Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-04-17 06:34:00 -0700 (Fri, 17 Apr 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (160264)
2BiocGenerics (120634)
3IRanges (108298)
4Biobase (108202)
5AnnotationDbi (99280)
6GenomeInfoDb (79614)
7zlibbioc (76169)
8limma (67261)
9Biostrings (65477)
10GenomicRanges (62992)
11XVector (60145)
12annotate (55395)
13genefilter (49886)
14Rsamtools (49370)
15S4Vectors (48475)
16biomaRt (46597)
17graph (45492)
18rtracklayer (44206)
19BiocParallel (42607)
20GenomicFeatures (42592)
21preprocessCore (40962)
22GenomicAlignments (40162)
23affy (39974)
24BSgenome (37790)
25affyio (35420)
26geneplotter (32962)
27edgeR (32269)
28RBGL (28676)
29multtest (28635)
30DESeq2 (26190)
31Rgraphviz (24650)
32GEOquery (23873)
33VariantAnnotation (23245)
34impute (23026)
35DESeq (22562)
36biovizBase (22208)
37rhdf5 (18201)
38Gviz (17710)
39qvalue (17146)
40gcrma (17045)
41GSEABase (16769)
42Category (15532)
43ShortRead (15235)
44AnnotationForge (15075)
45vsn (14936)
46cummeRbund (13591)
47GOstats (13506)
48affyPLM (13294)
49siggenes (12455)
50illuminaio (12057)
51ggbio (11674)
52DNAcopy (11186)
53oligoClasses (10752)
54simpleaffy (10620)
55marray (10392)
56affxparser (10090)
57minfi (9995)
58oligo (9623)
59topGO (9382)
60bumphunter (9320)
61EBImage (9058)
62sva (8977)
63annaffy (8955)
64KEGGREST (8920)
65lumi (8704)
66mzR (8576)
67methylumi (8499)
68xcms (7835)
69DynDoc (7762)
70KEGGgraph (7654)
71OrganismDbi (7573)
72DEXSeq (7508)
73pcaMethods (7466)
74flowCore (7379)
75Heatplus (6722)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/2015317201091019
Feb/201531956751157
Mar/201538379948930
Apr/201521066403733
All months2864809245024

A

a4 (2313)
a4Base (2499)
a4Classif (2301)
a4Core (2506)
a4Preproc (2516)
a4Reporting (2286)
ABarray (2246)
ABSSeq (1795)
acepack (1)
aCGH (2994)
ACME (2237)
ADaCGH2 (2091)
adSplit (2086)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10090)
affy (39974)
affycomp (3171)
AffyCompatible (2334)
affyContam (2148)
affycoretools (5511)
affydata (1)
AffyExpress (2318)
affyILM (2047)
affyio (35420)
affylmGUI (3286)
affyPara (2040)
affypdnn (2503)
affyPLM (13294)
affyqcreport (2)
affyQCReport (5769)
AffyRNADegradation (1996)
AffyTiling (2095)
AGDEX (1954)
Agi4x44PreProcess (619)
agilp (2426)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2507)
AIMS (55)
ALDEx2 (789)
AllelicImbalance (1873)
alsace (1649)
altcdfenvs (2111)
ampliQueso (1740)
AnalysisPageServer (14)
annaffy (8955)
AnnBuilder (34)
annmap (1039)
annotate (55395)
annotation (219)
AnnotationDbi (99280)
AnnotationForge (15075)
AnnotationFuncs (2111)
AnnotationHub (3260)
annotationTools (2747)
anota (2106)
antiProfiles (1846)
apcluster (1)
apComplex (2178)
applera (1)
aroma.light (5376)
ArrayExpress (4638)
ArrayExpressHTS (1249)
arrayMagic (16)
arrayMvout (1962)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2672)
arrayQualityMetrics (5404)
arrays (336)
ArrayTools (2494)
ArrayTV (1794)
ARRmNormalization (1801)
ASEB (1863)
ASGSCA (742)
asmn (1632)
ASSET (1783)
ASSIGN (1632)
AtlasRDF (1683)
attract (1927)

B

BAC (1890)
BADER (1797)
BAGS (1710)
ballgown (1186)
bamsignals (5)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1854)
Basic4Cseq (1811)
BatchJobs (1)
BayesPeak (2966)
baySeq (4579)
BBmisc (1)
BCRANK (2189)
beadarray (6650)
beadarraySNP (2143)
BeadDataPackR (6060)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1597)
betr (2115)
bgafun (1948)
BGmix (1144)
bgx (1955)
BHC (2303)
BicARE (2020)
BiGGR (1801)
bigmemoryExtras (1158)
bioassayR (2077)
Biobase (108202)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1980)
BiocCheck (2410)
biocDatasets (25)
BiocGenerics (120634)
biocGraph (2111)
BiocInstaller (160264)
biocinstaller (3)
BiocParallel (42607)
BiocStyle (5271)
biocViews (3181)
bioDist (4322)
biomaRt (46597)
BioMVCClass (2050)
biomvRCNS (1845)
BioNet (3187)
BioSeqClass (2062)
Biostrings (65477)
biosvd (1633)
biovizBase (22208)
BiRewire (1826)
birta (1895)
birte (23)
BiSeq (2338)
bitops (1)
BitSeq (2527)
blima (824)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2226)
BrainStars (1894)
brew (1)
bridge (1925)
BridgeDbR (710)
BrowserViz (24)
BrowserVizDemo (4)
BSgenome (37790)
bsseq (2862)
BubbleTree (6)
BufferedMatrix (1982)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1918)
bumphunter (9320)
BUS (1810)

C

CAFE (1623)
CAGEr (2077)
CALIB (1855)
CAMERA (3505)
canceR (5)
cancerclass (1836)
CancerMutationAnalysis (1963)
Cardinal (19)
casper (1869)
Category (15532)
categoryCompare (1840)
CausalR (1)
ccrepe (1582)
cellGrowth (1816)
cellhts (1)
cellHTS (1897)
cellHTS2 (2784)
CellNOptR (2243)
CexoR (1696)
CFAssay (678)
CGEN (2041)
CGHbase (2523)
CGHcall (2387)
cghcall (1)
cghMCR (3140)
CGHnormaliter (1842)
CGHregions (1916)
ChAMP (2984)
charm (2127)
checkmate (1)
ChemmineOB (2431)
ChemmineR (3776)
chemminer (3)
chimera (2845)
chipenrich (1700)
ChIPpeakAnno (6114)
ChIPQC (1864)
ChIPseeker (2417)
chipseq (3980)
ChIPseqR (2085)
ChIPsim (2036)
ChIPXpress (1011)
chopsticks (2132)
chroGPS (1758)
chromDraw (9)
ChromHeatMap (1931)
ChromoViz (2)
cisPath (1761)
ClassifyR (749)
cleanUpdTSeq (1592)
cleaver (2001)
clippda (1759)
clipper (1989)
Clomial (1505)
Clonality (1769)
clonotypeR (1602)
clst (1735)
clstutils (1659)
clusterProfiler (3840)
clusterStab (1940)
CMA (2464)
cn.farms (1771)
cn.mops (3154)
CNAnorm (1924)
CNEr (1840)
CNORdt (1728)
CNORfeeder (1672)
CNORfuzzy (1729)
CNORode (1789)
CNTools (2176)
cnvGSA (1734)
CNVrd2 (1648)
CNVtools (1953)
cnvtools (1)
cobindR (1621)
CoCiteStats (1869)
codelink (1851)
CODEX (75)
CoGAPS (925)
cogena (16)
coGPS (1642)
COHCAP (1737)
colorspace (1)
coMET (37)
COMPASS (1538)
compcodeR (1786)
compEpiTools (759)
CompGO (1544)
ComplexHeatmap (26)
ConsensusClusterPlus (3155)
conumee (15)
convert (3066)
copa (1886)
COPDSexualDimorphism (1527)
CopyhelpeR (4)
copynumber (2082)
CopyNumber450k (1574)
CopywriteR (5)
CoRegNet (733)
Cormotif (1706)
CorMut (1759)
coRNAi (1702)
CORREP (1760)
cosmiq (720)
cosmo (109)
cosmoGUI (135)
COSNet (647)
CoverageView (995)
cpvSNP (7)
cqn (2399)
CRImage (1997)
CRISPRseek (1740)
crlmm (3192)
CSAR (2167)
csaw (771)
CSSP (1579)
ctc (4163)
cummeRbund (13591)
cummerbund (1)
customProDB (1717)
cycle (1793)
cytofkit (6)

D

dagLogo (1566)
dama (2)
daMA (1709)
DART (1702)
DASiR (1659)
DAVIDQuery (2229)
DBChIP (1911)
DBI (1)
ddCt (2250)
ddgraph (1756)
DECIPHER (2044)
DeconRNASeq (1772)
DEDS (1804)
deepSNV (1948)
DEGraph (2037)
DEGreport (723)
DEGseq (3705)
degseq (1)
deltaGseg (1574)
DeMAND (3)
derfinder (813)
derfinderData (4)
derfinderHelper (805)
derfinderPlot (707)
DESeq (22562)
DESeq2 (26190)
DEXSeq (7508)
dexus (1723)
DFP (1744)
dichromat (1)
DiffBind (4084)
diffGeneAnalysis (1808)
diffHic (2)
digest (1)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2237)
dks (1638)
DMRcaller (3)
DMRcate (1714)
DMRforPairs (1534)
DNAcopy (11186)
DNaseR (1684)
domainsignatures (1790)
DOQTL (790)
DOSE (4257)
DriverNet (1740)
DrugVsDisease (1774)
DSS (2104)
DTA (1682)
dualKS (1651)
DupChecker (673)
dyebias (1751)
DynDoc (7762)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1950)
easyRNASeq (4145)
EBarrays (2496)
EBcoexpress (1781)
EBImage (9058)
EBSeq (3500)
EBSeqHMM (669)
ecolitk (1799)
EDASeq (3473)
edd (45)
EDDA (1604)
edge (1)
edger (1)
edgeR (32269)
eiR (1065)
eisa (2114)
ELBOW (1489)
EMDomics (1)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (1)
ENmix (14)
EnrichmentBrowser (767)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (8)
ensemblVEP (2382)
ENVISIONQuery (1713)
epigenomix (1691)
epivizr (1974)
eQTL (27)
erccdashboard (734)
ExiMiR (1808)
exomeCopy (2328)
exomePeak (1718)
exonfindR (255)
exonmap (100)
explorase (1230)
ExpressionView (1769)
expressionview (1)
externalVector (201)

F

fabia (2352)
facopy (662)
facopy.annot (5)
factDesign (1974)
fail (1)
farms (1913)
fastLiquidAssociation (1241)
fastseg (1758)
fbat (33)
fdrame (1807)
FEM (705)
ffpe (1729)
FGNet (1932)
FISHalyseR (1)
flagme (1798)
flipflop (1621)
flowBeads (1555)
flowBin (1479)
flowcatchR (687)
flowCHIC (671)
flowCL (1498)
flowClean (749)
flowClust (2925)
flowCore (7379)
flowCyBar (1482)
flowDensity (849)
flowFit (1570)
flowFlowJo (1864)
flowFP (1987)
flowMap (1635)
flowMatch (1477)
flowMeans (2200)
flowMerge (2033)
flowPeaks (1839)
flowPhyto (1684)
flowPlots (1768)
flowq (1)
flowQ (1423)
flowQB (1710)
FlowRepositoryR (2)
FlowSOM (23)
flowStats (3979)
flowTrans (1892)
flowType (1898)
flowUtils (2135)
flowViz (5653)
flowVS (13)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4881)
fmcsR (2407)
focalCall (665)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (707)
FRGEpistasis (1426)
frma (2666)
frmaTools (1928)
FunciSNP (1876)

G

gaga (1935)
gage (4739)
gaggle (1717)
gaia (1682)
gaucho (1470)
gCMAP (1870)
gCMAPWeb (1640)
gcrma (17045)
gdsfmt (1382)
geecc (661)
genArise (1726)
GENE.E (1984)
gene2pathway (163)
GeneAnswers (3651)
GeneExpressionSignature (1815)
genefilter (49886)
genefu (2345)
GeneGA (1045)
GeneGroupAnalysis (165)
GeneMeta (2231)
GeneNetworkBuilder (1772)
GeneOverlap (1573)
geneplotter (32962)
GeneR (54)
geneRecommender (1891)
GeneRegionScan (1702)
generegulation (57)
GeneRfold (28)
geneRxCluster (1468)
GeneSelectMMD (1720)
GeneSelector (1976)
GeneSpring (38)
geNetClassifier (1759)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1791)
GeneticsPed (1868)
GeneTraffic (49)
GeneTS (4)
genoCN (1740)
genomation (28)
GenomeGraphs (3697)
GenomeInfoDb (79614)
genomeIntervals (4740)
genomes (2013)
GenomicAlignments (40162)
GenomicFeatures (42592)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1875)
GenomicInteractions (670)
GenomicRanges (62992)
GenomicTuples (696)
Genominator (2236)
genoset (2670)
GenoView (649)
GEOmetadb (2788)
GEOquery (23873)
geoquery (1)
GEOsubmission (1714)
gespeR (9)
GEWIST (1590)
gff3Plotter (4)
GGBase (3159)
ggbio (11674)
GGtools (2472)
ggtree (105)
girafe (2102)
GLAD (2675)
GlobalAncova (2192)
globaltest (4324)
gmapR (1012)
GOexpress (827)
GOFunction (2068)
GoogleGenomics (3)
goProfiles (2318)
goprofiles (2)
GOSemSim (5076)
goseq (5143)
GOSim (2082)
gostats (1)
GOstats (13506)
GOsummaries (806)
GOTHiC (1481)
goTools (2389)
gpls (2473)
gprege (1644)
gQTLBase (22)
gQTLstats (20)
graph (45492)
GraphAlignment (1749)
GraphAT (1722)
graphite (3299)
GraphPAC (1614)
GRENITS (1747)
GreyListChIP (7)
grndata (4)
groHMM (681)
GSAR (754)
GSBenchMark (4)
GSCA (1524)
gseabase (1)
GSEABase (16769)
GSEAlm (2265)
GSReg (660)
GSRI (1747)
GSVA (2478)
gtrellis (4)
Gviz (17710)
gwascat (2131)
GWASTools (3136)

H

h5vc (1725)
hapFabia (1671)
Harshlight (1751)
HCsnip (1641)
HDTD (699)
Heatplus (6722)
HELP (1735)
HEM (1711)
hexbin (154)
hiAnnotator (723)
HIBAG (5)
highthroughputassays (16)
HilbertVis (2874)
HilbertVisGUI (1379)
hiReadsProcessor (649)
HiTC (1858)
Hmisc (1)
HMMcopy (1944)
hopach (3029)
hpar (1964)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2906)
HTSanalyzeR (2153)
HTSeqGenie (397)
htseqtools (2)
htSeqTools (2053)
HTSFilter (1916)
HybridMTest (1627)
hyperdraw (1980)
hypergraph (2566)

I

iASeq (1729)
iBBiG (1720)
ibh (1602)
iBMQ (1596)
Icens (3311)
iChip (1677)
iClusterPlus (4856)
IdeoViz (684)
idiogram (1786)
IdMappingAnalysis (1612)
IdMappingRetrieval (1632)
iFlow (140)
illuminaio (12057)
imageHTS (1847)
immunoClust (7)
IMPCdata (601)
impute (23026)
InPAS (4)
INPower (1403)
inSilicoDb (2408)
inSilicoMerging (2410)
intansv (1645)
interactiveDisplay (4321)
interactiveDisplayBase (2804)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (7)
inveRsion (1643)
inversion (1)
iontree (1620)
iPAC (1716)
IPPD (1906)
IRanges (108298)
iranges (1)
iSeq (1697)
isobar (2159)
IsoGeneGUI (1747)
iSPlot (2)
ITALICS (1695)
iterativeBMA (1683)
iterativeBMAsurv (1667)
iterators (1)
IVAS (7)

J

jmosaics (1582)
joda (1675)

K

KCsmart (1730)
kebabs (753)
KEGGgraph (7654)
keggorth (18)
keggorthology (1971)
KEGGprofile (2298)
KEGGREST (8920)
KEGGSOAP (332)

L

labeling (1)
lapmix (1702)
latticeExtra (1)
LBE (1978)
LEA (21)
les (1751)
limma (67261)
limmaGUI (2923)
LiquidAssociation (1726)
liquidassociation (1)
lmdme (1707)
LMGene (1944)
logicFS (2276)
logitt (1)
logitT (1698)
lol (1659)
LowMACA (2)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (2112)
LPEadj (1683)
lpNet (1594)
lumi (8704)
LVSmiRNA (1808)

M

M3D (705)
maanova (2324)
macat (1729)
maCorrPlot (1661)
maDB (209)
madb (1)
made4 (4153)
maigesPack (1720)
MAIT (741)
makecdfenv (3321)
makePlatformDesign (36)
MANOR (1724)
manta (1669)
MantelCorr (1689)
mAPKL (24)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1591)
marray (10392)
maSigPro (2681)
maskBAD (1626)
MassArray (1758)
massiR (1458)
MassSpecWavelet (3338)
matchBox (1632)
matchprobes (100)
MatrixRider (3)
MBAmethyl (609)
MBASED (689)
MBCB (1718)
mBPCR (1663)
mcaGUI (1685)
MCRestimate (1804)
mdgsa (13)
mdqc (1845)
MeasurementError.cor (1592)
MEDIPS (2508)
MEDME (1728)
MEIGOR (638)
MergeMaid (2295)
MeSHDbi (1734)
meshr (1545)
MeSHSim (14)
messina (1417)
metaArray (2261)
Metab (673)
metabomxtr (626)
metagene (661)
metagenomeSeq (3409)
metahdep (1673)
metaMS (1590)
metaSeq (1624)
metaseqR (1592)
MethTargetedNGS (1)
methVisual (1764)
methyAnalysis (2376)
MethylAid (788)
MethylMix (719)
methylMnM (1641)
methylPipe (858)
MethylSeekR (1859)
methylumi (8499)
Mfuzz (3845)
mfuzz (1)
MGFM (633)
mgsa (1827)
MiChip (1651)
microRNA (2449)
MIMOSA (1450)
MineICA (1620)
minet (4231)
minfi (9995)
MinimumDistance (1685)
MiPP (1706)
MiRaGE (1691)
miRNApath (1922)
miRNAtap (678)
Mirsynergy (1449)
missMethyl (754)
mitoODE (1444)
MLInterfaces (3072)
MLP (1702)
MLSeq (1651)
MMDiff (1705)
mmnet (1576)
MmPalateMiRNA (1720)
mogsa (2)
monocle (1093)
MoPS (659)
mosaics (1966)
MotifDb (2830)
motifRG (1750)
motifStack (2742)
MotIV (3029)
MPFE (591)
mQTL.NMR (645)
msa (8)
MSGFgui (775)
MSGFplus (807)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1579)
msmsTests (1550)
MSnbase (3738)
MSnID (765)
msQC (55)
MSstats (1960)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1802)
MultiMed (614)
multiscan (1654)
multtest (28635)
munsell (1)
muscle (11)
MVCClass (1818)
mvGST (655)
mygene (913)
mzID (2812)
mzR (8576)

N

NanoStringQCPro (16)
NarrowPeaks (1709)
ncdfFlow (4232)
NCIgraph (2099)
neaGUI (1696)
nem (1801)
netbenchmark (21)
netbiov (724)
nethet (9)
NetPathMiner (1539)
netresponse (1667)
NetSAM (1558)
networkBMA (1700)
NGScopy (625)
NGScopyData (4)
nnNorm (1687)
NOISeq (3572)
nondetects (1461)
NormqPCR (2194)
npGSEA (1522)
NTW (1604)
nucler (1)
nucleR (1811)
nudge (1641)
NuPoP (1684)

O

occugene (1641)
OCplus (1877)
OGSA (1)
oligo (9623)
oligoClasses (10752)
oligoclasses (1)
OLIN (1793)
OLINgui (1670)
omicade4 (1752)
OmicCircos (2338)
OncoSimulR (496)
oneChannelGUI (2525)
ontoCAT (1840)
ontoTools (43)
openCyto (1917)
oposSOM (774)
OrderedList (2697)
org.Hs.eg.db (2)
OrganismDbi (7573)
OSAT (1611)
OTUbase (1781)
OutlierD (1801)

P

PAA (676)
PADOG (1693)
paircompviz (1538)
pairseqsim (3)
pamr (49)
pandaR (18)
PAnnBuilder (1840)
panp (1843)
PANR (1642)
PAPi (1643)
parglms (5)
parody (2235)
pathifier (1626)
PathNet (1652)
pathRender (1753)
pathview (6046)
PatientGeneSets (48)
paxtoolsr (812)
Pbase (680)
pcaGoPromoter (1850)
pcaMethods (7466)
pcot2 (1712)
PCpheno (1644)
pdInfoBuilder (2465)
pdmclass (1705)
PECA (1500)
pepDat (4)
pepStat (631)
pepXMLTab (624)
PGSEA (2368)
pgUtils (257)
phenoDist (1632)
phenoTest (1830)
PhenStat (1435)
phyloseq (5781)
piano (2589)
pickgene (1658)
PICS (2301)
PING (1773)
pint (1715)
pkgDepTools (1982)
plateCore (1746)
plethy (1548)
plgem (1723)
plier (3005)
PLPE (1688)
plrs (1609)
plw (1652)
plyr (1)
podkat (2)
polyester (723)
Polyfit (658)
ppiStats (1768)
prada (3425)
prebs (1620)
PREDA (1687)
predictionet (990)
preprocessCore (40962)
proBAMr (581)
PROcess (2337)
procoil (1594)
ProCoNA (1548)
pRoloc (1805)
pRolocdata (5)
pRolocGUI (708)
PROMISE (1627)
PROPER (14)
prot2D (1592)
proteinProfiles (1512)
proteoQC (695)
ProtGenerics (46)
PSEA (618)
PSICQUIC (1826)
puma (2017)
pvac (1678)
pvca (1811)
Pviz (696)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2078)

Q

qcmetrics (1480)
QDNAseq (1681)
qpcrNorm (1774)
qpgraph (2778)
qrqc (2117)
QUALIFIER (1611)
quantro (690)
quantsmooth (3727)
QuartPAC (8)
QuasR (3102)
qusage (1568)
qvalue (17146)

R

R3CPET (1)
r3Cseq (1792)
R453Plus1Toolbox (1773)
rain (694)
rama (1871)
RamiGO (2247)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1613)
RankProd (4115)
Rariant (1466)
RbcBook1 (1840)
RBGL (28676)
rbioinf (1)
RBioinf (1840)
rBiopaxParser (1835)
RBM (14)
Rbowtie (3220)
rbsurv (1729)
Rcade (1610)
RCASPAR (1606)
rcellminer (22)
rcellminerData (4)
Rchemcpp (1483)
RchyOptimyx (1735)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2009)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (5)
RCytoscape (3946)
RDAVIDWebService (2757)
Rdbi (35)
RdbiPgSQL (19)
Rdisop (2112)
RDRToolbox (2298)
ReactomePA (2690)
ReadqPCR (2229)
reb (1650)
RedeR (2312)
REDseq (1791)
RefNet (1454)
RefPlus (1727)
regioneR (2)
regionReport (657)
Repitools (3140)
ReportingTools (5930)
ReQON (1658)
Resourcerer (1147)
rflowcyt (36)
rfPred (1501)
rGADEM (3428)
RGalaxy (1731)
Rgraphviz (24650)
rGREAT (8)
RGSEA (710)
rgsepd (9)
rhdf5 (18201)
Rhtslib (38)
rHVDM (1689)
riboSeq (48)
riboSeqR (693)
ringo (1)
Ringo (3549)
Rintact (26)
RIPSeeker (1820)
Risa (1659)
RLMM (1633)
RMAGEML (9)
rmagpie (1)
Rmagpie (1676)
RMAPPER (1077)
RMassBank (1756)
rMAT (1137)
RmiR (1967)
RNAinteract (1663)
RNAither (1732)
rnaither (1)
RNAprobR (3)
rnaseqGene (503)
rnaSeqMap (1873)
RNASeqPower (1925)
RnaSeqSampleSize (16)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (8)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (641)
roar (1433)
ROC (5276)
Roleswitch (1540)
Rolexa (1796)
rols (2004)
ROntoTools (1748)
RPA (1818)
RpsiXML (1919)
rpx (1861)
Rqc (674)
rqubic (1745)
rRDP (627)
rRDPData (5)
Rredland (8)
RRHO (1566)
rsamtools (3)
Rsamtools (49370)
rsbml (2231)
rSFFreader (1007)
RSNPper (13)
RSQLite (1)
Rsubread (3874)
RSVSim (1690)
rTANDEM (2087)
RTCA (1755)
RTN (1708)
RTools4TB (34)
RTopper (1665)
rtracklayer (44206)
Rtreemix (1660)
rTRM (1573)
rTRMui (1502)
Ruuid (50)
RUVcorr (1)
RUVnormalize (673)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (1284)
RWebServices (332)

S

S4Vectors (48475)
safe (2084)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1650)
SAGx (2082)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1752)
sangerseqR (2108)
SANTA (1565)
sapFinder (1457)
saps (21)
savR (1498)
SBMLR (1748)
scales (1)
SCAN.UPC (2061)
ScISI (1814)
SCLCBam (4)
scsR (1397)
SeattleIntro2010 (3)
segmentSeq (1802)
SELEX (3)
SemDist (610)
SemSim (13)
sendmailR (1)
seq2pathway (7)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1742)
seqbias (1849)
seqCNA (1568)
SeqGSEA (2344)
seqLogo (6542)
Seqnames (1)
seqPattern (9)
seqplots (781)
seqTools (671)
SequenceAnalysis (5)
SequenceAnalysisData (28)
SeqVarTools (1581)
SGSeq (640)
shinyMethyl (883)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1584)
ShortRead (15235)
sidap (5)
sigaR (1717)
SigCheck (639)
SigFuge (1540)
siggenes (12455)
sigPathway (2348)
sigsquared (2)
SIM (1719)
SIMAT (3)
SimBindProfiles (1477)
similaRpeak (1)
simpleaffy (10620)
simulatorAPMS (35)
simulatorZ (628)
sincell (37)
sizepower (1937)
SJava (404)
skewr (3)
SLGI (1735)
slgi (1)
SLqPCR (1885)
SMAP (1652)
SNAGEE (1528)
snapCGH (2183)
snm (1899)
SNPchip (3332)
snpMatrix (247)
SNPRelate (1479)
snpStats (6035)
soGGi (3)
SomatiCA (1598)
SomaticSignatures (1740)
SpacePAC (1508)
spade (2209)
specL (643)
SpeCond (1726)
SPEM (1505)
SPIA (3338)
spikeLI (1599)
spkTools (1630)
splicegear (1657)
spliceR (2127)
spliceSites (1520)
SplicingGraphs (1700)
splots (2856)
spotSegmentation (1805)
SQUADD (1549)
SRAdb (4344)
sRAP (1776)
sscore (1613)
sSeq (1572)
ssize (2035)
SSPA (1830)
ssviz (675)
stam (8)
STAN (688)
staRank (1561)
Starr (1821)
STATegRa (656)
stepNorm (1627)
stepwiseCM (1597)
Streamer (1711)
STRINGdb (2041)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1880)
survcomp (3904)
Sushi (1903)
sva (8977)
SVM2CRM (2)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1413)
switchBox (634)
synapter (1899)
systemPipeR (971)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1541)
TargetSearch (1721)
TCC (2155)
TDARACNE (1755)
TEQC (1815)
ternarynet (1532)
tfbstools (1)
TFBSTools (2063)
tigre (1703)
tilingArray (2311)
timecourse (2187)
TIN (14)
TitanCNA (1542)
tkWidgets (6567)
ToPASeq (691)
topGO (9382)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (4)
tracktables (617)
trackViewer (1577)
tRanslatome (1667)
TransView (1652)
triform (1542)
trigger (1652)
trio (1751)
triplex (1588)
TRONCO (13)
TSCAN (605)
tspair (1814)
TSSi (1654)
TurboNorm (1675)
tweeDEseq (1854)
twilight (2844)
typeinfo (1)
TypeInfo (1628)

U

UNDO (1423)
unifiedWMWqPCR (1437)
UniProt.ws (2267)

V

VanillaICE (1959)
VariantAnnotation (23245)
VariantFiltering (1740)
variants (149)
VariantTools (941)
vbmp (2142)
Vega (1626)
VegaMC (1626)
viper (1497)
virtualArray (1442)
vsn (14936)
vtpnet (1555)

W

wateRmelon (3421)
wavClusteR (728)
waveTiling (1577)
weaver (2000)
webbioc (1729)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6702)

X

xcms (7835)
XDE (1643)
xmapbridge (1615)
xmapcore (123)
XML (1)
xps (2380)
XVector (60145)

Y

yaqcaffy (1983)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (76169)