Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2016-08-26 08:36:15 -0700 (Fri, 26 Aug 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (25429)
2BiocGenerics (18128)
3IRanges (18074)
4S4Vectors (16414)
5Biobase (15132)
6AnnotationDbi (14313)
7zlibbioc (12357)
8GenomeInfoDb (11734)
9Biostrings (11643)
10GenomicRanges (10853)
11limma (10638)
12XVector (10468)
13BiocParallel (9100)
14rtracklayer (7913)
15annotate (7575)
16biomaRt (7555)
17genefilter (7420)
18Rsamtools (7401)
19GenomicFeatures (7340)
20GenomicAlignments (7324)
21graph (6566)
22SummarizedExperiment (6350)
23preprocessCore (5699)
24edgeR (5326)
25DESeq2 (4942)
26BSgenome (4919)
27geneplotter (4783)
28affy (4648)
29affyio (4329)
30RBGL (3874)
31Rgraphviz (3872)
32VariantAnnotation (3851)
33multtest (3691)
34impute (3129)
35DESeq (2976)
36GEOquery (2940)
37qvalue (2795)
38biovizBase (2732)
39Gviz (2584)
40rhdf5 (2510)
41GSEABase (2219)
42ShortRead (2168)
43AnnotationForge (1941)
44Category (1897)
45KEGGREST (1789)
46gcrma (1746)
47GOstats (1742)
48vsn (1736)
49illuminaio (1580)
50AnnotationHub (1580)
51DNAcopy (1571)
52OrganismDbi (1542)
53topGO (1533)
54siggenes (1521)
55ggbio (1517)
56cummeRbund (1494)
57minfi (1473)
58sva (1456)
59interactiveDisplayBase (1430)
60oligo (1406)
61oligoClasses (1403)
62EBImage (1356)
63affxparser (1304)
64bumphunter (1278)
65affyPLM (1253)
66pcaMethods (1252)
67marray (1153)
68KEGGgraph (1138)
69mzR (1096)
70BiocStyle (1072)
71lumi (1012)
72ensembldb (1005)
73methylumi (993)
74DOSE (961)
75pathview (939)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (170)
a4Base (192)
a4Classif (165)
a4Core (198)
a4Preproc (195)
a4Reporting (171)
ABAData (1)
ABAEnrichment (89)
ABAFuncData (0)
ABarray (168)
ABSSeq (142)
acde (81)
acepack (0)
aCGH (252)
ACME (167)
ADaCGH2 (151)
adSplit (149)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1304)
affy (4648)
affycomp (230)
AffyCompatible (166)
affyContam (153)
affycoretools (448)
affydata (2)
AffyExpress (165)
affyILM (146)
affyio (4329)
affylmGUI (251)
affyPara (152)
affypdnn (195)
affyPLM (1253)
affyQCReport (419)
AffyRNADegradation (145)
AffyTiling (138)
AGDEX (135)
Agi4x44PreProcess (35)
agilp (226)
AgiMicroRna (193)
AIMS (200)
ALDEx2 (135)
AllelicImbalance (164)
alpineData (1)
alsace (122)
altcdfenvs (169)
AMOUNTAIN (2)
ampliQueso (122)
AnalysisPageServer (112)
AneuFinder (26)
AneuFinderData (1)
annaffy (663)
AnnBuilder (8)
annmap (102)
annotate (7575)
annotation (18)
AnnotationDbi (14313)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1941)
AnnotationFuncs (180)
AnnotationHub (1580)
AnnotationHubData (91)
Annotations (0)
annotationTools (218)
annotatr.data (0)
anota (154)
antiProfiles (128)
apcluster (0)
apComplex (175)
applera (4)
aroma.light (845)
ArrayExpress (497)
ArrayExpressHTS (79)
arrayMagic (5)
arraymvout (0)
arrayMvout (142)
arrayQCplot (4)
arrayQuality (177)
arrayQualityMetrics (505)
arrays (32)
ArrayTools (208)
ArrayTV (131)
ARRmNormalization (126)
ASAFE (2)
ASEB (141)
ASGSCA (120)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (16)
ASpli (1)
ASSET (135)
ASSIGN (130)
AtlasRDF (125)
attract (135)

B

BAC (144)
bacon (26)
BADER (129)
BadRegionFinder (23)
BAGS (128)
ballgown (283)
bamsignals (147)
base64enc (0)
BaseSpaceR (149)
Basic4Cseq (137)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (30)
BatchJobs (0)
BatchQC (33)
BayesKnockdown (1)
BayesPeak (213)
baySeq (492)
BBCAnalyzer (73)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (149)
beadarray (703)
beadarraySNP (166)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (632)
BeadExplorer (3)
BEAT (120)
BEclear (105)
betr (202)
bgafun (137)
BgeeDB (25)
BGmix (76)
bgx (148)
BHC (222)
BicARE (154)
BiGGR (128)
BigMatrix (0)
bigmelon (1)
bigmemoryExtras (75)
bim (3)
bioassayR (171)
Biobase (15132)
biobroom (101)
bioCancer (1)
BiocCaseStudies (149)
BiocCheck (277)
biocDatasets (8)
BiocGenerics (18128)
biocGraph (207)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (25429)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (9100)
BiocStyle (1072)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (434)
bioDist (367)
biodist (0)
biomaRt (7555)
biomformat (171)
BioMVCClass (137)
biomvRCNS (129)
BioNet (315)
BioQC (25)
BioSeqClass (146)
biosigner (26)
biostrings (0)
Biostrings (11643)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (119)
biovizBase (2732)
BiRewire (183)
birta (134)
birte (112)
BiSeq (246)
bitops (0)
BitSeq (334)
blima (118)
blimaTestingData (0)
BRAIN (189)
BrainStars (132)
brew (0)
bridge (145)
BridgeDbR (118)
BrowserViz (100)
BrowserVizDemo (83)
BSgenome (4919)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (373)
BubbleTree (128)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (154)
BufferedMatrixMethods (146)
bumphunter (1278)
BUS (132)
BuxcoR (0)

C

CAFE (114)
CAGEr (171)
CALIB (132)
CAMERA (364)
camera (0)
canceR (110)
cancerclass (124)
CancerMutationAnalysis (137)
CancerSubtypes (1)
CAnD (107)
caOmicsV (76)
Cardinal (140)
casper (130)
Category (1897)
categoryCompare (130)
CausalR (79)
ccdata (1)
ccmap (1)
ccrepe (130)
cellGrowth (136)
cellHTS (145)
cellHTS2 (260)
cellity (34)
CellMapper (1)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (181)
cellTree (27)
CexoR (122)
CFAssay (114)
CGEN (166)
CGHbase (273)
CGHcall (224)
cghMCR (217)
CGHnormaliter (135)
CGHregions (156)
cghregions (0)
ChAMP (304)
ChAMPdata (0)
charm (162)
checkmate (0)
ChemmineOB (188)
ChemmineR (379)
Chicago (30)
chimera (191)
ChIPComp (90)
chipenrich (134)
chipenrich.data (0)
ChIPpeakAnno (642)
ChIPQC (199)
ChIPseeker (432)
ChipSeq (0)
chipseq (436)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (213)
ChIPsim (197)
ChIPXpress (92)
chopsticks (162)
chroGPS (120)
chromDraw (102)
ChromHeatMap (141)
ChromoViz (5)
chromPlot (29)
chromstaR (1)
chromstaRData (2)
CHRONOS (21)
CINdex (21)
cisPath (138)
ClassifyR (136)
cleanUpdTSeq (120)
cleaver (189)
clippda (137)
clipper (173)
Clomial (117)
Clonality (129)
clonotypeR (124)
clst (130)
clstutils (121)
clustComp (24)
clusterExperiment (1)
clusterProfiler (900)
clusterprofiler (0)
ClusterSignificance (24)
clusterStab (187)
CMA (199)
cn.farms (126)
cn.mops (267)
CNAnorm (155)
cnanorm (0)
CNEr (211)
CNORdt (134)
CNORfeeder (133)
CNORfuzzy (123)
CNORode (142)
CNPBayes (72)
CNTools (298)
cnvGSA (124)
CNVPanelizer (82)
CNVrd2 (125)
CNVtools (150)
cnvtools (0)
cobindR (117)
CoCiteStats (143)
codelink (146)
codetoolsBioC (0)
CODEX (140)
CoGAPS (117)
cogena (112)
coGPS (119)
COHCAP (149)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (127)
COMPASS (130)
compcodeR (135)
compEpiTools (133)
CompGO (134)
ComplexHeatmap (472)
CONFESS (18)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (497)
consensusSeekeR (25)
contiBAIT (24)
conumee (121)
convert (251)
copa (143)
COPDSexualDimorphism (10)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (227)
CopyNumber450k (130)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (135)
CoRegNet (124)
Cormotif (130)
CorMut (130)
coRNAi (127)
CORREP (135)
cosmiq (111)
cosmo (18)
cosmoGUI (17)
COSNet (112)
CountClust (27)
covEB (2)
CoverageView (113)
covRNA (2)
cpvSNP (101)
cqn (203)
CRImage (164)
CRISPRseek (165)
CrispRVariants (28)
crlmm (265)
crossmeta (2)
CSAR (212)
csaw (226)
CSSP (132)
ctc (366)
ctsGE (1)
cummeRbund (1494)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (159)
CVE (1)
cycle (133)
cytofkit (143)
CytoML (1)

D

dada2 (46)
dagLogo (113)
daMA (128)
DAPAR (81)
DAPARdata (1)
DART (120)
DASiR (116)
DAVIDQuery (139)
davidquery (0)
DBChIP (153)
DBI (0)
dcGSA (25)
DChIPRep (77)
ddCt (194)
ddgraph (122)
DDiGGER (0)
debrowser (29)
DECIPHER (230)
DeconRNASeq (134)
DEDS (133)
DeepBlueR (1)
deepSNV (155)
DEFormats (30)
DEGraph (160)
DEGreport (113)
DEGseq (345)
deltaGseg (130)
DeMAND (79)
derfinder (156)
derfinderData (0)
derfinderHelper (146)
derfinderPlot (127)
deseq (0)
DESeq (2976)
DESeq2 (4942)
destiny (129)
DEXSeq (902)
dexus (130)
DFP (130)
dichromat (0)
DiffBind (510)
diffGeneAnalysis (133)
diffHic (142)
DiffLogo (73)
diffloop (22)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (103)
diggitdata (0)
Director (1)
DirichletMultinomial (237)
dks (120)
DMRcaller (109)
DMRcate (215)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (112)
DNABarcodes (78)
DNAcopy (1571)
DNaseR (16)
DNAshapeR (28)
domainsignatures (135)
doppelgangR (25)
DOQTL (139)
DOSE (961)
DRIMSeq (24)
DriverNet (134)
DrugVsDisease (134)
dSimer (1)
DSS (229)
DTA (120)
dualKS (126)
DupChecker (106)
dupRadar (67)
DvDdata (0)
dyebias (133)
DynDoc (759)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (157)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (347)
EBarrays (211)
EBcoexpress (134)
EBImage (1356)
EBSEA (25)
EBSeq (455)
EBSeqHMM (130)
ecolitk (133)
EDASeq (710)
edd (12)
EDDA (115)
edge (169)
edger (0)
edgeR (5326)
eegc (0)
EfficientR (0)
EGAD (21)
EGSEA (30)
EGSEAdata (1)
eiR (83)
eisa (156)
ELBOW (110)
ELMER (101)
ELMER.data (0)
EMDomics (105)
EmpiricalBrownsMethod (33)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (122)
ENmix (115)
EnrichedHeatmap (84)
EnrichmentBrowser (197)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (1005)
ensemblVEP (194)
ENVISIONQuery (121)
EpiCluster (7)
Epicopy (0)
EpicopyData (0)
epigenomix (123)
epivizr (159)
epivizrData (30)
epivizrServer (30)
epivizrStandalone (24)
eQTL (3)
erccdashboard (155)
erma (98)
esetVis (2)
eudysbiome (68)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (26)
ExiMiR (132)
exomeCopy (233)
exomePeak (140)
exonfindR (0)
exonmap (16)
ExperimentHub (31)
ExperimentHubData (29)
explorase (112)
ExpressionAtlas (24)
expressionview (0)
ExpressionView (129)
exprExternal (2)
externalVector (15)

F

fabia (198)
facopy (113)
facopy.annot (0)
factDesign (152)
fail (0)
FamAgg (24)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (141)
fastLiquidAssociation (99)
fastseg (165)
fbat (8)
fCI (70)
fdrame (133)
FEM (129)
ffpe (134)
FGNet (172)
fgsea (4)
FindMyFriends (86)
FISHalyseR (98)
flagme (129)
Fletcher2013a (0)
flipflop (134)
flowAI (28)
flowBeads (116)
flowBin (115)
flowcatchR (111)
flowCHIC (109)
flowCL (117)
flowClean (115)
flowClust (296)
flowCore (837)
flowCyBar (114)
flowDensity (146)
flowFit (115)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (28)
flowFP (145)
flowMap (118)
flowMatch (111)
flowMeans (179)
flowMerge (157)
flowPeaks (137)
flowPhyto (23)
flowPlots (130)
flowq (0)
flowQ (142)
flowQB (119)
FlowRepositoryR (101)
FlowSOM (121)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (293)
flowTrack (1)
flowTrans (139)
flowType (146)
flowUtils (258)
flowViz (528)
flowVS (107)
flowWorkspace (421)
fmcsR (208)
focalCall (107)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (130)
FRGEpistasis (108)
frma (295)
frmaTools (157)
fucci (1)
FunChIP (1)
FunciSNP (146)
furrowSeg (1)

G

gaga (144)
gage (675)
gaggle (134)
gaia (124)
garfield (24)
gaucho (111)
gcatest (65)
gCMAP (148)
gCMAPWeb (118)
gcrma (1746)
gdsfmt (574)
geecc (102)
GEM (2)
genArise (127)
genbankr (26)
GENE.E (155)
gene2pathway (14)
GeneAnswers (204)
GeneBreak (66)
GeneExpressionSignature (132)
genefilter (7420)
genefu (248)
GeneGA (89)
GeneGeneInteR (1)
GeneGroupAnalysis (8)
GeneMeta (181)
GeneNetworkBuilder (133)
GeneOverlap (148)
geneplast (1)
geneplotter (4783)
GeneR (14)
geneRecommender (135)
GeneRegionScan (124)
generegulation (5)
GeneRfold (5)
geneRxCluster (107)
GeneSelectMMD (126)
GeneSelector (181)
GENESIS (122)
GeneSpring (13)
geNetClassifier (162)
GeneticsBase (6)
GeneticsDesign (155)
GeneticsPed (167)
GeneTraffic (11)
GeneTS (7)
genetw12 (0)
genoCN (126)
GenoGAM (21)
genomation (185)
genomationData (0)
GenomeBase (3)
GenomeGraphs (317)
GenomeInfoDb (11734)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (889)
genomes (167)
GenomicAlignments (7324)
GenomicFeatures (7340)
GenomicFiles (445)
GenomicInteractions (135)
GenomicRanges (10853)
GenomicTuples (114)
Genominator (150)
genoset (236)
genotypeeval (71)
GenoView (83)
genphen (25)
GenRank (23)
GenVisR (51)
GEOmetadb (290)
geoquery (0)
GEOquery (2940)
GEOsearch (74)
GEOsubmission (127)
geosubmission (0)
gespeR (100)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (114)
gff3Plotter (4)
GGBase (215)
ggbio (1517)
ggcyto (32)
GGtools (188)
ggtree (465)
girafe (202)
GLAD (263)
Glimma (39)
GlobalAncova (177)
globalSeq (25)
globaltest (467)
gmapR (101)
GMRP (23)
GOAL (1)
goCluster (2)
GOexpress (178)
GOFunction (151)
GoogleGenomics (109)
goProfiles (178)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (937)
goseq (621)
GOSim (158)
gostats (0)
GOstats (1742)
GOsummaries (152)
GOTHiC (137)
goTools (200)
gotools (0)
gpls (213)
gprege (119)
gQTLBase (191)
gQTLstats (180)
graph (6566)
GraphAlignment (129)
GraphAT (125)
graphite (434)
GraphPAC (130)
greengenes13.5MgDb (1)
GRENITS (129)
GreyListChIP (99)
GRmetrics (0)
grndata (0)
groHMM (123)
GSALightning (25)
GSAR (117)
GSBenchMark (0)
GSCA (111)
GSE64985 (1)
GSEABase (2219)
GSEAlm (218)
GSReg (103)
GSRI (128)
GSVA (310)
gtkWidgets (0)
gtrellis (103)
GUIDEseq (71)
Guitar (72)
Gviz (2584)
gwascat (213)
GWASTools (314)

H

h5vc (141)
hapFabia (118)
Harman (22)
HarmanData (1)
Harshlight (130)
harshlight (0)
HCsnip (115)
HDF5Array (27)
HDTD (103)
healthyFlowData (0)
Heatplus (693)
HELP (133)
HEM (130)
hexbin (25)
hiAnnotator (110)
HIBAG (117)
hierGWAS (67)
highthroughputassays (7)
HilbertCurve (74)
hilbertvis (0)
HilbertVis (429)
HilbertVisGUI (109)
hiReadsProcessor (98)
HiTC (172)
Hmisc (0)
HMMcopy (158)
hopach (282)
hpar (205)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (251)
HTSanalyzeR (191)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (78)
htseqtools (0)
htSeqTools (205)
HTSFilter (171)
HybridMTest (112)
hyperdraw (154)
hypergraph (224)

I

iASeq (121)
iBBiG (135)
ibh (118)
iBMQ (112)
iCARE (29)
Icens (327)
iCheck (73)
iChip (118)
iClusterPlus (137)
iCOBRA (23)
ideogram (0)
IdeoViz (124)
idiogram (125)
IdMappingAnalysis (114)
IdMappingRetrieval (120)
iFlow (7)
iGC (69)
IHW (62)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1580)
imageHTS (134)
Imetagene (70)
ImmuneSpaceR (22)
immunoClust (98)
IMPCdata (98)
ImpulseDE (1)
impute (3129)
InPAS (107)
INPower (105)
inSilicoDb (241)
inSilicoMerging (178)
insilicomerging (0)
INSPEcT (67)
intansv (126)
InteractionSet (37)
interactiveDisplay (338)
interactiveDisplayBase (1430)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (122)
IONiseR (81)
iontree (120)
iPAC (136)
IPO (1)
IPPD (171)
iranges (0)
IRanges (18074)
iSeq (123)
iSNetwork (2)
isobar (199)
IsoGeneGUI (120)
ISoLDE (21)
isomiRs (22)
iSPlot (2)
ITALICS (125)
iterativeBMA (126)
iterativeBMAsurv (127)
iterators (0)
IVAS (98)
IWB2011 (0)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (1)
jmosaics (110)
joda (120)
JunctionSeq (33)

K

KCsmart (122)
kebabs (154)
KEGGgraph (1138)
keggorth (6)
keggorthology (156)
KEGGprofile (206)
KEGGREST (1789)
KEGGSOAP (26)
KFAS (0)
kimod (25)

L

labeling (0)
lapmix (127)
latticeExtra (0)
LBE (165)
ldblock (67)
LEA (144)
LedPred (70)
les (132)
leukemiasEset (0)
lfa (194)
liftOver (10)
limma (10638)
limmaGUI (203)
Linnorm (20)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (129)
lmdme (122)
LMGene (149)
LOBSTAHS (2)
logicFS (218)
logitt (0)
logitT (121)
lol (125)
LOLA (88)
LowMACA (107)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (163)
LPEadj (135)
LPEseq (1)
lpNet (117)
lpsymphony (62)
lumi (1012)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (129)
lydata (1)
LymphoSeq (22)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (113)
M3DExampleData (1)
maanova (176)
macat (135)
maCorrPlot (126)
maDB (12)
made4 (368)
MADSEQ (1)
maftools (1)
MAGEML (0)
maigesPack (131)
MAIT (134)
makecdfenv (270)
makePlatformDesign (10)
MANOR (129)
manta (119)
MantelCorr (122)
mAPKL (99)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (112)
marray (1153)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (292)
maskBAD (116)
MassArray (133)
massiR (114)
MassSpecWavelet (305)
matchBox (112)
matchprobes (12)
Matrix (0)
MatrixRider (96)
MBAmethyl (98)
MBASED (113)
MBCB (126)
mBPCR (126)
MBttest (21)
mcaGUI (120)
MCRestimate (128)
mdgsa (98)
mdqc (137)
MEAL (78)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (123)
MEDIPS (231)
MEDME (126)
MEIGOR (103)
MergeMaid (196)
Mergeomics (23)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (163)
meshr (149)
MeSHSim (97)
messina (102)
metaArray (188)
Metab (116)
metabomxtr (106)
metaCCA (24)
metagene (127)
metagenomeFeatures (70)
metagenomeSeq (530)
metahdep (124)
metaMS (126)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (115)
metaseqR (136)
metaX (84)
MetCirc (1)
MethPed (23)
MethTargetedNGS (101)
methVisual (134)
methyAnalysis (222)
MethylAid (124)
MethylAidData (1)
methylKit (2)
MethylMix (127)
methylMnM (112)
methylPipe (159)
MethylSeekR (131)
methylumi (993)
Mfuzz (470)
MGFM (99)
MGFR (1)
mgsa (141)
MiChip (123)
microrna (0)
microRNA (214)
MIMOSA (116)
MineICA (118)
minet (447)
minfi (1473)
MinimumDistance (120)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (128)
MiRaGE (119)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (69)
miRcompData (1)
mirIntegrator (74)
miRLAB (81)
miRNAmeConverter (23)
miRNApath (157)
miRNAtap (138)
Mirsynergy (110)
missMethyl (161)
mitoODE (105)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (327)
MLP (131)
MLSeq (135)
MMDiff (127)
MMDiff2 (22)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (4)
mmnet (128)
MmPalateMiRNA (126)
MODA (2)
mogsa (111)
monocle (272)
MoPS (100)
mosaics (157)
motifbreakR (86)
MotifDb (294)
motifRG (140)
motifStack (299)
MotIV (298)
MPFE (99)
mQTL.NMR (105)
msa (320)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (156)
MSGFplus (182)
MSIseqData (0)
msmsEDA (168)
msmsTests (167)
MSnbase (539)
MSnID (171)
msPurity (2)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (192)
mtbls2 (1)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (189)
MultiAssayExperiment (13)
multiClust (28)
MultiDataSet (24)
MultiMed (100)
multiscan (121)
multtest (3691)
munsell (0)
muscle (218)
MVCClass (129)
mvGST (99)
mygene (264)
myvariant (74)
mzID (453)
mzR (1096)

N

NanoStringDiff (72)
NanoStringQCPro (117)
NarrowPeaks (128)
ncdfFlow (338)
NCIgraph (164)
neaGUI (158)
nem (153)
netbenchmark (118)
netbiov (113)
NetCRG (1)
nethet (105)
NetPathMiner (126)
netprioR (2)
netresponse (133)
NetSAM (117)
networkBMA (135)
NGScopy (112)
NGScopyData (0)
nnNorm (124)
NOISeq (440)
nondetects (119)
normalize450K (22)
NormqPCR (203)
normr (1)
npGSEA (153)
NTW (115)
nucleoSim (23)
nucleR (137)
nudge (118)
NuPoP (121)

O

occugene (115)
OCplus (199)
odseq (22)
OGSA (67)
oligo (1406)
oligoClasses (1403)
OLIN (131)
OLINgui (126)
omicade4 (136)
OmicCircos (272)
OmicsMarkeR (107)
OncoScore (23)
OncoSimulR (104)
oneChannelGUI (166)
ontoCAT (141)
ontoTools (10)
openCyto (198)
OperaMate (68)
oposSOM (118)
oppar (20)
OrderedList (243)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
OrganismDbi (1542)
OSAT (117)
Oscope (84)
OTUbase (130)
OutlierD (138)

P

PAA (131)
PADOG (127)
paircompviz (117)
pairseqsim (4)
pamr (16)
PAN (0)
pandaR (105)
PAnnBuilder (149)
panp (148)
PANR (123)
PanVizGenerator (25)
PAPi (126)
parglms (92)
parody (187)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (73)
pathifier (159)
PathNet (168)
PathNetData (0)
pathRender (126)
pathVar (67)
pathview (939)
PatientGeneSets (5)
paxtoolsr (176)
Pbase (119)
pbcmc (22)
pcaExplorer (32)
pcaGoPromoter (120)
pcaMethods (1252)
PCAN (20)
pcot2 (170)
PCpheno (131)
pdInfoBuilder (237)
pdmclass (136)
PECA (116)
pepDat (0)
pepStat (98)
pepXMLTab (116)
PGA (72)
PGSEA (264)
pgUtils (9)
phenoDist (112)
phenoTest (155)
PhenStat (107)
phyloseq (927)
piano (270)
pickgene (126)
PICS (210)
Pigengene (2)
PING (128)
pint (122)
pkgDepTools (153)
pkgdeptools (0)
plateCore (123)
plethy (111)
plgem (147)
plier (316)
PLPE (136)
plrs (113)
plw (121)
plyr (0)
pmm (92)
podkat (104)
polyester (146)
Polyfit (100)
ppiStats (145)
pqsfinder (21)
prada (310)
prebs (118)
prebsdata (0)
PREDA (116)
predictionet (63)
preprocessCore (5699)
Prize (67)
proBAMr (119)
PROcess (219)
procoil (131)
ProCoNA (122)
profileScoreDist (24)
pRoloc (222)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (124)
PROMISE (118)
PROPER (116)
Prostar (76)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (129)
proteinProfiles (116)
proteomics (10)
ProteomicsAnnotationHubData (62)
proteoQC (117)
ProtGenerics (834)
PSEA (105)
PSICQUIC (143)
psygenet2r (22)
PtH2O2lipids (1)
puma (201)
PureCN (24)
pvac (126)
pvca (148)
Pviz (123)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (202)
pwOmics (95)
pxr (0)

Q

qcmetrics (120)
QDNAseq (170)
qpcrNorm (133)
qpgraph (236)
qrqc (230)
qsea (2)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (128)
quantro (120)
quantsmooth (386)
QuartPAC (104)
QuasR (377)
QuaternaryProd (22)
QUBIC (24)
QUBICdata (1)
qusage (167)
qvalue (2795)

R

R3CPET (98)
r3Cseq (182)
R453Plus1Toolbox (129)
R4RNA (26)
rain (136)
rama (134)
ramigo (0)
RamiGO (188)
randPack (117)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (434)
RareVariantVis (71)
Rariant (108)
RbcBook1 (128)
rbcbook1 (0)
RBGL (3874)
RBioinf (126)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (173)
RBM (94)
Rbowtie (324)
rbsurv (128)
Rcade (119)
RCAS (0)
RCASPAR (128)
rcellminer (121)
rcellminerData (0)
rCGH (78)
Rchemcpp (137)
RchyOptimyx (128)
RColorBrewer (0)
Rcpi (142)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (72)
RCyjs (84)
RCytoscape (377)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (392)
Rdbi (11)
RdbiPgSQL (4)
rDGIdb (1)
rdisop (0)
Rdisop (195)
RDRToolbox (210)
ReactomePA (391)
ReadqPCR (210)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (124)
recount (0)
recoup (21)
RedeR (248)
REDseq (170)
RefNet (114)
RefNet.db (0)
RefPlus (126)
regioneR (418)
regionReport (120)
Repitools (296)
ReportingTools (595)
reposTools (4)
ReQON (117)
Resourcerer (24)
rfcdmin (2)
rflowcyt (10)
rfPred (108)
rGADEM (384)
RGalaxy (127)
RGraph2js (24)
Rgraphviz (3872)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (103)
RGSEA (125)
rgsepd (94)
rhdf5 (2510)
Rhtslib (218)
rHVDM (119)
RiboProfiling (77)
riboSeq (0)
riboSeqR (120)
RImmPort (23)
Ringo (332)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (159)
Risa (122)
RLMM (124)
RMAGEML (4)
Rmagpie (121)
RMAPPER (19)
RMassBank (137)
rMAT (98)
rmat (0)
RmiR (148)
rmir (0)
RNAinteract (121)
RNAither (133)
RNAprobR (100)
rnaseqcomp (75)
rnaseqGene (124)
rnaSeqMap (130)
RNASeqPower (188)
RnaSeqSampleSize (117)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (275)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (105)
roar (106)
ROC (628)
Roleswitch (121)
RoleswitchData (0)
Rolexa (119)
rols (203)
ROntoTools (139)
ropls (148)
ROTS (26)
RPA (133)
RpsiXML (154)
rpx (221)
Rqc (139)
rqubic (135)
rRDP (103)
rRDPData (0)
Rredland (3)
RRHO (122)
Rsamtools (7401)
rsbml (165)
rSFFreader (62)
RSNPper (7)
RSQLite (0)
Rsubread (676)
RSVSim (130)
rTANDEM (190)
RTCA (131)
RTCGA (138)
RTCGAToolbox (134)
RTN (146)
RTools4TB (11)
RTopper (116)
rtracklayer (7913)
Rtreemix (123)
rTRM (120)
rTRMui (106)
Ruuid (13)
RUVcorr (102)
RUVnormalize (120)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (306)
RWebServices (40)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (16414)
safe (252)
SAGElyzer (5)
sagenhaft (120)
sagx (0)
SAGx (214)
samExploreR (0)
SamSPECTRAL (142)
sangerseqR (217)
SANTA (123)
sapFinder (115)
saps (99)
savR (133)
sbgr (71)
SBMLR (139)
SC3 (35)
scales (0)
SCAN.UPC (181)
scater (54)
scde (59)
ScISI (146)
SCLCBam (0)
scran (44)
scRNAseq (1)
scsR (98)
SeattleIntro2010 (1)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (186)
SELEX (95)
SemDist (93)
SemSim (7)
sendmailR (0)
SEPA (67)
seq2pathway (120)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (153)
seqbias (139)
seqCNA (117)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (255)
seqLogo (796)
Seqnames (0)
seqPattern (157)
seqplots (162)
seqTools (128)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (2)
sequencing (41)
SeqVarTools (134)
sevenbridges (24)
SGSeq (132)
shinyMethyl (146)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (125)
ShortRead (2168)
SICtools (37)
sidap (0)
sigaR (121)
SigCheck (112)
SigFuge (108)
siggenes (1521)
sights (1)
sigPathway (219)
sigsquared (93)
SIM (130)
SIMAT (92)
SimBindProfiles (104)
similaRpeak (95)
simpleaffy (915)
simpleSingleCell (2)
simulatorAPMS (13)
simulatorZ (103)
sincell (123)
SISPA (67)
sizepower (164)
SJava (42)
skewr (93)
SLGI (129)
SLqPCR (140)
SMAP (118)
SMITE (24)
SNAData (3)
SNAGEE (113)
snapCGH (164)
snm (194)
snpAssoc (0)
SNPchip (303)
SNPediaR (1)
SNPhood (74)
SNPhoodData (1)
snpMatrix (23)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (447)
snpStats (810)
SNPtools (0)
soGGi (102)
SomatiCA (126)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (242)
SpacePAC (123)
spade (211)
spbtest (1)
spbtest3 (0)
SPEC (1)
specL (114)
SpeCond (168)
SPEM (106)
SPIA (388)
SpidermiR (25)
spikeLI (118)
spkTools (120)
splicegear (126)
spliceR (165)
spliceSites (125)
SplicingGraphs (169)
splineTCDiffExpr (19)
splineTimeR (21)
splots (255)
spotSegmentation (130)
SQUADD (116)
SRAdb (611)
sRAP (125)
sscore (125)
sscu (22)
sSeq (120)
ssize (171)
ssizeRNA (1)
SSPA (175)
ssviz (112)
stam (4)
STAN (114)
staRank (110)
Starr (128)
STATegRa (117)
stemHypoxia (0)
stepNorm (124)
stepwiseCM (117)
Streamer (118)
STRINGdb (238)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (72)
SummarizedExperiment (6350)
supraHex (296)
survcomp (433)
Sushi (205)
sva (1456)
SVAPLSseq (0)
SVM2CRM (97)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (76)
SwathXtend (24)
SwimR (102)
switchBox (107)
switchde (0)
synapter (169)
synlet (67)
systemPipeR (535)
systemPipeRdata (1)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (114)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (133)
TarSeqQC (62)
TCC (243)
TCGAbiolinks (292)
TDARACNE (128)
TEQC (148)
ternarynet (107)
tetradR (1)
TFBSTools (227)
tiger (0)
tigre (128)
tilingArray (186)
timecourse (168)
TimerQuant (1)
TIN (93)
TitanCNA (123)
tkWidgets (688)
tofsims (25)
ToPASeq (130)
topGO (1533)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (123)
tracktables (109)
trackViewer (162)
transcriptR (25)
tRanslatome (119)
TransView (114)
traseR (70)
Travis (1)
triform (114)
trigger (117)
trio (166)
triplex (114)
TRONCO (104)
TSCAN (108)
tspair (136)
TSSi (125)
TurboNorm (116)
tweeDEseq (145)
twilight (247)
tximport (128)
tximportData (1)
TypeInfo (126)

U

UNDO (107)
unifiedWMWqPCR (104)
UniProt.ws (236)
Uniquorn (21)
useR2012 (0)

V

VanillaICE (185)
variancePartition (80)
VariantAnnotation (3851)
VariantFiltering (167)
variants (16)
VariantTools (119)
vbmp (162)
Vega (119)
VegaMC (111)
viper (127)
virtualArray (33)
vsn (1736)
vtpnet (103)

W

wateRmelon (395)
wavClusteR (111)
waveTiling (110)
weaver (147)
webbioc (130)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (3)
widgetTools (708)

X

XBSeq (75)
xcms (770)
XDE (120)
xmapbridge (113)
xmapcore (6)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (150)
xtable (0)
XVector (10468)

Y

y2hStat (2)
YAPSA (0)
yaqcaffy (163)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (12357)