Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2016-12-02 16:10:29 -0800 (Fri, 02 Dec 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1412)
2airway (588)
3geneLenDataBase (537)
4pasilla (476)
5affydata (384)
6golubEsets (374)
7bladderbatch (276)
8gageData (266)
9HSMMSingleCell (253)
10faahKO (242)
11minfiData (238)
12fission (209)
13ChAMPdata (205)
14Illumina450ProbeVariants.db (203)
15CLL (201)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (1)
a4Reporting (1)
ABAData (82)
affy (2)
affycompData (40)
affycoretools (1)
affydata (384)
Affyhgu133A2Expr (30)
Affyhgu133aExpr (34)
Affyhgu133Plus2Expr (34)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (70)
Affymoe4302Expr (29)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (1)
AIMS (1)
airway (588)
all (0)
ALL (1412)
ALLMLL (116)
alpineData (4)
AmpAffyExample (45)
AneuFinderData (35)
annotate (2)
AnnotationDbi (1)
AnnotationForge (1)
antiProfilesData (43)
aracne.networks (4)
arrayQualityMetrics (1)
ARRmData (84)
AshkenazimSonChr21 (17)
ASSET (1)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (39)
beadarray (1)
beadarrayExampleData (58)
BeadArrayUseCases (58)
BeadDataPackR (1)
beta7 (40)
Biobase (4)
BiocGenerics (1)
BiocInstaller (1)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (2)
biovizBase (1)
BiRewire (1)
birta (1)
bladderbatch (276)
blimaTestingData (22)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (64)
breastCancerNKI (82)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (56)
breastCancerUNT (48)
breastCancerUPP (51)
breastCancerVDX (114)
bronchialIL13 (30)
BSgenome (1)
bsseqData (51)
bumphunter (1)

C

CAMERA (1)
cancerdata (46)
CardinalWorkflows (22)
Category (1)
ccdata (8)
CCl4 (47)
ccTutorial (26)
CellMapperData (4)
ceu1kg (20)
ceu1kgv (15)
ceuhm3 (19)
cgdv17 (56)
ChAMPdata (205)
charmData (30)
cheung2010 (20)
chimera (1)
ChimpHumanBrainData (17)
ChIPComp (1)
chipenrich (1)
chipenrich.data (94)
ChIPQC (1)
chipseq (1)
ChIPseqR (1)
ChIPsim (1)
ChIPXpressData (79)
chopsticks (1)
chroGPS (1)
chromDraw (1)
ChromHeatMap (1)
chromstaRData (7)
cisPath (1)
cleanUpdTSeq (1)
cleaver (1)
clippda (1)
clipper (1)
CLL (201)
Clomial (1)
Clonality (1)
clonotypeR (1)
clst (1)
clstutils (1)
clusterStab (1)
CMA (1)
cMap2data (115)
cn.farms (1)
cn.mops (1)
CNAnorm (1)
CNEr (1)
CNORdt (1)
CNORfeeder (1)
CNORfuzzy (1)
CNORode (1)
CNPBayes (1)
CNTools (1)
cnvGSA (1)
cnvGSAdata (24)
CNVPanelizer (1)
CNVrd2 (1)
CNVtools (1)
cobindR (1)
CoCiteStats (1)
codelink (1)
CODEX (1)
CoGAPS (1)
cogena (1)
coGPS (1)
COHCAP (1)
COHCAPanno (95)
colonCA (57)
coMET (1)
COMPASS (1)
compcodeR (1)
CompGO (1)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (7)
ConnectivityMap (23)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (1)
convert (1)
copa (1)
COPDSexualDimorphism.data (80)
CopyhelpeR (93)
copynumber (1)
CopyNumber450k (1)
CopyNumber450kData (41)
CopywriteR (1)
CoRegNet (1)
Cormotif (1)
CorMut (1)
coRNAi (1)
CORREP (1)
COSMIC.67 (28)
cosmiq (1)
COSNet (1)
cpvSNP (1)
cqn (1)
CRCL18 (15)
CRImage (1)
crlmm (1)
csaw (1)
CSSP (1)
ctc (1)
cummeRbund (1)
curatedBladderData (23)
curatedBreastData (20)
curatedCRCData (18)
curatedMetagenomicData (3)
curatedOvarianData (63)
customProDB (1)
cycle (1)
cytofkit (1)

D

dagLogo (1)
daMA (1)
DAPAR (1)
DAPARdata (32)
DART (1)
DASiR (1)
DAVIDQuery (1)
davidTiling (28)
DBChIP (1)
ddCt (1)
ddgraph (1)
DECIPHER (1)
DeconRNASeq (1)
DEDS (1)
deepSNV (1)
DEGraph (1)
DEGseq (1)
derfinderData (30)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (24)
destiny (1)
dexus (1)
DFP (1)
DiffBind (1)
diffGeneAnalysis (1)
diffHic (1)
DiffLogo (1)
diffloopdata (8)
diggit (1)
diggitdata (19)
DirichletMultinomial (1)
dks (1)
DLBCL (62)
DmelSGI (16)
DMRcaller (1)
DMRcatedata (161)
DMRforPairs (1)
DNABarcodes (1)
DNAcopy (1)
domainsignatures (1)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (1)
DREAM4 (22)
dressCheck (20)
DriverNet (1)
DrugVsDisease (1)
DrugVsDiseasedata (86)
dsQTL (23)
DSS (1)
DTA (1)
dualKS (1)
DupChecker (1)
DvDdata (16)
dyebias (1)
dyebiasexamples (26)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (1)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (28)
EBarrays (1)
EBcoexpress (1)
EBImage (1)
EBSeq (1)
EBSeqHMM (1)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (45)
ecolitk (1)
EDASeq (0)
EDDA (1)
edge (1)
edgeR (2)
EGSEAdata (48)
eisa (1)
ELBOW (1)
ELMER (1)
ELMER.data (80)
EMDomics (1)
ENCODEFig4Band4D (4)
encodnasei (0)
encoDnaseI (22)
EnrichedHeatmap (1)
ensemblVEP (1)
ENVISIONQuery (1)
epigenomix (1)
erccdashboard (1)
erma (1)
ESNSTCC (0)
estrogen (132)
etec16s (6)
eudysbiome (1)
ExiMiR (1)
exomeCopy (1)
explorase (1)
ExpressionView (1)

F

faahKO (242)
fabia (1)
fabiaData (22)
facopy.annot (65)
facsDorit (32)
factDesign (1)
FANTOM3and4CAGE (25)
farms (1)
fastseg (1)
fCI (1)
fdrame (1)
FEM (1)
ffpe (1)
ffpeExampleData (23)
FGNet (1)
fibroEset (110)
FindMyFriends (1)
FIs (29)
FISHalyseR (1)
fission (209)
flagme (1)
Fletcher2013a (22)
Fletcher2013b (21)
flipflop (1)
flowBeads (1)
flowBin (1)
flowcatchR (1)
flowCHIC (1)
flowCL (1)
flowClean (1)
flowClust (1)
flowCore (1)
flowCyBar (1)
flowDensity (1)
flowFit (1)
flowFitExampleData (23)
flowFP (1)
flowMap (1)
flowMatch (1)
flowMeans (1)
flowMerge (1)
flowPeaks (1)
flowPloidyData (2)
flowPlots (1)
flowQB (1)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (1)
FlowSOM (1)
FlowSorted.Blood.450k (115)
FlowSorted.CordBlood.450k (22)
FlowSorted.DLPFC.450k (18)
flowStats (1)
flowTrans (1)
flowType (1)
flowUtils (1)
flowViz (1)
flowVS (1)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (59)
fmcsR (1)
focalCall (1)
FourCSeq (1)
FRGEpistasis (1)
frma (1)
frmaExampleData (34)
frmaTools (1)
fucci (1)
FunciSNP (1)
FunciSNP.data (96)
furrowSeg (5)

G

gaga (1)
gage (1)
gageData (266)
gaggle (1)
gaia (1)
gaschYHS (26)
gatingMLData (28)
gaucho (1)
gcatest (1)
gCMAP (1)
gCMAPWeb (1)
gcrma (1)
gcspikelite (85)
gdsfmt (1)
geecc (1)
genArise (1)
GENE.E (1)
GeneAnswers (1)
GeneBreak (1)
GeneExpressionSignature (1)
genefilter (2)
genefu (1)
geneLenDataBase (537)
GeneMeta (1)
GeneNetworkBuilder (1)
GeneOverlap (1)
geneplotter (1)
geneRecommender (1)
GeneRegionScan (1)
geneRxCluster (1)
GeneSelectMMD (1)
GeneSelector (1)
GENESIS (1)
geNetClassifier (1)
GeneticsDesign (1)
GeneticsPed (1)
genoCN (1)
genomationData (39)
GenomeGraphs (1)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (2)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (3)
GenomicTuples (1)
Genominator (1)
genoset (1)
genotypeeval (1)
GenoView (1)
GEOmetadb (1)
GEOquery (2)
GEOsubmission (1)
gespeR (1)
GeuvadisTranscriptExpr (8)
geuvPack (74)
geuvStore (15)
geuvStore2 (18)
GEWIST (1)
GGBase (1)
ggbio (1)
GGdata (45)
ggtut (16)
globaltest (1)
GOFunction (1)
golubEsets (374)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (68)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (10)
GSEABase (1)
gskb (24)
GSVAdata (69)
Gviz (1)
GWASdata (51)
GWASTools (1)

H

h5vcData (83)
hapmap100khind (22)
hapmap100kxba (36)
hapmap500knsp (21)
hapmap500ksty (20)
hapmapsnp5 (32)
hapmapsnp6 (50)
harbChIP (30)
HarmanData (8)
HD2013SGI (18)
healthyFlowData (21)
HEEBOdata (29)
HelloRangesData (2)
hgu133abarcodevecs (21)
hgu133afrmavecs (4)
hgu133plus2barcodevecs (21)
hgu133plus2frmavecs (5)
hgu2beta7 (24)
HiCDataHumanIMR90 (25)
HiCDataLymphoblast (23)
Hiiragi2013 (51)
HIVcDNAvantWout03 (20)
hmyriB36 (23)
HSMMSingleCell (253)
HumanAffyData (3)
humanStemCell (63)

I

IHW (2)
IHWpaper (5)
Illumina450ProbeVariants.db (203)
IlluminaDataTestFiles (63)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (3)
illuminaio (1)
impute (2)
ind1KG (20)
intansv (1)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (22)
IRanges (5)
ITALICSData (79)
Iyer517 (26)

J

JASPAR2014 (72)
JASPAR2016 (32)
JctSeqData (12)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (18)
KEGGdzPathwaysGEO (101)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (37)
KOdata (4)

L

leeBamViews (83)
leukemiasEset (64)
LiebermanAidenHiC2009 (23)
limma (4)
ListerEtAlBSseq (14)
lumi (1)
lumiBarnes (44)
LungCancerACvsSCCGEO (70)
LungCancerLines (29)
lungExpression (37)
lydata (3)
lymphoma (2)

M

M3DExampleData (2)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (2)
MAIT (0)
makecdfenv (1)
mammaPrintData (20)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (37)
MAQCsubset (29)
MAQCsubsetAFX (30)
MAQCsubsetILM (23)
marray (1)
MEALData (16)
MEDIPSData (42)
MEEBOdata (27)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (22)
methyAnalysis (1)
MethylAidData (19)
MethylMix (1)
methylumi (1)
Mfuzz (1)
minet (1)
minfi (1)
minfiData (238)
minfiDataEPIC (8)
minionSummaryData (16)
miRcompData (54)
miRNATarget (25)
mitoODEdata (65)
MMDiffBamSubset (24)
mosaicsExample (28)
mouse4302barcodevecs (17)
mouse4302frmavecs (4)
MSBdata (15)
msd16s (29)
msdata (184)
MSnbase (1)
msPurityData (4)
msqc1 (9)
mtbls2 (24)
MUGAExampleData (29)
Mulder2012 (18)
multtest (1)
mvoutData (25)
mygene (1)
mzID (1)
mzR (1)

N

ncdfFlow (1)
NCIgraphData (21)
Neve2006 (23)
neve2006 (0)
NGScopyData (23)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (1)
oneChannelGUI (1)
OrderedList (1)
OrganismDbi (1)

P

PAA (1)
parathyroid (5)
parathyroidSE (164)
pasilla (476)
pasillaBamSubset (147)
PasillaTranscriptExpr (9)
PathNetData (25)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (26)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (22)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (22)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (13)
pd.atdschip.tiling (23)
pepDat (18)
PGPC (6)
PGSEA (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (3)
phyloseq (1)
plasFIA (2)
polyester (1)
ppiData (89)
prebsdata (21)
PREDAsampledata (25)
preprocessCore (5)
ProData (30)
pRolocdata (136)
prostateCancerCamcap (5)
prostateCancerGrasso (5)
prostateCancerStockholm (5)
prostateCancerTaylor (5)
prostateCancerVarambally (5)
ProtGenerics (1)
PtH2O2lipids (3)
pumadata (34)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (28)
PWMEnrich.Hsapiens.background (33)
PWMEnrich.Mmusculus.background (29)

Q

QDNAseq.hg19 (14)
QDNAseq.mm10 (9)
quantsmooth (1)
QUBICdata (7)
qvalue (0)

R

RamiGO (1)
RankProd (1)
RBGL (2)
rcellminerData (84)
RDAVIDWebService (1)
ReportingTools (1)
rfcdmin (6)
RforProteomics (137)
Rgraphviz (2)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (21)
RIPSeekerData (21)
RMassBankData (28)
RNAinteractMAPK (20)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (6)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (165)
RNASeqDataSubset (3)
RnaSeqSampleSizeData (85)
RnaSeqTutorial (94)
RnBeads (1)
RnBeads.hg19 (143)
RnBeads.hg38 (15)
RnBeads.mm10 (25)
RnBeads.mm9 (27)
RnBeads.rn5 (14)
ROC (1)
Rqc (1)
RRBSdata (15)
rRDPData (17)
Rsamtools (3)
rsbml (1)
RTCGA.clinical (64)
RTCGA.CNV (13)
RTCGA.methylation (13)
RTCGA.miRNASeq (12)
RTCGA.mRNA (14)
RTCGA.mutations (24)
RTCGA.PANCAN12 (12)
RTCGA.rnaseq (38)
RTCGA.RPPA (10)
rtracklayer (4)
RUVnormalizeData (79)

S

S4Vectors (8)
SCLCBam (20)
scRNAseq (4)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (67)
seqc (28)
seqCNA.annot (76)
seqLogo (1)
serumStimulation (22)
seventyGeneData (17)
shinyMethylData (33)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (1)
simpIntLists (79)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (7)
SNAData (34)
SNAGEEdata (67)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (15)
SomaticCancerAlterations (79)
spade (1)
SPIA (1)
SpikeIn (46)
SpikeInSubset (121)
spliceR (1)
stemHypoxia (77)
stjudem (28)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (55)
synapterdata (64)
systemPipeRdata (47)

T

TargetScoreData (20)
TargetSearchData (26)
TBX20BamSubset (12)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (16)
TCGAMethylation450k (37)
TFBSTools (1)
TimerQuant (8)
tinesath1cdf (18)
tinesath1probe (18)
TitanCNA (1)
tkWidgets (1)
tofsimsData (9)
topGO (1)
TSSi (1)
tweeDEseqCountData (60)
twilight (1)
tximportData (67)

V

VariantAnnotation (2)
vsn (1)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (22)
WES.1KG.WUGSC (30)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (20)
XVector (4)

Y

yeastCC (136)
yeastExpData (97)
yeastGSData (18)
yeastNagalakshmi (45)
yeastRNASeq (73)
yri1kgv (20)
yriMulti (5)

Z

zebrafishRNASeq (100)
zlibbioc (6)