See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2022-05-26 16:48:30 -0400 (Thu, 26 May 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2996)
2HSMMSingleCell (2073)
3TCGAbiolinksGUI.data (2035)
4airway (1630)
5geneLenDataBase (1394)
6celldex (1348)
7scRNAseq (1121)
8pasilla (876)
9tximportData (641)
10ChAMPdata (545)
11Illumina450ProbeVariants.db (502)
12GSVAdata (453)
13bladderbatch (452)
14msdata (404)
15bcellViper (348)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (50)
adductData (35)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (23)
affycoretools (0)
affydata (272)
Affyhgu133A2Expr (25)
Affyhgu133aExpr (28)
Affyhgu133Plus2Expr (34)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (67)
Affymoe4302Expr (28)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1630)
ALL (2996)
all (0)
allenpvc (2)
ALLMLL (69)
alpineData (29)
AmpAffyExample (23)
AneuFinderData (66)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (32)
aracne.networks (56)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (44)
AshkenazimSonChr21 (18)
ASICSdata (27)
AssessORFData (21)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (348)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (47)
BeadArrayUseCases (29)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (15)
benchmarkfdrData2019 (19)
BentoBoxData (1)
beta7 (19)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (18)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (24)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (41)
bladderbatch (452)
blimaTestingData (20)
BloodCancerMultiOmics2017 (35)
bodymapRat (24)
brainImageRdata (15)
breakpointRdata (46)
breastCancerMAINZ (68)
breastCancerNKI (69)
breastCancerTRANSBIG (45)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (42)
breastCancerUPP (46)
breastCancerVDX (100)
brgedata (35)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (49)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (28)
CardinalWorkflows (27)
Category (0)
ccdata (67)
CCl4 (45)
ccTutorial (17)
celarefData (23)
celldex (1348)
CellMapperData (21)
ceu1kg (4)
ceu1kgv (4)
ceuhm3 (4)
cgdv17 (10)
cghMCR (0)
ChAMPdata (545)
charmData (2)
cheung2010 (1)
ChIC.data (45)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (85)
ChIPexoQualExample (19)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (34)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (35)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (65)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (233)
CLLmethylation (16)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (27)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (21)
CMA (0)
cMap2data (47)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (18)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (51)
colonCA (25)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (17)
ConnectivityMap (25)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (55)
CopyhelpeR (62)
CopyNeutralIMA (21)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (50)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (13)
CRImage (0)
crisprScoreData (6)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (14)
curatedAdipoChIP (16)
curatedAdipoRNA (18)
curatedBladderData (25)
curatedBreastData (25)
curatedCRCData (23)
curatedMetagenomicData (233)
curatedOvarianData (57)
curatedTBData (7)
curatedTCGAData (207)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (73)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (15)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (128)
derfinderData (35)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (17)
destiny (0)
DExMAdata (29)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (26)
diggit (0)
diggitdata (22)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (88)
DmelSGI (18)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (229)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (14)
DOQTL (0)
dorothea (330)
DREAM4 (21)
dressCheck (15)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (91)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (47)
dsQTL (5)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (41)
DupChecker (0)
DvDdata (13)
dyebias (0)
dyebiasexamples (19)
DynDoc (0)

E

easierData (21)
EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (26)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (161)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (218)
EMDomics (0)
emtdata (31)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
epimutacionsData (1)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (77)
etec16s (20)
eudysbiome (0)
ewceData (81)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (242)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (3)
facsDorit (4)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (27)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (18)
FGNet (0)
fibroEset (44)
FieldEffectCrc (18)
FindMyFriends (0)
FIs (61)
FISHalyseR (0)
fission (278)
flagme (0)
Fletcher2013a (33)
Fletcher2013b (31)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (3)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (20)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (232)
FlowSorted.Blood.EPIC (140)
FlowSorted.CordBlood.450k (37)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (50)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (24)
FlowSorted.DLPFC.450k (30)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (90)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (20)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (4)
furrowSeg (14)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (285)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (20)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (59)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1394)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (46)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (24)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (34)
geuvPack (4)
geuvStore (1)
geuvStore2 (6)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (7)
ggtut (1)
GIGSEAdata (14)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (226)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (16)
graph (0)
graphite (0)
grndata (38)
GSBenchMark (17)
GSE103322 (12)
GSE13015 (23)
GSE159526 (7)
GSE62944 (33)
GSEABase (0)
gskb (20)
GSVAdata (453)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (43)
GWASTools (0)

H

h5vcData (76)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (28)
hapmap500knsp (14)
hapmap500ksty (13)
hapmapsnp5 (22)
hapmapsnp6 (30)
harbChIP (19)
HarmanData (24)
HarmonizedTCGAData (21)
HCAData (58)
HD2013SGI (21)
HDCytoData (140)
healthyControlsPresenceChecker (1)
healthyFlowData (19)
HEEBOdata (18)
HelloRangesData (30)
hgu133abarcodevecs (13)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (19)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (12)
HiCDataHumanIMR90 (26)
HiCDataLymphoblast (19)
HighlyReplicatedRNASeq (14)
Hiiragi2013 (97)
HIVcDNAvantWout03 (13)
HMP16SData (46)
HMP2Data (27)
hmyriB36 (4)
HSMMSingleCell (2073)
HumanAffyData (19)
humanStemCell (86)

I

IHW (1)
IHWpaper (18)
Illumina450ProbeVariants.db (502)
IlluminaDataTestFiles (49)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (20)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (0)
ITALICSData (41)
Iyer517 (14)

J

JASPAR2014 (38)
JASPAR2016 (102)
JctSeqData (6)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (45)
KEGGdzPathwaysGEO (190)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (17)
KOdata (49)

L

leeBamViews (44)
leukemiasEset (117)
LiebermanAidenHiC2009 (17)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (14)
LRcellTypeMarkers (20)
lumi (0)
lumiBarnes (34)
LungCancerACvsSCCGEO (41)
LungCancerLines (23)
lungExpression (36)
lydata (26)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (34)
macrophage (112)
MACSdata (16)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (18)
mAPKLData (20)
maqcExpression4plex (32)
MAQCsubset (18)
MAQCsubsetAFX (9)
MAQCsubsetILM (14)
marray (0)
mCSEAdata (50)
mcsurvdata (17)
MEALData (1)
MEDIPSData (28)
MEEBOdata (16)
Metab (0)
MetaGxBreast (27)
MetaGxOvarian (24)
MetaGxPancreas (21)
metaMS (0)
metaMSdata (30)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (24)
methylclockData (45)
MethylMix (0)
MethylSeqData (14)
methylumi (0)
methyvimData (4)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (69)
microRNAome (18)
MIGSAdata (19)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (313)
minfiDataEPIC (54)
minionSummaryData (28)
miRcompData (40)
miRNATarget (19)
mitoODEdata (5)
MMAPPR2data (19)
MMDiffBamSubset (17)
MOFAdata (62)
mosaicsExample (69)
mouse4302barcodevecs (13)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (114)
MouseThymusAgeing (23)
MSBdata (1)
msd16s (25)
msdata (404)
msigdb (136)
MSMB (74)
MSnbase (0)
msPurityData (41)
msqc1 (15)
MSstatsBioData (14)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (30)
MTseekerData (2)
MUGAExampleData (13)
Mulder2012 (2)
multtest (0)
muscData (67)
mvoutData (17)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (42)
nanotubes (24)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (14)
NestLink (16)
netDx.examples (2)
Neve2006 (14)
neve2006 (0)
NGScopyData (34)
NOISeq (0)
nullrangesData (10)
NxtIRFdata (17)

O

ObMiTi (13)
oct4 (16)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (35)
OnassisJavaLibs (29)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (38)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (234)
pasilla (876)
pasillaBamSubset (223)
PasillaTranscriptExpr (39)
pathifier (0)
PathNetData (20)
pathprintGEOData (3)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (7)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (6)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (4)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (27)
pcxnData (40)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (21)
PepsNMRData (23)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (14)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (0)
plotgardenerData (18)
polyester (0)
ppiData (35)
prebsdata (19)
preciseTADhub (15)
PREDAsampledata (46)
preprocessCore (0)
ProData (20)
pRolocdata (197)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (14)
prostateCancerStockholm (13)
prostateCancerTaylor (13)
prostateCancerVarambally (13)
ProtGenerics (0)
ptairData (18)
PtH2O2lipids (21)
pumadata (18)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (23)
PWMEnrich.Hsapiens.background (28)
PWMEnrich.Mmusculus.background (22)
pwrEWAS.data (47)

Q

QDNAseq.hg19 (94)
QDNAseq.mm10 (50)
qPLEXdata (18)
quantsmooth (0)
QUBICdata (34)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (47)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (34)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (64)
RegParallel (63)
ReportingTools (0)
restfulSEData (20)
rfcdmin (0)
RforProteomics (151)
RGMQLlib (39)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (14)
RIPSeekerData (6)
RITANdata (41)
RLHub (13)
RMassBankData (24)
RNAinteractMAPK (17)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (51)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (230)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (23)
RnaSeqSampleSizeData (83)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (144)
RnBeads.hg38 (116)
RnBeads.mm10 (100)
RnBeads.mm9 (78)
RnBeads.rn5 (15)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (14)
rRDPData (18)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (287)
RTCGA.CNV (44)
RTCGA.methylation (43)
RTCGA.miRNASeq (84)
RTCGA.mRNA (165)
RTCGA.mutations (76)
RTCGA.PANCAN12 (35)
RTCGA.rnaseq (142)
RTCGA.RPPA (39)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (44)

S

S4Vectors (0)
sampleClassifierData (19)
SBGNview.data (61)
scanMiRData (14)
scATAC.Explorer (6)
SCATE (0)
SCATEData (30)
SCLCBam (20)
scpdata (21)
scRNAseq (1121)
scTHI.data (18)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (45)
seqc (21)
seqCNA.annot (47)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (333)
seventyGeneData (16)
shinyMethylData (23)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (52)
sigPathway (0)
SimBenchData (17)
simpIntLists (51)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (14)
SingleCellMultiModal (42)
SingleMoleculeFootprintingData (17)
SNAData (21)
snadata (0)
SNAGEEdata (40)
SNPhoodData (18)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (12)
SomaticCancerAlterations (48)
spade (0)
spatialDmelxsim (6)
spatialLIBD (97)
SPIA (0)
SpikeIn (24)
SpikeInSubset (73)
spliceR (0)
spqnData (17)
stemHypoxia (56)
STexampleData (42)
stjudem (18)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (14)
synapterdata (40)
systemPipeRdata (255)

T

TabulaMurisData (25)
TabulaMurisSenisData (21)
TargetScoreData (19)
TargetSearchData (19)
tartare (34)
TBX20BamSubset (46)
TCGAbiolinksGUI.data (2035)
TCGAcrcmiRNA (12)
TCGAcrcmRNA (15)
TCGAMethylation450k (32)
tcgaWGBSData.hg19 (15)
TCGAWorkflowData (111)
TENxBrainData (73)
TENxBUSData (26)
TENxPBMCData (343)
TENxVisiumData (42)
TFBSTools (0)
timecoursedata (28)
TimerQuant (14)
tinesath1cdf (15)
tinesath1probe (13)
tissueTreg (26)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (21)
tofsimsData (20)
topdownrdata (17)
topGO (0)
Trendy (0)
TSSi (0)
tuberculosis (6)
tweeDEseqCountData (106)
twilight (0)
tximportData (641)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (13)
VectraPolarisData (1)
vsn (0)
vulcandata (17)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (3)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (46)
WGSmapp (27)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
xcoredata (2)
XhybCasneuf (15)
XVector (0)

Y

yeastCC (54)
yeastExpData (67)
yeastGSData (12)
yeastNagalakshmi (38)
yeastRNASeq (48)
yri1kgv (5)
yriMulti (3)

Z

zebrafishRNASeq (127)
zlibbioc (1)