Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-11-19 10:36:33 -0800 (Wed, 19 Nov 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (140521)
2BiocGenerics (106567)
3Biobase (99729)
4IRanges (99645)
5AnnotationDbi (87293)
6zlibbioc (65433)
7limma (64251)
8Biostrings (58241)
9GenomicRanges (56405)
10annotate (52011)
11XVector (50235)
12genefilter (45974)
13GenomeInfoDb (45680)
14Rsamtools (45290)
15biomaRt (43120)
16rtracklayer (40999)
17graph (40497)
18affy (39151)
19GenomicFeatures (38528)
20preprocessCore (37977)
21BSgenome (36855)
22affyio (34450)
23geneplotter (29907)
24edgeR (29073)
25multtest (27507)
26RBGL (25006)
27GenomicAlignments (23932)
28BiocParallel (23649)
29DESeq (23398)
30GEOquery (23252)
31Rgraphviz (22672)
32impute (21949)
33biovizBase (20787)
34DESeq2 (20538)
35VariantAnnotation (18698)
36gcrma (17344)
37ShortRead (16549)
38flowCore (15828)
39qvalue (15691)
40mzR (15374)
41Gviz (15054)
42vsn (14887)
43xcms (14854)
44rhdf5 (14567)
45GSEABase (14343)
46AnnotationForge (14131)
47cummeRbund (13794)
48affyPLM (13328)
49Category (13219)
50GOstats (12422)
51S4Vectors (12169)
52siggenes (11990)
53simpleaffy (11596)
54ggbio (11579)
55marray (10693)
56affxparser (10518)
57oligoClasses (10496)
58DNAcopy (10401)
59illuminaio (10315)
60oligo (9872)
61minfi (9552)
62annaffy (9450)
63lumi (8928)
64topGO (8706)
65methylumi (8296)
66bumphunter (8213)
67EBImage (8206)
68DynDoc (8143)
69DEXSeq (7517)
70sva (7473)
71KEGGREST (7165)
72KEGGgraph (6863)
73tkWidgets (6817)
74widgetTools (6795)
75pcaMethods (6732)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201421755519660
All months2796618802344

A

a4 (2394)
a4Base (2511)
a4Classif (2363)
a4Core (2512)
a4Preproc (2521)
a4Reporting (2340)
ABarray (2281)
ABSSeq (1236)
aCGH (3082)
ACME (2256)
ADaCGH2 (2149)
adSplit (2132)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10518)
affy (39151)
affycomp (3192)
AffyCompatible (2397)
affyContam (2179)
affycoretools (5476)
affydata (1)
AffyExpress (2383)
affyILM (2109)
affyio (34450)
affylmGUI (3348)
affyPara (2117)
affypdnn (2508)
affyPLM (13328)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6207)
AffyRNADegradation (2098)
AffyTiling (2258)
AGDEX (2028)
Agi4x44PreProcess (1386)
agilp (2417)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2605)
AIMS (6)
ALDEx2 (189)
AllelicImbalance (1811)
alsace (1168)
altcdfenvs (2185)
ampliQueso (1735)
annaffy (9450)
AnnBuilder (31)
annmap (1005)
annotate (52011)
annotation (260)
AnnotationDbi (87293)
AnnotationForge (14131)
AnnotationFuncs (2217)
AnnotationHub (3186)
annotationTools (2830)
anota (2147)
antiProfiles (1953)
apcluster (1)
apComplex (2246)
aroma.light (5293)
ArrayExpress (4673)
ArrayExpressHTS (1222)
arrayMagic (15)
arrayMvout (2047)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2739)
arrayQualityMetrics (5285)
arrays (432)
ArrayTools (2513)
ArrayTV (1798)
ARRmNormalization (1824)
ASEB (1915)
ASGSCA (176)
asmn (1203)
ASSET (1666)
ASSIGN (1145)
AtlasRDF (1198)
attract (2008)

B

BAC (1954)
BADER (1877)
BAGS (1673)
ballgown (308)
BaseSpaceR (1834)
Basic4Cseq (1299)
BayesPeak (2997)
baySeq (4427)
bcellViper (3)
BCRANK (2287)
beadarray (6726)
beadarraySNP (2209)
BeadDataPackR (6113)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (3)
BEAT (1158)
betr (2126)
bgafun (2047)
BGmix (1095)
bgx (2015)
BHC (2464)
BicARE (2030)
BiGGR (1763)
bigmemoryExtras (1155)
bioassayR (1969)
Biobase (99729)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2057)
BiocCheck (1599)
biocDatasets (35)
BiocGenerics (106567)
biocGraph (2187)
BiocInstaller (140521)
biocinstaller (3)
BiocParallel (23649)
BiocStyle (4045)
biocViews (2889)
bioDist (4627)
biomaRt (43120)
BioMVCClass (2228)
biomvRCNS (1728)
BioNet (3298)
BioSeqClass (2097)
Biostrings (58241)
biostrings (1)
biosvd (1177)
biovizbase (1)
biovizBase (20787)
BiRewire (1742)
birta (1944)
BiSeq (2300)
BitSeq (2510)
blima (264)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2210)
BrainStars (1953)
bridge (1991)
BridgeDbR (171)
BSgenome (36855)
bsseq (2547)
BufferedMatrix (1984)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1933)
bumphunter (8213)
BUS (1849)

C

CAFE (1140)
CAGEr (1966)
CALIB (1859)
CAMERA (3391)
cancerclass (1837)
CancerMutationAnalysis (1929)
casper (1802)
Category (13219)
categoryCompare (1860)
ccrepe (1154)
cellGrowth (1817)
cellhts (1)
cellHTS (1930)
cellHTS2 (2794)
CellNOptR (2219)
CexoR (1636)
CFAssay (168)
CGEN (1947)
CGHbase (2485)
CGHcall (2352)
cghcall (1)
cghMCR (1952)
CGHnormaliter (1837)
CGHregions (1910)
ChAMP (2792)
charm (2130)
ChemmineOB (2304)
ChemmineR (3516)
chemminer (3)
chimera (2716)
chipenrich (1609)
ChIPpeakAnno (4947)
ChIPQC (1311)
ChIPseeker (1574)
chipseq (4012)
ChIPseqR (2046)
ChIPsim (2001)
ChIPXpress (970)
chopsticks (2128)
chroGPS (1773)
ChromHeatMap (1938)
ChromoViz (1)
cisPath (1751)
ClassifyR (187)
cleanUpdTSeq (1554)
cleaver (1913)
clippda (1785)
clipper (1928)
Clomial (1085)
Clonality (1811)
clonotypeR (1522)
clst (1758)
clstutils (1719)
clusterProfiler (3420)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2054)
CMA (2514)
cn.farms (1793)
cn.mops (3119)
cnanorm (1)
CNAnorm (1896)
CNEr (1271)
CNORdt (1716)
CNORfeeder (1651)
CNORfuzzy (1739)
CNORode (1777)
CNTools (2129)
cnvGSA (1750)
CNVrd2 (1582)
CNVtools (1998)
cnvtools (1)
cobindR (1550)
CoCiteStats (1929)
codelink (1887)
CoGAPS (591)
coGPS (1681)
COHCAP (1253)
COHCAPanno (3)
COMPASS (1103)
compcodeR (1254)
compEpiTools (203)
CompGO (1106)
ConsensusClusterPlus (2961)
convert (3072)
copa (1982)
COPDSexualDimorphism (1042)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1992)
CopyNumber450k (1100)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (170)
Cormotif (1695)
CorMut (1751)
coRNAi (1741)
CORREP (1805)
cosmiq (222)
cosmo (159)
cosmoGUI (197)
COSNet (161)
CoverageView (688)
cqn (2471)
CRImage (2050)
CRISPRseek (1293)
crlmm (3405)
CSAR (2205)
csaw (198)
CSSP (1544)
ctc (4407)
cummeRbund (13794)
cummerbund (1)
customProDB (1663)
cycle (1914)

D

dagLogo (1501)
dama (2)
daMA (1737)
DART (1732)
DASiR (1796)
DAVIDQuery (2379)
DBChIP (1907)
ddCt (2293)
ddgraph (1805)
DECIPHER (1987)
DeconRNASeq (1750)
DEDS (1814)
deepSNV (1935)
DEGraph (2035)
DEGreport (221)
DEGseq (3826)
degseq (1)
deltaGseg (1574)
derfinder (217)
derfinderData (4)
derfinderHelper (214)
derfinderPlot (189)
DESeq (23398)
DESeq2 (20538)
DEXSeq (7517)
dexus (1739)
DFP (1731)
DiffBind (3907)
diffGeneAnalysis (1944)
DirichletMultinomial (2060)
dks (1684)
DMRcate (1199)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1070)
DNAcopy (10401)
DNaseR (1619)
domainsignatures (1884)
DOQTL (255)
DOSE (3733)
DriverNet (1716)
DrugVsDisease (1735)
DSS (2059)
DTA (1710)
dualKS (1333)
DupChecker (212)
dyebias (1749)
DynDoc (8143)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1903)
easyRNASeq (4588)
EBarrays (2458)
EBcoexpress (1856)
EBImage (8206)
EBSeq (3391)
EBSeqHMM (161)
ecolitk (1841)
EDASeq (3078)
edd (55)
EDDA (1134)
edger (1)
edgeR (29073)
eiR (980)
eisa (2191)
ELBOW (1072)
EnrichmentBrowser (176)
ensemblVEP (2411)
ENVISIONQuery (1755)
epigenomix (1680)
epivizr (1761)
eQTL (30)
erccdashboard (181)
ExiMiR (1838)
exomeCopy (2387)
exomePeak (1618)
exonfindR (173)
exonmap (112)
explorase (1395)
ExpressionView (1798)
expressionview (1)
externalVector (313)

F

fabia (2283)
facopy (162)
facopy.annot (5)
factDesign (2027)
farms (1950)
fastLiquidAssociation (997)
fastseg (1790)
fbat (33)
fdrame (1837)
FEM (171)
ffpe (1715)
FGNet (1751)
flagme (1847)
flipflop (1527)
flowBeads (1515)
flowBin (1103)
flowcatchR (167)
flowCHIC (163)
flowCL (1071)
flowClean (224)
flowClust (2904)
flowCore (15828)
flowCyBar (1062)
flowDensity (256)
flowFit (1524)
flowFlowJo (1921)
flowFP (2026)
flowMap (1572)
flowMatch (1108)
flowMeans (2251)
flowMerge (2085)
flowPeaks (1841)
flowPhyto (1723)
flowPlots (1831)
flowq (1)
flowQ (1426)
flowQB (1668)
flowStats (3935)
flowTrans (1928)
flowType (1990)
flowUtils (2153)
flowViz (5780)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4933)
fmcsR (2310)
focalCall (162)
fOptions (1)
FourCSeq (177)
FRGEpistasis (1043)
frma (2793)
frmaTools (1982)
FunciSNP (1951)

G

gaga (1929)
gage (4525)
gaggle (1767)
gaia (1722)
gaucho (1050)
gCMAP (1802)
gCMAPWeb (1629)
gcrma (17344)
geecc (162)
genArise (1727)
GENE.E (1961)
gene2pathway (239)
GeneAnswers (3890)
GeneExpressionSignature (1824)
genefilter (45974)
genefu (2350)
GeneGA (1058)
GeneGroupAnalysis (279)
GeneMeta (2269)
GeneNetworkBuilder (1793)
GeneOverlap (1161)
geneplotter (29907)
GeneR (74)
geneRecommender (2012)
GeneRegionScan (1738)
generegulation (93)
GeneRfold (39)
geneRxCluster (1086)
GeneSelectMMD (1769)
GeneSelector (2094)
GeneSpring (31)
geNetClassifier (1678)
GeneticsBase (28)
GeneticsDesign (1836)
GeneticsPed (2013)
GeneTraffic (66)
GeneTS (4)
genoCN (1770)
genomation (4)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3832)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (45680)
genomeIntervals (4612)
genomes (2027)
GenomicAlignments (23932)
GenomicFeatures (38528)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1255)
GenomicInteractions (167)
GenomicRanges (56405)
GenomicTuples (184)
Genominator (2261)
genoset (2655)
GenoView (161)
GEOmetadb (2832)
GEOquery (23252)
geoquery (1)
GEOsubmission (1760)
GEWIST (1656)
gff3Plotter (4)
GGBase (3360)
ggbio (11579)
GGtools (2568)
girafe (2074)
GLAD (2602)
GlobalAncova (2204)
globaltest (4257)
gmapR (1114)
GOexpress (207)
gofunction (1)
GOFunction (2057)
goProfiles (2323)
goprofiles (2)
GOSemSim (4639)
gosemsim (1)
goseq (4851)
GOSim (2126)
gostats (1)
GOstats (12422)
GOsummaries (212)
GOTHiC (1124)
goTools (2443)
gpls (2589)
gprege (1654)
graph (40497)
GraphAlignment (1792)
GraphAT (1759)
graphite (3020)
GraphPAC (1592)
GRENITS (1863)
groHMM (175)
GSAR (240)
GSBenchMark (4)
GSCA (1060)
gseabase (1)
GSEABase (14343)
GSEAlm (2362)
GSReg (179)
GSRI (1775)
GSVA (2599)
Gviz (15054)
gwascat (2055)
GWASTools (3124)

H

h5vc (1714)
hapFabia (1702)
Harshlight (1798)
HCsnip (1594)
HDTD (218)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6511)
HELP (1757)
HEM (1720)
hexbin (201)
hiAnnotator (237)
highthroughputassays (28)
HilbertVis (3075)
HilbertVisGUI (1580)
hiReadsProcessor (163)
HiTC (1854)
HMMcopy (1923)
hopach (3049)
hpar (1848)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2871)
HTSanalyzeR (2210)
HTSeqGenie (446)
htseqtools (2)
htSeqTools (2044)
HTSFilter (1915)
HybridMTest (1672)
hyperdraw (1950)
hypergraph (2492)

I

iASeq (1900)
iBBiG (1712)
ibh (1642)
iBMQ (1582)
Icens (3400)
iChip (1721)
iClusterPlus (4359)
IdeoViz (163)
idiogram (1816)
IdMappingAnalysis (1641)
IdMappingRetrieval (1676)
iFlow (269)
illuminaio (10315)
imageHTS (1875)
IMPCdata (150)
impute (21949)
INPower (1015)
inSilicoDb (2513)
inSilicoMerging (2349)
intansv (1616)
interactiveDisplay (2551)
interactiveDisplayBase (487)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (24)
inveRsion (1659)
inversion (1)
iontree (1669)
iPAC (1728)
IPPD (1856)
IRanges (99645)
iranges (1)
iSeq (1736)
isobar (2061)
IsoGeneGUI (1751)
iSPlot (2)
ITALICS (1710)
iterativeBMA (1727)
iterativeBMAsurv (1733)

J

jmosaics (1596)
joda (1685)

K

KCsmart (1743)
kebabs (183)
KEGGgraph (6863)
keggorth (17)
keggorthology (1999)
KEGGprofile (2163)
KEGGREST (7165)
KEGGSOAP (556)

L

lapmix (1848)
LBE (2007)
les (1772)
limma (64251)
limmaGUI (3053)
LiquidAssociation (1743)
liquidassociation (1)
lmdme (1689)
LMGene (2021)
logicFS (2301)
logitt (1)
logitT (1774)
lol (1715)
LPE (2159)
LPEadj (1699)
lpNet (1650)
lumi (8928)
LVSmiRNA (1835)

M

M3D (181)
maanova (2496)
macat (1738)
maCorrPlot (1697)
maDB (494)
madb (1)
made4 (4163)
maigesPack (1728)
MAIT (186)
makecdfenv (3375)
makePlatformDesign (37)
MANOR (1719)
manta (1709)
MantelCorr (1724)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1494)
marray (10693)
maSigPro (2688)
maskBAD (1647)
MassArray (1826)
massiR (1052)
MassSpecWavelet (3227)
matchBox (1672)
matchprobes (114)
MBAmethyl (151)
MBASED (179)
MBCB (1757)
mBPCR (1698)
mcaGUI (1752)
MCRestimate (1940)
mdqc (1927)
MeasurementError.cor (1642)
MEDIPS (2527)
MEDME (1736)
MEIGOR (177)
MergeMaid (2413)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1202)
meshr (1081)
messina (1036)
metaArray (2357)
Metab (169)
metabomxtr (159)
metagene (170)
metagenomeSeq (2471)
metahdep (1677)
metaMS (1145)
metaMSdata (3)
metaSeq (1543)
metaseqR (1083)
methVisual (1815)
methyAnalysis (2453)
MethylAid (228)
MethylMix (158)
methylMnM (1553)
methylPipe (250)
MethylSeekR (1792)
methylumi (8296)
Mfuzz (3677)
mfuzz (1)
MGFM (162)
mgsa (1917)
MiChip (1669)
microRNA (2514)
MIMOSA (1070)
MineICA (1627)
minet (4032)
minfi (9552)
MinimumDistance (1658)
MiPP (1737)
MiRaGE (1691)
miRNApath (2005)
miRNAtap (175)
Mirsynergy (1087)
missMethyl (211)
mitoODE (1401)
MLInterfaces (3048)
MLP (1770)
MLSeq (1145)
MMDiff (1691)
mmnet (1161)
MmPalateMiRNA (1787)
monocle (369)
MoPS (203)
mosaics (2082)
MotifDb (3028)
motifRG (1778)
motifStack (2812)
MotIV (3064)
MPFE (146)
mQTL.NMR (172)
MSGFgui (171)
MSGFplus (171)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1514)
msmsTests (1470)
MSnbase (3493)
MSnID (167)
msQC (55)
MSstats (1894)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1788)
MultiMed (166)
multiscan (1682)
multtest (27507)
MVCClass (1822)
mvGST (162)
mygene (188)
mzID (2177)
mzR (15374)

N

NarrowPeaks (1729)
ncdfFlow (4298)
NCIgraph (2094)
neaGUI (1574)
nem (1828)
netbiov (190)
NetPathMiner (1100)
netresponse (1708)
NetSAM (1587)
networkBMA (1661)
NGScopy (151)
NGScopyData (4)
nnNorm (1695)
NOISeq (3325)
nondetects (1064)
NormqPCR (2109)
npGSEA (1083)
NTW (1660)
nucleR (1794)
nucler (1)
nudge (1650)
NuPoP (1725)

O

occugene (1764)
OCplus (1920)
oligo (9872)
oligoClasses (10496)
oligoclasses (1)
OLIN (1819)
OLINgui (1689)
omicade4 (1641)
OmicCircos (2128)
OncoSimulR (127)
oneChannelGUI (2564)
ontoCAT (1870)
ontoTools (44)
openCyto (1703)
oposSOM (224)
OrderedList (2604)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (3892)
OSAT (1648)
OTUbase (1823)
OutlierD (1787)

P

PAA (164)
PADOG (1679)
paircompviz (1481)
pairseqsim (7)
pamr (54)
PAnnBuilder (1857)
panp (1933)
PANR (1656)
PAPi (1626)
parody (2178)
pathifier (1506)
PathNet (1605)
pathRender (1853)
pathview (5387)
PatientGeneSets (72)
paxtoolsr (187)
Pbase (188)
pcaGoPromoter (2022)
pcaMethods (6732)
pcot2 (1688)
PCpheno (1693)
pdInfoBuilder (2569)
pdmclass (1766)
PECA (1164)
pepDat (4)
pepStat (161)
pepXMLTab (151)
PGSEA (2359)
pgUtils (609)
phenoDist (1586)
phenoTest (1819)
PhenStat (1100)
phyloseq (4963)
piano (2611)
pickgene (1686)
PICS (2427)
PING (1776)
pint (1736)
pkgDepTools (2022)
plateCore (1739)
plethy (1477)
plgem (1706)
plier (3095)
PLPE (1809)
plrs (1572)
plw (1677)
polyester (172)
Polyfit (181)
ppiStats (1807)
prada (3417)
prebs (1607)
PREDA (1711)
predictionet (983)
preprocessCore (37977)
proBAMr (120)
PROcess (2328)
procoil (1629)
ProCoNA (1502)
pRoloc (1681)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (212)
PROMISE (1712)
prot2D (1545)
proteinProfiles (1489)
proteoQC (190)
PSEA (159)
PSICQUIC (1698)
puma (2039)
pvac (1715)
pvca (1785)
Pviz (203)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2085)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1409)
QDNAseq (1188)
qpcrNorm (1842)
qpgraph (2811)
qrqc (2083)
QUALIFIER (1498)
quantro (164)
quantsmooth (3547)
QuasR (3956)
qusage (1509)
qvalue (15691)

R

r3Cseq (1770)
R453Plus1Toolbox (1791)
rain (167)
rama (1855)
RamiGO (2251)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1648)
RankProd (4210)
Rariant (1043)
RbcBook1 (1854)
RBGL (25006)
rbioinf (1)
RBioinf (1870)
rBiopaxParser (1820)
Rbowtie (3858)
rbsurv (1817)
Rcade (1638)
RCASPAR (1663)
Rchemcpp (1527)
RchyOptimyx (1788)
Rcpi (1737)
RCytoscape (4067)
RDAVIDWebService (2299)
Rdbi (48)
RdbiPgSQL (33)
Rdisop (2113)
RDRToolbox (2110)
ReactomePA (2657)
ReadqPCR (2164)
reb (1665)
RedeR (2330)
REDseq (1892)
RefNet (1042)
RefNet.db (3)
RefPlus (1741)
regionReport (166)
Repitools (3045)
ReportingTools (5540)
ReQON (1681)
Resourcerer (1598)
rflowcyt (32)
rfPred (1463)
rGADEM (3449)
RGalaxy (1765)
Rgraphviz (22672)
RGSEA (220)
rhdf5 (14567)
rHVDM (1665)
riboSeq (48)
riboSeqR (165)
ringo (1)
Ringo (3484)
Rintact (18)
RIPSeeker (1820)
Risa (1734)
RLMM (1679)
RMAGEML (10)
rmagpie (1)
Rmagpie (1688)
RMAPPER (1532)
RMassBank (1765)
rMAT (1077)
RmiR (2009)
RNAinteract (1703)
RNAither (1794)
rnaither (1)
rnaseqGene (2)
rnaSeqMap (1844)
RNASeqPower (1838)
Rnits (165)
roar (1095)
ROC (5269)
Roleswitch (1488)
Rolexa (1830)
rols (1910)
ROntoTools (1691)
RPA (1935)
RpsiXML (1975)
rpx (1234)
Rqc (176)
rqubic (1694)
rRDP (160)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1601)
rsamtools (3)
Rsamtools (45290)
rsbml (2199)
rSFFreader (967)
RSNPper (10)
Rsubread (3313)
RSVSim (1617)
rTANDEM (1982)
RTCA (1750)
RTN (1673)
RTools4TB (27)
RTopper (1704)
rtracklayer (40999)
Rtreemix (1705)
rTRM (1554)
rTRMui (1471)
Ruuid (64)
RUVnormalize (169)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (487)
RWebServices (386)
rxSeq (1)

S

S4Vectors (12169)
safe (2023)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1716)
SAGx (2085)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1815)
sangerseqR (1212)
SANTA (1541)
sapFinder (1075)
saps (3)
savR (992)
SBMLR (1810)
SCAN.UPC (2083)
ScISI (1845)
scsR (1000)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1788)
SemDist (161)
SemSim (22)
SeqArray (1724)
seqbias (1867)
seqCNA (1526)
SeqGSEA (2382)
seqLogo (6106)
Seqnames (31)
seqplots (195)
seqTools (175)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (35)
SeqVarTools (1528)
SGSeq (162)
shinyMethyl (249)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1504)
ShortRead (16549)
sigaR (1717)
SigCheck (163)
SigFuge (1509)
siggenes (11990)
sigPathway (2304)
SIM (1747)
SimBindProfiles (1418)
simpleaffy (11596)
simulatorAPMS (44)
simulatorZ (158)
sizepower (2076)
SJava (481)
SLGI (1730)
slgi (1)
SLqPCR (2076)
SMAP (1686)
SNAGEE (1506)
snapCGH (2214)
snm (1960)
SNPchip (3362)
snpMatrix (287)
SNPRelate (343)
snpStats (5845)
SomatiCA (1629)
SomaticSignatures (1312)
SpacePAC (1436)
spade (2334)
specL (167)
SpeCond (1733)
SPEM (1499)
SPIA (3143)
spikeLI (1627)
spkTools (1629)
splicegear (1704)
spliceR (2058)
spliceSites (1473)
SplicingGraphs (1672)
splots (2819)
spotSegmentation (1832)
SQUADD (1593)
SRAdb (3840)
sRAP (1689)
sscore (1639)
sSeq (1494)
ssize (2086)
SSPA (1868)
ssviz (212)
stam (8)
STAN (174)
staRank (1592)
Starr (1856)
STATegRa (169)
stepNorm (1655)
stepwiseCM (1630)
Streamer (1855)
STRINGdb (1804)
StudentGWAS (5)
supraHex (1642)
survcomp (3708)
Sushi (1319)
sva (7473)
SwimR (1382)
switchBox (162)
synapter (1822)
systemPipeR (175)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1519)
TargetSearch (1787)
TCC (2083)
TDARACNE (1810)
TEQC (1868)
ternarynet (1594)
tfbstools (1)
TFBSTools (1972)
tigre (1777)
tilingArray (2444)
timecourse (2173)
TitanCNA (1106)
tkWidgets (6817)
ToPASeq (170)
topGO (8706)
tracktables (165)
trackViewer (1193)
tRanslatome (1598)
TransView (1682)
triform (1579)
trigger (1686)
trio (1705)
triplex (1618)
TSCAN (153)
tspair (1845)
TSSi (1700)
TurboNorm (1732)
tweeDEseq (1994)
twilight (2709)
typeinfo (1)
TypeInfo (1706)

U

UNDO (1028)
unifiedWMWqPCR (1039)
UniProt.ws (2144)

V

VanillaICE (2021)
VariantAnnotation (18698)
VariantFiltering (1251)
variants (160)
VariantTools (1003)
vbmp (2111)
Vega (1685)
VegaMC (1692)
viper (1059)
virtualArray (2202)
vsn (14887)
vtpnet (1488)

W

wateRmelon (3249)
wavClusteR (236)
waveTiling (1615)
weaver (2185)
webbioc (1771)
widgetTools (6795)

X

xcms (14854)
XDE (1704)
xmapbridge (1648)
xmapcore (236)
XML2R (2)
xps (2564)
XVector (50235)

Y

yaqcaffy (2006)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (65433)