See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Thu. 07 Aug 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4702) 6 airway (1831) 11 ChAMPdata (778)
2 celldex (4007) 7 scRNAseq (1583) 12 bcellViper (724)
3 ALL (3272) 8 pasilla (954) 13 msigdb (720)
4 HSMMSingleCell (3114) 9 sesameData (852) 14 GSVAdata (706)
5 geneLenDataBase (2110) 10 tximportData (837) 15 dorothea (689)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (29)

adductData (94)

affycompData (134)

affydata (465)

Affyhgu133A2Expr (116)

Affyhgu133aExpr (128)

Affyhgu133Plus2Expr (161)

AffymetrixDataTestFiles (191)

Affymoe4302Expr (131)

Affymoe430Expr (0)

airway (1831)

ALL (3272)

allenpvc (2)

ALLMLL (265)

alpineData (11)

AmpAffyExample (143)

AneuFinderData (142)

antiProfilesData (128)

aracne.networks (124)

ARRmData (124)

AshkenazimSonChr21 (99)

ASICSdata (103)

AssessORFData (121)

B

bcellViper (724)

beadarrayExampleData (211)

BeadArrayUseCases (135)

BeadSorted.Saliva.EPIC (115)

benchmarkfdrData2019 (64)

beta7 (143)

BioImageDbs (91)

BioPlex (75)

biotmleData (109)

biscuiteerData (97)

bladderbatch (455)

blimaTestingData (113)

BloodCancerMultiOmics2017 (138)

bodymapRat (105)

brainImageRdata (5)

breakpointRdata (127)

breastCancerMAINZ (182)

breastCancerNKI (171)

breastCancerTRANSBIG (178)

breastCancerUNT (160)

breastCancerUPP (165)

breastCancerVDX (216)

brgedata (129)

bronchialIL13 (139)

bsseqData (166)

bugphyzz (53)

C

cancerdata (148)

CardinalWorkflows (143)

ccdata (152)

CCl4 (157)

ccTutorial (66)

celarefData (73)

celldex (4007)

CellMapperData (85)

ceu1kg (53)

ceu1kgv (35)

ceuhm3 (51)

cfToolsData (83)

cgdv17 (42)

ChAMPdata (778)

charmData (48)

cheung2010 (47)

ChIC.data (17)

ChimpHumanBrainData (116)

chipenrich.data (160)

ChIPexoQualExample (98)

chipseqDBData (89)

ChIPXpressData (149)

chromstaRData (122)

CLL (272)

CLLmethylation (76)

CluMSIDdata (95)

clustifyrdatahub (81)

cMap2data (144)

cnvGSAdata (119)

COHCAPanno (106)

colonCA (126)

CONFESSdata (91)

ConnectivityMap (138)

COPDSexualDimorphism.data (133)

CopyhelpeR (120)

CopyNeutralIMA (79)

CopyNumber450kData (22)

CoSIAdata (57)

COSMIC.67 (135)

CRCL18 (98)

crisprScoreData (153)

curatedAdipoArray (73)

curatedAdipoChIP (74)

curatedAdipoRNA (82)

curatedBladderData (151)

curatedBreastData (133)

curatedCRCData (44)

curatedMetagenomicData (371)

curatedOvarianData (232)

curatedPCaData (69)

curatedTBData (74)

curatedTCGAData (338)

CytoMethIC (76)

D

DAPARdata (165)

davidTiling (137)

depmap (541)

derfinderData (145)

DeSousa2013 (129)

DExMAdata (93)

diffloopdata (91)

diggitdata (110)

DLBCL (178)

DmelSGI (57)

DMRcatedata (323)

DNAZooData (84)

DonaPLLP2013 (115)

dorothea (689)

DREAM4 (42)

dressCheck (147)

DropletTestFiles (184)

DrugVsDiseasedata (126)

dsQTL (43)

DuoClustering2018 (126)

DvDdata (115)

dyebiasexamples (137)

E

easierData (123)

EatonEtAlChIPseq (130)

ecoliLeucine (145)

EGSEAdata (224)

ELMER.data (233)

emtdata (73)

ENCODEFig4Band4D (3)

encoDnaseI (49)

eoPredData (52)

EpiMix.data (94)

epimutacionsData (95)

EpipwR.data (61)

estrogen (191)

etec16s (76)

ewceData (233)

F

faahKO (353)

fabiaData (117)

facopy.annot (23)

facsDorit (60)

FANTOM3and4CAGE (124)

ffpeExampleData (125)

fibroEset (178)

FieldEffectCrc (72)

FIs (102)

fission (237)

Fletcher2013a (132)

Fletcher2013b (149)

flowFitExampleData (32)

flowPloidyData (96)

flowQBData (8)

FlowSorted.Blood.450k (339)

FlowSorted.Blood.EPIC (267)

FlowSorted.CordBlood.450k (109)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (108)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (91)

FlowSorted.DLPFC.450k (129)

flowWorkspaceData (234)

fourDNData (84)

frmaExampleData (139)

FunciSNP.data (43)

furrowSeg (100)

G

gageData (315)

gaschYHS (134)

gatingMLData (60)

gcspikelite (164)

gDNAinRNAseqData (78)

gDRtestData (84)

geneLenDataBase (2110)

genomationData (153)

GenomicDistributionsData (97)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (7)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (6)

GeuvadisTranscriptExpr (107)

geuvPack (23)

geuvStore (12)

geuvStore2 (13)

GGdata (62)

ggtut (39)

GIGSEAdata (83)

golubEsets (317)

gpaExample (83)

grndata (135)

GSBenchMark (141)

GSE103322 (73)

GSE13015 (73)

GSE159526 (71)

GSE62944 (102)

gskb (22)

GSVAdata (706)

GWASdata (155)

H

h5vcData (183)

hapmap100khind (145)

hapmap100kxba (182)

hapmap500knsp (137)

hapmap500ksty (141)

hapmapsnp5 (207)

hapmapsnp6 (228)

harbChIP (142)

HarmanData (97)

HarmonizedTCGAData (76)

HCAData (129)

HCATonsilData (92)

HD2013SGI (133)

HDCytoData (239)

healthyControlsPresenceChecker (67)

healthyFlowData (114)

HEEBOdata (137)

HelloRangesData (111)

hgu133abarcodevecs (95)

hgu133plus2barcodevecs (108)

hgu133plus2CellScore (107)

hgu2beta7 (120)

HiBED (68)

HiCDataHumanIMR90 (134)

HiCDataLymphoblast (110)

HiContactsData (120)

HighlyReplicatedRNASeq (72)

Hiiragi2013 (164)

HIVcDNAvantWout03 (118)

HMP16SData (106)

HMP2Data (95)

hmyriB36 (56)

homosapienDEE2CellScore (64)

HSMMSingleCell (3114)

HumanAffyData (82)

humanHippocampus2024 (46)

humanStemCell (231)

I

IHWpaper (102)

Illumina450ProbeVariants.db (639)

IlluminaDataTestFiles (161)

imcdatasets (133)

ind1KG (46)

iontreeData (35)

ITALICSData (146)

Iyer517 (111)

J

JASPAR2014 (173)

JASPAR2016 (178)

JctSeqData (13)

JohnsonKinaseData (65)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (141)

KEGGdzPathwaysGEO (328)

kidpack (137)

KOdata (114)

L

leeBamViews (153)

LegATo (52)

leukemiasEset (174)

LiebermanAidenHiC2009 (118)

ListerEtAlBSseq (107)

LRcellTypeMarkers (75)

lumiBarnes (148)

LungCancerACvsSCCGEO (127)

LungCancerLines (129)

lungExpression (154)

lydata (126)

lymphoma (3)

M

M3DExampleData (160)

macrophage (288)

MACSdata (79)

mammaPrintData (140)

mAPKLData (35)

maqcExpression4plex (161)

MAQCsubset (149)

MAQCsubsetAFX (59)

MAQCsubsetILM (65)

marinerData (75)

mCSEAdata (134)

mcsurvdata (75)

MEALData (16)

MEDIPSData (141)

MEEBOdata (139)

MerfishData (116)

MetaGxBreast (86)

MetaGxOvarian (67)

MetaGxPancreas (68)

metaMSdata (193)

MetaScope (69)

MethylAidData (110)

methylclockData (199)

MethylSeqData (72)

methyvimData (8)

MicrobiomeBenchmarkData (86)

microbiomeDataSets (180)

microRNAome (86)

MIGSAdata (19)

minfiData (520)

minfiDataEPIC (167)

minionSummaryData (118)

miRcompData (109)

miRNATarget (144)

mitoODEdata (30)

MMAPPR2data (13)

MMDiffBamSubset (115)

MOFAdata (219)

mosaicsExample (170)

mouse4302barcodevecs (98)

MouseAgingData (67)

MouseGastrulationData (185)

MouseThymusAgeing (90)

MSBdata (23)

msd16s (111)

msdata (609)

msigdb (720)

MSMB (119)

msPurityData (106)

msqc1 (89)

MSstatsBioData (11)

mtbls2 (168)

MTseekerData (7)

MUGAExampleData (97)

Mulder2012 (40)

muleaData (68)

multiWGCNAdata (74)

muscData (181)

muSpaData (30)

mvoutData (136)

N

NanoporeRNASeq (102)

nanotubes (90)

NCIgraphData (117)

NestLink (83)

NetActivityData (87)

netDx.examples (0)

Neve2006 (153)

NGScopyData (110)

nullrangesData (141)

NxtIRFdata (134)

O

ObMiTi (71)

oct4 (87)

octad.db (84)

OMICsPCAdata (98)

OnassisJavaLibs (96)

optimalFlowData (97)

orthosData (102)

P

parathyroid (18)

parathyroidSE (285)

pasilla (954)

pasillaBamSubset (419)

PasillaTranscriptExpr (103)

PathNetData (114)

pathprintGEOData (11)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (44)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (45)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (43)

PCHiCdata (108)

pcxnData (24)

pd.atdschip.tiling (121)

pepDat (111)

PepsNMRData (107)

PGPC (7)

PhyloProfileData (73)

plasFIA (18)

plotgardenerData (112)

ppiData (68)

prebsdata (129)

preciseTADhub (69)

PREDAsampledata (132)

ProData (140)

pRolocdata (275)

prostateCancerCamcap (108)

prostateCancerGrasso (108)

prostateCancerStockholm (89)

prostateCancerTaylor (93)

prostateCancerVarambally (89)

ProteinGymR (54)

ptairData (99)

PtH2O2lipids (103)

pumadata (146)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (131)

PWMEnrich.Hsapiens.background (126)

PWMEnrich.Mmusculus.background (115)

pwrEWAS.data (16)

Q

QDNAseq.hg19 (192)

QDNAseq.mm10 (118)

qPLEXdata (89)

QUBICdata (92)

R

raerdata (74)

rcellminerData (152)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (193)

ReactomeGSA.data (123)

RegParallel (106)

restfulSEData (71)

rfcdmin (24)

RforProteomics (193)

RGMQLlib (93)

rheumaticConditionWOLLBOLD (120)

RIPSeekerData (39)

RITANdata (107)

RLHub (11)

RMassBankData (139)

RNAinteractMAPK (75)

RNAmodR.Data (83)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (7)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (499)

RNASeqDataSubset (6)

RNASeqRData (13)

RnaSeqSampleSizeData (146)

RnaSeqTutorial (40)

RnBeads.hg19 (204)

RnBeads.hg38 (247)

RnBeads.mm10 (153)

RnBeads.mm9 (151)

RnBeads.rn5 (118)

RRBSdata (108)

rRDPData (123)

RTCGA.clinical (288)

RTCGA.CNV (114)

RTCGA.methylation (110)

RTCGA.miRNASeq (146)

RTCGA.mRNA (199)

RTCGA.mutations (154)

RTCGA.PANCAN12 (114)

RTCGA.rnaseq (206)

RTCGA.RPPA (105)

RUVnormalizeData (123)

S

sampleClassifierData (93)

SBGNview.data (163)

scaeData (73)

scanMiRData (89)

scATAC.Explorer (72)

SCATEData (11)

SCLCBam (112)

scMultiome (97)

scpdata (75)

scRNAseq (1583)

scTHI.data (95)

seq2pathway.data (172)

seqc (129)

seqCNA.annot (42)

serumStimulation (112)

sesameData (852)

seventyGeneData (131)

SFEData (173)

shinyMethylData (132)

signatureSearchData (150)

SimBenchData (73)

simpIntLists (141)

Single.mTEC.Transcriptomes (107)

SingleCellMultiModal (113)

SingleMoleculeFootprintingData (76)

smokingMouse (69)

SNAData (112)

SNAGEEdata (139)

SNPhoodData (105)

SomatiCAData (120)

SomaticCancerAlterations (134)

SpatialDatasets (98)

spatialDmelxsim (68)

spatialLIBD (310)

SpikeIn (167)

SpikeInSubset (225)

spqnData (85)

stemHypoxia (128)

STexampleData (314)

stjudem (71)

SubcellularSpatialData (87)

SVM2CRMdata (96)

synapterdata (124)

systemPipeRdata (276)

T

TabulaMurisData (112)

TabulaMurisSenisData (120)

TargetScoreData (119)

TargetSearchData (135)

tartare (94)

TBX20BamSubset (148)

TCGAbiolinksGUI.data (4702)

TCGAcrcmiRNA (88)

TCGAcrcmRNA (108)

TCGAMethylation450k (144)

tcgaWGBSData.hg19 (6)

TCGAWorkflowData (137)

TENET.ExperimentHub (28)

TENxBrainData (158)

TENxBUSData (81)

TENxPBMCData (561)

TENxVisiumData (115)

TENxXeniumData (73)

timecoursedata (183)

TimerQuant (94)

tinesath1cdf (127)

tinesath1probe (128)

tissueTreg (95)

TMExplorer (76)

tofsimsData (87)

topdownrdata (104)

TransOmicsData (64)

tuberculosis (68)

TumourMethData (73)

tweeDEseqCountData (202)

tximportData (837)

V

VariantToolsData (93)

VectraPolarisData (77)

vulcandata (102)

W

waveTilingData (44)

WeberDivechaLCdata (77)

WES.1KG.WUGSC (125)

WGSmapp (109)

X

xcoredata (80)

XhybCasneuf (131)

Y

yeastCC (165)

yeastExpData (211)

yeastGSData (117)

yeastNagalakshmi (156)

yeastRNASeq (172)

yri1kgv (40)

yriMulti (12)

Z

zebrafishRNASeq (212)