See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2020-11-28 13:33:43 -0500 (Sat, 28 Nov 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2892)
2HSMMSingleCell (1810)
3airway (1587)
4geneLenDataBase (1150)
5scRNAseq (946)
6pasilla (889)
7tximportData (626)
8bladderbatch (496)
9ChAMPdata (456)
10Illumina450ProbeVariants.db (407)
11sesameData (364)
12GSVAdata (357)
13RTCGA.clinical (350)
14fission (340)
15DMRcatedata (336)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (49)
adductData (25)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (22)
affycoretools (0)
affydata (267)
Affyhgu133A2Expr (22)
Affyhgu133aExpr (26)
Affyhgu133Plus2Expr (37)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (36)
Affymoe4302Expr (23)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1587)
all (0)
ALL (2892)
allenpvc (6)
ALLMLL (69)
alpineData (22)
AmpAffyExample (20)
AneuFinderData (55)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (27)
aracne.networks (41)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (31)
AshkenazimSonChr21 (13)
ASICSdata (23)
AssessORFData (19)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (136)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (39)
BeadArrayUseCases (32)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (12)
beta7 (15)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (22)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (25)
bladderbatch (496)
blimaTestingData (19)
BloodCancerMultiOmics2017 (25)
bodymapRat (19)
brainImageRdata (11)
breakpointRdata (27)
breastCancerMAINZ (62)
breastCancerNKI (77)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (50)
breastCancerUNT (38)
breastCancerUPP (43)
breastCancerVDX (76)
brgedata (33)
bronchialIL13 (12)
BSgenome (0)
bsseqData (52)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (30)
CardinalWorkflows (31)
Category (0)
ccdata (57)
CCl4 (29)
ccTutorial (15)
celarefData (18)
celldex (70)
CellMapperData (18)
ceu1kg (10)
ceu1kgv (10)
ceuhm3 (11)
cgdv17 (35)
cghMCR (0)
ChAMPdata (456)
charmData (8)
cheung2010 (0)
ChIC.data (30)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (15)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (60)
ChIPexoQualExample (17)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (23)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (28)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (48)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (312)
CLLmethylation (13)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (22)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (2)
CMA (0)
cMap2data (35)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (42)
colonCA (26)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (17)
ConnectivityMap (27)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (116)
CopyhelpeR (61)
CopyNeutralIMA (12)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (37)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (11)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (6)
curatedAdipoChIP (11)
curatedAdipoRNA (14)
curatedBladderData (25)
curatedBreastData (31)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (139)
curatedOvarianData (65)
curatedTCGAData (183)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (59)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (12)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (42)
derfinderData (39)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (11)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (25)
diggit (0)
diggitdata (18)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (44)
DmelSGI (11)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (336)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (10)
DOQTL (0)
dorothea (80)
DREAM4 (14)
dressCheck (12)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (7)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (34)
dsQTL (12)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (41)
DupChecker (0)
DvDdata (12)
dyebias (0)
dyebiasexamples (16)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (13)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (22)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (193)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (233)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encodnasei (0)
encoDnaseI (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (74)
etec16s (18)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (254)
fabia (0)
fabiaData (13)
facopy.annot (11)
facsDorit (12)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (19)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (15)
FGNet (0)
fibroEset (43)
FieldEffectCrc (1)
FindMyFriends (0)
FIs (50)
FISHalyseR (0)
fission (340)
flagme (0)
Fletcher2013a (26)
Fletcher2013b (24)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (17)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (6)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (231)
FlowSorted.Blood.EPIC (122)
FlowSorted.CordBlood.450k (52)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (43)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (37)
FlowSorted.DLPFC.450k (19)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (91)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (20)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (30)
furrowSeg (10)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (275)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (10)
gatingMLData (20)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (66)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1150)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (43)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (31)
geuvPack (22)
geuvStore (0)
geuvStore2 (20)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (38)
ggtut (1)
GIGSEAdata (10)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (291)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (8)
graph (1)
graphite (0)
grndata (57)
GSBenchMark (16)
GSE62944 (36)
GSEABase (0)
gskb (73)
gsvadata (0)
GSVAdata (357)
Gviz (0)
GWASdata (52)
GWASTools (0)

H

h5vcData (65)
hapmap100khind (10)
hapmap100kxba (31)
hapmap500knsp (10)
hapmap500ksty (10)
hapmapsnp5 (24)
hapmapsnp6 (34)
harbChIP (19)
HarmanData (19)
HarmonizedTCGAData (16)
HCAData (49)
HD2013SGI (13)
HDCytoData (129)
healthyFlowData (16)
HEEBOdata (16)
HelloRangesData (26)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (10)
hgu133plus2CellScore (16)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (11)
HiCDataHumanIMR90 (25)
HiCDataLymphoblast (17)
HighlyReplicatedRNASeq (6)
Hiiragi2013 (63)
HIVcDNAvantWout03 (9)
HMP16SData (45)
HMP2Data (16)
hmyriB36 (10)
HSMMSingleCell (1810)
HumanAffyData (18)
humanStemCell (61)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (407)
IlluminaDataTestFiles (46)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
impute (1)
ind1KG (0)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (26)
Iyer517 (9)

J

JASPAR2014 (35)
JASPAR2016 (164)
JctSeqData (20)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (40)
KEGGdzPathwaysGEO (243)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (15)
KOdata (35)

L

leeBamViews (44)
leukemiasEset (129)
LiebermanAidenHiC2009 (15)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (10)
lumi (0)
lumiBarnes (25)
LungCancerACvsSCCGEO (27)
LungCancerLines (22)
lungExpression (38)
lydata (23)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (33)
macrophage (57)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (12)
mAPKLData (17)
maqcExpression4plex (36)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (16)
MAQCsubsetILM (10)
marray (0)
mCSEAdata (30)
mcsurvdata (12)
MEALData (0)
MEDIPSData (31)
MEEBOdata (15)
Metab (0)
MetaGxBreast (22)
MetaGxOvarian (20)
MetaGxPancreas (15)
metaMS (0)
metaMSdata (25)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
MethylSeqData (1)
methylumi (0)
methyvimData (15)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (17)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (325)
minfiDataEPIC (60)
minionSummaryData (19)
miRcompData (27)
miRNATarget (18)
mitoODEdata (21)
MMAPPR2data (12)
MMDiffBamSubset (16)
MOFAdata (56)
mosaicsExample (25)
mouse4302barcodevecs (9)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (56)
MSBdata (1)
msd16s (20)
msdata (298)
MSMB (21)
MSnbase (0)
msPurityData (41)
msqc1 (11)
MSstatsBioData (25)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (30)
MTseekerData (14)
MUGAExampleData (13)
Mulder2012 (4)
multtest (1)
muscData (40)
mvoutData (15)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (1)
nanotubes (18)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (10)
NestLink (12)
netDx.examples (4)
Neve2006 (9)
neve2006 (0)
NGScopyData (49)
NOISeq (0)

O

oct4 (11)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (22)
OnassisJavaLibs (49)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (10)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (282)
pasilla (889)
pasillaBamSubset (197)
PasillaTranscriptExpr (35)
pathifier (0)
PathNetData (17)
pathprintGEOData (16)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (29)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (25)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (14)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (24)
pcxnData (24)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (17)
PepsNMRData (19)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (10)
phyloseq (0)
plasFIA (16)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (34)
prebsdata (15)
PREDAsampledata (36)
preprocessCore (1)
ProData (16)
pRolocdata (208)
prostateCancerCamcap (15)
prostateCancerGrasso (11)
prostateCancerStockholm (11)
prostateCancerTaylor (12)
prostateCancerVarambally (11)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (15)
pumadata (15)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (22)
PWMEnrich.Hsapiens.background (25)
PWMEnrich.Mmusculus.background (20)
pwrEWAS.data (32)

Q

QDNAseq.hg19 (65)
QDNAseq.mm10 (23)
qPLEXdata (16)
quantsmooth (0)
QUBICdata (27)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (42)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (25)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (19)
RegParallel (51)
ReportingTools (0)
restfulSEData (19)
rfcdmin (0)
RforProteomics (166)
RGMQLlib (25)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (10)
RIPSeekerData (14)
RITANdata (35)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (9)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (23)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (170)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (20)
RnaSeqSampleSizeData (53)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (152)
RnBeads.hg38 (105)
RnBeads.mm10 (86)
RnBeads.mm9 (15)
RnBeads.rn5 (11)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (9)
rRDPData (16)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (350)
RTCGA.CNV (43)
RTCGA.methylation (50)
RTCGA.miRNASeq (111)
RTCGA.mRNA (197)
RTCGA.mutations (96)
RTCGA.PANCAN12 (34)
RTCGA.rnaseq (179)
RTCGA.RPPA (39)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (37)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (15)
SBGNview.data (23)
SCATE (1)
SCATEData (2)
SCLCBam (20)
scRNAseq (946)
scTHI.data (9)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (38)
seqc (21)
seqCNA.annot (39)
seqLogo (0)
serumStimulation (14)
sesameData (364)
seventyGeneData (11)
shinyMethylData (25)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (27)
sigPathway (0)
simpIntLists (36)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (12)
SingleCellMultiModal (12)
SNAData (13)
snadata (0)
SNAGEEdata (25)
SNPhoodData (15)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (52)
spade (0)
spatialLIBD (20)
SPIA (0)
SpikeIn (27)
SpikeInSubset (107)
spliceR (0)
spqnData (9)
stemHypoxia (33)
stjudem (15)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (15)
synapterdata (83)
systemPipeRdata (148)

T

TabulaMurisData (21)
TargetScoreData (16)
TargetSearchData (16)
tartare (10)
TBX20BamSubset (29)
TCGAbiolinksGUI.data (139)
TCGAcrcmiRNA (11)
TCGAcrcmRNA (12)
TCGAMethylation450k (24)
tcgaWGBSData.hg19 (10)
TCGAWorkflowData (104)
TENxBrainData (81)
TENxBUSData (25)
TENxPBMCData (289)
TFBSTools (0)
timecoursedata (1)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (9)
tinesath1probe (9)
tissueTreg (17)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (1)
tofsimsData (16)
topdownrdata (16)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (138)
twilight (0)
tximportData (626)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (10)
vsn (0)
vulcandata (16)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (14)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (53)
WGSmapp (12)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (9)
XVector (1)

Y

yeastCC (56)
yeastExpData (86)
yeastGSData (9)
yeastNagalakshmi (34)
yeastRNASeq (49)
yri1kgv (20)
yriMulti (10)

Z

zebrafishRNASeq (146)
zlibbioc (1)