Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-11-21 08:46:44 -0500 (Tue, 21 Nov 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (28354)
2BiocGenerics (21612)
3S4Vectors (20180)
4IRanges (20080)
5Biobase (18314)
6AnnotationDbi (17533)
7zlibbioc (14900)
8GenomicRanges (13806)
9limma (13695)
10XVector (13533)
11GenomeInfoDb (12834)
12Biostrings (12573)
13BiocParallel (11918)
14SummarizedExperiment (10590)
15annotate (9680)
16GenomicAlignments (9072)
17Rsamtools (9031)
18rtracklayer (8966)
19biomaRt (8620)
20genefilter (8604)
21GenomicFeatures (8295)
22graph (7882)
23preprocessCore (6799)
24edgeR (6710)
25DESeq2 (6446)
26geneplotter (6125)
27affy (5443)
28BSgenome (5326)
29affyio (5061)
30multtest (4601)
31RBGL (4593)
32VariantAnnotation (4576)
33Rgraphviz (4546)
34rhdf5 (4509)
35DelayedArray (4140)
36impute (4013)
37AnnotationHub (3825)
38qvalue (3734)
39GEOquery (3447)
40ShortRead (3259)
41DNAcopy (3157)
42ensembldb (3137)
43interactiveDisplayBase (3130)
44DESeq (2915)
45biovizBase (2881)
46GSEABase (2873)
47Gviz (2615)
48KEGGREST (2360)
49sva (2261)
50AnnotationForge (2222)
51vsn (2217)
52Category (2134)
53ProtGenerics (2058)
54clusterProfiler (1935)
55GOSemSim (1933)
56GOstats (1893)
57EBImage (1879)
58DOSE (1872)
59topGO (1854)
60OrganismDbi (1806)
61pcaMethods (1798)
62KEGGgraph (1747)
63BiocStyle (1736)
64phyloseq (1701)
65gcrma (1676)
66illuminaio (1654)
67fgsea (1643)
68ggbio (1626)
69pathview (1616)
70ComplexHeatmap (1547)
71minfi (1545)
72siggenes (1512)
73bumphunter (1446)
74oligoClasses (1419)
75oligo (1409)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (146)
a4Base (173)
a4Classif (139)
a4Core (184)
a4Preproc (176)
a4Reporting (144)
ABAData (0)
ABAEnrichment (122)
ABAFuncData (0)
ABarray (141)
ABSSeq (144)
acde (112)
acepack (0)
aCGH (220)
ACME (145)
ADaCGH2 (124)
adSplit (121)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1304)
affy (5443)
affycomp (212)
AffyCompatible (136)
affyContam (128)
affycoretools (473)
affydata (1)
AffyExpress (135)
affyILM (117)
affyio (5061)
affylmGUI (201)
affyPara (130)
affypdnn (162)
affyPLM (1228)
affyQCReport (350)
AffyRNADegradation (123)
AffyTiling (22)
AGDEX (114)
Agi4x44PreProcess (13)
agilp (198)
AgiMicroRna (163)
AIMS (247)
ALDEx2 (157)
AllelicImbalance (128)
AllSorts (1)
alpine (109)
alpineData (0)
alsace (112)
altcdfenvs (138)
AMOUNTAIN (96)
amplican (2)
ampliQueso (105)
AnalysisPageServer (108)
anamiR (102)
Anaquin (94)
AneuFinder (117)
AneuFinderData (1)
ANF (1)
AnimalGene2QTL (1)
annaffy (550)
AnnBuilder (4)
annmap (94)
annotate (9680)
annotation (35)
AnnotationDbi (17533)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (1102)
AnnotationForge (2222)
AnnotationFuncs (154)
AnnotationHub (3825)
AnnotationHubData (142)
Annotations (0)
annotationTools (171)
annotatr (135)
annotatr.data (0)
anota (126)
anota2seq (1)
antiProfiles (111)
apcluster (0)
apComplex (138)
apeglm (2)
applera (1)
aroma.light (1332)
ArrayExpress (459)
ArrayExpressHTS (70)
arrayMagic (1)
arraymvout (0)
arrayMvout (114)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (156)
arrayQualityMetrics (477)
arrays (54)
ArrayTools (181)
ArrayTV (115)
ARRmNormalization (116)
ASAFE (88)
ASEB (113)
ASGSCA (112)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (4)
ASpli (114)
ASSET (113)
ASSIGN (115)
ATACqc (1)
ATACseqQC (63)
AtlasRDF (108)
attract (118)
AUCell (3)

B

BaalChIP (93)
BAC (113)
bacon (118)
BADER (108)
BadRegionFinder (91)
BAGS (106)
ballgown (729)
bamsignals (188)
banocc (40)
base64enc (0)
basecallQC (45)
BaseSpaceR (128)
Basic4Cseq (119)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BASiCS (3)
BasicSTARRseq (98)
BatchJobs (0)
BatchQC (147)
BayesKnockdown (84)
BayesPeak (169)
baySeq (477)
BBCAnalyzer (97)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (135)
beachmat (35)
beadarray (651)
beadarraySNP (131)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (607)
BeadExplorer (1)
BEAT (109)
BEclear (104)
betr (83)
bgafun (112)
BgeeDB (127)
BGmix (61)
bgx (118)
BHC (183)
BicARE (165)
BiGGR (122)
BigMatrix (0)
bigmelon (91)
bigmemoryExtras (79)
bim (1)
bioassayR (142)
Biobase (18314)
biobroom (162)
bioCancer (104)
BiocCaseStudies (116)
BiocCheck (375)
biocDatasets (3)
BiocFileCache (74)
BiocGenerics (21612)
biocGraph (186)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstaller (28354)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (46)
BiocParallel (11918)
BiocSklearn (2)
BiocStyle (1736)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (457)
BiocWorkflowTools (96)
bioDist (328)
biodist (0)
BiodivoTools (1)
biomaRt (8620)
BioMedR (50)
biomformat (1297)
BioMVCClass (110)
biomvRCNS (111)
BioNet (286)
BioQC (96)
BioSeqClass (124)
biosigner (114)
biostrings (0)
Biostrings (12573)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (104)
biotmle (43)
biovizBase (2881)
BiRewire (163)
birta (113)
birte (109)
BiSeq (193)
bitops (0)
BitSeq (255)
blima (103)
blimaTestingData (0)
BLMA (43)
bnbc (1)
BPRMeth (93)
BRAIN (180)
BrainStars (115)
branchpointer (42)
brew (0)
BRGEdata (1)
bridge (110)
BridgeDbR (121)
BrowserViz (91)
BrowserVizDemo (69)
BSgenome (5326)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (642)
BubbleTree (113)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (121)
BufferedMatrixMethods (116)
BUMHMM (44)
bumphunter (1446)
BUS (108)
BuxcoR (0)

C

CAFE (100)
CAGEr (154)
CALIB (118)
CAMERA (416)
camera (0)
canceR (110)
cancerclass (109)
CancerInSilico (82)
CancerMutationAnalysis (119)
CancerSubtypes (120)
CAnD (97)
caOmicsV (97)
Cardinal (138)
casper (115)
CATALYST (43)
Category (2134)
categoryCompare (90)
CausalR (104)
cbaf (1)
ccdata (0)
ccmap (95)
CCPROMISE (83)
ccrepe (114)
cellbaseR (40)
cellGrowth (111)
cellHTS (24)
cellHTS2 (224)
cellity (107)
CellMapper (92)
CellMapperData (0)
cellnoptr (0)
CellNOptR (153)
cellscape (52)
cellTree (113)
CEMiTool (4)
CexoR (112)
CFAssay (105)
CGEN (136)
CGHbase (222)
CGHcall (208)
cghMCR (194)
CGHnormaliter (115)
CGHregions (131)
cghregions (0)
ChAMP (404)
ChAMPdata (0)
charm (131)
checkmate (0)
ChemmineOB (194)
ChemmineR (442)
Chicago (120)
chimera (165)
chimeraviz (59)
ChIPanalyser (2)
ChIPComp (108)
chipenrich (135)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (44)
ChIPexoQualExample (0)
ChIPpeakAnno (679)
ChIPQC (235)
ChIPseeker (517)
ChipSeq (0)
chipseq (443)
chipseqDB (8)
ChIPseqR (172)
ChIPsim (169)
ChIPXpress (87)
chopsticks (317)
chroGPS (103)
chromDraw (102)
ChromHeatMap (130)
ChromoViz (1)
chromPlot (105)
chromstaR (91)
chromstaRData (0)
chromswitch (1)
chromVAR (1)
CHRONOS (104)
CINdex (91)
cisPath (112)
ClassifyR (123)
cleanUpdTSeq (105)
cleaver (201)
clippda (114)
clipper (154)
Clomial (107)
Clonality (109)
clonotypeR (110)
clst (112)
clstutils (101)
clustComp (94)
clusterExperiment (119)
ClusterJudge (3)
clusterProfiler (1935)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (44)
ClusterSignificance (101)
clusterStab (158)
CMA (180)
CMEA (1)
cn.farms (108)
cn.mops (225)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (132)
cnanorm (0)
CNEr (294)
CNORdt (113)
CNORfeeder (109)
CNORfuzzy (111)
CNORode (122)
CNPBayes (97)
CNTools (279)
cnvGSA (106)
CNVPanelizer (112)
CNVrd2 (109)
CNVtools (124)
cnvtools (0)
cobindR (100)
CoCiteStats (110)
codelink (117)
codetoolsBioC (0)
CODEX (146)
coexnet (5)
CoGAPS (112)
cogena (123)
coGPS (102)
COHCAP (126)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (131)
COMPASS (112)
compcodeR (117)
compEpiTools (126)
CompGO (117)
ComplexHeatmap (1547)
CONFESS (91)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (997)
consensusOV (4)
consensusSeekeR (95)
contiBAIT (88)
conumee (127)
convert (220)
copa (115)
COPDSexualDimorphism (3)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (261)
CopyNumber450k (17)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (141)
CoRegNet (123)
Cormotif (110)
CorMut (104)
coRNAi (80)
CORREP (112)
coseq (52)
cosmiq (107)
cosmo (6)
cosmoGUI (5)
COSNet (97)
CountClust (133)
covEB (82)
CoverageView (114)
covRNA (82)
cpvSNP (98)
cqn (194)
CRImage (138)
CRISPRseek (159)
crisprseekplus (85)
CrispRVariants (118)
crlmm (220)
crossmeta (97)
CSAR (176)
csaw (243)
CSSP (121)
ctc (334)
ctsGE (91)
cummeRbund (1184)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
curatedTCGAData (1)
customProDB (149)
CVE (95)
cycle (110)
cydar (51)
cytofkit (241)
cytofWorkflow (2)
cytolib (12)
CytoML (84)

D

dada2 (452)
dagLogo (98)
daMA (107)
DaMiRseq (43)
DAPAR (124)
DAPARdata (0)
DART (110)
DASC (4)
DASiR (16)
DAVIDQuery (19)
davidquery (0)
DBChIP (142)
DBI (0)
dcGSA (86)
DChIPRep (103)
ddCt (164)
ddgraph (102)
DDiGGER (0)
debrowser (140)
DECIPHER (395)
DEComplexDisease (1)
DeconRNASeq (132)
DEDS (122)
DeepBlueR (117)
deepSNV (138)
DEFormats (148)
DEGraph (117)
DEGreport (114)
DEGseq (312)
DelayedArray (4140)
DelayedMatrixStats (1)
deltaGseg (104)
DeMAND (103)
DEP (3)
derfinder (284)
derfinderData (0)
derfinderHelper (241)
derfinderPlot (127)
deseq (0)
DESeq (2915)
DESeq2 (6446)
destiny (547)
DEsubs (106)
DEXSeq (676)
dexus (120)
DFP (107)
dichromat (0)
DiffBind (618)
diffGeneAnalysis (102)
diffHic (139)
DiffLogo (102)
diffloop (91)
diffloopdata (1)
diffuStats (4)
digest (0)
diggit (100)
diggitdata (0)
Director (77)
DirichletMultinomial (288)
discordant (42)
dks (107)
DMCHMM (3)
DMRcaller (108)
DMRcate (469)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (107)
DMRScan (41)
DNABarcodes (112)
DNAcopy (3157)
DNaseR (5)
DNAshapeR (111)
domainsignatures (108)
doppelgangR (94)
DOQTL (122)
Doscheda (2)
DOSE (1872)
drawProteins (0)
DRIMSeq (105)
DriverNet (121)
DrugDiseaseNet (1)
DrugVsDisease (112)
dSimer (86)
DSS (460)
DTA (101)
dualKS (101)
DupChecker (97)
dupRadar (250)
DvDdata (0)
dyebias (108)
DynDoc (571)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (0)
EasyqpcR (151)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (237)
EBarrays (180)
EBcoexpress (110)
EBImage (1879)
EBSEA (86)
EBSeq (526)
EBSeqHMM (127)
ecolitk (113)
EDASeq (1166)
edd (6)
EDDA (107)
edge (155)
edger (0)
edgeR (6710)
eegc (88)
EfficientR (0)
EGAD (103)
EGSEA (166)
EGSEA123 (0)
EGSEAdata (0)
eiR (70)
eisa (129)
ELBOW (95)
ELMER (174)
ELMER.data (0)
EMDomics (102)
EmpiricalBrownsMethod (96)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (124)
ENmix (130)
EnrichedHeatmap (138)
EnrichmentBrowser (199)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (3137)
ensemblVEP (157)
ENVISIONQuery (99)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (0)
EpiDISH (4)
epigenomix (107)
epiNEM (43)
epivizr (149)
epivizrChart (7)
epivizrData (121)
epivizrServer (117)
epivizrStandalone (99)
eQTL (4)
erccdashboard (124)
erma (149)
esATAC (1)
esetVis (88)
eudysbiome (89)
EventPointer (49)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (86)
ExiMiR (109)
exomeCopy (262)
exomecopy (1)
exomePeak (131)
exonfindR (0)
exonmap (12)
ExperimentHub (155)
ExperimentHubData (94)
explorase (93)
ExpressionAtlas (103)
ExpressionNormalizationWorkflow (16)
expressionview (0)
ExpressionView (103)
exprExternal (1)
externalVector (5)

F

fabia (200)
facopy (96)
facopy.annot (0)
factDesign (120)
fail (0)
FamAgg (92)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (119)
fastLiquidAssociation (96)
FastProjectR (1)
fastseg (343)
fbat (4)
fCCAC (80)
fCI (93)
fdrame (109)
FEM (266)
ffpe (121)
FGNet (169)
fgsea (1643)
FindMyFriends (117)
FISHalyseR (98)
FitHiC (104)
flagme (105)
Fletcher2013a (0)
flipflop (116)
flowAI (111)
flowBeads (100)
flowBin (97)
flowcatchR (99)
flowCHIC (97)
flowCL (134)
flowClean (124)
flowClust (305)
flowCore (1284)
flowCyBar (100)
flowDensity (152)
flowFit (106)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (9)
flowFP (127)
flowMap (103)
flowMatch (103)
flowMeans (203)
flowMerge (148)
flowPeaks (153)
flowPhyto (7)
flowPloidy (81)
flowPloidyData (0)
flowPlots (104)
flowq (0)
flowQ (141)
flowQB (104)
FlowRepositoryR (97)
FlowSOM (254)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (326)
flowTime (37)
flowTrack (1)
flowTrans (118)
flowType (130)
flowUtils (310)
flowViz (556)
flowVS (104)
flowWorkspace (507)
fmcsR (196)
focalCall (96)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (114)
FRGEpistasis (98)
frma (263)
frmaTools (123)
fucci (1)
FunChIP (77)
FunciSNP (128)
funtooNorm (43)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (40)
GA4GHshiny (5)
gaga (115)
gage (809)
gaggle (103)
gaia (131)
GAprediction (78)
garfield (87)
gaucho (94)
gcapc (43)
gcatest (88)
gCMAP (102)
gCMAPWeb (85)
gCrisprTools (83)
gcrma (1676)
gdsfmt (771)
geecc (91)
GEM (84)
genArise (111)
genbankr (125)
GENE.E (115)
gene2pathway (6)
GeneAnswers (176)
geneAttribution (80)
GeneBreak (92)
geneClassifiers (39)
GeneExpressionSignature (114)
genefilter (8604)
genefu (252)
GeneGA (81)
GeneGeneInteR (87)
GeneGroupAnalysis (3)
GeneMeta (154)
GeneNetworkBuilder (96)
GeneOverlap (153)
geneplast (83)
geneplotter (6125)
GeneR (8)
geneRecommender (103)
GeneRegionScan (103)
generegulation (8)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (92)
GeneSelectMMD (107)
GeneSelector (147)
GENESIS (159)
GeneSpring (5)
geNetClassifier (135)
GeneticsBase (4)
GeneticsDesign (137)
GeneticsPed (154)
GeneTraffic (5)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (94)
GENIE3 (13)
genoCN (103)
GenoGAM (94)
genomation (279)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (272)
GenomeInfoDb (12834)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (392)
genomes (133)
GenomicAlignments (9072)
GenomicDataCommons (75)
GenomicFeatures (8295)
GenomicFiles (539)
GenomicInteractions (147)
GenomicRanges (13806)
GenomicScores (86)
GenomicTuples (107)
Genominator (127)
genoset (229)
genotypeeval (91)
GenoView (9)
genphen (87)
GenRank (88)
GenVisR (255)
GEOmetadb (257)
geoquery (0)
GEOquery (3447)
GEOsearch (85)
GEOsubmission (107)
geosubmission (0)
gespeR (110)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (94)
gff3Plotter (1)
GGBase (166)
ggbio (1626)
ggcyto (255)
GGtools (160)
ggtree (997)
girafe (162)
GISPA (40)
GKnowMTest (1)
GLAD (224)
Glimma (436)
GlobalAncova (146)
globalSeq (88)
globaltest (467)
gmapR (99)
GMRP (86)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (164)
GOFunction (127)
GoogleGenomics (100)
GOpro (85)
goProfiles (161)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1933)
goseq (807)
GOSim (157)
goSTAG (46)
gostats (0)
GOstats (1893)
GOsummaries (139)
GOTHiC (121)
goTools (154)
gotools (0)
gpls (192)
gprege (97)
gQTLBase (199)
gQTLstats (205)
graph (7882)
GraphAlignment (110)
GraphAT (101)
graphite (630)
GraphPAC (111)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (105)
GreyListChIP (104)
GRmetrics (99)
grndata (0)
groHMM (108)
GRridge (43)
GSALightning (85)
GSAR (157)
GSBenchMark (0)
GSCA (98)
GSE64985 (0)
GSEABase (2873)
GSEAlm (178)
GSReg (94)
GSRI (102)
GSVA (484)
gtkWidgets (0)
gtrellis (111)
GUIDEseq (104)
Guitar (98)
Gviz (2615)
gwascat (204)
GWASTools (314)

H

h5vc (115)
hapFabia (116)
Harman (93)
HarmanData (0)
Harshlight (107)
harshlight (0)
HCsnip (101)
HDF5Array (357)
HDTD (93)
healthyFlowData (0)
heatmaps (55)
Heatplus (675)
HelloRanges (91)
HelloRangesData (0)
HELP (107)
HEM (104)
hexbin (18)
hiAnnotator (105)
HIBAG (116)
HiCcompare (4)
hicrep (42)
hierGWAS (97)
highthroughputassays (9)
HilbertCurve (128)
hilbertvis (0)
HilbertVis (356)
HilbertVisGUI (85)
hiReadsProcessor (73)
HiTC (195)
Hmisc (0)
HMMcopy (169)
hopach (246)
hpar (218)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (227)
HTSanalyzeR (158)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (72)
htseqtools (0)
htSeqTools (180)
HTSFilter (177)
HybridMTest (97)
hyperdraw (135)
hypergraph (179)

I

iASeq (99)
iBBiG (151)
ibh (94)
iBMQ (96)
iCARE (87)
Icens (304)
iCheck (98)
iChip (97)
iClusterPlus (137)
iCOBRA (88)
ideal (42)
ideogram (0)
IdeoViz (128)
idiogram (105)
IdMappingAnalysis (93)
IdMappingRetrieval (97)
iFlow (4)
iGC (90)
IHW (334)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1654)
imageanalysisBrain (1)
imageHTS (117)
IMAS (41)
Imetagene (87)
ImmuneSpaceR (90)
immunoClust (94)
IMPCdata (86)
ImpulseDE (85)
ImpulseDE2 (40)
impute (4013)
InPAS (98)
INPower (94)
inSilicoDb (51)
inSilicoMerging (47)
insilicomerging (0)
INSPEcT (99)
intansv (112)
InteractionSet (172)
interactiveDisplay (278)
interactiveDisplayBase (3130)
IntEREst (39)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
InterMineR (1)
IntramiRExploreR (3)
inveRsion (99)
IONiseR (140)
iontree (104)
iPAC (117)
IPO (122)
IPPD (159)
iranges (0)
IRanges (20080)
IrisSpatialFeatures (2)
iSeq (102)
iSNetwork (1)
isobar (184)
IsoformSwitchAnalyzeR (8)
IsoGeneGUI (97)
ISoLDE (84)
isomiRs (95)
iSPlot (2)
ITALICS (102)
iterativeBMA (103)
iterativeBMAsurv (99)
iterators (0)
iterClust (1)
IVAS (94)
ivygapSE (1)
IWB2011 (0)
IWTomics (39)

J

JASPAR2016 (0)
JASPAR2018 (1)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (16)
joda (102)
JunctionSeq (140)

K

karyoploteR (83)
KCsmart (102)
kebabs (160)
KEGGgraph (1747)
KEGGlincs (87)
keggorth (3)
keggorthology (130)
KEGGprofile (192)
KEGGREST (2360)
KEGGSOAP (9)
KFAS (0)
kimod (85)

L

labeling (0)
lapmix (103)
latticeExtra (0)
LBE (154)
ldblock (130)
LEA (255)
LedPred (93)
les (104)
leukemiasEset (0)
lfa (216)
liftOver (25)
limma (13695)
limmaGUI (168)
LINC (83)
LineagePulse (1)
Linnorm (108)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (102)
lmdme (104)
LMGene (116)
LOBSTAHS (95)
logicFS (227)
logitt (0)
logitT (99)
Logolas (40)
lol (102)
LOLA (137)
LowMACA (94)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (131)
LPEadj (102)
LPEseq (0)
lpNet (99)
lpsymphony (357)
lumi (952)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (108)
lydata (0)
LymphoSeq (89)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3C (1)
M3D (89)
M3DExampleData (0)
M3Drop (143)
maanova (137)
macat (107)
maCorrPlot (105)
maDB (4)
made4 (373)
MADSEQ (79)
maftools (301)
MAGEML (0)
maigesPack (104)
MAIT (128)
makecdfenv (229)
makePlatformDesign (4)
MANOR (105)
manta (102)
MantelCorr (100)
mAPKL (80)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (95)
mapscape (42)
marray (1164)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (281)
maskBAD (96)
MassArray (107)
massiR (99)
MassSpecWavelet (682)
MAST (265)
matchBox (95)
matchprobes (8)
Matrix (0)
MatrixRider (91)
matter (102)
MaxContrastProjection (38)
MBAmethyl (86)
MBASED (99)
MBCB (101)
mBPCR (102)
MBttest (81)
mcaGUI (104)
MCbiclust (43)
MCRestimate (105)
mdgsa (101)
mdqc (113)
MEAL (95)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (103)
MEDIPS (174)
MEDME (103)
MEIGOR (103)
MergeMaid (159)
Mergeomics (87)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (165)
meshes (86)
meshr (146)
MeSHSim (87)
messina (89)
metaArray (152)
Metab (111)
metabomxtr (99)
MetaboSignal (95)
metaCCA (86)
MetaCyto (0)
metagene (123)
metagenomeFeatures (94)
metagenomeSeq (538)
metahdep (101)
metaMS (120)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (105)
metaseqR (117)
metavizr (46)
metaX (15)
MetCirc (87)
MetCleaning (1)
methimpute (1)
methInheritSim (6)
MethPed (82)
MethTargetedNGS (86)
methVisual (108)
methyAnalysis (197)
MethylAid (114)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (19)
methylInheritance (36)
methylInheritanceSim (1)
methylKit (309)
MethylMix (123)
methylMnM (93)
methylPipe (136)
MethylSeekR (115)
methylumi (982)
methyvim (1)
mfa (4)
Mfuzz (325)
MGFM (94)
MGFR (78)
mgsa (118)
MiChip (97)
microbiome (7)
microrna (0)
microRNA (195)
MIGSA (42)
mimager (37)
MIMOSA (95)
MineICA (101)
minet (795)
minfi (1545)
MinimumDistance (97)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (101)
MIRA (1)
MiRaGE (100)
miRBaseConverter (4)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (86)
miRcompData (0)
mirIntegrator (91)
miRLAB (99)
miRmine (1)
miRNAmeConverter (94)
miRNApath (133)
miRNAtap (147)
miRsponge (2)
Mirsynergy (98)
missMethyl (393)
mitoODE (92)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (306)
MLP (114)
MLSeq (132)
MMDiff (19)
MMDiff2 (87)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (2)
mmnet (87)
MmPalateMiRNA (103)
MODA (85)
mogsa (99)
monocle (561)
MONSTER (2)
MoonlightR (88)
MoPS (92)
mosaics (271)
motifbreakR (114)
motifcounter (38)
MotifDb (305)
motifmatchr (5)
motifRG (142)
motifStack (300)
MotIV (308)
MPFE (88)
mpra (0)
mQTL.NMR (102)
msa (558)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (34)
MSGFgui (155)
MSGFplus (193)
MSIseqData (0)
msmsEDA (170)
msmsTests (171)
MSnbase (840)
MSnID (180)
MSPC (1)
msPurity (85)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (239)
MSstatsBioData (1)
MSstatsQC (2)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (153)
MultiAssayExperiment (199)
multiClust (102)
MultiDataSet (107)
MultiMed (88)
multiMiR (2)
multiOmicsViz (41)
multiscan (99)
multtest (4601)
munsell (0)
muscle (185)
MutationalPatterns (117)
MVCClass (104)
mvGST (96)
MWASTools (56)
mygene (373)
myvariant (107)
mzID (747)
mzR (1261)

N

NADfinder (37)
NanoStringDiff (110)
NanoStringQCPro (117)
NarrowPeaks (103)
ncdfFlow (454)
NCIgraph (124)
ndexr (5)
neaGUI (23)
nem (153)
neoantigenR (0)
netbenchmark (102)
netbiov (106)
NetCRG (0)
nethet (92)
NetPathMiner (117)
netprioR (73)
netReg (37)
netresponse (115)
NetSAM (95)
networkBMA (85)
NGScopy (95)
NGScopyData (0)
nnNorm (100)
NOISeq (468)
nondetects (105)
normalize450K (81)
NormqPCR (252)
normr (85)
npGSEA (108)
NTW (92)
nucleoSim (87)
nucleR (116)
nudge (97)
NuPoP (101)

O

occugene (97)
OCplus (176)
odseq (81)
OGSA (87)
oligo (1409)
oligoClasses (1419)
OLIN (106)
OLINgui (101)
omicade4 (118)
OmicCircos (263)
OmicsMarkeR (107)
omicsPrint (1)
Onassis (2)
OnassisJavaLibs (1)
oncomix (0)
OncoScore (96)
OncoSimulR (102)
oneChannelGUI (132)
oneSENSE (4)
ontoCAT (122)
ontoProc (1)
ontoTools (4)
openCyto (214)
openPrimeR (1)
openPrimeRui (2)
OperaMate (83)
oposSOM (108)
oppar (82)
OPWeight (6)
OrderedList (245)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (65)
OrganismDbi (1806)
OSAT (106)
Oscope (100)
OTUbase (106)
ouija (1)
OutlierD (108)

P

PAA (119)
PADOG (174)
paircompviz (98)
pairseqsim (2)
pamr (7)
PAN (0)
pandaR (103)
panelcn.mops (1)
PAnnBuilder (119)
panp (125)
PANR (96)
PanVizGenerator (89)
PAPi (110)
parglms (85)
parody (171)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (98)
pathifier (207)
PathNet (117)
PathNetData (0)
PathoStat (93)
pathprint (39)
pathprintGEOData (1)
pathRender (105)
pathVar (87)
pathview (1616)
PathwaySplice (1)
PatientGeneSets (2)
paxtoolsr (164)
Pbase (108)
pbcmc (89)
pcaExplorer (203)
pcaGoPromoter (142)
pcaMethods (1798)
PCAN (86)
pcot2 (145)
PCpheno (98)
pcxn (1)
pdInfoBuilder (196)
pdmclass (101)
PECA (100)
pepDat (0)
pepStat (98)
pepXMLTab (99)
PGA (101)
pgca (35)
PGSEA (225)
pgUtils (4)
phantasus (1)
PharmacoGx (125)
phenoDist (96)
phenopath (4)
phenoTest (123)
PhenStat (99)
philr (84)
phosphonormalizer (48)
phyloseq (1701)
Pi (81)
piano (364)
pickgene (102)
PICS (172)
Pigengene (85)
PING (105)
pint (103)
pkgDepTools (136)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (104)
plethy (95)
plgem (111)
plier (263)
PLPE (99)
plrs (94)
plw (96)
plyr (0)
pmm (86)
podkat (98)
polyester (159)
Polyfit (91)
POST (38)
PPInfer (40)
ppiStats (110)
pqsfinder (87)
prada (276)
prebs (99)
prebsdata (0)
PREDA (103)
predictionet (59)
preprocessCore (6799)
Prize (87)
proBAMr (99)
PROcess (191)
procoil (99)
ProCoNA (97)
proFIA (90)
profileScoreDist (77)
progeny (1)
projectoR (1)
projectR (0)
pRoloc (243)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (111)
PROMISE (97)
PROPER (119)
PROPS (1)
Prostar (111)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (101)
proteinProfiles (96)
proteomics (16)
ProteomicsAnnotationHubData (87)
proteoQC (117)
ProtGenerics (2058)
PSEA (95)
psichomics (91)
PSICQUIC (123)
psygenet2r (100)
PtH2O2lipids (0)
puma (169)
PureCN (121)
pvac (108)
pvca (158)
Pviz (111)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (149)
pwOmics (96)
pxr (0)

Q

qcmetrics (100)
QDNAseq (176)
qpcrNorm (113)
qpgraph (239)
qrqc (191)
qsea (87)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (108)
quantro (126)
quantsmooth (366)
QuartPAC (89)
QuasR (291)
QuaternaryProd (81)
QUBIC (118)
QUBICdata (0)
qusage (161)
qvalue (3734)

R

R3CPET (90)
r3Cseq (154)
R453Plus1Toolbox (100)
R4RNA (87)
RaggedExperiment (56)
rain (110)
rama (108)
ramigo (0)
RamiGO (144)
ramwas (40)
randPack (98)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (426)
RareVariantVis (86)
Rariant (91)
RbcBook1 (108)
rbcbook1 (0)
RBGL (4593)
RBioinf (105)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (175)
RBM (85)
Rbowtie (295)
Rbowtie2 (3)
rbsurv (108)
Rcade (110)
RCAS (87)
RCASPAR (97)
rcellminer (111)
rcellminerData (0)
rCGH (102)
Rchemcpp (108)
RchyOptimyx (113)
RColorBrewer (0)
Rcpi (141)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (137)
RCyjs (89)
RCytoscape (321)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (362)
Rdbi (4)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (82)
rdisop (0)
Rdisop (230)
RDRToolbox (195)
ReactomePA (567)
readat (90)
ReadqPCR (261)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (102)
recount (190)
recountWorkflow (1)
recoup (85)
RedeR (183)
REDseq (147)
RefNet (94)
RefNet.db (0)
RefPlus (100)
regioneR (646)
regionReport (152)
regsplice (76)
REMP (47)
REMPdata (1)
Repitools (296)
ReportingTools (658)
reposTools (1)
ReQON (94)
Resourcerer (8)
restfulSE (1)
restfulSEData (1)
rexposome (3)
rfcdmin (1)
rflowcyt (5)
rfPred (96)
rGADEM (393)
RGalaxy (108)
RGMQL (0)
RGraph2js (81)
Rgraphviz (4546)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (135)
RGSEA (109)
rgsepd (92)
rhdf5 (4509)
rhdf5client (1)
Rhdf5lib (43)
Rhtslib (575)
rHVDM (94)
RiboProfiling (112)
riboSeq (0)
riboSeqR (113)
RImmPort (86)
Ringo (304)
Rintact (3)
rintact (0)
RIPSeeker (144)
Risa (111)
RITAN (31)
RIVER (37)
RJMCMCNucleosomes (40)
RLMM (100)
RMAGEML (2)
Rmagpie (95)
RMAPPER (5)
RMassBank (127)
rMAT (87)
rmat (0)
RmiR (111)
rmir (0)
RNAinteract (101)
RNAither (102)
RNAprobR (90)
RNAseq123 (71)
rnaseqcomp (93)
rnaseqGene (230)
RnaSeqGeneEdgeRQL (66)
rnaSeqMap (110)
RNASeqPower (187)
RnaSeqSampleSize (122)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (240)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (96)
roar (111)
ROC (643)
Roleswitch (110)
RoleswitchData (0)
Rolexa (19)
rols (227)
roma (1)
ROntoTools (118)
ropls (273)
ROTS (129)
RPA (133)
RProtoBufLib (15)
RpsiXML (122)
rpx (299)
Rqc (135)
rqt (41)
rqubic (146)
rRDP (94)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (114)
Rsamtools (9031)
rsbml (148)
rSFFreader (58)
RSNPper (3)
RSQLite (0)
Rsubread (963)
RSVSim (110)
rTANDEM (198)
RTCA (106)
RTCGA (351)
RTCGAToolbox (263)
RTN (139)
RTNduals (40)
RTNsurvival (5)
RTools4TB (3)
RTopper (102)
rtracklayer (8966)
Rtreemix (98)
rTRM (100)
rTRMui (91)
runibic (1)
Ruuid (7)
RUVcorr (97)
RUVnormalize (111)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (416)
RVS (3)
RWebServices (8)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (20180)
safe (288)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (99)
sagx (0)
SAGx (177)
samExploreR (32)
sampleClassifier (40)
SamSPECTRAL (133)
sangerseqR (238)
SANTA (101)
sapFinder (96)
saps (10)
savR (104)
sbgr (7)
SBMLR (120)
SC3 (310)
Scale4C (3)
scales (0)
SCAN.UPC (145)
scater (865)
scDD (70)
scde (311)
scfind (1)
ScISI (113)
SCLCBam (0)
scmap (4)
SCnorm (10)
scone (66)
scoreInvHap (3)
scPipe (1)
scran (553)
scRNAseq (0)
scsR (85)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (160)
SELEX (91)
SemDist (86)
semisup (36)
SemSim (6)
sendmailR (0)
SEPA (85)
seq2pathway (102)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (204)
seqbias (108)
seqCAT (1)
seqCNA (100)
seqCNA.annot (0)
seqcombo (2)
SeqGSEA (217)
seqLogo (811)
Seqnames (0)
seqPattern (272)
seqplots (162)
SeqSQC (1)
seqTools (113)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (54)
SeqVarTools (170)
sevenbridges (108)
SGSeq (144)
shinyMethyl (156)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (100)
ShortRead (3259)
SICtools (49)
sidap (0)
sigaR (107)
SigCheck (93)
SigFuge (93)
siggenes (1512)
sights (75)
signeR (96)
signet (1)
sigPathway (180)
sigsquared (86)
SIM (100)
SIMAT (93)
SimBindProfiles (91)
similaRpeak (91)
SIMLR (144)
simpleaffy (850)
simpleSingleCell (55)
simulatorAPMS (5)
simulatorZ (88)
sincell (116)
SingleCellExperiment (45)
SISPA (81)
sizepower (134)
SJava (8)
skewr (82)
slalom (1)
SLGI (102)
SLqPCR (117)
SMAP (96)
SMITE (94)
SNAData (1)
SNAGEE (92)
snapCGH (129)
snm (169)
snpAssoc (0)
SNPchip (262)
SNPediaR (83)
snpfier (1)
SNPhood (93)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (20)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (616)
snpStats (771)
SNPtools (0)
soGGi (101)
SomatiCA (26)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (232)
SpacePAC (99)
spade (52)
sparseDOSSA (37)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (100)
SpeCond (144)
SPEM (89)
SPIA (370)
SpidermiR (125)
spikeLI (95)
spkTools (99)
splatter (74)
splicegear (99)
spliceR (158)
spliceSites (98)
SplicingGraphs (146)
splineTCDiffExpr (4)
splineTimeR (84)
SPLINTER (82)
splots (229)
SPONGE (1)
spotSegmentation (105)
SQUADD (91)
SRAdb (518)
sRAP (99)
SRGnet (72)
sscore (103)
sscu (78)
sSeq (114)
ssize (157)
ssizeRNA (0)
SSPA (180)
ssviz (87)
stageR (0)
stam (2)
STAN (106)
staRank (92)
StarBioTrek (81)
Starr (109)
STATegRa (103)
statTarget (125)
stemHypoxia (0)
stepNorm (99)
stepwiseCM (95)
Streamer (95)
STRINGdb (331)
stringr (0)
STROMA4 (36)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (99)
SummarizedExperiment (10590)
supraHex (627)
survcomp (432)
Sushi (240)
sva (2261)
SVAPLSseq (76)
SVM2CRM (85)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (106)
SwathXtend (80)
swfdr (38)
SwimR (88)
switchBox (103)
switchde (81)
synapter (166)
synergyfinder (104)
synlet (81)
systemPipeR (621)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (102)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (106)
TarSeqQC (95)
TCC (211)
TCGAbiolinks (870)
TCGAbiolinksGUI (79)
TCGAWorkflow (11)
TCseq (41)
TDARACNE (100)
tenXplore (0)
TEQC (130)
ternarynet (91)
tetradR (0)
TFARM (1)
TFBSTools (320)
TFHAZ (2)
tiger (0)
tigre (110)
tilingArray (153)
timecourse (136)
TimerQuant (0)
timescape (40)
TIN (87)
TitanCNA (117)
tkWidgets (537)
TMixClust (2)
TnT (1)
tofsims (89)
ToPASeq (70)
topdownr (1)
topGO (1854)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (119)
tracktables (96)
trackViewer (200)
transcriptogramer (1)
transcriptR (84)
tRanslatome (99)
TransView (99)
traseR (90)
Travis (1)
treeio (296)
trena (1)
TReNA (5)
triform (90)
trigger (96)
trio (116)
triplex (98)
triwise (1)
TRONCO (119)
Trumpet (1)
TSCAN (168)
tspair (116)
TSRchitect (37)
TSSi (104)
TurboNorm (91)
TVTB (70)
tweeDEseq (124)
twilight (240)
twoddpcr (40)
tximport (1254)
tximportData (0)
TypeInfo (95)

U

UNDO (91)
unifiedWMWqPCR (92)
UniProt.ws (231)
Uniquorn (83)
useR2012 (0)
uSORT (74)

V

VanillaICE (136)
variancePartition (135)
VariantAnnotation (4576)
VariantFiltering (149)
variants (22)
VariantTools (126)
vbmp (146)
Vega (94)
VegaMC (92)
viper (158)
virtualArray (16)
vsn (2217)
vtpnet (87)
vulcan (0)

W

wateRmelon (456)
wavClusteR (99)
waveTiling (92)
weaver (125)
webbioc (108)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (551)
wiggleplotr (39)

X

XBSeq (91)
xcms (888)
XDE (97)
xmapbridge (92)
xmapcore (3)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (121)
xtable (0)
XVector (13533)

Y

y2hStat (1)
yamss (94)
YAPSA (81)
yaqcaffy (126)
yarn (93)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zFPKM (3)
zinbwave (15)
zlibbioc (14900)