Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2016-12-02 08:45:51 -0800 (Fri, 02 Dec 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (25148)
2BiocGenerics (18054)
3IRanges (17366)
4S4Vectors (16330)
5Biobase (15174)
6AnnotationDbi (14420)
7zlibbioc (12643)
8Biostrings (11278)
9XVector (10963)
10GenomicRanges (10941)
11limma (10913)
12GenomeInfoDb (10869)
13BiocParallel (9341)
14SummarizedExperiment (7981)
15rtracklayer (7820)
16annotate (7657)
17genefilter (7447)
18GenomicAlignments (7444)
19biomaRt (7294)
20Rsamtools (7272)
21GenomicFeatures (6951)
22graph (6722)
23preprocessCore (5644)
24edgeR (5418)
25DESeq2 (5028)
26geneplotter (4785)
27BSgenome (4668)
28affy (4521)
29affyio (4224)
30Rgraphviz (4011)
31RBGL (3879)
32VariantAnnotation (3808)
33multtest (3604)
34impute (3151)
35DESeq (2901)
36GEOquery (2876)
37qvalue (2869)
38rhdf5 (2696)
39Gviz (2670)
40biovizBase (2638)
41GSEABase (2354)
42ShortRead (2231)
43AnnotationHub (2037)
44AnnotationForge (1891)
45interactiveDisplayBase (1864)
46Category (1830)
47KEGGREST (1760)
48GOstats (1718)
49vsn (1683)
50DNAcopy (1648)
51topGO (1633)
52gcrma (1630)
53ensembldb (1623)
54OrganismDbi (1558)
55sva (1532)
56ggbio (1518)
57illuminaio (1502)
58minfi (1476)
59siggenes (1406)
60cummeRbund (1375)
61oligoClasses (1343)
62oligo (1308)
63EBImage (1300)
64pcaMethods (1289)
65affxparser (1240)
66BiocStyle (1229)
67bumphunter (1214)
68affyPLM (1169)
69KEGGgraph (1153)
70mzR (1105)
71marray (1100)
72DOSE (1073)
73GOSemSim (1055)
74phyloseq (1002)
75clusterProfiler (958)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (157)
a4Base (182)
a4Classif (152)
a4Core (187)
a4Preproc (184)
a4Reporting (158)
ABAData (0)
ABAEnrichment (114)
ABAFuncData (0)
ABarray (156)
ABSSeq (141)
acde (100)
acepack (0)
aCGH (233)
ACME (156)
ADaCGH2 (142)
adSplit (140)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1240)
affy (4521)
affycomp (208)
AffyCompatible (151)
affyContam (143)
affycoretools (429)
affydata (2)
AffyExpress (155)
affyILM (137)
affyio (4224)
affylmGUI (232)
affyPara (143)
affypdnn (180)
affyPLM (1169)
affyQCReport (387)
AffyRNADegradation (138)
AffyTiling (114)
AGDEX (129)
Agi4x44PreProcess (30)
agilp (210)
AgiMicroRna (178)
AIMS (228)
ALDEx2 (136)
AllelicImbalance (154)
alpine (11)
alpineData (1)
alsace (116)
altcdfenvs (159)
AMOUNTAIN (10)
ampliQueso (115)
AnalysisPageServer (107)
anamiR (8)
Anaquin (9)
AneuFinder (52)
AneuFinderData (1)
annaffy (599)
AnnBuilder (8)
annmap (98)
annotate (7657)
annotation (17)
AnnotationDbi (14420)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1891)
AnnotationFuncs (172)
AnnotationHub (2037)
AnnotationHubData (115)
Annotations (0)
annotationTools (197)
annotatr (8)
annotatr.data (1)
anota (143)
antiProfiles (121)
apcluster (0)
apComplex (152)
applera (4)
aroma.light (928)
ArrayExpress (464)
ArrayExpressHTS (75)
arrayMagic (5)
arraymvout (0)
arrayMvout (134)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (156)
arrayQualityMetrics (491)
arrays (33)
ArrayTools (196)
ArrayTV (123)
ARRmNormalization (121)
ASAFE (9)
ASEB (123)
ASGSCA (114)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (12)
ASpli (12)
ASSET (128)
ASSIGN (120)
AtlasRDF (119)
attract (129)

B

BaalChIP (8)
BAC (135)
bacon (56)
BADER (122)
BadRegionFinder (45)
BAGS (122)
ballgown (369)
bamsignals (157)
base64enc (0)
BaseSpaceR (142)
Basic4Cseq (131)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (55)
BatchJobs (0)
BatchQC (75)
BayesKnockdown (9)
BayesPeak (193)
baySeq (452)
BBCAnalyzer (92)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (140)
beadarray (676)
beadarraySNP (154)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (602)
BeadExplorer (2)
BEAT (116)
BEclear (103)
betr (178)
bgafun (129)
BgeeDB (58)
BGmix (71)
bgx (139)
BHC (206)
BicARE (151)
BiGGR (117)
BigMatrix (0)
bigmelon (8)
bigmemoryExtras (70)
bim (3)
bioassayR (162)
Biobase (15174)
biobroom (123)
bioCancer (9)
BiocCaseStudies (139)
BiocCheck (276)
biocDatasets (8)
BiocGenerics (18054)
biocGraph (198)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (25148)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (9341)
BiocStyle (1229)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (440)
BiocWorkflowTools (8)
bioDist (343)
biodist (0)
biomaRt (7294)
biomformat (392)
BioMVCClass (129)
biomvRCNS (121)
BioNet (277)
BioQC (46)
BioSeqClass (136)
biosigner (57)
biostrings (0)
Biostrings (11278)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (113)
biovizBase (2638)
BiRewire (174)
birta (126)
birte (112)
BiSeq (223)
bitops (0)
BitSeq (321)
blima (112)
blimaTestingData (0)
BPRMeth (5)
BRAIN (173)
BrainStars (125)
brew (0)
bridge (138)
BridgeDbR (115)
BrowserViz (98)
BrowserVizDemo (80)
BSgenome (4668)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (395)
BubbleTree (122)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (145)
BufferedMatrixMethods (138)
bumphunter (1214)
BUS (122)
BuxcoR (0)

C

CAFE (108)
CAGEr (158)
CALIB (125)
CAMERA (351)
camera (0)
canceR (110)
cancerclass (116)
CancerInSilico (7)
CancerMutationAnalysis (131)
CancerSubtypes (9)
CAnD (104)
caOmicsV (94)
Cardinal (127)
casper (123)
Category (1830)
categoryCompare (120)
CausalR (100)
ccdata (1)
ccmap (9)
CCPROMISE (7)
ccrepe (122)
cellbaseR (1)
cellGrowth (126)
cellHTS (130)
cellHTS2 (240)
cellity (61)
CellMapper (11)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (160)
cellTree (57)
CexoR (117)
CFAssay (109)
CGEN (153)
CGHbase (265)
CGHcall (224)
cghMCR (240)
CGHnormaliter (129)
CGHregions (148)
cghregions (0)
ChAMP (299)
ChAMPdata (0)
charm (154)
checkmate (0)
ChemmineOB (203)
ChemmineR (361)
Chicago (61)
chimera (172)
ChIPComp (108)
chipenrich (130)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (1)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (640)
ChIPQC (203)
ChIPseeker (423)
ChipSeq (0)
chipseq (422)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (194)
ChIPsim (182)
ChIPXpress (88)
chopsticks (222)
chroGPS (113)
chromDraw (100)
ChromHeatMap (132)
ChromoViz (5)
chromPlot (55)
chromstaR (9)
chromstaRData (2)
CHRONOS (43)
CINdex (44)
cisPath (119)
ClassifyR (131)
cleanUpdTSeq (113)
cleaver (185)
clippda (119)
clipper (156)
Clomial (111)
Clonality (125)
clonotypeR (118)
clst (121)
clstutils (114)
clustComp (45)
clusterExperiment (12)
clusterProfiler (958)
clusterprofiler (0)
ClusterSignificance (45)
clusterStab (173)
CMA (193)
cn.farms (118)
cn.mops (230)
CNAnorm (147)
cnanorm (0)
CNEr (220)
CNORdt (118)
CNORfeeder (114)
CNORfuzzy (118)
CNORode (125)
CNPBayes (89)
CNTools (316)
cnvGSA (118)
CNVPanelizer (102)
CNVrd2 (119)
CNVtools (141)
cnvtools (0)
cobindR (111)
CoCiteStats (135)
codelink (137)
codetoolsBioC (0)
CODEX (138)
CoGAPS (111)
cogena (113)
coGPS (112)
COHCAP (139)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (131)
COMPASS (125)
compcodeR (126)
compEpiTools (127)
CompGO (134)
ComplexHeatmap (675)
CONFESS (36)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (592)
consensusSeekeR (53)
contiBAIT (44)
conumee (122)
convert (229)
copa (136)
COPDSexualDimorphism (8)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (229)
CopyNumber450k (116)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (137)
CoRegNet (116)
Cormotif (122)
CorMut (123)
coRNAi (114)
CORREP (129)
cosmiq (107)
cosmo (16)
cosmoGUI (16)
COSNet (107)
CountClust (52)
covEB (10)
CoverageView (109)
covRNA (11)
cpvSNP (98)
cqn (190)
CRImage (159)
CRISPRseek (157)
crisprseekplus (7)
CrispRVariants (53)
crlmm (248)
crossmeta (11)
CSAR (197)
csaw (216)
CSSP (125)
ctc (340)
ctsGE (9)
cummeRbund (1375)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (147)
CVE (10)
cycle (127)
cytofkit (153)
CytoML (10)

D

dada2 (113)
dagLogo (105)
daMA (119)
DAPAR (103)
DAPARdata (1)
DART (115)
DASiR (99)
DAVIDQuery (97)
davidquery (0)
DBChIP (146)
DBI (0)
dcGSA (47)
DChIPRep (96)
ddCt (183)
ddgraph (115)
DDiGGER (0)
debrowser (62)
DECIPHER (232)
DeconRNASeq (127)
DEDS (126)
DeepBlueR (10)
deepSNV (149)
DEFormats (62)
DEGraph (149)
DEGreport (108)
DEGseq (328)
deltaGseg (108)
DeMAND (101)
derfinder (163)
derfinderData (0)
derfinderHelper (152)
derfinderPlot (124)
deseq (0)
DESeq (2901)
DESeq2 (5028)
destiny (197)
DEsubs (8)
DEXSeq (771)
dexus (128)
DFP (123)
dichromat (0)
DiffBind (513)
diffGeneAnalysis (124)
diffHic (141)
DiffLogo (92)
diffloop (37)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (105)
diggitdata (0)
Director (9)
DirichletMultinomial (239)
dks (115)
DMRcaller (108)
DMRcate (243)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (109)
DNABarcodes (98)
DNAcopy (1648)
DNaseR (13)
DNAshapeR (63)
domainsignatures (127)
doppelgangR (48)
DOQTL (128)
DOSE (1073)
DRIMSeq (45)
DriverNet (129)
DrugVsDisease (126)
dSimer (10)
DSS (268)
DTA (112)
dualKS (120)
DupChecker (104)
dupRadar (87)
DvDdata (0)
dyebias (127)
DynDoc (675)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (147)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (312)
EBarrays (191)
EBcoexpress (127)
EBImage (1300)
EBSEA (45)
EBSeq (448)
EBSeqHMM (129)
ecolitk (124)
EDASeq (823)
edd (12)
EDDA (108)
edge (166)
edger (0)
edgeR (5418)
eegc (9)
EfficientR (0)
EGAD (50)
EGSEA (62)
EGSEAdata (1)
eiR (65)
eisa (143)
ELBOW (105)
ELMER (122)
ELMER.data (0)
EMDomics (104)
EmpiricalBrownsMethod (56)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (122)
ENmix (118)
EnrichedHeatmap (107)
EnrichmentBrowser (200)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (1623)
ensemblVEP (184)
ENVISIONQuery (113)
EpiCluster (7)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (118)
epivizr (161)
epivizrData (62)
epivizrServer (60)
epivizrStandalone (48)
eQTL (3)
erccdashboard (154)
erma (124)
esetVis (10)
eudysbiome (83)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (45)
ExiMiR (122)
exomeCopy (228)
exomePeak (134)
exonfindR (0)
exonmap (15)
ExperimentHub (55)
ExperimentHubData (49)
explorase (105)
ExpressionAtlas (50)
ExpressionNormalizationWorkflow (2)
expressionview (0)
ExpressionView (121)
exprExternal (2)
externalVector (15)

F

fabia (194)
facopy (107)
facopy.annot (0)
factDesign (143)
fail (0)
FamAgg (46)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (133)
fastLiquidAssociation (101)
fastseg (199)
fbat (8)
fCCAC (7)
fCI (86)
fdrame (124)
FEM (134)
ffpe (127)
FGNet (161)
fgsea (116)
FindMyFriends (106)
FISHalyseR (96)
FitHiC (8)
flagme (118)
Fletcher2013a (0)
flipflop (126)
flowAI (57)
flowBeads (108)
flowBin (107)
flowcatchR (100)
flowCHIC (102)
flowCL (120)
flowClean (117)
flowClust (297)
flowCore (816)
flowCyBar (110)
flowDensity (145)
flowFit (110)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (24)
flowFP (135)
flowMap (111)
flowMatch (105)
flowMeans (182)
flowMerge (153)
flowPeaks (133)
flowPhyto (18)
flowPloidy (6)
flowPloidyData (1)
flowPlots (121)
flowq (0)
flowQ (137)
flowQB (114)
FlowRepositoryR (99)
FlowSOM (145)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (292)
flowTrack (1)
flowTrans (134)
flowType (141)
flowUtils (289)
flowViz (530)
flowVS (103)
flowWorkspace (424)
fmcsR (190)
focalCall (104)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (120)
FRGEpistasis (104)
frma (270)
frmaTools (145)
fucci (1)
FunChIP (8)
FunciSNP (135)
furrowSeg (0)

G

gaga (134)
gage (681)
gaggle (129)
gaia (119)
GAprediction (7)
garfield (45)
gaucho (104)
gcatest (82)
gCMAP (135)
gCMAPWeb (111)
gCrisprTools (7)
gcrma (1630)
gdsfmt (613)
geecc (97)
GEM (11)
genArise (119)
genbankr (52)
GENE.E (148)
gene2pathway (12)
GeneAnswers (192)
geneAttribution (8)
GeneBreak (84)
GeneExpressionSignature (125)
genefilter (7447)
genefu (261)
GeneGA (85)
GeneGeneInteR (10)
GeneGroupAnalysis (7)
GeneMeta (173)
GeneNetworkBuilder (125)
GeneOverlap (148)
geneplast (9)
geneplotter (4785)
GeneR (12)
geneRecommender (126)
GeneRegionScan (116)
generegulation (5)
GeneRfold (4)
geneRxCluster (103)
GeneSelectMMD (117)
GeneSelector (172)
GENESIS (133)
GeneSpring (12)
geNetClassifier (144)
GeneticsBase (5)
GeneticsDesign (149)
GeneticsPed (163)
GeneTraffic (10)
GeneTS (6)
genetw12 (0)
geneXtendeR (8)
genoCN (116)
GenoGAM (46)
genomation (194)
genomationData (0)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (298)
GenomeInfoDb (10869)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (713)
genomes (156)
GenomicAlignments (7444)
GenomicFeatures (6951)
GenomicFiles (496)
GenomicInteractions (126)
GenomicRanges (10941)
GenomicTuples (108)
Genominator (139)
genoset (227)
genotypeeval (87)
GenoView (59)
genphen (46)
GenRank (43)
GenVisR (106)
GEOmetadb (278)
geoquery (0)
GEOquery (2876)
GEOsearch (91)
GEOsubmission (117)
geosubmission (0)
gespeR (98)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (108)
gff3Plotter (4)
GGBase (189)
ggbio (1518)
ggcyto (80)
GGtools (173)
ggtree (577)
girafe (181)
GLAD (242)
Glimma (88)
GlobalAncova (165)
globalSeq (45)
globaltest (454)
gmapR (99)
GMRP (44)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (175)
GOFunction (144)
GoogleGenomics (102)
GOpro (8)
goProfiles (173)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1055)
goseq (603)
GOSim (159)
gostats (0)
GOstats (1718)
GOsummaries (152)
GOTHiC (125)
goTools (181)
gotools (0)
gpls (198)
gprege (112)
gQTLBase (201)
gQTLstats (200)
graph (6722)
GraphAlignment (125)
GraphAT (117)
graphite (485)
GraphPAC (116)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (119)
GreyListChIP (98)
GRmetrics (9)
grndata (0)
groHMM (113)
GSALightning (47)
GSAR (111)
GSBenchMark (0)
GSCA (107)
GSE64985 (1)
GSEABase (2354)
GSEAlm (202)
GSReg (100)
GSRI (125)
GSVA (311)
gtkWidgets (0)
gtrellis (106)
GUIDEseq (89)
Guitar (89)
Gviz (2670)
gwascat (223)
GWASTools (303)

H

h5vc (132)
hapFabia (115)
Harman (44)
HarmanData (1)
Harshlight (124)
harshlight (0)
HCsnip (107)
HDF5Array (51)
HDTD (101)
healthyFlowData (0)
Heatplus (669)
HelloRanges (5)
HelloRangesData (1)
HELP (126)
HEM (121)
hexbin (24)
hiAnnotator (105)
HIBAG (116)
hierGWAS (83)
highthroughputassays (5)
HilbertCurve (97)
hilbertvis (0)
HilbertVis (409)
HilbertVisGUI (94)
hiReadsProcessor (89)
HiTC (166)
Hmisc (0)
HMMcopy (153)
hopach (265)
hpar (200)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (239)
HTSanalyzeR (178)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (76)
htseqtools (0)
htSeqTools (190)
HTSFilter (167)
HybridMTest (106)
hyperdraw (145)
hypergraph (196)

I

iASeq (114)
iBBiG (136)
ibh (111)
iBMQ (105)
iCARE (49)
Icens (297)
iCheck (89)
iChip (108)
iClusterPlus (126)
iCOBRA (43)
ideogram (0)
IdeoViz (122)
idiogram (119)
IdMappingAnalysis (106)
IdMappingRetrieval (116)
iFlow (6)
iGC (83)
IHW (133)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1502)
imageHTS (123)
Imetagene (86)
ImmuneSpaceR (43)
immunoClust (95)
IMPCdata (95)
ImpulseDE (10)
impute (3151)
InPAS (104)
INPower (102)
inSilicoDb (206)
inSilicoMerging (157)
insilicomerging (0)
INSPEcT (88)
intansv (119)
InteractionSet (69)
interactiveDisplay (310)
interactiveDisplayBase (1864)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (116)
IONiseR (108)
iontree (114)
iPAC (118)
IPO (11)
IPPD (155)
iranges (0)
IRanges (17366)
iSeq (116)
iSNetwork (1)
isobar (184)
IsoGeneGUI (112)
ISoLDE (39)
isomiRs (45)
iSPlot (2)
ITALICS (120)
iterativeBMA (120)
iterativeBMAsurv (117)
iterators (0)
IVAS (95)
IWB2011 (0)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (1)
jmosaics (94)
joda (115)
JunctionSeq (62)

K

KCsmart (116)
kebabs (148)
KEGGgraph (1153)
KEGGlincs (7)
keggorth (6)
keggorthology (148)
KEGGprofile (202)
KEGGREST (1760)
KEGGSOAP (21)
KFAS (0)
kimod (45)

L

labeling (0)
lapmix (120)
latticeExtra (0)
LBE (159)
ldblock (83)
LEA (172)
LedPred (90)
les (125)
leukemiasEset (0)
lfa (255)
liftOver (10)
limma (10913)
limmaGUI (195)
LINC (8)
Linnorm (47)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (122)
lmdme (114)
LMGene (140)
LOBSTAHS (10)
logicFS (206)
logitt (0)
logitT (114)
lol (118)
LOLA (113)
LowMACA (102)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (137)
LPEadj (116)
LPEseq (1)
lpNet (109)
lpsymphony (134)
lumi (929)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (123)
lydata (1)
LymphoSeq (42)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (101)
M3DExampleData (1)
M3Drop (8)
maanova (162)
macat (128)
maCorrPlot (118)
maDB (10)
made4 (373)
MADSEQ (8)
maftools (23)
MAGEML (0)
maigesPack (122)
MAIT (127)
makecdfenv (253)
makePlatformDesign (10)
MANOR (122)
manta (114)
MantelCorr (114)
mAPKL (91)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (106)
marray (1100)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (271)
maskBAD (109)
MassArray (125)
massiR (110)
MassSpecWavelet (305)
MAST (14)
matchBox (106)
matchprobes (11)
Matrix (0)
MatrixRider (93)
matter (6)
MBAmethyl (94)
MBASED (106)
MBCB (118)
mBPCR (117)
MBttest (41)
mcaGUI (114)
MCbiclust (1)
MCRestimate (120)
mdgsa (96)
mdqc (127)
MEAL (97)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (119)
MEDIPS (217)
MEDME (118)
MEIGOR (100)
MergeMaid (185)
Mergeomics (44)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (166)
meshes (7)
meshr (150)
MeSHSim (94)
messina (98)
metaArray (175)
Metab (114)
metabomxtr (102)
MetaboSignal (10)
metaCCA (44)
metagene (127)
metagenomeFeatures (83)
metagenomeSeq (523)
metahdep (118)
metaMS (120)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (110)
metaseqR (124)
metaX (97)
MetCirc (9)
MethPed (43)
MethTargetedNGS (99)
methVisual (127)
methyAnalysis (213)
MethylAid (121)
MethylAidData (0)
methylKit (30)
MethylMix (121)
methylMnM (105)
methylPipe (145)
MethylSeekR (121)
methylumi (938)
Mfuzz (418)
MGFM (94)
MGFR (8)
mgsa (131)
MiChip (115)
microrna (0)
microRNA (206)
MIMOSA (115)
MineICA (111)
minet (444)
minfi (1476)
MinimumDistance (112)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (123)
MiRaGE (112)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (88)
miRcompData (0)
mirIntegrator (88)
miRLAB (99)
miRNAmeConverter (43)
miRNApath (148)
miRNAtap (132)
Mirsynergy (107)
missMethyl (185)
mitoODE (101)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (314)
MLP (127)
MLSeq (134)
MMDiff (112)
MMDiff2 (43)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (3)
mmnet (119)
MmPalateMiRNA (120)
MODA (9)
mogsa (108)
monocle (304)
MoonlightR (7)
MoPS (97)
mosaics (291)
motifbreakR (105)
MotifDb (276)
motifRG (137)
motifStack (269)
MotIV (273)
MPFE (95)
mQTL.NMR (104)
msa (401)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (145)
MSGFplus (175)
MSIseqData (0)
msmsEDA (163)
msmsTests (163)
MSnbase (546)
MSnID (163)
msPurity (12)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (176)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (166)
MultiAssayExperiment (31)
multiClust (51)
MultiDataSet (48)
MultiMed (95)
multiscan (114)
multtest (3604)
munsell (0)
muscle (197)
MutationalPatterns (7)
MVCClass (122)
mvGST (97)
mygene (285)
myvariant (91)
mzID (467)
mzR (1105)

N

NanoStringDiff (91)
NanoStringQCPro (113)
NarrowPeaks (121)
ncdfFlow (328)
NCIgraph (153)
neaGUI (137)
nem (147)
netbenchmark (105)
netbiov (109)
NetCRG (3)
nethet (100)
NetPathMiner (119)
netprioR (9)
netresponse (129)
NetSAM (110)
networkBMA (119)
NGScopy (104)
NGScopyData (0)
nnNorm (116)
NOISeq (427)
nondetects (117)
normalize450K (41)
NormqPCR (215)
normr (9)
npGSEA (143)
NTW (108)
nucleoSim (50)
nucleR (129)
nudge (112)
NuPoP (115)

O

occugene (109)
OCplus (185)
odseq (42)
OGSA (83)
oligo (1308)
oligoClasses (1343)
OLIN (122)
OLINgui (120)
omicade4 (130)
OmicCircos (274)
OmicsMarkeR (101)
OncoScore (47)
OncoSimulR (103)
oneChannelGUI (153)
ontoCAT (135)
ontoTools (9)
openCyto (198)
OperaMate (82)
oposSOM (111)
oppar (40)
OrderedList (242)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
OrganismDbi (1558)
OSAT (111)
Oscope (97)
OTUbase (121)
OutlierD (126)

P

PAA (117)
PADOG (131)
paircompviz (112)
pairseqsim (4)
pamr (14)
PAN (0)
pandaR (98)
PAnnBuilder (130)
panp (139)
PANR (117)
PanVizGenerator (45)
PAPi (116)
parglms (90)
parody (176)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (89)
pathifier (165)
PathNet (157)
PathNetData (0)
PathoStat (6)
pathprint (1)
pathRender (120)
pathVar (83)
pathview (958)
PatientGeneSets (5)
paxtoolsr (170)
Pbase (106)
pbcmc (42)
pcaExplorer (70)
pcaGoPromoter (115)
pcaMethods (1289)
PCAN (41)
pcot2 (157)
PCpheno (113)
pdInfoBuilder (221)
pdmclass (126)
PECA (101)
pepDat (0)
pepStat (97)
pepXMLTab (102)
PGA (89)
PGSEA (244)
pgUtils (7)
PharmacoGx (11)
phenoDist (106)
phenoTest (141)
PhenStat (102)
philr (7)
phyloseq (1002)
Pi (5)
piano (282)
pickgene (117)
PICS (202)
Pigengene (10)
PING (128)
pint (116)
pkgDepTools (142)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (116)
plethy (105)
plgem (127)
plier (291)
PLPE (119)
plrs (109)
plw (114)
plyr (0)
pmm (88)
podkat (99)
polyester (146)
Polyfit (94)
ppiStats (126)
pqsfinder (41)
prada (280)
prebs (111)
prebsdata (0)
PREDA (109)
predictionet (58)
preprocessCore (5644)
Prize (82)
proBAMr (104)
PROcess (186)
procoil (115)
ProCoNA (103)
proFIA (7)
profileScoreDist (42)
pRoloc (221)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (113)
PROMISE (113)
PROPER (116)
Prostar (98)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (114)
proteinProfiles (109)
proteomics (12)
ProteomicsAnnotationHubData (77)
proteoQC (102)
ProtGenerics (872)
PSEA (103)
psichomics (6)
PSICQUIC (138)
psygenet2r (43)
PtH2O2lipids (1)
puma (182)
PureCN (52)
pvac (122)
pvca (144)
Pviz (110)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (178)
pwOmics (96)
pxr (0)

Q

qcmetrics (104)
QDNAseq (166)
qpcrNorm (125)
qpgraph (227)
qrqc (213)
qsea (11)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (119)
quantro (116)
quantsmooth (370)
QuartPAC (91)
QuasR (345)
QuaternaryProd (41)
QUBIC (55)
QUBICdata (1)
qusage (174)
qvalue (2869)

R

R3CPET (97)
r3Cseq (166)
R453Plus1Toolbox (120)
R4RNA (45)
rain (118)
rama (125)
ramigo (0)
RamiGO (176)
randPack (112)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (405)
RareVariantVis (85)
Rariant (105)
RbcBook1 (121)
rbcbook1 (0)
RBGL (3879)
RBioinf (119)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (176)
RBM (92)
Rbowtie (313)
rbsurv (121)
Rcade (113)
RCAS (10)
RCASPAR (110)
rcellminer (121)
rcellminerData (0)
rCGH (97)
Rchemcpp (116)
RchyOptimyx (122)
RColorBrewer (0)
Rcpi (124)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (93)
RCyjs (87)
RCytoscape (354)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (332)
Rdbi (11)
RdbiPgSQL (3)
rDGIdb (9)
rdisop (0)
Rdisop (200)
RDRToolbox (208)
ReactomePA (410)
readat (7)
ReadqPCR (219)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (118)
recount (16)
recoup (41)
RedeR (244)
REDseq (161)
RefNet (110)
RefNet.db (0)
RefPlus (118)
regioneR (466)
regionReport (121)
regsplice (7)
Repitools (296)
ReportingTools (569)
reposTools (4)
ReQON (110)
Resourcerer (21)
rfcdmin (2)
rflowcyt (9)
rfPred (102)
rGADEM (351)
RGalaxy (120)
RGraph2js (43)
Rgraphviz (4011)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (108)
RGSEA (120)
rgsepd (93)
rhdf5 (2696)
Rhtslib (301)
rHVDM (111)
RiboProfiling (97)
riboSeq (0)
riboSeqR (117)
RImmPort (44)
Ringo (316)
Rintact (5)
rintact (0)
RIPSeeker (152)
Risa (116)
RLMM (118)
RMAGEML (3)
Rmagpie (116)
RMAPPER (16)
RMassBank (130)
rMAT (91)
rmat (0)
RmiR (134)
rmir (0)
RNAinteract (115)
RNAither (126)
RNAprobR (94)
RNAseq123 (2)
rnaseqcomp (92)
rnaseqGene (148)
rnaSeqMap (121)
RNASeqPower (185)
RnaSeqSampleSize (116)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (275)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (101)
roar (107)
ROC (603)
Roleswitch (117)
RoleswitchData (0)
Rolexa (104)
rols (215)
ROntoTools (128)
ropls (210)
ROTS (53)
RPA (133)
RpsiXML (134)
rpx (227)
Rqc (138)
rqubic (135)
rRDP (99)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (131)
Rsamtools (7272)
rsbml (157)
rSFFreader (58)
RSNPper (7)
RSQLite (0)
Rsubread (713)
RSVSim (124)
rTANDEM (180)
RTCA (121)
RTCGA (194)
RTCGAToolbox (168)
RTN (144)
RTools4TB (10)
RTopper (112)
rtracklayer (7820)
Rtreemix (116)
rTRM (114)
rTRMui (101)
Ruuid (13)
RUVcorr (98)
RUVnormalize (120)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (337)
RWebServices (36)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (16330)
safe (253)
SAGElyzer (4)
sagenhaft (111)
sagx (0)
SAGx (196)
samExploreR (1)
SamSPECTRAL (138)
sangerseqR (196)
SANTA (113)
sapFinder (101)
saps (90)
savR (124)
sbgr (76)
SBMLR (132)
SC3 (72)
scales (0)
SCAN.UPC (168)
scater (152)
scde (122)
ScISI (128)
SCLCBam (0)
scran (131)
scRNAseq (1)
scsR (93)
SeattleIntro2010 (1)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (167)
SELEX (93)
SemDist (90)
SemSim (8)
sendmailR (0)
SEPA (81)
seq2pathway (109)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (170)
seqbias (131)
seqCNA (111)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (225)
seqLogo (743)
Seqnames (0)
seqPattern (172)
seqplots (155)
seqTools (125)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (1)
sequencing (44)
SeqVarTools (148)
sevenbridges (50)
SGSeq (142)
shinyMethyl (148)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (108)
ShortRead (2231)
SICtools (44)
sidap (0)
sigaR (111)
SigCheck (105)
SigFuge (102)
siggenes (1406)
sights (8)
signeR (9)
sigPathway (201)
sigsquared (90)
SIM (124)
SIMAT (90)
SimBindProfiles (98)
similaRpeak (94)
SIMLR (7)
simpleaffy (858)
simpleSingleCell (8)
simulatorAPMS (12)
simulatorZ (100)
sincell (118)
SISPA (82)
sizepower (153)
SJava (38)
skewr (91)
SLGI (112)
SLqPCR (133)
SMAP (110)
SMITE (46)
SNAData (3)
SNAGEE (104)
snapCGH (151)
snm (181)
snpAssoc (0)
SNPchip (287)
SNPediaR (9)
SNPhood (91)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (23)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (509)
snpStats (746)
SNPtools (0)
soGGi (101)
SomatiCA (118)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (241)
SpacePAC (106)
spade (197)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (99)
SpeCond (155)
SPEM (101)
SPIA (359)
SpidermiR (57)
spikeLI (113)
spkTools (115)
splicegear (117)
spliceR (159)
spliceSites (107)
SplicingGraphs (152)
splineTCDiffExpr (29)
splineTimeR (41)
SPLINTER (7)
splots (237)
spotSegmentation (122)
SQUADD (110)
SRAdb (546)
sRAP (113)
SRGnet (6)
sscore (118)
sscu (40)
sSeq (117)
ssize (164)
ssizeRNA (1)
SSPA (174)
ssviz (104)
stam (3)
STAN (112)
staRank (103)
StarBioTrek (6)
Starr (120)
STATegRa (107)
statTarget (9)
stemHypoxia (0)
stepNorm (117)
stepwiseCM (111)
Streamer (112)
STRINGdb (242)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (92)
SummarizedExperiment (7981)
supraHex (397)
survcomp (438)
Sushi (208)
sva (1532)
SVAPLSseq (8)
SVM2CRM (95)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (93)
SwathXtend (43)
SwimR (97)
switchBox (103)
switchde (8)
synapter (161)
synergyfinder (10)
synlet (82)
systemPipeR (528)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (113)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (125)
TarSeqQC (75)
TCC (219)
TCGAbiolinks (498)
TDARACNE (120)
TEQC (142)
ternarynet (101)
tetradR (1)
TFBSTools (236)
tiger (0)
tigre (123)
tilingArray (169)
timecourse (157)
TimerQuant (0)
TIN (91)
TitanCNA (119)
tkWidgets (621)
tofsims (47)
ToPASeq (123)
topGO (1633)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (116)
tracktables (101)
trackViewer (172)
transcriptR (45)
tRanslatome (110)
TransView (108)
traseR (86)
Travis (1)
triform (107)
trigger (109)
trio (151)
triplex (109)
TRONCO (111)
TSCAN (112)
tspair (125)
TSSi (121)
TurboNorm (111)
TVTB (5)
tweeDEseq (137)
twilight (240)
tximport (304)
tximportData (1)
TypeInfo (118)

U

UNDO (101)
unifiedWMWqPCR (99)
UniProt.ws (237)
Uniquorn (40)
useR2012 (0)
uSORT (7)

V

VanillaICE (176)
variancePartition (110)
VariantAnnotation (3808)
VariantFiltering (165)
variants (16)
VariantTools (115)
vbmp (156)
Vega (111)
VegaMC (106)
viper (144)
virtualArray (31)
vsn (1683)
vtpnet (97)

W

wateRmelon (410)
wavClusteR (108)
waveTiling (103)
weaver (139)
webbioc (125)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (2)
widgetTools (637)

X

XBSeq (92)
xcms (753)
XDE (113)
xmapbridge (105)
xmapcore (5)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (129)
xtable (0)
XVector (10963)

Y

y2hStat (2)
yamss (7)
YAPSA (9)
yaqcaffy (155)
yarn (8)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (12643)