Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2017-03-24 16:08:51 -0400 (Fri, 24 Mar 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1546)
2airway (649)
3geneLenDataBase (580)
4pasilla (511)
5golubEsets (387)
6affydata (378)
7HSMMSingleCell (303)
8bladderbatch (295)
9gageData (278)
10minfiData (248)
11faahKO (239)
12fission (237)
13ChAMPdata (232)
14CLL (231)
15Illumina450ProbeVariants.db (218)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (95)
affy (1)
affycompData (35)
affycoretools (0)
affydata (378)
Affyhgu133A2Expr (26)
Affyhgu133aExpr (30)
Affyhgu133Plus2Expr (30)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (51)
Affymoe4302Expr (26)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (649)
all (0)
ALL (1546)
ALLMLL (109)
alpineData (10)
AmpAffyExample (40)
AneuFinderData (56)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (41)
aracne.networks (12)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (84)
AshkenazimSonChr21 (17)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (42)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (51)
BeadArrayUseCases (53)
BeadDataPackR (0)
beta7 (39)
Biobase (3)
BiocGenerics (1)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biovizBase (1)
BiRewire (1)
birta (0)
bladderbatch (295)
blimaTestingData (21)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (61)
breastCancerNKI (81)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (54)
breastCancerUNT (45)
breastCancerUPP (50)
breastCancerVDX (112)
bronchialIL13 (24)
BSgenome (1)
bsseqData (58)
bumphunter (1)

C

CAMERA (1)
cancerdata (45)
CardinalWorkflows (21)
Category (1)
ccdata (22)
CCl4 (41)
ccTutorial (22)
CellMapperData (9)
ceu1kg (17)
ceu1kgv (13)
ceuhm3 (16)
cgdv17 (53)
cghMCR (1)
ChAMPdata (232)
charmData (27)
cheung2010 (15)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (97)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (78)
chopsticks (1)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (21)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (231)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (84)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (1)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (1)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (22)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (1)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (95)
colonCA (50)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (11)
ConnectivityMap (21)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (82)
CopyhelpeR (101)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (42)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (26)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (14)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (24)
curatedBreastData (22)
curatedCRCData (16)
curatedMetagenomicData (9)
curatedOvarianData (62)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (51)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (23)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (27)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (24)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (1)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (12)
diggit (0)
diggitdata (20)
DirichletMultinomial (1)
dks (0)
DLBCL (65)
DmelSGI (15)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (203)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
DREAM4 (19)
dressCheck (15)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (82)
dsQTL (19)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (13)
dyebias (0)
dyebiasexamples (23)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (23)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (1)
EBSeq (1)
EBSeqHMM (0)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (44)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (78)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (90)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (2)
encodnasei (0)
encoDnaseI (15)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (128)
etec16s (9)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (239)
fabia (0)
fabiaData (17)
facopy.annot (67)
facsDorit (28)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (23)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (19)
FGNet (0)
fibroEset (106)
FindMyFriends (0)
FIs (42)
FISHalyseR (0)
fission (237)
flagme (0)
Fletcher2013a (21)
Fletcher2013b (19)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (1)
flowClust (0)
flowCore (1)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (22)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (5)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (5)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (125)
FlowSorted.CordBlood.450k (29)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (3)
FlowSorted.DLPFC.450k (17)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (1)
flowVS (0)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (58)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (31)
frmaTools (0)
fucci (1)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (94)
furrowSeg (7)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (278)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (21)
gatingMLData (22)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (85)
gdsfmt (1)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (580)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (1)
genoCN (0)
genomationData (39)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (2)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (3)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (1)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (2)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (12)
geuvPack (35)
geuvStore (11)
geuvStore2 (22)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (40)
ggtut (10)
globaltest (1)
GOFunction (0)
golubEsets (387)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (72)
GSBenchMark (18)
GSE62944 (16)
GSEABase (1)
gskb (27)
GSVAdata (74)
Gviz (0)
GWASdata (48)
GWASTools (1)

H

h5vcData (82)
hapmap100khind (18)
hapmap100kxba (32)
hapmap500knsp (16)
hapmap500ksty (17)
hapmapsnp5 (28)
hapmapsnp6 (46)
harbChIP (27)
HarmanData (12)
HD2013SGI (17)
healthyFlowData (20)
HEEBOdata (24)
HelloRangesData (5)
hgu133abarcodevecs (18)
hgu133afrmavecs (3)
hgu133plus2barcodevecs (18)
hgu133plus2frmavecs (3)
hgu2beta7 (23)
HiCDataHumanIMR90 (24)
HiCDataLymphoblast (21)
Hiiragi2013 (55)
HIVcDNAvantWout03 (16)
hmyriB36 (19)
HSMMSingleCell (303)
HumanAffyData (7)
humanStemCell (56)

I

IHW (2)
IHWpaper (7)
Illumina450ProbeVariants.db (218)
IlluminaDataTestFiles (59)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (2)
illuminaio (1)
impute (2)
ind1KG (15)
intansv (1)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (18)
IRanges (4)
ITALICSData (78)
Iyer517 (20)

J

JASPAR2014 (64)
JASPAR2016 (52)
JctSeqData (16)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (16)
KEGGdzPathwaysGEO (117)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (31)
KOdata (18)

L

leeBamViews (76)
leukemiasEset (66)
LiebermanAidenHiC2009 (21)
limma (3)
ListerEtAlBSseq (13)
lumi (0)
lumiBarnes (38)
LungCancerACvsSCCGEO (70)
LungCancerLines (26)
lungExpression (33)
lydata (7)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (6)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (2)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (17)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (23)
MAQCsubsetAFX (25)
MAQCsubsetILM (18)
marray (1)
MEALData (15)
MEDIPSData (40)
MEEBOdata (23)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (21)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (1)
Mfuzz (1)
MIGSAdata (0)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (248)
minfiDataEPIC (19)
minionSummaryData (18)
miRcompData (58)
miRNATarget (21)
mitoODEdata (65)
MMDiffBamSubset (22)
mosaicsExample (24)
mouse4302barcodevecs (13)
mouse4302frmavecs (3)
MSBdata (14)
msd16s (29)
msdata (187)
MSnbase (0)
msPurityData (8)
msqc1 (14)
mtbls2 (27)
MUGAExampleData (24)
Mulder2012 (15)
multtest (1)
mvoutData (20)
mygene (1)
mzID (0)
mzR (1)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (16)
Neve2006 (19)
neve2006 (0)
NGScopyData (21)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
oneChannelGUI (1)
OrderedList (1)
OrganismDbi (0)

P

PAA (1)
parathyroid (4)
parathyroidSE (124)
pasilla (511)
pasillaBamSubset (142)
PasillaTranscriptExpr (13)
pathifier (1)
PathNetData (23)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (22)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (21)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (20)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (19)
pd.atdschip.tiling (20)
pepDat (18)
PGPC (8)
PGSEA (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (3)
phyloseq (1)
plasFIA (6)
polyester (1)
ppiData (88)
prebsdata (19)
PREDAsampledata (20)
preprocessCore (3)
ProData (27)
pRolocdata (141)
prostateCancerCamcap (10)
prostateCancerGrasso (7)
prostateCancerStockholm (7)
prostateCancerTaylor (7)
prostateCancerVarambally (7)
ProtGenerics (1)
PtH2O2lipids (7)
pumadata (29)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (27)
PWMEnrich.Hsapiens.background (34)
PWMEnrich.Mmusculus.background (27)

Q

QDNAseq.hg19 (14)
QDNAseq.mm10 (9)
quantsmooth (1)
QUBICdata (10)
qvalue (0)

R

RamiGO (1)
RankProd (1)
RBGL (2)
rcellminerData (87)
RDAVIDWebService (1)
ReportingTools (0)
rfcdmin (5)
RforProteomics (145)
Rgraphviz (2)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (17)
RIPSeekerData (18)
RMassBankData (25)
RNAinteractMAPK (17)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (5)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (170)
RNASeqDataSubset (2)
RnaSeqSampleSizeData (92)
RnaSeqTutorial (87)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (142)
RnBeads.hg38 (18)
RnBeads.mm10 (24)
RnBeads.mm9 (28)
RnBeads.rn5 (14)
ROC (1)
Rqc (1)
RRBSdata (14)
rRDPData (16)
Rsamtools (3)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (115)
RTCGA.CNV (18)
RTCGA.methylation (18)
RTCGA.miRNASeq (18)
RTCGA.mRNA (22)
RTCGA.mutations (27)
RTCGA.PANCAN12 (18)
RTCGA.rnaseq (44)
RTCGA.RPPA (16)
rtracklayer (3)
RUVnormalizeData (82)

S

S4Vectors (6)
sampleClassifierData (1)
SCLCBam (20)
scRNAseq (10)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (70)
seqc (27)
seqCNA.annot (77)
seqLogo (1)
serumStimulation (20)
seventyGeneData (13)
shinyMethylData (36)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (0)
simpIntLists (77)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (9)
SNAData (29)
SNAGEEdata (66)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (12)
SomaticCancerAlterations (87)
spade (1)
SPIA (1)
SpikeIn (39)
SpikeInSubset (109)
spliceR (0)
stemHypoxia (78)
stjudem (24)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (57)
synapterdata (67)
systemPipeRdata (66)

T

TargetScoreData (17)
TargetSearchData (22)
TBX20BamSubset (10)
TCGAcrcmiRNA (15)
TCGAcrcmRNA (16)
TCGAMethylation450k (34)
TFBSTools (1)
TimerQuant (7)
tinesath1cdf (16)
tinesath1probe (14)
TitanCNA (1)
tkWidgets (1)
tofsimsData (12)
topGO (1)
TSSi (1)
tweeDEseqCountData (57)
twilight (1)
tximportData (115)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (1)
vsn (1)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (18)
WES.1KG.WUGSC (30)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (16)
XVector (4)

Y

yeastCC (135)
yeastExpData (102)
yeastGSData (14)
yeastNagalakshmi (43)
yeastRNASeq (67)
yri1kgv (16)
yriMulti (6)

Z

zebrafishRNASeq (100)
zlibbioc (5)