Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-10-24 10:05:53 -0700 (Fri, 24 Oct 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (137296)
2BiocGenerics (104468)
3IRanges (99194)
4Biobase (98562)
5AnnotationDbi (85409)
6limma (64298)
7zlibbioc (63903)
8Biostrings (57888)
9GenomicRanges (55697)
10annotate (51033)
11XVector (48538)
12genefilter (45400)
13Rsamtools (44547)
14biomaRt (42890)
15rtracklayer (40104)
16graph (39809)
17affy (39245)
18GenomeInfoDb (39196)
19GenomicFeatures (38037)
20preprocessCore (37915)
21BSgenome (36862)
22affyio (34576)
23geneplotter (29361)
24edgeR (28542)
25multtest (27577)
26RBGL (24605)
27DESeq (23509)
28Rgraphviz (22471)
29GEOquery (22214)
30impute (21829)
31GenomicAlignments (20776)
32biovizBase (20657)
33BiocParallel (20411)
34DESeq2 (19696)
35flowCore (18076)
36VariantAnnotation (17807)
37gcrma (17492)
38mzR (16990)
39xcms (16487)
40ShortRead (16485)
41qvalue (15603)
42vsn (14981)
43Gviz (14975)
44AnnotationForge (14137)
45GSEABase (14116)
46rhdf5 (13973)
47cummeRbund (13846)
48affyPLM (13453)
49Category (12972)
50GOstats (12244)
51siggenes (11917)
52simpleaffy (11723)
53ggbio (11517)
54marray (10784)
55affxparser (10605)
56oligoClasses (10508)
57DNAcopy (10443)
58illuminaio (9953)
59oligo (9839)
60annaffy (9644)
61minfi (9468)
62lumi (8928)
63topGO (8563)
64methylumi (8251)
65DynDoc (8231)
66EBImage (8115)
67bumphunter (8013)
68DEXSeq (7621)
69sva (7321)
70KEGGREST (6910)
71tkWidgets (6825)
72KEGGgraph (6822)
73widgetTools (6808)
74beadarray (6779)
75pcaMethods (6620)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201437142600861
All months2791648910733

A

a4 (2421)
a4Base (2529)
a4Classif (2377)
a4Core (2525)
a4Preproc (2545)
a4Reporting (2347)
ABarray (2313)
ABSSeq (1104)
aCGH (3096)
ACME (2261)
ADaCGH2 (2153)
adSplit (2138)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10605)
affy (39245)
affycomp (3243)
AffyCompatible (2425)
affyContam (2175)
affycoretools (5457)
affydata (1)
AffyExpress (2403)
affyILM (2112)
affyio (34576)
affylmGUI (3397)
affyPara (2125)
affypdnn (2527)
affyPLM (13453)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6250)
AffyRNADegradation (2108)
AffyTiling (2270)
AGDEX (2027)
Agi4x44PreProcess (1555)
agilp (2391)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2589)
AIMS (1)
ALDEx2 (43)
AllelicImbalance (1793)
alsace (1044)
altcdfenvs (2194)
ampliQueso (1721)
annaffy (9644)
AnnBuilder (30)
annmap (1005)
annotate (51033)
annotation (292)
AnnotationDbi (85409)
AnnotationForge (14137)
AnnotationFuncs (2208)
AnnotationHub (3212)
annotationTools (2823)
anota (2135)
antiProfiles (1948)
apcluster (1)
apComplex (2260)
aroma.light (5398)
ArrayExpress (4696)
ArrayExpressHTS (1211)
arrayMagic (9)
arrayMvout (2059)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2781)
arrayQualityMetrics (5288)
arrays (504)
ArrayTools (2514)
ArrayTV (1776)
ARRmNormalization (1827)
ASEB (1914)
ASGSCA (32)
asmn (1076)
ASSET (1624)
ASSIGN (1019)
AtlasRDF (1078)
attract (2023)

B

BAC (1955)
BADER (1868)
BAGS (1650)
ballgown (137)
BaseSpaceR (1851)
Basic4Cseq (1159)
BayesPeak (3016)
baySeq (4410)
bcellViper (3)
BCRANK (2297)
beadarray (6779)
beadarraySNP (2219)
BeadDataPackR (6175)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (1)
BEAT (1034)
betr (2131)
bgafun (2054)
BGmix (1079)
bgx (2014)
BHC (2463)
BicARE (2035)
BiGGR (1743)
bigmemoryExtras (1135)
bioassayR (1945)
Biobase (98562)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2069)
BiocCheck (1426)
biocDatasets (33)
BiocGenerics (104468)
biocGraph (2219)
BiocInstaller (137296)
biocinstaller (3)
BiocParallel (20411)
BiocStyle (3867)
biocViews (2823)
bioDist (4680)
biomaRt (42890)
BioMVCClass (2228)
biomvRCNS (1705)
BioNet (3272)
BioSeqClass (2103)
Biostrings (57888)
biostrings (1)
biosvd (1054)
biovizbase (1)
biovizBase (20657)
BiRewire (1718)
birta (1931)
BiSeq (2287)
BitSeq (2522)
blima (117)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2210)
BrainStars (1954)
bridge (1998)
BridgeDbR (35)
BSgenome (36862)
bsseq (2496)
BufferedMatrix (1977)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1906)
bumphunter (8013)
BUS (1833)

C

CAFE (1008)
CAGEr (1931)
CALIB (1836)
CAMERA (3314)
cancerclass (1829)
CancerMutationAnalysis (1915)
casper (1775)
Category (12972)
categoryCompare (1853)
ccrepe (1033)
cellGrowth (1795)
cellhts (1)
cellHTS (1923)
cellHTS2 (2749)
CellNOptR (2160)
CexoR (1602)
CFAssay (37)
CGEN (1923)
CGHbase (2476)
CGHcall (2326)
cghcall (1)
cghMCR (1920)
CGHnormaliter (1819)
CGHregions (1898)
ChAMP (2722)
charm (2119)
ChemmineOB (2251)
ChemmineR (3467)
chemminer (3)
chimera (2650)
chipenrich (1573)
ChIPpeakAnno (4942)
ChIPQC (1168)
ChIPseeker (1419)
chipseq (3997)
ChIPseqR (2040)
ChIPsim (1987)
ChIPXpress (941)
chopsticks (2134)
chroGPS (1765)
ChromHeatMap (1933)
cisPath (1720)
ClassifyR (45)
cleanUpdTSeq (1525)
cleaver (1831)
clippda (1742)
clipper (1910)
Clomial (963)
Clonality (1790)
clonotypeR (1500)
clst (1750)
clstutils (1704)
clusterProfiler (3414)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2046)
CMA (2506)
cn.farms (1788)
cn.mops (3067)
cnanorm (1)
CNAnorm (1893)
CNEr (1124)
CNORdt (1666)
CNORfeeder (1641)
CNORfuzzy (1693)
CNORode (1729)
CNTools (2106)
cnvGSA (1735)
CNVrd2 (1558)
CNVtools (1973)
cnvtools (1)
cobindR (1534)
CoCiteStats (1919)
codelink (1875)
CoGAPS (497)
coGPS (1668)
COHCAP (1129)
COHCAPanno (3)
COMPASS (989)
compcodeR (1123)
compEpiTools (61)
CompGO (995)
ConsensusClusterPlus (2935)
convert (3099)
copa (1956)
COPDSexualDimorphism (931)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1952)
CopyNumber450k (980)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (35)
Cormotif (1675)
CorMut (1742)
coRNAi (1730)
CORREP (1802)
cosmiq (89)
cosmo (162)
cosmoGUI (200)
COSNet (29)
CoverageView (605)
cqn (2458)
CRImage (2052)
CRISPRseek (1164)
crlmm (3443)
CSAR (2210)
csaw (44)
CSSP (1514)
ctc (4387)
cummeRbund (13846)
cummerbund (1)
customProDB (1641)
cycle (1889)

D

dagLogo (1477)
dama (2)
daMA (1731)
DART (1741)
DASiR (1773)
DAVIDQuery (2368)
DBChIP (1890)
ddCt (2291)
ddgraph (1798)
DECIPHER (1964)
DeconRNASeq (1746)
DEDS (1810)
deepSNV (1912)
DEGraph (2034)
DEGreport (91)
DEGseq (3828)
degseq (1)
deltaGseg (1573)
derfinder (45)
derfinderData (4)
derfinderHelper (39)
derfinderPlot (39)
DESeq (23509)
DESeq2 (19696)
DEXSeq (7621)
dexus (1725)
DFP (1724)
DiffBind (3884)
diffGeneAnalysis (1944)
DirichletMultinomial (2002)
dks (1675)
DMRcate (1067)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (954)
DNAcopy (10443)
DNaseR (1600)
domainsignatures (1857)
DOQTL (108)
DOSE (3704)
DriverNet (1702)
DrugVsDisease (1705)
DSS (2023)
DTA (1700)
dualKS (1273)
DupChecker (81)
dyebias (1728)
DynDoc (8231)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1906)
easyRNASeq (4670)
EBarrays (2438)
EBcoexpress (1841)
EBImage (8115)
EBSeq (3337)
EBSeqHMM (29)
ecolitk (1819)
EDASeq (2995)
edd (59)
EDDA (1017)
edger (1)
edgeR (28542)
eiR (957)
eisa (2211)
ELBOW (963)
EnrichmentBrowser (33)
ensemblVEP (2411)
ENVISIONQuery (1749)
epigenomix (1654)
epivizr (1711)
eQTL (27)
erccdashboard (38)
ExiMiR (1812)
exomeCopy (2349)
exomePeak (1572)
exonfindR (39)
exonmap (117)
explorase (1390)
ExpressionView (1792)
expressionview (1)
externalVector (331)

F

fabia (2256)
facopy (28)
facopy.annot (5)
factDesign (2028)
farms (1957)
fastLiquidAssociation (931)
fastseg (1792)
fbat (32)
fdrame (1849)
FEM (29)
ffpe (1704)
FGNet (1693)
flagme (1826)
flipflop (1496)
flowBeads (1495)
flowBin (991)
flowcatchR (33)
flowCHIC (32)
flowCL (953)
flowClean (89)
flowClust (2883)
flowCore (18076)
flowCyBar (954)
flowDensity (106)
flowFit (1490)
flowFlowJo (1896)
flowFP (1998)
flowMap (1542)
flowMatch (977)
flowMeans (2227)
flowMerge (2070)
flowPeaks (1808)
flowPhyto (1714)
flowPlots (1810)
flowq (1)
flowQ (1395)
flowQB (1656)
flowStats (3825)
flowTrans (1901)
flowType (1971)
flowUtils (2133)
flowViz (5745)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4804)
fmcsR (2282)
focalCall (28)
fOptions (1)
FourCSeq (38)
FRGEpistasis (933)
frma (2790)
frmaTools (1978)
FunciSNP (1934)

G

gaga (1900)
gage (4453)
gaggle (1734)
gaia (1722)
gaucho (936)
gCMAP (1781)
gCMAPWeb (1620)
gcrma (17492)
geecc (30)
genArise (1714)
GENE.E (1934)
gene2pathway (247)
GeneAnswers (3867)
GeneExpressionSignature (1815)
genefilter (45400)
genefu (2316)
GeneGA (1033)
GeneGroupAnalysis (293)
GeneMeta (2241)
GeneNetworkBuilder (1760)
GeneOverlap (1044)
geneplotter (29361)
GeneR (79)
geneRecommender (1977)
GeneRegionScan (1723)
generegulation (100)
GeneRfold (39)
geneRxCluster (978)
GeneSelectMMD (1745)
GeneSelector (2089)
GeneSpring (30)
geNetClassifier (1654)
GeneticsBase (31)
GeneticsDesign (1834)
GeneticsPed (2003)
GeneTraffic (62)
GeneTS (3)
genoCN (1760)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3880)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (39196)
genomeIntervals (4628)
genomes (2019)
GenomicAlignments (20776)
GenomicFeatures (38037)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1121)
GenomicInteractions (33)
GenomicRanges (55697)
GenomicTuples (44)
Genominator (2266)
genoset (2656)
GenoView (29)
GEOmetadb (2844)
GEOquery (22214)
geoquery (1)
GEOsubmission (1743)
GEWIST (1650)
gff3Plotter (3)
GGBase (3442)
ggbio (11517)
GGtools (2631)
girafe (2075)
GLAD (2596)
GlobalAncova (2193)
globaltest (4248)
gmapR (1116)
GOexpress (54)
gofunction (1)
GOFunction (2057)
goProfiles (2292)
goprofiles (2)
GOSemSim (4535)
gosemsim (1)
goseq (4830)
GOSim (2089)
gostats (1)
GOstats (12244)
GOsummaries (44)
GOTHiC (1013)
goTools (2458)
gpls (2559)
gprege (1655)
graph (39809)
GraphAlignment (1775)
GraphAT (1736)
graphite (3001)
GraphPAC (1579)
GRENITS (1841)
groHMM (33)
GSAR (100)
GSBenchMark (4)
GSCA (941)
gseabase (1)
GSEABase (14116)
GSEAlm (2359)
GSReg (47)
GSRI (1758)
GSVA (2574)
Gviz (14975)
gwascat (1972)
GWASTools (3121)

H

h5vc (1675)
hapFabia (1693)
Harshlight (1776)
HCsnip (1576)
HDTD (91)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6526)
HELP (1746)
HEM (1693)
hexbin (201)
hiAnnotator (109)
highthroughputassays (31)
HilbertVis (3123)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1603)
hiReadsProcessor (32)
HiTC (1845)
HMMcopy (1899)
hopach (2990)
hpar (1818)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2845)
HTSanalyzeR (2201)
HTSeqGenie (455)
htseqtools (2)
htSeqTools (2065)
HTSFilter (1882)
HybridMTest (1660)
hyperdraw (1932)
hypergraph (2486)

I

iASeq (1885)
iBBiG (1706)
ibh (1623)
iBMQ (1562)
Icens (3356)
iChip (1709)
iClusterPlus (4233)
IdeoViz (30)
idiogram (1786)
IdMappingAnalysis (1632)
IdMappingRetrieval (1675)
iFlow (293)
illuminaio (9953)
imageHTS (1855)
IMPCdata (25)
impute (21829)
INPower (910)
inSilicoDb (2487)
inSilicoMerging (2331)
intansv (1586)
interactiveDisplay (2383)
interactiveDisplayBase (188)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (31)
inveRsion (1659)
inversion (1)
iontree (1653)
iPAC (1727)
IPPD (1824)
IRanges (99194)
iranges (1)
iSeq (1716)
isobar (2042)
IsoGeneGUI (1736)
iSPlot (2)
ITALICS (1694)
iterativeBMA (1714)
iterativeBMAsurv (1713)

J

jmosaics (1578)
joda (1663)

K

KCsmart (1724)
kebabs (37)
KEGGgraph (6822)
keggorth (18)
keggorthology (1992)
KEGGprofile (2130)
KEGGREST (6910)
KEGGSOAP (601)

L

lapmix (1839)
LBE (2010)
les (1751)
limma (64298)
limmaGUI (3074)
LiquidAssociation (1726)
liquidassociation (1)
lmdme (1665)
LMGene (2025)
logicFS (2260)
logitt (1)
logitT (1760)
lol (1705)
LPE (2149)
LPEadj (1679)
lpNet (1625)
lumi (8928)
LVSmiRNA (1832)

M

M3D (44)
maanova (2472)
macat (1728)
maCorrPlot (1685)
maDB (535)
madb (1)
made4 (4186)
maigesPack (1711)
MAIT (44)
makecdfenv (3376)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1718)
manta (1711)
MantelCorr (1708)
maPredictDSC (1470)
marray (10784)
maSigPro (2700)
maskBAD (1636)
MassArray (1824)
massiR (943)
MassSpecWavelet (3217)
matchBox (1657)
matchprobes (125)
MBAmethyl (27)
MBASED (45)
MBCB (1750)
mBPCR (1684)
mcaGUI (1749)
MCRestimate (1926)
mdqc (1915)
MeasurementError.cor (1630)
MEDIPS (2533)
MEDME (1725)
MEIGOR (46)
MergeMaid (2420)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1063)
meshr (968)
messina (932)
metaArray (2349)
Metab (30)
metabomxtr (32)
metagene (41)
metagenomeSeq (2437)
metahdep (1669)
metaMS (1007)
metaMSdata (3)
metaSeq (1514)
metaseqR (959)
methVisual (1797)
methyAnalysis (2441)
MethylAid (93)
MethylMix (33)
methylMnM (1532)
methylPipe (98)
MethylSeekR (1771)
methylumi (8251)
Mfuzz (3686)
mfuzz (1)
MGFM (31)
mgsa (1900)
MiChip (1662)
microRNA (2531)
MIMOSA (956)
MineICA (1606)
minet (3919)
minfi (9468)
MinimumDistance (1651)
MiPP (1733)
MiRaGE (1677)
miRNApath (1990)
miRNAtap (34)
Mirsynergy (974)
missMethyl (73)
mitoODE (1367)
MLInterfaces (3035)
MLP (1762)
MLSeq (1005)
MMDiff (1672)
mmnet (1039)
MmPalateMiRNA (1781)
monocle (203)
MoPS (81)
mosaics (2029)
MotifDb (2998)
motifRG (1778)
motifStack (2757)
MotIV (3037)
MPFE (23)
mQTL.NMR (47)
MSGFgui (35)
MSGFplus (34)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1482)
msmsTests (1447)
MSnbase (3412)
MSnID (28)
msQC (55)
MSstats (1846)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1771)
MultiMed (38)
multiscan (1659)
multtest (27577)
MVCClass (1808)
mvGST (29)
mygene (36)
mzID (2037)
mzR (16990)

N

NarrowPeaks (1721)
ncdfFlow (4170)
NCIgraph (2074)
neaGUI (1547)
nem (1808)
netbiov (54)
NetPathMiner (981)
netresponse (1706)
NetSAM (1548)
networkBMA (1642)
NGScopy (24)
NGScopyData (4)
nnNorm (1679)
NOISeq (3280)
nondetects (950)
NormqPCR (2105)
npGSEA (967)
NTW (1658)
nucleR (1794)
nucler (1)
nudge (1652)
NuPoP (1719)

O

occugene (1748)
OCplus (1922)
oligo (9839)
oligoClasses (10508)
oligoclasses (1)
OLIN (1811)
OLINgui (1670)
omicade4 (1601)
OmicCircos (2057)
OncoSimulR (23)
oneChannelGUI (2573)
ontoCAT (1842)
ontoTools (47)
openCyto (1609)
oposSOM (74)
OrderedList (2575)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (3332)
OSAT (1630)
OTUbase (1807)
OutlierD (1817)

P

PAA (26)
PADOG (1671)
paircompviz (1466)
pairseqsim (7)
pamr (58)
PAnnBuilder (1851)
panp (1926)
PANR (1645)
PAPi (1607)
parody (2156)
pathifier (1479)
PathNet (1575)
pathRender (1833)
pathview (5317)
PatientGeneSets (72)
paxtoolsr (38)
Pbase (57)
pcaGoPromoter (2005)
pcaMethods (6620)
pcot2 (1672)
PCpheno (1691)
pdInfoBuilder (2550)
pdmclass (1761)
PECA (1058)
pepDat (4)
pepStat (31)
pepXMLTab (25)
PGSEA (2364)
pgUtils (658)
phenoDist (1557)
phenoTest (1804)
PhenStat (984)
phyloseq (4803)
piano (2581)
pickgene (1671)
PICS (2450)
PING (1776)
pint (1746)
pkgDepTools (2016)
plateCore (1734)
plethy (1446)
plgem (1703)
plier (3117)
PLPE (1787)
plrs (1555)
plw (1659)
polyester (36)
Polyfit (55)
ppiStats (1799)
prada (3417)
prebs (1595)
PREDA (1710)
predictionet (964)
preprocessCore (37915)
proBAMr (22)
PROcess (2304)
procoil (1627)
ProCoNA (1463)
pRoloc (1657)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (81)
PROMISE (1690)
prot2D (1511)
proteinProfiles (1464)
proteoQC (56)
PSEA (25)
PSICQUIC (1660)
puma (2015)
pvac (1696)
pvca (1766)
Pviz (70)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2050)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1385)
QDNAseq (1070)
qpcrNorm (1827)
qpgraph (2838)
qrqc (2114)
QUALIFIER (1423)
quantro (34)
quantsmooth (3539)
QuasR (3923)
qusage (1486)
qvalue (15603)

R

r3Cseq (1761)
R453Plus1Toolbox (1791)
rain (37)
rama (1843)
RamiGO (2240)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1619)
RankProd (4216)
Rariant (945)
RbcBook1 (1842)
RBGL (24605)
rbioinf (1)
RBioinf (1871)
rBiopaxParser (1809)
Rbowtie (3808)
rbsurv (1815)
Rcade (1616)
RCASPAR (1662)
Rchemcpp (1512)
RchyOptimyx (1777)
Rcpi (1604)
RCytoscape (4007)
RDAVIDWebService (2236)
Rdbi (47)
RdbiPgSQL (37)
Rdisop (2071)
RDRToolbox (2077)
ReactomePA (2610)
ReadqPCR (2147)
reb (1659)
RedeR (2310)
REDseq (1889)
RefNet (928)
RefNet.db (3)
RefPlus (1734)
regionReport (35)
Repitools (3033)
ReportingTools (5433)
ReQON (1677)
Resourcerer (1671)
rflowcyt (34)
rfPred (1450)
rGADEM (3426)
RGalaxy (1751)
Rgraphviz (22471)
RGSEA (83)
rhdf5 (13973)
rHVDM (1650)
riboSeq (48)
riboSeqR (30)
ringo (1)
Ringo (3494)
Rintact (17)
RIPSeeker (1807)
Risa (1706)
RLMM (1674)
RMAGEML (12)
rmagpie (1)
Rmagpie (1674)
RMAPPER (1605)
RMassBank (1743)
rMAT (1061)
RmiR (1997)
RNAinteract (1689)
RNAither (1772)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1832)
RNASeqPower (1801)
Rnits (37)
roar (993)
ROC (5240)
Roleswitch (1452)
Rolexa (1832)
rols (1892)
ROntoTools (1666)
RPA (1917)
RpsiXML (1976)
rpx (1075)
Rqc (39)
rqubic (1686)
rRDP (30)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1572)
rsamtools (3)
Rsamtools (44547)
rsbml (2199)
rSFFreader (946)
RSNPper (10)
Rsubread (3161)
RSVSim (1608)
rTANDEM (1916)
RTCA (1750)
RTN (1630)
RTools4TB (26)
RTopper (1701)
rtracklayer (40104)
Rtreemix (1695)
rTRM (1527)
rTRMui (1451)
Ruuid (65)
RUVnormalize (39)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (297)
RWebServices (397)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (5174)
safe (1993)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1720)
SAGx (2083)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1800)
sangerseqR (1023)
SANTA (1532)
sapFinder (964)
savR (882)
SBMLR (1809)
SCAN.UPC (2091)
ScISI (1839)
scsR (893)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1820)
SemDist (36)
SemSim (22)
SeqArray (1699)
seqbias (1878)
seqCNA (1490)
SeqGSEA (2333)
seqLogo (6036)
Seqnames (31)
seqplots (56)
seqTools (33)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (48)
SeqVarTools (1500)
SGSeq (27)
shinyMethyl (105)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1468)
ShortRead (16485)
sigaR (1719)
SigCheck (33)
SigFuge (1473)
siggenes (11917)
sigPathway (2286)
SIM (1741)
SimBindProfiles (1389)
simpleaffy (11723)
simulatorAPMS (45)
simulatorZ (28)
sizepower (2085)
SJava (493)
SLGI (1727)
slgi (1)
SLqPCR (2070)
SMAP (1667)
SNAGEE (1488)
snapCGH (2212)
snm (1941)
SNPchip (3360)
snpMatrix (290)
SNPRelate (132)
snpStats (5878)
SomatiCA (1621)
SomaticSignatures (1168)
SpacePAC (1422)
spade (2329)
specL (34)
SpeCond (1730)
SPEM (1490)
SPIA (3133)
spikeLI (1621)
spkTools (1628)
splicegear (1682)
spliceR (2024)
spliceSites (1450)
SplicingGraphs (1663)
splots (2796)
spotSegmentation (1789)
SQUADD (1572)
SRAdb (3783)
sRAP (1665)
sscore (1626)
sSeq (1464)
ssize (2083)
SSPA (1875)
ssviz (80)
stam (7)
STAN (45)
staRank (1581)
Starr (1860)
STATegRa (32)
stepNorm (1630)
stepwiseCM (1612)
Streamer (1849)
STRINGdb (1756)
StudentGWAS (5)
supraHex (1571)
survcomp (3627)
Sushi (1162)
sva (7321)
SwimR (1356)
switchBox (34)
synapter (1783)
systemPipeR (37)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1483)
TargetSearch (1782)
TCC (2071)
TDARACNE (1792)
TEQC (1868)
ternarynet (1592)
tfbstools (1)
TFBSTools (1908)
tigre (1769)
tilingArray (2456)
timecourse (2168)
TitanCNA (988)
tkWidgets (6825)
ToPASeq (30)
topGO (8563)
tracktables (32)
trackViewer (1081)
tRanslatome (1570)
TransView (1687)
triform (1573)
trigger (1685)
trio (1684)
triplex (1610)
TSCAN (29)
tspair (1832)
TSSi (1699)
TurboNorm (1734)
tweeDEseq (2005)
twilight (2680)
typeinfo (1)
TypeInfo (1708)

U

UNDO (922)
unifiedWMWqPCR (930)
UniProt.ws (2103)

V

VanillaICE (2034)
VariantAnnotation (17807)
VariantFiltering (1120)
variants (169)
VariantTools (1011)
vbmp (2098)
Vega (1675)
VegaMC (1686)
viper (939)
virtualArray (2289)
vsn (14981)
vtpnet (1469)

W

wateRmelon (3219)
wavClusteR (102)
waveTiling (1609)
weaver (2179)
webbioc (1761)
widgetTools (6808)

X

xcms (16487)
XDE (1690)
xmapbridge (1620)
xmapcore (250)
XML2R (2)
xps (2568)
xtable (1)
XVector (48538)

Y

yaqcaffy (2014)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (63903)