See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Tue. 06 Jan 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5095) 6 geneLenDataBase (2216) 11 dorothea (1027)
2 celldex (4523) 7 scRNAseq (1715) 12 sesameData (872)
3 ALL (3506) 8 tximportData (1099) 13 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (854)
4 HSMMSingleCell (3351) 9 pasilla (1092) 14 affydata (809)
5 airway (2222) 10 bcellViper (1066) 15 msigdb (807)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (37)

adductData (108)

affycompData (139)

affydata (809)

Affyhgu133A2Expr (118)

Affyhgu133aExpr (126)

Affyhgu133Plus2Expr (140)

AffymetrixDataTestFiles (204)

Affymoe4302Expr (134)

Affymoe430Expr (0)

airway (2222)

ALL (3506)

allenpvc (2)

ALLMLL (412)

alpineData (35)

AmpAffyExample (161)

AneuFinderData (172)

antiProfilesData (160)

aracne.networks (145)

ARRmData (130)

AshkenazimSonChr21 (104)

ASICSdata (124)

AssessORFData (95)

AWAggregatorData (27)

B

bcellViper (1066)

beadarrayExampleData (139)

BeadArrayUseCases (134)

BeadSorted.Saliva.EPIC (103)

benchmarkfdrData2019 (53)

beta7 (172)

BioImageDbs (127)

BioPlex (88)

biotmleData (119)

biscuiteerData (110)

bladderbatch (568)

blimaTestingData (122)

BloodCancerMultiOmics2017 (150)

bodymapRat (105)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (140)

breastCancerMAINZ (242)

breastCancerNKI (241)

breastCancerTRANSBIG (231)

breastCancerUNT (220)

breastCancerUPP (241)

breastCancerVDX (252)

brgedata (137)

bronchialIL13 (154)

bsseqData (206)

bugphyzz (81)

C

cancerdata (146)

CardinalWorkflows (153)

ccdata (167)

CCl4 (237)

ccTutorial (87)

celarefData (88)

celldex (4523)

CellMapperData (98)

CENTREprecomputed (29)

ceu1kg (53)

ceu1kgv (34)

ceuhm3 (54)

cfToolsData (98)

cgdv17 (43)

ChAMPdata (788)

charmData (45)

cheung2010 (58)

ChIC.data (17)

ChimpHumanBrainData (117)

ChIPDBData (19)

chipenrich.data (199)

ChIPexoQualExample (110)

chipseqDBData (121)

ChIPXpressData (147)

chromstaRData (149)

CLL (306)

CLLmethylation (89)

CluMSIDdata (114)

clustifyrdatahub (95)

cMap2data (146)

cnvGSAdata (119)

COHCAPanno (127)

colonCA (146)

CONFESSdata (104)

ConnectivityMap (146)

COPDSexualDimorphism.data (136)

CopyhelpeR (143)

CopyNeutralIMA (103)

CopyNumber450kData (15)

CoSIAdata (82)

COSMIC.67 (142)

CRCL18 (105)

crisprScoreData (185)

curatedAdipoArray (87)

curatedAdipoChIP (90)

curatedAdipoRNA (98)

curatedBladderData (159)

curatedBreastData (149)

curatedCRCData (37)

curatedMetagenomicData (487)

curatedOvarianData (217)

curatedPCaData (87)

curatedTBData (90)

curatedTCGAData (333)

CytoMethIC (94)

D

DAPARdata (195)

davidTiling (152)

depmap (534)

derfinderData (171)

DeSousa2013 (130)

DExMAdata (109)

diffloopdata (101)

diggitdata (114)

DLBCL (254)

DmelSGI (42)

DMRcatedata (359)

DNAZooData (97)

dominatRData (9)

DonaPLLP2013 (112)

DoReMiTra (16)

dorothea (1027)

DREAM4 (40)

dressCheck (156)

DropletTestFiles (280)

DrugVsDiseasedata (127)

dsQTL (45)

DuoClustering2018 (188)

DvDdata (120)

dyebiasexamples (162)

E

easierData (180)

EatonEtAlChIPseq (133)

ecoliLeucine (165)

EGSEAdata (209)

ELMER.data (292)

emtdata (88)

ENCODEFig4Band4D (4)

encoDnaseI (50)

eoPredData (80)

EpiMix.data (102)

epimutacionsData (105)

EpipwR.data (91)

estrogen (225)

etec16s (95)

ewceData (232)

F

faahKO (518)

fabiaData (135)

facopy.annot (14)

facsDorit (65)

FANTOM3and4CAGE (144)

ffpeExampleData (139)

fibroEset (216)

FieldEffectCrc (87)

FIs (129)

fission (252)

Fletcher2013a (138)

Fletcher2013b (153)

flowFitExampleData (25)

flowPloidyData (109)

flowQBData (7)

FlowSorted.Blood.450k (434)

FlowSorted.Blood.EPIC (366)

FlowSorted.CordBlood.450k (131)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (134)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (126)

FlowSorted.DLPFC.450k (135)

flowWorkspaceData (343)

fourDNData (98)

frmaExampleData (150)

FunciSNP.data (34)

furrowSeg (118)

G

gageData (442)

gaschYHS (181)

gatingMLData (64)

gcspikelite (178)

gDNAinRNAseqData (91)

gDRtestData (94)

geneLenDataBase (2216)

genomationData (207)

GenomicDistributionsData (129)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (6)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (9)

GeuvadisTranscriptExpr (145)

geuvPack (14)

geuvStore (5)

geuvStore2 (15)

GGdata (76)

ggtut (29)

GIGSEAdata (95)

golubEsets (553)

gpaExample (96)

grndata (144)

GSBenchMark (132)

GSE103322 (90)

GSE13015 (90)

GSE159526 (84)

GSE62944 (120)

gskb (13)

GSVAdata (725)

GWASdata (190)

H

h5vcData (247)

hapmap100khind (158)

hapmap100kxba (231)

hapmap500knsp (146)

hapmap500ksty (143)

hapmapsnp5 (175)

hapmapsnp6 (212)

harbChIP (174)

HarmanData (122)

HarmonizedTCGAData (90)

HCAData (162)

HCATonsilData (110)

HD2013SGI (136)

HDCytoData (250)

healthyControlsPresenceChecker (86)

healthyFlowData (119)

HEEBOdata (152)

HelloRangesData (211)

hgu133abarcodevecs (98)

hgu133plus2barcodevecs (114)

hgu133plus2CellScore (116)

hgu2beta7 (136)

HiBED (83)

HiCDataHumanIMR90 (136)

HiCDataLymphoblast (116)

HiContactsData (125)

HighlyReplicatedRNASeq (88)

Hiiragi2013 (173)

HIVcDNAvantWout03 (135)

HMP16SData (154)

HMP2Data (133)

hmyriB36 (59)

homosapienDEE2CellScore (69)

HSMMSingleCell (3351)

HumanAffyData (95)

humanHippocampus2024 (83)

humanStemCell (428)

I

IHWpaper (137)

Illumina450ProbeVariants.db (644)

IlluminaDataTestFiles (185)

imcdatasets (163)

iModMixData (25)

ind1KG (40)

iontreeData (33)

ITALICSData (153)

Iyer517 (131)

J

JASPAR2014 (276)

JASPAR2016 (279)

JctSeqData (36)

JohnsonKinaseData (79)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (184)

KEGGdzPathwaysGEO (311)

kidpack (157)

KOdata (121)

L

leeBamViews (212)

LegATo (80)

leukemiasEset (192)

LiebermanAidenHiC2009 (125)

ListerEtAlBSseq (109)

LRcellTypeMarkers (90)

lumiBarnes (204)

LungCancerACvsSCCGEO (126)

LungCancerLines (148)

lungExpression (175)

lydata (121)

lymphoma (3)

M

M3DExampleData (156)

macrophage (282)

MACSdata (90)

mammaPrintData (143)

mAPKLData (30)

maqcExpression4plex (216)

MAQCsubset (170)

MAQCsubsetAFX (61)

MAQCsubsetILM (64)

marinerData (89)

mCSEAdata (151)

mcsurvdata (88)

MEALData (10)

MEDIPSData (156)

MEEBOdata (150)

MerfishData (115)

MetaGxBreast (103)

MetaGxOvarian (54)

MetaGxPancreas (85)

metaMSdata (140)

MetaScope (85)

MethylAidData (115)

methylclockData (250)

MethylSeqData (89)

methyvimData (10)

MicrobiomeBenchmarkData (96)

microbiomeDataSets (209)

microRNAome (102)

MIGSAdata (21)

minfiData (627)

minfiDataEPIC (241)

minionSummaryData (128)

miRcompData (111)

miRNATarget (149)

mitoODEdata (23)

MMAPPR2data (10)

MMDiffBamSubset (118)

MOFAdata (292)

mosaicsExample (161)

mouse4302barcodevecs (104)

MouseAgingData (83)

MouseGastrulationData (274)

MouseThymusAgeing (110)

MSBdata (17)

msd16s (127)

msdata (702)

msigdb (807)

MSMB (127)

msPurityData (112)

msqc1 (109)

MSstatsBioData (10)

mtbls2 (145)

MTseekerData (5)

MUGAExampleData (102)

Mulder2012 (34)

muleaData (82)

multiWGCNAdata (86)

muscData (294)

muSpaData (68)

mvoutData (165)

N

NanoporeRNASeq (112)

nanotubes (102)

NCIgraphData (124)

NestLink (99)

NetActivityData (100)

netDx.examples (0)

Neve2006 (167)

NGScopyData (111)

nmrdata (14)

nullrangesData (108)

NxtIRFdata (152)

O

ObMiTi (85)

oct4 (95)

octad.db (97)

OMICsPCAdata (131)

OnassisJavaLibs (103)

optimalFlowData (106)

orthosData (113)

P

parathyroid (22)

parathyroidSE (257)

pasilla (1092)

pasillaBamSubset (659)

PasillaTranscriptExpr (145)

PathNetData (129)

pathprintGEOData (9)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (34)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (33)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (32)

PCHiCdata (120)

pcxnData (19)

pd.atdschip.tiling (135)

pepDat (144)

PepsNMRData (117)

PGPC (7)

PhyloProfileData (89)

plasFIA (16)

plotgardenerData (131)

ppiData (98)

prebsdata (136)

preciseTADhub (84)

PREDAsampledata (141)

ProData (171)

pRolocdata (413)

prostateCancerCamcap (115)

prostateCancerGrasso (115)

prostateCancerStockholm (102)

prostateCancerTaylor (102)

prostateCancerVarambally (105)

ProteinGymR (81)

ptairData (123)

PtH2O2lipids (99)

pumadata (176)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (147)

PWMEnrich.Hsapiens.background (158)

PWMEnrich.Mmusculus.background (132)

pwrEWAS.data (14)

Q

QDNAseq.hg19 (251)

QDNAseq.mm10 (155)

qPLEXdata (94)

QUBICdata (103)

R

raerdata (89)

rcellminerData (189)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (156)

ReactomeGSA.data (133)

RegParallel (130)

restfulSEData (12)

rfcdmin (34)

RforProteomics (229)

RGMQLlib (115)

rheumaticConditionWOLLBOLD (128)

RIPSeekerData (31)

RITANdata (120)

RLHub (33)

RMassBankData (148)

RNAinteractMAPK (59)

RNAmodR.Data (102)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (8)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (854)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (10)

RnaSeqSampleSizeData (197)

RnaSeqTutorial (38)

RnBeads.hg19 (249)

RnBeads.hg38 (221)

RnBeads.mm10 (155)

RnBeads.mm9 (190)

RnBeads.rn5 (122)

RRBSdata (111)

rRDPData (127)

RTCGA.clinical (315)

RTCGA.CNV (144)

RTCGA.methylation (147)

RTCGA.miRNASeq (170)

RTCGA.mRNA (221)

RTCGA.mutations (171)

RTCGA.PANCAN12 (136)

RTCGA.rnaseq (222)

RTCGA.RPPA (144)

RUVnormalizeData (165)

S

sampleClassifierData (102)

SBGNview.data (172)

scaeData (84)

scanMiRData (104)

scATAC.Explorer (89)

SCATEData (12)

SCLCBam (128)

scMultiome (107)

scpdata (133)

scRNAseq (1715)

scTHI.data (104)

seq2pathway.data (121)

seqc (134)

seqCNA.annot (32)

serumStimulation (113)

sesameData (872)

seventyGeneData (124)

SFEData (171)

shinyMethylData (123)

signatureSearchData (154)

SimBenchData (87)

simpIntLists (141)

Single.mTEC.Transcriptomes (127)

SingleCellMultiModal (136)

SingleMoleculeFootprintingData (86)

smokingMouse (85)

SNAData (133)

SNAGEEdata (146)

SNPhoodData (108)

SomatiCAData (109)

SomaticCancerAlterations (150)

SpatialDatasets (105)

spatialDmelxsim (82)

spatialLIBD (412)

SpikeIn (200)

SpikeInSubset (354)

spqnData (96)

stemHypoxia (130)

STexampleData (329)

stjudem (64)

SubcellularSpatialData (98)

SVM2CRMdata (99)

synapterdata (89)

systemPipeRdata (322)

T

TabulaMurisData (135)

TabulaMurisSenisData (154)

TargetScoreData (122)

TargetSearchData (132)

tartare (113)

TBX20BamSubset (151)

TCGAbiolinksGUI.data (5095)

TCGAcrcmiRNA (95)

TCGAcrcmRNA (111)

TCGAMethylation450k (149)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (138)

TENET.ExperimentHub (64)

TENxBrainData (289)

TENxBUSData (96)

TENxPBMCData (631)

TENxVisiumData (135)

TENxXeniumData (89)

timecoursedata (125)

TimerQuant (91)

tinesath1cdf (135)

tinesath1probe (137)

tissueTreg (134)

TMExplorer (91)

tofsimsData (98)

topdownrdata (114)

TransOmicsData (80)

tuberculosis (84)

TumourMethData (90)

tweeDEseqCountData (239)

tximportData (1099)

V

VariantToolsData (106)

VectraPolarisData (87)

vulcandata (104)

W

waveTilingData (34)

WeberDivechaLCdata (92)

WES.1KG.WUGSC (128)

WGSmapp (120)

X

xcoredata (92)

XhybCasneuf (149)

Y

yeastCC (198)

yeastExpData (174)

yeastGSData (126)

yeastNagalakshmi (292)

yeastRNASeq (219)

yri1kgv (35)

yriMulti (28)

Z

zebrafishRNASeq (362)