See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2020-04-04 06:18:14 -0400 (Sat, 04 Apr 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3128)
2HSMMSingleCell (1615)
3airway (1270)
4geneLenDataBase (1016)
5pasilla (754)
6sesameData (621)
7tximportData (601)
8scRNAseq (506)
9bladderbatch (488)
10DMRcatedata (467)
11ChAMPdata (432)
12Illumina450ProbeVariants.db (386)
13fission (327)
14golubEsets (325)
15RTCGA.clinical (323)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (61)
adductData (28)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (21)
affycoretools (0)
affydata (277)
Affyhgu133A2Expr (21)
Affyhgu133aExpr (24)
Affyhgu133Plus2Expr (30)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (39)
Affymoe4302Expr (21)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1270)
all (0)
ALL (3128)
allenpvc (10)
ALLMLL (82)
alpineData (20)
AmpAffyExample (20)
AneuFinderData (65)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (26)
aracne.networks (42)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (38)
AshkenazimSonChr21 (11)
ASICSdata (22)
AssessORFData (16)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (58)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (39)
BeadArrayUseCases (30)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (4)
beta7 (16)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (23)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (9)
bladderbatch (488)
blimaTestingData (17)
BloodCancerMultiOmics2017 (22)
bodymapRat (14)
brainImageRdata (10)
breakpointRdata (25)
breastCancerMAINZ (58)
breastCancerNKI (78)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (48)
breastCancerUNT (37)
breastCancerUPP (41)
breastCancerVDX (86)
brgedata (23)
bronchialIL13 (11)
BSgenome (0)
bsseqData (49)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (25)
CardinalWorkflows (31)
Category (0)
ccdata (60)
CCl4 (29)
ccTutorial (13)
celarefData (16)
CellMapperData (16)
ceu1kg (8)
ceu1kgv (9)
ceuhm3 (8)
cgdv17 (37)
cghMCR (0)
ChAMPdata (432)
charmData (18)
cheung2010 (1)
ChIC.data (34)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (15)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (67)
ChIPexoQualExample (15)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (15)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (34)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (54)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (298)
CLLmethylation (11)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (21)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (42)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (51)
colonCA (29)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (15)
ConnectivityMap (26)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (32)
CopyhelpeR (78)
CopyNeutralIMA (9)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (34)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (8)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (1)
curatedAdipoChIP (8)
curatedAdipoRNA (10)
curatedBladderData (27)
curatedBreastData (25)
curatedCRCData (21)
curatedMetagenomicData (132)
curatedOvarianData (60)
curatedTCGAData (182)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (75)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (10)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (16)
derfinderData (30)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (10)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (23)
diggit (0)
diggitdata (16)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (41)
DmelSGI (10)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (467)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (8)
DOQTL (0)
DREAM4 (12)
dressCheck (8)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (40)
dsQTL (10)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (27)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (14)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (11)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (22)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (184)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (264)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encodnasei (0)
encoDnaseI (1)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (86)
etec16s (16)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (257)
fabia (0)
fabiaData (11)
facopy.annot (25)
facsDorit (12)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (17)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (15)
FGNet (0)
fibroEset (45)
FindMyFriends (0)
FIs (44)
FISHalyseR (0)
fission (327)
flagme (0)
Fletcher2013a (25)
Fletcher2013b (22)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (15)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (18)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (10)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (204)
FlowSorted.Blood.EPIC (94)
FlowSorted.CordBlood.450k (45)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (26)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (27)
FlowSorted.DLPFC.450k (20)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (88)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (20)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (40)
furrowSeg (9)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (303)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (8)
gatingMLData (18)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (61)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1016)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (42)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (28)
geuvPack (22)
geuvStore (1)
geuvStore2 (19)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (37)
ggtut (1)
GIGSEAdata (8)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (325)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
graphite (0)
grndata (59)
GSBenchMark (15)
GSE62944 (32)
GSEABase (0)
gskb (56)
gsvadata (0)
GSVAdata (305)
Gviz (0)
GWASdata (49)
GWASTools (0)

H

h5vcData (57)
hapmap100khind (8)
hapmap100kxba (28)
hapmap500knsp (8)
hapmap500ksty (8)
hapmapsnp5 (22)
hapmapsnp6 (34)
harbChIP (12)
HarmanData (16)
HarmonizedTCGAData (14)
HCAData (30)
HD2013SGI (12)
HDCytoData (114)
healthyFlowData (14)
HEEBOdata (15)
HelloRangesData (24)
hgu133abarcodevecs (9)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (9)
hgu133plus2CellScore (15)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (9)
HiCDataHumanIMR90 (26)
HiCDataLymphoblast (15)
Hiiragi2013 (68)
HIVcDNAvantWout03 (9)
HMP16SData (44)
HMP2Data (6)
hmyriB36 (8)
HSMMSingleCell (1615)
HumanAffyData (16)
humanStemCell (52)

I

IHW (0)
IHWpaper (12)
Illumina450ProbeVariants.db (386)
IlluminaDataTestFiles (42)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (3)
IRanges (1)
ITALICSData (32)
Iyer517 (9)

J

JASPAR2014 (38)
JASPAR2016 (198)
JctSeqData (19)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (43)
KEGGdzPathwaysGEO (219)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (15)
KOdata (38)

L

leeBamViews (39)
leukemiasEset (113)
LiebermanAidenHiC2009 (14)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (8)
lumi (0)
lumiBarnes (27)
LungCancerACvsSCCGEO (35)
LungCancerLines (22)
lungExpression (53)
lydata (24)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (34)
macrophage (29)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (10)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (14)
MAQCsubsetAFX (14)
MAQCsubsetILM (8)
marray (0)
mCSEAdata (36)
mcsurvdata (10)
MEALData (1)
MEDIPSData (33)
MEEBOdata (14)
Metab (0)
MetaGxBreast (18)
MetaGxOvarian (24)
MetaGxPancreas (13)
metaMS (0)
metaMSdata (26)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (17)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (17)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (16)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (305)
minfiDataEPIC (63)
minionSummaryData (17)
miRcompData (35)
miRNATarget (16)
mitoODEdata (31)
MMAPPR2data (6)
MMDiffBamSubset (18)
MOFAdata (42)
mosaicsExample (24)
mouse4302barcodevecs (8)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (16)
MSBdata (3)
msd16s (20)
msdata (255)
MSMB (17)
MSnbase (0)
msPurityData (42)
msqc1 (18)
MSstatsBioData (26)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (31)
MTseekerData (16)
MUGAExampleData (14)
Mulder2012 (8)
multtest (0)
muscData (24)
mvoutData (13)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

nanotubes (15)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (8)
NestLink (13)
Neve2006 (8)
neve2006 (0)
NGScopyData (11)
NOISeq (0)

O

oct4 (7)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (21)
OnassisJavaLibs (37)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (1)
parathyroidSE (196)
pasilla (754)
pasillaBamSubset (139)
PasillaTranscriptExpr (32)
pathifier (0)
PathNetData (17)
pathprintGEOData (14)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (27)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (26)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (14)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (23)
pcxnData (30)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (17)
PepsNMRData (18)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (4)
phyloseq (0)
plasFIA (19)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (44)
prebsdata (14)
PREDAsampledata (33)
preprocessCore (0)
ProData (18)
pRolocdata (206)
prostateCancerCamcap (13)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (9)
prostateCancerTaylor (11)
prostateCancerVarambally (9)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (19)
pumadata (14)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (22)
PWMEnrich.Hsapiens.background (25)
PWMEnrich.Mmusculus.background (19)
pwrEWAS.data (12)

Q

QDNAseq.hg19 (45)
QDNAseq.mm10 (18)
qPLEXdata (18)
quantsmooth (0)
QUBICdata (20)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (51)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (24)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (6)
RegParallel (39)
ReportingTools (0)
restfulSEData (18)
rfcdmin (0)
RforProteomics (170)
RGMQLlib (28)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (8)
RIPSeekerData (15)
RITANdata (36)
RMassBankData (28)
RNAinteractMAPK (9)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (9)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (173)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (18)
RnaSeqSampleSizeData (64)
RnaSeqTutorial (4)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (139)
RnBeads.hg38 (86)
RnBeads.mm10 (71)
RnBeads.mm9 (15)
RnBeads.rn5 (10)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (9)
rRDPData (15)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (323)
RTCGA.CNV (38)
RTCGA.methylation (45)
RTCGA.miRNASeq (91)
RTCGA.mRNA (189)
RTCGA.mutations (87)
RTCGA.PANCAN12 (35)
RTCGA.rnaseq (156)
RTCGA.RPPA (34)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (46)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (15)
SBGNview.data (11)
SCLCBam (21)
scRNAseq (506)
scTHI.data (1)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (41)
seqc (19)
seqCNA.annot (42)
seqLogo (0)
serumStimulation (15)
sesameData (621)
seventyGeneData (11)
shinyMethylData (26)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (9)
sigPathway (0)
simpIntLists (44)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (10)
SNAData (10)
snadata (0)
SNAGEEdata (32)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (9)
SomaticCancerAlterations (47)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (24)
SpikeInSubset (66)
spliceR (0)
stemHypoxia (39)
stjudem (14)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (26)
synapterdata (79)
systemPipeRdata (113)

T

TabulaMurisData (18)
TargetScoreData (15)
TargetSearchData (16)
tartare (4)
TBX20BamSubset (21)
TCGAbiolinksGUI.data (128)
TCGAcrcmiRNA (10)
TCGAcrcmRNA (9)
TCGAMethylation450k (24)
tcgaWGBSData.hg19 (8)
TCGAWorkflowData (99)
TENxBrainData (85)
TENxBUSData (11)
TENxPBMCData (95)
TFBSTools (0)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (9)
tinesath1probe (8)
tissueTreg (13)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (15)
topdownrdata (19)
topGO (0)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (118)
twilight (0)
tximportData (601)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (9)
vsn (0)
vulcandata (14)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (44)
WGSmapp (1)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (8)
XVector (1)

Y

yeastCC (51)
yeastExpData (90)
yeastGSData (7)
yeastNagalakshmi (33)
yeastRNASeq (43)
yri1kgv (19)
yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (159)
zlibbioc (1)