See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2020-02-15 06:18:21 -0500 (Sat, 15 Feb 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3103)
2HSMMSingleCell (1554)
3airway (1216)
4geneLenDataBase (981)
5pasilla (754)
6sesameData (742)
7tximportData (585)
8bladderbatch (503)
9DMRcatedata (488)
10ChAMPdata (442)
11scRNAseq (430)
12Illumina450ProbeVariants.db (379)
13golubEsets (359)
14fission (321)
15RTCGA.clinical (318)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (66)
adductData (25)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (22)
affycoretools (0)
affydata (292)
Affyhgu133A2Expr (22)
Affyhgu133aExpr (25)
Affyhgu133Plus2Expr (28)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (40)
Affymoe4302Expr (22)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1216)
all (0)
ALL (3103)
allenpvc (10)
ALLMLL (80)
alpineData (20)
AmpAffyExample (21)
AneuFinderData (69)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (27)
aracne.networks (46)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (42)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASICSdata (22)
AssessORFData (16)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (57)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (39)
BeadArrayUseCases (31)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (3)
beta7 (18)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (24)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (6)
bladderbatch (503)
blimaTestingData (17)
BloodCancerMultiOmics2017 (22)
bodymapRat (12)
brainImageRdata (10)
breakpointRdata (25)
breastCancerMAINZ (57)
breastCancerNKI (81)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (49)
breastCancerUNT (37)
breastCancerUPP (40)
breastCancerVDX (89)
brgedata (23)
bronchialIL13 (12)
BSgenome (0)
bsseqData (48)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (25)
CardinalWorkflows (31)
Category (0)
ccdata (63)
CCl4 (33)
ccTutorial (13)
celarefData (16)
CellMapperData (17)
ceu1kg (9)
ceu1kgv (9)
ceuhm3 (9)
cgdv17 (41)
cghMCR (0)
ChAMPdata (442)
charmData (19)
cheung2010 (2)
ChIC.data (36)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (17)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (72)
ChIPexoQualExample (15)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (12)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (38)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (57)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (285)
CLLmethylation (11)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (19)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (45)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (17)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (55)
colonCA (31)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (16)
ConnectivityMap (26)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (33)
CopyhelpeR (80)
CopyNeutralIMA (10)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (34)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (9)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoChIP (6)
curatedAdipoRNA (8)
curatedBladderData (26)
curatedBreastData (24)
curatedCRCData (21)
curatedMetagenomicData (128)
curatedOvarianData (61)
curatedTCGAData (188)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (80)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (11)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (12)
derfinderData (30)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (11)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (24)
diggit (0)
diggitdata (16)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (43)
DmelSGI (11)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (488)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (9)
DOQTL (0)
DREAM4 (13)
dressCheck (9)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (43)
dsQTL (12)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (26)
DupChecker (0)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (15)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (13)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (23)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (189)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (272)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (1)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (93)
etec16s (17)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (266)
fabia (0)
fabiaData (12)
facopy.annot (29)
facsDorit (13)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (19)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (16)
FGNet (0)
fibroEset (49)
FindMyFriends (0)
FIs (45)
FISHalyseR (0)
fission (321)
flagme (0)
Fletcher2013a (24)
Fletcher2013b (22)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (15)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (12)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (193)
FlowSorted.Blood.EPIC (80)
FlowSorted.CordBlood.450k (40)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (17)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (26)
FlowSorted.DLPFC.450k (21)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (87)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (21)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (45)
furrowSeg (10)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (304)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (9)
gatingMLData (18)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (62)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (981)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (43)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (29)
geuvPack (22)
geuvStore (1)
geuvStore2 (21)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (38)
ggtut (1)
GIGSEAdata (8)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (359)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
graphite (0)
grndata (62)
GSBenchMark (15)
GSE62944 (30)
GSEABase (0)
gskb (55)
gsvadata (0)
GSVAdata (298)
Gviz (0)
GWASdata (50)
GWASTools (0)

H

h5vcData (56)
hapmap100khind (8)
hapmap100kxba (31)
hapmap500knsp (9)
hapmap500ksty (9)
hapmapsnp5 (24)
hapmapsnp6 (36)
harbChIP (12)
HarmanData (17)
HarmonizedTCGAData (14)
HCAData (26)
HD2013SGI (14)
HDCytoData (98)
healthyFlowData (14)
HEEBOdata (15)
HelloRangesData (24)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (10)
hgu133plus2CellScore (14)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (10)
HiCDataHumanIMR90 (26)
HiCDataLymphoblast (16)
Hiiragi2013 (65)
HIVcDNAvantWout03 (10)
HMP16SData (50)
HMP2Data (4)
hmyriB36 (9)
HSMMSingleCell (1554)
HumanAffyData (16)
humanStemCell (56)

I

IHW (0)
IHWpaper (12)
Illumina450ProbeVariants.db (379)
IlluminaDataTestFiles (38)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (5)
IRanges (0)
ITALICSData (35)
Iyer517 (9)

J

JASPAR2014 (40)
JASPAR2016 (200)
JctSeqData (21)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (43)
KEGGdzPathwaysGEO (217)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (17)
KOdata (40)

L

leeBamViews (45)
leukemiasEset (118)
LiebermanAidenHiC2009 (13)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (9)
lumi (0)
lumiBarnes (27)
LungCancerACvsSCCGEO (39)
LungCancerLines (22)
lungExpression (71)
lydata (26)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (33)
macrophage (23)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (11)
mAPKLData (17)
maqcExpression4plex (36)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (15)
MAQCsubsetILM (10)
marray (0)
mCSEAdata (40)
mcsurvdata (10)
MEALData (2)
MEDIPSData (35)
MEEBOdata (14)
Metab (0)
MetaGxBreast (18)
MetaGxOvarian (26)
MetaGxPancreas (12)
metaMS (0)
metaMSdata (27)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (18)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (16)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (300)
minfiDataEPIC (61)
minionSummaryData (18)
miRcompData (39)
miRNATarget (16)
mitoODEdata (34)
MMAPPR2data (5)
MMDiffBamSubset (19)
MOFAdata (34)
mosaicsExample (26)
mouse4302barcodevecs (9)
mouse4302frmavecs (1)
MouseGastrulationData (9)
MSBdata (6)
msd16s (21)
msdata (249)
MSMB (17)
MSnbase (0)
msPurityData (40)
msqc1 (20)
MSstatsBioData (28)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (31)
MTseekerData (16)
MUGAExampleData (16)
Mulder2012 (9)
multtest (0)
muscData (18)
mvoutData (14)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

nanotubes (11)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (9)
NestLink (12)
Neve2006 (8)
neve2006 (0)
NGScopyData (12)
NOISeq (0)

O

oct4 (6)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (23)
OnassisJavaLibs (36)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (2)
parathyroidSE (202)
pasilla (754)
pasillaBamSubset (142)
PasillaTranscriptExpr (33)
pathifier (0)
PathNetData (17)
pathprintGEOData (15)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (26)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (24)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (14)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (23)
pcxnData (34)
pd.atdschip.tiling (15)
pepDat (17)
PepsNMRData (18)
PGPC (2)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (3)
phyloseq (0)
plasFIA (20)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (50)
prebsdata (15)
PREDAsampledata (33)
preprocessCore (1)
ProData (19)
pRolocdata (207)
prostateCancerCamcap (12)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (10)
prostateCancerTaylor (11)
prostateCancerVarambally (9)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (20)
pumadata (15)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (23)
PWMEnrich.Hsapiens.background (26)
PWMEnrich.Mmusculus.background (20)
pwrEWAS.data (8)

Q

QDNAseq.hg19 (37)
QDNAseq.mm10 (17)
qPLEXdata (18)
quantsmooth (0)
QUBICdata (19)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (57)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (24)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (4)
RegParallel (34)
ReportingTools (0)
restfulSEData (19)
rfcdmin (0)
RforProteomics (167)
RGMQLlib (31)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (8)
RIPSeekerData (15)
RITANdata (39)
RMassBankData (29)
RNAinteractMAPK (9)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (7)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (183)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (18)
RnaSeqSampleSizeData (67)
RnaSeqTutorial (5)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (134)
RnBeads.hg38 (72)
RnBeads.mm10 (66)
RnBeads.mm9 (16)
RnBeads.rn5 (10)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (10)
rRDPData (15)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (318)
RTCGA.CNV (42)
RTCGA.methylation (47)
RTCGA.miRNASeq (79)
RTCGA.mRNA (187)
RTCGA.mutations (91)
RTCGA.PANCAN12 (38)
RTCGA.rnaseq (153)
RTCGA.RPPA (38)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (48)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (16)
SBGNview.data (9)
SCLCBam (20)
scRNAseq (430)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (44)
seqc (18)
seqCNA.annot (45)
seqLogo (0)
serumStimulation (16)
sesameData (742)
seventyGeneData (12)
shinyMethylData (28)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (6)
sigPathway (0)
simpIntLists (48)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SNAData (11)
snadata (0)
SNAGEEdata (35)
SNPhoodData (15)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (50)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (25)
SpikeInSubset (72)
spliceR (0)
stemHypoxia (42)
stjudem (14)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (30)
synapterdata (77)
systemPipeRdata (122)

T

TabulaMurisData (18)
TargetScoreData (15)
TargetSearchData (17)
tartare (3)
TBX20BamSubset (21)
TCGAbiolinksGUI.data (132)
TCGAcrcmiRNA (10)
TCGAcrcmRNA (10)
TCGAMethylation450k (24)
tcgaWGBSData.hg19 (9)
TCGAWorkflowData (102)
TENxBrainData (90)
TENxBUSData (8)
TENxPBMCData (82)
TFBSTools (0)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (10)
tinesath1probe (8)
tissueTreg (14)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (16)
topdownrdata (20)
topGO (0)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (126)
twilight (0)
tximportData (585)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (10)
vsn (0)
vulcandata (14)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (14)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (46)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (9)
XVector (1)

Y

yeastCC (55)
yeastExpData (101)
yeastGSData (8)
yeastNagalakshmi (36)
yeastRNASeq (48)
yri1kgv (20)
yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (169)
zlibbioc (1)