See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2023-01-27 22:20:26 -0500 (Fri, 27 Jan 2023).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3104)
2TCGAbiolinksGUI.data (2539)
3HSMMSingleCell (2224)
4celldex (1842)
5airway (1652)
6geneLenDataBase (1456)
7scRNAseq (1308)
8pasilla (852)
9tximportData (699)
10ChAMPdata (560)
11Illumina450ProbeVariants.db (500)
12bladderbatch (488)
13GSVAdata (474)
14msdata (456)
15bcellViper (405)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (23)
adductData (34)
ade4 (1)
adegenet (1)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (2)
AER (1)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (23)
affycoretools (1)
affydata (320)
Affyhgu133A2Expr (23)
Affyhgu133aExpr (28)
Affyhgu133Plus2Expr (35)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (69)
Affymoe4302Expr (24)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (0)
AgiMicroRna (1)
agricolae (2)
AIMS (0)
airway (1652)
ALDEx2 (1)
aldvmm (1)
ALL (3104)
all (0)
allenpvc (1)
ALLMLL (114)
alpineData (27)
amgen.okta.client (1)
AmpAffyExample (23)
AneuFinderData (67)
annaffy (1)
annotate (1)
AnnotationDbi (2)
AnnotationFilter (1)
AnnotationForge (1)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (35)
AnVIL (1)
apcluster (1)
ape (1)
apeglm (1)
aplot (1)
aqp (1)
aracne.networks (56)
argparse (1)
arm (1)
aroma.affymetrix (2)
aroma.apd (2)
aroma.core (2)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (37)
arrow (2)
asciicast (1)
ASExtras4 (1)
ash (2)
AshkenazimSonChr21 (14)
asht (1)
ASICSdata (23)
AsioHeaders (1)
askpass (1)
asremlPlus (1)
assertive.properties (1)
assertr (1)
assertthat (1)
AssessORFData (21)
ASSET (0)
ATE (1)
AUCell (1)
av (1)
aws.s3 (2)
aws.signature (2)

B

babelgene (1)
babelmixr2 (1)
backports (1)
BADER (0)
badger (1)
ballgown (1)
base64enc (1)
batchelor (1)
bayesplot (1)
bayestestR (1)
baySeq (1)
BBmisc (1)
bbmle (1)
bbr (1)
bcellViper (405)
bdsmatrix (1)
beachmat (1)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (41)
BeadArrayUseCases (24)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (15)
beeswarm (1)
bench (1)
benchmarkfdrData2019 (15)
benchmarkme (1)
BentoBoxData (0)
beta7 (19)
bezier (1)
BH (2)
BiasedUrn (1)
bibtex (1)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
biglm (1)
bigmemory (1)
bigparallelr (1)
bigreadr (1)
bigrquery (1)
bigutilsr (1)
binom (1)
binr (1)
Biobase (1)
BiocFileCache (1)
BiocGenerics (2)
BiocInstaller (1)
BiocIO (1)
BiocManager (5)
BiocNeighbors (1)
Bioconductor (1)
BiocParallel (1)
BiocSingular (1)
BiocStyle (0)
BiocVersion (3)
BioImageDbs (15)
biomaRt (1)
biomformat (1)
BioPlex (7)
biostatUtil (1)
Biostrings (2)
biotmleData (24)
biovizBase (1)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (41)
bit (1)
bit64 (1)
bitops (1)
bladderbatch (488)
BlakerCI (1)
blimaTestingData (23)
blme (2)
blob (3)
blockcluster (1)
blogdown (1)
BloodCancerMultiOmics2017 (34)
BMA (1)
bodymapRat (24)
bookdown (4)
boot (1)
bpcp (1)
brainImageRdata (6)
brave (1)
breakpointRdata (40)
breastCancerMAINZ (67)
breastCancerMKI (1)
breastCancerNKI (69)
breastCancerTRANSBIG (52)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (43)
breastCancerUPP (49)
breastCancerVDX (92)
brew (2)
brgedata (31)
brglm (1)
brio (1)
brms (1)
Brobdingnag (1)
bronchialIL13 (14)
broom (3)
broom.helpers (1)
bs4Dash (1)
BSgenome (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (1)
bslib (3)
bsplus (1)
bsseqData (54)
bumphunter (1)

C

C50 (1)
cachem (1)
Cairo (1)
callr (3)
CAMERA (1)
campsismod (1)
cancerdata (25)
car (1)
carData (1)
CardinalWorkflows (30)
caret (1)
castor (1)
Category (1)
caTools (1)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (55)
CCl4 (49)
ccTutorial (15)
celarefData (20)
celldex (1842)
CellMapperData (19)
cem (1)
ceu1kg (2)
ceu1kgv (2)
ceuhm3 (2)
cgdv17 (4)
CGHbase (1)
cghMCR (0)
ChAMP (1)
ChAMPdata (560)
changepoint (1)
charmData (1)
checkmate (1)
cheung2010 (1)
ChIC.data (38)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (16)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (77)
ChIPexoQualExample (21)
ChIPQC (0)
ChIPseeker (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (28)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (31)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (63)
chron (1)
circlize (1)
cisPath (0)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (1)
classInt (1)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
cli (3)
clinPK (1)
clippda (0)
clipper (0)
clipr (2)
CLL (226)
CLLmethylation (16)
clock (1)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clue (1)
CluMSIDdata (29)
cluster (3)
clusterCrit (1)
clusterprofielr (1)
clusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterStab (0)
clusthaplo (1)
clustifyrdatahub (23)
CMA (0)
cMap2data (36)
cmdstanr (1)
cmprsk (1)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobalt (1)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
coda (1)
codelink (0)
codetools (1)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (40)
coin (1)
collapse (1)
collections (1)
coloc (2)
colonCA (26)
colorRamps (2)
colorspace (3)
colourpicker (1)
coMET (0)
commonmark (2)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (2)
CONFESSdata (17)
config (1)
conflicted (1)
ConnectivityMap (20)
conquer (1)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (42)
CopyhelpeR (58)
CopyNeutralIMA (19)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
coro (1)
corpcor (1)
CORREP (0)
corrplot (1)
corrr (1)
COSMIC.67 (39)
cosmiq (0)
COSNet (0)
covr (1)
cowplot (1)
cpp11 (3)
cpvSNP (0)
cqn (0)
crayon (3)
CRCL18 (11)
creatr (1)
credentials (1)
CRImage (0)
crisprScoreData (48)
crlmm (0)
crosstalk (2)
crrri (1)
crrry (1)
crul (1)
csaw (0)
CSSP (0)
csv (1)
ctc (0)
cubature (1)
cubelyr (1)
Cubist (1)
cummeRbund (1)
curatedAdipoArray (15)
curatedAdipoChIP (16)
curatedAdipoRNA (15)
curatedBladderData (23)
curatedBreastData (29)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (210)
curatedOvarianData (47)
curatedTBData (14)
curatedTCGAData (202)
curl (2)
customProDB (0)
CVST (1)
cxAnalysis (1)
cycle (0)
cytofkit (0)
cytolib (1)

D

dada2 (1)
dae (1)
dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (91)
DART (0)
DASiR (0)
data.table (3)
datamods (1)
datapipeline (1)
datawizard (1)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (17)
DBChIP (0)
DBI (2)
DBItest (1)
dbplyr (2)
dbscan (1)
ddalpha (1)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (1)
decoupleR (1)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (1)
DelayedArray (1)
DelayedMatrixStats (1)
deldir (1)
dendextend (2)
dendsort (1)
densityClust (1)
DEoptim (1)
DEoptimR (1)
depmap (279)
derfinder (1)
derfinderData (39)
derfinderHelper (1)
desc (2)
DescTools (1)
DESeq (0)
DESeq2 (1)
deSolve (1)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
devtools (2)
DExMAdata (27)
dexus (0)
dfidx (1)
DFP (0)
DHARMa (1)
dials (1)
diceR (1)
dichromat (1)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (21)
diffobj (1)
digest (3)
diggit (0)
diggitdata (21)
dimRed (1)
DirichletMultinomial (0)
distill (1)
distr (1)
distributional (1)
dittodb (1)
dittoSeq (1)
dks (0)
DLBCL (84)
dlstats (1)
dm (1)
DmelSGI (16)
DMRcaller (0)
DMRcate (1)
DMRcatedata (208)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
DO.db (1)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (2)
domainsignatures (0)
doMC (1)
DonaPLLP2013 (13)
donapllp2013 (0)
doParallel (1)
DOQTL (0)
doRNG (1)
dorothea (354)
DOSE (1)
dotCall64 (1)
downlit (1)
downloader (1)
dparser (1)
dplyr (3)
dqrng (2)
drake (1)
DREAM4 (16)
dressCheck (12)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (114)
DropletUtils (1)
DRR (1)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (35)
dsQTL (2)
DSS (0)
DT (3)
DTA (0)
dtplyr (2)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (0)
duckdb (1)
DuoClustering2018 (51)
DupChecker (0)
dupRadar (1)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (19)
DynDoc (1)

E

e1071 (1)
earth (1)
easierData (59)
EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (13)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (1)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (27)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
egg (2)
EGSEAdata (152)
eha (1)
eisa (0)
ELBOW (0)
ellipse (1)
ellipsis (1)
ELMER (0)
ELMER.data (219)
emayili (1)
emdbook (1)
EMDomics (0)
emmeans (3)
EMMREML (1)
emtdata (26)
enc (1)
ENCODEFig4Band4D (1)
encoDnaseI (2)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
enrichR (1)
ensembldb (1)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
Epi (1)
epigenomix (0)
EpiMix.data (8)
epimutacionsData (23)
epiR (1)
epitools (1)
erccdashboard (0)
ergm (1)
erma (0)
ESNSTCC (0)
esquisse (1)
estimability (2)
estrogen (86)
etec16s (17)
eudysbiome (0)
evaluate (4)
evd (1)
ewceData (86)
Exact (1)
exactRankTests (1)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
ExomeDepth (1)
explorase (0)
ExploreModelMatrix (1)
expm (1)
ExpressionView (0)
expss (1)
extraDistr (2)
extraTrees (1)

F

faahKO (211)
fabia (0)
fabiaData (13)
facopy.annot (2)
facsDorit (6)
factDesign (0)
FactoMineR (1)
fansi (3)
FANTOM3and4CAGE (21)
farms (0)
farver (2)
fastGHQuad (1)
fastICA (1)
fastmap (1)
fastmatch (1)
fastseg (0)
fCI (0)
fda (2)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (1)
fdrame (0)
fds (2)
FEM (0)
ff (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (18)
FGNet (0)
fgsea (1)
fibroEset (45)
FieldEffectCrc (17)
fields (1)
filelock (2)
FindMyFriends (0)
findpython (1)
FIs (47)
FISHalyseR (0)
fission (236)
fit.models (1)
fitdistrplus (1)
fixest (1)
flagme (0)
Fletcher2013a (32)
Fletcher2013b (29)
flexclust (1)
flexdashboard (1)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flextable (1)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (2)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (23)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (1)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (239)
FlowSorted.Blood.EPIC (138)
FlowSorted.CordBlood.450k (30)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (41)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (19)
FlowSorted.DLPFC.450k (47)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (1)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (108)
fmcsR (0)
FNN (1)
focalCall (0)
foghorn (1)
fontawesome (2)
forcats (2)
foreach (2)
forecast (1)
foreign (2)
forestplot (1)
fork (1)
formatR (2)
formatters (1)
Formula (1)
forrester.metadata (1)
FourCSeq (0)
fracdiff (1)
FRASER (1)
fresh (2)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (21)
frmaTools (0)
fs (2)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (2)
furrowSeg (13)
furrr (1)
future (2)
future.apply (1)
future.callr (1)
fuzzyjoin (1)

G

GA (1)
gaga (0)
gage (0)
gageData (300)
gaggle (0)
gaia (0)
gam (1)
gamlss (1)
gamlss.dist (1)
gap (1)
gargle (1)
gaschYHS (14)
gaston (1)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gbm (1)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (41)
gdata (1)
gdsfmt (1)
gee (1)
geecc (0)
geepack (1)
gemma.R (1)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (1)
geneLenDataBase (1456)
genelendatabase (1)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
generics (3)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (1)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (1)
GENIE3 (1)
genoCN (0)
genomationData (51)
GenomeGraphs (1)
GenomeInfoDb (2)
GenomeInfoDbData (2)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicDistributionsData (38)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicFiles (1)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (1)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
geometry (1)
GeomxTools (1)
GEOquery (1)
geoR (1)
geosphere (1)
GEOsubmission (0)
gert (2)
gespeR (0)
GetoptLong (1)
gettz (1)
GeuvadisTranscriptExpr (32)
geuvPack (2)
geuvStore (1)
geuvStore2 (3)
GEWIST (0)
gganimate (1)
GGBase (0)
ggbeeswarm (1)
ggbio (1)
ggcorrplot (1)
ggdag (1)
GGdata (6)
ggdendro (2)
ggdist (1)
ggeffects (1)
ggExtra (1)
ggforce (1)
ggfun (1)
gghighlight (1)
ggnewscale (2)
ggplot2 (3)
ggplotify (1)
ggPMX (1)
ggpointdensity (2)
ggpubr (1)
ggRandomForests (1)
ggraph (1)
ggrepel (1)
ggridges (1)
ggseqlogo (2)
ggsignif (1)
ggstatsplot (1)
ggtext (1)
ggthemes (2)
ggtree (1)
ggtut (1)
gh (1)
ghql (1)
GIGSEAdata (12)
git2r (1)
gitcreds (1)
GLAD (1)
gld (1)
glmmADMB (1)
glmmTMB (1)
glmnet (1)
glmnetUtils (1)
GlobalAncova (1)
GlobalOptions (1)
globals (2)
globaltest (1)
glue (3)
GMD (1)
gmm (1)
gmodels (1)
gmp (1)
gnm (1)
GO.db (1)
goftest (1)
GOFunction (0)
golem (1)
golubEsets (237)
googledrive (1)
googlesheets4 (2)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
gower (1)
gpaExample (16)
GPArotation (1)
gplots (1)
graph (1)
graphite (0)
graphlayouts (1)
graphql (1)
gridGraphics (0)
gridtext (1)
grndata (34)
GSBenchMark (18)
gsDesign (1)
GSE103322 (26)
GSE13015 (25)
GSE159526 (11)
GSE62944 (40)
GSEABase (0)
gskb (6)
gsmoothr (2)
gsrc (1)
GSVA (1)
GSVAdata (474)
gsvadata (0)
gt (1)
gtable (2)
gtools (2)
gtsummary (1)
gtx (1)
Gviz (1)
GWASdata (55)
GWASExactHW (2)
GWASTools (1)
gWidgets2tcltk (1)

H

h2o (1)
h5vcData (72)
HandTill2001 (1)
hapmap100khind (15)
hapmap100kxba (29)
hapmap500knsp (14)
hapmap500ksty (14)
hapmapsnp5 (22)
hapmapsnp6 (31)
harbChIP (18)
hardhat (1)
HarmanData (23)
HarmonizedTCGAData (18)
haven (2)
HCAData (60)
HD2013SGI (19)
HDCytoData (139)
HDF5Array (2)
hdf5r (1)
HDInterval (1)
hdrcde (2)
healthyControlsPresenceChecker (8)
healthyFlowData (18)
heatmaply (3)
HEEBOdata (17)
HelloRangesData (31)
here (1)
hexbin (1)
hgu133abarcodevecs (12)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2.db (1)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2CellScore (17)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (12)
HiCBricks (1)
HiCDataHumanIMR90 (24)
HiCDataLymphoblast (17)
HiContactsData (12)
hierfstat (1)
HighlyReplicatedRNASeq (12)
highr (1)
Hiiragi2013 (91)
HIVcDNAvantWout03 (13)
Hmisc (2)
HMP16SData (44)
HMP2Data (24)
hms (2)
hmyriB36 (2)
Homo.sapiens (1)
HSMMSinglecel1 (1)
HSMMSingleCell (2224)
htmlTable (1)
htmltools (3)
htmlwidgets (2)
httptest (1)
httpuv (3)
httr (3)
httr2 (1)
HumanAffyData (21)
humanStemCell (70)
hunspell (1)
huxtable (1)
hwriter (1)

I

ica (1)
idr (1)
ids (1)
igraph (2)
IHW (1)
IHWpaper (16)
Illumina450ProbeVariants.db (500)
IlluminaDataTestFiles (50)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (1)
imcdatasets (26)
imcRtools (1)
iml (1)
impute (1)
ind1KG (1)
infer (1)
infercnv (1)
INLA (1)
inline (1)
insight (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
interp (1)
inum (1)
iontreeData (1)
ipaddress (1)
ipred (1)
IRanges (2)
IRkernel (1)
irlba (1)
irr (1)
isoband (3)
isva (2)
ISwR (1)
ITALICSData (35)
iterators (2)
ivpack (1)
Iyer517 (13)

J

JADE (1)
JASPAR2014 (43)
JASPAR2016 (112)
JctSeqData (3)
JM (1)
jomo (1)
jose (1)
jpeg (1)
jquerylib (1)
jsonlite (3)
jsTreeR (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (1)

K

kableExtra (1)
KaryoploteR (0)
karyoploteR (1)
KEGG.db (1)
KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (37)
KEGGdzPathwaysGEO (173)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (1)
KEGGREST (1)
keras (1)
kernlab (1)
KernSmooth (1)
keyring (1)
kidpack (18)
klaR (1)
km.ci (1)
knitr (4)
KOdata (37)
kohonen (1)
kpmt (1)
ks (1)

L

labeling (1)
labelled (1)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
languageserver (1)
lares (1)
later (1)
latex2exp (1)
lattice (2)
latticeExtra (2)
lava (1)
lavaan (1)
lazyeval (1)
lbfgs (1)
leaps (1)
learnr (1)
leeBamViews (46)
leiden (1)
leidenbase (1)
leukemiasEset (103)
lgr (1)
lhs (1)
libcoin (1)
LiblineaR (1)
LiebermanAidenHiC2009 (14)
lifecycle (3)
limma (1)
limmaGUI (1)
lintr (1)
listenv (1)
ListerEtAlBSseq (13)
lixoftConnectors (1)
lixoftConnectors.1 (1)
lixoftConnectors.2 (1)
lme4 (2)
lmerTest (1)
lmomco (1)
lmtest (1)
lobstr (1)
locfit (2)
log4r (1)
logistf (1)
loo (1)
lotri (1)
lpSolve (1)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1)
LRcellTypeMarkers (21)
lsa (2)
lsei (1)
lubridate (1)
lumi (1)
lumiBarnes (36)
LungCancerACvsSCCGEO (30)
LungCancerLines (24)
lungExpression (37)
lydata (25)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (42)
macrophage (135)
MACSdata (18)
MACSr (0)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
magic (1)
magick (1)
magrittr (2)
mailR (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
MALDIquant (1)
mammaPrintData (14)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKLData (18)
mapproj (1)
maps (1)
maptools (1)
maqcExpression4plex (30)
MAQCsubset (18)
MAQCsubsetAFX (3)
MAQCsubsetILM (12)
Markdown (1)
markdown (1)
marray (1)
maSigPro (1)
MASS (5)
MassSpecWavelet (1)
Matching (1)
MatchIt (1)
mathjaxr (2)
Matrix (4)
matrixcalc (1)
MatrixGenerics (1)
MatrixModels (1)
matrixStats (2)
mc2d (1)
mclogit (1)
mclust (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (1)
MCPcounter (1)
mCSEAdata (47)
mcsurvdata (17)
mda (1)
MEALData (1)
MEDIPSData (32)
MEEBOdata (19)
memisc (1)
memoise (2)
MerfishData (4)
MeSHDbi (1)
Metab (0)
metafor (1)
metagenomeSeq (1)
MetaGxBreast (26)
MetaGxOvarian (21)
MetaGxPancreas (22)
metaMA (2)
metaMS (0)
metaMSdata (37)
metap (2)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (20)
methylclockData (72)
MethylMix (0)
MethylSeqData (15)
methylumi (1)
methyvimData (2)
mets (1)
Mfuzz (1)
mgcv (3)
mice (1)
microbenchmark (1)
MicrobiomeBenchmarkData (3)
microbiomeDataSets (67)
microRNAome (15)
MIGSAdata (20)
mime (2)
minet (0)
minfi (1)
minfiData (335)
minfiDataEPIC (66)
minionSummaryData (27)
minpack.lm (1)
minqa (1)
miRcompData (29)
miRNATarget (18)
mitoODEdata (2)
mixOmics (1)
mixsqp (1)
mixtools (1)
mlbench (1)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
MMAPPR2data (25)
MMDiffBamSubset (17)
mnormt (1)
MNP (1)
modeldata (1)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (2)
modeltools (1)
MOFA2 (1)
MOFAdata (68)
morpheus (1)
mosaicsExample (61)
motifmatchr (1)
mouse4302barcodevecs (11)
mouse4302frmavecs (1)
MouseGastrulationData (115)
MouseThymusAgeing (46)
mrgda (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
MSBdata (1)
MsCoreUtils (0)
msd16s (21)
msdata (456)
MsFeatures (0)
msigdb (219)
msigdbr (1)
msm (1)
MSMB (59)
MSnbase (1)
msPurityData (40)
msqc1 (12)
MSstatsBioData (3)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (47)
MTseekerData (1)
MUGAExampleData (12)
Mulder2012 (1)
multcomp (1)
MultiAssayExperiment (1)
multidplyr (1)
multtest (1)
muscData (83)
muscle (0)
MutationalPatterns (1)
mutoss (2)
mvoutData (16)
mvtnorm (1)
mygene (0)
mzID (1)
mzR (1)

N

n1qn1 (1)
NADA (2)
NanoporeRNASeq (48)
nanostringr (1)
nanotime (1)
nanotubes (21)
narray (1)
nasapower (1)
ncdf4 (1)
ncdf4.1 (1)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (12)
ndexr (1)
ndjson (1)
NestLink (15)
NetActivityData (7)
netDx.examples (1)
network (1)
NeuralNetTools (1)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (33)
nhanesA (1)
nleqslv (1)
nlme (4)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nloptr (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (2)
NMproject (1)
nnet (2)
NOISeq (1)
NonCompart (1)
nonmemica (1)
npde (1)
npsurv (1)
nullrangesData (51)
numDeriv (1)
NxtIRFdata (52)

O

ObMiTi (15)
oct4 (12)
octad.db (7)
odbc (1)
officer (1)
oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (30)
OnassisJavaLibs (16)
OncoBayes2 (1)
oneChannelGUI (0)
ontologyIndex (2)
openssl (3)
openxlsx (2)
optimalFlowData (26)
optmatch (1)
optparse (1)
OrderedList (0)
ordinal (1)
org.Hs.eg.db (1)
org.Mm.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (1)
OrganismDbi (1)
osqp (1)

P

PAA (0)
packrat (1)
padr (1)
pagedown (1)
pak (1)
paletteer (1)
palmerpenguins (1)
pamr (1)
pander (1)
paradox (1)
parallelly (1)
parameters (1)
ParamHelpers (1)
parathyroid (4)
parathyroidSE (208)
parsedate (1)
parsnip (1)
partitions (1)
party (1)
partykit (1)
pasilla (852)
pasillaBamSubset (262)
PasillaTranscriptExpr (36)
patchwork (2)
pathifier (0)
PathNetData (17)
pathprintGEOData (2)
paws (1)
paws.analytics (1)
paws.application.integration (1)
paws.common (1)
paws.compute (1)
paws.cost.management (1)
paws.customer.engagement (1)
paws.database (1)
paws.machine.learning (1)
paws.management (1)
paws.networking (1)
paws.security.identity (1)
paws.storage (1)
pbapply (1)
pbkrtest (1)
pbmcapply (1)
pcaExplorer (1)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (3)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (3)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (2)
pcaMethods (1)
pcaPP (1)
PCHiCdata (25)
pcxnData (25)
pd.atdschip.tiling (13)
pdftools (1)
pdist (1)
pegas (1)
pepDat (21)
PepsNMRData (24)
Peptides (1)
performance (1)
PerformanceAnalytics (1)
perm (2)
permute (1)
PFAM.db (1)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
pheatmap (1)
PhosR (1)
phyclust (1)
PhyloProfileData (11)
phyloseq (1)
pillar (4)
pingr (1)
pins (1)
pkgbuild (2)
pkgcache (1)
pkgconfig (1)
pkgdepends (1)
pkgdown (1)
pkgload (2)
pkgmaker (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
plasFIA (16)
plier (0)
plm (1)
plotgardenerData (40)
plotly (2)
plotmo (1)
plotrix (1)
pls (1)
plumber (1)
plyr (2)
pmforest (1)
pmtables (1)
png (1)
pointblank (1)
polspline (1)
polyclip (1)
polyester (1)
polynom (1)
polysat (1)
pool (1)
poppr (1)
posterior (1)
poweRlaw (2)
ppiData (19)
pracma (1)
praise (0)
prebsdata (16)
PreciseSums (1)
preciseTADhub (11)
precommit (1)
PREDAsampledata (42)
preprocessCore (1)
prettydoc (1)
prettyunits (1)
prismatic (1)
pROC (1)
processCore (0)
processx (4)
ProData (18)
prodlim (1)
profile (1)
profileModel (1)
progress (1)
progressr (1)
proj4 (1)
projpred (1)
pRolocdata (193)
promises (1)
prostateCancerCamcap (14)
prostateCancerGrasso (11)
prostateCancerStockholm (13)
prostateCancerTaylor (11)
prostateCancerVarambally (11)
ProtGenerics (1)
protolite (1)
proxy (1)
PRROC (2)
pryr (1)
ps (3)
PSCBS (2)
pscl (1)
PsNR (1)
psych (1)
ptairData (20)
PtH2O2lipids (23)
pumadata (19)
PureCN (1)
purrr (1)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (21)
PWMEnrich.Hsapiens.background (24)
PWMEnrich.Mmusculus.background (18)
pwr (1)
pwrEWAS.data (42)

Q

qap (2)
qcNvs (1)
QDNAseq.hg19 (87)
QDNAseq.mm10 (42)
qlcMatrix (2)
qpcR (1)
qpdf (1)
qPLEXdata (24)
qqconf (1)
qs (1)
qtl (1)
qtl2 (1)
quadprog (1)
quantreg (1)
quantsmooth (1)
quarto (1)
QUBICdata (32)
questionr (1)
qvalue (1)
qvcalc (1)

R

R.cache (1)
R.devices (2)
R.filesets (2)
R.huge (2)
R.methodsS3 (1)
R.oo (1)
R.rsp (1)
R.utils (2)
r2d3 (1)
R6 (2)
ragg (1)
rainbow (2)
RamiGO (0)
randomcoloR (2)
RandomFields (1)
RandomFieldsUtils (1)
randomForest (1)
randomForestSRC (1)
randtoolbox (1)
ranger (1)
RankProd (0)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
RApiSerialize (1)
rappdirs (1)
rapportools (1)
rARPACK (2)
raster (1)
RAthena (1)
RBesT (1)
RBGL (1)
rbibutils (1)
rcdk (1)
rcdklibs (1)
rcellminerData (54)
Rcgmin (1)
RCircos (1)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (39)
RClickhouse (1)
rclipboard (1)
rcmdcheck (1)
RColorBrewer (2)
Rcpp (3)
RcppAnnoy (2)
RcppArmadillo (3)
RcppCCTZ (1)
RcppDE (1)
RcppEigen (2)
RcppGSL (1)
RcppHNSW (2)
RcppParallel (1)
RcppProgress (1)
RcppTOML (1)
RcppZiggurat (2)
Rcsdp (1)
RCurl (3)
Rd2roxygen (1)
RDAVIDWebService (0)
Rdpack (1)
reactable (1)
reactlog (1)
reactome.db (1)
ReactomeGSA.data (59)
readr (2)
readxl (2)
recipes (1)
reda (1)
RefManageR (1)
registry (1)
RegParallel (64)
reldist (2)
rematch2 (1)
remotes (1)
renv (3)
ReportingTools (1)
reprex (2)
repurrrsive (1)
reshape (1)
reshape2 (1)
restfulr (2)
restfulSEData (21)
reticulate (2)
rex (1)
Rfast (2)
rfcdmin (2)
RforProteomics (135)
rgeos (1)
rgl (1)
RGMQLlib (25)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rhdf5filters (1)
Rhdf5lib (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (1)
rhub (1)
RIdeogram (1)
rio (1)
RIPSeekerData (5)
riskRegression (1)
RITANdata (32)
RItools (1)
rj (1)
rj.gd (1)
rJava (1)
rjson (1)
RJSONIO (1)
rlang (4)
RLHub (37)
rly (1)
RMariaDB (1)
rmarkdown (3)
RMassBankData (22)
rmdformats (1)
rmio (1)
rms (1)
rmutil (1)
RMySQL (1)
RNAinteractMAPK (14)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (51)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (281)
RNASeqDataSubset (1)
RNASeqPower (1)
RNASeqRData (22)
RnaSeqSampleSizeData (71)
RnaSeqTutorial (2)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (117)
RnBeads.hg38 (96)
RnBeads.mm10 (77)
RnBeads.mm9 (62)
RnBeads.rn5 (14)
rngtools (1)
rngWELL (1)
robust (1)
robustbase (1)
RobustRankAggreg (1)
ROC (0)
ROCR (1)
RODBC (1)
rols (1)
Rook (1)
roxygen2 (2)
rpart (2)
rpart.plot (1)
RPostgres (1)
RPostgreSQL (1)
rprojroot (2)
Rqc (0)
rrBLUP (1)
RRBSdata (12)
rrcov (1)
rRDPData (21)
rsample (1)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
rsconnect (2)
RSEIS (1)
RSiena (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (1)
Rsmlx.2 (1)
RSNNS (1)
Rsolnp (2)
RSpectra (2)
RSQLite (3)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (1)
rstan (1)
rstanarm (1)
rstantools (1)
rstatix (1)
rstpm2 (1)
rstudioapi (2)
Rsubread (1)
rsvd (2)
rsvg (1)
RTCGA.clinical (290)
RTCGA.CNV (41)
RTCGA.methylation (45)
RTCGA.miRNASeq (81)
RTCGA.mRNA (159)
RTCGA.mutations (70)
RTCGA.PANCAN12 (40)
RTCGA.rnaseq (130)
RTCGA.RPPA (39)
RTCGAToolbox (0)
rticles (1)
rtkore (1)
rtracklayer (1)
Rtsne (1)
Rttf2pt1 (1)
Runuran (1)
ruv (1)
RUVnormalizeData (36)
rvcheck (1)
rversions (1)
rvest (2)
rvg (1)
Rwave (1)
RWiener (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)

S

s2 (1)
S4Vectors (1)
saemix (1)
safetyexploreR (1)
sampleClassifierData (16)
samr (2)
sandwich (1)
sass (3)
SBGNview.data (68)
SC3 (1)
scales (3)
scam (1)
scanMiRData (22)
scATAC.Explorer (13)
SCATE (0)
SCATEData (30)
scater (1)
scattermore (2)
scatterpie (1)
scatterplot3d (1)
scico (1)
scidb (1)
SCLCBam (26)
scpdata (25)
scPipe (1)
scran (1)
scrime (2)
scRNAseq (1308)
scTHI.data (19)
sctransform (3)
scuttle (1)
SDMTools (1)
segmented (1)
selectr (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (32)
SeqArray (1)
seqc (19)
seqCNA.annot (36)
seqinr (1)
seqLogo (0)
seqminer (1)
SeqVarTools (1)
seriation (3)
serumStimulation (11)
servr (1)
sesameData (398)
sessioninfo (1)
Seurat (3)
SeuratObject (3)
seventyGeneData (14)
sf (1)
SFEData (21)
sfsmisc (1)
shadowtext (1)
shape (1)
shiny (3)
shiny.router (1)
shinyalert (1)
shinyBS (3)
shinybusy (1)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (1)
shinydashboardPlus (2)
shinyFiles (3)
shinyhelper (2)
shinyjqui (1)
shinyjs (1)
shinyMethylData (22)
shinyMobile (1)
shinypanel (2)
shinySelect (1)
shinystan (1)
shinytest (1)
shinythemes (1)
shinyWidgets (4)
ShortRead (1)
sigaR (1)
siggenes (1)
Signac (2)
signatureSearchData (62)
sigPathway (0)
SimBenchData (19)
simpIntLists (39)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SingleCelLExperiment (1)
SingleCellExperiment (1)
SingleCellMultiModal (47)
singleCellTK (1)
SingleMoleculeFootprintingData (20)
sitmo (2)
sjPlot (1)
sjstats (1)
slam (1)
slickR (1)
slider (1)
sm (1)
smoothHR (1)
SMVar (2)
sn (1)
SNAData (19)
snadata (0)
SNAGEEdata (27)
snow (2)
SnowballC (1)
SNPhoodData (15)
SNPRelate (1)
snpStats (0)
soilDB (1)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (50)
sortable (1)
sp (1)
spacetime (1)
spade (0)
spam (1)
spaMM (1)
sparklyr (1)
SparseM (1)
sparsesvd (2)
spatial (1)
spatialDmelxsim (13)
spatialLIBD (115)
spatialreg (1)
spatstat.core (1)
spatstat.data (1)
spatstat.geom (1)
spatstat.random (1)
spatstat.sparse (1)
spatstat.utils (1)
spData (1)
speedglm (1)
SPEI (1)
SPIA (1)
SpikeIn (31)
SpikeInSubset (111)
splancs (1)
spliceR (0)
splines2 (1)
spls (1)
spqnData (20)
SQUAREM (1)
ssh (1)
SSPA (1)
StanHeaders (1)
statmod (1)
statnet.common (1)
stemHypoxia (44)
STexampleData (55)
sticky (1)
stjudem (18)
storr (1)
stringdist (1)
stringfish (1)
stringi (3)
stringr (2)
strucchange (1)
styler (1)
subselect (1)
SummarizedExperiment (1)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supraHex (0)
survcomp (1)
survival (3)
survivalROC (1)
survminer (1)
survMisc (1)
susieR (2)
sva (1)
svd (1)
svglite (1)
SVM2CRMdata (11)
svMisc (1)
synapterdata (19)
sys (2)
systemfit (1)
systemfonts (1)
systemPipeRdata (211)

T

tables (1)
TabulaMurisData (41)
TabulaMurisSenisData (55)
tarchetypes (1)
targets (1)
TargetScoreData (17)
TargetSearchData (25)
tartare (28)
TBX20BamSubset (38)
TCGAbiolinksGUI.data (2539)
TCGAcrcmiRNA (11)
TCGAcrcmRNA (13)
TCGAMethylation450k (34)
tcgaWGBSData.hg19 (6)
TCGAWorkflowData (101)
TeachingDemos (1)
templater (1)
tensorflow (1)
TENxBrainData (75)
TENxBUSData (28)
TENxPBMCData (402)
TENxVisiumData (68)
terra (1)
testthat (2)
textshaping (1)
TFBSTools (0)
TFMPvalue (2)
tfrmt (1)
tfruns (1)
TH.data (1)
threejs (1)
tibble (3)
tictoc (1)
tidygraph (1)
tidymodels (1)
tidyposterior (1)
tidyr (3)
tidyselect (3)
tidytree (1)
tidyverse (1)
tidyvpc (1)
timechange (1)
timecoursedata (32)
timeDate (1)
timereg (1)
TimerQuant (11)
tinesath1cdf (12)
tinesath1probe (11)
tinytex (3)
tissueTreg (28)
TitanCNA (0)
tkWidgets (1)
TMB (1)
TMExplorer (22)
tofsimsData (16)
topdownrdata (22)
topGO (0)
Tplyr (1)
tracee (1)
transformr (1)
treeio (1)
Trendy (0)
trimcluster (1)
truncnorm (2)
tseries (1)
tsne (1)
TSP (3)
TSSi (0)
tuberculosis (10)
tune (1)
tweeDEseqCountData (97)
tweenr (1)
twilight (0)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (1)
tximport (1)
tximportData (699)
tzdb (1)

U

ucminf (1)
umap (1)
units (1)
urca (1)
usethis (1)
utf8 (1)
uuid (1)
uwot (3)

V

V8 (1)
VAM (1)
vaplot (1)
variancePartition (1)
VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (13)
vaultr (1)
vcr (1)
vctrs (3)
VectraPolarisData (11)
vegan (1)
vegawidget (1)
venn (2)
VennDiagram (1)
VGAM (1)
vioplot (1)
viridis (2)
viridisLite (3)
viridislite (1)
visNetwork (1)
vroom (1)
vsn (1)
vulcandata (17)

W

waiter (2)
waldo (1)
wateRmelon (0)
waveTilingData (2)
weaver (0)
webdriver (1)
WeberDivechaLCdata (3)
webfakes (1)
webmockr (1)
webshot (2)
WeightIt (1)
weights (1)
WES.1KG.WUGSC (34)
WGCNA (1)
WGSmapp (23)
whisker (1)
widgetTools (1)
withr (3)
wk (1)
workflows (1)
workflowsets (1)
Wrench (1)
writexl (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xcms (1)
xcoredata (14)
xfun (4)
xgboost (1)
XhybCasneuf (12)
XLConnect (1)
XML (3)
xml2 (1)
xmlparsedata (1)
xpose (1)
xtable (1)
xts (1)
XVector (1)

Y

yaImpute (1)
yaml (3)
yardstick (1)
yeastCC (45)
yeastExpData (60)
yeastGSData (10)
yeastNagalakshmi (41)
yeastRNASeq (52)
ymlthis (1)
yri1kgv (3)
yriMulti (2)
yulab.utils (1)

Z

zCompositions (2)
zebrafishRNASeq (136)
zip (2)
zlibbioc (1)
zoo (2)