Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-02-21 08:58:13 -0800 (Tue, 21 Feb 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (26563)
2BiocGenerics (19196)
3IRanges (17936)
4S4Vectors (17210)
5Biobase (16282)
6AnnotationDbi (15240)
7zlibbioc (13451)
8limma (11851)
9Biostrings (11773)
10XVector (11677)
11GenomeInfoDb (11631)
12GenomicRanges (11593)
13BiocParallel (9987)
14SummarizedExperiment (8575)
15annotate (8552)
16rtracklayer (8334)
17genefilter (7999)
18GenomicAlignments (7793)
19Rsamtools (7717)
20biomaRt (7636)
21graph (7287)
22GenomicFeatures (7186)
23edgeR (6039)
24preprocessCore (5986)
25DESeq2 (5489)
26geneplotter (5210)
27BSgenome (4911)
28affy (4807)
29affyio (4479)
30Rgraphviz (4326)
31RBGL (4166)
32VariantAnnotation (4089)
33multtest (3918)
34impute (3366)
35GEOquery (3130)
36rhdf5 (3068)
37qvalue (3060)
38DESeq (2999)
39Gviz (2812)
40biovizBase (2763)
41GSEABase (2573)
42AnnotationHub (2512)
43ShortRead (2403)
44interactiveDisplayBase (2266)
45ensembldb (2097)
46Category (1955)
47AnnotationForge (1889)
48GOstats (1831)
49KEGGREST (1828)
50DNAcopy (1774)
51vsn (1773)
52topGO (1753)
53gcrma (1686)
54sva (1686)
55OrganismDbi (1611)
56minfi (1606)
57illuminaio (1584)
58ggbio (1584)
59siggenes (1490)
60EBImage (1434)
61oligoClasses (1399)
62cummeRbund (1397)
63pcaMethods (1391)
64BiocStyle (1387)
65oligo (1344)
66bumphunter (1299)
67affxparser (1297)
68GOSemSim (1254)
69KEGGgraph (1250)
70DOSE (1236)
71affyPLM (1204)
72mzR (1193)
73phyloseq (1167)
74marray (1142)
75clusterProfiler (1122)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (157)
a4Base (185)
a4Classif (152)
a4Core (188)
a4Preproc (186)
a4Reporting (159)
ABAData (0)
ABAEnrichment (121)
ABAFuncData (0)
ABarray (154)
ABSSeq (145)
acde (105)
acepack (0)
aCGH (239)
ACME (154)
ADaCGH2 (139)
adSplit (137)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1297)
affy (4807)
affycomp (213)
AffyCompatible (148)
affyContam (142)
affycoretools (450)
affydata (1)
AffyExpress (153)
affyILM (135)
affyio (4479)
affylmGUI (232)
affyPara (143)
affypdnn (183)
affyPLM (1204)
affyQCReport (395)
AffyRNADegradation (137)
AffyTiling (94)
AGDEX (128)
Agi4x44PreProcess (27)
agilp (214)
AgiMicroRna (178)
AIMS (255)
ALDEx2 (142)
AllelicImbalance (149)
AllSorts (1)
alpine (32)
alpineData (1)
alsace (118)
altcdfenvs (160)
AMOUNTAIN (27)
amplican (1)
ampliQueso (114)
AnalysisPageServer (107)
anamiR (26)
Anaquin (24)
AneuFinder (75)
AneuFinderData (1)
annaffy (605)
AnnBuilder (8)
annmap (99)
annotate (8552)
annotation (17)
AnnotationDbi (15240)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1889)
AnnotationFuncs (172)
AnnotationHub (2512)
AnnotationHubData (126)
Annotations (0)
annotationTools (196)
annotatr (29)
annotatr.data (1)
anota (143)
antiProfiles (121)
apcluster (0)
apComplex (151)
applera (3)
aroma.light (1001)
ArrayExpress (475)
ArrayExpressHTS (73)
arrayMagic (4)
arraymvout (0)
arrayMvout (133)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (156)
arrayQualityMetrics (503)
arrays (36)
ArrayTools (203)
ArrayTV (123)
ARRmNormalization (122)
ASAFE (26)
ASEB (121)
ASGSCA (115)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (10)
ASpli (32)
ASSET (128)
ASSIGN (121)
AtlasRDF (118)
attract (129)

B

BaalChIP (23)
BAC (134)
bacon (76)
BADER (121)
BadRegionFinder (61)
BAGS (121)
ballgown (440)
bamsignals (174)
banocc (0)
base64enc (0)
BaseSpaceR (142)
Basic4Cseq (135)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (73)
BatchJobs (0)
BatchQC (103)
BayesKnockdown (25)
BayesPeak (192)
baySeq (462)
BBCAnalyzer (96)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (142)
beadarray (678)
beadarraySNP (152)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (620)
BeadExplorer (2)
BEAT (118)
BEclear (105)
betr (159)
bgafun (127)
BgeeDB (81)
BGmix (69)
bgx (137)
BHC (206)
BicARE (160)
BiGGR (120)
BigMatrix (0)
bigmelon (24)
bigmemoryExtras (70)
bim (2)
bioassayR (165)
Biobase (16282)
biobroom (130)
bioCancer (29)
BiocCaseStudies (138)
BiocCheck (295)
biocDatasets (7)
BiocGenerics (19196)
biocGraph (200)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (26563)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (9987)
BiocStyle (1387)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (456)
BiocWorkflowTools (25)
bioDist (357)
biodist (0)
biomaRt (7636)
BioMedR (1)
biomformat (584)
BioMVCClass (127)
biomvRCNS (121)
BioNet (283)
BioQC (62)
BioSeqClass (133)
biosigner (79)
biostrings (0)
Biostrings (11773)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (112)
biovizBase (2763)
BiRewire (178)
birta (126)
birte (116)
BiSeq (225)
bitops (0)
BitSeq (323)
blima (113)
blimaTestingData (0)
BPRMeth (21)
BRAIN (177)
BrainStars (125)
brew (0)
bridge (135)
BridgeDbR (118)
BrowserViz (100)
BrowserVizDemo (80)
BSgenome (4911)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (446)
BubbleTree (123)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (145)
BufferedMatrixMethods (137)
BUMHMM (2)
bumphunter (1299)
BUS (120)
BuxcoR (0)

C

CAFE (107)
CAGEr (160)
CALIB (125)
CAMERA (373)
camera (0)
canceR (113)
cancerclass (117)
CancerInSilico (21)
CancerMutationAnalysis (131)
CancerSubtypes (26)
CAnD (105)
caOmicsV (97)
Cardinal (131)
casper (123)
Category (1955)
categoryCompare (116)
CausalR (105)
ccdata (1)
ccmap (26)
CCPROMISE (21)
ccrepe (125)
cellbaseR (1)
cellGrowth (124)
cellHTS (112)
cellHTS2 (235)
cellity (82)
CellMapper (28)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (160)
cellscape (0)
cellTree (76)
CexoR (117)
CFAssay (110)
CGEN (152)
CGHbase (264)
CGHcall (229)
cghMCR (256)
CGHnormaliter (129)
CGHregions (150)
cghregions (0)
ChAMP (323)
ChAMPdata (0)
charm (156)
checkmate (0)
ChemmineOB (211)
ChemmineR (392)
Chicago (83)
chimera (173)
chimeraviz (2)
ChIPComp (113)
chipenrich (130)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (1)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (700)
ChIPQC (219)
ChIPseeker (458)
ChipSeq (0)
chipseq (440)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (197)
ChIPsim (187)
ChIPXpress (92)
chopsticks (263)
chroGPS (111)
chromDraw (103)
ChromHeatMap (132)
ChromoViz (4)
chromPlot (74)
chromstaR (24)
chromstaRData (2)
CHRONOS (61)
CINdex (61)
cisPath (120)
ClassifyR (129)
cleanUpdTSeq (114)
cleaver (196)
clippda (120)
clipper (160)
Clomial (111)
Clonality (126)
clonotypeR (119)
clst (123)
clstutils (113)
clustComp (64)
clusterExperiment (29)
clusterProfiler (1122)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (2)
ClusterSignificance (64)
clusterStab (173)
CMA (198)
cn.farms (118)
cn.mops (221)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (147)
cnanorm (0)
CNEr (233)
CNORdt (119)
CNORfeeder (116)
CNORfuzzy (119)
CNORode (125)
CNPBayes (94)
CNTools (336)
cnvGSA (117)
CNVPanelizer (107)
CNVrd2 (120)
CNVtools (142)
cnvtools (0)
cobindR (111)
CoCiteStats (133)
codelink (137)
codetoolsBioC (0)
CODEX (144)
CoGAPS (113)
cogena (116)
coGPS (111)
COHCAP (141)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (138)
COMPASS (125)
compcodeR (128)
compEpiTools (130)
CompGO (138)
ComplexHeatmap (859)
CONFESS (52)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (687)
consensusSeekeR (71)
contiBAIT (61)
conumee (127)
convert (238)
copa (136)
COPDSexualDimorphism (7)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (243)
CopyNumber450k (96)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (143)
CoRegNet (121)
Cormotif (123)
CorMut (123)
coRNAi (109)
CORREP (128)
coseq (1)
cosmiq (109)
cosmo (14)
cosmoGUI (13)
COSNet (107)
CountClust (76)
covEB (25)
CoverageView (113)
covRNA (27)
cpvSNP (101)
cqn (197)
CRImage (160)
CRISPRseek (159)
crisprseekplus (22)
CrispRVariants (71)
crlmm (240)
crossmeta (29)
CSAR (202)
csaw (221)
CSSP (128)
ctc (348)
ctsGE (25)
cummeRbund (1397)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (150)
CVE (25)
cycle (127)
cytofkit (173)
CytoML (28)

D

dada2 (175)
dagLogo (106)
daMA (120)
DAPAR (111)
DAPARdata (1)
DART (118)
DASiR (83)
DAVIDQuery (73)
davidquery (0)
DBChIP (147)
DBI (0)
dcGSA (62)
DChIPRep (103)
ddCt (182)
ddgraph (115)
DDiGGER (0)
debrowser (88)
DECIPHER (253)
DeconRNASeq (127)
DEDS (127)
DeepBlueR (31)
deepSNV (150)
DEFormats (88)
DEGraph (149)
DEGreport (108)
DEGseq (342)
DelayedArray (3)
deltaGseg (106)
DeMAND (105)
derfinder (176)
derfinderData (0)
derfinderHelper (164)
derfinderPlot (125)
deseq (0)
DESeq (2999)
DESeq2 (5489)
destiny (260)
DEsubs (26)
DEXSeq (749)
dexus (131)
DFP (122)
dichromat (0)
DiffBind (546)
diffGeneAnalysis (121)
diffHic (144)
DiffLogo (97)
diffloop (46)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (109)
diggitdata (0)
Director (23)
DirichletMultinomial (251)
discordant (1)
dks (117)
DMRcaller (112)
DMRcate (285)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (110)
DMRScan (1)
DNABarcodes (106)
DNAcopy (1774)
DNaseR (11)
DNAshapeR (82)
domainsignatures (127)
doppelgangR (65)
DOQTL (131)
DOSE (1236)
DRIMSeq (62)
DriverNet (131)
DrugVsDisease (126)
dSimer (25)
DSS (306)
DTA (111)
dualKS (120)
DupChecker (106)
dupRadar (138)
DvDdata (0)
dyebias (126)
DynDoc (673)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (153)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (303)
EBarrays (194)
EBcoexpress (127)
EBImage (1434)
EBSEA (61)
EBSeq (485)
EBSeqHMM (134)
ecolitk (125)
EDASeq (911)
edd (12)
EDDA (110)
edge (168)
edger (0)
edgeR (6039)
eegc (25)
EfficientR (0)
EGAD (70)
EGSEA (89)
EGSEAdata (1)
eiR (68)
eisa (142)
ELBOW (106)
ELMER (130)
ELMER.data (0)
EMDomics (106)
EmpiricalBrownsMethod (73)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (126)
ENmix (125)
EnrichedHeatmap (113)
EnrichmentBrowser (207)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (2097)
ensemblVEP (184)
ENVISIONQuery (112)
EpiCluster (7)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (118)
epiNEM (1)
epivizr (161)
epivizrData (84)
epivizrServer (81)
epivizrStandalone (65)
eQTL (3)
erccdashboard (152)
erma (134)
esetVis (27)
eudysbiome (88)
EventPointer (0)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (61)
ExiMiR (123)
exomeCopy (236)
exomePeak (136)
exonfindR (0)
exonmap (16)
ExperimentHub (79)
ExperimentHubData (68)
explorase (105)
ExpressionAtlas (69)
ExpressionNormalizationWorkflow (5)
expressionview (0)
ExpressionView (121)
exprExternal (1)
externalVector (13)

F

fabia (201)
facopy (109)
facopy.annot (0)
factDesign (145)
fail (0)
FamAgg (62)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (133)
fastLiquidAssociation (104)
fastseg (237)
fbat (8)
fCCAC (21)
fCI (90)
fdrame (122)
FEM (163)
ffpe (132)
FGNet (169)
fgsea (345)
FindMyFriends (112)
FISHalyseR (100)
FitHiC (25)
flagme (118)
Fletcher2013a (0)
flipflop (127)
flowAI (75)
flowBeads (110)
flowBin (109)
flowcatchR (103)
flowCHIC (103)
flowCL (127)
flowClean (122)
flowClust (321)
flowCore (879)
flowCyBar (112)
flowDensity (150)
flowFit (113)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (21)
flowFP (136)
flowMap (112)
flowMatch (108)
flowMeans (195)
flowMerge (155)
flowPeaks (144)
flowPhyto (15)
flowPloidy (20)
flowPloidyData (1)
flowPlots (121)
flowq (0)
flowQ (142)
flowQB (116)
FlowRepositoryR (103)
FlowSOM (167)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (306)
flowTime (0)
flowTrack (1)
flowTrans (135)
flowType (143)
flowUtils (290)
flowViz (553)
flowVS (106)
flowWorkspace (452)
fmcsR (197)
focalCall (106)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (123)
FRGEpistasis (104)
frma (281)
frmaTools (144)
fucci (1)
FunChIP (22)
FunciSNP (137)
funtooNorm (1)
furrowSeg (0)

G

gaga (132)
gage (720)
gaggle (128)
gaia (121)
GAprediction (21)
garfield (62)
gaucho (104)
gcapc (1)
gcatest (85)
gCMAP (137)
gCMAPWeb (112)
gCrisprTools (22)
gcrma (1686)
gdsfmt (667)
geecc (99)
GEM (26)
genArise (120)
genbankr (73)
GENE.E (146)
gene2pathway (11)
GeneAnswers (189)
geneAttribution (23)
GeneBreak (89)
geneClassifiers (1)
GeneExpressionSignature (127)
genefilter (7999)
genefu (285)
GeneGA (85)
GeneGeneInteR (25)
GeneGroupAnalysis (5)
GeneMeta (176)
GeneNetworkBuilder (119)
GeneOverlap (156)
geneplast (23)
geneplotter (5210)
GeneR (12)
geneRecommender (123)
GeneRegionScan (116)
generegulation (5)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (104)
GeneSelectMMD (114)
GeneSelector (173)
GENESIS (143)
GeneSpring (11)
geNetClassifier (144)
GeneticsBase (5)
GeneticsDesign (153)
GeneticsPed (168)
GeneTraffic (9)
GeneTS (5)
genetw12 (0)
geneXtendeR (24)
genoCN (115)
GenoGAM (64)
genomation (214)
genomationData (0)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (303)
GenomeInfoDb (11631)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (614)
genomes (152)
GenomicAlignments (7793)
GenomicFeatures (7186)
GenomicFiles (507)
GenomicInteractions (131)
GenomicRanges (11593)
GenomicTuples (111)
Genominator (140)
genoset (235)
genotypeeval (90)
GenoView (45)
genphen (63)
GenRank (58)
GenVisR (150)
GEOmetadb (286)
geoquery (0)
GEOquery (3130)
GEOsearch (94)
GEOsubmission (116)
geosubmission (0)
gespeR (101)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (107)
gff3Plotter (4)
GGBase (188)
ggbio (1584)
ggcyto (123)
GGtools (174)
ggtree (681)
girafe (184)
GISPA (1)
GLAD (243)
Glimma (142)
GlobalAncova (168)
globalSeq (59)
globaltest (476)
gmapR (105)
GMRP (59)
GOAL (0)
goCluster (1)
GOexpress (187)
GOFunction (145)
GoogleGenomics (103)
GOpro (23)
goProfiles (181)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1254)
goseq (655)
GOSim (165)
goSTAG (1)
gostats (0)
GOstats (1831)
GOsummaries (155)
GOTHiC (127)
goTools (183)
gotools (0)
gpls (203)
gprege (112)
gQTLBase (216)
gQTLstats (215)
graph (7287)
GraphAlignment (127)
GraphAT (116)
graphite (547)
GraphPAC (116)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (118)
GreyListChIP (104)
GRmetrics (24)
grndata (0)
groHMM (116)
GRridge (2)
GSALightning (61)
GSAR (114)
GSBenchMark (0)
GSCA (106)
GSE64985 (1)
GSEABase (2573)
GSEAlm (205)
GSReg (101)
GSRI (125)
GSVA (351)
gtkWidgets (0)
gtrellis (111)
GUIDEseq (95)
Guitar (95)
Gviz (2812)
gwascat (236)
GWASTools (312)

H

h5vc (129)
hapFabia (117)
Harman (61)
HarmanData (1)
Harshlight (125)
harshlight (0)
HCsnip (110)
HDF5Array (69)
HDTD (103)
healthyFlowData (0)
Heatplus (698)
HelloRanges (18)
HelloRangesData (1)
HELP (123)
HEM (120)
hexbin (23)
hiAnnotator (106)
HIBAG (123)
hierGWAS (90)
highthroughputassays (6)
HilbertCurve (105)
hilbertvis (0)
HilbertVis (414)
HilbertVisGUI (90)
hiReadsProcessor (85)
HiTC (171)
Hmisc (0)
HMMcopy (158)
hopach (282)
hpar (209)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (247)
HTSanalyzeR (178)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (76)
htseqtools (0)
htSeqTools (192)
HTSFilter (179)
HybridMTest (105)
hyperdraw (147)
hypergraph (201)

I

iASeq (115)
iBBiG (145)
ibh (111)
iBMQ (104)
iCARE (65)
Icens (308)
iCheck (93)
iChip (108)
iClusterPlus (127)
iCOBRA (60)
ideogram (0)
IdeoViz (127)
idiogram (119)
IdMappingAnalysis (104)
IdMappingRetrieval (116)
iFlow (5)
iGC (88)
IHW (185)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1584)
imageHTS (125)
Imetagene (90)
ImmuneSpaceR (60)
immunoClust (97)
IMPCdata (96)
ImpulseDE (25)
impute (3366)
InPAS (107)
INPower (103)
inSilicoDb (184)
inSilicoMerging (141)
insilicomerging (0)
INSPEcT (96)
intansv (119)
InteractionSet (95)
interactiveDisplay (315)
interactiveDisplayBase (2266)
IntEREst (1)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (116)
IONiseR (121)
iontree (115)
iPAC (120)
IPO (30)
IPPD (158)
iranges (0)
IRanges (17936)
iSeq (116)
iSNetwork (1)
isobar (191)
IsoGeneGUI (110)
ISoLDE (54)
isomiRs (63)
iSPlot (2)
ITALICS (120)
iterativeBMA (122)
iterativeBMAsurv (118)
iterators (0)
IVAS (97)
IWB2011 (0)
IWTomics (1)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (78)
joda (114)
JunctionSeq (90)

K

karyoploteR (1)
KCsmart (115)
kebabs (153)
KEGGgraph (1250)
KEGGlincs (22)
keggorth (5)
keggorthology (146)
KEGGprofile (212)
KEGGREST (1828)
KEGGSOAP (18)
KFAS (0)
kimod (59)

L

labeling (0)
lapmix (119)
latticeExtra (0)
LBE (162)
ldblock (88)
LEA (196)
LedPred (96)
les (125)
leukemiasEset (0)
lfa (265)
liftOver (11)
limma (11851)
limmaGUI (196)
LINC (23)
Linnorm (65)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (122)
lmdme (114)
LMGene (140)
LOBSTAHS (26)
logicFS (215)
logitt (0)
logitT (113)
Logolas (1)
lol (118)
LOLA (124)
LowMACA (104)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (138)
LPEadj (117)
LPEseq (0)
lpNet (111)
lpsymphony (185)
lumi (978)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (123)
lydata (1)
LymphoSeq (57)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (95)
M3DExampleData (1)
M3Drop (26)
maanova (161)
macat (126)
maCorrPlot (119)
maDB (7)
made4 (387)
MADSEQ (22)
maftools (64)
MAGEML (0)
maigesPack (120)
MAIT (134)
makecdfenv (254)
makePlatformDesign (10)
MANOR (119)
manta (114)
MantelCorr (114)
mAPKL (86)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (106)
mapscape (0)
marray (1142)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (283)
maskBAD (108)
MassArray (124)
massiR (110)
MassSpecWavelet (374)
MAST (43)
matchBox (106)
matchprobes (12)
Matrix (0)
MatrixRider (95)
matter (19)
MBAmethyl (95)
MBASED (105)
MBCB (116)
mBPCR (117)
MBttest (55)
mcaGUI (113)
MCbiclust (1)
MCRestimate (121)
mdgsa (102)
mdqc (127)
MEAL (103)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (121)
MEDIPS (215)
MEDME (117)
MEIGOR (102)
MergeMaid (189)
Mergeomics (59)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (174)
meshes (23)
meshr (158)
MeSHSim (96)
messina (98)
metaArray (177)
Metab (117)
metabomxtr (105)
MetaboSignal (27)
metaCCA (60)
metagene (131)
metagenomeFeatures (87)
metagenomeSeq (554)
metahdep (119)
metaMS (123)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (111)
metaseqR (124)
metaX (85)
MetCirc (26)
MethPed (58)
MethTargetedNGS (99)
methVisual (126)
methyAnalysis (222)
MethylAid (125)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (1)
methylKit (74)
MethylMix (126)
methylMnM (104)
methylPipe (148)
MethylSeekR (122)
methylumi (983)
Mfuzz (417)
MGFM (97)
MGFR (23)
mgsa (133)
MiChip (113)
microrna (0)
microRNA (210)
MIGSA (0)
mimager (1)
MIMOSA (116)
MineICA (112)
minet (472)
minfi (1606)
MinimumDistance (111)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (122)
MiRaGE (111)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (91)
miRcompData (0)
mirIntegrator (92)
miRLAB (103)
miRNAmeConverter (59)
miRNApath (151)
miRNAtap (138)
Mirsynergy (107)
missMethyl (230)
mitoODE (104)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (332)
MLP (127)
MLSeq (140)
MMDiff (96)
MMDiff2 (60)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (3)
mmnet (119)
MmPalateMiRNA (120)
MODA (26)
mogsa (110)
monocle (345)
MoonlightR (23)
MoPS (98)
mosaics (359)
motifbreakR (113)
MotifDb (287)
motifRG (142)
motifStack (273)
MotIV (283)
MPFE (95)
mQTL.NMR (108)
msa (444)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (152)
MSGFplus (185)
MSIseqData (0)
msmsEDA (174)
msmsTests (175)
MSnbase (605)
MSnID (174)
msPurity (28)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (190)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (167)
MultiAssayExperiment (52)
multiClust (69)
MultiDataSet (67)
MultiMed (96)
multiscan (114)
multtest (3918)
munsell (0)
muscle (201)
MutationalPatterns (27)
MVCClass (122)
mvGST (100)
MWASTools (4)
mygene (320)
myvariant (99)
mzID (511)
mzR (1193)

N

NanoStringDiff (99)
NanoStringQCPro (117)
NarrowPeaks (121)
ncdfFlow (352)
NCIgraph (155)
neaGUI (117)
nem (149)
netbenchmark (106)
netbiov (110)
NetCRG (3)
nethet (102)
NetPathMiner (120)
netprioR (22)
netresponse (128)
NetSAM (111)
networkBMA (112)
NGScopy (104)
NGScopyData (0)
nnNorm (115)
NOISeq (463)
nondetects (119)
normalize450K (55)
NormqPCR (234)
normr (24)
npGSEA (142)
NTW (107)
nucleoSim (67)
nucleR (131)
nudge (112)
NuPoP (117)

O

occugene (110)
OCplus (192)
odseq (58)
OGSA (86)
oligo (1344)
oligoClasses (1399)
OLIN (122)
OLINgui (119)
omicade4 (131)
OmicCircos (283)
OmicsMarkeR (104)
OncoScore (64)
OncoSimulR (107)
oneChannelGUI (152)
ontoCAT (136)
ontoTools (8)
openCyto (202)
OperaMate (86)
oposSOM (113)
oppar (56)
OrderedList (253)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (0)
OrganismDbi (1611)
OSAT (113)
Oscope (101)
OTUbase (123)
OutlierD (127)

P

PAA (123)
PADOG (142)
paircompviz (111)
pairseqsim (3)
pamr (15)
PAN (0)
pandaR (102)
PAnnBuilder (127)
panp (143)
PANR (114)
PanVizGenerator (61)
PAPi (117)
parglms (90)
parody (180)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (95)
pathifier (178)
PathNet (153)
PathNetData (0)
PathoStat (22)
pathprint (1)
pathprintGEOData (0)
pathRender (120)
pathVar (88)
pathview (1046)
PatientGeneSets (4)
paxtoolsr (185)
Pbase (109)
pbcmc (60)
pcaExplorer (104)
pcaGoPromoter (120)
pcaMethods (1391)
PCAN (57)
pcot2 (159)
PCpheno (113)
pdInfoBuilder (211)
pdmclass (124)
PECA (104)
pepDat (0)
pepStat (100)
pepXMLTab (104)
PGA (94)
PGSEA (249)
pgUtils (6)
PharmacoGx (38)
phenoDist (106)
phenoTest (130)
PhenStat (104)
philr (21)
phosphonormalizer (3)
phyloseq (1167)
Pi (16)
piano (314)
pickgene (118)
PICS (206)
Pigengene (25)
PING (128)
pint (119)
pkgDepTools (145)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (116)
plethy (105)
plgem (126)
plier (303)
PLPE (117)
plrs (110)
plw (114)
plyr (0)
pmm (91)
podkat (101)
polyester (152)
Polyfit (95)
POST (1)
ppiStats (127)
pqsfinder (58)
prada (285)
prebs (112)
prebsdata (0)
PREDA (108)
predictionet (61)
preprocessCore (5986)
Prize (86)
proBAMr (107)
PROcess (191)
procoil (113)
ProCoNA (103)
proFIA (22)
profileScoreDist (56)
pRoloc (239)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (118)
PROMISE (112)
PROPER (121)
Prostar (105)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (115)
proteinProfiles (110)
proteomics (12)
ProteomicsAnnotationHubData (83)
proteoQC (103)
ProtGenerics (950)
PSEA (104)
psichomics (24)
PSICQUIC (140)
psygenet2r (59)
PtH2O2lipids (1)
puma (186)
PureCN (73)
pvac (122)
pvca (152)
Pviz (114)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (174)
pwOmics (98)
pxr (0)

Q

qcmetrics (106)
QDNAseq (168)
qpcrNorm (127)
qpgraph (243)
qrqc (215)
qsea (26)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (119)
quantro (119)
quantsmooth (386)
QuartPAC (94)
QuasR (357)
QuaternaryProd (56)
QUBIC (78)
QUBICdata (1)
qusage (172)
qvalue (3060)

R

R3CPET (99)
r3Cseq (170)
R453Plus1Toolbox (119)
R4RNA (59)
rain (119)
rama (125)
ramigo (0)
RamiGO (176)
ramwas (1)
randPack (112)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (429)
RareVariantVis (87)
Rariant (106)
RbcBook1 (120)
rbcbook1 (0)
RBGL (4166)
RBioinf (117)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (180)
RBM (95)
Rbowtie (326)
rbsurv (122)
Rcade (115)
RCAS (26)
RCASPAR (110)
rcellminer (123)
rcellminerData (0)
rCGH (103)
Rchemcpp (116)
RchyOptimyx (123)
RColorBrewer (0)
Rcpi (134)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (98)
RCyjs (91)
RCytoscape (366)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (358)
Rdbi (10)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (23)
rdisop (0)
Rdisop (215)
RDRToolbox (209)
ReactomePA (457)
readat (23)
ReadqPCR (238)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (119)
recount (43)
recoup (56)
RedeR (245)
REDseq (164)
RefNet (113)
RefNet.db (0)
RefPlus (117)
regioneR (518)
regionReport (128)
regsplice (19)
REMP (1)
REMPdata (1)
Repitools (309)
ReportingTools (598)
reposTools (3)
ReQON (111)
Resourcerer (18)
rfcdmin (2)
rflowcyt (8)
rfPred (104)
rGADEM (369)
RGalaxy (121)
RGraph2js (58)
Rgraphviz (4326)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (116)
RGSEA (120)
rgsepd (95)
rhdf5 (3068)
Rhtslib (375)
rHVDM (109)
RiboProfiling (105)
riboSeq (0)
riboSeqR (123)
RImmPort (59)
Ringo (323)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (156)
Risa (117)
RJMCMCNucleosomes (1)
RLMM (118)
RMAGEML (3)
Rmagpie (113)
RMAPPER (13)
RMassBank (132)
rMAT (91)
rmat (0)
RmiR (136)
rmir (0)
RNAinteract (115)
RNAither (126)
RNAprobR (97)
RNAseq123 (5)
rnaseqcomp (97)
rnaseqGene (167)
RnaSeqGeneEdgeRQL (3)
rnaSeqMap (122)
RNASeqPower (192)
RnaSeqSampleSize (121)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (280)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (103)
roar (112)
ROC (633)
Roleswitch (120)
RoleswitchData (0)
Rolexa (88)
rols (238)
ROntoTools (129)
ropls (238)
ROTS (73)
RPA (136)
RpsiXML (134)
rpx (250)
Rqc (145)
rqt (1)
rqubic (145)
rRDP (101)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (136)
Rsamtools (7717)
rsbml (160)
rSFFreader (58)
RSNPper (7)
RSQLite (0)
Rsubread (819)
RSVSim (127)
rTANDEM (184)
RTCA (122)
RTCGA (240)
RTCGAToolbox (188)
RTN (145)
RTNduals (0)
RTools4TB (9)
RTopper (113)
rtracklayer (8334)
Rtreemix (115)
rTRM (115)
rTRMui (102)
Ruuid (13)
RUVcorr (101)
RUVnormalize (124)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (363)
RWebServices (30)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (17210)
safe (270)
SAGElyzer (4)
sagenhaft (111)
sagx (0)
SAGx (197)
samExploreR (1)
sampleClassifier (1)
SamSPECTRAL (142)
sangerseqR (205)
SANTA (112)
sapFinder (102)
saps (76)
savR (126)
sbgr (57)
SBMLR (134)
SC3 (113)
scales (0)
SCAN.UPC (168)
scater (240)
scDD (3)
scde (167)
ScISI (128)
SCLCBam (0)
scone (2)
scran (206)
scRNAseq (1)
scsR (95)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (171)
SELEX (95)
SemDist (92)
SemSim (9)
sendmailR (0)
SEPA (85)
seq2pathway (111)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (186)
seqbias (130)
seqCNA (112)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (230)
seqLogo (774)
Seqnames (0)
seqPattern (191)
seqplots (160)
seqTools (125)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (1)
sequencing (44)
SeqVarTools (159)
sevenbridges (71)
SGSeq (149)
shinyMethyl (158)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (110)
ShortRead (2403)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (111)
SigCheck (105)
SigFuge (103)
siggenes (1490)
sights (21)
signeR (25)
sigPathway (199)
sigsquared (92)
SIM (123)
SIMAT (93)
SimBindProfiles (99)
similaRpeak (98)
SIMLR (24)
simpleaffy (892)
simpleSingleCell (16)
simulatorAPMS (11)
simulatorZ (101)
sincell (120)
SISPA (86)
sizepower (155)
SJava (32)
skewr (92)
SLGI (112)
SLqPCR (134)
SMAP (110)
SMITE (63)
SNAData (2)
SNAGEE (105)
snapCGH (152)
snm (182)
snpAssoc (0)
SNPchip (288)
SNPediaR (24)
SNPhood (96)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (25)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (541)
snpStats (740)
SNPtools (0)
soGGi (104)
SomatiCA (105)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (248)
SpacePAC (108)
spade (178)
sparseDOSSA (1)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (102)
SpeCond (158)
SPEM (101)
SPIA (374)
SpidermiR (79)
spikeLI (112)
spkTools (114)
splatter (1)
splicegear (117)
spliceR (163)
spliceSites (106)
SplicingGraphs (156)
splineTCDiffExpr (29)
splineTimeR (57)
SPLINTER (20)
splots (241)
spotSegmentation (123)
SQUADD (109)
SRAdb (555)
sRAP (114)
SRGnet (19)
sscore (118)
sscu (55)
sSeq (120)
ssize (168)
ssizeRNA (1)
SSPA (180)
ssviz (103)
stam (3)
STAN (115)
staRank (102)
StarBioTrek (21)
Starr (121)
STATegRa (112)
statTarget (33)
stemHypoxia (0)
stepNorm (117)
stepwiseCM (113)
Streamer (110)
STRINGdb (266)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (97)
SummarizedExperiment (8575)
supraHex (488)
survcomp (465)
Sushi (224)
sva (1686)
SVAPLSseq (21)
SVM2CRM (96)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (98)
SwathXtend (57)
swfdr (1)
SwimR (98)
switchBox (106)
switchde (22)
synapter (166)
synergyfinder (28)
synlet (85)
systemPipeR (558)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (115)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (124)
TarSeqQC (81)
TCC (224)
TCGAbiolinks (595)
TCGAbiolinksGUI (1)
TCGAWorkflow (0)
TCseq (1)
TDARACNE (119)
TEQC (145)
ternarynet (102)
tetradR (1)
TFBSTools (257)
tiger (0)
tigre (123)
tilingArray (170)
timecourse (157)
TimerQuant (0)
timescape (0)
TIN (92)
TitanCNA (121)
tkWidgets (623)
tofsims (63)
ToPASeq (117)
topGO (1753)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (123)
tracktables (103)
trackViewer (187)
transcriptR (60)
tRanslatome (110)
TransView (107)
traseR (90)
Travis (0)
treeio (3)
triform (105)
trigger (108)
trio (148)
triplex (111)
TRONCO (118)
TSCAN (120)
tspair (128)
TSRchitect (1)
TSSi (123)
TurboNorm (111)
TVTB (17)
tweeDEseq (139)
twilight (250)
tximport (456)
tximportData (1)
TypeInfo (118)

U

UNDO (101)
unifiedWMWqPCR (100)
UniProt.ws (243)
Uniquorn (55)
useR2012 (0)
uSORT (20)

V

VanillaICE (168)
variancePartition (122)
VariantAnnotation (4089)
VariantFiltering (168)
variants (16)
VariantTools (121)
vbmp (159)
Vega (111)
VegaMC (105)
viper (154)
virtualArray (29)
vsn (1773)
vtpnet (98)

W

wateRmelon (432)
wavClusteR (110)
waveTiling (103)
weaver (143)
webbioc (126)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (641)

X

XBSeq (95)
xcms (798)
XDE (114)
xmapbridge (104)
xmapcore (4)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (128)
xtable (0)
XVector (11677)

Y

y2hStat (1)
yamss (24)
YAPSA (23)
yaqcaffy (157)
yarn (24)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (13451)