Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-11-26 10:25:16 -0800 (Wed, 26 Nov 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (143561)
2BiocGenerics (109167)
3Biobase (101816)
4IRanges (101601)
5AnnotationDbi (89244)
6zlibbioc (66916)
7limma (65411)
8Biostrings (59488)
9GenomicRanges (57747)
10annotate (53008)
11XVector (51449)
12GenomeInfoDb (47528)
13genefilter (46905)
14Rsamtools (46271)
15biomaRt (44025)
16rtracklayer (41887)
17graph (41390)
18affy (39935)
19GenomicFeatures (39327)
20preprocessCore (38755)
21BSgenome (37529)
22affyio (35167)
23geneplotter (30487)
24edgeR (29740)
25multtest (28087)
26RBGL (25573)
27GenomicAlignments (24788)
28BiocParallel (24602)
29DESeq (23816)
30GEOquery (23582)
31Rgraphviz (23107)
32impute (22392)
33biovizBase (21176)
34DESeq2 (21031)
35VariantAnnotation (19192)
36gcrma (17642)
37ShortRead (16835)
38qvalue (15955)
39flowCore (15943)
40mzR (15548)
41Gviz (15335)
42vsn (15157)
43xcms (15001)
44rhdf5 (14728)
45GSEABase (14627)
46AnnotationForge (14376)
47cummeRbund (14043)
48S4Vectors (13977)
49affyPLM (13546)
50Category (13479)
51GOstats (12638)
52siggenes (12222)
53ggbio (11776)
54simpleaffy (11772)
55marray (10865)
56affxparser (10694)
57oligoClasses (10677)
58DNAcopy (10604)
59illuminaio (10542)
60oligo (10034)
61minfi (9718)
62annaffy (9606)
63lumi (9077)
64topGO (8866)
65methylumi (8455)
66bumphunter (8387)
67EBImage (8347)
68DynDoc (8263)
69DEXSeq (7613)
70sva (7607)
71KEGGREST (7305)
72KEGGgraph (6998)
73tkWidgets (6914)
74widgetTools (6894)
75pcaMethods (6872)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201428437690288
All months2839778972972

A

a4 (2431)
a4Base (2550)
a4Classif (2400)
a4Core (2551)
a4Preproc (2562)
a4Reporting (2377)
ABarray (2312)
ABSSeq (1271)
aCGH (3121)
ACME (2288)
ADaCGH2 (2181)
adSplit (2162)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10694)
affy (39935)
affycomp (3240)
AffyCompatible (2429)
affyContam (2209)
affycoretools (5571)
affydata (2)
AffyExpress (2420)
affyILM (2133)
affyio (35167)
affylmGUI (3389)
affyPara (2144)
affypdnn (2541)
affyPLM (13546)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6289)
AffyRNADegradation (2122)
AffyTiling (2282)
AGDEX (2050)
Agi4x44PreProcess (1389)
agilp (2454)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2645)
AIMS (6)
ALDEx2 (220)
AllelicImbalance (1837)
alsace (1195)
altcdfenvs (2215)
ampliQueso (1758)
annaffy (9606)
AnnBuilder (31)
annmap (1019)
annotate (53008)
annotation (260)
AnnotationDbi (89244)
AnnotationForge (14376)
AnnotationFuncs (2247)
AnnotationHub (3225)
annotationTools (2864)
anota (2174)
antiProfiles (1978)
apcluster (1)
apComplex (2276)
aroma.light (5366)
ArrayExpress (4746)
ArrayExpressHTS (1243)
arrayMagic (15)
arrayMvout (2074)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2786)
arrayQualityMetrics (5362)
arrays (432)
ArrayTools (2541)
ArrayTV (1824)
ARRmNormalization (1849)
ASEB (1941)
ASGSCA (206)
asmn (1230)
ASSET (1694)
ASSIGN (1172)
AtlasRDF (1225)
attract (2036)

B

BAC (1978)
BADER (1903)
BAGS (1698)
ballgown (346)
BaseSpaceR (1862)
Basic4Cseq (1328)
BayesPeak (3034)
baySeq (4485)
bcellViper (3)
BCRANK (2313)
beadarray (6826)
beadarraySNP (2234)
BeadDataPackR (6199)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1182)
betr (2153)
bgafun (2074)
BGmix (1113)
bgx (2038)
BHC (2503)
BicARE (2054)
BiGGR (1786)
bigmemoryExtras (1173)
bioassayR (1995)
Biobase (101816)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2088)
BiocCheck (1633)
biocDatasets (36)
BiocGenerics (109167)
biocGraph (2217)
BiocInstaller (143561)
biocinstaller (3)
BiocParallel (24602)
BiocStyle (4123)
biocViews (2949)
bioDist (4689)
biomaRt (44025)
BioMVCClass (2252)
biomvRCNS (1751)
BioNet (3356)
BioSeqClass (2123)
Biostrings (59488)
biostrings (1)
biosvd (1202)
biovizbase (1)
biovizBase (21176)
BiRewire (1767)
birta (1971)
BiSeq (2339)
BitSeq (2542)
blima (292)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2253)
BrainStars (1977)
bridge (2017)
BridgeDbR (200)
BSgenome (37529)
bsseq (2603)
BufferedMatrix (2007)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1956)
bumphunter (8387)
BUS (1873)

C

CAFE (1167)
CAGEr (1995)
CALIB (1884)
CAMERA (3441)
cancerclass (1860)
CancerMutationAnalysis (1954)
casper (1825)
Category (13479)
categoryCompare (1882)
ccrepe (1178)
cellGrowth (1841)
cellhts (1)
cellHTS (1956)
cellHTS2 (2836)
CellNOptR (2251)
CexoR (1658)
CFAssay (197)
CGEN (1973)
CGHbase (2520)
CGHcall (2381)
cghcall (1)
cghMCR (1977)
CGHnormaliter (1865)
CGHregions (1938)
ChAMP (2834)
charm (2159)
ChemmineOB (2333)
ChemmineR (3567)
chemminer (3)
chimera (2745)
chipenrich (1638)
ChIPpeakAnno (5033)
ChIPQC (1344)
ChIPseeker (1612)
chipseq (4064)
ChIPseqR (2074)
ChIPsim (2026)
ChIPXpress (984)
chopsticks (2150)
chroGPS (1792)
ChromHeatMap (1967)
ChromoViz (1)
cisPath (1773)
ClassifyR (214)
cleanUpdTSeq (1577)
cleaver (1946)
clippda (1813)
clipper (1953)
Clomial (1104)
Clonality (1832)
clonotypeR (1545)
clst (1781)
clstutils (1741)
clusterProfiler (3486)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2079)
CMA (2554)
cn.farms (1812)
cn.mops (3161)
cnanorm (1)
CNAnorm (1922)
CNEr (1305)
CNORdt (1738)
CNORfeeder (1670)
CNORfuzzy (1765)
CNORode (1798)
CNTools (2159)
cnvGSA (1773)
CNVrd2 (1603)
CNVtools (2020)
cnvtools (1)
cobindR (1571)
CoCiteStats (1955)
codelink (1913)
CoGAPS (618)
coGPS (1704)
COHCAP (1276)
COHCAPanno (3)
COMPASS (1127)
compcodeR (1284)
compEpiTools (229)
CompGO (1131)
ConsensusClusterPlus (3028)
convert (3121)
copa (2008)
COPDSexualDimorphism (1061)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2021)
CopyNumber450k (1121)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (196)
Cormotif (1717)
CorMut (1773)
coRNAi (1762)
CORREP (1828)
cosmiq (247)
cosmo (161)
cosmoGUI (197)
COSNet (187)
CoverageView (709)
cqn (2501)
CRImage (2069)
CRISPRseek (1325)
crlmm (3449)
CSAR (2232)
csaw (225)
CSSP (1564)
ctc (4459)
cummeRbund (14043)
cummerbund (1)
customProDB (1688)
cycle (1935)

D

dagLogo (1523)
dama (2)
daMA (1763)
DART (1752)
DASiR (1817)
DAVIDQuery (2410)
DBChIP (1927)
ddCt (2321)
ddgraph (1832)
DECIPHER (2010)
DeconRNASeq (1772)
DEDS (1838)
deepSNV (1962)
DEGraph (2065)
DEGreport (247)
DEGseq (3879)
degseq (1)
deltaGseg (1594)
derfinder (247)
derfinderData (4)
derfinderHelper (244)
derfinderPlot (214)
DESeq (23816)
DESeq2 (21031)
DEXSeq (7613)
dexus (1763)
DFP (1754)
DiffBind (3961)
diffGeneAnalysis (1965)
DirichletMultinomial (2094)
dks (1703)
DMRcate (1228)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1096)
DNAcopy (10604)
DNaseR (1639)
domainsignatures (1904)
DOQTL (279)
DOSE (3806)
DriverNet (1738)
DrugVsDisease (1758)
DSS (2102)
DTA (1731)
dualKS (1362)
DupChecker (235)
dyebias (1772)
DynDoc (8263)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1929)
easyRNASeq (4645)
EBarrays (2495)
EBcoexpress (1879)
EBImage (8347)
EBSeq (3449)
EBSeqHMM (189)
ecolitk (1867)
EDASeq (3130)
edd (55)
EDDA (1156)
edger (1)
edgeR (29740)
eiR (995)
eisa (2220)
ELBOW (1097)
EnrichmentBrowser (201)
ensemblVEP (2436)
ENVISIONQuery (1778)
epigenomix (1701)
epivizr (1787)
eQTL (30)
erccdashboard (209)
ExiMiR (1860)
exomeCopy (2414)
exomePeak (1641)
exonfindR (198)
exonmap (114)
explorase (1414)
ExpressionView (1822)
expressionview (1)
externalVector (314)

F

fabia (2313)
facopy (186)
facopy.annot (5)
factDesign (2054)
farms (1973)
fastLiquidAssociation (1009)
fastseg (1811)
fbat (33)
fdrame (1865)
FEM (195)
ffpe (1741)
FGNet (1778)
flagme (1865)
flipflop (1550)
flowBeads (1534)
flowBin (1123)
flowcatchR (193)
flowCHIC (189)
flowCL (1090)
flowClean (247)
flowClust (2938)
flowCore (15943)
flowCyBar (1080)
flowDensity (281)
flowFit (1542)
flowFlowJo (1943)
flowFP (2052)
flowMap (1589)
flowMatch (1127)
flowMeans (2297)
flowMerge (2113)
flowPeaks (1864)
flowPhyto (1740)
flowPlots (1849)
flowq (1)
flowQ (1445)
flowQB (1687)
flowStats (3981)
flowTrans (1953)
flowType (2009)
flowUtils (2179)
flowViz (5869)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4975)
fmcsR (2333)
focalCall (183)
fOptions (1)
FourCSeq (201)
FRGEpistasis (1060)
frma (2826)
frmaTools (2001)
FunciSNP (1972)

G

gaga (1953)
gage (4588)
gaggle (1788)
gaia (1742)
gaucho (1069)
gCMAP (1823)
gCMAPWeb (1648)
gcrma (17642)
geecc (181)
genArise (1747)
GENE.E (1985)
gene2pathway (240)
GeneAnswers (3926)
GeneExpressionSignature (1845)
genefilter (46905)
genefu (2389)
GeneGA (1078)
GeneGroupAnalysis (279)
GeneMeta (2297)
GeneNetworkBuilder (1814)
GeneOverlap (1180)
geneplotter (30487)
GeneR (75)
geneRecommender (2035)
GeneRegionScan (1760)
generegulation (93)
GeneRfold (39)
geneRxCluster (1108)
GeneSelectMMD (1788)
GeneSelector (2120)
GeneSpring (31)
geNetClassifier (1700)
GeneticsBase (28)
GeneticsDesign (1853)
GeneticsPed (2044)
GeneTraffic (66)
GeneTS (5)
genoCN (1786)
genomation (6)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3890)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (47528)
genomeIntervals (4681)
genomes (2050)
GenomicAlignments (24788)
GenomicFeatures (39327)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1282)
GenomicInteractions (190)
GenomicRanges (57747)
GenomicTuples (208)
Genominator (2292)
genoset (2683)
GenoView (184)
GEOmetadb (2878)
GEOquery (23582)
geoquery (1)
GEOsubmission (1778)
GEWIST (1674)
gff3Plotter (4)
GGBase (3395)
ggbio (11776)
GGtools (2596)
girafe (2099)
GLAD (2635)
GlobalAncova (2230)
globaltest (4327)
gmapR (1127)
GOexpress (233)
gofunction (1)
GOFunction (2090)
goProfiles (2352)
goprofiles (2)
GOSemSim (4724)
gosemsim (1)
goseq (4930)
GOSim (2166)
gostats (1)
GOstats (12638)
GOsummaries (246)
GOTHiC (1142)
goTools (2475)
gpls (2620)
gprege (1673)
graph (41390)
GraphAlignment (1812)
GraphAT (1780)
graphite (3065)
GraphPAC (1613)
GRENITS (1884)
groHMM (197)
GSAR (261)
GSBenchMark (4)
GSCA (1080)
gseabase (1)
GSEABase (14627)
GSEAlm (2386)
GSReg (199)
GSRI (1793)
GSVA (2627)
Gviz (15335)
gwascat (2082)
GWASTools (3155)

H

h5vc (1733)
hapFabia (1727)
Harshlight (1818)
HCsnip (1613)
HDTD (239)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6635)
HELP (1776)
HEM (1741)
hexbin (206)
hiAnnotator (259)
highthroughputassays (28)
HilbertVis (3114)
HilbertVisGUI (1589)
hiReadsProcessor (186)
HiTC (1882)
HMMcopy (1947)
hopach (3104)
hpar (1883)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2920)
HTSanalyzeR (2246)
HTSeqGenie (451)
htseqtools (2)
htSeqTools (2071)
HTSFilter (1947)
HybridMTest (1691)
hyperdraw (1978)
hypergraph (2531)

I

iASeq (1918)
iBBiG (1731)
ibh (1661)
iBMQ (1597)
Icens (3461)
iChip (1740)
iClusterPlus (4384)
IdeoViz (186)
idiogram (1835)
IdMappingAnalysis (1661)
IdMappingRetrieval (1696)
iFlow (269)
illuminaio (10542)
imageHTS (1892)
IMPCdata (171)
impute (22392)
INPower (1035)
inSilicoDb (2542)
inSilicoMerging (2372)
intansv (1632)
interactiveDisplay (2613)
interactiveDisplayBase (557)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (24)
inveRsion (1677)
inversion (1)
iontree (1688)
iPAC (1746)
IPPD (1888)
IRanges (101601)
iranges (1)
iSeq (1756)
isobar (2102)
IsoGeneGUI (1772)
iSPlot (2)
ITALICS (1734)
iterativeBMA (1748)
iterativeBMAsurv (1757)

J

jmosaics (1616)
joda (1706)

K

KCsmart (1764)
kebabs (207)
KEGGgraph (6998)
keggorth (17)
keggorthology (2022)
KEGGprofile (2197)
KEGGREST (7305)
KEGGSOAP (560)

L

lapmix (1872)
LBE (2035)
les (1792)
limma (65411)
limmaGUI (3092)
LiquidAssociation (1763)
liquidassociation (1)
lmdme (1709)
LMGene (2047)
logicFS (2326)
logitt (1)
logitT (1792)
lol (1736)
LPE (2186)
LPEadj (1718)
lpNet (1670)
lumi (9077)
LVSmiRNA (1857)

M

M3D (203)
maanova (2537)
macat (1758)
maCorrPlot (1718)
maDB (494)
madb (1)
made4 (4231)
maigesPack (1747)
MAIT (214)
makecdfenv (3438)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1741)
manta (1732)
MantelCorr (1748)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1513)
marray (10865)
maSigPro (2720)
maskBAD (1668)
MassArray (1855)
massiR (1069)
MassSpecWavelet (3279)
matchBox (1689)
matchprobes (118)
MBAmethyl (175)
MBASED (202)
MBCB (1779)
mBPCR (1718)
mcaGUI (1773)
MCRestimate (1964)
mdqc (1952)
MeasurementError.cor (1659)
MEDIPS (2558)
MEDME (1756)
MEIGOR (199)
MergeMaid (2438)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1229)
meshr (1102)
messina (1054)
metaArray (2379)
Metab (194)
metabomxtr (183)
metagene (194)
metagenomeSeq (2504)
metahdep (1695)
metaMS (1165)
metaMSdata (3)
metaSeq (1562)
metaseqR (1104)
methVisual (1839)
methyAnalysis (2479)
MethylAid (253)
MethylMix (184)
methylMnM (1572)
methylPipe (278)
MethylSeekR (1815)
methylumi (8455)
Mfuzz (3727)
mfuzz (1)
MGFM (185)
mgsa (1938)
MiChip (1687)
microRNA (2546)
MIMOSA (1087)
MineICA (1648)
minet (4119)
minfi (9718)
MinimumDistance (1675)
MiPP (1756)
MiRaGE (1709)
miRNApath (2031)
miRNAtap (199)
Mirsynergy (1103)
missMethyl (238)
mitoODE (1418)
MLInterfaces (3109)
MLP (1797)
MLSeq (1170)
MMDiff (1711)
mmnet (1179)
MmPalateMiRNA (1806)
monocle (404)
MoPS (224)
mosaics (2108)
MotifDb (3059)
motifRG (1801)
motifStack (2850)
MotIV (3101)
MPFE (170)
mQTL.NMR (194)
MSGFgui (200)
MSGFplus (202)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1537)
msmsTests (1492)
MSnbase (3564)
MSnID (199)
msQC (55)
MSstats (1922)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1807)
MultiMed (192)
multiscan (1701)
multtest (28087)
MVCClass (1847)
mvGST (184)
mygene (220)
mzID (2244)
mzR (15548)

N

NarrowPeaks (1749)
ncdfFlow (4339)
NCIgraph (2121)
neaGUI (1596)
nem (1853)
netbiov (214)
NetPathMiner (1123)
netresponse (1725)
NetSAM (1608)
networkBMA (1686)
NGScopy (175)
NGScopyData (4)
nnNorm (1714)
NOISeq (3385)
nondetects (1083)
NormqPCR (2143)
npGSEA (1106)
NTW (1679)
nucleR (1817)
nucler (1)
nudge (1669)
NuPoP (1744)

O

occugene (1782)
OCplus (1940)
oligo (10034)
oligoClasses (10677)
oligoclasses (1)
OLIN (1839)
OLINgui (1708)
omicade4 (1665)
OmicCircos (2161)
OncoSimulR (142)
oneChannelGUI (2588)
ontoCAT (1895)
ontoTools (44)
openCyto (1728)
oposSOM (254)
OrderedList (2656)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (4096)
OSAT (1668)
OTUbase (1848)
OutlierD (1819)

P

PAA (190)
PADOG (1698)
paircompviz (1504)
pairseqsim (7)
pamr (55)
PAnnBuilder (1882)
panp (1956)
PANR (1675)
PAPi (1648)
parody (2212)
pathifier (1525)
PathNet (1626)
pathRender (1874)
pathview (5506)
PatientGeneSets (72)
paxtoolsr (214)
Pbase (212)
pcaGoPromoter (2039)
pcaMethods (6872)
pcot2 (1707)
PCpheno (1714)
pdInfoBuilder (2601)
pdmclass (1791)
PECA (1184)
pepDat (4)
pepStat (182)
pepXMLTab (174)
PGSEA (2389)
pgUtils (609)
phenoDist (1604)
phenoTest (1845)
PhenStat (1120)
phyloseq (5057)
piano (2644)
pickgene (1708)
PICS (2453)
PING (1794)
pint (1755)
pkgDepTools (2046)
plateCore (1757)
plethy (1496)
plgem (1728)
plier (3133)
PLPE (1829)
plrs (1590)
plw (1695)
polyester (206)
Polyfit (203)
ppiStats (1827)
prada (3466)
prebs (1626)
PREDA (1729)
predictionet (998)
preprocessCore (38755)
proBAMr (135)
PROcess (2360)
procoil (1645)
ProCoNA (1518)
pRoloc (1708)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (234)
PROMISE (1729)
prot2D (1567)
proteinProfiles (1509)
proteoQC (217)
PSEA (181)
PSICQUIC (1718)
puma (2063)
pvac (1736)
pvca (1809)
Pviz (225)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2108)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1425)
QDNAseq (1212)
qpcrNorm (1866)
qpgraph (2846)
qrqc (2114)
QUALIFIER (1515)
quantro (186)
quantsmooth (3591)
QuasR (4006)
qusage (1527)
qvalue (15955)

R

r3Cseq (1790)
R453Plus1Toolbox (1810)
rain (192)
rama (1881)
RamiGO (2280)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1667)
RankProd (4272)
Rariant (1061)
RbcBook1 (1872)
RBGL (25573)
rbioinf (1)
RBioinf (1890)
rBiopaxParser (1842)
Rbowtie (3911)
rbsurv (1834)
Rcade (1655)
RCASPAR (1682)
Rchemcpp (1544)
RchyOptimyx (1810)
Rcpi (1757)
RCytoscape (4128)
RDAVIDWebService (2348)
Rdbi (48)
RdbiPgSQL (33)
Rdisop (2142)
RDRToolbox (2139)
ReactomePA (2694)
ReadqPCR (2201)
reb (1685)
RedeR (2362)
REDseq (1913)
RefNet (1060)
RefNet.db (3)
RefPlus (1760)
regionReport (188)
Repitools (3087)
ReportingTools (5648)
ReQON (1698)
Resourcerer (1599)
rflowcyt (32)
rfPred (1480)
rGADEM (3495)
RGalaxy (1784)
Rgraphviz (23107)
RGSEA (242)
rhdf5 (14728)
rHVDM (1685)
riboSeq (48)
riboSeqR (187)
ringo (1)
Ringo (3535)
Rintact (18)
RIPSeeker (1844)
Risa (1753)
RLMM (1703)
RMAGEML (10)
rmagpie (1)
Rmagpie (1706)
RMAPPER (1533)
RMassBank (1783)
rMAT (1093)
RmiR (2035)
RNAinteract (1722)
RNAither (1814)
rnaither (1)
rnaseqGene (2)
rnaSeqMap (1867)
RNASeqPower (1866)
Rnits (187)
roar (1115)
ROC (5359)
Roleswitch (1507)
Rolexa (1848)
rols (1944)
ROntoTools (1710)
RPA (1954)
RpsiXML (2001)
rpx (1272)
Rqc (199)
rqubic (1712)
rRDP (181)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1622)
rsamtools (3)
Rsamtools (46271)
rsbml (2227)
rSFFreader (984)
RSNPper (10)
Rsubread (3390)
RSVSim (1642)
rTANDEM (2024)
RTCA (1771)
RTN (1691)
RTools4TB (30)
RTopper (1721)
rtracklayer (41887)
Rtreemix (1726)
rTRM (1575)
rTRMui (1487)
Ruuid (64)
RUVnormalize (196)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (533)
RWebServices (390)
rxSeq (1)

S

S4Vectors (13977)
safe (2042)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1735)
SAGx (2129)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1839)
sangerseqR (1245)
SANTA (1559)
sapFinder (1093)
saps (3)
savR (1009)
SBMLR (1830)
SCAN.UPC (2103)
ScISI (1868)
scsR (1020)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1811)
SemDist (183)
SemSim (22)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1742)
seqbias (1891)
seqCNA (1544)
SeqGSEA (2421)
seqLogo (6195)
Seqnames (31)
seqplots (222)
seqTools (198)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (35)
SeqVarTools (1545)
SGSeq (183)
shinyMethyl (274)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1525)
ShortRead (16835)
sigaR (1739)
SigCheck (184)
SigFuge (1529)
siggenes (12222)
sigPathway (2327)
SIM (1763)
SimBindProfiles (1435)
simpleaffy (11772)
simulatorAPMS (45)
simulatorZ (178)
sizepower (2099)
SJava (485)
SLGI (1748)
slgi (1)
SLqPCR (2097)
SMAP (1702)
SNAGEE (1524)
snapCGH (2247)
snm (1981)
SNPchip (3410)
snpMatrix (287)
SNPRelate (380)
snpStats (5925)
SomatiCA (1648)
SomaticSignatures (1334)
SpacePAC (1454)
spade (2362)
specL (190)
SpeCond (1753)
SPEM (1519)
SPIA (3184)
spikeLI (1644)
spkTools (1649)
splicegear (1723)
spliceR (2084)
spliceSites (1490)
SplicingGraphs (1691)
splots (2861)
spotSegmentation (1849)
SQUADD (1610)
SRAdb (3903)
sRAP (1708)
sscore (1658)
sSeq (1511)
ssize (2108)
SSPA (1890)
ssviz (235)
stam (8)
STAN (199)
staRank (1609)
Starr (1877)
STATegRa (191)
stepNorm (1673)
stepwiseCM (1649)
Streamer (1876)
STRINGdb (1842)
StudentGWAS (5)
supraHex (1669)
survcomp (3774)
Sushi (1352)
sva (7607)
SwimR (1399)
switchBox (187)
synapter (1856)
systemPipeR (198)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1539)
TargetSearch (1808)
TCC (2112)
TDARACNE (1830)
TEQC (1890)
ternarynet (1610)
tfbstools (1)
TFBSTools (2002)
tigre (1797)
tilingArray (2479)
timecourse (2198)
TitanCNA (1127)
tkWidgets (6914)
ToPASeq (195)
topGO (8866)
tracktables (185)
trackViewer (1208)
tRanslatome (1615)
TransView (1702)
triform (1599)
trigger (1704)
trio (1729)
triplex (1636)
TSCAN (174)
tspair (1867)
TSSi (1716)
TurboNorm (1751)
tweeDEseq (2012)
twilight (2766)
typeinfo (1)
TypeInfo (1724)

U

UNDO (1045)
unifiedWMWqPCR (1058)
UniProt.ws (2172)

V

VanillaICE (2041)
VariantAnnotation (19192)
VariantFiltering (1270)
variants (160)
VariantTools (1014)
vbmp (2138)
Vega (1707)
VegaMC (1710)
viper (1079)
virtualArray (2204)
vsn (15157)
vtpnet (1506)

W

wateRmelon (3297)
wavClusteR (256)
waveTiling (1632)
weaver (2208)
webbioc (1788)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6894)

X

xcms (15001)
XDE (1724)
xmapbridge (1666)
xmapcore (236)
XML2R (2)
xps (2592)
XVector (51449)

Y

yaqcaffy (2027)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (66916)