Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2017-01-20 16:16:25 -0800 (Fri, 20 Jan 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1516)
2airway (626)
3geneLenDataBase (550)
4pasilla (515)
5affydata (394)
6golubEsets (393)
7bladderbatch (290)
8HSMMSingleCell (280)
9gageData (277)
10faahKO (249)
11minfiData (247)
12CLL (229)
13fission (226)
14ChAMPdata (217)
15Illumina450ProbeVariants.db (215)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (1)
a4Reporting (1)
ABAData (88)
affy (1)
affycompData (39)
affycoretools (0)
affydata (394)
Affyhgu133A2Expr (29)
Affyhgu133aExpr (33)
Affyhgu133Plus2Expr (33)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (65)
Affymoe4302Expr (28)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (0)
AIMS (1)
airway (626)
all (0)
ALL (1516)
ALLMLL (120)
alpineData (7)
AmpAffyExample (45)
AneuFinderData (44)
annotate (1)
AnnotationDbi (1)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (44)
aracne.networks (8)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (1)
ARRmData (85)
AshkenazimSonChr21 (18)
ASSET (1)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (42)
beadarray (1)
beadarrayExampleData (57)
BeadArrayUseCases (57)
BeadDataPackR (1)
beta7 (42)
Biobase (5)
BiocGenerics (1)
BiocInstaller (1)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (2)
biovizBase (1)
BiRewire (1)
birta (1)
bladderbatch (290)
blimaTestingData (22)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (66)
breastCancerNKI (85)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (57)
breastCancerUNT (48)
breastCancerUPP (53)
breastCancerVDX (116)
bronchialIL13 (29)
BSgenome (1)
bsseqData (53)
bumphunter (1)

C

CAMERA (1)
cancerdata (47)
CardinalWorkflows (23)
Category (1)
ccdata (15)
CCl4 (46)
ccTutorial (25)
CellMapperData (6)
ceu1kg (19)
ceu1kgv (14)
ceuhm3 (18)
cgdv17 (57)
cghMCR (1)
ChAMPdata (217)
charmData (31)
cheung2010 (19)
chimera (1)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (1)
chipenrich (1)
chipenrich.data (97)
ChIPexoQualExample (0)
ChIPQC (1)
chipseq (1)
ChIPseqR (1)
ChIPsim (1)
ChIPXpressData (80)
chopsticks (1)
chroGPS (1)
chromDraw (1)
ChromHeatMap (1)
chromstaRData (14)
cisPath (1)
cleanUpdTSeq (1)
cleaver (1)
clippda (1)
clipper (1)
CLL (229)
Clomial (1)
Clonality (1)
clonotypeR (1)
clst (1)
clstutils (1)
clusterStab (1)
CMA (1)
cMap2data (88)
cn.farms (1)
cn.mops (1)
CNAnorm (1)
CNEr (1)
CNORdt (1)
CNORfeeder (1)
CNORfuzzy (1)
CNORode (1)
CNPBayes (1)
CNTools (1)
cnvGSA (1)
cnvGSAdata (24)
CNVPanelizer (1)
CNVrd2 (1)
CNVtools (1)
cobindR (1)
CoCiteStats (1)
codelink (1)
CODEX (1)
CoGAPS (1)
cogena (1)
coGPS (1)
COHCAP (1)
COHCAPanno (96)
colonCA (58)
coMET (1)
COMPASS (1)
compcodeR (1)
CompGO (1)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (9)
ConnectivityMap (22)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (1)
convert (1)
copa (1)
COPDSexualDimorphism.data (84)
CopyhelpeR (99)
copynumber (1)
CopyNumber450k (1)
CopyNumber450kData (42)
CopywriteR (1)
CoRegNet (1)
Cormotif (1)
CorMut (1)
coRNAi (1)
CORREP (1)
COSMIC.67 (28)
cosmiq (1)
COSNet (1)
cpvSNP (1)
cqn (1)
CRCL18 (15)
CRImage (1)
crlmm (1)
csaw (1)
CSSP (1)
ctc (1)
cummeRbund (1)
curatedBladderData (25)
curatedBreastData (22)
curatedCRCData (18)
curatedMetagenomicData (6)
curatedOvarianData (65)
customProDB (1)
cycle (1)
cytofkit (1)

D

dagLogo (1)
daMA (1)
DAPAR (1)
DAPARdata (41)
DART (1)
DASiR (1)
DAVIDQuery (1)
davidTiling (27)
DBChIP (1)
ddCt (1)
ddgraph (1)
DECIPHER (1)
DeconRNASeq (1)
DEDS (1)
deepSNV (1)
DEGraph (1)
DEGseq (1)
derfinderData (30)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (25)
destiny (1)
dexus (1)
DFP (1)
DiffBind (1)
diffGeneAnalysis (1)
diffHic (1)
DiffLogo (1)
diffloopdata (11)
diggit (1)
diggitdata (20)
DirichletMultinomial (1)
dks (1)
DLBCL (66)
DmelSGI (16)
DMRcaller (1)
DMRcatedata (180)
DMRforPairs (1)
DNABarcodes (1)
DNAcopy (1)
domainsignatures (1)
DonaPLLP2013 (14)
DOQTL (1)
DREAM4 (22)
dressCheck (19)
DriverNet (1)
DrugVsDisease (1)
DrugVsDiseasedata (87)
dsQTL (23)
DSS (1)
DTA (1)
dualKS (1)
DupChecker (1)
DvDdata (16)
dyebias (1)
dyebiasexamples (26)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (1)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (27)
EBarrays (1)
EBcoexpress (1)
EBImage (1)
EBSeq (1)
EBSeqHMM (1)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (48)
ecolitk (1)
EDASeq (0)
EDDA (1)
edge (1)
edgeR (1)
EGSEAdata (60)
eisa (1)
ELBOW (1)
ELMER (1)
ELMER.data (86)
EMDomics (1)
ENCODEFig4Band4D (3)
encodnasei (0)
encoDnaseI (20)
EnrichedHeatmap (1)
ensemblVEP (1)
ENVISIONQuery (1)
epigenomix (1)
erccdashboard (1)
erma (1)
ESNSTCC (0)
estrogen (133)
etec16s (7)
eudysbiome (1)
ExiMiR (1)
exomeCopy (1)
explorase (1)
ExpressionView (1)

F

faahKO (249)
fabia (1)
fabiaData (21)
facopy.annot (68)
facsDorit (32)
factDesign (1)
FANTOM3and4CAGE (25)
farms (1)
fastseg (1)
fCI (1)
fdrame (1)
FEM (1)
ffpe (1)
ffpeExampleData (22)
FGNet (1)
fibroEset (113)
FindMyFriends (1)
FIs (36)
FISHalyseR (1)
fission (226)
flagme (1)
Fletcher2013a (23)
Fletcher2013b (22)
flipflop (1)
flowBeads (1)
flowBin (1)
flowcatchR (1)
flowCHIC (1)
flowCL (1)
flowClean (1)
flowClust (1)
flowCore (1)
flowCyBar (1)
flowDensity (1)
flowFit (1)
flowFitExampleData (23)
flowFP (1)
flowMap (1)
flowMatch (1)
flowMeans (1)
flowMerge (1)
flowPeaks (1)
flowPloidyData (3)
flowPlots (1)
flowQB (1)
flowQBData (4)
FlowRepositoryR (1)
FlowSOM (1)
FlowSorted.Blood.450k (123)
FlowSorted.CordBlood.450k (25)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (2)
FlowSorted.DLPFC.450k (19)
flowStats (1)
flowTrans (1)
flowType (1)
flowUtils (1)
flowViz (1)
flowVS (1)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (60)
fmcsR (1)
focalCall (1)
FourCSeq (1)
FRGEpistasis (1)
frma (1)
frmaExampleData (34)
frmaTools (1)
fucci (1)
FunciSNP (1)
FunciSNP.data (98)
furrowSeg (6)

G

gaga (1)
gage (1)
gageData (277)
gaggle (1)
gaia (1)
gaschYHS (25)
gatingMLData (27)
gaucho (1)
gcatest (1)
gCMAP (1)
gCMAPWeb (1)
gcrma (1)
gcspikelite (88)
gdsfmt (1)
geecc (1)
genArise (1)
GENE.E (1)
GeneAnswers (1)
GeneBreak (1)
GeneExpressionSignature (1)
genefilter (2)
genefu (1)
geneLenDataBase (550)
GeneMeta (1)
GeneNetworkBuilder (1)
GeneOverlap (1)
geneplotter (1)
geneRecommender (1)
GeneRegionScan (1)
geneRxCluster (1)
GeneSelectMMD (1)
GeneSelector (1)
GENESIS (1)
geNetClassifier (1)
GeneticsDesign (1)
GeneticsPed (1)
genoCN (1)
genomationData (40)
GenomeGraphs (1)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (2)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (3)
GenomicTuples (1)
Genominator (1)
genoset (1)
genotypeeval (1)
GenoView (1)
GEOmetadb (1)
GEOquery (2)
GEOsubmission (1)
gespeR (1)
GeuvadisTranscriptExpr (10)
geuvPack (67)
geuvStore (13)
geuvStore2 (20)
GEWIST (1)
GGBase (1)
ggbio (0)
GGdata (45)
ggtut (14)
globaltest (1)
GOFunction (1)
golubEsets (393)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (70)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (13)
GSEABase (1)
gskb (24)
GSVAdata (75)
Gviz (1)
GWASdata (52)
GWASTools (1)

H

h5vcData (85)
hapmap100khind (22)
hapmap100kxba (36)
hapmap500knsp (20)
hapmap500ksty (20)
hapmapsnp5 (32)
hapmapsnp6 (50)
harbChIP (30)
HarmanData (10)
HD2013SGI (19)
healthyFlowData (22)
HEEBOdata (28)
HelloRangesData (3)
hgu133abarcodevecs (21)
hgu133afrmavecs (4)
hgu133plus2barcodevecs (21)
hgu133plus2frmavecs (5)
hgu2beta7 (24)
HiCDataHumanIMR90 (26)
HiCDataLymphoblast (22)
Hiiragi2013 (54)
HIVcDNAvantWout03 (20)
hmyriB36 (22)
HSMMSingleCell (280)
HumanAffyData (5)
humanStemCell (64)

I

IHW (2)
IHWpaper (6)
Illumina450ProbeVariants.db (215)
IlluminaDataTestFiles (64)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (3)
illuminaio (1)
impute (2)
ind1KG (18)
intansv (1)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (22)
IRanges (5)
ITALICSData (80)
Iyer517 (25)

J

JASPAR2014 (73)
JASPAR2016 (40)
JctSeqData (14)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (17)
KEGGdzPathwaysGEO (108)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (37)
KOdata (11)

L

leeBamViews (81)
leukemiasEset (67)
LiebermanAidenHiC2009 (24)
limma (4)
ListerEtAlBSseq (15)
lumi (1)
lumiBarnes (43)
LungCancerACvsSCCGEO (71)
LungCancerLines (29)
lungExpression (37)
lydata (5)
lymphoma (2)

M

M3DExampleData (4)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (2)
MAIT (0)
makecdfenv (1)
mammaPrintData (20)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (37)
MAQCsubset (27)
MAQCsubsetAFX (30)
MAQCsubsetILM (21)
marray (1)
MEALData (16)
MEDIPSData (43)
MEEBOdata (27)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (22)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (19)
MethylMix (0)
methylumi (1)
Mfuzz (1)
minet (1)
minfi (1)
minfiData (247)
minfiDataEPIC (14)
minionSummaryData (18)
miRcompData (57)
miRNATarget (25)
mitoODEdata (66)
MMDiffBamSubset (25)
mosaicsExample (28)
mouse4302barcodevecs (16)
mouse4302frmavecs (4)
MSBdata (15)
msd16s (30)
msdata (195)
MSnbase (0)
msPurityData (6)
msqc1 (12)
mtbls2 (26)
MUGAExampleData (28)
Mulder2012 (17)
multtest (2)
mvoutData (24)
mygene (1)
mzID (0)
mzR (1)

N

ncdfFlow (1)
NCIgraphData (20)
Neve2006 (22)
neve2006 (0)
NGScopyData (23)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
oneChannelGUI (1)
OrderedList (1)
OrganismDbi (0)

P

PAA (1)
parathyroid (5)
parathyroidSE (129)
pasilla (515)
pasillaBamSubset (153)
PasillaTranscriptExpr (11)
pathifier (1)
PathNetData (24)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (26)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (23)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (22)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (16)
pd.atdschip.tiling (23)
pepDat (19)
PGPC (7)
PGSEA (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (3)
phyloseq (1)
plasFIA (3)
polyester (1)
ppiData (91)
prebsdata (22)
PREDAsampledata (24)
preprocessCore (4)
ProData (30)
pRolocdata (143)
prostateCancerCamcap (6)
prostateCancerGrasso (6)
prostateCancerStockholm (6)
prostateCancerTaylor (6)
prostateCancerVarambally (6)
ProtGenerics (1)
PtH2O2lipids (5)
pumadata (33)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (29)
PWMEnrich.Hsapiens.background (33)
PWMEnrich.Mmusculus.background (30)

Q

QDNAseq.hg19 (15)
QDNAseq.mm10 (9)
quantsmooth (1)
QUBICdata (8)
qvalue (0)

R

RamiGO (1)
RankProd (1)
RBGL (2)
rcellminerData (89)
RDAVIDWebService (1)
ReportingTools (1)
rfcdmin (6)
RforProteomics (145)
Rgraphviz (2)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (21)
RIPSeekerData (21)
RMassBankData (28)
RNAinteractMAPK (20)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (6)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (175)
RNASeqDataSubset (3)
RnaSeqSampleSizeData (89)
RnaSeqTutorial (93)
RnBeads (1)
RnBeads.hg19 (149)
RnBeads.hg38 (17)
RnBeads.mm10 (27)
RnBeads.mm9 (30)
RnBeads.rn5 (15)
ROC (1)
Rqc (1)
RRBSdata (15)
rRDPData (17)
Rsamtools (3)
rsbml (1)
RTCGA.clinical (85)
RTCGA.CNV (16)
RTCGA.methylation (15)
RTCGA.miRNASeq (15)
RTCGA.mRNA (18)
RTCGA.mutations (27)
RTCGA.PANCAN12 (15)
RTCGA.rnaseq (43)
RTCGA.RPPA (13)
rtracklayer (4)
RUVnormalizeData (82)

S

S4Vectors (8)
SCLCBam (20)
scRNAseq (8)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (70)
seqc (29)
seqCNA.annot (79)
seqLogo (1)
serumStimulation (22)
seventyGeneData (16)
shinyMethylData (36)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (1)
simpIntLists (80)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (8)
SNAData (33)
SNAGEEdata (69)
SNPhoodData (15)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (15)
SomaticCancerAlterations (82)
spade (1)
SPIA (1)
SpikeIn (45)
SpikeInSubset (122)
spliceR (1)
stemHypoxia (80)
stjudem (28)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (57)
synapterdata (68)
systemPipeRdata (57)

T

TargetScoreData (20)
TargetSearchData (26)
TBX20BamSubset (11)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (15)
TCGAMethylation450k (37)
TFBSTools (1)
TimerQuant (8)
tinesath1cdf (18)
tinesath1probe (17)
TitanCNA (1)
tkWidgets (1)
tofsimsData (11)
topGO (1)
TSSi (1)
tweeDEseqCountData (62)
twilight (1)
tximportData (84)

V

VariantAnnotation (2)
VariantToolsData (1)
vsn (1)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (21)
WES.1KG.WUGSC (31)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (20)
XVector (5)

Y

yeastCC (142)
yeastExpData (104)
yeastGSData (18)
yeastNagalakshmi (45)
yeastRNASeq (70)
yri1kgv (19)
yriMulti (5)

Z

zebrafishRNASeq (103)
zlibbioc (6)