See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sun. 17 Mar 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 ALL (3273) 6 scRNAseq (1636) 11 TENxPBMCData (639)
2 TCGAbiolinksGUI.data (3059) 7 geneLenDataBase (1491) 12 ChAMPdata (633)
3 celldex (2994) 8 pasilla (883) 13 GSVAdata (622)
4 HSMMSingleCell (2695) 9 tximportData (805) 14 bladderbatch (592)
5 airway (1936) 10 sesameData (737) 15 depmap (591)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (7)

adductData (71)

affycompData (47)

affydata (381)

Affyhgu133A2Expr (34)

Affyhgu133aExpr (57)

Affyhgu133Plus2Expr (53)

AffymetrixDataTestFiles (89)

Affymoe4302Expr (41)

Affymoe430Expr (0)

airway (1936)

ALL (3273)

allenpvc (0)

ALLMLL (102)

alpineData (22)

AmpAffyExample (30)

AneuFinderData (97)

antiProfilesData (75)

aracne.networks (48)

ARRmData (89)

AshkenazimSonChr21 (17)

ASICSdata (35)

AssessORFData (34)

B

bcellViper (554)

beadarrayExampleData (125)

BeadArrayUseCases (28)

BeadSorted.Saliva.EPIC (16)

benchmarkfdrData2019 (17)

beta7 (19)

BioImageDbs (19)

BioPlex (24)

biotmleData (49)

biscuiteerData (71)

bladderbatch (592)

blimaTestingData (29)

BloodCancerMultiOmics2017 (43)

bodymapRat (84)

brainImageRdata (1)

breakpointRdata (151)

breastCancerMAINZ (104)

breastCancerNKI (82)

breastCancerTRANSBIG (76)

breastCancerUNT (59)

breastCancerUPP (81)

breastCancerVDX (154)

brgedata (52)

bronchialIL13 (22)

bsseqData (90)

C

cancerdata (50)

CardinalWorkflows (76)

ccdata (103)

CCl4 (52)

ccTutorial (29)

celarefData (24)

celldex (2994)

CellMapperData (29)

ceu1kg (2)

ceu1kgv (2)

ceuhm3 (2)

cfToolsData (42)

cgdv17 (3)

ChAMPdata (633)

charmData (2)

cheung2010 (2)

ChIC.data (28)

ChimpHumanBrainData (13)

chipenrich.data (158)

ChIPexoQualExample (33)

chipseqDBData (31)

ChIPXpressData (110)

chromstaRData (100)

CLL (203)

CLLmethylation (15)

CluMSIDdata (38)

clustifyrdatahub (30)

cMap2data (95)

cnvGSAdata (26)

COHCAPanno (83)

colonCA (50)

CONFESSdata (25)

ConnectivityMap (28)

COPDSexualDimorphism.data (45)

CopyhelpeR (49)

CopyNeutralIMA (18)

CopyNumber450kData (2)

CoSIAdata (22)

COSMIC.67 (116)

CRCL18 (14)

crisprScoreData (127)

curatedAdipoArray (15)

curatedAdipoChIP (15)

curatedAdipoRNA (17)

curatedBladderData (39)

curatedBreastData (55)

curatedCRCData (24)

curatedMetagenomicData (309)

curatedOvarianData (137)

curatedTBData (21)

curatedTCGAData (444)

D

DAPARdata (143)

davidTiling (18)

depmap (591)

derfinderData (61)

DeSousa2013 (21)

DExMAdata (70)

diffloopdata (22)

diggitdata (28)

DLBCL (91)

DmelSGI (44)

DMRcatedata (217)

DNAZooData (30)

DonaPLLP2013 (23)

dorothea (508)

DREAM4 (3)

dressCheck (20)

DropletTestFiles (205)

DrugVsDiseasedata (80)

dsQTL (2)

DuoClustering2018 (78)

DvDdata (26)

dyebiasexamples (29)

E

easierData (158)

EatonEtAlChIPseq (29)

ecoliLeucine (35)

EGSEAdata (142)

ELMER.data (200)

emtdata (20)

ENCODEFig4Band4D (0)

encoDnaseI (2)

EpiMix.data (64)

epimutacionsData (71)

estrogen (70)

etec16s (19)

ewceData (172)

F

faahKO (257)

fabiaData (16)

facopy.annot (1)

facsDorit (3)

FANTOM3and4CAGE (35)

ffpeExampleData (28)

fibroEset (74)

FieldEffectCrc (15)

FIs (59)

fission (239)

Fletcher2013a (70)

Fletcher2013b (53)

flowFitExampleData (2)

flowPloidyData (37)

flowQBData (1)

FlowSorted.Blood.450k (290)

FlowSorted.Blood.EPIC (172)

FlowSorted.CordBlood.450k (36)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (43)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (23)

FlowSorted.DLPFC.450k (143)

flowWorkspaceData (143)

fourDNData (30)

frmaExampleData (37)

FunciSNP.data (3)

furrowSeg (17)

G

gageData (308)

gaschYHS (16)

gatingMLData (7)

gcspikelite (91)

gDNAinRNAseqData (22)

gDRtestData (21)

geneLenDataBase (1491)

genomationData (70)

GenomicDistributionsData (60)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)

GeuvadisTranscriptExpr (31)

geuvPack (1)

geuvStore (1)

geuvStore2 (1)

GGdata (3)

ggtut (3)

GIGSEAdata (14)

golubEsets (231)

gpaExample (40)

grndata (34)

GSBenchMark (45)

GSE103322 (34)

GSE13015 (29)

GSE159526 (14)

GSE62944 (49)

gskb (3)

GSVAdata (622)

GWASdata (73)

H

h5vcData (114)

hapmap100khind (18)

hapmap100kxba (37)

hapmap500knsp (22)

hapmap500ksty (31)

hapmapsnp5 (107)

hapmapsnp6 (129)

harbChIP (19)

HarmanData (47)

HarmonizedTCGAData (24)

HCAData (78)

HCATonsilData (12)

HD2013SGI (47)

HDCytoData (148)

healthyControlsPresenceChecker (13)

healthyFlowData (27)

HEEBOdata (26)

HelloRangesData (54)

hgu133abarcodevecs (14)

hgu133plus2barcodevecs (12)

hgu133plus2CellScore (26)

hgu2beta7 (12)

HiBED (5)

HiCDataHumanIMR90 (44)

HiCDataLymphoblast (26)

HiContactsData (110)

HighlyReplicatedRNASeq (14)

Hiiragi2013 (96)

HIVcDNAvantWout03 (13)

HMP16SData (32)

HMP2Data (32)

hmyriB36 (2)

HSMMSingleCell (2695)

HumanAffyData (25)

humanStemCell (111)

I

IHWpaper (22)

Illumina450ProbeVariants.db (550)

IlluminaDataTestFiles (89)

imcdatasets (53)

ind1KG (2)

iontreeData (2)

ITALICSData (45)

Iyer517 (14)

J

JASPAR2014 (59)

JASPAR2016 (156)

JctSeqData (2)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (78)

KEGGdzPathwaysGEO (252)

kidpack (17)

KOdata (79)

L

leeBamViews (50)

leukemiasEset (111)

LiebermanAidenHiC2009 (15)

ListerEtAlBSseq (21)

LRcellTypeMarkers (40)

lumiBarnes (40)

LungCancerACvsSCCGEO (52)

LungCancerLines (53)

lungExpression (56)

lydata (82)

lymphoma (0)

M

M3DExampleData (59)

macrophage (232)

MACSdata (34)

mammaPrintData (22)

mAPKLData (18)

maqcExpression4plex (36)

MAQCsubset (31)

MAQCsubsetAFX (3)

MAQCsubsetILM (13)

marinerData (36)

mCSEAdata (104)

mcsurvdata (14)

MEALData (1)

MEDIPSData (49)

MEEBOdata (27)

MerfishData (26)

MetaGxBreast (24)

MetaGxOvarian (22)

MetaGxPancreas (18)

metaMSdata (64)

MetaScope (17)

MethylAidData (36)

methylclockData (145)

MethylSeqData (15)

methyvimData (1)

MicrobiomeBenchmarkData (17)

microbiomeDataSets (134)

microRNAome (18)

MIGSAdata (15)

minfiData (412)

minfiDataEPIC (80)

minionSummaryData (38)

miRcompData (55)

miRNATarget (38)

mitoODEdata (2)

MMAPPR2data (41)

MMDiffBamSubset (36)

MOFAdata (148)

mosaicsExample (76)

mouse4302barcodevecs (12)

MouseGastrulationData (147)

MouseThymusAgeing (58)

MSBdata (1)

msd16s (33)

msdata (497)

msigdb (480)

MSMB (62)

msPurityData (37)

msqc1 (14)

MSstatsBioData (1)

mtbls2 (60)

MTseekerData (1)

MUGAExampleData (29)

Mulder2012 (2)

muscData (142)

mvoutData (29)

N

NanoporeRNASeq (52)

nanotubes (26)

NCIgraphData (14)

NestLink (17)

NetActivityData (46)

netDx.examples (0)

Neve2006 (25)

NGScopyData (47)

nullrangesData (158)

NxtIRFdata (87)

O

ObMiTi (13)

oct4 (31)

octad.db (40)

OMICsPCAdata (64)

OnassisJavaLibs (28)

optimalFlowData (45)

orthosData (41)

P

parathyroid (1)

parathyroidSE (304)

pasilla (883)

pasillaBamSubset (291)

PasillaTranscriptExpr (35)

PathNetData (45)

pathprintGEOData (1)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (3)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (3)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (2)

PCHiCdata (51)

pcxnData (58)

pd.atdschip.tiling (22)

pepDat (33)

PepsNMRData (54)

PGPC (1)

PhyloProfileData (15)

plasFIA (5)

plotgardenerData (72)

ppiData (4)

prebsdata (35)

preciseTADhub (14)

PREDAsampledata (53)

ProData (17)

pRolocdata (214)

prostateCancerCamcap (18)

prostateCancerGrasso (17)

prostateCancerStockholm (13)

prostateCancerTaylor (16)

prostateCancerVarambally (13)

ptairData (44)

PtH2O2lipids (32)

pumadata (33)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (28)

PWMEnrich.Hsapiens.background (33)

PWMEnrich.Mmusculus.background (25)

pwrEWAS.data (30)

Q

QDNAseq.hg19 (129)

QDNAseq.mm10 (58)

qPLEXdata (31)

QUBICdata (51)

R

raerdata (13)

rcellminerData (68)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (58)

ReactomeGSA.data (81)

RegParallel (61)

restfulSEData (44)

rfcdmin (2)

RforProteomics (115)

RGMQLlib (40)

rheumaticConditionWOLLBOLD (17)

RIPSeekerData (6)

RITANdata (46)

RLHub (23)

RMassBankData (39)

RNAinteractMAPK (22)

RNAmodR.Data (49)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (318)

RNASeqDataSubset (0)

RNASeqRData (6)

RnaSeqSampleSizeData (87)

RnaSeqTutorial (3)

RnBeads.hg19 (174)

RnBeads.hg38 (91)

RnBeads.mm10 (66)

RnBeads.mm9 (68)

RnBeads.rn5 (18)

RRBSdata (22)

rRDPData (31)

RTCGA.clinical (315)

RTCGA.CNV (70)

RTCGA.methylation (70)

RTCGA.miRNASeq (120)

RTCGA.mRNA (175)

RTCGA.mutations (90)

RTCGA.PANCAN12 (103)

RTCGA.rnaseq (151)

RTCGA.RPPA (64)

RUVnormalizeData (59)

S

sampleClassifierData (28)

SBGNview.data (159)

scanMiRData (53)

scATAC.Explorer (19)

SCATEData (84)

SCLCBam (29)

scMultiome (32)

scpdata (43)

scRNAseq (1636)

scTHI.data (31)

seq2pathway.data (107)

seqc (24)

seqCNA.annot (50)

serumStimulation (12)

sesameData (737)

seventyGeneData (18)

SFEData (87)

shinyMethylData (35)

signatureSearchData (164)

SimBenchData (20)

simpIntLists (95)

Single.mTEC.Transcriptomes (16)

SingleCellMultiModal (74)

SingleMoleculeFootprintingData (29)

smokingMouse (8)

SNAData (15)

SNAGEEdata (59)

SNPhoodData (27)

SomatiCAData (14)

SomaticCancerAlterations (60)

SpatialDatasets (8)

spatialDmelxsim (12)

spatialLIBD (230)

SpikeIn (35)

SpikeInSubset (89)

spqnData (34)

stemHypoxia (59)

STexampleData (203)

stjudem (41)

SVM2CRMdata (22)

synapterdata (34)

systemPipeRdata (205)

T

TabulaMurisData (62)

TabulaMurisSenisData (69)

TargetScoreData (47)

TargetSearchData (53)

tartare (51)

TBX20BamSubset (70)

TCGAbiolinksGUI.data (3059)

TCGAcrcmiRNA (14)

TCGAcrcmRNA (21)

TCGAMethylation450k (44)

tcgaWGBSData.hg19 (1)

TCGAWorkflowData (80)

TENxBrainData (98)

TENxBUSData (37)

TENxPBMCData (639)

TENxVisiumData (72)

timecoursedata (124)

TimerQuant (14)

tinesath1cdf (19)

tinesath1probe (12)

tissueTreg (32)

TMExplorer (27)

tofsimsData (13)

topdownrdata (32)

tuberculosis (14)

TumourMethData (7)

tweeDEseqCountData (171)

tximportData (805)

V

VariantToolsData (16)

VectraPolarisData (20)

vulcandata (35)

W

waveTilingData (2)

WeberDivechaLCdata (37)

WES.1KG.WUGSC (43)

WGSmapp (44)

X

xcoredata (32)

XhybCasneuf (13)

Y

yeastCC (83)

yeastExpData (107)

yeastGSData (13)

yeastNagalakshmi (69)

yeastRNASeq (62)

yri1kgv (2)

yriMulti (1)

Z

zebrafishRNASeq (179)