Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-05-22 07:36:14 -0400 (Tue, 22 May 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (30871)
2BiocGenerics (24259)
3IRanges (21715)
4S4Vectors (21507)
5Biobase (20177)
6AnnotationDbi (18365)
7zlibbioc (16565)
8GenomicRanges (15948)
9limma (15149)
10XVector (14705)
11GenomeInfoDb (13745)
12Biostrings (13522)
13BiocParallel (13081)
14SummarizedExperiment (12860)
15annotate (10588)
16GenomicAlignments (10213)
17biomaRt (10090)
18rtracklayer (9969)
19Rsamtools (9770)
20genefilter (9552)
21DelayedArray (9180)
22GenomicFeatures (8799)
23graph (8539)
24edgeR (7979)
25preprocessCore (7447)
26DESeq2 (7296)
27geneplotter (7050)
28affy (5888)
29BSgenome (5812)
30affyio (5525)
31rhdf5 (5272)
32RBGL (5122)
33multtest (5047)
34Rgraphviz (4985)
35VariantAnnotation (4774)
36impute (4656)
37qvalue (4248)
38AnnotationHub (4171)
39GEOquery (4032)
40ShortRead (3907)
41ensembldb (3727)
42interactiveDisplayBase (3569)
43ProtGenerics (3395)
44DNAcopy (3300)
45GSEABase (3203)
46DESeq (3116)
47biovizBase (3050)
48sva (2791)
49Gviz (2657)
50KEGGREST (2632)
51vsn (2622)
52AnnotationFilter (2539)
53GOSemSim (2434)
54fgsea (2377)
55clusterProfiler (2336)
56DOSE (2336)
57AnnotationForge (2288)
58Category (2284)
59pcaMethods (2228)
60topGO (2131)
61OrganismDbi (2096)
62EBImage (2043)
63ComplexHeatmap (2021)
64GOstats (2013)
65phyloseq (1973)
66pathview (1969)
67BiocStyle (1954)
68KEGGgraph (1920)
69tximport (1820)
70illuminaio (1750)
71Rsubread (1733)
72ggbio (1696)
73aroma.light (1687)
74gcrma (1661)
75biomformat (1651)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (133)
a4Base (157)
a4Classif (127)
a4Core (173)
a4Preproc (164)
a4Reporting (129)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (116)
ABarray (132)
ABSSeq (131)
acde (109)
aCGH (198)
ACME (132)
ADaCGH2 (110)
adaptest (2)
adSplit (112)
affxparser (1297)
affy (5888)
affycomp (189)
AffyCompatible (121)
affyContam (116)
affycoretools (460)
affydata (0)
AffyExpress (123)
affyILM (109)
affyio (5525)
affylmGUI (176)
affyPara (116)
affypdnn (150)
affyPLM (1226)
affyqcreport (0)
affyQCReport (324)
AffyRNADegradation (112)
AffyTiling (16)
AGDEX (105)
Agi4x44PreProcess (8)
agilp (182)
AgiMicroRna (152)
agimicrorna (0)
AIMS (228)
ALDEx2 (171)
AllelicImbalance (119)
alpine (108)
alsace (106)
altcdfenvs (124)
AMOUNTAIN (98)
amplican (40)
ampliQueso (98)
AnalysisPageServer (101)
anamiR (97)
Anaquin (94)
AneuFinder (110)
ANF (36)
annaffy (521)
AnnBuilder (2)
annmap (87)
annotate (10588)
AnnotationDbi (18365)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (2539)
AnnotationForge (2288)
AnnotationFuncs (145)
AnnotationHub (4171)
AnnotationHubData (135)
annotationTools (155)
annotatr (160)
anota (114)
anota2seq (40)
antiProfiles (104)
apcluster (0)
apComplex (126)
apcomplex (0)
apeglm (127)
applera (1)
aroma.light (1687)
ArrayExpress (451)
ArrayExpressHTS (66)
arrayMagic (1)
arraymvout (0)
arrayMvout (103)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (133)
arrayQualityMetrics (460)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (167)
ArrayTV (104)
ARRmNormalization (105)
ASAFE (85)
ASEB (105)
ASGSCA (103)
ASICS (2)
asmn (2)
ASpli (123)
ASSET (107)
ASSIGN (104)
ATACseqQC (155)
AtlasRDF (81)
attract (103)
AUCell (72)

B

BaalChIP (92)
BAC (102)
bacon (109)
BADER (102)
BadRegionFinder (90)
BAGS (96)
ballgown (834)
bamsignals (179)
banocc (74)
basecallQC (83)
BaseSpaceR (125)
Basic4Cseq (108)
BASiCS (64)
BasicSTARRseq (90)
BatchQC (145)
BayesKnockdown (83)
BayesPeak (152)
baySeq (491)
BBCAnalyzer (94)
BCRANK (121)
bcSeq (7)
beachmat (545)
beadarray (635)
beadarraySNP (117)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (598)
BeadExplorer (1)
BEARscc (5)
BEAT (99)
BEclear (98)
betr (37)
bgafun (100)
BgeeDB (125)
BGmix (57)
bgx (98)
BHC (168)
BicARE (155)
BiFET (4)
BiGGR (111)
BigMatrix (0)
bigmelon (89)
bigmemoryExtras (89)
bim (0)
bioassayR (126)
biobase (0)
Biobase (20177)
biobroom (198)
bioCancer (98)
BiocCaseStudies (104)
BiocCheck (431)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (212)
BiocGenerics (24259)
biocGraph (198)
biocinstaller (1)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (30871)
biocLite (0)
BiocOncoTK (1)
Bioconductor (0)
BioCor (85)
BiocParallel (13081)
BiocSklearn (34)
BiocStyle (1954)
BiocVersion (0)
biocViews (742)
BiocWorkflowTools (104)
bioDist (297)
biomaRt (10090)
BioMedR (85)
biomformat (1651)
BioMVCClass (98)
biomvRCNS (99)
BioNet (295)
bionet (0)
BioNetStat (1)
BioQC (94)
BioSeqClass (115)
biosigner (104)
biostrings (0)
Biostrings (13522)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (96)
biotmle (82)
biovizBase (3050)
BiRewire (146)
birta (105)
birte (95)
BiSeq (182)
BitSeq (211)
blima (97)
BLMA (81)
bnbc (35)
BPRMeth (87)
BRAIN (191)
BrainStars (103)
branchpointer (75)
bridge (100)
BridgeDbR (117)
BrowserViz (86)
BrowserVizDemo (64)
BSgenome (5812)
bsseq (718)
BubbleTree (101)
BufferedMatrix (111)
BufferedMatrixMethods (105)
BUMHMM (76)
bumphunter (1562)
BUS (96)
BuxcoR (0)

C

CAFE (93)
CAGEfightR (1)
CAGEr (145)
CALIB (111)
CAMERA (417)
canceR (98)
cancerclass (102)
CancerInSilico (83)
CancerMutationAnalysis (109)
CancerSubtypes (144)
CAnD (90)
caOmicsV (89)
Cardinal (140)
casper (104)
CATALYST (88)
Category (2284)
categoryCompare (89)
CausalR (102)
cbaf (34)
ccfindR (1)
ccmap (99)
CCPROMISE (83)
ccrepe (107)
cellbaseR (78)
cellGrowth (102)
cellHTS (15)
cellHTS2 (228)
cellity (101)
CellMapper (88)
CellNOptR (148)
cellscape (90)
CellScore (4)
cellTree (108)
CEMiTool (62)
CexoR (98)
CFAssay (99)
CGEN (117)
CGHbase (210)
CGHcall (195)
cghMCR (160)
CGHnormaliter (101)
CGHregions (119)
ChAMP (410)
CHARGE (5)
charm (115)
ChemmineOB (194)
ChemmineR (441)
chemminer (0)
ChIC (1)
Chicago (110)
chimera (142)
chimeraviz (110)
ChIPanalyser (35)
ChIPComp (101)
chipenrich (128)
ChIPexoQual (78)
ChIPpeakAnno (718)
ChIPQC (225)
ChIPseeker (706)
chipseq (442)
ChIPseqR (152)
ChIPSeqSpike (6)
ChIPsim (147)
ChIPXpress (77)
chopsticks (281)
chroGPS (97)
chromDraw (96)
ChromHeatMap (110)
ChromoViz (1)
chromPlot (106)
chromstaR (93)
chromswitch (36)
chromVAR (47)
CHRONOS (98)
CINdex (79)
cisPath (103)
ClassifyR (108)
cleanUpdTSeq (96)
cleaver (207)
clippda (106)
clipper (145)
Clomial (99)
Clonality (101)
clonotypeR (100)
clst (103)
clstutils (93)
clustComp (88)
clusterExperiment (157)
ClusterJudge (36)
clusterProfiler (2336)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (78)
ClusterSignificance (96)
clusterStab (145)
CMA (165)
cn.farms (98)
cn.mops (213)
CNAnorm (119)
cnanorm (0)
CNEr (324)
CNORdt (103)
CNORfeeder (101)
CNORfuzzy (99)
CNORode (121)
CNPBayes (90)
CNTools (259)
cnvGSA (97)
CNVPanelizer (105)
CNVrd2 (100)
CNVtools (114)
cnvtools (0)
cobindR (94)
CoCiteStats (102)
codelink (107)
CODEX (147)
coexnet (43)
CoGAPS (107)
cogena (134)
coGPS (93)
COHCAP (112)
coMET (121)
COMPASS (109)
compcodeR (109)
compEpiTools (117)
CompGO (107)
ComplexHeatmap (2021)
CONFESS (83)
ConsensusClusterPlus (1242)
consensusOV (40)
consensusSeekeR (91)
contiBAIT (84)
conumee (123)
convert (202)
copa (101)
COPDSexualDimorphism (2)
copynumber (245)
CopyNumber450k (10)
CopywriteR (136)
CoRegNet (118)
Cormotif (97)
CorMut (97)
coRNAi (63)
CORREP (100)
coseq (92)
cosmiq (104)
cosmo (5)
cosmoGUI (3)
COSNet (94)
CountClust (123)
covEB (79)
CoverageView (110)
covRNA (80)
cpvSNP (91)
cqn (195)
CRImage (127)
CRISPRseek (148)
crisprseekplus (86)
CrispRVariants (120)
crlmm (199)
crossmeta (99)
CSAR (153)
csaw (239)
CSSP (107)
ctc (333)
CTDquerier (4)
ctsGE (92)
cummeRbund (1075)
cummerbund (0)
customProDB (139)
CVE (95)
cycle (98)
cydar (94)
CytoDx (1)
cytofkit (288)
cytolib (179)
CytoML (93)

D

dada2 (626)
dagLogo (90)
daMA (95)
DaMiRseq (82)
DAPAR (129)
DART (103)
DASC (30)
DASiR (10)
DAVIDQuery (12)
DBChIP (136)
dcGSA (80)
DChIPRep (96)
ddCt (154)
ddgraph (85)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (4)
debrowser (133)
DECIPHER (485)
DEComplexDisease (5)
DeconRNASeq (124)
decontam (2)
DEDS (122)
DeepBlueR (107)
deepSNV (127)
DEFormats (187)
DEGraph (104)
DEGreport (130)
DEGseq (297)
DelayedArray (9180)
DelayedMatrixStats (91)
deltaGseg (94)
DeMAND (97)
DEP (51)
derfinder (324)
derfinderHelper (269)
derfinderPlot (132)
DEScan2 (2)
deseq (0)
DESeq (3116)
DESeq2 (7296)
DEsingle (2)
destiny (694)
DEsubs (105)
DEXSeq (687)
dexus (105)
DFP (96)
DiffBind (609)
diffcoexp (3)
diffcyt (1)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (91)
diffHic (131)
DiffLogo (94)
diffloop (103)
diffuStats (40)
diggit (91)
Director (77)
DirichletMultinomial (334)
discordant (75)
dks (92)
DMCHMM (36)
DMRcaller (100)
DMRcate (462)
DMRforPairs (95)
DMRScan (72)
dmrseq (3)
DNABarcodes (113)
DNAcopy (3300)
DNaseR (3)
DNAshapeR (107)
domainsignatures (96)
DominoEffect (4)
doppelgangR (87)
DOQTL (119)
Doscheda (33)
DOSE (2336)
drawProteins (7)
DRIMSeq (123)
DriverNet (111)
DropletUtils (13)
DrugVsDisease (96)
dSimer (82)
DSS (522)
DTA (92)
dualKS (93)
DupChecker (90)
dupRadar (983)
dyebias (98)
DynDoc (578)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (151)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (208)
EBarrays (169)
EBcoexpress (100)
EBImage (2043)
EBSEA (81)
EBSeq (530)
EBSeqHMM (118)
ecolitk (100)
EDASeq (1388)
edd (3)
EDDA (97)
edge (142)
edger (0)
edgeR (7979)
eegc (85)
EGAD (97)
EGSEA (188)
eiR (61)
eisa (120)
ELBOW (87)
ELMER (239)
EMDomics (93)
EmpiricalBrownsMethod (100)
ENCODExplorer (114)
ENmix (135)
EnrichedHeatmap (155)
EnrichmentBrowser (223)
enrichplot (48)
ensembldb (3727)
ensemblVEP (144)
ENVISIONQuery (89)
EpiCluster (0)
EpiDISH (42)
epigenomix (104)
epiNEM (73)
epivizr (130)
epivizrChart (37)
epivizrData (116)
epivizrServer (112)
epivizrStandalone (96)
erccdashboard (117)
erma (195)
esATAC (58)
esetVis (87)
eudysbiome (82)
EventPointer (84)
EWCE (49)
ExiMiR (100)
exomeCopy (268)
exomecopy (0)
exomePeak (127)
exonfindR (0)
exonmap (7)
ExperimentHub (202)
ExperimentHubData (87)
explorase (83)
ExpressionAtlas (103)
ExpressionView (93)
exprExternal (1)
externalVector (3)

F

fabia (185)
facopy (88)
factDesign (106)
FamAgg (89)
farms (110)
fastLiquidAssociation (89)
fastseg (346)
fbat (1)
fCCAC (79)
fCI (89)
fdrame (98)
FELLA (2)
FEM (307)
ffpe (110)
FGNet (163)
fgsea (2377)
FindMyFriends (116)
FISHalyseR (90)
FitHiC (106)
flagme (97)
flipflop (104)
flowAI (126)
flowBeads (90)
flowBin (88)
flowcatchR (89)
flowCHIC (87)
flowCL (136)
flowClean (123)
flowClust (291)
flowCore (1221)
flowCyBar (91)
flowDensity (145)
flowFit (95)
flowFlowJo (6)
flowFP (114)
flowMap (94)
flowMatch (94)
flowMeans (197)
flowMerge (139)
flowPeaks (146)
flowPhyto (4)
flowPloidy (84)
flowPlots (95)
flowq (0)
flowQ (126)
flowQB (93)
FlowRepositoryR (94)
FlowSOM (336)
flowStats (318)
flowTime (67)
flowTrans (118)
flowType (118)
flowUtils (381)
flowViz (569)
flowVS (96)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (523)
fmcsR (188)
focalCall (89)
FourCSeq (108)
FRGEpistasis (95)
frma (240)
frmaTools (112)
FunChIP (78)
FunciSNP (110)
funtooNorm (70)

G

GA4GHclient (75)
GA4GHshiny (42)
gaga (104)
gage (912)
gaggle (89)
gaia (168)
GAprediction (75)
garfield (79)
GARS (2)
GateFinder (2)
gaucho (85)
gcapc (78)
gcatest (84)
gCMAP (75)
gCMAPWeb (60)
gCrisprTools (82)
gcrma (1661)
GDCRNATools (13)
GDSArray (1)
gdsfmt (811)
geecc (83)
GEM (84)
genArise (100)
genbankr (141)
GENE.E (63)
gene2pathway (3)
GeneAnswers (163)
geneAttribution (78)
GeneBreak (85)
geneClassifiers (69)
GeneExpressionSignature (104)
genefilter (9552)
genefu (231)
GeneGA (75)
GeneGeneInteR (89)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (133)
GeneNetworkBuilder (106)
GeneOverlap (157)
geneplast (82)
geneplotter (7050)
GeneR (4)
geneRecommender (95)
GeneRegionScan (90)
GeneRfold (2)
geneRxCluster (84)
GeneSelectMMD (101)
GeneSelector (134)
GENESIS (158)
GeneSpring (2)
GeneStructureTools (3)
geNetClassifier (125)
GeneticsBase (2)
GeneticsDesign (121)
GeneticsPed (150)
GeneTraffic (2)
GeneTS (1)
geneXtendeR (86)
GENIE3 (115)
genoCN (94)
GenoGAM (88)
genomation (304)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (249)
GenomeInfoDb (13745)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (356)
genomeintervals (0)
genomes (118)
GenomicAlignments (10213)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (155)
GenomicFeatures (8799)
GenomicFiles (596)
GenomicInteractions (158)
GenomicRanges (15948)
GenomicScores (199)
GenomicTuples (95)
Genominator (110)
genoset (223)
genotypeeval (88)
GenoView (7)
genphen (76)
GenRank (82)
GenVisR (276)
GEOmetadb (250)
GEOquery (4032)
GEOsearch (73)
GEOsubmission (96)
gep2pep (7)
gespeR (105)
GEWIST (86)
gff3Plotter (1)
GGBase (153)
ggbio (1696)
ggcyto (288)
GGtools (143)
ggtree (1108)
girafe (146)
GISPA (68)
GLAD (206)
Glimma (594)
GlobalAncova (183)
globalSeq (85)
globaltest (522)
gmapR (91)
GMRP (75)
goCluster (1)
GOexpress (152)
GOfuncR (7)
GOFunction (113)
GoogleGenomics (97)
GOpro (86)
goProfiles (148)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2434)
goseq (920)
GOSim (143)
goSTAG (75)
gostats (0)
GOstats (2013)
GOsummaries (138)
GOTHiC (115)
goTools (135)
gotools (0)
gpls (185)
gprege (86)
gQTLBase (203)
gQTLstats (208)
graph (8539)
GraphAlignment (101)
GraphAT (91)
graphite (750)
GraphPAC (103)
GRENITS (94)
GreyListChIP (94)
GRmetrics (112)
groHMM (105)
GRridge (71)
GSALightning (77)
GSAR (162)
GSCA (90)
GSEABase (3203)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (3)
GSEAlm (154)
gsean (6)
GSReg (89)
GSRI (90)
GSVA (547)
gtrellis (123)
GUIDEseq (96)
Guitar (97)
Gviz (2657)
gwascat (201)
GWASTools (311)

H

h5vc (101)
hapFabia (99)
Harman (88)
Harshlight (94)
harshlight (0)
HCsnip (85)
HDF5Array (1023)
HDTD (84)
heatmaps (118)
Heatplus (643)
HelloRanges (98)
HELP (98)
HEM (91)
hexbin (8)
hiAnnotator (101)
HIBAG (111)
HiCcompare (40)
hicrep (80)
hierGWAS (86)
HilbertCurve (126)
HilbertVis (309)
HilbertVisGUI (80)
hipathia (2)
hiReadsProcessor (71)
HiTC (210)
hmdbQuery (6)
HMMcopy (159)
hopach (221)
hpar (221)
HTqPCR (218)
HTSanalyzeR (154)
HTSeqGenie (66)
htseqtools (0)
htSeqTools (162)
HTSFilter (169)
HybridMTest (95)
hyperdraw (124)
hypergraph (161)

I

iASeq (88)
iasva (0)
iBBiG (142)
ibh (88)
iBMQ (83)
iCARE (83)
Icens (316)
iCheck (93)
iChip (88)
iClusterPlus (148)
iCNV (3)
iCOBRA (86)
ideal (82)
ideogram (0)
IdeoViz (123)
idiogram (92)
IdMappingAnalysis (84)
IdMappingRetrieval (85)
iFlow (3)
iGC (83)
igvR (1)
IHW (411)
illuminaio (1750)
imageHTS (103)
IMAS (73)
Imetagene (81)
IMMAN (2)
ImmuneSpaceR (87)
immunoClust (88)
IMPCdata (80)
ImpulseDE (84)
ImpulseDE2 (79)
impute (4656)
InPAS (85)
INPower (84)
inSilicoDb (35)
inSilicoMerging (33)
insilicomerging (0)
INSPEcT (93)
InTAD (1)
intansv (105)
InteractionSet (196)
interactiveDisplay (267)
interactiveDisplayBase (3569)
IntEREst (73)
InterMineR (37)
IntramiRExploreR (34)
inversion (0)
inveRsion (88)
IONiseR (120)
iontree (94)
iPAC (109)
IPO (143)
IPPD (164)
IRanges (21715)
IrisSpatialFeatures (30)
iSEE (4)
iSeq (94)
iSNetwork (1)
isobar (189)
IsoformSwitchAnalyzeR (60)
IsoGeneGUI (89)
ISoLDE (79)
isomiRs (89)
iSPlot (1)
ITALICS (90)
iterativeBMA (93)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (90)
iterClust (34)
iteremoval (7)
IVAS (87)
ivygapSE (29)
IWTomics (66)

J

JASPAR2018 (53)
jmosaics (11)
joda (91)
JunctionSeq (135)

K

karyoploteR (202)
KCsmart (89)
kebabs (160)
KEGGgraph (1920)
KEGGlincs (87)
keggorth (1)
keggorthology (123)
KEGGprofile (193)
KEGGREST (2632)
KEGGSOAP (6)
kimod (82)
kissDE (6)

L

lapmix (91)
LBE (143)
ldblock (184)
LEA (271)
LedPred (82)
les (92)
lfa (207)
limma (15149)
limmaGUI (152)
LINC (83)
LineagePulse (8)
Linnorm (116)
LiquidAssociation (91)
lmdme (94)
LMGene (105)
LOBSTAHS (95)
loci2path (9)
logicFS (225)
logitT (90)
Logolas (105)
lol (88)
LOLA (148)
LowMACA (86)
LPE (114)
LPEadj (93)
lpNet (87)
lpsymphony (465)
lumi (897)
LVSmiRNA (95)
LymphoSeq (91)

M

M3C (30)
M3D (90)
M3Drop (172)
maanova (122)
macat (93)
maCorrPlot (94)
MACPET (5)
maDB (3)
madb (0)
made4 (352)
MADSEQ (80)
maftools (523)
MAGeCKFlute (7)
maigesPack (95)
MAIT (120)
makecdfenv (226)
makePlatformDesign (2)
MANOR (93)
manta (92)
MantelCorr (90)
mAPKL (83)
maPredictDSC (88)
mapscape (70)
marray (1163)
martini (2)
maser (0)
maSigPro (277)
maskBAD (89)
MassArray (99)
massarray (0)
massiR (89)
MassSpecWavelet (766)
MAST (393)
matchBox (85)
matchprobes (3)
Matrix (0)
MatrixRider (86)
matter (121)
MaxContrastProjection (68)
MBAmethyl (78)
MBASED (95)
MBCB (92)
mBPCR (91)
MBttest (70)
mcaGUI (92)
MCbiclust (75)
MCRestimate (95)
mCSEA (5)
mdgsa (98)
mdp (1)
mdqc (99)
MDTS (2)
MEAL (87)
MeasurementError.cor (91)
MEDIPS (160)
MEDME (91)
MEIGOR (100)
mergemaid (0)
MergeMaid (140)
Mergeomics (84)
MeSHDbi (169)
meshes (88)
meshr (128)
MeSHSim (50)
messina (82)
metaArray (129)
metaarray (0)
Metab (103)
metabomxtr (94)
MetaboSignal (87)
metaCCA (85)
MetaCyto (33)
metagene (117)
metagenomeFeatures (90)
metagenomeSeq (570)
MetaGxOvarian (4)
metahdep (88)
metaMS (111)
MetaNeighbor (5)
metaR (0)
metaSeq (99)
metaseqR (111)
metavizr (82)
metaX (10)
MetCirc (84)
methimpute (31)
methInheritSim (38)
MethPed (76)
MethTargetedNGS (80)
methVisual (96)
methyAnalysis (177)
MethylAid (105)
methylInheritance (69)
methylKit (362)
MethylMix (113)
methylMnM (85)
methylPipe (128)
MethylSeekR (106)
methylumi (1001)
methyvim (33)
mfa (41)
Mfuzz (305)
mfuzz (0)
MGFM (86)
MGFR (77)
mgsa (108)
MiChip (88)
microbiome (116)
microRNA (183)
MIGSA (74)
mimager (65)
MIMOSA (90)
MineICA (94)
minet (798)
minfi (1525)
MinimumDistance (88)
MiPP (92)
MIRA (34)
MiRaGE (93)
miRBaseConverter (40)
miRcomp (80)
mirIntegrator (85)
miRLAB (99)
miRmine (30)
miRNAmeConverter (88)
miRNApath (115)
miRNAtap (137)
miRsponge (31)
Mirsynergy (91)
missMethyl (462)
missRows (2)
mitoODE (82)
MLInterfaces (323)
MLP (107)
MLSeq (126)
MMDiff (12)
MMDiff2 (81)
mmgmos (1)
mmnet (51)
MmPalateMiRNA (94)
MODA (84)
mogsa (95)
monocle (856)
MoonlightR (85)
MoPS (85)
mosaics (159)
motifbreakR (110)
motifcounter (69)
MotifDb (317)
motifmatchr (45)
motifRG (127)
motifStack (396)
MotIV (369)
MPFE (81)
mpra (33)
mQTL.NMR (96)
msa (669)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (67)
MSGFgui (159)
MSGFplus (191)
msmsEDA (180)
msmsTests (176)
MSnbase (1124)
MSnID (179)
msPurity (85)
msQC (0)
MSstats (260)
MSstatsQC (36)
MSstatsQCgui (1)
mtbls2 (0)
Mulcom (140)
MultiAssayExperiment (379)
multiClust (121)
MultiDataSet (108)
MultiMed (81)
multiMiR (53)
multiOmicsViz (72)
multiscan (89)
multtest (5047)
muscle (178)
MutationalPatterns (148)
MVCClass (93)
mvGST (87)
MWASTools (90)
mygene (359)
myvariant (103)
mzID (990)
mzR (1279)

N

NADfinder (68)
NanoStringDiff (117)
NanoStringQCPro (111)
NarrowPeaks (92)
ncdfFlow (457)
NCIgraph (108)
ndexr (39)
neaGUI (17)
nem (152)
netbenchmark (96)
netbiov (108)
NetCRG (0)
nethet (87)
NetPathMiner (111)
netprioR (73)
netReg (69)
netresponse (97)
NetSAM (86)
netSmooth (1)
networkBMA (95)
NGScopy (86)
nnNorm (91)
NOISeq (509)
nondetects (96)
normalize450K (77)
NormqPCR (262)
normr (82)
npGSEA (98)
NTW (86)
nucleoSim (81)
nucleR (104)
nucler (0)
nudge (88)
NuPoP (93)

O

occugene (86)
OCplus (153)
odseq (77)
OGSA (79)
oligo (1411)
oligoClasses (1442)
OLIN (95)
OLINgui (90)
OmaDB (1)
omicade4 (111)
omiccircos (0)
OmicCircos (268)
omicplotR (4)
omicRexposome (20)
OmicsMarkeR (102)
omicsPrint (6)
Onassis (25)
oncomix (31)
OncoScore (92)
OncoSimulR (98)
oneChannelGUI (99)
oneSENSE (34)
ontoCAT (107)
ontoProc (30)
ontoTools (2)
openCyto (225)
openPrimeR (35)
openPrimeRui (30)
OperaMate (72)
oposSOM (104)
oppar (74)
OPWeight (39)
OrderedList (248)
ORFik (1)
Organism.dplyr (141)
OrganismDbi (2096)
OSAT (97)
Oscope (94)
OTUbase (94)
OutlierD (104)

P

PAA (109)
PADOG (189)
paircompviz (93)
pairseqsim (1)
pamr (4)
PAN (0)
pandaR (100)
panelcn.mops (34)
PAnnBuilder (108)
panp (113)
PANR (91)
PanVizGenerator (84)
PAPi (103)
parglms (80)
parody (160)
Path2PPI (96)
pathifier (218)
PathNet (108)
PathoStat (99)
pathprint (67)
pathRender (93)
pathVar (82)
pathview (1969)
PathwaySplice (34)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (138)
Pbase (106)
pbcmc (81)
pcaExplorer (233)
pcaGoPromoter (141)
pcaMethods (2228)
PCAN (79)
pcot2 (132)
PCpheno (91)
pcxn (31)
pdInfoBuilder (180)
pdmclass (74)
PECA (95)
pepStat (89)
pepXMLTab (95)
perturbatr (2)
PGA (97)
pgca (68)
PGSEA (214)
pgUtils (3)
phantasus (2)
PharmacoGx (127)
phenoDist (88)
phenopath (42)
phenoTest (127)
PhenStat (91)
philr (88)
phosphonormalizer (75)
phyloseq (1973)
Pi (85)
piano (345)
pickgene (92)
PICS (149)
Pigengene (85)
PING (94)
pint (93)
pkgDepTools (122)
plateCore (95)
plethy (85)
plgem (103)
plier (237)
PLPE (92)
plrs (85)
plw (86)
plyranges (2)
pmm (79)
podkat (87)
pogos (4)
polyester (157)
Polyfit (85)
POST (64)
PowerExplorer (1)
powerTCR (4)
PPInfer (79)
ppiStats (101)
pqsfinder (90)
prada (265)
prebs (88)
PREDA (96)
predictionet (53)
preprocessCore (7447)
Prize (82)
proBAMr (98)
PROcess (188)
procoil (94)
ProCoNA (88)
proFIA (89)
profileScoreDist (72)
progeny (36)
pRoloc (234)
pRolocGUI (104)
PROMISE (89)
PROPER (110)
PROPS (30)
Prostar (113)
prot2D (92)
proteinProfiles (86)
ProteomicsAnnotationHubData (87)
proteoQC (103)
ProtGenerics (3395)
PSEA (87)
psichomics (92)
PSICQUIC (114)
psygenet2r (95)
puma (149)
PureCN (119)
pvac (97)
pvca (153)
Pviz (104)
PWMEnrich (141)
pwOmics (90)
pxr (0)

Q

qcmetrics (96)
QDNAseq (173)
qpcrNorm (101)
qpgraph (212)
qrqc (171)
qsea (83)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (102)
quantro (119)
quantsmooth (345)
QuartPAC (86)
QuasR (288)
QuaternaryProd (77)
QUBIC (117)
qusage (168)
qvalue (4248)

R

R3CPET (82)
r3Cseq (139)
R453Plus1Toolbox (92)
R4RNA (85)
RaggedExperiment (231)
rain (106)
rama (98)
ramigo (0)
RamiGO (134)
ramwas (71)
RandomWalkRestartMH (1)
randPack (90)
RankProd (404)
RareVariantVis (84)
Rariant (88)
RbcBook1 (103)
RBGL (5122)
RBioinf (97)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (168)
RBM (78)
Rbowtie (299)
Rbowtie2 (61)
rbsurv (106)
Rcade (98)
RCAS (86)
RCASPAR (89)
rcellminer (103)
rCGH (102)
Rchemcpp (101)
RchyOptimyx (104)
RcisTarget (7)
RConferoMapping (0)
Rcpi (135)
RCy3 (176)
RCyjs (84)
RCytoscape (281)
RDAVIDWebService (369)
Rdbi (2)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (89)
Rdisop (261)
RDRToolbox (191)
ReactomePA (659)
readat (95)
ReadqPCR (275)
reb (87)
recount (243)
recoup (80)
RedeR (180)
REDseq (132)
RefNet (85)
RefPlus (93)
regioneR (736)
regionReport (162)
regsplice (79)
REMP (86)
Repitools (268)
ReportingTools (770)
reposTools (1)
ReQON (85)
Resourcerer (4)
restfulSE (36)
rexposome (33)
rfcdmin (1)
rflowcyt (3)
rfPred (88)
rGADEM (444)
RGalaxy (97)
Rgin (3)
RGMQL (6)
RGraph2js (77)
Rgraphviz (4985)
rGREAT (135)
RGSEA (111)
rgsepd (85)
rhdf5 (5272)
rhdf5client (39)
Rhdf5lib (697)
Rhtslib (584)
rHVDM (84)
RiboProfiling (112)
riboSeq (0)
riboSeqR (105)
RImmPort (84)
Ringo (293)
Rintact (1)
RIPSeeker (141)
Risa (103)
RITAN (65)
RIVER (73)
RJMCMCNucleosomes (71)
RLMM (89)
RMAGEML (1)
Rmagpie (86)
RMAPPER (3)
RMassBank (119)
rMAT (78)
RmiR (90)
rmir (0)
RNAdecay (1)
RNAinteract (90)
RNAither (92)
rnaither (0)
RNAprobR (83)
rnaseqcomp (86)
RnaSeqGeneEdgeRQL (99)
rnaSeqMap (98)
RNASeqPower (174)
RnaSeqSampleSize (117)
RnBeads (254)
Rnits (90)
roar (104)
ROC (720)
Roleswitch (108)
Rolexa (11)
rols (209)
roma (4)
ROntoTools (112)
ropls (300)
ROTS (150)
RPA (124)
RProtoBufLib (197)
RpsiXML (114)
rpx (297)
Rqc (128)
rqt (71)
rqubic (136)
rRDP (85)
Rredland (1)
RRHO (107)
Rsamtools (9770)
rsbml (136)
RSeqAn (1)
rSFFreader (56)
RSNPper (1)
Rsubread (1733)
RSVSim (97)
rTANDEM (205)
RTCA (96)
RTCGA (371)
RTCGAToolbox (351)
RTN (135)
RTNduals (72)
RTNsurvival (36)
RTools4TB (2)
RTopper (92)
rtracklayer (9969)
Rtreemix (92)
rTRM (96)
rTRMui (87)
runibic (37)
Ruuid (3)
RUVcorr (95)
RUVnormalize (106)
RUVSeq (503)
RVS (32)
RWebServices (6)
rWikiPathways (2)

S

S4Vectors (21507)
safe (317)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (88)
SAGx (168)
samExploreR (59)
sampleClassifier (69)
SamSPECTRAL (130)
sangerseqR (241)
SANTA (94)
sapFinder (87)
saps (7)
savR (98)
sbgr (5)
SBMLR (107)
SC3 (462)
Scale4C (32)
SCAN.UPC (136)
scater (1366)
scDD (122)
scde (362)
scFeatureFilter (6)
scfind (50)
ScISI (104)
scmap (67)
scmeth (2)
SCnorm (83)
scone (135)
Sconify (2)
scoreInvHap (33)
scPipe (41)
scran (855)
scsR (79)
SDAMS (1)
segmentSeq (139)
SELEX (85)
SemDist (81)
semisup (70)
SemSim (2)
SEPA (83)
SEPIRA (1)
seq2pathway (94)
SeqArray (209)
seqbias (101)
seqCAT (29)
seqCNA (96)
seqcombo (37)
SeqGSEA (196)
seqLogo (895)
Seqnames (0)
seqPattern (295)
seqplots (154)
seqsetvis (2)
SeqSQC (30)
seqTools (108)
SeqVarTools (169)
sevenbridges (105)
sevenC (1)
SGSeq (145)
shinyMethyl (154)
shinyTANDEM (96)
ShortRead (3907)
shortread (0)
SIAMCAT (1)
SICtools (47)
sidap (0)
sigaR (100)
SigCheck (84)
sigFeature (0)
SigFuge (86)
siggenes (1586)
sights (74)
signeR (106)
signet (8)
sigPathway (163)
sigsquared (81)
SIM (90)
SIMAT (90)
SimBindProfiles (83)
similaRpeak (86)
SIMLR (183)
simpleaffy (801)
simulatorAPMS (2)
simulatorZ (83)
sincell (114)
SingleCellExperiment (611)
singleCellTK (2)
singscore (1)
SISPA (78)
sizepower (114)
SJava (6)
skewr (77)
slalom (37)
SLGI (94)
SLqPCR (107)
SMAP (87)
SMITE (91)
SNAData (1)
SNAGEE (86)
snapCGH (111)
snm (161)
snpAssoc (0)
SNPchip (241)
SNPediaR (87)
SNPhood (88)
snpMatrix (8)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (678)
snpStats (869)
soGGi (96)
SomatiCA (17)
SomaticSignatures (234)
SpacePAC (92)
spade (32)
sparseDOSSA (67)
SparseSignatures (2)
specL (97)
SpeCond (131)
SPEM (90)
SPIA (416)
SpidermiR (120)
spikeLI (84)
spkTools (90)
splatter (148)
splicegear (89)
spliceR (157)
spliceSites (91)
SplicingGraphs (135)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (81)
SPLINTER (79)
splots (226)
SPONGE (30)
spotSegmentation (93)
SQUADD (84)
SRAdb (534)
sRAP (89)
SRGnet (72)
srnadiff (6)
sscore (92)
sscu (77)
sSeq (114)
ssize (133)
SSPA (211)
ssviz (87)
stageR (33)
stam (1)
STAN (96)
staRank (86)
StarBioTrek (79)
Starr (96)
STATegRa (98)
statTarget (125)
stepNorm (91)
stepwiseCM (53)
Streamer (88)
STRINGdb (398)
STROMA4 (68)
subSeq (97)
SummarizedBenchmark (3)
SummarizedExperiment (12860)
supraHex (505)
survcomp (446)
Sushi (254)
sva (2791)
SVAPLSseq (75)
SVM2CRM (77)
SWATH2stats (105)
SwathXtend (76)
swfdr (66)
SwimR (80)
switchBox (98)
switchde (82)
synapter (169)
synergyfinder (112)
synlet (76)
systemPipeR (673)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (94)
TargetSearch (92)
targetsearch (0)
TarSeqQC (91)
TCC (203)
TCGAbiolinks (1030)
TCGAbiolinksGUI (144)
TCGAutils (1)
TCseq (81)
TDARACNE (93)
tdaracne (0)
tenXplore (29)
TEQC (120)
ternarynet (82)
TFARM (30)
TFBSTools (353)
TFEA.ChIP (6)
TFHAZ (30)
TFutils (1)
tiger (0)
tigre (98)
tilingArray (138)
timecourse (124)
TimerQuant (0)
timescape (70)
TIN (80)
TissueEnrich (2)
TitanCNA (114)
tkWidgets (554)
TMixClust (40)
TnT (35)
tofsims (85)
ToPASeq (60)
topdownr (32)
topGO (2131)
topicmodels (0)
TPP (107)
tracktables (92)
trackViewer (205)
transcriptogramer (30)
transcriptR (81)
tRanslatome (90)
TransView (90)
traseR (86)
treeio (735)
trena (26)
TReNA (26)
Trendy (5)
triform (83)
trigger (86)
trio (113)
triplex (91)
tRNAscanImport (2)
TRONCO (117)
TSCAN (192)
tspair (106)
TSRchitect (76)
TSSi (91)
TTMap (3)
TurboNorm (84)
TVTB (74)
tweeDEseq (116)
twilight (243)
twoddpcr (74)
tximport (1820)
TxRegInfra (1)
TypeInfo (85)

U

UNDO (86)
unifiedWMWqPCR (84)
UniProt.ws (241)
Uniquorn (76)
uSORT (74)

V

VanillaICE (122)
variancePartition (139)
VariantAnnotation (4774)
VariantFiltering (132)
VariantTools (130)
vbmp (140)
Vega (87)
VegaMC (84)
vidger (3)
viper (155)
virtualArray (15)
vsn (2622)
vtpnet (80)
vulcan (31)

W

wateRmelon (507)
wavClusteR (92)
waveTiling (87)
weaver (118)
webbioc (96)
widgetInvoke (1)
widgetTools (566)
wiggleplotr (77)

X

XBSeq (92)
xcms (958)
XDE (85)
xmapbridge (85)
xmapcore (2)
xps (100)
XVector (14705)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (88)
YAPSA (85)
yaqcaffy (120)
yarn (90)

Z

zFPKM (38)
zinbwave (106)
zlibbioc (16565)