Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-02-20 08:49:37 -0500 (Tue, 20 Feb 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (30171)
2BiocGenerics (23250)
3IRanges (21391)
4S4Vectors (21263)
5Biobase (19428)
6AnnotationDbi (18276)
7zlibbioc (15870)
8GenomicRanges (14962)
9limma (14617)
10XVector (14493)
11GenomeInfoDb (13530)
12Biostrings (13119)
13BiocParallel (12698)
14SummarizedExperiment (11929)
15annotate (9938)
16GenomicAlignments (9801)
17rtracklayer (9753)
18Rsamtools (9645)
19biomaRt (9465)
20genefilter (9122)
21GenomicFeatures (8692)
22graph (8297)
23preprocessCore (7188)
24edgeR (7163)
25DESeq2 (6863)
26DelayedArray (6691)
27geneplotter (6648)
28affy (5747)
29BSgenome (5636)
30affyio (5368)
31rhdf5 (4986)
32RBGL (4912)
33multtest (4836)
34Rgraphviz (4818)
35VariantAnnotation (4781)
36impute (4354)
37AnnotationHub (4141)
38qvalue (4044)
39GEOquery (3668)
40ShortRead (3614)
41DNAcopy (3516)
42interactiveDisplayBase (3396)
43ensembldb (3325)
44GSEABase (3083)
45DESeq (3055)
46biovizBase (2997)
47ProtGenerics (2737)
48Gviz (2666)
49KEGGREST (2537)
50sva (2519)
51vsn (2450)
52AnnotationForge (2346)
53Category (2231)
54clusterProfiler (2170)
55DOSE (2125)
56GOSemSim (2123)
57pcaMethods (2058)
58fgsea (2006)
59OrganismDbi (2003)
60GOstats (1976)
61EBImage (1960)
62topGO (1960)
63KEGGgraph (1883)
64BiocStyle (1876)
65phyloseq (1862)
66AnnotationFilter (1828)
67pathview (1820)
68ComplexHeatmap (1798)
69gcrma (1693)
70illuminaio (1691)
71ggbio (1664)
72Rsubread (1598)
73tximport (1568)
74siggenes (1544)
75aroma.light (1515)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (141)
a4Base (167)
a4Classif (134)
a4Core (182)
a4Preproc (171)
a4Reporting (137)
ABAData (0)
ABAEnrichment (121)
ABAFuncData (0)
ABarray (135)
ABSSeq (142)
acde (111)
acepack (0)
aCGH (211)
ACME (142)
ADaCGH2 (119)
adSplit (117)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1323)
affy (5747)
affycomp (208)
AffyCompatible (131)
affyContam (123)
affycoretools (485)
affydata (1)
AffyExpress (129)
affyILM (113)
affyio (5368)
affylmGUI (191)
affyPara (125)
affypdnn (155)
affyPLM (1233)
affyQCReport (337)
AffyRNADegradation (119)
AffyTiling (18)
AGDEX (110)
Agi4x44PreProcess (11)
agilp (192)
AgiMicroRna (159)
AIMS (247)
ALDEx2 (166)
AllelicImbalance (125)
AllSorts (0)
alpine (105)
alpineData (0)
alsace (110)
altcdfenvs (131)
AMOUNTAIN (98)
amplican (16)
ampliQueso (102)
AnalysisPageServer (105)
anamiR (101)
Anaquin (96)
AneuFinder (114)
AneuFinderData (0)
ANF (15)
AnimalGene2QTL (1)
AnimalQTLDB (1)
annaffy (543)
AnnBuilder (3)
annmap (92)
annotate (9938)
annotation (42)
AnnotationDbi (18276)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (1828)
AnnotationForge (2346)
AnnotationFuncs (151)
AnnotationHub (4141)
AnnotationHubData (138)
Annotations (0)
annotationTools (167)
annotatr (148)
annotatr.data (0)
anota (121)
anota2seq (16)
antiProfiles (110)
apcluster (0)
apComplex (133)
apeglm (54)
applera (1)
aroma.light (1515)
ArrayExpress (464)
ArrayExpressHTS (68)
arrayMagic (1)
arraymvout (0)
arrayMvout (108)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (153)
arrayQualityMetrics (461)
arrays (47)
ArrayTools (176)
ArrayTV (111)
ARRmNormalization (111)
ASAFE (87)
ASEB (111)
ASGSCA (109)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (3)
ASpli (116)
ASSET (111)
ASSIGN (111)
ATACqc (1)
ATACseqQC (100)
AtlasRDF (97)
attract (111)
AUCell (35)

B

BaalChIP (93)
BAC (107)
bacon (117)
BADER (106)
BadRegionFinder (91)
BAGS (101)
ballgown (797)
bamsignals (186)
banocc (57)
base64enc (0)
basecallQC (63)
BaseSpaceR (126)
Basic4Cseq (112)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BASiCS (26)
BasicSTARRseq (95)
BatchJobs (0)
BatchQC (147)
BayesKnockdown (84)
BayesPeak (160)
baySeq (491)
BBCAnalyzer (96)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (129)
bcSeq (3)
beachmat (290)
beadarray (648)
beadarraySNP (125)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (607)
BeadExplorer (1)
BEARscc (0)
BEAT (104)
BEclear (101)
betr (73)
bgafun (106)
BgeeDB (125)
BGmix (59)
bgx (108)
BHC (175)
BicARE (163)
BiFET (1)
BiGGR (115)
BigMatrix (0)
bigmelon (91)
bigmemoryExtras (84)
bim (1)
bioassayR (133)
Biobase (19428)
biobroom (178)
bioCancer (102)
BiocCaseStudies (109)
BiocCheck (404)
biocDatasets (2)
BiocFileCache (119)
BiocGenerics (23250)
biocGraph (193)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstaller (30171)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (65)
BiocParallel (12698)
BiocSklearn (12)
BiocStyle (1876)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (603)
BiocWorkflowTools (98)
bioDist (315)
biodist (0)
BiodivoTools (1)
biomaRt (9465)
BioMedR (68)
biomformat (1502)
BioMVCClass (103)
biomvRCNS (105)
BioNet (293)
BioQC (96)
BioSeqClass (119)
biosigner (109)
biostrings (0)
Biostrings (13119)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (101)
BioThingsClient (1)
biotmle (62)
biovizBase (2997)
BiRewire (158)
birta (109)
birte (103)
BiSeq (189)
bitops (0)
BitSeq (236)
blima (100)
blimaTestingData (0)
BLMA (61)
bnbc (15)
BPRMeth (91)
BRAIN (184)
BrainStars (109)
branchpointer (60)
brew (0)
BRGEdata (1)
bridge (105)
BridgeDbR (120)
BrowserViz (87)
BrowserVizDemo (66)
BSgenome (5636)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (678)
BubbleTree (109)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (115)
BufferedMatrixMethods (111)
BUMHMM (59)
bumphunter (1505)
BUS (103)
BuxcoR (0)

C

CAFE (97)
CAGEr (147)
CALIB (114)
CAMERA (413)
camera (0)
canceR (104)
cancerclass (105)
CancerInSilico (82)
CancerMutationAnalysis (114)
CancerSubtypes (132)
CAnD (94)
caOmicsV (93)
Cardinal (138)
casper (109)
CATALYST (63)
Category (2231)
categoryCompare (89)
CausalR (104)
cbaf (14)
ccdata (0)
ccmap (95)
CCPROMISE (82)
ccrepe (112)
cellbaseR (57)
cellGrowth (108)
cellHTS (19)
cellHTS2 (230)
cellity (103)
CellMapper (89)
CellMapperData (0)
cellnoptr (0)
CellNOptR (151)
cellscape (72)
cellTree (113)
CEMiTool (21)
CexoR (106)
CFAssay (103)
CGEN (128)
CGHbase (218)
CGHcall (202)
cghMCR (180)
CGHnormaliter (108)
CGHregions (125)
cghregions (0)
ChAMP (409)
ChAMPdata (0)
CHARGE (0)
charm (123)
checkmate (0)
ChemmineOB (196)
ChemmineR (436)
Chicago (116)
chimera (154)
chimeraviz (82)
ChIPanalyser (15)
ChIPComp (104)
chipenrich (134)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (60)
ChIPexoQualExample (0)
ChIPpeakAnno (677)
ChIPQC (232)
ChIPseeker (587)
ChipSeq (0)
chipseq (444)
chipseqDB (8)
ChIPseqR (163)
ChIPSeqSpike (0)
ChIPsim (158)
ChIPXpress (82)
chopsticks (310)
chroGPS (100)
chromDraw (100)
ChromHeatMap (124)
ChromoViz (1)
chromPlot (106)
chromstaR (92)
chromstaRData (0)
chromswitch (14)
chromVAR (19)
CHRONOS (103)
CINdex (86)
cisPath (108)
ClassifyR (118)
cleanUpdTSeq (101)
cleaver (200)
clippda (112)
clipper (150)
Clomial (104)
Clonality (106)
clonotypeR (105)
clst (108)
clstutils (98)
clustComp (90)
clusterExperiment (134)
ClusterJudge (15)
clusterProfiler (2170)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (61)
ClusterSignificance (99)
clusterStab (153)
CMA (166)
CMEA (1)
cn.farms (104)
cn.mops (225)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (127)
cnanorm (0)
CNEr (311)
CNORdt (109)
CNORfeeder (104)
CNORfuzzy (103)
CNORode (123)
CNPBayes (94)
CNTools (270)
cnvGSA (101)
CNVPanelizer (108)
CNVrd2 (104)
CNVtools (120)
cnvtools (0)
cobindR (97)
CoCiteStats (106)
codelink (111)
codetoolsBioC (0)
CODEX (147)
coexnet (18)
CoGAPS (110)
cogena (131)
coGPS (99)
COHCAP (119)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (127)
COMPASS (110)
compcodeR (112)
compEpiTools (122)
CompGO (110)
ComplexHeatmap (1798)
ComSeq (1)
CONFESS (87)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (1132)
consensusOV (18)
consensusSeekeR (92)
contiBAIT (83)
conumee (124)
convert (214)
copa (107)
COPDSexualDimorphism (2)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (257)
CopyNumber450k (14)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (136)
CoRegNet (121)
Cormotif (104)
CorMut (100)
coRNAi (72)
CORREP (106)
coseq (72)
cosmiq (104)
cosmo (5)
cosmoGUI (4)
COSNet (96)
CountClust (132)
covEB (81)
CoverageView (113)
covRNA (79)
cpvSNP (93)
cqn (194)
CRImage (130)
CRISPRseek (153)
crisprseekplus (84)
CrispRVariants (120)
crlmm (215)
crossmeta (97)
CSAR (166)
csaw (249)
CSSP (116)
ctc (339)
CTDquerier (0)
ctsGE (92)
cummeRbund (1144)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
curatedTCGAData (1)
customProDB (146)
CVE (95)
cycle (103)
cydar (73)
cytofkit (265)
cytofWorkflow (6)
cytolib (91)
CytoML (86)

D

dada2 (554)
dagLogo (93)
daMA (101)
DaMiRseq (63)
DAPAR (125)
DAPARdata (0)
DART (105)
DASC (14)
DASiR (12)
DAVIDQuery (16)
davidquery (0)
DBChIP (138)
DBI (0)
dcGSA (83)
DChIPRep (99)
ddCt (157)
ddgraph (95)
DDiGGER (0)
debrowser (137)
DECIPHER (442)
DEComplexDisease (1)
DeconRNASeq (129)
DEDS (121)
DeepBlueR (114)
deepSNV (134)
DEFormats (162)
DEGraph (107)
DEGreport (121)
DEGseq (306)
DelayedArray (6691)
DelayedMatrixStats (22)
deltaGseg (101)
DeMAND (99)
DEP (21)
derfinder (316)
derfinderData (0)
derfinderHelper (265)
derfinderPlot (129)
deseq (0)
DESeq (3055)
DESeq2 (6863)
destiny (627)
DEsubs (104)
DEXSeq (682)
dexus (110)
DFP (102)
dichromat (0)
DiffBind (628)
diffcoexp (0)
diffGeneAnalysis (97)
diffHic (135)
DiffLogo (98)
diffloop (102)
diffloopdata (1)
diffuStats (17)
digest (0)
diggit (95)
diggitdata (0)
Director (76)
DirichletMultinomial (307)
discordant (58)
dks (100)
DMCHMM (14)
DMRcaller (105)
DMRcate (476)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (103)
DMRScan (56)
DNABarcodes (112)
DNAcopy (3516)
DNaseR (4)
DNAshapeR (109)
domainsignatures (102)
doppelgangR (91)
DOQTL (121)
Doscheda (15)
DOSE (2125)
drawProteins (2)
DRIMSeq (114)
DriverNet (116)
DropletUtils (1)
DrugDiseaseNet (1)
DrugVsDisease (104)
dSimer (84)
DSS (490)
DTA (96)
dualKS (97)
DupChecker (93)
dupRadar (849)
DvDdata (0)
dyebias (102)
DynDoc (574)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (0)
EasyqpcR (148)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (222)
EBarrays (174)
EBcoexpress (103)
EBImage (1960)
EBSEA (83)
EBSeq (535)
EBSeqHMM (123)
ecolitk (106)
EDASeq (1289)
edd (4)
EDDA (102)
edge (149)
edger (0)
edgeR (7163)
eegc (85)
EfficientR (0)
EGAD (99)
EGSEA (186)
EGSEA123 (4)
EGSEAdata (0)
eiR (64)
eisa (125)
ELBOW (91)
ELMER (205)
ELMER.data (0)
EMDomics (97)
EmpiricalBrownsMethod (96)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (121)
ENmix (128)
EnrichedHeatmap (143)
EnrichmentBrowser (208)
enrichplot (0)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (3325)
ensemblVEP (150)
ENVISIONQuery (95)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (0)
EpiDISH (19)
epigenomix (104)
epiNEM (58)
epivizr (142)
epivizrChart (17)
epivizrData (117)
epivizrServer (116)
epivizrStandalone (97)
eQTL (4)
erccdashboard (121)
erma (173)
esATAC (19)
esetVis (85)
eudysbiome (85)
EventPointer (68)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (72)
ExiMiR (103)
exomeCopy (271)
exomecopy (1)
exomePeak (128)
exonfindR (0)
exonmap (9)
ExperimentHub (183)
ExperimentHubData (89)
explorase (88)
ExpressionAtlas (102)
ExpressionNormalizationWorkflow (14)
expressionview (0)
ExpressionView (98)
exprExternal (1)
externalVector (4)

F

fabia (193)
facopy (90)
facopy.annot (0)
factDesign (113)
fail (0)
FamAgg (89)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (114)
fastLiquidAssociation (93)
FastProjectR (1)
fastseg (353)
fbat (3)
fCCAC (79)
fCI (92)
fdrame (104)
FEM (279)
ffpe (114)
FGNet (169)
fgsea (2006)
FindMyFriends (118)
FISHalyseR (94)
FitHiC (107)
flagme (100)
Fletcher2013a (0)
flipflop (110)
flowAI (117)
flowBeads (94)
flowBin (92)
flowcatchR (95)
flowCHIC (92)
flowCL (135)
flowClean (123)
flowClust (291)
flowCore (1344)
flowCyBar (96)
flowDensity (150)
flowFit (100)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (7)
flowFP (119)
flowMap (99)
flowMatch (97)
flowMeans (202)
flowMerge (145)
flowPeaks (152)
flowPhyto (6)
flowPloidy (83)
flowPloidyData (0)
flowPlots (99)
flowq (0)
flowQ (132)
flowQB (98)
FlowRepositoryR (95)
FlowSOM (291)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (323)
flowTime (52)
flowTrack (1)
flowTrans (116)
flowType (126)
flowUtils (345)
flowViz (571)
flowVS (99)
flowWorkspace (512)
fmcsR (192)
focalCall (92)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (110)
FRGEpistasis (97)
frma (252)
frmaTools (118)
fucci (1)
FunChIP (77)
FunciSNP (121)
funtooNorm (56)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (57)
GA4GHshiny (17)
gaga (109)
gage (861)
gaggle (96)
gaia (148)
GAprediction (76)
garfield (83)
gaucho (90)
gcapc (59)
gcatest (86)
gCMAP (88)
gCMAPWeb (73)
gCrisprTools (81)
gcrma (1693)
GDCRNATools (1)
gdsfmt (812)
geecc (86)
GEM (83)
genArise (106)
genbankr (133)
GENE.E (93)
gene2pathway (4)
GeneAnswers (170)
geneAttribution (79)
GeneBreak (88)
geneClassifiers (54)
GeneExpressionSignature (108)
genefilter (9122)
genefu (247)
GeneGA (79)
GeneGeneInteR (89)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (146)
GeneNetworkBuilder (99)
GeneOverlap (153)
geneplast (82)
geneplotter (6648)
GeneR (6)
geneRecommender (99)
GeneRegionScan (96)
generegulation (9)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (88)
GeneSelectMMD (104)
GeneSelector (139)
GENESIS (158)
GeneSpring (4)
geNetClassifier (131)
GeneticsBase (3)
GeneticsDesign (129)
GeneticsPed (147)
GeneTraffic (4)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (90)
GENIE3 (59)
genoCN (99)
GenoGAM (91)
genomation (285)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (265)
GenomeInfoDb (13530)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (394)
genomes (125)
GenomicAlignments (9801)
GenomicDataCommons (110)
GenomicFeatures (8692)
GenomicFiles (581)
GenomicInteractions (155)
GenomicRanges (14962)
GenomicScores (137)
GenomicTuples (101)
Genominator (119)
genoset (232)
genotypeeval (90)
GenoView (8)
genphen (83)
GenRank (85)
GenVisR (267)
GEOmetadb (256)
geoquery (0)
GEOquery (3668)
GEOsearch (81)
GEOsubmission (102)
geosubmission (0)
gep2pep (3)
gespeR (107)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (89)
gff3Plotter (1)
GGBase (164)
ggbio (1664)
ggcyto (273)
GGtools (157)
ggtree (1058)
girafe (155)
GISPA (54)
GKnowMTest (1)
GLAD (216)
Glimma (519)
GlobalAncova (161)
globalSeq (86)
globaltest (502)
gmapR (95)
GMRP (82)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (157)
GOfuncR (2)
GOFunction (119)
GoogleGenomics (97)
GOpro (85)
goProfiles (153)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2123)
goseq (892)
GOSim (150)
goSTAG (61)
gostats (0)
GOstats (1976)
GOsummaries (139)
GOTHiC (118)
goTools (147)
gotools (0)
gpls (190)
gprege (91)
gQTLBase (208)
gQTLstats (214)
graph (8297)
GraphAlignment (105)
GraphAT (96)
graphite (685)
GraphPAC (107)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (99)
GreyListChIP (99)
GRmetrics (106)
grndata (0)
groHMM (105)
GRridge (57)
GSALightning (81)
GSAR (166)
GSBenchMark (0)
GSCA (94)
GSE64985 (0)
GSEABase (3083)
GSEABenchmarkeR (0)
GSEAlm (169)
gsean (0)
GSReg (90)
GSRI (96)
GSVA (533)
gtkWidgets (0)
gtrellis (122)
GUIDEseq (99)
Guitar (96)
Gviz (2666)
gwascat (210)
GWASTools (317)

H

h5vc (111)
hapFabia (108)
Harman (90)
HarmanData (0)
Harshlight (97)
harshlight (0)
HCsnip (93)
HDF5Array (675)
HDTD (88)
healthyFlowData (0)
heatmaps (84)
Heatplus (663)
HelloRanges (96)
HelloRangesData (0)
HELP (102)
HEM (97)
hexbin (14)
hiAnnotator (104)
HIBAG (113)
HiCcompare (18)
hicrep (61)
hierGWAS (93)
highthroughputassays (10)
HilbertCurve (129)
hilbertvis (0)
HilbertVis (341)
HilbertVisGUI (82)
hiReadsProcessor (73)
HiTC (205)
hmdbQuery (1)
Hmisc (0)
HMMcopy (172)
hopach (233)
hpar (220)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (218)
HTSanalyzeR (157)
HTSanalyzeR2 (1)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (69)
htseqtools (0)
htSeqTools (172)
HTSFilter (172)
HybridMTest (95)
hyperdraw (129)
hypergraph (169)

I

iASeq (93)
iBBiG (147)
ibh (91)
iBMQ (90)
iCARE (84)
Icens (314)
iCheck (95)
iChip (93)
iClusterPlus (144)
iCOBRA (85)
ideal (61)
ideogram (0)
IdeoViz (125)
idiogram (98)
IdMappingAnalysis (89)
IdMappingRetrieval (92)
iFlow (4)
iGC (86)
IHW (378)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1691)
imageanalysisBrain (1)
imageHTS (109)
IMAS (56)
Imetagene (84)
ImmuneSpaceR (87)
immunoClust (91)
IMPCdata (83)
ImpulseDE (83)
ImpulseDE2 (58)
impute (4354)
InPAS (93)
INPower (89)
inSilicoDb (42)
inSilicoMerging (39)
insilicomerging (0)
INSPEcT (95)
intansv (110)
InteractionSet (190)
interactiveDisplay (273)
interactiveDisplayBase (3396)
IntEREst (55)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
InterMineR (15)
IntramiRExploreR (13)
inveRsion (92)
IONiseR (134)
iontree (98)
iPAC (115)
IPO (134)
IPPD (160)
iranges (0)
IRanges (21391)
IrisSpatialFeatures (11)
iSeq (97)
iSNetwork (1)
isobar (184)
IsoformSwitchAnalyzeR (28)
IsoGeneGUI (92)
ISoLDE (82)
isomiRs (91)
iSPlot (1)
ITALICS (96)
iterativeBMA (97)
iterativeBMAsurv (94)
iterators (0)
iterClust (13)
iteremoval (0)
IVAS (91)
ivygapSE (11)
IWB2011 (0)
IWTomics (53)

J

JASPAR2016 (0)
JASPAR2018 (20)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (14)
joda (97)
JunctionSeq (138)

K

karyoploteR (134)
kBET (0)
KCsmart (96)
kebabs (163)
KEGGgraph (1883)
KEGGlincs (87)
keggorth (2)
keggorthology (127)
KEGGprofile (191)
KEGGREST (2537)
KEGGSOAP (8)
KFAS (0)
kimod (84)

L

labeling (0)
lapmix (97)
latticeExtra (0)
LBE (148)
ldblock (158)
LEA (259)
LedPred (87)
les (99)
leukemiasEset (0)
lfa (216)
liftOver (30)
limma (14617)
limmaGUI (161)
LINC (82)
LineagePulse (2)
Linnorm (113)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (96)
lmdme (98)
LMGene (111)
LOBSTAHS (95)
loci2path (3)
logicFS (226)
logitt (0)
logitT (95)
Logolas (64)
lol (97)
LOLA (140)
LowMACA (89)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (126)
LPEadj (97)
LPEseq (0)
lpNet (93)
lpsymphony (419)
lumi (927)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (100)
lydata (0)
LymphoSeq (90)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3C (13)
M3D (91)
M3DExampleData (0)
M3Drop (162)
maanova (129)
macat (101)
maCorrPlot (99)
MACPET (0)
maDB (3)
made4 (370)
MADSEQ (77)
maftools (392)
MAGeCKFlute (2)
MAGEML (0)
maigesPack (99)
MAIT (124)
makecdfenv (235)
makePlatformDesign (3)
MANOR (100)
manta (97)
MantelCorr (95)
mAPKL (86)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (91)
mapscape (58)
marray (1180)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (282)
maskBAD (92)
MassArray (103)
massiR (94)
MassSpecWavelet (724)
MAST (339)
matchBox (90)
matchprobes (5)
Matrix (0)
MatrixRider (87)
matter (113)
MaxContrastProjection (52)
MBAmethyl (83)
MBASED (97)
MBCB (96)
mBPCR (97)
MBttest (78)
mcaGUI (99)
MCbiclust (59)
MCRestimate (99)
mCSEA (1)
mCSEAdata (1)
mdgsa (97)
mdqc (106)
MEAL (89)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (96)
MEDIPS (164)
MEDME (98)
MEIGOR (102)
MergeMaid (150)
Mergeomics (86)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (164)
meshes (85)
meshr (134)
MeSHSim (72)
messina (86)
metaArray (143)
Metab (105)
metabomxtr (97)
MetaboSignal (92)
metaCCA (87)
MetaCyto (13)
metagene (122)
metagenomeFeatures (93)
metagenomeSeq (562)
MetaGxOvarian (0)
metahdep (94)
metaMS (115)
metaMSdata (0)
MetaNeighbor (2)
metaR (0)
metaSeq (101)
metaseqR (114)
metavizr (63)
metaX (13)
MetCirc (85)
MetCleaning (1)
methimpute (12)
methInheritSim (18)
MethPed (79)
MethTargetedNGS (83)
methVisual (103)
methyAnalysis (187)
MethylAid (109)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (28)
methylInheritance (52)
methylInheritanceSim (1)
methylKit (348)
MethylMix (117)
methylMnM (89)
methylPipe (132)
MethylSeekR (110)
methylumi (995)
methyvim (13)
mfa (20)
Mfuzz (317)
MGFM (90)
MGFR (77)
mgsa (113)
MiChip (93)
microbiome (42)
microrna (0)
microRNA (191)
MIGSA (58)
mimager (51)
MIMOSA (92)
MineICA (97)
minet (860)
minfi (1515)
MinimumDistance (92)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (96)
MIRA (13)
MiRaGE (95)
miRBaseConverter (17)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (84)
miRcompData (0)
mirIntegrator (87)
miRLAB (100)
miRmine (12)
miRNAmeConverter (93)
miRNApath (125)
miRNAtap (144)
miRsponge (14)
Mirsynergy (95)
missMethyl (425)
mitoODE (87)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (306)
MLP (110)
MLSeq (131)
MMDiff (15)
MMDiff2 (84)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (1)
mmnet (72)
MmPalateMiRNA (99)
MODA (85)
mogsa (97)
monocle (686)
MONSTER (2)
MoonlightR (86)
MoPS (89)
mosaics (177)
motifbreakR (113)
motifcounter (55)
MotifDb (320)
motifmatchr (21)
motifRG (137)
motifStack (333)
MotIV (335)
MPFE (85)
mpra (13)
mQTL.NMR (97)
msa (616)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (48)
MSGFgui (154)
MSGFplus (192)
MSIseqData (0)
msmsEDA (170)
msmsTests (168)
MSnbase (971)
MSnID (179)
MSPC (1)
msPurity (83)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (248)
MSstatsBioData (1)
MSstatsQC (15)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (149)
MultiAssayExperiment (297)
multiClust (108)
MultiDataSet (107)
MultiMed (85)
multiMiR (22)
multiOmicsViz (56)
multiscan (94)
multtest (4836)
munsell (0)
muscle (183)
MutationalPatterns (134)
MVCClass (98)
mvGST (92)
MWASTools (72)
mygene (369)
myvariant (104)
mzID (875)
mzR (1273)

N

NADfinder (51)
NanoStringDiff (112)
NanoStringQCPro (114)
NarrowPeaks (98)
ncdfFlow (464)
NCIgraph (113)
ndexr (18)
neaGUI (21)
nem (156)
neoantigenR (1)
netbenchmark (99)
netbiov (108)
NetCRG (0)
nethet (90)
NetPathMiner (116)
netprioR (72)
netReg (52)
netresponse (108)
NetSAM (89)
networkBMA (89)
NGScopy (91)
NGScopyData (0)
nnNorm (96)
NOISeq (478)
nondetects (99)
normalize450K (79)
NormqPCR (256)
normr (84)
npGSEA (104)
NTW (91)
nucleoSim (83)
nucleR (109)
nudge (93)
NuPoP (97)

O

occugene (92)
OCplus (167)
odseq (78)
OGSA (84)
oligo (1430)
oligoClasses (1457)
OLIN (102)
OLINgui (96)
omicade4 (115)
OmicCircos (268)
omicplotR (1)
omicRexposome (1)
OmicsMarkeR (104)
omicsPrint (1)
Onassis (10)
OnassisJavaLibs (1)
oncomix (12)
OncoScore (93)
OncoSimulR (102)
oneChannelGUI (119)
oneSENSE (15)
ontoCAT (116)
ontoProc (12)
ontoTools (3)
openCyto (219)
openPrimeR (14)
openPrimeRui (12)
OperaMate (79)
oposSOM (107)
oppar (79)
OPWeight (19)
OrderedList (243)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (101)
OrganismDbi (2003)
OSAT (101)
Oscope (98)
OTUbase (100)
ouija (1)
OutlierD (105)

P

PAA (114)
PADOG (188)
paircompviz (96)
pairseqsim (1)
pamr (5)
PAN (0)
pandaR (104)
panelcn.mops (14)
PAnnBuilder (116)
panp (116)
PANR (93)
PanVizGenerator (88)
PAPi (108)
parglms (81)
parody (165)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (97)
pathifier (218)
PathNet (114)
PathNetData (0)
PathoStat (98)
pathprint (53)
pathprintGEOData (1)
pathRender (99)
pathVar (85)
pathview (1820)
PathwaySplice (12)
PatientGeneSets (2)
paxtoolsr (144)
Pbase (106)
pbcmc (85)
pcaExplorer (222)
pcaGoPromoter (145)
pcaMethods (2058)
PCAN (83)
pcot2 (138)
PCpheno (94)
pcxn (12)
pdInfoBuilder (190)
pdmclass (89)
PECA (98)
pepDat (0)
pepStat (94)
pepXMLTab (97)
PGA (100)
pgca (50)
PGSEA (219)
pgUtils (3)
phantasus (1)
PharmacoGx (121)
phenoDist (93)
phenopath (20)
phenoTest (133)
PhenStat (95)
philr (85)
phosphonormalizer (62)
phyloseq (1862)
Pi (86)
piano (353)
picaplot (1)
pickgene (97)
PICS (163)
Pigengene (85)
PING (100)
pint (97)
pkgDepTools (131)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (100)
plethy (91)
plgem (109)
plier (248)
PLPE (96)
plrs (89)
plw (91)
plyr (0)
pmm (82)
podkat (96)
pogos (1)
polyester (158)
Polyfit (88)
POST (51)
powerTCR (0)
PPInfer (58)
ppiStats (104)
pqsfinder (86)
prada (277)
prebs (93)
prebsdata (0)
PREDA (99)
predictionet (56)
preprocessCore (7188)
Prize (84)
proBAMr (97)
PROcess (191)
procoil (96)
ProCoNA (93)
proFIA (89)
profileScoreDist (74)
progeny (14)
projectoR (1)
projectR (1)
pRoloc (237)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (106)
PROMISE (93)
PROPER (116)
PROPS (11)
Prostar (111)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (0)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (97)
proteinProfiles (92)
proteomics (15)
ProteomicsAnnotationHubData (86)
proteoQC (115)
ProtGenerics (2737)
PSEA (92)
psichomics (89)
PSICQUIC (119)
psygenet2r (101)
PtH2O2lipids (0)
puma (158)
PureCN (121)
pvac (103)
pvca (155)
Pviz (106)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (142)
pwOmics (93)
pxr (0)

Q

qcmetrics (98)
QDNAseq (173)
qpcrNorm (106)
qpgraph (225)
qrqc (184)
qsea (85)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (106)
quantro (124)
quantsmooth (362)
QuartPAC (88)
QuasR (291)
QuaternaryProd (79)
QUBIC (117)
QUBICdata (0)
qusage (173)
qvalue (4044)

R

R3CPET (85)
r3Cseq (148)
R453Plus1Toolbox (95)
R4RNA (87)
RaggedExperiment (135)
rain (108)
rama (104)
ramigo (0)
RamiGO (139)
ramwas (55)
randPack (93)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (426)
RareVariantVis (84)
Rariant (88)
RbcBook1 (107)
rbcbook1 (0)
RBGL (4912)
RBioinf (101)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (173)
RBM (81)
Rbowtie (303)
Rbowtie2 (21)
rbsurv (105)
Rcade (104)
RCAS (85)
RCASPAR (93)
rcellminer (105)
rcellminerData (0)
rCGH (101)
Rchemcpp (104)
RchyOptimyx (109)
RcisTarget (1)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (1)
RColorBrewer (0)
Rcpi (136)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (162)
RCyjs (86)
RCytoscape (305)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (362)
Rdbi (3)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (85)
rdisop (0)
Rdisop (240)
RDRToolbox (189)
ReactomePA (606)
readat (94)
ReadqPCR (266)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (94)
recount (219)
recountWorkflow (2)
recoup (84)
RedeR (183)
REDseq (141)
RefNet (89)
RefNet.db (0)
RefPlus (97)
regioneR (709)
regionReport (161)
regsplice (77)
REMP (66)
REMPdata (0)
Repitools (281)
ReportingTools (728)
reposTools (1)
ReQON (88)
Resourcerer (6)
restfulSE (14)
restfulSEData (1)
retnfit (1)
rexposome (13)
rfcdmin (1)
rflowcyt (4)
rfPred (92)
rGADEM (416)
RGalaxy (102)
Rgin (0)
RGMQL (1)
RGMQLlib (1)
RGraph2js (79)
Rgraphviz (4818)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (135)
RGSEA (110)
rgsepd (90)
rhdf5 (4986)
rhdf5client (16)
Rhdf5lib (328)
Rhtslib (595)
rHVDM (89)
RiboProfiling (112)
riboSeq (0)
riboSeqR (107)
RImmPort (86)
Ringo (296)
Rintact (2)
rintact (0)
RIPSeeker (145)
Risa (107)
RITAN (45)
RIVER (53)
RIVERpkg (1)
RJMCMCNucleosomes (55)
RLMM (96)
RMAGEML (2)
Rmagpie (91)
RMAPPER (4)
RMassBank (122)
rMAT (85)
rmat (0)
RmiR (101)
rmir (0)
RNAinteract (96)
RNAither (97)
RNAprobR (85)
RNAseq123 (89)
rnaseqcomp (88)
rnaseqGene (229)
RnaSeqGeneEdgeRQL (87)
rnaSeqMap (102)
RNASeqPower (184)
RnaSeqSampleSize (121)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (239)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (93)
roar (109)
ROC (680)
Roleswitch (109)
RoleswitchData (0)
Rolexa (15)
rols (215)
roma (1)
ROntoTools (115)
ropls (285)
ROTS (141)
RPA (127)
RProtoBufLib (93)
RpsiXML (117)
rpx (305)
Rqc (131)
rqt (56)
rqubic (142)
rRDP (90)
rRDPData (0)
Rredland (1)
RRHO (111)
Rsamtools (9645)
rsbml (141)
rSFFreader (57)
RSNPper (2)
RSQLite (0)
Rsubread (1598)
RSVSim (104)
rTANDEM (203)
RTCA (101)
RTCGA (372)
RTCGAToolbox (299)
RTN (138)
RTNduals (56)
RTNsurvival (17)
RTools4TB (2)
RTopper (97)
rtracklayer (9753)
Rtreemix (94)
rTRM (96)
rTRMui (87)
runibic (15)
Ruuid (5)
RUVcorr (96)
RUVnormalize (106)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (462)
RVS (14)
RWebServices (7)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (21263)
safe (310)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (94)
sagx (0)
SAGx (173)
samExploreR (46)
sampleClassifier (54)
SamSPECTRAL (132)
sangerseqR (235)
SANTA (98)
sapFinder (91)
saps (9)
savR (101)
sbgr (6)
SBMLR (112)
SC3 (405)
Scale4C (14)
scales (0)
SCAN.UPC (139)
scater (1121)
scDD (99)
scde (343)
scFeatureFilter (1)
scfind (23)
ScISI (108)
SCLCBam (0)
scmap (32)
SCnorm (43)
scone (99)
scoreInvHap (14)
scPipe (19)
scran (682)
scRNAseq (0)
scsR (81)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (149)
SELEX (88)
SemDist (83)
semisup (52)
SemSim (3)
sendmailR (0)
SEPA (84)
SEPIRA (1)
seq2pathway (97)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (209)
seqbias (106)
seqCAT (11)
seqCNA (99)
seqCNA.annot (0)
seqcombo (16)
SeqGSEA (207)
seqLogo (851)
Seqnames (0)
seqPattern (287)
seqplots (156)
SeqSQC (11)
seqTools (112)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (56)
SeqVarTools (169)
sevenbridges (102)
SGSeq (147)
shinyMethyl (148)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (96)
ShortRead (3614)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (107)
SigCheck (88)
SigFuge (89)
siggenes (1544)
sights (76)
signeR (100)
signet (3)
sigPathway (172)
sigsquared (83)
SIM (95)
SIMAT (90)
SimBindProfiles (88)
similaRpeak (86)
SIMLR (168)
simpleaffy (841)
simpleSingleCell (64)
simulatorAPMS (3)
simulatorZ (86)
sincell (114)
SingleCellExperiment (311)
SISPA (80)
sizepower (127)
SJava (7)
skewr (79)
slalom (17)
SLGI (97)
SLqPCR (112)
SMAP (92)
SMITE (92)
SNAData (1)
SNAGEE (90)
snapCGH (121)
snm (168)
snpAssoc (0)
SNPchip (257)
SNPediaR (84)
snpfier (1)
SNPhood (89)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (14)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (661)
snpStats (814)
SNPtools (0)
soGGi (99)
SomatiCA (22)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (238)
SpacePAC (96)
spade (42)
sparseDOSSA (52)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (97)
SpeCond (138)
SPEM (89)
SPIA (397)
SpidermiR (123)
spikeLI (91)
spkTools (95)
splatter (112)
splicegear (93)
spliceR (158)
spliceSites (96)
SplicingGraphs (141)
splineTCDiffExpr (3)
splineTimeR (82)
SPLINTER (81)
splots (230)
SPONGE (11)
spotSegmentation (98)
SQUADD (88)
SRAdb (542)
sRAP (94)
SRGnet (71)
srnadiff (0)
sscore (97)
sscu (77)
sSeq (114)
ssize (150)
ssizeRNA (0)
SSPA (198)
ssviz (86)
stageR (12)
stam (1)
STAN (101)
staRank (89)
StarBioTrek (79)
Starr (103)
STATegRa (98)
statTarget (127)
stemHypoxia (0)
stepNorm (95)
stepwiseCM (76)
Streamer (92)
STRINGdb (366)
stringr (0)
STROMA4 (52)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (98)
SummarizedExperiment (11929)
supraHex (585)
survcomp (443)
Sushi (247)
sva (2519)
SVAPLSseq (75)
SVM2CRM (81)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (104)
SwathXtend (78)
swfdr (52)
SwimR (83)
switchBox (100)
switchde (80)
synapter (165)
synergyfinder (105)
synlet (78)
systemPipeR (650)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (98)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (101)
TarSeqQC (93)
TCC (211)
TCGAbiolinks (965)
TCGAbiolinksGUI (109)
TCGAutils (0)
TCGAWorkflow (20)
TCseq (58)
TDARACNE (94)
tenXplore (11)
TEQC (125)
ternarynet (87)
testproj (1)
tetradR (0)
TFARM (12)
TFBSTools (336)
TFEA.ChIP (2)
TFHAZ (13)
tiger (0)
tigre (106)
tilingArray (146)
timecourse (130)
TimerQuant (0)
timescape (57)
TIN (83)
TitanCNA (117)
tkWidgets (543)
TMixClust (15)
TnT (13)
tofsims (86)
ToPASeq (65)
topdownr (12)
topGO (1960)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (113)
tracktables (92)
trackViewer (200)
transcriptogramer (12)
transcriptR (81)
tRanslatome (94)
TransView (95)
traseR (89)
Travis (1)
treeio (495)
trena (11)
TReNA (12)
Trendy (1)
triform (86)
trigger (90)
trio (114)
triplex (93)
triwise (1)
tRNAscan2GRanges (1)
tRNAscanImport (0)
TRONCO (115)
Trumpet (1)
TSCAN (187)
tspair (107)
TSRchitect (53)
TSSi (98)
TTMap (0)
TurboNorm (87)
TVTB (72)
tweeDEseq (120)
twilight (239)
twoddpcr (57)
tximport (1568)
tximportData (0)
TypeInfo (88)

U

UNDO (88)
unifiedWMWqPCR (87)
UniProt.ws (236)
Uniquorn (80)
useR2012 (0)
uSORT (73)

V

VanillaICE (131)
variancePartition (138)
VariantAnnotation (4781)
VariantFiltering (142)
variants (25)
VariantTools (127)
vbmp (143)
Vega (91)
VegaMC (88)
viper (155)
virtualArray (15)
vsn (2450)
vtpnet (82)
vulcan (11)

W

wateRmelon (468)
wavClusteR (94)
waveTiling (88)
weaver (122)
webbioc (101)
WebGestalt (1)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (555)
wiggleplotr (57)

X

XBSeq (92)
xcms (907)
XDE (90)
xmapbridge (90)
xmapcore (2)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (112)
xtable (0)
XVector (14493)

Y

y2hStat (1)
yamss (92)
YAPSA (83)
yaqcaffy (120)
yarn (90)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zFPKM (17)
zinbwave (51)
zlibbioc (15870)