (136)

SpatialDatasets (101)

spatialDmelxsim (77)

spatialLIBD (391)

SpikeIn (177)

SpikeInSubset (283)

spqnData (90)

stemHypoxia (129)

STexampleData (314)

stjudem (57)

SubcellularSpatialData (95)

SVM2CRMdata (99)

synapterdata (89)

systemPipeRdata (292)

T

TabulaMurisData (127)

TabulaMurisSenisData (144)

TargetScoreData (118)

TargetSearchData (128)

tartare (105)

TBX20BamSubset (142)

TCGAbiolinksGUI.data (4959)

TCGAcrcmiRNA (92)

TCGAcrcmRNA (108)

TCGAMethylation450k (145)

tcgaWGBSData.hg19 (4)

TCGAWorkflowData (133)

TENET.ExperimentHub (58)

TENxBrainData (231)

TENxBUSData (88)

TENxPBMCData (584)

TENxVisiumData (125)

TENxXeniumData (85)

timecoursedata (123)

TimerQuant (94)

tinesath1cdf (128)

tinesath1probe (128)

tissueTreg (122)

TMExplorer (85)

tofsimsData (94)

topdownrdata (108)

TransOmicsData (76)

tuberculosis (77)

TumourMethData (86)

tweeDEseqCountData (219)

tximportData (1037)

V

VariantToolsData (95)

VectraPolarisData (83)

vulcandata (98)

W

waveTilingData (33)

WeberDivechaLCdata (87)

WES.1KG.WUGSC (125)

WGSmapp (114)

X

xcoredata (86)

XhybCasneuf (131)

Y

yeastCC (176)

yeastExpData (160)

yeastGSData (122)

yeastNagalakshmi (246)

yeastRNASeq (194)

yri1kgv (28)

yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (309)