See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-09-18 07:31:35 -0400 (Tue, 18 Sep 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (31839)
2BiocGenerics (25718)
3IRanges (22688)
4S4Vectors (22517)
5Biobase (21382)
6AnnotationDbi (18840)
7zlibbioc (17606)
8GenomicRanges (17039)
9limma (16196)
10XVector (15595)
11GenomeInfoDb (14497)
12BiocParallel (14144)
13SummarizedExperiment (13944)
14Biostrings (13877)
15annotate (11504)
16DelayedArray (11418)
17GenomicAlignments (10597)
18biomaRt (10569)
19rtracklayer (10351)
20genefilter (10247)
21Rsamtools (10227)
22graph (9186)
23GenomicFeatures (8890)
24edgeR (8863)
25preprocessCore (7957)
26DESeq2 (7854)
27geneplotter (7654)
28affy (6160)
29BSgenome (5990)
30affyio (5867)
31rhdf5 (5698)
32RBGL (5476)
33multtest (5415)
34Rgraphviz (5331)
35impute (4989)
36VariantAnnotation (4904)
37qvalue (4712)
38GEOquery (4392)
39ShortRead (4235)
40ensembldb (3916)
41AnnotationHub (3911)
42ProtGenerics (3896)
43interactiveDisplayBase (3476)
44GSEABase (3436)
45DESeq (3297)
46biovizBase (3266)
47sva (3202)
48AnnotationFilter (3056)
49GOSemSim (2911)
50fgsea (2883)
51KEGGREST (2852)
52DOSE (2840)
53vsn (2795)
54clusterProfiler (2731)
55Gviz (2680)
56DNAcopy (2486)
57ComplexHeatmap (2482)
58AnnotationForge (2437)
59pcaMethods (2391)
60Category (2369)
61Rhdf5lib (2343)
62topGO (2260)
63phyloseq (2249)
64tximport (2176)
65OrganismDbi (2168)
66GOstats (2146)
67EBImage (2119)
68BiocStyle (2056)
69pathview (2055)
70KEGGgraph (1994)
71aroma.light (1893)
72biomformat (1887)
73illuminaio (1872)
74ggbio (1796)
75Rsubread (1759)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (121)
a4Base (143)
a4Classif (116)
a4Core (164)
a4Preproc (159)
a4Reporting (117)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (105)
ABarray (116)
ABSSeq (118)
acde (105)
ACE (1)
aCGH (184)
ACME (124)
ADaCGH2 (101)
adaptest (23)
adSplit (104)
affxparser (1453)
affy (6160)
affycomp (171)
AffyCompatible (109)
affyContam (106)
affycoretools (460)
affydata (0)
AffyExpress (108)
affyILM (99)
affyio (5867)
affylmGUI (165)
affyPara (107)
affypdnn (135)
affyPLM (1228)
affyqcreport (0)
affyQCReport (306)
AffyRNADegradation (98)
AffyTiling (12)
AGDEX (96)
Agi4x44PreProcess (5)
agilp (168)
AgiMicroRna (141)
agimicrorna (0)
AIMS (235)
ALDEx2 (181)
AllelicImbalance (110)
alpine (104)
alsace (101)
altcdfenvs (112)
AMOUNTAIN (91)
amplican (70)
ampliQueso (90)
AnalysisPageServer (89)
anamiR (97)
Anaquin (90)
AneuFinder (110)
ANF (62)
annaffy (506)
AnnBuilder (0)
annmap (83)
annotate (11504)
AnnotationDbi (18840)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3056)
AnnotationForge (2437)
AnnotationFuncs (136)
AnnotationHub (3911)
AnnotationHubData (128)
annotationTools (145)
annotatr (185)
anota (104)
anota2seq (66)
antiProfiles (95)
apcluster (0)
apComplex (110)
apcomplex (0)
apeglm (418)
applera (0)
appreci8R (2)
aroma.light (1893)
ArrayExpress (446)
ArrayExpressHTS (60)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (94)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (125)
arrayQualityMetrics (453)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (147)
ArrayTV (99)
ARRmNormalization (94)
ASAFE (79)
ASEB (93)
ASGSCA (95)
ASICS (21)
asmn (2)
ASpli (119)
ASSET (103)
ASSIGN (94)
ATACseqQC (198)
AtlasRDF (53)
attract (93)
AUCell (161)

B

BaalChIP (85)
BAC (91)
bacon (102)
BADER (94)
BadRegionFinder (84)
BAGS (89)
ballgown (857)
bamsignals (178)
banocc (75)
basecallQC (83)
BaseSpaceR (119)
Basic4Cseq (103)
BASiCS (105)
BasicSTARRseq (86)
BatchQC (142)
BayesKnockdown (78)
BayesPeak (140)
baySeq (504)
BBCAnalyzer (86)
BCRANK (111)
bcSeq (29)
beachmat (960)
beadarray (633)
beadarraySNP (109)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (605)
BeadExplorer (0)
BEARscc (23)
BEAT (90)
BEclear (91)
betr (22)
bgafun (91)
BgeeDB (126)
BGmix (53)
bgx (88)
BHC (156)
BicARE (147)
BiFET (23)
BiGGR (103)
BigMatrix (0)
bigmelon (85)
bigmemoryExtras (80)
bim (0)
bioassayR (115)
biobase (0)
Biobase (21382)
biobroom (193)
bioCancer (94)
BiocCaseStudies (94)
BiocCheck (421)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (342)
BiocGenerics (25718)
biocGraph (224)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (31839)
biocLite (0)
BiocOncoTK (23)
Bioconductor (0)
BioCor (87)
BiocParallel (14144)
BiocSklearn (58)
BiocStyle (2056)
BiocVersion (237)
biocViews (1058)
BiocWorkflowTools (104)
bioDist (280)
biomaRt (10569)
BioMedR (63)
biomformat (1887)
BioMVCClass (88)
biomvRCNS (89)
BioNet (307)
bionet (0)
BioNetStat (22)
BioQC (92)
BioSeqClass (105)
biosigner (98)
biostrings (0)
Biostrings (13877)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (91)
biotmle (86)
biovizBase (3266)
BiRewire (125)
birta (97)
birte (87)
BiSeq (176)
BitSeq (186)
blima (91)
BLMA (82)
bnbc (59)
BPRMeth (83)
BRAIN (179)
brainImageR (1)
BrainStars (90)
branchpointer (75)
bridge (90)
BridgeDbR (111)
BrowserViz (89)
BrowserVizDemo (57)
BSgenome (5990)
bsseq (750)
BubbleTree (94)
BufferedMatrix (101)
BufferedMatrixMethods (96)
BUMHMM (76)
bumphunter (1666)
BUS (87)
BUScorrect (1)
BuxcoR (0)

C

CAFE (86)
CAGEfightR (22)
CAGEr (130)
CALIB (101)
CAMERA (426)
CAMTHC (4)
canceR (94)
cancerclass (93)
CancerInSilico (79)
CancerMutationAnalysis (100)
CancerSubtypes (143)
CAnD (84)
caOmicsV (83)
Cardinal (133)
casper (91)
CATALYST (103)
Category (2369)
categoryCompare (86)
CausalR (95)
cbaf (58)
ccfindR (19)
ccmap (100)
CCPROMISE (79)
ccrepe (102)
celaref (1)
cellbaseR (79)
cellGrowth (95)
cellHTS (11)
cellHTS2 (221)
cellity (95)
CellMapper (80)
CellNOptR (139)
cellscape (91)
CellScore (21)
CellTrails (3)
cellTree (109)
CEMiTool (107)
CexoR (88)
CFAssay (92)
CGEN (105)
CGHbase (214)
CGHcall (193)
cghMCR (140)
CGHnormaliter (88)
CGHregions (106)
ChAMP (408)
CHARGE (21)
charm (104)
ChemmineOB (194)
ChemmineR (435)
chemminer (0)
ChIC (16)
Chicago (103)
chimera (125)
chimeraviz (118)
ChIPanalyser (58)
ChIPComp (97)
chipenrich (122)
ChIPexoQual (80)
ChIPpeakAnno (778)
ChIPQC (213)
ChIPseeker (837)
chipseq (430)
ChIPseqR (143)
ChIPSeqSpike (26)
ChIPsim (135)
ChIPXpress (71)
chopsticks (248)
chroGPS (88)
chromDraw (92)
ChromHeatMap (102)
ChromoViz (0)
chromPlot (110)
chromstaR (92)
chromswitch (60)
chromVAR (89)
CHRONOS (89)
CINdex (76)
cisPath (94)
ClassifyR (103)
cleanUpdTSeq (92)
cleaver (197)
clippda (97)
clipper (139)
Clomial (90)
Clonality (94)
clonotypeR (92)
clst (95)
clstutils (86)
clustComp (85)
clusterExperiment (219)
ClusterJudge (56)
clusterProfiler (2731)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (93)
clusterStab (138)
CMA (153)
cn.farms (93)
cn.mops (206)
CNAnorm (111)
cnanorm (0)
CNEr (377)
CNORdt (93)
CNORfeeder (91)
CNORfuzzy (91)
CNORode (112)
CNPBayes (84)
CNTools (248)
cnvGSA (89)
CNVPanelizer (102)
CNVrd2 (94)
CNVtools (107)
cnvtools (0)
cobindR (87)
CoCiteStats (95)
codelink (104)
CODEX (145)
coexnet (68)
CoGAPS (103)
cogena (128)
coGPS (87)
COHCAP (105)
coMET (117)
COMPASS (105)
compcodeR (102)
compEpiTools (107)
CompGO (104)
ComplexHeatmap (2482)
condcomp (2)
CONFESS (77)
consensus (1)
ConsensusClusterPlus (1466)
consensusOV (66)
consensusSeekeR (85)
contiBAIT (78)
conumee (119)
convert (199)
copa (94)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (239)
CopyNumber450k (8)
CopywriteR (127)
coRdon (1)
CoRegNet (108)
Cormotif (88)
CorMut (89)
coRNAi (42)
CORREP (89)
coseq (93)
cosmiq (96)
cosmo (4)
cosmoGUI (1)
COSNet (90)
CountClust (115)
covEB (75)
CoverageView (110)
covRNA (77)
cpvSNP (88)
cqn (188)
CRImage (118)
CRISPRseek (135)
crisprseekplus (83)
CrispRVariants (113)
crlmm (191)
crossmeta (99)
CSAR (144)
csaw (251)
CSSP (91)
ctc (336)
CTDquerier (21)
ctsGE (92)
cummeRbund (980)
cummerbund (0)
customProDB (128)
CVE (87)
cycle (95)
cydar (92)
CytoDx (19)
cytofkit (325)
cytolib (319)
CytoML (101)

D

dada2 (779)
dagLogo (85)
daMA (88)
DaMiRseq (86)
DAPAR (128)
DART (95)
DASC (34)
DASiR (6)
DAVIDQuery (7)
DBChIP (128)
dcGSA (75)
DChIPRep (89)
ddCt (148)
ddgraph (61)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (23)
debrowser (125)
DECIPHER (549)
DEComplexDisease (23)
DeconRNASeq (120)
decontam (26)
DEDS (119)
DeepBlueR (97)
deepSNV (124)
DEFormats (202)
DEGraph (90)
DEGreport (158)
DEGseq (293)
DelayedArray (11418)
DelayedMatrixStats (678)
deltaGseg (81)
DeMAND (92)
DEP (105)
DEqMS (0)
derfinder (331)
derfinderHelper (291)
derfinderPlot (128)
DEScan2 (20)
deseq (0)
DESeq (3297)
DESeq2 (7854)
DEsingle (28)
destiny (771)
DEsubs (92)
DEXSeq (665)
dexus (94)
DFP (88)
DiffBind (594)
diffcoexp (23)
diffcyt (27)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (83)
diffHic (122)
DiffLogo (88)
diffloop (107)
diffuStats (64)
diggit (88)
Director (79)
DirichletMultinomial (400)
discordant (79)
dks (83)
DMCHMM (62)
DMRcaller (100)
DMRcate (480)
DMRforPairs (90)
DMRScan (74)
dmrseq (35)
DNABarcodes (116)
DNAcopy (2486)
DNaseR (2)
DNAshapeR (103)
domainsignatures (82)
DominoEffect (23)
doppelgangR (80)
DOQTL (112)
Doscheda (56)
DOSE (2840)
drawProteins (38)
DRIMSeq (137)
DriverNet (104)
DropletUtils (118)
DrugVsDisease (84)
dSimer (77)
DSS (552)
DTA (84)
dualKS (86)
DupChecker (83)
dupRadar (967)
dyebias (91)
DynDoc (585)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (146)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (183)
EBarrays (164)
EBcoexpress (93)
EBImage (2119)
EBSEA (77)
EBSeq (527)
EBSeqHMM (111)
ecolitk (91)
EDASeq (1629)
edd (1)
EDDA (92)
edge (140)
edger (0)
edgeR (8863)
eegc (79)
EGAD (94)
EGSEA (189)
eiR (64)
eisa (108)
ELBOW (84)
ELMER (281)
EMDomics (86)
EmpiricalBrownsMethod (102)
ENCODExplorer (109)
EnhancedVolcano (0)
ENmix (129)
EnrichedHeatmap (161)
EnrichmentBrowser (259)
enrichplot (722)
ensembldb (3916)
ensemblVEP (140)
ENVISIONQuery (82)
EpiCluster (0)
EpiDISH (72)
epigenomix (97)
epiNEM (72)
epivizr (118)
epivizrChart (55)
epivizrData (114)
epivizrServer (108)
epivizrStandalone (89)
erccdashboard (115)
erma (215)
esATAC (130)
esetVis (85)
eudysbiome (75)
EventPointer (84)
EWCE (22)
ExiMiR (91)
exomeCopy (260)
exomecopy (0)
exomePeak (125)
exonfindR (0)
exonmap (2)
ExperimentHub (258)
ExperimentHubData (85)
explorase (74)
ExpressionAtlas (98)
ExpressionView (85)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (172)
facopy (80)
factDesign (96)
FamAgg (91)
farms (104)
fastLiquidAssociation (83)
FastqCleaner (4)
fastseg (362)
fbat (0)
fCCAC (76)
fCI (81)
fdrame (88)
FELLA (20)
FEM (338)
ffpe (100)
FGNet (153)
fgsea (2883)
FindMyFriends (111)
FISHalyseR (85)
FitHiC (101)
flagme (89)
flipflop (97)
flowAI (138)
flowBeads (83)
flowBin (84)
flowcatchR (85)
flowCHIC (84)
flowCL (133)
flowClean (129)
flowClust (302)
flowCore (1313)
flowCyBar (86)
flowDensity (148)
flowFit (86)
flowFlowJo (4)
flowFP (110)
flowMap (88)
flowMatch (87)
flowMeans (195)
flowMerge (130)
flowPeaks (143)
flowPhyto (3)
flowPloidy (84)
flowPlots (87)
flowq (0)
flowQ (108)
flowQB (87)
FlowRepositoryR (92)
FlowSOM (421)
flowStats (318)
flowTime (69)
flowTrans (108)
flowType (112)
flowUtils (456)
flowViz (605)
flowVS (87)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (538)
fmcsR (177)
focalCall (85)
FourCSeq (103)
FRGEpistasis (91)
frma (230)
frmaTools (103)
FunChIP (74)
FunciSNP (99)
funtooNorm (68)

G

GA4GHclient (76)
GA4GHshiny (64)
gaga (93)
gage (913)
gaggle (84)
gaia (182)
GAprediction (69)
garfield (75)
GARS (19)
GateFinder (22)
gaucho (76)
gcapc (80)
gcatest (80)
gCMAP (70)
gCMAPWeb (52)
gCrisprTools (79)
gcrma (1666)
GDCRNATools (66)
GDSArray (20)
gdsfmt (867)
geecc (78)
GEM (80)
genArise (94)
genbankr (145)
GENE.E (31)
gene2pathway (2)
GeneAccord (1)
GeneAnswers (151)
geneAttribution (73)
GeneBreak (81)
geneClassifiers (70)
GeneExpressionSignature (95)
genefilter (10247)
genefu (247)
GeneGA (71)
GeneGeneInteR (84)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (118)
GeneNetworkBuilder (99)
GeneOverlap (162)
geneplast (77)
geneplotter (7654)
GeneR (2)
geneRecommender (88)
GeneRegionScan (84)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (78)
GeneSelectMMD (94)
GeneSelector (120)
GENESIS (157)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (19)
geNetClassifier (120)
GeneticsBase (1)
GeneticsDesign (109)
GeneticsPed (142)
GeneTraffic (1)
GeneTS (1)
geneXtendeR (78)
GENIE3 (203)
genoCN (88)
GenoGAM (85)
genomation (317)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (238)
GenomeInfoDb (14497)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (302)
genomeintervals (0)
genomes (105)
GenomicAlignments (10597)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (249)
GenomicFeatures (8890)
GenomicFiles (635)
GenomicInteractions (151)
GenomicRanges (17039)
GenomicScores (243)
GenomicTuples (87)
Genominator (99)
genoset (212)
genotypeeval (83)
GenoView (6)
genphen (72)
GenRank (80)
GenVisR (296)
GEOmetadb (247)
GEOquery (4392)
GEOsearch (52)
GEOsubmission (89)
gep2pep (23)
gespeR (99)
GEWIST (78)
gff3Plotter (0)
GGBase (141)
ggbio (1796)
ggcyto (327)
GGtools (136)
ggtree (1302)
GIGSEA (2)
girafe (137)
GISPA (70)
GLAD (207)
Glimma (635)
GlobalAncova (216)
globalSeq (79)
globaltest (623)
gmapR (89)
GMRP (65)
goCluster (0)
GOexpress (152)
GOfuncR (28)
GOFunction (101)
GoogleGenomics (93)
GOpro (85)
goProfiles (138)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2911)
goseq (960)
GOSim (137)
goSTAG (75)
gostats (0)
GOstats (2146)
GOsummaries (141)
GOTHiC (109)
goTools (123)
gotools (0)
gpls (168)
gprege (80)
gQTLBase (208)
gQTLstats (210)
graph (9186)
GraphAlignment (93)
GraphAT (87)
graphite (878)
GraphPAC (91)
GRENITS (85)
GreyListChIP (89)
GRmetrics (115)
groHMM (103)
GRridge (74)
GSALightning (74)
GSAR (155)
GSCA (82)
GSEABase (3436)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (42)
GSEAlm (142)
gsean (22)
GSReg (84)
GSRI (84)
GSVA (622)
gtrellis (134)
GUIDEseq (90)
Guitar (97)
Gviz (2680)
gwascat (201)
GWASTools (318)
gwasurvivr (4)

H

h5vc (91)
hapFabia (90)
Harman (86)
Harshlight (86)
harshlight (0)
HCsnip (60)
HDF5Array (1693)
HDTD (81)
heatmaps (134)
Heatplus (630)
HelloRanges (99)
HELP (86)
HEM (87)
hexbin (3)
hiAnnotator (99)
HIBAG (107)
HiCcompare (70)
hicrep (85)
hierGWAS (83)
hierinf (0)
HilbertCurve (125)
HilbertVis (287)
HilbertVisGUI (73)
hipathia (20)
hiReadsProcessor (67)
HiTC (213)
hmdbQuery (26)
HMMcopy (157)
hopach (227)
HPAanalyze (0)
hpar (223)
HTqPCR (211)
HTSanalyzeR (152)
HTSeqGenie (58)
htseqtools (0)
htSeqTools (154)
HTSFilter (168)
HybridMTest (91)
hyperdraw (115)
hypergraph (148)

I

iASeq (78)
iasva (3)
iBBiG (135)
ibh (81)
iBMQ (75)
iCARE (81)
Icens (310)
icetea (3)
iCheck (87)
iChip (82)
iClusterPlus (152)
iCNV (22)
iCOBRA (92)
ideal (86)
ideogram (0)
IdeoViz (122)
idiogram (83)
IdMappingAnalysis (77)
IdMappingRetrieval (78)
iFlow (3)
iGC (79)
igvR (20)
IHW (455)
illuminaio (1872)
imageHTS (93)
IMAS (72)
Imetagene (76)
IMMAN (19)
ImmuneSpaceR (89)
immunoClust (85)
IMPCdata (75)
ImpulseDE (81)
ImpulseDE2 (88)
impute (4989)
INDEED (1)
InPAS (80)
INPower (77)
inSilicoDb (29)
inSilicoMerging (30)
insilicomerging (0)
INSPEcT (87)
InTAD (18)
intansv (98)
InteractionSet (211)
interactiveDisplay (261)
interactiveDisplayBase (3476)
IntEREst (77)
InterMineR (65)
IntramiRExploreR (54)
inversion (0)
inveRsion (79)
IONiseR (109)
iontree (77)
iPAC (98)
ipdDb (2)
IPO (148)
IPPD (151)
IRanges (22688)
IrisSpatialFeatures (49)
iSEE (32)
iSeq (87)
iSNetwork (0)
isobar (180)
IsoformSwitchAnalyzeR (106)
IsoGeneGUI (85)
ISoLDE (75)
isomiRs (83)
iSPlot (0)
ITALICS (86)
iterativeBMA (92)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (85)
iterClust (59)
iteremoval (24)
IVAS (82)
ivygapSE (50)
IWTomics (67)

J

JASPAR2018 (78)
jmosaics (8)
joda (84)
JunctionSeq (136)

K

karyoploteR (253)
KCsmart (79)
kebabs (149)
KEGGgraph (1994)
KEGGlincs (83)
keggorth (1)
keggorthology (112)
KEGGprofile (199)
KEGGREST (2852)
KEGGSOAP (3)
kimod (75)
kissDE (24)
kmknn (21)

L

lapmix (82)
LBE (128)
ldblock (183)
LEA (268)
LedPred (76)
les (86)
lfa (207)
limma (16196)
limmaGUI (137)
LINC (80)
LineagePulse (25)
Linnorm (124)
LiquidAssociation (86)
lmdme (91)
LMGene (99)
LOBSTAHS (88)
loci2path (27)
logicFS (218)
logitT (83)
Logolas (114)
lol (78)
LOLA (145)
LowMACA (79)
LPE (102)
LPEadj (81)
lpNet (79)
lpsymphony (512)
LRBaseDbi (0)
lumi (906)
LVSmiRNA (86)
LymphoSeq (90)

M

M3C (58)
M3D (82)
M3Drop (171)
maanova (111)
macat (83)
maCorrPlot (87)
MACPET (19)
maDB (1)
madb (0)
made4 (354)
MADSEQ (80)
maftools (705)
MAGeCKFlute (24)
maigesPack (92)
MAIT (121)
makecdfenv (212)
makePlatformDesign (1)
MANOR (84)
manta (86)
MantelCorr (83)
mAPKL (78)
maPredictDSC (85)
mapscape (71)
marray (1233)
martini (17)
maser (5)
maSigPro (269)
maskBAD (81)
MassArray (88)
massarray (0)
massiR (82)
MassSpecWavelet (803)
MAST (449)
matchBox (79)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (81)
matter (115)
MaxContrastProjection (67)
MBAmethyl (71)
MBASED (87)
MBCB (87)
mBPCR (86)
MBttest (64)
mcaGUI (83)
MCbiclust (77)
MCRestimate (87)
mCSEA (23)
mdgsa (94)
mdp (20)
mdqc (89)
MDTS (19)
MEAL (80)
MeasurementError.cor (82)
MEDIPS (148)
MEDME (80)
MEIGOR (100)
mergemaid (0)
MergeMaid (127)
Mergeomics (83)
MeSHDbi (175)
meshes (92)
meshr (119)
MeSHSim (24)
messina (78)
metaArray (113)
metaarray (0)
Metab (96)
metabomxtr (90)
MetaboSignal (83)
metaCCA (84)
MetaCyto (59)
metagene (110)
metagenomeFeatures (86)
metagenomeSeq (552)
MetaGxOvarian (8)
metahdep (78)
metaMS (109)
MetaNeighbor (22)
metaR (0)
metaSeq (93)
metaseqR (108)
metavizr (81)
metaX (8)
MetCirc (80)
methimpute (54)
methInheritSim (60)
MethPed (71)
MethTargetedNGS (75)
methVisual (88)
methyAnalysis (166)
MethylAid (95)
methylGSA (2)
methylInheritance (72)
methylKit (391)
MethylMix (114)
methylMnM (79)
methylPipe (119)
MethylSeekR (99)
methylumi (1023)
methyvim (57)
MetID (2)
MetNet (1)
mfa (66)
Mfuzz (288)
mfuzz (0)
MGFM (80)
MGFR (77)
mgsa (106)
MiChip (80)
microbiome (239)
microRNA (164)
MIGSA (78)
mimager (68)
MIMOSA (86)
MineICA (91)
minet (731)
minfi (1611)
MinimumDistance (81)
MiPP (85)
MIRA (59)
MiRaGE (85)
miRBaseConverter (65)
miRcomp (75)
mirIntegrator (83)
miRLAB (96)
miRmine (51)
miRNAmeConverter (84)
miRNApath (99)
miRNAtap (134)
miRSM (0)
miRsponge (57)
Mirsynergy (85)
missMethyl (521)
missRows (18)
mitoODE (75)
MLInterfaces (354)
mlm4omics (2)
MLP (100)
MLSeq (124)
MMDiff (8)
MMDiff2 (77)
mmgmos (0)
mmnet (25)
MmPalateMiRNA (83)
MODA (82)
mogsa (89)
monocle (1046)
MoonlightR (85)
MoPS (78)
mosaics (145)
motifbreakR (101)
motifcounter (71)
MotifDb (316)
motifmatchr (102)
motifRG (119)
motifStack (440)
MotIV (402)
MPFE (74)
mpra (60)
mQTL.NMR (91)
msa (730)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (68)
MSGFgui (148)
MSGFplus (193)
msmsEDA (172)
msmsTests (167)
MSnbase (1252)
MSnID (186)
msPurity (81)
msQC (0)
MSstats (275)
MSstatsQC (61)
MSstatsQCgui (18)
mtbls2 (0)
Mulcom (129)
MultiAssayExperiment (536)
multiClust (127)
MultiDataSet (103)
multiHiCcompare (1)
MultiMed (77)
multiMiR (89)
multiOmicsViz (70)
multiscan (80)
multtest (5415)
muscle (177)
MutationalPatterns (170)
MVCClass (85)
mvGST (63)
MWASTools (92)
mygene (356)
myvariant (103)
mzID (1079)
mzR (1299)

N

NADfinder (68)
NanoStringDiff (118)
NanoStringQCPro (116)
NarrowPeaks (84)
NBSplice (2)
ncdfFlow (476)
NCIgraph (91)
ndexr (63)
neaGUI (13)
nem (146)
netbenchmark (90)
netbiov (110)
NetCRG (0)
nethet (84)
NetPathMiner (106)
netprioR (71)
netReg (70)
netresponse (90)
NetSAM (82)
netSmooth (22)
networkBMA (90)
NGScopy (80)
nnNorm (87)
NOISeq (521)
nondetects (91)
normalize450K (72)
NormalyzerDE (0)
NormqPCR (274)
normr (79)
npGSEA (91)
NTW (79)
nucleoSim (79)
nucleR (99)
nucler (0)
nuCpos (1)
nudge (79)
NuPoP (85)

O

occugene (77)
OCplus (138)
odseq (73)
OGSA (76)
oligo (1526)
oligoClasses (1603)
OLIN (90)
OLINgui (84)
OmaDB (14)
omicade4 (108)
omiccircos (0)
OmicCircos (268)
omicplotR (20)
omicRexposome (40)
OmicsMarkeR (100)
omicsPrint (22)
Onassis (47)
oncomix (52)
OncoScore (91)
OncoSimulR (94)
oneChannelGUI (66)
oneSENSE (51)
onlineFDR (2)
ontoCAT (79)
ontoProc (53)
ontoTools (1)
openCyto (231)
openPrimeR (67)
openPrimeRui (51)
OperaMate (52)
oposSOM (101)
oppar (71)
OPWeight (64)
OrderedList (247)
ORFik (22)
Organism.dplyr (168)
OrganismDbi (2168)
OSAT (95)
Oscope (88)
OTUbase (86)
OutlierD (100)
OUTRIDER (2)

P

PAA (100)
PADOG (190)
paircompviz (85)
pairseqsim (1)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (99)
panelcn.mops (59)
PAnnBuilder (95)
panp (102)
PANR (83)
PanVizGenerator (81)
PAPi (92)
parglms (74)
parody (152)
Path2PPI (90)
pathifier (231)
PathNet (99)
PathoStat (97)
pathprint (67)
pathRender (86)
pathVar (77)
pathview (2055)
PathwaySplice (57)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (135)
Pbase (97)
pbcmc (79)
pcaExplorer (249)
pcaGoPromoter (135)
pcaMethods (2391)
PCAN (74)
pcot2 (122)
PCpheno (80)
pcxn (54)
pdInfoBuilder (165)
pdmclass (49)
PECA (90)
pepStat (85)
pepXMLTab (86)
perturbatr (20)
PGA (89)
pgca (65)
PGSEA (213)
pgUtils (1)
phantasus (19)
PharmacoGx (137)
phenoDist (78)
phenopath (66)
phenoTest (121)
PhenStat (84)
philr (94)
phosphonormalizer (68)
phyloseq (2249)
Pi (83)
piano (336)
pickgene (84)
PICS (138)
Pigengene (83)
PING (83)
pint (87)
pkgDepTools (107)
plateCore (90)
plethy (77)
plgem (96)
plier (214)
plotGrouper (0)
PLPE (86)
plrs (78)
plw (80)
plyranges (38)
pmm (72)
podkat (82)
pogos (22)
polyester (152)
Polyfit (80)
POST (64)
PowerExplorer (23)
powerTCR (20)
PPInfer (80)
ppiStats (92)
pqsfinder (85)
prada (251)
prebs (80)
PREDA (90)
predictionet (52)
preprocessCore (7957)
Prize (76)
proBAMr (90)
PROcess (170)
procoil (86)
ProCoNA (78)
proFIA (82)
profileScoreDist (69)
progeny (64)
pRoloc (241)
pRolocGUI (97)
PROMISE (83)
PROPER (100)
PROPS (52)
Prostar (113)
prot2D (84)
proteinProfiles (78)
ProteomicsAnnotationHubData (83)
proteoQC (94)
ProtGenerics (3896)
PSEA (80)
psichomics (97)
PSICQUIC (106)
psygenet2r (91)
puma (140)
PureCN (139)
pvac (86)
pvca (148)
Pviz (95)
PWMEnrich (142)
pwOmics (84)
pxr (0)

Q

qcmetrics (89)
QDNAseq (176)
qpcrNorm (95)
qpgraph (202)
qPLEXanalyzer (3)
qrqc (161)
qsea (77)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (92)
quantro (115)
quantsmooth (348)
QuartPAC (80)
QuasR (290)
QuaternaryProd (76)
QUBIC (117)
qusage (191)
qvalue (4712)

R

R3CPET (76)
r3Cseq (133)
R453Plus1Toolbox (87)
R4RNA (82)
RaggedExperiment (380)
rain (100)
rama (89)
ramigo (0)
RamiGO (115)
ramwas (75)
RandomWalkRestartMH (20)
randPack (83)
RankProd (385)
RareVariantVis (79)
Rariant (85)
RbcBook1 (96)
RBGL (5476)
RBioinf (88)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (154)
RBM (74)
Rbowtie (294)
Rbowtie2 (128)
rbsurv (109)
Rcade (97)
RCAS (83)
RCASPAR (78)
rcellminer (98)
rCGH (102)
Rchemcpp (92)
RchyOptimyx (94)
RcisTarget (71)
RConferoMapping (0)
Rcpi (130)
RCy3 (238)
RCyjs (85)
RCytoscape (211)
RDAVIDWebService (376)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (87)
Rdisop (267)
RDRToolbox (181)
ReactomePA (748)
readat (97)
ReadqPCR (284)
reb (77)
REBET (1)
recount (263)
recoup (76)
RedeR (171)
REDseq (123)
RefNet (78)
RefPlus (86)
regioneR (821)
regionReport (159)
regsplice (76)
REMP (89)
Repitools (252)
ReportingTools (850)
reposTools (0)
ReQON (79)
Resourcerer (1)
restfulSE (69)
rexposome (54)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (85)
rGADEM (472)
RGalaxy (90)
Rgin (18)
RGMQL (24)
RGraph2js (72)
Rgraphviz (5331)
rGREAT (132)
RGSEA (113)
rgsepd (79)
rhdf5 (5698)
rhdf5client (75)
Rhdf5lib (2343)
Rhtslib (627)
rHVDM (76)
RiboProfiling (109)
riboSeq (0)
riboSeqR (100)
RImmPort (81)
Ringo (295)
Rintact (0)
RIPSeeker (146)
Risa (95)
RITAN (70)
RIVER (77)
RJMCMCNucleosomes (74)
RLMM (81)
RMAGEML (1)
Rmagpie (84)
RMAPPER (1)
RMassBank (109)
rMAT (74)
RmiR (80)
rmir (0)
Rmmquant (3)
RNAdecay (17)
RNAinteract (80)
RNAither (86)
rnaither (0)
RNAprobR (78)
rnaseqcomp (81)
RnaSeqGeneEdgeRQL (80)
rnaSeqMap (87)
RNASeqPower (161)
RnaSeqSampleSize (109)
RnBeads (248)
Rnits (83)
roar (99)
ROC (787)
Roleswitch (105)
Rolexa (7)
rols (226)
roma (4)
ROntoTools (104)
ropls (333)
ROTS (154)
RPA (121)
RProtoBufLib (339)
RpsiXML (105)
rpx (298)
Rqc (123)
rqt (71)
rqubic (126)
rRDP (78)
Rredland (0)
RRHO (102)
Rsamtools (10227)
rsbml (133)
RSeqAn (16)
rSFFreader (53)
RSNPper (0)
Rsubread (1759)
RSVSim (90)
rTANDEM (189)
RTCA (90)
RTCGA (412)
RTCGAToolbox (463)
RTN (132)
RTNduals (75)
RTNsurvival (58)
RTools4TB (1)
RTopper (84)
rtracklayer (10351)
Rtreemix (86)
rTRM (92)
rTRMui (81)
runibic (64)
Ruuid (1)
RUVcorr (90)
RUVnormalize (101)
RUVSeq (579)
RVS (53)
RWebServices (4)
rWikiPathways (23)

S

S4Vectors (22517)
safe (347)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (81)
SAGx (156)
samExploreR (58)
sampleClassifier (72)
SamSPECTRAL (125)
sangerseqR (247)
SANTA (89)
sapFinder (77)
saps (5)
savR (100)
sbgr (4)
SBMLR (100)
SC3 (493)
Scale4C (51)
SCAN.UPC (224)
scater (1505)
SCBN (1)
scDD (128)
scde (372)
scFeatureFilter (21)
scfind (79)
ScISI (94)
scmap (115)
scmeth (19)
SCnorm (131)
scone (159)
Sconify (20)
scoreInvHap (54)
scPipe (76)
scran (981)
scruff (1)
scsR (75)
SDAMS (18)
segmentSeq (129)
SELEX (81)
SemDist (78)
semisup (71)
SemSim (1)
SEPA (76)
SEPIRA (17)
seq2pathway (87)
SeqArray (225)
seqbias (94)
seqCAT (50)
seqCNA (90)
seqcombo (59)
SeqGSEA (184)
seqLogo (978)
Seqnames (0)
seqPattern (298)
seqplots (153)
seqsetvis (19)
SeqSQC (52)
seqTools (106)
SeqVarTools (175)
sesame (4)
sevenbridges (108)
sevenC (17)
SGSeq (145)
shinyMethyl (150)
shinyTANDEM (87)
ShortRead (4235)
shortread (0)
SIAMCAT (20)
SICtools (46)
sidap (0)
sigaR (97)
SigCheck (81)
sigFeature (4)
SigFuge (77)
siggenes (1683)
sights (74)
signeR (107)
signet (27)
sigPathway (151)
sigsquared (74)
SIM (83)
SIMAT (86)
SimBindProfiles (76)
similaRpeak (82)
SIMLR (188)
simpleaffy (783)
simulatorAPMS (1)
simulatorZ (80)
sincell (109)
SingleCellExperiment (1143)
singleCellTK (27)
singscore (20)
SISPA (74)
sizepower (98)
SJava (4)
skewr (71)
slalom (64)
SLGI (81)
slingshot (12)
slinky (2)
SLqPCR (99)
SMAP (76)
SMITE (86)
SNAData (0)
SNAGEE (81)
snapCGH (101)
snm (157)
snpAssoc (0)
SNPchip (243)
SNPediaR (89)
SNPhood (83)
snpMatrix (5)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (723)
snpStats (996)
soGGi (88)
SomatiCA (11)
SomaticSignatures (234)
SpacePAC (83)
spade (26)
sparseDOSSA (68)
SparseSignatures (21)
specL (89)
SpeCond (122)
SPEM (89)
SPIA (482)
SpidermiR (116)
spikeLI (75)
spkTools (84)
splatter (182)
splicegear (81)
spliceR (145)
spliceSites (82)
SplicingGraphs (131)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (80)
SPLINTER (73)
splots (216)
SPONGE (53)
spotSegmentation (89)
SQUADD (80)
SRAdb (539)
sRAP (81)
SRGnet (68)
srnadiff (21)
sscore (85)
sscu (74)
sSeq (121)
ssize (115)
SSPA (242)
ssviz (81)
stageR (61)
stam (1)
STAN (90)
staRank (78)
StarBioTrek (77)
Starr (87)
STATegRa (91)
statTarget (120)
stepNorm (85)
stepwiseCM (25)
strandCheckR (1)
Streamer (82)
STRINGdb (424)
STROMA4 (70)
subSeq (96)
SummarizedBenchmark (21)
SummarizedExperiment (13944)
supraHex (403)
survcomp (489)
Sushi (262)
sva (3202)
SVAPLSseq (71)
SVM2CRM (73)
SWATH2stats (106)
SwathXtend (72)
swfdr (66)
SwimR (74)
switchBox (91)
switchde (80)
synapter (161)
synergyfinder (116)
synlet (72)
systemPipeR (707)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (91)
TargetSearch (85)
targetsearch (0)
TarSeqQC (89)
TCC (202)
TCGAbiolinks (1143)
TCGAbiolinksGUI (173)
TCGAutils (34)
TCseq (90)
TDARACNE (87)
tdaracne (0)
tenXplore (49)
TEQC (113)
ternarynet (74)
TFARM (52)
TFBSTools (396)
TFEA.ChIP (23)
TFHAZ (51)
TFutils (26)
tiger (0)
tigre (89)
tilingArray (122)
timecourse (122)
TimerQuant (0)
timescape (74)
TIN (74)
TissueEnrich (22)
TitanCNA (116)
tkWidgets (561)
TMixClust (65)
TnT (58)
tofsims (80)
ToPASeq (66)
topdownr (53)
topGO (2260)
topicmodels (0)
TPP (101)
tracktables (86)
trackViewer (204)
transcriptogramer (54)
transcriptR (78)
tRanslatome (80)
TransView (84)
traseR (80)
treeio (998)
trena (46)
TReNA (29)
Trendy (25)
triform (74)
trigger (78)
trio (105)
triplex (86)
tRNAscanImport (18)
TRONCO (118)
TSCAN (190)
tspair (96)
TSRchitect (80)
TSSi (81)
TTMap (19)
TurboNorm (80)
TVTB (73)
tweeDEseq (110)
twilight (244)
twoddpcr (74)
tximeta (0)
tximport (2176)
TxRegInfra (16)
TypeInfo (78)

U

Ularcirc (3)
UNDO (79)
unifiedWMWqPCR (77)
UniProt.ws (248)
Uniquorn (71)
uSORT (72)

V

VanillaICE (115)
variancePartition (138)
VariantAnnotation (4904)
VariantFiltering (124)
VariantTools (126)
vbmp (132)
Vega (78)
VegaMC (77)
vidger (25)
viper (166)
virtualArray (11)
vsn (2795)
vtpnet (73)
vulcan (52)

W

wateRmelon (534)
wavClusteR (86)
waveTiling (81)
weaver (111)
webbioc (88)
widgetInvoke (0)
widgetTools (575)
wiggleplotr (79)

X

XBSeq (91)
xcms (984)
XDE (78)
XINA (0)
xmapbridge (79)
xmapcore (1)
xps (89)
XVector (15595)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (84)
YAPSA (87)
yaqcaffy (109)
yarn (85)

Z

zFPKM (66)
zinbwave (199)
zlibbioc (17606)