See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-01-23 09:24:59 -0500 (Sat, 23 Jan 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2794)
2HSMMSingleCell (1861)
3airway (1647)
4geneLenDataBase (1218)
5scRNAseq (1014)
6pasilla (933)
7tximportData (641)
8bladderbatch (493)
9ChAMPdata (470)
10Illumina450ProbeVariants.db (418)
11GSVAdata (374)
12fission (343)
13RTCGA.clinical (342)
14minfiData (335)
15sesameData (327)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (47)
adductData (24)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (21)
affycoretools (0)
affydata (271)
Affyhgu133A2Expr (23)
Affyhgu133aExpr (27)
Affyhgu133Plus2Expr (39)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (34)
Affymoe4302Expr (23)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1647)
ALL (2794)
all (0)
allenpvc (5)
ALLMLL (66)
alpineData (22)
AmpAffyExample (21)
AneuFinderData (54)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (32)
aracne.networks (43)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (30)
AshkenazimSonChr21 (14)
ASICSdata (24)
AssessORFData (19)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (161)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (38)
BeadArrayUseCases (32)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (13)
beta7 (15)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (23)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (27)
bladderbatch (493)
blimaTestingData (19)
BloodCancerMultiOmics2017 (27)
bodymapRat (20)
brainImageRdata (12)
breakpointRdata (26)
breastCancerMAINZ (64)
breastCancerNKI (77)
breastCancerTRANSBIG (51)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (39)
breastCancerUPP (44)
breastCancerVDX (84)
brgedata (35)
bronchialIL13 (13)
BSgenome (0)
bsseqData (51)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (30)
CardinalWorkflows (34)
Category (0)
ccdata (56)
CCl4 (28)
ccTutorial (15)
celarefData (18)
celldex (177)
CellMapperData (18)
ceu1kg (11)
ceu1kgv (11)
ceuhm3 (11)
cgdv17 (38)
cghMCR (0)
ChAMPdata (470)
charmData (6)
cheung2010 (0)
ChIC.data (30)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (15)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (68)
ChIPexoQualExample (17)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (25)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (28)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (49)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (320)
CLLmethylation (13)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (22)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (4)
CMA (0)
cMap2data (35)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (15)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (41)
colonCA (26)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (17)
ConnectivityMap (26)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (123)
CopyhelpeR (59)
CopyNeutralIMA (13)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (36)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (11)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (9)
curatedAdipoChIP (11)
curatedAdipoRNA (14)
curatedBladderData (24)
curatedBreastData (36)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (146)
curatedOvarianData (67)
curatedTCGAData (191)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (56)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (13)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (47)
derfinderData (43)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (12)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (24)
diggit (0)
diggitdata (19)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (48)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (316)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (11)
DOQTL (0)
dorothea (108)
DREAM4 (15)
dressCheck (12)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (15)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (35)
dsQTL (13)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (44)
DupChecker (0)
DvDdata (13)
dyebias (0)
dyebiasexamples (16)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (14)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (22)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (194)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (226)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (0)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (75)
etec16s (18)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (263)
fabia (0)
fabiaData (13)
facopy.annot (8)
facsDorit (13)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (20)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (15)
FGNet (0)
fibroEset (43)
FieldEffectCrc (3)
FindMyFriends (0)
FIs (50)
FISHalyseR (0)
fission (343)
flagme (0)
Fletcher2013a (25)
Fletcher2013b (24)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (17)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (4)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (237)
FlowSorted.Blood.EPIC (123)
FlowSorted.CordBlood.450k (49)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (45)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (36)
FlowSorted.DLPFC.450k (19)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (100)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (21)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (24)
furrowSeg (12)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (274)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (11)
gatingMLData (20)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (67)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1218)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (46)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (34)
geuvPack (20)
geuvStore (0)
geuvStore2 (19)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (37)
ggtut (1)
GIGSEAdata (10)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (277)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (11)
graph (1)
graphite (0)
grndata (44)
GSBenchMark (16)
GSE62944 (36)
GSEABase (0)
gskb (76)
GSVAdata (374)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (52)
GWASTools (0)

H

h5vcData (66)
hapmap100khind (10)
hapmap100kxba (30)
hapmap500knsp (11)
hapmap500ksty (10)
hapmapsnp5 (23)
hapmapsnp6 (33)
harbChIP (21)
HarmanData (20)
HarmonizedTCGAData (16)
HCAData (52)
HD2013SGI (13)
HDCytoData (132)
healthyFlowData (16)
HEEBOdata (16)
HelloRangesData (28)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (11)
hgu133plus2CellScore (16)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (11)
HiCDataHumanIMR90 (25)
HiCDataLymphoblast (17)
HighlyReplicatedRNASeq (8)
Hiiragi2013 (66)
HIVcDNAvantWout03 (10)
HMP16SData (47)
HMP2Data (18)
hmyriB36 (11)
HSMMSingleCell (1861)
HumanAffyData (17)
humanStemCell (61)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (418)
IlluminaDataTestFiles (47)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
impute (1)
ind1KG (0)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (26)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (34)
JASPAR2016 (153)
JctSeqData (18)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (39)
KEGGdzPathwaysGEO (241)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (15)
KOdata (35)

L

leeBamViews (45)
leukemiasEset (126)
LiebermanAidenHiC2009 (16)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (10)
lumi (0)
lumiBarnes (24)
LungCancerACvsSCCGEO (27)
LungCancerLines (22)
lungExpression (38)
lydata (23)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (32)
macrophage (66)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (13)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (34)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (16)
MAQCsubsetILM (11)
marray (0)
mCSEAdata (33)
mcsurvdata (12)
MEALData (0)
MEDIPSData (32)
MEEBOdata (15)
Metab (0)
MetaGxBreast (23)
MetaGxOvarian (21)
MetaGxPancreas (15)
metaMS (0)
metaMSdata (25)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
MethylSeqData (3)
methylumi (0)
methyvimData (14)
Mfuzz (0)
microRNAome (13)
MIGSAdata (17)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (335)
minfiDataEPIC (60)
minionSummaryData (19)
miRcompData (26)
miRNATarget (17)
mitoODEdata (19)
MMAPPR2data (13)
MMDiffBamSubset (16)
MOFAdata (57)
mosaicsExample (27)
mouse4302barcodevecs (9)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (66)
MSBdata (1)
msd16s (20)
msdata (325)
MSMB (28)
MSnbase (0)
msPurityData (37)
msqc1 (11)
MSstatsBioData (26)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (30)
MTseekerData (12)
MUGAExampleData (13)
Mulder2012 (3)
multtest (1)
muscData (46)
mvoutData (14)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (5)
nanotubes (18)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (11)
NestLink (12)
netDx.examples (5)
Neve2006 (10)
neve2006 (0)
NGScopyData (53)
NOISeq (0)

O

oct4 (11)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (25)
OnassisJavaLibs (50)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (14)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (285)
pasilla (933)
pasillaBamSubset (201)
PasillaTranscriptExpr (37)
pathifier (0)
PathNetData (16)
pathprintGEOData (15)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (27)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (24)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (14)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (24)
pcxnData (23)
pd.atdschip.tiling (13)
pepDat (17)
PepsNMRData (20)
PGPC (0)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (10)
phyloseq (0)
plasFIA (15)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (32)
prebsdata (15)
preciseTADhub (0)
PREDAsampledata (36)
preprocessCore (1)
ProData (16)
pRolocdata (209)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (11)
prostateCancerStockholm (11)
prostateCancerTaylor (12)
prostateCancerVarambally (11)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (15)
pumadata (15)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (22)
PWMEnrich.Hsapiens.background (25)
PWMEnrich.Mmusculus.background (18)
pwrEWAS.data (35)

Q

QDNAseq.hg19 (65)
QDNAseq.mm10 (23)
qPLEXdata (15)
quantsmooth (0)
QUBICdata (26)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (41)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (27)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (22)
RegParallel (53)
ReportingTools (0)
restfulSEData (18)
rfcdmin (0)
RforProteomics (170)
RGMQLlib (24)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (10)
RIPSeekerData (13)
RITANdata (35)
RMassBankData (24)
RNAinteractMAPK (8)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (25)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (170)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (20)
RnaSeqSampleSizeData (53)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (153)
RnBeads.hg38 (108)
RnBeads.mm10 (89)
RnBeads.mm9 (20)
RnBeads.rn5 (11)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (10)
rRDPData (15)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (342)
RTCGA.CNV (40)
RTCGA.methylation (48)
RTCGA.miRNASeq (112)
RTCGA.mRNA (186)
RTCGA.mutations (96)
RTCGA.PANCAN12 (33)
RTCGA.rnaseq (174)
RTCGA.RPPA (38)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (38)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (14)
SBGNview.data (24)
SCATE (1)
SCATEData (5)
SCLCBam (20)
scRNAseq (1014)
scTHI.data (11)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (37)
seqc (20)
seqCNA.annot (38)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (327)
seventyGeneData (11)
shinyMethylData (23)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (30)
sigPathway (0)
simpIntLists (35)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (12)
SingleCellMultiModal (16)
SNAData (13)
snadata (0)
SNAGEEdata (25)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (52)
spade (0)
spatialLIBD (26)
SPIA (0)
SpikeIn (25)
SpikeInSubset (109)
spliceR (0)
spqnData (10)
stemHypoxia (31)
stjudem (14)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (15)
synapterdata (87)
systemPipeRdata (149)

T

TabulaMurisData (21)
TargetScoreData (15)
TargetSearchData (15)
tartare (12)
TBX20BamSubset (30)
TCGAbiolinksGUI.data (320)
TCGAcrcmiRNA (10)
TCGAcrcmRNA (11)
TCGAMethylation450k (23)
tcgaWGBSData.hg19 (10)
TCGAWorkflowData (105)
TENxBrainData (81)
TENxBUSData (25)
TENxPBMCData (320)
TFBSTools (0)
timecoursedata (3)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (9)
tinesath1probe (9)
tissueTreg (16)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (3)
tofsimsData (16)
topdownrdata (14)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (136)
twilight (0)
tximportData (641)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (10)
vsn (0)
vulcandata (16)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (52)
WGSmapp (14)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (9)
XVector (1)

Y

yeastCC (58)
yeastExpData (82)
yeastGSData (9)
yeastNagalakshmi (33)
yeastRNASeq (49)
yri1kgv (21)
yriMulti (10)

Z

zebrafishRNASeq (148)
zlibbioc (1)