See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Thu. 16 Jan 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (3985) 6 airway (1851) 11 GSVAdata (779)
2 celldex (3707) 7 scRNAseq (1712) 12 ChAMPdata (744)
3 ALL (3383) 8 pasilla (999) 13 TENxPBMCData (692)
4 HSMMSingleCell (2959) 9 sesameData (972) 14 msigdb (667)
5 geneLenDataBase (1927) 10 tximportData (799) 15 depmap (648)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (21)

adductData (65)

affycompData (89)

affydata (425)

Affyhgu133A2Expr (71)

Affyhgu133aExpr (105)

Affyhgu133Plus2Expr (108)

AffymetrixDataTestFiles (123)

Affymoe4302Expr (72)

Affymoe430Expr (0)

airway (1851)

ALL (3383)

allenpvc (2)

ALLMLL (188)

alpineData (10)

AmpAffyExample (83)

AneuFinderData (99)

antiProfilesData (91)

aracne.networks (73)

ARRmData (83)

AshkenazimSonChr21 (48)

ASICSdata (65)

AssessORFData (125)

B

bcellViper (617)

beadarrayExampleData (250)

BeadArrayUseCases (72)

BeadSorted.Saliva.EPIC (105)

benchmarkfdrData2019 (38)

beta7 (68)

BioImageDbs (41)

BioPlex (41)

biotmleData (67)

biscuiteerData (74)

bladderbatch (492)

blimaTestingData (72)

BloodCancerMultiOmics2017 (85)

bodymapRat (140)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (101)

breastCancerMAINZ (128)

breastCancerNKI (125)

breastCancerTRANSBIG (124)

breastCancerUNT (106)

breastCancerUPP (142)

breastCancerVDX (181)

brgedata (107)

bronchialIL13 (67)

bsseqData (129)

bugphyzz (6)

C

cancerdata (133)

CardinalWorkflows (95)

ccdata (103)

CCl4 (106)

ccTutorial (50)

celarefData (38)

celldex (3707)

CellMapperData (54)

ceu1kg (32)

ceu1kgv (23)

ceuhm3 (31)

cfToolsData (53)

cgdv17 (31)

ChAMPdata (744)

charmData (27)

cheung2010 (29)

ChIC.data (15)

ChimpHumanBrainData (62)

chipenrich.data (147)

ChIPexoQualExample (68)

chipseqDBData (54)

ChIPXpressData (100)

chromstaRData (98)

CLL (243)

CLLmethylation (39)

CluMSIDdata (63)

clustifyrdatahub (48)

cMap2data (171)

cnvGSAdata (69)

COHCAPanno (66)

colonCA (85)

CONFESSdata (58)

ConnectivityMap (80)

COPDSexualDimorphism.data (72)

CopyhelpeR (83)

CopyNeutralIMA (43)

CopyNumber450kData (18)

CoSIAdata (23)

COSMIC.67 (107)

CRCL18 (47)

crisprScoreData (161)

curatedAdipoArray (35)

curatedAdipoChIP (38)

curatedAdipoRNA (38)

curatedBladderData (105)

curatedBreastData (128)

curatedCRCData (44)

curatedMetagenomicData (306)

curatedOvarianData (286)

curatedPCaData (28)

curatedTBData (38)

curatedTCGAData (477)

CytoMethIC (31)

D

DAPARdata (135)

davidTiling (67)

depmap (648)

derfinderData (113)

DeSousa2013 (66)

DExMAdata (62)

diffloopdata (46)

diggitdata (67)

DLBCL (135)

DmelSGI (68)

DMRcatedata (300)

DNAZooData (51)

DonaPLLP2013 (60)

dorothea (607)

DREAM4 (26)

dressCheck (77)

DropletTestFiles (167)

DrugVsDiseasedata (146)

dsQTL (28)

DuoClustering2018 (98)

DvDdata (68)

dyebiasexamples (83)

E

easierData (128)

EatonEtAlChIPseq (70)

ecoliLeucine (82)

EGSEAdata (230)

ELMER.data (208)

emtdata (41)

ENCODEFig4Band4D (1)

encoDnaseI (26)

eoPredData (5)

EpiMix.data (60)

epimutacionsData (71)

EpipwR.data (7)

estrogen (124)

etec16s (38)

ewceData (239)

F

faahKO (314)

fabiaData (60)

facopy.annot (15)

facsDorit (31)

FANTOM3and4CAGE (75)

ffpeExampleData (78)

fibroEset (121)

FieldEffectCrc (36)

FIs (73)

fission (227)

Fletcher2013a (110)

Fletcher2013b (98)

flowFitExampleData (22)

flowPloidyData (64)

flowQBData (4)

FlowSorted.Blood.450k (315)

FlowSorted.Blood.EPIC (215)

FlowSorted.CordBlood.450k (63)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (65)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (47)

FlowSorted.DLPFC.450k (98)

flowWorkspaceData (192)

fourDNData (50)

frmaExampleData (89)

FunciSNP.data (29)

furrowSeg (47)

G

gageData (298)

gaschYHS (61)

gatingMLData (32)

gcspikelite (107)

gDNAinRNAseqData (68)

gDRtestData (80)

geneLenDataBase (1927)

genomationData (116)

GenomicDistributionsData (82)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (3)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (3)

GeuvadisTranscriptExpr (68)

geuvPack (16)

geuvStore (10)

geuvStore2 (8)

GGdata (35)

ggtut (28)

GIGSEAdata (35)

golubEsets (266)

gpaExample (49)

grndata (70)

GSBenchMark (99)

GSE103322 (45)

GSE13015 (41)

GSE159526 (34)

GSE62944 (79)

gskb (15)

GSVAdata (779)

GWASdata (113)

H

h5vcData (143)

hapmap100khind (63)

hapmap100kxba (94)

hapmap500knsp (72)

hapmap500ksty (77)

hapmapsnp5 (206)

hapmapsnp6 (230)

harbChIP (70)

HarmanData (58)

HarmonizedTCGAData (41)

HCAData (90)

HCATonsilData (57)

HD2013SGI (87)

HDCytoData (271)

healthyControlsPresenceChecker (32)

healthyFlowData (75)

HEEBOdata (73)

HelloRangesData (96)

hgu133abarcodevecs (52)

hgu133plus2barcodevecs (49)

hgu133plus2CellScore (55)

hgu2beta7 (52)

HiBED (31)

HiCDataHumanIMR90 (78)

HiCDataLymphoblast (71)

HiContactsData (104)

HighlyReplicatedRNASeq (35)

Hiiragi2013 (137)

HIVcDNAvantWout03 (53)

HMP16SData (57)

HMP2Data (54)

hmyriB36 (31)

homosapienDEE2CellScore (23)

HSMMSingleCell (2959)

HumanAffyData (51)

humanHippocampus2024 (0)

humanStemCell (181)

I

IHWpaper (60)

Illumina450ProbeVariants.db (622)

IlluminaDataTestFiles (119)

imcdatasets (87)

ind1KG (28)

iontreeData (20)

ITALICSData (85)

Iyer517 (60)

J

JASPAR2014 (130)

JASPAR2016 (151)

JctSeqData (8)

JohnsonKinaseData (26)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (102)

KEGGdzPathwaysGEO (375)

kidpack (62)

KOdata (84)

L

leeBamViews (103)

LegATo (5)

leukemiasEset (164)

LiebermanAidenHiC2009 (58)

ListerEtAlBSseq (58)

LRcellTypeMarkers (48)

lumiBarnes (90)

LungCancerACvsSCCGEO (79)

LungCancerLines (98)

lungExpression (97)

lydata (159)

lymphoma (1)

M

M3DExampleData (165)

macrophage (335)

MACSdata (52)

mammaPrintData (63)

mAPKLData (25)

maqcExpression4plex (90)

MAQCsubset (85)

MAQCsubsetAFX (32)

MAQCsubsetILM (38)

marinerData (58)

mCSEAdata (114)

mcsurvdata (38)

MEALData (12)

MEDIPSData (94)

MEEBOdata (76)

MerfishData (63)

MetaGxBreast (48)

MetaGxOvarian (44)

MetaGxPancreas (43)

metaMSdata (176)

MetaScope (36)

MethylAidData (87)

methylclockData (162)

MethylSeqData (36)

methyvimData (6)

MicrobiomeBenchmarkData (62)

microbiomeDataSets (176)

microRNAome (42)

MIGSAdata (10)

minfiData (520)

minfiDataEPIC (132)

minionSummaryData (81)

miRcompData (68)

miRNATarget (96)

mitoODEdata (19)

MMAPPR2data (25)

MMDiffBamSubset (70)

MOFAdata (173)

mosaicsExample (121)

mouse4302barcodevecs (50)

MouseAgingData (26)

MouseGastrulationData (160)

MouseThymusAgeing (72)

MSBdata (14)

msd16s (72)

msdata (614)

msigdb (667)

MSMB (81)

msPurityData (70)

msqc1 (40)

MSstatsBioData (6)

mtbls2 (160)

MTseekerData (5)

MUGAExampleData (54)

Mulder2012 (27)

muleaData (26)

multiWGCNAdata (37)

muscData (164)

mvoutData (78)

N

NanoporeRNASeq (71)

nanotubes (47)

NCIgraphData (58)

NestLink (41)

NetActivityData (51)

netDx.examples (0)

Neve2006 (73)

NGScopyData (68)

nullrangesData (204)

NxtIRFdata (109)

O

ObMiTi (34)

oct4 (51)

octad.db (62)

OMICsPCAdata (71)

OnassisJavaLibs (50)

optimalFlowData (79)

orthosData (64)

P

parathyroid (8)

parathyroidSE (344)

pasilla (999)

pasillaBamSubset (365)

PasillaTranscriptExpr (73)

PathNetData (66)

pathprintGEOData (6)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (26)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (26)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (27)

PCHiCdata (80)

pcxnData (38)

pd.atdschip.tiling (66)

pepDat (69)

PepsNMRData (58)

PGPC (6)

PhyloProfileData (34)

plasFIA (10)

plotgardenerData (88)

ppiData (37)

prebsdata (89)

preciseTADhub (33)

PREDAsampledata (83)

ProData (67)

pRolocdata (228)

prostateCancerCamcap (50)

prostateCancerGrasso (53)

prostateCancerStockholm (39)

prostateCancerTaylor (44)

prostateCancerVarambally (39)

ProteinGymR (6)

ptairData (66)

PtH2O2lipids (101)

pumadata (89)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (77)

PWMEnrich.Hsapiens.background (77)

PWMEnrich.Mmusculus.background (70)

pwrEWAS.data (15)

Q

QDNAseq.hg19 (164)

QDNAseq.mm10 (92)

qPLEXdata (57)

QUBICdata (55)

R

raerdata (50)

rcellminerData (93)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (169)

ReactomeGSA.data (92)

RegParallel (88)

restfulSEData (123)

rfcdmin (8)

RforProteomics (155)

RGMQLlib (61)

rheumaticConditionWOLLBOLD (63)

RIPSeekerData (27)

RITANdata (70)

RLHub (21)

RMassBankData (87)

RNAinteractMAPK (62)

RNAmodR.Data (79)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (4)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (369)

RNASeqDataSubset (2)

RNASeqRData (7)

RnaSeqSampleSizeData (117)

RnaSeqTutorial (27)

RnBeads.hg19 (182)

RnBeads.hg38 (171)

RnBeads.mm10 (102)

RnBeads.mm9 (114)

RnBeads.rn5 (60)

RRBSdata (61)

rRDPData (71)

RTCGA.clinical (283)

RTCGA.CNV (76)

RTCGA.methylation (72)

RTCGA.miRNASeq (123)

RTCGA.mRNA (184)

RTCGA.mutations (113)

RTCGA.PANCAN12 (133)

RTCGA.rnaseq (158)

RTCGA.RPPA (69)

RUVnormalizeData (83)

S

sampleClassifierData (59)

SBGNview.data (191)

scaeData (33)

scanMiRData (57)

scATAC.Explorer (36)

SCATEData (37)

SCLCBam (61)

scMultiome (86)

scpdata (75)

scRNAseq (1712)

scTHI.data (54)

seq2pathway.data (187)

seqc (62)

seqCNA.annot (36)

serumStimulation (55)

sesameData (972)

seventyGeneData (86)

SFEData (126)

shinyMethylData (91)

signatureSearchData (161)

SimBenchData (39)

simpIntLists (90)

Single.mTEC.Transcriptomes (46)

SingleCellMultiModal (97)

SingleMoleculeFootprintingData (55)

smokingMouse (50)

SNAData (63)

SNAGEEdata (83)

SNPhoodData (68)

SomatiCAData (65)

SomaticCancerAlterations (106)

SpatialDatasets (48)

spatialDmelxsim (32)

spatialLIBD (268)

SpikeIn (104)

SpikeInSubset (140)

spqnData (49)

stemHypoxia (80)

STexampleData (296)

stjudem (46)

SubcellularSpatialData (39)

SVM2CRMdata (47)

synapterdata (127)

systemPipeRdata (240)

T

TabulaMurisData (73)

TabulaMurisSenisData (83)

TargetScoreData (72)

TargetSearchData (85)

tartare (89)

TBX20BamSubset (100)

TCGAbiolinksGUI.data (3985)

TCGAcrcmiRNA (46)

TCGAcrcmRNA (53)

TCGAMethylation450k (93)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (116)

TENxBrainData (120)

TENxBUSData (59)

TENxPBMCData (692)

TENxVisiumData (88)

TENxXeniumData (29)

timecoursedata (212)

TimerQuant (46)

tinesath1cdf (57)

tinesath1probe (61)

tissueTreg (67)

TMExplorer (43)

tofsimsData (38)

topdownrdata (61)

TransOmicsData (24)

tuberculosis (34)

TumourMethData (44)

tweeDEseqCountData (211)

tximportData (799)

V

VariantToolsData (48)

VectraPolarisData (41)

vulcandata (80)

W

waveTilingData (27)

WeberDivechaLCdata (57)

WES.1KG.WUGSC (75)

WGSmapp (68)

X

xcoredata (49)

XhybCasneuf (61)

Y

yeastCC (110)

yeastExpData (223)

yeastGSData (53)

yeastNagalakshmi (108)

yeastRNASeq (123)

yri1kgv (28)

yriMulti (7)

Z

zebrafishRNASeq (230)