Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2017-06-27 16:13:47 -0400 (Tue, 27 Jun 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1652)
2airway (732)
3geneLenDataBase (619)
4pasilla (543)
5golubEsets (378)
6affydata (374)
7HSMMSingleCell (348)
8bladderbatch (303)
9gageData (285)
10fission (267)
11ChAMPdata (246)
12DMRcatedata (246)
13minfiData (244)
14faahKO (237)
15Illumina450ProbeVariants.db (223)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (92)
affxparser (1)
affy (1)
affycompData (29)
affycoretools (0)
affydata (374)
Affyhgu133A2Expr (22)
Affyhgu133aExpr (25)
Affyhgu133Plus2Expr (26)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (44)
Affymoe4302Expr (23)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (732)
all (0)
ALL (1652)
ALLMLL (99)
alpineData (14)
AmpAffyExample (32)
AneuFinderData (68)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (38)
aracne.networks (19)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (75)
AshkenazimSonChr21 (14)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (41)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (47)
BeadArrayUseCases (48)
BeadDataPackR (0)
beta7 (32)
Biobase (2)
BiocGenerics (1)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (6)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (303)
blimaTestingData (18)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (55)
breastCancerNKI (75)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (47)
breastCancerUNT (39)
breastCancerUPP (43)
breastCancerVDX (102)
bronchialIL13 (16)
BSgenome (1)
bsseqData (52)
bumphunter (1)

C

CAMERA (0)
cancerdata (39)
CardinalWorkflows (21)
Category (1)
ccdata (39)
CCl4 (35)
ccTutorial (15)
CellMapperData (12)
ceu1kg (11)
ceu1kgv (10)
ceuhm3 (10)
cgdv17 (49)
cghMCR (1)
ChAMPdata (246)
charmData (21)
cheung2010 (12)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (14)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (89)
ChIPexoQualExample (4)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (70)
chopsticks (1)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (37)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (198)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (76)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (1)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (17)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (89)
colonCA (40)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (12)
ConnectivityMap (19)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (75)
CopyhelpeR (100)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (38)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (24)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (11)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (21)
curatedBreastData (21)
curatedCRCData (13)
curatedMetagenomicData (15)
curatedOvarianData (60)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (70)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (17)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (26)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (22)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (14)
diggit (0)
diggitdata (18)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (58)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (246)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (10)
DOQTL (0)
DREAM4 (15)
dressCheck (9)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (72)
dsQTL (16)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (16)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (18)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (1)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (36)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (112)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (96)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (9)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (125)
etec16s (11)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (237)
fabia (0)
fabiaData (16)
facopy.annot (63)
facsDorit (22)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (19)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (14)
FGNet (0)
fibroEset (95)
FindMyFriends (0)
FIs (52)
FISHalyseR (0)
fission (267)
flagme (0)
Fletcher2013a (19)
Fletcher2013b (17)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (1)
flowClust (0)
flowCore (1)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (17)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (9)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (7)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (123)
FlowSorted.CordBlood.450k (29)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (6)
FlowSorted.DLPFC.450k (16)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (1)
flowVS (0)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (53)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (25)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (86)
furrowSeg (8)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (285)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (15)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (80)
gdsfmt (1)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (619)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (43)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicRanges (2)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (13)
geuvPack (34)
geuvStore (6)
geuvStore2 (23)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (34)
ggtut (3)
globaltest (1)
GOFunction (0)
golubEsets (378)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (70)
GSBenchMark (18)
GSE62944 (19)
GSEABase (1)
gskb (32)
GSVAdata (88)
Gviz (0)
GWASdata (43)
GWASTools (1)

H

h5vcData (77)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (27)
hapmap500knsp (11)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (22)
hapmapsnp6 (38)
harbChIP (22)
HarmanData (16)
HD2013SGI (14)
healthyFlowData (15)
HEEBOdata (18)
HelloRangesData (8)
hgu133abarcodevecs (11)
hgu133afrmavecs (2)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2frmavecs (2)
hgu2beta7 (18)
HiCDataHumanIMR90 (25)
HiCDataLymphoblast (17)
Hiiragi2013 (55)
HIVcDNAvantWout03 (11)
hmyriB36 (12)
HSMMSingleCell (348)
HumanAffyData (10)
humanStemCell (52)

I

IHW (1)
IHWpaper (9)
Illumina450ProbeVariants.db (223)
IlluminaDataTestFiles (55)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (1)
impute (1)
ind1KG (8)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (15)
IRanges (3)
ITALICSData (70)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (53)
JASPAR2016 (69)
JctSeqData (18)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (13)
KEGGdzPathwaysGEO (129)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (24)
KOdata (34)

L

leeBamViews (70)
leukemiasEset (63)
LiebermanAidenHiC2009 (15)
limma (2)
ListerEtAlBSseq (11)
lumi (0)
lumiBarnes (29)
LungCancerACvsSCCGEO (64)
LungCancerLines (24)
lungExpression (26)
lydata (10)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (9)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (15)
mAPKLData (15)
maqcExpression4plex (30)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (17)
MAQCsubsetILM (11)
marray (1)
MEALData (15)
MEDIPSData (34)
MEEBOdata (17)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (20)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (16)
MethylMix (0)
methylumi (0)
Mfuzz (1)
microRNAome (0)
MIGSAdata (3)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (244)
minfiDataEPIC (31)
minionSummaryData (18)
miRcompData (56)
miRNATarget (17)
mitoODEdata (60)
MMDiffBamSubset (19)
mosaicsExample (21)
mouse4302barcodevecs (8)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (12)
msd16s (24)
msdata (186)
MSnbase (0)
msPurityData (15)
msqc1 (16)
mtbls2 (30)
MUGAExampleData (20)
Mulder2012 (11)
multtest (1)
mvoutData (13)
mygene (1)
mzID (0)
mzR (1)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (10)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (16)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
oneChannelGUI (1)
OrderedList (1)
OrganismDbi (0)

P

PAA (1)
parathyroid (3)
parathyroidSE (122)
pasilla (543)
pasillaBamSubset (147)
PasillaTranscriptExpr (14)
pathifier (1)
PathNetData (18)
pathprintGEOData (4)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (17)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (17)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (14)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (21)
pd.atdschip.tiling (15)
pepDat (17)
PGPC (9)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
phyloseq (0)
plasFIA (11)
polyester (0)
ppiData (80)
prebsdata (15)
PREDAsampledata (16)
preprocessCore (3)
ProData (24)
pRolocdata (128)
prostateCancerCamcap (11)
prostateCancerGrasso (8)
prostateCancerStockholm (8)
prostateCancerTaylor (8)
prostateCancerVarambally (8)
ProtGenerics (1)
PtH2O2lipids (13)
pumadata (23)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (25)
PWMEnrich.Hsapiens.background (32)
PWMEnrich.Mmusculus.background (21)

Q

QDNAseq.hg19 (15)
QDNAseq.mm10 (10)
quantsmooth (1)
QUBICdata (13)
qvalue (0)

R

RamiGO (1)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (82)
RDAVIDWebService (1)
ReportingTools (0)
rfcdmin (3)
RforProteomics (146)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RIPSeekerData (17)
RITANdata (3)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (12)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (184)
RNASeqDataSubset (1)
RnaSeqSampleSizeData (91)
RnaSeqTutorial (79)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (126)
RnBeads.hg38 (21)
RnBeads.mm10 (20)
RnBeads.mm9 (26)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (1)
Rqc (0)
RRBSdata (12)
rRDPData (13)
Rsamtools (2)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (151)
RTCGA.CNV (21)
RTCGA.methylation (21)
RTCGA.miRNASeq (21)
RTCGA.mRNA (35)
RTCGA.mutations (27)
RTCGA.PANCAN12 (22)
RTCGA.rnaseq (51)
RTCGA.RPPA (19)
rtracklayer (2)
RUVnormalizeData (78)

S

S4Vectors (4)
sampleClassifierData (3)
SCLCBam (18)
scRNAseq (19)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (68)
seqc (25)
seqCNA.annot (71)
seqLogo (0)
serumStimulation (15)
seventyGeneData (11)
shinyMethylData (34)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (0)
simpIntLists (71)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (9)
SNAData (21)
SNAGEEdata (61)
SNPhoodData (12)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (9)
SomaticCancerAlterations (80)
spade (0)
SPIA (1)
SpikeIn (31)
SpikeInSubset (102)
spliceR (0)
stemHypoxia (72)
stjudem (19)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (56)
synapterdata (66)
systemPipeRdata (77)

T

TargetScoreData (15)
TargetSearchData (19)
TBX20BamSubset (8)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (13)
TCGAMethylation450k (31)
TCGAWorkflowData (4)
TFBSTools (0)
TimerQuant (7)
tinesath1cdf (10)
tinesath1probe (10)
TitanCNA (1)
tkWidgets (1)
tofsimsData (13)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (63)
twilight (1)
tximportData (166)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (2)
vsn (0)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (14)
WES.1KG.WUGSC (30)
widgetTools (1)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (9)
XVector (3)

Y

yeastCC (128)
yeastExpData (101)
yeastGSData (10)
yeastNagalakshmi (40)
yeastRNASeq (65)
yri1kgv (14)
yriMulti (8)

Z

zebrafishRNASeq (104)
zlibbioc (3)