Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-05-22 07:02:50 -0700 (Fri, 22 May 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (167607)
2BiocGenerics (125444)
3Biobase (111593)
4IRanges (111413)
5AnnotationDbi (103567)
6GenomeInfoDb (86171)
7zlibbioc (79348)
8limma (69391)
9Biostrings (68379)
10GenomicRanges (65422)
11XVector (63274)
12S4Vectors (58748)
13annotate (57133)
14Rsamtools (51820)
15genefilter (51242)
16biomaRt (48257)
17graph (47446)
18BiocParallel (46674)
19rtracklayer (46423)
20GenomicFeatures (44678)
21GenomicAlignments (43339)
22preprocessCore (41928)
23affy (40439)
24BSgenome (38085)
25affyio (35999)
26geneplotter (34279)
27edgeR (33670)
28RBGL (29993)
29multtest (29562)
30DESeq2 (27975)
31Rgraphviz (25263)
32VariantAnnotation (24295)
33impute (23585)
34GEOquery (23374)
35biovizBase (22901)
36DESeq (22890)
37rhdf5 (18807)
38Gviz (18419)
39qvalue (18115)
40GSEABase (17607)
41gcrma (17199)
42Category (16391)
43ShortRead (15577)
44AnnotationForge (15540)
45vsn (15029)
46GOstats (14094)
47cummeRbund (13907)
48affyPLM (13248)
49siggenes (12791)
50illuminaio (12496)
51ggbio (11820)
52DNAcopy (11314)
53oligoClasses (10971)
54simpleaffy (10633)
55marray (10579)
56minfi (10305)
57affxparser (10169)
58topGO (9701)
59oligo (9670)
60bumphunter (9658)
61lumi (9587)
62EBImage (9501)
63KEGGREST (9434)
64sva (9373)
65annaffy (9165)
66OrganismDbi (8901)
67mzR (8653)
68methylumi (8601)
69KEGGgraph (7820)
70pcaMethods (7739)
71DynDoc (7730)
72DEXSeq (7677)
73xcms (7617)
74flowCore (7200)
75Heatplus (6885)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/2015317201091019
Feb/201531956751157
Mar/201538379948930
Apr/201538861947723
May/201527920598994
All months2915279557181

A

a4 (2330)
a4Base (2555)
a4Classif (2303)
a4Core (2551)
a4Preproc (2570)
a4Reporting (2296)
ABarray (2241)
ABSSeq (1796)
acde (2)
acepack (1)
aCGH (3005)
ACME (2244)
ADaCGH2 (2073)
adSplit (2078)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10169)
affy (40439)
affycomp (3157)
AffyCompatible (2331)
affyContam (2143)
affycoretools (5695)
affydata (2)
AffyExpress (2290)
affyILM (2038)
affyio (35999)
affylmGUI (3289)
affyPara (2030)
affypdnn (2466)
affyPLM (13248)
affyqcreport (2)
affyQCReport (5694)
AffyRNADegradation (1992)
AffyTiling (2059)
AGDEX (1956)
Agi4x44PreProcess (593)
agilp (2464)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2505)
AIMS (185)
ALDEx2 (941)
AllelicImbalance (1915)
alsace (1679)
altcdfenvs (2115)
ampliQueso (1747)
AnalysisPageServer (134)
annaffy (9165)
AnnBuilder (26)
annmap (1068)
annotate (57133)
annotation (233)
AnnotationDbi (103567)
AnnotationForge (15540)
AnnotationFuncs (2101)
AnnotationHub (3735)
annotationTools (2771)
anota (2100)
antiProfiles (1843)
apcluster (1)
apComplex (2158)
applera (1)
aroma.light (5377)
ArrayExpress (4764)
ArrayExpressHTS (1218)
arrayMagic (16)
arrayMvout (1963)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2691)
arrayQualityMetrics (5405)
arrays (343)
ArrayTools (2479)
ArrayTV (1809)
ARRmNormalization (1806)
ASEB (1862)
ASGSCA (879)
AshkenazimSonChr21 (3)
asmn (1563)
ASSET (1790)
ASSIGN (1650)
AtlasRDF (1716)
attract (1922)

B

BAC (1884)
BADER (1802)
BAGS (1722)
ballgown (1419)
bamsignals (133)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1778)
Basic4Cseq (1870)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3017)
baySeq (4697)
BBmisc (1)
BCRANK (2200)
beadarray (6732)
beadarraySNP (2153)
BeadDataPackR (6096)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1623)
BEclear (118)
betr (2148)
bgafun (1875)
BGmix (1098)
bgx (1950)
BHC (2340)
BicARE (2032)
BiGGR (1802)
bigmemoryExtras (1104)
bioassayR (2075)
Biobase (111593)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1990)
BiocCheck (2468)
biocDatasets (24)
BiocGenerics (125444)
biocGraph (2096)
BiocInstaller (167607)
biocinstaller (3)
BiocParallel (46674)
BiocStyle (5504)
biocViews (3278)
bioDist (4329)
biomaRt (48257)
BioMVCClass (2006)
biomvRCNS (1842)
BioNet (3252)
BioSeqClass (2078)
Biostrings (68379)
biosvd (1663)
biovizBase (22901)
BiRewire (1854)
birta (1884)
birte (141)
BiSeq (2417)
bitops (1)
BitSeq (2640)
blima (948)
BRAIN (2277)
BrainStars (1879)
brew (1)
bridge (1934)
BridgeDbR (842)
BrowserViz (109)
BrowserVizDemo (78)
BSgenome (38085)
bsseq (2995)
BubbleTree (133)
BufferedMatrix (1971)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1902)
bumphunter (9658)
BUS (1801)

C

CAFE (1644)
CAGEr (2099)
CALIB (1852)
CAMERA (3567)
canceR (143)
cancerclass (1834)
CancerMutationAnalysis (1962)
CAnD (119)
caOmicsV (1)
Cardinal (163)
casper (1882)
Category (16391)
categoryCompare (1829)
CausalR (6)
ccrepe (1617)
cellGrowth (1815)
cellhts (1)
cellHTS (1886)
cellHTS2 (2782)
CellNOptR (2244)
CexoR (1721)
CFAssay (801)
CGEN (2049)
CGHbase (2531)
CGHcall (2386)
cghcall (1)
cghMCR (3141)
CGHnormaliter (1824)
CGHregions (1908)
ChAMP (2918)
charm (2129)
checkmate (1)
ChemmineOB (2466)
ChemmineR (3855)
chemminer (3)
chimera (2858)
chipenrich (1727)
ChIPpeakAnno (6280)
ChIPQC (1914)
ChIPseeker (2589)
chipseq (4093)
ChIPseqR (2126)
ChIPsim (2058)
ChIPXpress (994)
chopsticks (2120)
chroGPS (1756)
chromDraw (124)
ChromHeatMap (1946)
ChromoViz (2)
cisPath (1795)
ClassifyR (879)
cleanUpdTSeq (1599)
cleaver (2068)
clippda (1747)
clipper (1954)
Clomial (1533)
Clonality (1755)
clonotypeR (1625)
clst (1739)
clstutils (1646)
clusterProfiler (4041)
clusterStab (1949)
CMA (2456)
cn.farms (1757)
cn.mops (3186)
CNAnorm (1898)
CNEr (1891)
CNORdt (1715)
CNORfeeder (1655)
CNORfuzzy (1709)
CNORode (1776)
CNTools (2164)
cnvGSA (1709)
CNVrd2 (1658)
CNVtools (1956)
cnvtools (1)
cobindR (1624)
CoCiteStats (1845)
codelink (1858)
CODEX (223)
CoGAPS (1017)
cogena (134)
coGPS (1633)
COHCAP (1766)
colorspace (1)
coMET (154)
COMPASS (1552)
compcodeR (1763)
compEpiTools (900)
CompGO (1560)
ComplexHeatmap (254)
ConsensusClusterPlus (3217)
conumee (135)
convert (3089)
copa (1857)
COPDSexualDimorphism (1467)
CopyhelpeR (4)
copynumber (2136)
CopyNumber450k (1588)
CopywriteR (142)
CoRegNet (868)
Cormotif (1708)
CorMut (1743)
coRNAi (1682)
CORREP (1746)
cosmiq (843)
cosmo (114)
cosmoGUI (131)
COSNet (765)
CoverageView (1026)
cpvSNP (118)
cqn (2400)
CRImage (1983)
CRISPRseek (1782)
crlmm (3164)
CSAR (2203)
csaw (922)
CSSP (1585)
ctc (4136)
cummeRbund (13907)
cummerbund (1)
customProDB (1730)
cycle (1789)
cytofkit (125)

D

dagLogo (1573)
dama (2)
daMA (1706)
DART (1693)
DASiR (1627)
DAVIDQuery (2229)
DBChIP (1909)
DBI (1)
ddCt (2245)
ddgraph (1745)
DECIPHER (2073)
DeconRNASeq (1781)
DEDS (1773)
deepSNV (1935)
DEGraph (2043)
DEGreport (847)
DEGseq (3772)
degseq (1)
deltaGseg (1561)
DeMAND (3)
derfinder (959)
derfinderData (4)
derfinderHelper (941)
derfinderPlot (834)
DESeq (22890)
DESeq2 (27975)
DEXSeq (7677)
dexus (1728)
DFP (1717)
dichromat (1)
DiffBind (4148)
diffGeneAnalysis (1789)
diffHic (120)
digest (1)
diggit (111)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2281)
dks (1627)
DMRcaller (112)
DMRcate (1772)
DMRforPairs (1552)
DNAcopy (11314)
DNaseR (1612)
domainsignatures (1773)
DOQTL (920)
DOSE (4491)
DriverNet (1734)
DrugVsDisease (1796)
DSS (2124)
DTA (1678)
dualKS (1667)
DupChecker (793)
dyebias (1741)
DynDoc (7730)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1956)
easyRNASeq (4086)
EBarrays (2509)
EBcoexpress (1770)
EBImage (9501)
EBSeq (3590)
EBSeqHMM (813)
ecolitk (1786)
EDASeq (3566)
edd (51)
EDDA (1625)
edge (190)
edgeR (33670)
eiR (1050)
eisa (2100)
ELBOW (1504)
ELMER.data (8)
EMDomics (121)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (114)
ENmix (137)
EnrichmentBrowser (899)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (143)
ensemblVEP (2395)
ENVISIONQuery (1700)
epigenomix (1693)
epivizr (1998)
eQTL (26)
erccdashboard (882)
ExiMiR (1807)
exomeCopy (2346)
exomePeak (1738)
exonfindR (255)
exonmap (102)
explorase (1280)
ExpressionView (1756)
externalVector (175)

F

fabia (2386)
facopy (784)
facopy.annot (5)
factDesign (1936)
fail (1)
farms (1897)
fastLiquidAssociation (1198)
fastseg (1748)
fbat (33)
fdrame (1790)
FEM (840)
ffpe (1727)
FGNet (1985)
FISHalyseR (114)
flagme (1799)
flipflop (1632)
flowBeads (1550)
flowBin (1495)
flowcatchR (804)
flowCHIC (794)
flowCL (1519)
flowClean (864)
flowClust (2910)
flowCore (7200)
flowCyBar (1495)
flowDensity (1001)
flowFit (1574)
flowFlowJo (1751)
flowFP (1975)
flowMap (1642)
flowMatch (1499)
flowMeans (2176)
flowMerge (2021)
flowPeaks (1832)
flowPhyto (1603)
flowPlots (1758)
flowq (1)
flowQ (1432)
flowQB (1689)
FlowRepositoryR (116)
FlowSOM (136)
flowStats (4022)
flowTrans (1877)
flowType (1881)
flowUtils (2147)
flowViz (5690)
flowVS (123)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4845)
fmcsR (2438)
focalCall (783)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (832)
FRGEpistasis (1445)
frma (2690)
frmaTools (1913)
FunciSNP (1879)

G

gaga (1920)
gage (4903)
gaggle (1705)
gaia (1665)
gaucho (1475)
gCMAP (1906)
gCMAPWeb (1640)
gcrma (17199)
gdsfmt (1847)
geecc (786)
genArise (1704)
GENE.E (1993)
gene2pathway (150)
GeneAnswers (2716)
GeneExpressionSignature (1827)
genefilter (51242)
genefu (2340)
GeneGA (1021)
GeneGroupAnalysis (147)
GeneMeta (2199)
GeneNetworkBuilder (1787)
GeneOverlap (1617)
geneplotter (34279)
GeneR (59)
geneRecommender (1839)
GeneRegionScan (1690)
generegulation (57)
GeneRfold (30)
geneRxCluster (1483)
GeneSelectMMD (1675)
GeneSelector (2068)
GENESIS (115)
GeneSpring (40)
geNetClassifier (1789)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1785)
GeneticsPed (1876)
GeneTraffic (46)
GeneTS (5)
genoCN (1731)
genomation (163)
GenomeGraphs (3700)
GenomeInfoDb (86171)
genomeIntervals (4811)
genomes (2026)
GenomicAlignments (43339)
GenomicFeatures (44678)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1924)
GenomicInteractions (797)
GenomicRanges (65422)
GenomicTuples (819)
Genominator (2223)
genoset (2661)
GenoView (762)
GEOmetadb (2802)
GEOquery (23374)
geoquery (1)
GEOsubmission (1714)
gespeR (114)
GEWIST (1570)
gff3Plotter (4)
GGBase (3096)
ggbio (11820)
GGtools (2461)
ggtree (286)
girafe (2116)
GLAD (2712)
GlobalAncova (2162)
globaltest (4324)
gmapR (1005)
GOexpress (989)
GOFunction (2054)
GoogleGenomics (115)
goProfiles (2311)
goprofiles (2)
GOSemSim (5308)
goseq (5336)
GOSim (2107)
gostats (1)
GOstats (14094)
GOsummaries (941)
GOTHiC (1513)
goTools (2371)
gpls (2453)
gprege (1626)
gQTLBase (195)
gQTLstats (208)
graph (47446)
GraphAlignment (1735)
GraphAT (1688)
graphite (3296)
GraphPAC (1614)
GRENITS (1749)
GreyListChIP (117)
grndata (4)
groHMM (814)
GSAR (879)
GSBenchMark (4)
GSCA (1540)
gseabase (1)
GSEABase (17607)
GSEAlm (2333)
GSReg (775)
GSRI (1729)
GSVA (2582)
gtrellis (116)
Gviz (18419)
gwascat (2267)
GWASTools (3147)

H

h5vc (1727)
hapFabia (1687)
Harshlight (1734)
HCsnip (1644)
HDTD (815)
Heatplus (6885)
HELP (1734)
HEM (1688)
hexbin (150)
hiAnnotator (835)
HIBAG (128)
highthroughputassays (24)
HilbertVis (2972)
HilbertVisGUI (1362)
hiReadsProcessor (761)
HiTC (1866)
Hmisc (1)
HMMcopy (1936)
hopach (3084)
hpar (2032)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2905)
HTSanalyzeR (2162)
HTSeqGenie (439)
htseqtools (2)
htSeqTools (2082)
HTSFilter (1922)
HybridMTest (1608)
hyperdraw (1968)
hypergraph (2590)

I

iASeq (1682)
iBBiG (1705)
ibh (1597)
iBMQ (1600)
Icens (3261)
iChip (1663)
iClusterPlus (4876)
IdeoViz (810)
idiogram (1764)
IdMappingAnalysis (1591)
IdMappingRetrieval (1622)
iFlow (120)
illuminaio (12496)
imageHTS (1821)
immunoClust (113)
IMPCdata (713)
impute (23585)
InPAS (116)
INPower (1410)
inSilicoDb (2410)
inSilicoMerging (2391)
intansv (1654)
interactiveDisplay (4813)
interactiveDisplayBase (3637)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (6)
inveRsion (1637)
inversion (1)
iontree (1610)
iPAC (1706)
IPPD (1928)
IRanges (111413)
iSeq (1689)
isobar (2203)
IsoGeneGUI (1723)
iSPlot (2)
ITALICS (1674)
iterativeBMA (1691)
iterativeBMAsurv (1665)
iterators (1)
IVAS (108)

J

jmosaics (1583)
joda (1657)

K

KCsmart (1719)
kebabs (885)
KEGGgraph (7820)
keggorth (19)
keggorthology (1970)
KEGGprofile (2347)
KEGGREST (9434)
KEGGSOAP (301)

L

labeling (1)
lapmix (1679)
latticeExtra (1)
LBE (1942)
LEA (144)
les (1742)
liftOver (1)
limma (69391)
limmaGUI (2896)
LiquidAssociation (1709)
liquidassociation (1)
lmdme (1688)
LMGene (1929)
logicFS (2321)
logitt (1)
logitT (1689)
lol (1644)
LowMACA (118)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (2099)
LPEadj (1665)
lpNet (1578)
lumi (9587)
LVSmiRNA (1796)

M

M3D (838)
maanova (2436)
macat (1710)
maCorrPlot (1653)
maDB (173)
madb (1)
made4 (4133)
maigesPack (1708)
MAIT (887)
makecdfenv (3288)
makePlatformDesign (36)
MANOR (1705)
manta (1654)
MantelCorr (1668)
mAPKL (140)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1593)
marray (10579)
maSigPro (2717)
maskBAD (1608)
MassArray (1711)
massiR (1471)
MassSpecWavelet (3371)
matchBox (1601)
matchprobes (111)
MatrixRider (105)
MBAmethyl (723)
MBASED (825)
MBCB (1713)
mBPCR (1663)
mcaGUI (1670)
MCRestimate (1773)
mdgsa (121)
mdqc (1831)
MeasurementError.cor (1585)
MEDIPS (2473)
MEDME (1709)
MEIGOR (752)
MergeMaid (2249)
MeSHDbi (1792)
meshr (1562)
MeSHSim (117)
messina (1435)
metaArray (2221)
Metab (807)
metabomxtr (750)
metagene (795)
metagenomeSeq (3652)
metahdep (1654)
metaMS (1629)
metaSeq (1633)
metaseqR (1623)
MethTargetedNGS (106)
methVisual (1753)
methyAnalysis (2380)
MethylAid (917)
MethylMix (871)
methylMnM (1639)
methylPipe (1010)
MethylSeekR (1841)
methylumi (8601)
Mfuzz (3902)
mfuzz (1)
MGFM (757)
mgsa (1821)
MiChip (1643)
microRNA (2436)
MIMOSA (1464)
MineICA (1619)
minet (4421)
minfi (10305)
MinimumDistance (1694)
MiPP (1678)
MiRaGE (1679)
miRNApath (1878)
miRNAtap (814)
Mirsynergy (1472)
missMethyl (906)
mitoODE (1444)
MLInterfaces (3176)
MLP (1680)
MLSeq (1683)
MMDiff (1697)
mmnet (1600)
MmPalateMiRNA (1700)
mogsa (107)
monocle (1278)
MoPS (768)
mosaics (1963)
MotifDb (2844)
motifRG (1751)
motifStack (2835)
MotIV (3080)
MPFE (709)
mQTL.NMR (770)
msa (153)
MSGFgui (943)
MSGFplus (984)
MSIseqData (4)
msmsEDA (1651)
msmsTests (1604)
MSnbase (3876)
MSnID (943)
msQC (50)
MSstats (2017)
Mulcom (1844)
MultiMed (728)
multiscan (1633)
multtest (29562)
munsell (1)
muscle (204)
MVCClass (1813)
mvGST (773)
mygene (1121)
mzID (2991)
mzR (8653)

N

NanoStringQCPro (130)
NarrowPeaks (1704)
ncdfFlow (4217)
NCIgraph (2078)
neaGUI (1721)
nem (1816)
netbenchmark (137)
netbiov (843)
nethet (115)
NetPathMiner (1556)
netresponse (1651)
NetSAM (1558)
networkBMA (1697)
NGScopy (741)
NGScopyData (4)
nnNorm (1665)
NOISeq (3584)
nondetects (1468)
NormqPCR (2204)
npGSEA (1539)
NTW (1589)
nucler (1)
nucleR (1807)
nudge (1628)
NuPoP (1660)

O

occugene (1610)
OCplus (1885)
OGSA (1)
oligo (9670)
oligoClasses (10971)
oligoclasses (1)
OLIN (1767)
OLINgui (1644)
omicade4 (1792)
OmicCircos (2394)
OmicsMarkeR (111)
OncoSimulR (608)
oneChannelGUI (2490)
ontoCAT (1814)
ontoTools (43)
openCyto (1951)
OperaMate (1)
oposSOM (899)
OrderedList (2752)
org.Hs.eg.db (2)
OrganismDbi (8901)
OSAT (1597)
OTUbase (1756)
OutlierD (1793)

P

PAA (803)
PADOG (1679)
paircompviz (1541)
pairseqsim (3)
pamr (50)
pandaR (127)
PAnnBuilder (1822)
panp (1833)
PANR (1641)
PAPi (1651)
parglms (105)
parody (2260)
pathifier (1652)
PathNet (1634)
pathRender (1726)
pathview (6262)
PatientGeneSets (45)
paxtoolsr (971)
Pbase (792)
pcaGoPromoter (1809)
pcaMethods (7739)
pcot2 (1740)
PCpheno (1622)
pdInfoBuilder (2446)
pdmclass (1703)
PECA (1503)
pepDat (4)
pepStat (750)
pepXMLTab (743)
PGSEA (2442)
pgUtils (217)
phenoDist (1604)
phenoTest (1833)
PhenStat (1445)
phyloseq (6085)
piano (2683)
pickgene (1637)
PICS (2303)
PING (1756)
pint (1701)
pkgDepTools (1974)
plateCore (1722)
plethy (1551)
plgem (1712)
plier (3108)
PLPE (1663)
plrs (1581)
plw (1627)
plyr (1)
pmm (102)
podkat (114)
polyester (880)
Polyfit (773)
ppiStats (1746)
prada (3420)
prebs (1626)
PREDA (1660)
predictionet (948)
preprocessCore (41928)
proBAMr (706)
PROcess (2351)
procoil (1581)
ProCoNA (1572)
pRoloc (1894)
pRolocdata (5)
pRolocGUI (835)
PROMISE (1619)
PROPER (127)
prot2D (1607)
proteinProfiles (1511)
proteoQC (816)
ProtGenerics (658)
PSEA (739)
PSICQUIC (1830)
puma (2057)
pvac (1682)
pvca (1828)
Pviz (829)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2093)
pwOmics (73)

Q

qcmetrics (1506)
QDNAseq (1729)
qpcrNorm (1755)
qpgraph (2729)
qrqc (2156)
QUALIFIER (1641)
quantro (826)
quantsmooth (3748)
QuartPAC (113)
QuasR (3141)
qusage (1580)
qvalue (18115)

R

R3CPET (105)
r3Cseq (1817)
R453Plus1Toolbox (1751)
rain (813)
rama (1852)
RamiGO (2182)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1602)
RankProd (4124)
RareVariantVis (4)
Rariant (1469)
RbcBook1 (1828)
RBGL (29993)
rbioinf (1)
RBioinf (1805)
rBiopaxParser (1869)
RBM (119)
Rbowtie (3246)
rbsurv (1709)
Rcade (1618)
RCASPAR (1580)
rcellminer (127)
rcellminerData (4)
Rchemcpp (1498)
RchyOptimyx (1727)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2033)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (78)
RCytoscape (3851)
RDAVIDWebService (2959)
Rdbi (38)
RdbiPgSQL (19)
Rdisop (2144)
RDRToolbox (2231)
ReactomePA (2686)
ReadqPCR (2233)
reb (1632)
RedeR (2349)
REDseq (1792)
RefNet (1478)
RefPlus (1722)
regioneR (113)
regionReport (775)
Repitools (3190)
ReportingTools (6266)
ReQON (1631)
Resourcerer (997)
rflowcyt (39)
rfPred (1503)
rGADEM (3506)
RGalaxy (1712)
Rgraphviz (25263)
rGREAT (114)
RGSEA (836)
rgsepd (110)
rhdf5 (18807)
Rhtslib (177)
rHVDM (1677)
riboSeq (48)
riboSeqR (825)
ringo (1)
Ringo (3622)
Rintact (26)
RIPSeeker (1810)
Risa (1655)
RLMM (1612)
RMAGEML (12)
rmagpie (1)
Rmagpie (1661)
RMAPPER (950)
RMassBank (1755)
rMAT (1103)
RmiR (1920)
RNAinteract (1629)
RNAither (1715)
rnaither (1)
RNAprobR (101)
rnaseqGene (592)
rnaSeqMap (1858)
RNASeqPower (1937)
RnaSeqSampleSize (118)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (230)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (754)
roar (1443)
ROC (5383)
Roleswitch (1540)
Rolexa (1753)
rols (2037)
ROntoTools (1737)
RPA (1803)
RpsiXML (1908)
rpx (1967)
Rqc (790)
rqubic (1739)
rRDP (743)
rRDPData (5)
Rredland (8)
RRHO (1575)
rsamtools (3)
Rsamtools (51820)
rsbml (2207)
rSFFreader (973)
RSNPper (15)
RSQLite (1)
Rsubread (4087)
RSVSim (1693)
rTANDEM (2143)
RTCA (1732)
RTCGAToolbox (15)
RTN (1730)
RTools4TB (34)
RTopper (1650)
rtracklayer (46423)
Rtreemix (1618)
rTRM (1555)
rTRMui (1500)
Ruuid (52)
RUVcorr (105)
RUVnormalize (803)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (1516)
RWebServices (339)

S

S4Vectors (58748)
safe (2101)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1637)
SAGx (2097)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1735)
sangerseqR (2250)
SANTA (1557)
sapFinder (1459)
saps (129)
savR (1514)
SBMLR (1725)
scales (1)
SCAN.UPC (2074)
ScISI (1794)
SCLCBam (4)
scsR (1415)
SeattleIntro2010 (3)
segmentSeq (1823)
SELEX (111)
SemDist (720)
SemSim (11)
sendmailR (1)
seq2pathway (124)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1741)
seqbias (1830)
seqCNA (1562)
SeqGSEA (2372)
seqLogo (6694)
Seqnames (1)
seqPattern (112)
seqplots (947)
seqTools (804)
SequenceAnalysis (5)
SequenceAnalysisData (28)
SeqVarTools (1572)
SGSeq (761)
shinyMethyl (1050)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1581)
ShortRead (15577)
sidap (5)
sigaR (1704)
SigCheck (759)
SigFuge (1540)
siggenes (12791)
sigPathway (2302)
sigsquared (105)
SIM (1713)
SIMAT (108)
SimBindProfiles (1473)
similaRpeak (107)
simpleaffy (10633)
simulatorAPMS (32)
simulatorZ (745)
sincell (147)
sizepower (1905)
SJava (410)
skewr (108)
SLGI (1729)
slgi (1)
SLqPCR (1852)
SMAP (1623)
SNAGEE (1519)
snapCGH (2157)
snm (1919)
SNPchip (3331)
snpMatrix (244)
SNPRelate (1809)
snpStats (6151)
soGGi (113)
SomatiCA (1588)
SomaticSignatures (1755)
SpacePAC (1516)
spade (2246)
specL (761)
SpeCond (1739)
SPEM (1494)
SPIA (3376)
spikeLI (1585)
spkTools (1611)
splicegear (1643)
spliceR (2098)
spliceSites (1508)
SplicingGraphs (1740)
splots (2848)
spotSegmentation (1786)
SQUADD (1535)
SRAdb (4493)
sRAP (1788)
sscore (1588)
sSeq (1583)
ssize (2027)
SSPA (1848)
ssviz (783)
stam (9)
STAN (809)
staRank (1533)
Starr (1808)
STATegRa (771)
stepNorm (1608)
stepwiseCM (1581)
Streamer (1675)
STRINGdb (2114)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
SummarizedExperiment (81)
supraHex (1923)
survcomp (3940)
Sushi (1976)
sva (9373)
SVM2CRM (104)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1417)
switchBox (753)
synapter (1965)
systemPipeR (1319)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1531)
TargetSearch (1730)
TCC (2221)
TDARACNE (1731)
TEQC (1817)
ternarynet (1527)
tfbstools (1)
TFBSTools (2110)
tigre (1672)
tilingArray (2275)
timecourse (2173)
TIN (117)
TitanCNA (1567)
tkWidgets (6496)
ToPASeq (816)
topGO (9701)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (112)
tracktables (732)
trackViewer (1604)
tRanslatome (1669)
TransView (1645)
triform (1527)
trigger (1630)
trio (1775)
triplex (1581)
TRONCO (117)
TSCAN (725)
tspair (1809)
TSSi (1647)
TurboNorm (1661)
tweeDEseq (1846)
twilight (2900)
typeinfo (1)
TypeInfo (1613)

U

UNDO (1434)
unifiedWMWqPCR (1442)
UniProt.ws (2300)

V

VanillaICE (1960)
VariantAnnotation (24295)
VariantFiltering (1774)
variants (157)
VariantTools (962)
vbmp (2165)
Vega (1609)
VegaMC (1596)
viper (1506)
virtualArray (1250)
vsn (15029)
vtpnet (1562)

W

wateRmelon (3399)
wavClusteR (841)
waveTiling (1568)
weaver (1943)
webbioc (1713)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6671)

X

xcms (7617)
XDE (1630)
xmapbridge (1602)
xmapcore (104)
XML (1)
xps (2326)
XVector (63274)

Y

yaqcaffy (1946)

Z

zlibbioc (79348)