See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2023-09-10 06:15:52 -0400 (Sun, 10 Sep 2023).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3115)
2TCGAbiolinksGUI.data (2712)
3celldex (2455)
4HSMMSingleCell (2451)
5airway (1812)
6scRNAseq (1503)
7geneLenDataBase (1366)
8pasilla (850)
9tximportData (742)
10bladderbatch (602)
11ChAMPdata (586)
12sesameData (511)
13Illumina450ProbeVariants.db (508)
14GSVAdata (492)
15TENxPBMCData (475)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (11)
abind (1)
acepack (1)
adabag (1)
adductData (41)
ade4 (1)
adegenet (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (20)
AER (1)
affxparser (1)
affy (1)
affycompData (31)
affycoretools (1)
affydata (353)
Affyhgu133A2Expr (31)
Affyhgu133aExpr (36)
Affyhgu133Plus2Expr (47)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (81)
Affymoe4302Expr (33)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (0)
AGHmatrix (1)
AgiMicroRna (1)
agricolae (4)
AIMS (0)
airway (1812)
akima (1)
ald (1)
ALDEx2 (1)
aldvmm (1)
alembic (1)
alkahest.generic (1)
ALL (3115)
all (0)
allenpvc (1)
ALLMLL (122)
almanac (1)
alphashape3d (1)
alpineData (30)
amap (1)
AMARETTO (1)
Amelia (1)
amgen.okta.client (0)
AmpAffyExample (26)
ANCOMBC (1)
AneuFinderData (74)
animation (1)
annaffy (1)
anndata (1)
annotate (2)
AnnotationDbi (10)
AnnotationFilter (1)
AnnotationForge (1)
AnnotationHub (2)
anRichment (1)
antiProfilesData (65)
AnVIL (1)
anytime (2)
apcluster (1)
ape (8)
apeglm (1)
apexcharter (1)
aplot (10)
aqp (1)
aracne.networks (51)
ArchR (1)
argparse (6)
argus.DS.Credentials (1)
argusDS.backtesting.engine (1)
argusDS.data.preparation (1)
argusDS.data.preparation2 (1)
argusDS.DB.manager.utilities (1)
argusDS.driver.importance (1)
argusDS.gamlss.forecast (1)
argusDS.gamlss.modelling (1)
argusDS.gamlss.testing (1)
argusDS.gamlss.utils (1)
argusDS.shiny.utils (1)
argusDS.spread.trading.utils (1)
argusDS.Studio.MyStudio (1)
argusDS.Studio.utils (1)
argusDS.trading.performance (1)
arm (1)
aroma.affymetrix (5)
aroma.apd (6)
aroma.core (6)
aroma.light (0)
arrayhelpers (1)
arrayop (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (47)
arrow (8)
arsenal (1)
arules (19)
ArvadosR (1)
ascii (1)
asciicast (1)
ASExtras4 (1)
ash (4)
AshkenazimSonChr21 (15)
ashr (1)
asht (1)
ASICSdata (32)
AsioHeaders (2)
askpass (1)
asremlPlus (1)
assert (1)
assertive.code (1)
assertive.properties (1)
assertr (1)
assertthat (1)
AssessORFData (28)
ASSET (1)
AssotesteR (1)
ATE (1)
attachment (1)
AUCell (1)
av (1)
aws (1)
aws.s3 (4)
aws.signature (4)
Azimuth (1)

B

babelgene (1)
babelmixr2 (1)
babelwhale (1)
backbone (1)
backports (57)
BADER (0)
badger (1)
baguette (1)
BalancedSampling (1)
ballgown (1)
bambu (1)
BART (1)
base64enc (1)
base64url (1)
BASiCS (1)
basilisk (1)
basilisk.utils (1)
batchelor (1)
BatchJobs (1)
batchtools (1)
BayesFactor (1)
bayesmeta (1)
bayesplot (6)
bayestestR (1)
baySeq (3)
BB (1)
BBmisc (1)
bbmle (1)
bbr (1)
bcellViper (449)
bdsmatrix (1)
beachmat (2)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (55)
BeadArrayUseCases (24)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (15)
beanplot (1)
beeswarm (1)
bench (1)
benchmarkfdrData2019 (17)
benchmarkme (1)
BentoBoxData (0)
beta7 (18)
betareg (1)
bezier (1)
BGLR (1)
BH (67)
BiasedUrn (7)
bibtex (1)
biclust (1)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (1)
biglm (1)
bigmemory (1)
bigparallelr (1)
bigreadr (1)
bigrquery (8)
bigsnpr (1)
bigsparser (1)
bigstatsr (1)
bigutils (1)
bigutilsr (1)
billboarder (1)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binom (1)
binr (1)
bio3d (1)
biobank (1)
Biobase (4)
bioc::GenomeInfoDbData (1)
BiocCheck (1)
BiocFileCache (2)
BiocGenerics (10)
BiocInstaller (0)
BiocIO (1)
BiocManager (83)
BiocNeighbors (1)
Bioconductor (1)
BiocParallel (12)
BiocSingular (2)
BiocStyle (1)
BiocVersion (19)
biocViews (1)
BioImageDbs (19)
biomaRt (2)
biomartr (1)
biomformat (1)
BioPlex (21)
biostatR (1)
biostatUtil (1)
Biostrings (9)
biotmleData (39)
BioVersion (1)
biovizBase (1)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (43)
bit (25)
bit64 (4)
bitops (3)
bizdays (1)
bladderbatch (602)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blimaTestingData (29)
blme (5)
blob (68)
blockcluster (1)
blogdown (1)
BloodCancerMultiOmics2017 (38)
bluster (1)
BMA (1)
bnlearn (1)
bodymapRat (27)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (19)
boot (23)
bootstrap (1)
botor (1)
box (2)
bpcp (1)
brainImageRdata (2)
brave (1)
breakpointRdata (94)
breastCancerMAINZ (91)
breastCancerMKI (1)
breastCancerNKI (75)
breastCancerTRANSBIG (67)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (51)
breastCancerUPP (69)
breastCancerVDX (113)
brew (45)
brgedata (40)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (1)
brickster (1)
bridgesampling (1)
brio (2)
brms (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
bronchialIL13 (14)
broom (71)
broom.helpers (2)
broom.mixed (1)
bs4Dash (1)
BSgenome (1)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (1)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (1)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (1)
bslib (79)
bsplus (1)
bsseqData (66)
btergm (1)
bumphunter (1)
butcher (1)
bvls (1)

C

C50 (1)
ca (2)
cache (1)
cachem (87)
Cairo (10)
callr (61)
callthat (1)
CAM (1)
CAMERA (1)
campsismod (1)
cancerdata (32)
candisc (1)
car (48)
carData (1)
CardinalWorkflows (45)
caret (44)
castor (1)
CATALYST (1)
Category (1)
caTools (1)
CATT (1)
cba (1)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (66)
ccdrAlgorithm (1)
CCl4 (42)
ccTutorial (17)
cdip.datastore (1)
celarefData (23)
celda (1)
celldex (2455)
CellMapperData (26)
cellranger (1)
cem (1)
CeTF (1)
ceu1kg (2)
ceu1kgv (1)
ceuhm3 (2)
cgdsr (1)
cgdv17 (3)
CGHbase (1)
cghMCR (0)
ChAMP (1)
ChAMPdata (586)
champdata (1)
changepoint (1)
charmData (2)
checkmate (18)
ChemmineOB (1)
ChemmineR (1)
cheung2010 (1)
ChIC.data (35)
chimera (0)
chimeraviz (1)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (81)
ChIPexoQualExample (28)
ChIPQC (0)
ChIPseeker (1)
chipseq (0)
chipseqDBData (29)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (49)
chk (1)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromote (2)
chromstaRData (75)
chromVAR (1)
chron (1)
cicero (1)
circlesize (1)
circlize (2)
cisPath (0)
CiteFuse (1)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (61)
classInt (13)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
cli (101)
clinfun (1)
ClinicalQc (1)
clinPK (1)
ClinViz (1)
clippda (0)
clipper (0)
clipr (30)
clisymbols (1)
CLL (210)
CLLmethylation (15)
clock (16)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clue (9)
CluMSIDdata (34)
cluster (57)
clusterCrit (1)
clusterGeneration (1)
clustermq (1)
clusterprofielr (1)
clusterProfiler (2)
ClusterR (1)
clusterSim (1)
clusterStab (0)
clusthaplo (1)
clustifyrdatahub (26)
clustree (1)
clValid (1)
CMA (0)
cMap2data (48)
cmdstanr (1)
CMplot (1)
cmprsk (1)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (1)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (23)
cnvgsadata (1)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobalt (1)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
coda (1)
codelink (0)
codetools (32)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
cogeqc (1)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (55)
coin (1)
collapse (1)
collections (1)
coloc (8)
colonCA (45)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (5)
colorspace (42)
colourpicker (1)
colourvalues (1)
coMET (0)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (80)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (7)
complexheatmap (1)
compositions (2)
CompQuadForm (1)
condiments (1)
CONFESSdata (24)
config (1)
confintr (1)
conflicted (6)
ConnectivityMap (22)
connectwidgets (1)
conquer (2)
ConsensusClusterPlus (0)
consort (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (43)
copula (1)
CopyhelpeR (55)
CopyNeutralIMA (16)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
coro (1)
corpcor (1)
CORREP (0)
corrplot (2)
corrr (1)
CoSIAdata (10)
COSMIC.67 (53)
cosmiq (0)
cosmosR (1)
COSNet (0)
countrycode (4)
covr (50)
covRNA (1)
cowplot (2)
coxphf (1)
cplm (1)
cpp11 (64)
cpvSNP (0)
cqn (0)
crayon (65)
CRCL18 (13)
creatr (1)
credentials (2)
crew (1)
CRImage (0)
CRISPR.shinyapp (1)
crisprScoreData (92)
crlmm (0)
crossmatch (1)
crosstalk (54)
crrri (1)
crrry (1)
crul (4)
csaw (0)
CSSP (0)
csv (1)
ctc (0)
cubature (1)
cubelyr (1)
Cubist (1)
cummeRbund (1)
curatedAdipoArray (15)
curatedAdipoChIP (15)
curatedAdipoRNA (15)
curatedBladderData (28)
curatedBreastData (32)
curatedCRCData (22)
curatedMetagenomicData (282)
curatedOvarianData (58)
curatedTBData (19)
curatedTCGAData (276)
curl (115)
customProDB (0)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (1)
cycle (0)
cyclocomp (1)
cytofkit (0)
cytolib (1)
CytoTRACE (1)

D

D2C (1)
d3r (1)
dada2 (1)
dae (1)
dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (106)
DART (0)
DASiR (0)
data.table (64)
data.tree (1)
DataEditR (1)
datamods (1)
DataOmnio (1)
datapipeline (1)
datawizard (2)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (17)
dbarts (1)
DBChIP (0)
DBI (20)
DBItest (1)
dbplyr (60)
dbscan (2)
ddalpha (1)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (1)
DeconRNASeq (1)
decontam (1)
decor (1)
decoupleR (1)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (1)
DelayedArray (3)
DelayedMatrixStats (7)
deldir (24)
dendextend (46)
dendsort (1)
densEstBayes (2)
densityClust (1)
densvis (1)
DEoptim (1)
DEoptimR (8)
DEP (1)
depmap (404)
derfinder (1)
derfinderData (49)
derfinderHelper (1)
Deriv (1)
desc (60)
descr (1)
DescTools (2)
DESeq (1)
DESeq2 (2)
DEsingle (1)
deSolve (40)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
devtools (44)
DExMAdata (39)
DEXSeq (1)
dexus (0)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (0)
DHARMa (1)
DiagrammeR (2)
dials (6)
DiceDesign (1)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (2)
DiffBind (1)
diffdf (1)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloop (1)
diffloopdata (20)
diffobj (8)
digest (127)
diggit (0)
diggitdata (26)
dimRed (1)
diptest (1)
directlabels (1)
DirichletMultinomial (1)
disk.frame (1)
distances (1)
distill (1)
distr (1)
distributional (6)
dittodb (1)
dittoSeq (1)
dks (0)
DLBCL (97)
dlstats (1)
dm (1)
DmelSGI (29)
DMRcaller (0)
DMRcate (1)
DMRcatedata (202)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
DNAZooData (12)
DO.db (1)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (4)
DoEstRare (1)
doFuture (1)
domainsignatures (0)
doMC (1)
DonaPLLP2013 (14)
donapllp2013 (0)
doParallel (24)
DOQTL (0)
doRNG (1)
dorothea (393)
DOSE (2)
Dose (1)
DoseFinding (1)
doSNOW (1)
dotCall64 (1)
downlit (8)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
dplyr (139)
dqrng (6)
drake (1)
drat (1)
drc (1)
dream (1)
DREAM4 (5)
dreamerr (1)
dressCheck (16)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (207)
DropletUtils (1)
DRR (1)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (46)
dspNgs (1)
dsQTL (2)
DSS (0)
DT (85)
DTA (0)
dtplyr (41)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (0)
duckdb (1)
DuoClustering2018 (68)
DupChecker (0)
dupRadar (1)
DvDdata (14)
dyebias (0)
dyebiasexamples (24)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1)
dynfeature (1)
dynplot (1)
dynwrap (1)

E

e1071 (15)
earth (1)
easierData (91)
easyENTIM (1)
EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (1)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
echarts4r (3)
ecodist (1)
ecoliLeucine (33)
ecolitk (0)
ECOSolveR (1)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (8)
effectsize (1)
egg (4)
EGSEAdata (148)
eha (1)
eisa (0)
elasticsearchr (1)
ELBOW (0)
ellipse (40)
ellipsis (6)
ELMER (0)
ELMER.data (200)
emayili (1)
embed (1)
emdbook (2)
EMDomics (0)
emmeans (47)
EMMREML (1)
emtdata (19)
enc (1)
ENCODEFig4Band4D (1)
encoDnaseI (2)
encodnasei (0)
encryptr (1)
engitomixmk2 (1)
english (1)
EnhancedVolcano (1)
enhancedvolcano (1)
EnrichedHeatmap (0)
enrichplot (2)
enrichR (1)
EnsDb.Hsapiens.v75 (1)
EnsDb.Hsapiens.v86 (1)
ensembldb (1)
ensemblVEP (0)
entropy (1)
ENVISIONQuery (0)
EnvStats (1)
Epi (1)
epigenomix (0)
EpiMix.data (30)
epimutacionsData (45)
epiR (2)
EpiStats (1)
epitools (1)
erccdashboard (0)
ergm (1)
erma (0)
escape (1)
ESNSTCC (0)
esquisse (1)
estimability (6)
estrogen (75)
etec16s (21)
eudysbiome (0)
europepmc (1)
evaluate (120)
evd (1)
ewceData (118)
Exact (1)
exactRankTests (1)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
ExomeDepth (1)
ExperimentHub (1)
explorase (0)
explore (1)
ExploreModelMatrix (1)
expm (1)
ExpressionView (0)
expss (4)
extraDistr (4)
extrafont (1)
extrafontdb (1)
extraInserts (1)
extraTrees (1)

F

faahKO (210)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (2)
facsDorit (3)
factDesign (0)
FactoMineR (39)
fansi (74)
FANTOM3and4CAGE (34)
farms (0)
farver (19)
fastcluster (1)
fastDummies (6)
fastGHQuad (1)
fastICA (1)
fastmap (39)
fastmatch (3)
fastreeR (1)
fastseg (0)
fastshap (1)
fasttime (1)
fauxpas (1)
fBasics (1)
fCI (0)
FD (1)
fda (6)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (1)
fdrame (0)
fdrtool (2)
fds (4)
feature (2)
FedData (1)
FEM (0)
ff (41)
ffpe (0)
ffpeExampleData (24)
FGNet (0)
fgsea (2)
fibroEset (68)
FieldEffectCrc (16)
fields (1)
filehash (1)
filelock (4)
filesstrings (1)
finalfit (1)
FindMyFriends (0)
findpython (4)
fingerprint (1)
FIs (54)
FISHalyseR (0)
fission (242)
fit.models (1)
fitdistrplus (18)
fixest (1)
flagme (0)
flashClust (1)
Fletcher2013a (57)
Fletcher2013b (44)
flexclust (1)
flexdashboard (1)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flextable (8)
flipflop (0)
flock (1)
flowAI (1)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (1)
flowCore (0)
FlowCore (1)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flower (1)
flowFit (0)
flowFitExampleData (2)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (32)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (1)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (1)
FlowSorted.Blood.450k (247)
FlowSorted.Blood.EPIC (156)
FlowSorted.CordBlood.450k (35)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (42)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (22)
FlowSorted.DLPFC.450k (155)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (1)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (127)
flux (1)
fmcsR (0)
FME (1)
fmsb (1)
fmtr (1)
FNN (18)
focalCall (0)
foghorn (1)
fontawesome (58)
forcats (12)
foreach (7)
forecast (1)
foreign (15)
forestplot (1)
fork (1)
formatR (31)
formattable (1)
formatters (1)
Formula (3)
formula.tools (1)
forrester.metadata (1)
FourCSeq (0)
fourDNData (12)
fpc (1)
fracdiff (1)
FRASER (0)
fresh (4)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (33)
frmaTools (0)
fs (142)
fstcore (1)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (3)
furrowSeg (14)
furrr (13)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (69)
future.apply (32)
future.batchtools (1)
future.callr (1)
fuzzyjoin (1)

G

g3viz (1)
GA (1)
gaga (0)
gage (0)
gageData (315)
gaggle (0)
gaia (0)
gam (1)
gamboostLSS (1)
gamlss (1)
gamlss.dist (1)
gamm4 (1)
gap (1)
gargle (56)
gaschYHS (14)
gaston (1)
gatingMLData (13)
gaucho (0)
gbm (1)
gbRd (1)
gcatest (0)
gclus (1)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (49)
gdata (5)
gDNAinRNAseqData (6)
gDRtestData (3)
gdsfmt (1)
gdtools (6)
gee (1)
geecc (0)
geepack (1)
geigen (1)
gemma.R (1)
gemtc (1)
GenABEL (3)
GenABEL.data (3)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (1)
geneLenDataBase (1366)
genelendatabase (1)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
generics (23)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (1)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (1)
GENIE3 (1)
genoCN (0)
genomationData (61)
GenomeGraphs (1)
GenomeInfoDb (11)
GenomeInfoDbData (3)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (2)
GenomicDistributionsData (49)
GenomicFeatures (7)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicFiles (1)
GenomicRanges (3)
GenomicTools (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (1)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GenSA (1)
GEOmap (2)
GEOmetadb (0)
geometries (2)
geometry (1)
GeomxTools (1)
GEOquery (1)
geoR (1)
geosphere (6)
GEOsubmission (0)
gert (12)
gespeR (0)
GetoptLong (1)
gettz (1)
GeuvadisTranscriptExpr (30)
geuvPack (1)
geuvStore (1)
geuvStore2 (1)
GEWIST (0)
gfonts (1)
ggalluvial (1)
GGally (1)
gganimate (1)
GGBase (0)
ggbeeswarm (15)
ggbio (1)
ggbreak (1)
ggcorrplot (1)
ggdag (1)
GGdata (3)
ggdendro (5)
ggdist (1)
gge (1)
ggeasy (1)
ggeffects (1)
ggExtra (1)
ggfittext (1)
ggforce (3)
ggformula (1)
ggfortify (1)
ggfun (11)
gggenes (1)
ggh4x (1)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggiraph (1)
ggm (1)
ggmap (37)
ggnetwork (1)
ggnewscale (10)
ggnewscales (1)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (90)
ggplotify (6)
ggpmisc (1)
ggPMX (1)
ggpointdensity (4)
ggpp (1)
ggpubr (9)
ggRandomForests (1)
ggraph (3)
ggrastr (6)
ggrepel (25)
ggridges (20)
ggsci (43)
ggseqlogo (4)
ggsignif (3)
ggstance (1)
ggstatsplot (1)
ggsurvfir (1)
ggsurvfit (1)
ggtext (1)
ggthemes (4)
ggtree (8)
ggtreeDendro (1)
ggtreeExtra (1)
ggtut (2)
ggvenn (1)
ggVennDiagram (1)
gh (44)
ghql (1)
gifski (1)
GIGSEAdata (13)
Giotto (1)
git2r (36)
gitcreds (8)
gitlabr (1)
GLAD (1)
gld (1)
glmGamPoi (1)
glmmADMB (1)
glmmTMB (1)
glmnet (8)
glmnetUtils (1)
GlobalAncova (1)
GlobalOptions (1)
globals (21)
globals, (1)
globaltest (1)
glpkAPI (1)
glue (11)
gmailr (1)
gMCP (1)
GMD (1)
gmm (1)
gmodels (1)
gmp (7)
gnm (1)
GO.db (2)
goftest (13)
GOFunction (0)
golem (1)
golubEsets (229)
gongs (1)
googleAuthR (1)
googledrive (51)
googlesheets4 (54)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
gower (6)
gpaExample (36)
GPArotation (37)
GPfit (1)
gplots (15)
gprofiler2 (1)
granny (1)
graph (1)
graphite (0)
graphlayouts (6)
graphql (1)
grf (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridtext (1)
grndata (37)
GSBenchMark (27)
gscounts (1)
gsDesign (1)
GSE103322 (30)
GSE13015 (26)
GSE159526 (13)
GSE62944 (55)
GSEABase (1)
gskb (4)
gsl (1)
gsmoothr (4)
gson (3)
gsrc (1)
gss (1)
GSVA (1)
GSVAdata (492)
gsvadata (0)
gt (2)
gtable (92)
gto (1)
gtools (22)
gtsummary (2)
gtx (1)
gubraqsar (1)
gupio (1)
Gviz (1)
GWASdata (73)
GWASExactHW (4)
gwasrapidd (1)
GWASTools (1)
GWENA (1)
gWidgets2tcltk (1)

H

h2o (1)
h5vcData (78)
HandTill2001 (1)
HaploSim (1)
hapmap100khind (14)
hapmap100kxba (35)
hapmap500knsp (15)
hapmap500ksty (15)
hapmapsnp5 (50)
hapmapsnp6 (55)
harbChIP (18)
hardhat (41)
HarmanData (41)
HarmonizedTCGAData (21)
harmony (2)
hash (1)
haven (32)
HCAData (76)
HD2013SGI (38)
HDCytoData (127)
HDF5Array (7)
hdf5r (2)
HDInterval (6)
HDO.db (1)
hdrcde (4)
healthyControlsPresenceChecker (12)
healthyFlowData (23)
heatmaply (7)
HEEBOdata (24)
heemod (1)
HelloRangesData (43)
here (1)
Herper (1)
hexbin (5)
hgu133abarcodevecs (13)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2.db (1)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2CellScore (23)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (12)
hgu95a.db (1)
HiBED (1)
HiCBricks (1)
HiCDataHumanIMR90 (39)
HiCDataLymphoblast (25)
HiClimR (1)
HiContactsData (91)
hierfstat (1)
highlight (1)
HighlyReplicatedRNASeq (14)
highr (47)
Hiiragi2013 (95)
HIVcDNAvantWout03 (13)
Hmisc (9)
HMP16SData (34)
HMP2Data (26)
hms (88)
hmyriB36 (1)
Homo.sapiens (1)
Hoover (1)
hopach (1)
HSAUR2 (1)
hsm (1)
HSMMSinglece11 (1)
HSMMSinglecel1 (0)
HSMMSingleCell (2451)
htmlTable (3)
htmltools (148)
htmlwidgets (133)
HTqPCR (1)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (7)
httpuv (74)
httr (136)
httr2 (33)
HumanAffyData (24)
humanStemCell (90)
hunspell (1)
huxtable (1)
hwriter (1)

I

ica (14)
idr (1)
ids (1)
iGasso (1)
igraph (39)
iheatmapr (1)
IHW (1)
IHWpaper (17)
Illumina450ProbeVariants.db (508)
IlluminaDataTestFiles (78)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (1)
imager (1)
imcdatasets (43)
imcRtools (1)
iml (1)
ImpulseDE2 (1)
impute (1)
imputeLCMD (1)
ind1KG (2)
infer (6)
infercnv (1)
influenceR (3)
infotheo (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (16)
INLA (1)
inline (1)
insight (2)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
intergraph (1)
interp (2)
intervals (1)
inum (1)
iontreeData (2)
ipaddress (1)
ipred (41)
IRanges (9)
IRdisplay (1)
IRkernel (1)
irlba (22)
irr (1)
Iso (1)
isoband (41)
isva (5)
ISwR (1)
ITALICSData (39)
iterators (7)
itertools (1)
ivpack (1)
Iyer517 (13)

J

JADE (1)
janeaustenr (1)
janitor (1)
JASPAR2014 (53)
JASPAR2016 (123)
JavaGD (1)
JctSeqData (3)
jctseqdata (1)
JM (1)
joineRML (1)
jomo (1)
jose (1)
jpeg (3)
jquerylib (1)
jsonlite (129)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (1)

K

kableExtra (1)
KaryoploteR (0)
karyoploteR (1)
KEGG.db (1)
KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (47)
KEGGdzPathwaysGEO (177)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (1)
KEGGREST (2)
keras (1)
kernlab (1)
KernSmooth (22)
keyring (1)
kidpack (14)
kknn (1)
klaR (1)
km.ci (1)
kmed (1)
KMsurv (1)
knitr (95)
knockoff (1)
KOdata (41)
kohonen (1)
kpmt (1)
ks (1)
kSamples (1)
ktplots (1)

L

labdsv (1)
labeling (3)
labelled (2)
laeken (1)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
languageserver (1)
lares (1)
lasso2 (1)
later (114)
latex2exp (1)
lattice (32)
latticeExtra (4)
lava (6)
lavaan (43)
lazyeval (26)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
leaflet (2)
leaflet.minicharts (1)
leaflet.providers (1)
leaps (1)
learnr (1)
leeBamViews (51)
leiden (19)
leidenbase (12)
lemon (1)
leukemiasEset (104)
lfa (1)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (6)
liana (1)
libcoin (1)
LiblineaR (6)
LiebermanAidenHiC2009 (13)
lifecycle (26)
lightgbm (1)
limma (75)
limmaGUI (1)
limSolve (1)
Linnorm (1)
linprog (1)
lintr (10)
listenv (20)
ListerEtAlBSseq (14)
littler (1)
lixoftConnectors (1)
lixoftConnectors.1 (1)
lixoftConnectors.2 (1)
lm.beta (1)
lme4 (68)
lmerTest (1)
lmom (1)
lmomco (1)
lmtest (14)
lobstr (1)
locfit (39)
log4r (1)
logger (1)
logging (1)
logistf (3)
lokern (1)
loo (3)
LoomExperiment (1)
lotri (1)
LowRankQP (1)
lpSolve (2)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1)
LRcellTypeMarkers (37)
lsa (5)
lsei (1)
lubridate (11)
lumi (1)
lumiBarnes (34)
LungCancerACvsSCCGEO (32)
LungCancerLines (39)
lungExpression (48)
lwgeom (1)
lydata (46)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (53)
M3Drop (1)
Maaslin2 (1)
maboost (1)
macrophage (167)
MACSdata (32)
MACSr (1)
madness (1)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
magic (1)
magick (2)
magrittr (23)
maic (1)
mailR (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
maketools (13)
MALDIquant (2)
mammaPrintData (20)
manipulateWidget (1)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKLData (21)
mapproj (1)
maps (1)
maptools (9)
maptree (1)
maqcExpression4plex (36)
MAQCsubset (25)
MAQCsubsetAFX (2)
MAQCsubsetILM (12)
marinerData (24)
Markdown (1)
markdown (62)
marray (1)
maSigPro (1)
MASS (116)
MassSpecWavelet (1)
MAST (1)
Matching (1)
MatchIt (1)
mathjaxr (4)
Matrix (119)
Matrix.utils (7)
matrixcalc (1)
MatrixGenerics (3)
MatrixModels (20)
matrixStats (60)
maxLik (1)
MBA (2)
mboost (1)
mc2d (1)
MCAData (1)
mclogit (1)
mclust (1)
mcmc (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (1)
MCPcounter (1)
mCSEAdata (67)
mcsurvdata (13)
mda (1)
MEALData (1)
MEDIPSData (40)
MEEBOdata (25)
memisc (1)
memoise (11)
MerfishData (21)
MeSHDbi (1)
meta (1)
Metab (0)
metabaser (1)
metafor (1)
metagenomeSeq (1)
MetaGxBreast (22)
MetaGxOvarian (20)
MetaGxPancreas (18)
metaMA (6)
metaMS (0)
metaMSdata (52)
metap (6)
MetaScope (8)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (26)
methylclockData (100)
MethylMix (0)
MethylSeqData (13)
methylumi (1)
methyvimData (1)
metR (1)
mets (1)
mFilter (1)
Mfuzz (1)
mgcv (97)
mia (1)
miaViz (1)
mice (7)
microbenchmark (1)
MicrobiomeBenchmarkData (15)
microbiomeDataSets (101)
micromap (1)
microRNAome (16)
MIGSAdata (24)
miloR (1)
mime (40)
minet (0)
minfi (1)
minfiData (374)
minfiDataEPIC (78)
minionSummaryData (34)
miniUI (1)
minpack.lm (1)
minqa (15)
mirai (1)
miRcompData (31)
miRNATarget (25)
mirt (8)
misc3d (1)
miscTools (1)
mitml (1)
mitoODEdata (2)
mitools (1)
mixOmics (1)
mixsqp (9)
mixtools (1)
mlbench (3)
mlegp (1)
mlflow (1)
mlmm.gwas (1)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
mlr3pipelines (1)
mlr3tuning (1)
MMAPPR2data (37)
MMDiffBamSubset (25)
mmrm (1)
mnormt (7)
MNP (1)
mockery (1)
mockr (1)
modeldata (6)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (41)
modeltools (1)
modules (3)
MOFA2 (1)
MOFAdata (98)
monocle (1)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaicCore (1)
mosaicsExample (78)
motifmatchr (1)
mouse4302barcodevecs (11)
mouse4302frmavecs (1)
MouseGastrulationData (132)
MouseThymusAgeing (57)
MPA (1)
mppR (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1)
MSBdata (1)
MsCoreUtils (1)
msd16s (30)
msdata (460)
MsFeatures (1)
msigdb (332)
msigdbr (1)
msm (1)
MSMB (62)
MSnbase (1)
msPurityData (36)
msqc1 (13)
MSstatsBioData (1)
MSstatsQC (0)
MSstatsTMT (1)
MSstatsTMTs (1)
mstate (1)
mtbls2 (60)
MTseekerData (1)
MUGAExampleData (13)
muhaz (1)
Mulder2012 (1)
multcomp (2)
multcompView (37)
MultiAssayExperiment (1)
multidplyr (1)
multiGSEA (1)
multinichenetr (1)
multinma (1)
multipanelfigure (1)
multtest (1)
MuMIn (1)
munsell (1)
muscat (1)
muscData (129)
muscle (1)
MutationalPatterns (1)
mutoss (6)
mvnfast (1)
mvoutData (24)
mvtnorm (17)
mygene (0)
myphd (1)
mzID (1)
mzR (1)

N

n1qn1 (1)
nabor (1)
NADA (4)
naniar (1)
nanonext (1)
NanoporeRNASeq (61)
NanoStringNCTools (1)
nanostringr (1)
nanotime (1)
nanotubes (24)
narray (1)
nasapower (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
ncdf4 (2)
ncdf4.1 (1)
ncdfFlow (1)
NCIgraphData (13)
NCmisc (1)
ndexr (0)
ndjson (1)
Nebulosa (1)
NestLink (17)
NetActivityData (30)
netDx.examples (1)
network (1)
NeuralNetTools (1)
Neve2006 (15)
neve2006 (0)
NGScopyData (33)
ngsReports (1)
nhanesA (1)
nipals (1)
nleqslv (1)
nlme (96)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nloptr (47)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (6)
NMproject (1)
nnet (58)
NNLM (1)
nnls (1)
NOISeq (1)
NonCompart (1)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
norm (1)
npde (1)
npsurv (1)
nullrangesData (72)
numbat (3)
numbers (1)
numDeriv (1)
NxtIRFdata (72)

O

ObMiTi (13)
oct4 (19)
octad.db (26)
odbc (6)
odyproteomicsValidator (1)
officedown (1)
officer (7)
oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
omicsbase (1)
OMICsPCAdata (35)
OmnipathR (1)
OnassisJavaLibs (16)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oneChannelGUI (0)
ontologyIndex (10)
ontoProc (1)
oompaBase (1)
oompaData (1)
openssl (146)
openxlsx (15)
openxlsx2 (1)
operator.tools (1)
optextras (1)
optimalFlowData (28)
optimParallel (1)
optimx (4)
optmatch (1)
optparse (38)
OrderedList (0)
ordinal (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (4)
org.Mm.eg.db (2)
org.Rn.eg.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
OrganismDbi (1)
orientlib (1)
orthogene (1)
orthosData (3)
osmdata (27)
osqp (1)
overlapping (1)

P

PAA (0)
packrat (17)
padr (1)
pagedown (1)
pagoda2 (1)
pak (1)
paletteer (1)
palmerpenguins (1)
pals (1)
pammtools (1)
pamr (1)
pan (1)
pander (1)
panelr (1)
paradox (1)
parallelly (67)
parameters (1)
ParamHelpers (1)
parathyroid (2)
parathyroidSE (210)
parsedate (1)
parsnip (7)
partitions (1)
party (1)
partykit (1)
pasilla (850)
pasillaBamSubset (269)
PasillaTranscriptExpr (36)
patchwork (23)
pathfindR.data (1)
pathifier (0)
PathNetData (40)
pathprintGEOData (1)
pathview (1)
paws (11)
paws.analytics (11)
paws.application.integration (12)
paws.common (13)
paws.compute (12)
paws.cost.management (11)
paws.customer.engagement (11)
paws.database (11)
paws.developer.tools (5)
paws.end.user.computing (5)
paws.machine.learning (11)
paws.management (11)
paws.networking (11)
paws.security.identity (11)
paws.storage (11)
pbapply (29)
pbdZMQ (1)
PBIR (1)
pbivnorm (1)
pbkrest (1)
pbkrtest (55)
pbmcapply (1)
pcaExplorer (1)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (2)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (3)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (2)
pcaMethods (1)
pcaPP (6)
PCAtools (1)
PCHiCdata (45)
pcxnData (36)
pd.atdschip.tiling (16)
pdftools (2)
pdist (1)
pec (1)
pedigree (1)
pegas (1)
pegboard (1)
PEIP (1)
pepDat (31)
PepsNMRData (48)
Peptides (1)
performance (1)
PerformanceAnalytics (1)
perm (5)
permimp (1)
permute (1)
PFAM.db (1)
PFIM (1)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phangorn (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
pheatmap (1)
philentropy (1)
phosphoricons (1)
PhosR (1)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (1)
phylogram (1)
PhyloProfileData (13)
phyloseq (1)
phylotools (1)
phytools (1)
picante (1)
pillar (130)
pingr (2)
pins (25)
pixmap (1)
pkgbuild (53)
pkgcache (1)
pkgconfig (3)
pkgdepends (1)
pkgdown (7)
pkgKitten (1)
pkgload (71)
pkgmaker (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
PKPDmodels (1)
plantecophys (1)
plasFIA (10)
plier (0)
plm (1)
plogr (1)
plot3D (1)
plotgardener (1)
plotgardenerData (63)
plotly (49)
plotmm (1)
plotmo (1)
plotrix (1)
pls (1)
plumber (1)
plyr (29)
pmartR (1)
pmforest (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (25)
pointblank (1)
PoissonBinomial (1)
polspline (1)
Polychrome (1)
polyclip (20)
polyester (1)
polynom (2)
PolynomF (1)
polysat (1)
pool (1)
poolfstat (1)
poorman (1)
poppr (1)
PossibilityCurves (1)
posterior (7)
poweRlaw (4)
powerTCR (1)
ppiData (5)
pracma (6)
praise (1)
prebsdata (31)
PreciseSums (1)
preciseTADhub (13)
precommit (1)
PREDAsampledata (50)
PReMiuM (1)
preprocessCore (1)
presto (1)
prettydoc (1)
prettyunits (11)
princurve (1)
prismatic (1)
pROC (21)
processCore (1)
processx (140)
ProData (16)
prodlim (42)
proffer (1)
profile (1)
profileModel (1)
profvis (14)
progress (1)
progressr (23)
PROJ (1)
proj (1)
proj4 (2)
ProjecTILs (1)
projpred (1)
pRolocdata (182)
promises (53)
propr (1)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (13)
prostateCancerStockholm (13)
prostateCancerTaylor (14)
prostateCancerVarambally (13)
ProtGenerics (1)
protolite (1)
protr (4)
proxy (1)
PRROC (4)
pryr (6)
ps (141)
PSCBS (5)
pscl (1)
PsNR (1)
pspline (1)
psych (40)
ptairData (31)
PtH2O2lipids (32)
Publish (1)
pumadata (24)
PureCN (1)
purrr (83)
pvca (1)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (26)
PWMEnrich.Hsapiens.background (30)
PWMEnrich.Mmusculus.background (23)
pwr (1)
pwrEWAS.data (39)

Q

qap (5)
qcNvs (1)
qdapTools (1)
QDNAseq.hg19 (122)
QDNAseq.mm10 (53)
qgraph (1)
qlcMatrix (4)
qpcR (1)
qpdf (1)
qPLEXdata (29)
qqconf (3)
qqplotr (1)
qrnn (1)
qs (2)
qtl (1)
qtl2 (1)
quadprog (1)
quantable (1)
quantmod (5)
quantreg (48)
quantsmooth (1)
quarto (1)
QUBICdata (52)
questionr (1)
qvalue (1)
qvcalc (1)

R

R.cache (1)
R.devices (5)
R.filesets (6)
R.huge (4)
R.methodsS3 (10)
R.oo (10)
R.rsp (1)
R.utils (22)
r2d3 (1)
R2HTML (1)
R6 (46)
rAccess (1)
radiator (1)
ragg (15)
rainbow (5)
RamiGO (0)
randomcoloR (4)
RandomFields (1)
RandomFieldsUtils (1)
randomForest (1)
randomForestSRC (1)
randtoolbox (1)
ranger (1)
RankAggreg (1)
RankProd (0)
RANN (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
RApiSerialize (2)
rappdirs (4)
rapportools (1)
rARPACK (4)
raster (47)
RAthena (6)
RBesT (1)
RBGL (1)
rbibutils (2)
rbioapi (1)
rBLAST (1)
rcartocolor (1)
rcdk (6)
rcdklibs (6)
rcellminerData (52)
Rcgmin (1)
Rchoice (1)
RCircos (1)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (50)
RClickhouse (1)
rclipboard (1)
rcmdcheck (37)
RColorBrewer (7)
Rcpp (85)
RcppAnnoy (30)
RcppArmadillo (90)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (1)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (23)
RcppGSL (1)
RcppHNSW (20)
RcppML (2)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (9)
RcppProgress (1)
RcppThread (1)
RcppTOML (20)
RcppZiggurat (5)
Rcsdp (1)
RCurl (42)
Rd2roxygen (1)
RDAVIDWebService (0)
Rdpack (2)
Rdsdp (1)
reactable (1)
reactlog (1)
reactome.db (1)
ReactomeGSA (1)
ReactomeGSA.data (73)
readODS (1)
readr (44)
readxl (33)
recipes (36)
recommenderlab (5)
recosystem (10)
reda (1)
RefManageR (1)
registry (1)
RegParallel (64)
relaimpo (1)
reldist (5)
remaCor (2)
rematch (1)
rematch2 (1)
remotes (50)
rentrez (1)
renv (102)
reporter (1)
ReportingTools (1)
repr (1)
reprex (9)
repurrrsive (1)
reshape (1)
reshape2 (5)
ResidualMatrix (1)
restfulr (12)
restfulSEData (31)
RestRserve (7)
reticulate (18)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (44)
Rfast (7)
rfcdmin (1)
RFOC (2)
RforProteomics (127)
rgbif (1)
RGCCA (1)
rgdal (1)
rgeos (17)
rgexf (1)
rgl (2)
Rglpk (2)
RGMQLlib (27)
RgoogleMaps (1)
Rgraphviz (1)
rhandsontable (1)
rhdf5 (2)
rhdf5filters (1)
Rhdf5lib (3)
rheumaticConditionWOLLBOLD (16)
rhino (2)
RhpcBLASctl (8)
Rhtslib (1)
rhub (1)
RIdeogram (1)
rintrojs (2)
rio (1)
RIPSeekerData (5)
riskRegression (1)
RITANdata (33)
ritis (1)
RItools (1)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (1)
RJDBC (1)
rjson (11)
RJSONIO (18)
Rlab (1)
rlang (108)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
RLHub (33)
rly (1)
Rmagic (1)
RMariaDB (1)
rmarkdown (112)
RMassBankData (34)
rmdformats (1)
rmio (1)
Rmisc (1)
Rmpfr (5)
Rmpi (1)
rms (1)
RMTstat (1)
rmutil (1)
RMySQL (1)
RNAinteractMAPK (20)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (45)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (295)
RNASeqDataSubset (1)
RNASeqPower (1)
RNASeqRData (15)
RnaSeqSampleSizeData (79)
RnaSeqTutorial (2)
rnaturalearth (1)
RnBeads (1)
RnBeads.hg19 (120)
RnBeads.hg38 (90)
RnBeads.mm10 (69)
rnbeads.mm10 (1)
RnBeads.mm9 (67)
RnBeads.rn5 (13)
rncl (1)
rngtools (1)
rngWELL (1)
robfilter (1)
robust (2)
robustbase (5)
RobustRankAggreg (1)
ROC (1)
ROCR (1)
RODBC (1)
ROI (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
rols (1)
Rook (1)
rootSolve (1)
roptim (1)
ROracle (1)
rosettR (1)
rotl (1)
roxygen2 (43)
rpact (1)
rpart (57)
rpart.plot (1)
RPMG (2)
RPostgres (6)
RPostgreSQL (1)
rprojroot (50)
RPushbullet (1)
Rqc (1)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
RRBSdata (14)
rrcov (6)
rRDPData (29)
rredlist (1)
rsample (13)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
rsconnect (50)
RSEIS (2)
RSelenium (1)
Rserve (7)
RSiena (1)
rslurm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (1)
Rsmlx.2 (1)
RSNNS (1)
Rsolnp (4)
RSpectra (18)
RSQLite (74)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (1)
rstan (6)
rstanarm (1)
rstantools (4)
rstatix (9)
rstpm2 (1)
rstudioapi (76)
Rsubread (1)
rsvd (6)
rsvg (1)
rtables (1)
RTCGA.clinical (304)
RTCGA.CNV (61)
RTCGA.methylation (63)
RTCGA.miRNASeq (96)
RTCGA.mRNA (155)
RTCGA.mutations (83)
RTCGA.PANCAN12 (45)
RTCGA.rnaseq (142)
RTCGA.RPPA (58)
RTCGAToolbox (0)
rticles (1)
rtkore (1)
rtracklayer (1)
Rtsne (9)
Rttf2pt1 (1)
Ruchardet (1)
RUnit (1)
runjags (1)
runonce (1)
Runuran (1)
ruv (1)
RUVnormalizeData (41)
RUVseq (1)
Rvcg (1)
rvcheck (1)
RVenn (1)
rversions (42)
rvest (9)
rvg (1)
Rvmmin (1)
RVtests (1)
Rwave (2)
RWiener (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
rzmq (1)

S

s2 (39)
S4Arrays (1)
S4Vectors (7)
saemix (1)
safetyexploreR (1)
SAIGEgds (1)
sampleClassifierData (26)
sampling (1)
samr (5)
sandwich (2)
sas7bdat (1)
sass (104)
SBGNview.data (86)
SC3 (1)
ScaledMatrix (1)
scales (27)
scam (1)
scanMiRData (37)
scATAC.Explorer (17)
SCATE (0)
SCATEData (41)
scater (1)
scatterD3 (1)
scattermore (24)
scatterpie (7)
scatterplot3d (40)
scClassify (1)
scclusteval (1)
sccore (1)
sccs (1)
scDblFinder (1)
scDC (1)
scGate (1)
scHOT (1)
scico (1)
scidb (1)
Scillus (1)
scistreer (3)
SCLCBam (30)
scLinear (1)
scMerge (1)
scMultiome (8)
scpdata (31)
scPipe (1)
scran (1)
scRepertoire (1)
scrime (5)
scRNAseq (1503)
scRNASeq.spatial (1)
scrypt (1)
scs (1)
scTHI.data (29)
sctransform (22)
scuttle (6)
scviewer (1)
sda (1)
SDMTools (1)
segmented (2)
selectr (1)
sen2r (1)
sendmailR (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (41)
SeqArray (1)
seqc (21)
seqCNA.annot (42)
seqinr (1)
seqLogo (1)
seqmagick (1)
seqminer (6)
SeqVarTools (1)
seriation (12)
serumStimulation (11)
servr (1)
sesame (1)
sesameData (511)
sessioninfo (37)
setRNG (1)
sets (1)
Seurat (30)
seurat (1)
SeuratObject (24)
SeuratWrappers (1)
seventyGeneData (17)
sf (49)
SFEData (79)
sfheaders (2)
sfsmisc (2)
shadowtext (2)
shape (1)
shapes (1)
shapr (1)
shiny (58)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shinyAce (1)
shinyalert (1)
shinyBS (7)
shinybusy (1)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (2)
shinydashboardPlus (5)
shinydisconnect (1)
shinyFeedback (1)
shinyfeedback (1)
shinyFiles (7)
shinyglide (1)
shinyhelper (4)
ShinyItemAnalysis (17)
shinyjqui (1)
shinyjs (3)
shinymanager (1)
shinyMethyl (1)
shinyMethylData (32)
shinyMobile (1)
shinypanel (5)
shinyscreenshot (1)
shinySelect (1)
shinystan (1)
shinytest (2)
shinytest2 (1)
shinythemes (1)
shinyTree (1)
shinyWidgets (11)
ShortRead (1)
showtext (1)
SID (1)
sigaR (1)
sigclust (1)
Sigfried (1)
siggenes (1)
Signac (6)
signatureSearchData (65)
sigPathway (0)
SimBenchData (18)
simpar (1)
simpIntLists (62)
simpleaffy (0)
simplifyEnrichment (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (14)
SingleCelLExperiment (1)
SingleCellExperiment (7)
SingleCellMultiModal (56)
singleCellTK (1)
SingleMoleculeFootprintingData (28)
SingleR (1)
singscore (1)
sirnakit (1)
siscreener (1)
sitmo (12)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (5)
skimr (1)
slackr (1)
slam (2)
slickR (1)
slider (12)
sm (1)
smacof (1)
sme (1)
smfishHmrf (1)
smldesign (1)
smokingMouse (1)
smoothHR (1)
SMVar (6)
sn (6)
sna (1)
SNAData (14)
snadata (0)
SNAGEEdata (44)
snakecase (1)
SnapATAC (1)
snow (6)
SnowballC (1)
snowfall (1)
SNPhoodData (24)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (1)
SNPRelate (1)
snpStats (0)
sodium (1)
softImpute (1)
soilDB (1)
solrium (1)
SomatiCAData (11)
SomaticCancerAlterations (58)
SomaVarDB (1)
SOMbrero (1)
sommer (1)
sortable (1)
sos (1)
SoupX (1)
sourcetools (35)
sp (36)
spacetime (1)
spade (0)
spam (1)
spaMM (1)
sparklyr (6)
SPARQL (1)
sparsebn (1)
SparseM (1)
sparseMatrixStats (1)
sparsesvd (10)
spatial (14)
SpatialCPie (1)
spatialDmelxsim (11)
SpatialExperiment (1)
spatialLIBD (154)
spatialreg (1)
spatstat (1)
spatstat.core (18)
spatstat.data (18)
spatstat.explore (5)
spatstat.geom (23)
spatstat.linnet (1)
spatstat.model (1)
spatstat.random (10)
spatstat.sparse (22)
spatstat.utils (22)
spData (9)
spdep (8)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (1)
SPIA (1)
SpidermiR (1)
SpikeIn (34)
SpikeInSubset (117)
splancs (2)
splatter (1)
spliceR (0)
splines2 (1)
spls (1)
spqnData (30)
spsComps (1)
SQUAREM (1)
ssh (1)
SSPA (1)
stabledist (1)
stabs (1)
StanHeaders (3)
stargazer (1)
stars (1)
starter (1)
statmod (13)
statnet (1)
statnet.common (1)
statTarget (1)
STdeconvolve (1)
stemHypoxia (40)
stevedore (1)
STexampleData (89)
sticky (1)
stinepack (1)
stjudem (33)
storr (1)
strex (1)
stringdist (6)
stringfish (2)
stringi (37)
stringr (42)
striprtf (1)
strucchange (1)
styler (10)
subselect (1)
SummarizedExperiment (2)
sunburstR (1)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supraHex (0)
survcomp (1)
survey (1)
survival (77)
survivalROC (1)
survminer (1)
survMisc (1)
susieR (10)
sva (1)
svd (1)
svglite (7)
SVM2CRMdata (13)
svMisc (1)
svUnit (1)
swagger (1)
Swiffer (1)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
symphony (1)
synapterdata (30)
syntenet (1)
sys (112)
sysfonts (1)
systemfit (1)
systemfonts (2)
systemPipeRdata (208)

T

table1 (1)
tableHTML (1)
tables (2)
TabulaMurisData (59)
TabulaMurisSenisData (61)
TailRank (1)
tanggle (1)
tarchetypes (2)
targets (2)
TargetScoreData (38)
TargetSearchData (47)
tartare (46)
taxize (1)
TBX20BamSubset (48)
TCC (2)
TCGAbiolinks (1)
TCGAbiolinksGUI.data (2712)
TCGAcrcmiRNA (12)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (44)
tcgaWGBSData.hg19 (2)
TCGAWorkflowData (80)
TeachingDemos (1)
templater (1)
tensorA (1)
tensorflow (6)
TENxBrainData (87)
TENxBUSData (33)
TENxPBMCData (475)
TENxVisiumData (62)
tergm (1)
terra (48)
testthat (135)
textshaping (1)
tfautograph (1)
TFBSTools (1)
TFisher (1)
TFMPvalue (5)
tfrmt (1)
tfruns (6)
tgp (1)
TH.data (2)
thematic (1)
threejs (1)
tibble (129)
tictoc (8)
tidybayes (1)
tidycensus (8)
tidygraph (4)
tidymodels (3)
tidyposterior (1)
tidyr (39)
tidyselect (28)
tidyseurat (1)
tidySummarizedExperiment (1)
tidytext (1)
tidytlg (1)
tidytree (12)
tidyverse (9)
tidyvpc (1)
tiff (1)
tigris (8)
tikzDevice (1)
timechange (2)
timecoursedata (48)
timeDate (7)
timereg (1)
TimerQuant (13)
timeSeries (1)
tinesath1cdf (13)
tinesath1probe (11)
tinkr (1)
tinytest (1)
tinytex (83)
tissueTreg (29)
TitanCNA (0)
tkWidgets (1)
TMB (1)
TMExplorer (27)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
tofsimsData (12)
tokenizers (1)
topdownrdata (29)
topGO (1)
torch (1)
Tplyr (1)
tracee (1)
tradeSeq (1)
TrajectoryUtils (1)
transformr (1)
transport (1)
tree (1)
treeio (7)
treemap (1)
TreeSummarizedExperiment (1)
Trendy (0)
triebeard (1)
trimcluster (1)
truncdist (1)
truncnorm (4)
TSCAN (1)
tseries (1)
tsfeatures (1)
tsne (1)
TSP (15)
TSSi (0)
ttdo (1)
TTR (1)
ttservice (1)
tuberculosis (14)
tufte (1)
tune (6)
tweeDEseqCountData (119)
tweenr (4)
twilight (0)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (1)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
tximeta (1)
tximport (1)
tximportData (742)
txtq (1)
tzdb (42)

U

uatools (1)
UCell (1)
ucminf (1)
udunits2 (1)
umap (6)
units (38)
urca (1)
urltools (1)
usethis (47)
utf8 (71)
uuid (20)
uwot (30)

V

V8 (6)
valr (1)
VAM (1)
vaplot (1)
variancePartition (1)
VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (14)
vars (1)
vaultr (1)
vcd (1)
vcr (1)
vctrs (132)
vdbR (1)
vdiffr (1)
VectraPolarisData (16)
vegan (1)
vegawidget (1)
vendormetadatahelpers (1)
venn (6)
VennDiagram (1)
venneuler (1)
VGAM (4)
vhydeg (1)
VIM (1)
vioplot (1)
vip (1)
vipor (1)
viridis (52)
viridisLite (78)
viridislite (1)
visdat (1)
visNetwork (1)
visR (1)
vpc (1)
vroom (52)
vsn (1)
vulcandata (29)

W

waiter (5)
waldo (60)
warp (1)
wateRmelon (0)
waveTilingData (2)
wdman (1)
weaver (0)
webdriver (1)
WeberDivechaLCdata (27)
webfakes (1)
webmockr (1)
webshot (14)
webutils (1)
WeightIt (1)
weights (1)
WES.1KG.WUGSC (38)
WGCNA (5)
WGScan (1)
WGSmapp (32)
whereami (1)
whisker (55)
widgetTools (1)
WikidataR (1)
wikitaxa (1)
withr (29)
wk (52)
workflowr (1)
workflows (6)
workflowsets (3)
worrms (1)
Wrench (1)
writexl (1)
WriteXLS (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (1)
xcms (1)
xcoredata (28)
xfun (137)
xgboost (11)
xgxr (1)
XhybCasneuf (11)
XLConnect (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
XML (29)
xml2 (102)
xmlparsedata (1)
xopen (1)
xpose (1)
xslt (1)
xtable (2)
xts (3)
XVector (1)

Y

yaImpute (1)
yaml (78)
yardstick (6)
yeastCC (55)
yeastExpData (75)
yeastGSData (11)
yeastNagalakshmi (63)
yeastRNASeq (61)
ymlthis (1)
yri1kgv (2)
yriMulti (1)
yspec (1)
yulab.utils (10)

Z

zCompositions (6)
zeallot (1)
zebrafishRNASeq (152)
zinbwave (1)
zip (71)
Ziploc (1)
zlibbioc (1)
zoo (25)