See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2022-07-05 15:30:00 -0400 (Tue, 05 Jul 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (50055)
2S4Vectors (48267)
3BiocVersion (47863)
4GenomeInfoDb (43676)
5IRanges (43001)
6Biobase (42307)
7zlibbioc (41446)
8XVector (40001)
9BiocParallel (35190)
10Biostrings (35117)
11GenomicRanges (33283)
12DelayedArray (33011)
13MatrixGenerics (31906)
14SummarizedExperiment (31891)
15limma (31034)
16AnnotationDbi (29798)
17KEGGREST (25095)
18annotate (19629)
19genefilter (19467)
20biomaRt (18610)
21BiocFileCache (18122)
22Rhtslib (17773)
23Rsamtools (17631)
24edgeR (17407)
25rtracklayer (17087)
26GenomicAlignments (16979)
27graph (16411)
28Rhdf5lib (16384)
29DESeq2 (15125)
30geneplotter (14825)
31GenomicFeatures (14693)
32rhdf5 (14125)
33rhdf5filters (12752)
34qvalue (12002)
35ggtree (11788)
36preprocessCore (11716)
37treeio (11534)
38BiocIO (11486)
39enrichplot (11279)
40clusterProfiler (11178)
41fgsea (11060)
42DOSE (10942)
43GOSemSim (10433)
44DelayedMatrixStats (10321)
45sparseMatrixStats (9529)
46GEOquery (9197)
47beachmat (9183)
48RBGL (9135)
49multtest (8938)
50Rgraphviz (8855)
51SingleCellExperiment (8794)
52ComplexHeatmap (8567)
53BSgenome (8533)
54ProtGenerics (8274)
55HDF5Array (8183)
56AnnotationHub (8104)
57ensembldb (8013)
58impute (7799)
59affyio (7610)
60BiocSingular (7592)
61affy (7376)
62AnnotationFilter (6910)
63interactiveDisplayBase (6802)
64GSEABase (6351)
65ScaledMatrix (6328)
66VariantAnnotation (6247)
67BiocNeighbors (5671)
68scuttle (5354)
69sva (5258)
70BiocStyle (5225)
71ShortRead (5089)
72vsn (4518)
73ExperimentHub (4479)
74biovizBase (4163)
75KEGGgraph (4097)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (66)
a4Base (82)
a4Classif (66)
a4Core (95)
a4Preproc (102)
a4Reporting (66)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (51)
ABarray (53)
abseqR (53)
ABSSeq (76)
acde (69)
ACE (66)
aCGH (120)
ACME (66)
ADaCGH2 (50)
ADAM (51)
ADAMgui (50)
adaptest (3)
adductomicsR (50)
ADImpute (51)
adSplit (55)
AffiXcan (47)
affxparser (1561)
affy (7376)
affycomp (67)
AffyCompatible (71)
affyContam (57)
affycoretools (345)
affydata (0)
AffyExpress (7)
affyILM (46)
affyio (7610)
affylmGUI (62)
affyPara (24)
affypdnn (5)
affyPLM (1088)
affyQCReport (21)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (51)
AffyTiling (1)
AGDEX (50)
aggregateBioVar (51)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (134)
AgiMicroRna (143)
agimicrorna (0)
AIMS (342)
airpart (43)
ALDEx2 (550)
alevinQC (66)
AllelicImbalance (74)
AlphaBeta (48)
alpine (80)
ALPS (23)
AlpsNMR (54)
alsace (53)
altcdfenvs (58)
AMARETTO (50)
AMOUNTAIN (73)
amplican (70)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (4)
anamiR (4)
Anaquin (53)
ANCOMBC (450)
AneuFinder (82)
ANF (54)
animalcules (82)
annaffy (232)
AnnBuilder (0)
annmap (48)
annotate (19629)
AnnotationDbi (29798)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6910)
AnnotationForge (2557)
AnnotationFuncs (11)
AnnotationHub (8104)
AnnotationHubData (181)
annotationTools (80)
annotatr (350)
anota (60)
anota2seq (60)
antiProfiles (50)
AnVIL (571)
AnVILBilling (41)
AnVILPublish (49)
APAlyzer (61)
apcluster (0)
apComplex (53)
apcomplex (0)
apeglm (2814)
APL (7)
applera (0)
appreci8R (48)
aroma.light (1709)
ArrayExpress (542)
ArrayExpressHTS (44)
arrayMagic (0)
arrayMvout (43)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (59)
arrayQualityMetrics (461)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (14)
ArrayTV (5)
ARRmNormalization (50)
artMS (74)
ASAFE (56)
ASEB (55)
ASGSCA (51)
ASICS (64)
asmn (0)
ASpediaFI (46)
ASpli (80)
AssessORF (48)
ASSET (66)
ASSIGN (67)
ASURAT (9)
ATACseqQC (257)
atena (30)
AtlasRDF (2)
atSNP (52)
attract (51)
AUCell (1151)
autonomics (45)
Autotuner (43)
AWFisher (48)
awst (42)

B

BaalChIP (58)
BAC (55)
bacon (93)
BADER (59)
BadRegionFinder (47)
BAGS (48)
ballgown (564)
bambu (79)
bamsignals (768)
BANDITS (55)
bandle (7)
banocc (46)
barcodetrackR (40)
basecallQC (53)
BaseSpaceR (56)
Basic4Cseq (53)
BASiCS (98)
BasicSTARRseq (51)
basilisk (819)
basilisk.utils (817)
batchelor (2347)
BatchQC (117)
BayesKnockdown (44)
BayesPeak (7)
BayesSpace (131)
bayNorm (74)
baySeq (528)
BBCAnalyzer (42)
BCRANK (59)
bcSeq (50)
BDMMAcorrect (51)
beachmat (9183)
beadarray (588)
beadarraySNP (52)
BeadDataPackR (601)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (47)
BEAT (44)
BEclear (69)
beer (11)
benchdamic (27)
BentoBox (2)
betr (2)
bgafun (4)
BgeeCall (50)
BgeeDB (90)
BGmix (45)
bgx (57)
BHC (120)
BicARE (85)
BiFET (56)
BiGGR (48)
BigMatrix (0)
bigmelon (62)
bigmemoryExtras (11)
bigPint (74)
bim (0)
BindingSiteFinder (28)
bioassayR (63)
Biobase (42307)
biobase (0)
biobroom (161)
biobtreeR (51)
bioCancer (66)
BiocBaseUtils (2)
BiocCaseStudies (6)
BiocCheck (1815)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (51)
BiocFileCache (18122)
BiocGenerics (50055)
biocGraph (100)
BiocInstaller (1092)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (11486)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5671)
BiocOncoTK (61)
Bioconductor (0)
BioCor (61)
BiocParallel (35190)
BiocPkgTools (89)
BiocSet (178)
BiocSingular (7592)
BiocSklearn (69)
BiocStyle (5225)
biocthis (126)
BiocVersion (47863)
biocViews (3665)
BiocWorkflowTools (171)
biodb (60)
biodbChebi (23)
biodbExpasy (7)
biodbHmdb (22)
biodbKegg (25)
biodbLipidmaps (19)
biodbMirbase (7)
biodbNcbi (7)
biodbNci (7)
biodbUniprot (21)
bioDist (195)
biomaRt (18610)
BioMedR (1)
biomformat (3939)
BioMM (53)
BioMVCClass (47)
biomvRCNS (49)
BioNERO (68)
BioNet (238)
bionet (0)
BioNetStat (59)
BioPlex (29)
BioQC (115)
BioSeqClass (9)
biosigner (65)
Biostrings (35117)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (4)
BioTIP (51)
biotmle (50)
biovizBase (4163)
BiRewire (87)
birta (5)
birte (2)
biscuiteer (55)
BiSeq (73)
BitSeq (58)
blacksheepr (50)
blima (55)
BLMA (53)
BloodGen3Module (47)
bluster (2612)
bnbc (51)
bnem (42)
BOBaFIT (12)
borealis (6)
BPRMeth (57)
BRAIN (116)
brainflowprobes (44)
brainImageR (1)
BrainSABER (44)
BrainStars (10)
branchpointer (59)
breakpointR (50)
brendaDb (49)
BRGenomics (89)
bridge (46)
BridgeDbR (65)
BrowserViz (102)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8533)
bsseq (1107)
BubbleTree (54)
BufferedMatrix (58)
BufferedMatrixMethods (47)
bugsigdbr (38)
BUMHMM (43)
bumphunter (2016)
BumpyMatrix (214)
BUS (52)
BUScorrect (47)
BUSpaRse (198)
BUSseq (26)
BuxcoR (0)

C

CAEN (39)
CAFE (46)
CAGEfightR (69)
cageminer (26)
CAGEr (82)
CALIB (4)
calm (43)
CAMERA (391)
CAMTHC (3)
canceR (56)
cancerclass (55)
CancerInSilico (49)
CancerMutationAnalysis (6)
CancerSubtypes (199)
CAnD (48)
caOmicsV (46)
Cardinal (100)
CARNIVAL (113)
casper (55)
CATALYST (341)
Category (2178)
categoryCompare (49)
CausalR (53)
cbaf (51)
CBEA (8)
cBioPortalData (188)
cbpManager (42)
ccfindR (87)
ccmap (75)
CCPROMISE (45)
ccrepe (128)
celaref (74)
celda (267)
CellaRepertorium (48)
CellBarcode (23)
cellbaseR (57)
CellBench (80)
cellGrowth (5)
cellHTS (1)
cellHTS2 (113)
CelliD (99)
cellity (52)
CellMapper (51)
cellmigRation (39)
CellMixS (62)
CellNOptR (82)
cellscape (48)
CellScore (46)
CellTrails (51)
cellTree (54)
cellxgenedp (8)
CEMiTool (166)
censcyt (38)
Cepo (37)
ceRNAnetsim (43)
CeTF (61)
CexoR (29)
CFAssay (64)
cfDNAPro (30)
CGEN (59)
CGHbase (266)
CGHcall (236)
cghMCR (59)
CGHnormaliter (46)
CGHregions (52)
ChAMP (591)
CHARGE (3)
charm (3)
ChemmineOB (166)
ChemmineR (438)
chemminer (0)
CHETAH (70)
ChIC (57)
Chicago (75)
chimera (7)
chimeraviz (83)
ChIPanalyser (45)
ChIPComp (56)
chipenrich (101)
ChIPexoQual (48)
ChIPpeakAnno (883)
ChIPQC (277)
ChIPseeker (1410)
chipseq (461)
ChIPseqR (101)
ChIPSeqSpike (8)
ChIPsim (100)
ChIPXpress (43)
chopsticks (80)
chroGPS (4)
chromDraw (47)
ChromHeatMap (56)
ChromoViz (0)
chromPlot (83)
ChromSCape (45)
chromstaR (69)
chromswitch (48)
chromVAR (715)
CHRONOS (56)
cicero (184)
CIMICE (42)
CINdex (58)
cindex (0)
circRNAprofiler (56)
cisPath (54)
CiteFuse (78)
ClassifyR (61)
cleanUpdTSeq (49)
cleaver (185)
clippda (48)
clipper (77)
cliProfiler (24)
cliqueMS (63)
Clomial (48)
Clonality (56)
clonotypeR (63)
clst (58)
clstutils (52)
CluMSID (57)
clustComp (51)
clusterExperiment (329)
ClusterJudge (46)
clusterProfiler (11178)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (43)
ClusterSignificance (50)
clusterStab (98)
clustifyr (129)
CMA (130)
cmapR (218)
cn.farms (48)
cn.mops (187)
CNAnorm (53)
cnanorm (0)
CNEr (1163)
CNORdt (50)
CNORfeeder (50)
CNORfuzzy (49)
CNORode (65)
CNPBayes (2)
CNTools (91)
CNVfilteR (50)
CNVgears (43)
cnvGSA (48)
CNViz (38)
CNVMetrics (13)
CNVPanelizer (59)
CNVRanger (73)
CNVrd2 (46)
CNVtools (4)
cnvtools (0)
cobindR (4)
CoCiteStats (42)
COCOA (47)
codelink (55)
CODEX (80)
coexnet (43)
CoGAPS (110)
cogena (89)
cogeqc (7)
Cogito (22)
coGPS (56)
COHCAP (54)
cola (122)
comapr (13)
combi (46)
coMET (68)
coMethDMR (13)
compartmap (51)
COMPASS (67)
compcodeR (75)
compEpiTools (54)
CompGO (27)
ComplexHeatmap (8567)
CompoundDb (20)
ComPrAn (38)
conclus (37)
condcomp (1)
condiments (60)
CONFESS (42)
consensus (44)
ConsensusClusterPlus (2542)
consensusDE (48)
consensusOV (51)
consensusSeekeR (53)
CONSTANd (50)
contiBAIT (47)
conumee (121)
convert (119)
copa (46)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (375)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (82)
CopywriteR (69)
coRdon (117)
CoRegFlux (3)
CoRegNet (64)
CoreGx (155)
Cormotif (45)
CorMut (5)
coRNAi (1)
corral (71)
CORREP (51)
coseq (89)
cosmiq (49)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (56)
COSNet (55)
COTAN (13)
CountClust (53)
countsimQC (61)
covEB (46)
CoverageView (69)
covRNA (47)
cpvSNP (48)
cqn (270)
CRImage (68)
crisprBase (13)
crisprBowtie (11)
crisprBwa (6)
crisprScore (13)
CRISPRseek (94)
crisprseekplus (44)
CrispRVariants (85)
crlmm (105)
CrossICC (3)
crossmeta (77)
CSAR (100)
csaw (310)
csawBook (4)
csdR (28)
CSSP (56)
CSSQ (40)
ctc (244)
CTDquerier (46)
ctgGEM (38)
cTRAP (48)
ctsGE (49)
CTSV (1)
cummeRbund (280)
cummerbund (0)
customCMPdb (45)
customProDB (69)
CVE (4)
cyanoFilter (41)
cycle (43)
cydar (84)
CytoDx (53)
cytofast (6)
cytofkit (21)
CyTOFpower (21)
CytoGLMM (46)
cytoKernel (21)
cytolib (2173)
cytomapper (112)
cytoMEM (8)
CytoML (1047)
CytoTree (80)

D

dada2 (2022)
dagLogo (57)
daMA (45)
DAMEfinder (42)
DaMiRseq (76)
DAPAR (90)
DART (50)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (54)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (15)
dcanr (64)
dce (61)
dcGSA (46)
DChIPRep (3)
ddCt (94)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (44)
dearseq (56)
debCAM (54)
debrowser (145)
DECIPHER (1549)
deco (48)
DEComplexDisease (45)
decompTumor2Sig (70)
DeconRNASeq (174)
decontam (507)
deconvR (23)
decoupleR (92)
DEDS (4)
DeepBlueR (54)
DeepPINCS (40)
deepSNV (96)
DEFormats (210)
DegNorm (46)
DEGraph (48)
DEGreport (464)
DEGseq (208)
DelayedArray (33011)
DelayedDataFrame (50)
DelayedMatrixStats (10321)
DelayedRandomArray (42)
DelayedTensor (29)
deltaCaptureC (41)
deltaGseg (45)
DeMAND (48)
DeMixT (62)
densvis (77)
DEP (370)
DepecheR (102)
DepInfeR (7)
DEqMS (146)
derfinder (425)
derfinderHelper (422)
derfinderPlot (83)
DEScan2 (47)
DESeq (555)
deseq (0)
DESeq2 (15125)
DEsingle (257)
destiny (458)
DEsubs (48)
DEWSeq (47)
DExMA (43)
DEXSeq (703)
dexus (6)
DFP (47)
DIAlignR (49)
DiffBind (957)
diffcoexp (70)
diffcyt (220)
DifferentialRegulation (6)
diffGeneAnalysis (45)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (107)
DiffLogo (59)
diffloop (124)
diffuStats (64)
diffUTR (41)
diggit (52)
Dino (28)
dir.expiry (705)
Director (40)
DirichletMultinomial (1526)
discordant (110)
DiscoRhythm (64)
distinct (61)
dittoSeq (521)
divergence (42)
dks (46)
DMCFB (42)
DMCHMM (43)
DMRcaller (76)
DMRcate (802)
DMRforPairs (45)
DMRScan (42)
dmrseq (118)
DNABarcodeCompatibility (43)
DNABarcodes (114)
DNAcopy (2615)
DNaseR (0)
DNAshapeR (74)
domainsignatures (2)
DominoEffect (40)
doppelgangR (53)
DOQTL (4)
Doscheda (41)
DOSE (10942)
doseR (46)
dpeak (41)
drawProteins (127)
DRIMSeq (308)
DriverNet (58)
DropletUtils (1768)
drugTargetInteractions (41)
DrugVsDisease (50)
dSimer (2)
DSS (947)
dStruct (26)
DTA (50)
dualKS (32)
Dune (43)
DupChecker (3)
dupRadar (99)
dyebias (47)
DynDoc (747)
dyndoc (0)

E

easier (27)
EasyqpcR (10)
easyreporting (42)
easyRNASeq (65)
easyrnaseq (0)
EBarrays (112)
EBcoexpress (53)
EBImage (2105)
EBSEA (44)
EBSeq (363)
EBSeqHMM (62)
ecolitk (45)
EDASeq (1539)
edd (0)
EDDA (5)
edge (103)
edgeR (17407)
edger (0)
eegc (49)
EGAD (66)
EGSEA (162)
eiR (51)
eisa (7)
eisaR (91)
ELBOW (6)
ELMER (220)
EMDomics (56)
EmpiricalBrownsMethod (78)
ENCODExplorer (10)
EnhancedVolcano (2717)
enhancerHomologSearch (26)
EnMCB (44)
ENmix (166)
EnrichedHeatmap (343)
EnrichmentBrowser (277)
enrichplot (11279)
enrichTF (65)
ensembldb (8013)
ensemblVEP (112)
ENVISIONQuery (5)
epialleleR (41)
EpiCluster (0)
EpiCompare (10)
epidecodeR (38)
EpiDISH (173)
epigenomix (48)
epigraHMM (42)
epihet (45)
epimutacions (8)
epiNEM (67)
epistack (24)
EpiTxDb (48)
epivizr (65)
epivizrChart (44)
epivizrData (65)
epivizrServer (66)
epivizrStandalone (51)
erccdashboard (62)
erma (76)
ERSSA (42)
esATAC (92)
escape (183)
esetVis (75)
eudysbiome (44)
evaluomeR (45)
EventPointer (53)
EWCE (77)
ExCluster (40)
ExiMiR (49)
exomeCopy (227)
exomecopy (0)
exomePeak (11)
exomePeak2 (93)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (4479)
ExperimentHubData (149)
ExperimentSubset (42)
explorase (4)
ExploreModelMatrix (90)
ExpressionAtlas (88)
ExpressionView (5)
exprExternal (0)
externalVector (0)
extraChIPs (7)

F

fabia (122)
facopy (2)
factDesign (46)
FamAgg (64)
famat (38)
farms (61)
fastLiquidAssociation (47)
FastqCleaner (85)
fastreeR (9)
fastseg (632)
fbat (0)
FCBF (78)
fCCAC (45)
fCI (47)
fcoex (60)
fcScan (46)
fdrame (53)
FEAST (66)
fedup (39)
FELLA (113)
FEM (64)
ffpe (69)
fgga (43)
FGNet (76)
fgsea (11060)
FilterFFPE (40)
FindIT2 (29)
FindMyFriends (47)
FISHalyseR (47)
fishpond (277)
FitHiC (57)
flagme (47)
FLAMES (29)
flipflop (2)
flowAI (500)
flowBeads (46)
flowBin (46)
flowcatchR (47)
flowCHIC (49)
flowCL (58)
flowClean (226)
flowClust (1162)
flowCore (2124)
flowCut (60)
flowCyBar (49)
flowDensity (176)
flowFit (5)
flowFlowJo (0)
flowFP (70)
flowGraph (40)
flowMap (50)
flowMatch (48)
flowMeans (117)
flowMerge (59)
flowPeaks (123)
flowPhyto (0)
flowPloidy (50)
flowPlots (57)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (2)
FlowRepositoryR (36)
FlowSOM (929)
flowSpecs (51)
flowSpy (4)
flowStats (1146)
flowTime (49)
flowTrans (58)
flowType (5)
flowUtils (160)
flowViz (1331)
flowVS (77)
flowWorkspace (1441)
flowworkspace (0)
fmcsR (183)
fmrs (46)
fobitools (42)
focalCall (3)
FoldGO (47)
FourCSeq (8)
FRASER (99)
frenchFISH (38)
FRGEpistasis (53)
frma (103)
frmaTools (50)
FScanR (47)
FunChIP (47)
FunciSNP (5)
funtooNorm (46)

G

GA4GHclient (51)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (40)
gaga (59)
gage (944)
gaggle (44)
gaia (131)
GAPGOM (45)
GAprediction (47)
garfield (60)
GARS (50)
GateFinder (43)
gaucho (2)
GBScleanR (15)
gcapc (51)
gcatest (48)
gCMAP (5)
gCMAPWeb (3)
gCrisprTools (51)
gcrma (1379)
GCSConnection (35)
GCSFilesystem (52)
GCSscore (46)
GDCRNATools (315)
GDSArray (81)
gdsfmt (1603)
geecc (3)
GEM (51)
gemini (47)
genArise (53)
genbankr (178)
GENE.E (2)
gene2pathway (0)
GeneAccord (41)
GeneAnswers (50)
geneAttribution (45)
GeneBreak (48)
geneClassifiers (46)
GeneExpressionSignature (55)
genefilter (19467)
genefu (350)
GeneGA (48)
GeneGeneInteR (49)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (62)
GeneNetworkBuilder (60)
GeneOverlap (223)
geneplast (60)
geneplotter (14825)
GeneR (0)
geneRecommender (46)
GeneRegionScan (49)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (48)
GeneSelectMMD (50)
GeneSelector (2)
GENESIS (274)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (59)
geNetClassifier (85)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (5)
GeneticsPed (88)
GeneTonic (106)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (51)
GENIE3 (711)
genoCN (55)
GenoGAM (34)
genomation (429)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (14)
GenomeInfoDb (43676)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (147)
genomeintervals (0)
genomes (55)
GenomicAlignments (16979)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (844)
GenomicDistributions (56)
GenomicFeatures (14693)
GenomicFiles (734)
genomicInstability (21)
GenomicInteractionNodes (7)
GenomicInteractions (163)
GenomicOZone (43)
GenomicRanges (33283)
GenomicScores (357)
GenomicSuperSignature (44)
GenomicTuples (47)
Genominator (3)
genoset (32)
genotypeeval (49)
GenoView (1)
genphen (47)
GenProSeq (7)
GenRank (3)
GenVisR (372)
GeoDiff (32)
GEOexplorer (31)
GEOfastq (44)
GEOmetadb (196)
GeomxTools (114)
GEOquery (9197)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (50)
gep2pep (48)
gespeR (66)
getDEE2 (49)
geva (40)
GEWIST (42)
gff3Plotter (0)
GGBase (11)
ggbio (1677)
ggcyto (1215)
ggmanh (14)
ggmsa (155)
GGPA (42)
ggspavis (36)
GGtools (10)
ggtree (11788)
ggtreeExtra (460)
GIGSEA (44)
girafe (103)
GISPA (53)
GLAD (223)
GladiaTOX (44)
Glimma (1198)
glmGamPoi (995)
glmSparseNet (83)
GlobalAncova (440)
globalSeq (55)
globaltest (1133)
gmapR (69)
GmicR (54)
gmoviz (42)
GMRP (46)
GNET2 (51)
goCluster (0)
GOexpress (106)
GOfuncR (156)
GOFunction (5)
GoogleGenomics (2)
GOpro (53)
goProfiles (81)
goprofiles (0)
GOSemSim (10433)
gosemsim (0)
goseq (1232)
GOSim (113)
goSTAG (56)
GOstats (2041)
gostats (0)
GOsummaries (69)
GOTHiC (50)
goTools (57)
gotools (0)
GPA (42)
gpart (60)
gpls (95)
gprege (58)
gpuMagic (44)
gQTLBase (12)
gQTLstats (11)
gramm4R (8)
GRaNIE (7)
granulator (68)
graper (44)
graph (16411)
GraphAlignment (57)
GraphAT (48)
graphite (1852)
GraphPAC (47)
GRENITS (49)
GreyListChIP (664)
GRmetrics (80)
groHMM (70)
GRridge (56)
GSALightning (54)
GSAR (114)
GSCA (51)
gscreend (55)
GSEABase (6351)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (59)
GSEAlm (70)
GSEAmining (44)
gsean (49)
GSgalgoR (43)
GSReg (48)
GSRI (46)
GSVA (3430)
gtrellis (116)
GUIDEseq (57)
Guitar (109)
Gviz (3047)
GWAS.BAYES (37)
gwascat (372)
GWASTools (427)
gwasurvivr (64)
GWENA (80)

H

h5vc (61)
hapFabia (41)
Harman (141)
Harshlight (43)
harshlight (0)
hca (50)
HCABrowser (3)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (4)
HCsnip (2)
HDF5Array (8183)
HDTD (48)
heatmaps (203)
Heatplus (382)
HelloRanges (85)
HELP (43)
HEM (48)
hermes (15)
Herper (92)
hexbin (0)
HGC (53)
hiAnnotator (68)
HIBAG (84)
HiCBricks (48)
hicbricks (0)
HiCcompare (116)
HiCDCPlus (64)
hicrep (12)
hierGWAS (49)
hierinf (41)
HilbertCurve (75)
HilbertVis (160)
HilbertVisGUI (26)
HiLDA (43)
hipathia (65)
HIPPO (47)
hiReadsProcessor (52)
HIREewas (42)
HiTC (120)
hmdbQuery (67)
HMMcopy (203)
hopach (176)
HPAanalyze (81)
hpar (240)
HPAStainR (41)
HPiP (21)
HTqPCR (141)
HTSanalyzeR (7)
HTSeqGenie (30)
htSeqTools (4)
htseqtools (0)
HTSFilter (178)
HubPub (62)
HumanTranscriptomeCompendium (41)
hummingbird (41)
HybridMTest (67)
hypeR (95)
hyperdraw (64)
hypergraph (88)

I

iASeq (50)
iasva (46)
iBBiG (79)
ibh (42)
iBMQ (35)
iCARE (83)
Icens (293)
icetea (46)
iCheck (43)
iChip (43)
iClusterPlus (253)
iCNV (50)
iCOBRA (124)
ideal (87)
ideogram (0)
IdeoViz (69)
idiogram (49)
IdMappingAnalysis (3)
IdMappingRetrieval (3)
idpr (53)
idr2d (46)
iFlow (0)
iGC (47)
IgGeneUsage (37)
igvR (84)
IHW (626)
illuminaio (2297)
ILoReg (40)
imageHTS (52)
IMAS (46)
imcRtools (48)
Imetagene (4)
IMMAN (49)
ImmuneSpaceR (57)
immunoClust (49)
immunotation (39)
IMPCdata (43)
ImpulseDE (3)
ImpulseDE2 (19)
impute (7799)
INDEED (43)
infercnv (615)
infinityFlow (49)
Informeasure (43)
InPAS (53)
INPower (46)
inSilicoDb (2)
inSilicoMerging (1)
insilicomerging (0)
INSPEcT (55)
InTAD (46)
intansv (58)
interacCircos (51)
InteractionSet (898)
InteractiveComplexHeatmap (159)
interactiveDisplay (72)
interactiveDisplayBase (6802)
InterCellar (59)
IntEREst (55)
InterMineR (61)
IntramiRExploreR (32)
inveRsion (43)
inversion (0)
IONiseR (63)
iontree (2)
iPAC (52)
iPath (24)
ipdDb (45)
IPO (99)
IPPD (11)
IRanges (43001)
IRISFGM (43)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (48)
iSEE (251)
iSEEhex (1)
iSEEu (68)
iSeq (53)
iSNetwork (0)
isobar (100)
IsoCorrectoR (55)
IsoCorrectoRGUI (45)
IsoformSwitchAnalyzeR (227)
IsoGeneGUI (46)
ISoLDE (51)
isomiRs (55)
iSPlot (0)
ITALICS (45)
iterativeBMA (50)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (45)
iterClust (51)
iteremoval (39)
IVAS (53)
ivygapSE (43)
IWTomics (45)

J

JASPAR2018 (1)
jmosaics (1)
joda (3)
JunctionSeq (12)

K

karyoploteR (646)
katdetectr (0)
KBoost (50)
KCsmart (45)
kebabs (129)
KEGGgraph (4097)
KEGGlincs (53)
keggorth (0)
keggorthology (74)
KEGGprofile (39)
KEGGREST (25095)
KEGGSOAP (0)
kimod (3)
KinSwingR (46)
kissDE (49)
kmknn (0)
KnowSeq (51)

L

LACE (40)
lapmix (41)
LBE (264)
ldblock (56)
LEA (375)
LedPred (41)
lefser (160)
les (47)
levi (39)
lfa (310)
limma (31034)
limmaGUI (66)
LINC (3)
LineagePulse (44)
lineagespot (10)
LinkHD (42)
Linnorm (145)
LinTInd (10)
lionessR (52)
lipidr (86)
LiquidAssociation (45)
lisaClust (37)
lmdme (60)
LMGene (4)
LOBSTAHS (47)
loci2path (43)
logicFS (71)
logitT (45)
Logolas (6)
lol (3)
LOLA (147)
LoomExperiment (325)
LowMACA (43)
LPE (64)
LPEadj (41)
lpNet (44)
lpsymphony (917)
LRBaseDbi (57)
LRcell (41)
lumi (1087)
LVSmiRNA (3)
LymphoSeq (61)

M

M3C (678)
M3D (5)
M3Drop (352)
m6Aboost (28)
maanova (63)
Maaslin2 (321)
Macarron (5)
macat (46)
maCorrPlot (48)
MACPET (44)
MACSQuantifyR (40)
MACSr (60)
maDB (0)
madb (0)
made4 (235)
MADSEQ (47)
maftools (2253)
MAGAR (41)
MAGeCKFlute (253)
MAI (25)
maigesPack (53)
MAIT (65)
makecdfenv (105)
makePlatformDesign (0)
MANOR (48)
manta (3)
MantelCorr (51)
mAPKL (46)
maPredictDSC (45)
mapscape (48)
marr (39)
marray (1552)
martini (51)
maser (85)
maSigPro (253)
maskBAD (44)
MassArray (55)
massarray (0)
massiR (51)
MassSpecWavelet (1180)
MAST (1316)
matchBox (53)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (31906)
MatrixQCvis (44)
MatrixRider (41)
matter (98)
MaxContrastProjection (4)
MBAmethyl (46)
MBASED (52)
MBCB (47)
MBECS (9)
mbkmeans (465)
mbOmic (6)
mBPCR (44)
MBQN (42)
MBttest (43)
mcaGUI (4)
MCbiclust (46)
MCRestimate (4)
mCSEA (56)
mdgsa (14)
mdp (52)
mdqc (51)
MDTS (44)
MEAL (71)
MeasurementError.cor (48)
MEAT (45)
MEB (40)
MEDIPS (106)
MEDME (46)
megadepth (99)
MEIGOR (64)
Melissa (44)
memes (115)
MergeMaid (8)
mergemaid (0)
Mergeomics (67)
MeSHDbi (195)
meshes (133)
meshr (87)
MeSHSim (1)
MesKit (67)
messina (44)
metaArray (4)
metaarray (0)
Metab (50)
metabCombiner (42)
MetaboAnnotation (23)
MetaboCoreUtils (88)
metabolomicsWorkbenchR (50)
metabomxtr (49)
MetaboSignal (78)
metaCCA (62)
MetaCyto (57)
metagene (63)
metagene2 (62)
metagenomeFeatures (6)
metagenomeSeq (789)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (52)
metaMS (85)
MetaNeighbor (63)
metapod (2284)
metapone (25)
metaR (0)
metaSeq (58)
metaseqR (19)
metaseqR2 (59)
metavizr (46)
MetaVolcanoR (72)
metaX (3)
MetCirc (47)
MethCP (29)
methimpute (52)
methInheritSim (43)
MethPed (45)
MethReg (47)
methrix (57)
MethTargetedNGS (44)
methVisual (4)
methyAnalysis (37)
MethylAid (59)
methylCC (55)
methylclock (54)
methylGSA (93)
methylInheritance (43)
methylKit (486)
MethylMix (108)
methylMnM (45)
methylPipe (59)
methylscaper (38)
MethylSeekR (144)
methylSig (55)
methylumi (1310)
methyvim (4)
MetID (46)
MetNet (55)
mfa (72)
Mfuzz (568)
mfuzz (0)
MGFM (46)
MGFR (49)
mgsa (85)
mia (303)
miaSim (25)
miaViz (102)
MiChip (41)
microbiome (1259)
microbiomeDASim (44)
microbiomeExplorer (57)
microbiomeMarker (94)
MicrobiomeProfiler (31)
MicrobiotaProcess (237)
microRNA (131)
midasHLA (42)
MIGSA (50)
miloR (105)
mimager (45)
MIMOSA (50)
mina (38)
MineICA (59)
minet (488)
minfi (1776)
MinimumDistance (44)
MiPP (43)
miQC (69)
MIRA (52)
MiRaGE (48)
miRBaseConverter (119)
miRcomp (45)
mirIntegrator (47)
miRLAB (55)
miRmine (43)
miRNAmeConverter (63)
miRNApath (63)
miRNAtap (107)
miRSM (44)
miRsponge (2)
miRspongeR (54)
Mirsynergy (3)
mirTarRnaSeq (37)
missMethyl (856)
missRows (42)
mistyR (48)
mitch (56)
mitoClone2 (25)
mitoODE (3)
mixOmics (2045)
MLInterfaces (292)
mlm4omics (3)
MLP (71)
MLSeq (150)
MMAPPR2 (35)
MMDiff (1)
MMDiff2 (42)
mmgmos (0)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (3)
MMUPHin (62)
mnem (66)
moanin (50)
MobilityTransformR (8)
MODA (55)
ModCon (39)
Modstrings (102)
MOFA (19)
MOFA2 (259)
MOGAMUN (46)
mogsa (110)
MOMA (49)
monaLisa (38)
monocle (2081)
MoonlightR (56)
MoPS (4)
mosaics (111)
mosbi (25)
MOSim (47)
Motif2Site (10)
motifbreakR (86)
motifcounter (53)
MotifDb (395)
motifmatchr (798)
motifRG (8)
motifStack (515)
MotIV (71)
MouseFM (22)
MPFE (47)
mpra (47)
MPRAnalyze (48)
MQmetrics (37)
mQTL.NMR (2)
msa (1064)
MSA2dist (12)
MsBackendMassbank (58)
MsBackendMgf (113)
MsBackendMsp (11)
MsBackendRawFileReader (24)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2002)
MSEADbi (15)
MsFeatures (534)
msgbsR (45)
MSGFgui (40)
MSGFplus (87)
msImpute (48)
msmsEDA (169)
msmsTests (160)
MSnbase (2459)
MSnID (156)
MSPrep (48)
msPurity (69)
msQC (0)
msqrob2 (66)
MSstats (350)
MSstatsConvert (271)
MSstatsLiP (21)
MSstatsLOBD (38)
MSstatsPTM (59)
MSstatsQC (47)
MSstatsQCgui (42)
MSstatsSampleSize (38)
MSstatsTMT (159)
MSstatsTMTPTM (26)
mtbls2 (0)
MTseeker (2)
MuData (9)
Mulcom (94)
MultiAssayExperiment (1705)
MultiBaC (49)
multiClust (69)
multicrispr (46)
MultiDataSet (653)
multiGSEA (73)
multiHiCcompare (59)
MultiMed (57)
multiMiR (175)
multiOmicsViz (56)
multiscan (41)
multiSight (37)
multtest (8938)
mumosa (53)
MungeSumstats (97)
muscat (176)
muscle (187)
musicatk (55)
MutationalPatterns (352)
MVCClass (52)
mvGST (1)
MWASTools (83)
mygene (307)
myvariant (67)
mzID (2080)
mzR (2292)

N

NADfinder (46)
NanoMethViz (55)
NanoStringDiff (91)
NanoStringNCTools (120)
NanoStringQCPro (87)
nanotatoR (49)
NanoTube (33)
NarrowPeaks (4)
NBAMSeq (43)
NBSplice (47)
ncdfFlow (1435)
ncGTW (40)
NCIgraph (51)
ncRNAtools (43)
ndexr (70)
neaGUI (1)
nearBynding (39)
Nebulosa (333)
NeighborNet (41)
nem (6)
nempi (45)
netbenchmark (4)
netbiov (68)
netboost (37)
netboxr (42)
NetCRG (0)
netDx (50)
nethet (45)
netOmics (25)
NetPathMiner (60)
netprioR (43)
netReg (4)
netresponse (62)
NetSAM (49)
netSmooth (57)
networkBMA (50)
netZooR (15)
NeuCA (27)
NewWave (82)
NGScopy (2)
ngsReports (70)
nnNorm (44)
nnSVG (12)
NOISeq (530)
nondetects (67)
NoRCE (47)
normalize450K (43)
NormalyzerDE (96)
NormqPCR (187)
normr (130)
NPARC (48)
npGSEA (48)
NTW (43)
nucleoSim (45)
nucleR (64)
nucler (0)
nuCpos (49)
nudge (2)
nullranges (27)
NuPoP (56)
NxtIRFcore (25)

O

occugene (46)
OCplus (101)
ODER (24)
odseq (58)
OGRE (9)
OGSA (3)
oligo (1446)
oligoClasses (1560)
OLIN (48)
OLINgui (41)
OmaDB (71)
omicade4 (98)
OmicCircos (235)
omiccircos (0)
omicplotR (47)
omicRexposome (46)
OmicsLonDA (42)
OmicsMarkeR (4)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (44)
omicsPrint (48)
omicsViewer (8)
Omixer (42)
OmnipathR (227)
ompBAM (9)
Onassis (16)
oncomix (45)
OncoScore (47)
OncoSimulR (60)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (40)
onlineFDR (49)
ontoCAT (1)
ontoProc (102)
ontoTools (0)
openCyto (1117)
openPrimeR (97)
openPrimeRui (56)
OpenStats (45)
OperaMate (1)
oposSOM (69)
oppar (46)
oppti (40)
optimalFlow (39)
OPWeight (42)
OrderedList (86)
ORFhunteR (38)
ORFik (119)
Organism.dplyr (358)
OrganismDbi (2512)
orthogene (79)
OSAT (65)
OSCA (6)
OSCA.advanced (11)
OSCA.basic (11)
OSCA.intro (34)
OSCA.multisample (9)
OSCA.workflows (22)
Oscope (55)
OTUbase (45)
OutlierD (5)
OUTRIDER (134)
OVESEG (40)

P

PAA (55)
packFinder (49)
padma (40)
PADOG (177)
pageRank (43)
PAIRADISE (71)
paircompviz (51)
pairkat (21)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (91)
panelcn.mops (63)
PAnnBuilder (2)
PanomiR (11)
panp (49)
PANR (44)
PanViz (1)
PanVizGenerator (38)
PAPi (5)
pareg (9)
parglms (43)
parody (61)
PAST (42)
Path2PPI (55)
pathifier (161)
PathNet (57)
PathoStat (57)
pathprint (3)
pathRender (49)
pathVar (43)
pathview (3639)
pathwayPCA (80)
PathwaySplice (4)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (81)
Pbase (3)
pbcmc (2)
pcaExplorer (391)
pcaGoPromoter (5)
pcaMethods (3849)
PCAN (58)
PCAtools (895)
pcot2 (12)
PCpheno (5)
pcxn (45)
PDATK (40)
pdInfoBuilder (97)
pdmclass (1)
PeacoQC (58)
peakPantheR (54)
PECA (65)
peco (41)
pengls (21)
PepsNMR (66)
pepStat (47)
pepXMLTab (51)
PERFect (56)
periodicDNA (40)
perturbatr (31)
PFP (38)
PGA (6)
pga (0)
pgca (49)
PGSEA (27)
pgUtils (0)
phantasus (69)
PharmacoGx (143)
phemd (33)
phenoDist (1)
PhenoGeneRanker (38)
phenopath (75)
phenoTest (77)
PhenStat (50)
philr (159)
PhIPData (48)
phosphonormalizer (41)
PhosR (66)
PhyloProfile (59)
phyloseq (3899)
Pi (69)
piano (287)
pickgene (44)
PICS (96)
Pigengene (71)
PING (47)
pint (4)
pipeComp (45)
pipeFrame (109)
pkgDepTools (58)
planet (60)
plateCore (2)
plethy (47)
plgem (67)
plier (129)
PloGO2 (55)
plotgardener (79)
plotGrouper (44)
PLPE (45)
plrs (3)
plw (3)
plyranges (634)
pmm (45)
pmp (89)
PoDCall (39)
podkat (50)
pogos (46)
polyester (113)
Polyfit (5)
POMA (60)
POST (4)
PoTRA (44)
PowerExplorer (3)
powerTCR (247)
POWSC (45)
ppcseq (38)
PPInfer (67)
ppiStats (46)
pqsfinder (68)
prada (30)
pram (45)
prebs (44)
preciseTAD (42)
PrecisionTrialDrawer (39)
PREDA (76)
predictionet (32)
preprocessCore (11716)
primirTSS (41)
PrInCE (47)
Prize (4)
proActiv (50)
proBAMr (41)
proBatch (75)
PROcess (89)
procoil (48)
ProCoNA (2)
proDA (117)
proFIA (44)
profileplyr (144)
profileScoreDist (45)
progeny (284)
projectR (61)
pRoloc (236)
pRolocGUI (75)
PROMISE (42)
PROPER (82)
PROPS (47)
Prostar (68)
prostar (0)
prot2D (2)
proteinProfiles (49)
ProteoDisco (24)
ProteomicsAnnotationHubData (34)
ProteoMM (59)
proteoQC (4)
protGear (8)
ProtGenerics (8274)
PSEA (48)
psichomics (80)
PSICQUIC (59)
PSMatch (18)
psygenet2r (50)
ptairMS (41)
PubScore (39)
pulsedSilac (39)
puma (97)
PureCN (157)
pvac (47)
pvca (215)
Pviz (50)
PWMEnrich (86)
pwOmics (50)
pwrEWAS (61)
pxr (0)

Q

qckitfastq (61)
qcmetrics (54)
QDNAseq (234)
QFeatures (179)
qmtools (8)
qpcrNorm (49)
qpgraph (112)
qPLEXanalyzer (49)
qrqc (114)
qsea (56)
qsmooth (58)
QSutils (52)
qsvaR (8)
qtbase (0)
Qtlizer (47)
qtpaint (0)
QUALIFIER (3)
quantiseqr (71)
quantro (124)
quantsmooth (456)
QuartPAC (41)
QuasR (293)
QuaternaryProd (69)
QUBIC (94)
qusage (329)
qvalue (12002)

R

R3CPET (44)
r3Cseq (103)
R453Plus1Toolbox (52)
R4RNA (316)
RadioGx (42)
RaggedExperiment (631)
rain (75)
rama (52)
RamiGO (3)
ramigo (0)
ramr (46)
ramwas (61)
RandomWalkRestartMH (67)
randPack (50)
randRotation (44)
RankProd (258)
RAREsim (6)
RareVariantVis (45)
Rariant (4)
rawrr (152)
RbcBook1 (46)
Rbec (36)
RBGL (9135)
RBioinf (54)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (133)
RBM (48)
Rbowtie (334)
Rbowtie2 (209)
rbsurv (62)
Rbwa (8)
Rcade (70)
RCAS (63)
RCASPAR (49)
rcellminer (55)
rCGH (72)
Rchemcpp (2)
RchyOptimyx (5)
RcisTarget (710)
RCM (53)
RConferoMapping (0)
Rcpi (110)
RCSL (41)
Rcwl (45)
RcwlPipelines (38)
RCX (14)
RCy3 (668)
RCyjs (58)
RCytoscape (4)
RDAVIDWebService (59)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (74)
Rdisop (302)
RDRToolbox (83)
ReactomeContentService4R (61)
ReactomeGraph4R (38)
ReactomeGSA (199)
ReactomePA (1572)
readat (8)
ReadqPCR (197)
reb (3)
REBET (41)
rebook (98)
receptLoss (36)
reconsi (42)
recount (361)
recount3 (140)
recountmethylation (45)
recoup (46)
RedeR (187)
REDseq (92)
RefNet (3)
RefPlus (59)
RegEnrich (51)
regioneR (1576)
regionReport (116)
regsplice (41)
regutools (43)
REMP (53)
Repitools (647)
ReportingTools (776)
reposTools (0)
RepViz (47)
ReQON (51)
ResidualMatrix (2028)
Resourcerer (0)
restfulSE (49)
rexposome (66)
rfaRm (44)
Rfastp (80)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (44)
rGADEM (347)
RGalaxy (45)
rGenomeTracks (22)
Rgin (45)
RGMQL (31)
RgnTX (1)
rgoslin (8)
RGraph2js (45)
Rgraphviz (8855)
rGREAT (311)
RGSEA (71)
rgsepd (48)
rhdf5 (14125)
rhdf5client (55)
rhdf5filters (12752)
Rhdf5lib (16384)
Rhisat2 (176)
Rhtslib (17773)
rHVDM (2)
RiboCrypt (21)
RiboDiPA (44)
RiboProfiling (64)
ribor (44)
riboSeq (0)
riboSeqR (66)
ribosomeProfilingQC (51)
rifi (5)
RImmPort (43)
Ringo (666)
Rintact (0)
RIPAT (41)
RIPSeeker (14)
Risa (55)
RITAN (50)
RIVER (43)
RJMCMCNucleosomes (40)
RLassoCox (43)
RLMM (47)
RLSeq (23)
RMAGEML (0)
Rmagpie (44)
RMAPPER (0)
RMassBank (75)
rMAT (2)
rmelting (63)
RmiR (35)
rmir (0)
Rmmquant (42)
rmspc (25)
RNAAgeCalc (59)
RNAdecay (41)
rnaEditr (37)
RNAinteract (47)
RNAither (5)
rnaither (0)
RNAmodR (58)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (45)
RNAmodR.ML (40)
RNAmodR.RiboMethSeq (43)
RNAprobR (5)
RNAsense (39)
rnaseqcomp (52)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (5)
RNASeqPower (150)
RNASeqR (46)
RnaSeqSampleSize (93)
RnBeads (215)
Rnits (46)
roar (57)
ROC (1154)
ROCpAI (38)
RolDE (7)
Roleswitch (5)
Rolexa (1)
rols (276)
roma (0)
ROntoTools (85)
ropls (618)
ROSeq (41)
ROTS (161)
RPA (53)
rprimer (14)
RProtoBufLib (2022)
RpsiXML (53)
rpx (283)
Rqc (178)
rqt (48)
rqubic (58)
rRDP (45)
Rredland (0)
RRHO (81)
rrvgo (223)
Rsamtools (17631)
rsbml (80)
rScudo (43)
rsemmed (38)
RSeqAn (64)
rSFFreader (1)
RSNPper (0)
Rsubread (1817)
RSVSim (55)
rSWeeP (42)
rTANDEM (12)
RTCA (46)
RTCGA (502)
RTCGAToolbox (410)
RTN (121)
RTNduals (53)
RTNsurvival (56)
RTools4TB (0)
RTopper (49)
Rtpca (40)
rtracklayer (17087)
Rtreemix (49)
rTRM (55)
rTRMui (42)
runibic (62)
Ruuid (0)
RUVcorr (51)
RUVnormalize (52)
RUVSeq (749)
RVS (45)
RWebServices (1)
rWikiPathways (246)

S

S4Vectors (48267)
safe (379)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (43)
SAGx (21)
SAIGEgds (67)
samExploreR (3)
sampleClassifier (42)
SamSPECTRAL (133)
sangeranalyseR (128)
sangerseqR (311)
SANTA (46)
sapFinder (3)
saps (1)
sarks (39)
satuRn (44)
savR (63)
SBGNview (68)
sbgr (1)
SBMLR (46)
SC3 (396)
Scale4C (42)
ScaledMatrix (6328)
scAlign (49)
SCAN.UPC (106)
scanMiR (31)
scanMiRApp (25)
scAnnotatR (38)
SCANVIS (53)
SCArray (42)
SCATE (38)
scater (4076)
scatterHatch (19)
scBFA (43)
SCBN (59)
scCB2 (43)
scClassifR (38)
scClassify (64)
sccomp (12)
scDataviz (59)
scDblFinder (531)
scDD (127)
scDDboost (1)
scde (317)
scds (343)
SCFA (42)
scFeatureFilter (43)
scfind (3)
scGPS (44)
schex (114)
scHOT (62)
ScISI (34)
scMAGeCK (45)
scmap (260)
scMerge (248)
scmeth (45)
SCnorm (111)
scone (129)
Sconify (41)
SCOPE (51)
scoreInvHap (42)
scp (53)
scPCA (68)
scPipe (82)
scran (2977)
scReClassify (21)
scRecover (54)
ScreenR (1)
scRepertoire (205)
scruff (55)
scry (77)
scShapes (25)
scsR (3)
scTensor (57)
scTGIF (39)
scTHI (43)
scTreeViz (23)
scuttle (5354)
SDAMS (45)
sechm (55)
segmenter (28)
segmentSeq (97)
selectKSigs (37)
SELEX (48)
SemDist (43)
semisup (43)
SemSim (0)
SEPA (2)
SEPIRA (45)
seq2pathway (51)
seqArchR (7)
SeqArray (668)
seqbias (55)
seqCAT (45)
seqCNA (49)
seqcombo (50)
SeqGate (37)
SeqGSEA (70)
seqLogo (1750)
Seqnames (0)
seqPattern (420)
seqplots (16)
seqsetvis (61)
SeqSQC (48)
seqTools (107)
SeqVarTools (387)
sesame (359)
SEtools (62)
sevenbridges (72)
sevenC (43)
SGSeq (243)
SharedObject (88)
shinyepico (47)
shinyMethyl (79)
shinyTANDEM (5)
ShortRead (5089)
shortread (0)
SIAMCAT (113)
SICtools (38)
sidap (0)
sigaR (7)
SigCheck (47)
sigFeature (107)
SigFuge (44)
siggenes (2172)
sights (50)
signatureSearch (85)
signeR (65)
signet (3)
sigPathway (132)
SigsPack (42)
sigsquared (44)
SIM (49)
SIMAT (47)
SimBindProfiles (44)
SIMD (41)
SimFFPE (41)
similaRpeak (55)
SIMLR (194)
simpleaffy (170)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (171)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (4)
sincell (55)
single (7)
SingleCellExperiment (8794)
SingleCellSignalR (143)
singleCellTK (116)
SingleMoleculeFootprinting (37)
SingleR (2198)
SingleRBook (4)
singscore (601)
SISPA (42)
sitadela (41)
sitePath (47)
sizepower (55)
SJava (1)
skewr (41)
slalom (50)
SLGI (36)
slingshot (889)
slinky (36)
SLqPCR (60)
SMAD (41)
SMAP (47)
SMITE (48)
SNAData (0)
SNAGEE (42)
snapCGH (53)
snapcount (52)
snifter (94)
snm (135)
snpAssoc (0)
SNPchip (21)
SNPediaR (45)
SNPhood (43)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1177)
snpStats (1378)
soGGi (200)
sojourner (45)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (144)
SOMNiBUS (39)
SpacePAC (45)
spade (1)
Spaniel (79)
sparrow (38)
sparseDOSSA (47)
sparseMatrixStats (9529)
sparsenetgls (40)
SparseSignatures (49)
spaSim (0)
SpatialCPie (71)
spatialDE (37)
SpatialDecon (76)
SpatialExperiment (428)
spatialHeatmap (39)
spatzie (27)
specL (49)
SpeCond (92)
Spectra (257)
SpectralTAD (54)
SPEM (68)
SPIA (425)
spicyR (41)
SpidermiR (61)
spikeLI (49)
spiky (31)
spkTools (44)
splatter (334)
splicegear (3)
spliceR (4)
spliceSites (3)
SplicingFactory (38)
SplicingGraphs (95)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (60)
SPLINTER (43)
splots (119)
SPONGE (56)
SpotClean (1)
SPOTlight (15)
spotSegmentation (3)
spqn (43)
SPsimSeq (46)
SQLDataFrame (44)
SQUADD (42)
sRACIPE (42)
SRAdb (333)
sRAP (3)
SRGnet (7)
srnadiff (45)
sscore (44)
sscu (48)
sSeq (161)
ssize (68)
sSNAPPY (6)
SSPA (141)
ssPATHS (38)
ssrch (45)
ssviz (48)
stageR (138)
stam (0)
STAN (50)
standR (7)
staRank (42)
StarBioTrek (45)
Starr (4)
STATegRa (55)
statTarget (96)
STdeconvolve (10)
stepNorm (46)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (43)
Streamer (49)
STRINGdb (745)
STROMA4 (44)
struct (91)
Structstrings (77)
structToolbox (66)
StructuralVariantAnnotation (135)
SubCellBarCode (46)
subSeq (63)
SUITOR (1)
SummarizedBenchmark (51)
SummarizedExperiment (31891)
Summix (36)
supersigs (39)
supraHex (271)
surfaltr (22)
survcomp (745)
survtype (48)
Sushi (255)
sva (5258)
svaNUMT (26)
SVAPLSseq (3)
svaRetro (24)
SVM2CRM (2)
SWATH2stats (57)
SwathXtend (51)
swfdr (55)
SwimR (18)
switchBox (75)
switchde (49)
synapsis (22)
synapter (33)
synergyfinder (153)
SynExtend (44)
synlet (42)
SynMut (44)
syntenet (1)
systemPipeR (1133)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (56)
systemPipeTools (41)

T

TADCompare (51)
tanggle (30)
TAPseq (46)
target (44)
TargetDecoy (23)
TargetScore (49)
TargetSearch (53)
targetsearch (0)
TarSeqQC (46)
TBSignatureProfiler (46)
TCC (293)
TCGAbiolinks (2723)
TCGAbiolinksGUI (106)
TCGAutils (558)
TCseq (122)
TDARACNE (47)
tdaracne (0)
TEKRABber (9)
tenXplore (39)
TEQC (62)
ternarynet (44)
terraTCGAdata (6)
TFARM (39)
TFBSTools (1173)
TFEA.ChIP (59)
TFHAZ (39)
TFutils (47)
tidybulk (116)
tidySingleCellExperiment (81)
tidySummarizedExperiment (97)
tiger (0)
tigre (47)
TileDBArray (43)
tilingArray (71)
timecourse (65)
timeOmics (58)
TimerQuant (0)
timescape (67)
TimeSeriesExperiment (54)
TimiRGeN (42)
TIN (46)
TissueEnrich (91)
TitanCNA (72)
tkWidgets (740)
tLOH (37)
TMixClust (65)
TNBC.CMS (45)
TnT (46)
TOAST (98)
tofsims (40)
tomoda (37)
tomoseqr (6)
ToPASeq (6)
topconfects (96)
topdownr (46)
topGO (2713)
topicmodels (0)
ToxicoGx (39)
TPP (77)
TPP2D (53)
tracktables (84)
trackViewer (256)
tradeSeq (332)
TrajectoryGeometry (35)
TrajectoryUtils (801)
transcriptogramer (46)
transcriptR (50)
transformGamPoi (24)
transite (48)
tRanslatome (46)
transomics2cytoscape (40)
TransView (46)
TraRe (39)
traseR (42)
Travel (26)
traviz (27)
TreeAndLeaf (69)
treeio (11534)
treekoR (42)
TreeSummarizedExperiment (360)
TREG (8)
TReNA (1)
trena (46)
Trendy (53)
TRESS (23)
tricycle (75)
triform (3)
trigger (47)
trio (78)
triplex (48)
tripr (24)
tRNA (84)
tRNAdbImport (53)
tRNAscanImport (59)
TRONCO (75)
TSCAN (247)
tscR (48)
tspair (45)
TSRchitect (33)
TSSi (2)
ttgsea (43)
TTMap (41)
TurboNorm (46)
TVTB (57)
tweeDEseq (90)
twilight (89)
twoddpcr (46)
txcutr (22)
tximeta (935)
tximport (2772)
TxRegInfra (3)
TypeInfo (49)

U

UCell (56)
Ularcirc (43)
UMI4Cats (42)
uncoverappLib (38)
UNDO (49)
unifiedWMWqPCR (48)
UniProt.ws (238)
Uniquorn (41)
universalmotif (308)
updateObject (9)
uSORT (40)

V

VAExprs (27)
VanillaICE (57)
VarCon (36)
variancePartition (408)
VariantAnnotation (6247)
VariantExperiment (42)
VariantFiltering (53)
VariantTools (86)
vasp (2)
VaSP (41)
vbmp (68)
VCFArray (44)
Vega (3)
VegaMC (41)
velociraptor (96)
veloviz (30)
VennDetail (132)
VERSO (37)
vidger (95)
viper (537)
virtualArray (0)
ViSEAGO (152)
vissE (56)
VplotR (43)
vsn (4518)
vtpnet (44)
vulcan (44)

W

waddR (57)
wateRmelon (751)
wavClusteR (51)
waveTiling (3)
weaver (51)
webbioc (48)
weitrix (40)
widgetInvoke (0)
widgetTools (755)
wiggleplotr (111)
wpm (50)
wppi (41)
Wrench (786)

X

XBSeq (5)
XCIR (28)
xcms (1150)
xcore (8)
XDE (52)
Xeva (52)
XINA (46)
xmapbridge (50)
xmapcore (0)
XNAString (42)
xps (8)
XVector (40001)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (49)
YAPSA (86)
yaqcaffy (6)
yarn (90)

Z

zellkonverter (378)
zFPKM (111)
zinbwave (617)
zlibbioc (41446)