See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2020-08-01 14:19:27 -0400 (Sat, 01 Aug 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3003)
2HSMMSingleCell (1739)
3airway (1483)
4geneLenDataBase (1102)
5pasilla (817)
6scRNAseq (773)
7tximportData (623)
8bladderbatch (495)
9ChAMPdata (433)
10sesameData (426)
11DMRcatedata (400)
12Illumina450ProbeVariants.db (390)
13RTCGA.clinical (348)
14GSVAdata (335)
15fission (328)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (52)
adductData (27)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (20)
affycoretools (0)
affydata (272)
Affyhgu133A2Expr (21)
Affyhgu133aExpr (24)
Affyhgu133Plus2Expr (35)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (36)
Affymoe4302Expr (22)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1483)
all (0)
ALL (3003)
allenpvc (8)
ALLMLL (68)
alpineData (20)
AmpAffyExample (19)
AneuFinderData (54)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (26)
aracne.networks (39)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (29)
AshkenazimSonChr21 (11)
ASICSdata (21)
AssessORFData (17)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (89)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (38)
BeadArrayUseCases (31)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (8)
beta7 (14)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (22)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (19)
bladderbatch (495)
blimaTestingData (17)
BloodCancerMultiOmics2017 (23)
bodymapRat (16)
brainImageRdata (11)
breakpointRdata (25)
breastCancerMAINZ (59)
breastCancerNKI (74)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (48)
breastCancerUNT (36)
breastCancerUPP (40)
breastCancerVDX (74)
brgedata (30)
bronchialIL13 (11)
BSgenome (0)
bsseqData (51)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (27)
CardinalWorkflows (29)
Category (0)
ccdata (54)
CCl4 (28)
ccTutorial (14)
celarefData (16)
celldex (16)
CellMapperData (16)
ceu1kg (9)
ceu1kgv (8)
ceuhm3 (9)
cgdv17 (34)
cghMCR (0)
ChAMPdata (433)
charmData (12)
cheung2010 (1)
ChIC.data (27)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (14)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (58)
ChIPexoQualExample (15)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (19)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (26)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (46)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (309)
CLLmethylation (12)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (22)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (33)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (41)
colonCA (28)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (15)
ConnectivityMap (29)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (96)
CopyhelpeR (62)
CopyNeutralIMA (10)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (34)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (9)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (3)
curatedAdipoChIP (9)
curatedAdipoRNA (12)
curatedBladderData (24)
curatedBreastData (26)
curatedCRCData (19)
curatedMetagenomicData (137)
curatedOvarianData (63)
curatedTCGAData (183)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (63)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (10)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (31)
derfinderData (38)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (9)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (22)
diggit (0)
diggitdata (16)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (41)
DmelSGI (10)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (400)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (8)
DOQTL (0)
dorothea (27)
DREAM4 (13)
dressCheck (9)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (32)
dsQTL (11)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (35)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (14)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (12)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (20)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (188)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (249)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encodnasei (0)
encoDnaseI (1)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (78)
etec16s (16)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (254)
fabia (0)
fabiaData (12)
facopy.annot (13)
facsDorit (11)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (17)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (14)
FGNet (0)
fibroEset (42)
FindMyFriends (0)
FIs (44)
FISHalyseR (0)
fission (328)
flagme (0)
Fletcher2013a (25)
Fletcher2013b (22)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (16)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (18)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (7)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (221)
FlowSorted.Blood.EPIC (114)
FlowSorted.CordBlood.450k (52)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (37)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (35)
FlowSorted.DLPFC.450k (19)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (89)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (19)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (31)
furrowSeg (9)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (288)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (8)
gatingMLData (17)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (62)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1102)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (43)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (28)
geuvPack (20)
geuvStore (0)
geuvStore2 (19)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (37)
ggtut (1)
GIGSEAdata (9)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (289)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (4)
graph (1)
graphite (0)
grndata (55)
GSBenchMark (14)
GSE62944 (33)
GSEABase (0)
gskb (67)
gsvadata (0)
GSVAdata (335)
Gviz (0)
GWASdata (49)
GWASTools (0)

H

h5vcData (61)
hapmap100khind (8)
hapmap100kxba (27)
hapmap500knsp (9)
hapmap500ksty (8)
hapmapsnp5 (22)
hapmapsnp6 (32)
harbChIP (15)
HarmanData (17)
HarmonizedTCGAData (14)
HCAData (35)
HD2013SGI (12)
HDCytoData (130)
healthyFlowData (14)
HEEBOdata (15)
HelloRangesData (24)
hgu133abarcodevecs (9)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (9)
hgu133plus2CellScore (15)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (9)
HiCDataHumanIMR90 (24)
HiCDataLymphoblast (15)
HighlyReplicatedRNASeq (3)
Hiiragi2013 (64)
HIVcDNAvantWout03 (8)
HMP16SData (41)
HMP2Data (12)
hmyriB36 (8)
HSMMSingleCell (1739)
HumanAffyData (17)
humanStemCell (62)

I

IHW (0)
IHWpaper (12)
Illumina450ProbeVariants.db (390)
IlluminaDataTestFiles (46)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (1)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (24)
Iyer517 (8)

J

JASPAR2014 (35)
JASPAR2016 (176)
JctSeqData (18)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (38)
KEGGdzPathwaysGEO (236)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (14)
KOdata (32)

L

leeBamViews (41)
leukemiasEset (127)
LiebermanAidenHiC2009 (14)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (9)
lumi (0)
lumiBarnes (26)
LungCancerACvsSCCGEO (25)
LungCancerLines (21)
lungExpression (44)
lydata (22)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (32)
macrophage (44)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (10)
mAPKLData (15)
maqcExpression4plex (34)
MAQCsubset (14)
MAQCsubsetAFX (14)
MAQCsubsetILM (9)
marray (0)
mCSEAdata (28)
mcsurvdata (11)
MEALData (1)
MEDIPSData (31)
MEEBOdata (14)
Metab (0)
MetaGxBreast (21)
MetaGxOvarian (19)
MetaGxPancreas (14)
metaMS (0)
metaMSdata (26)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (16)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (15)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (15)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (317)
minfiDataEPIC (57)
minionSummaryData (17)
miRcompData (25)
miRNATarget (16)
mitoODEdata (21)
MMAPPR2data (10)
MMDiffBamSubset (17)
MOFAdata (50)
mosaicsExample (23)
mouse4302barcodevecs (7)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (35)
MSBdata (1)
msd16s (19)
msdata (273)
MSMB (18)
MSnbase (0)
msPurityData (41)
msqc1 (14)
MSstatsBioData (23)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (30)
MTseekerData (15)
MUGAExampleData (12)
Mulder2012 (5)
multtest (1)
muscData (37)
mvoutData (13)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

nanotubes (16)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (9)
NestLink (13)
netDx.examples (3)
Neve2006 (8)
neve2006 (0)
NGScopyData (37)
NOISeq (0)

O

oct4 (9)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (20)
OnassisJavaLibs (40)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (5)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (1)
parathyroidSE (262)
pasilla (817)
pasillaBamSubset (182)
PasillaTranscriptExpr (32)
pathifier (0)
PathNetData (16)
pathprintGEOData (14)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (29)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (26)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (13)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (23)
pcxnData (22)
pd.atdschip.tiling (13)
pepDat (16)
PepsNMRData (18)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (8)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (35)
prebsdata (13)
PREDAsampledata (34)
preprocessCore (1)
ProData (17)
pRolocdata (198)
prostateCancerCamcap (14)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (9)
prostateCancerTaylor (11)
prostateCancerVarambally (9)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (16)
pumadata (13)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (22)
PWMEnrich.Hsapiens.background (24)
PWMEnrich.Mmusculus.background (19)
pwrEWAS.data (24)

Q

QDNAseq.hg19 (57)
QDNAseq.mm10 (23)
qPLEXdata (17)
quantsmooth (0)
QUBICdata (24)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (42)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (22)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (12)
RegParallel (46)
ReportingTools (0)
restfulSEData (18)
rfcdmin (0)
RforProteomics (158)
RGMQLlib (22)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (8)
RIPSeekerData (13)
RITANdata (31)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (8)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (20)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (169)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (18)
RnaSeqSampleSizeData (53)
RnaSeqTutorial (2)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (151)
RnBeads.hg38 (102)
RnBeads.mm10 (81)
RnBeads.mm9 (13)
RnBeads.rn5 (9)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (8)
rRDPData (14)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (348)
RTCGA.CNV (42)
RTCGA.methylation (48)
RTCGA.miRNASeq (108)
RTCGA.mRNA (200)
RTCGA.mutations (95)
RTCGA.PANCAN12 (34)
RTCGA.rnaseq (174)
RTCGA.RPPA (39)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (37)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (15)
SBGNview.data (19)
SCLCBam (19)
scRNAseq (773)
scTHI.data (5)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (35)
seqc (19)
seqCNA.annot (33)
seqLogo (0)
serumStimulation (14)
sesameData (426)
seventyGeneData (10)
shinyMethylData (23)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (19)
sigPathway (0)
simpIntLists (34)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (10)
SingleCellMultiModal (8)
SNAData (12)
snadata (0)
SNAGEEdata (23)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (9)
SomaticCancerAlterations (51)
spade (0)
spatialLIBD (7)
SPIA (0)
SpikeIn (24)
SpikeInSubset (94)
spliceR (0)
spqnData (5)
stemHypoxia (31)
stjudem (13)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (16)
synapterdata (77)
systemPipeRdata (117)

T

TabulaMurisData (20)
TargetScoreData (15)
TargetSearchData (16)
tartare (7)
TBX20BamSubset (26)
TCGAbiolinksGUI.data (121)
TCGAcrcmiRNA (10)
TCGAcrcmRNA (10)
TCGAMethylation450k (23)
tcgaWGBSData.hg19 (9)
TCGAWorkflowData (105)
TENxBrainData (75)
TENxBUSData (21)
TENxPBMCData (208)
TFBSTools (0)
TimerQuant (8)
tinesath1cdf (8)
tinesath1probe (8)
tissueTreg (15)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (15)
topdownrdata (17)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (129)
twilight (0)
tximportData (623)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (9)
vsn (0)
vulcandata (15)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (48)
WGSmapp (6)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (8)
XVector (1)

Y

yeastCC (43)
yeastExpData (86)
yeastGSData (7)
yeastNagalakshmi (33)
yeastRNASeq (46)
yri1kgv (20)
yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (153)
zlibbioc (1)