Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-10-17 08:42:54 -0400 (Tue, 17 Oct 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (27855)
2BiocGenerics (20880)
3S4Vectors (19446)
4IRanges (19347)
5Biobase (18064)
6AnnotationDbi (17320)
7zlibbioc (14751)
8GenomicRanges (13472)
9XVector (13367)
10limma (13266)
11GenomeInfoDb (12515)
12Biostrings (12415)
13BiocParallel (11769)
14SummarizedExperiment (10130)
15annotate (9738)
16Rsamtools (8957)
17GenomicAlignments (8952)
18rtracklayer (8673)
19biomaRt (8535)
20genefilter (8491)
21GenomicFeatures (8124)
22graph (7870)
23preprocessCore (6734)
24edgeR (6653)
25DESeq2 (6325)
26geneplotter (6014)
27affy (5399)
28BSgenome (5206)
29affyio (5015)
30VariantAnnotation (4570)
31RBGL (4557)
32Rgraphviz (4533)
33multtest (4525)
34rhdf5 (4347)
35impute (3938)
36AnnotationHub (3678)
37qvalue (3660)
38GEOquery (3430)
39DelayedArray (3400)
40ShortRead (3108)
41interactiveDisplayBase (3094)
42ensembldb (3074)
43DNAcopy (2941)
44DESeq (2909)
45biovizBase (2881)
46GSEABase (2851)
47Gviz (2656)
48KEGGREST (2361)
49sva (2215)
50AnnotationForge (2176)
51vsn (2159)
52Category (2119)
53GOstats (1880)
54ProtGenerics (1868)
55GOSemSim (1867)
56clusterProfiler (1849)
57topGO (1847)
58EBImage (1831)
59DOSE (1798)
60pcaMethods (1741)
61OrganismDbi (1725)
62KEGGgraph (1713)
63BiocStyle (1694)
64gcrma (1686)
65illuminaio (1654)
66phyloseq (1639)
67ggbio (1628)
68minfi (1550)
69pathview (1527)
70siggenes (1518)
71fgsea (1514)
72ComplexHeatmap (1480)
73bumphunter (1433)
74oligoClasses (1423)
75oligo (1405)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (151)
a4Base (179)
a4Classif (143)
a4Core (188)
a4Preproc (181)
a4Reporting (148)
ABAData (0)
ABAEnrichment (126)
ABAFuncData (0)
ABarray (144)
ABSSeq (148)
acde (112)
acepack (0)
aCGH (224)
ACME (149)
ADaCGH2 (127)
adSplit (124)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1312)
affy (5399)
affycomp (215)
AffyCompatible (139)
affyContam (132)
affycoretools (475)
affydata (1)
AffyExpress (139)
affyILM (120)
affyio (5015)
affylmGUI (213)
affyPara (134)
affypdnn (164)
affyPLM (1232)
affyQCReport (357)
AffyRNADegradation (127)
AffyTiling (28)
AGDEX (117)
Agi4x44PreProcess (14)
agilp (201)
AgiMicroRna (165)
AIMS (256)
ALDEx2 (156)
AllelicImbalance (132)
AllSorts (1)
alpine (104)
alpineData (0)
alsace (114)
altcdfenvs (143)
AMOUNTAIN (91)
amplican (1)
ampliQueso (108)
AnalysisPageServer (110)
anamiR (97)
Anaquin (91)
AneuFinder (116)
AneuFinderData (1)
AnimalGene2QTL (1)
annaffy (558)
AnnBuilder (5)
annmap (96)
annotate (9738)
annotation (34)
AnnotationDbi (17320)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (904)
AnnotationForge (2176)
AnnotationFuncs (156)
AnnotationHub (3678)
AnnotationHubData (141)
Annotations (0)
annotationTools (177)
annotatr (126)
annotatr.data (0)
anota (130)
antiProfiles (114)
apcluster (0)
apComplex (142)
apeglm (1)
applera (1)
aroma.light (1283)
ArrayExpress (451)
ArrayExpressHTS (69)
arrayMagic (2)
arraymvout (0)
arrayMvout (117)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (158)
arrayQualityMetrics (482)
arrays (53)
ArrayTools (184)
ArrayTV (118)
ARRmNormalization (119)
ASAFE (84)
ASEB (116)
ASGSCA (114)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (4)
ASpli (107)
ASSET (116)
ASSIGN (117)
ATACqc (1)
ATACseqQC (51)
AtlasRDF (111)
attract (121)
AUCell (0)

B

BaalChIP (89)
BAC (117)
bacon (118)
BADER (110)
BadRegionFinder (91)
BAGS (108)
ballgown (716)
bamsignals (189)
banocc (34)
base64enc (0)
basecallQC (39)
BaseSpaceR (129)
Basic4Cseq (121)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BASiCS (0)
BasicSTARRseq (98)
BatchJobs (0)
BatchQC (150)
BayesKnockdown (80)
BayesPeak (174)
baySeq (471)
BBCAnalyzer (99)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (138)
beachmat (21)
beadarray (655)
beadarraySNP (134)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (611)
BeadExplorer (1)
BEAT (112)
BEclear (106)
betr (89)
bgafun (114)
BgeeDB (127)
BGmix (60)
bgx (120)
BHC (186)
BicARE (166)
BiGGR (124)
BigMatrix (0)
bigmelon (88)
bigmemoryExtras (78)
bim (1)
bioassayR (147)
Biobase (18064)
biobroom (162)
bioCancer (100)
BiocCaseStudies (119)
BiocCheck (363)
biocDatasets (3)
BiocFileCache (55)
BiocGenerics (20880)
biocGraph (186)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstaller (27855)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (39)
BiocParallel (11769)
BiocSklearn (1)
BiocStyle (1694)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (452)
BiocWorkflowTools (92)
bioDist (333)
biodist (0)
BiodivoTools (0)
biomaRt (8535)
BioMedR (42)
biomformat (1238)
BioMVCClass (113)
biomvRCNS (112)
BioNet (288)
BioQC (96)
BioSeqClass (126)
biosigner (115)
biostrings (0)
Biostrings (12415)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (106)
biotmle (36)
biovizBase (2881)
BiRewire (165)
birta (116)
birte (112)
BiSeq (200)
bitops (0)
BitSeq (265)
blima (105)
blimaTestingData (0)
BLMA (37)
BPRMeth (86)
BRAIN (185)
BrainStars (118)
branchpointer (36)
brew (0)
BRGEdata (1)
bridge (113)
BridgeDbR (123)
BrowserViz (93)
BrowserVizDemo (71)
BSgenome (5206)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (627)
BubbleTree (115)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (124)
BufferedMatrixMethods (119)
BUMHMM (38)
bumphunter (1433)
BUS (111)
BuxcoR (0)

C

CAFE (101)
CAGEr (154)
CALIB (120)
CAMERA (417)
camera (0)
canceR (112)
cancerclass (111)
CancerInSilico (79)
CancerMutationAnalysis (121)
CancerSubtypes (111)
CAnD (99)
caOmicsV (99)
Cardinal (138)
casper (117)
CATALYST (37)
Category (2119)
categoryCompare (93)
CausalR (104)
cbaf (1)
ccdata (0)
ccmap (90)
CCPROMISE (79)
ccrepe (117)
cellbaseR (34)
cellGrowth (113)
cellHTS (31)
cellHTS2 (229)
cellity (109)
CellMapper (89)
CellMapperData (0)
cellnoptr (0)
CellNOptR (155)
cellscape (44)
cellTree (116)
CEMiTool (3)
CexoR (114)
CFAssay (107)
CGEN (139)
CGHbase (229)
CGHcall (216)
cghMCR (203)
CGHnormaliter (119)
CGHregions (134)
cghregions (0)
ChAMP (400)
ChAMPdata (0)
charm (135)
checkmate (0)
ChemmineOB (193)
ChemmineR (442)
Chicago (123)
chimera (167)
chimeraviz (48)
ChIPanalyser (1)
ChIPComp (109)
chipenrich (137)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (38)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (660)
ChIPQC (240)
ChIPseeker (506)
ChipSeq (0)
chipseq (447)
chipseqDB (8)
ChIPseqR (175)
ChIPsim (171)
ChIPXpress (89)
chopsticks (328)
chroGPS (105)
chromDraw (104)
ChromHeatMap (133)
ChromoViz (1)
chromPlot (107)
chromstaR (88)
chromstaRData (0)
CHRONOS (104)
CINdex (92)
cisPath (114)
ClassifyR (126)
cleanUpdTSeq (107)
cleaver (206)
clippda (117)
clipper (157)
Clomial (110)
Clonality (111)
clonotypeR (113)
clst (113)
clstutils (103)
clustComp (95)
clusterExperiment (110)
ClusterJudge (3)
clusterProfiler (1849)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (38)
ClusterSignificance (100)
clusterStab (159)
CMA (181)
CMEA (1)
cn.farms (111)
cn.mops (228)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (135)
cnanorm (0)
CNEr (292)
CNORdt (117)
CNORfeeder (111)
CNORfuzzy (114)
CNORode (124)
CNPBayes (98)
CNTools (286)
cnvGSA (108)
CNVPanelizer (113)
CNVrd2 (112)
CNVtools (127)
cnvtools (0)
cobindR (103)
CoCiteStats (114)
codelink (120)
codetoolsBioC (0)
CODEX (146)
coexnet (4)
CoGAPS (114)
cogena (124)
coGPS (105)
COHCAP (130)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (134)
COMPASS (113)
compcodeR (120)
compEpiTools (126)
CompGO (120)
ComplexHeatmap (1480)
CONFESS (90)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (973)
consensusOV (3)
consensusSeekeR (99)
contiBAIT (88)
conumee (129)
convert (223)
copa (118)
COPDSexualDimorphism (3)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (263)
CopyNumber450k (23)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (143)
CoRegNet (125)
Cormotif (113)
CorMut (107)
coRNAi (83)
CORREP (115)
coseq (43)
cosmiq (109)
cosmo (6)
cosmoGUI (6)
COSNet (99)
CountClust (131)
covEB (79)
CoverageView (116)
covRNA (79)
cpvSNP (100)
cqn (196)
CRImage (144)
CRISPRseek (161)
crisprseekplus (81)
CrispRVariants (116)
crlmm (225)
crossmeta (93)
CSAR (179)
csaw (241)
CSSP (123)
ctc (338)
ctsGE (86)
cummeRbund (1204)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
curatedTCGAData (0)
customProDB (153)
CVE (90)
cycle (114)
cydar (43)
cytofkit (238)
cytofWorkflow (1)
cytolib (7)
CytoML (80)

D

dada2 (425)
dagLogo (100)
daMA (110)
DaMiRseq (37)
DAPAR (125)
DAPARdata (0)
DART (113)
DASC (3)
DASiR (21)
DAVIDQuery (22)
davidquery (0)
DBChIP (144)
DBI (0)
dcGSA (88)
DChIPRep (103)
ddCt (168)
ddgraph (104)
DDiGGER (0)
debrowser (143)
DECIPHER (381)
DEComplexDisease (1)
DeconRNASeq (135)
DEDS (124)
DeepBlueR (113)
deepSNV (140)
DEFormats (148)
DEGraph (121)
DEGreport (115)
DEGseq (321)
DelayedArray (3400)
deltaGseg (106)
DeMAND (105)
DEP (2)
derfinder (280)
derfinderData (0)
derfinderHelper (238)
derfinderPlot (128)
deseq (0)
DESeq (2909)
DESeq2 (6325)
destiny (521)
DEsubs (102)
DEXSeq (681)
dexus (127)
DFP (110)
dichromat (0)
DiffBind (621)
diffGeneAnalysis (106)
diffHic (141)
DiffLogo (104)
diffloop (86)
diffloopdata (1)
diffuStats (3)
digest (0)
diggit (104)
diggitdata (0)
Director (74)
DirichletMultinomial (284)
discordant (36)
dks (110)
DMCHMM (2)
DMRcaller (109)
DMRcate (461)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (110)
DMRScan (35)
DNABarcodes (113)
DNAcopy (2941)
DNaseR (6)
DNAshapeR (116)
domainsignatures (111)
doppelgangR (94)
DOQTL (124)
Doscheda (1)
DOSE (1798)
DRIMSeq (103)
DriverNet (125)
DrugVsDisease (114)
dSimer (83)
DSS (448)
DTA (103)
dualKS (105)
DupChecker (99)
dupRadar (201)
DvDdata (0)
dyebias (111)
DynDoc (581)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (0)
EasyqpcR (153)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (244)
EBarrays (183)
EBcoexpress (113)
EBImage (1831)
EBSEA (87)
EBSeq (521)
EBSeqHMM (129)
ecolitk (117)
EDASeq (1137)
edd (6)
EDDA (110)
edge (158)
edger (0)
edgeR (6653)
eegc (84)
EfficientR (0)
EGAD (103)
EGSEA (165)
EGSEAdata (0)
eiR (70)
eisa (133)
ELBOW (98)
ELMER (166)
ELMER.data (0)
EMDomics (104)
EmpiricalBrownsMethod (97)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (124)
ENmix (131)
EnrichedHeatmap (139)
EnrichmentBrowser (199)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (3074)
ensemblVEP (158)
ENVISIONQuery (101)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (0)
EpiDISH (3)
epigenomix (109)
epiNEM (37)
epivizr (153)
epivizrChart (6)
epivizrData (123)
epivizrServer (118)
epivizrStandalone (101)
eQTL (4)
erccdashboard (127)
erma (149)
esetVis (84)
eudysbiome (90)
EventPointer (42)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (88)
ExiMiR (112)
exomeCopy (263)
exomecopy (1)
exomePeak (133)
exonfindR (0)
exonmap (13)
ExperimentHub (145)
ExperimentHubData (91)
explorase (95)
ExpressionAtlas (103)
ExpressionNormalizationWorkflow (15)
expressionview (0)
ExpressionView (106)
exprExternal (1)
externalVector (6)

F

fabia (208)
facopy (99)
facopy.annot (0)
factDesign (123)
fail (0)
FamAgg (92)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (123)
fastLiquidAssociation (97)
fastseg (339)
fbat (5)
fCCAC (77)
fCI (95)
fdrame (112)
FEM (259)
ffpe (123)
FGNet (171)
fgsea (1514)
FindMyFriends (118)
FISHalyseR (100)
FitHiC (100)
flagme (108)
Fletcher2013a (0)
flipflop (117)
flowAI (110)
flowBeads (102)
flowBin (100)
flowcatchR (101)
flowCHIC (98)
flowCL (136)
flowClean (126)
flowClust (310)
flowCore (1263)
flowCyBar (104)
flowDensity (153)
flowFit (108)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (10)
flowFP (129)
flowMap (105)
flowMatch (105)
flowMeans (207)
flowMerge (150)
flowPeaks (155)
flowPhyto (7)
flowPloidy (78)
flowPloidyData (1)
flowPlots (106)
flowq (0)
flowQ (141)
flowQB (108)
FlowRepositoryR (98)
FlowSOM (246)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (329)
flowTime (31)
flowTrack (1)
flowTrans (120)
flowType (133)
flowUtils (305)
flowViz (557)
flowVS (106)
flowWorkspace (511)
fmcsR (198)
focalCall (98)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (114)
FRGEpistasis (99)
frma (266)
frmaTools (128)
fucci (1)
FunChIP (75)
FunciSNP (129)
funtooNorm (38)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (35)
GA4GHshiny (4)
gaga (119)
gage (775)
gaggle (109)
gaia (128)
GAprediction (75)
garfield (88)
gaucho (96)
gcapc (37)
gcatest (90)
gCMAP (109)
gCMAPWeb (90)
gCrisprTools (78)
gcrma (1686)
gdsfmt (762)
geecc (93)
GEM (81)
genArise (114)
genbankr (123)
GENE.E (120)
gene2pathway (6)
GeneAnswers (180)
geneAttribution (77)
GeneBreak (93)
geneClassifiers (34)
GeneExpressionSignature (117)
genefilter (8491)
genefu (263)
GeneGA (82)
GeneGeneInteR (84)
GeneGroupAnalysis (3)
GeneMeta (161)
GeneNetworkBuilder (100)
GeneOverlap (156)
geneplast (80)
geneplotter (6014)
GeneR (8)
geneRecommender (107)
GeneRegionScan (106)
generegulation (8)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (95)
GeneSelectMMD (108)
GeneSelector (152)
GENESIS (161)
GeneSpring (6)
geNetClassifier (136)
GeneticsBase (4)
GeneticsDesign (141)
GeneticsPed (156)
GeneTraffic (6)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (91)
GENIE3 (3)
genoCN (106)
GenoGAM (96)
genomation (282)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (276)
GenomeInfoDb (12515)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (383)
genomes (136)
GenomicAlignments (8952)
GenomicDataCommons (61)
GenomicFeatures (8124)
GenomicFiles (547)
GenomicInteractions (146)
GenomicRanges (13472)
GenomicScores (71)
GenomicTuples (109)
Genominator (131)
genoset (235)
genotypeeval (92)
GenoView (11)
genphen (88)
GenRank (89)
GenVisR (249)
GEOmetadb (262)
geoquery (0)
GEOquery (3430)
GEOsearch (87)
GEOsubmission (110)
geosubmission (0)
gespeR (111)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (97)
gff3Plotter (1)
GGBase (171)
ggbio (1628)
ggcyto (245)
GGtools (162)
ggtree (974)
girafe (165)
GISPA (35)
GKnowMTest (1)
GLAD (224)
Glimma (412)
GlobalAncova (150)
globalSeq (89)
globaltest (473)
gmapR (102)
GMRP (87)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (169)
GOFunction (131)
GoogleGenomics (101)
GOpro (82)
goProfiles (164)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1867)
goseq (794)
GOSim (159)
goSTAG (41)
gostats (0)
GOstats (1880)
GOsummaries (142)
GOTHiC (123)
goTools (159)
gotools (0)
gpls (195)
gprege (100)
gQTLBase (205)
gQTLstats (215)
graph (7870)
GraphAlignment (114)
GraphAT (104)
graphite (638)
GraphPAC (114)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (108)
GreyListChIP (108)
GRmetrics (93)
grndata (0)
groHMM (109)
GRridge (37)
GSALightning (87)
GSAR (153)
GSBenchMark (0)
GSCA (101)
GSE64985 (0)
GSEABase (2851)
GSEAlm (183)
GSReg (96)
GSRI (106)
GSVA (466)
gtkWidgets (0)
gtrellis (113)
GUIDEseq (105)
Guitar (99)
Gviz (2656)
gwascat (212)
GWASTools (314)

H

h5vc (118)
hapFabia (121)
Harman (94)
HarmanData (0)
Harshlight (110)
harshlight (0)
HCsnip (105)
HDF5Array (308)
HDTD (96)
healthyFlowData (0)
heatmaps (47)
Heatplus (685)
HelloRanges (84)
HelloRangesData (0)
HELP (111)
HEM (107)
hexbin (18)
hiAnnotator (106)
HIBAG (119)
HiCcompare (3)
hicrep (36)
hierGWAS (99)
highthroughputassays (9)
HilbertCurve (128)
hilbertvis (0)
HilbertVis (362)
HilbertVisGUI (85)
hiReadsProcessor (75)
HiTC (193)
Hmisc (0)
HMMcopy (170)
hopach (253)
hpar (223)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (234)
HTSanalyzeR (163)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (73)
htseqtools (0)
htSeqTools (183)
HTSFilter (179)
HybridMTest (98)
hyperdraw (139)
hypergraph (185)

I

iASeq (101)
iBBiG (153)
ibh (96)
iBMQ (99)
iCARE (87)
Icens (311)
iCheck (97)
iChip (100)
iClusterPlus (138)
iCOBRA (89)
ideal (35)
ideogram (0)
IdeoViz (129)
idiogram (110)
IdMappingAnalysis (95)
IdMappingRetrieval (100)
iFlow (4)
iGC (90)
IHW (326)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1654)
imageanalysisBrain (1)
imageHTS (119)
IMAS (35)
Imetagene (88)
ImmuneSpaceR (91)
immunoClust (96)
IMPCdata (88)
ImpulseDE (83)
ImpulseDE2 (34)
impute (3938)
InPAS (101)
INPower (96)
inSilicoDb (60)
inSilicoMerging (55)
insilicomerging (0)
INSPEcT (101)
intansv (115)
InteractionSet (168)
interactiveDisplay (291)
interactiveDisplayBase (3094)
IntEREst (32)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
InterMineR (1)
IntramiRExploreR (3)
inveRsion (102)
IONiseR (142)
iontree (107)
iPAC (119)
IPO (114)
IPPD (164)
iranges (0)
IRanges (19347)
IrisSpatialFeatures (1)
iSeq (105)
iSNetwork (1)
isobar (190)
IsoformSwitchAnalyzeR (6)
IsoGeneGUI (99)
ISoLDE (84)
isomiRs (96)
iSPlot (2)
ITALICS (105)
iterativeBMA (106)
iterativeBMAsurv (102)
iterators (0)
IVAS (95)
IWB2011 (0)
IWTomics (33)

J

JASPAR2016 (0)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (21)
joda (105)
JunctionSeq (139)

K

karyoploteR (68)
KCsmart (105)
kebabs (160)
KEGGgraph (1713)
KEGGlincs (83)
keggorth (3)
keggorthology (133)
KEGGprofile (197)
KEGGREST (2361)
KEGGSOAP (10)
KFAS (0)
kimod (86)

L

labeling (0)
lapmix (106)
latticeExtra (0)
LBE (157)
ldblock (126)
LEA (254)
LedPred (95)
les (107)
leukemiasEset (0)
lfa (217)
liftOver (24)
limma (13266)
limmaGUI (180)
LINC (81)
LineagePulse (0)
Linnorm (105)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (105)
lmdme (106)
LMGene (121)
LOBSTAHS (90)
logicFS (228)
logitt (0)
logitT (102)
Logolas (35)
lol (106)
LOLA (138)
LowMACA (96)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (135)
LPEadj (105)
LPEseq (0)
lpNet (102)
lpsymphony (346)
lumi (941)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (112)
lydata (0)
LymphoSeq (88)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3C (1)
M3D (90)
M3DExampleData (0)
M3Drop (136)
maanova (141)
macat (110)
maCorrPlot (108)
maDB (4)
made4 (381)
MADSEQ (76)
maftools (279)
MAGEML (0)
maigesPack (107)
MAIT (130)
makecdfenv (237)
makePlatformDesign (4)
MANOR (107)
manta (103)
MantelCorr (102)
mAPKL (80)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (97)
mapscape (36)
marray (1161)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (281)
maskBAD (98)
MassArray (111)
massiR (102)
MassSpecWavelet (655)
MAST (229)
matchBox (98)
matchprobes (8)
Matrix (0)
MatrixRider (92)
matter (95)
MaxContrastProjection (33)
MBAmethyl (89)
MBASED (100)
MBCB (104)
mBPCR (105)
MBttest (81)
mcaGUI (107)
MCbiclust (37)
MCRestimate (109)
mdgsa (103)
mdqc (115)
MEAL (97)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (106)
MEDIPS (178)
MEDME (105)
MEIGOR (103)
MergeMaid (166)
Mergeomics (88)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (165)
meshes (82)
meshr (148)
MeSHSim (90)
messina (90)
metaArray (158)
Metab (114)
metabomxtr (102)
MetaboSignal (92)
metaCCA (87)
metagene (125)
metagenomeFeatures (95)
metagenomeSeq (540)
metahdep (105)
metaMS (123)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (105)
metaseqR (119)
metavizr (40)
metaX (20)
MetCirc (83)
MetCleaning (1)
methInheritSim (3)
MethPed (83)
MethTargetedNGS (89)
methVisual (113)
methyAnalysis (203)
MethylAid (117)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (17)
methylInheritance (31)
methylInheritanceSim (1)
methylKit (287)
MethylMix (125)
methylMnM (95)
methylPipe (138)
MethylSeekR (118)
methylumi (989)
methyvim (0)
mfa (3)
Mfuzz (336)
MGFM (96)
MGFR (75)
mgsa (121)
MiChip (101)
microbiome (3)
microrna (0)
microRNA (201)
MIGSA (36)
mimager (32)
MIMOSA (97)
MineICA (104)
minet (776)
minfi (1550)
MinimumDistance (101)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (104)
MiRaGE (102)
miRBaseConverter (3)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (88)
miRcompData (0)
mirIntegrator (93)
miRLAB (100)
miRmine (0)
miRNAmeConverter (94)
miRNApath (136)
miRNAtap (149)
miRsponge (1)
Mirsynergy (100)
missMethyl (374)
mitoODE (95)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (313)
MLP (118)
MLSeq (135)
MMDiff (25)
MMDiff2 (88)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (2)
mmnet (91)
MmPalateMiRNA (107)
MODA (82)
mogsa (101)
monocle (527)
MONSTER (2)
MoonlightR (85)
MoPS (94)
mosaics (330)
motifbreakR (117)
motifcounter (32)
MotifDb (304)
motifmatchr (4)
motifRG (143)
motifStack (296)
MotIV (306)
MPFE (90)
mQTL.NMR (105)
msa (546)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (29)
MSGFgui (160)
MSGFplus (196)
MSIseqData (0)
msmsEDA (175)
msmsTests (178)
MSnbase (796)
MSnID (186)
MSPC (1)
msPurity (82)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (234)
MSstatsBioData (0)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (155)
MultiAssayExperiment (184)
multiClust (101)
MultiDataSet (106)
MultiMed (90)
multiMiR (0)
multiOmicsViz (35)
multiscan (102)
multtest (4525)
munsell (0)
muscle (187)
MutationalPatterns (109)
MVCClass (107)
mvGST (99)
MWASTools (49)
mygene (375)
myvariant (108)
mzID (707)
mzR (1252)

N

NADfinder (32)
NanoStringDiff (111)
NanoStringQCPro (118)
NarrowPeaks (106)
ncdfFlow (443)
NCIgraph (128)
ndexr (4)
neaGUI (28)
nem (155)
netbenchmark (104)
netbiov (105)
NetCRG (1)
nethet (94)
NetPathMiner (120)
netprioR (71)
netReg (32)
netresponse (119)
NetSAM (98)
networkBMA (86)
NGScopy (97)
NGScopyData (0)
nnNorm (103)
NOISeq (464)
nondetects (107)
normalize450K (82)
NormqPCR (253)
normr (83)
npGSEA (111)
NTW (95)
nucleoSim (92)
nucleR (120)
nudge (100)
NuPoP (105)

O

occugene (100)
OCplus (179)
odseq (82)
OGSA (88)
oligo (1405)
oligoClasses (1423)
OLIN (110)
OLINgui (105)
omicade4 (120)
OmicCircos (264)
OmicsMarkeR (108)
omicsPrint (1)
Onassis (1)
OnassisJavaLibs (1)
OncoScore (98)
OncoSimulR (104)
oneChannelGUI (136)
oneSENSE (2)
ontoCAT (126)
ontoProc (1)
ontoTools (5)
openCyto (214)
openPrimeR (1)
openPrimeRui (0)
OperaMate (84)
oposSOM (111)
oppar (83)
OPWeight (4)
OrderedList (248)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (44)
OrganismDbi (1725)
OSAT (107)
Oscope (100)
OTUbase (109)
ouija (1)
OutlierD (112)

P

PAA (124)
PADOG (175)
paircompviz (100)
pairseqsim (2)
pamr (7)
PAN (0)
pandaR (105)
panelcn.mops (0)
PAnnBuilder (122)
panp (129)
PANR (100)
PanVizGenerator (90)
PAPi (113)
parglms (86)
parody (173)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (99)
pathifier (205)
PathNet (121)
PathNetData (0)
PathoStat (88)
pathprint (33)
pathprintGEOData (1)
pathRender (108)
pathVar (88)
pathview (1527)
PathwaySplice (1)
PatientGeneSets (2)
paxtoolsr (168)
Pbase (111)
pbcmc (89)
pcaExplorer (194)
pcaGoPromoter (141)
pcaMethods (1741)
PCAN (87)
pcot2 (146)
PCpheno (101)
pcxn (0)
pdInfoBuilder (202)
pdmclass (106)
PECA (103)
pepDat (0)
pepStat (101)
pepXMLTab (101)
PGA (103)
pgca (30)
PGSEA (226)
pgUtils (4)
phantasus (0)
PharmacoGx (122)
phenoDist (99)
phenopath (3)
phenoTest (121)
PhenStat (101)
philr (80)
phosphonormalizer (43)
phyloseq (1639)
Pi (77)
piano (363)
pickgene (105)
PICS (179)
Pigengene (81)
PING (112)
pint (106)
pkgDepTools (139)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (107)
plethy (97)
plgem (114)
plier (267)
PLPE (102)
plrs (98)
plw (99)
plyr (0)
pmm (89)
podkat (100)
polyester (161)
Polyfit (93)
POST (33)
PPInfer (33)
ppiStats (113)
pqsfinder (87)
prada (282)
prebs (101)
prebsdata (0)
PREDA (106)
predictionet (58)
preprocessCore (6734)
Prize (89)
proBAMr (101)
PROcess (195)
procoil (101)
ProCoNA (100)
proFIA (86)
profileScoreDist (78)
projectoR (0)
pRoloc (245)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (118)
PROMISE (99)
PROPER (121)
Prostar (112)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (103)
proteinProfiles (98)
proteomics (16)
ProteomicsAnnotationHubData (89)
proteoQC (116)
ProtGenerics (1868)
PSEA (99)
psichomics (87)
PSICQUIC (124)
psygenet2r (99)
PtH2O2lipids (0)
puma (171)
PureCN (121)
pvac (112)
pvca (160)
Pviz (114)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (153)
pwOmics (98)
pxr (0)

Q

qcmetrics (103)
QDNAseq (179)
qpcrNorm (116)
qpgraph (243)
qrqc (194)
qsea (84)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (109)
quantro (129)
quantsmooth (368)
QuartPAC (92)
QuasR (293)
QuaternaryProd (82)
QUBIC (121)
QUBICdata (0)
qusage (160)
qvalue (3660)

R

R3CPET (93)
r3Cseq (156)
R453Plus1Toolbox (103)
R4RNA (88)
RaggedExperiment (48)
rain (112)
rama (111)
ramigo (0)
RamiGO (149)
ramwas (35)
randPack (100)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (433)
RareVariantVis (88)
Rariant (94)
RbcBook1 (110)
rbcbook1 (0)
RBGL (4557)
RBioinf (108)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (178)
RBM (87)
Rbowtie (305)
Rbowtie2 (1)
rbsurv (110)
Rcade (113)
RCAS (84)
RCASPAR (100)
rcellminer (114)
rcellminerData (0)
rCGH (105)
Rchemcpp (112)
RchyOptimyx (116)
RColorBrewer (0)
Rcpi (141)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (132)
RCyjs (90)
RCytoscape (327)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (364)
Rdbi (5)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (79)
rdisop (0)
Rdisop (233)
RDRToolbox (193)
ReactomePA (558)
readat (86)
ReadqPCR (262)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (105)
recount (180)
recountWorkflow (1)
recoup (86)
RedeR (185)
REDseq (150)
RefNet (97)
RefNet.db (0)
RefPlus (103)
regioneR (631)
regionReport (154)
regsplice (74)
REMP (40)
REMPdata (1)
Repitools (307)
ReportingTools (640)
reposTools (1)
ReQON (97)
Resourcerer (9)
restfulSE (1)
restfulSEData (1)
rexposome (2)
rfcdmin (1)
rflowcyt (5)
rfPred (98)
rGADEM (391)
RGalaxy (110)
RGraph2js (82)
Rgraphviz (4533)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (137)
RGSEA (110)
rgsepd (96)
rhdf5 (4347)
rhdf5client (1)
Rhdf5lib (28)
Rhtslib (567)
rHVDM (97)
RiboProfiling (113)
riboSeq (0)
riboSeqR (117)
RImmPort (88)
Ringo (313)
Rintact (3)
rintact (0)
RIPSeeker (145)
Risa (113)
RITAN (26)
RIVER (32)
RJMCMCNucleosomes (35)
RLMM (103)
RMAGEML (2)
Rmagpie (99)
RMAPPER (6)
RMassBank (130)
rMAT (86)
rmat (0)
RmiR (116)
rmir (0)
RNAinteract (104)
RNAither (106)
RNAprobR (93)
RNAseq123 (65)
rnaseqcomp (96)
rnaseqGene (226)
RnaSeqGeneEdgeRQL (53)
rnaSeqMap (113)
RNASeqPower (190)
RnaSeqSampleSize (125)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (249)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (98)
roar (113)
ROC (641)
Roleswitch (112)
RoleswitchData (0)
Rolexa (25)
rols (236)
ROntoTools (120)
ropls (269)
ROTS (127)
RPA (135)
RProtoBufLib (10)
RpsiXML (125)
rpx (296)
Rqc (138)
rqt (36)
rqubic (147)
rRDP (97)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (118)
Rsamtools (8957)
rsbml (154)
rSFFreader (57)
RSNPper (3)
RSQLite (0)
Rsubread (906)
RSVSim (113)
rTANDEM (201)
RTCA (109)
RTCGA (356)
RTCGAToolbox (257)
RTN (140)
RTNduals (34)
RTNsurvival (4)
RTools4TB (4)
RTopper (105)
rtracklayer (8673)
Rtreemix (101)
rTRM (103)
rTRMui (93)
runibic (0)
Ruuid (8)
RUVcorr (99)
RUVnormalize (114)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (405)
RVS (3)
RWebServices (10)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (19446)
safe (289)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (102)
sagx (0)
SAGx (179)
samExploreR (28)
sampleClassifier (35)
SamSPECTRAL (136)
sangerseqR (234)
SANTA (102)
sapFinder (98)
saps (16)
savR (106)
sbgr (10)
SBMLR (122)
SC3 (293)
Scale4C (3)
scales (0)
SCAN.UPC (149)
scater (790)
scDD (59)
scde (299)
scfind (0)
ScISI (116)
SCLCBam (0)
scmap (3)
SCnorm (7)
scone (54)
scoreInvHap (3)
scPipe (1)
scran (518)
scRNAseq (0)
scsR (88)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (163)
SELEX (92)
SemDist (88)
semisup (31)
SemSim (6)
sendmailR (0)
SEPA (87)
seq2pathway (105)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (204)
seqbias (112)
seqCAT (0)
seqCNA (101)
seqCNA.annot (0)
seqcombo (2)
SeqGSEA (220)
seqLogo (806)
Seqnames (0)
seqPattern (270)
seqplots (163)
seqTools (117)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (54)
SeqVarTools (172)
sevenbridges (107)
SGSeq (148)
shinyMethyl (161)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (102)
ShortRead (3108)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (109)
SigCheck (96)
SigFuge (96)
siggenes (1518)
sights (74)
signeR (92)
sigPathway (182)
sigsquared (89)
SIM (104)
SIMAT (95)
SimBindProfiles (92)
similaRpeak (94)
SIMLR (129)
simpleaffy (859)
simpleSingleCell (52)
simulatorAPMS (5)
simulatorZ (90)
sincell (117)
SingleCellExperiment (22)
SISPA (83)
sizepower (139)
SJava (10)
skewr (84)
SLGI (104)
SLqPCR (120)
SMAP (99)
SMITE (95)
SNAData (1)
SNAGEE (94)
snapCGH (132)
snm (172)
snpAssoc (0)
SNPchip (268)
SNPediaR (81)
snpfier (1)
SNPhood (95)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (21)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (613)
snpStats (767)
SNPtools (0)
soGGi (103)
SomatiCA (32)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (237)
SpacePAC (101)
spade (63)
sparseDOSSA (32)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (103)
SpeCond (146)
SPEM (91)
SPIA (372)
SpidermiR (124)
spikeLI (98)
spkTools (102)
splatter (63)
splicegear (102)
spliceR (160)
spliceSites (100)
SplicingGraphs (144)
splineTCDiffExpr (7)
splineTimeR (84)
SPLINTER (79)
splots (233)
SPONGE (1)
spotSegmentation (108)
SQUADD (93)
SRAdb (507)
sRAP (102)
SRGnet (70)
sscore (106)
sscu (79)
sSeq (116)
ssize (160)
ssizeRNA (0)
SSPA (180)
ssviz (90)
stam (2)
STAN (107)
staRank (94)
StarBioTrek (78)
Starr (112)
STATegRa (105)
statTarget (119)
stemHypoxia (0)
stepNorm (102)
stepwiseCM (99)
Streamer (98)
STRINGdb (325)
stringr (0)
STROMA4 (31)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (101)
SummarizedExperiment (10130)
supraHex (639)
survcomp (442)
Sushi (241)
sva (2215)
SVAPLSseq (74)
SVM2CRM (87)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (107)
SwathXtend (81)
swfdr (32)
SwimR (90)
switchBox (105)
switchde (78)
synapter (170)
synergyfinder (100)
synlet (83)
systemPipeR (613)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (108)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (110)
TarSeqQC (94)
TCC (211)
TCGAbiolinks (856)
TCGAbiolinksGUI (67)
TCGAWorkflow (9)
TCseq (37)
TDARACNE (103)
TEQC (131)
ternarynet (92)
tetradR (0)
TFARM (1)
TFBSTools (316)
TFHAZ (1)
tiger (0)
tigre (113)
tilingArray (155)
timecourse (138)
TimerQuant (0)
timescape (36)
TIN (89)
TitanCNA (120)
tkWidgets (545)
TMixClust (0)
tofsims (90)
ToPASeq (75)
topdownr (0)
topGO (1847)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (125)
tracktables (98)
trackViewer (199)
transcriptR (85)
tRanslatome (102)
TransView (102)
traseR (92)
Travis (1)
treeio (237)
TReNA (3)
triform (92)
trigger (99)
trio (121)
triplex (101)
triwise (1)
TRONCO (120)
Trumpet (1)
TSCAN (164)
tspair (119)
TSRchitect (32)
TSSi (108)
TurboNorm (94)
TVTB (67)
tweeDEseq (126)
twilight (243)
twoddpcr (35)
tximport (1159)
tximportData (0)
TypeInfo (98)

U

UNDO (94)
unifiedWMWqPCR (94)
UniProt.ws (233)
Uniquorn (83)
useR2012 (0)
uSORT (71)

V

VanillaICE (141)
variancePartition (137)
VariantAnnotation (4570)
VariantFiltering (152)
variants (22)
VariantTools (128)
vbmp (149)
Vega (97)
VegaMC (95)
viper (162)
virtualArray (15)
vsn (2159)
vtpnet (89)

W

wateRmelon (459)
wavClusteR (102)
waveTiling (95)
weaver (128)
webbioc (112)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (560)
wiggleplotr (33)

X

XBSeq (94)
xcms (878)
XDE (100)
xmapbridge (95)
xmapcore (3)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (122)
xtable (0)
XVector (13367)

Y

y2hStat (1)
yamss (91)
YAPSA (78)
yaqcaffy (129)
yarn (89)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zFPKM (3)
zinbwave (8)
zlibbioc (14751)