See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2019-06-25 16:54:48 -0400 (Tue, 25 Jun 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2820)
2HSMMSingleCell (1223)
3airway (1085)
4geneLenDataBase (981)
5pasilla (883)
6tximportData (569)
7bladderbatch (541)
8DMRcatedata (497)
9golubEsets (473)
10ChAMPdata (417)
11sesameData (399)
12affydata (365)
13Illumina450ProbeVariants.db (359)
14fission (335)
15RTCGA.clinical (312)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (79)
adductData (6)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (25)
affycoretools (0)
affydata (365)
Affyhgu133A2Expr (21)
Affyhgu133aExpr (24)
Affyhgu133Plus2Expr (26)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (40)
Affymoe4302Expr (22)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1085)
all (0)
ALL (2820)
allenpvc (6)
ALLMLL (98)
alpineData (21)
AmpAffyExample (23)
AneuFinderData (80)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (28)
aracne.networks (50)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (60)
AshkenazimSonChr21 (11)
ASICSdata (18)
AssessORFData (10)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (63)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (40)
BeadArrayUseCases (49)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (1)
beta7 (25)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (1)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (30)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (541)
blimaTestingData (18)
BloodCancerMultiOmics2017 (20)
bodymapRat (3)
brainImageRdata (5)
breakpointRdata (15)
breastCancerMAINZ (62)
breastCancerNKI (85)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (58)
breastCancerUNT (44)
breastCancerUPP (48)
breastCancerVDX (98)
brgedata (18)
bronchialIL13 (12)
BSgenome (0)
bsseqData (61)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (22)
CardinalWorkflows (27)
Category (0)
ccdata (72)
CCl4 (39)
ccTutorial (15)
celarefData (11)
CellMapperData (17)
ceu1kg (10)
ceu1kgv (8)
ceuhm3 (11)
cgdv17 (42)
cghMCR (0)
ChAMPdata (417)
charmData (19)
cheung2010 (5)
ChIC.data (42)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (83)
ChIPexoQualExample (16)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (3)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (52)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (76)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (259)
CLLmethylation (9)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (5)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (60)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (73)
colonCA (34)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (16)
ConnectivityMap (23)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (53)
CopyhelpeR (89)
CopyNeutralIMA (6)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (4)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (30)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (8)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoChIP (1)
curatedAdipoRNA (2)
curatedBladderData (26)
curatedBreastData (22)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (143)
curatedOvarianData (67)
curatedTCGAData (151)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (90)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (11)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (29)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (12)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (27)
diggit (0)
diggitdata (19)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (57)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (497)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (8)
DOQTL (0)
DREAM4 (11)
dressCheck (9)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (59)
dsQTL (13)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (16)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (16)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (14)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (27)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (194)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (273)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (2)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (116)
etec16s (16)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (286)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (45)
facsDorit (16)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (19)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (14)
FGNet (0)
fibroEset (61)
FindMyFriends (0)
FIs (53)
FISHalyseR (0)
fission (335)
flagme (0)
Fletcher2013a (23)
Fletcher2013b (21)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (16)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (14)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (192)
FlowSorted.Blood.EPIC (39)
FlowSorted.CordBlood.450k (29)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (2)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (21)
FlowSorted.DLPFC.450k (16)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (76)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (21)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (62)
furrowSeg (10)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (308)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (11)
gatingMLData (20)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (69)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (981)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (41)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (27)
geuvPack (26)
geuvStore (1)
geuvStore2 (22)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (42)
ggtut (1)
GIGSEAdata (5)
globaltest (1)
GOFunction (0)
golubEsets (473)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
graphite (1)
grndata (64)
GSBenchMark (17)
GSE62944 (27)
GSEABase (1)
gskb (55)
gsvadata (0)
GSVAdata (259)
Gviz (0)
GWASdata (50)
GWASTools (0)

H

h5vcData (71)
hapmap100khind (8)
hapmap100kxba (34)
hapmap500knsp (9)
hapmap500ksty (10)
hapmapsnp5 (25)
hapmapsnp6 (39)
harbChIP (15)
HarmanData (18)
HarmonizedTCGAData (12)
HCAData (4)
HD2013SGI (14)
HDCytoData (36)
healthyFlowData (16)
HEEBOdata (15)
HelloRangesData (28)
hgu133abarcodevecs (9)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (9)
hgu133plus2CellScore (13)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (12)
HiCDataHumanIMR90 (31)
HiCDataLymphoblast (17)
Hiiragi2013 (60)
HIVcDNAvantWout03 (9)
HMP16SData (61)
HMP2Data (0)
hmyriB36 (9)
HSMMSingleCell (1223)
HumanAffyData (15)
humanStemCell (51)

I

IHW (0)
IHWpaper (12)
Illumina450ProbeVariants.db (359)
IlluminaDataTestFiles (39)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (11)
IRanges (1)
ITALICSData (49)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (43)
JASPAR2016 (218)
JctSeqData (22)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (63)
KEGGdzPathwaysGEO (229)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (20)
KOdata (55)

L

leeBamViews (57)
leukemiasEset (106)
LiebermanAidenHiC2009 (15)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (10)
lumi (0)
lumiBarnes (24)
LungCancerACvsSCCGEO (53)
LungCancerLines (24)
lungExpression (142)
lydata (24)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (31)
macrophage (4)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (11)
mAPKLData (17)
maqcExpression4plex (35)
MAQCsubset (13)
MAQCsubsetAFX (16)
MAQCsubsetILM (9)
marray (0)
mCSEAdata (42)
mcsurvdata (6)
MEALData (4)
MEDIPSData (34)
MEEBOdata (15)
Metab (0)
MetaGxBreast (13)
MetaGxOvarian (32)
MetaGxPancreas (11)
metaMS (0)
metaMSdata (24)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (17)
Mfuzz (0)
microRNAome (11)
MIGSAdata (15)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (306)
minfiDataEPIC (64)
minionSummaryData (18)
miRcompData (50)
miRNATarget (16)
mitoODEdata (46)
MMDiffBamSubset (18)
MOFAdata (6)
mosaicsExample (33)
mouse4302barcodevecs (8)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (21)
msd16s (22)
msdata (243)
MSMB (6)
MSnbase (0)
msPurityData (32)
msqc1 (18)
MSstatsBioData (23)
MSstatsQC (1)
mtbls2 (28)
MTseekerData (8)
MUGAExampleData (19)
Mulder2012 (9)
multtest (0)
muscData (0)
mvoutData (15)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

nanotubes (3)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (9)
NestLink (3)
Neve2006 (9)
neve2006 (0)
NGScopyData (16)
NOISeq (0)

O

oct4 (1)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (15)
OnassisJavaLibs (50)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (1)
parathyroidSE (198)
pasilla (883)
pasillaBamSubset (158)
PasillaTranscriptExpr (30)
pathifier (0)
PathNetData (17)
pathprintGEOData (13)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (22)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (21)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (14)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (25)
pcxnData (43)
pd.atdschip.tiling (16)
pepDat (17)
PepsNMRData (9)
PGPC (6)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (65)
prebsdata (14)
PREDAsampledata (26)
preprocessCore (1)
ProData (19)
pRolocdata (197)
prostateCancerCamcap (15)
prostateCancerGrasso (7)
prostateCancerStockholm (10)
prostateCancerTaylor (10)
prostateCancerVarambally (7)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (19)
pumadata (17)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (22)
PWMEnrich.Hsapiens.background (26)
PWMEnrich.Mmusculus.background (18)

Q

QDNAseq.hg19 (25)
QDNAseq.mm10 (12)
qPLEXdata (12)
quantsmooth (0)
QUBICdata (14)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (70)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (21)
RDAVIDWebService (0)
RegParallel (13)
ReportingTools (1)
restfulSEData (25)
rfcdmin (1)
RforProteomics (172)
RGMQLlib (39)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (8)
RIPSeekerData (14)
RITANdata (48)
RMassBankData (24)
RNAinteractMAPK (10)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (211)
RNASeqDataSubset (1)
RNASeqRData (10)
RnaSeqSampleSizeData (80)
RnaSeqTutorial (18)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (125)
RnBeads.hg38 (38)
RnBeads.mm10 (49)
RnBeads.mm9 (22)
RnBeads.rn5 (10)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (11)
rRDPData (14)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (312)
RTCGA.CNV (38)
RTCGA.methylation (47)
RTCGA.miRNASeq (63)
RTCGA.mRNA (162)
RTCGA.mutations (79)
RTCGA.PANCAN12 (36)
RTCGA.rnaseq (129)
RTCGA.RPPA (35)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (61)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (15)
SCLCBam (20)
scRNAseq (276)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (57)
seqc (18)
seqCNA.annot (58)
seqLogo (0)
serumStimulation (15)
sesameData (399)
seventyGeneData (12)
shinyMethylData (32)
ShortRead (0)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (60)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (10)
SNAData (13)
snadata (0)
SNAGEEdata (48)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (58)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (26)
SpikeInSubset (125)
spliceR (0)
stemHypoxia (58)
stjudem (14)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (45)
synapterdata (84)
systemPipeRdata (116)

T

TabulaMurisData (11)
TargetScoreData (14)
TargetSearchData (15)
TBX20BamSubset (17)
TCGAbiolinksGUI.data (139)
TCGAcrcmiRNA (11)
TCGAcrcmRNA (11)
TCGAMethylation450k (31)
tcgaWGBSData.hg19 (5)
TCGAWorkflowData (99)
TENxBrainData (87)
TENxPBMCData (19)
TFBSTools (0)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (9)
tinesath1probe (8)
tissueTreg (9)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (14)
topdownrdata (17)
topGO (0)
Trendy (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (119)
twilight (0)
tximportData (569)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (9)
vsn (1)
vulcandata (12)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
weaver (1)
WES.1KG.WUGSC (53)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (10)
XVector (0)

Y

yeastCC (74)
yeastExpData (146)
yeastGSData (7)
yeastNagalakshmi (39)
yeastRNASeq (58)
yri1kgv (20)
yriMulti (8)

Z

zebrafishRNASeq (233)
zlibbioc (1)