Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-08-22 08:43:49 -0400 (Tue, 22 Aug 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (27136)
2BiocGenerics (20387)
3S4Vectors (19012)
4IRanges (18632)
5Biobase (17672)
6AnnotationDbi (16787)
7zlibbioc (14378)
8XVector (13193)
9GenomicRanges (13049)
10limma (12885)
11GenomeInfoDb (12591)
12Biostrings (11986)
13BiocParallel (11630)
14SummarizedExperiment (9644)
15annotate (9479)
16Rsamtools (8733)
17GenomicAlignments (8569)
18rtracklayer (8556)
19genefilter (8276)
20biomaRt (8259)
21GenomicFeatures (7921)
22graph (7694)
23preprocessCore (6526)
24edgeR (6465)
25DESeq2 (6178)
26geneplotter (5775)
27affy (5214)
28BSgenome (4940)
29affyio (4838)
30VariantAnnotation (4596)
31RBGL (4440)
32Rgraphviz (4436)
33multtest (4372)
34rhdf5 (4042)
35impute (3760)
36AnnotationHub (3511)
37qvalue (3499)
38GEOquery (3329)
39interactiveDisplayBase (2968)
40ShortRead (2899)
41DESeq (2869)
42ensembldb (2858)
43biovizBase (2831)
44Gviz (2749)
45GSEABase (2723)
46DNAcopy (2628)
47DelayedArray (2174)
48KEGGREST (2169)
49sva (2108)
50Category (2048)
51AnnotationForge (2029)
52vsn (2009)
53GOstats (1843)
54topGO (1829)
55GOSemSim (1746)
56EBImage (1708)
57clusterProfiler (1701)
58OrganismDbi (1682)
59DOSE (1670)
60gcrma (1656)
61ggbio (1633)
62pcaMethods (1624)
63illuminaio (1624)
64BiocStyle (1594)
65KEGGgraph (1569)
66minfi (1562)
67phyloseq (1555)
68ProtGenerics (1525)
69siggenes (1491)
70oligoClasses (1402)
71pathview (1395)
72bumphunter (1379)
73oligo (1358)
74ComplexHeatmap (1352)
75affxparser (1299)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (149)
a4Base (178)
a4Classif (141)
a4Core (187)
a4Preproc (178)
a4Reporting (148)
ABAData (0)
ABAEnrichment (122)
ABAFuncData (0)
ABarray (143)
ABSSeq (149)
acde (110)
acepack (0)
aCGH (222)
ACME (148)
ADaCGH2 (128)
adSplit (123)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1299)
affy (5214)
affycomp (210)
AffyCompatible (138)
affyContam (130)
affycoretools (468)
affydata (1)
AffyExpress (139)
affyILM (120)
affyio (4838)
affylmGUI (214)
affyPara (133)
affypdnn (161)
affyPLM (1201)
affyQCReport (359)
AffyRNADegradation (128)
AffyTiling (36)
AGDEX (118)
Agi4x44PreProcess (16)
agilp (201)
AgiMicroRna (165)
AIMS (261)
ALDEx2 (153)
AllelicImbalance (133)
AllSorts (1)
alpine (91)
alpineData (0)
alsace (114)
altcdfenvs (143)
AMOUNTAIN (78)
amplican (1)
ampliQueso (107)
AnalysisPageServer (108)
anamiR (82)
Anaquin (78)
AneuFinder (112)
AneuFinderData (1)
AnimalGene2QTL (0)
annaffy (561)
AnnBuilder (5)
annmap (96)
annotate (9479)
annotation (30)
AnnotationDbi (16787)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (561)
AnnotationForge (2029)
AnnotationFuncs (156)
AnnotationHub (3511)
AnnotationHubData (140)
Annotations (0)
annotationTools (176)
annotatr (105)
annotatr.data (1)
anota (130)
antiProfiles (114)
apcluster (0)
apComplex (141)
applera (2)
aroma.light (1181)
ArrayExpress (447)
ArrayExpressHTS (69)
arrayMagic (2)
arraymvout (0)
arrayMvout (116)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (156)
arrayQualityMetrics (477)
arrays (52)
ArrayTools (186)
ArrayTV (118)
ARRmNormalization (119)
ASAFE (72)
ASEB (116)
ASGSCA (112)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (5)
ASpli (91)
ASSET (118)
ASSIGN (116)
ATACqc (1)
ATACseqQC (28)
AtlasRDF (110)
attract (122)

B

BaalChIP (75)
BAC (117)
bacon (118)
BADER (108)
BadRegionFinder (90)
BAGS (109)
ballgown (659)
bamsignals (187)
banocc (23)
base64enc (0)
basecallQC (26)
BaseSpaceR (130)
Basic4Cseq (123)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (97)
BatchJobs (0)
BatchQC (151)
BayesKnockdown (70)
BayesPeak (173)
baySeq (456)
BBCAnalyzer (96)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (136)
beachmat (5)
beadarray (650)
beadarraySNP (133)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (605)
BeadExplorer (1)
BEAT (113)
BEclear (104)
betr (105)
bgafun (113)
BgeeDB (123)
BGmix (58)
bgx (122)
BHC (184)
BicARE (164)
BiGGR (123)
BigMatrix (0)
bigmelon (74)
bigmemoryExtras (75)
bim (1)
bioassayR (152)
Biobase (17672)
biobroom (151)
bioCancer (87)
BiocCaseStudies (121)
BiocCheck (330)
biocDatasets (3)
BiocFileCache (37)
BiocGenerics (20387)
biocGraph (183)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstaller (27136)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (26)
BiocParallel (11630)
BiocSklearn (0)
BiocStyle (1594)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (449)
BiocWorkflowTools (79)
bioDist (332)
biodist (0)
biomaRt (8259)
BioMedR (29)
biomformat (1129)
BioMVCClass (112)
biomvRCNS (112)
BioNet (282)
BioQC (92)
BioSeqClass (128)
biosigner (117)
biostrings (0)
Biostrings (11986)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (106)
biotmle (24)
biovizBase (2831)
BiRewire (170)
birta (115)
birte (111)
BiSeq (199)
bitops (0)
BitSeq (279)
blima (106)
blimaTestingData (0)
BLMA (25)
BPRMeth (73)
BRAIN (183)
BrainStars (118)
branchpointer (26)
brew (0)
BRGEdata (1)
bridge (114)
BridgeDbR (121)
BrowserViz (92)
BrowserVizDemo (69)
BSgenome (4940)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (565)
BubbleTree (117)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (126)
BufferedMatrixMethods (121)
BUMHMM (27)
bumphunter (1379)
BUS (111)
BuxcoR (0)

C

CAFE (101)
CAGEr (149)
CALIB (118)
CAMERA (403)
camera (0)
canceR (113)
cancerclass (111)
CancerInSilico (67)
CancerMutationAnalysis (122)
CancerSubtypes (89)
CAnD (98)
caOmicsV (98)
Cardinal (137)
casper (118)
CATALYST (25)
Category (2048)
categoryCompare (97)
CausalR (103)
ccdata (0)
ccmap (77)
CCPROMISE (67)
ccrepe (117)
cellbaseR (23)
cellGrowth (113)
cellHTS (43)
cellHTS2 (224)
cellity (107)
CellMapper (77)
CellMapperData (0)
cellnoptr (0)
CellNOptR (151)
cellscape (30)
cellTree (115)
CEMiTool (0)
CexoR (114)
CFAssay (105)
CGEN (139)
CGHbase (234)
CGHcall (219)
cghMCR (214)
CGHnormaliter (120)
CGHregions (133)
cghregions (0)
ChAMP (371)
ChAMPdata (0)
charm (136)
checkmate (0)
ChemmineOB (220)
ChemmineR (429)
Chicago (120)
chimera (168)
chimeraviz (35)
ChIPComp (111)
chipenrich (131)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (27)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (667)
ChIPQC (237)
ChIPseeker (477)
ChipSeq (0)
chipseq (425)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (174)
ChIPsim (167)
ChIPXpress (89)
chopsticks (345)
chroGPS (106)
chromDraw (103)
ChromHeatMap (131)
ChromoViz (1)
chromPlot (104)
chromstaR (75)
chromstaRData (0)
CHRONOS (98)
CINdex (90)
cisPath (115)
ClassifyR (124)
cleanUpdTSeq (109)
cleaver (205)
clippda (115)
clipper (154)
Clomial (108)
Clonality (114)
clonotypeR (113)
clst (112)
clstutils (103)
clustComp (93)
clusterExperiment (90)
ClusterJudge (1)
clusterProfiler (1701)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (26)
ClusterSignificance (96)
clusterStab (156)
CMA (181)
CMEA (1)
cn.farms (111)
cn.mops (225)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (132)
cnanorm (0)
CNEr (278)
CNORdt (117)
CNORfeeder (111)
CNORfuzzy (115)
CNORode (122)
CNPBayes (97)
CNTools (292)
cnvGSA (108)
CNVPanelizer (111)
CNVrd2 (113)
CNVtools (128)
cnvtools (0)
cobindR (103)
CoCiteStats (114)
codelink (122)
codetoolsBioC (0)
CODEX (144)
coexnet (3)
CoGAPS (110)
cogena (120)
coGPS (104)
COHCAP (129)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (136)
COMPASS (114)
compcodeR (120)
compEpiTools (128)
CompGO (124)
ComplexHeatmap (1352)
CONFESS (86)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (914)
consensusOV (1)
consensusSeekeR (99)
contiBAIT (85)
conumee (128)
convert (222)
copa (118)
COPDSexualDimorphism (3)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (262)
CopyNumber450k (36)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (142)
CoRegNet (121)
Cormotif (113)
CorMut (107)
coRNAi (86)
CORREP (115)
coseq (31)
cosmiq (107)
cosmo (6)
cosmoGUI (5)
COSNet (99)
CountClust (124)
covEB (69)
CoverageView (115)
covRNA (70)
cpvSNP (98)
cqn (193)
CRImage (147)
CRISPRseek (157)
crisprseekplus (69)
CrispRVariants (110)
crlmm (225)
crossmeta (79)
CSAR (178)
csaw (233)
CSSP (123)
ctc (337)
ctsGE (74)
cummeRbund (1227)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (155)
CVE (77)
cycle (115)
cydar (30)
cytofkit (218)
cytofWorkflow (1)
CytoML (68)

D

dada2 (381)
dagLogo (98)
daMA (109)
DaMiRseq (26)
DAPAR (122)
DAPARdata (0)
DART (113)
DASC (2)
DASiR (30)
DAVIDQuery (24)
davidquery (0)
DBChIP (144)
DBI (0)
dcGSA (87)
DChIPRep (101)
ddCt (170)
ddgraph (106)
DDiGGER (0)
debrowser (138)
DECIPHER (345)
DeconRNASeq (133)
DEDS (121)
DeepBlueR (96)
deepSNV (142)
DEFormats (138)
DEGraph (126)
DEGreport (112)
DEGseq (328)
DelayedArray (2174)
deltaGseg (105)
DeMAND (107)
derfinder (254)
derfinderData (0)
derfinderHelper (221)
derfinderPlot (125)
deseq (0)
DESeq (2869)
DESeq2 (6178)
destiny (448)
DEsubs (84)
DEXSeq (678)
dexus (126)
DFP (110)
dichromat (0)
DiffBind (624)
diffGeneAnalysis (105)
diffHic (140)
DiffLogo (104)
diffloop (82)
diffloopdata (1)
diffuStats (1)
digest (0)
diggit (107)
diggitdata (0)
Director (64)
DirichletMultinomial (270)
discordant (26)
dks (110)
DMRcaller (108)
DMRcate (431)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (109)
DMRScan (25)
DNABarcodes (111)
DNAcopy (2628)
DNaseR (6)
DNAshapeR (115)
domainsignatures (112)
doppelgangR (93)
DOQTL (122)
DOSE (1670)
DRIMSeq (96)
DriverNet (123)
DrugVsDisease (115)
dSimer (72)
DSS (415)
DTA (104)
dualKS (105)
DupChecker (99)
dupRadar (181)
DvDdata (0)
dyebias (112)
DynDoc (586)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (0)
EasyqpcR (152)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (247)
EBarrays (179)
EBcoexpress (114)
EBImage (1708)
EBSEA (86)
EBSeq (508)
EBSeqHMM (131)
ecolitk (117)
EDASeq (1081)
edd (6)
EDDA (109)
edge (161)
edger (0)
edgeR (6465)
eegc (73)
EfficientR (0)
EGAD (103)
EGSEA (152)
EGSEAdata (0)
eiR (67)
eisa (133)
ELBOW (98)
ELMER (153)
ELMER.data (0)
EMDomics (104)
EmpiricalBrownsMethod (95)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (125)
ENmix (126)
EnrichedHeatmap (132)
EnrichmentBrowser (193)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (2858)
ensemblVEP (164)
ENVISIONQuery (101)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
EpiDISH (1)
epigenomix (111)
epiNEM (25)
epivizr (159)
epivizrChart (4)
epivizrData (121)
epivizrServer (116)
epivizrStandalone (98)
eQTL (3)
erccdashboard (133)
erma (144)
esetVis (75)
eudysbiome (89)
EventPointer (30)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (84)
ExiMiR (113)
exomeCopy (252)
exomecopy (1)
exomePeak (132)
exonfindR (0)
exonmap (13)
ExperimentHub (132)
ExperimentHubData (89)
explorase (95)
ExpressionAtlas (102)
ExpressionNormalizationWorkflow (13)
expressionview (0)
ExpressionView (107)
exprExternal (1)
externalVector (6)

F

fabia (207)
facopy (100)
facopy.annot (0)
factDesign (124)
fail (0)
FamAgg (89)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (123)
fastLiquidAssociation (96)
fastseg (323)
fbat (5)
fCCAC (65)
fCI (94)
fdrame (111)
FEM (231)
ffpe (123)
FGNet (169)
fgsea (1219)
FindMyFriends (116)
FISHalyseR (99)
FitHiC (85)
flagme (107)
Fletcher2013a (0)
flipflop (118)
flowAI (108)
flowBeads (102)
flowBin (100)
flowcatchR (100)
flowCHIC (98)
flowCL (135)
flowClean (122)
flowClust (310)
flowCore (1206)
flowCyBar (104)
flowDensity (150)
flowFit (108)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (10)
flowFP (129)
flowMap (105)
flowMatch (105)
flowMeans (205)
flowMerge (148)
flowPeaks (149)
flowPhyto (7)
flowPloidy (67)
flowPloidyData (1)
flowPlots (106)
flowq (0)
flowQ (137)
flowQB (110)
FlowRepositoryR (98)
FlowSOM (228)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (322)
flowTime (22)
flowTrack (1)
flowTrans (121)
flowType (132)
flowUtils (292)
flowViz (549)
flowVS (105)
flowWorkspace (495)
fmcsR (194)
focalCall (98)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (114)
FRGEpistasis (98)
frma (267)
frmaTools (130)
fucci (1)
FunChIP (64)
FunciSNP (129)
funtooNorm (27)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (24)
GA4GHshiny (3)
gaga (119)
gage (737)
gaggle (110)
gaia (122)
GAprediction (65)
garfield (86)
gaucho (96)
gcapc (26)
gcatest (90)
gCMAP (113)
gCMAPWeb (94)
gCrisprTools (68)
gcrma (1656)
gdsfmt (764)
geecc (92)
GEM (71)
genArise (111)
genbankr (118)
GENE.E (125)
gene2pathway (6)
GeneAnswers (179)
geneAttribution (68)
GeneBreak (92)
geneClassifiers (24)
GeneExpressionSignature (119)
genefilter (8276)
genefu (274)
GeneGA (82)
GeneGeneInteR (72)
GeneGroupAnalysis (3)
GeneMeta (162)
GeneNetworkBuilder (99)
GeneOverlap (154)
geneplast (69)
geneplotter (5775)
GeneR (8)
geneRecommender (107)
GeneRegionScan (107)
generegulation (8)
GeneRfold (2)
geneRxCluster (96)
GeneSelectMMD (107)
GeneSelector (152)
GENESIS (155)
GeneSpring (6)
geNetClassifier (135)
GeneticsBase (4)
GeneticsDesign (139)
GeneticsPed (157)
GeneTraffic (5)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (77)
GENIE3 (0)
genoCN (106)
GenoGAM (95)
genomation (259)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (283)
GenomeInfoDb (12591)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (367)
genomes (138)
GenomicAlignments (8569)
GenomicDataCommons (40)
GenomicFeatures (7921)
GenomicFiles (538)
GenomicInteractions (135)
GenomicRanges (13049)
GenomicScores (43)
GenomicTuples (108)
Genominator (131)
genoset (228)
genotypeeval (90)
GenoView (12)
genphen (86)
GenRank (85)
GenVisR (231)
GEOmetadb (262)
geoquery (0)
GEOquery (3329)
GEOsearch (86)
GEOsubmission (108)
geosubmission (0)
gespeR (109)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (96)
gff3Plotter (1)
GGBase (170)
ggbio (1633)
ggcyto (224)
GGtools (161)
ggtree (939)
girafe (163)
GISPA (25)
GKnowMTest (0)
GLAD (224)
Glimma (355)
GlobalAncova (150)
globalSeq (87)
globaltest (467)
gmapR (103)
GMRP (85)
GOAL (0)
goCluster (3)
GOexpress (171)
GOFunction (131)
GoogleGenomics (98)
GOpro (70)
goProfiles (163)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1746)
goseq (735)
GOSim (161)
goSTAG (29)
gostats (0)
GOstats (1843)
GOsummaries (142)
GOTHiC (122)
goTools (159)
gotools (0)
gpls (191)
gprege (102)
gQTLBase (205)
gQTLstats (220)
graph (7694)
GraphAlignment (115)
GraphAT (102)
graphite (609)
GraphPAC (112)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (108)
GreyListChIP (105)
GRmetrics (79)
grndata (0)
groHMM (108)
GRridge (27)
GSALightning (86)
GSAR (142)
GSBenchMark (0)
GSCA (101)
GSE64985 (0)
GSEABase (2723)
GSEAlm (183)
GSReg (94)
GSRI (108)
GSVA (427)
gtkWidgets (0)
gtrellis (111)
GUIDEseq (103)
Guitar (97)
Gviz (2749)
gwascat (215)
GWASTools (320)

H

h5vc (117)
hapFabia (119)
Harman (92)
HarmanData (0)
Harshlight (111)
harshlight (0)
HCsnip (105)
HDF5Array (225)
HDTD (97)
healthyFlowData (0)
heatmaps (32)
Heatplus (674)
HelloRanges (70)
HelloRangesData (1)
HELP (109)
HEM (105)
hexbin (18)
hiAnnotator (102)
HIBAG (120)
HiCcompare (1)
hicrep (25)
hierGWAS (97)
highthroughputassays (9)
HilbertCurve (123)
hilbertvis (0)
HilbertVis (368)
HilbertVisGUI (82)
hiReadsProcessor (74)
HiTC (186)
Hmisc (0)
HMMcopy (166)
hopach (253)
hpar (216)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (236)
HTSanalyzeR (163)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (73)
htseqtools (0)
htSeqTools (177)
HTSFilter (180)
HybridMTest (97)
hyperdraw (137)
hypergraph (184)

I

iASeq (103)
iBBiG (152)
ibh (96)
iBMQ (98)
iCARE (85)
Icens (303)
iCheck (95)
iChip (100)
iClusterPlus (130)
iCOBRA (86)
ideal (24)
ideogram (0)
IdeoViz (124)
idiogram (109)
IdMappingAnalysis (94)
IdMappingRetrieval (102)
iFlow (5)
iGC (89)
IHW (298)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1624)
imageanalysisBrain (1)
imageHTS (119)
IMAS (25)
Imetagene (88)
ImmuneSpaceR (89)
immunoClust (96)
IMPCdata (87)
ImpulseDE (72)
ImpulseDE2 (23)
impute (3760)
InPAS (102)
INPower (96)
inSilicoDb (83)
inSilicoMerging (72)
insilicomerging (0)
INSPEcT (100)
intansv (112)
InteractionSet (148)
interactiveDisplay (293)
interactiveDisplayBase (2968)
IntEREst (23)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
IntramiRExploreR (2)
inveRsion (103)
IONiseR (139)
iontree (107)
iPAC (118)
IPO (97)
IPPD (159)
iranges (0)
IRanges (18632)
iSeq (105)
iSNetwork (1)
isobar (188)
IsoformSwitchAnalyzeR (4)
IsoGeneGUI (99)
ISoLDE (82)
isomiRs (93)
iSPlot (2)
ITALICS (106)
iterativeBMA (108)
iterativeBMAsurv (102)
iterators (0)
IVAS (94)
IWB2011 (0)
IWTomics (24)

J

JASPAR2016 (0)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (29)
joda (105)
JunctionSeq (135)

K

karyoploteR (41)
KCsmart (106)
kebabs (159)
KEGGgraph (1569)
KEGGlincs (71)
keggorth (3)
keggorthology (134)
KEGGprofile (200)
KEGGREST (2169)
KEGGSOAP (10)
KFAS (0)
kimod (84)

L

labeling (0)
lapmix (105)
latticeExtra (0)
LBE (155)
ldblock (116)
LEA (244)
LedPred (97)
les (108)
leukemiasEset (0)
lfa (221)
liftOver (20)
limma (12885)
limmaGUI (182)
LINC (70)
Linnorm (103)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (106)
lmdme (106)
LMGene (122)
LOBSTAHS (78)
logicFS (220)
logitt (0)
logitT (101)
Logolas (25)
lol (106)
LOLA (134)
LowMACA (96)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (134)
LPEadj (106)
LPEseq (0)
lpNet (101)
lpsymphony (314)
lumi (951)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (114)
lydata (0)
LymphoSeq (84)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3D (85)
M3DExampleData (0)
M3Drop (107)
maanova (145)
macat (111)
maCorrPlot (106)
maDB (4)
made4 (388)
MADSEQ (65)
maftools (233)
MAGEML (0)
maigesPack (108)
MAIT (129)
makecdfenv (236)
makePlatformDesign (4)
MANOR (106)
manta (105)
MantelCorr (102)
mAPKL (80)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (97)
mapscape (27)
marray (1147)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (271)
maskBAD (98)
MassArray (110)
massiR (102)
MassSpecWavelet (581)
MAST (176)
matchBox (97)
matchprobes (8)
Matrix (0)
MatrixRider (90)
matter (80)
MaxContrastProjection (24)
MBAmethyl (87)
MBASED (99)
MBCB (104)
mBPCR (105)
MBttest (80)
mcaGUI (106)
MCbiclust (26)
MCRestimate (109)
mdgsa (102)
mdqc (113)
MEAL (98)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (107)
MEDIPS (182)
MEDME (104)
MEIGOR (101)
MergeMaid (166)
Mergeomics (85)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (167)
meshes (69)
meshr (149)
MeSHSim (90)
messina (89)
metaArray (159)
Metab (113)
metabomxtr (101)
MetaboSignal (80)
metaCCA (85)
metagene (127)
metagenomeFeatures (91)
metagenomeSeq (548)
metahdep (105)
metaMS (120)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (106)
metaseqR (118)
metavizr (28)
metaX (32)
MetCirc (73)
MetCleaning (1)
methInheritSim (2)
MethPed (81)
MethTargetedNGS (89)
methVisual (114)
methyAnalysis (200)
MethylAid (118)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (12)
methylInheritance (22)
methylKit (234)
MethylMix (125)
methylMnM (94)
methylPipe (136)
MethylSeekR (117)
methylumi (968)
mfa (2)
Mfuzz (342)
MGFM (94)
MGFR (65)
mgsa (121)
MiChip (100)
microbiome (1)
microrna (0)
microRNA (201)
MIGSA (25)
mimager (23)
MIMOSA (99)
MineICA (104)
minet (731)
minfi (1562)
MinimumDistance (101)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (106)
MiRaGE (101)
miRBaseConverter (2)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (90)
miRcompData (0)
mirIntegrator (91)
miRLAB (99)
miRNAmeConverter (90)
miRNApath (137)
miRNAtap (144)
miRsponge (1)
Mirsynergy (99)
missMethyl (338)
mitoODE (96)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (310)
MLP (118)
MLSeq (135)
MMDiff (38)
MMDiff2 (86)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (2)
mmnet (93)
MmPalateMiRNA (108)
MODA (71)
mogsa (101)
monocle (464)
MONSTER (2)
MoonlightR (73)
MoPS (93)
mosaics (383)
motifbreakR (114)
motifcounter (23)
MotifDb (294)
motifmatchr (2)
motifRG (141)
motifStack (272)
MotIV (290)
MPFE (89)
mQTL.NMR (106)
msa (532)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (20)
MSGFgui (158)
MSGFplus (191)
MSIseqData (0)
msmsEDA (173)
msmsTests (176)
MSnbase (716)
MSnID (184)
msPurity (72)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (223)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (153)
MultiAssayExperiment (145)
multiClust (100)
MultiDataSet (101)
MultiMed (90)
multiOmicsViz (25)
multiscan (101)
multtest (4372)
munsell (0)
muscle (179)
MutationalPatterns (94)
MVCClass (106)
mvGST (99)
MWASTools (37)
mygene (366)
myvariant (104)
mzID (630)
mzR (1235)

N

NADfinder (21)
NanoStringDiff (108)
NanoStringQCPro (119)
NarrowPeaks (108)
ncdfFlow (414)
NCIgraph (132)
ndexr (2)
neaGUI (38)
nem (152)
netbenchmark (103)
netbiov (102)
NetCRG (2)
nethet (94)
NetPathMiner (118)
netprioR (61)
netReg (22)
netresponse (118)
NetSAM (100)
networkBMA (86)
NGScopy (97)
NGScopyData (0)
nnNorm (102)
NOISeq (451)
nondetects (110)
normalize450K (81)
NormqPCR (253)
normr (72)
npGSEA (110)
NTW (95)
nucleoSim (92)
nucleR (119)
nudge (100)
NuPoP (107)

O

occugene (99)
OCplus (178)
odseq (81)
OGSA (87)
oligo (1358)
oligoClasses (1402)
OLIN (109)
OLINgui (105)
omicade4 (119)
OmicCircos (262)
OmicsMarkeR (108)
omicsPrint (1)
Onassis (0)
OnassisJavaLibs (1)
OncoScore (96)
OncoSimulR (104)
oneChannelGUI (140)
oneSENSE (1)
ontoCAT (127)
ontoTools (5)
openCyto (204)
OperaMate (84)
oposSOM (110)
oppar (82)
OPWeight (2)
OrderedList (248)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (31)
OrganismDbi (1682)
OSAT (105)
Oscope (101)
OTUbase (109)
OutlierD (111)

P

PAA (123)
PADOG (168)
paircompviz (100)
pairseqsim (2)
pamr (7)
PAN (0)
pandaR (103)
PAnnBuilder (118)
panp (130)
PANR (102)
PanVizGenerator (88)
PAPi (110)
parglms (86)
parody (167)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (98)
pathifier (202)
PathNet (119)
PathNetData (0)
PathoStat (74)
pathprint (24)
pathprintGEOData (1)
pathRender (108)
pathVar (89)
pathview (1395)
PatientGeneSets (2)
paxtoolsr (167)
Pbase (109)
pbcmc (88)
pcaExplorer (172)
pcaGoPromoter (135)
pcaMethods (1624)
PCAN (86)
pcot2 (144)
PCpheno (102)
pdInfoBuilder (205)
pdmclass (107)
PECA (100)
pepDat (0)
pepStat (99)
pepXMLTab (99)
PGA (102)
pgca (21)
PGSEA (221)
pgUtils (4)
PharmacoGx (105)
phenoDist (98)
phenopath (1)
phenoTest (123)
PhenStat (101)
philr (69)
phosphonormalizer (31)
phyloseq (1555)
Pi (66)
piano (342)
pickgene (102)
PICS (179)
Pigengene (71)
PING (114)
pint (106)
pkgDepTools (136)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (106)
plethy (97)
plgem (112)
plier (265)
PLPE (104)
plrs (99)
plw (99)
plyr (0)
pmm (88)
podkat (101)
polyester (158)
Polyfit (91)
POST (23)
PPInfer (22)
ppiStats (114)
pqsfinder (84)
prada (275)
prebs (100)
prebsdata (0)
PREDA (105)
predictionet (59)
preprocessCore (6526)
Prize (88)
proBAMr (99)
PROcess (186)
procoil (103)
ProCoNA (98)
proFIA (74)
profileScoreDist (76)
pRoloc (239)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (116)
PROMISE (100)
PROPER (119)
Prostar (111)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (105)
proteinProfiles (96)
proteomics (16)
ProteomicsAnnotationHubData (87)
proteoQC (114)
ProtGenerics (1525)
PSEA (97)
psichomics (76)
PSICQUIC (127)
psygenet2r (96)
PtH2O2lipids (0)
puma (172)
PureCN (118)
pvac (112)
pvca (156)
Pviz (111)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (151)
pwOmics (97)
pxr (0)

Q

qcmetrics (103)
QDNAseq (174)
qpcrNorm (115)
qpgraph (237)
qrqc (192)
qsea (73)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (108)
quantro (126)
quantsmooth (378)
QuartPAC (92)
QuasR (297)
QuaternaryProd (81)
QUBIC (120)
QUBICdata (0)
qusage (162)
qvalue (3499)

R

R3CPET (93)
r3Cseq (153)
R453Plus1Toolbox (103)
R4RNA (86)
RaggedExperiment (34)
rain (109)
rama (109)
ramigo (0)
RamiGO (152)
ramwas (25)
randPack (102)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (429)
RareVariantVis (87)
Rariant (95)
RbcBook1 (110)
rbcbook1 (0)
RBGL (4440)
RBioinf (109)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (180)
RBM (88)
Rbowtie (308)
rbsurv (109)
Rcade (109)
RCAS (75)
RCASPAR (101)
rcellminer (116)
rcellminerData (0)
rCGH (105)
Rchemcpp (112)
RchyOptimyx (116)
RColorBrewer (0)
Rcpi (137)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (128)
RCyjs (88)
RCytoscape (330)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (357)
Rdbi (5)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (65)
rdisop (0)
Rdisop (228)
RDRToolbox (193)
ReactomePA (527)
readat (73)
ReadqPCR (260)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (105)
recount (147)
recountWorkflow (0)
recoup (85)
RedeR (182)
REDseq (150)
RefNet (99)
RefNet.db (0)
RefPlus (104)
regioneR (582)
regionReport (147)
regsplice (63)
REMP (26)
REMPdata (1)
Repitools (309)
ReportingTools (615)
reposTools (1)
ReQON (97)
Resourcerer (9)
rexposome (1)
rfcdmin (1)
rflowcyt (5)
rfPred (97)
rGADEM (372)
RGalaxy (110)
RGraph2js (80)
Rgraphviz (4436)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (130)
RGSEA (108)
rgsepd (95)
rhdf5 (4042)
Rhdf5lib (8)
Rhtslib (530)
rHVDM (98)
RiboProfiling (112)
riboSeq (0)
riboSeqR (115)
RImmPort (86)
Ringo (310)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (147)
Risa (114)
RITAN (16)
RIVER (22)
RJMCMCNucleosomes (25)
RLMM (103)
RMAGEML (2)
Rmagpie (100)
RMAPPER (6)
RMassBank (128)
rMAT (84)
rmat (0)
RmiR (120)
rmir (0)
RNAinteract (105)
RNAither (106)
RNAprobR (91)
RNAseq123 (54)
rnaseqcomp (94)
rnaseqGene (222)
RnaSeqGeneEdgeRQL (39)
rnaSeqMap (111)
RNASeqPower (192)
RnaSeqSampleSize (119)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (247)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (96)
roar (111)
ROC (628)
Roleswitch (111)
RoleswitchData (0)
Rolexa (35)
rols (236)
ROntoTools (120)
ropls (267)
ROTS (119)
RPA (132)
RProtoBufLib (4)
RpsiXML (125)
rpx (289)
Rqc (135)
rqt (25)
rqubic (148)
rRDP (96)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (127)
Rsamtools (8733)
rsbml (154)
rSFFreader (55)
RSNPper (3)
RSQLite (0)
Rsubread (876)
RSVSim (114)
rTANDEM (200)
RTCA (109)
RTCGA (331)
RTCGAToolbox (241)
RTN (136)
RTNduals (24)
RTNsurvival (3)
RTools4TB (4)
RTopper (102)
rtracklayer (8556)
Rtreemix (100)
rTRM (103)
rTRMui (92)
Ruuid (8)
RUVcorr (97)
RUVnormalize (113)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (388)
RVS (0)
RWebServices (13)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (19012)
safe (272)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (102)
sagx (0)
SAGx (179)
samExploreR (21)
sampleClassifier (25)
SamSPECTRAL (134)
sangerseqR (218)
SANTA (101)
sapFinder (100)
saps (27)
savR (117)
sbgr (18)
SBMLR (122)
SC3 (252)
Scale4C (2)
scales (0)
SCAN.UPC (153)
scater (646)
scDD (42)
scde (275)
ScISI (116)
SCLCBam (0)
scmap (1)
SCnorm (0)
scone (36)
scoreInvHap (2)
scran (445)
scRNAseq (0)
scsR (88)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (157)
SELEX (93)
SemDist (88)
semisup (22)
SemSim (7)
sendmailR (0)
SEPA (84)
seq2pathway (106)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (203)
seqbias (113)
seqCNA (102)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (219)
seqLogo (781)
Seqnames (0)
seqPattern (244)
seqplots (157)
seqTools (117)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (52)
SeqVarTools (171)
sevenbridges (109)
SGSeq (149)
shinyMethyl (160)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (102)
ShortRead (2899)
SICtools (46)
sidap (0)
sigaR (108)
SigCheck (96)
SigFuge (97)
siggenes (1491)
sights (64)
signeR (77)
sigPathway (180)
sigsquared (87)
SIM (106)
SIMAT (93)
SimBindProfiles (91)
similaRpeak (93)
SIMLR (107)
simpleaffy (850)
simpleSingleCell (44)
simulatorAPMS (5)
simulatorZ (92)
sincell (115)
SingleCellExperiment (4)
SISPA (82)
sizepower (140)
SJava (14)
skewr (84)
SLGI (103)
SLqPCR (119)
SMAP (98)
SMITE (90)
SNAData (1)
SNAGEE (96)
snapCGH (135)
snm (172)
snpAssoc (0)
SNPchip (271)
SNPediaR (70)
SNPhood (93)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (23)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (622)
snpStats (763)
SNPtools (0)
soGGi (103)
SomatiCA (47)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (241)
SpacePAC (101)
spade (88)
sparseDOSSA (24)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (101)
SpeCond (144)
SPEM (92)
SPIA (361)
SpidermiR (124)
spikeLI (97)
spkTools (102)
splatter (45)
splicegear (100)
spliceR (159)
spliceSites (100)
SplicingGraphs (142)
splineTCDiffExpr (14)
splineTimeR (83)
SPLINTER (67)
splots (227)
spotSegmentation (107)
SQUADD (94)
SRAdb (490)
sRAP (103)
SRGnet (60)
sscore (105)
sscu (76)
sSeq (116)
ssize (160)
ssizeRNA (0)
SSPA (177)
ssviz (88)
stam (2)
STAN (109)
staRank (93)
StarBioTrek (67)
Starr (112)
STATegRa (106)
statTarget (101)
stemHypoxia (0)
stepNorm (102)
stepwiseCM (100)
Streamer (99)
STRINGdb (300)
stringr (0)
STROMA4 (22)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (99)
SummarizedExperiment (9644)
supraHex (647)
survcomp (447)
Sushi (234)
sva (2108)
SVAPLSseq (64)
SVM2CRM (87)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (105)
SwathXtend (79)
swfdr (23)
SwimR (90)
switchBox (102)
switchde (68)
synapter (170)
synergyfinder (84)
synlet (84)
systemPipeR (585)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (109)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (111)
TarSeqQC (90)
TCC (211)
TCGAbiolinks (817)
TCGAbiolinksGUI (46)
TCGAWorkflow (5)
TCseq (24)
TDARACNE (104)
TEQC (131)
ternarynet (92)
tetradR (0)
TFARM (1)
TFBSTools (298)
tiger (0)
tigre (113)
tilingArray (156)
timecourse (139)
TimerQuant (0)
timescape (26)
TIN (88)
TitanCNA (119)
tkWidgets (547)
tofsims (88)
ToPASeq (81)
topGO (1829)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (124)
tracktables (97)
trackViewer (198)
transcriptR (83)
tRanslatome (102)
TransView (102)
traseR (91)
Travis (1)
treeio (147)
TReNA (2)
triform (92)
trigger (99)
trio (122)
triplex (102)
triwise (0)
TRONCO (120)
Trumpet (1)
TSCAN (150)
tspair (118)
TSRchitect (21)
TSSi (108)
TurboNorm (97)
TVTB (56)
tweeDEseq (124)
twilight (241)
twoddpcr (25)
tximport (981)
tximportData (0)
TypeInfo (100)

U

UNDO (93)
unifiedWMWqPCR (93)
UniProt.ws (227)
Uniquorn (82)
useR2012 (0)
uSORT (61)

V

VanillaICE (146)
variancePartition (138)
VariantAnnotation (4596)
VariantFiltering (152)
variants (21)
VariantTools (124)
vbmp (149)
Vega (97)
VegaMC (96)
viper (168)
virtualArray (18)
vsn (2009)
vtpnet (89)

W

wateRmelon (462)
wavClusteR (103)
waveTiling (95)
weaver (129)
webbioc (112)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (562)
wiggleplotr (23)

X

XBSeq (92)
xcms (846)
XDE (100)
xmapbridge (94)
xmapcore (3)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (122)
xtable (0)
XVector (13193)

Y

y2hStat (1)
yamss (78)
YAPSA (68)
yaqcaffy (130)
yarn (75)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zFPKM (0)
zinbwave (3)
zlibbioc (14378)