Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-05-26 08:41:39 -0400 (Fri, 26 May 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (27345)
2BiocGenerics (19610)
3S4Vectors (17998)
4IRanges (17880)
5Biobase (16876)
6AnnotationDbi (16137)
7zlibbioc (13766)
8limma (12489)
9XVector (12443)
10GenomicRanges (12305)
11GenomeInfoDb (12035)
12Biostrings (11523)
13BiocParallel (10687)
14annotate (9082)
15SummarizedExperiment (9029)
16rtracklayer (8283)
17GenomicAlignments (8255)
18Rsamtools (8140)
19genefilter (8004)
20biomaRt (7792)
21GenomicFeatures (7504)
22graph (7442)
23edgeR (6217)
24preprocessCore (6208)
25DESeq2 (5787)
26geneplotter (5499)
27affy (4974)
28BSgenome (4881)
29affyio (4623)
30VariantAnnotation (4354)
31RBGL (4295)
32Rgraphviz (4279)
33multtest (4127)
34rhdf5 (3512)
35impute (3508)
36qvalue (3282)
37GEOquery (3209)
38AnnotationHub (3118)
39DESeq (2919)
40biovizBase (2769)
41interactiveDisplayBase (2735)
42Gviz (2712)
43GSEABase (2693)
44ShortRead (2674)
45ensembldb (2633)
46KEGGREST (2000)
47AnnotationForge (1987)
48Category (1986)
49DNAcopy (1955)
50GOstats (1865)
51sva (1852)
52vsn (1832)
53topGO (1806)
54gcrma (1690)
55OrganismDbi (1626)
56illuminaio (1612)
57EBImage (1603)
58ggbio (1594)
59minfi (1577)
60GOSemSim (1504)
61siggenes (1500)
62DOSE (1477)
63pcaMethods (1472)
64BiocStyle (1463)
65oligoClasses (1401)
66clusterProfiler (1400)
67KEGGgraph (1386)
68phyloseq (1382)
69bumphunter (1341)
70oligo (1329)
71affxparser (1294)
72cummeRbund (1275)
73affyPLM (1193)
74pathview (1189)
75mzR (1188)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (151)
a4Base (182)
a4Classif (145)
a4Core (185)
a4Preproc (181)
a4Reporting (151)
ABAData (0)
ABAEnrichment (122)
ABAFuncData (0)
ABarray (144)
ABSSeq (146)
acde (109)
acepack (0)
aCGH (232)
ACME (147)
ADaCGH2 (131)
adSplit (126)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1294)
affy (4974)
affycomp (208)
AffyCompatible (140)
affyContam (135)
affycoretools (477)
affydata (1)
AffyExpress (142)
affyILM (124)
affyio (4623)
affylmGUI (221)
affyPara (135)
affypdnn (162)
affyPLM (1193)
affyQCReport (371)
AffyRNADegradation (129)
AffyTiling (56)
AGDEX (119)
Agi4x44PreProcess (19)
agilp (209)
AgiMicroRna (165)
AIMS (263)
ALDEx2 (147)
AllelicImbalance (138)
AllSorts (1)
alpine (61)
alpineData (1)
alsace (115)
altcdfenvs (149)
AMOUNTAIN (51)
amplican (1)
ampliQueso (108)
AnalysisPageServer (106)
anamiR (56)
Anaquin (50)
AneuFinder (105)
AneuFinderData (1)
annaffy (584)
AnnBuilder (6)
annmap (99)
annotate (9082)
annotation (23)
AnnotationDbi (16137)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (52)
AnnotationForge (1987)
AnnotationFuncs (159)
AnnotationHub (3118)
AnnotationHubData (133)
Annotations (0)
annotationTools (183)
annotatr (68)
annotatr.data (1)
anota (135)
antiProfiles (116)
apcluster (0)
apComplex (142)
applera (2)
aroma.light (1063)
ArrayExpress (461)
ArrayExpressHTS (71)
arrayMagic (2)
arraymvout (0)
arrayMvout (121)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (156)
arrayQualityMetrics (491)
arrays (44)
ArrayTools (182)
ArrayTV (117)
ARRmNormalization (117)
ASAFE (49)
ASEB (115)
ASGSCA (113)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (6)
ASpli (58)
ASSET (122)
ASSIGN (116)
ATACqc (1)
ATACseqQC (2)
AtlasRDF (114)
attract (123)

B

BaalChIP (47)
BAC (121)
bacon (111)
BADER (113)
BadRegionFinder (85)
BAGS (113)
ballgown (540)
bamsignals (182)
banocc (4)
base64enc (0)
basecallQC (4)
BaseSpaceR (135)
Basic4Cseq (128)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (94)
BatchJobs (0)
BatchQC (142)
BayesKnockdown (47)
BayesPeak (179)
baySeq (465)
BBCAnalyzer (94)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (135)
beadarray (657)
beadarraySNP (140)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (622)
BeadExplorer (1)
BEAT (112)
BEclear (105)
betr (143)
bgafun (118)
BgeeDB (113)
BGmix (63)
bgx (126)
BHC (193)
BicARE (162)
BiGGR (117)
BigMatrix (0)
bigmelon (48)
bigmemoryExtras (66)
bim (1)
bioassayR (157)
Biobase (16876)
biobroom (134)
bioCancer (58)
BiocCaseStudies (126)
BiocCheck (305)
biocDatasets (5)
BiocFileCache (6)
BiocGenerics (19610)
biocGraph (189)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (27345)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (5)
BiocParallel (10687)
BiocStyle (1463)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (444)
BiocWorkflowTools (50)
bioDist (340)
biodist (0)
biomaRt (7792)
BioMedR (4)
biomformat (915)
BioMVCClass (116)
biomvRCNS (115)
BioNet (275)
BioQC (86)
BioSeqClass (124)
biosigner (109)
biostrings (0)
Biostrings (11523)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (108)
biotmle (4)
biovizBase (2769)
BiRewire (166)
birta (117)
birte (114)
BiSeq (209)
bitops (0)
BitSeq (304)
blima (108)
blimaTestingData (0)
BLMA (4)
BPRMeth (46)
BRAIN (171)
BrainStars (119)
branchpointer (5)
brew (0)
bridge (121)
BridgeDbR (118)
BrowserViz (94)
BrowserVizDemo (72)
BSgenome (4881)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (494)
BubbleTree (121)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (133)
BufferedMatrixMethods (127)
BUMHMM (7)
bumphunter (1341)
BUS (112)
BuxcoR (0)

C

CAFE (102)
CAGEr (149)
CALIB (115)
CAMERA (383)
camera (0)
canceR (112)
cancerclass (110)
CancerInSilico (43)
CancerMutationAnalysis (121)
CancerSubtypes (53)
CAnD (101)
caOmicsV (97)
Cardinal (131)
casper (116)
CATALYST (4)
Category (1986)
categoryCompare (104)
CausalR (104)
ccdata (1)
ccmap (51)
CCPROMISE (43)
ccrepe (120)
cellbaseR (4)
cellGrowth (116)
cellHTS (72)
cellHTS2 (218)
cellity (105)
CellMapper (52)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (150)
cellscape (7)
cellTree (106)
CexoR (113)
CFAssay (107)
CGEN (143)
CGHbase (247)
CGHcall (222)
cghMCR (237)
CGHnormaliter (121)
CGHregions (137)
cghregions (0)
ChAMP (345)
ChAMPdata (0)
charm (143)
checkmate (0)
ChemmineOB (212)
ChemmineR (405)
Chicago (112)
chimera (168)
chimeraviz (9)
ChIPComp (114)
chipenrich (129)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (6)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (677)
ChIPQC (225)
ChIPseeker (453)
ChipSeq (0)
chipseq (431)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (188)
ChIPsim (178)
ChIPXpress (90)
chopsticks (307)
chroGPS (105)
chromDraw (102)
ChromHeatMap (134)
ChromoViz (3)
chromPlot (99)
chromstaR (47)
chromstaRData (1)
CHRONOS (88)
CINdex (86)
cisPath (115)
ClassifyR (128)
cleanUpdTSeq (110)
cleaver (196)
clippda (116)
clipper (155)
Clomial (108)
Clonality (117)
clonotypeR (117)
clst (114)
clstutils (105)
clustComp (89)
clusterExperiment (57)
clusterProfiler (1400)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (6)
ClusterSignificance (89)
clusterStab (166)
CMA (190)
CMEA (1)
cn.farms (112)
cn.mops (222)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (137)
cnanorm (0)
CNEr (254)
CNORdt (116)
CNORfeeder (110)
CNORfuzzy (115)
CNORode (120)
CNPBayes (97)
CNTools (315)
cnvGSA (111)
CNVPanelizer (111)
CNVrd2 (113)
CNVtools (134)
cnvtools (0)
cobindR (105)
CoCiteStats (120)
codelink (125)
codetoolsBioC (0)
CODEX (144)
coexnet (1)
CoGAPS (110)
cogena (118)
coGPS (104)
COHCAP (137)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (137)
COMPASS (117)
compcodeR (122)
compEpiTools (126)
CompGO (133)
ComplexHeatmap (1114)
CONFESS (77)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (795)
consensusSeekeR (94)
contiBAIT (81)
conumee (129)
convert (232)
copa (125)
COPDSexualDimorphism (4)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (249)
CopyNumber450k (67)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (142)
CoRegNet (119)
Cormotif (117)
CorMut (112)
coRNAi (92)
CORREP (120)
coseq (7)
cosmiq (108)
cosmo (8)
cosmoGUI (7)
COSNet (102)
CountClust (112)
covEB (47)
CoverageView (114)
covRNA (48)
cpvSNP (99)
cqn (190)
CRImage (156)
CRISPRseek (157)
crisprseekplus (44)
CrispRVariants (98)
crlmm (229)
crossmeta (53)
CSAR (192)
csaw (232)
CSSP (124)
ctc (340)
ctsGE (50)
cummeRbund (1275)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (151)
CVE (49)
cycle (119)
cydar (4)
cytofkit (197)
CytoML (51)

D

dada2 (295)
dagLogo (99)
daMA (111)
DaMiRseq (5)
DAPAR (115)
DAPARdata (0)
DART (113)
DASC (1)
DASiR (53)
DAVIDQuery (33)
davidquery (0)
DBChIP (142)
DBI (0)
dcGSA (83)
DChIPRep (103)
ddCt (173)
ddgraph (109)
DDiGGER (0)
debrowser (123)
DECIPHER (295)
DeconRNASeq (125)
DEDS (119)
DeepBlueR (64)
deepSNV (146)
DEFormats (123)
DEGraph (136)
DEGreport (109)
DEGseq (339)
DelayedArray (217)
deltaGseg (102)
DeMAND (107)
derfinder (215)
derfinderData (0)
derfinderHelper (197)
derfinderPlot (128)
deseq (0)
DESeq (2919)
DESeq2 (5787)
destiny (352)
DEsubs (51)
DEXSeq (694)
dexus (126)
DFP (113)
dichromat (0)
DiffBind (586)
diffGeneAnalysis (111)
diffHic (144)
DiffLogo (102)
diffloop (75)
diffloopdata (0)
digest (0)
diggit (108)
diggitdata (0)
Director (45)
DirichletMultinomial (256)
discordant (7)
dks (112)
DMRcaller (108)
DMRcate (362)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (108)
DMRScan (7)
DNABarcodes (110)
DNAcopy (1955)
DNaseR (8)
DNAshapeR (109)
domainsignatures (118)
doppelgangR (87)
DOQTL (125)
DOSE (1477)
DRIMSeq (85)
DriverNet (126)
DrugVsDisease (115)
dSimer (48)
DSS (353)
DTA (105)
dualKS (110)
DupChecker (101)
dupRadar (166)
DvDdata (0)
dyebias (116)
DynDoc (618)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (150)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (269)
EBarrays (180)
EBcoexpress (116)
EBImage (1603)
EBSEA (84)
EBSeq (501)
EBSeqHMM (134)
ecolitk (117)
EDASeq (1000)
edd (8)
EDDA (108)
edge (166)
edger (0)
edgeR (6217)
eegc (47)
EfficientR (0)
EGAD (97)
EGSEA (133)
EGSEAdata (0)
eiR (67)
eisa (133)
ELBOW (100)
ELMER (131)
ELMER.data (0)
EMDomics (106)
EmpiricalBrownsMethod (97)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (127)
ENmix (123)
EnrichedHeatmap (122)
EnrichmentBrowser (200)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (2633)
ensemblVEP (171)
ENVISIONQuery (104)
EpiCluster (3)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (113)
epiNEM (4)
epivizr (163)
epivizrData (117)
epivizrServer (111)
epivizrStandalone (92)
eQTL (2)
erccdashboard (143)
erma (131)
esetVis (52)
eudysbiome (90)
EventPointer (6)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (80)
ExiMiR (114)
exomeCopy (240)
exomecopy (1)
exomePeak (130)
exonfindR (0)
exonmap (14)
ExperimentHub (107)
ExperimentHubData (87)
explorase (97)
ExpressionAtlas (96)
ExpressionNormalizationWorkflow (9)
expressionview (0)
ExpressionView (110)
exprExternal (1)
externalVector (8)

F

fabia (200)
facopy (105)
facopy.annot (0)
factDesign (133)
fail (0)
FamAgg (86)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (125)
fastLiquidAssociation (100)
fastseg (294)
fbat (6)
fCCAC (43)
fCI (92)
fdrame (114)
FEM (191)
ffpe (126)
FGNet (166)
fgsea (734)
FindMyFriends (114)
FISHalyseR (99)
FitHiC (53)
flagme (109)
Fletcher2013a (0)
flipflop (122)
flowAI (101)
flowBeads (104)
flowBin (103)
flowcatchR (102)
flowCHIC (99)
flowCL (132)
flowClean (121)
flowClust (318)
flowCore (1141)
flowCyBar (108)
flowDensity (150)
flowFit (109)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (12)
flowFP (130)
flowMap (108)
flowMatch (104)
flowMeans (198)
flowMerge (149)
flowPeaks (143)
flowPhyto (10)
flowPloidy (42)
flowPloidyData (1)
flowPlots (112)
flowq (0)
flowQ (139)
flowQB (110)
FlowRepositoryR (101)
FlowSOM (195)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (316)
flowTime (4)
flowTrack (1)
flowTrans (124)
flowType (134)
flowUtils (282)
flowViz (549)
flowVS (105)
flowWorkspace (479)
fmcsR (190)
focalCall (102)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (116)
FRGEpistasis (100)
frma (278)
frmaTools (134)
fucci (1)
FunChIP (41)
FunciSNP (132)
funtooNorm (7)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (5)
GA4GHshiny (0)
gaga (122)
gage (703)
gaggle (118)
gaia (117)
GAprediction (42)
garfield (82)
gaucho (99)
gcapc (5)
gcatest (88)
gCMAP (127)
gCMAPWeb (104)
gCrisprTools (44)
gcrma (1690)
gdsfmt (734)
geecc (94)
GEM (48)
genArise (114)
genbankr (106)
GENE.E (138)
gene2pathway (7)
GeneAnswers (179)
geneAttribution (45)
GeneBreak (91)
geneClassifiers (6)
GeneExpressionSignature (120)
genefilter (8004)
genefu (281)
GeneGA (85)
GeneGeneInteR (47)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (165)
GeneNetworkBuilder (100)
GeneOverlap (153)
geneplast (44)
geneplotter (5499)
GeneR (10)
geneRecommender (112)
GeneRegionScan (107)
generegulation (7)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (98)
GeneSelectMMD (107)
GeneSelector (157)
GENESIS (149)
GeneSpring (7)
geNetClassifier (135)
GeneticsBase (4)
GeneticsDesign (144)
GeneticsPed (159)
GeneTraffic (6)
GeneTS (3)
genetw12 (0)
geneXtendeR (50)
genoCN (109)
GenoGAM (89)
genomation (234)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (291)
GenomeInfoDb (12035)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (390)
genomes (141)
GenomicAlignments (8255)
GenomicDataCommons (6)
GenomicFeatures (7504)
GenomicFiles (525)
GenomicInteractions (127)
GenomicRanges (12305)
GenomicScores (7)
GenomicTuples (109)
Genominator (134)
genoset (231)
genotypeeval (90)
GenoView (18)
genphen (83)
GenRank (82)
GenVisR (211)
GEOmetadb (273)
geoquery (0)
GEOquery (3209)
GEOsearch (92)
GEOsubmission (111)
geosubmission (0)
gespeR (102)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (99)
gff3Plotter (3)
GGBase (175)
ggbio (1594)
ggcyto (190)
GGtools (167)
ggtree (836)
girafe (172)
GISPA (6)
GLAD (233)
Glimma (236)
GlobalAncova (153)
globalSeq (80)
globaltest (477)
gmapR (109)
GMRP (81)
GOAL (0)
goCluster (3)
GOexpress (180)
GOFunction (135)
GoogleGenomics (100)
GOpro (46)
goProfiles (170)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1504)
goseq (690)
GOSim (164)
goSTAG (7)
gostats (0)
GOstats (1865)
GOsummaries (146)
GOTHiC (121)
goTools (169)
gotools (0)
gpls (198)
gprege (107)
gQTLBase (208)
gQTLstats (218)
graph (7442)
GraphAlignment (118)
GraphAT (105)
graphite (580)
GraphPAC (111)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (110)
GreyListChIP (105)
GRmetrics (51)
grndata (0)
groHMM (111)
GRridge (9)
GSALightning (81)
GSAR (126)
GSBenchMark (0)
GSCA (101)
GSE64985 (1)
GSEABase (2693)
GSEAlm (191)
GSReg (97)
GSRI (116)
GSVA (391)
gtkWidgets (0)
gtrellis (113)
GUIDEseq (99)
Guitar (97)
Gviz (2712)
gwascat (221)
GWASTools (314)

H

h5vc (122)
hapFabia (117)
Harman (87)
HarmanData (0)
Harshlight (115)
harshlight (0)
HCsnip (105)
HDF5Array (109)
HDTD (101)
healthyFlowData (0)
heatmaps (3)
Heatplus (687)
HelloRanges (43)
HelloRangesData (1)
HELP (113)
HEM (111)
hexbin (20)
hiAnnotator (103)
HIBAG (123)
hicrep (6)
hierGWAS (98)
highthroughputassays (7)
HilbertCurve (112)
hilbertvis (0)
HilbertVis (396)
HilbertVisGUI (80)
hiReadsProcessor (76)
HiTC (177)
Hmisc (0)
HMMcopy (164)
hopach (262)
hpar (210)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (237)
HTSanalyzeR (166)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (75)
htseqtools (0)
htSeqTools (186)
HTSFilter (178)
HybridMTest (98)
hyperdraw (141)
hypergraph (191)

I

iASeq (107)
iBBiG (150)
ibh (100)
iBMQ (101)
iCARE (82)
Icens (302)
iCheck (94)
iChip (101)
iClusterPlus (124)
iCOBRA (81)
ideal (4)
ideogram (0)
IdeoViz (125)
idiogram (111)
IdMappingAnalysis (95)
IdMappingRetrieval (107)
iFlow (5)
iGC (91)
IHW (253)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1612)
imageHTS (118)
IMAS (4)
Imetagene (89)
ImmuneSpaceR (85)
immunoClust (98)
IMPCdata (92)
ImpulseDE (47)
ImpulseDE2 (4)
impute (3508)
InPAS (106)
INPower (100)
inSilicoDb (136)
inSilicoMerging (105)
insilicomerging (0)
INSPEcT (99)
intansv (114)
InteractionSet (136)
interactiveDisplay (304)
interactiveDisplayBase (2735)
IntEREst (5)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (106)
IONiseR (133)
iontree (109)
iPAC (116)
IPO (61)
IPPD (152)
iranges (0)
IRanges (17880)
iSeq (107)
iSNetwork (1)
isobar (180)
IsoformSwitchAnalyzeR (0)
IsoGeneGUI (102)
ISoLDE (78)
isomiRs (87)
iSPlot (2)
ITALICS (113)
iterativeBMA (113)
iterativeBMAsurv (108)
iterators (0)
IVAS (96)
IWB2011 (0)
IWTomics (6)

J

JASPAR2016 (0)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (49)
joda (108)
JunctionSeq (127)

K

karyoploteR (7)
KCsmart (107)
kebabs (151)
KEGGgraph (1386)
KEGGlincs (46)
keggorth (3)
keggorthology (138)
KEGGprofile (204)
KEGGREST (2000)
KEGGSOAP (11)
KFAS (0)
kimod (79)

L

labeling (0)
lapmix (109)
latticeExtra (0)
LBE (155)
ldblock (94)
LEA (225)
LedPred (96)
les (115)
leukemiasEset (0)
lfa (254)
liftOver (15)
limma (12489)
limmaGUI (185)
LINC (45)
Linnorm (94)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (113)
lmdme (110)
LMGene (131)
LOBSTAHS (51)
logicFS (213)
logitt (0)
logitT (106)
Logolas (6)
lol (112)
LOLA (128)
LowMACA (101)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (134)
LPEadj (108)
LPEseq (0)
lpNet (106)
lpsymphony (264)
lumi (962)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (117)
lydata (1)
LymphoSeq (80)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3D (85)
M3DExampleData (1)
M3Drop (58)
maanova (148)
macat (116)
maCorrPlot (111)
maDB (4)
made4 (400)
MADSEQ (43)
maftools (142)
MAGEML (0)
maigesPack (111)
MAIT (133)
makecdfenv (241)
makePlatformDesign (6)
MANOR (110)
manta (106)
MantelCorr (105)
mAPKL (83)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (100)
mapscape (8)
marray (1150)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (278)
maskBAD (100)
MassArray (116)
massiR (105)
MassSpecWavelet (452)
MAST (99)
matchBox (101)
matchprobes (9)
Matrix (0)
MatrixRider (92)
matter (45)
MaxContrastProjection (5)
MBAmethyl (90)
MBASED (101)
MBCB (109)
mBPCR (109)
MBttest (75)
mcaGUI (109)
MCbiclust (7)
MCRestimate (113)
mdgsa (102)
mdqc (117)
MEAL (102)
MEALData (0)
MeasurementError.cor (113)
MEDIPS (193)
MEDME (109)
MEIGOR (102)
MergeMaid (177)
Mergeomics (80)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (169)
meshes (45)
meshr (151)
MeSHSim (95)
messina (93)
metaArray (166)
Metab (114)
metabomxtr (103)
MetaboSignal (54)
metaCCA (82)
metagene (129)
metagenomeFeatures (90)
metagenomeSeq (553)
metahdep (109)
metaMS (118)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (106)
metaseqR (121)
metavizr (4)
metaX (59)
MetCirc (50)
MetCleaning (1)
MethPed (78)
MethTargetedNGS (95)
methVisual (118)
methyAnalysis (210)
MethylAid (120)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (5)
methylInheritance (4)
methylKit (160)
MethylMix (126)
methylMnM (96)
methylPipe (139)
MethylSeekR (117)
methylumi (979)
Mfuzz (373)
MGFM (94)
MGFR (43)
mgsa (124)
MiChip (104)
microrna (0)
microRNA (200)
MIGSA (6)
mimager (6)
MIMOSA (107)
MineICA (106)
minet (601)
minfi (1577)
MinimumDistance (105)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (111)
MiRaGE (105)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (91)
miRcompData (0)
mirIntegrator (92)
miRLAB (101)
miRNAmeConverter (83)
miRNApath (141)
miRNAtap (144)
Mirsynergy (102)
missMethyl (278)
mitoODE (99)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (316)
MLP (120)
MLSeq (137)
MMDiff (65)
MMDiff2 (84)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (2)
mmnet (105)
MmPalateMiRNA (111)
MODA (48)
mogsa (106)
monocle (390)
MONSTER (1)
MoonlightR (47)
MoPS (96)
mosaics (368)
motifbreakR (113)
motifcounter (5)
MotifDb (277)
motifmatchr (1)
motifRG (142)
motifStack (258)
MotIV (281)
MPFE (92)
mQTL.NMR (105)
msa (506)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (2)
MSGFgui (150)
MSGFplus (186)
MSIseqData (0)
msmsEDA (169)
msmsTests (171)
MSnbase (608)
MSnID (176)
msPurity (50)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (197)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (159)
MultiAssayExperiment (92)
multiClust (93)
MultiDataSet (93)
MultiMed (93)
multiOmicsViz (6)
multiscan (104)
multtest (4127)
munsell (0)
muscle (183)
MutationalPatterns (60)
MVCClass (110)
mvGST (97)
MWASTools (13)
mygene (347)
myvariant (103)
mzID (527)
mzR (1188)

N

NADfinder (4)
NanoStringDiff (105)
NanoStringQCPro (118)
NarrowPeaks (113)
ncdfFlow (387)
NCIgraph (143)
ndexr (0)
neaGUI (72)
nem (147)
netbenchmark (104)
netbiov (103)
NetCRG (3)
nethet (97)
NetPathMiner (118)
netprioR (42)
netReg (4)
netresponse (123)
NetSAM (105)
networkBMA (92)
NGScopy (100)
NGScopyData (0)
nnNorm (106)
NOISeq (451)
nondetects (114)
normalize450K (75)
NormqPCR (244)
normr (48)
npGSEA (123)
NTW (98)
nucleoSim (88)
nucleR (123)
nudge (104)
NuPoP (109)

O

occugene (104)
OCplus (187)
odseq (77)
OGSA (87)
oligo (1329)
oligoClasses (1401)
OLIN (113)
OLINgui (111)
omicade4 (123)
OmicCircos (267)
OmicsMarkeR (107)
OncoScore (89)
OncoSimulR (107)
oneChannelGUI (142)
ontoCAT (128)
ontoTools (5)
openCyto (203)
OperaMate (85)
oposSOM (110)
oppar (78)
OrderedList (248)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (6)
OrganismDbi (1626)
OSAT (109)
Oscope (103)
OTUbase (114)
OutlierD (117)

P

PAA (120)
PADOG (153)
paircompviz (103)
pairseqsim (3)
pamr (10)
PAN (0)
pandaR (104)
PAnnBuilder (121)
panp (133)
PANR (104)
PanVizGenerator (85)
PAPi (111)
parglms (89)
parody (171)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (96)
pathifier (193)
PathNet (132)
PathNetData (0)
PathoStat (48)
pathprint (4)
pathprintGEOData (1)
pathRender (111)
pathVar (90)
pathview (1189)
PatientGeneSets (3)
paxtoolsr (173)
Pbase (106)
pbcmc (83)
pcaExplorer (150)
pcaGoPromoter (127)
pcaMethods (1472)
PCAN (80)
pcot2 (150)
PCpheno (103)
pdInfoBuilder (205)
pdmclass (114)
PECA (101)
pepDat (0)
pepStat (101)
pepXMLTab (98)
PGA (98)
pgca (2)
PGSEA (234)
pgUtils (4)
PharmacoGx (70)
phenoDist (101)
phenoTest (122)
PhenStat (101)
philr (44)
phosphonormalizer (9)
phyloseq (1382)
Pi (41)
piano (328)
pickgene (109)
PICS (193)
Pigengene (48)
PING (116)
pint (112)
pkgDepTools (136)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (107)
plethy (99)
plgem (115)
plier (278)
PLPE (107)
plrs (103)
plw (103)
plyr (0)
pmm (88)
podkat (102)
polyester (156)
Polyfit (93)
POST (6)
PPInfer (3)
ppiStats (116)
pqsfinder (79)
prada (277)
prebs (104)
prebsdata (0)
PREDA (103)
predictionet (60)
preprocessCore (6208)
Prize (89)
proBAMr (100)
PROcess (182)
procoil (105)
ProCoNA (97)
proFIA (46)
profileScoreDist (74)
pRoloc (238)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (116)
PROMISE (104)
PROPER (122)
Prostar (108)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (109)
proteinProfiles (102)
proteomics (15)
ProteomicsAnnotationHubData (87)
proteoQC (111)
ProtGenerics (1025)
PSEA (101)
psichomics (51)
PSICQUIC (130)
psygenet2r (86)
PtH2O2lipids (1)
puma (179)
PureCN (108)
pvac (114)
pvca (151)
Pviz (112)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (157)
pwOmics (96)
pxr (0)

Q

qcmetrics (102)
QDNAseq (168)
qpcrNorm (120)
qpgraph (236)
qrqc (204)
qsea (49)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (111)
quantro (121)
quantsmooth (381)
QuartPAC (91)
QuasR (316)
QuaternaryProd (75)
QUBIC (112)
QUBICdata (0)
qusage (170)
qvalue (3282)

R

R3CPET (94)
r3Cseq (163)
R453Plus1Toolbox (109)
R4RNA (81)
RaggedExperiment (4)
rain (112)
rama (116)
ramigo (0)
RamiGO (164)
ramwas (6)
randPack (105)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (434)
RareVariantVis (89)
Rariant (99)
RbcBook1 (111)
rbcbook1 (0)
RBGL (4295)
RBioinf (109)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (175)
RBM (91)
Rbowtie (315)
rbsurv (112)
Rcade (110)
RCAS (48)
RCASPAR (103)
rcellminer (118)
rcellminerData (0)
rCGH (105)
Rchemcpp (109)
RchyOptimyx (116)
RColorBrewer (0)
Rcpi (131)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (111)
RCyjs (89)
RCytoscape (342)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (360)
Rdbi (6)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (44)
rdisop (0)
Rdisop (216)
RDRToolbox (195)
ReactomePA (488)
readat (46)
ReadqPCR (248)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (109)
recount (94)
recoup (80)
RedeR (179)
REDseq (160)
RefNet (105)
RefNet.db (0)
RefPlus (107)
regioneR (547)
regionReport (141)
regsplice (40)
REMP (7)
REMPdata (1)
Repitools (306)
ReportingTools (604)
reposTools (2)
ReQON (101)
Resourcerer (11)
rexposome (1)
rfcdmin (1)
rflowcyt (4)
rfPred (98)
rGADEM (369)
RGalaxy (113)
RGraph2js (76)
Rgraphviz (4279)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (120)
RGSEA (111)
rgsepd (94)
rhdf5 (3512)
Rhdf5lib (0)
Rhtslib (479)
rHVDM (100)
RiboProfiling (108)
riboSeq (0)
riboSeqR (118)
RImmPort (80)
Ringo (314)
Rintact (3)
rintact (0)
RIPSeeker (152)
Risa (111)
RITAN (0)
RIVER (4)
RJMCMCNucleosomes (7)
RLMM (111)
RMAGEML (2)
Rmagpie (105)
RMAPPER (8)
RMassBank (128)
rMAT (90)
rmat (0)
RmiR (129)
rmir (0)
RNAinteract (108)
RNAither (112)
RNAprobR (94)
RNAseq123 (18)
rnaseqcomp (98)
rnaseqGene (181)
RnaSeqGeneEdgeRQL (13)
rnaSeqMap (114)
RNASeqPower (192)
RnaSeqSampleSize (122)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (258)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (99)
roar (112)
ROC (633)
Roleswitch (118)
RoleswitchData (0)
Rolexa (57)
rols (237)
ROntoTools (121)
ropls (253)
ROTS (102)
RPA (134)
RpsiXML (125)
rpx (273)
Rqc (139)
rqt (6)
rqubic (146)
rRDP (97)
rRDPData (0)
Rredland (1)
RRHO (132)
Rsamtools (8140)
rsbml (154)
rSFFreader (56)
RSNPper (5)
RSQLite (0)
Rsubread (843)
RSVSim (119)
rTANDEM (185)
RTCA (114)
RTCGA (293)
RTCGAToolbox (213)
RTN (133)
RTNduals (6)
RTools4TB (6)
RTopper (106)
rtracklayer (8283)
Rtreemix (105)
rTRM (106)
rTRMui (95)
Ruuid (10)
RUVcorr (99)
RUVnormalize (117)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (374)
RWebServices (22)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (17998)
safe (271)
SAGElyzer (3)
sagenhaft (103)
sagx (0)
SAGx (187)
samExploreR (5)
sampleClassifier (7)
SamSPECTRAL (133)
sangerseqR (205)
SANTA (103)
sapFinder (98)
saps (53)
savR (122)
sbgr (36)
SBMLR (126)
SC3 (182)
scales (0)
SCAN.UPC (159)
scater (386)
scDD (11)
scde (234)
ScISI (116)
SCLCBam (0)
scone (7)
scran (318)
scRNAseq (1)
scsR (90)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (164)
SELEX (95)
SemDist (89)
semisup (4)
SemSim (7)
sendmailR (0)
SEPA (84)
seq2pathway (109)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (198)
seqbias (120)
seqCNA (106)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (225)
seqLogo (759)
Seqnames (0)
seqPattern (213)
seqplots (158)
seqTools (121)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (1)
sequencing (45)
SeqVarTools (166)
sevenbridges (102)
SGSeq (150)
shinyMethyl (160)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (103)
ShortRead (2674)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (107)
SigCheck (101)
SigFuge (97)
siggenes (1500)
sights (42)
signeR (49)
sigPathway (189)
sigsquared (88)
SIM (112)
SIMAT (94)
SimBindProfiles (92)
similaRpeak (96)
SIMLR (64)
simpleaffy (880)
simpleSingleCell (27)
simulatorAPMS (7)
simulatorZ (96)
sincell (116)
SISPA (84)
sizepower (145)
SJava (23)
skewr (87)
SLGI (102)
SLqPCR (125)
SMAP (99)
SMITE (83)
SNAData (2)
SNAGEE (100)
snapCGH (141)
snm (176)
snpAssoc (0)
SNPchip (281)
SNPediaR (46)
SNPhood (95)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (22)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (582)
snpStats (745)
SNPtools (0)
soGGi (102)
SomatiCA (76)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (249)
SpacePAC (101)
spade (134)
sparseDOSSA (6)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (99)
SpeCond (150)
SPEM (95)
SPIA (372)
SpidermiR (113)
spikeLI (103)
spkTools (106)
splatter (8)
splicegear (106)
spliceR (159)
spliceSites (100)
SplicingGraphs (151)
splineTCDiffExpr (27)
splineTimeR (80)
SPLINTER (43)
splots (229)
spotSegmentation (114)
SQUADD (101)
SRAdb (515)
sRAP (107)
SRGnet (38)
sscore (110)
sscu (73)
sSeq (115)
ssize (163)
ssizeRNA (1)
SSPA (178)
ssviz (92)
stam (2)
STAN (111)
staRank (95)
StarBioTrek (43)
Starr (114)
STATegRa (108)
statTarget (70)
stemHypoxia (0)
stepNorm (107)
stepwiseCM (105)
Streamer (101)
STRINGdb (278)
stringr (0)
STROMA4 (4)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (100)
SummarizedExperiment (9029)
supraHex (570)
survcomp (455)
Sushi (226)
sva (1852)
SVAPLSseq (41)
SVM2CRM (92)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (101)
SwathXtend (77)
swfdr (6)
SwimR (92)
switchBox (104)
switchde (44)
synapter (162)
synergyfinder (55)
synlet (86)
systemPipeR (566)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (111)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (117)
TarSeqQC (85)
TCC (220)
TCGAbiolinks (709)
TCGAbiolinksGUI (9)
TCGAWorkflow (2)
TCseq (6)
TDARACNE (108)
TEQC (135)
ternarynet (94)
tetradR (0)
TFBSTools (275)
tiger (0)
tigre (116)
tilingArray (159)
timecourse (148)
TimerQuant (0)
timescape (8)
TIN (90)
TitanCNA (119)
tkWidgets (574)
tofsims (82)
ToPASeq (101)
topGO (1806)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (124)
tracktables (97)
trackViewer (194)
transcriptR (79)
tRanslatome (103)
TransView (103)
traseR (90)
Travis (1)
treeio (23)
TReNA (0)
triform (95)
trigger (99)
trio (131)
triplex (106)
TRONCO (120)
Trumpet (1)
TSCAN (132)
tspair (120)
TSRchitect (2)
TSSi (115)
TurboNorm (103)
TVTB (34)
tweeDEseq (127)
twilight (246)
twoddpcr (4)
tximport (680)
tximportData (0)
TypeInfo (106)

U

UNDO (96)
unifiedWMWqPCR (96)
UniProt.ws (225)
Uniquorn (77)
useR2012 (0)
uSORT (39)

V

VanillaICE (153)
variancePartition (133)
VariantAnnotation (4354)
VariantFiltering (164)
variants (18)
VariantTools (122)
vbmp (149)
Vega (102)
VegaMC (98)
viper (161)
virtualArray (21)
vsn (1832)
vtpnet (91)

W

wateRmelon (438)
wavClusteR (105)
waveTiling (98)
weaver (131)
webbioc (117)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (589)
wiggleplotr (3)

X

XBSeq (95)
xcms (804)
XDE (104)
xmapbridge (97)
xmapcore (4)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (123)
xtable (0)
XVector (12443)

Y

y2hStat (1)
yamss (53)
YAPSA (45)
yaqcaffy (135)
yarn (49)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (13766)