Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-12-17 07:43:27 -0800 (Wed, 17 Dec 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (145906)
2BiocGenerics (111005)
3Biobase (102353)
4IRanges (102156)
5AnnotationDbi (90243)
6zlibbioc (68397)
7limma (64625)
8Biostrings (59884)
9GenomicRanges (57988)
10annotate (53347)
11XVector (52617)
12GenomeInfoDb (52527)
13genefilter (47062)
14Rsamtools (46585)
15biomaRt (44314)
16rtracklayer (42513)
17graph (41901)
18affy (39767)
19GenomicFeatures (39550)
20preprocessCore (38921)
21BSgenome (37358)
22affyio (35090)
23geneplotter (30815)
24edgeR (29818)
25multtest (27990)
26GenomicAlignments (27153)
27BiocParallel (26996)
28RBGL (25867)
29GEOquery (23666)
30DESeq (23664)
31Rgraphviz (23146)
32impute (22427)
33DESeq2 (21727)
34biovizBase (21199)
35VariantAnnotation (19815)
36S4Vectors (19258)
37gcrma (17481)
38ShortRead (16826)
39qvalue (15839)
40Gviz (15450)
41rhdf5 (15328)
42vsn (15142)
43GSEABase (14803)
44AnnotationForge (14221)
45cummeRbund (13856)
46Category (13628)
47affyPLM (13513)
48GOstats (12696)
49mzR (12627)
50flowCore (12415)
51siggenes (12179)
52xcms (12058)
53ggbio (11794)
54simpleaffy (11544)
55marray (10783)
56illuminaio (10770)
57DNAcopy (10750)
58oligoClasses (10611)
59affxparser (10579)
60oligo (9995)
61minfi (9648)
62annaffy (9456)
63lumi (9037)
64topGO (8898)
65bumphunter (8506)
66methylumi (8422)
67EBImage (8340)
68DynDoc (8079)
69sva (7814)
70KEGGREST (7540)
71DEXSeq (7518)
72KEGGgraph (6996)
73pcaMethods (6956)
74beadarray (6811)
75widgetTools (6784)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201420167401677
All months2818188694075

A

a4 (2391)
a4Base (2544)
a4Classif (2379)
a4Core (2536)
a4Preproc (2550)
a4Reporting (2366)
ABarray (2278)
ABSSeq (1375)
acepack (1)
aCGH (3081)
ACME (2260)
ADaCGH2 (2151)
adSplit (2119)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10579)
affy (39767)
affycomp (3192)
AffyCompatible (2420)
affyContam (2193)
affycoretools (5617)
affydata (2)
AffyExpress (2388)
affyILM (2100)
affyio (35090)
affylmGUI (3326)
affyPara (2111)
affypdnn (2516)
affyPLM (13513)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6178)
AffyRNADegradation (2104)
AffyTiling (2241)
AGDEX (2031)
Agi4x44PreProcess (1243)
agilp (2434)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2614)
AIMS (11)
ALDEx2 (314)
AllelicImbalance (1825)
alsace (1282)
altcdfenvs (2186)
ampliQueso (1734)
annaffy (9456)
AnnBuilder (36)
annmap (1004)
annotate (53347)
annotation (249)
AnnotationDbi (90243)
AnnotationForge (14221)
AnnotationFuncs (2212)
AnnotationHub (3227)
annotationTools (2826)
anota (2162)
antiProfiles (1954)
apcluster (1)
apComplex (2256)
aroma.light (5324)
ArrayExpress (4689)
ArrayExpressHTS (1256)
arrayMagic (16)
arrayMvout (2051)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2752)
arrayQualityMetrics (5372)
arrays (419)
ArrayTools (2503)
ArrayTV (1832)
ARRmNormalization (1814)
ASEB (1924)
ASGSCA (292)
asmn (1325)
ASSET (1715)
ASSIGN (1262)
AtlasRDF (1323)
attract (2014)

B

BAC (1958)
BADER (1902)
BAGS (1693)
ballgown (445)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1864)
Basic4Cseq (1423)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3012)
baySeq (4479)
BBmisc (1)
bcellViper (3)
BCRANK (2277)
beadarray (6811)
beadarraySNP (2207)
BeadDataPackR (6172)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1269)
betr (2124)
bgafun (2046)
BGmix (1114)
bgx (2008)
BHC (2452)
BicARE (2049)
BiGGR (1783)
bigmemoryExtras (1177)
bioassayR (2058)
Biobase (102353)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2053)
BiocCheck (1746)
biocDatasets (37)
BiocGenerics (111005)
biocGraph (2190)
BiocInstaller (145906)
biocinstaller (3)
BiocParallel (26996)
BiocStyle (4324)
biocViews (2973)
bioDist (4590)
biomaRt (44314)
BioMVCClass (2227)
biomvRCNS (1766)
BioNet (3332)
BioSeqClass (2072)
Biostrings (59884)
biosvd (1297)
biovizbase (1)
biovizBase (21199)
BiRewire (1751)
birta (1936)
BiSeq (2312)
bitops (1)
BitSeq (2487)
blima (377)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2234)
BrainStars (1946)
brew (1)
bridge (1985)
BridgeDbR (286)
BSgenome (37358)
bsseq (2621)
BufferedMatrix (2001)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1944)
bumphunter (8506)
BUS (1856)

C

CAFE (1258)
CAGEr (2011)
CALIB (1867)
CAMERA (3424)
cancerclass (1847)
CancerMutationAnalysis (1929)
casper (1825)
Category (13628)
categoryCompare (1867)
ccrepe (1254)
cellGrowth (1837)
cellhts (1)
cellHTS (1940)
cellHTS2 (2915)
CellNOptR (2247)
CexoR (1664)
CFAssay (277)
CGEN (2000)
CGHbase (2518)
CGHcall (2388)
cghcall (1)
cghMCR (1969)
CGHnormaliter (1859)
CGHregions (1930)
ChAMP (2907)
charm (2145)
checkmate (1)
ChemmineOB (2359)
ChemmineR (3567)
chemminer (3)
chimera (2763)
chipenrich (1636)
ChIPpeakAnno (5698)
ChIPQC (1444)
ChIPseeker (1729)
chipseq (4005)
ChIPseqR (2053)
ChIPsim (2014)
ChIPXpress (993)
chopsticks (2113)
chroGPS (1785)
ChromHeatMap (1955)
ChromoViz (1)
cisPath (1764)
ClassifyR (295)
cleanUpdTSeq (1552)
cleaver (1960)
clippda (1790)
clipper (1945)
Clomial (1179)
Clonality (1812)
clonotypeR (1552)
clst (1770)
clstutils (1720)
clusterProfiler (3477)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2064)
CMA (2531)
cn.farms (1799)
cn.mops (3127)
cnanorm (1)
CNAnorm (1908)
CNEr (1420)
CNORdt (1736)
CNORfeeder (1668)
CNORfuzzy (1751)
CNORode (1773)
CNTools (2174)
cnvGSA (1768)
CNVrd2 (1599)
CNVtools (1988)
cnvtools (1)
cobindR (1562)
CoCiteStats (1935)
codelink (1886)
CoGAPS (663)
coGPS (1690)
COHCAP (1361)
colorspace (1)
COMPASS (1206)
compcodeR (1378)
compEpiTools (306)
CompGO (1216)
ConsensusClusterPlus (3062)
convert (3085)
copa (1989)
COPDSexualDimorphism (1141)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2018)
CopyNumber450k (1206)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (269)
Cormotif (1707)
CorMut (1758)
coRNAi (1751)
CORREP (1824)
cosmiq (324)
cosmo (156)
cosmoGUI (187)
COSNet (262)
CoverageView (759)
cpvSNP (1)
cqn (2486)
CRImage (2038)
CRISPRseek (1407)
crlmm (3407)
CSAR (2214)
csaw (303)
CSSP (1560)
ctc (4395)
cummeRbund (13856)
cummerbund (1)
customProDB (1690)
cycle (1922)

D

dagLogo (1529)
dama (2)
daMA (1734)
DART (1730)
DASiR (1795)
DAVIDQuery (2392)
DBChIP (1925)
DBI (1)
ddCt (2281)
ddgraph (1810)
DECIPHER (2027)
DeconRNASeq (1768)
DEDS (1816)
deepSNV (1947)
DEGraph (2050)
DEGreport (321)
DEGseq (3790)
degseq (1)
deltaGseg (1593)
derfinder (337)
derfinderData (4)
derfinderHelper (334)
derfinderPlot (292)
DESeq (23664)
DESeq2 (21727)
DEXSeq (7518)
dexus (1735)
DFP (1730)
dichromat (1)
DiffBind (3926)
diffGeneAnalysis (1934)
digest (1)
DirichletMultinomial (2125)
dks (1687)
DMRcate (1324)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1179)
DNAcopy (10750)
DNaseR (1641)
domainsignatures (1896)
DOQTL (368)
DOSE (3830)
DriverNet (1717)
DrugVsDisease (1749)
DSS (2099)
DTA (1707)
dualKS (1409)
DupChecker (308)
dyebias (1760)
DynDoc (8079)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1890)
easyRNASeq (4513)
EBarrays (2488)
EBcoexpress (1841)
EBImage (8340)
EBSeq (3425)
EBSeqHMM (270)
ecolitk (1839)
EDASeq (3169)
edd (49)
EDDA (1249)
edger (1)
edgeR (29818)
eiR (1012)
eisa (2189)
ELBOW (1175)
EnrichmentBrowser (284)
ensemblVEP (2424)
ENVISIONQuery (1773)
epigenomix (1709)
epivizr (1813)
eQTL (32)
erccdashboard (304)
ExiMiR (1841)
exomeCopy (2384)
exomePeak (1662)
exonfindR (255)
exonmap (111)
explorase (1382)
ExpressionView (1799)
expressionview (1)
externalVector (294)

F

fabia (2327)
facopy (257)
facopy.annot (5)
factDesign (2036)
fail (1)
farms (1961)
fastLiquidAssociation (1056)
fastseg (1797)
fbat (34)
fdrame (1855)
FEM (271)
ffpe (1731)
FGNet (1776)
flagme (1857)
flipflop (1556)
flowBeads (1534)
flowBin (1192)
flowcatchR (271)
flowCHIC (273)
flowCL (1164)
flowClean (323)
flowClust (2919)
flowCore (12415)
flowCyBar (1157)
flowDensity (361)
flowFit (1545)
flowFlowJo (1915)
flowFP (2024)
flowMap (1580)
flowMatch (1192)
flowMeans (2274)
flowMerge (2107)
flowPeaks (1865)
flowPhyto (1720)
flowPlots (1832)
flowq (1)
flowQ (1455)
flowQB (1677)
FlowSOM (4)
flowStats (4008)
flowTrans (1929)
flowType (1979)
flowUtils (2162)
flowViz (5771)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5017)
fmcsR (2318)
focalCall (259)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (289)
FRGEpistasis (1134)
frma (2751)
frmaTools (1967)
FunciSNP (1932)

G

gaga (1945)
gage (4646)
gaggle (1760)
gaia (1721)
gaucho (1150)
gCMAP (1810)
gCMAPWeb (1636)
gcrma (17481)
geecc (256)
genArise (1742)
GENE.E (1991)
gene2pathway (221)
GeneAnswers (3895)
GeneExpressionSignature (1828)
genefilter (47062)
genefu (2335)
GeneGA (1074)
GeneGroupAnalysis (260)
GeneMeta (2295)
GeneNetworkBuilder (1802)
GeneOverlap (1256)
geneplotter (30815)
GeneR (69)
geneRecommender (2028)
GeneRegionScan (1736)
generegulation (89)
GeneRfold (33)
geneRxCluster (1178)
GeneSelectMMD (1772)
GeneSelector (2091)
GeneSpring (30)
geNetClassifier (1697)
GeneticsBase (28)
GeneticsDesign (1840)
GeneticsPed (2025)
GeneTraffic (66)
GeneTS (4)
genoCN (1770)
genomation (13)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3836)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (52527)
genomeIntervals (4621)
genomes (2016)
GenomicAlignments (27153)
GenomicFeatures (39550)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1375)
GenomicInteractions (267)
GenomicRanges (57988)
GenomicTuples (294)
Genominator (2251)
genoset (2658)
GenoView (262)
GEOmetadb (2871)
GEOquery (23666)
geoquery (1)
GEOsubmission (1765)
GEWIST (1664)
gff3Plotter (4)
GGBase (3331)
ggbio (11794)
GGtools (2540)
girafe (2058)
GLAD (2618)
GlobalAncova (2222)
globaltest (4303)
gmapR (1111)
GOexpress (316)
gofunction (1)
GOFunction (2068)
goProfiles (2347)
goprofiles (2)
GOSemSim (4744)
gosemsim (1)
goseq (4959)
GOSim (2146)
gostats (1)
GOstats (12696)
GOsummaries (346)
GOTHiC (1197)
goTools (2473)
gpls (2603)
gprege (1662)
gQTLBase (2)
gQTLstats (2)
graph (41901)
GraphAlignment (1786)
GraphAT (1768)
graphite (3118)
GraphPAC (1605)
GRENITS (1861)
groHMM (276)
GSAR (346)
GSBenchMark (4)
GSCA (1159)
gseabase (1)
GSEABase (14803)
GSEAlm (2357)
GSReg (273)
GSRI (1772)
GSVA (2608)
Gviz (15450)
gwascat (2071)
GWASTools (3168)

H

h5vc (1746)
hapFabia (1710)
Harshlight (1796)
HCsnip (1611)
HDTD (316)
Heatplus (6612)
HELP (1755)
HEM (1717)
hexbin (191)
hiAnnotator (334)
highthroughputassays (22)
HilbertVis (2999)
HilbertVisGUI (1547)
hiReadsProcessor (263)
HiTC (1862)
Hmisc (1)
HMMcopy (1934)
hopach (3120)
hpar (1885)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2893)
HTSanalyzeR (2221)
HTSeqGenie (439)
htseqtools (2)
htSeqTools (2042)
HTSFilter (1912)
HybridMTest (1668)
hyperdraw (1980)
hypergraph (2529)

I

iASeq (1904)
iBBiG (1716)
ibh (1646)
iBMQ (1591)
Icens (3390)
iChip (1721)
iClusterPlus (4467)
IdeoViz (263)
idiogram (1805)
IdMappingAnalysis (1650)
IdMappingRetrieval (1677)
iFlow (237)
illuminaio (10770)
imageHTS (1872)
IMPCdata (244)
impute (22427)
INPower (1109)
inSilicoDb (2494)
inSilicoMerging (2371)
intansv (1623)
interactiveDisplay (2764)
interactiveDisplayBase (803)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (16)
inveRsion (1661)
inversion (1)
iontree (1669)
iPAC (1732)
IPPD (1880)
IRanges (102156)
iranges (1)
iSeq (1740)
isobar (2107)
IsoGeneGUI (1750)
iSPlot (2)
ITALICS (1716)
iterativeBMA (1726)
iterativeBMAsurv (1735)
iterators (1)

J

jmosaics (1608)
joda (1687)

K

KCsmart (1740)
kebabs (304)
KEGGgraph (6996)
keggorth (19)
keggorthology (2013)
KEGGprofile (2202)
KEGGREST (7540)
KEGGSOAP (511)

L

labeling (1)
lapmix (1847)
latticeExtra (1)
LBE (2017)
les (1770)
limma (64625)
limmaGUI (3052)
LiquidAssociation (1747)
liquidassociation (1)
lmdme (1693)
LMGene (2011)
logicFS (2328)
logitt (1)
logitT (1775)
lol (1715)
LPE (2152)
LPEadj (1711)
lpNet (1658)
lumi (9037)
LVSmiRNA (1838)

M

M3D (279)
maanova (2504)
macat (1747)
maCorrPlot (1696)
maDB (447)
madb (1)
made4 (4254)
maigesPack (1735)
MAIT (298)
makecdfenv (3423)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1729)
manta (1707)
MantelCorr (1732)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1498)
marray (10783)
maSigPro (2709)
maskBAD (1635)
MassArray (1828)
massiR (1141)
MassSpecWavelet (3223)
matchBox (1670)
matchprobes (110)
MBAmethyl (247)
MBASED (281)
MBCB (1755)
mBPCR (1704)
mcaGUI (1738)
MCRestimate (1928)
mdgsa (5)
mdqc (1944)
MeasurementError.cor (1646)
MEDIPS (2523)
MEDME (1751)
MEIGOR (267)
MergeMaid (2418)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1319)
meshr (1183)
messina (1128)
metaArray (2363)
Metab (274)
metabomxtr (259)
metagene (271)
metagenomeSeq (2577)
metahdep (1673)
metaMS (1246)
metaMSdata (3)
metaSeq (1546)
metaseqR (1203)
methVisual (1818)
methyAnalysis (2452)
MethylAid (336)
MethylMix (257)
methylMnM (1552)
methylPipe (366)
MethylSeekR (1807)
methylumi (8422)
Mfuzz (3728)
mfuzz (1)
MGFM (255)
mgsa (1893)
MiChip (1673)
microRNA (2499)
MIMOSA (1160)
MineICA (1621)
minet (4167)
minfi (9648)
MinimumDistance (1674)
MiPP (1724)
MiRaGE (1695)
miRNApath (2000)
miRNAtap (276)
Mirsynergy (1174)
missMethyl (326)
mitoODE (1419)
MLInterfaces (3119)
MLP (1770)
MLSeq (1257)
MMDiff (1696)
mmnet (1244)
MmPalateMiRNA (1776)
monocle (503)
MoPS (291)
mosaics (2090)
MotifDb (3033)
motifRG (1806)
motifStack (2822)
MotIV (3097)
MPFE (239)
mQTL.NMR (270)
MSGFgui (286)
MSGFplus (287)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1529)
msmsTests (1487)
MSnbase (3588)
MSnID (285)
msQC (55)
MSstats (1935)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1785)
MultiMed (258)
multiscan (1674)
multtest (27990)
munsell (1)
MVCClass (1841)
mvGST (260)
mygene (328)
mzID (2313)
mzR (12627)

N

NarrowPeaks (1731)
ncdfFlow (4368)
NCIgraph (2115)
neaGUI (1601)
nem (1824)
netbiov (291)
nethet (3)
NetPathMiner (1196)
netresponse (1709)
NetSAM (1591)
networkBMA (1670)
NGScopy (249)
NGScopyData (4)
nnNorm (1698)
NOISeq (3396)
nondetects (1154)
NormqPCR (2131)
npGSEA (1185)
NTW (1671)
nucleR (1811)
nucler (1)
nudge (1656)
NuPoP (1723)

O

occugene (1758)
OCplus (1910)
oligo (9995)
oligoClasses (10611)
oligoclasses (1)
OLIN (1812)
OLINgui (1681)
omicade4 (1692)
OmicCircos (2162)
OncoSimulR (194)
oneChannelGUI (2519)
ontoCAT (1879)
ontoTools (45)
openCyto (1775)
oposSOM (332)
OrderedList (2639)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (4593)
OSAT (1644)
OTUbase (1846)
OutlierD (1819)

P

PAA (262)
PADOG (1676)
paircompviz (1504)
pairseqsim (6)
pamr (49)
PAnnBuilder (1843)
panp (1910)
PANR (1650)
PAPi (1645)
parody (2202)
pathifier (1526)
PathNet (1629)
pathRender (1854)
pathview (5586)
PatientGeneSets (65)
paxtoolsr (295)
Pbase (282)
pcaGoPromoter (2033)
pcaMethods (6956)
pcot2 (1697)
PCpheno (1690)
pdInfoBuilder (2570)
pdmclass (1762)
PECA (1240)
pepDat (4)
pepStat (254)
pepXMLTab (243)
PGSEA (2375)
pgUtils (567)
phenoDist (1599)
phenoTest (1845)
PhenStat (1181)
phyloseq (5160)
piano (2647)
pickgene (1693)
PICS (2411)
PING (1778)
pint (1743)
pkgDepTools (2008)
plateCore (1746)
plethy (1504)
plgem (1718)
plier (3061)
PLPE (1810)
plrs (1580)
plw (1674)
plyr (1)
polyester (293)
Polyfit (277)
ppiStats (1809)
prada (3530)
prebs (1613)
PREDA (1710)
predictionet (996)
preprocessCore (38921)
proBAMr (197)
PROcess (2299)
procoil (1636)
ProCoNA (1516)
pRoloc (1729)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (308)
PROMISE (1704)
PROPER (1)
prot2D (1568)
proteinProfiles (1506)
proteoQC (293)
PSEA (250)
PSICQUIC (1730)
puma (2028)
pvac (1722)
pvca (1805)
Pviz (297)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2074)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1413)
QDNAseq (1298)
qpcrNorm (1822)
qpgraph (2814)
qrqc (2077)
QUALIFIER (1557)
quantro (274)
quantsmooth (3618)
QuartPAC (1)
QuasR (4024)
qusage (1515)
qvalue (15839)

R

r3Cseq (1781)
R453Plus1Toolbox (1782)
rain (264)
rama (1888)
RamiGO (2275)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1646)
RankProd (4244)
Rariant (1140)
RbcBook1 (1843)
RBGL (25867)
rbioinf (1)
RBioinf (1870)
rBiopaxParser (1838)
Rbowtie (3964)
rbsurv (1813)
Rcade (1638)
RCASPAR (1668)
Rchemcpp (1526)
RchyOptimyx (1799)
RColorBrewer (1)
Rcpi (1850)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4077)
RDAVIDWebService (2394)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (28)
Rdisop (2144)
RDRToolbox (2203)
ReactomePA (2683)
ReadqPCR (2192)
reb (1685)
RedeR (2311)
REDseq (1893)
RefNet (1134)
RefNet.db (3)
RefPlus (1738)
regionReport (260)
Repitools (3058)
ReportingTools (5694)
ReQON (1695)
Resourcerer (1505)
rflowcyt (34)
rfPred (1483)
rGADEM (3459)
RGalaxy (1784)
Rgraphviz (23146)
RGSEA (316)
rgsepd (3)
rhdf5 (15328)
rHVDM (1653)
riboSeq (48)
riboSeqR (259)
ringo (1)
Ringo (3504)
Rintact (23)
RIPSeeker (1823)
Risa (1726)
RLMM (1674)
RMAGEML (10)
rmagpie (1)
Rmagpie (1701)
RMAPPER (1454)
RMassBank (1781)
rMAT (1087)
RmiR (2020)
RNAinteract (1707)
RNAither (1786)
rnaither (1)
rnaseqGene (55)
rnaSeqMap (1857)
RNASeqPower (1874)
RnaSeqSampleSizeData (4)
Rnits (257)
roar (1188)
ROC (5322)
Roleswitch (1507)
Rolexa (1795)
rols (1956)
ROntoTools (1713)
RPA (1927)
RpsiXML (1973)
rpx (1369)
Rqc (278)
rqubic (1706)
rRDP (253)
rRDPData (5)
Rredland (6)
RRHO (1622)
rsamtools (3)
Rsamtools (46585)
rsbml (2222)
rSFFreader (990)
RSNPper (14)
RSQLite (1)
Rsubread (3454)
RSVSim (1655)
rTANDEM (2043)
RTCA (1760)
RTN (1682)
RTools4TB (26)
RTopper (1710)
rtracklayer (42513)
Rtreemix (1717)
rTRM (1578)
rTRMui (1494)
Ruuid (63)
RUVnormalize (278)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (660)
RWebServices (370)

S

S4Vectors (19258)
safe (2030)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1720)
SAGx (2108)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1824)
sangerseqR (1396)
SANTA (1556)
sapFinder (1174)
saps (4)
savR (1082)
SBMLR (1798)
scales (1)
SCAN.UPC (2085)
ScISI (1858)
scsR (1090)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
segmentSeq (1804)
SemDist (257)
SemSim (18)
sendmailR (1)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1751)
seqbias (1868)
seqCNA (1541)
SeqGSEA (2401)
seqLogo (6279)
Seqnames (31)
seqplots (314)
seqTools (274)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (29)
SeqVarTools (1547)
SGSeq (259)
shinyMethyl (370)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1537)
ShortRead (16826)
sigaR (1729)
SigCheck (259)
SigFuge (1525)
siggenes (12179)
sigPathway (2281)
SIM (1741)
SimBindProfiles (1432)
simpleaffy (11544)
simulatorAPMS (46)
simulatorZ (251)
sizepower (2080)
SJava (456)
SLGI (1720)
slgi (1)
SLqPCR (2068)
SMAP (1685)
SNAGEE (1519)
snapCGH (2242)
snm (1956)
SNPchip (3377)
snpMatrix (265)
SNPRelate (521)
snpStats (5854)
SomatiCA (1641)
SomaticSignatures (1426)
SpacePAC (1466)
spade (2346)
specL (264)
SpeCond (1724)
SPEM (1516)
SPIA (3175)
spikeLI (1632)
spkTools (1621)
splicegear (1702)
spliceR (2114)
spliceSites (1478)
SplicingGraphs (1683)
splots (2915)
spotSegmentation (1835)
SQUADD (1585)
SRAdb (3930)
sRAP (1715)
sscore (1638)
sSeq (1501)
ssize (2102)
SSPA (1861)
ssviz (309)
stam (10)
STAN (272)
staRank (1595)
Starr (1845)
STATegRa (263)
stepNorm (1656)
stepwiseCM (1625)
Streamer (1865)
STRINGdb (1868)
stringr (1)
StudentGWAS (4)
supraHex (1688)
survcomp (3789)
Sushi (1455)
sva (7814)
SwimR (1396)
switchBox (258)
synapter (1868)
systemPipeR (398)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1527)
TargetSearch (1790)
TCC (2096)
TDARACNE (1815)
TEQC (1863)
ternarynet (1599)
tfbstools (1)
TFBSTools (2023)
tigre (1796)
tilingArray (2470)
timecourse (2185)
TitanCNA (1209)
tkWidgets (6763)
ToPASeq (270)
topGO (8898)
tracktables (257)
trackViewer (1289)
tRanslatome (1629)
TransView (1687)
triform (1583)
trigger (1689)
trio (1716)
triplex (1614)
TSCAN (249)
tspair (1837)
TSSi (1706)
TurboNorm (1727)
tweeDEseq (1998)
twilight (2753)
typeinfo (1)
TypeInfo (1701)

U

UNDO (1125)
unifiedWMWqPCR (1132)
UniProt.ws (2177)

V

VanillaICE (2012)
VariantAnnotation (19815)
VariantFiltering (1365)
variants (153)
VariantTools (1008)
vbmp (2130)
Vega (1676)
VegaMC (1691)
viper (1163)
virtualArray (2090)
vsn (15142)
vtpnet (1501)

W

wateRmelon (3374)
wavClusteR (339)
waveTiling (1611)
weaver (2200)
webbioc (1778)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6784)

X

xcms (12058)
XDE (1709)
xmapbridge (1660)
xmapcore (212)
XML (1)
xps (2552)
XVector (52617)

Y

yaqcaffy (2007)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (68397)