Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2016-04-29 10:51:43 -0700 (Fri, 29 Apr 2016).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (211284)
2BiocGenerics (159788)
3IRanges (147932)
4Biobase (131988)
5S4Vectors (130163)
6AnnotationDbi (121489)
7zlibbioc (107992)
8GenomeInfoDb (104274)
9Biostrings (93205)
10XVector (89878)
11GenomicRanges (84340)
12limma (83429)
13BiocParallel (72763)
14annotate (64658)
15Rsamtools (61754)
16genefilter (61152)
17rtracklayer (61131)
18biomaRt (60692)
19graph (57867)
20GenomicAlignments (56911)
21GenomicFeatures (56065)
22preprocessCore (49020)
23affy (41273)
24BSgenome (40961)
25edgeR (40798)
26geneplotter (40795)
27affyio (38536)
28DESeq2 (38476)
29SummarizedExperiment (38016)
30RBGL (33944)
31multtest (32630)
32Rgraphviz (31372)
33VariantAnnotation (30093)
34impute (27091)
35GEOquery (25966)
36DESeq (24429)
37biovizBase (23725)
38qvalue (22994)
39Gviz (20820)
40rhdf5 (19372)
41GSEABase (19169)
42ShortRead (18357)
43Category (17153)
44gcrma (16479)
45AnnotationForge (16273)
46vsn (15601)
47GOstats (14625)
48KEGGREST (14232)
49illuminaio (13909)
50siggenes (13574)
51OrganismDbi (13198)
52cummeRbund (13135)
53EBImage (12859)
54DNAcopy (12706)
55oligoClasses (12376)
56sva (12336)
57oligo (12225)
58affyPLM (12124)
59topGO (12102)
60ggbio (12031)
61minfi (11961)
62affxparser (11756)
63bumphunter (11169)
64marray (10504)
65pcaMethods (10439)
66KEGGgraph (9778)
67AnnotationHub (9442)
68genomeIntervals (9268)
69lumi (9157)
70mzR (9157)
71interactiveDisplayBase (9111)
72simpleaffy (8807)
73BiocStyle (8777)
74methylumi (8659)
75snpStats (8512)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
May/201537784873428
Jun/201536463885064
Jul/201535587982664
Aug/201533609831764
Sep/201535622907083
Oct/2015400851092390
Nov/2015414991088114
Dec/201536153903475
Jan/201638265948705
Feb/2016423601004886
Mar/2016473711124899
Apr/2016445261063184
All months31539311705656

A

a4 (1702)
a4Base (1885)
a4Classif (1655)
a4Core (1958)
a4Preproc (1923)
a4Reporting (1641)
ABAData (4)
ABAEnrichment (571)
ABAFuncData (3)
ABarray (1581)
ABSSeq (1352)
acde (572)
aCGH (2374)
ACME (1630)
ADaCGH2 (1416)
adSplit (1406)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (11756)
affy (41273)
affycomp (2205)
AffyCompatible (1637)
affyContam (1490)
affycoretools (4314)
affydata (13)
AffyExpress (1609)
affyILM (1399)
affyio (38536)
affylmGUI (2575)
affyPara (1444)
affypdnn (1866)
affyPLM (12124)
affyQCReport (4167)
AffyRNADegradation (1398)
AffyTiling (1410)
AGDEX (1331)
Agi4x44PreProcess (321)
agilp (2254)
AgiMicroRna (1862)
AIMS (1635)
ALDEx2 (1333)
AllelicImbalance (1526)
alsace (1234)
altcdfenvs (1552)
ampliQueso (1238)
AnalysisPageServer (1086)
AneuFinder (21)
AneuFinderData (3)
annaffy (6572)
AnnBuilder (56)
annmap (982)
annotate (64658)
annotation (255)
AnnotationDbi (121489)
AnnotationForge (16273)
AnnotationFuncs (1667)
AnnotationHub (9442)
AnnotationHubData (569)
annotationTools (2056)
anota (1474)
antiProfiles (1232)
apComplex (1606)
applera (18)
aroma.light (7017)
ArrayExpress (4717)
ArrayExpressHTS (705)
arrayMagic (45)
arrayMvout (1342)
arrayQCplot (24)
arrayQuality (1779)
arrayQualityMetrics (4443)
arrays (429)
ArrayTools (1986)
ArrayTV (1287)
ARRmNormalization (1262)
ASEB (1403)
ASGSCA (1179)
AshkenazimSonChr21 (1)
asmn (235)
ASSET (1283)
ASSIGN (1271)
AtlasRDF (1254)
attract (1323)

B

BAC (1324)
bacon (9)
BADER (1257)
BadRegionFinder (13)
BAGS (1227)
ballgown (2530)
bamsignals (1290)
BaseSpaceR (1330)
Basic4Cseq (1359)
BasicSTARRseq (56)
BatchQC (25)
BayesPeak (2193)
baySeq (4493)
BBCAnalyzer (505)
BCRANK (1445)
beadarray (6204)
beadarraySNP (1514)
BeadDataPackR (5786)
BeadExplorer (26)
BEAT (1180)
BEclear (1019)
betr (1885)
bgafun (1287)
BgeeDB (13)
BGmix (662)
bgx (1359)
BHC (2133)
BicARE (1456)
BiGGR (1338)
bigmelon (1)
bigmemoryExtras (654)
bim (19)
bioassayR (1591)
Biobase (131988)
biobroom (654)
bioCancer (1)
BiocCaseStudies (1380)
BiocCheck (2310)
biocDatasets (51)
BiocGenerics (159788)
biocGraph (1761)
BiocInstaller (211284)
BiocParallel (72763)
BiocStyle (8777)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (3535)
bioDist (3482)
biomaRt (60692)
biomformat (69)
BioMVCClass (1273)
biomvRCNS (1275)
BioNet (2902)
BioQC (35)
BioSeqClass (1437)
biosigner (23)
Biostrings (93205)
biosvd (1190)
biovizBase (23725)
BiRewire (1565)
birta (1302)
birte (1051)
BiSeq (2429)
BitSeq (2903)
blima (1157)
BRAIN (1860)
BrainStars (1255)
bridge (1328)
BridgeDbR (1150)
BrowserViz (860)
BrowserVizDemo (749)
BSgenome (40961)
bsseq (3309)
BubbleTree (1239)
BufferedMatrix (1370)
BufferedMatrixMethods (1322)
bumphunter (11169)
BUS (1248)

C

CAFE (1163)
CAGEr (1601)
CALIB (1276)
CAMERA (3250)
canceR (1086)
cancerclass (1245)
CancerMutationAnalysis (1332)
CAnD (1006)
caOmicsV (530)
Cardinal (1334)
casper (1290)
Category (17153)
categoryCompare (1232)
CausalR (523)
ccrepe (1261)
cellGrowth (1288)
cellHTS (1318)
cellHTS2 (2365)
cellity (75)
CellNOptR (1705)
cellTree (40)
CexoR (1219)
CFAssay (1100)
CGEN (1563)
CGHbase (2366)
CGHcall (1988)
cghMCR (1759)
CGHnormaliter (1258)
CGHregions (1402)
ChAMP (2590)
charm (1477)
ChemmineOB (1838)
ChemmineR (3394)
Chicago (58)
chimera (1911)
ChIPComp (599)
chipenrich (1294)
ChIPpeakAnno (5267)
ChIPQC (1802)
ChIPseeker (3211)
chipseq (3923)
chipseqDB (66)
ChIPseqR (1982)
ChIPsim (1861)
ChIPXpress (842)
chopsticks (1572)
chroGPS (1201)
chromDraw (975)
ChromHeatMap (1354)
ChromoViz (28)
chromPlot (50)
chromstaR (1)
chromstaRData (4)
CHRONOS (7)
CINdex (13)
cisPath (1393)
ClassifyR (1294)
cleanUpdTSeq (1146)
cleaver (1812)
clippda (1313)
clipper (1649)
Clomial (1166)
Clonality (1232)
clonotypeR (1174)
clst (1224)
clstutils (1190)
clustComp (21)
clusterProfiler (6402)
ClusterSignificance (28)
clusterStab (1734)
CMA (1791)
cn.farms (1224)
cn.mops (2507)
CNAnorm (1420)
CNEr (1893)
CNORdt (1309)
CNORfeeder (1287)
CNORfuzzy (1185)
CNORode (1354)
CNPBayes (472)
CNTools (2372)
cnvGSA (1204)
CNVPanelizer (543)
CNVrd2 (1232)
CNVtools (1403)
cobindR (1156)
CoCiteStats (1289)
codelink (1373)
CODEX (1316)
CoGAPS (1142)
cogena (1070)
coGPS (1166)
COHCAP (1451)
coMET (1146)
COMPASS (1247)
compcodeR (1335)
compEpiTools (1296)
CompGO (1266)
ComplexHeatmap (3051)
CONFESS (21)
ConsensusClusterPlus (3961)
consensusSeekeR (24)
contiBAIT (38)
conumee (1098)
convert (2344)
copa (1308)
COPDSexualDimorphism (163)
copynumber (2024)
CopyNumber450k (1252)
CopywriteR (1201)
CoRegNet (1226)
Cormotif (1226)
CorMut (1265)
coRNAi (1186)
CORREP (1238)
cosmiq (1102)
cosmo (132)
cosmoGUI (106)
COSNet (1078)
CountClust (27)
CoverageView (1055)
cpvSNP (996)
cqn (1889)
CRImage (1526)
CRISPRseek (1539)
CrispRVariants (43)
crlmm (2395)
CSAR (1959)
csaw (1918)
CSSP (1251)
ctc (3423)
cummeRbund (13135)
customProDB (1516)
cycle (1278)
cytofkit (1160)

D

dada2 (33)
dagLogo (1117)
daMA (1214)
DAPAR (527)
DAPARdata (2)
DART (1175)
DASiR (1162)
DAVIDQuery (1662)
DBChIP (1413)
dcGSA (38)
DChIPRep (482)
ddCt (1936)
ddgraph (1213)
debrowser (27)
DECIPHER (2035)
DeconRNASeq (1346)
DEDS (1270)
deepSNV (1454)
DEFormats (20)
DEGraph (1461)
DEGreport (1094)
DEGseq (3252)
deltaGseg (1263)
DeMAND (522)
derfinder (1407)
derfinderHelper (1323)
derfinderPlot (1180)
DESeq (24429)
DESeq2 (38476)
destiny (785)
DEXSeq (7040)
dexus (1257)
DFP (1209)
DiffBind (4192)
diffGeneAnalysis (1236)
diffHic (1205)
DiffLogo (501)
diffloop (5)
diffloopdata (3)
diggit (984)
DirichletMultinomial (2169)
dks (1145)
DMRcaller (1026)
DMRcate (1792)
DMRforPairs (1125)
DNABarcodes (512)
DNAcopy (12706)
DNaseR (220)
DNAshapeR (30)
domainsignatures (1230)
doppelgangR (35)
DOQTL (1314)
DOSE (6818)
DRIMSeq (22)
DriverNet (1293)
DrugVsDisease (1325)
dSimer (1)
DSS (1948)
DTA (1191)
dualKS (1179)
DupChecker (1035)
dupRadar (430)
dyebias (1182)
DynDoc (7532)

E

EasyqpcR (1508)
easyRNASeq (3225)
EBarrays (2016)
EBcoexpress (1248)
EBImage (12859)
EBSEA (19)
EBSeq (4195)
EBSeqHMM (1271)
ecolitk (1212)
EDASeq (5447)
edd (78)
EDDA (1142)
edge (1615)
edgeR (40798)
EGSEA (7)
EGSEAdata (3)
eiR (747)
eisa (1512)
ELBOW (1093)
ELMER (672)
ELMER.data (4)
EMDomics (1007)
EmpiricalBrownsMethod (35)
ENCODExplorer (1036)
ENmix (1054)
EnrichedHeatmap (550)
EnrichmentBrowser (1563)
ensembldb (3695)
ensemblVEP (1819)
ENVISIONQuery (1167)
EpiCluster (39)
epigenomix (1217)
epivizr (1484)
epivizrData (7)
epivizrServer (18)
eQTL (38)
erccdashboard (1409)
erma (629)
eudysbiome (449)
EWCE (58)
ExiMiR (1268)
exomeCopy (2094)
exomePeak (1325)
exonmap (121)
ExperimentHub (47)
ExperimentHubData (52)
explorase (1106)
ExpressionAtlas (13)
ExpressionView (1245)
exprExternal (12)
externalVector (111)

F

fabia (1885)
facopy (1099)
factDesign (1374)
FamAgg (33)
farms (1312)
fastLiquidAssociation (860)
fastseg (1358)
fbat (58)
fCI (464)
fdrame (1251)
FEM (1209)
ffpe (1284)
FGNet (1675)
FindMyFriends (554)
FISHalyseR (949)
flagme (1230)
flipflop (1235)
flowAI (29)
flowBeads (1136)
flowBin (1111)
flowcatchR (1088)
flowCHIC (1081)
flowCL (1115)
flowClean (1079)
flowClust (2604)
flowCore (6662)
flowCyBar (1124)
flowDensity (1400)
flowFit (1112)
flowFlowJo (296)
flowFP (1359)
flowMap (1148)
flowMatch (1112)
flowMeans (1673)
flowMerge (1448)
flowPeaks (1323)
flowPhyto (256)
flowPlots (1226)
flowQ (1263)
flowQB (1137)
FlowRepositoryR (945)
FlowSOM (1062)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (2667)
flowTrack (5)
flowTrans (1278)
flowType (1354)
flowUtils (2155)
flowViz (4586)
flowVS (1015)
flowWorkspace (3388)
fmcsR (1924)
focalCall (1042)
FourCSeq (1234)
FRGEpistasis (1070)
frma (2646)
frmaTools (1431)
fucci (3)
FunciSNP (1408)
furrowSeg (1)

G

gaga (1314)
gage (5565)
gaggle (1207)
gaia (1149)
garfield (39)
gaucho (1082)
gcatest (436)
gCMAP (1483)
gCMAPWeb (1192)
gcrma (16479)
gdsfmt (4951)
geecc (1037)
genArise (1208)
genbankr (17)
GENE.E (1504)
gene2pathway (124)
GeneAnswers (2002)
GeneBreak (448)
GeneExpressionSignature (1298)
genefilter (61152)
genefu (2141)
GeneGA (827)
GeneGroupAnalysis (79)
GeneMeta (1681)
GeneNetworkBuilder (1314)
GeneOverlap (1404)
geneplotter (40795)
GeneR (102)
geneRecommender (1241)
GeneRegionScan (1183)
generegulation (66)
GeneRfold (54)
geneRxCluster (1062)
GeneSelectMMD (1171)
GeneSelector (1696)
GENESIS (1091)
GeneSpring (81)
geNetClassifier (1554)
GeneticsBase (51)
GeneticsDesign (1369)
GeneticsPed (1501)
GeneTraffic (81)
GeneTS (39)
genoCN (1234)
GenoGAM (9)
genomation (1535)
GenomeBase (15)
GenomeGraphs (3056)
GenomeInfoDb (104274)
genomeIntervals (9268)
genomes (1584)
GenomicAlignments (56911)
GenomicFeatures (56065)
GenomicFiles (3262)
GenomicInteractions (1198)
GenomicRanges (84340)
GenomicTuples (1068)
Genominator (1427)
genoset (2177)
genotypeeval (465)
GenoView (1013)
genphen (31)
GenRank (24)
GenVisR (58)
GEOmetadb (2627)
GEOquery (25966)
GEOsearch (478)
GEOsubmission (1200)
gespeR (958)
GeuvadisTranscriptExpr (3)
GEWIST (1096)
gff3Plotter (17)
GGBase (2061)
ggbio (12031)
ggcyto (33)
GGtools (1772)
ggtree (3590)
girafe (1889)
GLAD (2421)
Glimma (32)
GlobalAncova (1616)
globalSeq (38)
globaltest (4100)
gmapR (853)
GMRP (27)
GOAL (2)
goCluster (11)
GOexpress (1683)
GOFunction (1468)
GoogleGenomics (1098)
goProfiles (1610)
GOSemSim (7406)
goseq (5586)
GOSim (1547)
GOstats (14625)
GOsummaries (1327)
GOTHiC (1310)
goTools (1852)
gpls (1922)
gprege (1148)
gQTLBase (1628)
gQTLstats (1578)
graph (57867)
GraphAlignment (1194)
GraphAT (1127)
graphite (3714)
GraphPAC (1247)
greengenes13.5MgDb (1)
GRENITS (1249)
GreyListChIP (921)
groHMM (1144)
GSALightning (54)
GSAR (1110)
GSCA (1096)
GSEABase (19169)
GSEAlm (2062)
GSReg (1001)
GSRI (1166)
GSVA (2614)
gtrellis (951)
GUIDEseq (456)
Guitar (468)
Gviz (20820)
gwascat (1930)
GWASTools (2915)

H

h5vc (1280)
hapFabia (1143)
Harman (9)
HarmanData (3)
Harshlight (1187)
HCsnip (1140)
HDF5Array (15)
HDTD (1007)
Heatplus (6391)
HELP (1214)
HEM (1168)
hexbin (223)
hiAnnotator (1063)
HIBAG (1087)
hierGWAS (447)
highthroughputassays (90)
HilbertCurve (471)
HilbertVis (3764)
HilbertVisGUI (1102)
hiReadsProcessor (993)
HiTC (1571)
HMMcopy (1444)
hopach (2673)
hpar (1944)
HTqPCR (2329)
HTSanalyzeR (1798)
HTSandGeneCentricLabs (2)
HTSeqGenie (712)
htSeqTools (1962)
HTSFilter (1574)
HybridMTest (1102)
hyperdraw (1388)
hypergraph (2101)

I

iASeq (1125)
iBBiG (1297)
ibh (1100)
iBMQ (1134)
iCARE (72)
Icens (3094)
iCheck (474)
iChip (1123)
iClusterPlus (1369)
iCOBRA (36)
IdeoViz (1204)
idiogram (1194)
IdMappingAnalysis (1106)
IdMappingRetrieval (1113)
iFlow (64)
iGC (455)
IHW (58)
illuminaio (13909)
imageHTS (1251)
Imetagene (467)
ImmuneSpaceR (2)
immunoClust (959)
IMPCdata (954)
impute (27091)
InPAS (954)
INPower (1014)
inSilicoDb (2258)
inSilicoMerging (1798)
INSPEcT (414)
intansv (1262)
InteractionSet (30)
interactiveDisplay (3665)
interactiveDisplayBase (9111)
inveRsion (1148)
IONiseR (526)
iontree (1127)
iPAC (1306)
IPPD (1650)
IRanges (147932)
iSeq (1195)
iSNetwork (14)
isobar (1846)
IsoGeneGUI (1178)
ISoLDE (15)
isomiRs (10)
iSPlot (15)
ITALICS (1123)
iterativeBMA (1168)
iterativeBMAsurv (1197)
IVAS (915)

J

JASPAR2016 (7)
JctSeqExData2 (4)
jmosaics (1134)
joda (1113)
JunctionSeq (36)

K

KCsmart (1141)
kebabs (1442)
KEGGgraph (9778)
keggorth (49)
keggorthology (1389)
KEGGprofile (2023)
KEGGREST (14232)
KEGGSOAP (220)
kimod (48)

L

lapmix (1163)
LBE (1456)
ldblock (446)
LEA (1258)
LedPred (465)
les (1185)
lfa (1161)
liftOver (101)
limma (83429)
limmaGUI (2087)
Linnorm (8)
LiquidAssociation (1153)
lmdme (1224)
LMGene (1381)
LOBSTAHS (3)
logicFS (2115)
logitT (1142)
lol (1157)
LOLA (578)
LowMACA (977)
LPE (1565)
LPEadj (1253)
LPEseq (3)
lpNet (1130)
lpsymphony (64)
lumi (9157)
LVSmiRNA (1241)
LymphoSeq (13)
LymphoSeqData (3)
LymphoSeqDB (3)

M

M3D (1094)
maanova (1647)
macat (1214)
maCorrPlot (1153)
maDB (111)
made4 (3317)
MADSEQ (1)
maftools (1)
maigesPack (1196)
MAIT (1272)
makecdfenv (2605)
makePlatformDesign (60)
MANOR (1167)
manta (1147)
MantelCorr (1121)
mAPKL (951)
maPredictDSC (1102)
marray (10504)
maSigPro (2629)
maskBAD (1115)
MassArray (1256)
massiR (1117)
MassSpecWavelet (2865)
matchBox (1117)
matchprobes (125)
MatrixRider (923)
MBAmethyl (961)
MBASED (1144)
MBCB (1159)
mBPCR (1141)
MBttest (32)
mcaGUI (1145)
MCRestimate (1180)
mdgsa (920)
mdqc (1277)
MEAL (491)
MEALData (5)
MeasurementError.cor (1108)
MEDIPS (2011)
MEDME (1178)
MEIGOR (982)
MergeMaid (1790)
Mergeomics (41)
MeSHDbi (1533)
meshr (1365)
MeSHSim (927)
messina (1024)
metaArray (1721)
Metab (1149)
metabomxtr (1024)
metaCCA (42)
metagene (1169)
metagenomeFeatures (464)
metagenomeSeq (4751)
metahdep (1158)
metaMS (1271)
metaSeq (1151)
metaseqR (1297)
metaX (528)
MethPed (27)
MethTargetedNGS (913)
methVisual (1230)
methyAnalysis (1991)
MethylAid (1188)
MethylAidData (2)
MethylMix (1234)
methylMnM (1103)
methylPipe (1415)
MethylSeekR (1256)
methylumi (8659)
Mfuzz (4548)
MGFM (1010)
mgsa (1330)
MiChip (1134)
microRNA (1918)
MIMOSA (1072)
MineICA (1168)
minet (4151)
minfi (11961)
MinimumDistance (1177)
minionSummaryData (4)
MiPP (1163)
MiRaGE (1165)
miRBaseVersions.db (3)
miRcomp (458)
miRcompData (4)
mirIntegrator (501)
miRLAB (524)
miRNAmeConverter (23)
miRNApath (1430)
miRNAtap (1271)
Mirsynergy (1057)
missMethyl (1416)
mitoODE (1019)
MLInterfaces (2982)
MLP (1216)
MLSeq (1268)
MMDiff (1224)
MMDiff2 (1)
mmgmos (23)
mmnet (1221)
MmPalateMiRNA (1198)
mogsa (981)
monocle (2223)
MoPS (979)
mosaics (1433)
motifbreakR (525)
MotifDb (2675)
motifRG (1311)
motifStack (2583)
MotIV (2715)
MPFE (977)
mQTL.NMR (1020)
msa (2409)
MSGFgui (1505)
MSGFplus (1711)
msmsEDA (1585)
msmsTests (1572)
MSnbase (4584)
MSnID (1643)
msPurity (2)
msPurityData (3)
MSstats (1863)
mtbls2 (6)
Mulcom (1796)
MultiAssayExperiment (26)
multiClust (50)
MultiDataSet (16)
MultiMed (971)
multiscan (1099)
multtest (32630)
muscle (1837)
MVCClass (1167)
mvGST (1010)
mygene (2386)
myvariant (477)
mzID (3959)
mzR (9157)

N

NanoStringDiff (467)
NanoStringQCPro (1048)
NarrowPeaks (1206)
ncdfFlow (2929)
NCIgraph (1443)
neaGUI (1532)
nem (1396)
netbenchmark (1054)
netbiov (1109)
nethet (952)
NetPathMiner (1203)
netresponse (1183)
NetSAM (1110)
networkBMA (1351)
NGScopy (1072)
nnNorm (1128)
NOISeq (3754)
nondetects (1134)
normalize450K (31)
NormqPCR (1835)
npGSEA (1413)
NTW (1074)
nucleoSim (26)
nucleR (1293)
nudge (1113)
NuPoP (1158)

O

occugene (1067)
OCplus (1814)
odseq (26)
OGSA (454)
oligo (12225)
oligoClasses (12376)
OLIN (1170)
OLINgui (1130)
omicade4 (1344)
OmicCircos (2354)
OmicsMarkeR (985)
OncoScore (28)
OncoSimulR (982)
oneChannelGUI (1637)
ontoCAT (1353)
ontoTools (67)
openCyto (1714)
OperaMate (451)
oposSOM (1170)
oppar (8)
OrderedList (2339)
OrganismDbi (13198)
OSAT (1089)
Oscope (558)
OTUbase (1212)
OutlierD (1287)

P

PAA (1255)
PADOG (1177)
paircompviz (1131)
pairseqsim (21)
pamr (104)
pandaR (994)
PAnnBuilder (1385)
panp (1330)
PANR (1176)
PanVizGenerator (25)
PAPi (1230)
parglms (885)
parody (1758)
PasillaTranscriptExpr (4)
Path2PPI (467)
pathifier (1472)
PathNet (1504)
pathRender (1124)
pathVar (423)
pathview (7607)
PatientGeneSets (47)
paxtoolsr (1574)
Pbase (1163)
pbcmc (18)
pcaExplorer (22)
pcaGoPromoter (1158)
pcaMethods (10439)
PCAN (15)
pcot2 (1583)
PCpheno (1222)
pdInfoBuilder (2070)
pdmclass (1230)
PECA (1146)
pepStat (983)
pepXMLTab (1120)
PGA (463)
PGSEA (2413)
pgUtils (100)
phenoDist (1066)
phenoTest (1482)
PhenStat (1054)
phyloseq (7780)
piano (2536)
pickgene (1110)
PICS (1890)
PING (1173)
pint (1151)
pkgDepTools (1412)
plateCore (1128)
plethy (1061)
plgem (1355)
plier (3050)
PLPE (1245)
plrs (1076)
plw (1106)
pmm (896)
podkat (984)
polyester (1357)
Polyfit (982)
ppiStats (1337)
pqsfinder (9)
prada (2844)
prebs (1132)
PREDA (1133)
predictionet (568)
preprocessCore (49020)
Prize (451)
proBAMr (1135)
PROcess (2134)
procoil (1206)
ProCoNA (1246)
profileScoreDist (40)
pRoloc (1956)
pRolocGUI (1209)
PROMISE (1091)
PROPER (1031)
Prostar (471)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (2)
prot2D (1228)
proteinProfiles (1061)
proteomics (109)
ProteomicsAnnotationHubData (363)
proteoQC (1151)
ProtGenerics (6935)
PSEA (990)
PSICQUIC (1360)
psygenet2r (24)
PtH2O2lipids (3)
puma (1821)
PureCN (8)
pvac (1193)
pvca (1418)
Pviz (1200)
PWMEnrich (1618)
pwOmics (831)

Q

qcmetrics (1216)
QDNAseq (1499)
qpcrNorm (1267)
qpgraph (2132)
qrqc (2159)
QUALIFIER (1122)
quantro (1226)
quantsmooth (3611)
QuartPAC (985)
QuasR (3328)
QuaternaryProd (26)
QUBIC (7)
QUBICdata (1)
qusage (1411)
qvalue (22994)

R

R3CPET (915)
r3Cseq (1693)
R453Plus1Toolbox (1195)
R4RNA (48)
rain (1282)
rama (1236)
RamiGO (1700)
randPack (1102)
RankProd (3919)
RareVariantVis (464)
Rariant (1031)
RbcBook1 (1196)
RBGL (33944)
RBioinf (1199)
rBiopaxParser (1558)
RBM (905)
Rbowtie (3126)
rbsurv (1176)
Rcade (1161)
RCASPAR (1194)
rcellminer (1072)
rCGH (501)
Rchemcpp (1332)
RchyOptimyx (1208)
Rcpi (1403)
RCy3 (438)
RCyjs (714)
RCytoscape (3317)
RDAVIDWebService (3779)
Rdbi (74)
RdbiPgSQL (42)
Rdisop (1734)
RDRToolbox (2035)
ReactomePA (3069)
ReadqPCR (1913)
reb (1101)
recoup (10)
RedeR (2439)
REDseq (1596)
RefNet (1099)
RefPlus (1182)
regioneR (2850)
regionReport (1075)
Repitools (2703)
ReportingTools (5545)
reposTools (29)
ReQON (1087)
Resourcerer (182)
rfcdmin (12)
rflowcyt (88)
rfPred (1033)
rGADEM (3451)
RGalaxy (1165)
RGraph2js (45)
Rgraphviz (31372)
rGREAT (967)
RGSEA (1168)
rgsepd (876)
rhdf5 (19372)
Rhtslib (1469)
rHVDM (1117)
RiboProfiling (487)
riboSeqR (1166)
RImmPort (36)
Ringo (3064)
Rintact (35)
RIPSeeker (1430)
Risa (1127)
RLMM (1106)
RMAGEML (39)
Rmagpie (1105)
RMAPPER (172)
RMassBank (1255)
rMAT (854)
RmiR (1364)
RNAinteract (1088)
RNAither (1165)
RNAprobR (908)
rnaseqcomp (477)
rnaseqGene (1418)
rnaSeqMap (1193)
RNASeqPower (1717)
RnaSeqSampleSize (1015)
RnBeads (2189)
Rnits (1015)
roar (988)
ROC (5552)
Roleswitch (1118)
Rolexa (1155)
rols (1791)
ROntoTools (1296)
ropls (912)
ROTS (24)
RPA (1229)
RpsiXML (1427)
rpx (2059)
Rqc (1233)
rqubic (1301)
rRDP (997)
Rredland (31)
RRHO (1140)
Rsamtools (61754)
rsbml (1598)
rSFFreader (566)
RSNPper (48)
Rsubread (5123)
RSVSim (1228)
rTANDEM (1886)
RTCA (1170)
RTCGA (821)
RTCGAToolbox (925)
RTN (1324)
RTools4TB (59)
RTopper (1107)
rtracklayer (61131)
Rtreemix (1121)
rTRM (1138)
rTRMui (1006)
Ruuid (80)
RUVcorr (941)
RUVnormalize (1102)
RUVSeq (2522)
RWebServices (372)

S

S4Vectors (130163)
safe (2098)
SAGElyzer (30)
sagenhaft (1115)
SAGx (1933)
SamSPECTRAL (1260)
sangerseqR (2184)
SANTA (1139)
sapFinder (1148)
saps (925)
savR (1220)
sbgr (544)
SBMLR (1274)
SC3 (51)
SCAN.UPC (1580)
scater (69)
scde (124)
ScISI (1351)
scran (36)
scsR (997)
SeattleIntro2010 (2)
segmentSeq (1707)
SELEX (888)
SemDist (925)
SemSim (51)
SEPA (433)
seq2pathway (1087)
SeqArray (1286)
seqbias (1271)
seqCNA (1110)
SeqGSEA (2342)
seqLogo (6980)
seqPattern (1305)
seqplots (1449)
seqTools (1193)
SequenceAnalysis (2)
SequenceAnalysisData (18)
sequencing (408)
SeqVarTools (1145)
sevenbridges (36)
SGSeq (1157)
shinyMethyl (1361)
shinyTANDEM (1201)
ShortRead (18357)
SICtools (214)
sigaR (1201)
SigCheck (1059)
SigFuge (1044)
siggenes (13574)
sigPathway (2041)
sigsquared (859)
SIM (1187)
SIMAT (874)
SimBindProfiles (1012)
similaRpeak (879)
simpleaffy (8807)
simulatorAPMS (67)
simulatorZ (975)
sincell (1125)
SISPA (433)
sizepower (1500)
SJava (383)
skewr (878)
SLGI (1210)
SLqPCR (1268)
SMAP (1111)
SMITE (44)
SNAData (17)
SNAGEE (1059)
snapCGH (1484)
snm (1818)
SNPchip (2743)
SNPhood (462)
SNPhoodData (4)
snpMatrix (249)
SNPRelate (3797)
snpStats (8512)
soGGi (945)
SomatiCA (1139)
SomaticSignatures (1797)
SpacePAC (1192)
spade (1894)
spbtest (2)
SPEC (1)
specL (1112)
SpeCond (1565)
SPEM (1015)
SPIA (3448)
SpidermiR (10)
spikeLI (1064)
spkTools (1081)
splicegear (1083)
spliceR (1579)
spliceSites (1168)
SplicingGraphs (1614)
splineTCDiffExpr (44)
splineTimeR (9)
splots (2347)
spotSegmentation (1175)
SQUADD (1054)
SRAdb (4727)
sRAP (1242)
sscore (1100)
sscu (26)
sSeq (1164)
ssize (1574)
SSPA (1525)
ssviz (1019)
stam (32)
STAN (1079)
staRank (1042)
Starr (1216)
STATegRa (1106)
stepNorm (1105)
stepwiseCM (1093)
Streamer (1107)
STRINGdb (2104)
StudentGWAS (3)
subSeq (460)
SummarizedExperiment (38016)
supraHex (2205)
survcomp (3842)
Sushi (1846)
sva (12336)
SVM2CRM (873)
SWATH2stats (494)
SwathXtend (24)
SwimR (1000)
switchBox (1021)
synapter (1632)
synlet (428)
systemPipeR (4061)
systemPipeRdata (3)

T

TargetScore (1060)
TargetSearch (1209)
TarSeqQC (406)
TCC (2150)
TCGAbiolinks (1520)
TDARACNE (1217)
TEQC (1398)
ternarynet (1036)
tetradR (1)
TFBSTools (1975)
tigre (1136)
tilingArray (1662)
timecourse (1556)
TimerQuant (2)
TIN (893)
TitanCNA (1187)
tkWidgets (6739)
tofsims (45)
ToPASeq (1215)
topGO (12102)
TPP (1089)
tracktables (1046)
trackViewer (1393)
transcriptR (43)
tRanslatome (1142)
TransView (1135)
traseR (465)
Travis (1)
triform (1076)
trigger (1117)
trio (1649)
triplex (1058)
TRONCO (963)
TSCAN (1014)
tspair (1234)
TSSi (1110)
TurboNorm (1077)
tweeDEseq (1337)
twilight (2378)
tximport (207)
tximportData (3)
TypeInfo (1122)

U

UNDO (1035)
unifiedWMWqPCR (1010)
UniProt.ws (2006)
Uniquorn (16)

V

VanillaICE (1596)
variancePartition (463)
VariantAnnotation (30093)
VariantFiltering (1428)
variants (175)
VariantTools (1084)
vbmp (1610)
Vega (1088)
VegaMC (1053)
viper (1179)
virtualArray (348)
vsn (15601)
vtpnet (998)

W

wateRmelon (3525)
wavClusteR (1053)
waveTiling (1055)
weaver (1287)
webbioc (1146)
widgetInvoke (19)
widgetTools (6916)

X

XBSeq (465)
xcms (6687)
XDE (1109)
xmapbridge (1064)
xmapcore (64)
xps (1511)
XVector (89878)

Y

y2hStat (15)
yaqcaffy (1473)

Z

zlibbioc (107992)