Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-08-29 08:47:35 -0700 (Fri, 29 Aug 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 50

1BiocInstaller (128626)
2BiocGenerics (98343)
3IRanges (95924)
4Biobase (94279)
5AnnotationDbi (80858)
6limma (60183)
7zlibbioc (59475)
8Biostrings (55043)
9GenomicRanges (52078)
10annotate (47791)
11genefilter (42935)
12Rsamtools (42354)
13XVector (42024)
14biomaRt (41272)
15rtracklayer (38960)
16affy (38249)
17graph (37305)
18GenomicFeatures (37015)
19preprocessCore (36988)
20BSgenome (34575)
21affyio (34066)
22geneplotter (27334)
23GenomeInfoDb (27253)
24multtest (26698)
25edgeR (26240)
26DESeq (23051)
27RBGL (22502)
28flowCore (20863)
29Rgraphviz (20499)
30impute (20437)
31mzR (18649)
32GEOquery (18544)
33xcms (18523)
34biovizBase (18490)
35gcrma (17534)
36VariantAnnotation (17268)
37DESeq2 (15771)
38ShortRead (15623)
39vsn (14761)
40BiocParallel (14625)
41GenomicAlignments (14580)
42qvalue (14458)
43Gviz (13795)
44AnnotationForge (13760)
45affyPLM (13372)
46GSEABase (13284)
47cummeRbund (12667)
48Category (12083)
49simpleaffy (11969)
50GOstats (11406)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Sep/2013242021083196
Oct/2013312871041153
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436900655894
Aug/201433489604263
All months2550049567551

A

a4 (2319)
a4Base (2404)
a4Classif (2269)
a4Core (2416)
a4Preproc (2415)
a4Reporting (2214)
ABarray (2192)
ABSSeq (749)
aCGH (2984)
ACME (2150)
ADaCGH2 (2027)
adSplit (2020)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (3)
AdvancedR2011Data (5)
affxparser (10303)
affy (38249)
affycomp (3125)
AffyCompatible (2301)
affyContam (2065)
affycoretools (5178)
affydata (1)
AffyExpress (2323)
affyILM (1985)
affyio (34066)
affylmGUI (3288)
affyPara (2011)
affypdnn (2375)
affyPLM (13372)
affyQCReport (6468)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (2010)
AffyTiling (2159)
AGDEX (1885)
Agi4x44PreProcess (1787)
agilp (2252)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2441)
AIMS (1)
AllelicImbalance (1525)
alsace (724)
altcdfenvs (2091)
ampliQueso (1493)
annaffy (9878)
AnnBuilder (28)
annmap (936)
annotate (47791)
annotation (298)
AnnotationDbi (80858)
AnnotationForge (13760)
AnnotationFuncs (2103)
AnnotationHub (3044)
annotationTools (2612)
anota (2008)
antiProfiles (1808)
apcluster (1)
apComplex (2144)
aroma.light (5327)
ArrayExpress (4623)
ArrayExpressHTS (1115)
arrayMagic (6)
arrayMvout (1957)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2602)
arrayQualityMetrics (4978)
arrays (488)
ArrayTools (2358)
ArrayTV (1552)
ARRmNormalization (1693)
ASEB (1790)
asmn (771)
ASSET (1364)
ASSIGN (722)
AtlasRDF (740)
attract (1911)

B

BAC (1838)
BADER (1624)
BAGS (1440)
ballgown (32)
BaseSpaceR (1734)
Basic4Cseq (767)
BayesPeak (2859)
baySeq (4240)
bcellViper (3)
BCRANK (2197)
beadarray (6490)
beadarraySNP (2123)
BeadDataPackR (5904)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (3)
BEAT (750)
betr (2047)
bgafun (1966)
BGmix (995)
bgx (1905)
BHC (2342)
BicARE (1926)
BiGGR (1496)
bigmemoryExtras (1023)
bioassayR (1668)
Biobase (94279)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1982)
BiocCheck (874)
biocDatasets (29)
BiocGenerics (98343)
biocGraph (2125)
BiocInstaller (128626)
biocinstaller (2)
BiocParallel (14625)
BiocStyle (3143)
biocViews (2479)
bioDist (4533)
biomaRt (41272)
BioMVCClass (2107)
biomvRCNS (1543)
BioNet (3133)
BioSeqClass (1986)
Biostrings (55043)
biostrings (1)
biosvd (729)
biovizbase (1)
biovizBase (18490)
BiRewire (1428)
birta (1833)
BiSeq (2141)
BitSeq (2368)
blima (85)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2098)
BrainStars (1813)
bridge (1912)
BSgenome (34575)
bsseq (2273)
BufferedMatrix (1809)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1754)
bumphunter (7114)
BUS (1717)

C

CAFE (674)
CAGEr (1785)
CALIB (1701)
CAMERA (3008)
cancerclass (1669)
CancerMutationAnalysis (1742)
casper (1644)
Category (12083)
categoryCompare (1732)
ccrepe (737)
cellGrowth (1642)
cellhts (1)
cellHTS (1792)
cellHTS2 (2648)
CellNOptR (1990)
CexoR (1322)
CGEN (1837)
CGHbase (2312)
CGHcall (2155)
cghcall (1)
cghMCR (1803)
CGHnormaliter (1714)
CGHregions (1775)
ChAMP (2236)
ChAMPdata (3)
charm (1982)
ChemmineOB (1754)
ChemmineR (3190)
chemminer (3)
chimera (2411)
chipenrich (1353)
chipenrich.data (3)
ChIPpeakAnno (4600)
ChIPQC (816)
ChIPseeker (922)
chipseq (3720)
ChIPseqR (1942)
ChIPsim (1868)
ChIPXpress (843)
chopsticks (2091)
chroGPS (1612)
ChromHeatMap (1841)
cisPath (1610)
ClassifyR (2)
cleanUpdTSeq (1323)
cleaver (1621)
clippda (1665)
clipper (1771)
Clomial (668)
Clonality (1700)
clonotypeR (1303)
clst (1665)
clstutils (1627)
clusterProfiler (3126)
clusterprofiler (2)
clusterStab (1968)
CMA (2446)
cn.farms (1687)
cn.mops (2779)
cnanorm (1)
CNAnorm (1837)
CNEr (811)
CNORdt (1567)
CNORfeeder (1529)
CNORfuzzy (1591)
CNORode (1596)
CNTools (1978)
cnvGSA (1640)
CNVrd2 (1256)
CNVtools (1883)
cnvtools (1)
cobindR (1322)
CoCiteStats (1802)
codelink (1789)
CoGAPS (461)
coGPS (1573)
COHCAP (804)
COHCAPanno (3)
COMPASS (700)
compcodeR (799)
compEpiTools (4)
CompGO (695)
ConsensusClusterPlus (2816)
convert (2940)
copa (1854)
COPDSexualDimorphism (659)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1768)
CopyNumber450k (692)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1598)
CorMut (1650)
coRNAi (1636)
CORREP (1700)
cosmiq (54)
cosmo (176)
cosmoGUI (217)
CoverageView (423)
cqn (2383)
CRImage (1943)
CRISPRseek (785)
crlmm (3340)
CSAR (2093)
CSSP (1320)
ctc (4107)
cummeRbund (12667)
CummeRbund (1)
customProDB (1410)
cycle (1799)

D

dagLogo (1260)
dama (2)
daMA (1640)
DART (1669)
DASiR (1676)
DAVIDQuery (2270)
DBChIP (1757)
ddCt (2200)
ddgraph (1665)
DECIPHER (1810)
DeconRNASeq (1639)
DEDS (1761)
deepSNV (1812)
DEGraph (1903)
DEGreport (53)
DEGseq (3713)
deltaGseg (1479)
DESeq (23051)
DESeq2 (15771)
DEXSeq (7338)
dexus (1645)
DFP (1620)
DiffBind (3676)
diffGeneAnalysis (1849)
DirichletMultinomial (1768)
dks (1589)
DMRcate (741)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (676)
DNAcopy (9760)
DNaseR (1363)
domainsignatures (1742)
DOQTL (50)
DOSE (3381)
DriverNet (1593)
DrugVsDisease (1604)
DSS (1862)
DTA (1605)
dualKS (1151)
DupChecker (48)
dyebias (1625)
DynDoc (8443)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1774)
easyRNASeq (4413)
EBarrays (2246)
EBcoexpress (1742)
EBImage (7617)
EBSeq (2959)
ecolitk (1719)
EDASeq (2684)
edd (67)
EDDA (700)
edger (1)
edgeR (26240)
eiR (842)
eisa (2118)
ELBOW (696)
ensemblVEP (2258)
ENVISIONQuery (1658)
epigenomix (1541)
epivizr (1391)
eQTL (24)
Evomics2012 (1)
Evomics2012Data (1)
ExiMiR (1706)
exomeCopy (2214)
exomePeak (1337)
exonmap (121)
explorase (1351)
ExpressionView (1731)
expressionview (1)
externalVector (473)

F

fabia (2213)
factDesign (1933)
farms (1861)
fastLiquidAssociation (667)
fastseg (1704)
fbat (26)
fdrame (1777)
ffpe (1610)
FGNet (1444)
flagme (1746)
flipflop (1247)
flowBeads (1320)
flowBin (712)
flowCL (681)
flowClean (44)
flowClust (2663)
flowCore (20863)
flowCyBar (674)
flowDensity (58)
flowFit (1286)
flowFlowJo (1795)
flowFP (1880)
flowMap (1301)
flowMatch (687)
flowMeans (2091)
flowMerge (1945)
flowPeaks (1697)
flowPhyto (1612)
flowPlots (1704)
flowQ (1264)
flowq (1)
flowQB (1562)
flowStats (2892)
flowTrack (1)
flowTrans (1787)
flowType (1842)
flowUtils (1990)
flowViz (4977)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (3533)
fmcsR (2089)
fOptions (1)
FRGEpistasis (664)
frma (2713)
frmaTools (1891)
FunciSNP (1818)

G

gaga (1772)
gage (4066)
gaggle (1651)
gaia (1624)
gaucho (656)
gCMAP (1625)
gCMAPWeb (1499)
gcrma (17534)
genArise (1618)
GENE.E (1785)
gene2pathway (270)
GeneAnswers (3624)
GeneExpressionSignature (1708)
genefilter (42935)
genefu (2170)
GeneGA (942)
GeneGroupAnalysis (438)
GeneMeta (2137)
GeneNetworkBuilder (1630)
GeneOverlap (754)
geneplotter (27334)
GeneR (83)
geneRecommender (1879)
GeneRegionScan (1638)
generegulation (113)
GeneRfold (33)
geneRxCluster (720)
GeneSelectMMD (1658)
GeneSelector (1968)
GeneSpring (26)
geNetClassifier (1528)
GeneticsBase (35)
GeneticsDesign (1738)
GeneticsPed (1917)
GeneTraffic (62)
GeneTS (3)
genoCN (1647)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3770)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (27253)
genomeIntervals (4404)
genomes (1910)
GenomicAlignments (14580)
GenomicFeatures (37015)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (735)
GenomicRanges (52078)
Genominator (2187)
genoset (2525)
GEOmetadb (2753)
GEOquery (18544)
GEOsubmission (1660)
GEWIST (1557)
gff3Plotter (4)
GGBase (3293)
ggbio (10558)
GGtools (2558)
girafe (1975)
GLAD (2436)
GlobalAncova (2072)
globaltest (3976)
gmapR (1060)
GOexpress (1)
gofunction (1)
GOFunction (1956)
goProfiles (2111)
goprofiles (2)
GOSemSim (4148)
gosemsim (1)
goseq (4371)
GOSim (1822)
GOstats (11406)
GOTHiC (742)
goTools (2355)
gpls (2434)
gprege (1583)
graph (37305)
GraphAlignment (1659)
GraphAT (1660)
graphite (2738)
GraphPAC (1473)
GRENITS (1752)
GSAR (70)
GSBenchMark (4)
GSCA (642)
GSEABase (13284)
GSEAlm (2241)
GSReg (13)
GSRI (1638)
GSVA (2397)
Gviz (13795)
gwascat (1833)
GWASTools (2890)

H

h5vc (1449)
hapFabia (1596)
harshlight (1)
Harshlight (1690)
HCsnip (1425)
HDTD (63)
healthyFlowData (3)
Heatplus (5979)
HELP (1649)
HEM (1604)
hem (1)
hexbin (208)
hiAnnotator (75)
highthroughputassays (40)
HilbertVis (3040)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1521)
HiTC (1744)
HMMcopy (1764)
hopach (2911)
hpar (1705)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2677)
HTSanalyzeR (2128)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (443)
htseqtools (2)
htSeqTools (1970)
HTSFilter (1754)
HybridMTest (1572)
hyperdraw (1790)
hypergraph (2306)

I

iASeq (1794)
iBBiG (1627)
ibh (1529)
iBMQ (1414)
Icens (3264)
iChip (1615)
iClusterPlus (749)
idiogram (1707)
IdMappingAnalysis (1549)
IdMappingRetrieval (1577)
iFlow (382)
Illumina450ProbeVariants.db (3)
illuminaio (8589)
imageHTS (1712)
impute (20437)
INPower (634)
inSilicoDb (2301)
inSilicoMerging (2124)
intansv (1405)
interactiveDisplay (1872)
interactiveDisplayBase (7)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (59)
inveRsion (1568)
inversion (1)
iontree (1557)
iPAC (1612)
IPPD (1742)
IRanges (95924)
iranges (1)
iSeq (1623)
isobar (1987)
IsoGeneGUI (1641)
iSPlot (1)
ITALICS (1575)
iterativeBMA (1631)
iterativeBMAsurv (1623)

J

jmosaics (1464)
joda (1553)

K

KCsmart (1628)
KEGGgraph (6348)
keggorth (8)
keggorthology (1859)
KEGGprofile (1958)
KEGGREST (5902)
KEGGSOAP (861)

L

lapmix (1749)
LBE (1933)
les (1625)
limma (60183)
limmaGUI (3025)
LiquidAssociation (1620)
liquidassociation (1)
lmdme (1552)
LMGene (1942)
logicFS (2126)
logitt (1)
logitT (1657)
lol (1630)
LPE (2094)
LPEadj (1570)
lpNet (1521)
lumi (8847)
LVSmiRNA (1713)

M

M3D (4)
maanova (2363)
macat (1629)
maCorrPlot (1582)
maDB (598)
madb (1)
made4 (3949)
maigesPack (1624)
makecdfenv (3220)
makePlatformDesign (31)
MANOR (1621)
manta (1618)
MantelCorr (1597)
maPredictDSC (1263)
marray (10706)
maSigPro (2629)
maskBAD (1522)
MassArray (1769)
massiR (657)
MassSpecWavelet (3094)
matchBox (1545)
matchprobes (130)
MBCB (1636)
mBPCR (1589)
mcaGUI (1623)
MCRestimate (1831)
mdqc (1799)
MeasurementError.cor (1531)
MEDIPS (2397)
MEDME (1617)
MEIGOR (10)
MergeMaid (2353)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (700)
meshr (662)
messina (671)
metaArray (2263)
metabomxtr (3)
metagene (3)
metagenomeSeq (2204)
metahdep (1566)
metaMS (699)
metaMSdata (3)
metaR (41)
metaSeq (1264)
metaseqR (671)
methVisual (1719)
methyAnalysis (2229)
MethylAid (56)
methylMnM (1305)
methylPipe (4)
MethylSeekR (1681)
methylumi (7932)
Mfuzz (3515)
mfuzz (1)
mgsa (1788)
MiChip (1570)
microRNA (2467)
MIMOSA (688)
MineICA (1498)
minet (3542)
minfi (8800)
MinimumDistance (1560)
MiPP (1641)
MiRaGE (1565)
miRNApath (1899)
miRNAtap (3)
Mirsynergy (686)
missMethyl (11)
mitoODE (1198)
MLInterfaces (2818)
MLP (1661)
MLSeq (698)
MMDiff (1534)
mmnet (767)
MmPalateMiRNA (1686)
monocle (128)
MoPS (54)
mosaics (1897)
MotifDb (2841)
motifRG (1674)
motifStack (2541)
MotIV (2886)
MPFE (1)
mQTL.NMR (17)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1271)
msmsTests (1252)
MSnbase (3045)
msQC (55)
MSstats (1559)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1638)
MultiMed (13)
multiscan (1540)
multtest (26698)
MVCClass (1638)
mzID (1663)
mzR (18649)

N

NarrowPeaks (1612)
ncdfFlow (3097)
NCIgraph (1947)
neaGUI (1337)
nem (1687)
netbiov (17)
NetPathMiner (695)
netresponse (1611)
NetSAM (1371)
networkBMA (1517)
NGScopyData (4)
nnNorm (1565)
NOISeq (2876)
nondetects (676)
NormqPCR (1918)
npGSEA (685)
NTW (1572)
nucleR (1688)
nucler (1)
nudge (1565)
NuPoP (1615)

O

occugene (1675)
OCplus (1796)
oligo (9248)
oligoClasses (10157)
OLIN (1707)
OLINgui (1584)
omicade4 (1401)
OmicCircos (1740)
OncoSimulR (4)
oneChannelGUI (2446)
ontoCAT (1752)
ontoTools (49)
openCyto (1267)
oposSOM (31)
OrderedList (2436)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2874)
OSAT (1502)
OTUbase (1698)
OutlierD (1768)

P

PADOG (1557)
paircompviz (1264)
pairseqsim (7)
pamr (53)
PAnnBuilder (1786)
panp (1836)
PANR (1564)
PAPi (1490)
parody (1992)
pathifier (1297)
PathNet (1473)
pathRender (1744)
pathview (4734)
PatientGeneSets (85)
Pbase (24)
pcaGoPromoter (1898)
pcaMethods (6227)
pcot2 (1589)
PCpheno (1593)
pdInfoBuilder (2461)
pdmclass (1726)
PECA (776)
pepDat (4)
pepStat (4)
PGSEA (2262)
pgUtils (726)
phenoDist (1418)
phenoTest (1732)
PhenStat (721)
phyloseq (4190)
piano (2304)
pickgene (1574)
PICS (2358)
PING (1681)
pint (1659)
pkgDepTools (1890)
pkgdeptools (2)
plateCore (1610)
plethy (1236)
plgem (1626)
plier (2982)
PLPE (1698)
plrs (1444)
plw (1562)
Polyfit (24)
ppiStats (1718)
prada (3298)
prebs (1471)
PREDA (1630)
predictionet (901)
preprocessCore (36988)
PROcess (2232)
procoil (1528)
ProCoNA (1277)
pRoloc (1541)
pRolocGUI (35)
PROMISE (1601)
prot2D (1278)
proteinProfiles (1385)
proteoQC (6)
PSICQUIC (1391)
puma (1905)
pvac (1596)
pvca (1664)
Pviz (32)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1866)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1189)
QDNAseq (760)
qpcrNorm (1757)
qpgraph (2730)
qrqc (2044)
QUALIFIER (1210)
quantro (4)
quantsmooth (3336)
QuasR (3718)
qusage (1313)
qvalue (14458)

R

r3Cseq (1658)
R453Plus1Toolbox (1721)
rama (1734)
RamiGO (2128)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1516)
RankProd (4105)
Rariant (658)
RbcBook1 (1742)
RBGL (22502)
rbioinf (1)
RBioinf (1783)
rBiopaxParser (1647)
Rbowtie (3547)
rbsurv (1724)
Rcade (1540)
RCASPAR (1557)
Rchemcpp (1349)
RchyOptimyx (1640)
Rcpi (1173)
RCytoscape (3807)
RDAVIDWebService (1844)
Rdbi (42)
RdbiPgSQL (35)
Rdisop (1963)
RDRToolbox (1977)
ReactomePA (2447)
ReadqPCR (2024)
reb (1572)
RedeR (2152)
REDseq (1802)
RefNet (664)
RefNet.db (3)
RefPlus (1637)
Repitools (2812)
ReportingTools (5056)
ReQON (1593)
Resourcerer (1601)
rflowcyt (35)
rfPred (1263)
rGADEM (3265)
RGalaxy (1658)
rgl (1)
Rgraphviz (20499)
RGSEA (49)
rhdf5 (11255)
rHVDM (1557)
riboSeq (33)
Ringo (3290)
Rintact (14)
RIPSeeker (1745)
Risa (1624)
RLMM (1583)
RMAGEML (25)
rmagpie (1)
Rmagpie (1574)
RMAPPER (1555)
RMassBank (1604)
rMAT (967)
RmiR (1918)
RNAinteract (1593)
RNAither (1685)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1649)
RNASeqPower (1664)
roar (708)
ROC (5028)
Roleswitch (1279)
Rolexa (1727)
rols (1780)
ROntoTools (1553)
RPA (1791)
RpsiXML (1896)
rpx (742)
rqubic (1610)
rRDPData (4)
Rredland (7)
RRHO (1362)
rrp (1)
Rsamtools (42354)
rsbml (1996)
rSFFreader (850)
RSNPper (9)
Rsubread (2653)
RSVSim (1520)
rTANDEM (1799)
RTCA (1638)
RTN (1405)
RTools4TB (29)
RTopper (1569)
rtracklayer (38960)
Rtreemix (1626)
rTRM (1349)
rTRMui (1256)
Ruuid (58)
RUVnormalize (1)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (107)
RWebServices (386)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (1414)
safe (1821)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1658)
SAGx (1975)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1738)
sangerseqR (721)
SANTA (1407)
sapFinder (697)
savR (623)
SBMLR (1698)
SCAN.UPC (1996)
ScISI (1763)
scsR (638)
SeattleIntro2010 (3)
SeattleIntro2011 (2)
SeattleIntro2011Data (2)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1775)
SemDist (1)
SemSim (23)
SeqArray (1586)
seqbias (1781)
seqCNA (1286)
SeqGSEA (2149)
seqLogo (5745)
Seqnames (31)
SequenceAnalysis (9)
SequenceAnalysisData (95)
SeqVarTools (1325)
shinyMethyl (40)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1223)
ShortRead (15623)
sigaR (1605)
SigFuge (1276)
siggenes (11040)
sigPathway (2199)
SIM (1639)
SimBindProfiles (1210)
simpleaffy (11969)
simulatorAPMS (40)
sizepower (2022)
SJava (481)
SLGI (1591)
slgi (1)
SLqPCR (1977)
SMAP (1577)
SNAGEE (1401)
snapCGH (2106)
snm (1777)
SNPchip (3235)
snpMatrix (301)
snpStats (5670)
SomatiCA (1499)
SomaticSignatures (815)
SpacePAC (1221)
spade (2145)
SpeCond (1642)
SPEM (1379)
SPIA (3008)
spikeLI (1525)
spkTools (1543)
splicegear (1565)
spliceR (1722)
spliceSites (1246)
SplicingGraphs (1571)
splots (2643)
spotSegmentation (1573)
SQUADD (1500)
SRAdb (3434)
sRAP (1368)
sscore (1561)
sSeq (1265)
ssize (2019)
SSPA (1809)
ssviz (45)
stam (6)
STAN (9)
staRank (1492)
Starr (1799)
stepNorm (1569)
stepwiseCM (1539)
Streamer (1758)
STRINGdb (1519)
StudentGWAS (6)
supraHex (1323)
survcomp (3345)
Sushi (786)
sva (6579)
SwimR (1193)
synapter (1678)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1299)
TargetSearch (1686)
TCC (1844)
TDARACNE (1696)
TEQC (1790)
ternarynet (1496)
tfbstools (1)
TFBSTools (1638)
tigre (1668)
tilingArray (2387)
timecourse (2031)
TitanCNA (694)
tkWidgets (6671)
topGO (7275)
trackViewer (726)
tRanslatome (1386)
TransView (1612)
triform (1470)
trigger (1582)
trio (1475)
triplex (1518)
tspair (1716)
TSSi (1618)
TurboNorm (1633)
tweeDEseq (1983)
twilight (2563)
typeinfo (1)
TypeInfo (1627)

U

UNDO (651)
unifiedWMWqPCR (666)
UniProt.ws (1925)

V

VanillaICE (1907)
VariantAnnotation (17268)
VariantFiltering (789)
variants (175)
VariantTools (1005)
vbmp (1971)
Vega (1572)
VegaMC (1581)
viper (666)
virtualArray (2247)
vsn (14761)
vtpnet (1261)

W

wateRmelon (2882)
wavClusteR (67)
waveTiling (1525)
weaver (2032)
webbioc (1658)
widgetTools (6640)

X

xcms (18523)
XDE (1623)
xmapbridge (1544)
xmapcore (339)
XML2R (2)
xps (2428)
xtable (1)
XVector (42024)

Y

yaqcaffy (1891)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (59475)