Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2016-06-24 08:33:16 -0700 (Fri, 24 Jun 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (24933)
2IRanges (17831)
3BiocGenerics (17733)
4S4Vectors (15870)
5Biobase (14820)
6AnnotationDbi (13970)
7GenomeInfoDb (12175)
8zlibbioc (11933)
9Biostrings (11178)
10GenomicRanges (10526)
11limma (10412)
12XVector (10039)
13BiocParallel (9012)
14rtracklayer (7758)
15annotate (7529)
16Rsamtools (7373)
17biomaRt (7342)
18genefilter (7214)
19GenomicFeatures (7074)
20GenomicAlignments (6877)
21graph (6386)
22preprocessCore (5620)
23edgeR (5189)
24BSgenome (4931)
25SummarizedExperiment (4910)
26DESeq2 (4761)
27affy (4710)
28geneplotter (4655)
29affyio (4293)
30VariantAnnotation (3814)
31Rgraphviz (3776)
32RBGL (3775)
33multtest (3662)
34impute (3067)
35DESeq (2937)
36GEOquery (2884)
37biovizBase (2700)
38qvalue (2678)
39Gviz (2576)
40rhdf5 (2406)
41GSEABase (2194)
42ShortRead (2100)
43AnnotationForge (1924)
44Category (1886)
45gcrma (1761)
46vsn (1716)
47KEGGREST (1711)
48GOstats (1672)
49illuminaio (1566)
50siggenes (1538)
51DNAcopy (1508)
52OrganismDbi (1505)
53cummeRbund (1495)
54ggbio (1480)
55minfi (1441)
56topGO (1418)
57sva (1400)
58oligo (1382)
59oligoClasses (1380)
60EBImage (1332)
61affxparser (1296)
62bumphunter (1267)
63affyPLM (1267)
64AnnotationHub (1246)
65pcaMethods (1192)
66marray (1156)
67interactiveDisplayBase (1095)
68KEGGgraph (1081)
69mzR (1051)
70lumi (1039)
71methylumi (985)
72BiocStyle (982)
73DEXSeq (934)
74simpleaffy (925)
75genomeIntervals (914)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (175)
a4Base (195)
a4Classif (170)
a4Core (201)
a4Preproc (200)
a4Reporting (173)
ABAData (1)
ABAEnrichment (67)
ABAFuncData (1)
ABarray (173)
ABSSeq (142)
acde (63)
acepack (0)
aCGH (255)
ACME (173)
ADaCGH2 (155)
adSplit (152)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1296)
affy (4710)
affycomp (234)
AffyCompatible (172)
affyContam (158)
affycoretools (459)
affydata (2)
AffyExpress (171)
affyILM (149)
affyio (4293)
affylmGUI (262)
affyPara (155)
affypdnn (200)
affyPLM (1267)
affyQCReport (433)
AffyRNADegradation (147)
AffyTiling (149)
AGDEX (139)
Agi4x44PreProcess (36)
agilp (231)
AgiMicroRna (195)
AIMS (176)
ALDEx2 (134)
AllelicImbalance (167)
alsace (124)
altcdfenvs (171)
ampliQueso (124)
AnalysisPageServer (111)
AneuFinder (8)
AneuFinderData (1)
annaffy (688)
AnnBuilder (8)
annmap (101)
annotate (7529)
annotation (22)
AnnotationDbi (13970)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1924)
AnnotationFuncs (177)
AnnotationHub (1246)
AnnotationHubData (70)
Annotations (0)
annotationTools (222)
anota (156)
antiProfiles (128)
apcluster (0)
apComplex (176)
applera (4)
aroma.light (806)
ArrayExpress (497)
ArrayExpressHTS (78)
arrayMagic (5)
arraymvout (0)
arrayMvout (144)
arrayQCplot (4)
arrayQuality (184)
arrayQualityMetrics (502)
arrays (36)
ArrayTools (213)
ArrayTV (133)
ARRmNormalization (129)
ASEB (143)
ASGSCA (120)
AshkenazimSonChr21 (1)
asmn (19)
ASSET (134)
ASSIGN (130)
AtlasRDF (128)
attract (138)

B

BAC (145)
bacon (9)
BADER (131)
BadRegionFinder (8)
BAGS (129)
ballgown (277)
bamsignals (140)
base64enc (0)
BaseSpaceR (149)
Basic4Cseq (138)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (13)
BatchJobs (0)
BatchQC (11)
BayesPeak (222)
baySeq (495)
BBCAnalyzer (56)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (151)
beadarray (704)
beadarraySNP (167)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (634)
BeadExplorer (3)
BEAT (121)
BEclear (103)
betr (207)
bgafun (138)
BgeeDB (8)
BGmix (76)
bgx (150)
BHC (228)
BicARE (154)
BiGGR (132)
BigMatrix (0)
bigmelon (1)
bigmemoryExtras (75)
bim (3)
bioassayR (169)
Biobase (14820)
biobroom (76)
bioCancer (1)
BiocCaseStudies (150)
BiocCheck (271)
biocDatasets (8)
BiocGenerics (17733)
biocGraph (200)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (24933)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (9012)
BiocStyle (982)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (423)
bioDist (373)
biodist (0)
biomaRt (7342)
biomformat (55)
BioMVCClass (139)
biomvRCNS (133)
BioNet (317)
BioQC (11)
BioSeqClass (150)
biosigner (9)
biostrings (0)
Biostrings (11178)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (120)
biovizBase (2700)
BiRewire (177)
birta (136)
birte (110)
BiSeq (256)
bitops (0)
BitSeq (327)
blima (119)
blimaTestingData (0)
BRAIN (188)
BrainStars (133)
brew (0)
bridge (147)
BridgeDbR (117)
BrowserViz (99)
BrowserVizDemo (81)
BSgenome (4931)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (363)
BubbleTree (129)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (153)
BufferedMatrixMethods (145)
bumphunter (1267)
BUS (134)
BuxcoR (0)

C

CAFE (117)
CAGEr (173)
CALIB (136)
CAMERA (360)
camera (0)
canceR (109)
cancerclass (126)
CancerMutationAnalysis (139)
CAnD (105)
caOmicsV (60)
Cardinal (137)
casper (133)
Category (1886)
categoryCompare (130)
CausalR (61)
ccdata (0)
ccmap (0)
ccrepe (129)
cellGrowth (135)
cellHTS (145)
cellHTS2 (262)
cellity (16)
CellMapper (1)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (181)
cellTree (11)
CexoR (124)
CFAssay (114)
CGEN (169)
CGHbase (271)
CGHcall (224)
cghMCR (201)
CGHnormaliter (137)
CGHregions (156)
cghregions (0)
ChAMP (296)
ChAMPdata (0)
charm (165)
checkmate (0)
ChemmineOB (190)
ChemmineR (380)
Chicago (14)
chimera (200)
ChIPComp (69)
chipenrich (134)
chipenrich.data (0)
ChIPpeakAnno (636)
ChIPQC (195)
ChIPseeker (407)
ChipSeq (0)
chipseq (431)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (218)
ChIPsim (200)
ChIPXpress (89)
chopsticks (167)
chroGPS (122)
chromDraw (99)
ChromHeatMap (140)
ChromoViz (5)
chromPlot (13)
chromstaR (1)
chromstaRData (1)
CHRONOS (7)
CINdex (7)
cisPath (140)
ClassifyR (137)
cleanUpdTSeq (121)
cleaver (184)
clippda (138)
clipper (177)
Clomial (118)
Clonality (130)
clonotypeR (124)
clst (131)
clstutils (123)
clustComp (9)
clusterProfiler (836)
clusterprofiler (0)
ClusterSignificance (10)
clusterStab (191)
CMA (197)
cn.farms (128)
cn.mops (278)
CNAnorm (154)
cnanorm (0)
CNEr (200)
CNORdt (134)
CNORfeeder (133)
CNORfuzzy (122)
CNORode (143)
CNPBayes (55)
CNTools (271)
cnvGSA (126)
CNVPanelizer (63)
CNVrd2 (126)
CNVtools (151)
cnvtools (0)
cobindR (117)
CoCiteStats (143)
codelink (150)
codetoolsBioC (0)
CODEX (136)
CoGAPS (118)
cogena (110)
coGPS (121)
COHCAP (151)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (122)
COMPASS (130)
compcodeR (136)
compEpiTools (134)
CompGO (128)
ComplexHeatmap (374)
CONFESS (7)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (456)
consensusSeekeR (10)
contiBAIT (10)
conumee (115)
convert (251)
copa (145)
COPDSexualDimorphism (12)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (220)
CopyNumber450k (131)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (132)
CoRegNet (126)
Cormotif (131)
CorMut (131)
coRNAi (128)
CORREP (136)
cosmiq (110)
cosmo (18)
cosmoGUI (17)
COSNet (112)
CountClust (11)
covEB (0)
CoverageView (112)
covRNA (1)
cpvSNP (100)
cqn (203)
CRImage (165)
CRISPRseek (164)
CrispRVariants (11)
crlmm (271)
crossmeta (0)
CSAR (213)
csaw (215)
CSSP (132)
ctc (374)
cummeRbund (1495)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (158)
cycle (136)
cytofkit (135)

D

dada2 (15)
dagLogo (114)
daMA (130)
DAPAR (61)
DAPARdata (1)
DART (121)
DASiR (120)
DAVIDQuery (162)
davidquery (0)
DBChIP (151)
DBI (0)
dcGSA (11)
DChIPRep (58)
ddCt (197)
ddgraph (124)
DDiGGER (0)
debrowser (10)
DECIPHER (223)
DeconRNASeq (137)
DEDS (136)
deepSNV (154)
DEFormats (11)
DEGraph (158)
DEGreport (113)
DEGseq (346)
deltaGseg (131)
DeMAND (61)
derfinder (156)
derfinderData (0)
derfinderHelper (145)
derfinderPlot (128)
deseq (0)
DESeq (2937)
DESeq2 (4761)
destiny (93)
DEXSeq (934)
dexus (132)
DFP (131)
dichromat (0)
DiffBind (516)
diffGeneAnalysis (136)
diffHic (135)
DiffLogo (56)
diffloop (8)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (101)
diggitdata (0)
Director (1)
DirichletMultinomial (228)
dks (120)
DMRcaller (107)
DMRcate (211)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (114)
DNABarcodes (59)
DNAcopy (1508)
DNaseR (18)
DNAshapeR (11)
domainsignatures (136)
doppelgangR (10)
DOQTL (138)
DOSE (866)
DRIMSeq (9)
DriverNet (134)
DrugVsDisease (136)
dSimer (1)
DSS (213)
DTA (123)
dualKS (126)
DupChecker (104)
dupRadar (50)
DvDdata (0)
dyebias (133)
DynDoc (780)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (157)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (363)
EBarrays (216)
EBcoexpress (135)
EBImage (1332)
EBSEA (10)
EBSeq (457)
EBSeqHMM (128)
ecolitk (133)
EDASeq (645)
edd (12)
EDDA (117)
edge (164)
edger (0)
edgeR (5189)
EfficientR (0)
EGAD (6)
EGSEA (9)
EGSEAdata (1)
eiR (83)
eisa (159)
ELBOW (112)
ELMER (81)
ELMER.data (0)
EMDomics (104)
EmpiricalBrownsMethod (17)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (118)
ENmix (111)
EnrichedHeatmap (63)
EnrichmentBrowser (187)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (568)
ensemblVEP (198)
ENVISIONQuery (123)
EpiCluster (7)
epigenomix (124)
epivizr (162)
epivizrData (10)
epivizrServer (11)
epivizrStandalone (7)
eQTL (3)
erccdashboard (153)
erma (72)
esetVis (0)
eudysbiome (52)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (12)
ExiMiR (135)
exomeCopy (231)
exomePeak (140)
exonfindR (0)
exonmap (14)
ExperimentHub (13)
ExperimentHubData (12)
explorase (115)
ExpressionAtlas (8)
expressionview (0)
ExpressionView (130)
exprExternal (2)
externalVector (16)

F

fabia (200)
facopy (115)
facopy.annot (0)
factDesign (152)
fail (0)
FamAgg (10)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (143)
fastLiquidAssociation (95)
fastseg (142)
fbat (8)
fCI (53)
fdrame (136)
FEM (128)
ffpe (135)
FGNet (177)
FindMyFriends (66)
FISHalyseR (96)
flagme (129)
Fletcher2013a (0)
flipflop (134)
flowAI (9)
flowBeads (117)
flowBin (116)
flowcatchR (113)
flowCHIC (110)
flowCL (114)
flowClean (112)
flowClust (284)
flowCore (816)
flowCyBar (114)
flowDensity (147)
flowFit (114)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (31)
flowFP (145)
flowMap (119)
flowMatch (113)
flowMeans (180)
flowMerge (159)
flowPeaks (137)
flowPhyto (24)
flowPlots (130)
flowq (0)
flowQ (140)
flowQB (119)
FlowRepositoryR (98)
FlowSOM (111)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (290)
flowTrack (1)
flowTrans (138)
flowType (147)
flowUtils (241)
flowViz (515)
flowVS (106)
flowWorkspace (413)
fmcsR (209)
focalCall (108)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (130)
FRGEpistasis (109)
frma (298)
frmaTools (160)
fucci (1)
FunChIP (0)
FunciSNP (146)
furrowSeg (1)

G

gaga (144)
gage (649)
gaggle (133)
gaia (124)
garfield (10)
gaucho (111)
gcatest (49)
gCMAP (153)
gCMAPWeb (120)
gcrma (1761)
gdsfmt (539)
geecc (104)
GEM (0)
genArise (130)
genbankr (9)
GENE.E (155)
gene2pathway (14)
GeneAnswers (207)
GeneBreak (50)
GeneExpressionSignature (134)
genefilter (7214)
genefu (236)
GeneGA (86)
GeneGroupAnalysis (8)
GeneMeta (184)
GeneNetworkBuilder (135)
GeneOverlap (143)
geneplast (0)
geneplotter (4655)
GeneR (14)
geneRecommender (138)
GeneRegionScan (127)
generegulation (6)
GeneRfold (6)
geneRxCluster (108)
GeneSelectMMD (127)
GeneSelector (181)
GENESIS (115)
GeneSpring (13)
geNetClassifier (164)
GeneticsBase (6)
GeneticsDesign (152)
GeneticsPed (160)
GeneTraffic (12)
GeneTS (6)
genetw12 (0)
genoCN (129)
GenoGAM (7)
genomation (178)
genomationData (0)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (324)
GenomeInfoDb (12175)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (914)
genomes (168)
GenomicAlignments (6877)
GenomicFeatures (7074)
GenomicFiles (391)
GenomicInteractions (136)
GenomicRanges (10526)
GenomicTuples (113)
Genominator (153)
genoset (240)
genotypeeval (54)
GenoView (96)
genphen (11)
GenRank (9)
GenVisR (17)
GEOmetadb (292)
geoquery (0)
GEOquery (2884)
GEOsearch (55)
GEOsubmission (129)
geosubmission (0)
gespeR (99)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (114)
gff3Plotter (4)
GGBase (224)
ggbio (1480)
ggcyto (11)
GGtools (189)
ggtree (413)
girafe (206)
GLAD (266)
Glimma (12)
GlobalAncova (180)
globalSeq (11)
globaltest (460)
gmapR (98)
GMRP (10)
GOAL (1)
goCluster (2)
GOexpress (175)
GOFunction (153)
GoogleGenomics (111)
goProfiles (176)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (855)
goseq (608)
GOSim (154)
gostats (0)
GOstats (1672)
GOsummaries (146)
GOTHiC (142)
goTools (203)
gotools (0)
gpls (206)
gprege (119)
gQTLBase (176)
gQTLstats (167)
graph (6386)
GraphAlignment (128)
GraphAT (125)
graphite (423)
GraphPAC (130)
greengenes13.5MgDb (1)
GRENITS (129)
GreyListChIP (99)
grndata (0)
groHMM (123)
GSALightning (12)
GSAR (117)
GSBenchMark (0)
GSCA (112)
GSE64985 (1)
GSEABase (2194)
GSEAlm (219)
GSReg (103)
GSRI (128)
GSVA (296)
gtkWidgets (0)
gtrellis (100)
GUIDEseq (54)
Guitar (54)
Gviz (2576)
gwascat (201)
GWASTools (317)

H

h5vc (142)
hapFabia (118)
Harman (8)
HarmanData (1)
Harshlight (131)
harshlight (0)
HCsnip (118)
HDF5Array (8)
HDTD (103)
healthyFlowData (0)
Heatplus (682)
HELP (135)
HEM (131)
hexbin (25)
hiAnnotator (110)
HIBAG (112)
hierGWAS (51)
highthroughputassays (8)
HilbertCurve (55)
hilbertvis (0)
HilbertVis (425)
HilbertVisGUI (115)
hiReadsProcessor (101)
HiTC (172)
Hmisc (0)
HMMcopy (156)
hopach (282)
hpar (202)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (253)
HTSanalyzeR (192)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (77)
htseqtools (0)
htSeqTools (208)
HTSFilter (168)
HybridMTest (114)
hyperdraw (152)
hypergraph (226)

I

iASeq (119)
iBBiG (133)
ibh (118)
iBMQ (115)
iCARE (15)
Icens (320)
iCheck (56)
iChip (120)
iClusterPlus (141)
iCOBRA (10)
ideogram (0)
IdeoViz (123)
idiogram (129)
IdMappingAnalysis (116)
IdMappingRetrieval (119)
iFlow (7)
iGC (52)
IHW (21)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1566)
imageHTS (135)
Imetagene (54)
ImmuneSpaceR (6)
immunoClust (97)
IMPCdata (97)
impute (3067)
InPAS (105)
INPower (104)
inSilicoDb (248)
inSilicoMerging (189)
insilicomerging (0)
INSPEcT (50)
intansv (129)
InteractionSet (14)
interactiveDisplay (345)
interactiveDisplayBase (1095)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (124)
IONiseR (64)
iontree (120)
iPAC (135)
IPPD (170)
iranges (0)
IRanges (17831)
iSeq (124)
iSNetwork (2)
isobar (198)
IsoGeneGUI (122)
ISoLDE (8)
isomiRs (7)
iSPlot (2)
ITALICS (125)
iterativeBMA (127)
iterativeBMAsurv (128)
iterators (0)
IVAS (95)
IWB2011 (0)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (1)
jmosaics (115)
joda (120)
JunctionSeq (12)

K

KCsmart (124)
kebabs (149)
KEGGgraph (1081)
keggorth (6)
keggorthology (150)
KEGGprofile (208)
KEGGREST (1711)
KEGGSOAP (28)
KFAS (0)
kimod (11)

L

labeling (0)
lapmix (129)
latticeExtra (0)
LBE (164)
ldblock (51)
LEA (129)
LedPred (54)
les (132)
leukemiasEset (0)
lfa (141)
liftOver (11)
limma (10412)
limmaGUI (210)
Linnorm (7)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (128)
lmdme (126)
LMGene (149)
LOBSTAHS (1)
logicFS (220)
logitt (0)
logitT (123)
lol (124)
LOLA (67)
LowMACA (103)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (166)
LPEadj (135)
LPEseq (1)
lpNet (117)
lpsymphony (21)
lumi (1039)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (131)
lydata (0)
LymphoSeq (8)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (117)
maanova (177)
macat (137)
maCorrPlot (126)
maDB (13)
made4 (356)
MADSEQ (1)
maftools (1)
MAGEML (0)
maigesPack (133)
MAIT (131)
makecdfenv (275)
makePlatformDesign (10)
MANOR (131)
manta (120)
MantelCorr (122)
mAPKL (99)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (113)
marray (1156)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (292)
maskBAD (118)
MassArray (133)
massiR (115)
MassSpecWavelet (308)
matchBox (115)
matchprobes (12)
Matrix (0)
MatrixRider (94)
MBAmethyl (98)
MBASED (116)
MBCB (126)
mBPCR (127)
MBttest (8)
mcaGUI (119)
MCRestimate (129)
mdgsa (95)
mdqc (141)
MEAL (59)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (123)
MEDIPS (230)
MEDME (128)
MEIGOR (101)
MergeMaid (198)
Mergeomics (10)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (159)
meshr (147)
MeSHSim (95)
messina (103)
metaArray (192)
Metab (116)
metabomxtr (105)
metaCCA (11)
metagene (123)
metagenomeFeatures (54)
metagenomeSeq (503)
metahdep (126)
metaMS (128)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (118)
metaseqR (136)
metaX (65)
MethPed (8)
MethTargetedNGS (98)
methVisual (134)
methyAnalysis (222)
MethylAid (124)
MethylAidData (1)
MethylMix (126)
methylMnM (113)
methylPipe (157)
MethylSeekR (133)
methylumi (985)
Mfuzz (480)
MGFM (101)
mgsa (142)
MiChip (125)
microrna (0)
microRNA (205)
MIMOSA (115)
MineICA (120)
minet (435)
minfi (1441)
MinimumDistance (124)
minionSummaryData (1)
mipp (0)
MiPP (128)
MiRaGE (121)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (52)
miRcompData (1)
mirIntegrator (57)
miRLAB (61)
miRNAmeConverter (9)
miRNApath (155)
miRNAtap (135)
Mirsynergy (109)
missMethyl (153)
mitoODE (105)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (319)
MLP (131)
MLSeq (132)
MMDiff (129)
MMDiff2 (7)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (4)
mmnet (127)
MmPalateMiRNA (127)
mogsa (108)
monocle (253)
MoPS (99)
mosaics (156)
motifbreakR (66)
MotifDb (292)
motifRG (139)
motifStack (299)
MotIV (292)
MPFE (100)
mQTL.NMR (105)
msa (270)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (154)
MSGFplus (176)
MSIseqData (0)
msmsEDA (162)
msmsTests (161)
MSnbase (520)
MSnID (168)
msPurity (1)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (191)
mtbls2 (1)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (193)
MultiAssayExperiment (9)
multiClust (12)
MultiDataSet (8)
MultiMed (100)
multiscan (122)
multtest (3662)
munsell (0)
muscle (216)
MVCClass (130)
mvGST (101)
mygene (253)
myvariant (57)
mzID (424)
mzR (1051)

N

NanoStringDiff (54)
NanoStringQCPro (114)
NarrowPeaks (127)
ncdfFlow (332)
NCIgraph (160)
neaGUI (163)
nem (156)
netbenchmark (116)
netbiov (113)
NetCRG (0)
nethet (102)
NetPathMiner (127)
netprioR (1)
netresponse (132)
NetSAM (116)
networkBMA (135)
NGScopy (111)
NGScopyData (0)
nnNorm (124)
NOISeq (426)
nondetects (118)
normalize450K (9)
NormqPCR (196)
npGSEA (151)
NTW (115)
nucleoSim (9)
nucleR (137)
nudge (119)
NuPoP (120)

O

occugene (114)
OCplus (200)
odseq (9)
OGSA (52)
oligo (1382)
oligoClasses (1380)
OLIN (132)
OLINgui (126)
omicade4 (138)
OmicCircos (258)
OmicsMarkeR (105)
OncoScore (9)
OncoSimulR (102)
oneChannelGUI (173)
ontoCAT (140)
ontoTools (10)
openCyto (193)
OperaMate (53)
oposSOM (119)
oppar (6)
OrderedList (243)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
OrganismDbi (1505)
OSAT (116)
Oscope (65)
OTUbase (130)
OutlierD (139)

P

PAA (132)
PADOG (124)
paircompviz (118)
pairseqsim (3)
pamr (15)
PAN (0)
pandaR (104)
PAnnBuilder (150)
panp (148)
PANR (125)
PanVizGenerator (9)
PAPi (128)
parglms (91)
parody (189)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (55)
pathifier (154)
PathNet (166)
PathNetData (0)
pathRender (126)
pathVar (50)
pathview (876)
PatientGeneSets (6)
paxtoolsr (173)
Pbase (118)
pbcmc (8)
pcaExplorer (11)
pcaGoPromoter (121)
pcaMethods (1192)
PCAN (7)
pcot2 (174)
PCpheno (132)
pdInfoBuilder (242)
pdmclass (137)
PECA (116)
pepDat (0)
pepStat (99)
pepXMLTab (116)
PGA (54)
PGSEA (266)
pgUtils (10)
phenoDist (112)
phenoTest (155)
PhenStat (107)
phyloseq (868)
piano (272)
pickgene (126)
PICS (210)
Pigengene (1)
PING (126)
pint (122)
pkgDepTools (153)
pkgdeptools (0)
plateCore (124)
plethy (111)
plgem (150)
plier (325)
PLPE (137)
plrs (112)
plw (123)
plyr (0)
pmm (91)
podkat (104)
polyester (141)
Polyfit (100)
ppiStats (145)
pqsfinder (7)
prada (310)
prebs (120)
prebsdata (0)
PREDA (120)
predictionet (62)
preprocessCore (5620)
Prize (51)
proBAMr (116)
PROcess (219)
procoil (130)
ProCoNA (123)
profileScoreDist (11)
pRoloc (211)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (125)
PROMISE (119)
PROPER (110)
Prostar (55)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (129)
proteinProfiles (115)
proteomics (10)
ProteomicsAnnotationHubData (45)
proteoQC (117)
ProtGenerics (768)
PSEA (102)
PSICQUIC (145)
psygenet2r (8)
PtH2O2lipids (1)
puma (205)
PureCN (7)
pvac (127)
pvca (148)
Pviz (121)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (203)
pwOmics (91)
pxr (0)

Q

qcmetrics (122)
QDNAseq (170)
qpcrNorm (135)
qpgraph (241)
qrqc (229)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (127)
quantro (125)
quantsmooth (388)
QuartPAC (101)
QuasR (389)
QuaternaryProd (8)
QUBIC (7)
QUBICdata (1)
qusage (159)
qvalue (2678)

R

R3CPET (96)
r3Cseq (185)
R453Plus1Toolbox (129)
R4RNA (11)
rain (136)
rama (135)
ramigo (0)
RamiGO (188)
randPack (117)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (435)
RareVariantVis (54)
Rariant (108)
RbcBook1 (128)
rbcbook1 (0)
RBGL (3775)
RBioinf (127)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (164)
RBM (93)
Rbowtie (329)
rbsurv (129)
Rcade (121)
RCASPAR (129)
rcellminer (117)
rcellminerData (0)
rCGH (58)
Rchemcpp (140)
RchyOptimyx (129)
RColorBrewer (0)
Rcpi (140)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (52)
RCyjs (80)
RCytoscape (374)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (388)
Rdbi (11)
RdbiPgSQL (5)
rdisop (0)
Rdisop (188)
RDRToolbox (208)
ReactomePA (377)
ReadqPCR (204)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (126)
recoup (7)
RedeR (248)
REDseq (170)
RefNet (114)
RefNet.db (0)
RefPlus (128)
regioneR (350)
regionReport (116)
Repitools (294)
ReportingTools (580)
reposTools (4)
ReQON (116)
Resourcerer (24)
rfcdmin (2)
rflowcyt (10)
rfPred (107)
rGADEM (380)
RGalaxy (124)
RGraph2js (10)
Rgraphviz (3776)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (100)
RGSEA (123)
rgsepd (92)
rhdf5 (2406)
Rhtslib (168)
rHVDM (121)
RiboProfiling (57)
riboSeq (0)
riboSeqR (120)
RImmPort (10)
Ringo (331)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (157)
Risa (121)
RLMM (122)
RMAGEML (4)
Rmagpie (121)
RMAPPER (20)
RMassBank (134)
rMAT (98)
rmat (0)
RmiR (148)
rmir (0)
RNAinteract (121)
RNAither (133)
RNAprobR (98)
rnaseqcomp (58)
rnaseqGene (129)
rnaSeqMap (128)
RNASeqPower (182)
RnaSeqSampleSize (110)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (262)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (104)
roar (103)
ROC (615)
Roleswitch (117)
RoleswitchData (0)
Rolexa (125)
rols (196)
ROntoTools (139)
ropls (110)
ROTS (10)
RPA (132)
RpsiXML (155)
rpx (212)
Rqc (132)
rqubic (134)
rRDP (103)
rRDPData (0)
Rredland (3)
RRHO (120)
Rsamtools (7373)
rsbml (168)
rSFFreader (63)
RSNPper (7)
RSQLite (0)
Rsubread (632)
RSVSim (131)
rTANDEM (190)
RTCA (129)
RTCGA (102)
RTCGAToolbox (105)
RTN (147)
RTools4TB (11)
RTopper (117)
rtracklayer (7758)
Rtreemix (124)
rTRM (119)
rTRMui (106)
Ruuid (14)
RUVcorr (100)
RUVnormalize (118)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (285)
RWebServices (40)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (15870)
safe (245)
SAGElyzer (5)
sagenhaft (122)
sagx (0)
SAGx (217)
SamSPECTRAL (141)
sangerseqR (225)
SANTA (125)
sapFinder (116)
saps (97)
savR (144)
sbgr (59)
SBMLR (138)
SC3 (14)
scales (0)
SCAN.UPC (183)
scater (21)
scde (29)
ScISI (146)
SCLCBam (0)
scran (17)
scRNAseq (1)
scsR (99)
SeattleIntro2010 (1)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (189)
SELEX (91)
SemDist (92)
SemSim (7)
sendmailR (0)
SEPA (51)
seq2pathway (118)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (140)
seqbias (137)
seqCNA (116)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (259)
seqLogo (796)
Seqnames (0)
seqPattern (143)
seqplots (159)
seqTools (123)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (2)
sequencing (39)
SeqVarTools (123)
sevenbridges (9)
SGSeq (126)
shinyMethyl (144)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (124)
ShortRead (2100)
SICtools (28)
sidap (0)
sigaR (125)
SigCheck (111)
SigFuge (108)
siggenes (1538)
sigPathway (223)
sigsquared (91)
SIM (131)
SIMAT (90)
SimBindProfiles (105)
similaRpeak (92)
simpleaffy (925)
simulatorAPMS (12)
simulatorZ (102)
sincell (121)
SISPA (51)
sizepower (167)
SJava (42)
skewr (91)
SLGI (129)
SLqPCR (140)
SMAP (120)
SMITE (10)
SNAData (3)
SNAGEE (114)
snapCGH (165)
snm (189)
snpAssoc (0)
SNPchip (305)
SNPhood (55)
SNPhoodData (1)
snpMatrix (24)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (418)
snpStats (868)
SNPtools (0)
soGGi (99)
SomatiCA (123)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (228)
SpacePAC (123)
spade (204)
spbtest (1)
SPEC (1)
specL (114)
SpeCond (171)
SPEM (105)
SPIA (386)
SpidermiR (8)
spikeLI (117)
spkTools (120)
splicegear (125)
spliceR (164)
spliceSites (124)
SplicingGraphs (173)
splineTCDiffExpr (9)
splineTimeR (7)
splots (256)
spotSegmentation (131)
SQUADD (115)
SRAdb (602)
sRAP (128)
sscore (123)
sscu (9)
sSeq (119)
ssize (172)
ssizeRNA (1)
SSPA (169)
ssviz (111)
stam (4)
STAN (113)
staRank (110)
Starr (130)
STATegRa (118)
stemHypoxia (0)
stepNorm (125)
stepwiseCM (116)
Streamer (119)
STRINGdb (231)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (53)
SummarizedExperiment (4910)
supraHex (253)
survcomp (420)
Sushi (198)
sva (1400)
SVM2CRM (95)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (59)
SwathXtend (9)
SwimR (103)
switchBox (106)
synapter (167)
synlet (50)
systemPipeR (528)
systemPipeRdata (1)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (114)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (132)
TarSeqQC (48)
TCC (247)
TCGAbiolinks (206)
TDARACNE (129)
TEQC (147)
ternarynet (108)
tetradR (1)
TFBSTools (216)
tiger (0)
tigre (127)
tilingArray (187)
timecourse (169)
TimerQuant (1)
TIN (93)
TitanCNA (124)
tkWidgets (698)
tofsims (11)
ToPASeq (128)
topGO (1418)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (119)
tracktables (108)
trackViewer (148)
transcriptR (10)
tRanslatome (120)
TransView (116)
traseR (53)
Travis (1)
triform (114)
trigger (119)
trio (166)
triplex (113)
TRONCO (99)
TSCAN (106)
tspair (137)
TSSi (121)
TurboNorm (117)
tweeDEseq (146)
twilight (245)
tximport (51)
tximportData (1)
TypeInfo (126)

U

UNDO (107)
unifiedWMWqPCR (104)
UniProt.ws (228)
Uniquorn (8)
useR2012 (0)

V

VanillaICE (187)
variancePartition (59)
VariantAnnotation (3814)
VariantFiltering (159)
variants (16)
VariantTools (116)
vbmp (165)
Vega (117)
VegaMC (112)
viper (123)
virtualArray (35)
vsn (1716)
vtpnet (103)

W

wateRmelon (384)
wavClusteR (109)
waveTiling (110)
weaver (146)
webbioc (129)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (3)
widgetTools (718)

X

XBSeq (56)
xcms (747)
XDE (120)
xmapbridge (113)
xmapcore (6)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (161)
xtable (0)
XVector (10039)

Y

y2hStat (2)
yaqcaffy (164)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (11933)