Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-03-21 08:41:07 -0400 (Tue, 21 Mar 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (26673)
2BiocGenerics (19240)
3IRanges (17599)
4S4Vectors (17083)
5Biobase (16388)
6AnnotationDbi (15566)
7zlibbioc (13476)
8limma (11989)
9GenomeInfoDb (11735)
10XVector (11704)
11GenomicRanges (11566)
12Biostrings (11548)
13BiocParallel (10050)
14annotate (8707)
15SummarizedExperiment (8648)
16rtracklayer (8307)
17genefilter (7894)
18GenomicAlignments (7764)
19Rsamtools (7730)
20biomaRt (7638)
21graph (7353)
22GenomicFeatures (7105)
23edgeR (6134)
24preprocessCore (6011)
25DESeq2 (5555)
26geneplotter (5285)
27BSgenome (4893)
28affy (4812)
29affyio (4479)
30Rgraphviz (4329)
31RBGL (4205)
32VariantAnnotation (4100)
33multtest (3952)
34impute (3385)
35rhdf5 (3197)
36GEOquery (3151)
37qvalue (3097)
38DESeq (2957)
39biovizBase (2747)
40Gviz (2740)
41AnnotationHub (2652)
42GSEABase (2609)
43ShortRead (2435)
44interactiveDisplayBase (2396)
45ensembldb (2249)
46Category (1962)
47AnnotationForge (1914)
48GOstats (1842)
49KEGGREST (1837)
50DNAcopy (1821)
51topGO (1781)
52vsn (1779)
53sva (1734)
54gcrma (1661)
55minfi (1611)
56OrganismDbi (1602)
57illuminaio (1592)
58ggbio (1545)
59EBImage (1493)
60siggenes (1477)
61pcaMethods (1406)
62BiocStyle (1400)
63oligoClasses (1379)
64cummeRbund (1333)
65GOSemSim (1325)
66oligo (1312)
67bumphunter (1307)
68DOSE (1305)
69KEGGgraph (1284)
70affxparser (1278)
71phyloseq (1234)
72mzR (1200)
73affyPLM (1177)
74clusterProfiler (1173)
75marray (1142)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (158)
a4Base (184)
a4Classif (151)
a4Core (188)
a4Preproc (185)
a4Reporting (158)
ABAData (0)
ABAEnrichment (124)
ABAFuncData (0)
ABarray (153)
ABSSeq (149)
acde (109)
acepack (0)
aCGH (238)
ACME (155)
ADaCGH2 (139)
adSplit (135)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1278)
affy (4812)
affycomp (203)
AffyCompatible (147)
affyContam (141)
affycoretools (461)
affydata (1)
AffyExpress (152)
affyILM (133)
affyio (4479)
affylmGUI (228)
affyPara (141)
affypdnn (171)
affyPLM (1177)
affyQCReport (375)
AffyRNADegradation (135)
AffyTiling (84)
AGDEX (126)
Agi4x44PreProcess (25)
agilp (214)
AgiMicroRna (177)
AIMS (259)
ALDEx2 (145)
AllelicImbalance (145)
AllSorts (1)
alpine (41)
alpineData (1)
alsace (118)
altcdfenvs (158)
AMOUNTAIN (33)
amplican (1)
ampliQueso (113)
AnalysisPageServer (108)
anamiR (34)
Anaquin (34)
AneuFinder (85)
AneuFinderData (1)
annaffy (598)
AnnBuilder (8)
annmap (101)
annotate (8707)
annotation (18)
AnnotationDbi (15566)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1914)
AnnotationFuncs (170)
AnnotationHub (2652)
AnnotationHubData (129)
Annotations (0)
annotationTools (190)
annotatr (42)
annotatr.data (1)
anota (141)
antiProfiles (120)
apcluster (0)
apComplex (151)
applera (3)
aroma.light (1019)
ArrayExpress (462)
ArrayExpressHTS (73)
arrayMagic (4)
arraymvout (0)
arrayMvout (131)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (155)
arrayQualityMetrics (494)
arrays (36)
ArrayTools (192)
ArrayTV (122)
ARRmNormalization (123)
ASAFE (32)
ASEB (121)
ASGSCA (116)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (9)
ASpli (40)
ASSET (128)
ASSIGN (120)
AtlasRDF (118)
attract (128)

B

BaalChIP (30)
BAC (133)
bacon (88)
BADER (120)
BadRegionFinder (69)
BAGS (120)
ballgown (471)
bamsignals (179)
banocc (1)
base64enc (0)
BaseSpaceR (141)
Basic4Cseq (134)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (80)
BatchJobs (0)
BatchQC (117)
BayesKnockdown (31)
BayesPeak (190)
baySeq (461)
BBCAnalyzer (97)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (140)
beadarray (662)
beadarraySNP (148)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (620)
BeadExplorer (2)
BEAT (118)
BEclear (107)
betr (157)
bgafun (127)
BgeeDB (91)
BGmix (68)
bgx (137)
BHC (203)
BicARE (162)
BiGGR (121)
BigMatrix (0)
bigmelon (31)
bigmemoryExtras (67)
bim (2)
bioassayR (165)
Biobase (16388)
biobroom (130)
bioCancer (37)
BiocCaseStudies (136)
BiocCheck (291)
biocDatasets (7)
BiocGenerics (19240)
biocGraph (202)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (26673)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (10050)
BiocStyle (1400)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (444)
BiocWorkflowTools (32)
bioDist (345)
biodist (0)
biomaRt (7638)
BioMedR (1)
biomformat (682)
BioMVCClass (126)
biomvRCNS (120)
BioNet (281)
BioQC (69)
BioSeqClass (132)
biosigner (89)
biostrings (0)
Biostrings (11548)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (113)
biovizBase (2747)
BiRewire (176)
birta (125)
birte (117)
BiSeq (223)
bitops (0)
BitSeq (317)
blima (113)
blimaTestingData (0)
BPRMeth (28)
BRAIN (176)
BrainStars (125)
branchpointer (0)
brew (0)
bridge (132)
BridgeDbR (119)
BrowserViz (98)
BrowserVizDemo (78)
BSgenome (4893)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (462)
BubbleTree (122)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (143)
BufferedMatrixMethods (135)
BUMHMM (2)
bumphunter (1307)
BUS (118)
BuxcoR (0)

C

CAFE (106)
CAGEr (156)
CALIB (123)
CAMERA (379)
camera (0)
canceR (114)
cancerclass (116)
CancerInSilico (27)
CancerMutationAnalysis (128)
CancerSubtypes (33)
CAnD (104)
caOmicsV (99)
Cardinal (131)
casper (122)
Category (1962)
categoryCompare (114)
CausalR (108)
ccdata (1)
ccmap (33)
CCPROMISE (27)
ccrepe (125)
cellbaseR (1)
cellGrowth (122)
cellHTS (101)
cellHTS2 (227)
cellity (90)
CellMapper (35)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (156)
cellscape (1)
cellTree (85)
CexoR (118)
CFAssay (111)
CGEN (147)
CGHbase (258)
CGHcall (225)
cghMCR (260)
CGHnormaliter (128)
CGHregions (148)
cghregions (0)
ChAMP (335)
ChAMPdata (0)
charm (155)
checkmate (0)
ChemmineOB (213)
ChemmineR (400)
Chicago (91)
chimera (172)
chimeraviz (3)
ChIPComp (117)
chipenrich (132)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (2)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (691)
ChIPQC (221)
ChIPseeker (457)
ChipSeq (0)
chipseq (443)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (196)
ChIPsim (186)
ChIPXpress (92)
chopsticks (278)
chroGPS (110)
chromDraw (104)
ChromHeatMap (130)
ChromoViz (4)
chromPlot (82)
chromstaR (31)
chromstaRData (2)
CHRONOS (69)
CINdex (69)
cisPath (119)
ClassifyR (132)
cleanUpdTSeq (114)
cleaver (198)
clippda (122)
clipper (160)
Clomial (111)
Clonality (125)
clonotypeR (120)
clst (120)
clstutils (111)
clustComp (72)
clusterExperiment (37)
clusterProfiler (1173)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (2)
ClusterSignificance (71)
clusterStab (174)
CMA (196)
cn.farms (117)
cn.mops (221)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (145)
cnanorm (0)
CNEr (237)
CNORdt (120)
CNORfeeder (117)
CNORfuzzy (120)
CNORode (124)
CNPBayes (97)
CNTools (337)
cnvGSA (117)
CNVPanelizer (111)
CNVrd2 (120)
CNVtools (141)
cnvtools (0)
cobindR (110)
CoCiteStats (131)
codelink (134)
codetoolsBioC (0)
CODEX (145)
coexnet (0)
CoGAPS (113)
cogena (118)
coGPS (111)
COHCAP (141)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (140)
COMPASS (123)
compcodeR (127)
compEpiTools (130)
CompGO (138)
ComplexHeatmap (947)
CONFESS (59)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (729)
consensusSeekeR (78)
contiBAIT (67)
conumee (128)
convert (240)
copa (134)
COPDSexualDimorphism (6)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (250)
CopyNumber450k (89)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (145)
CoRegNet (122)
Cormotif (123)
CorMut (119)
coRNAi (106)
CORREP (127)
coseq (2)
cosmiq (109)
cosmo (13)
cosmoGUI (12)
COSNet (106)
CountClust (87)
covEB (31)
CoverageView (114)
covRNA (33)
cpvSNP (102)
cqn (195)
CRImage (159)
CRISPRseek (159)
crisprseekplus (28)
CrispRVariants (79)
crlmm (239)
crossmeta (35)
CSAR (200)
csaw (221)
CSSP (128)
ctc (344)
ctsGE (31)
cummeRbund (1333)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (152)
CVE (32)
cycle (126)
cytofkit (183)
CytoML (35)

D

dada2 (207)
dagLogo (104)
daMA (118)
DaMiRseq (0)
DAPAR (114)
DAPARdata (1)
DART (118)
DASC (0)
DASiR (75)
DAVIDQuery (62)
davidquery (0)
DBChIP (147)
DBI (0)
dcGSA (69)
DChIPRep (103)
ddCt (181)
ddgraph (115)
DDiGGER (0)
debrowser (98)
DECIPHER (263)
DeconRNASeq (127)
DEDS (127)
DeepBlueR (41)
deepSNV (149)
DEFormats (98)
DEGraph (147)
DEGreport (111)
DEGseq (346)
DelayedArray (19)
deltaGseg (106)
DeMAND (108)
derfinder (183)
derfinderData (0)
derfinderHelper (170)
derfinderPlot (126)
deseq (0)
DESeq (2957)
DESeq2 (5555)
destiny (283)
DEsubs (33)
DEXSeq (701)
dexus (132)
DFP (121)
dichromat (0)
DiffBind (555)
diffGeneAnalysis (120)
diffHic (144)
DiffLogo (100)
diffloop (55)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (111)
diggitdata (0)
Director (29)
DirichletMultinomial (251)
discordant (2)
dks (118)
DMRcaller (112)
DMRcate (305)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (111)
DMRScan (2)
DNABarcodes (109)
DNAcopy (1821)
DNaseR (10)
DNAshapeR (91)
domainsignatures (126)
doppelgangR (72)
DOQTL (129)
DOSE (1305)
DRIMSeq (69)
DriverNet (131)
DrugVsDisease (122)
dSimer (31)
DSS (321)
DTA (110)
dualKS (120)
DupChecker (106)
dupRadar (153)
DvDdata (0)
dyebias (125)
DynDoc (650)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (154)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (297)
EBarrays (190)
EBcoexpress (124)
EBImage (1493)
EBSEA (69)
EBSeq (494)
EBSeqHMM (135)
ecolitk (124)
EDASeq (942)
edd (11)
EDDA (109)
edge (169)
edger (0)
edgeR (6134)
eegc (31)
EfficientR (0)
EGAD (78)
EGSEA (103)
EGSEAdata (1)
eiR (68)
eisa (139)
ELBOW (106)
ELMER (132)
ELMER.data (0)
EMDomics (108)
EmpiricalBrownsMethod (80)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (130)
ENmix (126)
EnrichedHeatmap (117)
EnrichmentBrowser (206)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (2249)
ensemblVEP (181)
ENVISIONQuery (110)
EpiCluster (7)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (118)
epiNEM (1)
epivizr (162)
epivizrData (94)
epivizrServer (90)
epivizrStandalone (73)
eQTL (2)
erccdashboard (151)
erma (135)
esetVis (34)
eudysbiome (91)
EventPointer (1)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (66)
ExiMiR (123)
exomeCopy (239)
exomecopy (0)
exomePeak (136)
exonfindR (0)
exonmap (16)
ExperimentHub (88)
ExperimentHubData (75)
explorase (104)
ExpressionAtlas (78)
ExpressionNormalizationWorkflow (6)
expressionview (0)
ExpressionView (118)
exprExternal (1)
externalVector (12)

F

fabia (201)
facopy (109)
facopy.annot (0)
factDesign (143)
fail (0)
FamAgg (69)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (132)
fastLiquidAssociation (103)
fastseg (251)
fbat (8)
fCCAC (26)
fCI (92)
fdrame (122)
FEM (173)
ffpe (132)
FGNet (169)
fgsea (444)
FindMyFriends (114)
FISHalyseR (101)
FitHiC (33)
flagme (117)
Fletcher2013a (0)
flipflop (128)
flowAI (81)
flowBeads (110)
flowBin (108)
flowcatchR (104)
flowCHIC (103)
flowCL (130)
flowClean (122)
flowClust (318)
flowCore (1016)
flowCyBar (112)
flowDensity (150)
flowFit (114)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (18)
flowFP (135)
flowMap (112)
flowMatch (108)
flowMeans (196)
flowMerge (154)
flowPeaks (147)
flowPhyto (14)
flowPloidy (26)
flowPloidyData (1)
flowPlots (119)
flowq (0)
flowQ (142)
flowQB (115)
FlowRepositoryR (103)
FlowSOM (177)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (310)
flowTime (1)
flowTrack (1)
flowTrans (133)
flowType (142)
flowUtils (288)
flowViz (543)
flowVS (107)
flowWorkspace (469)
fmcsR (195)
focalCall (106)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (121)
FRGEpistasis (103)
frma (280)
frmaTools (143)
fucci (1)
FunChIP (27)
FunciSNP (135)
funtooNorm (2)
furrowSeg (0)

G

gaga (130)
gage (715)
gaggle (127)
gaia (120)
GAprediction (27)
garfield (69)
gaucho (103)
gcapc (1)
gcatest (88)
gCMAP (136)
gCMAPWeb (112)
gCrisprTools (28)
gcrma (1661)
gdsfmt (695)
geecc (99)
GEM (32)
genArise (121)
genbankr (81)
GENE.E (145)
gene2pathway (10)
GeneAnswers (187)
geneAttribution (30)
GeneBreak (91)
geneClassifiers (2)
GeneExpressionSignature (126)
genefilter (7894)
genefu (285)
GeneGA (86)
GeneGeneInteR (31)
GeneGroupAnalysis (4)
GeneMeta (173)
GeneNetworkBuilder (114)
GeneOverlap (156)
geneplast (29)
geneplotter (5285)
GeneR (13)
geneRecommender (122)
GeneRegionScan (115)
generegulation (5)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (103)
GeneSelectMMD (113)
GeneSelector (169)
GENESIS (145)
GeneSpring (10)
geNetClassifier (143)
GeneticsBase (5)
GeneticsDesign (151)
GeneticsPed (166)
GeneTraffic (9)
GeneTS (5)
genetw12 (0)
geneXtendeR (31)
genoCN (114)
GenoGAM (71)
genomation (218)
genomationData (0)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (304)
GenomeInfoDb (11735)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (538)
genomes (151)
GenomicAlignments (7764)
GenomicFeatures (7105)
GenomicFiles (508)
GenomicInteractions (130)
GenomicRanges (11566)
GenomicTuples (109)
Genominator (139)
genoset (233)
genotypeeval (92)
GenoView (38)
genphen (69)
GenRank (65)
GenVisR (171)
GEOmetadb (285)
geoquery (0)
GEOquery (3151)
GEOsearch (94)
GEOsubmission (115)
geosubmission (0)
gespeR (101)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (106)
gff3Plotter (4)
GGBase (185)
ggbio (1545)
ggcyto (140)
GGtools (170)
ggtree (724)
girafe (181)
GISPA (1)
GLAD (243)
Glimma (165)
GlobalAncova (164)
globalSeq (65)
globaltest (480)
gmapR (105)
GMRP (66)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (188)
GOFunction (144)
GoogleGenomics (103)
GOpro (29)
goProfiles (179)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1325)
goseq (668)
GOSim (165)
goSTAG (2)
gostats (0)
GOstats (1842)
GOsummaries (158)
GOTHiC (126)
goTools (178)
gotools (0)
gpls (204)
gprege (111)
gQTLBase (209)
gQTLstats (214)
graph (7353)
GraphAlignment (126)
GraphAT (114)
graphite (560)
GraphPAC (116)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (116)
GreyListChIP (106)
GRmetrics (33)
grndata (0)
groHMM (115)
GRridge (5)
GSALightning (67)
GSAR (116)
GSBenchMark (0)
GSCA (106)
GSE64985 (1)
GSEABase (2609)
GSEAlm (204)
GSReg (100)
GSRI (125)
GSVA (371)
gtkWidgets (0)
gtrellis (113)
GUIDEseq (98)
Guitar (97)
Gviz (2740)
gwascat (233)
GWASTools (317)

H

h5vc (127)
hapFabia (117)
Harman (69)
HarmanData (1)
Harshlight (124)
harshlight (0)
HCsnip (110)
HDF5Array (79)
HDTD (104)
healthyFlowData (0)
Heatplus (697)
HelloRanges (25)
HelloRangesData (1)
HELP (122)
HEM (119)
hexbin (24)
hiAnnotator (107)
HIBAG (125)
hicrep (0)
hierGWAS (98)
highthroughputassays (6)
HilbertCurve (108)
hilbertvis (0)
HilbertVis (410)
HilbertVisGUI (88)
hiReadsProcessor (83)
HiTC (172)
Hmisc (0)
HMMcopy (167)
hopach (275)
hpar (210)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (245)
HTSanalyzeR (175)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (77)
htseqtools (0)
htSeqTools (192)
HTSFilter (178)
HybridMTest (104)
hyperdraw (147)
hypergraph (200)

I

iASeq (113)
iBBiG (148)
ibh (109)
iBMQ (105)
iCARE (70)
Icens (309)
iCheck (95)
iChip (107)
iClusterPlus (125)
iCOBRA (67)
ideogram (0)
IdeoViz (126)
idiogram (118)
IdMappingAnalysis (102)
IdMappingRetrieval (114)
iFlow (5)
iGC (91)
IHW (205)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1592)
imageHTS (123)
Imetagene (91)
ImmuneSpaceR (68)
immunoClust (99)
IMPCdata (96)
ImpulseDE (31)
impute (3385)
InPAS (108)
INPower (104)
inSilicoDb (172)
inSilicoMerging (131)
insilicomerging (0)
INSPEcT (99)
intansv (118)
InteractionSet (106)
interactiveDisplay (308)
interactiveDisplayBase (2396)
IntEREst (1)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (115)
IONiseR (125)
iontree (115)
iPAC (120)
IPO (38)
IPPD (158)
iranges (0)
IRanges (17599)
iSeq (114)
iSNetwork (1)
isobar (190)
IsoGeneGUI (109)
ISoLDE (62)
isomiRs (71)
iSPlot (2)
ITALICS (120)
iterativeBMA (121)
iterativeBMAsurv (116)
iterators (0)
IVAS (97)
IWB2011 (0)
IWTomics (2)

J

JASPAR2016 (0)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (70)
joda (113)
JunctionSeq (103)

K

karyoploteR (2)
KCsmart (115)
kebabs (153)
KEGGgraph (1284)
KEGGlincs (28)
keggorth (5)
keggorthology (145)
KEGGprofile (209)
KEGGREST (1837)
KEGGSOAP (16)
KFAS (0)
kimod (65)

L

labeling (0)
lapmix (119)
latticeExtra (0)
LBE (162)
ldblock (91)
LEA (205)
LedPred (98)
les (123)
leukemiasEset (0)
lfa (264)
liftOver (12)
limma (11989)
limmaGUI (196)
LINC (29)
Linnorm (74)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (120)
lmdme (115)
LMGene (138)
LOBSTAHS (32)
logicFS (216)
logitt (0)
logitT (113)
Logolas (1)
lol (117)
LOLA (124)
LowMACA (105)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (138)
LPEadj (117)
LPEseq (0)
lpNet (112)
lpsymphony (210)
lumi (967)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (122)
lydata (1)
LymphoSeq (63)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (92)
M3DExampleData (1)
M3Drop (33)
maanova (158)
macat (125)
maCorrPlot (119)
maDB (6)
made4 (395)
MADSEQ (28)
maftools (87)
MAGEML (0)
maigesPack (118)
MAIT (135)
makecdfenv (251)
makePlatformDesign (9)
MANOR (118)
manta (112)
MantelCorr (115)
mAPKL (87)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (106)
mapscape (2)
marray (1142)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (283)
maskBAD (106)
MassArray (123)
massiR (109)
MassSpecWavelet (395)
MAST (56)
matchBox (105)
matchprobes (11)
Matrix (0)
MatrixRider (95)
matter (25)
MaxContrastProjection (0)
MBAmethyl (95)
MBASED (104)
MBCB (116)
mBPCR (116)
MBttest (62)
mcaGUI (113)
MCbiclust (2)
MCRestimate (120)
mdgsa (103)
mdqc (127)
MEAL (104)
MEALData (0)
MeasurementError.cor (120)
MEDIPS (209)
MEDME (116)
MEIGOR (103)
MergeMaid (186)
Mergeomics (65)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (172)
meshes (29)
meshr (156)
MeSHSim (97)
messina (97)
metaArray (175)
Metab (115)
metabomxtr (105)
MetaboSignal (35)
metaCCA (67)
metagene (131)
metagenomeFeatures (90)
metagenomeSeq (555)
metahdep (117)
metaMS (121)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (110)
metaseqR (124)
metaX (79)
MetCirc (32)
MetCleaning (0)
MethPed (65)
MethTargetedNGS (99)
methVisual (124)
methyAnalysis (222)
MethylAid (125)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (2)
methylKit (97)
MethylMix (128)
methylMnM (103)
methylPipe (147)
MethylSeekR (120)
methylumi (975)
Mfuzz (406)
MGFM (98)
MGFR (28)
mgsa (131)
MiChip (113)
microrna (0)
microRNA (205)
MIGSA (1)
mimager (1)
MIMOSA (115)
MineICA (113)
minet (494)
minfi (1611)
MinimumDistance (110)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (120)
MiRaGE (111)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (92)
miRcompData (0)
mirIntegrator (93)
miRLAB (104)
miRNAmeConverter (67)
miRNApath (149)
miRNAtap (140)
Mirsynergy (105)
missMethyl (245)
mitoODE (104)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (332)
MLP (127)
MLSeq (140)
MMDiff (88)
MMDiff2 (67)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (3)
mmnet (115)
MmPalateMiRNA (118)
MODA (32)
mogsa (109)
monocle (356)
MoonlightR (29)
MoPS (99)
mosaics (362)
motifbreakR (115)
MotifDb (281)
motifmatchr (0)
motifRG (144)
motifStack (270)
MotIV (284)
MPFE (96)
mQTL.NMR (109)
msa (461)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (153)
MSGFplus (186)
MSIseqData (0)
msmsEDA (175)
msmsTests (177)
MSnbase (605)
MSnID (177)
msPurity (34)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (194)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (166)
MultiAssayExperiment (65)
multiClust (76)
MultiDataSet (75)
MultiMed (96)
multiOmicsViz (0)
multiscan (112)
multtest (3952)
munsell (0)
muscle (195)
MutationalPatterns (36)
MVCClass (119)
mvGST (102)
MWASTools (6)
mygene (329)
myvariant (102)
mzID (509)
mzR (1200)

N

NanoStringDiff (102)
NanoStringQCPro (118)
NarrowPeaks (120)
ncdfFlow (359)
NCIgraph (154)
neaGUI (108)
nem (150)
netbenchmark (107)
netbiov (109)
NetCRG (3)
nethet (102)
NetPathMiner (119)
netprioR (27)
netresponse (126)
NetSAM (111)
networkBMA (107)
NGScopy (104)
NGScopyData (0)
nnNorm (114)
NOISeq (454)
nondetects (119)
normalize450K (60)
NormqPCR (237)
normr (30)
npGSEA (141)
NTW (105)
nucleoSim (74)
nucleR (131)
nudge (112)
NuPoP (115)

O

occugene (110)
OCplus (193)
odseq (64)
OGSA (88)
oligo (1312)
oligoClasses (1379)
OLIN (121)
OLINgui (118)
omicade4 (130)
OmicCircos (282)
OmicsMarkeR (107)
OncoScore (72)
OncoSimulR (107)
oneChannelGUI (148)
ontoCAT (136)
ontoTools (8)
openCyto (202)
OperaMate (87)
oposSOM (112)
oppar (63)
OrderedList (251)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (1)
OrganismDbi (1602)
OSAT (112)
Oscope (103)
OTUbase (122)
OutlierD (125)

P

PAA (124)
PADOG (148)
paircompviz (110)
pairseqsim (3)
pamr (15)
PAN (0)
pandaR (103)
PAnnBuilder (126)
panp (143)
PANR (113)
PanVizGenerator (68)
PAPi (117)
parglms (91)
parody (179)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (97)
pathifier (184)
PathNet (151)
PathNetData (0)
PathoStat (29)
pathprint (1)
pathprintGEOData (1)
pathRender (119)
pathVar (89)
pathview (1078)
PatientGeneSets (4)
paxtoolsr (181)
Pbase (109)
pbcmc (67)
pcaExplorer (119)
pcaGoPromoter (121)
pcaMethods (1406)
PCAN (65)
pcot2 (158)
PCpheno (111)
pdInfoBuilder (209)
pdmclass (122)
PECA (104)
pepDat (0)
pepStat (101)
pepXMLTab (103)
PGA (97)
PGSEA (243)
pgUtils (6)
PharmacoGx (47)
phenoDist (106)
phenoTest (129)
PhenStat (104)
philr (28)
phosphonormalizer (4)
phyloseq (1234)
Pi (23)
piano (324)
pickgene (117)
PICS (204)
Pigengene (32)
PING (126)
pint (118)
pkgDepTools (144)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (115)
plethy (104)
plgem (124)
plier (290)
PLPE (115)
plrs (109)
plw (113)
plyr (0)
pmm (91)
podkat (100)
polyester (154)
Polyfit (95)
POST (2)
ppiStats (125)
pqsfinder (65)
prada (282)
prebs (112)
prebsdata (0)
PREDA (108)
predictionet (61)
preprocessCore (6011)
Prize (89)
proBAMr (106)
PROcess (192)
procoil (111)
ProCoNA (103)
proFIA (28)
profileScoreDist (61)
pRoloc (240)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (118)
PROMISE (111)
PROPER (123)
Prostar (108)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (115)
proteinProfiles (109)
proteomics (13)
ProteomicsAnnotationHubData (85)
proteoQC (114)
ProtGenerics (954)
PSEA (104)
psichomics (33)
PSICQUIC (136)
psygenet2r (68)
PtH2O2lipids (1)
puma (185)
PureCN (85)
pvac (121)
pvca (153)
Pviz (114)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (168)
pwOmics (99)
pxr (0)

Q

qcmetrics (107)
QDNAseq (167)
qpcrNorm (127)
qpgraph (248)
qrqc (214)
qsea (33)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (118)
quantro (120)
quantsmooth (389)
QuartPAC (95)
QuasR (341)
QuaternaryProd (61)
QUBIC (91)
QUBICdata (1)
qusage (176)
qvalue (3097)

R

R3CPET (99)
r3Cseq (169)
R453Plus1Toolbox (117)
R4RNA (65)
rain (119)
rama (124)
ramigo (0)
RamiGO (175)
ramwas (2)
randPack (111)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (433)
RareVariantVis (89)
Rariant (105)
RbcBook1 (118)
rbcbook1 (0)
RBGL (4205)
RBioinf (118)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (178)
RBM (95)
Rbowtie (325)
rbsurv (121)
Rcade (117)
RCAS (32)
RCASPAR (109)
rcellminer (122)
rcellminerData (0)
rCGH (105)
Rchemcpp (116)
RchyOptimyx (121)
RColorBrewer (0)
Rcpi (134)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (101)
RCyjs (90)
RCytoscape (363)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (362)
Rdbi (9)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (28)
rdisop (0)
Rdisop (217)
RDRToolbox (201)
ReactomePA (468)
readat (29)
ReadqPCR (242)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (119)
recount (59)
recoup (64)
RedeR (193)
REDseq (165)
RefNet (110)
RefNet.db (0)
RefPlus (115)
regioneR (530)
regionReport (131)
regsplice (25)
REMP (2)
REMPdata (1)
Repitools (309)
ReportingTools (598)
reposTools (3)
ReQON (109)
Resourcerer (16)
rexposome (0)
rfcdmin (2)
rflowcyt (7)
rfPred (104)
rGADEM (370)
RGalaxy (120)
RGraph2js (63)
Rgraphviz (4329)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (119)
RGSEA (119)
rgsepd (96)
rhdf5 (3197)
Rhtslib (403)
rHVDM (108)
RiboProfiling (107)
riboSeq (0)
riboSeqR (122)
RImmPort (65)
Ringo (323)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (157)
Risa (117)
RJMCMCNucleosomes (2)
RLMM (118)
RMAGEML (2)
Rmagpie (111)
RMAPPER (12)
RMassBank (132)
rMAT (92)
rmat (0)
RmiR (136)
rmir (0)
RNAinteract (115)
RNAither (124)
RNAprobR (98)
RNAseq123 (9)
rnaseqcomp (100)
rnaseqGene (172)
RnaSeqGeneEdgeRQL (4)
rnaSeqMap (120)
RNASeqPower (195)
RnaSeqSampleSize (123)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (275)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (104)
roar (113)
ROC (631)
Roleswitch (121)
RoleswitchData (0)
Rolexa (80)
rols (242)
ROntoTools (127)
ropls (240)
ROTS (81)
RPA (138)
RpsiXML (133)
rpx (257)
Rqc (143)
rqt (1)
rqubic (146)
rRDP (101)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (136)
Rsamtools (7730)
rsbml (159)
rSFFreader (57)
RSNPper (7)
RSQLite (0)
Rsubread (833)
RSVSim (126)
rTANDEM (184)
RTCA (121)
RTCGA (256)
RTCGAToolbox (193)
RTN (143)
RTNduals (2)
RTools4TB (8)
RTopper (112)
rtracklayer (8307)
Rtreemix (113)
rTRM (111)
rTRMui (101)
Ruuid (13)
RUVcorr (101)
RUVnormalize (123)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (366)
RWebServices (27)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (17083)
safe (276)
SAGElyzer (3)
sagenhaft (111)
sagx (0)
SAGx (196)
samExploreR (1)
sampleClassifier (1)
SamSPECTRAL (141)
sangerseqR (203)
SANTA (111)
sapFinder (102)
saps (71)
savR (126)
sbgr (52)
SBMLR (132)
SC3 (126)
scales (0)
SCAN.UPC (164)
scater (279)
scDD (4)
scde (187)
ScISI (126)
SCLCBam (0)
scone (2)
scran (240)
scRNAseq (1)
scsR (94)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (171)
SELEX (96)
SemDist (93)
SemSim (9)
sendmailR (0)
SEPA (86)
seq2pathway (111)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (191)
seqbias (126)
seqCNA (111)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (233)
seqLogo (769)
Seqnames (0)
seqPattern (198)
seqplots (161)
seqTools (123)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (1)
sequencing (45)
SeqVarTools (162)
sevenbridges (83)
SGSeq (151)
shinyMethyl (160)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (109)
ShortRead (2435)
SICtools (49)
sidap (0)
sigaR (111)
SigCheck (105)
SigFuge (102)
siggenes (1477)
sights (28)
signeR (31)
sigPathway (198)
sigsquared (92)
SIM (121)
SIMAT (94)
SimBindProfiles (98)
similaRpeak (99)
SIMLR (31)
simpleaffy (871)
simpleSingleCell (19)
simulatorAPMS (10)
simulatorZ (101)
sincell (120)
SISPA (87)
sizepower (152)
SJava (29)
skewr (91)
SLGI (109)
SLqPCR (134)
SMAP (108)
SMITE (67)
SNAData (2)
SNAGEE (104)
snapCGH (150)
snm (183)
snpAssoc (0)
SNPchip (288)
SNPediaR (30)
SNPhood (96)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (25)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (552)
snpStats (738)
SNPtools (0)
soGGi (102)
SomatiCA (99)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (253)
SpacePAC (107)
spade (165)
sparseDOSSA (2)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (102)
SpeCond (157)
SPEM (100)
SPIA (381)
SpidermiR (90)
spikeLI (112)
spkTools (113)
splatter (2)
splicegear (116)
spliceR (163)
spliceSites (105)
SplicingGraphs (156)
splineTCDiffExpr (28)
splineTimeR (64)
SPLINTER (26)
splots (238)
spotSegmentation (122)
SQUADD (107)
SRAdb (551)
sRAP (114)
SRGnet (24)
sscore (117)
sscu (61)
sSeq (119)
ssize (168)
ssizeRNA (1)
SSPA (182)
ssviz (101)
stam (3)
STAN (115)
staRank (101)
StarBioTrek (26)
Starr (120)
STATegRa (113)
statTarget (45)
stemHypoxia (0)
stepNorm (116)
stepwiseCM (112)
Streamer (108)
STRINGdb (271)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (99)
SummarizedExperiment (8648)
supraHex (515)
survcomp (460)
Sushi (224)
sva (1734)
SVAPLSseq (26)
SVM2CRM (96)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (101)
SwathXtend (63)
swfdr (1)
SwimR (98)
switchBox (105)
switchde (27)
synapter (168)
synergyfinder (36)
synlet (88)
systemPipeR (555)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (114)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (123)
TarSeqQC (83)
TCC (224)
TCGAbiolinks (627)
TCGAbiolinksGUI (2)
TCGAWorkflow (1)
TCseq (2)
TDARACNE (116)
TEQC (144)
ternarynet (100)
tetradR (1)
TFBSTools (263)
tiger (0)
tigre (121)
tilingArray (167)
timecourse (155)
TimerQuant (0)
timescape (1)
TIN (92)
TitanCNA (121)
tkWidgets (603)
tofsims (69)
ToPASeq (115)
topGO (1781)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (125)
tracktables (100)
trackViewer (188)
transcriptR (66)
tRanslatome (109)
TransView (107)
traseR (91)
Travis (0)
treeio (6)
triform (101)
trigger (107)
trio (144)
triplex (109)
TRONCO (119)
Trumpet (1)
TSCAN (124)
tspair (126)
TSRchitect (1)
TSSi (122)
TurboNorm (109)
TVTB (22)
tweeDEseq (134)
twilight (250)
twoddpcr (1)
tximport (521)
tximportData (1)
TypeInfo (114)

U

UNDO (100)
unifiedWMWqPCR (99)
UniProt.ws (238)
Uniquorn (63)
useR2012 (0)
uSORT (26)

V

VanillaICE (164)
variancePartition (128)
VariantAnnotation (4100)
VariantFiltering (167)
variants (16)
VariantTools (121)
vbmp (157)
Vega (110)
VegaMC (104)
viper (156)
virtualArray (26)
vsn (1779)
vtpnet (97)

W

wateRmelon (433)
wavClusteR (109)
waveTiling (102)
weaver (141)
webbioc (126)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (619)

X

XBSeq (96)
xcms (802)
XDE (112)
xmapbridge (104)
xmapcore (4)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (130)
xtable (0)
XVector (11704)

Y

y2hStat (1)
yamss (32)
YAPSA (30)
yaqcaffy (146)
yarn (32)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (13476)