See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2019-10-18 21:18:20 -0400 (Fri, 18 Oct 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3049)
2HSMMSingleCell (1411)
3airway (1178)
4geneLenDataBase (1007)
5pasilla (841)
6tximportData (597)
7sesameData (595)
8bladderbatch (540)
9DMRcatedata (521)
10golubEsets (440)
11ChAMPdata (439)
12Illumina450ProbeVariants.db (378)
13fission (345)
14affydata (339)
15scRNAseq (328)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (74)
adductData (16)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (23)
affycoretools (0)
affydata (339)
Affyhgu133A2Expr (22)
Affyhgu133aExpr (26)
Affyhgu133Plus2Expr (28)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (42)
Affymoe4302Expr (22)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1178)
all (0)
ALL (3049)
allenpvc (9)
ALLMLL (93)
alpineData (22)
AmpAffyExample (23)
AneuFinderData (78)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (28)
aracne.networks (50)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (52)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASICSdata (22)
AssessORFData (15)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (64)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (40)
BeadArrayUseCases (36)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (1)
beta7 (23)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (27)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (540)
blimaTestingData (18)
BloodCancerMultiOmics2017 (23)
bodymapRat (7)
brainImageRdata (8)
breakpointRdata (22)
breastCancerMAINZ (62)
breastCancerNKI (89)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (56)
breastCancerUNT (42)
breastCancerUPP (46)
breastCancerVDX (99)
brgedata (21)
bronchialIL13 (13)
BSgenome (0)
bsseqData (52)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (24)
CardinalWorkflows (29)
Category (0)
ccdata (69)
CCl4 (36)
ccTutorial (14)
celarefData (15)
CellMapperData (18)
ceu1kg (10)
ceu1kgv (9)
ceuhm3 (10)
cgdv17 (45)
cghMCR (0)
ChAMPdata (439)
charmData (22)
cheung2010 (4)
ChIC.data (42)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (17)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (81)
ChIPexoQualExample (16)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (7)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (45)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (73)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (290)
CLLmethylation (11)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (13)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (54)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (17)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (68)
colonCA (34)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (16)
ConnectivityMap (23)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (42)
CopyhelpeR (90)
CopyNeutralIMA (9)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (2)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (34)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (9)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoChIP (3)
curatedAdipoRNA (4)
curatedBladderData (27)
curatedBreastData (23)
curatedCRCData (21)
curatedMetagenomicData (128)
curatedOvarianData (65)
curatedTCGAData (163)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (85)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (12)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (4)
derfinderData (31)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (12)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (26)
diggit (0)
diggitdata (17)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (49)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (521)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (9)
DOQTL (0)
DREAM4 (13)
dressCheck (9)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (52)
dsQTL (12)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (24)
DupChecker (0)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (16)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (25)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (203)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (284)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (1)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (115)
etec16s (17)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (281)
fabia (0)
fabiaData (13)
facopy.annot (38)
facsDorit (15)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (20)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (16)
FGNet (0)
fibroEset (57)
FindMyFriends (0)
FIs (49)
FISHalyseR (0)
fission (345)
flagme (0)
Fletcher2013a (23)
Fletcher2013b (21)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (15)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (13)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (196)
FlowSorted.Blood.EPIC (58)
FlowSorted.CordBlood.450k (33)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (8)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (25)
FlowSorted.DLPFC.450k (19)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (78)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (22)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (55)
furrowSeg (11)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (308)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (10)
gatingMLData (19)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (66)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1007)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (42)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (28)
geuvPack (25)
geuvStore (1)
geuvStore2 (22)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (41)
ggtut (1)
GIGSEAdata (7)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (440)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
graphite (0)
grndata (60)
GSBenchMark (16)
GSE62944 (30)
GSEABase (0)
gskb (56)
gsvadata (0)
GSVAdata (285)
Gviz (0)
GWASdata (53)
GWASTools (0)

H

h5vcData (65)
hapmap100khind (9)
hapmap100kxba (33)
hapmap500knsp (10)
hapmap500ksty (9)
hapmapsnp5 (24)
hapmapsnp6 (38)
harbChIP (13)
HarmanData (18)
HarmonizedTCGAData (14)
HCAData (16)
HD2013SGI (15)
HDCytoData (62)
healthyFlowData (15)
HEEBOdata (16)
HelloRangesData (29)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (10)
hgu133plus2CellScore (15)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (12)
HiCDataHumanIMR90 (28)
HiCDataLymphoblast (17)
Hiiragi2013 (63)
HIVcDNAvantWout03 (10)
HMP16SData (52)
HMP2Data (1)
hmyriB36 (9)
HSMMSingleCell (1411)
HumanAffyData (15)
humanStemCell (55)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (378)
IlluminaDataTestFiles (39)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (8)
IRanges (0)
ITALICSData (44)
Iyer517 (9)

J

JASPAR2014 (44)
JASPAR2016 (219)
JctSeqData (23)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (49)
KEGGdzPathwaysGEO (226)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (20)
KOdata (49)

L

leeBamViews (51)
leukemiasEset (110)
LiebermanAidenHiC2009 (15)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (10)
lumi (0)
lumiBarnes (25)
LungCancerACvsSCCGEO (49)
LungCancerLines (24)
lungExpression (114)
lydata (26)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (34)
macrophage (12)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (12)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (35)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (15)
MAQCsubsetILM (10)
marray (0)
mCSEAdata (45)
mcsurvdata (8)
MEALData (3)
MEDIPSData (36)
MEEBOdata (15)
Metab (0)
MetaGxBreast (18)
MetaGxOvarian (31)
MetaGxPancreas (12)
metaMS (0)
metaMSdata (29)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (17)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (17)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (312)
minfiDataEPIC (64)
minionSummaryData (18)
miRcompData (47)
miRNATarget (17)
mitoODEdata (43)
MMAPPR2data (2)
MMDiffBamSubset (20)
MOFAdata (17)
mosaicsExample (26)
mouse4302barcodevecs (9)
mouse4302frmavecs (1)
MouseGastrulationData (2)
MSBdata (11)
msd16s (23)
msdata (253)
MSMB (12)
MSnbase (0)
msPurityData (39)
msqc1 (23)
MSstatsBioData (27)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (31)
MTseekerData (14)
MUGAExampleData (18)
Mulder2012 (10)
multtest (0)
muscData (8)
mvoutData (15)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

nanotubes (7)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (9)
NestLink (8)
Neve2006 (9)
neve2006 (0)
NGScopyData (15)
NOISeq (0)

O

oct4 (3)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (22)
OnassisJavaLibs (49)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (2)
parathyroidSE (205)
pasilla (841)
pasillaBamSubset (153)
PasillaTranscriptExpr (33)
pathifier (0)
PathNetData (17)
pathprintGEOData (14)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (25)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (23)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (15)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (25)
pcxnData (41)
pd.atdschip.tiling (16)
pepDat (17)
PepsNMRData (15)
PGPC (3)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (1)
phyloseq (0)
plasFIA (20)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (61)
prebsdata (15)
PREDAsampledata (30)
preprocessCore (1)
ProData (21)
pRolocdata (208)
prostateCancerCamcap (14)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (11)
prostateCancerTaylor (12)
prostateCancerVarambally (9)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (22)
pumadata (17)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (28)
PWMEnrich.Mmusculus.background (20)
pwrEWAS.data (0)

Q

QDNAseq.hg19 (32)
QDNAseq.mm10 (15)
qPLEXdata (17)
quantsmooth (0)
QUBICdata (17)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (64)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (24)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (1)
RegParallel (23)
ReportingTools (0)
restfulSEData (21)
rfcdmin (1)
RforProteomics (175)
RGMQLlib (38)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (9)
RIPSeekerData (16)
RITANdata (46)
RMassBankData (28)
RNAinteractMAPK (10)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (2)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (203)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (16)
RnaSeqSampleSizeData (74)
RnaSeqTutorial (10)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (133)
RnBeads.hg38 (57)
RnBeads.mm10 (61)
RnBeads.mm9 (21)
RnBeads.rn5 (11)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (11)
rRDPData (15)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (322)
RTCGA.CNV (39)
RTCGA.methylation (45)
RTCGA.miRNASeq (68)
RTCGA.mRNA (178)
RTCGA.mutations (86)
RTCGA.PANCAN12 (35)
RTCGA.rnaseq (141)
RTCGA.RPPA (36)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (55)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (16)
SBGNview.data (4)
SCLCBam (21)
scRNAseq (328)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (53)
seqc (18)
seqCNA.annot (55)
seqLogo (0)
serumStimulation (16)
sesameData (595)
seventyGeneData (13)
shinyMethylData (31)
ShortRead (0)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (55)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SNAData (12)
snadata (0)
SNAGEEdata (43)
SNPhoodData (15)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (55)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (26)
SpikeInSubset (103)
spliceR (0)
stemHypoxia (54)
stjudem (14)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (40)
synapterdata (83)
systemPipeRdata (128)

T

TabulaMurisData (17)
TargetScoreData (15)
TargetSearchData (17)
TBX20BamSubset (20)
TCGAbiolinksGUI.data (138)
TCGAcrcmiRNA (10)
TCGAcrcmRNA (10)
TCGAMethylation450k (25)
tcgaWGBSData.hg19 (8)
TCGAWorkflowData (104)
TENxBrainData (108)
TENxBUSData (1)
TENxPBMCData (45)
TFBSTools (0)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (8)
tissueTreg (12)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (15)
topdownrdata (20)
topGO (0)
Trendy (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (122)
twilight (0)
tximportData (597)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (11)
vsn (0)
vulcandata (13)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (14)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (50)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (10)
XVector (0)

Y

yeastCC (67)
yeastExpData (128)
yeastGSData (8)
yeastNagalakshmi (36)
yeastRNASeq (55)
yri1kgv (21)
yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (210)
zlibbioc (1)