Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2018-06-22 15:50:20 -0400 (Fri, 22 Jun 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2113)
2geneLenDataBase (858)
3airway (815)
4pasilla (740)
5HSMMSingleCell (683)
6bladderbatch (409)
7golubEsets (397)
8tximportData (390)
9DMRcatedata (380)
10affydata (361)
11ChAMPdata (315)
12fission (292)
13Illumina450ProbeVariants.db (283)
14faahKO (279)
15gageData (278)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (85)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (26)
affycoretools (0)
affydata (361)
Affyhgu133A2Expr (23)
Affyhgu133aExpr (23)
Affyhgu133Plus2Expr (26)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (42)
Affymoe4302Expr (24)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (815)
all (0)
ALL (2113)
ALLMLL (90)
alpineData (21)
AmpAffyExample (30)
AneuFinderData (78)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (35)
aracne.networks (33)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (70)
AshkenazimSonChr21 (14)
ASICSdata (3)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (54)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (43)
BeadArrayUseCases (47)
BeadDataPackR (0)
beta7 (30)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (58)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (409)
blimaTestingData (20)
BloodCancerMultiOmics2017 (2)
breastCancerMAINZ (58)
breastCancerNKI (81)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (49)
breastCancerUNT (44)
breastCancerUPP (48)
breastCancerVDX (103)
brgedata (9)
bronchialIL13 (16)
BSgenome (0)
bsseqData (64)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (27)
CardinalWorkflows (27)
Category (0)
ccdata (75)
CCl4 (35)
ccTutorial (16)
CellMapperData (20)
ceu1kg (14)
ceu1kgv (12)
ceuhm3 (13)
cgdv17 (49)
cghMCR (0)
ChAMPdata (315)
charmData (21)
cheung2010 (12)
ChIC.data (4)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (21)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (97)
ChIPexoQualExample (17)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (64)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (64)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (228)
CLLmethylation (2)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (70)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (19)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (82)
colonCA (38)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (17)
ConnectivityMap (22)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (41)
CopyhelpeR (98)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (18)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (24)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (12)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (29)
curatedBreastData (26)
curatedCRCData (19)
curatedMetagenomicData (94)
curatedOvarianData (74)
curatedTCGAData (30)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (92)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (15)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (29)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (18)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (25)
diggit (0)
diggitdata (20)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (53)
DmelSGI (15)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (380)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
DREAM4 (16)
dressCheck (13)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (69)
dsQTL (25)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (13)
dyebias (0)
dyebiasexamples (18)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (36)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (146)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (221)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (3)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (97)
etec16s (22)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (279)
fabia (0)
fabiaData (17)
facopy.annot (60)
facsDorit (23)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (20)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (17)
FGNet (0)
fibroEset (89)
FindMyFriends (0)
FIs (56)
FISHalyseR (0)
fission (292)
flagme (0)
Fletcher2013a (25)
Fletcher2013b (24)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (19)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (15)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (153)
FlowSorted.Blood.EPIC (1)
FlowSorted.CordBlood.450k (26)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (16)
FlowSorted.DLPFC.450k (17)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (67)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (27)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (74)
furrowSeg (12)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (278)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (20)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (74)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (858)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (60)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (18)
geuvPack (37)
geuvStore (1)
geuvStore2 (26)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (40)
ggtut (3)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (397)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
grndata (73)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (28)
GSEABase (0)
gskb (49)
gsvadata (0)
GSVAdata (152)
Gviz (0)
GWASdata (44)
GWASTools (0)

H

h5vcData (74)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (33)
hapmap500knsp (14)
hapmap500ksty (14)
hapmapsnp5 (27)
hapmapsnp6 (41)
harbChIP (18)
HarmanData (18)
HarmonizedTCGAData (9)
HD2013SGI (16)
HDCytoData (2)
healthyFlowData (21)
HEEBOdata (18)
HelloRangesData (23)
hgu133abarcodevecs (13)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (15)
hgu133plus2CellScore (2)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (19)
HiCDataHumanIMR90 (31)
HiCDataLymphoblast (21)
Hiiragi2013 (43)
HIVcDNAvantWout03 (16)
HMP16SData (11)
hmyriB36 (14)
HSMMSingleCell (683)
HumanAffyData (18)
humanStemCell (52)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (283)
IlluminaDataTestFiles (37)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (1)
ind1KG (2)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (16)
IRanges (1)
ITALICSData (61)
Iyer517 (13)

J

JASPAR2014 (54)
JASPAR2016 (150)
JctSeqData (24)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (26)
KEGGdzPathwaysGEO (172)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (26)
KOdata (58)

L

leeBamViews (69)
leukemiasEset (78)
LiebermanAidenHiC2009 (16)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (14)
lumi (0)
lumiBarnes (28)
LungCancerACvsSCCGEO (62)
LungCancerLines (27)
lungExpression (75)
lydata (22)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (26)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (17)
mAPKLData (18)
maqcExpression4plex (35)
MAQCsubset (17)
MAQCsubsetAFX (22)
MAQCsubsetILM (13)
marray (0)
mCSEAdata (6)
MEALData (16)
MEDIPSData (37)
MEEBOdata (18)
Metab (0)
MetaGxBreast (2)
MetaGxOvarian (2)
MetaGxPancreas (1)
metaMS (0)
metaMSdata (22)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (19)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (13)
Mfuzz (0)
microRNAome (9)
MIGSAdata (16)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (276)
minfiDataEPIC (52)
minionSummaryData (22)
miRcompData (55)
miRNATarget (20)
mitoODEdata (57)
MMDiffBamSubset (22)
mosaicsExample (25)
mouse4302barcodevecs (12)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (17)
msd16s (30)
msdata (223)
MSnbase (0)
msPurityData (21)
msqc1 (17)
MSstatsBioData (14)
mtbls2 (26)
MUGAExampleData (24)
Mulder2012 (12)
multtest (1)
mvoutData (18)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (15)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (20)
NOISeq (0)

O

oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OnassisJavaLibs (26)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (4)
parathyroidSE (147)
pasilla (740)
pasillaBamSubset (149)
PasillaTranscriptExpr (21)
pathifier (0)
PathNetData (22)
pathprintGEOData (14)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (25)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (23)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (18)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (28)
pcxnData (26)
pd.atdschip.tiling (20)
pepDat (20)
PGPC (12)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (1)
polyester (0)
ppiData (73)
prebsdata (19)
PREDAsampledata (23)
preprocessCore (1)
ProData (24)
pRolocdata (145)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (12)
prostateCancerStockholm (12)
prostateCancerTaylor (14)
prostateCancerVarambally (12)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (18)
pumadata (23)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (26)
PWMEnrich.Hsapiens.background (31)
PWMEnrich.Mmusculus.background (23)

Q

QDNAseq.hg19 (21)
QDNAseq.mm10 (15)
quantsmooth (0)
QUBICdata (16)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (79)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (3)
RDAVIDWebService (0)
ReportingTools (0)
restfulSEData (14)
rfcdmin (1)
RforProteomics (163)
RGMQLlib (5)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (15)
RIPSeekerData (21)
RITANdata (46)
RMassBankData (25)
RNAinteractMAPK (14)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (206)
RNASeqDataSubset (1)
RnaSeqSampleSizeData (85)
RnaSeqTutorial (55)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (110)
RnBeads.hg38 (41)
RnBeads.mm10 (28)
RnBeads.mm9 (23)
RnBeads.rn5 (14)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (16)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (209)
RTCGA.CNV (27)
RTCGA.methylation (29)
RTCGA.miRNASeq (30)
RTCGA.mRNA (95)
RTCGA.mutations (38)
RTCGA.PANCAN12 (25)
RTCGA.rnaseq (65)
RTCGA.RPPA (26)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (75)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (16)
SCLCBam (22)
scRNAseq (138)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (65)
seqc (27)
seqCNA.annot (67)
seqLogo (0)
serumStimulation (18)
sesameData (0)
seventyGeneData (15)
shinyMethylData (33)
ShortRead (1)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (71)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (13)
SNAData (20)
snadata (0)
SNAGEEdata (60)
SNPhoodData (17)
SNPRelate (0)
snpStats (1)
SomatiCAData (12)
SomaticCancerAlterations (65)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (33)
SpikeInSubset (93)
spliceR (0)
stemHypoxia (65)
stjudem (17)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (54)
synapterdata (93)
systemPipeRdata (91)

T

TargetScoreData (17)
TargetSearchData (16)
TBX20BamSubset (13)
TCGAbiolinksGUI.data (18)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (43)
TCGAWorkflowData (72)
TENxBrainData (8)
TFBSTools (0)
TimerQuant (12)
tinesath1cdf (13)
tinesath1probe (12)
tissueTreg (2)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (15)
topdownrdata (9)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (107)
twilight (0)
tximportData (390)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (14)
vsn (1)
vulcandata (10)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (17)
WES.1KG.WUGSC (41)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (12)
XVector (1)

Y

yeastCC (101)
yeastExpData (148)
yeastGSData (12)
yeastNagalakshmi (34)
yeastRNASeq (66)
yri1kgv (20)
yriMulti (21)

Z

zebrafishRNASeq (172)
zlibbioc (1)