Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2016-09-27 16:08:17 -0700 (Tue, 27 Sep 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1431)
2airway (592)
3geneLenDataBase (591)
4pasilla (509)
5affydata (413)
6golubEsets (382)
7bladderbatch (283)
8minfiData (261)
9gageData (258)
10faahKO (253)
11HSMMSingleCell (227)
12msdata (226)
13CLL (208)
14Illumina450ProbeVariants.db (205)
15ChAMPdata (204)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (1)
a4Reporting (1)
ABAData (72)
affy (2)
affycompData (44)
affycoretools (1)
affydata (413)
Affyhgu133A2Expr (32)
Affyhgu133aExpr (37)
Affyhgu133Plus2Expr (35)
affyio (2)
AffymetrixDataTestFiles (79)
Affymoe4302Expr (31)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (1)
AIMS (1)
airway (592)
all (0)
ALL (1431)
ALLMLL (121)
alpineData (1)
AmpAffyExample (50)
AneuFinderData (22)
annotate (2)
AnnotationDbi (1)
AnnotationForge (1)
antiProfilesData (46)
aracne.networks (2)
arrayQualityMetrics (1)
ARRmData (90)
AshkenazimSonChr21 (16)
ASSET (1)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (38)
beadarray (1)
beadarrayExampleData (63)
BeadArrayUseCases (64)
BeadDataPackR (1)
beta7 (46)
Biobase (5)
BiocGenerics (1)
BiocInstaller (1)
BiocParallel (1)
biomaRt (1)
Biostrings (3)
biovizBase (1)
BiRewire (1)
birta (1)
bladderbatch (283)
blimaTestingData (24)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (68)
breastCancerNKI (89)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (59)
breastCancerUNT (50)
breastCancerUPP (54)
breastCancerVDX (120)
bronchialIL13 (33)
BSgenome (2)
bsseqData (55)
bumphunter (1)

C

CAMERA (1)
cancerdata (32)
CardinalWorkflows (22)
Category (1)
ccdata (2)
CCl4 (51)
ccTutorial (28)
CellMapperData (0)
ceu1kg (23)
ceu1kgv (16)
ceuhm3 (22)
cgdv17 (58)
ChAMPdata (204)
charmData (33)
cheung2010 (23)
chimera (1)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (1)
chipenrich (1)
chipenrich.data (97)
ChIPQC (1)
chipseq (1)
ChIPseqR (1)
ChIPsim (1)
ChIPXpressData (83)
chopsticks (1)
chroGPS (1)
chromDraw (1)
ChromHeatMap (1)
chromstaRData (2)
cisPath (1)
cleanUpdTSeq (1)
cleaver (1)
clippda (1)
clipper (1)
CLL (208)
Clomial (1)
Clonality (1)
clonotypeR (1)
clst (1)
clstutils (1)
clusterStab (1)
CMA (1)
cMap2data (135)
cn.farms (1)
cn.mops (1)
CNAnorm (1)
CNEr (1)
CNORdt (1)
CNORfeeder (1)
CNORfuzzy (1)
CNORode (1)
CNPBayes (1)
CNTools (1)
cnvGSA (1)
cnvGSAdata (26)
CNVPanelizer (1)
CNVrd2 (1)
CNVtools (1)
cobindR (1)
CoCiteStats (1)
codelink (1)
CODEX (1)
CoGAPS (1)
cogena (1)
coGPS (1)
COHCAP (1)
COHCAPanno (100)
colonCA (61)
coMET (1)
COMPASS (1)
compcodeR (1)
CompGO (1)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (5)
ConnectivityMap (24)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (1)
convert (1)
copa (1)
COPDSexualDimorphism.data (80)
CopyhelpeR (92)
copynumber (1)
CopyNumber450k (1)
CopyNumber450kData (44)
CopywriteR (1)
CoRegNet (1)
Cormotif (1)
CorMut (1)
coRNAi (1)
CORREP (1)
COSMIC.67 (30)
cosmiq (1)
COSNet (1)
cpvSNP (1)
cqn (1)
CRCL18 (15)
CRImage (1)
crlmm (1)
csaw (1)
CSSP (1)
ctc (1)
cummeRbund (1)
curatedBladderData (24)
curatedBreastData (19)
curatedCRCData (21)
curatedOvarianData (65)
customProDB (1)
cycle (1)
cytofkit (1)

D

dagLogo (1)
daMA (1)
DAPAR (1)
DAPARdata (19)
DART (1)
DASiR (1)
DAVIDQuery (1)
davidTiling (31)
DBChIP (1)
ddCt (1)
ddgraph (1)
DECIPHER (1)
DeconRNASeq (1)
DEDS (1)
deepSNV (1)
DEGraph (1)
DEGseq (1)
derfinderData (32)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (26)
destiny (1)
dexus (1)
DFP (1)
DiffBind (1)
diffGeneAnalysis (1)
diffHic (1)
DiffLogo (1)
diffloopdata (5)
diggit (1)
diggitdata (20)
DirichletMultinomial (1)
dks (1)
DLBCL (66)
DmelSGI (17)
DMRcaller (1)
DMRcatedata (142)
DMRforPairs (1)
DNABarcodes (1)
DNAcopy (1)
domainsignatures (1)
DonaPLLP2013 (14)
DOQTL (1)
DREAM4 (23)
dressCheck (22)
DriverNet (1)
DrugVsDisease (1)
DrugVsDiseasedata (91)
dsQTL (24)
DSS (1)
DTA (1)
dualKS (1)
DupChecker (1)
DvDdata (19)
dyebias (1)
dyebiasexamples (28)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (1)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (32)
EBarrays (1)
EBcoexpress (1)
EBImage (1)
EBSeq (1)
EBSeqHMM (1)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (50)
ecolitk (1)
EDASeq (0)
EDDA (1)
edge (1)
edgeR (2)
EGSEAdata (27)
eisa (1)
ELBOW (1)
ELMER (1)
ELMER.data (72)
EMDomics (1)
ENCODEFig4Band4D (4)
encodnasei (0)
encoDnaseI (24)
EnrichedHeatmap (1)
ensemblVEP (1)
ENVISIONQuery (1)
epigenomix (1)
erccdashboard (1)
erma (1)
ESNSTCC (0)
estrogen (140)
etec16s (4)
eudysbiome (1)
ExiMiR (1)
exomeCopy (1)
explorase (1)
ExpressionView (1)

F

faahKO (253)
fabia (1)
fabiaData (24)
facopy.annot (69)
facsDorit (35)
factDesign (1)
FANTOM3and4CAGE (26)
farms (1)
fastseg (1)
fCI (1)
fdrame (1)
FEM (1)
ffpe (1)
ffpeExampleData (26)
FGNet (1)
fibroEset (123)
FindMyFriends (1)
FIs (19)
FISHalyseR (1)
fission (195)
flagme (1)
Fletcher2013a (22)
Fletcher2013b (22)
flipflop (1)
flowBeads (1)
flowBin (1)
flowcatchR (1)
flowCHIC (1)
flowCL (1)
flowClean (1)
flowClust (1)
flowCore (1)
flowCyBar (1)
flowDensity (1)
flowFit (1)
flowFitExampleData (24)
flowFP (1)
flowMap (1)
flowMatch (1)
flowMeans (1)
flowMerge (1)
flowPeaks (1)
flowPlots (1)
flowQB (1)
flowQBData (1)
FlowRepositoryR (1)
FlowSOM (1)
FlowSorted.Blood.450k (114)
FlowSorted.CordBlood.450k (15)
FlowSorted.DLPFC.450k (18)
flowStats (1)
flowTrans (1)
flowType (1)
flowUtils (1)
flowViz (1)
flowVS (1)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (58)
fmcsR (1)
focalCall (1)
FourCSeq (1)
FRGEpistasis (1)
frma (1)
frmaExampleData (39)
frmaTools (1)
fucci (1)
FunciSNP (1)
FunciSNP.data (105)
furrowSeg (3)

G

gaga (1)
gage (1)
gageData (258)
gaggle (1)
gaia (1)
gaschYHS (29)
gatingMLData (31)
gaucho (1)
gcatest (1)
gCMAP (1)
gCMAPWeb (1)
gcrma (1)
gcspikelite (91)
gdsfmt (1)
geecc (1)
genArise (1)
GENE.E (1)
GeneAnswers (1)
GeneBreak (1)
GeneExpressionSignature (1)
genefilter (2)
genefu (1)
geneLenDataBase (591)
GeneMeta (1)
GeneNetworkBuilder (1)
GeneOverlap (1)
geneplotter (1)
geneRecommender (1)
GeneRegionScan (1)
geneRxCluster (1)
GeneSelectMMD (1)
GeneSelector (1)
GENESIS (1)
geNetClassifier (1)
GeneticsDesign (1)
GeneticsPed (1)
genoCN (1)
genomationData (44)
GenomeGraphs (1)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (2)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (3)
GenomicTuples (1)
Genominator (1)
genoset (1)
genotypeeval (1)
GenoView (1)
GEOmetadb (1)
GEOquery (2)
GEOsubmission (1)
gespeR (1)
GeuvadisTranscriptExpr (5)
geuvPack (74)
geuvStore (19)
geuvStore2 (14)
GEWIST (1)
GGBase (1)
ggbio (1)
GGdata (51)
ggtut (19)
globaltest (1)
GOFunction (1)
golubEsets (382)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (71)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (7)
GSEABase (1)
gskb (23)
GSVAdata (74)
Gviz (1)
GWASdata (59)
GWASTools (1)

H

h5vcData (88)
hapmap100khind (25)
hapmap100kxba (39)
hapmap500knsp (23)
hapmap500ksty (23)
hapmapsnp5 (34)
hapmapsnp6 (52)
harbChIP (32)
HarmanData (5)
HD2013SGI (20)
healthyFlowData (23)
HEEBOdata (32)
hgu133abarcodevecs (24)
hgu133afrmavecs (4)
hgu133plus2barcodevecs (23)
hgu133plus2frmavecs (5)
hgu2beta7 (27)
HiCDataHumanIMR90 (29)
HiCDataLymphoblast (24)
Hiiragi2013 (47)
HIVcDNAvantWout03 (22)
hmyriB36 (26)
HSMMSingleCell (227)
HumanAffyData (1)
humanStemCell (65)

I

IHW (1)
IHWpaper (3)
Illumina450ProbeVariants.db (205)
IlluminaDataTestFiles (61)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (3)
illuminaio (1)
impute (2)
ind1KG (22)
intansv (1)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (25)
IRanges (6)
ITALICSData (83)
Iyer517 (27)

J

JASPAR2014 (80)
JASPAR2016 (20)
JctSeqData (8)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (19)
KEGGdzPathwaysGEO (99)
KEGGgraph (1)
keggorthology (1)
KEGGprofile (1)
KEGGREST (1)
kidpack (42)

L

leeBamViews (117)
leukemiasEset (96)
LiebermanAidenHiC2009 (24)
limma (4)
ListerEtAlBSseq (16)
lumi (1)
lumiBarnes (51)
LungCancerACvsSCCGEO (75)
LungCancerLines (32)
lungExpression (41)
lydata (1)
lymphoma (2)

M

MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (3)
MAIT (1)
makecdfenv (1)
mammaPrintData (20)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (41)
MAQCsubset (32)
MAQCsubsetAFX (33)
MAQCsubsetILM (25)
marray (1)
MEALData (15)
MEDIPSData (45)
MEEBOdata (29)
Metab (1)
metaMS (1)
metaMSdata (24)
methyAnalysis (1)
MethylAidData (20)
MethylMix (1)
methylumi (1)
minet (1)
minfi (1)
minfiData (261)
minfiDataEPIC (3)
minionSummaryData (15)
miRcompData (49)
miRNATarget (27)
mitoODEdata (69)
MMDiffBamSubset (27)
mosaicsExample (29)
mouse4302barcodevecs (19)
mouse4302frmavecs (4)
MSBdata (16)
msd16s (32)
msdata (226)
MSnbase (1)
msPurityData (1)
msqc1 (6)
mtbls2 (18)
MUGAExampleData (44)
Mulder2012 (19)
multtest (1)
mvoutData (29)
mygene (1)
mzID (1)
mzR (1)

N

ncdfFlow (1)
NCIgraphData (23)
Neve2006 (25)
neve2006 (0)
NGScopyData (25)
NOISeq (1)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (1)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (1)
OrganismDbi (1)

P

PAA (1)
parathyroid (5)
parathyroidSE (176)
pasilla (509)
pasillaBamSubset (155)
PasillaTranscriptExpr (6)
PathNetData (26)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (27)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (23)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (24)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (9)
pd.atdschip.tiling (25)
pepDat (19)
PGPC (4)
PGSEA (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (3)
phyloseq (1)
polyester (1)
ppiData (107)
prebsdata (23)
PREDAsampledata (27)
preprocessCore (5)
ProData (34)
pRolocdata (141)
prostateCancerCamcap (4)
prostateCancerGrasso (3)
prostateCancerStockholm (3)
prostateCancerTaylor (3)
prostateCancerVarambally (3)
ProtGenerics (1)
PtH2O2lipids (1)
pumadata (37)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (31)
PWMEnrich.Hsapiens.background (36)
PWMEnrich.Mmusculus.background (30)

Q

QDNAseq.hg19 (13)
QDNAseq.mm10 (8)
quantsmooth (1)
QUBICdata (3)
qvalue (1)

R

RamiGO (1)
RankProd (1)
RBGL (2)
rcellminerData (79)
ReportingTools (1)
rfcdmin (7)
RforProteomics (132)
Rgraphviz (2)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (22)
RIPSeekerData (23)
RMassBankData (28)
RNAinteractMAPK (21)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (6)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (159)
RNASeqDataSubset (3)
RnaSeqSampleSizeData (83)
RnaSeqTutorial (106)
RnBeads (1)
RnBeads.hg19 (138)
RnBeads.hg38 (14)
RnBeads.mm10 (25)
RnBeads.mm9 (26)
RnBeads.rn5 (16)
ROC (1)
Rqc (1)
RRBSdata (15)
rRDPData (18)
Rsamtools (3)
rsbml (1)
RTCGA.clinical (42)
RTCGA.CNV (8)
RTCGA.methylation (8)
RTCGA.miRNASeq (7)
RTCGA.mRNA (9)
RTCGA.mutations (21)
RTCGA.PANCAN12 (8)
RTCGA.rnaseq (31)
RTCGA.RPPA (7)
rtracklayer (3)
RUVnormalizeData (78)

S

S4Vectors (7)
SCLCBam (21)
scRNAseq (1)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (72)
seqc (29)
seqCNA.annot (79)
seqLogo (1)
serumStimulation (24)
seventyGeneData (18)
shinyMethylData (32)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (1)
simpIntLists (82)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (5)
SNAData (37)
SNAGEEdata (70)
SNPhoodData (13)
SNPRelate (1)
SomatiCAData (16)
SomaticCancerAlterations (79)
spade (1)
SPIA (1)
SpikeIn (55)
SpikeInSubset (132)
spliceR (1)
stemHypoxia (82)
stjudem (31)
SummarizedExperiment (1)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (57)
synapterdata (59)
systemPipeRdata (36)

T

TargetScoreData (21)
TargetSearchData (27)
TBX20BamSubset (13)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (16)
TCGAMethylation450k (38)
TFBSTools (1)
TimerQuant (8)
tinesath1cdf (20)
tinesath1probe (20)
tofsimsData (6)
topGO (1)
TSSi (1)
tweeDEseqCountData (67)
twilight (0)
tximportData (39)

V

VariantAnnotation (2)
vsn (1)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (23)
WES.1KG.WUGSC (33)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (23)
XVector (4)

Y

yeastCC (141)
yeastExpData (101)
yeastGSData (19)
yeastNagalakshmi (43)
yeastRNASeq (104)
yri1kgv (21)
yriMulti (3)

Z

zebrafishRNASeq (120)
zlibbioc (6)