Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-06-27 08:42:07 -0400 (Tue, 27 Jun 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (27132)
2BiocGenerics (19853)
3S4Vectors (18429)
4IRanges (18217)
5Biobase (17186)
6AnnotationDbi (16333)
7zlibbioc (13981)
8XVector (12795)
9limma (12687)
10GenomicRanges (12662)
11GenomeInfoDb (12233)
12Biostrings (11646)
13BiocParallel (11144)
14SummarizedExperiment (9306)
15annotate (9233)
16GenomicAlignments (8506)
17Rsamtools (8412)
18rtracklayer (8403)
19genefilter (8107)
20biomaRt (7923)
21GenomicFeatures (7660)
22graph (7505)
23preprocessCore (6339)
24edgeR (6275)
25DESeq2 (5955)
26geneplotter (5605)
27affy (5066)
28BSgenome (4929)
29affyio (4705)
30VariantAnnotation (4448)
31RBGL (4355)
32Rgraphviz (4336)
33multtest (4206)
34rhdf5 (3712)
35impute (3605)
36qvalue (3356)
37AnnotationHub (3280)
38GEOquery (3244)
39DESeq (2897)
40interactiveDisplayBase (2843)
41biovizBase (2786)
42ensembldb (2772)
43ShortRead (2757)
44Gviz (2722)
45GSEABase (2707)
46DNAcopy (2067)
47KEGGREST (2059)
48Category (1990)
49AnnotationForge (1988)
50sva (1922)
51vsn (1902)
52GOstats (1864)
53topGO (1810)
54gcrma (1684)
55EBImage (1653)
56OrganismDbi (1639)
57illuminaio (1609)
58GOSemSim (1595)
59ggbio (1591)
60minfi (1564)
61DOSE (1547)
62pcaMethods (1522)
63BiocStyle (1500)
64clusterProfiler (1491)
65siggenes (1480)
66phyloseq (1444)
67KEGGgraph (1439)
68oligoClasses (1398)
69bumphunter (1351)
70oligo (1337)
71affxparser (1297)
72cummeRbund (1261)
73pathview (1249)
74affyPLM (1209)
75mzR (1203)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (149)
a4Base (177)
a4Classif (140)
a4Core (181)
a4Preproc (176)
a4Reporting (147)
ABAData (0)
ABAEnrichment (120)
ABAFuncData (0)
ABarray (142)
ABSSeq (145)
acde (109)
acepack (0)
aCGH (225)
ACME (146)
ADaCGH2 (127)
adSplit (123)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1297)
affy (5066)
affycomp (207)
AffyCompatible (138)
affyContam (131)
affycoretools (470)
affydata (1)
AffyExpress (137)
affyILM (120)
affyio (4705)
affylmGUI (217)
affyPara (132)
affypdnn (160)
affyPLM (1209)
affyQCReport (368)
AffyRNADegradation (126)
AffyTiling (47)
AGDEX (117)
Agi4x44PreProcess (17)
agilp (206)
AgiMicroRna (165)
AIMS (265)
ALDEx2 (148)
AllelicImbalance (135)
AllSorts (1)
alpine (70)
alpineData (1)
alsace (113)
altcdfenvs (143)
AMOUNTAIN (59)
amplican (1)
ampliQueso (107)
AnalysisPageServer (105)
anamiR (64)
Anaquin (59)
AneuFinder (108)
AneuFinderData (1)
annaffy (573)
AnnBuilder (5)
annmap (97)
annotate (9233)
annotation (27)
AnnotationDbi (16333)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (222)
AnnotationForge (1988)
AnnotationFuncs (156)
AnnotationHub (3280)
AnnotationHubData (135)
Annotations (0)
annotationTools (177)
annotatr (78)
annotatr.data (1)
anota (132)
antiProfiles (114)
apcluster (0)
apComplex (139)
applera (2)
aroma.light (1083)
ArrayExpress (455)
ArrayExpressHTS (72)
arrayMagic (2)
arraymvout (0)
arrayMvout (117)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (154)
arrayQualityMetrics (480)
arrays (48)
ArrayTools (184)
ArrayTV (116)
ARRmNormalization (116)
ASAFE (56)
ASEB (115)
ASGSCA (111)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (6)
ASpli (67)
ASSET (119)
ASSIGN (115)
ATACqc (1)
ATACseqQC (10)
AtlasRDF (111)
attract (121)

B

BaalChIP (55)
BAC (118)
bacon (114)
BADER (110)
BadRegionFinder (87)
BAGS (110)
ballgown (579)
bamsignals (182)
banocc (10)
base64enc (0)
basecallQC (11)
BaseSpaceR (132)
Basic4Cseq (126)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (95)
BatchJobs (0)
BatchQC (146)
BayesKnockdown (54)
BayesPeak (176)
baySeq (465)
BBCAnalyzer (94)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (135)
beadarray (650)
beadarraySNP (135)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (612)
BeadExplorer (1)
BEAT (111)
BEclear (102)
betr (129)
bgafun (113)
BgeeDB (116)
BGmix (61)
bgx (122)
BHC (188)
BicARE (160)
BiGGR (119)
BigMatrix (0)
bigmelon (56)
bigmemoryExtras (65)
bim (1)
bioassayR (157)
Biobase (17186)
biobroom (143)
bioCancer (67)
BiocCaseStudies (122)
BiocCheck (307)
biocDatasets (3)
BiocFileCache (13)
BiocGenerics (19853)
biocGraph (181)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (27132)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (12)
BiocParallel (11144)
BiocStyle (1500)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (442)
BiocWorkflowTools (59)
bioDist (336)
biodist (0)
biomaRt (7923)
BioMedR (12)
biomformat (997)
BioMVCClass (112)
biomvRCNS (112)
BioNet (276)
BioQC (87)
BioSeqClass (123)
biosigner (114)
biostrings (0)
Biostrings (11646)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (106)
biotmle (10)
biovizBase (2786)
BiRewire (164)
birta (115)
birte (112)
BiSeq (204)
bitops (0)
BitSeq (293)
blima (105)
blimaTestingData (0)
BLMA (11)
BPRMeth (54)
BRAIN (172)
BrainStars (117)
branchpointer (12)
brew (0)
bridge (115)
BridgeDbR (119)
BrowserViz (93)
BrowserVizDemo (70)
BSgenome (4929)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (518)
BubbleTree (120)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (128)
BufferedMatrixMethods (123)
BUMHMM (13)
bumphunter (1351)
BUS (110)
BuxcoR (0)

C

CAFE (101)
CAGEr (146)
CALIB (115)
CAMERA (388)
camera (0)
canceR (111)
cancerclass (109)
CancerInSilico (50)
CancerMutationAnalysis (120)
CancerSubtypes (62)
CAnD (99)
caOmicsV (96)
Cardinal (134)
casper (115)
CATALYST (11)
Category (1990)
categoryCompare (101)
CausalR (103)
ccdata (1)
ccmap (59)
CCPROMISE (50)
ccrepe (118)
cellbaseR (9)
cellGrowth (113)
cellHTS (61)
cellHTS2 (218)
cellity (105)
CellMapper (59)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (150)
cellscape (15)
cellTree (109)
CexoR (113)
CFAssay (104)
CGEN (140)
CGHbase (238)
CGHcall (218)
cghMCR (225)
CGHnormaliter (118)
CGHregions (133)
cghregions (0)
ChAMP (350)
ChAMPdata (0)
charm (138)
checkmate (0)
ChemmineOB (212)
ChemmineR (414)
Chicago (114)
chimera (168)
chimeraviz (18)
ChIPComp (112)
chipenrich (128)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (13)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (682)
ChIPQC (228)
ChIPseeker (460)
ChipSeq (0)
chipseq (430)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (183)
ChIPsim (175)
ChIPXpress (90)
chopsticks (320)
chroGPS (103)
chromDraw (102)
ChromHeatMap (131)
ChromoViz (1)
chromPlot (100)
chromstaR (55)
chromstaRData (1)
CHRONOS (91)
CINdex (87)
cisPath (114)
ClassifyR (124)
cleanUpdTSeq (108)
cleaver (196)
clippda (114)
clipper (154)
Clomial (106)
Clonality (114)
clonotypeR (114)
clst (111)
clstutils (103)
clustComp (89)
clusterExperiment (67)
clusterProfiler (1491)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (13)
ClusterSignificance (91)
clusterStab (162)
CMA (183)
CMEA (1)
cn.farms (110)
cn.mops (222)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (135)
cnanorm (0)
CNEr (261)
CNORdt (115)
CNORfeeder (109)
CNORfuzzy (114)
CNORode (119)
CNPBayes (96)
CNTools (302)
cnvGSA (108)
CNVPanelizer (110)
CNVrd2 (111)
CNVtools (128)
cnvtools (0)
cobindR (103)
CoCiteStats (115)
codelink (121)
codetoolsBioC (0)
CODEX (144)
coexnet (1)
CoGAPS (109)
cogena (117)
coGPS (103)
COHCAP (133)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (135)
COMPASS (114)
compcodeR (120)
compEpiTools (125)
CompGO (131)
ComplexHeatmap (1193)
CONFESS (80)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (833)
consensusSeekeR (95)
contiBAIT (82)
conumee (128)
convert (224)
copa (120)
COPDSexualDimorphism (4)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (253)
CopyNumber450k (55)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (141)
CoRegNet (117)
Cormotif (114)
CorMut (108)
coRNAi (89)
CORREP (117)
coseq (14)
cosmiq (107)
cosmo (6)
cosmoGUI (5)
COSNet (100)
CountClust (115)
covEB (54)
CoverageView (113)
covRNA (54)
cpvSNP (97)
cqn (188)
CRImage (150)
CRISPRseek (156)
crisprseekplus (50)
CrispRVariants (103)
crlmm (225)
crossmeta (60)
CSAR (189)
csaw (231)
CSSP (123)
ctc (333)
ctsGE (57)
cummeRbund (1261)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (153)
CVE (57)
cycle (115)
cydar (13)
cytofkit (205)
cytofWorkflow (0)
CytoML (56)

D

dada2 (322)
dagLogo (98)
daMA (109)
DaMiRseq (12)
DAPAR (117)
DAPARdata (0)
DART (112)
DASC (1)
DASiR (44)
DAVIDQuery (27)
davidquery (0)
DBChIP (142)
DBI (0)
dcGSA (84)
DChIPRep (101)
ddCt (171)
ddgraph (106)
DDiGGER (0)
debrowser (131)
DECIPHER (314)
DeconRNASeq (128)
DEDS (118)
DeepBlueR (74)
deepSNV (145)
DEFormats (128)
DEGraph (134)
DEGreport (108)
DEGseq (338)
DelayedArray (860)
deltaGseg (102)
DeMAND (106)
derfinder (227)
derfinderData (0)
derfinderHelper (204)
derfinderPlot (126)
deseq (0)
DESeq (2897)
DESeq2 (5955)
destiny (384)
DEsubs (61)
DEXSeq (681)
dexus (125)
DFP (110)
dichromat (0)
DiffBind (598)
diffGeneAnalysis (105)
diffHic (142)
DiffLogo (102)
diffloop (76)
diffloopdata (0)
digest (0)
diggit (106)
diggitdata (0)
Director (50)
DirichletMultinomial (259)
discordant (13)
dks (109)
DMRcaller (108)
DMRcate (383)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (108)
DMRScan (12)
DNABarcodes (110)
DNAcopy (2067)
DNaseR (7)
DNAshapeR (111)
domainsignatures (113)
doppelgangR (89)
DOQTL (123)
DOSE (1547)
DRIMSeq (87)
DriverNet (123)
DrugVsDisease (113)
dSimer (55)
DSS (373)
DTA (103)
dualKS (106)
DupChecker (99)
dupRadar (168)
DvDdata (0)
dyebias (113)
DynDoc (606)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (151)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (256)
EBarrays (177)
EBcoexpress (114)
EBImage (1653)
EBSEA (84)
EBSeq (506)
EBSeqHMM (132)
ecolitk (116)
EDASeq (1020)
edd (7)
EDDA (107)
edge (163)
edger (0)
edgeR (6275)
eegc (55)
EfficientR (0)
EGAD (99)
EGSEA (143)
EGSEAdata (0)
eiR (67)
eisa (132)
ELBOW (98)
ELMER (133)
ELMER.data (0)
EMDomics (105)
EmpiricalBrownsMethod (91)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (125)
ENmix (123)
EnrichedHeatmap (124)
EnrichmentBrowser (191)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (2772)
ensemblVEP (167)
ENVISIONQuery (101)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (110)
epiNEM (12)
epivizr (160)
epivizrData (118)
epivizrServer (113)
epivizrStandalone (94)
eQTL (3)
erccdashboard (137)
erma (137)
esetVis (59)
eudysbiome (88)
EventPointer (14)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (83)
ExiMiR (112)
exomeCopy (243)
exomecopy (1)
exomePeak (130)
exonfindR (0)
exonmap (13)
ExperimentHub (112)
ExperimentHubData (88)
explorase (95)
ExpressionAtlas (98)
ExpressionNormalizationWorkflow (10)
expressionview (0)
ExpressionView (108)
exprExternal (1)
externalVector (6)

F

fabia (199)
facopy (102)
facopy.annot (0)
factDesign (127)
fail (0)
FamAgg (87)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (121)
fastLiquidAssociation (97)
fastseg (311)
fbat (5)
fCCAC (49)
fCI (92)
fdrame (110)
FEM (204)
ffpe (124)
FGNet (166)
fgsea (907)
FindMyFriends (115)
FISHalyseR (99)
FitHiC (62)
flagme (107)
Fletcher2013a (0)
flipflop (119)
flowAI (106)
flowBeads (103)
flowBin (101)
flowcatchR (100)
flowCHIC (97)
flowCL (132)
flowClean (121)
flowClust (316)
flowCore (1161)
flowCyBar (106)
flowDensity (150)
flowFit (108)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (10)
flowFP (129)
flowMap (105)
flowMatch (103)
flowMeans (200)
flowMerge (146)
flowPeaks (145)
flowPhyto (8)
flowPloidy (49)
flowPloidyData (1)
flowPlots (108)
flowq (0)
flowQ (138)
flowQB (109)
FlowRepositoryR (98)
FlowSOM (207)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (319)
flowTime (10)
flowTrack (1)
flowTrans (121)
flowType (132)
flowUtils (282)
flowViz (550)
flowVS (104)
flowWorkspace (481)
fmcsR (189)
focalCall (99)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (114)
FRGEpistasis (97)
frma (274)
frmaTools (130)
fucci (1)
FunChIP (48)
FunciSNP (131)
funtooNorm (14)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (11)
GA4GHshiny (1)
gaga (120)
gage (714)
gaggle (112)
gaia (117)
GAprediction (48)
garfield (83)
gaucho (96)
gcapc (11)
gcatest (88)
gCMAP (122)
gCMAPWeb (100)
gCrisprTools (51)
gcrma (1684)
gdsfmt (746)
geecc (92)
GEM (55)
genArise (110)
genbankr (113)
GENE.E (132)
gene2pathway (6)
GeneAnswers (179)
geneAttribution (52)
GeneBreak (91)
geneClassifiers (12)
GeneExpressionSignature (119)
genefilter (8107)
genefu (280)
GeneGA (82)
GeneGeneInteR (56)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (163)
GeneNetworkBuilder (99)
GeneOverlap (152)
geneplast (51)
geneplotter (5605)
GeneR (8)
geneRecommender (108)
GeneRegionScan (106)
generegulation (7)
GeneRfold (2)
geneRxCluster (96)
GeneSelectMMD (106)
GeneSelector (152)
GENESIS (148)
GeneSpring (5)
geNetClassifier (133)
GeneticsBase (4)
GeneticsDesign (141)
GeneticsPed (158)
GeneTraffic (4)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (57)
genoCN (107)
GenoGAM (91)
genomation (239)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (287)
GenomeInfoDb (12233)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (365)
genomes (139)
GenomicAlignments (8506)
GenomicDataCommons (17)
GenomicFeatures (7660)
GenomicFiles (532)
GenomicInteractions (126)
GenomicRanges (12662)
GenomicScores (21)
GenomicTuples (107)
Genominator (133)
genoset (226)
genotypeeval (89)
GenoView (15)
genphen (83)
GenRank (83)
GenVisR (224)
GEOmetadb (263)
geoquery (0)
GEOquery (3244)
GEOsearch (90)
GEOsubmission (109)
geosubmission (0)
gespeR (104)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (97)
gff3Plotter (2)
GGBase (171)
ggbio (1591)
ggcyto (203)
GGtools (167)
ggtree (884)
girafe (170)
GISPA (13)
GLAD (230)
Glimma (289)
GlobalAncova (149)
globalSeq (82)
globaltest (471)
gmapR (107)
GMRP (82)
GOAL (0)
goCluster (3)
GOexpress (176)
GOFunction (132)
GoogleGenomics (98)
GOpro (53)
goProfiles (164)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1595)
goseq (708)
GOSim (164)
goSTAG (14)
gostats (0)
GOstats (1864)
GOsummaries (145)
GOTHiC (118)
goTools (162)
gotools (0)
gpls (193)
gprege (104)
gQTLBase (207)
gQTLstats (219)
graph (7505)
GraphAlignment (115)
GraphAT (103)
graphite (584)
GraphPAC (109)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (109)
GreyListChIP (104)
GRmetrics (59)
grndata (0)
groHMM (108)
GRridge (15)
GSALightning (82)
GSAR (132)
GSBenchMark (0)
GSCA (100)
GSE64985 (1)
GSEABase (2707)
GSEAlm (185)
GSReg (94)
GSRI (110)
GSVA (406)
gtkWidgets (0)
gtrellis (111)
GUIDEseq (100)
Guitar (97)
Gviz (2722)
gwascat (218)
GWASTools (311)

H

h5vc (119)
hapFabia (117)
Harman (88)
HarmanData (0)
Harshlight (112)
harshlight (0)
HCsnip (104)
HDF5Array (147)
HDTD (99)
healthyFlowData (0)
heatmaps (17)
Heatplus (677)
HelloRanges (51)
HelloRangesData (1)
HELP (109)
HEM (106)
hexbin (19)
hiAnnotator (101)
HIBAG (122)
hicrep (12)
hierGWAS (97)
highthroughputassays (8)
HilbertCurve (113)
hilbertvis (0)
HilbertVis (382)
HilbertVisGUI (77)
hiReadsProcessor (74)
HiTC (178)
Hmisc (0)
HMMcopy (165)
hopach (257)
hpar (206)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (236)
HTSanalyzeR (163)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (74)
htseqtools (0)
htSeqTools (183)
HTSFilter (178)
HybridMTest (96)
hyperdraw (138)
hypergraph (185)

I

iASeq (104)
iBBiG (148)
ibh (96)
iBMQ (99)
iCARE (82)
Icens (305)
iCheck (93)
iChip (99)
iClusterPlus (124)
iCOBRA (82)
ideal (9)
ideogram (0)
IdeoViz (124)
idiogram (110)
IdMappingAnalysis (94)
IdMappingRetrieval (103)
iFlow (5)
iGC (89)
IHW (271)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1609)
imageHTS (117)
IMAS (11)
Imetagene (88)
ImmuneSpaceR (87)
immunoClust (97)
IMPCdata (89)
ImpulseDE (55)
ImpulseDE2 (10)
impute (3605)
InPAS (105)
INPower (96)
inSilicoDb (118)
inSilicoMerging (91)
insilicomerging (0)
INSPEcT (98)
intansv (112)
InteractionSet (140)
interactiveDisplay (299)
interactiveDisplayBase (2843)
IntEREst (11)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
IntramiRExploreR (1)
inveRsion (104)
IONiseR (133)
iontree (107)
iPAC (115)
IPO (73)
IPPD (152)
iranges (0)
IRanges (18217)
iSeq (105)
iSNetwork (1)
isobar (182)
IsoformSwitchAnalyzeR (1)
IsoGeneGUI (99)
ISoLDE (79)
isomiRs (89)
iSPlot (2)
ITALICS (108)
iterativeBMA (109)
iterativeBMAsurv (104)
iterators (0)
IVAS (94)
IWB2011 (0)
IWTomics (12)

J

JASPAR2016 (0)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (42)
joda (105)
JunctionSeq (130)

K

karyoploteR (14)
KCsmart (106)
kebabs (155)
KEGGgraph (1439)
KEGGlincs (54)
keggorth (3)
keggorthology (133)
KEGGprofile (200)
KEGGREST (2059)
KEGGSOAP (9)
KFAS (0)
kimod (81)

L

labeling (0)
lapmix (106)
latticeExtra (0)
LBE (152)
ldblock (100)
LEA (235)
LedPred (96)
les (109)
leukemiasEset (0)
lfa (240)
liftOver (16)
limma (12687)
limmaGUI (183)
LINC (52)
Linnorm (97)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (108)
lmdme (107)
LMGene (126)
LOBSTAHS (61)
logicFS (210)
logitt (0)
logitT (102)
Logolas (12)
lol (109)
LOLA (129)
LowMACA (97)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (132)
LPEadj (106)
LPEseq (0)
lpNet (102)
lpsymphony (286)
lumi (958)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (115)
lydata (1)
LymphoSeq (81)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3D (84)
M3DExampleData (1)
M3Drop (72)
maanova (147)
macat (111)
maCorrPlot (107)
maDB (3)
made4 (398)
MADSEQ (50)
maftools (173)
MAGEML (0)
maigesPack (108)
MAIT (132)
makecdfenv (238)
makePlatformDesign (4)
MANOR (105)
manta (105)
MantelCorr (102)
mAPKL (81)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (98)
mapscape (14)
marray (1146)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (277)
maskBAD (97)
MassArray (112)
massiR (104)
MassSpecWavelet (499)
MAST (124)
matchBox (98)
matchprobes (9)
Matrix (0)
MatrixRider (91)
matter (57)
MaxContrastProjection (12)
MBAmethyl (88)
MBASED (99)
MBCB (105)
mBPCR (106)
MBttest (77)
mcaGUI (107)
MCbiclust (14)
MCRestimate (109)
mdgsa (102)
mdqc (113)
MEAL (100)
MEALData (0)
MeasurementError.cor (108)
MEDIPS (187)
MEDME (105)
MEIGOR (101)
MergeMaid (172)
Mergeomics (82)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (165)
meshes (52)
meshr (148)
MeSHSim (92)
messina (91)
metaArray (161)
Metab (113)
metabomxtr (102)
MetaboSignal (64)
metaCCA (83)
metagene (128)
metagenomeFeatures (89)
metagenomeSeq (548)
metahdep (105)
metaMS (119)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (106)
metaseqR (120)
metavizr (11)
metaX (49)
MetCirc (58)
MetCleaning (1)
methInheritSim (0)
MethPed (80)
MethTargetedNGS (91)
methVisual (115)
methyAnalysis (202)
MethylAid (119)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (7)
methylInheritance (10)
methylKit (187)
MethylMix (124)
methylMnM (95)
methylPipe (136)
MethylSeekR (115)
methylumi (975)
Mfuzz (360)
MGFM (93)
MGFR (49)
mgsa (123)
MiChip (100)
microrna (0)
microRNA (202)
MIGSA (12)
mimager (11)
MIMOSA (103)
MineICA (105)
minet (649)
minfi (1564)
MinimumDistance (103)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (106)
MiRaGE (103)
miRBaseConverter (0)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (91)
miRcompData (0)
mirIntegrator (91)
miRLAB (100)
miRNAmeConverter (86)
miRNApath (139)
miRNAtap (144)
Mirsynergy (99)
missMethyl (297)
mitoODE (96)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (310)
MLP (117)
MLSeq (134)
MMDiff (55)
MMDiff2 (85)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (2)
mmnet (100)
MmPalateMiRNA (109)
MODA (55)
mogsa (104)
monocle (410)
MONSTER (1)
MoonlightR (56)
MoPS (94)
mosaics (371)
motifbreakR (112)
motifcounter (10)
MotifDb (281)
motifmatchr (1)
motifRG (139)
motifStack (258)
MotIV (284)
MPFE (90)
mQTL.NMR (105)
msa (521)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (8)
MSGFgui (150)
MSGFplus (183)
MSIseqData (0)
msmsEDA (167)
msmsTests (170)
MSnbase (646)
MSnID (177)
msPurity (58)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (207)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (158)
MultiAssayExperiment (102)
multiClust (96)
MultiDataSet (96)
MultiMed (90)
multiOmicsViz (12)
multiscan (101)
multtest (4206)
munsell (0)
muscle (180)
MutationalPatterns (71)
MVCClass (106)
mvGST (97)
MWASTools (22)
mygene (353)
myvariant (103)
mzID (562)
mzR (1203)

N

NADfinder (10)
NanoStringDiff (105)
NanoStringQCPro (117)
NarrowPeaks (110)
ncdfFlow (397)
NCIgraph (138)
ndexr (1)
neaGUI (55)
nem (143)
netbenchmark (103)
netbiov (101)
NetCRG (3)
nethet (94)
NetPathMiner (118)
netprioR (48)
netReg (11)
netresponse (119)
NetSAM (103)
networkBMA (90)
NGScopy (98)
NGScopyData (0)
nnNorm (103)
NOISeq (452)
nondetects (111)
normalize450K (77)
NormqPCR (249)
normr (55)
npGSEA (112)
NTW (96)
nucleoSim (90)
nucleR (121)
nudge (102)
NuPoP (108)

O

occugene (100)
OCplus (185)
odseq (78)
OGSA (87)
oligo (1337)
oligoClasses (1398)
OLIN (110)
OLINgui (106)
omicade4 (120)
OmicCircos (261)
OmicsMarkeR (107)
OnassisJavaLibs (0)
OncoScore (91)
OncoSimulR (104)
oneChannelGUI (141)
ontoCAT (126)
ontoTools (4)
openCyto (201)
OperaMate (84)
oposSOM (110)
oppar (80)
OPWeight (0)
OrderedList (245)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (13)
OrganismDbi (1639)
OSAT (105)
Oscope (101)
OTUbase (110)
OutlierD (113)

P

PAA (121)
PADOG (161)
paircompviz (99)
pairseqsim (2)
pamr (8)
PAN (0)
pandaR (102)
PAnnBuilder (119)
panp (130)
PANR (102)
PanVizGenerator (87)
PAPi (109)
parglms (87)
parody (166)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (97)
pathifier (197)
PathNet (120)
PathNetData (0)
PathoStat (55)
pathprint (11)
pathprintGEOData (1)
pathRender (107)
pathVar (90)
pathview (1249)
PatientGeneSets (2)
paxtoolsr (170)
Pbase (109)
pbcmc (86)
pcaExplorer (160)
pcaGoPromoter (129)
pcaMethods (1522)
PCAN (83)
pcot2 (148)
PCpheno (102)
pdInfoBuilder (201)
pdmclass (109)
PECA (101)
pepDat (0)
pepStat (99)
pepXMLTab (98)
PGA (100)
pgca (9)
PGSEA (229)
pgUtils (4)
PharmacoGx (81)
phenoDist (99)
phenoTest (121)
PhenStat (101)
philr (51)
phosphonormalizer (17)
phyloseq (1444)
Pi (49)
piano (328)
pickgene (104)
PICS (189)
Pigengene (55)
PING (116)
pint (109)
pkgDepTools (134)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (106)
plethy (97)
plgem (112)
plier (275)
PLPE (104)
plrs (100)
plw (98)
plyr (0)
pmm (87)
podkat (100)
polyester (157)
Polyfit (92)
POST (12)
PPInfer (10)
ppiStats (114)
pqsfinder (81)
prada (275)
prebs (101)
prebsdata (0)
PREDA (103)
predictionet (60)
preprocessCore (6339)
Prize (87)
proBAMr (99)
PROcess (183)
procoil (103)
ProCoNA (98)
proFIA (56)
profileScoreDist (75)
pRoloc (238)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (116)
PROMISE (101)
PROPER (120)
Prostar (109)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (106)
proteinProfiles (98)
proteomics (16)
ProteomicsAnnotationHubData (88)
proteoQC (112)
ProtGenerics (1197)
PSEA (99)
psichomics (59)
PSICQUIC (127)
psygenet2r (90)
PtH2O2lipids (0)
puma (178)
PureCN (112)
pvac (111)
pvca (153)
Pviz (113)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (152)
pwOmics (96)
pxr (0)

Q

qcmetrics (102)
QDNAseq (169)
qpcrNorm (117)
qpgraph (236)
qrqc (200)
qsea (56)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (109)
quantro (123)
quantsmooth (375)
QuartPAC (91)
QuasR (309)
QuaternaryProd (78)
QUBIC (116)
QUBICdata (0)
qusage (164)
qvalue (3356)

R

R3CPET (93)
r3Cseq (160)
R453Plus1Toolbox (106)
R4RNA (82)
RaggedExperiment (11)
rain (110)
rama (111)
ramigo (0)
RamiGO (156)
ramwas (12)
randPack (103)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (433)
RareVariantVis (88)
Rariant (97)
RbcBook1 (110)
rbcbook1 (0)
RBGL (4355)
RBioinf (108)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (176)
RBM (89)
Rbowtie (313)
rbsurv (109)
Rcade (109)
RCAS (56)
RCASPAR (101)
rcellminer (117)
rcellminerData (0)
rCGH (105)
Rchemcpp (110)
RchyOptimyx (114)
RColorBrewer (0)
Rcpi (132)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (117)
RCyjs (88)
RCytoscape (332)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (358)
Rdbi (4)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (50)
rdisop (0)
Rdisop (218)
RDRToolbox (194)
ReactomePA (500)
readat (56)
ReadqPCR (254)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (105)
recount (111)
recoup (82)
RedeR (177)
REDseq (157)
RefNet (100)
RefNet.db (0)
RefPlus (104)
regioneR (554)
regionReport (142)
regsplice (47)
REMP (13)
REMPdata (1)
Repitools (304)
ReportingTools (599)
reposTools (1)
ReQON (99)
Resourcerer (10)
rexposome (1)
rfcdmin (2)
rflowcyt (4)
rfPred (98)
rGADEM (370)
RGalaxy (111)
RGraph2js (78)
Rgraphviz (4336)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (123)
RGSEA (108)
rgsepd (92)
rhdf5 (3712)
Rhdf5lib (1)
Rhtslib (503)
rHVDM (99)
RiboProfiling (109)
riboSeq (0)
riboSeqR (116)
RImmPort (82)
Ringo (308)
Rintact (3)
rintact (0)
RIPSeeker (149)
Risa (110)
RITAN (5)
RIVER (9)
RJMCMCNucleosomes (13)
RLMM (107)
RMAGEML (2)
Rmagpie (101)
RMAPPER (7)
RMassBank (128)
rMAT (88)
rmat (0)
RmiR (125)
rmir (0)
RNAinteract (106)
RNAither (108)
RNAprobR (92)
RNAseq123 (40)
rnaseqcomp (95)
rnaseqGene (193)
RnaSeqGeneEdgeRQL (22)
rnaSeqMap (113)
RNASeqPower (193)
RnaSeqSampleSize (121)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (253)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (97)
roar (111)
ROC (626)
Roleswitch (115)
RoleswitchData (0)
Rolexa (48)
rols (232)
ROntoTools (120)
ropls (258)
ROTS (109)
RPA (132)
RpsiXML (124)
rpx (276)
Rqc (136)
rqt (12)
rqubic (145)
rRDP (95)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (130)
Rsamtools (8412)
rsbml (154)
rSFFreader (55)
RSNPper (3)
RSQLite (0)
Rsubread (855)
RSVSim (116)
rTANDEM (190)
RTCA (110)
RTCGA (299)
RTCGAToolbox (223)
RTN (132)
RTNduals (12)
RTNsurvival (0)
RTools4TB (4)
RTopper (104)
rtracklayer (8403)
Rtreemix (102)
rTRM (104)
rTRMui (93)
Ruuid (8)
RUVcorr (98)
RUVnormalize (115)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (377)
RWebServices (19)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (18429)
safe (268)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (102)
sagx (0)
SAGx (185)
samExploreR (10)
sampleClassifier (13)
SamSPECTRAL (133)
sangerseqR (213)
SANTA (101)
sapFinder (99)
saps (44)
savR (119)
sbgr (29)
SBMLR (123)
SC3 (207)
scales (0)
SCAN.UPC (155)
scater (478)
scDD (20)
scde (247)
ScISI (117)
SCLCBam (0)
scone (17)
scran (361)
scRNAseq (1)
scsR (89)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (162)
SELEX (94)
SemDist (88)
semisup (10)
SemSim (7)
sendmailR (0)
SEPA (83)
seq2pathway (107)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (205)
seqbias (117)
seqCNA (105)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (223)
seqLogo (762)
Seqnames (0)
seqPattern (222)
seqplots (157)
seqTools (118)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (48)
SeqVarTools (171)
sevenbridges (106)
SGSeq (150)
shinyMethyl (156)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (102)
ShortRead (2757)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (107)
SigCheck (98)
SigFuge (97)
siggenes (1480)
sights (49)
signeR (57)
sigPathway (185)
sigsquared (87)
SIM (108)
SIMAT (93)
SimBindProfiles (91)
similaRpeak (94)
SIMLR (79)
simpleaffy (869)
simpleSingleCell (33)
simulatorAPMS (5)
simulatorZ (93)
sincell (116)
SISPA (83)
sizepower (140)
SJava (20)
skewr (85)
SLGI (102)
SLqPCR (121)
SMAP (97)
SMITE (85)
SNAData (1)
SNAGEE (96)
snapCGH (137)
snm (174)
snpAssoc (0)
SNPchip (277)
SNPediaR (55)
SNPhood (94)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (23)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (593)
snpStats (756)
SNPtools (0)
soGGi (102)
SomatiCA (65)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (245)
SpacePAC (101)
spade (120)
sparseDOSSA (12)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (100)
SpeCond (149)
SPEM (93)
SPIA (365)
SpidermiR (118)
spikeLI (99)
spkTools (102)
splatter (18)
splicegear (101)
spliceR (158)
spliceSites (99)
SplicingGraphs (149)
splineTCDiffExpr (24)
splineTimeR (81)
SPLINTER (49)
splots (227)
spotSegmentation (109)
SQUADD (97)
SRAdb (503)
sRAP (104)
SRGnet (44)
sscore (106)
sscu (74)
sSeq (116)
ssize (162)
ssizeRNA (0)
SSPA (177)
ssviz (89)
stam (2)
STAN (110)
staRank (92)
StarBioTrek (50)
Starr (111)
STATegRa (106)
statTarget (80)
stemHypoxia (0)
stepNorm (102)
stepwiseCM (103)
Streamer (100)
STRINGdb (285)
stringr (0)
STROMA4 (9)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (99)
SummarizedExperiment (9306)
supraHex (597)
survcomp (449)
Sushi (228)
sva (1922)
SVAPLSseq (48)
SVM2CRM (90)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (101)
SwathXtend (77)
swfdr (11)
SwimR (91)
switchBox (102)
switchde (51)
synapter (163)
synergyfinder (63)
synlet (85)
systemPipeR (572)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (109)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (113)
TarSeqQC (86)
TCC (219)
TCGAbiolinks (745)
TCGAbiolinksGUI (19)
TCGAWorkflow (3)
TCseq (12)
TDARACNE (105)
TEQC (133)
ternarynet (93)
tetradR (0)
TFBSTools (279)
tiger (0)
tigre (115)
tilingArray (156)
timecourse (143)
TimerQuant (0)
timescape (14)
TIN (88)
TitanCNA (119)
tkWidgets (563)
tofsims (86)
ToPASeq (94)
topGO (1810)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (124)
tracktables (97)
trackViewer (195)
transcriptR (81)
tRanslatome (102)
TransView (102)
traseR (90)
Travis (1)
treeio (70)
TReNA (1)
triform (93)
trigger (99)
trio (127)
triplex (103)
TRONCO (120)
Trumpet (1)
TSCAN (137)
tspair (117)
TSRchitect (8)
TSSi (112)
TurboNorm (99)
TVTB (40)
tweeDEseq (124)
twilight (242)
twoddpcr (11)
tximport (792)
tximportData (0)
TypeInfo (102)

U

UNDO (94)
unifiedWMWqPCR (95)
UniProt.ws (224)
Uniquorn (78)
useR2012 (0)
uSORT (46)

V

VanillaICE (148)
variancePartition (135)
VariantAnnotation (4448)
VariantFiltering (162)
variants (19)
VariantTools (121)
vbmp (147)
Vega (99)
VegaMC (96)
viper (164)
virtualArray (19)
vsn (1902)
vtpnet (90)

W

wateRmelon (442)
wavClusteR (104)
waveTiling (96)
weaver (130)
webbioc (114)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (579)
wiggleplotr (10)

X

XBSeq (94)
xcms (823)
XDE (103)
xmapbridge (95)
xmapcore (3)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (123)
xtable (0)
XVector (12795)

Y

y2hStat (1)
yamss (61)
YAPSA (52)
yaqcaffy (132)
yarn (57)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zinbwave (0)
zlibbioc (13981)