Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2017-04-25 16:09:42 -0400 (Tue, 25 Apr 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1584)
2airway (670)
3geneLenDataBase (590)
4pasilla (526)
5affydata (379)
6golubEsets (378)
7HSMMSingleCell (323)
8bladderbatch (296)
9gageData (278)
10minfiData (251)
11fission (245)
12ChAMPdata (239)
13faahKO (237)
14CLL (234)
15Illumina450ProbeVariants.db (220)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (93)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (32)
affycoretools (0)
affydata (379)
Affyhgu133A2Expr (24)
Affyhgu133aExpr (26)
Affyhgu133Plus2Expr (28)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (49)
Affymoe4302Expr (24)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (670)
all (0)
ALL (1584)
ALLMLL (109)
alpineData (11)
AmpAffyExample (37)
AneuFinderData (60)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (39)
aracne.networks (14)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (81)
AshkenazimSonChr21 (16)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (42)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (48)
BeadArrayUseCases (49)
BeadDataPackR (0)
beta7 (35)
Biobase (3)
BiocGenerics (1)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (2)
biotmleData (0)
biovizBase (1)
BiRewire (1)
birta (0)
bladderbatch (296)
blimaTestingData (19)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (60)
breastCancerNKI (80)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (51)
breastCancerUNT (43)
breastCancerUPP (47)
breastCancerVDX (108)
bronchialIL13 (20)
BSgenome (1)
bsseqData (54)
bumphunter (1)

C

CAMERA (0)
cancerdata (41)
CardinalWorkflows (20)
Category (1)
ccdata (26)
CCl4 (37)
ccTutorial (19)
CellMapperData (10)
ceu1kg (13)
ceu1kgv (11)
ceuhm3 (13)
cgdv17 (52)
cghMCR (1)
ChAMPdata (239)
charmData (24)
cheung2010 (13)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (15)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (96)
ChIPexoQualExample (2)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (74)
chopsticks (1)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (25)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (234)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (82)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (1)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (20)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (1)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (94)
colonCA (47)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (12)
ConnectivityMap (20)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (79)
CopyhelpeR (101)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (42)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (24)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (12)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (22)
curatedBreastData (22)
curatedCRCData (15)
curatedMetagenomicData (10)
curatedOvarianData (61)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (56)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (20)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (27)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (22)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (1)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (13)
diggit (0)
diggitdata (19)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (63)
DmelSGI (14)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (218)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (11)
DOQTL (0)
DREAM4 (16)
dressCheck (12)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (78)
dsQTL (17)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (20)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (20)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (1)
EBSeq (1)
EBSeqHMM (0)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (41)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (89)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (90)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (12)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (126)
etec16s (9)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (237)
fabia (0)
fabiaData (16)
facopy.annot (66)
facsDorit (25)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (21)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (17)
FGNet (0)
fibroEset (102)
FindMyFriends (0)
FIs (46)
FISHalyseR (0)
fission (245)
flagme (0)
Fletcher2013a (19)
Fletcher2013b (16)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (1)
flowClust (0)
flowCore (1)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (19)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (6)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (5)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (126)
FlowSorted.CordBlood.450k (30)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (4)
FlowSorted.DLPFC.450k (16)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (1)
flowVS (0)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (55)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (28)
frmaTools (0)
fucci (1)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (92)
furrowSeg (7)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (278)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (18)
gatingMLData (19)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (83)
gdsfmt (1)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (2)
genefu (0)
geneLenDataBase (590)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (1)
genoCN (0)
genomationData (39)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (2)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (3)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (1)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (2)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (12)
geuvPack (34)
geuvStore (9)
geuvStore2 (22)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (37)
ggtut (7)
globaltest (1)
GOFunction (0)
golubEsets (378)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (72)
GSBenchMark (17)
GSE62944 (17)
GSEABase (1)
gskb (28)
GSVAdata (75)
Gviz (0)
GWASdata (46)
GWASTools (1)

H

h5vcData (79)
hapmap100khind (14)
hapmap100kxba (28)
hapmap500knsp (12)
hapmap500ksty (14)
hapmapsnp5 (25)
hapmapsnp6 (43)
harbChIP (25)
HarmanData (14)
HD2013SGI (15)
healthyFlowData (18)
HEEBOdata (21)
HelloRangesData (6)
hgu133abarcodevecs (16)
hgu133afrmavecs (3)
hgu133plus2barcodevecs (15)
hgu133plus2frmavecs (3)
hgu2beta7 (20)
HiCDataHumanIMR90 (25)
HiCDataLymphoblast (18)
Hiiragi2013 (54)
HIVcDNAvantWout03 (14)
hmyriB36 (16)
HSMMSingleCell (323)
HumanAffyData (8)
humanStemCell (53)

I

IHW (2)
IHWpaper (9)
Illumina450ProbeVariants.db (220)
IlluminaDataTestFiles (56)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (2)
illuminaio (1)
impute (2)
ind1KG (11)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (16)
IRanges (4)
ITALICSData (75)
Iyer517 (17)

J

JASPAR2014 (57)
JASPAR2016 (59)
JctSeqData (18)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (14)
KEGGdzPathwaysGEO (120)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (28)
KOdata (21)

L

leeBamViews (72)
leukemiasEset (63)
LiebermanAidenHiC2009 (18)
limma (3)
ListerEtAlBSseq (11)
lumi (0)
lumiBarnes (33)
LungCancerACvsSCCGEO (68)
LungCancerLines (26)
lungExpression (30)
lydata (7)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (7)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (2)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (16)
mAPKLData (15)
maqcExpression4plex (30)
MAQCsubset (20)
MAQCsubsetAFX (22)
MAQCsubsetILM (15)
marray (1)
MEALData (15)
MEDIPSData (38)
MEEBOdata (21)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (20)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (17)
MethylMix (0)
methylumi (1)
Mfuzz (1)
MIGSAdata (1)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (251)
minfiDataEPIC (23)
minionSummaryData (18)
miRcompData (58)
miRNATarget (19)
mitoODEdata (64)
MMDiffBamSubset (21)
mosaicsExample (22)
mouse4302barcodevecs (11)
mouse4302frmavecs (2)
MSBdata (13)
msd16s (25)
msdata (182)
MSnbase (0)
msPurityData (10)
msqc1 (14)
mtbls2 (27)
MUGAExampleData (23)
Mulder2012 (13)
multtest (1)
mvoutData (17)
mygene (1)
mzID (0)
mzR (1)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (13)
Neve2006 (16)
neve2006 (0)
NGScopyData (18)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
oneChannelGUI (1)
OrderedList (1)
OrganismDbi (0)

P

PAA (1)
parathyroid (3)
parathyroidSE (125)
pasilla (526)
pasillaBamSubset (145)
PasillaTranscriptExpr (14)
pathifier (1)
PathNetData (20)
pathprintGEOData (0)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (19)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (19)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (17)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (20)
pd.atdschip.tiling (17)
pepDat (18)
PGPC (8)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (2)
phyloseq (1)
plasFIA (7)
polyester (1)
ppiData (86)
prebsdata (17)
PREDAsampledata (19)
preprocessCore (3)
ProData (25)
pRolocdata (138)
prostateCancerCamcap (10)
prostateCancerGrasso (8)
prostateCancerStockholm (8)
prostateCancerTaylor (7)
prostateCancerVarambally (7)
ProtGenerics (1)
PtH2O2lipids (8)
pumadata (27)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (26)
PWMEnrich.Hsapiens.background (33)
PWMEnrich.Mmusculus.background (25)

Q

QDNAseq.hg19 (14)
QDNAseq.mm10 (9)
quantsmooth (1)
QUBICdata (11)
qvalue (0)

R

RamiGO (1)
RankProd (0)
RBGL (2)
rcellminerData (85)
RDAVIDWebService (1)
ReportingTools (0)
rfcdmin (4)
RforProteomics (145)
Rgraphviz (2)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (15)
RIPSeekerData (18)
RMassBankData (24)
RNAinteractMAPK (15)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (4)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (170)
RNASeqDataSubset (2)
RnaSeqSampleSizeData (93)
RnaSeqTutorial (85)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (133)
RnBeads.hg38 (19)
RnBeads.mm10 (22)
RnBeads.mm9 (27)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (1)
Rqc (0)
RRBSdata (12)
rRDPData (15)
Rsamtools (3)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (133)
RTCGA.CNV (20)
RTCGA.methylation (19)
RTCGA.miRNASeq (19)
RTCGA.mRNA (27)
RTCGA.mutations (27)
RTCGA.PANCAN12 (20)
RTCGA.rnaseq (47)
RTCGA.RPPA (17)
rtracklayer (3)
RUVnormalizeData (81)

S

S4Vectors (5)
sampleClassifierData (2)
SCLCBam (19)
scRNAseq (13)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (70)
seqc (26)
seqCNA.annot (76)
seqLogo (0)
serumStimulation (17)
seventyGeneData (12)
shinyMethylData (37)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (0)
simpIntLists (75)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (9)
SNAData (26)
SNAGEEdata (65)
SNPhoodData (13)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (86)
spade (0)
SPIA (1)
SpikeIn (36)
SpikeInSubset (104)
spliceR (0)
stemHypoxia (76)
stjudem (22)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (57)
synapterdata (65)
systemPipeRdata (71)

T

TargetScoreData (16)
TargetSearchData (20)
TBX20BamSubset (9)
TCGAcrcmiRNA (15)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (32)
TCGAWorkflowData (0)
TFBSTools (0)
TimerQuant (7)
tinesath1cdf (13)
tinesath1probe (12)
TitanCNA (1)
tkWidgets (1)
tofsimsData (13)
topGO (1)
TSSi (1)
tweeDEseqCountData (56)
twilight (1)
tximportData (132)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (1)
vsn (1)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (15)
WES.1KG.WUGSC (30)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (13)
XVector (4)

Y

yeastCC (135)
yeastExpData (103)
yeastGSData (12)
yeastNagalakshmi (42)
yeastRNASeq (64)
yri1kgv (14)
yriMulti (6)

Z

zebrafishRNASeq (101)
zlibbioc (5)