See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-04-17 09:29:38 -0400 (Sat, 17 Apr 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2766)
2HSMMSingleCell (1929)
3airway (1687)
4geneLenDataBase (1263)
5scRNAseq (1113)
6pasilla (1010)
7TCGAbiolinksGUI.data (658)
8tximportData (647)
9bladderbatch (486)
10ChAMPdata (482)
11Illumina450ProbeVariants.db (423)
12GSVAdata (395)
13TENxPBMCData (378)
14celldex (355)
15msdata (350)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (47)
adductData (26)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (22)
affycoretools (0)
affydata (275)
Affyhgu133A2Expr (24)
Affyhgu133aExpr (28)
Affyhgu133Plus2Expr (40)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (35)
Affymoe4302Expr (26)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1687)
ALL (2766)
all (0)
allenpvc (3)
ALLMLL (65)
alpineData (24)
AmpAffyExample (22)
AneuFinderData (56)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (35)
aracne.networks (48)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (32)
AshkenazimSonChr21 (15)
ASICSdata (25)
AssessORFData (20)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (209)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (41)
BeadArrayUseCases (33)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (15)
beta7 (16)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (24)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (30)
bladderbatch (486)
blimaTestingData (20)
BloodCancerMultiOmics2017 (30)
bodymapRat (21)
brainImageRdata (14)
breakpointRdata (28)
breastCancerMAINZ (65)
breastCancerNKI (77)
breastCancerTRANSBIG (50)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (40)
breastCancerUPP (44)
breastCancerVDX (80)
brgedata (38)
bronchialIL13 (14)
BSgenome (0)
bsseqData (52)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (31)
CardinalWorkflows (35)
Category (0)
ccdata (60)
CCl4 (33)
ccTutorial (15)
celarefData (20)
celldex (355)
CellMapperData (20)
ceu1kg (12)
ceu1kgv (12)
ceuhm3 (11)
cgdv17 (40)
cghMCR (0)
ChAMPdata (482)
charmData (4)
cheung2010 (1)
ChIC.data (32)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (70)
ChIPexoQualExample (19)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (27)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (30)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (53)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (310)
CLLmethylation (15)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (23)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (8)
CMA (0)
cMap2data (36)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (17)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (42)
colonCA (27)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (19)
ConnectivityMap (25)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (132)
CopyhelpeR (58)
CopyNeutralIMA (16)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (38)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (13)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (12)
curatedAdipoChIP (13)
curatedAdipoRNA (15)
curatedBladderData (23)
curatedBreastData (39)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (161)
curatedOvarianData (67)
curatedTCGAData (204)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (53)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (17)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (58)
derfinderData (46)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (14)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (25)
diggit (0)
diggitdata (21)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (53)
DmelSGI (14)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (293)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
dorothea (173)
DREAM4 (17)
dressCheck (14)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (36)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (36)
dsQTL (14)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (48)
DupChecker (0)
DvDdata (15)
dyebias (0)
dyebiasexamples (19)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (27)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (194)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (232)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (81)
etec16s (20)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (274)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (5)
facsDorit (15)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (23)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (17)
FGNet (0)
fibroEset (43)
FieldEffectCrc (6)
FindMyFriends (0)
FIs (55)
FISHalyseR (0)
fission (331)
flagme (0)
Fletcher2013a (28)
Fletcher2013b (26)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (17)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (21)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (3)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (233)
FlowSorted.Blood.EPIC (124)
FlowSorted.CordBlood.450k (42)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (46)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (36)
FlowSorted.DLPFC.450k (21)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (107)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (22)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (19)
furrowSeg (13)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (268)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (12)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (63)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1263)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (49)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (36)
geuvPack (20)
geuvStore (1)
geuvStore2 (19)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (36)
ggtut (1)
GIGSEAdata (12)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (275)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (15)
graph (1)
graphite (0)
grndata (41)
GSBenchMark (18)
GSE62944 (36)
GSEABase (0)
gskb (89)
GSVAdata (395)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (53)
GWASTools (0)

H

h5vcData (64)
hapmap100khind (12)
hapmap100kxba (32)
hapmap500knsp (12)
hapmap500ksty (11)
hapmapsnp5 (25)
hapmapsnp6 (34)
harbChIP (22)
HarmanData (22)
HarmonizedTCGAData (17)
HCAData (58)
HD2013SGI (15)
HDCytoData (130)
healthyFlowData (19)
HEEBOdata (18)
HelloRangesData (30)
hgu133abarcodevecs (12)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2CellScore (18)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (12)
HiCDataHumanIMR90 (27)
HiCDataLymphoblast (20)
HighlyReplicatedRNASeq (11)
Hiiragi2013 (78)
HIVcDNAvantWout03 (12)
HMP16SData (50)
HMP2Data (22)
hmyriB36 (12)
HSMMSingleCell (1929)
HumanAffyData (19)
humanStemCell (64)

I

IHW (0)
IHWpaper (15)
Illumina450ProbeVariants.db (423)
IlluminaDataTestFiles (44)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (1)
impute (1)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (28)
Iyer517 (12)

J

JASPAR2014 (37)
JASPAR2016 (134)
JctSeqData (21)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (41)
KEGGdzPathwaysGEO (240)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (16)
KOdata (38)

L

leeBamViews (56)
leukemiasEset (139)
LiebermanAidenHiC2009 (17)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (12)
lumi (0)
lumiBarnes (23)
LungCancerACvsSCCGEO (30)
LungCancerLines (24)
lungExpression (36)
lydata (24)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (31)
macrophage (91)
MACSdata (1)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (14)
mAPKLData (18)
maqcExpression4plex (35)
MAQCsubset (18)
MAQCsubsetAFX (18)
MAQCsubsetILM (13)
marray (0)
mCSEAdata (37)
mcsurvdata (13)
MEALData (1)
MEDIPSData (33)
MEEBOdata (17)
Metab (0)
MetaGxBreast (26)
MetaGxOvarian (23)
MetaGxPancreas (18)
metaMS (0)
metaMSdata (27)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (20)
methylclockData (1)
MethylMix (0)
MethylSeqData (5)
methylumi (0)
methyvimData (14)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (6)
microRNAome (15)
MIGSAdata (19)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (333)
minfiDataEPIC (57)
minionSummaryData (21)
miRcompData (28)
miRNATarget (20)
mitoODEdata (18)
MMAPPR2data (15)
MMDiffBamSubset (18)
MOFAdata (62)
mosaicsExample (34)
mouse4302barcodevecs (10)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (82)
MSBdata (1)
msd16s (23)
msdata (350)
MSMB (35)
MSnbase (0)
msPurityData (37)
msqc1 (12)
MSstatsBioData (27)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (31)
MTseekerData (10)
MUGAExampleData (14)
Mulder2012 (3)
multtest (1)
muscData (61)
mvoutData (16)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (10)
nanotubes (19)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (12)
NestLink (14)
netDx.examples (5)
Neve2006 (12)
neve2006 (0)
NGScopyData (61)
NOISeq (0)

O

oct4 (12)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (30)
OnassisJavaLibs (51)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (20)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (302)
pasilla (1010)
pasillaBamSubset (229)
PasillaTranscriptExpr (40)
pathifier (0)
PathNetData (18)
pathprintGEOData (15)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (28)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (24)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (16)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (26)
pcxnData (25)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (19)
PepsNMRData (23)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (12)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (35)
prebsdata (17)
preciseTADhub (1)
PREDAsampledata (39)
preprocessCore (1)
ProData (18)
pRolocdata (205)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (13)
prostateCancerStockholm (14)
prostateCancerTaylor (13)
prostateCancerVarambally (13)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (17)
pumadata (18)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (29)
PWMEnrich.Mmusculus.background (21)
pwrEWAS.data (41)

Q

QDNAseq.hg19 (77)
QDNAseq.mm10 (33)
qPLEXdata (17)
quantsmooth (0)
QUBICdata (28)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (42)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (31)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (34)
RegParallel (55)
ReportingTools (0)
restfulSEData (20)
rfcdmin (0)
RforProteomics (166)
RGMQLlib (26)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (11)
RIPSeekerData (13)
RITANdata (39)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (10)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (27)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (189)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (22)
RnaSeqSampleSizeData (58)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (157)
RnBeads.hg38 (117)
RnBeads.mm10 (102)
RnBeads.mm9 (43)
RnBeads.rn5 (12)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (12)
rRDPData (17)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (334)
RTCGA.CNV (42)
RTCGA.methylation (50)
RTCGA.miRNASeq (104)
RTCGA.mRNA (183)
RTCGA.mutations (98)
RTCGA.PANCAN12 (35)
RTCGA.rnaseq (177)
RTCGA.RPPA (41)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (41)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (15)
SBGNview.data (29)
SCATE (1)
SCATEData (11)
SCLCBam (22)
scpdata (3)
scRNAseq (1113)
scTHI.data (16)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (38)
seqc (23)
seqCNA.annot (42)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (315)
seventyGeneData (14)
shinyMethylData (24)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (36)
sigPathway (0)
SimBenchData (0)
simpIntLists (37)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (14)
SingleCellMultiModal (21)
SNAData (15)
snadata (0)
SNAGEEdata (26)
SNPhoodData (17)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (12)
SomaticCancerAlterations (57)
spade (0)
spatialLIBD (45)
SPIA (0)
SpikeIn (28)
SpikeInSubset (115)
spliceR (0)
spqnData (15)
stemHypoxia (34)
stjudem (16)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (16)
synapterdata (82)
systemPipeRdata (165)

T

TabulaMurisData (22)
TargetScoreData (16)
TargetSearchData (17)
tartare (17)
TBX20BamSubset (35)
TCGAbiolinksGUI.data (658)
TCGAcrcmiRNA (12)
TCGAcrcmRNA (13)
TCGAMethylation450k (24)
tcgaWGBSData.hg19 (12)
TCGAWorkflowData (113)
TENxBrainData (80)
TENxBUSData (27)
TENxPBMCData (378)
TFBSTools (0)
timecoursedata (8)
TimerQuant (10)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (10)
tissueTreg (18)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (7)
tofsimsData (18)
topdownrdata (16)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (136)
twilight (0)
tximportData (647)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (12)
vsn (0)
vulcandata (17)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (55)
WGSmapp (20)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (12)
XVector (1)

Y

yeastCC (61)
yeastExpData (90)
yeastGSData (10)
yeastNagalakshmi (34)
yeastRNASeq (55)
yri1kgv (22)
yriMulti (11)

Z

zebrafishRNASeq (147)
zlibbioc (1)