Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2016-07-26 16:07:41 -0700 (Tue, 26 Jul 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1400)
2geneLenDataBase (583)
3airway (554)
4pasilla (509)
5affydata (438)
6golubEsets (388)
7bladderbatch (278)
8minfiData (247)
9faahKO (245)
10msdata (243)
11gageData (242)
12HSMMSingleCell (211)
13CLL (210)
14Illumina450ProbeVariants.db (203)
15ChAMPdata (202)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (1)
a4Reporting (1)
ABAData (60)
affy (2)
affycompData (48)
affycoretools (1)
affydata (438)
Affyhgu133A2Expr (34)
Affyhgu133aExpr (38)
Affyhgu133Plus2Expr (36)
affyio (2)
AffymetrixDataTestFiles (80)
Affymoe4302Expr (32)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (1)
AIMS (1)
airway (554)
all (0)
ALL (1400)
ALLMLL (126)
AmpAffyExample (53)
AneuFinderData (13)
annotate (2)
AnnotationDbi (1)
AnnotationForge (1)
antiProfilesData (48)
aracne.networks (1)
arrayQualityMetrics (1)
ARRmData (94)
AshkenazimSonChr21 (16)
ASSET (1)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (38)
beadarray (1)
beadarrayExampleData (66)
BeadArrayUseCases (62)
BeadDataPackR (1)
beta7 (48)
Biobase (4)
BiocGenerics (1)
BiocInstaller (1)
BiocParallel (1)
biomaRt (1)
Biostrings (3)
biovizBase (1)
BiRewire (1)
birta (1)
bladderbatch (278)
blimaTestingData (25)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (70)
breastCancerNKI (90)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (58)
breastCancerUNT (53)
breastCancerUPP (57)
breastCancerVDX (125)
bronchialIL13 (34)
BSgenome (2)
bsseqData (57)
bumphunter (1)

C

CAMERA (1)
cancerdata (34)
CardinalWorkflows (22)
Category (1)
ccdata (0)
CCl4 (53)
ccTutorial (30)
ceu1kg (24)
ceu1kgv (18)
ceuhm3 (23)
cgdv17 (59)
ChAMPdata (202)
charmData (36)
cheung2010 (25)
chimera (1)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (1)
chipenrich (1)
chipenrich.data (99)
ChIPQC (1)
chipseq (1)
ChIPseqR (1)
ChIPsim (1)
ChIPXpressData (87)
chopsticks (1)
chroGPS (1)
chromDraw (1)
ChromHeatMap (1)
chromstaRData (1)
cisPath (1)
cleanUpdTSeq (1)
cleaver (1)
clippda (1)
clipper (1)
CLL (210)
Clomial (1)
Clonality (1)
clonotypeR (1)
clst (1)
clstutils (1)
clusterStab (1)
CMA (1)
cMap2data (139)
cn.farms (1)
cn.mops (1)
CNAnorm (1)
CNEr (1)
CNORdt (1)
CNORfeeder (1)
CNORfuzzy (1)
CNORode (1)
CNPBayes (1)
CNTools (1)
cnvGSA (1)
cnvGSAdata (28)
CNVPanelizer (1)
CNVrd2 (1)
CNVtools (1)
cobindR (1)
CoCiteStats (1)
codelink (1)
CODEX (1)
CoGAPS (1)
cogena (1)
coGPS (1)
COHCAP (1)
COHCAPanno (103)
colonCA (62)
coMET (1)
COMPASS (1)
compcodeR (1)
CompGO (1)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (4)
ConnectivityMap (25)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (1)
convert (1)
copa (1)
COPDSexualDimorphism.data (88)
CopyhelpeR (90)
copynumber (1)
CopyNumber450k (1)
CopyNumber450kData (44)
CopywriteR (1)
CoRegNet (1)
Cormotif (1)
CorMut (1)
coRNAi (1)
CORREP (1)
COSMIC.67 (29)
cosmiq (1)
COSNet (1)
cpvSNP (1)
cqn (1)
CRCL18 (15)
CRImage (1)
crlmm (1)
csaw (1)
CSSP (1)
ctc (1)
cummeRbund (1)
curatedBladderData (23)
curatedBreastData (19)
curatedCRCData (22)
curatedOvarianData (61)
customProDB (1)
cycle (1)
cytofkit (1)

D

dagLogo (1)
daMA (1)
DAPAR (1)
DAPARdata (9)
DART (1)
DASiR (1)
DAVIDQuery (1)
davidTiling (33)
DBChIP (1)
ddCt (1)
ddgraph (1)
DECIPHER (1)
DeconRNASeq (1)
DEDS (1)
deepSNV (1)
DEGraph (1)
DEGseq (1)
derfinderData (34)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (26)
destiny (1)
dexus (1)
DFP (1)
DiffBind (1)
diffGeneAnalysis (1)
diffHic (1)
DiffLogo (1)
diffloopdata (4)
diggit (1)
diggitdata (22)
DirichletMultinomial (1)
dks (1)
DLBCL (68)
DmelSGI (16)
DMRcaller (1)
DMRcatedata (134)
DMRforPairs (1)
DNABarcodes (1)
DNAcopy (1)
domainsignatures (1)
DonaPLLP2013 (15)
DOQTL (1)
DREAM4 (23)
dressCheck (23)
DriverNet (1)
DrugVsDisease (1)
DrugVsDiseasedata (94)
dsQTL (26)
DSS (1)
DTA (1)
dualKS (1)
DupChecker (1)
DvDdata (20)
dyebias (1)
dyebiasexamples (30)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (1)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (33)
EBarrays (1)
EBcoexpress (1)
EBImage (1)
EBSeq (1)
EBSeqHMM (1)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (54)
ecolitk (1)
EDASeq (0)
EDDA (1)
edge (1)
edgeR (2)
EGSEAdata (13)
eisa (1)
ELBOW (1)
ELMER (1)
ELMER.data (63)
EMDomics (1)
ENCODEFig4Band4D (4)
encodnasei (0)
encoDnaseI (25)
EnrichedHeatmap (1)
ensemblVEP (1)
ENVISIONQuery (1)
epigenomix (1)
erccdashboard (1)
erma (1)
ESNSTCC (0)
estrogen (140)
etec16s (2)
eudysbiome (1)
ExiMiR (1)
exomeCopy (1)
explorase (1)
ExpressionView (1)

F

faahKO (245)
fabia (1)
fabiaData (24)
facopy.annot (71)
facsDorit (36)
factDesign (1)
FANTOM3and4CAGE (28)
farms (1)
fastseg (1)
fCI (1)
fdrame (1)
FEM (1)
ffpe (1)
ffpeExampleData (28)
FGNet (1)
fibroEset (128)
FindMyFriends (1)
FIs (12)
FISHalyseR (1)
fission (187)
flagme (1)
Fletcher2013a (23)
Fletcher2013b (22)
flipflop (1)
flowBeads (1)
flowBin (1)
flowcatchR (1)
flowCHIC (1)
flowCL (1)
flowClean (1)
flowClust (1)
flowCore (1)
flowCyBar (1)
flowDensity (1)
flowFit (1)
flowFitExampleData (26)
flowFP (1)
flowMap (1)
flowMatch (1)
flowMeans (1)
flowMerge (1)
flowPeaks (1)
flowPlots (1)
flowQB (1)
flowQBData (1)
FlowRepositoryR (1)
FlowSOM (1)
FlowSorted.Blood.450k (112)
FlowSorted.CordBlood.450k (9)
FlowSorted.DLPFC.450k (18)
flowStats (1)
flowTrans (1)
flowType (1)
flowUtils (1)
flowViz (1)
flowVS (1)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (58)
fmcsR (1)
focalCall (1)
FourCSeq (1)
FRGEpistasis (1)
frma (1)
frmaExampleData (41)
frmaTools (1)
fucci (1)
FunciSNP (1)
FunciSNP.data (108)
furrowSeg (3)

G

gaga (1)
gage (1)
gageData (242)
gaggle (1)
gaia (1)
gaschYHS (31)
gatingMLData (33)
gaucho (1)
gcatest (1)
gCMAP (1)
gCMAPWeb (1)
gcrma (1)
gcspikelite (95)
gdsfmt (1)
geecc (1)
genArise (1)
GENE.E (1)
GeneAnswers (1)
GeneBreak (1)
GeneExpressionSignature (1)
genefilter (2)
genefu (1)
geneLenDataBase (583)
GeneMeta (1)
GeneNetworkBuilder (1)
GeneOverlap (1)
geneplotter (1)
geneRecommender (1)
GeneRegionScan (1)
geneRxCluster (1)
GeneSelectMMD (1)
GeneSelector (1)
GENESIS (1)
geNetClassifier (1)
GeneticsDesign (1)
GeneticsPed (1)
genoCN (1)
genomationData (45)
GenomeGraphs (1)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (2)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (3)
GenomicTuples (1)
Genominator (1)
genoset (1)
genotypeeval (1)
GenoView (1)
GEOmetadb (1)
GEOquery (2)
GEOsubmission (1)
gespeR (1)
GeuvadisTranscriptExpr (4)
geuvPack (71)
geuvStore (21)
geuvStore2 (7)
GEWIST (1)
GGBase (1)
ggbio (1)
GGdata (56)
ggtut (22)
globaltest (1)
GOFunction (1)
golubEsets (388)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (72)
GSBenchMark (20)
GSE62944 (5)
GSEABase (1)
gskb (21)
GSVAdata (75)
Gviz (1)
GWASdata (61)
GWASTools (1)

H

h5vcData (91)
hapmap100khind (27)
hapmap100kxba (42)
hapmap500knsp (25)
hapmap500ksty (24)
hapmapsnp5 (37)
hapmapsnp6 (56)
harbChIP (34)
HarmanData (4)
HD2013SGI (21)
healthyFlowData (25)
HEEBOdata (35)
hgu133abarcodevecs (25)
hgu133afrmavecs (4)
hgu133plus2barcodevecs (25)
hgu133plus2frmavecs (5)
hgu2beta7 (28)
HiCDataHumanIMR90 (31)
HiCDataLymphoblast (26)
Hiiragi2013 (39)
HIVcDNAvantWout03 (23)
hmyriB36 (28)
HSMMSingleCell (211)
humanStemCell (62)

I

IHW (1)
IHWpaper (2)
Illumina450ProbeVariants.db (203)
IlluminaDataTestFiles (49)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (3)
illuminaio (1)
impute (2)
ind1KG (24)
intansv (1)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (27)
IRanges (5)
ITALICSData (86)
Iyer517 (29)

J

JASPAR2014 (82)
JASPAR2016 (12)
JctSeqData (6)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (20)
KEGGdzPathwaysGEO (97)
KEGGgraph (1)
keggorthology (1)
KEGGprofile (1)
KEGGREST (1)
kidpack (43)

L

leeBamViews (118)
leukemiasEset (94)
LiebermanAidenHiC2009 (26)
limma (4)
ListerEtAlBSseq (16)
lumi (1)
lumiBarnes (52)
LungCancerACvsSCCGEO (78)
LungCancerLines (34)
lungExpression (43)
lydata (1)
lymphoma (2)

M

MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (3)
MAIT (1)
makecdfenv (1)
mammaPrintData (21)
mAPKLData (18)
maqcExpression4plex (45)
MAQCsubset (34)
MAQCsubsetAFX (35)
MAQCsubsetILM (26)
marray (1)
MEALData (13)
MEDIPSData (48)
MEEBOdata (31)
Metab (1)
metaMS (1)
metaMSdata (26)
methyAnalysis (1)
MethylAidData (21)
MethylMix (1)
methylumi (1)
minet (1)
minfi (1)
minfiData (247)
minfiDataEPIC (1)
minionSummaryData (14)
miRcompData (40)
miRNATarget (29)
mitoODEdata (71)
MMDiffBamSubset (28)
mosaicsExample (31)
mouse4302barcodevecs (20)
mouse4302frmavecs (5)
MSBdata (17)
msd16s (32)
msdata (243)
MSnbase (1)
msPurityData (1)
msqc1 (5)
mtbls2 (15)
MUGAExampleData (57)
Mulder2012 (21)
multtest (1)
mvoutData (31)
mzID (1)
mzR (1)

N

ncdfFlow (1)
NCIgraphData (24)
Neve2006 (26)
neve2006 (0)
NGScopyData (25)
NOISeq (1)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (1)
OrderedList (1)
OrganismDbi (1)

P

PAA (1)
parathyroid (6)
parathyroidSE (182)
pasilla (509)
pasillaBamSubset (158)
PasillaTranscriptExpr (4)
PathNetData (29)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (29)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (25)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (27)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (6)
pd.atdschip.tiling (28)
pepDat (20)
PGPC (3)
PGSEA (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (4)
phyloseq (1)
polyester (1)
ppiData (110)
prebsdata (25)
PREDAsampledata (28)
preprocessCore (5)
ProData (35)
pRolocdata (145)
prostateCancerCamcap (2)
prostateCancerGrasso (2)
prostateCancerStockholm (2)
prostateCancerTaylor (2)
prostateCancerVarambally (2)
ProtGenerics (1)
PtH2O2lipids (0)
pumadata (38)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (33)
PWMEnrich.Hsapiens.background (39)
PWMEnrich.Mmusculus.background (31)

Q

QDNAseq.hg19 (11)
QDNAseq.mm10 (7)
quantsmooth (1)
QUBICdata (2)
qvalue (1)

R

RamiGO (1)
RankProd (1)
RBGL (2)
rcellminerData (70)
ReportingTools (1)
rfcdmin (8)
RforProteomics (132)
Rgraphviz (2)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (23)
RIPSeekerData (23)
RMassBankData (32)
RNAinteractMAPK (22)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (7)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (150)
RNASeqDataSubset (4)
RnaSeqSampleSizeData (81)
RnaSeqTutorial (110)
RnBeads (1)
RnBeads.hg19 (135)
RnBeads.hg38 (12)
RnBeads.mm10 (24)
RnBeads.mm9 (25)
RnBeads.rn5 (17)
ROC (1)
Rqc (1)
RRBSdata (15)
rRDPData (21)
Rsamtools (3)
rsbml (1)
RTCGA.clinical (33)
RTCGA.CNV (6)
RTCGA.methylation (5)
RTCGA.miRNASeq (5)
RTCGA.mRNA (6)
RTCGA.mutations (17)
RTCGA.PANCAN12 (6)
RTCGA.rnaseq (25)
RTCGA.RPPA (5)
rtracklayer (3)
RUVnormalizeData (79)

S

S4Vectors (7)
SCLCBam (23)
scRNAseq (0)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (73)
seqc (32)
seqCNA.annot (81)
seqLogo (1)
serumStimulation (27)
seventyGeneData (19)
shinyMethylData (30)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (1)
simpIntLists (86)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (4)
SNAData (37)
SNAGEEdata (74)
SNPhoodData (12)
SNPRelate (1)
SomatiCAData (17)
SomaticCancerAlterations (76)
spade (1)
SPIA (1)
SpikeIn (62)
SpikeInSubset (146)
spliceR (1)
stemHypoxia (87)
stjudem (33)
SummarizedExperiment (1)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (58)
synapterdata (60)
systemPipeRdata (27)

T

TargetScoreData (24)
TargetSearchData (30)
TBX20BamSubset (14)
TCGAcrcmiRNA (15)
TCGAcrcmRNA (18)
TCGAMethylation450k (40)
TFBSTools (1)
TimerQuant (6)
tinesath1cdf (21)
tinesath1probe (21)
tofsimsData (5)
topGO (1)
TSSi (1)
tweeDEseqCountData (70)
tximportData (20)

V

VariantAnnotation (2)
vsn (1)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (26)
WES.1KG.WUGSC (35)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (24)
XVector (4)

Y

yeastCC (136)
yeastExpData (102)
yeastGSData (20)
yeastNagalakshmi (41)
yeastRNASeq (106)
yri1kgv (22)
yriMulti (2)

Z

zebrafishRNASeq (116)
zlibbioc (6)