See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sat. 13 Jul 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 ALL (3378) 6 scRNAseq (1665) 11 TENxPBMCData (687)
2 TCGAbiolinksGUI.data (3297) 7 geneLenDataBase (1596) 12 GSVAdata (666)
3 celldex (3244) 8 pasilla (958) 13 depmap (665)
4 HSMMSingleCell (2760) 9 sesameData (855) 14 ChAMPdata (635)
5 airway (1958) 10 tximportData (817) 15 bcellViper (602)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (8)

adductData (80)

affycompData (66)

affydata (449)

Affyhgu133A2Expr (44)

Affyhgu133aExpr (78)

Affyhgu133Plus2Expr (63)

AffymetrixDataTestFiles (77)

Affymoe4302Expr (49)

Affymoe430Expr (0)

airway (1958)

ALL (3378)

allenpvc (1)

ALLMLL (149)

alpineData (14)

AmpAffyExample (45)

AneuFinderData (104)

antiProfilesData (75)

aracne.networks (52)

ARRmData (93)

AshkenazimSonChr21 (22)

ASICSdata (45)

AssessORFData (54)

B

bcellViper (602)

beadarrayExampleData (162)

BeadArrayUseCases (37)

BeadSorted.Saliva.EPIC (47)

benchmarkfdrData2019 (23)

beta7 (28)

BioImageDbs (24)

BioPlex (27)

biotmleData (53)

biscuiteerData (90)

bladderbatch (568)

blimaTestingData (38)

BloodCancerMultiOmics2017 (52)

bodymapRat (112)

brainImageRdata (2)

breakpointRdata (143)

breastCancerMAINZ (102)

breastCancerNKI (95)

breastCancerTRANSBIG (92)

breastCancerUNT (74)

breastCancerUPP (112)

breastCancerVDX (176)

brgedata (79)

bronchialIL13 (32)

bsseqData (109)

C

cancerdata (89)

CardinalWorkflows (81)

ccdata (118)

CCl4 (73)

ccTutorial (37)

celarefData (28)

celldex (3244)

CellMapperData (38)

ceu1kg (8)

ceu1kgv (7)

ceuhm3 (8)

cfToolsData (63)

cgdv17 (9)

ChAMPdata (635)

charmData (7)

cheung2010 (7)

ChIC.data (21)

ChimpHumanBrainData (25)

chipenrich.data (170)

ChIPexoQualExample (54)

chipseqDBData (37)

ChIPXpressData (131)

chromstaRData (110)

CLL (220)

CLLmethylation (22)

CluMSIDdata (50)

clustifyrdatahub (35)

cMap2data (173)

cnvGSAdata (37)

COHCAPanno (74)

colonCA (49)

CONFESSdata (41)

ConnectivityMap (46)

COPDSexualDimorphism.data (48)

CopyhelpeR (56)

CopyNeutralIMA (24)

CopyNumber450kData (6)

CoSIAdata (26)

COSMIC.67 (139)

CRCL18 (20)

crisprScoreData (168)

curatedAdipoArray (20)

curatedAdipoChIP (21)

curatedAdipoRNA (22)

curatedBladderData (61)

curatedBreastData (96)

curatedCRCData (34)

curatedMetagenomicData (296)

curatedOvarianData (204)

curatedPCaData (7)

curatedTBData (26)

curatedTCGAData (446)

CytoMethIC (7)

D

DAPARdata (152)

davidTiling (28)

depmap (665)

derfinderData (85)

DeSousa2013 (32)

DExMAdata (75)

diffloopdata (26)

diggitdata (36)

DLBCL (101)

DmelSGI (52)

DMRcatedata (254)

DNAZooData (42)

DonaPLLP2013 (33)

dorothea (584)

DREAM4 (9)

dressCheck (36)

DropletTestFiles (164)

DrugVsDiseasedata (149)

dsQTL (9)

DuoClustering2018 (91)

DvDdata (38)

dyebiasexamples (42)

E

easierData (172)

EatonEtAlChIPseq (40)

ecoliLeucine (47)

EGSEAdata (151)

ELMER.data (214)

emtdata (26)

ENCODEFig4Band4D (0)

encoDnaseI (6)

EpiMix.data (72)

epimutacionsData (83)

estrogen (86)

etec16s (21)

ewceData (190)

F

faahKO (304)

fabiaData (27)

facopy.annot (2)

facsDorit (8)

FANTOM3and4CAGE (43)

ffpeExampleData (48)

fibroEset (84)

FieldEffectCrc (20)

FIs (65)

fission (233)

Fletcher2013a (77)

Fletcher2013b (63)

flowFitExampleData (7)

flowPloidyData (51)

flowQBData (2)

FlowSorted.Blood.450k (321)

FlowSorted.Blood.EPIC (189)

FlowSorted.CordBlood.450k (44)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (47)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (29)

FlowSorted.DLPFC.450k (132)

flowWorkspaceData (166)

fourDNData (41)

frmaExampleData (52)

FunciSNP.data (8)

furrowSeg (25)

G

gageData (291)

gaschYHS (23)

gatingMLData (10)

gcspikelite (104)

gDNAinRNAseqData (53)

gDRtestData (53)

geneLenDataBase (1596)

genomationData (84)

GenomicDistributionsData (74)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)

GeuvadisTranscriptExpr (44)

geuvPack (3)

geuvStore (1)

geuvStore2 (3)

GGdata (10)

ggtut (6)

GIGSEAdata (17)

golubEsets (238)

gpaExample (34)

grndata (40)

GSBenchMark (70)

GSE103322 (37)

GSE13015 (32)

GSE159526 (19)

GSE62944 (64)

gskb (3)

GSVAdata (666)

GWASdata (84)

H

h5vcData (135)

hapmap100khind (28)

hapmap100kxba (51)

hapmap500knsp (35)

hapmap500ksty (44)

hapmapsnp5 (126)

hapmapsnp6 (157)

harbChIP (29)

HarmanData (42)

HarmonizedTCGAData (27)

HCAData (75)

HCATonsilData (31)

HD2013SGI (48)

HDCytoData (191)

healthyControlsPresenceChecker (17)

healthyFlowData (45)

HEEBOdata (39)

HelloRangesData (79)

hgu133abarcodevecs (20)

hgu133plus2barcodevecs (19)

hgu133plus2CellScore (35)

hgu2beta7 (19)

HiBED (14)

HiCDataHumanIMR90 (51)

HiCDataLymphoblast (41)

HiContactsData (102)

HighlyReplicatedRNASeq (20)

Hiiragi2013 (107)

HIVcDNAvantWout03 (21)

HMP16SData (38)

HMP2Data (40)

hmyriB36 (8)

homosapienDEE2CellScore (4)

HSMMSingleCell (2760)

HumanAffyData (35)

humanStemCell (139)

I

IHWpaper (36)

Illumina450ProbeVariants.db (546)

IlluminaDataTestFiles (92)

imcdatasets (68)

ind1KG (6)

iontreeData (6)

ITALICSData (56)

Iyer517 (23)

J

JASPAR2014 (92)

JASPAR2016 (166)

JctSeqData (4)

JohnsonKinaseData (6)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (96)

KEGGdzPathwaysGEO (307)

kidpack (26)

KOdata (99)

L

leeBamViews (64)

leukemiasEset (142)

LiebermanAidenHiC2009 (26)

ListerEtAlBSseq (27)

LRcellTypeMarkers (41)

lumiBarnes (56)

LungCancerACvsSCCGEO (67)

LungCancerLines (72)

lungExpression (66)

lydata (152)

lymphoma (0)

M

M3DExampleData (85)

macrophage (272)

MACSdata (39)

mammaPrintData (33)

mAPKLData (15)

maqcExpression4plex (50)

MAQCsubset (46)

MAQCsubsetAFX (9)

MAQCsubsetILM (18)

marinerData (47)

mCSEAdata (125)

mcsurvdata (22)

MEALData (2)

MEDIPSData (69)

MEEBOdata (40)

MerfishData (33)

MetaGxBreast (31)

MetaGxOvarian (28)

MetaGxPancreas (26)

metaMSdata (87)

MetaScope (23)

MethylAidData (61)

methylclockData (169)

MethylSeqData (20)

methyvimData (3)

MicrobiomeBenchmarkData (35)

microbiomeDataSets (153)

microRNAome (26)

MIGSAdata (9)

minfiData (462)

minfiDataEPIC (107)

minionSummaryData (50)

miRcompData (65)

miRNATarget (63)

mitoODEdata (6)

MMAPPR2data (36)

MMDiffBamSubset (46)

MOFAdata (169)

mosaicsExample (85)

mouse4302barcodevecs (20)

MouseAgingData (6)

MouseGastrulationData (155)

MouseThymusAgeing (63)

MSBdata (3)

msd16s (42)

msdata (540)

msigdb (560)

MSMB (69)

msPurityData (50)

msqc1 (21)

MSstatsBioData (3)

mtbls2 (66)

MTseekerData (2)

MUGAExampleData (37)

Mulder2012 (8)

muleaData (6)

multiWGCNAdata (14)

muscData (161)

mvoutData (44)

N

NanoporeRNASeq (53)

nanotubes (30)

NCIgraphData (24)

NestLink (25)

NetActivityData (51)

netDx.examples (0)

Neve2006 (35)

NGScopyData (52)

nullrangesData (179)

NxtIRFdata (94)

O

ObMiTi (19)

oct4 (38)

octad.db (56)

OMICsPCAdata (81)

OnassisJavaLibs (34)

optimalFlowData (70)

orthosData (64)

P

parathyroid (4)

parathyroidSE (313)

pasilla (958)

pasillaBamSubset (321)

PasillaTranscriptExpr (50)

PathNetData (41)

pathprintGEOData (3)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (8)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (7)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (8)

PCHiCdata (56)

pcxnData (59)

pd.atdschip.tiling (32)

pepDat (42)

PepsNMRData (46)

PGPC (3)

PhyloProfileData (21)

plasFIA (5)

plotgardenerData (88)

ppiData (10)

prebsdata (56)

preciseTADhub (19)

PREDAsampledata (60)

ProData (27)

pRolocdata (238)

prostateCancerCamcap (25)

prostateCancerGrasso (25)

prostateCancerStockholm (19)

prostateCancerTaylor (22)

prostateCancerVarambally (20)

ptairData (56)

PtH2O2lipids (45)

pumadata (52)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (40)

PWMEnrich.Hsapiens.background (44)

PWMEnrich.Mmusculus.background (37)

pwrEWAS.data (22)

Q

QDNAseq.hg19 (140)

QDNAseq.mm10 (71)

qPLEXdata (43)

QUBICdata (41)

R

raerdata (33)

rcellminerData (78)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (77)

ReactomeGSA.data (74)

RegParallel (75)

restfulSEData (64)

rfcdmin (2)

RforProteomics (136)

RGMQLlib (51)

rheumaticConditionWOLLBOLD (27)

RIPSeekerData (11)

RITANdata (63)

RLHub (23)

RMassBankData (54)

RNAinteractMAPK (29)

RNAmodR.Data (71)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (318)

RNASeqDataSubset (1)

RNASeqRData (4)

RnaSeqSampleSizeData (103)

RnaSeqTutorial (9)

RnBeads.hg19 (185)

RnBeads.hg38 (107)

RnBeads.mm10 (74)

RnBeads.mm9 (86)

RnBeads.rn5 (28)

RRBSdata (32)

rRDPData (42)

RTCGA.clinical (285)

RTCGA.CNV (63)

RTCGA.methylation (59)

RTCGA.miRNASeq (115)

RTCGA.mRNA (179)

RTCGA.mutations (85)

RTCGA.PANCAN12 (120)

RTCGA.rnaseq (131)

RTCGA.RPPA (56)

RUVnormalizeData (68)

S

sampleClassifierData (39)

SBGNview.data (185)

scaeData (7)

scanMiRData (64)

scATAC.Explorer (22)

SCATEData (73)

SCLCBam (35)

scMultiome (57)

scpdata (63)

scRNAseq (1665)

scTHI.data (39)

seq2pathway.data (125)

seqc (30)

seqCNA.annot (50)

serumStimulation (21)

sesameData (855)

seventyGeneData (33)

SFEData (100)

shinyMethylData (58)

signatureSearchData (195)

SimBenchData (25)

simpIntLists (88)

Single.mTEC.Transcriptomes (24)

SingleCellMultiModal (91)

SingleMoleculeFootprintingData (42)

smokingMouse (34)

SNAData (26)

SNAGEEdata (60)

SNPhoodData (39)

SomatiCAData (22)

SomaticCancerAlterations (77)

SpatialDatasets (17)

spatialDmelxsim (18)

spatialLIBD (274)

SpikeIn (59)

SpikeInSubset (116)

spqnData (36)

stemHypoxia (70)

STexampleData (267)

stjudem (33)

SubcellularSpatialData (14)

SVM2CRMdata (26)

synapterdata (68)

systemPipeRdata (210)

T

TabulaMurisData (62)

TabulaMurisSenisData (75)

TargetScoreData (45)

TargetSearchData (52)

tartare (76)

TBX20BamSubset (89)

TCGAbiolinksGUI.data (3297)

TCGAcrcmiRNA (20)

TCGAcrcmRNA (27)

TCGAMethylation450k (66)

tcgaWGBSData.hg19 (3)

TCGAWorkflowData (98)

TENxBrainData (108)

TENxBUSData (47)

TENxPBMCData (687)

TENxVisiumData (82)

TENxXeniumData (7)

timecoursedata (150)

TimerQuant (20)

tinesath1cdf (28)

tinesath1probe (23)

tissueTreg (48)

TMExplorer (32)

tofsimsData (19)

topdownrdata (45)

TransOmicsData (5)

tuberculosis (19)

TumourMethData (25)

tweeDEseqCountData (195)

tximportData (817)

V

VariantToolsData (24)

VectraPolarisData (24)

vulcandata (58)

W

waveTilingData (8)

WeberDivechaLCdata (48)

WES.1KG.WUGSC (49)

WGSmapp (48)

X

xcoredata (35)

XhybCasneuf (23)

Y

yeastCC (101)

yeastExpData (140)

yeastGSData (20)

yeastNagalakshmi (78)

yeastRNASeq (78)

yri1kgv (8)

yriMulti (4)

Z

zebrafishRNASeq (208)