Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-09-22 08:43:46 -0400 (Fri, 22 Sep 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (27189)
2BiocGenerics (20653)
3S4Vectors (19083)
4IRanges (18838)
5Biobase (17907)
6AnnotationDbi (17138)
7zlibbioc (14597)
8GenomicRanges (13291)
9XVector (13259)
10limma (13082)
11GenomeInfoDb (12657)
12Biostrings (12248)
13BiocParallel (11649)
14SummarizedExperiment (9810)
15annotate (9616)
16Rsamtools (8857)
17GenomicAlignments (8761)
18rtracklayer (8597)
19biomaRt (8410)
20genefilter (8393)
21GenomicFeatures (7956)
22graph (7777)
23preprocessCore (6653)
24edgeR (6575)
25DESeq2 (6231)
26geneplotter (5893)
27affy (5328)
28BSgenome (5037)
29affyio (4941)
30VariantAnnotation (4572)
31RBGL (4487)
32Rgraphviz (4477)
33multtest (4451)
34rhdf5 (4193)
35impute (3847)
36AnnotationHub (3592)
37qvalue (3564)
38GEOquery (3377)
39interactiveDisplayBase (3029)
40ensembldb (2986)
41ShortRead (2955)
42DESeq (2892)
43biovizBase (2858)
44GSEABase (2785)
45DNAcopy (2779)
46DelayedArray (2777)
47Gviz (2716)
48KEGGREST (2267)
49sva (2172)
50AnnotationForge (2088)
51vsn (2088)
52Category (2080)
53GOstats (1854)
54topGO (1844)
55GOSemSim (1804)
56clusterProfiler (1780)
57EBImage (1756)
58DOSE (1733)
59OrganismDbi (1693)
60ProtGenerics (1690)
61gcrma (1672)
62pcaMethods (1672)
63KEGGgraph (1656)
64BiocStyle (1647)
65illuminaio (1639)
66ggbio (1620)
67phyloseq (1598)
68minfi (1546)
69siggenes (1501)
70pathview (1471)
71oligoClasses (1416)
72ComplexHeatmap (1415)
73bumphunter (1401)
74oligo (1388)
75fgsea (1364)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (150)
a4Base (178)
a4Classif (142)
a4Core (187)
a4Preproc (180)
a4Reporting (148)
ABAData (0)
ABAEnrichment (124)
ABAFuncData (0)
ABarray (143)
ABSSeq (148)
acde (110)
acepack (0)
aCGH (221)
ACME (149)
ADaCGH2 (126)
adSplit (123)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1310)
affy (5328)
affycomp (211)
AffyCompatible (140)
affyContam (130)
affycoretools (467)
affydata (1)
AffyExpress (139)
affyILM (120)
affyio (4941)
affylmGUI (212)
affyPara (134)
affypdnn (161)
affyPLM (1213)
affyQCReport (356)
AffyRNADegradation (128)
AffyTiling (31)
AGDEX (117)
Agi4x44PreProcess (15)
agilp (201)
AgiMicroRna (164)
AIMS (258)
ALDEx2 (156)
AllelicImbalance (132)
AllSorts (1)
alpine (97)
alpineData (0)
alsace (114)
altcdfenvs (142)
AMOUNTAIN (83)
amplican (1)
ampliQueso (107)
AnalysisPageServer (109)
anamiR (89)
Anaquin (84)
AneuFinder (114)
AneuFinderData (1)
AnimalGene2QTL (1)
annaffy (562)
AnnBuilder (5)
annmap (96)
annotate (9616)
annotation (32)
AnnotationDbi (17138)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (727)
AnnotationForge (2088)
AnnotationFuncs (155)
AnnotationHub (3592)
AnnotationHubData (140)
Annotations (0)
annotationTools (177)
annotatr (116)
annotatr.data (0)
anota (130)
antiProfiles (114)
apcluster (0)
apComplex (142)
apeglm (0)
applera (2)
aroma.light (1231)
ArrayExpress (449)
ArrayExpressHTS (70)
arrayMagic (2)
arraymvout (0)
arrayMvout (116)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (157)
arrayQualityMetrics (477)
arrays (53)
ArrayTools (184)
ArrayTV (118)
ARRmNormalization (119)
ASAFE (77)
ASEB (116)
ASGSCA (113)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (5)
ASpli (99)
ASSET (116)
ASSIGN (116)
ATACqc (1)
ATACseqQC (39)
AtlasRDF (110)
attract (122)

B

BaalChIP (82)
BAC (117)
bacon (119)
BADER (110)
BadRegionFinder (90)
BAGS (109)
ballgown (695)
bamsignals (191)
banocc (28)
base64enc (0)
basecallQC (32)
BaseSpaceR (129)
Basic4Cseq (122)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (97)
BatchJobs (0)
BatchQC (152)
BayesKnockdown (74)
BayesPeak (174)
baySeq (459)
BBCAnalyzer (97)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (137)
beachmat (11)
beadarray (652)
beadarraySNP (134)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (608)
BeadExplorer (1)
BEAT (113)
BEclear (105)
betr (97)
bgafun (113)
BgeeDB (126)
BGmix (60)
bgx (121)
BHC (186)
BicARE (165)
BiGGR (123)
BigMatrix (0)
bigmelon (81)
bigmemoryExtras (76)
bim (1)
bioassayR (148)
Biobase (17907)
biobroom (160)
bioCancer (93)
BiocCaseStudies (120)
BiocCheck (347)
biocDatasets (3)
BiocFileCache (45)
BiocGenerics (20653)
biocGraph (184)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstaller (27189)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (32)
BiocParallel (11649)
BiocSklearn (1)
BiocStyle (1647)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (455)
BiocWorkflowTools (86)
bioDist (332)
biodist (0)
biomaRt (8410)
BioMedR (35)
biomformat (1180)
BioMVCClass (113)
biomvRCNS (112)
BioNet (280)
BioQC (94)
BioSeqClass (127)
biosigner (115)
biostrings (0)
Biostrings (12248)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (106)
biotmle (29)
biovizBase (2858)
BiRewire (166)
birta (116)
birte (110)
BiSeq (196)
bitops (0)
BitSeq (270)
blima (105)
blimaTestingData (0)
BLMA (31)
BPRMeth (79)
BRAIN (186)
BrainStars (119)
branchpointer (31)
brew (0)
BRGEdata (1)
bridge (114)
BridgeDbR (121)
BrowserViz (93)
BrowserVizDemo (70)
BSgenome (5037)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (596)
BubbleTree (117)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (125)
BufferedMatrixMethods (120)
BUMHMM (32)
bumphunter (1401)
BUS (111)
BuxcoR (0)

C

CAFE (102)
CAGEr (153)
CALIB (120)
CAMERA (409)
camera (0)
canceR (111)
cancerclass (111)
CancerInSilico (73)
CancerMutationAnalysis (122)
CancerSubtypes (100)
CAnD (99)
caOmicsV (99)
Cardinal (138)
casper (118)
CATALYST (30)
Category (2080)
categoryCompare (95)
CausalR (103)
cbaf (0)
ccdata (0)
ccmap (83)
CCPROMISE (73)
ccrepe (116)
cellbaseR (28)
cellGrowth (113)
cellHTS (36)
cellHTS2 (223)
cellity (107)
CellMapper (83)
CellMapperData (0)
cellnoptr (0)
CellNOptR (151)
cellscape (37)
cellTree (116)
CEMiTool (2)
CexoR (113)
CFAssay (106)
CGEN (139)
CGHbase (231)
CGHcall (219)
cghMCR (209)
CGHnormaliter (119)
CGHregions (133)
cghregions (0)
ChAMP (388)
ChAMPdata (0)
charm (136)
checkmate (0)
ChemmineOB (192)
ChemmineR (436)
Chicago (122)
chimera (167)
chimeraviz (42)
ChIPComp (109)
chipenrich (132)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (32)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (668)
ChIPQC (237)
ChIPseeker (490)
ChipSeq (0)
chipseq (427)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (174)
ChIPsim (170)
ChIPXpress (89)
chopsticks (342)
chroGPS (106)
chromDraw (103)
ChromHeatMap (132)
ChromoViz (1)
chromPlot (104)
chromstaR (81)
chromstaRData (0)
CHRONOS (102)
CINdex (91)
cisPath (115)
ClassifyR (125)
cleanUpdTSeq (108)
cleaver (208)
clippda (116)
clipper (157)
Clomial (109)
Clonality (112)
clonotypeR (113)
clst (112)
clstutils (103)
clustComp (93)
clusterExperiment (98)
ClusterJudge (2)
clusterProfiler (1780)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (32)
ClusterSignificance (98)
clusterStab (157)
CMA (181)
CMEA (1)
cn.farms (112)
cn.mops (225)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (131)
cnanorm (0)
CNEr (285)
CNORdt (116)
CNORfeeder (111)
CNORfuzzy (114)
CNORode (123)
CNPBayes (97)
CNTools (288)
cnvGSA (109)
CNVPanelizer (112)
CNVrd2 (112)
CNVtools (128)
cnvtools (0)
cobindR (102)
CoCiteStats (113)
codelink (121)
codetoolsBioC (0)
CODEX (143)
coexnet (3)
CoGAPS (112)
cogena (121)
coGPS (104)
COHCAP (130)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (133)
COMPASS (113)
compcodeR (120)
compEpiTools (129)
CompGO (122)
ComplexHeatmap (1415)
CONFESS (87)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (947)
consensusOV (2)
consensusSeekeR (100)
contiBAIT (87)
conumee (127)
convert (222)
copa (118)
COPDSexualDimorphism (3)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (261)
CopyNumber450k (29)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (142)
CoRegNet (124)
Cormotif (113)
CorMut (108)
coRNAi (85)
CORREP (115)
coseq (36)
cosmiq (107)
cosmo (6)
cosmoGUI (6)
COSNet (99)
CountClust (127)
covEB (74)
CoverageView (115)
covRNA (74)
cpvSNP (99)
cqn (194)
CRImage (145)
CRISPRseek (160)
crisprseekplus (74)
CrispRVariants (112)
crlmm (227)
crossmeta (86)
CSAR (178)
csaw (233)
CSSP (122)
ctc (336)
ctsGE (80)
cummeRbund (1215)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (154)
CVE (83)
cycle (113)
cydar (36)
cytofkit (227)
cytofWorkflow (1)
cytolib (0)
CytoML (74)

D

dada2 (402)
dagLogo (99)
daMA (109)
DaMiRseq (31)
DAPAR (124)
DAPARdata (0)
DART (112)
DASC (3)
DASiR (25)
DAVIDQuery (23)
davidquery (0)
DBChIP (143)
DBI (0)
dcGSA (87)
DChIPRep (101)
ddCt (169)
ddgraph (104)
DDiGGER (0)
debrowser (141)
DECIPHER (365)
DEComplexDisease (1)
DeconRNASeq (134)
DEDS (121)
DeepBlueR (105)
deepSNV (141)
DEFormats (143)
DEGraph (123)
DEGreport (112)
DEGseq (324)
DelayedArray (2777)
deltaGseg (106)
DeMAND (106)
DEP (1)
derfinder (266)
derfinderData (0)
derfinderHelper (230)
derfinderPlot (127)
deseq (0)
DESeq (2892)
DESeq2 (6231)
destiny (479)
DEsubs (94)
DEXSeq (677)
dexus (126)
DFP (110)
dichromat (0)
DiffBind (621)
diffGeneAnalysis (105)
diffHic (140)
DiffLogo (103)
diffloop (84)
diffloopdata (1)
diffuStats (2)
digest (0)
diggit (105)
diggitdata (0)
Director (68)
DirichletMultinomial (276)
discordant (31)
dks (110)
DMCHMM (0)
DMRcaller (109)
DMRcate (442)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (109)
DMRScan (30)
DNABarcodes (111)
DNAcopy (2779)
DNaseR (6)
DNAshapeR (115)
domainsignatures (111)
doppelgangR (93)
DOQTL (122)
Doscheda (0)
DOSE (1733)
DRIMSeq (100)
DriverNet (125)
DrugVsDisease (114)
dSimer (77)
DSS (428)
DTA (103)
dualKS (104)
DupChecker (99)
dupRadar (182)
DvDdata (0)
dyebias (111)
DynDoc (585)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (0)
EasyqpcR (151)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (248)
EBarrays (181)
EBcoexpress (114)
EBImage (1756)
EBSEA (86)
EBSeq (517)
EBSeqHMM (129)
ecolitk (116)
EDASeq (1107)
edd (7)
EDDA (109)
edge (159)
edger (0)
edgeR (6575)
eegc (79)
EfficientR (0)
EGAD (102)
EGSEA (158)
EGSEAdata (0)
eiR (68)
eisa (133)
ELBOW (97)
ELMER (159)
ELMER.data (0)
EMDomics (105)
EmpiricalBrownsMethod (95)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (123)
ENmix (126)
EnrichedHeatmap (134)
EnrichmentBrowser (195)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (2986)
ensemblVEP (159)
ENVISIONQuery (101)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (0)
EpiDISH (3)
epigenomix (111)
epiNEM (31)
epivizr (155)
epivizrChart (5)
epivizrData (121)
epivizrServer (117)
epivizrStandalone (100)
eQTL (4)
erccdashboard (126)
erma (147)
esetVis (80)
eudysbiome (90)
EventPointer (36)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (86)
ExiMiR (112)
exomeCopy (255)
exomecopy (1)
exomePeak (132)
exonfindR (0)
exonmap (13)
ExperimentHub (136)
ExperimentHubData (89)
explorase (94)
ExpressionAtlas (103)
ExpressionNormalizationWorkflow (14)
expressionview (0)
ExpressionView (106)
exprExternal (1)
externalVector (6)

F

fabia (208)
facopy (99)
facopy.annot (0)
factDesign (123)
fail (0)
FamAgg (90)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (122)
fastLiquidAssociation (96)
fastseg (329)
fbat (5)
fCCAC (71)
fCI (94)
fdrame (111)
FEM (245)
ffpe (123)
FGNet (171)
fgsea (1364)
FindMyFriends (117)
FISHalyseR (99)
FitHiC (93)
flagme (106)
Fletcher2013a (0)
flipflop (116)
flowAI (108)
flowBeads (102)
flowBin (100)
flowcatchR (100)
flowCHIC (98)
flowCL (136)
flowClean (123)
flowClust (308)
flowCore (1224)
flowCyBar (104)
flowDensity (151)
flowFit (108)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (10)
flowFP (130)
flowMap (105)
flowMatch (105)
flowMeans (206)
flowMerge (148)
flowPeaks (151)
flowPhyto (7)
flowPloidy (72)
flowPloidyData (1)
flowPlots (106)
flowq (0)
flowQ (140)
flowQB (109)
FlowRepositoryR (97)
FlowSOM (235)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (324)
flowTime (27)
flowTrack (1)
flowTrans (119)
flowType (131)
flowUtils (296)
flowViz (548)
flowVS (105)
flowWorkspace (498)
fmcsR (196)
focalCall (98)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (115)
FRGEpistasis (98)
frma (267)
frmaTools (128)
fucci (1)
FunChIP (69)
FunciSNP (128)
funtooNorm (32)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (29)
GA4GHshiny (3)
gaga (120)
gage (754)
gaggle (110)
gaia (125)
GAprediction (71)
garfield (88)
gaucho (96)
gcapc (31)
gcatest (90)
gCMAP (111)
gCMAPWeb (91)
gCrisprTools (73)
gcrma (1672)
gdsfmt (767)
geecc (92)
GEM (76)
genArise (112)
genbankr (120)
GENE.E (122)
gene2pathway (6)
GeneAnswers (179)
geneAttribution (74)
GeneBreak (92)
geneClassifiers (28)
GeneExpressionSignature (117)
genefilter (8393)
genefu (269)
GeneGA (82)
GeneGeneInteR (78)
GeneGroupAnalysis (3)
GeneMeta (162)
GeneNetworkBuilder (100)
GeneOverlap (154)
geneplast (75)
geneplotter (5893)
GeneR (8)
geneRecommender (107)
GeneRegionScan (106)
generegulation (8)
GeneRfold (2)
geneRxCluster (95)
GeneSelectMMD (108)
GeneSelector (151)
GENESIS (160)
GeneSpring (6)
geNetClassifier (136)
GeneticsBase (4)
GeneticsDesign (141)
GeneticsPed (156)
GeneTraffic (6)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (84)
GENIE3 (2)
genoCN (106)
GenoGAM (95)
genomation (269)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (281)
GenomeInfoDb (12657)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (378)
genomes (138)
GenomicAlignments (8761)
GenomicDataCommons (48)
GenomicFeatures (7956)
GenomicFiles (548)
GenomicInteractions (141)
GenomicRanges (13291)
GenomicScores (54)
GenomicTuples (107)
Genominator (130)
genoset (230)
genotypeeval (91)
GenoView (11)
genphen (87)
GenRank (86)
GenVisR (237)
GEOmetadb (262)
geoquery (0)
GEOquery (3377)
GEOsearch (86)
GEOsubmission (108)
geosubmission (0)
gespeR (110)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (96)
gff3Plotter (2)
GGBase (169)
ggbio (1620)
ggcyto (231)
GGtools (160)
ggtree (963)
girafe (164)
GISPA (30)
GKnowMTest (1)
GLAD (222)
Glimma (387)
GlobalAncova (148)
globalSeq (87)
globaltest (468)
gmapR (103)
GMRP (86)
GOAL (0)
goCluster (3)
GOexpress (170)
GOFunction (132)
GoogleGenomics (99)
GOpro (76)
goProfiles (163)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1804)
goseq (771)
GOSim (158)
goSTAG (35)
gostats (0)
GOstats (1854)
GOsummaries (143)
GOTHiC (122)
goTools (159)
gotools (0)
gpls (193)
gprege (100)
gQTLBase (206)
gQTLstats (221)
graph (7777)
GraphAlignment (114)
GraphAT (103)
graphite (627)
GraphPAC (114)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (108)
GreyListChIP (107)
GRmetrics (87)
grndata (0)
groHMM (108)
GRridge (32)
GSALightning (86)
GSAR (147)
GSBenchMark (0)
GSCA (101)
GSE64985 (0)
GSEABase (2785)
GSEAlm (183)
GSReg (95)
GSRI (107)
GSVA (437)
gtkWidgets (0)
gtrellis (112)
GUIDEseq (103)
Guitar (98)
Gviz (2716)
gwascat (214)
GWASTools (322)

H

h5vc (118)
hapFabia (119)
Harman (94)
HarmanData (0)
Harshlight (109)
harshlight (0)
HCsnip (105)
HDF5Array (264)
HDTD (96)
healthyFlowData (0)
heatmaps (40)
Heatplus (675)
HelloRanges (77)
HelloRangesData (1)
HELP (111)
HEM (106)
hexbin (19)
hiAnnotator (103)
HIBAG (119)
HiCcompare (2)
hicrep (30)
hierGWAS (98)
highthroughputassays (9)
HilbertCurve (124)
hilbertvis (0)
HilbertVis (360)
HilbertVisGUI (82)
hiReadsProcessor (74)
HiTC (190)
Hmisc (0)
HMMcopy (167)
hopach (252)
hpar (223)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (234)
HTSanalyzeR (161)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (72)
htseqtools (0)
htSeqTools (177)
HTSFilter (179)
HybridMTest (97)
hyperdraw (138)
hypergraph (185)

I

iASeq (103)
iBBiG (153)
ibh (97)
iBMQ (98)
iCARE (86)
Icens (308)
iCheck (96)
iChip (100)
iClusterPlus (133)
iCOBRA (87)
ideal (29)
ideogram (0)
IdeoViz (128)
idiogram (110)
IdMappingAnalysis (95)
IdMappingRetrieval (101)
iFlow (5)
iGC (89)
IHW (313)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1639)
imageanalysisBrain (1)
imageHTS (119)
IMAS (30)
Imetagene (88)
ImmuneSpaceR (90)
immunoClust (95)
IMPCdata (87)
ImpulseDE (76)
ImpulseDE2 (28)
impute (3847)
InPAS (101)
INPower (96)
inSilicoDb (71)
inSilicoMerging (62)
insilicomerging (0)
INSPEcT (99)
intansv (113)
InteractionSet (157)
interactiveDisplay (292)
interactiveDisplayBase (3029)
IntEREst (27)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
IntramiRExploreR (2)
inveRsion (103)
IONiseR (141)
iontree (107)
iPAC (119)
IPO (105)
IPPD (163)
iranges (0)
IRanges (18838)
IrisSpatialFeatures (0)
iSeq (104)
iSNetwork (1)
isobar (191)
IsoformSwitchAnalyzeR (5)
IsoGeneGUI (99)
ISoLDE (83)
isomiRs (94)
iSPlot (2)
ITALICS (105)
iterativeBMA (107)
iterativeBMAsurv (102)
iterators (0)
IVAS (94)
IWB2011 (0)
IWTomics (29)

J

JASPAR2016 (0)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (25)
joda (104)
JunctionSeq (137)

K

karyoploteR (53)
KCsmart (105)
kebabs (160)
KEGGgraph (1656)
KEGGlincs (77)
keggorth (3)
keggorthology (133)
KEGGprofile (199)
KEGGREST (2267)
KEGGSOAP (10)
KFAS (0)
kimod (85)

L

labeling (0)
lapmix (106)
latticeExtra (0)
LBE (156)
ldblock (121)
LEA (249)
LedPred (96)
les (107)
leukemiasEset (0)
lfa (212)
liftOver (21)
limma (13082)
limmaGUI (182)
LINC (75)
Linnorm (105)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (104)
lmdme (105)
LMGene (122)
LOBSTAHS (83)
logicFS (225)
logitt (0)
logitT (102)
Logolas (30)
lol (107)
LOLA (135)
LowMACA (95)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (136)
LPEadj (106)
LPEseq (0)
lpNet (102)
lpsymphony (329)
lumi (951)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (113)
lydata (0)
LymphoSeq (86)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3C (0)
M3D (85)
M3DExampleData (0)
M3Drop (119)
maanova (143)
macat (111)
maCorrPlot (107)
maDB (4)
made4 (388)
MADSEQ (70)
maftools (258)
MAGEML (0)
maigesPack (108)
MAIT (128)
makecdfenv (235)
makePlatformDesign (4)
MANOR (107)
manta (104)
MantelCorr (103)
mAPKL (79)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (97)
mapscape (32)
marray (1149)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (276)
maskBAD (99)
MassArray (110)
massiR (101)
MassSpecWavelet (621)
MAST (197)
matchBox (97)
matchprobes (9)
Matrix (0)
MatrixRider (91)
matter (88)
MaxContrastProjection (29)
MBAmethyl (88)
MBASED (99)
MBCB (104)
mBPCR (104)
MBttest (80)
mcaGUI (106)
MCbiclust (31)
MCRestimate (109)
mdgsa (102)
mdqc (113)
MEAL (97)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (108)
MEDIPS (179)
MEDME (104)
MEIGOR (102)
MergeMaid (165)
Mergeomics (87)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (164)
meshes (76)
meshr (147)
MeSHSim (90)
messina (90)
metaArray (159)
Metab (113)
metabomxtr (102)
MetaboSignal (87)
metaCCA (86)
metagene (126)
metagenomeFeatures (93)
metagenomeSeq (544)
metahdep (105)
metaMS (121)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (106)
metaseqR (118)
metavizr (34)
metaX (25)
MetCirc (78)
MetCleaning (1)
methInheritSim (3)
MethPed (82)
MethTargetedNGS (89)
methVisual (113)
methyAnalysis (200)
MethylAid (117)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (15)
methylInheritance (26)
methylInheritanceSim (0)
methylKit (258)
MethylMix (125)
methylMnM (94)
methylPipe (139)
MethylSeekR (118)
methylumi (972)
mfa (2)
Mfuzz (340)
MGFM (95)
MGFR (70)
mgsa (121)
MiChip (100)
microbiome (1)
microrna (0)
microRNA (202)
MIGSA (31)
mimager (27)
MIMOSA (97)
MineICA (102)
minet (757)
minfi (1546)
MinimumDistance (101)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (105)
MiRaGE (100)
miRBaseConverter (3)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (89)
miRcompData (0)
mirIntegrator (92)
miRLAB (98)
miRNAmeConverter (92)
miRNApath (136)
miRNAtap (146)
miRsponge (1)
Mirsynergy (100)
missMethyl (351)
mitoODE (95)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (315)
MLP (119)
MLSeq (136)
MMDiff (31)
MMDiff2 (87)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (2)
mmnet (93)
MmPalateMiRNA (107)
MODA (76)
mogsa (101)
monocle (494)
MONSTER (2)
MoonlightR (79)
MoPS (94)
mosaics (386)
motifbreakR (116)
motifcounter (28)
MotifDb (300)
motifmatchr (3)
motifRG (142)
motifStack (283)
MotIV (297)
MPFE (89)
mQTL.NMR (105)
msa (536)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (24)
MSGFgui (161)
MSGFplus (194)
MSIseqData (0)
msmsEDA (175)
msmsTests (177)
MSnbase (759)
MSnID (185)
MSPC (0)
msPurity (78)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (229)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (153)
MultiAssayExperiment (161)
multiClust (100)
MultiDataSet (104)
MultiMed (89)
multiOmicsViz (30)
multiscan (101)
multtest (4451)
munsell (0)
muscle (179)
MutationalPatterns (102)
MVCClass (107)
mvGST (98)
MWASTools (42)
mygene (371)
myvariant (106)
mzID (670)
mzR (1238)

N

NADfinder (27)
NanoStringDiff (109)
NanoStringQCPro (118)
NarrowPeaks (106)
ncdfFlow (422)
NCIgraph (130)
ndexr (3)
neaGUI (32)
nem (153)
netbenchmark (103)
netbiov (103)
NetCRG (1)
nethet (94)
NetPathMiner (119)
netprioR (66)
netReg (26)
netresponse (118)
NetSAM (98)
networkBMA (87)
NGScopy (97)
NGScopyData (0)
nnNorm (102)
NOISeq (462)
nondetects (109)
normalize450K (81)
NormqPCR (252)
normr (77)
npGSEA (110)
NTW (96)
nucleoSim (93)
nucleR (119)
nudge (100)
NuPoP (106)

O

occugene (100)
OCplus (178)
odseq (81)
OGSA (88)
oligo (1388)
oligoClasses (1416)
OLIN (108)
OLINgui (104)
omicade4 (118)
OmicCircos (262)
OmicsMarkeR (108)
omicsPrint (1)
Onassis (1)
OnassisJavaLibs (1)
OncoScore (97)
OncoSimulR (104)
oneChannelGUI (137)
oneSENSE (2)
ontoCAT (127)
ontoProc (0)
ontoTools (5)
openCyto (207)
openPrimeR (1)
OperaMate (83)
oposSOM (111)
oppar (82)
OPWeight (3)
OrderedList (250)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (37)
OrganismDbi (1693)
OSAT (107)
Oscope (100)
OTUbase (109)
ouija (0)
OutlierD (112)

P

PAA (124)
PADOG (171)
paircompviz (100)
pairseqsim (2)
pamr (8)
PAN (0)
pandaR (103)
PAnnBuilder (119)
panp (129)
PANR (100)
PanVizGenerator (89)
PAPi (112)
parglms (85)
parody (169)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (98)
pathifier (204)
PathNet (119)
PathNetData (0)
PathoStat (82)
pathprint (28)
pathprintGEOData (1)
pathRender (108)
pathVar (89)
pathview (1471)
PatientGeneSets (3)
paxtoolsr (168)
Pbase (109)
pbcmc (88)
pcaExplorer (180)
pcaGoPromoter (137)
pcaMethods (1672)
PCAN (86)
pcot2 (145)
PCpheno (101)
pdInfoBuilder (206)
pdmclass (106)
PECA (101)
pepDat (0)
pepStat (100)
pepXMLTab (101)
PGA (102)
pgca (26)
PGSEA (223)
pgUtils (4)
PharmacoGx (114)
phenoDist (99)
phenopath (2)
phenoTest (120)
PhenStat (101)
philr (75)
phosphonormalizer (37)
phyloseq (1598)
Pi (71)
piano (345)
pickgene (104)
PICS (180)
Pigengene (76)
PING (114)
pint (106)
pkgDepTools (139)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (106)
plethy (97)
plgem (114)
plier (263)
PLPE (104)
plrs (97)
plw (98)
plyr (0)
pmm (87)
podkat (100)
polyester (160)
Polyfit (91)
POST (28)
PPInfer (28)
ppiStats (113)
pqsfinder (85)
prada (274)
prebs (100)
prebsdata (0)
PREDA (106)
predictionet (59)
preprocessCore (6653)
Prize (88)
proBAMr (99)
PROcess (192)
procoil (102)
ProCoNA (99)
proFIA (80)
profileScoreDist (77)
pRoloc (241)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (117)
PROMISE (100)
PROPER (120)
Prostar (112)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (104)
proteinProfiles (97)
proteomics (16)
ProteomicsAnnotationHubData (87)
proteoQC (115)
ProtGenerics (1690)
PSEA (98)
psichomics (82)
PSICQUIC (125)
psygenet2r (99)
PtH2O2lipids (0)
puma (171)
PureCN (120)
pvac (112)
pvca (159)
Pviz (113)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (149)
pwOmics (97)
pxr (0)

Q

qcmetrics (103)
QDNAseq (175)
qpcrNorm (115)
qpgraph (237)
qrqc (193)
qsea (78)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (109)
quantro (128)
quantsmooth (378)
QuartPAC (91)
QuasR (303)
QuaternaryProd (80)
QUBIC (122)
QUBICdata (0)
qusage (156)
qvalue (3564)

R

R3CPET (92)
r3Cseq (155)
R453Plus1Toolbox (103)
R4RNA (87)
RaggedExperiment (41)
rain (110)
rama (110)
ramigo (0)
RamiGO (151)
ramwas (29)
randPack (101)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (432)
RareVariantVis (87)
Rariant (94)
RbcBook1 (110)
rbcbook1 (0)
RBGL (4487)
RBioinf (109)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (179)
RBM (87)
Rbowtie (314)
Rbowtie2 (1)
rbsurv (110)
Rcade (108)
RCAS (79)
RCASPAR (100)
rcellminer (115)
rcellminerData (0)
rCGH (104)
Rchemcpp (111)
RchyOptimyx (115)
RColorBrewer (0)
Rcpi (137)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (129)
RCyjs (89)
RCytoscape (330)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (363)
Rdbi (5)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (72)
rdisop (0)
Rdisop (232)
RDRToolbox (194)
ReactomePA (547)
readat (80)
ReadqPCR (261)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (106)
recount (164)
recountWorkflow (1)
recoup (85)
RedeR (180)
REDseq (149)
RefNet (98)
RefNet.db (0)
RefPlus (103)
regioneR (607)
regionReport (151)
regsplice (68)
REMP (32)
REMPdata (1)
Repitools (310)
ReportingTools (622)
reposTools (1)
ReQON (96)
Resourcerer (10)
restfulSE (0)
rexposome (2)
rfcdmin (1)
rflowcyt (5)
rfPred (97)
rGADEM (381)
RGalaxy (109)
RGraph2js (81)
Rgraphviz (4477)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (133)
RGSEA (109)
rgsepd (94)
rhdf5 (4193)
rhdf5client (0)
Rhdf5lib (16)
Rhtslib (545)
rHVDM (98)
RiboProfiling (112)
riboSeq (0)
riboSeqR (115)
RImmPort (87)
Ringo (310)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (146)
Risa (112)
RITAN (20)
RIVER (27)
RJMCMCNucleosomes (29)
RLMM (103)
RMAGEML (2)
Rmagpie (99)
RMAPPER (6)
RMassBank (128)
rMAT (86)
rmat (0)
RmiR (118)
rmir (0)
RNAinteract (105)
RNAither (106)
RNAprobR (91)
RNAseq123 (60)
rnaseqcomp (95)
rnaseqGene (227)
RnaSeqGeneEdgeRQL (47)
rnaSeqMap (113)
RNASeqPower (189)
RnaSeqSampleSize (122)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (249)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (96)
roar (112)
ROC (629)
Roleswitch (112)
RoleswitchData (0)
Rolexa (30)
rols (238)
ROntoTools (119)
ropls (266)
ROTS (123)
RPA (131)
RProtoBufLib (7)
RpsiXML (126)
rpx (291)
Rqc (137)
rqt (30)
rqubic (148)
rRDP (97)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (126)
Rsamtools (8857)
rsbml (153)
rSFFreader (56)
RSNPper (4)
RSQLite (0)
Rsubread (879)
RSVSim (113)
rTANDEM (201)
RTCA (108)
RTCGA (346)
RTCGAToolbox (247)
RTN (136)
RTNduals (29)
RTNsurvival (3)
RTools4TB (4)
RTopper (104)
rtracklayer (8597)
Rtreemix (100)
rTRM (103)
rTRMui (92)
Ruuid (8)
RUVcorr (98)
RUVnormalize (114)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (390)
RVS (2)
RWebServices (11)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (19083)
safe (281)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (101)
sagx (0)
SAGx (179)
samExploreR (24)
sampleClassifier (30)
SamSPECTRAL (136)
sangerseqR (224)
SANTA (100)
sapFinder (98)
saps (21)
savR (117)
sbgr (14)
SBMLR (122)
SC3 (269)
Scale4C (2)
scales (0)
SCAN.UPC (151)
scater (719)
scDD (49)
scde (283)
ScISI (117)
SCLCBam (0)
scmap (3)
SCnorm (5)
scone (44)
scoreInvHap (2)
scPipe (1)
scran (481)
scRNAseq (0)
scsR (88)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (157)
SELEX (92)
SemDist (88)
semisup (27)
SemSim (6)
sendmailR (0)
SEPA (85)
seq2pathway (105)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (202)
seqbias (112)
seqCNA (101)
seqCNA.annot (0)
seqcombo (0)
SeqGSEA (220)
seqLogo (791)
Seqnames (0)
seqPattern (254)
seqplots (160)
seqTools (117)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (52)
SeqVarTools (169)
sevenbridges (107)
SGSeq (148)
shinyMethyl (160)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (102)
ShortRead (2955)
SICtools (47)
sidap (0)
sigaR (108)
SigCheck (95)
SigFuge (96)
siggenes (1501)
sights (68)
signeR (84)
sigPathway (181)
sigsquared (88)
SIM (105)
SIMAT (94)
SimBindProfiles (91)
similaRpeak (93)
SIMLR (118)
simpleaffy (851)
simpleSingleCell (49)
simulatorAPMS (5)
simulatorZ (91)
sincell (116)
SingleCellExperiment (8)
SISPA (82)
sizepower (140)
SJava (12)
skewr (84)
SLGI (105)
SLqPCR (120)
SMAP (99)
SMITE (93)
SNAData (1)
SNAGEE (95)
snapCGH (133)
snm (172)
snpAssoc (0)
SNPchip (271)
SNPediaR (75)
snpfier (0)
SNPhood (95)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (22)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (621)
snpStats (769)
SNPtools (0)
soGGi (103)
SomatiCA (40)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (240)
SpacePAC (101)
spade (75)
sparseDOSSA (28)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (101)
SpeCond (145)
SPEM (91)
SPIA (368)
SpidermiR (124)
spikeLI (98)
spkTools (102)
splatter (53)
splicegear (101)
spliceR (160)
spliceSites (100)
SplicingGraphs (143)
splineTCDiffExpr (10)
splineTimeR (83)
SPLINTER (73)
splots (228)
SPONGE (0)
spotSegmentation (106)
SQUADD (94)
SRAdb (496)
sRAP (102)
SRGnet (65)
sscore (105)
sscu (77)
sSeq (115)
ssize (160)
ssizeRNA (0)
SSPA (176)
ssviz (89)
stam (2)
STAN (108)
staRank (93)
StarBioTrek (72)
Starr (112)
STATegRa (106)
statTarget (110)
stemHypoxia (0)
stepNorm (102)
stepwiseCM (99)
Streamer (98)
STRINGdb (312)
stringr (0)
STROMA4 (26)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (100)
SummarizedExperiment (9810)
supraHex (648)
survcomp (445)
Sushi (239)
sva (2172)
SVAPLSseq (68)
SVM2CRM (87)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (105)
SwathXtend (80)
swfdr (27)
SwimR (90)
switchBox (104)
switchde (72)
synapter (173)
synergyfinder (93)
synlet (83)
systemPipeR (594)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (108)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (110)
TarSeqQC (91)
TCC (211)
TCGAbiolinks (842)
TCGAbiolinksGUI (57)
TCGAWorkflow (7)
TCseq (30)
TDARACNE (104)
TEQC (129)
ternarynet (92)
tetradR (0)
TFARM (1)
TFBSTools (311)
tiger (0)
tigre (112)
tilingArray (155)
timecourse (138)
TimerQuant (0)
timescape (31)
TIN (88)
TitanCNA (119)
tkWidgets (547)
tofsims (88)
ToPASeq (79)
topGO (1844)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (125)
tracktables (97)
trackViewer (197)
transcriptR (84)
tRanslatome (102)
TransView (102)
traseR (91)
Travis (1)
treeio (190)
TReNA (3)
triform (92)
trigger (99)
trio (122)
triplex (102)
triwise (1)
TRONCO (120)
Trumpet (1)
TSCAN (152)
tspair (119)
TSRchitect (26)
TSSi (108)
TurboNorm (95)
TVTB (61)
tweeDEseq (124)
twilight (242)
twoddpcr (30)
tximport (1072)
tximportData (0)
TypeInfo (99)

U

UNDO (93)
unifiedWMWqPCR (93)
UniProt.ws (230)
Uniquorn (83)
useR2012 (0)
uSORT (66)

V

VanillaICE (144)
variancePartition (138)
VariantAnnotation (4572)
VariantFiltering (150)
variants (22)
VariantTools (125)
vbmp (149)
Vega (98)
VegaMC (96)
viper (166)
virtualArray (18)
vsn (2088)
vtpnet (89)

W

wateRmelon (454)
wavClusteR (103)
waveTiling (95)
weaver (129)
webbioc (111)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (563)
wiggleplotr (27)

X

XBSeq (93)
xcms (865)
XDE (99)
xmapbridge (95)
xmapcore (3)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (122)
xtable (0)
XVector (13259)

Y

y2hStat (1)
yamss (85)
YAPSA (74)
yaqcaffy (129)
yarn (82)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zFPKM (2)
zinbwave (4)
zlibbioc (14597)