Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2017-02-21 16:16:53 -0800 (Tue, 21 Feb 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1531)
2airway (642)
3geneLenDataBase (567)
4pasilla (519)
5golubEsets (392)
6affydata (385)
7HSMMSingleCell (293)
8bladderbatch (291)
9gageData (277)
10minfiData (248)
11faahKO (245)
12fission (232)
13CLL (226)
14ChAMPdata (225)
15Illumina450ProbeVariants.db (215)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (1)
a4Reporting (1)
ABAData (88)
affy (1)
affycompData (36)
affycoretools (0)
affydata (385)
Affyhgu133A2Expr (28)
Affyhgu133aExpr (31)
Affyhgu133Plus2Expr (31)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (55)
Affymoe4302Expr (27)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (642)
all (0)
ALL (1531)
ALLMLL (116)
alpineData (8)
AmpAffyExample (42)
AneuFinderData (49)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (42)
aracne.networks (10)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (85)
AshkenazimSonChr21 (18)
ASSET (1)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (41)
beadarray (1)
beadarrayExampleData (53)
BeadArrayUseCases (55)
BeadDataPackR (1)
beta7 (40)
Biobase (3)
BiocGenerics (1)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (2)
biovizBase (1)
BiRewire (1)
birta (1)
bladderbatch (291)
blimaTestingData (21)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (62)
breastCancerNKI (82)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (55)
breastCancerUNT (46)
breastCancerUPP (51)
breastCancerVDX (114)
bronchialIL13 (27)
BSgenome (1)
bsseqData (54)
bumphunter (1)

C

CAMERA (1)
cancerdata (45)
CardinalWorkflows (21)
Category (1)
ccdata (18)
CCl4 (41)
ccTutorial (23)
CellMapperData (7)
ceu1kg (17)
ceu1kgv (13)
ceuhm3 (16)
cgdv17 (55)
cghMCR (1)
ChAMPdata (225)
charmData (27)
cheung2010 (16)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (17)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (95)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (79)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (17)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (226)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (86)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (1)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (1)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (22)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (1)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (96)
colonCA (55)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (9)
ConnectivityMap (22)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (87)
CopyhelpeR (98)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (40)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (27)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (14)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (24)
curatedBreastData (21)
curatedCRCData (17)
curatedMetagenomicData (7)
curatedOvarianData (64)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (44)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (25)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (28)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (24)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (1)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (11)
diggit (0)
diggitdata (19)
DirichletMultinomial (1)
dks (0)
DLBCL (65)
DmelSGI (15)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (192)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
DREAM4 (20)
dressCheck (16)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (84)
dsQTL (20)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (14)
dyebias (0)
dyebiasexamples (24)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (24)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (1)
EBSeq (1)
EBSeqHMM (0)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (45)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (67)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (88)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (2)
encodnasei (0)
encoDnaseI (18)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (129)
etec16s (8)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (245)
fabia (0)
fabiaData (19)
facopy.annot (67)
facsDorit (30)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (23)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (20)
FGNet (0)
fibroEset (109)
FindMyFriends (0)
FIs (38)
FISHalyseR (0)
fission (232)
flagme (0)
Fletcher2013a (21)
Fletcher2013b (19)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (1)
flowClust (0)
flowCore (1)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (22)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (4)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (4)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (124)
FlowSorted.CordBlood.450k (27)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (2)
FlowSorted.DLPFC.450k (18)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (1)
flowVS (0)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (60)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (31)
frmaTools (0)
fucci (1)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (96)
furrowSeg (6)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (277)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (23)
gatingMLData (25)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (86)
gdsfmt (1)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (567)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (1)
genoCN (0)
genomationData (39)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (2)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (3)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (1)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (2)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (10)
geuvPack (35)
geuvStore (11)
geuvStore2 (21)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (41)
ggtut (11)
globaltest (1)
GOFunction (1)
golubEsets (392)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (70)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (14)
GSEABase (1)
gskb (26)
GSVAdata (73)
Gviz (0)
GWASdata (50)
GWASTools (1)

H

h5vcData (83)
hapmap100khind (19)
hapmap100kxba (32)
hapmap500knsp (17)
hapmap500ksty (18)
hapmapsnp5 (29)
hapmapsnp6 (47)
harbChIP (28)
HarmanData (11)
HD2013SGI (17)
healthyFlowData (21)
HEEBOdata (25)
HelloRangesData (4)
hgu133abarcodevecs (19)
hgu133afrmavecs (4)
hgu133plus2barcodevecs (19)
hgu133plus2frmavecs (4)
hgu2beta7 (23)
HiCDataHumanIMR90 (24)
HiCDataLymphoblast (21)
Hiiragi2013 (55)
HIVcDNAvantWout03 (17)
hmyriB36 (21)
HSMMSingleCell (293)
HumanAffyData (6)
humanStemCell (60)

I

IHW (2)
IHWpaper (7)
Illumina450ProbeVariants.db (215)
IlluminaDataTestFiles (59)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (3)
illuminaio (1)
impute (2)
ind1KG (16)
intansv (1)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (19)
IRanges (5)
ITALICSData (78)
Iyer517 (22)

J

JASPAR2014 (67)
JASPAR2016 (45)
JctSeqData (15)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (16)
KEGGdzPathwaysGEO (110)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (33)
KOdata (14)

L

leeBamViews (78)
leukemiasEset (65)
LiebermanAidenHiC2009 (23)
limma (3)
ListerEtAlBSseq (13)
lumi (0)
lumiBarnes (39)
LungCancerACvsSCCGEO (70)
LungCancerLines (27)
lungExpression (34)
lydata (6)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (5)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (2)
MAIT (0)
makecdfenv (1)
mammaPrintData (19)
mAPKLData (15)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (24)
MAQCsubsetAFX (27)
MAQCsubsetILM (18)
marray (1)
MEALData (15)
MEDIPSData (41)
MEEBOdata (25)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (21)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (1)
Mfuzz (1)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (248)
minfiDataEPIC (16)
minionSummaryData (17)
miRcompData (56)
miRNATarget (22)
mitoODEdata (65)
MMDiffBamSubset (23)
mosaicsExample (25)
mouse4302barcodevecs (14)
mouse4302frmavecs (4)
MSBdata (14)
msd16s (29)
msdata (192)
MSnbase (0)
msPurityData (7)
msqc1 (12)
mtbls2 (26)
MUGAExampleData (27)
Mulder2012 (15)
multtest (1)
mvoutData (21)
mygene (1)
mzID (0)
mzR (1)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (18)
Neve2006 (20)
neve2006 (0)
NGScopyData (21)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
oneChannelGUI (1)
OrderedList (1)
OrganismDbi (0)

P

PAA (1)
parathyroid (4)
parathyroidSE (126)
pasilla (519)
pasillaBamSubset (148)
PasillaTranscriptExpr (12)
pathifier (1)
PathNetData (23)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (24)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (21)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (21)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (17)
pd.atdschip.tiling (21)
pepDat (18)
PGPC (8)
PGSEA (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (3)
phyloseq (1)
plasFIA (4)
polyester (1)
ppiData (89)
prebsdata (20)
PREDAsampledata (21)
preprocessCore (4)
ProData (28)
pRolocdata (142)
prostateCancerCamcap (7)
prostateCancerGrasso (6)
prostateCancerStockholm (6)
prostateCancerTaylor (6)
prostateCancerVarambally (6)
ProtGenerics (1)
PtH2O2lipids (6)
pumadata (30)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (28)
PWMEnrich.Hsapiens.background (35)
PWMEnrich.Mmusculus.background (28)

Q

QDNAseq.hg19 (14)
QDNAseq.mm10 (9)
quantsmooth (1)
QUBICdata (8)
qvalue (0)

R

RamiGO (1)
RankProd (1)
RBGL (2)
rcellminerData (87)
RDAVIDWebService (1)
ReportingTools (0)
rfcdmin (5)
RforProteomics (145)
Rgraphviz (2)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (19)
RIPSeekerData (19)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (18)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (5)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (174)
RNASeqDataSubset (3)
RnaSeqSampleSizeData (90)
RnaSeqTutorial (91)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (146)
RnBeads.hg38 (17)
RnBeads.mm10 (25)
RnBeads.mm9 (27)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (1)
Rqc (1)
RRBSdata (14)
rRDPData (15)
Rsamtools (3)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (97)
RTCGA.CNV (17)
RTCGA.methylation (16)
RTCGA.miRNASeq (16)
RTCGA.mRNA (20)
RTCGA.mutations (26)
RTCGA.PANCAN12 (17)
RTCGA.rnaseq (43)
RTCGA.RPPA (14)
rtracklayer (3)
RUVnormalizeData (81)

S

S4Vectors (6)
sampleClassifierData (1)
SCLCBam (19)
scRNAseq (9)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (69)
seqc (28)
seqCNA.annot (77)
seqLogo (1)
serumStimulation (20)
seventyGeneData (15)
shinyMethylData (36)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (0)
simpIntLists (79)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (9)
SNAData (30)
SNAGEEdata (67)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (13)
SomaticCancerAlterations (82)
spade (1)
SPIA (1)
SpikeIn (41)
SpikeInSubset (113)
spliceR (1)
stemHypoxia (78)
stjudem (26)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (56)
synapterdata (66)
systemPipeRdata (61)

T

TargetScoreData (19)
TargetSearchData (24)
TBX20BamSubset (11)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (15)
TCGAMethylation450k (34)
TFBSTools (1)
TimerQuant (7)
tinesath1cdf (17)
tinesath1probe (16)
TitanCNA (1)
tkWidgets (1)
tofsimsData (12)
topGO (1)
TSSi (1)
tweeDEseqCountData (60)
twilight (1)
tximportData (102)

V

VariantAnnotation (2)
VariantToolsData (1)
vsn (1)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (19)
WES.1KG.WUGSC (30)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (17)
XVector (4)

Y

yeastCC (141)
yeastExpData (102)
yeastGSData (16)
yeastNagalakshmi (42)
yeastRNASeq (68)
yri1kgv (18)
yriMulti (5)

Z

zebrafishRNASeq (102)
zlibbioc (5)