See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2019-08-23 16:52:43 -0400 (Fri, 23 Aug 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2943)
2HSMMSingleCell (1323)
3airway (1127)
4geneLenDataBase (997)
5pasilla (863)
6tximportData (582)
7bladderbatch (543)
8sesameData (512)
9DMRcatedata (509)
10golubEsets (464)
11ChAMPdata (431)
12Illumina450ProbeVariants.db (370)
13affydata (352)
14fission (343)
15RTCGA.clinical (321)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (76)
adductData (10)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (24)
affycoretools (0)
affydata (352)
Affyhgu133A2Expr (22)
Affyhgu133aExpr (26)
Affyhgu133Plus2Expr (27)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (40)
Affymoe4302Expr (22)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1127)
all (0)
ALL (2943)
allenpvc (8)
ALLMLL (99)
alpineData (22)
AmpAffyExample (23)
AneuFinderData (78)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (28)
aracne.networks (50)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (56)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASICSdata (21)
AssessORFData (12)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (65)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (40)
BeadArrayUseCases (39)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (1)
beta7 (25)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (1)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (27)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (543)
blimaTestingData (18)
BloodCancerMultiOmics2017 (22)
bodymapRat (5)
brainImageRdata (7)
breakpointRdata (18)
breastCancerMAINZ (62)
breastCancerNKI (90)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (57)
breastCancerUNT (43)
breastCancerUPP (48)
breastCancerVDX (101)
brgedata (20)
bronchialIL13 (13)
BSgenome (0)
bsseqData (58)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (23)
CardinalWorkflows (28)
Category (0)
ccdata (70)
CCl4 (38)
ccTutorial (14)
celarefData (14)
CellMapperData (18)
ceu1kg (11)
ceu1kgv (9)
ceuhm3 (10)
cgdv17 (46)
cghMCR (0)
ChAMPdata (431)
charmData (21)
cheung2010 (5)
ChIC.data (44)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (83)
ChIPexoQualExample (16)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (6)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (49)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (74)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (283)
CLLmethylation (10)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (9)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (59)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (72)
colonCA (35)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (16)
ConnectivityMap (23)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (47)
CopyhelpeR (90)
CopyNeutralIMA (8)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (3)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (32)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (9)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoChIP (3)
curatedAdipoRNA (3)
curatedBladderData (26)
curatedBreastData (23)
curatedCRCData (21)
curatedMetagenomicData (133)
curatedOvarianData (65)
curatedTCGAData (155)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (86)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (12)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (1)
derfinderData (31)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (13)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (28)
diggit (0)
diggitdata (17)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (50)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (509)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (9)
DOQTL (0)
DREAM4 (13)
dressCheck (9)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (56)
dsQTL (13)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (21)
DupChecker (0)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (16)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (27)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (200)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (275)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (1)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (118)
etec16s (17)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (281)
fabia (0)
fabiaData (14)
facopy.annot (42)
facsDorit (16)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (19)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (15)
FGNet (0)
fibroEset (57)
FindMyFriends (0)
FIs (51)
FISHalyseR (0)
fission (343)
flagme (0)
Fletcher2013a (24)
Fletcher2013b (21)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (15)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (13)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (192)
FlowSorted.Blood.EPIC (48)
FlowSorted.CordBlood.450k (31)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (6)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (22)
FlowSorted.DLPFC.450k (17)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (76)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (21)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (59)
furrowSeg (12)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (311)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (11)
gatingMLData (20)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (67)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (997)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (42)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (27)
geuvPack (25)
geuvStore (1)
geuvStore2 (21)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (42)
ggtut (1)
GIGSEAdata (6)
globaltest (1)
GOFunction (0)
golubEsets (464)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
graphite (1)
grndata (63)
GSBenchMark (16)
GSE62944 (29)
GSEABase (1)
gskb (57)
gsvadata (0)
GSVAdata (274)
Gviz (0)
GWASdata (53)
GWASTools (0)

H

h5vcData (68)
hapmap100khind (9)
hapmap100kxba (33)
hapmap500knsp (10)
hapmap500ksty (10)
hapmapsnp5 (24)
hapmapsnp6 (39)
harbChIP (14)
HarmanData (18)
HarmonizedTCGAData (13)
HCAData (12)
HD2013SGI (15)
HDCytoData (48)
healthyFlowData (15)
HEEBOdata (16)
HelloRangesData (29)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (10)
hgu133plus2CellScore (14)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (13)
HiCDataHumanIMR90 (30)
HiCDataLymphoblast (17)
Hiiragi2013 (58)
HIVcDNAvantWout03 (10)
HMP16SData (58)
HMP2Data (1)
hmyriB36 (10)
HSMMSingleCell (1323)
HumanAffyData (15)
humanStemCell (53)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (370)
IlluminaDataTestFiles (39)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (10)
IRanges (1)
ITALICSData (46)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (44)
JASPAR2016 (220)
JctSeqData (23)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (56)
KEGGdzPathwaysGEO (226)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (21)
KOdata (53)

L

leeBamViews (53)
leukemiasEset (114)
LiebermanAidenHiC2009 (16)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (10)
lumi (0)
lumiBarnes (25)
LungCancerACvsSCCGEO (51)
LungCancerLines (25)
lungExpression (130)
lydata (25)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (32)
macrophage (9)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (12)
mAPKLData (16)
maqcExpression4plex (35)
MAQCsubset (14)
MAQCsubsetAFX (15)
MAQCsubsetILM (10)
marray (0)
mCSEAdata (44)
mcsurvdata (7)
MEALData (4)
MEDIPSData (34)
MEEBOdata (15)
Metab (0)
MetaGxBreast (17)
MetaGxOvarian (33)
MetaGxPancreas (11)
metaMS (0)
metaMSdata (26)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (17)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (16)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (307)
minfiDataEPIC (63)
minionSummaryData (18)
miRcompData (50)
miRNATarget (17)
mitoODEdata (46)
MMAPPR2data (1)
MMDiffBamSubset (19)
MOFAdata (12)
mosaicsExample (25)
mouse4302barcodevecs (9)
mouse4302frmavecs (1)
MouseGastrulationData (0)
MSBdata (13)
msd16s (23)
msdata (247)
MSMB (9)
MSnbase (0)
msPurityData (34)
msqc1 (20)
MSstatsBioData (25)
MSstatsQC (1)
mtbls2 (29)
MTseekerData (11)
MUGAExampleData (18)
Mulder2012 (10)
multtest (0)
muscData (3)
mvoutData (14)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

nanotubes (5)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (10)
NestLink (5)
Neve2006 (9)
neve2006 (0)
NGScopyData (16)
NOISeq (0)

O

oct4 (2)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (19)
OnassisJavaLibs (50)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (2)
parathyroidSE (203)
pasilla (863)
pasillaBamSubset (152)
PasillaTranscriptExpr (31)
pathifier (0)
PathNetData (18)
pathprintGEOData (13)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (23)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (21)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (15)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (25)
pcxnData (42)
pd.atdschip.tiling (16)
pepDat (18)
PepsNMRData (12)
PGPC (4)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (0)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (63)
prebsdata (15)
PREDAsampledata (29)
preprocessCore (1)
ProData (20)
pRolocdata (201)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (12)
prostateCancerTaylor (12)
prostateCancerVarambally (9)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (20)
pumadata (17)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (23)
PWMEnrich.Hsapiens.background (27)
PWMEnrich.Mmusculus.background (19)

Q

QDNAseq.hg19 (27)
QDNAseq.mm10 (12)
qPLEXdata (14)
quantsmooth (0)
QUBICdata (16)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (66)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (24)
RDAVIDWebService (0)
RegParallel (18)
ReportingTools (1)
restfulSEData (20)
rfcdmin (1)
RforProteomics (171)
RGMQLlib (40)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (9)
RIPSeekerData (16)
RITANdata (48)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (10)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (1)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (202)
RNASeqDataSubset (1)
RNASeqRData (12)
RnaSeqSampleSizeData (78)
RnaSeqTutorial (14)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (128)
RnBeads.hg38 (49)
RnBeads.mm10 (57)
RnBeads.mm9 (22)
RnBeads.rn5 (11)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (11)
rRDPData (14)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (321)
RTCGA.CNV (40)
RTCGA.methylation (47)
RTCGA.miRNASeq (71)
RTCGA.mRNA (170)
RTCGA.mutations (84)
RTCGA.PANCAN12 (37)
RTCGA.rnaseq (134)
RTCGA.RPPA (37)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (59)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (16)
SBGNview.data (2)
SCLCBam (20)
scRNAseq (294)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (56)
seqc (18)
seqCNA.annot (59)
seqLogo (0)
serumStimulation (16)
sesameData (512)
seventyGeneData (13)
shinyMethylData (33)
ShortRead (0)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (59)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SNAData (13)
snadata (0)
SNAGEEdata (46)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (56)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (26)
SpikeInSubset (115)
spliceR (0)
stemHypoxia (56)
stjudem (14)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (43)
synapterdata (82)
systemPipeRdata (124)

T

TabulaMurisData (15)
TargetScoreData (15)
TargetSearchData (16)
TBX20BamSubset (20)
TCGAbiolinksGUI.data (143)
TCGAcrcmiRNA (10)
TCGAcrcmRNA (10)
TCGAMethylation450k (28)
tcgaWGBSData.hg19 (7)
TCGAWorkflowData (102)
TENxBrainData (102)
TENxPBMCData (35)
TFBSTools (0)
TimerQuant (9)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (8)
tissueTreg (11)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (15)
topdownrdata (18)
topGO (0)
Trendy (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (122)
twilight (0)
tximportData (582)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (11)
vsn (1)
vulcandata (13)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (14)
weaver (1)
WES.1KG.WUGSC (49)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (11)
XVector (0)

Y

yeastCC (70)
yeastExpData (138)
yeastGSData (8)
yeastNagalakshmi (37)
yeastRNASeq (55)
yri1kgv (21)
yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (224)
zlibbioc (1)