Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-01-28 05:49:16 -0800 (Wed, 28 Jan 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (152955)
2BiocGenerics (116449)
3IRanges (107409)
4Biobase (106689)
5AnnotationDbi (94706)
6zlibbioc (72205)
7limma (66526)
8Biostrings (63802)
9GenomeInfoDb (61502)
10GenomicRanges (60685)
11XVector (55947)
12annotate (55460)
13genefilter (48792)
14Rsamtools (48384)
15biomaRt (45971)
16rtracklayer (44179)
17graph (43518)
18GenomicFeatures (41790)
19affy (40594)
20preprocessCore (40201)
21BSgenome (38599)
22affyio (35852)
23geneplotter (32173)
24BiocParallel (31088)
25GenomicAlignments (30720)
26edgeR (30661)
27multtest (28619)
28S4Vectors (27786)
29RBGL (27171)
30GEOquery (24347)
31DESeq (23940)
32Rgraphviz (23878)
33DESeq2 (23452)
34impute (23163)
35biovizBase (22171)
36VariantAnnotation (21361)
37gcrma (17817)
38ShortRead (17183)
39rhdf5 (16659)
40Gviz (16287)
41qvalue (16233)
42GSEABase (15713)
43vsn (15456)
44AnnotationForge (14675)
45Category (14503)
46cummeRbund (14126)
47affyPLM (13821)
48GOstats (13318)
49siggenes (12489)
50ggbio (12191)
51simpleaffy (11607)
52illuminaio (11306)
53DNAcopy (11203)
54marray (10928)
55oligoClasses (10914)
56affxparser (10874)
57oligo (10209)
58minfi (9858)
59mzR (9832)
60annaffy (9653)
61flowCore (9461)
62lumi (9210)
63xcms (9180)
64topGO (9177)
65bumphunter (8840)
66methylumi (8623)
67EBImage (8524)
68DynDoc (8266)
69sva (8194)
70KEGGREST (8087)
71DEXSeq (7579)
72pcaMethods (7322)
73KEGGgraph (7304)
74widgetTools (6977)
75tkWidgets (6949)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/201527144931220
All months2885439219202

A

a4 (2450)
a4Base (2600)
a4Classif (2434)
a4Core (2612)
a4Preproc (2632)
a4Reporting (2433)
ABarray (2329)
ABSSeq (1544)
acepack (1)
aCGH (3143)
ACME (2304)
ADaCGH2 (2208)
adSplit (2176)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10874)
affy (40594)
affycomp (3295)
AffyCompatible (2473)
affyContam (2256)
affycoretools (5853)
affydata (2)
AffyExpress (2459)
affyILM (2155)
affyio (35852)
affylmGUI (3392)
affyPara (2160)
affypdnn (2612)
affyPLM (13821)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6273)
AffyRNADegradation (2153)
AffyTiling (2281)
AGDEX (2081)
Agi4x44PreProcess (1120)
agilp (2494)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2669)
AIMS (24)
ALDEx2 (486)
AllelicImbalance (1901)
alsace (1444)
altcdfenvs (2224)
ampliQueso (1795)
AnalysisPageServer (11)
annaffy (9653)
AnnBuilder (33)
annmap (1053)
annotate (55460)
annotation (247)
AnnotationDbi (94706)
AnnotationForge (14675)
AnnotationFuncs (2265)
AnnotationHub (3312)
annotationTools (2887)
anota (2239)
antiProfiles (1982)
apcluster (1)
apComplex (2293)
aroma.light (5513)
ArrayExpress (4804)
ArrayExpressHTS (1306)
arrayMagic (16)
arrayMvout (2093)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2797)
arrayQualityMetrics (5507)
arrays (403)
ArrayTools (2608)
ArrayTV (1887)
ARRmNormalization (1867)
ASEB (1978)
ASGSCA (460)
asmn (1469)
ASSET (1795)
ASSIGN (1425)
AtlasRDF (1473)
attract (2049)

B

BAC (1994)
BADER (1934)
BAGS (1756)
ballgown (628)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1928)
Basic4Cseq (1597)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3126)
baySeq (4673)
BBmisc (1)
bcellViper (3)
BCRANK (2318)
beadarray (6924)
beadarraySNP (2250)
BeadDataPackR (6285)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1433)
betr (2189)
bgafun (2095)
BGmix (1163)
bgx (2068)
BHC (2470)
BicARE (2098)
BiGGR (1865)
bigmemoryExtras (1222)
bioassayR (2121)
Biobase (106689)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2095)
BiocCheck (1997)
biocDatasets (37)
BiocGenerics (116449)
biocGraph (2228)
BiocInstaller (152955)
biocinstaller (3)
BiocParallel (31088)
BiocStyle (4656)
biocViews (3099)
bioDist (4651)
biomaRt (45971)
BioMVCClass (2248)
biomvRCNS (1839)
BioNet (3413)
BioSeqClass (2120)
Biostrings (63802)
biosvd (1458)
biovizbase (1)
biovizBase (22171)
BiRewire (1825)
birta (1985)
BiSeq (2391)
bitops (1)
BitSeq (2531)
blima (540)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2291)
BrainStars (2003)
brew (1)
bridge (2027)
BridgeDbR (450)
BSgenome (38599)
bsseq (2728)
BufferedMatrix (2078)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (2012)
bumphunter (8840)
BUS (1907)

C

CAFE (1406)
CAGEr (2080)
CALIB (1911)
CAMERA (3553)
cancerclass (1903)
CancerMutationAnalysis (1997)
Cardinal (7)
casper (1890)
Category (14503)
categoryCompare (1934)
ccrepe (1389)
cellGrowth (1893)
cellhts (1)
cellHTS (1985)
cellHTS2 (2946)
CellNOptR (2303)
CexoR (1727)
CFAssay (434)
CGEN (2067)
CGHbase (2577)
CGHcall (2440)
cghcall (1)
cghMCR (2024)
CGHnormaliter (1908)
CGHregions (1994)
ChAMP (3033)
charm (2207)
checkmate (1)
ChemmineOB (2434)
ChemmineR (3695)
chemminer (3)
chimera (2891)
chipenrich (1713)
ChIPpeakAnno (6082)
ChIPQC (1617)
ChIPseeker (1938)
chipseq (4133)
ChIPseqR (2149)
ChIPsim (2099)
ChIPXpress (1039)
chopsticks (2147)
chroGPS (1846)
chromDraw (6)
ChromHeatMap (2018)
ChromoViz (1)
cisPath (1820)
ClassifyR (467)
cleanUpdTSeq (1615)
cleaver (2009)
clippda (1855)
clipper (2020)
Clomial (1323)
Clonality (1861)
clonotypeR (1617)
clst (1828)
clstutils (1774)
clusterProfiler (3606)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2083)
CMA (2551)
cn.farms (1856)
cn.mops (3231)
CNAnorm (1969)
CNEr (1600)
CNORdt (1793)
CNORfeeder (1724)
CNORfuzzy (1794)
CNORode (1839)
CNTools (2225)
cnvGSA (1833)
CNVrd2 (1671)
CNVtools (2036)
cnvtools (1)
cobindR (1630)
CoCiteStats (1993)
codelink (1938)
CODEX (5)
CoGAPS (776)
coGPS (1744)
COHCAP (1528)
colorspace (1)
coMET (9)
COMPASS (1369)
compcodeR (1528)
compEpiTools (466)
CompGO (1361)
ConsensusClusterPlus (3193)
convert (3158)
copa (2019)
COPDSexualDimorphism (1286)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2117)
CopyNumber450k (1360)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (448)
Cormotif (1779)
CorMut (1832)
coRNAi (1808)
CORREP (1870)
cosmiq (475)
cosmo (147)
cosmoGUI (180)
COSNet (411)
CoverageView (863)
cpvSNP (2)
cqn (2548)
CRImage (2078)
CRISPRseek (1548)
crlmm (3480)
CSAR (2282)
csaw (467)
CSSP (1625)
ctc (4433)
cummeRbund (14126)
cummerbund (1)
customProDB (1745)
cycle (1945)

D

dagLogo (1595)
dama (2)
daMA (1795)
DART (1786)
DASiR (1804)
DAVIDQuery (2425)
DBChIP (1997)
DBI (1)
ddCt (2334)
ddgraph (1866)
DECIPHER (2103)
DeconRNASeq (1826)
DEDS (1874)
deepSNV (2005)
DEGraph (2118)
DEGreport (470)
DEGseq (3862)
degseq (1)
deltaGseg (1642)
derfinder (504)
derfinderData (4)
derfinderHelper (501)
derfinderPlot (445)
DESeq (23940)
DESeq2 (23452)
DEXSeq (7579)
dexus (1793)
DFP (1800)
dichromat (1)
DiffBind (4066)
diffGeneAnalysis (1968)
digest (1)
DirichletMultinomial (2218)
dks (1746)
DMRcate (1484)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1318)
DNAcopy (11203)
DNaseR (1695)
domainsignatures (1944)
DOQTL (530)
DOSE (4001)
DriverNet (1761)
DrugVsDisease (1823)
DSS (2195)
DTA (1754)
dualKS (1527)
DupChecker (454)
dyebias (1829)
DynDoc (8266)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1972)
easyRNASeq (4515)
EBarrays (2566)
EBcoexpress (1869)
EBImage (8524)
EBSeq (3504)
EBSeqHMM (419)
ecolitk (1905)
EDASeq (3339)
edd (50)
EDDA (1409)
edger (1)
edgeR (30661)
eiR (1071)
eisa (2222)
ELBOW (1319)
EnrichmentBrowser (450)
ensemblVEP (2525)
ENVISIONQuery (1818)
epigenomix (1765)
epivizr (1948)
eQTL (34)
erccdashboard (468)
ExiMiR (1899)
exomeCopy (2471)
exomePeak (1745)
exonfindR (255)
exonmap (113)
explorase (1389)
ExpressionView (1853)
expressionview (1)
externalVector (277)

F

fabia (2403)
facopy (408)
facopy.annot (5)
factDesign (2085)
fail (1)
farms (2021)
fastLiquidAssociation (1155)
fastseg (1856)
fbat (34)
fdrame (1904)
FEM (437)
ffpe (1788)
FGNet (1873)
flagme (1906)
flipflop (1630)
flowBeads (1596)
flowBin (1324)
flowcatchR (431)
flowCHIC (424)
flowCL (1314)
flowClean (479)
flowClust (2984)
flowCore (9461)
flowCyBar (1297)
flowDensity (522)
flowFit (1616)
flowFlowJo (1974)
flowFP (2061)
flowMap (1651)
flowMatch (1329)
flowMeans (2304)
flowMerge (2154)
flowPeaks (1925)
flowPhyto (1775)
flowPlots (1877)
flowq (1)
flowQ (1503)
flowQB (1749)
FlowSOM (13)
flowStats (4137)
flowTrans (1981)
flowType (2046)
flowUtils (2233)
flowViz (5837)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5127)
fmcsR (2398)
focalCall (405)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (449)
FRGEpistasis (1272)
frma (2784)
frmaTools (2015)
FunciSNP (1969)

G

gaga (2000)
gage (4818)
gaggle (1815)
gaia (1773)
gaucho (1294)
gCMAP (1869)
gCMAPWeb (1686)
gcrma (17817)
gdsfmt (333)
geecc (402)
genArise (1806)
GENE.E (2054)
gene2pathway (212)
GeneAnswers (3972)
GeneExpressionSignature (1886)
genefilter (48792)
genefu (2377)
GeneGA (1122)
GeneGroupAnalysis (233)
GeneMeta (2356)
GeneNetworkBuilder (1859)
GeneOverlap (1396)
geneplotter (32173)
GeneR (70)
geneRecommender (2047)
GeneRegionScan (1780)
generegulation (92)
GeneRfold (37)
geneRxCluster (1308)
GeneSelectMMD (1815)
GeneSelector (2148)
GeneSpring (32)
geNetClassifier (1781)
GeneticsBase (29)
GeneticsDesign (1884)
GeneticsPed (2045)
GeneTraffic (64)
GeneTS (4)
genoCN (1829)
genomation (21)
GenomeGraphs (3917)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (61502)
genomeIntervals (4683)
genomes (2083)
GenomicAlignments (30720)
GenomicFeatures (41790)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1550)
GenomicInteractions (423)
GenomicRanges (60685)
GenomicTuples (443)
Genominator (2336)
genoset (2729)
GenoView (404)
GEOmetadb (2908)
GEOquery (24347)
geoquery (1)
GEOsubmission (1815)
gespeR (6)
GEWIST (1699)
gff3Plotter (4)
GGBase (3396)
ggbio (12191)
GGtools (2613)
ggtree (18)
girafe (2151)
GLAD (2709)
GlobalAncova (2285)
globaltest (4417)
gmapR (1108)
GOexpress (473)
GOFunction (2136)
goProfiles (2418)
goprofiles (2)
GOSemSim (4941)
gosemsim (1)
goseq (5126)
GOSim (2227)
gostats (1)
GOstats (13318)
GOsummaries (527)
GOTHiC (1319)
goTools (2521)
gpls (2615)
gprege (1707)
gQTLBase (12)
gQTLstats (12)
graph (43518)
GraphAlignment (1831)
GraphAT (1811)
graphite (3236)
GraphPAC (1654)
GRENITS (1905)
GreyListChIP (2)
grndata (4)
groHMM (428)
GSAR (491)
GSBenchMark (4)
GSCA (1311)
gseabase (1)
GSEABase (15713)
GSEAlm (2404)
GSReg (413)
GSRI (1818)
GSVA (2651)
Gviz (16287)
gwascat (2141)
GWASTools (3278)

H

h5vc (1815)
hapFabia (1764)
Harshlight (1844)
HCsnip (1675)
HDTD (458)
Heatplus (6765)
HELP (1797)
HEM (1770)
hexbin (185)
hiAnnotator (474)
highthroughputassays (25)
HilbertVis (3045)
HilbertVisGUI (1533)
hiReadsProcessor (406)
HiTC (1937)
Hmisc (1)
HMMcopy (1980)
hopach (3213)
hpar (1938)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2966)
HTSanalyzeR (2263)
HTSeqGenie (452)
htseqtools (2)
htSeqTools (2104)
HTSFilter (1962)
HybridMTest (1705)
hyperdraw (2052)
hypergraph (2613)

I

iASeq (1917)
iBBiG (1783)
ibh (1689)
iBMQ (1628)
Icens (3462)
iChip (1761)
iClusterPlus (4614)
IdeoViz (416)
idiogram (1850)
IdMappingAnalysis (1689)
IdMappingRetrieval (1723)
iFlow (211)
illuminaio (11306)
imageHTS (1917)
IMPCdata (382)
impute (23163)
INPower (1238)
inSilicoDb (2526)
inSilicoMerging (2415)
intansv (1696)
interactiveDisplay (3248)
interactiveDisplayBase (1362)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (11)
inveRsion (1705)
inversion (1)
iontree (1722)
iPAC (1775)
IPPD (1945)
IRanges (107409)
iranges (1)
iSeq (1781)
isobar (2189)
IsoGeneGUI (1797)
iSPlot (2)
ITALICS (1758)
iterativeBMA (1772)
iterativeBMAsurv (1764)
iterators (1)
IVAS (1)

J

jmosaics (1655)
joda (1735)

K

KCsmart (1782)
kebabs (478)
KEGGgraph (7304)
keggorth (19)
keggorthology (2054)
KEGGprofile (2279)
KEGGREST (8087)
KEGGSOAP (473)

L

labeling (1)
lapmix (1846)
latticeExtra (1)
LBE (2080)
les (1796)
limma (66526)
limmaGUI (3106)
LiquidAssociation (1809)
liquidassociation (1)
lmdme (1753)
LMGene (2036)
logicFS (2397)
logitt (1)
logitT (1804)
lol (1758)
LowMACAdb (4)
LPE (2189)
LPEadj (1754)
lpNet (1694)
lumi (9210)
LVSmiRNA (1893)

M

M3D (427)
maanova (2563)
macat (1797)
maCorrPlot (1735)
maDB (391)
madb (1)
made4 (4380)
maigesPack (1781)
MAIT (478)
makecdfenv (3499)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1788)
manta (1745)
MantelCorr (1774)
mAPKL (1)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1568)
marray (10928)
maSigPro (2785)
maskBAD (1696)
MassArray (1878)
massiR (1277)
MassSpecWavelet (3343)
matchBox (1713)
matchprobes (106)
MBAmethyl (391)
MBASED (432)
MBCB (1803)
mBPCR (1751)
mcaGUI (1774)
MCRestimate (1954)
mdgsa (10)
mdqc (1968)
MeasurementError.cor (1688)
MEDIPS (2584)
MEDME (1800)
MEIGOR (415)
MergeMaid (2456)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1479)
meshr (1321)
MeSHSim (8)
messina (1262)
metaArray (2401)
Metab (429)
metabomxtr (401)
metagene (427)
metagenomeSeq (2900)
metahdep (1728)
metaMS (1401)
metaMSdata (3)
metaSeq (1593)
metaseqR (1368)
methVisual (1861)
methyAnalysis (2504)
MethylAid (495)
MethylMix (421)
methylMnM (1623)
methylPipe (534)
MethylSeekR (1850)
methylumi (8623)
Mfuzz (3824)
mfuzz (1)
MGFM (398)
mgsa (1931)
MiChip (1727)
microRNA (2515)
MIMOSA (1298)
MineICA (1664)
minet (4296)
minfi (9858)
MinimumDistance (1716)
MiPP (1776)
MiRaGE (1742)
miRNApath (2048)
miRNAtap (422)
Mirsynergy (1308)
missMethyl (485)
mitoODE (1470)
MLInterfaces (3210)
MLP (1814)
MLSeq (1430)
MMDiff (1755)
mmnet (1377)
MmPalateMiRNA (1816)
monocle (705)
MoPS (439)
mosaics (2132)
MotifDb (3107)
motifRG (1837)
motifStack (2849)
MotIV (3138)
MPFE (380)
mQTL.NMR (421)
MSGFgui (452)
MSGFplus (463)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1579)
msmsTests (1545)
MSnbase (3737)
MSnID (465)
msQC (55)
MSstats (2017)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1831)
MultiMed (394)
multiscan (1719)
multtest (28619)
munsell (1)
MVCClass (1897)
mvGST (412)
mygene (526)
mzID (2518)
mzR (9832)

N

NarrowPeaks (1787)
ncdfFlow (4484)
NCIgraph (2174)
neaGUI (1683)
nem (1871)
netbenchmark (1)
netbiov (443)
nethet (6)
NetPathMiner (1332)
netresponse (1759)
NetSAM (1625)
networkBMA (1733)
NGScopy (398)
NGScopyData (4)
nnNorm (1745)
NOISeq (3531)
nondetects (1286)
NormqPCR (2196)
npGSEA (1322)
NTW (1705)
nucleR (1867)
nucler (1)
nudge (1698)
NuPoP (1765)

O

occugene (1769)
OCplus (1935)
oligo (10209)
oligoClasses (10914)
oligoclasses (1)
OLIN (1847)
OLINgui (1727)
omicade4 (1749)
OmicCircos (2283)
OncoSimulR (314)
oneChannelGUI (2631)
ontoCAT (1922)
ontoTools (45)
openCyto (1901)
oposSOM (505)
OrderedList (2735)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (5331)
OSAT (1682)
OTUbase (1891)
OutlierD (1859)

P

PAA (407)
PADOG (1750)
paircompviz (1557)
pairseqsim (4)
pamr (53)
PAnnBuilder (1913)
panp (1950)
PANR (1700)
PAPi (1694)
parglms (2)
parody (2266)
pathifier (1596)
PathNet (1685)
pathRender (1870)
pathview (5849)
PatientGeneSets (61)
paxtoolsr (463)
Pbase (428)
pcaGoPromoter (2045)
pcaMethods (7322)
pcot2 (1728)
PCpheno (1736)
pdInfoBuilder (2640)
pdmclass (1819)
PECA (1360)
pepDat (4)
pepStat (399)
pepXMLTab (385)
PGSEA (2420)
pgUtils (503)
phenoDist (1650)
phenoTest (1907)
PhenStat (1302)
phyloseq (5440)
piano (2722)
pickgene (1727)
PICS (2438)
PING (1816)
pint (1783)
pkgDepTools (2066)
plateCore (1814)
plethy (1560)
plgem (1767)
plier (3120)
PLPE (1835)
plrs (1643)
plw (1713)
plyr (1)
polyester (453)
Polyfit (431)
ppiStats (1840)
prada (3579)
prebs (1663)
PREDA (1752)
predictionet (1048)
preprocessCore (40201)
proBAMr (339)
PROcess (2386)
procoil (1681)
ProCoNA (1586)
pRoloc (1806)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (458)
PROMISE (1728)
PROPER (7)
prot2D (1620)
proteinProfiles (1551)
proteoQC (447)
PSEA (391)
PSICQUIC (1798)
puma (2085)
pvac (1759)
pvca (1848)
Pviz (437)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2129)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1472)
QDNAseq (1462)
qpcrNorm (1866)
qpgraph (2898)
qrqc (2148)
QUALIFIER (1651)
quantro (414)
quantsmooth (3721)
QuartPAC (5)
QuasR (4089)
qusage (1568)
qvalue (16233)

R

r3Cseq (1832)
R453Plus1Toolbox (1859)
rain (416)
rama (1953)
RamiGO (2346)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1695)
RankProd (4337)
Rariant (1269)
RbcBook1 (1883)
RBGL (27171)
rbioinf (1)
RBioinf (1906)
rBiopaxParser (1877)
Rbowtie (4053)
rbsurv (1831)
Rcade (1680)
RCASPAR (1700)
Rchemcpp (1579)
RchyOptimyx (1840)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2053)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4165)
RDAVIDWebService (2549)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (26)
Rdisop (2216)
RDRToolbox (2292)
ReactomePA (2748)
ReadqPCR (2252)
reb (1720)
RedeR (2352)
REDseq (1908)
RefNet (1263)
RefPlus (1782)
regionReport (407)
Repitools (3142)
ReportingTools (5947)
ReQON (1737)
Resourcerer (1437)
rflowcyt (35)
rfPred (1544)
rGADEM (3527)
RGalaxy (1823)
Rgraphviz (23878)
RGSEA (463)
rgsepd (6)
rhdf5 (16659)
rHVDM (1699)
riboSeq (48)
riboSeqR (416)
ringo (1)
Ringo (3628)
Rintact (26)
RIPSeeker (1866)
Risa (1761)
RLMM (1713)
RMAGEML (11)
rmagpie (1)
Rmagpie (1735)
RMAPPER (1382)
RMassBank (1834)
rMAT (1133)
RmiR (2066)
RNAinteract (1752)
RNAither (1834)
rnaither (1)
rnaseqGene (148)
rnaSeqMap (1931)
RNASeqPower (1924)
RnaSeqSampleSize (8)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads.hg19 (4)
Rnits (405)
roar (1306)
ROC (5451)
Roleswitch (1551)
Rolexa (1868)
rols (2011)
ROntoTools (1768)
RPA (1928)
RpsiXML (2005)
rpx (1549)
Rqc (420)
rqubic (1766)
rRDP (403)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1645)
rsamtools (3)
Rsamtools (48384)
rsbml (2285)
rSFFreader (1033)
RSNPper (14)
RSQLite (1)
Rsubread (3649)
RSVSim (1700)
rTANDEM (2111)
RTCA (1814)
RTN (1741)
RTools4TB (27)
RTopper (1743)
rtracklayer (44179)
Rtreemix (1753)
rTRM (1638)
rTRMui (1545)
Ruuid (62)
RUVnormalize (432)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (870)
RWebServices (372)

S

S4Vectors (27786)
safe (2081)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1758)
SAGx (2155)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1859)
sangerseqR (1664)
SANTA (1610)
sapFinder (1303)
saps (10)
savR (1212)
SBMLR (1838)
scales (1)
SCAN.UPC (2120)
ScISI (1898)
scsR (1226)
SeattleIntro2010 (4)
segmentSeq (1864)
SemDist (395)
SemSim (15)
sendmailR (1)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1815)
seqbias (1946)
seqCNA (1599)
SeqGSEA (2487)
seqLogo (6457)
Seqnames (31)
seqPattern (5)
seqplots (477)
seqTools (419)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (24)
SeqVarTools (1597)
SGSeq (405)
shinyMethyl (535)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1592)
ShortRead (17183)
sidap (2)
sigaR (1784)
SigCheck (397)
SigFuge (1567)
siggenes (12489)
sigPathway (2331)
SIM (1783)
SimBindProfiles (1490)
simpleaffy (11607)
simulatorAPMS (44)
simulatorZ (393)
sizepower (2095)
SJava (449)
SLGI (1769)
slgi (1)
SLqPCR (2079)
SMAP (1721)
SNAGEE (1561)
snapCGH (2300)
snm (1999)
SNPchip (3451)
snpMatrix (265)
SNPRelate (813)
snpStats (6016)
SomatiCA (1685)
SomaticSignatures (1571)
SpacePAC (1513)
spade (2368)
specL (408)
SpeCond (1778)
SPEM (1554)
SPIA (3270)
spikeLI (1669)
spkTools (1685)
splicegear (1758)
spliceR (2205)
spliceSites (1540)
SplicingGraphs (1727)
splots (2988)
spotSegmentation (1865)
SQUADD (1623)
SRAdb (4164)
sRAP (1782)
sscore (1677)
sSeq (1566)
ssize (2135)
SSPA (1891)
ssviz (449)
stam (10)
STAN (422)
staRank (1638)
Starr (1884)
STATegRa (416)
stepNorm (1698)
stepwiseCM (1660)
Streamer (1890)
STRINGdb (1956)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1778)
survcomp (3894)
Sushi (1637)
sva (8194)
SwimR (1446)
switchBox (395)
synapter (1926)
systemPipeR (587)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1591)
TargetSearch (1845)
TCC (2185)
TDARACNE (1842)
TEQC (1893)
ternarynet (1629)
tfbstools (1)
TFBSTools (2121)
tigre (1843)
tilingArray (2521)
timecourse (2226)
TitanCNA (1353)
tkWidgets (6949)
ToPASeq (421)
topGO (9177)
tracktables (398)
trackViewer (1425)
tRanslatome (1704)
TransView (1727)
triform (1623)
trigger (1733)
trio (1786)
triplex (1662)
TRONCO (7)
TSCAN (389)
tspair (1879)
TSSi (1733)
TurboNorm (1757)
tweeDEseq (1993)
twilight (2869)
typeinfo (1)
TypeInfo (1723)

U

UNDO (1267)
unifiedWMWqPCR (1272)
UniProt.ws (2261)

V

VanillaICE (2058)
VariantAnnotation (21361)
VariantFiltering (1515)
variants (157)
VariantTools (1011)
vbmp (2194)
Vega (1715)
VegaMC (1747)
viper (1309)
virtualArray (1979)
vsn (15456)
vtpnet (1559)

W

wateRmelon (3473)
wavClusteR (488)
waveTiling (1636)
weaver (2216)
webbioc (1815)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6977)

X

xcms (9180)
XDE (1745)
xmapbridge (1694)
xmapcore (194)
XML (1)
xps (2584)
XVector (55947)

Y

yaqcaffy (2088)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (72205)