Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-01-19 08:51:02 -0500 (Fri, 19 Jan 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (29315)
2BiocGenerics (22676)
3IRanges (20902)
4S4Vectors (20872)
5Biobase (18982)
6AnnotationDbi (18162)
7zlibbioc (15514)
8GenomicRanges (14527)
9limma (14256)
10XVector (14145)
11GenomeInfoDb (13390)
12Biostrings (12904)
13BiocParallel (12407)
14SummarizedExperiment (11401)
15annotate (9924)
16GenomicAlignments (9553)
17rtracklayer (9428)
18Rsamtools (9415)
19biomaRt (9094)
20genefilter (8947)
21GenomicFeatures (8560)
22graph (8164)
23preprocessCore (7051)
24edgeR (6843)
25DESeq2 (6720)
26geneplotter (6472)
27DelayedArray (5834)
28affy (5647)
29BSgenome (5537)
30affyio (5269)
31rhdf5 (4831)
32RBGL (4794)
33multtest (4769)
34Rgraphviz (4716)
35VariantAnnotation (4654)
36impute (4235)
37AnnotationHub (4043)
38qvalue (3931)
39GEOquery (3588)
40DNAcopy (3539)
41ShortRead (3492)
42interactiveDisplayBase (3311)
43ensembldb (3260)
44GSEABase (3013)
45DESeq (2995)
46biovizBase (2960)
47Gviz (2645)
48ProtGenerics (2514)
49KEGGREST (2486)
50sva (2405)
51vsn (2384)
52AnnotationForge (2302)
53Category (2196)
54clusterProfiler (2099)
55GOSemSim (2072)
56DOSE (2043)
57pcaMethods (1977)
58OrganismDbi (1949)
59GOstats (1940)
60topGO (1939)
61EBImage (1926)
62fgsea (1843)
63KEGGgraph (1834)
64phyloseq (1820)
65BiocStyle (1820)
66pathview (1760)
67ComplexHeatmap (1708)
68gcrma (1690)
69ggbio (1671)
70illuminaio (1669)
71AnnotationFilter (1595)
72minfi (1531)
73siggenes (1528)
74bumphunter (1481)
75tximport (1466)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (141)
a4Base (167)
a4Classif (133)
a4Core (182)
a4Preproc (171)
a4Reporting (137)
ABAData (0)
ABAEnrichment (119)
ABAFuncData (0)
ABarray (134)
ABSSeq (140)
acde (109)
acepack (0)
aCGH (211)
ACME (139)
ADaCGH2 (118)
adSplit (117)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1311)
affy (5647)
affycomp (208)
AffyCompatible (131)
affyContam (122)
affycoretools (477)
affydata (1)
AffyExpress (129)
affyILM (112)
affyio (5269)
affylmGUI (192)
affyPara (124)
affypdnn (156)
affyPLM (1232)
affyQCReport (343)
AffyRNADegradation (118)
AffyTiling (19)
AGDEX (109)
Agi4x44PreProcess (12)
agilp (192)
AgiMicroRna (158)
AIMS (248)
ALDEx2 (160)
AllelicImbalance (124)
AllSorts (1)
alpine (105)
alpineData (0)
alsace (108)
altcdfenvs (131)
AMOUNTAIN (97)
amplican (10)
ampliQueso (101)
AnalysisPageServer (104)
anamiR (100)
Anaquin (93)
AneuFinder (114)
AneuFinderData (0)
ANF (9)
AnimalGene2QTL (1)
AnimalQTLDB (1)
annaffy (548)
AnnBuilder (3)
annmap (92)
annotate (9924)
annotation (40)
AnnotationDbi (18162)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (1595)
AnnotationForge (2302)
AnnotationFuncs (150)
AnnotationHub (4043)
AnnotationHubData (137)
Annotations (0)
annotationTools (163)
annotatr (138)
annotatr.data (0)
anota (120)
anota2seq (10)
antiProfiles (107)
apcluster (0)
apComplex (132)
apeglm (30)
applera (1)
aroma.light (1442)
ArrayExpress (463)
ArrayExpressHTS (68)
arrayMagic (1)
arraymvout (0)
arrayMvout (108)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (151)
arrayQualityMetrics (460)
arrays (50)
ArrayTools (172)
ArrayTV (110)
ARRmNormalization (111)
ASAFE (86)
ASEB (109)
ASGSCA (108)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (3)
ASpli (113)
ASSET (110)
ASSIGN (111)
ATACqc (1)
ATACseqQC (87)
AtlasRDF (100)
attract (111)
AUCell (23)

B

BaalChIP (92)
BAC (108)
bacon (116)
BADER (104)
BadRegionFinder (90)
BAGS (101)
ballgown (774)
bamsignals (185)
banocc (52)
base64enc (0)
basecallQC (57)
BaseSpaceR (125)
Basic4Cseq (112)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BASiCS (17)
BasicSTARRseq (93)
BatchJobs (0)
BatchQC (145)
BayesKnockdown (82)
BayesPeak (159)
baySeq (488)
BBCAnalyzer (95)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (129)
bcSeq (2)
beachmat (199)
beadarray (647)
beadarraySNP (126)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (604)
BeadExplorer (1)
BEAT (104)
BEclear (99)
betr (79)
bgafun (106)
BgeeDB (124)
BGmix (60)
bgx (110)
BHC (174)
BicARE (164)
BiGGR (117)
BigMatrix (0)
bigmelon (90)
bigmemoryExtras (82)
bim (1)
bioassayR (134)
Biobase (18982)
biobroom (171)
bioCancer (100)
BiocCaseStudies (110)
BiocCheck (385)
biocDatasets (2)
BiocFileCache (101)
BiocGenerics (22676)
biocGraph (189)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstaller (29315)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (58)
BiocParallel (12407)
BiocSklearn (7)
BiocStyle (1820)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (537)
BiocWorkflowTools (96)
bioDist (315)
biodist (0)
BiodivoTools (1)
biomaRt (9094)
BioMedR (61)
biomformat (1435)
BioMVCClass (104)
biomvRCNS (105)
BioNet (290)
BioQC (93)
BioSeqClass (119)
biosigner (109)
biostrings (0)
Biostrings (12904)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (100)
BioThingsClient (1)
biotmle (56)
biovizBase (2960)
BiRewire (158)
birta (109)
birte (102)
BiSeq (189)
bitops (0)
BitSeq (242)
blima (100)
blimaTestingData (0)
BLMA (55)
bnbc (9)
BPRMeth (89)
BRAIN (178)
BrainStars (109)
branchpointer (54)
brew (0)
BRGEdata (1)
bridge (105)
BridgeDbR (118)
BrowserViz (86)
BrowserVizDemo (66)
BSgenome (5537)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (662)
BubbleTree (108)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (115)
BufferedMatrixMethods (111)
BUMHMM (54)
bumphunter (1481)
BUS (103)
BuxcoR (0)

C

CAFE (96)
CAGEr (148)
CALIB (113)
CAMERA (412)
camera (0)
canceR (104)
cancerclass (103)
CancerInSilico (81)
CancerMutationAnalysis (114)
CancerSubtypes (126)
CAnD (93)
caOmicsV (92)
Cardinal (136)
casper (110)
CATALYST (56)
Category (2196)
categoryCompare (88)
CausalR (102)
cbaf (9)
ccdata (0)
ccmap (92)
CCPROMISE (81)
ccrepe (111)
cellbaseR (51)
cellGrowth (107)
cellHTS (20)
cellHTS2 (229)
cellity (102)
CellMapper (88)
CellMapperData (0)
cellnoptr (0)
CellNOptR (150)
cellscape (65)
cellTree (113)
CEMiTool (15)
CexoR (106)
CFAssay (102)
CGEN (129)
CGHbase (215)
CGHcall (201)
cghMCR (183)
CGHnormaliter (108)
CGHregions (126)
cghregions (0)
ChAMP (403)
ChAMPdata (0)
charm (122)
checkmate (0)
ChemmineOB (192)
ChemmineR (434)
Chicago (115)
chimera (155)
chimeraviz (73)
ChIPanalyser (9)
ChIPComp (105)
chipenrich (131)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (55)
ChIPexoQualExample (0)
ChIPpeakAnno (687)
ChIPQC (230)
ChIPseeker (557)
ChipSeq (0)
chipseq (443)
chipseqDB (8)
ChIPseqR (162)
ChIPsim (159)
ChIPXpress (82)
chopsticks (308)
chroGPS (99)
chromDraw (99)
ChromHeatMap (124)
ChromoViz (1)
chromPlot (103)
chromstaR (90)
chromstaRData (0)
chromswitch (9)
chromVAR (12)
CHRONOS (101)
CINdex (86)
cisPath (106)
ClassifyR (119)
cleanUpdTSeq (100)
cleaver (195)
clippda (112)
clipper (151)
Clomial (103)
Clonality (105)
clonotypeR (104)
clst (107)
clstutils (96)
clustComp (90)
clusterExperiment (125)
ClusterJudge (10)
clusterProfiler (2099)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (55)
ClusterSignificance (99)
clusterStab (152)
CMA (167)
CMEA (1)
cn.farms (103)
cn.mops (222)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (126)
cnanorm (0)
CNEr (303)
CNORdt (108)
CNORfeeder (103)
CNORfuzzy (103)
CNORode (120)
CNPBayes (93)
CNTools (272)
cnvGSA (101)
CNVPanelizer (107)
CNVrd2 (102)
CNVtools (120)
cnvtools (0)
cobindR (96)
CoCiteStats (105)
codelink (111)
codetoolsBioC (0)
CODEX (145)
coexnet (13)
CoGAPS (108)
cogena (125)
coGPS (97)
COHCAP (121)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (127)
COMPASS (109)
compcodeR (112)
compEpiTools (121)
CompGO (109)
ComplexHeatmap (1708)
ComSeq (0)
CONFESS (86)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (1081)
consensusOV (12)
consensusSeekeR (91)
contiBAIT (83)
conumee (124)
convert (213)
copa (108)
COPDSexualDimorphism (3)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (256)
CopyNumber450k (15)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (135)
CoRegNet (118)
Cormotif (104)
CorMut (99)
coRNAi (72)
CORREP (106)
coseq (65)
cosmiq (103)
cosmo (6)
cosmoGUI (4)
COSNet (94)
CountClust (132)
covEB (79)
CoverageView (112)
covRNA (78)
cpvSNP (92)
cqn (193)
CRImage (130)
CRISPRseek (153)
crisprseekplus (82)
CrispRVariants (119)
crlmm (214)
crossmeta (94)
CSAR (167)
csaw (244)
CSSP (115)
ctc (336)
ctsGE (90)
cummeRbund (1150)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
curatedTCGAData (1)
customProDB (146)
CVE (93)
cycle (104)
cydar (66)
cytofkit (257)
cytofWorkflow (4)
cytolib (64)
CytoML (86)

D

dada2 (523)
dagLogo (92)
daMA (101)
DaMiRseq (56)
DAPAR (122)
DAPARdata (0)
DART (106)
DASC (10)
DASiR (13)
DAVIDQuery (17)
davidquery (0)
DBChIP (137)
DBI (0)
dcGSA (82)
DChIPRep (98)
ddCt (158)
ddgraph (95)
DDiGGER (0)
debrowser (138)
DECIPHER (423)
DEComplexDisease (1)
DeconRNASeq (128)
DEDS (119)
DeepBlueR (115)
deepSNV (133)
DEFormats (156)
DEGraph (109)
DEGreport (116)
DEGseq (305)
DelayedArray (5834)
DelayedMatrixStats (11)
deltaGseg (99)
DeMAND (98)
DEP (13)
derfinder (300)
derfinderData (0)
derfinderHelper (255)
derfinderPlot (124)
deseq (0)
DESeq (2995)
DESeq2 (6720)
destiny (594)
DEsubs (103)
DEXSeq (669)
dexus (112)
DFP (102)
dichromat (0)
DiffBind (616)
diffGeneAnalysis (97)
diffHic (132)
DiffLogo (97)
diffloop (101)
diffloopdata (1)
diffuStats (12)
digest (0)
diggit (95)
diggitdata (0)
Director (74)
DirichletMultinomial (298)
discordant (53)
dks (100)
DMCHMM (10)
DMRcaller (104)
DMRcate (479)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (102)
DMRScan (51)
DNABarcodes (110)
DNAcopy (3539)
DNaseR (4)
DNAshapeR (108)
domainsignatures (102)
doppelgangR (90)
DOQTL (117)
Doscheda (10)
DOSE (2043)
drawProteins (1)
DRIMSeq (111)
DriverNet (116)
DrugDiseaseNet (1)
DrugVsDisease (104)
dSimer (83)
DSS (476)
DTA (95)
dualKS (97)
DupChecker (92)
dupRadar (426)
DvDdata (0)
dyebias (102)
DynDoc (574)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (0)
EasyqpcR (148)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (223)
EBarrays (175)
EBcoexpress (103)
EBImage (1926)
EBSEA (82)
EBSeq (530)
EBSeqHMM (122)
ecolitk (106)
EDASeq (1235)
edd (5)
EDDA (101)
edge (148)
edger (0)
edgeR (6843)
eegc (84)
EfficientR (0)
EGAD (97)
EGSEA (177)
EGSEA123 (3)
EGSEAdata (0)
eiR (65)
eisa (124)
ELBOW (90)
ELMER (191)
ELMER.data (0)
EMDomics (97)
EmpiricalBrownsMethod (94)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (120)
ENmix (128)
EnrichedHeatmap (139)
EnrichmentBrowser (203)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (3260)
ensemblVEP (150)
ENVISIONQuery (94)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (0)
EpiDISH (12)
epigenomix (103)
epiNEM (53)
epivizr (143)
epivizrChart (13)
epivizrData (116)
epivizrServer (114)
epivizrStandalone (96)
eQTL (4)
erccdashboard (119)
erma (165)
esATAC (10)
esetVis (84)
eudysbiome (84)
EventPointer (61)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (76)
ExiMiR (102)
exomeCopy (265)
exomecopy (1)
exomePeak (126)
exonfindR (0)
exonmap (11)
ExperimentHub (174)
ExperimentHubData (90)
explorase (89)
ExpressionAtlas (100)
ExpressionNormalizationWorkflow (15)
expressionview (0)
ExpressionView (98)
exprExternal (1)
externalVector (5)

F

fabia (194)
facopy (90)
facopy.annot (0)
factDesign (113)
fail (0)
FamAgg (87)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (114)
fastLiquidAssociation (91)
FastProjectR (1)
fastseg (347)
fbat (3)
fCCAC (78)
fCI (90)
fdrame (104)
FEM (274)
ffpe (113)
FGNet (169)
fgsea (1843)
FindMyFriends (115)
FISHalyseR (93)
FitHiC (105)
flagme (99)
Fletcher2013a (0)
flipflop (110)
flowAI (113)
flowBeads (94)
flowBin (92)
flowcatchR (93)
flowCHIC (92)
flowCL (132)
flowClean (123)
flowClust (300)
flowCore (1312)
flowCyBar (95)
flowDensity (147)
flowFit (100)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (8)
flowFP (120)
flowMap (98)
flowMatch (96)
flowMeans (201)
flowMerge (144)
flowPeaks (151)
flowPhyto (6)
flowPloidy (80)
flowPloidyData (0)
flowPlots (98)
flowq (0)
flowQ (134)
flowQB (98)
FlowRepositoryR (93)
FlowSOM (277)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (323)
flowTime (47)
flowTrack (1)
flowTrans (115)
flowType (125)
flowUtils (332)
flowViz (567)
flowVS (98)
flowWorkspace (508)
fmcsR (191)
focalCall (91)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (109)
FRGEpistasis (96)
frma (255)
frmaTools (119)
fucci (1)
FunChIP (75)
FunciSNP (122)
funtooNorm (52)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (51)
GA4GHshiny (12)
gaga (110)
gage (850)
gaggle (97)
gaia (139)
GAprediction (76)
garfield (82)
gaucho (89)
gcapc (53)
gcatest (85)
gCMAP (91)
gCMAPWeb (75)
gCrisprTools (80)
gcrma (1690)
gdsfmt (805)
geecc (85)
GEM (81)
genArise (105)
genbankr (130)
GENE.E (99)
gene2pathway (5)
GeneAnswers (170)
geneAttribution (79)
GeneBreak (87)
geneClassifiers (49)
GeneExpressionSignature (108)
genefilter (8947)
genefu (250)
GeneGA (78)
GeneGeneInteR (87)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (147)
GeneNetworkBuilder (97)
GeneOverlap (150)
geneplast (80)
geneplotter (6472)
GeneR (7)
geneRecommender (99)
GeneRegionScan (96)
generegulation (9)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (87)
GeneSelectMMD (104)
GeneSelector (140)
GENESIS (156)
GeneSpring (4)
geNetClassifier (132)
GeneticsBase (3)
GeneticsDesign (129)
GeneticsPed (148)
GeneTraffic (5)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (90)
GENIE3 (41)
genoCN (98)
GenoGAM (90)
genomation (277)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (261)
GenomeInfoDb (13390)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (386)
genomes (126)
GenomicAlignments (9553)
GenomicDataCommons (97)
GenomicFeatures (8560)
GenomicFiles (561)
GenomicInteractions (151)
GenomicRanges (14527)
GenomicScores (117)
GenomicTuples (101)
Genominator (119)
genoset (231)
genotypeeval (89)
GenoView (8)
genphen (82)
GenRank (84)
GenVisR (266)
GEOmetadb (259)
geoquery (0)
GEOquery (3588)
GEOsearch (81)
GEOsubmission (103)
geosubmission (0)
gep2pep (2)
gespeR (106)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (89)
gff3Plotter (1)
GGBase (163)
ggbio (1671)
ggcyto (265)
GGtools (157)
ggtree (1036)
girafe (154)
GISPA (49)
GKnowMTest (1)
GLAD (215)
Glimma (495)
GlobalAncova (152)
globalSeq (84)
globaltest (488)
gmapR (96)
GMRP (81)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (158)
GOfuncR (1)
GOFunction (119)
GoogleGenomics (96)
GOpro (83)
goProfiles (153)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2072)
goseq (860)
GOSim (150)
goSTAG (56)
gostats (0)
GOstats (1940)
GOsummaries (137)
GOTHiC (116)
goTools (148)
gotools (0)
gpls (189)
gprege (91)
gQTLBase (206)
gQTLstats (213)
graph (8164)
GraphAlignment (105)
GraphAT (95)
graphite (664)
GraphPAC (106)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (98)
GreyListChIP (98)
GRmetrics (104)
grndata (0)
groHMM (103)
GRridge (51)
GSALightning (80)
GSAR (162)
GSBenchMark (0)
GSCA (94)
GSE64985 (0)
GSEABase (3013)
GSEAlm (170)
GSReg (88)
GSRI (95)
GSVA (522)
gtkWidgets (0)
gtrellis (118)
GUIDEseq (98)
Guitar (95)
Gviz (2645)
gwascat (208)
GWASTools (311)

H

h5vc (110)
hapFabia (108)
Harman (89)
HarmanData (0)
Harshlight (98)
harshlight (0)
HCsnip (94)
HDF5Array (557)
HDTD (86)
healthyFlowData (0)
heatmaps (75)
Heatplus (666)
HelloRanges (94)
HelloRangesData (0)
HELP (102)
HEM (97)
hexbin (15)
hiAnnotator (102)
HIBAG (112)
HiCcompare (13)
hicrep (55)
hierGWAS (93)
highthroughputassays (10)
HilbertCurve (128)
hilbertvis (0)
HilbertVis (345)
HilbertVisGUI (81)
hiReadsProcessor (71)
HiTC (200)
Hmisc (0)
HMMcopy (168)
hopach (237)
hpar (217)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (217)
HTSanalyzeR (156)
HTSanalyzeR2 (1)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (69)
htseqtools (0)
htSeqTools (173)
HTSFilter (169)
HybridMTest (94)
hyperdraw (131)
hypergraph (171)

I

iASeq (93)
iBBiG (148)
ibh (89)
iBMQ (90)
iCARE (83)
Icens (309)
iCheck (95)
iChip (93)
iClusterPlus (140)
iCOBRA (85)
ideal (54)
ideogram (0)
IdeoViz (123)
idiogram (98)
IdMappingAnalysis (88)
IdMappingRetrieval (92)
iFlow (4)
iGC (86)
IHW (362)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1669)
imageanalysisBrain (1)
imageHTS (110)
IMAS (51)
Imetagene (83)
ImmuneSpaceR (86)
immunoClust (90)
IMPCdata (82)
ImpulseDE (82)
ImpulseDE2 (52)
impute (4235)
InPAS (93)
INPower (88)
inSilicoDb (43)
inSilicoMerging (40)
insilicomerging (0)
INSPEcT (94)
intansv (107)
InteractionSet (183)
interactiveDisplay (272)
interactiveDisplayBase (3311)
IntEREst (50)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
InterMineR (9)
IntramiRExploreR (9)
inveRsion (91)
IONiseR (135)
iontree (98)
iPAC (113)
IPO (128)
IPPD (158)
iranges (0)
IRanges (20902)
IrisSpatialFeatures (7)
iSeq (97)
iSNetwork (1)
isobar (181)
IsoformSwitchAnalyzeR (21)
IsoGeneGUI (91)
ISoLDE (81)
isomiRs (90)
iSPlot (2)
ITALICS (96)
iterativeBMA (97)
iterativeBMAsurv (93)
iterators (0)
iterClust (8)
IVAS (90)
ivygapSE (6)
IWB2011 (0)
IWTomics (48)

J

JASPAR2016 (0)
JASPAR2018 (13)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (15)
joda (96)
JunctionSeq (137)

K

karyoploteR (116)
KCsmart (97)
kebabs (158)
KEGGgraph (1834)
KEGGlincs (85)
keggorth (3)
keggorthology (125)
KEGGprofile (190)
KEGGREST (2486)
KEGGSOAP (8)
KFAS (0)
kimod (83)

L

labeling (0)
lapmix (97)
latticeExtra (0)
LBE (148)
ldblock (148)
LEA (254)
LedPred (87)
les (99)
leukemiasEset (0)
lfa (214)
liftOver (29)
limma (14256)
limmaGUI (162)
LINC (81)
LineagePulse (1)
Linnorm (110)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (96)
lmdme (98)
LMGene (111)
LOBSTAHS (93)
loci2path (2)
logicFS (226)
logitt (0)
logitT (94)
Logolas (51)
lol (96)
LOLA (138)
LowMACA (89)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (126)
LPEadj (97)
LPEseq (0)
lpNet (93)
lpsymphony (389)
lumi (952)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (100)
lydata (0)
LymphoSeq (88)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3C (8)
M3D (89)
M3DExampleData (0)
M3Drop (154)
maanova (130)
macat (101)
maCorrPlot (99)
maDB (3)
made4 (367)
MADSEQ (76)
maftools (350)
MAGeCKFlute (1)
MAGEML (0)
maigesPack (99)
MAIT (125)
makecdfenv (231)
makePlatformDesign (3)
MANOR (100)
manta (97)
MantelCorr (95)
mAPKL (85)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (91)
mapscape (52)
marray (1173)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (282)
maskBAD (91)
MassArray (102)
massiR (94)
MassSpecWavelet (708)
MAST (301)
matchBox (89)
matchprobes (6)
Matrix (0)
MatrixRider (86)
matter (108)
MaxContrastProjection (48)
MBAmethyl (83)
MBASED (95)
MBCB (96)
mBPCR (97)
MBttest (77)
mcaGUI (98)
MCbiclust (54)
MCRestimate (99)
mCSEAdata (0)
mdgsa (100)
mdqc (107)
MEAL (88)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (96)
MEDIPS (166)
MEDME (98)
MEIGOR (100)
MergeMaid (152)
Mergeomics (85)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (164)
meshes (84)
meshr (136)
MeSHSim (77)
messina (85)
metaArray (146)
Metab (104)
metabomxtr (96)
MetaboSignal (91)
metaCCA (84)
MetaCyto (8)
metagene (120)
metagenomeFeatures (92)
metagenomeSeq (552)
metahdep (95)
metaMS (116)
metaMSdata (0)
MetaNeighbor (1)
metaR (0)
metaSeq (101)
metaseqR (113)
metavizr (58)
metaX (13)
MetCirc (84)
MetCleaning (1)
methimpute (8)
methInheritSim (13)
MethPed (79)
MethTargetedNGS (82)
methVisual (103)
methyAnalysis (191)
MethylAid (109)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (24)
methylInheritance (47)
methylInheritanceSim (1)
methylKit (332)
MethylMix (118)
methylMnM (89)
methylPipe (132)
MethylSeekR (111)
methylumi (992)
methyvim (8)
mfa (14)
Mfuzz (321)
MGFM (90)
MGFR (75)
mgsa (114)
MiChip (93)
microbiome (28)
microrna (0)
microRNA (190)
MIGSA (52)
mimager (47)
MIMOSA (90)
MineICA (96)
minet (843)
minfi (1531)
MinimumDistance (92)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (96)
MIRA (8)
MiRaGE (95)
miRBaseConverter (12)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (83)
miRcompData (0)
mirIntegrator (86)
miRLAB (97)
miRmine (8)
miRNAmeConverter (92)
miRNApath (126)
miRNAtap (143)
miRsponge (9)
Mirsynergy (94)
missMethyl (413)
mitoODE (86)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (305)
MLP (109)
MLSeq (129)
MMDiff (16)
MMDiff2 (83)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (1)
mmnet (76)
MmPalateMiRNA (98)
MODA (84)
mogsa (96)
monocle (633)
MONSTER (2)
MoonlightR (85)
MoPS (88)
mosaics (196)
motifbreakR (112)
motifcounter (48)
MotifDb (315)
motifmatchr (15)
motifRG (138)
motifStack (312)
MotIV (322)
MPFE (84)
mpra (8)
mQTL.NMR (96)
msa (605)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (44)
MSGFgui (152)
MSGFplus (189)
MSIseqData (0)
msmsEDA (170)
msmsTests (169)
MSnbase (927)
MSnID (177)
MSPC (1)
msPurity (82)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (244)
MSstatsBioData (1)
MSstatsQC (10)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (148)
MultiAssayExperiment (255)
multiClust (104)
MultiDataSet (106)
MultiMed (85)
multiMiR (14)
multiOmicsViz (51)
multiscan (94)
multtest (4769)
munsell (0)
muscle (178)
MutationalPatterns (127)
MVCClass (98)
mvGST (92)
MWASTools (67)
mygene (374)
myvariant (103)
mzID (837)
mzR (1276)

N

NADfinder (46)
NanoStringDiff (109)
NanoStringQCPro (113)
NarrowPeaks (97)
ncdfFlow (467)
NCIgraph (116)
ndexr (13)
neaGUI (22)
nem (155)
neoantigenR (1)
netbenchmark (98)
netbiov (106)
NetCRG (0)
nethet (89)
NetPathMiner (114)
netprioR (71)
netReg (47)
netresponse (108)
NetSAM (89)
networkBMA (86)
NGScopy (91)
NGScopyData (0)
nnNorm (96)
NOISeq (475)
nondetects (98)
normalize450K (78)
NormqPCR (254)
normr (83)
npGSEA (104)
NTW (90)
nucleoSim (82)
nucleR (110)
nudge (92)
NuPoP (95)

O

occugene (91)
OCplus (168)
odseq (78)
OGSA (83)
oligo (1413)
oligoClasses (1438)
OLIN (102)
OLINgui (96)
omicade4 (113)
OmicCircos (267)
omicplotR (1)
OmicsMarkeR (103)
omicsPrint (1)
Onassis (7)
OnassisJavaLibs (1)
oncomix (8)
OncoScore (93)
OncoSimulR (99)
oneChannelGUI (122)
oneSENSE (10)
ontoCAT (117)
ontoProc (8)
ontoTools (4)
openCyto (217)
openPrimeR (8)
openPrimeRui (7)
OperaMate (78)
oposSOM (105)
oppar (78)
OPWeight (13)
OrderedList (242)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (87)
OrganismDbi (1949)
OSAT (101)
Oscope (97)
OTUbase (100)
ouija (1)
OutlierD (105)

P

PAA (114)
PADOG (182)
paircompviz (95)
pairseqsim (2)
pamr (6)
PAN (0)
pandaR (100)
panelcn.mops (9)
PAnnBuilder (115)
panp (117)
PANR (91)
PanVizGenerator (86)
PAPi (107)
parglms (81)
parody (166)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (95)
pathifier (213)
PathNet (114)
PathNetData (0)
PathoStat (95)
pathprint (48)
pathprintGEOData (1)
pathRender (98)
pathVar (85)
pathview (1760)
PathwaySplice (8)
PatientGeneSets (2)
paxtoolsr (144)
Pbase (105)
pbcmc (85)
pcaExplorer (219)
pcaGoPromoter (146)
pcaMethods (1977)
PCAN (83)
pcot2 (139)
PCpheno (94)
pcxn (8)
pdInfoBuilder (192)
pdmclass (92)
PECA (97)
pepDat (0)
pepStat (93)
pepXMLTab (95)
PGA (99)
pgca (45)
PGSEA (218)
pgUtils (4)
phantasus (1)
PharmacoGx (124)
phenoDist (92)
phenopath (15)
phenoTest (134)
PhenStat (94)
philr (83)
phosphonormalizer (58)
phyloseq (1820)
Pi (83)
piano (353)
picaplot (1)
pickgene (96)
PICS (163)
Pigengene (83)
PING (100)
pint (96)
pkgDepTools (131)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (99)
plethy (91)
plgem (108)
plier (253)
PLPE (95)
plrs (88)
plw (91)
plyr (0)
pmm (81)
podkat (95)
polyester (154)
Polyfit (87)
POST (47)
PPInfer (52)
ppiStats (104)
pqsfinder (85)
prada (278)
prebs (93)
prebsdata (0)
PREDA (98)
predictionet (56)
preprocessCore (7051)
Prize (83)
proBAMr (96)
PROcess (190)
procoil (95)
ProCoNA (92)
proFIA (89)
profileScoreDist (74)
progeny (9)
projectoR (1)
projectR (1)
pRoloc (238)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (106)
PROMISE (93)
PROPER (115)
PROPS (7)
Prostar (109)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (0)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (97)
proteinProfiles (91)
proteomics (16)
ProteomicsAnnotationHubData (84)
proteoQC (113)
ProtGenerics (2514)
PSEA (91)
psichomics (88)
PSICQUIC (119)
psygenet2r (99)
PtH2O2lipids (0)
puma (159)
PureCN (120)
pvac (103)
pvca (156)
Pviz (106)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (145)
pwOmics (91)
pxr (0)

Q

qcmetrics (97)
QDNAseq (172)
qpcrNorm (106)
qpgraph (229)
qrqc (185)
qsea (85)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (105)
quantro (123)
quantsmooth (363)
QuartPAC (86)
QuasR (284)
QuaternaryProd (78)
QUBIC (115)
QUBICdata (0)
qusage (169)
qvalue (3931)

R

R3CPET (85)
r3Cseq (147)
R453Plus1Toolbox (94)
R4RNA (85)
RaggedExperiment (108)
rain (108)
rama (105)
ramigo (0)
RamiGO (138)
ramwas (49)
randPack (93)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (430)
RareVariantVis (83)
Rariant (87)
RbcBook1 (106)
rbcbook1 (0)
RBGL (4794)
RBioinf (101)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (173)
RBM (81)
Rbowtie (295)
Rbowtie2 (14)
rbsurv (105)
Rcade (104)
RCAS (84)
RCASPAR (92)
rcellminer (104)
rcellminerData (0)
rCGH (99)
Rchemcpp (105)
RchyOptimyx (109)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (0)
RColorBrewer (0)
Rcpi (138)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (160)
RCyjs (85)
RCytoscape (309)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (357)
Rdbi (4)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (83)
rdisop (0)
Rdisop (234)
RDRToolbox (188)
ReactomePA (592)
readat (91)
ReadqPCR (263)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (96)
recount (208)
recountWorkflow (2)
recoup (83)
RedeR (181)
REDseq (141)
RefNet (89)
RefNet.db (0)
RefPlus (97)
regioneR (688)
regionReport (155)
regsplice (75)
REMP (60)
REMPdata (1)
Repitools (284)
ReportingTools (705)
reposTools (1)
ReQON (88)
Resourcerer (7)
restfulSE (9)
restfulSEData (1)
retnfit (0)
rexposome (9)
rfcdmin (1)
rflowcyt (4)
rfPred (91)
rGADEM (405)
RGalaxy (103)
RGMQL (1)
RGMQLlib (0)
RGraph2js (79)
Rgraphviz (4716)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (134)
RGSEA (108)
rgsepd (89)
rhdf5 (4831)
rhdf5client (10)
Rhdf5lib (221)
Rhtslib (587)
rHVDM (90)
RiboProfiling (112)
riboSeq (0)
riboSeqR (108)
RImmPort (85)
Ringo (297)
Rintact (2)
rintact (0)
RIPSeeker (145)
Risa (106)
RITAN (40)
RIVER (48)
RIVERpkg (1)
RJMCMCNucleosomes (50)
RLMM (95)
RMAGEML (2)
Rmagpie (91)
RMAPPER (5)
RMassBank (123)
rMAT (85)
rmat (0)
RmiR (103)
rmir (0)
RNAinteract (95)
RNAither (96)
RNAprobR (85)
RNAseq123 (84)
rnaseqcomp (88)
rnaseqGene (232)
RnaSeqGeneEdgeRQL (80)
rnaSeqMap (103)
RNASeqPower (182)
RnaSeqSampleSize (119)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (235)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (92)
roar (108)
ROC (669)
Roleswitch (107)
RoleswitchData (0)
Rolexa (17)
rols (221)
roma (1)
ROntoTools (114)
ropls (280)
ROTS (134)
RPA (126)
RProtoBufLib (67)
RpsiXML (116)
rpx (305)
Rqc (131)
rqt (51)
rqubic (144)
rRDP (89)
rRDPData (0)
Rredland (1)
RRHO (111)
Rsamtools (9415)
rsbml (144)
rSFFreader (56)
RSNPper (2)
RSQLite (0)
Rsubread (1160)
RSVSim (105)
rTANDEM (201)
RTCA (101)
RTCGA (366)
RTCGAToolbox (284)
RTN (137)
RTNduals (51)
RTNsurvival (13)
RTools4TB (3)
RTopper (96)
rtracklayer (9428)
Rtreemix (94)
rTRM (95)
rTRMui (87)
runibic (10)
Ruuid (6)
RUVcorr (94)
RUVnormalize (106)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (433)
RVS (10)
RWebServices (7)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (20872)
safe (302)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (94)
sagx (0)
SAGx (172)
samExploreR (41)
sampleClassifier (48)
SamSPECTRAL (131)
sangerseqR (233)
SANTA (97)
sapFinder (91)
saps (9)
savR (101)
sbgr (6)
SBMLR (112)
SC3 (357)
Scale4C (10)
scales (0)
SCAN.UPC (139)
scater (1019)
scDD (90)
scde (329)
scFeatureFilter (0)
scfind (10)
ScISI (107)
SCLCBam (0)
scmap (18)
SCnorm (30)
scone (89)
scoreInvHap (10)
scPipe (12)
scran (638)
scRNAseq (0)
scsR (80)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (151)
SELEX (86)
SemDist (82)
semisup (46)
SemSim (4)
sendmailR (0)
SEPA (83)
seq2pathway (96)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (209)
seqbias (104)
seqCAT (7)
seqCNA (98)
seqCNA.annot (0)
seqcombo (11)
SeqGSEA (208)
seqLogo (839)
Seqnames (0)
seqPattern (280)
seqplots (155)
SeqSQC (7)
seqTools (109)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (56)
SeqVarTools (170)
sevenbridges (104)
SGSeq (144)
shinyMethyl (148)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (96)
ShortRead (3492)
SICtools (47)
sidap (0)
sigaR (105)
SigCheck (88)
SigFuge (88)
siggenes (1528)
sights (75)
signeR (98)
signet (1)
sigPathway (173)
sigsquared (82)
SIM (95)
SIMAT (89)
SimBindProfiles (87)
similaRpeak (87)
SIMLR (159)
simpleaffy (844)
simpleSingleCell (61)
simulatorAPMS (4)
simulatorZ (84)
sincell (112)
SingleCellExperiment (212)
SISPA (79)
sizepower (129)
SJava (7)
skewr (79)
slalom (10)
SLGI (97)
SLqPCR (113)
SMAP (92)
SMITE (92)
SNAData (1)
SNAGEE (88)
snapCGH (122)
snm (167)
snpAssoc (0)
SNPchip (257)
SNPediaR (82)
snpfier (1)
SNPhood (89)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (16)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (642)
snpStats (801)
SNPtools (0)
soGGi (97)
SomatiCA (24)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (233)
SpacePAC (94)
spade (44)
sparseDOSSA (47)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (96)
SpeCond (139)
SPEM (88)
SPIA (386)
SpidermiR (122)
spikeLI (90)
spkTools (94)
splatter (102)
splicegear (94)
spliceR (157)
spliceSites (95)
SplicingGraphs (141)
splineTCDiffExpr (3)
splineTimeR (80)
SPLINTER (80)
splots (231)
SPONGE (7)
spotSegmentation (97)
SQUADD (88)
SRAdb (532)
sRAP (94)
SRGnet (70)
sscore (98)
sscu (76)
sSeq (112)
ssize (154)
ssizeRNA (0)
SSPA (189)
ssviz (85)
stageR (8)
stam (2)
STAN (100)
staRank (89)
StarBioTrek (79)
Starr (104)
STATegRa (101)
statTarget (129)
stemHypoxia (0)
stepNorm (95)
stepwiseCM (81)
Streamer (91)
STRINGdb (349)
stringr (0)
STROMA4 (46)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (98)
SummarizedExperiment (11401)
supraHex (594)
survcomp (441)
Sushi (243)
sva (2405)
SVAPLSseq (74)
SVM2CRM (81)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (104)
SwathXtend (77)
swfdr (48)
SwimR (83)
switchBox (99)
switchde (79)
synapter (162)
synergyfinder (103)
synlet (78)
systemPipeR (637)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (98)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (101)
TarSeqQC (92)
TCC (210)
TCGAbiolinks (922)
TCGAbiolinksGUI (98)
TCGAWorkflow (14)
TCseq (52)
TDARACNE (94)
tenXplore (7)
TEQC (125)
ternarynet (87)
testproj (1)
tetradR (0)
TFARM (8)
TFBSTools (328)
TFEA.ChIP (1)
TFHAZ (8)
tiger (0)
tigre (105)
tilingArray (148)
timecourse (131)
TimerQuant (0)
timescape (51)
TIN (81)
TitanCNA (115)
tkWidgets (540)
TMixClust (10)
TnT (8)
tofsims (86)
ToPASeq (66)
topdownr (8)
topGO (1939)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (114)
tracktables (92)
trackViewer (199)
transcriptogramer (8)
transcriptR (80)
tRanslatome (94)
TransView (94)
traseR (89)
Travis (1)
treeio (429)
trena (7)
TReNA (9)
triform (86)
trigger (90)
trio (112)
triplex (93)
triwise (1)
tRNAscan2GRanges (0)
TRONCO (115)
Trumpet (1)
TSCAN (177)
tspair (108)
TSRchitect (48)
TSSi (98)
TurboNorm (87)
TVTB (70)
tweeDEseq (119)
twilight (239)
twoddpcr (51)
tximport (1466)
tximportData (0)
TypeInfo (90)

U

UNDO (86)
unifiedWMWqPCR (87)
UniProt.ws (230)
Uniquorn (80)
useR2012 (0)
uSORT (72)

V

VanillaICE (131)
variancePartition (134)
VariantAnnotation (4654)
VariantFiltering (142)
variants (22)
VariantTools (126)
vbmp (143)
Vega (90)
VegaMC (88)
viper (154)
virtualArray (15)
vsn (2384)
vtpnet (82)
vulcan (8)

W

wateRmelon (463)
wavClusteR (94)
waveTiling (88)
weaver (117)
webbioc (101)
WebGestalt (1)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (554)
wiggleplotr (51)

X

XBSeq (90)
xcms (901)
XDE (90)
xmapbridge (89)
xmapcore (3)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (116)
xtable (0)
XVector (14145)

Y

y2hStat (1)
yamss (91)
YAPSA (81)
yaqcaffy (121)
yarn (89)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zFPKM (12)
zinbwave (35)
zlibbioc (15514)