See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2020-09-26 14:19:41 -0400 (Sat, 26 Sep 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2962)
2HSMMSingleCell (1759)
3airway (1513)
4geneLenDataBase (1116)
5pasilla (847)
6scRNAseq (843)
7tximportData (622)
8bladderbatch (498)
9ChAMPdata (445)
10sesameData (403)
11Illumina450ProbeVariants.db (400)
12DMRcatedata (383)
13RTCGA.clinical (350)
14GSVAdata (342)
15fission (329)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (51)
adductData (25)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (21)
affycoretools (0)
affydata (270)
Affyhgu133A2Expr (22)
Affyhgu133aExpr (26)
Affyhgu133Plus2Expr (36)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (36)
Affymoe4302Expr (22)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1513)
all (0)
ALL (2962)
allenpvc (7)
ALLMLL (69)
alpineData (20)
AmpAffyExample (20)
AneuFinderData (54)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (26)
aracne.networks (40)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (29)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASICSdata (23)
AssessORFData (17)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (100)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (40)
BeadArrayUseCases (31)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (9)
beta7 (14)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (23)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (21)
bladderbatch (498)
blimaTestingData (18)
BloodCancerMultiOmics2017 (23)
bodymapRat (18)
brainImageRdata (11)
breakpointRdata (25)
breastCancerMAINZ (60)
breastCancerNKI (74)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (49)
breastCancerUNT (36)
breastCancerUPP (41)
breastCancerVDX (74)
brgedata (30)
bronchialIL13 (11)
BSgenome (0)
bsseqData (51)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (28)
CardinalWorkflows (29)
Category (0)
ccdata (54)
CCl4 (28)
ccTutorial (14)
celarefData (16)
celldex (32)
CellMapperData (17)
ceu1kg (9)
ceu1kgv (9)
ceuhm3 (10)
cgdv17 (35)
cghMCR (0)
ChAMPdata (445)
charmData (10)
cheung2010 (0)
ChIC.data (29)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (14)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (58)
ChIPexoQualExample (16)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (21)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (27)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (46)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (313)
CLLmethylation (12)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (21)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (0)
CMA (0)
cMap2data (34)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (17)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (41)
colonCA (28)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (16)
ConnectivityMap (29)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (108)
CopyhelpeR (61)
CopyNeutralIMA (10)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (35)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (10)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (5)
curatedAdipoChIP (9)
curatedAdipoRNA (13)
curatedBladderData (24)
curatedBreastData (27)
curatedCRCData (19)
curatedMetagenomicData (140)
curatedOvarianData (63)
curatedTCGAData (185)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (62)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (11)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (36)
derfinderData (38)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (10)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (23)
diggit (0)
diggitdata (17)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (42)
DmelSGI (10)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (383)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (9)
DOQTL (0)
dorothea (38)
DREAM4 (13)
dressCheck (10)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (33)
dsQTL (11)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (38)
DupChecker (0)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (15)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (12)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (20)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (188)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (242)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encodnasei (0)
encoDnaseI (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (79)
etec16s (16)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (252)
fabia (0)
fabiaData (12)
facopy.annot (13)
facsDorit (11)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (18)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (14)
FGNet (0)
fibroEset (43)
FieldEffectCrc (1)
FindMyFriends (0)
FIs (46)
FISHalyseR (0)
fission (329)
flagme (0)
Fletcher2013a (25)
Fletcher2013b (23)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (16)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (7)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (224)
FlowSorted.Blood.EPIC (117)
FlowSorted.CordBlood.450k (52)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (38)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (35)
FlowSorted.DLPFC.450k (20)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (90)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (20)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (30)
furrowSeg (10)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (282)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (9)
gatingMLData (19)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (63)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1116)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (43)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (29)
geuvPack (20)
geuvStore (0)
geuvStore2 (19)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (37)
ggtut (0)
GIGSEAdata (10)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (288)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (6)
graph (1)
graphite (0)
grndata (56)
GSBenchMark (15)
GSE62944 (34)
GSEABase (0)
gskb (72)
gsvadata (0)
GSVAdata (342)
Gviz (0)
GWASdata (50)
GWASTools (0)

H

h5vcData (63)
hapmap100khind (9)
hapmap100kxba (28)
hapmap500knsp (9)
hapmap500ksty (9)
hapmapsnp5 (23)
hapmapsnp6 (34)
harbChIP (18)
HarmanData (18)
HarmonizedTCGAData (14)
HCAData (40)
HD2013SGI (12)
HDCytoData (131)
healthyFlowData (15)
HEEBOdata (15)
HelloRangesData (25)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (10)
hgu133plus2CellScore (15)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (10)
HiCDataHumanIMR90 (24)
HiCDataLymphoblast (16)
HighlyReplicatedRNASeq (4)
Hiiragi2013 (61)
HIVcDNAvantWout03 (9)
HMP16SData (43)
HMP2Data (13)
hmyriB36 (8)
HSMMSingleCell (1759)
HumanAffyData (17)
humanStemCell (62)

I

IHW (0)
IHWpaper (12)
Illumina450ProbeVariants.db (400)
IlluminaDataTestFiles (46)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (1)
ind1KG (0)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (0)
IRanges (1)
ITALICSData (25)
Iyer517 (8)

J

JASPAR2014 (34)
JASPAR2016 (173)
JctSeqData (18)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (39)
KEGGdzPathwaysGEO (238)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (14)
KOdata (33)

L

leeBamViews (42)
leukemiasEset (131)
LiebermanAidenHiC2009 (15)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (9)
lumi (0)
lumiBarnes (26)
LungCancerACvsSCCGEO (26)
LungCancerLines (21)
lungExpression (42)
lydata (22)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (33)
macrophage (46)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (11)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (34)
MAQCsubset (14)
MAQCsubsetAFX (15)
MAQCsubsetILM (9)
marray (0)
mCSEAdata (28)
mcsurvdata (12)
MEALData (0)
MEDIPSData (30)
MEEBOdata (15)
Metab (0)
MetaGxBreast (21)
MetaGxOvarian (19)
MetaGxPancreas (15)
metaMS (0)
metaMSdata (25)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (16)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (15)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (15)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (319)
minfiDataEPIC (57)
minionSummaryData (17)
miRcompData (25)
miRNATarget (17)
mitoODEdata (22)
MMAPPR2data (11)
MMDiffBamSubset (17)
MOFAdata (53)
mosaicsExample (23)
mouse4302barcodevecs (8)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (41)
MSBdata (1)
msd16s (18)
msdata (277)
MSMB (19)
MSnbase (0)
msPurityData (42)
msqc1 (11)
MSstatsBioData (22)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (29)
MTseekerData (14)
MUGAExampleData (13)
Mulder2012 (5)
multtest (1)
muscData (37)
mvoutData (13)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

nanotubes (17)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (10)
NestLink (12)
netDx.examples (3)
Neve2006 (8)
neve2006 (0)
NGScopyData (44)
NOISeq (0)

O

oct4 (10)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (21)
OnassisJavaLibs (46)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (7)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (1)
parathyroidSE (274)
pasilla (847)
pasillaBamSubset (190)
PasillaTranscriptExpr (34)
pathifier (0)
PathNetData (16)
pathprintGEOData (15)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (30)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (26)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (14)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (23)
pcxnData (23)
pd.atdschip.tiling (13)
pepDat (17)
PepsNMRData (18)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (9)
phyloseq (0)
plasFIA (15)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (33)
prebsdata (14)
PREDAsampledata (33)
preprocessCore (1)
ProData (16)
pRolocdata (200)
prostateCancerCamcap (15)
prostateCancerGrasso (10)
prostateCancerStockholm (10)
prostateCancerTaylor (12)
prostateCancerVarambally (10)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (14)
pumadata (14)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (21)
PWMEnrich.Hsapiens.background (24)
PWMEnrich.Mmusculus.background (19)
pwrEWAS.data (26)

Q

QDNAseq.hg19 (61)
QDNAseq.mm10 (24)
qPLEXdata (15)
quantsmooth (0)
QUBICdata (25)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (43)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (23)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (15)
RegParallel (48)
ReportingTools (0)
restfulSEData (18)
rfcdmin (0)
RforProteomics (158)
RGMQLlib (23)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (9)
RIPSeekerData (13)
RITANdata (32)
RMassBankData (25)
RNAinteractMAPK (8)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (21)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (166)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (19)
RnaSeqSampleSizeData (52)
RnaSeqTutorial (2)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (151)
RnBeads.hg38 (101)
RnBeads.mm10 (80)
RnBeads.mm9 (13)
RnBeads.rn5 (10)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (8)
rRDPData (15)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (350)
RTCGA.CNV (43)
RTCGA.methylation (49)
RTCGA.miRNASeq (112)
RTCGA.mRNA (199)
RTCGA.mutations (95)
RTCGA.PANCAN12 (35)
RTCGA.rnaseq (176)
RTCGA.RPPA (40)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (37)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (15)
SBGNview.data (19)
SCATE (1)
SCATEData (1)
SCLCBam (20)
scRNAseq (843)
scTHI.data (7)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (36)
seqc (20)
seqCNA.annot (34)
seqLogo (0)
serumStimulation (14)
sesameData (403)
seventyGeneData (10)
shinyMethylData (23)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (22)
sigPathway (0)
simpIntLists (35)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SingleCellMultiModal (9)
SNAData (12)
snadata (0)
SNAGEEdata (24)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (51)
spade (0)
spatialLIBD (13)
SPIA (0)
SpikeIn (25)
SpikeInSubset (102)
spliceR (0)
spqnData (6)
stemHypoxia (31)
stjudem (14)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (16)
synapterdata (76)
systemPipeRdata (126)

T

TabulaMurisData (21)
TargetScoreData (15)
TargetSearchData (15)
tartare (8)
TBX20BamSubset (27)
TCGAbiolinksGUI.data (121)
TCGAcrcmiRNA (10)
TCGAcrcmRNA (11)
TCGAMethylation450k (23)
tcgaWGBSData.hg19 (10)
TCGAWorkflowData (106)
TENxBrainData (77)
TENxBUSData (23)
TENxPBMCData (252)
TFBSTools (0)
timecoursedata (1)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (9)
tinesath1probe (8)
tissueTreg (16)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (16)
topdownrdata (15)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (131)
twilight (0)
tximportData (622)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (9)
vsn (0)
vulcandata (16)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (50)
WGSmapp (8)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (8)
XVector (1)

Y

yeastCC (45)
yeastExpData (86)
yeastGSData (8)
yeastNagalakshmi (33)
yeastRNASeq (46)
yri1kgv (19)
yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (150)
zlibbioc (1)