See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Tue. 03 Feb 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5229) 6 geneLenDataBase (2210) 11 pasilla (1101)
2 celldex (4682) 7 scRNAseq (1771) 12 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (907)
3 ALL (3582) 8 bcellViper (1154) 13 sesameData (898)
4 HSMMSingleCell (3434) 9 tximportData (1123) 14 affydata (834)
5 airway (2262) 10 dorothea (1107) 15 msigdb (820)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (52)

adductData (106)

affycompData (138)

affydata (834)

Affyhgu133A2Expr (116)

Affyhgu133aExpr (123)

Affyhgu133Plus2Expr (137)

AffymetrixDataTestFiles (218)

Affymoe4302Expr (133)

Affymoe430Expr (0)

airway (2262)

ALL (3582)

allenpvc (2)

ALLMLL (398)

alpineData (35)

AmpAffyExample (165)

AneuFinderData (165)

antiProfilesData (161)

aracne.networks (143)

ARRmData (129)

AshkenazimSonChr21 (102)

ASICSdata (123)

AssessORFData (101)

AWAggregatorData (33)

B

bcellViper (1154)

beadarrayExampleData (140)

BeadArrayUseCases (127)

BeadSorted.Saliva.EPIC (101)

benchmarkfdrData2019 (45)

beta7 (177)

BioImageDbs (124)

BioPlex (85)

biotmleData (119)

biscuiteerData (110)

bladderbatch (600)

blimaTestingData (121)

BloodCancerMultiOmics2017 (147)

bodymapRat (107)

brainImageRdata (3)

breakpointRdata (148)

breastCancerMAINZ (262)

breastCancerNKI (245)

breastCancerTRANSBIG (238)

breastCancerUNT (227)

breastCancerUPP (253)

breastCancerVDX (257)

brgedata (141)

bronchialIL13 (152)

bsseqData (216)

bugphyzz (80)

C

cancerdata (153)

CardinalWorkflows (149)

ccdata (164)

CCl4 (250)

ccTutorial (102)

celarefData (86)

celldex (4682)

CellMapperData (97)

CENTREprecomputed (36)

ceu1kg (62)

ceu1kgv (41)

ceuhm3 (64)

cfToolsData (98)

cgdv17 (51)

ChAMPdata (800)

charmData (60)

cheung2010 (70)

ChIC.data (17)

ChimpHumanBrainData (115)

ChIPDBData (25)

chipenrich.data (196)

ChIPexoQualExample (108)

chipseqDBData (120)

ChIPXpressData (146)

chromstaRData (141)

CLL (311)

CLLmethylation (87)

CluMSIDdata (111)

clustifyrdatahub (94)

cMap2data (143)

cnvGSAdata (120)

COHCAPanno (125)

colonCA (154)

CONFESSdata (103)

ConnectivityMap (146)

COPDSexualDimorphism.data (134)

CopyhelpeR (139)

CopyNeutralIMA (103)

CopyNumber450kData (18)

CoSIAdata (81)

COSMIC.67 (140)

CRCL18 (104)

crisprScoreData (183)

curatedAdipoArray (86)

curatedAdipoChIP (89)

curatedAdipoRNA (96)

curatedBladderData (156)

curatedBreastData (146)

curatedCRCData (37)

curatedMetagenomicData (504)

curatedOvarianData (216)

curatedPCaData (87)

curatedTBData (90)

curatedTCGAData (352)

CytoMethIC (92)

D

DAPARdata (193)

davidTiling (154)

depmap (542)

derfinderData (174)

DeSousa2013 (130)

DExMAdata (107)

diffloopdata (99)

diggitdata (112)

DLBCL (258)

DmelSGI (47)

DMRcatedata (359)

DNAZooData (97)

dominatRData (15)

DonaPLLP2013 (109)

DoReMiTra (23)

dorothea (1107)

DREAM4 (51)

dressCheck (153)

DropletTestFiles (309)

DrugVsDiseasedata (125)

dsQTL (51)

DuoClustering2018 (190)

DvDdata (121)

dyebiasexamples (162)

E

easierData (191)

EatonEtAlChIPseq (130)

ecoliLeucine (173)

EGSEAdata (207)

ELMER.data (288)

emtdata (87)

ENCODEFig4Band4D (4)

encoDnaseI (67)

eoPredData (78)

EpiMix.data (100)

epimutacionsData (103)

EpipwR.data (90)

estrogen (235)

etec16s (95)

ewceData (243)

F

faahKO (578)

fabiaData (138)

facopy.annot (15)

facsDorit (76)

FANTOM3and4CAGE (150)

ffpeExampleData (144)

fibroEset (255)

FieldEffectCrc (86)

FIs (126)

fission (244)

Fletcher2013a (136)

Fletcher2013b (153)

flowFitExampleData (30)

flowPloidyData (106)

flowQBData (7)

FlowSorted.Blood.450k (453)

FlowSorted.Blood.EPIC (371)

FlowSorted.CordBlood.450k (134)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (137)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (135)

FlowSorted.DLPFC.450k (136)

flowWorkspaceData (380)

fourDNData (98)

frmaExampleData (155)

FunciSNP.data (38)

furrowSeg (116)

G

gageData (459)

gaschYHS (194)

gatingMLData (67)

gcspikelite (175)

gDNAinRNAseqData (90)

gDRtestData (94)

geneLenDataBase (2210)

genomationData (210)

GenomicDistributionsData (133)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (6)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (8)

GeuvadisTranscriptExpr (146)

geuvPack (14)

geuvStore (5)

geuvStore2 (16)

GGdata (87)

ggtut (31)

GIGSEAdata (93)

golubEsets (593)

gpaExample (95)

grndata (142)

GSBenchMark (126)

GSE103322 (89)

GSE13015 (88)

GSE159526 (82)

GSE62944 (121)

gskb (15)

GSVAdata (754)

GWASdata (196)

H

h5vcData (275)

hapmap100khind (157)

hapmap100kxba (250)

hapmap500knsp (144)

hapmap500ksty (139)

hapmapsnp5 (191)

hapmapsnp6 (230)

harbChIP (182)

HarmanData (124)

HarmonizedTCGAData (88)

HCAData (162)

HCATonsilData (109)

HD2013SGI (142)

HDCytoData (254)

healthyControlsPresenceChecker (86)

healthyFlowData (117)

HEEBOdata (162)

HelloRangesData (227)

hgu133abarcodevecs (100)

hgu133plus2barcodevecs (117)

hgu133plus2CellScore (113)

hgu2beta7 (142)

HiBED (82)

HiCDataHumanIMR90 (133)

HiCDataLymphoblast (119)

HiContactsData (125)

HighlyReplicatedRNASeq (86)

Hiiragi2013 (175)

HIVcDNAvantWout03 (133)

HMP16SData (154)

HMP2Data (137)

hmyriB36 (69)

homosapienDEE2CellScore (67)

HSMMSingleCell (3434)

HumanAffyData (93)

humanHippocampus2024 (84)

humanStemCell (460)

I

IHWpaper (136)

Illumina450ProbeVariants.db (646)

IlluminaDataTestFiles (217)

imcdatasets (163)

iModMixData (32)

ind1KG (48)

iontreeData (35)

ITALICSData (151)

Iyer517 (131)

J

JASPAR2014 (292)

JASPAR2016 (291)

JctSeqData (39)

JohnsonKinaseData (78)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (181)

KEGGdzPathwaysGEO (309)

kidpack (156)

KOdata (118)

L

leeBamViews (225)

LegATo (80)

leukemiasEset (192)

LiebermanAidenHiC2009 (124)

ListerEtAlBSseq (108)

LRcellTypeMarkers (89)

lumiBarnes (216)

LungCancerACvsSCCGEO (121)

LungCancerLines (147)

lungExpression (206)

lydata (121)

lymphoma (4)

M

M3DExampleData (161)

macrophage (306)

MACSdata (89)

mammaPrintData (141)

mAPKLData (29)

maqcExpression4plex (241)

MAQCsubset (180)

MAQCsubsetAFX (65)

MAQCsubsetILM (66)

marinerData (89)

mCSEAdata (151)

mcsurvdata (87)

MEALData (10)

MEDIPSData (159)

MEEBOdata (154)

MerfishData (114)

MetaGxBreast (103)

MetaGxOvarian (47)

MetaGxPancreas (84)

metaMSdata (145)

MetaScope (88)

MethylAidData (113)

methylclockData (254)

MethylSeqData (88)

methyvimData (10)

MicrobiomeBenchmarkData (93)

microbiomeDataSets (217)

microRNAome (101)

MIGSAdata (20)

minfiData (646)

minfiDataEPIC (259)

minionSummaryData (129)

miRcompData (107)

miRNATarget (149)

mitoODEdata (22)

MMAPPR2data (11)

MMDiffBamSubset (119)

MOFAdata (291)

mosaicsExample (156)

mouse4302barcodevecs (104)

MouseAgingData (83)

MouseGastrulationData (284)

MouseThymusAgeing (111)

MSBdata (16)

msd16s (128)

msdata (740)

msigdb (820)

MSMB (122)

msPurityData (112)

msqc1 (107)

MSstatsBioData (10)

mtbls2 (146)

MTseekerData (5)

MUGAExampleData (99)

Mulder2012 (48)

muleaData (81)

multiWGCNAdata (86)

muscData (322)

muSpaData (74)

MutSeqRData (3)

mvoutData (179)

N

NanoporeRNASeq (112)

nanotubes (101)

NCIgraphData (120)

NestLink (97)

NetActivityData (97)

netDx.examples (0)

Neve2006 (179)

NGScopyData (108)

nmrdata (21)

nullrangesData (108)

NxtIRFdata (149)

O

ObMiTi (83)

oct4 (94)

octad.db (95)

OMICsPCAdata (128)

OnassisJavaLibs (100)

optimalFlowData (103)

orthosData (110)

P

parathyroid (23)

parathyroidSE (264)

pasilla (1101)

pasillaBamSubset (693)

PasillaTranscriptExpr (145)

PathNetData (127)

pathprintGEOData (8)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (33)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (33)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (36)

PCHiCdata (119)

pcxnData (18)

pd.atdschip.tiling (134)

pepDat (145)

PepsNMRData (115)

PGPC (7)

PhyloProfileData (88)

plasFIA (15)

plotgardenerData (134)

ppiData (112)

prebsdata (135)

preciseTADhub (82)

PREDAsampledata (144)

ProData (179)

pRolocdata (449)

prostateCancerCamcap (113)

prostateCancerGrasso (113)

prostateCancerStockholm (99)

prostateCancerTaylor (101)

prostateCancerVarambally (102)

ProteinGymR (81)

ptairData (121)

PtH2O2lipids (98)

pumadata (183)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (144)

PWMEnrich.Hsapiens.background (155)

PWMEnrich.Mmusculus.background (132)

pwrEWAS.data (12)

Q

QDNAseq.hg19 (253)

QDNAseq.mm10 (157)

qPLEXdata (86)

QUBICdata (102)

R

raerdata (88)

rcellminerData (187)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (157)

ReactomeGSA.data (130)

RegParallel (128)

restfulSEData (13)

rfcdmin (35)

RforProteomics (234)

RGMQLlib (116)

rheumaticConditionWOLLBOLD (129)

RIPSeekerData (38)

RITANdata (118)

RLHub (38)

RMassBankData (150)

RNAinteractMAPK (60)

RNAmodR.Data (101)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (8)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (907)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (9)

RnaSeqSampleSizeData (194)

RnaSeqTutorial (38)

RnBeads.hg19 (246)

RnBeads.hg38 (207)

RnBeads.mm10 (153)

RnBeads.mm9 (187)

RnBeads.rn5 (119)

RRBSdata (110)

rRDPData (125)

RTCGA.clinical (340)

RTCGA.CNV (170)

RTCGA.methylation (172)

RTCGA.miRNASeq (195)

RTCGA.mRNA (248)

RTCGA.mutations (194)

RTCGA.PANCAN12 (162)

RTCGA.rnaseq (242)

RTCGA.RPPA (171)

RUVnormalizeData (164)

S

sampleClassifierData (102)

SBGNview.data (171)

scaeData (83)

scanMiRData (103)

scATAC.Explorer (88)

SCATEData (11)

SCLCBam (130)

scMultiome (105)

scpdata (139)

scRNAseq (1771)

scTHI.data (102)

seq2pathway.data (118)

seqc (130)

seqCNA.annot (32)

serumStimulation (114)

sesameData (898)

seventyGeneData (128)

SFEData (166)

shinyMethylData (119)

signatureSearchData (150)

SimBenchData (86)

simpIntLists (138)

Single.mTEC.Transcriptomes (128)

SingleCellMultiModal (140)

SingleMoleculeFootprintingData (85)

smokingMouse (84)

SNAData (136)

SNAGEEdata (155)

SNPhoodData (107)

SomatiCAData (107)

SomaticCancerAlterations (151)

SpatialDatasets (104)

spatialDmelxsim (81)

spatialLIBD (419)

SpikeIn (195)

SpikeInSubset (331)

spqnData (94)

stemHypoxia (130)

STexampleData (325)

stjudem (72)

SubcellularSpatialData (97)

SVM2CRMdata (96)

synapterdata (84)

systemPipeRdata (321)

T

TabulaMurisData (137)

TabulaMurisSenisData (156)

TargetScoreData (119)

TargetSearchData (135)

tartare (114)

TBX20BamSubset (149)

TCGAbiolinksGUI.data (5229)

TCGAcrcmiRNA (92)

TCGAcrcmRNA (107)

TCGAMethylation450k (153)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (132)

TENET.ExperimentHub (70)

TENxBrainData (318)

TENxBUSData (96)

TENxPBMCData (658)

TENxVisiumData (138)

TENxXeniumData (88)

timecoursedata (123)

TimerQuant (84)

tinesath1cdf (133)

tinesath1probe (145)

tissueTreg (134)

TMExplorer (91)

tofsimsData (97)

topdownrdata (112)

TransOmicsData (79)

tuberculosis (83)

TumourMethData (88)

tweeDEseqCountData (238)

tximportData (1123)

V

VariantToolsData (107)

VectraPolarisData (86)

vulcandata (103)

W

waveTilingData (33)

WeberDivechaLCdata (91)

WES.1KG.WUGSC (123)

WGSmapp (117)

X

xcoredata (91)

XhybCasneuf (149)

Y

yeastCC (206)

yeastExpData (183)

yeastGSData (124)

yeastNagalakshmi (324)

yeastRNASeq (232)

yri1kgv (37)

yriMulti (31)

Z

zebrafishRNASeq (392)