Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2017-10-13 16:08:03 -0400 (Fri, 13 Oct 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1779)
2airway (780)
3geneLenDataBase (702)
4pasilla (593)
5HSMMSingleCell (438)
6golubEsets (383)
7affydata (366)
8bladderbatch (327)
9DMRcatedata (309)
10fission (300)
11gageData (281)
12ChAMPdata (280)
13minfiData (249)
14faahKO (248)
15tximportData (239)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (96)
affxparser (1)
affy (1)
affycompData (27)
affycoretools (0)
affydata (366)
Affyhgu133A2Expr (20)
Affyhgu133aExpr (22)
Affyhgu133Plus2Expr (24)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (40)
Affymoe4302Expr (21)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (780)
all (0)
ALL (1779)
ALLMLL (98)
alpineData (19)
AmpAffyExample (31)
AneuFinderData (76)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (36)
aracne.networks (25)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (76)
AshkenazimSonChr21 (14)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (43)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (44)
BeadArrayUseCases (46)
BeadDataPackR (0)
beta7 (33)
Biobase (2)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (26)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (327)
blimaTestingData (18)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (57)
breastCancerNKI (70)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (46)
breastCancerUNT (43)
breastCancerUPP (47)
breastCancerVDX (106)
bronchialIL13 (17)
BSgenome (1)
bsseqData (57)
bumphunter (1)

C

CAMERA (0)
cancerdata (39)
CardinalWorkflows (20)
Category (1)
ccdata (61)
CCl4 (35)
ccTutorial (15)
CellMapperData (16)
ceu1kg (11)
ceu1kgv (10)
ceuhm3 (11)
cgdv17 (50)
cghMCR (1)
ChAMPdata (280)
charmData (20)
cheung2010 (11)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (16)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (95)
ChIPexoQualExample (8)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (70)
chopsticks (1)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (58)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (231)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (77)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (1)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (18)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (88)
colonCA (39)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (14)
ConnectivityMap (19)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (58)
CopyhelpeR (104)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (36)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (23)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (10)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (20)
curatedBreastData (21)
curatedCRCData (13)
curatedMetagenomicData (42)
curatedOvarianData (55)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (78)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (16)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (27)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (20)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (16)
diggit (0)
diggitdata (18)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (58)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (309)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (10)
DOQTL (0)
DREAM4 (14)
dressCheck (10)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (73)
dsQTL (24)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (17)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (38)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (126)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (131)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (6)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (120)
etec16s (17)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (248)
fabia (0)
fabiaData (16)
facopy.annot (64)
facsDorit (22)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (18)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (14)
FGNet (0)
fibroEset (93)
FindMyFriends (0)
FIs (56)
FISHalyseR (0)
fission (300)
flagme (0)
Fletcher2013a (20)
Fletcher2013b (18)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (1)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (17)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (15)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (11)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (126)
FlowSorted.CordBlood.450k (25)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (9)
FlowSorted.DLPFC.450k (16)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (56)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (24)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (84)
furrowSeg (9)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (281)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (13)
gatingMLData (15)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (83)
gdsfmt (1)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (2)
genefu (0)
geneLenDataBase (702)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (51)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (2)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (15)
geuvPack (35)
geuvStore (2)
geuvStore2 (24)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (37)
ggtut (3)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (383)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (1)
grndata (73)
GSBenchMark (17)
GSE62944 (19)
GSEABase (1)
gskb (36)
GSVAdata (112)
Gviz (0)
GWASdata (44)
GWASTools (1)

H

h5vcData (79)
hapmap100khind (14)
hapmap100kxba (29)
hapmap500knsp (12)
hapmap500ksty (13)
hapmapsnp5 (24)
hapmapsnp6 (38)
harbChIP (21)
HarmanData (17)
HD2013SGI (16)
healthyFlowData (16)
HEEBOdata (18)
HelloRangesData (13)
hgu133abarcodevecs (11)
hgu133afrmavecs (2)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2frmavecs (3)
hgu2beta7 (19)
HiCDataHumanIMR90 (26)
HiCDataLymphoblast (19)
Hiiragi2013 (52)
HIVcDNAvantWout03 (13)
hmyriB36 (13)
HSMMSingleCell (438)
HumanAffyData (13)
humanStemCell (50)

I

IHW (0)
IHWpaper (10)
Illumina450ProbeVariants.db (239)
IlluminaDataTestFiles (32)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (1)
impute (1)
ind1KG (5)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (15)
IRanges (3)
ITALICSData (69)
Iyer517 (11)

J

JASPAR2014 (54)
JASPAR2016 (87)
JctSeqData (19)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (13)
KEGGdzPathwaysGEO (143)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (24)
KOdata (53)

L

leeBamViews (73)
leukemiasEset (70)
LiebermanAidenHiC2009 (15)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (11)
lumi (0)
lumiBarnes (28)
LungCancerACvsSCCGEO (67)
LungCancerLines (23)
lungExpression (26)
lydata (16)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (15)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (14)
mAPKLData (15)
maqcExpression4plex (30)
MAQCsubset (16)
MAQCsubsetAFX (18)
MAQCsubsetILM (11)
marray (0)
MEALData (16)
MEDIPSData (33)
MEEBOdata (17)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (22)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (16)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (0)
Mfuzz (0)
microRNAome (1)
MIGSAdata (6)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (249)
minfiDataEPIC (44)
minionSummaryData (19)
miRcompData (59)
miRNATarget (16)
mitoODEdata (62)
MMDiffBamSubset (19)
mosaicsExample (23)
mouse4302barcodevecs (8)
mouse4302frmavecs (2)
MSBdata (13)
msd16s (24)
msdata (202)
MSnbase (0)
msPurityData (20)
msqc1 (17)
mtbls2 (30)
MUGAExampleData (20)
Mulder2012 (11)
multtest (1)
mvoutData (14)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (11)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (16)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
OnassisJavaLibs (1)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (2)
parathyroidSE (127)
pasilla (593)
pasillaBamSubset (146)
PasillaTranscriptExpr (15)
pathifier (1)
PathNetData (20)
pathprintGEOData (7)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (18)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (18)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (15)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (23)
pd.atdschip.tiling (16)
pepDat (18)
PGPC (10)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
phyloseq (0)
plasFIA (16)
polyester (0)
ppiData (81)
prebsdata (15)
PREDAsampledata (17)
preprocessCore (2)
ProData (25)
pRolocdata (128)
prostateCancerCamcap (12)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (9)
prostateCancerTaylor (9)
prostateCancerVarambally (8)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (17)
pumadata (23)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (25)
PWMEnrich.Hsapiens.background (30)
PWMEnrich.Mmusculus.background (20)

Q

QDNAseq.hg19 (17)
QDNAseq.mm10 (11)
quantsmooth (1)
QUBICdata (13)
qvalue (0)

R

RamiGO (1)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (82)
RDAVIDWebService (1)
ReportingTools (0)
rfcdmin (3)
RforProteomics (153)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (12)
RIPSeekerData (16)
RITANdata (17)
RMassBankData (29)
RNAinteractMAPK (13)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (199)
RNASeqDataSubset (1)
RnaSeqSampleSizeData (92)
RnaSeqTutorial (74)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (119)
RnBeads.hg38 (28)
RnBeads.mm10 (19)
RnBeads.mm9 (24)
RnBeads.rn5 (12)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (10)
rRDPData (14)
Rsamtools (2)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (192)
RTCGA.CNV (24)
RTCGA.methylation (25)
RTCGA.miRNASeq (25)
RTCGA.mRNA (60)
RTCGA.mutations (31)
RTCGA.PANCAN12 (24)
RTCGA.rnaseq (58)
RTCGA.RPPA (22)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (80)

S

S4Vectors (3)
sampleClassifierData (7)
SCLCBam (19)
scRNAseq (36)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (70)
seqc (29)
seqCNA.annot (71)
seqLogo (0)
serumStimulation (15)
seventyGeneData (11)
shinyMethylData (33)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (0)
simpIntLists (74)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (10)
SNAData (22)
SNAGEEdata (63)
SNPhoodData (13)
SNPRelate (1)
snpStats (0)
SomatiCAData (9)
SomaticCancerAlterations (71)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (33)
SpikeInSubset (97)
spliceR (0)
stemHypoxia (72)
stjudem (18)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (58)
synapterdata (75)
systemPipeRdata (87)

T

TargetScoreData (14)
TargetSearchData (19)
TBX20BamSubset (8)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (13)
TCGAMethylation450k (35)
TCGAWorkflowData (16)
TFBSTools (0)
TimerQuant (7)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (11)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (14)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (87)
twilight (0)
tximportData (239)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (4)
vsn (0)
vulcandata (0)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (14)
WES.1KG.WUGSC (31)
widgetTools (1)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (10)
XVector (2)

Y

yeastCC (117)
yeastExpData (113)
yeastGSData (11)
yeastNagalakshmi (34)
yeastRNASeq (67)
yri1kgv (16)
yriMulti (16)

Z

zebrafishRNASeq (111)
zlibbioc (3)