See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2019-04-19 16:53:14 -0400 (Fri, 19 Apr 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2692)
2HSMMSingleCell (1101)
3airway (1012)
4geneLenDataBase (956)
5pasilla (876)
6tximportData (543)
7bladderbatch (525)
8DMRcatedata (479)
9golubEsets (470)
10ChAMPdata (391)
11affydata (372)
12Illumina450ProbeVariants.db (343)
13fission (311)
14minfiData (306)
15gageData (297)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (79)
adductData (2)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (27)
affycoretools (0)
affydata (372)
Affyhgu133A2Expr (22)
Affyhgu133aExpr (25)
Affyhgu133Plus2Expr (27)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (42)
Affymoe4302Expr (23)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1012)
all (0)
ALL (2692)
allenpvc (5)
ALLMLL (97)
alpineData (22)
AmpAffyExample (24)
AneuFinderData (79)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (30)
aracne.networks (49)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (62)
AshkenazimSonChr21 (11)
ASICSdata (16)
AssessORFData (7)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (65)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (41)
BeadArrayUseCases (51)
BeadDataPackR (0)
beta7 (26)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (1)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (38)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (525)
blimaTestingData (19)
BloodCancerMultiOmics2017 (18)
bodymapRat (0)
brainImageRdata (3)
breakpointRdata (10)
breastCancerMAINZ (64)
breastCancerNKI (91)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (60)
breastCancerUNT (47)
breastCancerUPP (51)
breastCancerVDX (99)
brgedata (20)
bronchialIL13 (13)
BSgenome (0)
bsseqData (60)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (23)
CardinalWorkflows (24)
Category (0)
ccdata (73)
CCl4 (40)
ccTutorial (15)
celarefData (8)
CellMapperData (18)
ceu1kg (11)
ceu1kgv (9)
ceuhm3 (12)
cgdv17 (44)
cghMCR (0)
ChAMPdata (391)
charmData (20)
cheung2010 (8)
ChIC.data (36)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (87)
ChIPexoQualExample (17)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (2)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (55)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (76)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (241)
CLLmethylation (8)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (2)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (61)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (17)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (76)
colonCA (35)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (17)
ConnectivityMap (24)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (52)
CopyhelpeR (85)
CopyNeutralIMA (4)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (5)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (28)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (9)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoChIP (0)
curatedAdipoRNA (0)
curatedBladderData (26)
curatedBreastData (24)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (141)
curatedOvarianData (66)
curatedTCGAData (138)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (95)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (13)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (31)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (13)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (29)
diggit (0)
diggitdata (20)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (61)
DmelSGI (13)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (479)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (9)
DOQTL (0)
DREAM4 (13)
dressCheck (10)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (61)
dsQTL (14)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (12)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (17)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (14)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (28)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (179)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (272)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (2)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (112)
etec16s (17)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (293)
fabia (0)
fabiaData (16)
facopy.annot (49)
facsDorit (17)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (20)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (16)
FGNet (0)
fibroEset (66)
FindMyFriends (0)
FIs (55)
FISHalyseR (0)
fission (311)
flagme (0)
Fletcher2013a (24)
Fletcher2013b (22)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (17)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (15)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (185)
FlowSorted.Blood.EPIC (29)
FlowSorted.CordBlood.450k (29)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (1)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (21)
FlowSorted.DLPFC.450k (15)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (74)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (22)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (65)
furrowSeg (11)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (297)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (12)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (70)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (956)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (41)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (24)
geuvPack (28)
geuvStore (1)
geuvStore2 (22)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (40)
ggtut (1)
GIGSEAdata (4)
globaltest (1)
GOFunction (0)
golubEsets (470)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
graphite (1)
grndata (66)
GSBenchMark (17)
GSE62944 (31)
GSEABase (1)
gskb (55)
gsvadata (0)
GSVAdata (235)
Gviz (0)
GWASdata (51)
GWASTools (0)

H

h5vcData (72)
hapmap100khind (8)
hapmap100kxba (35)
hapmap500knsp (10)
hapmap500ksty (11)
hapmapsnp5 (26)
hapmapsnp6 (40)
harbChIP (16)
HarmanData (19)
HarmonizedTCGAData (13)
HCAData (2)
HD2013SGI (14)
HDCytoData (26)
healthyFlowData (17)
HEEBOdata (16)
HelloRangesData (28)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (11)
hgu133plus2CellScore (12)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (13)
HiCDataHumanIMR90 (32)
HiCDataLymphoblast (19)
Hiiragi2013 (54)
HIVcDNAvantWout03 (10)
HMP16SData (60)
hmyriB36 (11)
HSMMSingleCell (1101)
HumanAffyData (17)
humanStemCell (52)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (343)
IlluminaDataTestFiles (40)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (11)
IRanges (1)
ITALICSData (52)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (43)
JASPAR2016 (220)
JctSeqData (23)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (65)
KEGGdzPathwaysGEO (221)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (22)
KOdata (56)

L

leeBamViews (57)
leukemiasEset (100)
LiebermanAidenHiC2009 (16)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (11)
lumi (0)
lumiBarnes (24)
LungCancerACvsSCCGEO (54)
LungCancerLines (26)
lungExpression (151)
lydata (23)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (29)
macrophage (1)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (14)
mAPKLData (17)
maqcExpression4plex (35)
MAQCsubset (14)
MAQCsubsetAFX (17)
MAQCsubsetILM (10)
marray (0)
mCSEAdata (36)
mcsurvdata (4)
MEALData (6)
MEDIPSData (33)
MEEBOdata (16)
Metab (0)
MetaGxBreast (12)
MetaGxOvarian (27)
MetaGxPancreas (10)
metaMS (0)
metaMSdata (22)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (19)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (16)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (306)
minfiDataEPIC (58)
minionSummaryData (19)
miRcompData (51)
miRNATarget (16)
mitoODEdata (48)
MMDiffBamSubset (19)
MOFAdata (0)
mosaicsExample (34)
mouse4302barcodevecs (9)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (22)
msd16s (23)
msdata (251)
MSMB (4)
MSnbase (0)
msPurityData (29)
msqc1 (17)
MSstatsBioData (25)
MSstatsQC (1)
mtbls2 (28)
MTseekerData (6)
MUGAExampleData (19)
Mulder2012 (10)
multtest (0)
mvoutData (15)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (11)
NestLink (1)
Neve2006 (10)
neve2006 (0)
NGScopyData (18)
NOISeq (0)

O

oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (10)
OnassisJavaLibs (51)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (1)
parathyroidSE (190)
pasilla (876)
pasillaBamSubset (160)
PasillaTranscriptExpr (28)
pathifier (0)
PathNetData (17)
pathprintGEOData (13)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (24)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (22)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (15)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (27)
pcxnData (45)
pd.atdschip.tiling (16)
pepDat (18)
PepsNMRData (6)
PGPC (8)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (66)
prebsdata (16)
PREDAsampledata (26)
preprocessCore (1)
ProData (19)
pRolocdata (193)
prostateCancerCamcap (17)
prostateCancerGrasso (8)
prostateCancerStockholm (11)
prostateCancerTaylor (11)
prostateCancerVarambally (9)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (19)
pumadata (18)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (23)
PWMEnrich.Hsapiens.background (27)
PWMEnrich.Mmusculus.background (20)

Q

QDNAseq.hg19 (24)
QDNAseq.mm10 (13)
qPLEXdata (8)
quantsmooth (0)
QUBICdata (15)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (72)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (19)
RDAVIDWebService (0)
RegParallel (7)
ReportingTools (1)
restfulSEData (26)
rfcdmin (1)
RforProteomics (182)
RGMQLlib (35)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (11)
RIPSeekerData (16)
RITANdata (49)
RMassBankData (22)
RNAinteractMAPK (11)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (209)
RNASeqDataSubset (1)
RNASeqRData (7)
RnaSeqSampleSizeData (81)
RnaSeqTutorial (24)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (125)
RnBeads.hg38 (39)
RnBeads.mm10 (48)
RnBeads.mm9 (23)
RnBeads.rn5 (11)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (11)
rRDPData (15)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (292)
RTCGA.CNV (37)
RTCGA.methylation (43)
RTCGA.miRNASeq (54)
RTCGA.mRNA (147)
RTCGA.mutations (72)
RTCGA.PANCAN12 (34)
RTCGA.rnaseq (116)
RTCGA.RPPA (34)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (63)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (16)
SCLCBam (21)
scRNAseq (259)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (59)
seqc (18)
seqCNA.annot (59)
seqLogo (0)
serumStimulation (16)
sesameData (199)
seventyGeneData (12)
shinyMethylData (35)
ShortRead (0)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (62)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (10)
SNAData (15)
snadata (0)
SNAGEEdata (51)
SNPhoodData (15)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (60)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (27)
SpikeInSubset (128)
spliceR (0)
stemHypoxia (61)
stjudem (15)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (47)
synapterdata (91)
systemPipeRdata (113)

T

TabulaMurisData (8)
TargetScoreData (15)
TargetSearchData (16)
TBX20BamSubset (17)
TCGAbiolinksGUI.data (128)
TCGAcrcmiRNA (12)
TCGAcrcmRNA (13)
TCGAMethylation450k (33)
tcgaWGBSData.hg19 (4)
TCGAWorkflowData (101)
TENxBrainData (70)
TENxPBMCData (11)
TFBSTools (0)
TimerQuant (10)
tinesath1cdf (9)
tinesath1probe (9)
tissueTreg (9)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (14)
topdownrdata (16)
topGO (0)
Trendy (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (113)
twilight (0)
tximportData (543)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (10)
vsn (1)
vulcandata (13)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (15)
weaver (1)
WES.1KG.WUGSC (53)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (11)
XVector (0)

Y

yeastCC (77)
yeastExpData (150)
yeastGSData (8)
yeastNagalakshmi (38)
yeastRNASeq (61)
yri1kgv (19)
yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (240)
zlibbioc (1)