Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-09-12 09:13:21 -0700 (Fri, 12 Sep 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 50

1BiocInstaller (127620)
2BiocGenerics (96920)
3IRanges (94146)
4Biobase (92186)
5AnnotationDbi (79356)
6limma (59249)
7zlibbioc (59144)
8Biostrings (54367)
9GenomicRanges (51446)
10annotate (47219)
11XVector (43548)
12genefilter (42183)
13Rsamtools (41776)
14biomaRt (40243)
15rtracklayer (38065)
16affy (37431)
17graph (36644)
18preprocessCore (36155)
19GenomicFeatures (36022)
20BSgenome (34511)
21affyio (33192)
22GenomeInfoDb (29801)
23geneplotter (26981)
24edgeR (26159)
25multtest (26057)
26RBGL (22581)
27DESeq (22423)
28Rgraphviz (20424)
29impute (20328)
30flowCore (19732)
31biovizBase (18825)
32GEOquery (18444)
33mzR (17814)
34xcms (17591)
35gcrma (17053)
36VariantAnnotation (16723)
37DESeq2 (16402)
38GenomicAlignments (16140)
39BiocParallel (15843)
40ShortRead (15473)
41qvalue (14451)
42vsn (14384)
43Gviz (13806)
44AnnotationForge (13437)
45GSEABase (13107)
46affyPLM (13024)
47cummeRbund (12711)
48Category (12000)
49rhdf5 (11896)
50simpleaffy (11542)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Oct/2013312871041153
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436900655894
Aug/201436749681886
Sep/201419358286645
All months2547488848623

A

a4 (2318)
a4Base (2412)
a4Classif (2279)
a4Core (2423)
a4Preproc (2424)
a4Reporting (2233)
ABarray (2222)
ABSSeq (869)
aCGH (2958)
ACME (2185)
ADaCGH2 (2043)
adSplit (2047)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10175)
affy (37431)
affycomp (3121)
AffyCompatible (2307)
affyContam (2082)
affycoretools (5142)
affydata (1)
AffyExpress (2307)
affyILM (2014)
affyio (33192)
affylmGUI (3271)
affyPara (2031)
affypdnn (2390)
affyPLM (13024)
affyQCReport (6255)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (2028)
AffyTiling (2166)
AGDEX (1919)
Agi4x44PreProcess (1680)
agilp (2277)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2414)
AIMS (1)
AllelicImbalance (1640)
alsace (839)
altcdfenvs (2104)
ampliQueso (1597)
annaffy (9547)
AnnBuilder (30)
annmap (956)
annotate (47219)
annotation (299)
AnnotationDbi (79356)
AnnotationForge (13437)
AnnotationFuncs (2110)
AnnotationHub (3041)
annotationTools (2632)
anota (2035)
antiProfiles (1847)
apcluster (1)
apComplex (2177)
aroma.light (5258)
ArrayExpress (4541)
ArrayExpressHTS (1125)
arrayMagic (9)
arrayMvout (1973)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2600)
arrayQualityMetrics (4953)
arrays (500)
ArrayTools (2366)
ArrayTV (1645)
ARRmNormalization (1717)
ASEB (1807)
asmn (872)
ASSET (1461)
ASSIGN (829)
AtlasRDF (850)
attract (1914)

B

BAC (1854)
BADER (1715)
BAGS (1532)
ballgown (52)
BaseSpaceR (1755)
Basic4Cseq (889)
BayesPeak (2867)
baySeq (4152)
bcellViper (3)
BCRANK (2209)
beadarray (6405)
beadarraySNP (2144)
BeadDataPackR (5803)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (2)
BEAT (857)
betr (2046)
bgafun (1974)
BGmix (1005)
bgx (1922)
BHC (2371)
BicARE (1954)
BiGGR (1602)
bigmemoryExtras (1059)
bioassayR (1791)
Biobase (92186)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1983)
BiocCheck (1009)
biocDatasets (25)
BiocGenerics (96920)
biocGraph (2127)
BiocInstaller (127620)
biocinstaller (2)
BiocParallel (15843)
BiocStyle (3320)
biocViews (2506)
bioDist (4450)
biomaRt (40243)
BioMVCClass (2134)
biomvRCNS (1590)
BioNet (3112)
BioSeqClass (1998)
Biostrings (54367)
biostrings (1)
biosvd (839)
biovizbase (1)
biovizBase (18825)
BiRewire (1534)
birta (1864)
BiSeq (2152)
BitSeq (2393)
blima (86)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2099)
BrainStars (1856)
bridge (1910)
BSgenome (34511)
bsseq (2296)
BufferedMatrix (1840)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1786)
bumphunter (7325)
BUS (1730)

C

CAFE (790)
CAGEr (1819)
CALIB (1743)
CAMERA (3009)
cancerclass (1711)
CancerMutationAnalysis (1786)
casper (1665)
Category (12000)
categoryCompare (1753)
ccrepe (848)
cellGrowth (1681)
cellhts (1)
cellHTS (1817)
cellHTS2 (2625)
CellNOptR (2010)
CexoR (1437)
CGEN (1844)
CGHbase (2330)
CGHcall (2154)
cghcall (1)
cghMCR (1825)
CGHnormaliter (1723)
CGHregions (1786)
ChAMP (2383)
ChAMPdata (3)
charm (2007)
ChemmineOB (1903)
ChemmineR (3196)
chemminer (3)
chimera (2452)
chipenrich (1440)
ChIPpeakAnno (4692)
ChIPQC (938)
ChIPseeker (1073)
chipseq (3739)
ChIPseqR (1958)
ChIPsim (1889)
ChIPXpress (862)
chopsticks (2074)
chroGPS (1641)
ChromHeatMap (1848)
cisPath (1639)
ClassifyR (5)
cleanUpdTSeq (1407)
cleaver (1716)
clippda (1678)
clipper (1804)
Clomial (775)
Clonality (1739)
clonotypeR (1396)
clst (1686)
clstutils (1648)
clusterProfiler (3143)
clusterprofiler (1)
clusterStab (1989)
CMA (2429)
cn.farms (1714)
cn.mops (2838)
cnanorm (1)
CNAnorm (1852)
CNEr (926)
CNORdt (1600)
CNORfeeder (1560)
CNORfuzzy (1616)
CNORode (1633)
CNTools (1995)
cnvGSA (1667)
CNVrd2 (1353)
CNVtools (1897)
cnvtools (1)
cobindR (1393)
CoCiteStats (1827)
codelink (1790)
CoGAPS (452)
coGPS (1597)
COHCAP (928)
COHCAPanno (3)
COMPASS (806)
compcodeR (913)
compEpiTools (10)
CompGO (808)
ConsensusClusterPlus (2798)
convert (2924)
copa (1871)
COPDSexualDimorphism (768)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1815)
CopyNumber450k (801)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1618)
CorMut (1667)
coRNAi (1650)
CORREP (1705)
cosmiq (55)
cosmo (166)
cosmoGUI (204)
CoverageView (474)
cqn (2377)
CRImage (1962)
CRISPRseek (900)
crlmm (3295)
CSAR (2105)
CSSP (1399)
ctc (4107)
cummeRbund (12711)
customProDB (1497)
cycle (1816)

D

dagLogo (1355)
dama (2)
daMA (1658)
DART (1677)
DASiR (1702)
DAVIDQuery (2274)
DBChIP (1788)
ddCt (2196)
ddgraph (1702)
DECIPHER (1861)
DeconRNASeq (1666)
DEDS (1757)
deepSNV (1832)
DEGraph (1924)
DEGreport (58)
DEGseq (3724)
deltaGseg (1504)
DESeq (22423)
DESeq2 (16402)
DEXSeq (7274)
dexus (1648)
DFP (1633)
DiffBind (3667)
diffGeneAnalysis (1867)
DirichletMultinomial (1819)
dks (1597)
DMRcate (864)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (786)
DNAcopy (9724)
DNaseR (1467)
domainsignatures (1772)
DOQTL (57)
DOSE (3360)
DriverNet (1617)
DrugVsDisease (1614)
DSS (1889)
DTA (1620)
dualKS (1141)
DupChecker (48)
dyebias (1663)
DynDoc (8123)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1798)
easyRNASeq (4400)
EBarrays (2287)
EBcoexpress (1768)
EBImage (7655)
EBSeq (3061)
ecolitk (1739)
EDASeq (2704)
edd (64)
EDDA (812)
edger (1)
edgeR (26159)
eiR (868)
eisa (2130)
ELBOW (797)
ensemblVEP (2290)
ENVISIONQuery (1677)
epigenomix (1573)
epivizr (1534)
eQTL (26)
erccdashboard (4)
ExiMiR (1735)
exomeCopy (2239)
exomePeak (1437)
exonmap (117)
explorase (1350)
ExpressionView (1718)
expressionview (1)
externalVector (373)

F

fabia (2190)
facopy.annot (4)
factDesign (1943)
farms (1870)
fastLiquidAssociation (772)
fastseg (1734)
fbat (31)
fdrame (1787)
ffpe (1634)
FGNet (1551)
flagme (1742)
flipflop (1335)
flowBeads (1402)
flowBin (822)
flowCL (783)
flowClean (48)
flowClust (2708)
flowCore (19732)
flowCyBar (779)
flowDensity (61)
flowFit (1374)
flowFlowJo (1818)
flowFP (1911)
flowMap (1417)
flowMatch (799)
flowMeans (2123)
flowMerge (1971)
flowPeaks (1728)
flowPhyto (1644)
flowPlots (1726)
flowQ (1291)
flowq (1)
flowQB (1593)
flowStats (3172)
flowTrans (1816)
flowType (1860)
flowUtils (2028)
flowViz (5082)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (3842)
fmcsR (2120)
fOptions (1)
FRGEpistasis (775)
frma (2682)
frmaTools (1896)
FunciSNP (1825)

G

gaga (1788)
gage (4112)
gaggle (1666)
gaia (1646)
gaucho (763)
gCMAP (1680)
gCMAPWeb (1555)
gcrma (17053)
genArise (1638)
GENE.E (1807)
gene2pathway (262)
GeneAnswers (3660)
GeneExpressionSignature (1725)
genefilter (42183)
genefu (2180)
GeneGA (950)
GeneGroupAnalysis (338)
GeneMeta (2160)
GeneNetworkBuilder (1660)
GeneOverlap (861)
geneplotter (26981)
GeneR (79)
geneRecommender (1899)
GeneRegionScan (1660)
generegulation (113)
GeneRfold (41)
geneRxCluster (811)
GeneSelectMMD (1681)
GeneSelector (1995)
GeneSpring (24)
geNetClassifier (1576)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1737)
GeneticsPed (1923)
GeneTraffic (61)
GeneTS (3)
genoCN (1672)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3729)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (29801)
genomeIntervals (4365)
genomes (1917)
GenomicAlignments (16140)
GenomicFeatures (36022)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (845)
GenomicRanges (51446)
Genominator (2177)
genoset (2534)
GEOmetadb (2757)
GEOquery (18444)
GEOsubmission (1672)
GEWIST (1576)
gff3Plotter (4)
GGBase (3290)
ggbio (10707)
GGtools (2542)
girafe (1986)
GLAD (2425)
GlobalAncova (2094)
globaltest (3973)
gmapR (1059)
GOexpress (1)
gofunction (1)
GOFunction (1989)
goProfiles (2121)
goprofiles (2)
GOSemSim (4154)
gosemsim (1)
goseq (4394)
GOSim (1924)
GOstats (11313)
GOTHiC (844)
goTools (2366)
gpls (2442)
gprege (1594)
graph (36644)
GraphAlignment (1682)
GraphAT (1673)
graphite (2755)
GraphPAC (1496)
GRENITS (1776)
GSAR (71)
GSBenchMark (4)
GSCA (749)
GSEABase (13107)
GSEAlm (2258)
GSReg (15)
GSRI (1665)
GSVA (2414)
Gviz (13806)
gwascat (1852)
GWASTools (2896)

H

h5vc (1542)
hapFabia (1615)
Harshlight (1700)
HCsnip (1468)
HDTD (63)
healthyFlowData (3)
Heatplus (5966)
HELP (1669)
HEM (1619)
hem (1)
hexbin (195)
hiAnnotator (75)
highthroughputassays (40)
HilbertVis (3035)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1520)
hiReadsProcessor (3)
HiTC (1764)
HMMcopy (1785)
hopach (2898)
hpar (1748)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2662)
HTSanalyzeR (2134)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (441)
htseqtools (2)
htSeqTools (1976)
HTSFilter (1769)
HybridMTest (1604)
hyperdraw (1812)
hypergraph (2318)

I

iASeq (1815)
iBBiG (1633)
ibh (1554)
iBMQ (1468)
Icens (3238)
iChip (1627)
iClusterPlus (880)
idiogram (1724)
IdMappingAnalysis (1569)
IdMappingRetrieval (1593)
iFlow (318)
Illumina450ProbeVariants.db (3)
illuminaio (8606)
imageHTS (1734)
impute (20328)
INPower (739)
inSilicoDb (2330)
inSilicoMerging (2139)
intansv (1481)
interactiveDisplay (2024)
interactiveDisplayBase (31)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (44)
inveRsion (1581)
inversion (1)
iontree (1573)
iPAC (1633)
IPPD (1755)
IRanges (94146)
iranges (1)
iSeq (1626)
isobar (1959)
IsoGeneGUI (1651)
iSPlot (2)
ITALICS (1598)
iterativeBMA (1634)
iterativeBMAsurv (1642)

J

jmosaics (1489)
joda (1584)

K

KCsmart (1634)
KEGGgraph (6330)
keggorth (13)
keggorthology (1885)
KEGGprofile (1977)
KEGGREST (6073)
KEGGSOAP (707)

L

lapmix (1763)
LBE (1926)
les (1650)
limma (59249)
limmaGUI (2999)
LiquidAssociation (1635)
liquidassociation (1)
lmdme (1576)
LMGene (1945)
logicFS (2153)
logitt (1)
logitT (1687)
lol (1651)
LPE (2099)
LPEadj (1595)
lpNet (1550)
lumi (8596)
LVSmiRNA (1738)

M

M3D (12)
maanova (2380)
macat (1637)
maCorrPlot (1602)
maDB (579)
madb (1)
made4 (3961)
maigesPack (1640)
makecdfenv (3208)
makePlatformDesign (33)
MANOR (1645)
manta (1639)
MantelCorr (1630)
maPredictDSC (1356)
marray (10367)
maSigPro (2609)
maskBAD (1547)
MassArray (1770)
massiR (750)
MassSpecWavelet (3061)
matchBox (1567)
matchprobes (121)
MBASED (7)
MBCB (1657)
mBPCR (1612)
mcaGUI (1642)
MCRestimate (1837)
mdqc (1819)
MeasurementError.cor (1551)
MEDIPS (2404)
MEDME (1637)
MEIGOR (13)
MergeMaid (2354)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (811)
meshr (782)
messina (765)
metaArray (2263)
metabomxtr (4)
metagene (6)
metagenomeSeq (2245)
metahdep (1594)
metaMS (806)
metaMSdata (3)
metaR (23)
metaSeq (1365)
metaseqR (770)
methVisual (1734)
methyAnalysis (2261)
MethylAid (58)
MethylMix (3)
methylMnM (1394)
methylPipe (26)
MethylSeekR (1699)
methylumi (7806)
Mfuzz (3475)
mfuzz (1)
mgsa (1805)
MiChip (1584)
microRNA (2457)
MIMOSA (788)
MineICA (1534)
minet (3614)
minfi (8792)
MinimumDistance (1571)
MiPP (1658)
MiRaGE (1604)
miRNApath (1909)
miRNAtap (6)
Mirsynergy (785)
missMethyl (18)
mitoODE (1276)
MLInterfaces (2808)
MLP (1671)
MLSeq (808)
MMDiff (1559)
mmnet (865)
MmPalateMiRNA (1703)
monocle (134)
MoPS (55)
mosaics (1911)
MotifDb (2832)
motifRG (1708)
motifStack (2569)
MotIV (2903)
MPFE (2)
mQTL.NMR (20)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1360)
msmsTests (1332)
MSnbase (3084)
msQC (55)
MSstats (1684)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1666)
MultiMed (14)
multiscan (1560)
multtest (26057)
MVCClass (1677)
mzID (1786)
mzR (17814)

N

NarrowPeaks (1644)
ncdfFlow (3372)
NCIgraph (1963)
neaGUI (1425)
nem (1700)
netbiov (20)
NetPathMiner (802)
netresponse (1634)
NetSAM (1452)
networkBMA (1541)
NGScopyData (4)
nnNorm (1586)
NOISeq (2914)
nondetects (775)
NormqPCR (1953)
npGSEA (778)
NTW (1593)
nucleR (1706)
nucler (1)
nudge (1590)
NuPoP (1629)

O

occugene (1683)
OCplus (1817)
oligo (9160)
oligoClasses (10030)
OLIN (1720)
OLINgui (1600)
omicade4 (1490)
OmicCircos (1849)
OncoSimulR (5)
oneChannelGUI (2462)
ontoCAT (1771)
ontoTools (52)
openCyto (1397)
oposSOM (32)
OrderedList (2459)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2941)
OSAT (1527)
OTUbase (1711)
OutlierD (1760)

P

PADOG (1587)
paircompviz (1352)
pairseqsim (5)
pamr (52)
PAnnBuilder (1807)
panp (1844)
PANR (1577)
PAPi (1526)
parody (2010)
pathifier (1364)
PathNet (1491)
pathRender (1756)
pathview (4776)
PatientGeneSets (81)
Pbase (25)
pcaGoPromoter (1922)
pcaMethods (6170)
pcot2 (1606)
PCpheno (1622)
pdInfoBuilder (2457)
pdmclass (1726)
PECA (886)
pepDat (4)
pepStat (5)
PGSEA (2258)
pgUtils (695)
phenoDist (1461)
phenoTest (1732)
PhenStat (816)
phyloseq (4283)
piano (2312)
pickgene (1599)
PICS (2360)
PING (1698)
pint (1676)
pkgDepTools (1916)
pkgdeptools (2)
plateCore (1644)
plethy (1331)
plgem (1639)
plier (2964)
PLPE (1723)
plrs (1472)
plw (1587)
Polyfit (31)
ppiStats (1733)
prada (3280)
prebs (1504)
PREDA (1660)
predictionet (916)
preprocessCore (36155)
PROcess (2222)
procoil (1556)
ProCoNA (1372)
pRoloc (1569)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (40)
PROMISE (1613)
prot2D (1364)
proteinProfiles (1411)
proteoQC (13)
PSICQUIC (1498)
puma (1907)
pvac (1619)
pvca (1701)
Pviz (36)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1895)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1276)
QDNAseq (871)
qpcrNorm (1761)
qpgraph (2714)
qrqc (2055)
QUALIFIER (1287)
quantro (6)
quantsmooth (3322)
QuasR (3753)
qusage (1391)
qvalue (14451)

R

r3Cseq (1670)
R453Plus1Toolbox (1721)
rama (1759)
RamiGO (2151)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1537)
RankProd (4054)
Rariant (760)
RbcBook1 (1755)
RBGL (22581)
rbioinf (1)
RBioinf (1810)
rBiopaxParser (1683)
Rbowtie (3608)
rbsurv (1736)
Rcade (1554)
RCASPAR (1588)
Rchemcpp (1414)
RchyOptimyx (1679)
Rcpi (1287)
RCytoscape (3808)
RDAVIDWebService (1951)
Rdbi (41)
RdbiPgSQL (35)
Rdisop (1962)
RDRToolbox (1991)
ReactomePA (2443)
ReadqPCR (2037)
reb (1594)
RedeR (2174)
REDseq (1823)
RefNet (761)
RefNet.db (3)
RefPlus (1659)
Repitools (2819)
ReportingTools (5038)
ReQON (1623)
Resourcerer (1632)
rflowcyt (35)
rfPred (1336)
rGADEM (3276)
RGalaxy (1698)
rgl (1)
Rgraphviz (20424)
RGSEA (52)
rhdf5 (11896)
rHVDM (1576)
riboSeq (42)
Ringo (3276)
Rintact (17)
RIPSeeker (1766)
Risa (1639)
RLMM (1604)
RMAGEML (18)
rmagpie (1)
Rmagpie (1594)
RMAPPER (1565)
RMassBank (1629)
rMAT (982)
RmiR (1932)
RNAinteract (1613)
RNAither (1705)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1706)
RNASeqPower (1683)
Rnits (2)
roar (807)
ROC (4982)
Roleswitch (1360)
Rolexa (1749)
rols (1795)
ROntoTools (1581)
RPA (1823)
RpsiXML (1896)
rpx (862)
rqubic (1623)
rRDPData (4)
Rredland (7)
RRHO (1452)
rrp (1)
rsamtools (3)
Rsamtools (41776)
rsbml (2012)
rSFFreader (874)
RSNPper (8)
Rsubread (2692)
RSVSim (1534)
rTANDEM (1816)
RTCA (1659)
RTN (1488)
RTools4TB (28)
RTopper (1623)
rtracklayer (38065)
Rtreemix (1644)
rTRM (1431)
rTRMui (1342)
Ruuid (58)
RUVnormalize (6)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (136)
RWebServices (375)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (1622)
safe (1863)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1666)
SAGx (1992)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1754)
sangerseqR (820)
SANTA (1444)
sapFinder (799)
savR (716)
SBMLR (1732)
SCAN.UPC (2025)
ScISI (1779)
scsR (739)
SeattleIntro2010 (3)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1782)
SemDist (4)
SemSim (22)
SeqArray (1623)
seqbias (1799)
seqCNA (1372)
SeqGSEA (2180)
seqLogo (5697)
Seqnames (31)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (56)
SeqVarTools (1404)
shinyMethyl (47)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1326)
ShortRead (15473)
sigaR (1625)
SigFuge (1360)
siggenes (10946)
sigPathway (2206)
SIM (1662)
SimBindProfiles (1289)
simpleaffy (11542)
simulatorAPMS (42)
sizepower (2022)
SJava (471)
SLGI (1637)
slgi (1)
SLqPCR (1989)
SMAP (1597)
SNAGEE (1421)
snapCGH (2129)
snm (1792)
SNPchip (3198)
snpMatrix (292)
snpStats (5676)
SomatiCA (1545)
SomaticSignatures (923)
SpacePAC (1313)
spade (2172)
SpeCond (1659)
SPEM (1412)
SPIA (2999)
spikeLI (1543)
spkTools (1568)
splicegear (1603)
spliceR (1825)
spliceSites (1341)
SplicingGraphs (1601)
splots (2666)
spotSegmentation (1604)
SQUADD (1513)
SRAdb (3428)
sRAP (1486)
sscore (1574)
sSeq (1348)
ssize (2021)
SSPA (1831)
ssviz (46)
stam (5)
STAN (11)
staRank (1516)
Starr (1790)
stepNorm (1582)
stepwiseCM (1558)
Streamer (1778)
STRINGdb (1616)
StudentGWAS (5)
supraHex (1413)
survcomp (3348)
Sushi (915)
sva (6660)
SwimR (1274)
switchBox (2)
synapter (1703)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1382)
TargetSearch (1707)
TCC (1932)
TDARACNE (1710)
TEQC (1791)
ternarynet (1533)
tfbstools (1)
TFBSTools (1758)
tigre (1689)
tilingArray (2372)
timecourse (2051)
TitanCNA (784)
tkWidgets (6508)
topGO (7260)
trackViewer (843)
tRanslatome (1465)
TransView (1615)
triform (1504)
trigger (1602)
trio (1565)
triplex (1549)
tspair (1740)
TSSi (1646)
TurboNorm (1649)
tweeDEseq (1941)
twilight (2581)
typeinfo (1)
TypeInfo (1637)

U

UNDO (743)
unifiedWMWqPCR (764)
UniProt.ws (1960)

V

VanillaICE (1923)
VariantAnnotation (16723)
VariantFiltering (891)
variants (175)
VariantTools (994)
vbmp (1997)
Vega (1603)
VegaMC (1615)
viper (763)
virtualArray (2250)
vsn (14384)
vtpnet (1360)

W

wateRmelon (2979)
wavClusteR (68)
waveTiling (1555)
weaver (2048)
webbioc (1691)
widgetTools (6475)

X

xcms (17591)
XDE (1631)
xmapbridge (1562)
xmapcore (279)
XML2R (2)
xps (2414)
xtable (1)
XVector (43548)

Y

yaqcaffy (1916)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (59144)