Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-08-04 10:48:52 -0700 (Tue, 04 Aug 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (172839)
2BiocGenerics (127337)
3Biobase (111924)
4IRanges (111251)
5AnnotationDbi (105612)
6GenomeInfoDb (92884)
7zlibbioc (80030)
8S4Vectors (78961)
9limma (70749)
10Biostrings (68083)
11GenomicRanges (66641)
12XVector (65749)
13annotate (56903)
14BiocParallel (52640)
15Rsamtools (51485)
16genefilter (51196)
17graph (48344)
18biomaRt (47832)
19rtracklayer (47167)
20GenomicAlignments (44804)
21GenomicFeatures (44564)
22preprocessCore (42272)
23affy (39217)
24BSgenome (36800)
25affyio (35458)
26geneplotter (34637)
27edgeR (33534)
28RBGL (30423)
29DESeq2 (29537)
30multtest (29260)
31Rgraphviz (25001)
32VariantAnnotation (24883)
33impute (23396)
34GEOquery (23294)
35biovizBase (22536)
36DESeq (21968)
37qvalue (18256)
38Gviz (18006)
39GSEABase (17938)
40rhdf5 (17428)
41Category (16487)
42gcrma (16487)
43ShortRead (15550)
44AnnotationForge (15213)
45vsn (14518)
46GOstats (13870)
47illuminaio (12784)
48cummeRbund (12708)
49siggenes (12620)
50affyPLM (12508)
51ggbio (11370)
52DNAcopy (11008)
53oligoClasses (10615)
54OrganismDbi (10436)
55marray (10218)
56minfi (10061)
57affxparser (9798)
58EBImage (9797)
59sva (9747)
60topGO (9743)
61KEGGREST (9680)
62simpleaffy (9560)
63bumphunter (9529)
64oligo (9368)
65lumi (9130)
66annaffy (8347)
67methylumi (8278)
68mzR (8076)
69KEGGgraph (7735)
70pcaMethods (7704)
71DynDoc (7431)
72DEXSeq (7087)
73snpStats (6826)
74xcms (6689)
75widgetTools (6491)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Sep/201448363780498
Oct/201444593824616
Nov/201432728816800
Dec/201430622721197
Jan/2015317211091008
Feb/201531961751161
Mar/201538387948940
Apr/201538853947720
May/201537784873428
Jun/201536463885064
Jul/201535587982660
Aug/2015425263044
All months2792059686136

A

a4 (2041)
a4Base (2219)
a4Classif (2010)
a4Core (2263)
a4Preproc (2241)
a4Reporting (2000)
ABAData (4)
ABAFuncData (3)
ABarray (1973)
ABSSeq (1561)
acde (22)
acepack (1)
aCGH (2695)
ACME (1965)
ADaCGH2 (1760)
adSplit (1770)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (9798)
affy (39217)
affycomp (2731)
AffyCompatible (1997)
affyContam (1865)
affycoretools (5139)
affydata (2)
AffyExpress (1953)
affyILM (1733)
affyio (35458)
affylmGUI (2990)
affyPara (1766)
affypdnn (2159)
affyPLM (12508)
affyQCReport (5014)
AffyRNADegradation (1686)
AffyTiling (1720)
AGDEX (1669)
Agi4x44PreProcess (440)
agilp (2247)
AgiMicroRna (2150)
AIMS (435)
ALDEx2 (1181)
AllelicImbalance (1668)
alsace (1428)
altcdfenvs (1779)
ampliQueso (1480)
AnalysisPageServer (355)
annaffy (8347)
AnnBuilder (26)
annmap (982)
annotate (56903)
annotation (246)
AnnotationDbi (105612)
AnnotationForge (15213)
AnnotationFuncs (1801)
AnnotationHub (3940)
annotationTools (2269)
anota (1783)
antiProfiles (1543)
apComplex (1823)
applera (1)
aroma.light (5379)
ArrayExpress (4444)
ArrayExpressHTS (971)
arrayMagic (14)
arrayMvout (1643)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (2323)
arrayQualityMetrics (4826)
arrays (362)
ArrayTools (2186)
ArrayTV (1493)
ARRmNormalization (1538)
ASEB (1593)
ASGSCA (1086)
AshkenazimSonChr21 (3)
asmn (1173)
ASSET (1502)
ASSIGN (1436)
AtlasRDF (1485)
attract (1628)

B

BAC (1600)
BADER (1485)
BAGS (1473)
ballgown (1870)
bamsignals (393)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1498)
Basic4Cseq (1582)
BatchJobs (1)
BayesPeak (2728)
baySeq (4441)
BBmisc (1)
BCRANK (1884)
beadarray (6176)
beadarraySNP (1786)
BeadDataPackR (5832)
BeadExplorer (4)
BEAT (1389)
BEclear (333)
betr (1945)
bgafun (1554)
BGmix (900)
bgx (1682)
BHC (2138)
BicARE (1737)
BiGGR (1511)
bigmemoryExtras (912)
bioassayR (1806)
Biobase (111924)
BiocCaseStudies (1674)
BiocCheck (2251)
biocDatasets (22)
BiocGenerics (127337)
biocGraph (1786)
BiocInstaller (172839)
BiocParallel (52640)
BiocStyle (5725)
biocViews (3142)
bioDist (3892)
biomaRt (47832)
BioMVCClass (1597)
biomvRCNS (1546)
BioNet (2883)
BioSeqClass (1742)
Biostrings (68083)
biosvd (1416)
biovizBase (22536)
BiRewire (1598)
birta (1616)
birte (363)
BiSeq (2260)
bitops (1)
BitSeq (2462)
blima (1091)
BRAIN (1973)
BrainStars (1585)
brew (1)
bridge (1633)
BridgeDbR (1031)
BrowserViz (279)
BrowserVizDemo (219)
BSgenome (36800)
bsseq (2960)
BubbleTree (415)
BufferedMatrix (1639)
BufferedMatrixMethods (1584)
bumphunter (9529)
BUS (1477)

C

CAFE (1422)
CAGEr (1780)
CALIB (1538)
CAMERA (3273)
canceR (351)
cancerclass (1518)
CancerMutationAnalysis (1658)
CAnD (315)
caOmicsV (3)
Cardinal (392)
casper (1557)
Category (16487)
categoryCompare (1516)
CausalR (13)
ccrepe (1389)
cellGrowth (1498)
cellHTS (1557)
cellHTS2 (2501)
CellNOptR (1883)
CexoR (1453)
CFAssay (989)
CGEN (1784)
CGHbase (2271)
CGHcall (2100)
cghMCR (2903)
CGHnormaliter (1530)
CGHregions (1639)
ChAMP (2651)
charm (1806)
checkmate (1)
ChemmineOB (2046)
ChemmineR (3484)
chimera (2473)
chipenrich (1473)
ChIPpeakAnno (5958)
ChIPQC (1690)
ChIPseeker (2471)
chipseq (3966)
ChIPseqR (1950)
ChIPsim (1853)
ChIPXpress (842)
chopsticks (1822)
chroGPS (1477)
chromDraw (319)
ChromHeatMap (1624)
ChromoViz (3)
cisPath (1464)
ClassifyR (1092)
cleanUpdTSeq (1331)
cleaver (1787)
clippda (1437)
clipper (1702)
Clomial (1312)
Clonality (1442)
clonotypeR (1368)
clst (1443)
clstutils (1355)
clusterProfiler (4155)
clusterStab (1715)
CMA (1996)
cn.farms (1483)
cn.mops (2791)
CNAnorm (1626)
CNEr (1668)
CNORdt (1403)
CNORfeeder (1353)
CNORfuzzy (1386)
CNORode (1483)
CNTools (1901)
cnvGSA (1407)
CNVPanelizer (10)
CNVrd2 (1371)
CNVtools (1619)
cobindR (1355)
CoCiteStats (1549)
codelink (1594)
CODEX (496)
CoGAPS (1099)
cogena (366)
coGPS (1394)
COHCAP (1560)
colorspace (1)
coMET (392)
COMPASS (1337)
compcodeR (1511)
compEpiTools (1125)
CompGO (1339)
ComplexHeatmap (681)
ConsensusClusterPlus (3111)
conumee (358)
convert (2656)
copa (1550)
COPDSexualDimorphism (1083)
CopyhelpeR (4)
copynumber (1881)
CopyNumber450k (1393)
CopywriteR (390)
CoRegNet (1087)
Cormotif (1449)
CorMut (1464)
coRNAi (1365)
CORREP (1471)
cosmiq (990)
cosmo (102)
cosmoGUI (99)
COSNet (951)
CoverageView (967)
cpvSNP (320)
cqn (2059)
CRImage (1694)
CRISPRseek (1562)
crlmm (2581)
CSAR (1967)
csaw (1219)
CSSP (1316)
ctc (3678)
cummeRbund (12708)
cummerbund (1)
customProDB (1528)
cycle (1503)
cytofkit (368)

D

dagLogo (1344)
daMA (1449)
DART (1391)
DASiR (1342)
DAVIDQuery (1887)
DBChIP (1541)
DBI (1)
ddCt (1949)
ddgraph (1439)
DECIPHER (1849)
DeconRNASeq (1512)
DEDS (1489)
deepSNV (1631)
DEGraph (1703)
DEGreport (997)
DEGseq (3439)
deltaGseg (1275)
DeMAND (8)
derfinder (1212)
derfinderData (4)
derfinderHelper (1189)
derfinderPlot (1048)
DESeq (21968)
deseq (1)
DESeq2 (29537)
destiny (1)
DEXSeq (7087)
dexus (1439)
DFP (1444)
dichromat (1)
DiffBind (3758)
diffGeneAnalysis (1457)
diffHic (355)
digest (1)
diggit (314)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2014)
dks (1316)
DMRcaller (321)
DMRcate (1642)
DMRforPairs (1315)
DNAcopy (11008)
DNaseR (1146)
domainsignatures (1452)
DOQTL (1084)
DOSE (4578)
DriverNet (1446)
DrugVsDisease (1490)
DSS (1827)
DTA (1405)
dualKS (1431)
DupChecker (934)
dyebias (1446)
DynDoc (7431)

E

EasyqpcR (1672)
easyRNASeq (3514)
EBarrays (2218)
EBcoexpress (1468)
EBImage (9797)
EBSeq (3648)
EBSeqHMM (1032)
ecolitk (1455)
EDASeq (3610)
edd (43)
EDDA (1402)
edge (475)
edgeR (33534)
eiR (816)
eisa (1762)
ELBOW (1299)
ELMER (19)
ELMER.data (8)
EMDomics (343)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (320)
ENmix (353)
EnrichmentBrowser (1153)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (389)
ensemblVEP (2054)
ENVISIONQuery (1406)
epigenomix (1422)
epivizr (1743)
eQTL (28)
erccdashboard (1138)
erma (7)
ExiMiR (1529)
exomeCopy (2072)
exomePeak (1474)
exonfindR (251)
exonmap (84)
explorase (1174)
ExpressionView (1446)
externalVector (115)

F

fabia (2058)
facopy (997)
facopy.annot (4)
factDesign (1627)
fail (1)
farms (1596)
fastLiquidAssociation (885)
fastseg (1457)
fbat (18)
fCI (1)
fdrame (1491)
FEM (1050)
ffpe (1476)
FGNet (1820)
FISHalyseR (307)
flagme (1470)
flipflop (1442)
flowBeads (1291)
flowBin (1274)
flowcatchR (998)
flowCHIC (981)
flowCL (1286)
flowClean (1002)
flowClust (2505)
flowCore (6318)
flowCyBar (1272)
flowDensity (1217)
flowFit (1315)
flowFlowJo (1272)
flowFP (1641)
flowMap (1372)
flowMatch (1293)
flowMeans (1880)
flowMerge (1683)
flowPeaks (1518)
flowPhyto (1132)
flowPlots (1473)
flowQ (1230)
flowQB (1383)
FlowRepositoryR (305)
FlowSOM (338)
flowStats (3294)
flowTrack (2)
flowTrans (1530)
flowType (1544)
flowUtils (1814)
flowViz (4819)
flowVS (329)
flowWorkspace (3893)
fmcsR (2072)
focalCall (977)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (1045)
FRGEpistasis (1233)
frma (2519)
frmaTools (1646)
FunciSNP (1565)

G

gaga (1588)
gage (4575)
gaggle (1419)
gaia (1394)
gaucho (1253)
gCMAP (1668)
gCMAPWeb (1393)
gcrma (16487)
gdsfmt (2761)
geecc (981)
genArise (1453)
GENE.E (1679)
gene2pathway (111)
GeneAnswers (2357)
GeneExpressionSignature (1556)
genefilter (51196)
genefu (2104)
GeneGA (840)
GeneGroupAnalysis (89)
GeneMeta (1930)
GeneNetworkBuilder (1533)
GeneOverlap (1408)
geneplotter (34637)
GeneR (56)
geneRecommender (1504)
GeneRegionScan (1417)
generegulation (67)
GeneRfold (34)
geneRxCluster (1258)
GeneSelectMMD (1376)
GeneSelector (1820)
GENESIS (328)
GeneSpring (36)
geNetClassifier (1578)
GeneticsBase (16)
GeneticsDesign (1494)
GeneticsPed (1542)
GeneTraffic (31)
GeneTS (4)
genoCN (1470)
genomation (441)
GenomeGraphs (3416)
GenomeInfoDb (92884)
genomeIntervals (4465)
genomes (1712)
GenomicAlignments (44804)
GenomicFeatures (44564)
GenomicFiles (1790)
GenomicInteractions (1009)
GenomicRanges (66641)
GenomicTuples (995)
Genominator (1862)
genoset (2353)
genotypeeval (2)
GenoView (937)
GEOmetadb (2609)
GEOquery (23294)
geoquery (1)
GEOsubmission (1450)
gespeR (320)
GEWIST (1298)
gff3Plotter (2)
GGBase (2636)
ggbio (11370)
GGtools (2139)
ggtree (732)
girafe (1936)
GLAD (2511)
GlobalAncova (1832)
globaltest (4048)
gmapR (849)
GOexpress (1290)
GOFunction (1782)
GoogleGenomics (351)
goProfiles (1967)
GOSemSim (5343)
goseq (5023)
GOSim (1811)
GOstats (13870)
GOsummaries (1157)
GOTHiC (1343)
goTools (2068)
gpls (2078)
gprege (1365)
gQTLBase (492)
gQTLstats (497)
graph (48344)
GraphAlignment (1431)
GraphAT (1389)
graphite (3087)
GraphPAC (1337)
GRENITS (1423)
GreyListChIP (309)
grndata (4)
groHMM (1013)
GSAR (1029)
GSCA (1320)
GSEABase (17938)
GSEAlm (2056)
GSReg (954)
GSRI (1427)
GSVA (2355)
gtrellis (315)
Gviz (18006)
gwascat (2019)
GWASTools (2831)

H

h5vc (1437)
hapFabia (1382)
Harshlight (1424)
HCsnip (1357)
HDTD (942)
Heatplus (6465)
HELP (1467)
HEM (1402)
hexbin (149)
hiAnnotator (967)
HIBAG (351)
hierGWAS (1)
highthroughputassays (48)
HilbertVis (2975)
HilbertVisGUI (1090)
hiReadsProcessor (935)
HiTC (1611)
Hmisc (1)
HMMcopy (1652)
hopach (2747)
hpar (1781)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2570)
HTSanalyzeR (1856)
HTSandGeneCentricLabs (2)
HTSeqGenie (448)
htSeqTools (1893)
HTSFilter (1675)
HybridMTest (1336)
hyperdraw (1659)
hypergraph (2268)

I

iASeq (1319)
iBBiG (1439)
ibh (1310)
iBMQ (1360)
Icens (3011)
iChip (1376)
iClusterPlus (4547)
IdeoViz (1036)
idiogram (1470)
IdMappingAnalysis (1315)
IdMappingRetrieval (1324)
iFlow (76)
illuminaio (12784)
imageHTS (1502)
immunoClust (315)
IMPCdata (879)
impute (23396)
InPAS (306)
INPower (1192)
inSilicoDb (2247)
inSilicoMerging (2083)
INSPEcT (5)
intansv (1391)
interactiveDisplay (4780)
interactiveDisplayBase (4672)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (5)
inveRsion (1344)
IONiseR (10)
iontree (1323)
iPAC (1424)
IPPD (1677)
IRanges (111251)
iSeq (1430)
isobar (1915)
IsoGeneGUI (1442)
iSPlot (2)
ITALICS (1380)
iterativeBMA (1434)
iterativeBMAsurv (1401)
iterators (1)
IVAS (295)

J

jmosaics (1336)
joda (1343)

K

KCsmart (1404)
kebabs (1129)
KEGGgraph (7735)
keggorth (16)
keggorthology (1668)
KEGGprofile (2109)
KEGGREST (9680)
KEGGSOAP (241)
KFAS (1)

L

labeling (1)
lapmix (1368)
latticeExtra (1)
LBE (1625)
LEA (379)
LedPred (2)
les (1425)
liftOver (24)
limma (70749)
limmaGUI (2579)
LiquidAssociation (1375)
lmdme (1440)
LMGene (1621)
logicFS (2043)
logitT (1396)
lol (1342)
LowMACA (308)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (1734)
LPEadj (1364)
lpNet (1321)
lumi (9130)
LVSmiRNA (1471)

M

M3D (1017)
maanova (2105)
macat (1430)
maCorrPlot (1365)
maDB (109)
made4 (3642)
maigesPack (1432)
MAIT (1093)
makecdfenv (2958)
makePlatformDesign (27)
MANOR (1428)
manta (1360)
MantelCorr (1342)
mAPKL (345)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1344)
marray (10218)
maSigPro (2525)
maskBAD (1344)
MassArray (1423)
massiR (1291)
MassSpecWavelet (3053)
matchBox (1347)
matchprobes (95)
MatrixRider (295)
MBAmethyl (893)
MBASED (1050)
MBCB (1433)
mBPCR (1383)
mcaGUI (1364)
MCRestimate (1441)
mdgsa (305)
mdqc (1576)
MeasurementError.cor (1314)
MEDIPS (2181)
MEDME (1455)
MEIGOR (897)
MergeMaid (1992)
MeSHDbi (1626)
meshr (1375)
MeSHSim (305)
messina (1196)
metaArray (1912)
Metab (1014)
metabomxtr (929)
metagene (985)
metagenomeSeq (3798)
metahdep (1388)
metaMS (1400)
metaSeq (1417)
metaseqR (1451)
MethTargetedNGS (295)
methVisual (1448)
methyAnalysis (2043)
MethylAid (1097)
MethylMix (1096)
methylMnM (1327)
methylPipe (1245)
MethylSeekR (1543)
methylumi (8278)
Mfuzz (3795)
MGFM (940)
mgsa (1537)
MiChip (1380)
microRNA (2074)
MIMOSA (1243)
MineICA (1342)
minet (4325)
minfi (10061)
MinimumDistance (1409)
minionSummaryData (4)
MiPP (1386)
MiRaGE (1398)
mirIntegrator (7)
miRLAB (3)
miRNApath (1590)
miRNAtap (1028)
Mirsynergy (1222)
missMethyl (1120)
mitoODE (1213)
MLInterfaces (2988)
MLP (1410)
MLSeq (1454)
MMDiff (1444)
mmnet (1356)
MmPalateMiRNA (1411)
mogsa (317)
monocle (1516)
MoPS (884)
mosaics (1625)
MotifDb (2510)
motifRG (1462)
motifStack (2586)
MotIV (2776)
MPFE (884)
mQTL.NMR (934)
msa (414)
MSGFgui (1192)
MSGFplus (1266)
msmsEDA (1429)
msmsTests (1426)
MSnbase (3727)
MSnID (1200)
MSstats (1773)
mtbls2 (2)
Mulcom (1662)
MultiMed (879)
multiscan (1352)
multtest (29260)
munsell (1)
muscle (519)
MVCClass (1465)
mvGST (953)
mygene (1524)
mzID (2938)
mzR (8076)

N

NanoStringQCPro (333)
NarrowPeaks (1403)
ncdfFlow (3341)
NCIgraph (1728)
neaGUI (1532)
nem (1574)
netbenchmark (345)
netbiov (1005)
nethet (303)
NetPathMiner (1301)
netresponse (1365)
NetSAM (1290)
networkBMA (1470)
NGScopy (927)
nnNorm (1370)
NOISeq (3374)
nondetects (1236)
NormqPCR (1958)
npGSEA (1318)
NTW (1285)
nucleR (1518)
nudge (1346)
NuPoP (1350)

O

occugene (1276)
OCplus (1724)
OGSA (2)
oligo (9368)
oligoClasses (10615)
OLIN (1418)
OLINgui (1374)
omicade4 (1489)
OmicCircos (2155)
OmicsMarkeR (308)
OncoSimulR (776)
oneChannelGUI (2099)
ontoCAT (1514)
ontoTools (41)
openCyto (1672)
OperaMate (5)
oposSOM (1075)
OrderedList (2497)
org.Hs.eg.db (1)
OrganismDbi (10436)
OSAT (1291)
OTUbase (1447)
OutlierD (1509)

P

PAA (1023)
PADOG (1431)
paircompviz (1297)
pairseqsim (3)
pamr (37)
pandaR (333)
PAnnBuilder (1531)
panp (1521)
PANR (1360)
PAPi (1384)
parglms (288)
parody (1958)
pathifier (1466)
PathNet (1381)
pathRender (1365)
pathview (5914)
PatientGeneSets (36)
paxtoolsr (1223)
Pbase (952)
pbcmc (1)
pcaGoPromoter (1403)
pcaMethods (7704)
pcot2 (1568)
PCpheno (1307)
pdInfoBuilder (2154)
pdmclass (1433)
PECA (1220)
pepStat (938)
pepXMLTab (916)
PGA (5)
PGSEA (2307)
pgUtils (123)
phenoDist (1291)
phenoTest (1598)
PhenStat (1196)
phyloseq (6037)
piano (2449)
pickgene (1360)
PICS (2055)
PING (1442)
pint (1388)
pkgDepTools (1615)
plateCore (1394)
plethy (1280)
plgem (1469)
plier (2855)
PLPE (1375)
plrs (1287)
plw (1356)
plyr (1)
pmm (291)
podkat (307)
polyester (1110)
Polyfit (919)
ppiStats (1467)
prada (3039)
prebs (1332)
PREDA (1379)
predictionet (749)
preprocessCore (42272)
Prize (3)
proBAMr (875)
PROcess (2107)
procoil (1287)
ProCoNA (1323)
pRoloc (1695)
pRolocdata (4)
pRolocGUI (1005)
PROMISE (1359)
PROPER (326)
prot2D (1318)
proteinProfiles (1251)
proteomics (17)
proteoQC (985)
ProtGenerics (1776)
PSEA (910)
PSICQUIC (1540)
puma (1879)
pvac (1436)
pvca (1625)
Pviz (999)
PWMEnrich (1799)
pwOmics (229)

Q

qcmetrics (1288)
QDNAseq (1489)
qpcrNorm (1492)
qpgraph (2370)
qrqc (1976)
QUALIFIER (1356)
quantro (1081)
quantsmooth (3593)
QuartPAC (291)
QuasR (2979)
qusage (1372)
qvalue (18256)

R

R3CPET (291)
r3Cseq (1657)
R453Plus1Toolbox (1458)
rain (1026)
rama (1572)
RamiGO (1861)
randPack (1343)
RankProd (3803)
RareVariantVis (9)
Rariant (1231)
RbcBook1 (1492)
RBGL (30423)
RBioinf (1457)
rBiopaxParser (1594)
RBM (311)
Rbowtie (3018)
rbsurv (1378)
Rcade (1342)
RCASPAR (1287)
rcellminer (332)
rcellminerData (4)
rCGH (2)
Rchemcpp (1285)
RchyOptimyx (1416)
RColorBrewer (1)
Rcpi (1760)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (210)
RCytoscape (3424)
RDAVIDWebService (2934)
Rdbi (40)
RdbiPgSQL (17)
Rdisop (1860)
RDRToolbox (2013)
ReactomePA (2495)
ReadqPCR (2024)
reb (1362)
RedeR (2031)
REDseq (1564)
RefNet (1250)
RefPlus (1454)
regioneR (305)
regionReport (964)
Repitools (2820)
ReportingTools (5902)
ReQON (1320)
Resourcerer (484)
rflowcyt (37)
rfPred (1220)
rGADEM (3248)
RGalaxy (1351)
Rgraphviz (25001)
rGREAT (307)
RGSEA (993)
rgsepd (294)
rhdf5 (17428)
Rhtslib (441)
rHVDM (1393)
riboSeq (19)
riboSeqR (1030)
Ringo (3279)
Rintact (20)
RIPSeeker (1528)
Risa (1353)
RLMM (1339)
RMAGEML (17)
Rmagpie (1383)
RMAPPER (477)
RMassBank (1513)
rMAT (955)
RmiR (1621)
RNAinteract (1332)
RNAither (1396)
RNAprobR (287)
rnaseqcomp (6)
rnaseqGene (842)
rnaSeqMap (1532)
RNASeqPower (1712)
RnaSeqSampleSize (322)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (645)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (939)
roar (1197)
ROC (5287)
Roleswitch (1269)
Rolexa (1450)
rols (1790)
ROntoTools (1474)
ropls (9)
RPA (1457)
RpsiXML (1611)
rpx (1837)
Rqc (987)
rqubic (1507)
rRDP (916)
rRDPData (4)
Rredland (11)
RRHO (1315)
Rsamtools (51485)
rsbml (1856)
rSFFreader (760)
RSNPper (15)
RSQLite (1)
Rsubread (4121)
RSVSim (1453)
rTANDEM (1885)
RTCA (1405)
RTCGAToolbox (60)
RTN (1479)
RTools4TB (38)
RTopper (1390)
rtracklayer (47167)
Rtreemix (1345)
rTRM (1288)
rTRMui (1241)
Ruuid (54)
RUVcorr (303)
RUVnormalize (996)
RUVSeq (1896)
RWebServices (307)

S

S4Vectors (78961)
safe (1904)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1352)
SAGx (1898)
SamSPECTRAL (1434)
sangerseqR (2246)
SANTA (1320)
sapFinder (1204)
saps (333)
savR (1345)
SBMLR (1428)
scales (1)
SCAN.UPC (1763)
ScISI (1498)
SCLCBam (4)
scsR (1185)
SeattleIntro2010 (8)
segmentSeq (1670)
SELEX (301)
SemDist (874)
SemSim (13)
sendmailR (1)
seq2pathway (342)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1468)
seqbias (1535)
seqCNA (1313)
SeqGSEA (2238)
seqLogo (6363)
seqPattern (295)
seqplots (1197)
seqTools (992)
SequenceAnalysis (3)
SequenceAnalysisData (24)
sequencing (22)
SeqVarTools (1323)
SGSeq (955)
shinyMethyl (1275)
shinyTANDEM (1306)
ShortRead (15550)
sidap (5)
sigaR (1456)
SigCheck (946)
SigFuge (1265)
siggenes (12620)
sigPathway (2069)
sigsquared (281)
SIM (1463)
SIMAT (290)
SimBindProfiles (1240)
similaRpeak (281)
simpleaffy (9560)
simulatorAPMS (22)
simulatorZ (910)
sincell (382)
sizepower (1627)
SJava (332)
skewr (287)
SLGI (1370)
SLqPCR (1474)
SMAP (1330)
SNAGEE (1288)
snapCGH (1824)
snm (1609)
SNPchip (3010)
snpMatrix (213)
SNPRelate (2404)
snpStats (6826)
soGGi (305)
SomatiCA (1346)
SomaticSignatures (1561)
SpacePAC (1273)
spade (1968)
specL (932)
SpeCond (1581)
SPEM (1226)
SPIA (3128)
spikeLI (1309)
spkTools (1331)
splicegear (1323)
spliceR (1812)
spliceSites (1242)
SplicingGraphs (1558)
splots (2586)
spotSegmentation (1492)
SQUADD (1279)
SRAdb (4359)
sRAP (1527)
sscore (1304)
sSeq (1362)
ssize (1683)
SSPA (1581)
ssviz (922)
stam (9)
STAN (1015)
staRank (1246)
Starr (1525)
STATegRa (949)
stepNorm (1348)
stepwiseCM (1352)
Streamer (1322)
STRINGdb (1964)
stringr (1)
StudentGWAS (1)
SummarizedExperiment (501)
supraHex (1709)
survcomp (3661)
Sushi (1750)
sva (9747)
SVM2CRM (294)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1188)
switchBox (936)
synapter (1702)
systemPipeR (2074)

T

TargetScore (1292)
TargetSearch (1480)
TCC (2061)
TDARACNE (1461)
TEQC (1572)
ternarynet (1242)
TFBSTools (1853)
tigre (1416)
tilingArray (1965)
timecourse (1894)
TimerQuant (1)
TIN (323)
TitanCNA (1337)
tkWidgets (6302)
ToPASeq (1038)
topGO (9743)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (313)
tracktables (899)
trackViewer (1377)
tRanslatome (1409)
TransView (1375)
traseR (3)
triform (1258)
trigger (1333)
trio (1569)
triplex (1273)
TRONCO (299)
TSCAN (904)
tspair (1511)
TSSi (1312)
TurboNorm (1357)
tweeDEseq (1536)
twilight (2628)
TypeInfo (1333)

U

UNDO (1223)
unifiedWMWqPCR (1212)
UniProt.ws (1961)

V

VanillaICE (1650)
VariantAnnotation (24883)
VariantFiltering (1504)
variants (160)
VariantTools (884)
vbmp (1855)
Vega (1299)
VegaMC (1306)
viper (1320)
virtualArray (687)
vsn (14518)
vtpnet (1276)

W

wateRmelon (3253)
wavClusteR (965)
waveTiling (1305)
weaver (1564)
webbioc (1408)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6491)

X

XBSeq (1)
xcms (6689)
XDE (1367)
xmapbridge (1295)
xmapcore (63)
XML (1)
xps (1952)
XVector (65749)

Y

yaqcaffy (1661)

Z

zlibbioc (80030)