Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-01-17 08:56:19 -0800 (Tue, 17 Jan 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (26428)
2BiocGenerics (19092)
3IRanges (18025)
4S4Vectors (17283)
5Biobase (16134)
6AnnotationDbi (15076)
7zlibbioc (13389)
8Biostrings (11916)
9limma (11711)
10XVector (11607)
11GenomeInfoDb (11461)
12GenomicRanges (11439)
13BiocParallel (9916)
14SummarizedExperiment (8579)
15annotate (8258)
16rtracklayer (8251)
17genefilter (7926)
18GenomicAlignments (7867)
19Rsamtools (7669)
20biomaRt (7615)
21GenomicFeatures (7202)
22graph (7165)
23preprocessCore (5945)
24edgeR (5903)
25DESeq2 (5419)
26geneplotter (5125)
27BSgenome (4890)
28affy (4768)
29affyio (4448)
30Rgraphviz (4259)
31RBGL (4116)
32VariantAnnotation (4056)
33multtest (3844)
34impute (3350)
35GEOquery (3076)
36qvalue (3073)
37DESeq (3044)
38rhdf5 (2949)
39Gviz (2826)
40biovizBase (2758)
41GSEABase (2533)
42ShortRead (2372)
43AnnotationHub (2371)
44interactiveDisplayBase (2125)
45AnnotationForge (1948)
46Category (1945)
47ensembldb (1944)
48KEGGREST (1862)
49GOstats (1823)
50vsn (1765)
51DNAcopy (1754)
52topGO (1727)
53gcrma (1697)
54sva (1651)
55OrganismDbi (1638)
56illuminaio (1583)
57ggbio (1582)
58minfi (1564)
59siggenes (1479)
60cummeRbund (1413)
61EBImage (1402)
62oligoClasses (1399)
63oligo (1379)
64pcaMethods (1364)
65BiocStyle (1358)
66affxparser (1295)
67bumphunter (1281)
68KEGGgraph (1239)
69affyPLM (1217)
70GOSemSim (1190)
71DOSE (1187)
72mzR (1164)
73marray (1149)
74phyloseq (1112)
75clusterProfiler (1074)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (162)
a4Base (189)
a4Classif (157)
a4Core (193)
a4Preproc (191)
a4Reporting (164)
ABAData (0)
ABAEnrichment (122)
ABAFuncData (0)
ABarray (159)
ABSSeq (147)
acde (106)
acepack (0)
aCGH (244)
ACME (159)
ADaCGH2 (145)
adSplit (142)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1295)
affy (4768)
affycomp (213)
AffyCompatible (153)
affyContam (147)
affycoretools (447)
affydata (2)
AffyExpress (158)
affyILM (140)
affyio (4448)
affylmGUI (238)
affyPara (147)
affypdnn (183)
affyPLM (1217)
affyQCReport (395)
AffyRNADegradation (141)
AffyTiling (104)
AGDEX (133)
Agi4x44PreProcess (29)
agilp (219)
AgiMicroRna (183)
AIMS (250)
ALDEx2 (144)
AllelicImbalance (156)
alpine (26)
alpineData (1)
alsace (120)
altcdfenvs (164)
AMOUNTAIN (21)
amplican (1)
ampliQueso (118)
AnalysisPageServer (111)
anamiR (20)
Anaquin (20)
AneuFinder (68)
AneuFinderData (1)
annaffy (617)
AnnBuilder (8)
annmap (100)
annotate (8258)
annotation (18)
AnnotationDbi (15076)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1948)
AnnotationFuncs (178)
AnnotationHub (2371)
AnnotationHubData (126)
Annotations (0)
annotationTools (203)
annotatr (22)
annotatr.data (1)
anota (148)
antiProfiles (125)
apcluster (0)
apComplex (157)
applera (3)
aroma.light (996)
ArrayExpress (477)
ArrayExpressHTS (74)
arrayMagic (4)
arraymvout (0)
arrayMvout (138)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (161)
arrayQualityMetrics (520)
arrays (36)
ArrayTools (204)
ArrayTV (127)
ARRmNormalization (124)
ASAFE (20)
ASEB (126)
ASGSCA (118)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (10)
ASpli (26)
ASSET (132)
ASSIGN (124)
AtlasRDF (122)
attract (134)

B

BaalChIP (18)
BAC (138)
bacon (70)
BADER (126)
BadRegionFinder (56)
BAGS (125)
ballgown (420)
bamsignals (172)
base64enc (0)
BaseSpaceR (146)
Basic4Cseq (137)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (68)
BatchJobs (0)
BatchQC (94)
BayesKnockdown (20)
BayesPeak (200)
baySeq (467)
BBCAnalyzer (98)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (145)
beadarray (707)
beadarraySNP (158)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (630)
BeadExplorer (2)
BEAT (121)
BEclear (108)
betr (168)
bgafun (132)
BgeeDB (73)
BGmix (71)
bgx (141)
BHC (213)
BicARE (159)
BiGGR (121)
BigMatrix (0)
bigmelon (19)
bigmemoryExtras (71)
bim (2)
bioassayR (169)
Biobase (16134)
biobroom (131)
bioCancer (22)
BiocCaseStudies (142)
BiocCheck (293)
biocDatasets (7)
BiocGenerics (19092)
biocGraph (205)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (26428)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (9916)
BiocStyle (1358)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (461)
BiocWorkflowTools (19)
bioDist (359)
biodist (0)
biomaRt (7615)
BioMedR (0)
biomformat (508)
BioMVCClass (132)
biomvRCNS (125)
BioNet (287)
BioQC (58)
BioSeqClass (139)
biosigner (72)
biostrings (0)
Biostrings (11916)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (117)
biovizBase (2758)
BiRewire (181)
birta (129)
birte (118)
BiSeq (230)
bitops (0)
BitSeq (330)
blima (117)
blimaTestingData (0)
BPRMeth (16)
BRAIN (180)
BrainStars (129)
brew (0)
bridge (140)
BridgeDbR (120)
BrowserViz (101)
BrowserVizDemo (81)
BSgenome (4890)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (435)
BubbleTree (127)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (150)
BufferedMatrixMethods (141)
BUMHMM (1)
bumphunter (1281)
BUS (125)
BuxcoR (0)

C

CAFE (111)
CAGEr (162)
CALIB (129)
CAMERA (371)
camera (0)
canceR (115)
cancerclass (120)
CancerInSilico (17)
CancerMutationAnalysis (134)
CancerSubtypes (20)
CAnD (109)
caOmicsV (100)
Cardinal (135)
casper (127)
Category (1945)
categoryCompare (120)
CausalR (107)
ccdata (1)
ccmap (21)
CCPROMISE (16)
ccrepe (127)
cellbaseR (1)
cellGrowth (130)
cellHTS (122)
cellHTS2 (246)
cellity (76)
CellMapper (23)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (164)
cellTree (69)
CexoR (121)
CFAssay (113)
CGEN (157)
CGHbase (276)
CGHcall (237)
cghMCR (254)
CGHnormaliter (133)
CGHregions (154)
cghregions (0)
ChAMP (318)
ChAMPdata (0)
charm (161)
checkmate (0)
ChemmineOB (212)
ChemmineR (391)
Chicago (77)
chimera (177)
chimeraviz (1)
ChIPComp (115)
chipenrich (134)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (1)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (686)
ChIPQC (221)
ChIPseeker (456)
ChipSeq (0)
chipseq (442)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (203)
ChIPsim (191)
ChIPXpress (92)
chopsticks (252)
chroGPS (116)
chromDraw (105)
ChromHeatMap (136)
ChromoViz (4)
chromPlot (69)
chromstaR (20)
chromstaRData (2)
CHRONOS (55)
CINdex (56)
cisPath (124)
ClassifyR (132)
cleanUpdTSeq (118)
cleaver (199)
clippda (124)
clipper (162)
Clomial (115)
Clonality (130)
clonotypeR (123)
clst (126)
clstutils (117)
clustComp (59)
clusterExperiment (24)
clusterProfiler (1074)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (1)
ClusterSignificance (57)
clusterStab (178)
CMA (203)
cn.farms (122)
cn.mops (231)
CNAnorm (151)
cnanorm (0)
CNEr (236)
CNORdt (123)
CNORfeeder (120)
CNORfuzzy (123)
CNORode (129)
CNPBayes (96)
CNTools (334)
cnvGSA (121)
CNVPanelizer (109)
CNVrd2 (124)
CNVtools (145)
cnvtools (0)
cobindR (115)
CoCiteStats (137)
codelink (141)
codetoolsBioC (0)
CODEX (147)
CoGAPS (117)
cogena (119)
coGPS (115)
COHCAP (143)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (138)
COMPASS (130)
compcodeR (131)
compEpiTools (132)
CompGO (142)
ComplexHeatmap (796)
CONFESS (47)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (667)
consensusSeekeR (65)
contiBAIT (56)
conumee (129)
convert (240)
copa (141)
COPDSexualDimorphism (7)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (243)
CopyNumber450k (107)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (145)
CoRegNet (124)
Cormotif (127)
CorMut (127)
coRNAi (116)
CORREP (132)
coseq (1)
cosmiq (112)
cosmo (15)
cosmoGUI (14)
COSNet (110)
CountClust (68)
covEB (20)
CoverageView (115)
covRNA (22)
cpvSNP (104)
cqn (198)
CRImage (167)
CRISPRseek (162)
crisprseekplus (17)
CrispRVariants (66)
crlmm (255)
crossmeta (24)
CSAR (206)
csaw (227)
CSSP (130)
ctc (354)
ctsGE (20)
cummeRbund (1413)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (153)
CVE (20)
cycle (131)
cytofkit (170)
CytoML (21)

D

dada2 (148)
dagLogo (111)
daMA (124)
DAPAR (112)
DAPARdata (1)
DART (119)
DASiR (92)
DAVIDQuery (86)
davidquery (0)
DBChIP (152)
DBI (0)
dcGSA (57)
DChIPRep (103)
ddCt (189)
ddgraph (119)
DDiGGER (0)
debrowser (78)
DECIPHER (250)
DeconRNASeq (132)
DEDS (130)
DeepBlueR (24)
deepSNV (153)
DEFormats (79)
DEGraph (154)
DEGreport (111)
DEGseq (344)
DelayedArray (2)
deltaGseg (111)
DeMAND (107)
derfinder (175)
derfinderData (0)
derfinderHelper (163)
derfinderPlot (128)
deseq (0)
DESeq (3044)
DESeq2 (5419)
destiny (239)
DEsubs (19)
DEXSeq (776)
dexus (133)
DFP (127)
dichromat (0)
DiffBind (545)
diffGeneAnalysis (126)
diffHic (148)
DiffLogo (99)
diffloop (40)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (111)
diggitdata (0)
Director (19)
DirichletMultinomial (255)
discordant (0)
dks (120)
DMRcaller (114)
DMRcate (265)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (113)
DMRScan (0)
DNABarcodes (106)
DNAcopy (1754)
DNaseR (12)
DNAshapeR (76)
domainsignatures (130)
doppelgangR (60)
DOQTL (135)
DOSE (1187)
DRIMSeq (56)
DriverNet (133)
DrugVsDisease (131)
dSimer (20)
DSS (299)
DTA (114)
dualKS (124)
DupChecker (109)
dupRadar (136)
DvDdata (0)
dyebias (130)
DynDoc (691)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (154)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (316)
EBarrays (200)
EBcoexpress (131)
EBImage (1402)
EBSEA (57)
EBSeq (479)
EBSeqHMM (136)
ecolitk (129)
EDASeq (894)
edd (12)
EDDA (113)
edge (173)
edger (0)
edgeR (5903)
eegc (20)
EfficientR (0)
EGAD (64)
EGSEA (80)
EGSEAdata (1)
eiR (69)
eisa (146)
ELBOW (109)
ELMER (131)
ELMER.data (0)
EMDomics (109)
EmpiricalBrownsMethod (67)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (127)
ENmix (126)
EnrichedHeatmap (114)
EnrichmentBrowser (210)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (1944)
ensemblVEP (188)
ENVISIONQuery (116)
EpiCluster (7)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (121)
epivizr (167)
epivizrData (77)
epivizrServer (75)
epivizrStandalone (60)
eQTL (3)
erccdashboard (160)
erma (133)
esetVis (22)
eudysbiome (90)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (56)
ExiMiR (127)
exomeCopy (239)
exomePeak (140)
exonfindR (0)
exonmap (15)
ExperimentHub (71)
ExperimentHubData (62)
explorase (107)
ExpressionAtlas (63)
ExpressionNormalizationWorkflow (3)
expressionview (0)
ExpressionView (124)
exprExternal (1)
externalVector (14)

F

fabia (202)
facopy (112)
facopy.annot (0)
factDesign (149)
fail (0)
FamAgg (58)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (136)
fastLiquidAssociation (107)
fastseg (227)
fbat (8)
fCCAC (17)
fCI (92)
fdrame (127)
FEM (153)
ffpe (134)
FGNet (169)
fgsea (262)
FindMyFriends (114)
FISHalyseR (103)
FitHiC (19)
flagme (123)
Fletcher2013a (0)
flipflop (130)
flowAI (69)
flowBeads (112)
flowBin (112)
flowcatchR (105)
flowCHIC (106)
flowCL (128)
flowClean (124)
flowClust (313)
flowCore (879)
flowCyBar (114)
flowDensity (154)
flowFit (115)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (23)
flowFP (139)
flowMap (115)
flowMatch (111)
flowMeans (194)
flowMerge (158)
flowPeaks (143)
flowPhyto (17)
flowPloidy (16)
flowPloidyData (1)
flowPlots (124)
flowq (0)
flowQ (143)
flowQB (118)
FlowRepositoryR (105)
FlowSOM (163)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (305)
flowTrack (1)
flowTrans (139)
flowType (146)
flowUtils (297)
flowViz (554)
flowVS (109)
flowWorkspace (447)
fmcsR (202)
focalCall (109)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (125)
FRGEpistasis (107)
frma (282)
frmaTools (148)
fucci (1)
FunChIP (18)
FunciSNP (139)
funtooNorm (0)
furrowSeg (0)

G

gaga (137)
gage (713)
gaggle (131)
gaia (122)
GAprediction (17)
garfield (57)
gaucho (107)
gcapc (1)
gcatest (87)
gCMAP (139)
gCMAPWeb (115)
gCrisprTools (17)
gcrma (1697)
gdsfmt (648)
geecc (102)
GEM (21)
genArise (123)
genbankr (67)
GENE.E (152)
gene2pathway (11)
GeneAnswers (195)
geneAttribution (18)
GeneBreak (89)
geneClassifiers (1)
GeneExpressionSignature (130)
genefilter (7926)
genefu (281)
GeneGA (87)
GeneGeneInteR (21)
GeneGroupAnalysis (6)
GeneMeta (179)
GeneNetworkBuilder (124)
GeneOverlap (157)
geneplast (19)
geneplotter (5125)
GeneR (12)
geneRecommender (128)
GeneRegionScan (120)
generegulation (5)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (106)
GeneSelectMMD (118)
GeneSelector (177)
GENESIS (143)
GeneSpring (11)
geNetClassifier (149)
GeneticsBase (5)
GeneticsDesign (156)
GeneticsPed (171)
GeneTraffic (9)
GeneTS (5)
genetw12 (0)
geneXtendeR (19)
genoCN (118)
GenoGAM (58)
genomation (214)
genomationData (0)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (308)
GenomeInfoDb (11461)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (676)
genomes (158)
GenomicAlignments (7867)
GenomicFeatures (7202)
GenomicFiles (515)
GenomicInteractions (132)
GenomicRanges (11439)
GenomicTuples (114)
Genominator (144)
genoset (236)
genotypeeval (91)
GenoView (52)
genphen (57)
GenRank (53)
GenVisR (133)
GEOmetadb (286)
geoquery (0)
GEOquery (3076)
GEOsearch (96)
GEOsubmission (120)
geosubmission (0)
gespeR (103)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (111)
gff3Plotter (4)
GGBase (194)
ggbio (1582)
ggcyto (109)
GGtools (177)
ggtree (643)
girafe (188)
GISPA (1)
GLAD (250)
Glimma (118)
GlobalAncova (171)
globalSeq (55)
globaltest (473)
gmapR (105)
GMRP (55)
GOAL (0)
goCluster (1)
GOexpress (186)
GOFunction (149)
GoogleGenomics (106)
GOpro (18)
goProfiles (182)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1190)
goseq (634)
GOSim (168)
gostats (0)
GOstats (1823)
GOsummaries (158)
GOTHiC (130)
goTools (186)
gotools (0)
gpls (206)
gprege (116)
gQTLBase (212)
gQTLstats (212)
graph (7165)
GraphAlignment (128)
GraphAT (120)
graphite (532)
GraphPAC (120)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (122)
GreyListChIP (105)
GRmetrics (19)
grndata (0)
groHMM (120)
GRridge (2)
GSALightning (58)
GSAR (116)
GSBenchMark (0)
GSCA (110)
GSE64985 (1)
GSEABase (2533)
GSEAlm (208)
GSReg (104)
GSRI (129)
GSVA (337)
gtkWidgets (0)
gtrellis (112)
GUIDEseq (96)
Guitar (95)
Gviz (2826)
gwascat (234)
GWASTools (310)

H

h5vc (135)
hapFabia (120)
Harman (56)
HarmanData (1)
Harshlight (128)
harshlight (0)
HCsnip (112)
HDF5Array (64)
HDTD (105)
healthyFlowData (0)
Heatplus (702)
HelloRanges (13)
HelloRangesData (1)
HELP (128)
HEM (124)
hexbin (23)
hiAnnotator (108)
HIBAG (123)
hierGWAS (90)
highthroughputassays (6)
HilbertCurve (105)
hilbertvis (0)
HilbertVis (423)
HilbertVisGUI (96)
hiReadsProcessor (89)
HiTC (174)
Hmisc (0)
HMMcopy (161)
hopach (281)
hpar (211)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (251)
HTSanalyzeR (183)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (77)
htseqtools (0)
htSeqTools (197)
HTSFilter (180)
HybridMTest (108)
hyperdraw (150)
hypergraph (205)

I

iASeq (118)
iBBiG (143)
ibh (114)
iBMQ (108)
iCARE (60)
Icens (312)
iCheck (94)
iChip (111)
iClusterPlus (129)
iCOBRA (55)
ideogram (0)
IdeoViz (127)
idiogram (123)
IdMappingAnalysis (109)
IdMappingRetrieval (120)
iFlow (6)
iGC (88)
IHW (162)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1583)
imageHTS (129)
Imetagene (91)
ImmuneSpaceR (55)
immunoClust (99)
IMPCdata (98)
ImpulseDE (21)
impute (3350)
InPAS (109)
INPower (106)
inSilicoDb (197)
inSilicoMerging (150)
insilicomerging (0)
INSPEcT (96)
intansv (123)
InteractionSet (87)
interactiveDisplay (319)
interactiveDisplayBase (2125)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (120)
IONiseR (119)
iontree (118)
iPAC (123)
IPO (24)
IPPD (161)
iranges (0)
IRanges (18025)
iSeq (119)
iSNetwork (1)
isobar (195)
IsoGeneGUI (114)
ISoLDE (49)
isomiRs (58)
iSPlot (2)
ITALICS (124)
iterativeBMA (124)
iterativeBMAsurv (120)
iterators (0)
IVAS (99)
IWB2011 (0)
IWTomics (1)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (85)
joda (117)
JunctionSeq (80)

K

KCsmart (119)
kebabs (155)
KEGGgraph (1239)
KEGGlincs (17)
keggorth (5)
keggorthology (151)
KEGGprofile (211)
KEGGREST (1862)
KEGGSOAP (19)
KFAS (0)
kimod (55)

L

labeling (0)
lapmix (123)
latticeExtra (0)
LBE (166)
ldblock (90)
LEA (190)
LedPred (97)
les (129)
leukemiasEset (0)
lfa (273)
liftOver (11)
limma (11711)
limmaGUI (201)
LINC (18)
Linnorm (58)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (126)
lmdme (118)
LMGene (144)
LOBSTAHS (21)
logicFS (217)
logitt (0)
logitT (116)
lol (121)
LOLA (122)
LowMACA (107)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (142)
LPEadj (119)
LPEseq (1)
lpNet (113)
lpsymphony (163)
lumi (975)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (127)
lydata (1)
LymphoSeq (52)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (100)
M3DExampleData (1)
M3Drop (20)
maanova (166)
macat (131)
maCorrPlot (122)
maDB (9)
made4 (391)
MADSEQ (18)
maftools (47)
MAGEML (0)
maigesPack (124)
MAIT (133)
makecdfenv (260)
makePlatformDesign (10)
MANOR (124)
manta (117)
MantelCorr (117)
mAPKL (88)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (109)
marray (1149)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (284)
maskBAD (112)
MassArray (129)
massiR (113)
MassSpecWavelet (355)
MAST (32)
matchBox (109)
matchprobes (12)
Matrix (0)
MatrixRider (97)
matter (16)
MBAmethyl (98)
MBASED (109)
MBCB (120)
mBPCR (121)
MBttest (50)
mcaGUI (117)
MCbiclust (1)
MCRestimate (124)
mdgsa (101)
mdqc (130)
MEAL (104)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (125)
MEDIPS (223)
MEDME (121)
MEIGOR (104)
MergeMaid (192)
Mergeomics (54)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (175)
meshes (18)
meshr (161)
MeSHSim (97)
messina (101)
metaArray (181)
Metab (120)
metabomxtr (106)
MetaboSignal (22)
metaCCA (55)
metagene (133)
metagenomeFeatures (88)
metagenomeSeq (545)
metahdep (121)
metaMS (124)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (114)
metaseqR (128)
metaX (93)
MetCirc (20)
MethPed (54)
MethTargetedNGS (103)
methVisual (130)
methyAnalysis (222)
MethylAid (127)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (1)
methylKit (55)
MethylMix (127)
methylMnM (108)
methylPipe (150)
MethylSeekR (125)
methylumi (980)
Mfuzz (427)
MGFM (98)
MGFR (18)
mgsa (135)
MiChip (117)
microrna (0)
microRNA (214)
mimager (0)
MIMOSA (118)
MineICA (115)
minet (467)
minfi (1564)
MinimumDistance (115)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (126)
MiRaGE (115)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (93)
miRcompData (0)
mirIntegrator (94)
miRLAB (106)
miRNAmeConverter (54)
miRNApath (153)
miRNAtap (139)
Mirsynergy (110)
missMethyl (212)
mitoODE (105)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (333)
MLP (131)
MLSeq (142)
MMDiff (105)
MMDiff2 (55)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (3)
mmnet (123)
MmPalateMiRNA (123)
MODA (21)
mogsa (112)
monocle (336)
MoonlightR (18)
MoPS (101)
mosaics (344)
motifbreakR (112)
MotifDb (287)
motifRG (143)
motifStack (277)
MotIV (284)
MPFE (98)
mQTL.NMR (110)
msa (434)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (154)
MSGFplus (186)
MSIseqData (0)
msmsEDA (172)
msmsTests (173)
MSnbase (584)
MSnID (175)
msPurity (23)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (189)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (172)
MultiAssayExperiment (44)
multiClust (63)
MultiDataSet (60)
MultiMed (99)
multiscan (117)
multtest (3844)
munsell (0)
muscle (205)
MutationalPatterns (20)
MVCClass (125)
mvGST (102)
MWASTools (2)
mygene (309)
myvariant (99)
mzID (499)
mzR (1164)

N

NanoStringDiff (99)
NanoStringQCPro (119)
NarrowPeaks (126)
ncdfFlow (347)
NCIgraph (159)
neaGUI (128)
nem (151)
netbenchmark (108)
netbiov (113)
NetCRG (3)
nethet (104)
NetPathMiner (123)
netprioR (18)
netresponse (133)
NetSAM (114)
networkBMA (117)
NGScopy (107)
NGScopyData (0)
nnNorm (119)
NOISeq (456)
nondetects (122)
normalize450K (51)
NormqPCR (231)
normr (19)
npGSEA (147)
NTW (110)
nucleoSim (62)
nucleR (134)
nudge (116)
NuPoP (120)

O

occugene (113)
OCplus (194)
odseq (53)
OGSA (88)
oligo (1379)
oligoClasses (1399)
OLIN (126)
OLINgui (123)
omicade4 (136)
OmicCircos (285)
OmicsMarkeR (106)
OncoScore (59)
OncoSimulR (109)
oneChannelGUI (155)
ontoCAT (140)
ontoTools (9)
openCyto (205)
OperaMate (88)
oposSOM (116)
oppar (51)
OrderedList (254)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
OrganismDbi (1638)
OSAT (116)
Oscope (102)
OTUbase (126)
OutlierD (130)

P

PAA (124)
PADOG (141)
paircompviz (114)
pairseqsim (3)
pamr (14)
PAN (0)
pandaR (104)
PAnnBuilder (133)
panp (145)
PANR (119)
PanVizGenerator (56)
PAPi (120)
parglms (93)
parody (181)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (96)
pathifier (177)
PathNet (159)
PathNetData (0)
PathoStat (17)
pathprint (1)
pathRender (124)
pathVar (89)
pathview (1034)
PatientGeneSets (4)
paxtoolsr (189)
Pbase (112)
pbcmc (54)
pcaExplorer (91)
pcaGoPromoter (120)
pcaMethods (1364)
PCAN (52)
pcot2 (163)
PCpheno (116)
pdInfoBuilder (223)
pdmclass (129)
PECA (106)
pepDat (0)
pepStat (101)
pepXMLTab (107)
PGA (95)
PGSEA (255)
pgUtils (7)
PharmacoGx (26)
phenoDist (110)
phenoTest (133)
PhenStat (106)
philr (17)
phosphonormalizer (2)
phyloseq (1112)
Pi (13)
piano (307)
pickgene (121)
PICS (209)
Pigengene (20)
PING (131)
pint (121)
pkgDepTools (149)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (119)
plethy (108)
plgem (130)
plier (303)
PLPE (122)
plrs (114)
plw (117)
plyr (0)
pmm (93)
podkat (103)
polyester (153)
Polyfit (97)
ppiStats (131)
pqsfinder (53)
prada (289)
prebs (115)
prebsdata (0)
PREDA (113)
predictionet (62)
preprocessCore (5945)
Prize (88)
proBAMr (109)
PROcess (194)
procoil (118)
ProCoNA (107)
proFIA (17)
profileScoreDist (52)
pRoloc (240)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (119)
PROMISE (116)
PROPER (122)
Prostar (106)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (118)
proteinProfiles (113)
proteomics (12)
ProteomicsAnnotationHubData (82)
proteoQC (107)
ProtGenerics (933)
PSEA (107)
psichomics (17)
PSICQUIC (142)
psygenet2r (54)
PtH2O2lipids (1)
puma (189)
PureCN (66)
pvac (125)
pvca (152)
Pviz (115)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (178)
pwOmics (101)
pxr (0)

Q

qcmetrics (109)
QDNAseq (174)
qpcrNorm (130)
qpgraph (241)
qrqc (221)
qsea (21)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (123)
quantro (122)
quantsmooth (384)
QuartPAC (96)
QuasR (361)
QuaternaryProd (52)
QUBIC (70)
QUBICdata (1)
qusage (180)
qvalue (3073)

R

R3CPET (101)
r3Cseq (173)
R453Plus1Toolbox (123)
R4RNA (54)
rain (122)
rama (128)
ramigo (0)
RamiGO (180)
ramwas (1)
randPack (115)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (428)
RareVariantVis (90)
Rariant (108)
RbcBook1 (123)
rbcbook1 (0)
RBGL (4116)
RBioinf (121)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (182)
RBM (96)
Rbowtie (330)
rbsurv (125)
Rcade (118)
RCAS (21)
RCASPAR (113)
rcellminer (127)
rcellminerData (0)
rCGH (103)
Rchemcpp (119)
RchyOptimyx (126)
RColorBrewer (0)
Rcpi (134)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (91)
RCyjs (92)
RCytoscape (370)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (357)
Rdbi (10)
RdbiPgSQL (3)
rDGIdb (18)
rdisop (0)
Rdisop (214)
RDRToolbox (213)
ReactomePA (449)
readat (17)
ReadqPCR (235)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (122)
recount (33)
recoup (51)
RedeR (249)
REDseq (167)
RefNet (115)
RefNet.db (0)
RefPlus (120)
regioneR (502)
regionReport (127)
regsplice (15)
Repitools (311)
ReportingTools (598)
reposTools (3)
ReQON (115)
Resourcerer (20)
rfcdmin (2)
rflowcyt (8)
rfPred (106)
rGADEM (368)
RGalaxy (124)
RGraph2js (53)
Rgraphviz (4259)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (116)
RGSEA (125)
rgsepd (98)
rhdf5 (2949)
Rhtslib (350)
rHVDM (113)
RiboProfiling (104)
riboSeq (0)
riboSeqR (124)
RImmPort (54)
Ringo (328)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (156)
Risa (121)
RJMCMCNucleosomes (1)
RLMM (122)
RMAGEML (3)
Rmagpie (117)
RMAPPER (14)
RMassBank (134)
rMAT (93)
rmat (0)
RmiR (138)
rmir (0)
RNAinteract (119)
RNAither (130)
RNAprobR (99)
RNAseq123 (3)
rnaseqcomp (99)
rnaseqGene (162)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (125)
RNASeqPower (194)
RnaSeqSampleSize (122)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (287)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (105)
roar (112)
ROC (632)
Roleswitch (124)
RoleswitchData (0)
Rolexa (96)
rols (234)
ROntoTools (131)
ropls (232)
ROTS (67)
RPA (138)
RpsiXML (138)
rpx (244)
Rqc (146)
rqubic (143)
rRDP (103)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (136)
Rsamtools (7669)
rsbml (161)
rSFFreader (59)
RSNPper (7)
RSQLite (0)
Rsubread (796)
RSVSim (129)
rTANDEM (189)
RTCA (126)
RTCGA (226)
RTCGAToolbox (185)
RTN (149)
RTools4TB (9)
RTopper (116)
rtracklayer (8251)
Rtreemix (119)
rTRM (119)
rTRMui (104)
Ruuid (13)
RUVcorr (103)
RUVnormalize (126)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (360)
RWebServices (32)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (17283)
safe (270)
SAGElyzer (4)
sagenhaft (114)
sagx (0)
SAGx (203)
samExploreR (1)
SamSPECTRAL (144)
sangerseqR (207)
SANTA (116)
sapFinder (105)
saps (84)
savR (128)
sbgr (63)
SBMLR (138)
SC3 (97)
scales (0)
SCAN.UPC (173)
scater (204)
scDD (1)
scde (149)
ScISI (132)
SCLCBam (0)
scone (1)
scran (171)
scRNAseq (1)
scsR (97)
SeattleIntro2010 (1)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (174)
SELEX (98)
SemDist (93)
SemSim (8)
sendmailR (0)
SEPA (86)
seq2pathway (114)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (180)
seqbias (135)
seqCNA (115)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (237)
seqLogo (777)
Seqnames (0)
seqPattern (189)
seqplots (163)
seqTools (130)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (1)
sequencing (44)
SeqVarTools (157)
sevenbridges (64)
SGSeq (149)
shinyMethyl (158)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (113)
ShortRead (2372)
SICtools (47)
sidap (0)
sigaR (115)
SigCheck (110)
SigFuge (106)
siggenes (1479)
sights (17)
signeR (20)
sigPathway (204)
sigsquared (96)
SIM (127)
SIMAT (95)
SimBindProfiles (102)
similaRpeak (99)
SIMLR (19)
simpleaffy (892)
simpleSingleCell (13)
simulatorAPMS (11)
simulatorZ (105)
sincell (123)
SISPA (88)
sizepower (157)
SJava (34)
skewr (95)
SLGI (116)
SLqPCR (137)
SMAP (112)
SMITE (57)
SNAData (2)
SNAGEE (109)
snapCGH (155)
snm (185)
snpAssoc (0)
SNPchip (295)
SNPediaR (20)
SNPhood (96)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (24)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (544)
snpStats (774)
SNPtools (0)
soGGi (106)
SomatiCA (112)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (251)
SpacePAC (111)
spade (191)
sparseDOSSA (1)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (105)
SpeCond (161)
SPEM (104)
SPIA (378)
SpidermiR (71)
spikeLI (115)
spkTools (118)
splicegear (121)
spliceR (165)
spliceSites (109)
SplicingGraphs (159)
splineTCDiffExpr (30)
splineTimeR (53)
SPLINTER (16)
splots (245)
spotSegmentation (126)
SQUADD (112)
SRAdb (564)
sRAP (116)
SRGnet (15)
sscore (122)
sscu (50)
sSeq (122)
ssize (168)
ssizeRNA (1)
SSPA (181)
ssviz (107)
stam (3)
STAN (118)
staRank (107)
StarBioTrek (15)
Starr (123)
STATegRa (112)
statTarget (23)
stemHypoxia (0)
stepNorm (121)
stepwiseCM (115)
Streamer (114)
STRINGdb (263)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (98)
SummarizedExperiment (8579)
supraHex (467)
survcomp (464)
Sushi (222)
sva (1651)
SVAPLSseq (17)
SVM2CRM (98)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (99)
SwathXtend (52)
swfdr (1)
SwimR (100)
switchBox (108)
switchde (18)
synapter (170)
synergyfinder (21)
synlet (87)
systemPipeR (556)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (117)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (128)
TarSeqQC (83)
TCC (228)
TCGAbiolinks (568)
TCseq (0)
TDARACNE (123)
TEQC (149)
ternarynet (104)
tetradR (1)
TFBSTools (255)
tiger (0)
tigre (127)
tilingArray (173)
timecourse (162)
TimerQuant (0)
TIN (95)
TitanCNA (124)
tkWidgets (639)
tofsims (58)
ToPASeq (123)
topGO (1727)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (122)
tracktables (105)
trackViewer (185)
transcriptR (55)
tRanslatome (114)
TransView (111)
traseR (91)
Travis (0)
treeio (1)
triform (110)
trigger (112)
trio (154)
triplex (114)
TRONCO (117)
TSCAN (120)
tspair (131)
TSSi (125)
TurboNorm (114)
TVTB (13)
tweeDEseq (142)
twilight (253)
tximport (389)
tximportData (1)
TypeInfo (121)

U

UNDO (104)
unifiedWMWqPCR (103)
UniProt.ws (247)
Uniquorn (50)
useR2012 (0)
uSORT (16)

V

VanillaICE (177)
variancePartition (121)
VariantAnnotation (4056)
VariantFiltering (171)
variants (16)
VariantTools (121)
vbmp (163)
Vega (115)
VegaMC (109)
viper (155)
virtualArray (31)
vsn (1765)
vtpnet (101)

W

wateRmelon (431)
wavClusteR (113)
waveTiling (106)
weaver (146)
webbioc (130)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (2)
widgetTools (656)

X

XBSeq (97)
xcms (790)
XDE (118)
xmapbridge (107)
xmapcore (4)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (130)
xtable (0)
XVector (11607)

Y

y2hStat (1)
yamss (18)
YAPSA (19)
yaqcaffy (157)
yarn (19)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (13389)