See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2022-09-30 01:15:06 -0400 (Fri, 30 Sep 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3015)
2TCGAbiolinksGUI.data (2279)
3HSMMSingleCell (2041)
4airway (1586)
5celldex (1557)
6geneLenDataBase (1451)
7scRNAseq (1186)
8pasilla (848)
9tximportData (671)
10ChAMPdata (537)
11Illumina450ProbeVariants.db (494)
12GSVAdata (466)
13bladderbatch (440)
14msdata (433)
15TENxPBMCData (376)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (37)
adductData (35)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (24)
affycoretools (0)
affydata (265)
Affyhgu133A2Expr (25)
Affyhgu133aExpr (30)
Affyhgu133Plus2Expr (34)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (72)
Affymoe4302Expr (27)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1586)
ALL (3015)
all (0)
allenpvc (2)
ALLMLL (75)
alpineData (29)
AmpAffyExample (23)
AneuFinderData (64)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (34)
aracne.networks (54)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (40)
AshkenazimSonChr21 (18)
ASICSdata (27)
AssessORFData (23)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (373)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (45)
BeadArrayUseCases (25)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (17)
benchmarkfdrData2019 (19)
BentoBoxData (0)
beta7 (19)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (18)
biomaRt (0)
BioPlex (3)
Biostrings (0)
biotmleData (25)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (41)
bladderbatch (440)
blimaTestingData (22)
BloodCancerMultiOmics2017 (33)
bodymapRat (27)
brainImageRdata (12)
breakpointRdata (44)
breastCancerMAINZ (64)
breastCancerNKI (68)
breastCancerTRANSBIG (46)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (41)
breastCancerUPP (47)
breastCancerVDX (91)
brgedata (35)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (52)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (27)
CardinalWorkflows (28)
Category (0)
ccdata (62)
CCl4 (49)
ccTutorial (17)
celarefData (23)
celldex (1557)
CellMapperData (21)
ceu1kg (3)
ceu1kgv (3)
ceuhm3 (3)
cgdv17 (5)
cghMCR (0)
ChAMPdata (537)
charmData (2)
cheung2010 (1)
ChIC.data (38)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (76)
ChIPexoQualExample (20)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (31)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (30)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (63)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (224)
CLLmethylation (18)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (29)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (22)
CMA (0)
cMap2data (42)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (18)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (45)
colonCA (25)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (17)
ConnectivityMap (24)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (49)
CopyhelpeR (57)
CopyNeutralIMA (22)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (40)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (13)
CRImage (0)
crisprScoreData (19)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (16)
curatedAdipoChIP (18)
curatedAdipoRNA (18)
curatedBladderData (24)
curatedBreastData (27)
curatedCRCData (22)
curatedMetagenomicData (216)
curatedOvarianData (51)
curatedTBData (12)
curatedTCGAData (203)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (79)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (15)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (188)
derfinderData (37)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (17)
destiny (0)
DExMAdata (28)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (26)
diggit (0)
diggitdata (21)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (87)
DmelSGI (18)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (212)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (14)
DOQTL (0)
dorothea (342)
DREAM4 (20)
dressCheck (14)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (102)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (41)
dsQTL (4)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (48)
DupChecker (0)
DvDdata (13)
dyebias (0)
dyebiasexamples (20)
DynDoc (0)

E

easierData (36)
EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (26)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (156)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (209)
EMDomics (0)
emtdata (28)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
EpiMix.data (1)
epimutacionsData (8)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (82)
etec16s (19)
eudysbiome (0)
ewceData (91)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (215)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (2)
facsDorit (3)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (25)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (19)
FGNet (0)
fibroEset (42)
FieldEffectCrc (20)
FindMyFriends (0)
FIs (53)
FISHalyseR (0)
fission (254)
flagme (0)
Fletcher2013a (34)
Fletcher2013b (31)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (3)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (22)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (234)
FlowSorted.Blood.EPIC (132)
FlowSorted.CordBlood.450k (34)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (48)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (22)
FlowSorted.DLPFC.450k (27)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (94)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (21)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (4)
furrowSeg (15)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (286)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (50)
gdsfmt (0)
geecc (0)
gemma.R (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1451)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (48)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (32)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (35)
geuvPack (4)
geuvStore (1)
geuvStore2 (4)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (4)
ggtut (1)
GIGSEAdata (14)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (222)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (16)
graph (0)
graphite (0)
grndata (39)
GSBenchMark (18)
GSE103322 (21)
GSE13015 (27)
GSE159526 (10)
GSE62944 (36)
GSEABase (0)
gskb (10)
GSVAdata (466)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (45)
GWASTools (0)

H

h5vcData (73)
hapmap100khind (14)
hapmap100kxba (26)
hapmap500knsp (13)
hapmap500ksty (13)
hapmapsnp5 (22)
hapmapsnp6 (29)
harbChIP (19)
HarmanData (25)
HarmonizedTCGAData (20)
HCAData (61)
HD2013SGI (22)
HDCytoData (148)
healthyControlsPresenceChecker (4)
healthyFlowData (19)
HEEBOdata (17)
HelloRangesData (29)
hgu133abarcodevecs (13)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (19)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (12)
HiCDataHumanIMR90 (25)
HiCDataLymphoblast (18)
HighlyReplicatedRNASeq (14)
Hiiragi2013 (96)
HIVcDNAvantWout03 (13)
HMP16SData (48)
HMP2Data (27)
hmyriB36 (3)
HSMMSingleCell (2041)
HumanAffyData (22)
humanStemCell (74)

I

IHW (1)
IHWpaper (18)
Illumina450ProbeVariants.db (494)
IlluminaDataTestFiles (44)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (24)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (0)
IRanges (0)
ITALICSData (39)
Iyer517 (14)

J

JASPAR2014 (41)
JASPAR2016 (106)
JctSeqData (4)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (40)
KEGGdzPathwaysGEO (181)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (17)
KOdata (43)

L

leeBamViews (45)
leukemiasEset (108)
LiebermanAidenHiC2009 (17)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (15)
LRcellTypeMarkers (21)
lumi (0)
lumiBarnes (36)
LungCancerACvsSCCGEO (36)
LungCancerLines (25)
lungExpression (37)
lydata (26)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (38)
macrophage (117)
MACSdata (17)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (17)
mAPKLData (20)
maqcExpression4plex (30)
MAQCsubset (18)
MAQCsubsetAFX (5)
MAQCsubsetILM (14)
marray (0)
mCSEAdata (49)
mcsurvdata (20)
MEALData (0)
MEDIPSData (31)
MEEBOdata (17)
MerfishData (1)
Metab (0)
MetaGxBreast (30)
MetaGxOvarian (25)
MetaGxPancreas (23)
metaMS (0)
metaMSdata (33)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (23)
methylclockData (59)
MethylMix (0)
MethylSeqData (17)
methylumi (0)
methyvimData (3)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (70)
microRNAome (18)
MIGSAdata (20)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (325)
minfiDataEPIC (58)
minionSummaryData (30)
miRcompData (36)
miRNATarget (19)
mitoODEdata (3)
MMAPPR2data (24)
MMDiffBamSubset (18)
MOFAdata (66)
mosaicsExample (67)
mouse4302barcodevecs (13)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (121)
MouseThymusAgeing (35)
MSBdata (0)
msd16s (24)
msdata (433)
msigdb (176)
MSMB (68)
MSnbase (0)
msPurityData (44)
msqc1 (14)
MSstatsBioData (7)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (41)
MTseekerData (2)
MUGAExampleData (12)
Mulder2012 (2)
multtest (0)
muscData (70)
mvoutData (17)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (48)
nanotubes (24)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (14)
NestLink (16)
netDx.examples (2)
Neve2006 (14)
neve2006 (0)
NGScopyData (32)
NOISeq (0)
nullrangesData (35)
NxtIRFdata (30)

O

ObMiTi (16)
oct4 (15)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (31)
OnassisJavaLibs (21)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (34)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (214)
pasilla (848)
pasillaBamSubset (237)
PasillaTranscriptExpr (38)
pathifier (0)
PathNetData (20)
pathprintGEOData (3)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (4)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (4)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (3)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (27)
pcxnData (35)
pd.atdschip.tiling (15)
pepDat (21)
PepsNMRData (25)
PGPC (0)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (14)
phyloseq (0)
plasFIA (19)
plier (0)
plotgardenerData (32)
polyester (0)
ppiData (27)
prebsdata (19)
preciseTADhub (15)
PREDAsampledata (44)
preprocessCore (0)
ProData (19)
pRolocdata (192)
prostateCancerCamcap (15)
prostateCancerGrasso (14)
prostateCancerStockholm (13)
prostateCancerTaylor (13)
prostateCancerVarambally (13)
ProtGenerics (0)
ptairData (19)
PtH2O2lipids (23)
pumadata (18)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (22)
PWMEnrich.Hsapiens.background (26)
PWMEnrich.Mmusculus.background (20)
pwrEWAS.data (45)

Q

QDNAseq.hg19 (88)
QDNAseq.mm10 (47)
qPLEXdata (21)
quantsmooth (0)
QUBICdata (33)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (47)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (35)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (66)
RegParallel (63)
ReportingTools (0)
restfulSEData (22)
rfcdmin (0)
RforProteomics (143)
RGMQLlib (34)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RIPSeekerData (5)
RITANdata (35)
RLHub (30)
RMassBankData (24)
RNAinteractMAPK (17)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (56)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (250)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (24)
RnaSeqSampleSizeData (74)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (124)
RnBeads.hg38 (100)
RnBeads.mm10 (83)
RnBeads.mm9 (67)
RnBeads.rn5 (16)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (20)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (282)
RTCGA.CNV (42)
RTCGA.methylation (43)
RTCGA.miRNASeq (83)
RTCGA.mRNA (158)
RTCGA.mutations (74)
RTCGA.PANCAN12 (39)
RTCGA.rnaseq (136)
RTCGA.RPPA (38)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (38)

S

S4Vectors (0)
sampleClassifierData (18)
SBGNview.data (66)
scanMiRData (21)
scATAC.Explorer (11)
SCATE (0)
SCATEData (29)
SCLCBam (22)
scpdata (27)
scRNAseq (1186)
scTHI.data (19)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (42)
seqc (21)
seqCNA.annot (42)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (361)
seventyGeneData (17)
shinyMethylData (23)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (59)
sigPathway (0)
SimBenchData (22)
simpIntLists (46)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (13)
SingleCellMultiModal (50)
SingleMoleculeFootprintingData (19)
SNAData (21)
snadata (0)
SNAGEEdata (36)
SNPhoodData (17)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (11)
SomaticCancerAlterations (50)
spade (0)
spatialDmelxsim (12)
spatialLIBD (99)
SPIA (0)
SpikeIn (25)
SpikeInSubset (70)
spliceR (0)
spqnData (19)
stemHypoxia (49)
STexampleData (46)
stjudem (18)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (14)
synapterdata (27)
systemPipeRdata (210)

T

TabulaMurisData (32)
TabulaMurisSenisData (41)
TargetScoreData (19)
TargetSearchData (22)
tartare (28)
TBX20BamSubset (42)
TCGAbiolinksGUI.data (2279)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (15)
TCGAMethylation450k (33)
tcgaWGBSData.hg19 (11)
TCGAWorkflowData (103)
TENxBrainData (75)
TENxBUSData (29)
TENxPBMCData (376)
TENxVisiumData (63)
TFBSTools (0)
timecoursedata (29)
TimerQuant (15)
tinesath1cdf (14)
tinesath1probe (13)
tissueTreg (31)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (21)
tofsimsData (20)
topdownrdata (20)
topGO (0)
Trendy (0)
TSSi (0)
tuberculosis (9)
tweeDEseqCountData (98)
twilight (0)
tximportData (671)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (14)
VectraPolarisData (7)
vsn (0)
vulcandata (17)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (2)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (39)
WGSmapp (27)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
xcoredata (9)
XhybCasneuf (15)
XVector (0)

Y

yeastCC (49)
yeastExpData (63)
yeastGSData (12)
yeastNagalakshmi (37)
yeastRNASeq (50)
yri1kgv (3)
yriMulti (2)

Z

zebrafishRNASeq (124)
zlibbioc (0)