Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2013-05-22 09:39:21 -0700 (Wed, 22 May 2013).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 30

1BiocInstaller (80409)
2Biobase (66393)
3IRanges (59594)
4BiocGenerics (58394)
5AnnotationDbi (57791)
6limma (45556)
7Biostrings (36505)
8annotate (35078)
9zlibbioc (34979)
10affy (31959)
11GenomicRanges (31718)
12genefilter (30664)
13preprocessCore (30118)
14affyio (29045)
15graph (26772)
16biomaRt (25343)
17Rsamtools (23365)
18BSgenome (21050)
19rtracklayer (20446)
20multtest (20323)
21geneplotter (18726)
22GenomicFeatures (17239)
23RBGL (16626)
24gcrma (16321)
25edgeR (15579)
26DESeq (14204)
27Rgraphviz (13763)
28vsn (13466)
29affyPLM (12877)
30impute (12742)

All Software packages

MonthDistinct IPsDownloads
Jun/201216052368139
Jul/201215515312120
Aug/201214393300937
Sep/201215330281168
Oct/201219593422708
Nov/201219127650725
Dec/201215900420398
Jan/201317953525884
Feb/201317526370706
Mar/201320335518196
Apr/201321575635013
May/201315395508809
All months1396695314803

A

a4 (1809)
a4Base (1829)
a4Classif (1748)
a4Core (1852)
a4Preproc (1807)
a4Reporting (1733)
ABarray (1829)
aCGH (2488)
ACME (1652)
ADaCGH2 (1473)
adSplit (1503)
AdvancedR (49)
AdvancedR2011 (4)
AdvancedR2011Data (4)
affxparser (8437)
affy (31959)
affycomp (2382)
AffyCompatible (1949)
affyContam (1615)
affycoretools (3479)
affydata (2)
AffyExpress (1905)
affyILM (1524)
affyio (29045)
affylmGUI (3014)
affyPara (1605)
affypdnn (1976)
affyPLM (12877)
affyQCReport (8071)
AffyRNADegradation (1397)
AffyTiling (1584)
AGDEX (1324)
Agi4x44PreProcess (1978)
agilp (1035)
AgiMicroRna (1902)
altcdfenvs (1636)
annaffy (11114)
AnnBuilder (40)
annmap (449)
annotate (35078)
AnnotationDbi (57791)
AnnotationForge (6536)
AnnotationFuncs (1448)
AnnotationHub (273)
annotationTools (1787)
anota (1347)
antiProfiles (201)
apComplex (1587)
aroma.light (4903)
ArrayExpress (3302)
ArrayExpressHTS (825)
arrayMagic (31)
arrayMvout (1433)
arrayQCplot (5)
arrayQuality (2244)
arrayQualityMetrics (4119)
ArrayTools (1875)
ARRmNormalization (215)
ASEB (1208)
attract (1397)

B

BAC (1374)
BaseSpaceR (206)
BayesPeak (2158)
baySeq (3467)
BCRANK (1527)
beadarray (5519)
beadarraySNP (1585)
BeadDataPackR (5091)
BeadExplorer (16)
betr (1565)
bgafun (1301)
BGmix (648)
bgx (1410)
BHC (1595)
BicARE (1380)
BigMatrix (6)
bigmemoryExtras (386)
bim (1)
Biobase (66393)
BiocCaseStudies (1576)
biocDatasets (43)
BiocGenerics (58394)
biocGraph (1660)
BiocInstaller (80409)
BiocParallel (297)
biocViews (1538)
bioDist (4034)
biomaRt (25343)
BioMVCClass (1360)
biomvRCNS (221)
BioNet (2308)
BioSeqClass (1434)
Biostrings (36505)
biovizBase (6982)
birta (1215)
BiSeq (213)
BitSeq (1496)
BRAIN (1252)
BrainStars (1241)
bridge (1345)
BSgenome (21050)
bsseq (889)
BufferedMatrix (1257)
BufferedMatrixMethods (1235)
bumphunter (246)
BUS (1206)

C

CAGEr (206)
CALIB (1173)
CAMERA (2050)
cancerclass (717)
CancerMutationAnalysis (1144)
casper (210)
Category (8693)
categoryCompare (1114)
cellGrowth (1003)
cellHTS (1239)
cellHTS2 (2007)
CellNOptR (1304)
CGEN (1228)
CGHbase (1623)
CGHcall (1528)
cghMCR (1274)
CGHnormaliter (1164)
CGHregions (1317)
charm (1474)
ChemmineR (1857)
chimera (283)
ChIPpeakAnno (3352)
chipseq (3069)
ChIPseqR (1458)
ChIPsim (1314)
ChIPXpress (334)
chopsticks (1491)
chroGPS (657)
ChromHeatMap (1308)
ChromoViz (6)
cisPath (185)
clippda (1138)
clipper (212)
Clonality (1107)
clonotypeR (2)
clst (1105)
clstutils (1072)
clusterProfiler (1813)
clusterStab (1306)
CMA (1789)
cn.farms (1170)
cn.mops (1456)
CNAnorm (1228)
CNORdt (676)
CNORfeeder (183)
CNORfuzzy (684)
CNORode (670)
CNTools (1394)
cnvGSA (1031)
CNVtools (1344)
CoCiteStats (1292)
codelink (1279)
CoGAPS (272)
coGPS (981)
ConsensusClusterPlus (1606)
convert (2397)
copa (1222)
copynumber (196)
Cormotif (1082)
CorMut (681)
coRNAi (1096)
CORREP (1206)
cosmo (756)
cosmoGUI (1051)
cqn (1653)
CRImage (1233)
crlmm (3061)
CSAR (1437)
ctc (2382)
cummeRbund (7445)
cycle (1138)

D

daMA (1152)
DART (1071)
DASiR (170)
DAVIDQuery (1469)
DBChIP (744)
ddCt (1567)
ddgraph (715)
DDiGGER (22)
DECIPHER (1107)
DeconRNASeq (678)
DEDS (1347)
deepSNV (1125)
DEGraph (1343)
DEGseq (3245)
deltaGseg (176)
DESeq (14204)
DESeq2 (607)
DEXSeq (5362)
dexus (193)
DFP (1145)
DiffBind (2348)
diffGeneAnalysis (1211)
DirichletMultinomial (727)
dks (1042)
DNAcopy (7476)
domainsignatures (1132)
DOSE (1906)
DriverNet (221)
DrugVsDisease (181)
DSS (779)
DTA (1080)
dualKS (1178)
DvDdata (3)
dyebias (1126)
DynDoc (10258)

E

EasyqpcR (750)
easyRNASeq (2984)
EBarrays (1608)
EBcoexpress (960)
EBImage (4455)
ecolitk (1184)
EDASeq (1930)
edd (207)
edgeR (15579)
EfficientR (2)
eiR (76)
eisa (1528)
ensemblVEP (228)
ENVISIONQuery (1045)
epigenomix (196)
Evomics2012 (4)
Evomics2012Data (11)
ExiMiR (1186)
exomeCopy (1413)
exonmap (169)
explorase (1120)
ExpressionView (1242)
externalVector (1085)

F

fabia (1445)
factDesign (1376)
FANTOM3and4CAGE (2)
farms (1384)
fastseg (2008)
fbat (45)
fdrame (1305)
ffpe (1019)
flagme (1205)
flowClust (1662)
flowCore (3993)
flowFitExampleData (3)
flowFlowJo (1248)
flowFP (1280)
flowMeans (1368)
flowMerge (1311)
flowPeaks (708)
flowPhyto (1107)
flowPlots (1156)
flowQ (1337)
flowQB (679)
flowStats (1645)
flowTrack (3)
flowTrans (1206)
flowType (1135)
flowUtils (1352)
flowViz (2874)
flowWorkspace (1616)
fmcsR (791)
frma (1864)
frmaTools (1274)
FunciSNP (814)

G

gaga (1146)
gage (1602)
gaggle (1212)
gaia (1082)
gCMAP (366)
gCMAPWeb (68)
gcrma (16321)
genArise (1137)
GENE.E (179)
gene2pathway (1346)
GeneAnswers (1628)
GeneExpressionSignature (1191)
genefilter (30664)
genefu (1522)
GeneGA (538)
GeneGroupAnalysis (1030)
GeneMeta (1464)
GeneNetworkBuilder (742)
geneplotter (18726)
GeneR (188)
geneRecommender (1195)
GeneRegionScan (1144)
GeneRfold (95)
GeneSelectMMD (1119)
GeneSelector (1350)
GeneSpring (75)
geNetClassifier (174)
GeneticsBase (59)
GeneticsDesign (1276)
GeneticsPed (1375)
GeneTraffic (60)
GeneTS (10)
genetw12 (1)
genoCN (1147)
GenomeGraphs (3765)
genomeIntervals (3401)
genomes (1224)
GenomicFeatures (17239)
GenomicRanges (31718)
Genominator (1738)
genoset (3040)
GEOmetadb (1858)
GEOquery (9863)
GEOsubmission (1179)
GEWIST (972)
gff3Plotter (5)
GGBase (2948)
ggbio (3188)
GGtools (2487)
girafe (1533)
GLAD (1997)
GlobalAncova (1566)
globaltest (3154)
gmapR (339)
GOFunction (1423)
goProfiles (1490)
GOSemSim (2145)
goseq (3487)
GOstats (8021)
goTools (1807)
gpls (1880)
gprege (978)
graph (26772)
GraphAlignment (1192)
GraphAT (1169)
graphite (1414)
GraphPAC (188)
GRENITS (1127)
GSEABase (10250)
GSEAlm (1440)
GSRI (1095)
GSVA (1563)
Gviz (5594)
gwascat (1122)
GWASTools (1712)

H

hapFabia (647)
Harshlight (1144)
HCsnip (170)
Heatplus (3367)
HELP (1169)
HEM (1121)
hexbin (332)
HilbertVis (1713)
HilbertVisGUI (1170)
HiTC (1085)
HMMcopy (722)
hopach (2285)
hpar (675)
HTqPCR (1919)
HTSanalyzeR (1584)
HTSandGeneCentricLabs (2)
HTSeqGenie (209)
htSeqTools (1322)
HTSFilter (200)
HybridMTest (951)
hyperdraw (1258)
hypergraph (1840)

I

iASeq (979)
iBBiG (1097)
ibh (1005)
iBMQ (97)
Icens (2411)
iChip (1091)
idiogram (1211)
IdMappingAnalysis (986)
IdMappingRetrieval (988)
iFlow (708)
illuminaio (1031)
imageHTS (1005)
impute (12742)
inSilicoDb (1290)
inSilicoMerging (1205)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (185)
inveRsion (1000)
iontree (938)
iPAC (676)
IPPD (1103)
IRanges (59594)
iSeq (1140)
iSNetwork (2)
isobar (1198)
IsoGeneGUI (1081)
iSPlot (5)
ITALICS (1074)
iterativeBMA (1092)
iterativeBMAsurv (1105)
IWB2011 (2)

J

jmosaics (175)
joda (1019)

K

KCsmart (1096)
KEGGgraph (2833)
keggorth (25)
keggorthology (1514)
KEGGprofile (861)
KEGGREST (371)
KEGGSOAP (2625)

L

lapmix (1080)
LBE (1311)
les (1071)
leukemiasEset (2)
limma (45556)
limmaGUI (2334)
LiquidAssociation (1093)
lmdme (665)
LMGene (1449)
logicFS (1334)
logitT (1080)
lol (1072)
LPE (1665)
LPEadj (1085)
lpNet (171)
lumi (5833)
LVSmiRNA (1114)

M

maanova (1874)
macat (1135)
maCorrPlot (1099)
maDB (637)
made4 (2520)
maigesPack (1114)
makecdfenv (2690)
makePlatformDesign (104)
MANOR (1146)
manta (1000)
MantelCorr (1115)
marray (10723)
maSigPro (1937)
maskBAD (957)
MassArray (1176)
MassSpecWavelet (2499)
matchBox (642)
matchprobes (492)
MBCB (1086)
mBPCR (1071)
mcaGUI (1108)
MCRestimate (1227)
mdqc (1211)
MeasurementError.cor (1105)
MEDIPS (1613)
MEDME (1158)
MergeMaid (1767)
metaArray (1598)
metagenomeSeq (196)
metahdep (1079)
metaR (3)
methVisual (1195)
methyAnalysis (896)
MethylSeekR (204)
methylumi (5833)
Mfuzz (2774)
mgsa (1260)
MiChip (1090)
microRNA (2317)
MineICA (181)
minet (2543)
minfi (2539)
MinimumDistance (1007)
MiPP (1156)
MiRaGE (713)
miRNApath (1289)
MLInterfaces (2478)
MLP (1156)
MMDiff (182)
MMDiffBamSubset (4)
mmgmos (1)
MmPalateMiRNA (1056)
mosaics (1220)
MotifDb (1128)
motifRG (1007)
motifStack (1019)
MotIV (1606)
msmsEDA (1)
MSnbase (1363)
Mulcom (1071)
multiscan (1059)
multtest (20323)
MVCClass (1161)
mzR (4107)

N

NarrowPeaks (992)
ncdfFlow (579)
NCIgraph (1384)
nem (1245)
netresponse (1100)
networkBMA (662)
nnNorm (1121)
NOISeq (1280)
NormqPCR (1291)
NTW (1039)
nucleR (1207)
nudge (1071)
NuPoP (1111)

O

occugene (1050)
OCplus (1297)
oligo (5708)
oligoClasses (6665)
OLIN (1190)
OLINgui (1126)
oneChannelGUI (1977)
ontoCAT (1117)
ontoTools (146)
OrderedList (1445)
OrganismDbi (949)
OSAT (670)
OTUbase (1179)
OutlierD (1233)

P

PADOG (682)
pairseqsim (3)
pamr (67)
PAnnBuilder (1237)
panp (1275)
PANR (1094)
PAPi (179)
parody (1551)
pathifier (1)
PathNet (197)
PathNetData (1)
pathRender (1138)
pathview (235)
PatientGeneSets (452)
pcaGoPromoter (1032)
pcaMethods (4045)
pcot2 (1095)
PCpheno (1057)
pdInfoBuilder (1838)
pdmclass (1317)
PGSEA (1658)
pgUtils (613)
phenoDist (795)
phenoTest (1156)
phyloseq (1681)
piano (230)
pickgene (1063)
PICS (1660)
PING (1033)
pint (1099)
pkgDepTools (1292)
plateCore (1049)
plgem (1125)
plier (2517)
PLPE (1085)
plrs (203)
plw (1043)
ppiStats (1186)
prada (2696)
prebs (164)
prebsdata (2)
PREDA (1101)
predictionet (561)
preprocessCore (30118)
PROcess (1791)
procoil (980)
pRoloc (225)
PROMISE (1018)
proteinProfiles (165)
puma (1434)
pvac (1076)
pvca (243)
PWMEnrich (751)

Q

qpcrNorm (1260)
qpgraph (1753)
qrqc (1405)
QUALIFIER (867)
quantsmooth (2260)
QuasR (285)
qvalue (9802)

R

r3Cseq (1032)
R453Plus1Toolbox (1246)
rama (1215)
RamiGO (1279)
randPack (987)
RangesRNAseqTutorial (45)
RankProd (3591)
RbcBook1 (1423)
RBGL (16626)
RBioinf (1273)
rBiopaxParser (214)
Rbowtie (286)
rbsurv (1103)
Rcade (652)
RCASPAR (1008)
RchyOptimyx (964)
RCytoscape (2474)
rcyTutorial (2)
Rdbi (110)
RdbiPgSQL (80)
Rdisop (1241)
RDRToolbox (1196)
ReactomePA (1352)
ReadqPCR (1360)
ReadsAlignmentsVariantsLab (25)
reb (1066)
RedeR (1438)
REDseq (1060)
RefPlus (1209)
Repitools (1678)
ReportingTools (1004)
reposTools (1)
ReQON (1049)
Resourcerer (1117)
rflowcyt (74)
rGADEM (1864)
RGalaxy (797)
Rgraphviz (13763)
Rgraphviz2 (4)
rhdf5 (1473)
rHVDM (1050)
Ringo (2412)
Rintact (30)
RIPSeeker (312)
Risa (648)
RLMM (1086)
RMAGEML (57)
Rmagpie (1070)
RMAPPER (1086)
RMassBank (767)
rMAT (664)
RmiR (1471)
RNAinteract (1051)
RNAither (1164)
rnaSeqMap (694)
RNASeqPower (185)
ROC (3351)
Rolexa (1242)
rols (739)
ROntoTools (194)
RPA (1117)
RpsiXML (1401)
rqubic (1039)
Rredland (22)
Rsamtools (23365)
rsbml (1458)
rSFFreader (336)
RSNPper (17)
Rsubread (772)
RSVSim (208)
rTANDEM (207)
RTCA (1078)
RTools4TB (136)
RTopper (1062)
rtracklayer (20446)
Rtreemix (1113)
Ruuid (181)
RWebServices (290)

S

safe (1229)
SAGElyzer (10)
sagenhaft (1071)
SAGx (1581)
SamSPECTRAL (1177)
SANTA (165)
SBMLR (1133)
SCAN.UPC (747)
ScISI (1223)
SeattleIntro2010 (17)
SeattleIntro2011 (15)
SeattleIntro2011Data (29)
SeattleIntro2012 (88)
SeattleIntro2012Data (102)
segmentSeq (1302)
SemSim (18)
SeqArray (170)
seqbias (1197)
seqCNA.annot (3)
SeqGSEA (244)
seqLogo (3844)
SequenceAnalysis (196)
SequenceAnalysisData (287)
ShortRead (11599)
sigaR (1018)
siggenes (5928)
sigPathway (1633)
SIM (1172)
simpleaffy (11420)
simulatorAPMS (53)
sizepower (1446)
SJava (283)
SLGI (1064)
SLqPCR (1276)
SMAP (1032)
SNAGEE (189)
snapCGH (1579)
snm (1154)
SNPchip (3040)
snpMatrix (579)
snpStats (5604)
SomatiCA (183)
SomatiCAData (2)
spade (1268)
spbtest (3)
SpeCond (1074)
SPEM (167)
SPIA (2094)
spikeLI (1016)
spkTools (1028)
splicegear (1068)
SplicingGraphs (196)
splots (1995)
spotSegmentation (1094)
SQUADD (1005)
SRAdb (1964)
sscore (1089)
sSeq (14)
ssize (1629)
SSPA (1171)
stam (13)
staRank (656)
Starr (1271)
stemHypoxia (3)
stepNorm (1074)
stepwiseCM (984)
Streamer (1051)
StudentGWAS (10)
survcomp (2640)
sva (2942)
synapter (682)

T

TargetSearch (1233)
TDARACNE (1140)
TEQC (1155)
ternarynet (917)
tigre (1061)
tilingArray (1869)
timecourse (1572)
tkWidgets (6335)
topGO (4195)
TransView (712)
triform (615)
trigger (1062)
triplex (179)
tspair (1340)
TSSi (1083)
TurboNorm (1100)
tweeDEseq (1343)
twilight (1546)
TypeInfo (1089)

U

UniProt.ws (234)
useR2012 (48)

V

VanillaICE (1383)
VariantAnnotation (5822)
VariantTools (295)
vbmp (1332)
Vega (1027)
VegaMC (1010)
virtualArray (1141)
vsn (13466)

W

wateRmelon (360)
waveTiling (666)
weaver (1377)
webbioc (1160)
widgetInvoke (4)
widgetTools (6398)

X

xcms (4483)
XDE (1088)
xmapbridge (1032)
xmapcore (774)
xps (1116)
XVector (89)

Y

yaqcaffy (1304)

Z

zlibbioc (34979)