Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-04-25 08:43:02 -0400 (Tue, 25 Apr 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (27042)
2BiocGenerics (19393)
3IRanges (17638)
4S4Vectors (17547)
5Biobase (16650)
6AnnotationDbi (15896)
7zlibbioc (13601)
8limma (12394)
9XVector (12086)
10GenomicRanges (12029)
11GenomeInfoDb (11935)
12Biostrings (11510)
13BiocParallel (10223)
14annotate (8915)
15SummarizedExperiment (8855)
16rtracklayer (8360)
17GenomicAlignments (8017)
18genefilter (7933)
19Rsamtools (7824)
20biomaRt (7706)
21graph (7364)
22GenomicFeatures (7245)
23edgeR (6286)
24preprocessCore (6109)
25DESeq2 (5685)
26geneplotter (5398)
27BSgenome (4904)
28affy (4891)
29affyio (4542)
30Rgraphviz (4287)
31RBGL (4253)
32VariantAnnotation (4243)
33multtest (4046)
34impute (3432)
35rhdf5 (3355)
36qvalue (3219)
37GEOquery (3158)
38DESeq (2945)
39AnnotationHub (2885)
40biovizBase (2762)
41Gviz (2758)
42GSEABase (2657)
43interactiveDisplayBase (2567)
44ShortRead (2551)
45ensembldb (2449)
46Category (1974)
47AnnotationForge (1962)
48KEGGREST (1924)
49DNAcopy (1902)
50GOstats (1855)
51topGO (1809)
52vsn (1806)
53sva (1796)
54gcrma (1673)
55OrganismDbi (1612)
56illuminaio (1599)
57minfi (1581)
58ggbio (1572)
59EBImage (1548)
60siggenes (1486)
61pcaMethods (1442)
62BiocStyle (1428)
63GOSemSim (1427)
64DOSE (1422)
65oligoClasses (1389)
66KEGGgraph (1346)
67bumphunter (1322)
68oligo (1321)
69phyloseq (1319)
70clusterProfiler (1313)
71cummeRbund (1305)
72affxparser (1289)
73mzR (1198)
74affyPLM (1191)
75marray (1144)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (156)
a4Base (184)
a4Classif (149)
a4Core (187)
a4Preproc (184)
a4Reporting (155)
ABAData (0)
ABAEnrichment (125)
ABAFuncData (0)
ABarray (148)
ABSSeq (148)
acde (109)
acepack (0)
aCGH (237)
ACME (152)
ADaCGH2 (136)
adSplit (132)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1289)
affy (4891)
affycomp (201)
AffyCompatible (145)
affyContam (139)
affycoretools (477)
affydata (1)
AffyExpress (148)
affyILM (130)
affyio (4542)
affylmGUI (226)
affyPara (139)
affypdnn (168)
affyPLM (1191)
affyQCReport (375)
AffyRNADegradation (133)
AffyTiling (73)
AGDEX (124)
Agi4x44PreProcess (22)
agilp (212)
AgiMicroRna (172)
AIMS (265)
ALDEx2 (148)
AllelicImbalance (144)
AllSorts (1)
alpine (48)
alpineData (1)
alsace (117)
altcdfenvs (156)
AMOUNTAIN (40)
amplican (1)
ampliQueso (112)
AnalysisPageServer (108)
anamiR (43)
Anaquin (40)
AneuFinder (94)
AneuFinderData (1)
annaffy (591)
AnnBuilder (7)
annmap (101)
annotate (8915)
annotation (19)
AnnotationDbi (15896)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (0)
AnnotationForge (1962)
AnnotationFuncs (165)
AnnotationHub (2885)
AnnotationHubData (130)
Annotations (0)
annotationTools (187)
annotatr (54)
annotatr.data (1)
anota (139)
antiProfiles (118)
apcluster (0)
apComplex (147)
applera (3)
aroma.light (1049)
ArrayExpress (465)
ArrayExpressHTS (72)
arrayMagic (3)
arraymvout (0)
arrayMvout (127)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (151)
arrayQualityMetrics (495)
arrays (39)
ArrayTools (187)
ArrayTV (121)
ARRmNormalization (121)
ASAFE (39)
ASEB (119)
ASGSCA (115)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (8)
ASpli (47)
ASSET (125)
ASSIGN (119)
ATACqc (0)
AtlasRDF (117)
attract (126)

B

BaalChIP (37)
BAC (127)
bacon (97)
BADER (117)
BadRegionFinder (75)
BAGS (117)
ballgown (509)
bamsignals (183)
banocc (1)
base64enc (0)
basecallQC (0)
BaseSpaceR (138)
Basic4Cseq (131)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (84)
BatchJobs (0)
BatchQC (129)
BayesKnockdown (37)
BayesPeak (185)
baySeq (465)
BBCAnalyzer (96)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (138)
beadarray (659)
beadarraySNP (146)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (622)
BeadExplorer (2)
BEAT (116)
BEclear (106)
betr (153)
bgafun (123)
BgeeDB (100)
BGmix (65)
bgx (133)
BHC (198)
BicARE (163)
BiGGR (120)
BigMatrix (0)
bigmelon (38)
bigmemoryExtras (66)
bim (2)
bioassayR (162)
Biobase (16650)
biobroom (131)
bioCancer (45)
BiocCaseStudies (132)
BiocCheck (298)
biocDatasets (6)
BiocFileCache (1)
BiocGenerics (19393)
biocGraph (200)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (27042)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (1)
BiocParallel (10223)
BiocStyle (1428)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (443)
BiocWorkflowTools (39)
bioDist (342)
biodist (0)
biomaRt (7706)
BioMedR (1)
biomformat (796)
BioMVCClass (122)
biomvRCNS (118)
BioNet (276)
BioQC (76)
BioSeqClass (127)
biosigner (97)
biostrings (0)
Biostrings (11510)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (111)
biotmle (0)
biovizBase (2762)
BiRewire (172)
birta (121)
birte (117)
BiSeq (217)
bitops (0)
BitSeq (313)
blima (111)
blimaTestingData (0)
BLMA (0)
BPRMeth (36)
BRAIN (174)
BrainStars (122)
branchpointer (1)
brew (0)
bridge (127)
BridgeDbR (119)
BrowserViz (95)
BrowserVizDemo (75)
BSgenome (4904)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (481)
BubbleTree (122)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (138)
BufferedMatrixMethods (132)
BUMHMM (4)
bumphunter (1322)
BUS (116)
BuxcoR (0)

C

CAFE (104)
CAGEr (153)
CALIB (120)
CAMERA (382)
camera (0)
canceR (114)
cancerclass (114)
CancerInSilico (33)
CancerMutationAnalysis (125)
CancerSubtypes (40)
CAnD (103)
caOmicsV (99)
Cardinal (132)
casper (119)
CATALYST (0)
Category (1974)
categoryCompare (111)
CausalR (107)
ccdata (1)
ccmap (40)
CCPROMISE (33)
ccrepe (122)
cellbaseR (1)
cellGrowth (120)
cellHTS (90)
cellHTS2 (222)
cellity (96)
CellMapper (41)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (154)
cellscape (3)
cellTree (92)
CexoR (117)
CFAssay (109)
CGEN (147)
CGHbase (253)
CGHcall (223)
cghMCR (263)
CGHnormaliter (125)
CGHregions (144)
cghregions (0)
ChAMP (342)
ChAMPdata (0)
charm (152)
checkmate (0)
ChemmineOB (214)
ChemmineR (405)
Chicago (99)
chimera (170)
chimeraviz (5)
ChIPComp (116)
chipenrich (135)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (3)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (683)
ChIPQC (222)
ChIPseeker (447)
ChipSeq (0)
chipseq (432)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (192)
ChIPsim (183)
ChIPXpress (92)
chopsticks (286)
chroGPS (108)
chromDraw (103)
ChromHeatMap (127)
ChromoViz (3)
chromPlot (88)
chromstaR (37)
chromstaRData (2)
CHRONOS (76)
CINdex (76)
cisPath (118)
ClassifyR (130)
cleanUpdTSeq (113)
cleaver (197)
clippda (119)
clipper (160)
Clomial (110)
Clonality (122)
clonotypeR (119)
clst (117)
clstutils (109)
clustComp (79)
clusterExperiment (45)
clusterProfiler (1313)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (3)
ClusterSignificance (80)
clusterStab (171)
CMA (194)
CMEA (0)
cn.farms (115)
cn.mops (220)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (141)
cnanorm (0)
CNEr (247)
CNORdt (119)
CNORfeeder (115)
CNORfuzzy (118)
CNORode (123)
CNPBayes (97)
CNTools (337)
cnvGSA (115)
CNVPanelizer (112)
CNVrd2 (117)
CNVtools (139)
cnvtools (0)
cobindR (109)
CoCiteStats (127)
codelink (131)
codetoolsBioC (0)
CODEX (145)
coexnet (1)
CoGAPS (111)
cogena (119)
coGPS (109)
COHCAP (141)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (141)
COMPASS (121)
compcodeR (125)
compEpiTools (128)
CompGO (136)
ComplexHeatmap (1045)
CONFESS (68)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (766)
consensusSeekeR (84)
contiBAIT (72)
conumee (129)
convert (237)
copa (132)
COPDSexualDimorphism (5)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (253)
CopyNumber450k (81)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (144)
CoRegNet (121)
Cormotif (120)
CorMut (116)
coRNAi (100)
CORREP (124)
coseq (3)
cosmiq (109)
cosmo (11)
cosmoGUI (10)
COSNet (105)
CountClust (98)
covEB (37)
CoverageView (114)
covRNA (39)
cpvSNP (101)
cqn (194)
CRImage (161)
CRISPRseek (159)
crisprseekplus (34)
CrispRVariants (87)
crlmm (236)
crossmeta (42)
CSAR (197)
csaw (225)
CSSP (127)
ctc (348)
ctsGE (39)
cummeRbund (1305)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (152)
CVE (38)
cycle (124)
cydar (1)
cytofkit (192)
CytoML (41)

D

dada2 (248)
dagLogo (102)
daMA (115)
DaMiRseq (1)
DAPAR (116)
DAPARdata (1)
DART (116)
DASC (1)
DASiR (67)
DAVIDQuery (51)
davidquery (0)
DBChIP (145)
DBI (0)
dcGSA (74)
DChIPRep (103)
ddCt (178)
ddgraph (113)
DDiGGER (0)
debrowser (109)
DECIPHER (280)
DeconRNASeq (127)
DEDS (123)
DeepBlueR (51)
deepSNV (151)
DEFormats (110)
DEGraph (143)
DEGreport (111)
DEGseq (345)
DelayedArray (52)
deltaGseg (105)
DeMAND (108)
derfinder (202)
derfinderData (0)
derfinderHelper (187)
derfinderPlot (129)
deseq (0)
DESeq (2945)
DESeq2 (5685)
destiny (324)
DEsubs (40)
DEXSeq (695)
dexus (130)
DFP (118)
dichromat (0)
DiffBind (565)
diffGeneAnalysis (116)
diffHic (144)
DiffLogo (102)
diffloop (63)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (110)
diggitdata (0)
Director (35)
DirichletMultinomial (254)
discordant (3)
dks (116)
DMRcaller (111)
DMRcate (337)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (111)
DMRScan (3)
DNABarcodes (111)
DNAcopy (1902)
DNaseR (10)
DNAshapeR (98)
domainsignatures (123)
doppelgangR (78)
DOQTL (126)
DOSE (1422)
DRIMSeq (76)
DriverNet (128)
DrugVsDisease (120)
dSimer (38)
DSS (341)
DTA (109)
dualKS (117)
DupChecker (105)
dupRadar (164)
DvDdata (0)
dyebias (122)
DynDoc (633)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (154)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (282)
EBarrays (185)
EBcoexpress (121)
EBImage (1548)
EBSEA (75)
EBSeq (500)
EBSeqHMM (135)
ecolitk (122)
EDASeq (979)
edd (10)
EDDA (109)
edge (167)
edger (0)
edgeR (6286)
eegc (38)
EfficientR (0)
EGAD (85)
EGSEA (117)
EGSEAdata (1)
eiR (67)
eisa (137)
ELBOW (104)
ELMER (129)
ELMER.data (0)
EMDomics (108)
EmpiricalBrownsMethod (86)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (131)
ENmix (125)
EnrichedHeatmap (121)
EnrichmentBrowser (209)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (2449)
ensemblVEP (178)
ENVISIONQuery (109)
EpiCluster (5)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (116)
epiNEM (1)
epivizr (164)
epivizrData (104)
epivizrServer (98)
epivizrStandalone (80)
eQTL (2)
erccdashboard (151)
erma (131)
esetVis (41)
eudysbiome (91)
EventPointer (3)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (72)
ExiMiR (120)
exomeCopy (239)
exomecopy (1)
exomePeak (134)
exonfindR (0)
exonmap (16)
ExperimentHub (94)
ExperimentHubData (79)
explorase (102)
ExpressionAtlas (84)
ExpressionNormalizationWorkflow (8)
expressionview (0)
ExpressionView (115)
exprExternal (1)
externalVector (11)

F

fabia (200)
facopy (107)
facopy.annot (0)
factDesign (140)
fail (0)
FamAgg (75)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (129)
fastLiquidAssociation (102)
fastseg (279)
fbat (7)
fCCAC (32)
fCI (93)
fdrame (119)
FEM (184)
ffpe (130)
FGNet (167)
fgsea (594)
FindMyFriends (114)
FISHalyseR (101)
FitHiC (41)
flagme (114)
Fletcher2013a (0)
flipflop (127)
flowAI (89)
flowBeads (108)
flowBin (107)
flowcatchR (104)
flowCHIC (102)
flowCL (131)
flowClean (121)
flowClust (319)
flowCore (1112)
flowCyBar (110)
flowDensity (150)
flowFit (112)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (16)
flowFP (133)
flowMap (111)
flowMatch (106)
flowMeans (199)
flowMerge (152)
flowPeaks (146)
flowPhyto (12)
flowPloidy (32)
flowPloidyData (1)
flowPlots (116)
flowq (0)
flowQ (141)
flowQB (113)
FlowRepositoryR (103)
FlowSOM (189)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (313)
flowTime (1)
flowTrack (1)
flowTrans (129)
flowType (139)
flowUtils (286)
flowViz (546)
flowVS (106)
flowWorkspace (478)
fmcsR (193)
focalCall (105)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (120)
FRGEpistasis (103)
frma (280)
frmaTools (139)
fucci (1)
FunChIP (32)
FunciSNP (134)
funtooNorm (3)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (1)
gaga (126)
gage (706)
gaggle (124)
gaia (119)
GAprediction (32)
garfield (73)
gaucho (102)
gcapc (2)
gcatest (88)
gCMAP (134)
gCMAPWeb (110)
gCrisprTools (34)
gcrma (1673)
gdsfmt (717)
geecc (97)
GEM (37)
genArise (119)
genbankr (93)
GENE.E (142)
gene2pathway (9)
GeneAnswers (184)
geneAttribution (36)
GeneBreak (92)
geneClassifiers (3)
GeneExpressionSignature (124)
genefilter (7933)
genefu (286)
GeneGA (86)
GeneGeneInteR (36)
GeneGroupAnalysis (3)
GeneMeta (169)
GeneNetworkBuilder (108)
GeneOverlap (155)
geneplast (34)
geneplotter (5398)
GeneR (12)
geneRecommender (118)
GeneRegionScan (112)
generegulation (6)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (101)
GeneSelectMMD (111)
GeneSelector (164)
GENESIS (148)
GeneSpring (9)
geNetClassifier (138)
GeneticsBase (5)
GeneticsDesign (150)
GeneticsPed (164)
GeneTraffic (9)
GeneTS (4)
genetw12 (0)
geneXtendeR (38)
genoCN (113)
GenoGAM (78)
genomation (226)
genomationData (0)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (301)
GenomeInfoDb (11935)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (450)
genomes (148)
GenomicAlignments (8017)
GenomicDataCommons (1)
GenomicFeatures (7245)
GenomicFiles (516)
GenomicInteractions (129)
GenomicRanges (12029)
GenomicScores (0)
GenomicTuples (110)
Genominator (137)
genoset (233)
genotypeeval (92)
GenoView (31)
genphen (76)
GenRank (70)
GenVisR (190)
GEOmetadb (280)
geoquery (0)
GEOquery (3158)
GEOsearch (94)
GEOsubmission (113)
geosubmission (0)
gespeR (101)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (104)
gff3Plotter (3)
GGBase (181)
ggbio (1572)
ggcyto (165)
GGtools (171)
ggtree (792)
girafe (178)
GISPA (2)
GLAD (240)
Glimma (199)
GlobalAncova (159)
globalSeq (70)
globaltest (480)
gmapR (107)
GMRP (72)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (183)
GOFunction (143)
GoogleGenomics (103)
GOpro (36)
goProfiles (175)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1427)
goseq (681)
GOSim (165)
goSTAG (3)
gostats (0)
GOstats (1855)
GOsummaries (152)
GOTHiC (124)
goTools (174)
gotools (0)
gpls (202)
gprege (110)
gQTLBase (208)
gQTLstats (217)
graph (7364)
GraphAlignment (122)
GraphAT (110)
graphite (575)
GraphPAC (114)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (114)
GreyListChIP (106)
GRmetrics (40)
grndata (0)
groHMM (113)
GRridge (5)
GSALightning (72)
GSAR (120)
GSBenchMark (0)
GSCA (104)
GSE64985 (1)
GSEABase (2657)
GSEAlm (200)
GSReg (99)
GSRI (122)
GSVA (379)
gtkWidgets (0)
gtrellis (114)
GUIDEseq (100)
Guitar (98)
Gviz (2758)
gwascat (232)
GWASTools (319)

H

h5vc (125)
hapFabia (118)
Harman (75)
HarmanData (1)
Harshlight (122)
harshlight (0)
HCsnip (108)
HDF5Array (88)
HDTD (104)
healthyFlowData (0)
heatmaps (0)
Heatplus (696)
HelloRanges (32)
HelloRangesData (1)
HELP (118)
HEM (116)
hexbin (23)
hiAnnotator (104)
HIBAG (124)
hicrep (2)
hierGWAS (98)
highthroughputassays (7)
HilbertCurve (110)
hilbertvis (0)
HilbertVis (404)
HilbertVisGUI (86)
hiReadsProcessor (81)
HiTC (177)
Hmisc (0)
HMMcopy (167)
hopach (271)
hpar (212)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (242)
HTSanalyzeR (170)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (77)
htseqtools (0)
htSeqTools (190)
HTSFilter (179)
HybridMTest (103)
hyperdraw (146)
hypergraph (198)

I

iASeq (111)
iBBiG (151)
ibh (105)
iBMQ (103)
iCARE (74)
Icens (305)
iCheck (95)
iChip (104)
iClusterPlus (125)
iCOBRA (72)
ideal (0)
ideogram (0)
IdeoViz (128)
idiogram (116)
IdMappingAnalysis (99)
IdMappingRetrieval (112)
iFlow (5)
iGC (92)
IHW (230)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1599)
imageHTS (121)
IMAS (0)
Imetagene (90)
ImmuneSpaceR (74)
immunoClust (99)
IMPCdata (95)
ImpulseDE (37)
ImpulseDE2 (0)
impute (3432)
InPAS (108)
INPower (103)
inSilicoDb (158)
inSilicoMerging (121)
insilicomerging (0)
INSPEcT (101)
intansv (116)
InteractionSet (120)
interactiveDisplay (306)
interactiveDisplayBase (2567)
IntEREst (2)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (112)
IONiseR (131)
iontree (113)
iPAC (119)
IPO (48)
IPPD (156)
iranges (0)
IRanges (17638)
iSeq (111)
iSNetwork (1)
isobar (187)
IsoGeneGUI (105)
ISoLDE (68)
isomiRs (77)
iSPlot (2)
ITALICS (119)
iterativeBMA (118)
iterativeBMAsurv (113)
iterators (0)
IVAS (97)
IWB2011 (0)
IWTomics (2)

J

JASPAR2016 (0)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (62)
joda (112)
JunctionSeq (113)

K

karyoploteR (3)
KCsmart (113)
kebabs (150)
KEGGgraph (1346)
KEGGlincs (35)
keggorth (5)
keggorthology (143)
KEGGprofile (208)
KEGGREST (1924)
KEGGSOAP (14)
KFAS (0)
kimod (69)

L

labeling (0)
lapmix (115)
latticeExtra (0)
LBE (160)
ldblock (91)
LEA (218)
LedPred (98)
les (121)
leukemiasEset (0)
lfa (260)
liftOver (14)
limma (12394)
limmaGUI (191)
LINC (35)
Linnorm (83)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (117)
lmdme (113)
LMGene (137)
LOBSTAHS (39)
logicFS (217)
logitt (0)
logitT (110)
Logolas (2)
lol (116)
LOLA (127)
LowMACA (104)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (136)
LPEadj (114)
LPEseq (0)
lpNet (109)
lpsymphony (239)
lumi (967)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (121)
lydata (1)
LymphoSeq (70)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (87)
M3DExampleData (1)
M3Drop (44)
maanova (154)
macat (122)
maCorrPlot (116)
maDB (5)
made4 (396)
MADSEQ (33)
maftools (113)
MAGEML (0)
maigesPack (115)
MAIT (134)
makecdfenv (246)
makePlatformDesign (8)
MANOR (115)
manta (111)
MantelCorr (111)
mAPKL (86)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (103)
mapscape (3)
marray (1144)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (282)
maskBAD (104)
MassArray (122)
massiR (108)
MassSpecWavelet (424)
MAST (79)
matchBox (104)
matchprobes (11)
Matrix (0)
MatrixRider (94)
matter (32)
MaxContrastProjection (1)
MBAmethyl (93)
MBASED (103)
MBCB (113)
mBPCR (114)
MBttest (65)
mcaGUI (112)
MCbiclust (3)
MCRestimate (117)
mdgsa (103)
mdqc (124)
MEAL (104)
MEALData (0)
MeasurementError.cor (117)
MEDIPS (203)
MEDME (114)
MEIGOR (104)
MergeMaid (183)
Mergeomics (70)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (171)
meshes (35)
meshr (154)
MeSHSim (97)
messina (95)
metaArray (171)
Metab (115)
metabomxtr (105)
MetaboSignal (43)
metaCCA (72)
metagene (130)
metagenomeFeatures (91)
metagenomeSeq (554)
metahdep (114)
metaMS (121)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (109)
metaseqR (122)
metavizr (0)
metaX (71)
MetCirc (39)
MetCleaning (1)
MethPed (69)
MethTargetedNGS (98)
methVisual (122)
methyAnalysis (219)
MethylAid (123)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (3)
methylInheritance (0)
methylKit (131)
MethylMix (127)
methylMnM (102)
methylPipe (144)
MethylSeekR (119)
methylumi (977)
Mfuzz (393)
MGFM (96)
MGFR (34)
mgsa (128)
MiChip (109)
microrna (0)
microRNA (203)
MIGSA (2)
mimager (2)
MIMOSA (113)
MineICA (110)
minet (557)
minfi (1581)
MinimumDistance (108)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (116)
MiRaGE (109)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (93)
miRcompData (0)
mirIntegrator (94)
miRLAB (104)
miRNAmeConverter (74)
miRNApath (147)
miRNAtap (144)
Mirsynergy (104)
missMethyl (265)
mitoODE (103)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (322)
MLP (126)
MLSeq (138)
MMDiff (80)
MMDiff2 (74)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (3)
mmnet (113)
MmPalateMiRNA (116)
MODA (38)
mogsa (108)
monocle (378)
MONSTER (0)
MoonlightR (37)
MoPS (99)
mosaics (371)
motifbreakR (115)
motifcounter (1)
MotifDb (270)
motifmatchr (1)
motifRG (145)
motifStack (261)
MotIV (279)
MPFE (94)
mQTL.NMR (108)
msa (488)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (0)
MSGFgui (152)
MSGFplus (189)
MSIseqData (0)
msmsEDA (174)
msmsTests (176)
MSnbase (604)
MSnID (178)
msPurity (41)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (199)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (162)
MultiAssayExperiment (79)
multiClust (82)
MultiDataSet (83)
MultiMed (95)
multiOmicsViz (1)
multiscan (110)
multtest (4046)
munsell (0)
muscle (189)
MutationalPatterns (46)
MVCClass (116)
mvGST (100)
MWASTools (8)
mygene (337)
myvariant (104)
mzID (518)
mzR (1198)

N

NADfinder (0)
NanoStringDiff (104)
NanoStringQCPro (119)
NarrowPeaks (117)
ncdfFlow (374)
NCIgraph (151)
neaGUI (97)
nem (148)
netbenchmark (106)
netbiov (106)
NetCRG (3)
nethet (99)
NetPathMiner (120)
netprioR (32)
netReg (1)
netresponse (125)
NetSAM (109)
networkBMA (101)
NGScopy (102)
NGScopyData (0)
nnNorm (112)
NOISeq (455)
nondetects (117)
normalize450K (65)
NormqPCR (242)
normr (37)
npGSEA (136)
NTW (103)
nucleoSim (78)
nucleR (129)
nudge (110)
NuPoP (114)

O

occugene (108)
OCplus (192)
odseq (69)
OGSA (89)
oligo (1321)
oligoClasses (1389)
OLIN (118)
OLINgui (116)
omicade4 (128)
OmicCircos (278)
OmicsMarkeR (108)
OncoScore (79)
OncoSimulR (109)
oneChannelGUI (146)
ontoCAT (133)
ontoTools (6)
openCyto (203)
OperaMate (86)
oposSOM (113)
oppar (68)
OrderedList (250)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (2)
OrganismDbi (1612)
OSAT (111)
Oscope (105)
OTUbase (119)
OutlierD (123)

P

PAA (123)
PADOG (151)
paircompviz (108)
pairseqsim (3)
pamr (12)
PAN (0)
pandaR (103)
PAnnBuilder (127)
panp (139)
PANR (109)
PanVizGenerator (74)
PAPi (115)
parglms (91)
parody (176)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (97)
pathifier (192)
PathNet (146)
PathNetData (0)
PathoStat (36)
pathprint (1)
pathprintGEOData (1)
pathRender (117)
pathVar (90)
pathview (1144)
PatientGeneSets (3)
paxtoolsr (178)
Pbase (108)
pbcmc (74)
pcaExplorer (134)
pcaGoPromoter (123)
pcaMethods (1442)
PCAN (70)
pcot2 (155)
PCpheno (108)
pdInfoBuilder (209)
pdmclass (119)
PECA (103)
pepDat (0)
pepStat (102)
pepXMLTab (102)
PGA (98)
PGSEA (240)
pgUtils (4)
PharmacoGx (58)
phenoDist (105)
phenoTest (127)
PhenStat (103)
philr (34)
phosphonormalizer (5)
phyloseq (1319)
Pi (30)
piano (329)
pickgene (114)
PICS (198)
Pigengene (39)
PING (121)
pint (116)
pkgDepTools (142)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (112)
plethy (102)
plgem (121)
plier (285)
PLPE (112)
plrs (106)
plw (109)
plyr (0)
pmm (90)
podkat (101)
polyester (155)
Polyfit (95)
POST (2)
PPInfer (0)
ppiStats (122)
pqsfinder (70)
prada (279)
prebs (109)
prebsdata (0)
PREDA (107)
predictionet (61)
preprocessCore (6109)
Prize (89)
proBAMr (104)
PROcess (188)
procoil (109)
ProCoNA (102)
proFIA (36)
profileScoreDist (66)
pRoloc (241)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (118)
PROMISE (110)
PROPER (124)
Prostar (109)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (0)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerVarambally (0)
prot2D (112)
proteinProfiles (108)
proteomics (14)
ProteomicsAnnotationHubData (86)
proteoQC (113)
ProtGenerics (976)
PSEA (103)
psichomics (41)
PSICQUIC (132)
psygenet2r (74)
PtH2O2lipids (1)
puma (183)
PureCN (95)
pvac (118)
pvca (153)
Pviz (113)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (163)
pwOmics (98)
pxr (0)

Q

qcmetrics (105)
QDNAseq (169)
qpcrNorm (125)
qpgraph (243)
qrqc (210)
qsea (40)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (115)
quantro (121)
quantsmooth (389)
QuartPAC (94)
QuasR (324)
QuaternaryProd (66)
QUBIC (100)
QUBICdata (1)
qusage (177)
qvalue (3219)

R

R3CPET (98)
r3Cseq (166)
R453Plus1Toolbox (115)
R4RNA (72)
RaggedExperiment (0)
rain (115)
rama (121)
ramigo (0)
RamiGO (172)
ramwas (3)
randPack (109)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (435)
RareVariantVis (90)
Rariant (104)
RbcBook1 (117)
rbcbook1 (0)
RBGL (4253)
RBioinf (116)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (178)
RBM (94)
Rbowtie (319)
rbsurv (119)
Rcade (115)
RCAS (39)
RCASPAR (107)
rcellminer (121)
rcellminerData (0)
rCGH (106)
Rchemcpp (113)
RchyOptimyx (120)
RColorBrewer (0)
Rcpi (133)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (107)
RCyjs (90)
RCytoscape (356)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (361)
Rdbi (8)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (34)
rdisop (0)
Rdisop (219)
RDRToolbox (199)
ReactomePA (478)
readat (36)
ReadqPCR (246)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (115)
recount (74)
recoup (69)
RedeR (185)
REDseq (165)
RefNet (108)
RefNet.db (0)
RefPlus (111)
regioneR (540)
regionReport (139)
regsplice (31)
REMP (3)
REMPdata (1)
Repitools (308)
ReportingTools (606)
reposTools (2)
ReQON (107)
Resourcerer (14)
rexposome (1)
rfcdmin (1)
rflowcyt (6)
rfPred (103)
rGADEM (368)
RGalaxy (118)
RGraph2js (67)
Rgraphviz (4287)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (119)
RGSEA (116)
rgsepd (97)
rhdf5 (3355)
Rhtslib (449)
rHVDM (106)
RiboProfiling (108)
riboSeq (0)
riboSeqR (122)
RImmPort (69)
Ringo (321)
Rintact (3)
rintact (0)
RIPSeeker (157)
Risa (115)
RIVER (0)
RJMCMCNucleosomes (3)
RLMM (116)
RMAGEML (2)
Rmagpie (110)
RMAPPER (10)
RMassBank (133)
rMAT (91)
rmat (0)
RmiR (134)
rmir (0)
RNAinteract (113)
RNAither (120)
RNAprobR (97)
RNAseq123 (13)
rnaseqcomp (100)
rnaseqGene (175)
RnaSeqGeneEdgeRQL (7)
rnaSeqMap (119)
RNASeqPower (195)
RnaSeqSampleSize (124)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (263)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (103)
roar (113)
ROC (636)
Roleswitch (120)
RoleswitchData (0)
Rolexa (72)
rols (242)
ROntoTools (126)
ropls (247)
ROTS (91)
RPA (137)
RpsiXML (130)
rpx (263)
Rqc (141)
rqt (2)
rqubic (148)
rRDP (100)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (135)
Rsamtools (7824)
rsbml (158)
rSFFreader (57)
RSNPper (6)
RSQLite (0)
Rsubread (864)
RSVSim (125)
rTANDEM (183)
RTCA (119)
RTCGA (276)
RTCGAToolbox (205)
RTN (138)
RTNduals (2)
RTools4TB (8)
RTopper (111)
rtracklayer (8360)
Rtreemix (110)
rTRM (109)
rTRMui (99)
Ruuid (12)
RUVcorr (101)
RUVnormalize (121)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (377)
RWebServices (25)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (17547)
safe (277)
SAGElyzer (3)
sagenhaft (108)
sagx (0)
SAGx (190)
samExploreR (3)
sampleClassifier (3)
SamSPECTRAL (138)
sangerseqR (203)
SANTA (108)
sapFinder (101)
saps (65)
savR (125)
sbgr (47)
SBMLR (131)
SC3 (149)
scales (0)
SCAN.UPC (163)
scater (330)
scDD (6)
scde (211)
ScISI (123)
SCLCBam (0)
scone (3)
scran (279)
scRNAseq (1)
scsR (93)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (168)
SELEX (96)
SemDist (92)
semisup (0)
SemSim (8)
sendmailR (0)
SEPA (86)
seq2pathway (111)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (197)
seqbias (125)
seqCNA (109)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (230)
seqLogo (756)
Seqnames (0)
seqPattern (205)
seqplots (162)
seqTools (123)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (1)
sequencing (44)
SeqVarTools (167)
sevenbridges (90)
SGSeq (152)
shinyMethyl (161)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (107)
ShortRead (2551)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (111)
SigCheck (104)
SigFuge (100)
siggenes (1486)
sights (33)
signeR (38)
sigPathway (195)
sigsquared (91)
SIM (118)
SIMAT (95)
SimBindProfiles (96)
similaRpeak (98)
SIMLR (48)
simpleaffy (870)
simpleSingleCell (22)
simulatorAPMS (9)
simulatorZ (100)
sincell (119)
SISPA (86)
sizepower (152)
SJava (26)
skewr (90)
SLGI (108)
SLqPCR (130)
SMAP (105)
SMITE (73)
SNAData (2)
SNAGEE (103)
snapCGH (146)
snm (180)
snpAssoc (0)
SNPchip (285)
SNPediaR (36)
SNPhood (95)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (24)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (565)
snpStats (743)
SNPtools (0)
soGGi (103)
SomatiCA (92)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (256)
SpacePAC (105)
spade (152)
sparseDOSSA (2)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (102)
SpeCond (154)
SPEM (100)
SPIA (381)
SpidermiR (98)
spikeLI (109)
spkTools (110)
splatter (3)
splicegear (112)
spliceR (161)
spliceSites (103)
SplicingGraphs (154)
splineTCDiffExpr (27)
splineTimeR (71)
SPLINTER (33)
splots (234)
spotSegmentation (119)
SQUADD (105)
SRAdb (547)
sRAP (111)
SRGnet (29)
sscore (115)
sscu (66)
sSeq (118)
ssize (168)
ssizeRNA (1)
SSPA (182)
ssviz (98)
stam (3)
STAN (115)
staRank (100)
StarBioTrek (32)
Starr (118)
STATegRa (111)
statTarget (56)
stemHypoxia (0)
stepNorm (113)
stepwiseCM (110)
Streamer (106)
STRINGdb (276)
stringr (0)
STROMA4 (1)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (100)
SummarizedExperiment (8855)
supraHex (547)
survcomp (460)
Sushi (226)
sva (1796)
SVAPLSseq (32)
SVM2CRM (95)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (102)
SwathXtend (68)
swfdr (2)
SwimR (95)
switchBox (104)
switchde (34)
synapter (166)
synergyfinder (44)
synlet (88)
systemPipeR (560)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (113)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (121)
TarSeqQC (84)
TCC (223)
TCGAbiolinks (679)
TCGAbiolinksGUI (4)
TCGAWorkflow (1)
TCseq (2)
TDARACNE (113)
TEQC (141)
ternarynet (97)
tetradR (1)
TFBSTools (273)
tiger (0)
tigre (120)
tilingArray (164)
timecourse (154)
TimerQuant (0)
timescape (3)
TIN (92)
TitanCNA (121)
tkWidgets (589)
tofsims (73)
ToPASeq (112)
topGO (1809)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (127)
tracktables (100)
trackViewer (192)
transcriptR (70)
tRanslatome (107)
TransView (106)
traseR (92)
Travis (1)
treeio (9)
triform (99)
trigger (105)
trio (138)
triplex (109)
TRONCO (121)
Trumpet (1)
TSCAN (130)
tspair (124)
TSRchitect (1)
TSSi (121)
TurboNorm (107)
TVTB (26)
tweeDEseq (134)
twilight (248)
twoddpcr (1)
tximport (602)
tximportData (1)
TypeInfo (112)

U

UNDO (100)
unifiedWMWqPCR (98)
UniProt.ws (230)
Uniquorn (68)
useR2012 (0)
uSORT (31)

V

VanillaICE (160)
variancePartition (132)
VariantAnnotation (4243)
VariantFiltering (167)
variants (17)
VariantTools (123)
vbmp (154)
Vega (108)
VegaMC (102)
viper (160)
virtualArray (24)
vsn (1806)
vtpnet (94)

W

wateRmelon (438)
wavClusteR (108)
waveTiling (102)
weaver (135)
webbioc (122)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (603)
wiggleplotr (0)

X

XBSeq (96)
xcms (808)
XDE (110)
xmapbridge (102)
xmapcore (4)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (128)
xtable (0)
XVector (12086)

Y

y2hStat (1)
yamss (40)
YAPSA (35)
yaqcaffy (142)
yarn (38)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (13601)