See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-11-15 12:32:17 -0500 (Fri, 15 Nov 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocGenerics (30085)
2IRanges (26937)
3Biobase (26378)
4S4Vectors (26312)
5BiocVersion (25258)
6AnnotationDbi (22008)
7zlibbioc (21978)
8BiocParallel (21847)
9XVector (20134)
10BiocInstaller (19760)
11GenomeInfoDb (19086)
12GenomicRanges (18989)
13limma (18606)
14Biostrings (17895)
15SummarizedExperiment (17698)
16DelayedArray (16691)
17annotate (15064)
18Rsamtools (14104)
19genefilter (13511)
20biomaRt (13241)
21GenomicAlignments (13150)
22rtracklayer (13132)
23GenomicFeatures (12005)
24edgeR (11612)
25graph (11599)
26DESeq2 (10556)
27geneplotter (10179)
28preprocessCore (9730)
29Rhdf5lib (9513)
30rhdf5 (8378)
31RBGL (7466)
32qvalue (7173)
33affyio (6914)
34affy (6873)
35Rgraphviz (6780)
36BSgenome (6608)
37multtest (6561)
38VariantAnnotation (6277)
39impute (6168)
40Rhtslib (5813)
41ensembldb (5531)
42fgsea (5236)
43ProtGenerics (5229)
44DOSE (5203)
45GEOquery (5155)
46ShortRead (4969)
47clusterProfiler (4851)
48sva (4709)
49GOSemSim (4568)
50AnnotationFilter (4360)
51enrichplot (4243)
52GSEABase (4211)
53ComplexHeatmap (4097)
54HDF5Array (4063)
55DESeq (4044)
56biovizBase (3800)
57AnnotationHub (3778)
58KEGGREST (3761)
59DelayedMatrixStats (3575)
60vsn (3358)
61Gviz (3188)
62phyloseq (3147)
63pathview (3048)
64SingleCellExperiment (3024)
65Category (2972)
66KEGGgraph (2955)
67interactiveDisplayBase (2938)
68biomformat (2903)
69pcaMethods (2810)
70AnnotationForge (2647)
71aroma.light (2563)
72illuminaio (2541)
73topGO (2521)
74GOstats (2514)
75EDASeq (2500)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (95)
a4Base (117)
a4Classif (95)
a4Core (143)
a4Preproc (135)
a4Reporting (95)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (92)
ABarray (95)
abseqR (42)
ABSSeq (85)
acde (89)
ACE (52)
aCGH (160)
ACME (104)
ADaCGH2 (78)
ADAM (28)
ADAMgui (19)
adaptest (64)
adductomicsR (24)
adSplit (77)
AffiXcan (38)
affxparser (1642)
affy (6873)
affycomp (130)
AffyCompatible (91)
affyContam (80)
affycoretools (400)
affydata (1)
AffyExpress (83)
affyILM (76)
affyio (6914)
affylmGUI (127)
affyPara (78)
affypdnn (100)
affyPLM (1395)
affyqcreport (0)
affyQCReport (266)
AffyRNADegradation (79)
AffyTiling (5)
AGDEX (78)
Agi4x44PreProcess (3)
agilp (175)
AgiMicroRna (118)
agimicrorna (0)
AIMS (327)
ALDEx2 (285)
alevinQC (23)
AllelicImbalance (86)
AlphaBeta (2)
alpine (83)
ALPS (2)
alsace (87)
altcdfenvs (85)
AMARETTO (22)
AMOUNTAIN (87)
amplican (116)
ampliQueso (53)
AnalysisPageServer (71)
anamiR (77)
Anaquin (106)
AneuFinder (132)
ANF (71)
animalcules (20)
annaffy (492)
AnnBuilder (1)
annmap (68)
annotate (15064)
AnnotationDbi (22008)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (4360)
AnnotationForge (2647)
AnnotationFuncs (115)
AnnotationHub (3778)
AnnotationHubData (126)
annotationTools (132)
annotatr (254)
anota (83)
anota2seq (111)
antiProfiles (73)
APAlyzer (2)
apcluster (0)
apComplex (130)
apcomplex (0)
apeglm (1362)
applera (0)
appreci8R (43)
aroma.light (2563)
ArrayExpress (546)
ArrayExpressHTS (53)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (70)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (101)
arrayQualityMetrics (531)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (119)
ArrayTV (79)
ARRmNormalization (73)
artMS (83)
ASAFE (68)
ASEB (79)
ASGSCA (78)
ASICS (87)
asmn (1)
ASpediaFI (1)
ASpli (134)
AssessORF (40)
ASSET (86)
ASSIGN (86)
ATACseqQC (242)
AtlasRDF (7)
atSNP (24)
attract (99)
AUCell (427)
Autotuner (3)
AWFisher (3)

B

BaalChIP (69)
BAC (74)
bacon (128)
BADER (76)
BadRegionFinder (69)
BAGS (72)
ballgown (931)
bamsignals (467)
BANDITS (21)
banocc (70)
basecallQC (76)
BaseSpaceR (91)
Basic4Cseq (114)
BASiCS (153)
BasicSTARRseq (71)
batchelor (211)
BatchQC (123)
BayesKnockdown (66)
BayesPeak (118)
bayNorm (81)
baySeq (510)
BBCAnalyzer (71)
BCRANK (96)
bcSeq (97)
BDMMAcorrect (70)
beachmat (2475)
beadarray (708)
beadarraySNP (88)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (693)
BeadExplorer (0)
BEARscc (94)
BEAT (85)
BEclear (84)
betr (7)
bgafun (72)
BgeeDB (109)
BGmix (52)
bgx (77)
BHC (169)
BicARE (120)
BiFET (96)
BiGGR (83)
BigMatrix (0)
bigmelon (78)
bigmemoryExtras (70)
bigPint (24)
bim (1)
bioassayR (118)
biobase (0)
Biobase (26378)
biobroom (179)
bioCancer (101)
BiocCaseStudies (82)
BiocCheck (288)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (1844)
BiocGenerics (30085)
biocGraph (254)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (19760)
biocLite (0)
BiocNeighbors (1421)
BiocOncoTK (99)
Bioconductor (0)
BioCor (103)
BiocParallel (21847)
BiocPkgTools (95)
BiocSet (0)
BiocSingular (844)
BiocSklearn (68)
BiocStyle (2167)
BiocVersion (25258)
biocViews (1968)
BiocWorkflowTools (88)
bioDist (244)
biomaRt (13241)
BioMedR (2)
biomformat (2903)
BioMM (20)
BioMVCClass (71)
biomvRCNS (68)
BioNet (262)
bionet (0)
BioNetStat (80)
BioQC (108)
BioSeqClass (153)
biosigner (88)
biostrings (0)
Biostrings (17895)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (73)
BioTIP (1)
biotmle (71)
biovizBase (3800)
BiRewire (94)
birta (78)
birte (55)
biscuiteer (1)
BiSeq (139)
BitSeq (148)
blacksheepr (1)
blima (70)
BLMA (77)
bnbc (65)
BPRMeth (83)
BRAIN (185)
brainflowprobes (0)
brainImageR (36)
BrainStars (71)
branchpointer (65)
breakpointR (39)
brendaDb (2)
bridge (73)
BridgeDbR (92)
BrowserViz (105)
BrowserVizDemo (20)
BSgenome (6608)
bsseq (888)
BubbleTree (72)
BufferedMatrix (81)
BufferedMatrixMethods (76)
BUMHMM (95)
bumphunter (1897)
BUS (73)
BUScorrect (36)
BUSpaRse (7)
BuxcoR (0)

C

CAFE (65)
CAGEfightR (72)
CAGEr (126)
CALIB (81)
calm (2)
CAMERA (577)
CAMTHC (46)
canceR (84)
cancerclass (77)
CancerInSilico (70)
CancerMutationAnalysis (79)
CancerSubtypes (137)
CAnD (67)
caOmicsV (72)
Cardinal (169)
casper (103)
CATALYST (248)
Category (2972)
categoryCompare (73)
CausalR (87)
cbaf (84)
ccfindR (104)
ccmap (93)
CCPROMISE (65)
ccrepe (86)
celaref (81)
celda (30)
cellbaseR (76)
CellBench (24)
cellGrowth (79)
cellHTS (4)
cellHTS2 (251)
cellity (110)
CellMapper (72)
CellMixS (19)
CellNOptR (154)
cellscape (81)
CellScore (59)
CellTrails (73)
cellTree (120)
CEMiTool (206)
CexoR (70)
CFAssay (79)
CGEN (107)
CGHbase (252)
CGHcall (229)
cghMCR (87)
CGHnormaliter (68)
CGHregions (82)
ChAMP (539)
CHARGE (58)
charm (79)
ChemmineOB (214)
ChemmineR (447)
chemminer (0)
CHETAH (37)
ChIC (55)
Chicago (103)
chimera (88)
chimeraviz (134)
ChIPanalyser (60)
ChIPComp (74)
chipenrich (133)
ChIPexoQual (66)
ChIPpeakAnno (853)
ChIPQC (282)
ChIPseeker (1047)
chipseq (483)
ChIPseqR (144)
ChIPSeqSpike (99)
ChIPsim (145)
ChIPXpress (56)
chopsticks (143)
chroGPS (70)
chromDraw (72)
ChromHeatMap (86)
ChromoViz (1)
chromPlot (112)
chromstaR (95)
chromswitch (77)
chromVAR (199)
CHRONOS (87)
cicero (143)
CINdex (69)
circRNAprofiler (3)
cisPath (79)
ClassifyR (105)
cleanUpdTSeq (78)
cleaver (179)
clippda (79)
clipper (98)
cliqueMS (0)
Clomial (74)
Clonality (76)
clonotypeR (69)
clst (78)
clstutils (70)
CluMSID (30)
clustComp (69)
clusterExperiment (420)
ClusterJudge (59)
clusterProfiler (4851)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (66)
ClusterSignificance (68)
clusterStab (148)
CMA (142)
cn.farms (73)
cn.mops (193)
CNAnorm (81)
cnanorm (0)
CNEr (509)
CNORdt (91)
CNORfeeder (105)
CNORfuzzy (71)
CNORode (131)
CNPBayes (66)
CNTools (187)
CNVfilteR (1)
cnvGSA (73)
CNVPanelizer (85)
CNVRanger (28)
CNVrd2 (70)
CNVtools (90)
cnvtools (0)
cobindR (72)
CoCiteStats (76)
COCOA (62)
codelink (77)
CODEX (167)
coexnet (73)
CoGAPS (138)
cogena (95)
coGPS (68)
COHCAP (88)
cola (19)
coMET (94)
compartmap (68)
COMPASS (117)
compcodeR (120)
compEpiTools (85)
CompGO (86)
ComplexHeatmap (4097)
condcomp (32)
CONFESS (61)
consensus (54)
ConsensusClusterPlus (2348)
consensusDE (74)
consensusOV (67)
consensusSeekeR (71)
contiBAIT (92)
conumee (116)
convert (165)
copa (79)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (293)
CopyNumber450k (3)
CopyNumberPlots (19)
CopywriteR (142)
coRdon (82)
CoRegFlux (17)
CoRegNet (90)
Cormotif (68)
CorMut (78)
coRNAi (7)
CORREP (68)
coseq (125)
cosmiq (74)
cosmo (2)
cosmoGUI (1)
COSNet (66)
CountClust (133)
countsimQC (72)
covEB (89)
CoverageView (121)
covRNA (63)
cpvSNP (69)
cqn (233)
CRImage (96)
CRISPRseek (142)
crisprseekplus (63)
CrispRVariants (130)
crlmm (159)
CrossICC (1)
crossmeta (86)
CSAR (152)
csaw (272)
CSSP (71)
ctc (299)
CTDquerier (60)
cTRAP (43)
ctsGE (107)
cummeRbund (659)
cummerbund (0)
customProDB (146)
CVE (72)
cycle (71)
cydar (130)
CytoDx (66)
cytofast (27)
cytofkit (157)
cytolib (552)
CytoML (156)

D

dada2 (1352)
dagLogo (65)
daMA (66)
DaMiRseq (91)
DAPAR (140)
DART (74)
DASC (5)
DASiR (3)
DAVIDQuery (3)
DBChIP (109)
dcanr (21)
dcGSA (91)
DChIPRep (67)
ddCt (134)
ddgraph (9)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (57)
debCAM (1)
debrowser (232)
DECIPHER (1046)
deco (28)
DEComplexDisease (59)
decompTumor2Sig (26)
DeconRNASeq (155)
decontam (157)
DEDS (113)
DeepBlueR (94)
deepSNV (110)
DEFormats (234)
DEGraph (71)
DEGreport (263)
DEGseq (310)
DelayedArray (16691)
DelayedDataFrame (28)
DelayedMatrixStats (3575)
deltaCaptureC (2)
deltaGseg (70)
DeMAND (72)
DeMixT (30)
DEP (264)
DepecheR (20)
DEqMS (80)
derfinder (452)
derfinderHelper (412)
derfinderPlot (104)
DEScan2 (90)
deseq (0)
DESeq (4044)
DESeq2 (10556)
DEsingle (124)
destiny (822)
DEsubs (73)
DEWSeq (1)
DEXSeq (724)
dexus (87)
DFP (69)
DiffBind (695)
diffcoexp (66)
diffcyt (174)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (68)
diffHic (101)
DiffLogo (76)
diffloop (117)
diffuStats (73)
diggit (73)
Director (61)
DirichletMultinomial (636)
discordant (96)
DiscoRhythm (17)
divergence (18)
dks (67)
DMCFB (1)
DMCHMM (64)
DMRcaller (140)
DMRcate (603)
DMRforPairs (66)
DMRScan (65)
dmrseq (138)
DNABarcodeCompatibility (22)
DNABarcodes (123)
DNAcopy (2400)
DNaseR (1)
DNAshapeR (102)
domainsignatures (8)
DominoEffect (68)
doppelgangR (83)
DOQTL (81)
Doscheda (92)
DOSE (5203)
doseR (19)
drawProteins (91)
DRIMSeq (276)
DriverNet (83)
DropletUtils (614)
DrugVsDisease (71)
dSimer (60)
DSS (784)
DTA (69)
dualKS (67)
DupChecker (69)
dupRadar (105)
dyebias (70)
DynDoc (580)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (122)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (171)
EBarrays (147)
EBcoexpress (74)
EBImage (1992)
EBSEA (64)
EBSeq (562)
EBSeqHMM (126)
ecolitk (71)
EDASeq (2500)
edd (1)
EDDA (89)
edge (128)
edger (0)
edgeR (11612)
eegc (64)
EGAD (75)
EGSEA (255)
eiR (69)
eisa (87)
ELBOW (71)
ELMER (392)
EMDomics (73)
EmpiricalBrownsMethod (97)
ENCODExplorer (99)
EnhancedVolcano (673)
ENmix (168)
EnrichedHeatmap (154)
EnrichmentBrowser (303)
enrichplot (4243)
enrichTF (19)
ensembldb (5531)
ensemblVEP (145)
ENVISIONQuery (71)
EpiCluster (0)
EpiDISH (125)
epigenomix (75)
epihet (21)
epiNEM (66)
epivizr (94)
epivizrChart (59)
epivizrData (94)
epivizrServer (94)
epivizrStandalone (78)
erccdashboard (116)
erma (212)
ERSSA (67)
esATAC (209)
esetVis (73)
eudysbiome (64)
evaluomeR (16)
EventPointer (77)
EWCE (4)
ExCluster (60)
ExiMiR (70)
exomeCopy (259)
exomecopy (0)
exomePeak (118)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (1267)
ExperimentHubData (79)
explorase (49)
ExpressionAtlas (95)
ExpressionView (73)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (138)
facopy (26)
factDesign (76)
FamAgg (93)
farms (76)
fastLiquidAssociation (68)
FastqCleaner (51)
fastseg (677)
fbat (1)
FCBF (60)
fCCAC (64)
fCI (74)
fcoex (1)
fcScan (3)
fdrame (72)
FELLA (98)
FEM (425)
ffpe (77)
FGNet (122)
fgsea (5236)
FindMyFriends (95)
FISHalyseR (67)
fishpond (23)
FitHiC (83)
flagme (71)
flipflop (64)
flowAI (255)
flowBeads (98)
flowBin (98)
flowcatchR (66)
flowCHIC (98)
flowCL (138)
flowClean (143)
flowClust (396)
flowCore (1569)
flowCyBar (71)
flowDensity (190)
flowFit (72)
flowFlowJo (2)
flowFP (136)
flowMap (72)
flowMatch (101)
flowMeans (199)
flowMerge (109)
flowPeaks (145)
flowPhyto (1)
flowPloidy (70)
flowPlots (73)
flowq (0)
flowQ (26)
flowQB (64)
FlowRepositoryR (77)
FlowSOM (728)
flowSpecs (1)
flowSpy (1)
flowStats (378)
flowTime (93)
flowTrans (119)
flowType (90)
flowUtils (738)
flowViz (735)
flowVS (79)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (604)
fmcsR (180)
focalCall (65)
FoldGO (42)
FourCSeq (84)
FRGEpistasis (74)
frma (209)
frmaTools (76)
FunChIP (66)
FunciSNP (75)
funtooNorm (60)

G

GA4GHclient (64)
GA4GHshiny (60)
gaga (109)
gage (959)
gaggle (69)
gaia (182)
GAPGOM (20)
GAprediction (63)
garfield (70)
GARS (56)
GateFinder (90)
gaucho (25)
gcapc (66)
gcatest (67)
gCMAP (68)
gCMAPWeb (45)
gCrisprTools (105)
gcrma (1825)
GCSscore (1)
GDCRNATools (280)
GDSArray (76)
gdsfmt (1182)
geecc (67)
GEM (70)
gemini (3)
genArise (72)
genbankr (141)
GENE.E (9)
gene2pathway (1)
GeneAccord (35)
GeneAnswers (123)
geneAttribution (64)
GeneBreak (64)
geneClassifiers (62)
GeneExpressionSignature (81)
genefilter (13511)
genefu (294)
GeneGA (63)
GeneGeneInteR (67)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (100)
GeneNetworkBuilder (94)
GeneOverlap (252)
geneplast (67)
geneplotter (10179)
GeneR (1)
geneRecommender (71)
GeneRegionScan (67)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (67)
GeneSelectMMD (75)
GeneSelector (67)
GENESIS (221)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (94)
geNetClassifier (106)
genetics (1)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (88)
GeneticsPed (130)
GeneTraffic (0)
GeneTS (1)
geneXtendeR (68)
GENIE3 (361)
genoCN (70)
GenoGAM (85)
genomation (344)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (224)
GenomeInfoDb (19086)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (240)
genomeintervals (0)
genomes (92)
GenomicAlignments (13150)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (686)
GenomicFeatures (12005)
GenomicFiles (733)
GenomicInteractions (149)
GenomicOZone (2)
GenomicRanges (18989)
GenomicScores (292)
GenomicTuples (71)
Genominator (84)
genoset (169)
genotypeeval (67)
GenoView (3)
genphen (81)
GenRank (67)
GenVisR (347)
GEOmetadb (256)
GEOquery (5155)
GEOsearch (6)
GEOsubmission (69)
gep2pep (59)
gespeR (117)
GEWIST (63)
gff3Plotter (0)
GGBase (128)
ggbio (1804)
ggcyto (398)
GGtools (113)
ggtree (1860)
GIGSEA (34)
girafe (146)
GISPA (67)
GLAD (241)
GladiaTOX (13)
Glimma (947)
glmSparseNet (45)
GlobalAncova (316)
globalSeq (66)
globaltest (956)
gmapR (117)
GmicR (1)
GMRP (66)
GNET2 (16)
goCluster (0)
GOexpress (166)
GOfuncR (118)
GOFunction (85)
GoogleGenomics (48)
GOpro (69)
goProfiles (146)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4568)
goseq (1104)
GOSim (125)
goSTAG (72)
gostats (0)
GOstats (2514)
GOsummaries (119)
GOTHiC (114)
goTools (101)
gotools (0)
gpart (65)
gpls (144)
gprege (68)
gpuMagic (5)
gQTLBase (200)
gQTLstats (236)
gramm4R (2)
graper (23)
graph (11599)
GraphAlignment (75)
GraphAT (69)
graphite (1388)
GraphPAC (76)
GRENITS (79)
GreyListChIP (73)
GRmetrics (141)
groHMM (81)
GRridge (71)
GSALightning (66)
GSAR (164)
GSCA (71)
gscreend (1)
GSEABase (4211)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (92)
GSEAlm (132)
gsean (82)
GSReg (69)
GSRI (69)
GSVA (1197)
gtrellis (139)
GUIDEseq (101)
Guitar (116)
Gviz (3188)
gwascat (268)
GWASTools (384)
gwasurvivr (49)

H

h5vc (76)
hapFabia (69)
Harman (188)
Harshlight (67)
harshlight (0)
HCABrowser (19)
HCAExplorer (1)
HCsnip (9)
HDF5Array (4063)
HDTD (67)
heatmaps (203)
Heatplus (571)
HelloRanges (96)
HELP (71)
HEM (68)
hexbin (3)
hiAnnotator (91)
HIBAG (104)
HiCBricks (37)
HiCcompare (104)
hicrep (89)
hierGWAS (73)
hierinf (33)
HilbertCurve (106)
HilbertVis (228)
HilbertVisGUI (54)
HiLDA (3)
hipathia (98)
hiReadsProcessor (62)
HIREewas (37)
HiTC (177)
hmdbQuery (78)
HMMcopy (195)
hopach (242)
HPAanalyze (44)
hpar (254)
HTqPCR (175)
HTSanalyzeR (175)
HTSeqGenie (43)
htseqtools (0)
htSeqTools (152)
HTSFilter (213)
HumanTranscriptomeCompendium (25)
HybridMTest (89)
hypeR (25)
hyperdraw (95)
hypergraph (137)

I

iASeq (65)
iasva (66)
iBBiG (119)
ibh (63)
iBMQ (58)
iCARE (73)
Icens (294)
icetea (63)
iCheck (67)
iChip (66)
iClusterPlus (170)
iCNV (80)
iCOBRA (114)
ideal (111)
ideogram (0)
IdeoViz (109)
idiogram (69)
IdMappingAnalysis (64)
IdMappingRetrieval (64)
idr2d (1)
iFlow (2)
iGC (66)
IgGeneUsage (2)
igvR (70)
IHW (740)
illuminaio (2541)
imageHTS (103)
IMAS (91)
Imetagene (60)
IMMAN (66)
ImmuneSpaceR (109)
immunoClust (72)
IMPCdata (63)
ImpulseDE (70)
ImpulseDE2 (142)
impute (6168)
INDEED (40)
infercnv (84)
InPAS (73)
INPower (64)
inSilicoDb (17)
inSilicoMerging (18)
insilicomerging (0)
INSPEcT (103)
InTAD (83)
intansv (72)
InteractionSet (327)
interactiveDisplay (145)
interactiveDisplayBase (2938)
IntEREst (102)
InterMineR (95)
IntramiRExploreR (57)
inversion (0)
inveRsion (70)
IONiseR (84)
iontree (7)
iPAC (82)
ipdDb (34)
IPO (146)
IPPD (143)
IRanges (26937)
IrisSpatialFeatures (20)
iSEE (223)
iSeq (72)
iSNetwork (0)
isobar (190)
IsoCorrectoR (49)
IsoCorrectoRGUI (27)
IsoformSwitchAnalyzeR (175)
IsoGeneGUI (66)
ISoLDE (64)
isomiRs (104)
iSPlot (0)
ITALICS (64)
iterativeBMA (77)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (70)
iterClust (66)
iteremoval (57)
IVAS (101)
ivygapSE (61)
IWTomics (69)

J

JASPAR2018 (13)
jmosaics (4)
joda (64)
JunctionSeq (156)

K

karyoploteR (454)
KCsmart (67)
kebabs (139)
KEGGgraph (2955)
KEGGlincs (71)
keggorth (1)
keggorthology (90)
KEGGprofile (209)
KEGGREST (3761)
KEGGSOAP (3)
kimod (66)
KinSwingR (39)
kissDE (62)
kmknn (0)
KnowSeq (7)

L

lapmix (66)
LBE (108)
ldblock (110)
LEA (298)
LedPred (67)
les (71)
levi (37)
lfa (196)
limma (18606)
limmaGUI (104)
LINC (61)
LineagePulse (87)
LinkHD (1)
Linnorm (166)
lionessR (1)
lipidr (20)
LiquidAssociation (71)
lmdme (73)
LMGene (79)
LOBSTAHS (77)
loci2path (56)
logicFS (187)
logitT (68)
Logolas (79)
lol (69)
LOLA (136)
LoomExperiment (80)
LowMACA (78)
LPE (88)
LPEadj (72)
lpNet (64)
lpsymphony (709)
LRBaseDbi (48)
lumi (1022)
LVSmiRNA (72)
LymphoSeq (82)

M

M3C (147)
M3D (74)
M3Drop (247)
maanova (91)
Maaslin2 (4)
macat (70)
maCorrPlot (68)
MACPET (57)
MACSQuantifyR (1)
maDB (1)
madb (0)
made4 (353)
MADSEQ (68)
maftools (1226)
MAGeCKFlute (154)
maigesPack (73)
MAIT (116)
makecdfenv (162)
makePlatformDesign (1)
MANOR (66)
manta (100)
MantelCorr (66)
mAPKL (65)
maPredictDSC (67)
mapscape (66)
marray (1446)
martini (71)
maser (53)
maSigPro (289)
maskBAD (66)
MassArray (73)
massarray (0)
massiR (70)
MassSpecWavelet (1096)
MAST (713)
matchBox (64)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (63)
matter (155)
MaxContrastProjection (91)
MBAmethyl (62)
MBASED (75)
MBCB (70)
mbkmeans (31)
mBPCR (66)
MBttest (61)
mcaGUI (64)
MCbiclust (100)
MCRestimate (73)
mCSEA (93)
mdgsa (84)
mdp (89)
mdqc (74)
MDTS (56)
MEAL (71)
MeasurementError.cor (64)
MEB (1)
MEDIPS (130)
MEDME (64)
MEIGOR (90)
Melissa (20)
mergemaid (0)
MergeMaid (104)
Mergeomics (74)
MeSHDbi (182)
meshes (90)
meshr (113)
MeSHSim (5)
messina (64)
metaArray (94)
metaarray (0)
Metab (78)
metabomxtr (105)
MetaboSignal (81)
metaCCA (74)
MetaCyto (86)
metagene (85)
metagene2 (16)
metagenomeFeatures (109)
metagenomeSeq (633)
MetaGxOvarian (2)
metahdep (66)
metaMS (121)
MetaNeighbor (108)
metaR (0)
metaSeq (80)
metaseqR (112)
metavizr (78)
MetaVolcanoR (10)
metaX (4)
MetCirc (74)
MethCP (1)
methimpute (70)
methInheritSim (65)
MethPed (89)
methrix (1)
MethTargetedNGS (64)
methVisual (73)
methyAnalysis (127)
MethylAid (86)
methylCC (1)
methylGSA (82)
methylInheritance (65)
methylKit (541)
MethylMix (133)
methylMnM (70)
methylPipe (93)
MethylSeekR (96)
methylumi (1182)
methyvim (62)
MetID (33)
MetNet (69)
mfa (105)
Mfuzz (302)
mfuzz (0)
MGFM (72)
MGFR (104)
mgsa (94)
MiChip (65)
microbiome (522)
microbiomeDASim (1)
microRNA (151)
MIGSA (69)
mimager (61)
MIMOSA (89)
MineICA (78)
minet (591)
minfi (1933)
MinimumDistance (64)
MiPP (67)
MIRA (109)
MiRaGE (98)
miRBaseConverter (86)
miRcomp (64)
mirIntegrator (68)
miRLAB (80)
miRmine (60)
miRNAmeConverter (75)
miRNApath (82)
miRNAtap (131)
miRSM (37)
miRsponge (82)
miRspongeR (23)
Mirsynergy (68)
missMethyl (683)
missRows (55)
mitoODE (65)
mixOmics (1375)
MLInterfaces (407)
mlm4omics (30)
MLP (88)
MLSeq (182)
MMAPPR2 (5)
MMDiff (4)
MMDiff2 (66)
mmgmos (0)
mmnet (5)
MmPalateMiRNA (66)
MMUPHin (1)
mnem (17)
MODA (73)
Modstrings (20)
MOFA (44)
mogsa (78)
monocle (1726)
MoonlightR (74)
MoPS (65)
mosaics (111)
MOSim (1)
motifbreakR (91)
motifcounter (79)
MotifDb (329)
motifmatchr (288)
motifRG (119)
motifStack (443)
MotIV (457)
MPFE (63)
mpra (66)
MPRAnalyze (68)
mQTL.NMR (26)
msa (794)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (87)
MSGFgui (142)
MSGFplus (243)
msmsEDA (194)
msmsTests (157)
MSnbase (1587)
MSnID (218)
msPurity (121)
msQC (0)
MSstats (304)
MSstatsQC (73)
MSstatsQCgui (63)
MSstatsSampleSize (1)
MSstatsTMT (98)
mtbls2 (0)
MTseeker (35)
Mulcom (147)
MultiAssayExperiment (1049)
multiClust (111)
MultiDataSet (118)
multiHiCcompare (43)
MultiMed (67)
multiMiR (116)
multiOmicsViz (64)
multiscan (64)
multtest (6561)
muscat (4)
muscle (172)
MutationalPatterns (240)
MVCClass (68)
mvGST (8)
MWASTools (97)
mygene (357)
myvariant (95)
mzID (1466)
mzR (1715)

N

NADfinder (73)
NanoStringDiff (112)
NanoStringQCPro (100)
nanotatoR (17)
NarrowPeaks (78)
NBAMSeq (17)
NBSplice (68)
ncdfFlow (592)
ncGTW (2)
NCIgraph (72)
ndexr (104)
neaGUI (4)
NeighborNet (33)
nem (122)
netbenchmark (73)
netbiov (108)
netboost (16)
netboxr (0)
NetCRG (0)
nethet (75)
NetPathMiner (90)
netprioR (60)
netReg (71)
netresponse (76)
NetSAM (66)
netSmooth (65)
networkBMA (72)
NGScopy (68)
ngsReports (25)
nnNorm (65)
NOISeq (636)
nondetects (78)
normalize450K (60)
NormalyzerDE (62)
NormqPCR (281)
normr (80)
npGSEA (73)
NTW (63)
nucleoSim (63)
nucleR (92)
nucler (0)
nuCpos (33)
nudge (25)
NuPoP (73)

O

occugene (64)
OCplus (147)
odseq (63)
OGSA (63)
oligo (1660)
oligoClasses (1793)
OLIN (69)
OLINgui (65)
OmaDB (97)
omicade4 (99)
omiccircos (0)
OmicCircos (239)
omicplotR (92)
omicRexposome (91)
OmicsLonDA (23)
OmicsMarkeR (95)
OMICsPCA (38)
omicsPrint (71)
OmnipathR (1)
Onassis (70)
oncomix (63)
OncoScore (65)
OncoSimulR (76)
oneChannelGUI (12)
oneSENSE (84)
onlineFDR (34)
ontoCAT (12)
ontoProc (76)
ontoTools (1)
openCyto (333)
openPrimeR (92)
openPrimeRui (65)
OperaMate (6)
oposSOM (91)
oppar (65)
oppti (1)
OPWeight (98)
OrderedList (143)
ORFik (106)
Organism.dplyr (350)
OrganismDbi (2373)
OSAT (80)
Oscope (106)
OTUbase (71)
OutlierD (84)
OUTRIDER (84)
OVESEG (19)

P

PAA (86)
PADOG (236)
PAIRADISE (20)
paircompviz (72)
pairseqsim (0)
pamr (2)
PAN (0)
pandaR (87)
panelcn.mops (74)
PAnnBuilder (28)
panp (76)
PANR (84)
PanVizGenerator (71)
PAPi (108)
parglms (63)
parody (96)
PAST (20)
Path2PPI (79)
pathifier (222)
PathNet (75)
PathoStat (76)
pathprint (62)
pathRender (68)
pathVar (66)
pathview (3048)
pathwayPCA (29)
PathwaySplice (97)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (112)
Pbase (77)
pbcmc (24)
pcaExplorer (358)
pcaGoPromoter (111)
pcaMethods (2810)
PCAN (64)
PCAtools (79)
pcot2 (139)
PCpheno (70)
pcxn (61)
pdInfoBuilder (135)
pdmclass (9)
peakPantheR (1)
PECA (78)
PepsNMR (72)
pepStat (71)
pepXMLTab (75)
PERFect (1)
perturbatr (58)
PGA (77)
pgca (67)
PGSEA (240)
pgUtils (1)
phantasus (66)
PharmacoGx (161)
phemd (24)
phenoDist (25)
phenopath (95)
phenoTest (117)
PhenStat (83)
philr (128)
phosphonormalizer (65)
PhyloProfile (4)
phyloseq (3147)
Pi (75)
piano (323)
pickgene (64)
PICS (144)
Pigengene (118)
PING (65)
pint (66)
pipeFrame (19)
pkgDepTools (89)
plateCore (76)
plethy (66)
plgem (122)
plier (221)
plotGrouper (42)
PLPE (70)
plrs (65)
plw (66)
plyranges (223)
pmm (62)
podkat (69)
pogos (88)
polyester (144)
Polyfit (82)
POST (59)
PoTRA (16)
PowerExplorer (64)
powerTCR (61)
PPInfer (75)
ppiStats (84)
pqsfinder (93)
prada (307)
pram (18)
prebs (96)
PrecisionTrialDrawer (23)
PREDA (88)
predictionet (50)
preprocessCore (9730)
primirTSS (35)
PrInCE (22)
Prize (68)
proBAMr (99)
proBatch (24)
PROcess (157)
procoil (72)
ProCoNA (25)
proDA (3)
proFIA (71)
profileplyr (20)
profileScoreDist (58)
progeny (120)
projectR (25)
pRoloc (318)
pRolocGUI (86)
PROMISE (67)
PROPER (103)
PROPS (60)
Prostar (123)
prot2D (50)
proteinProfiles (64)
ProteomicsAnnotationHubData (66)
ProteoMM (69)
proteoQC (70)
ProtGenerics (5229)
PSEA (70)
psichomics (116)
PSICQUIC (95)
psygenet2r (69)
pulsedSilac (1)
puma (148)
PureCN (145)
pvac (69)
pvca (188)
Pviz (82)
PWMEnrich (117)
pwOmics (69)
pwrEWAS (2)
pxr (0)

Q

qckitfastq (19)
qcmetrics (110)
QDNAseq (211)
qpcrNorm (77)
qpgraph (153)
qPLEXanalyzer (52)
qrqc (166)
qsea (73)
qsmooth (23)
QSutils (44)
qtbase (0)
Qtlizer (2)
qtpaint (0)
QUALIFIER (106)
quantro (118)
quantsmooth (404)
QuartPAC (68)
QuasR (295)
QuaternaryProd (81)
QUBIC (113)
qusage (275)
qvalue (7173)

R

R3CPET (63)
r3Cseq (137)
R453Plus1Toolbox (72)
R4RNA (70)
RaggedExperiment (544)
rain (96)
rama (74)
ramigo (0)
RamiGO (43)
ramwas (76)
RandomWalkRestartMH (68)
randPack (72)
RankProd (389)
RareVariantVis (66)
Rariant (63)
RbcBook1 (81)
RBGL (7466)
RBioinf (82)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (156)
RBM (64)
Rbowtie (305)
Rbowtie2 (192)
rbsurv (101)
Rcade (89)
RCAS (74)
RCASPAR (72)
rcellminer (82)
rCGH (88)
Rchemcpp (112)
RchyOptimyx (73)
RcisTarget (320)
RCM (23)
RConferoMapping (0)
Rcpi (153)
Rcwl (27)
RcwlPipelines (19)
RCy3 (486)
RCyjs (77)
RCytoscape (36)
RDAVIDWebService (390)
Rdbi (2)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (76)
Rdisop (302)
RDRToolbox (163)
ReactomeGSA (1)
ReactomePA (1070)
readat (100)
ReadqPCR (284)
reb (63)
REBET (32)
recount (400)
recoup (94)
RedeR (158)
REDseq (128)
RefNet (64)
RefPlus (69)
regioneR (1210)
regionReport (150)
regsplice (93)
REMP (75)
Repitools (238)
ReportingTools (1068)
reposTools (1)
RepViz (17)
ReQON (66)
Resourcerer (1)
restfulSE (120)
rexposome (68)
rfcdmin (1)
rflowcyt (1)
rfPred (65)
rGADEM (554)
RGalaxy (72)
Rgin (61)
RGMQL (58)
RGraph2js (62)
Rgraphviz (6780)
rGREAT (185)
RGSEA (116)
rgsepd (102)
rhdf5 (8378)
rhdf5client (128)
Rhdf5lib (9513)
Rhisat2 (97)
Rhtslib (5813)
rHVDM (59)
RiboProfiling (95)
riboSeq (0)
riboSeqR (86)
RImmPort (66)
Ringo (273)
Rintact (1)
RIPSeeker (120)
Risa (69)
RITAN (81)
RIVER (66)
RJMCMCNucleosomes (66)
RLMM (66)
RMAGEML (1)
Rmagpie (70)
RMAPPER (1)
RMassBank (101)
rMAT (75)
rmelting (19)
RmiR (66)
rmir (0)
Rmmquant (62)
RNAdecay (56)
RNAinteract (95)
RNAither (94)
rnaither (0)
RNAmodR (6)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (4)
RNAmodR.ML (5)
RNAmodR.RiboMethSeq (5)
RNAprobR (64)
RNAsense (1)
rnaseqcomp (68)
RnaSeqGeneEdgeRQL (5)
rnaSeqMap (104)
RNASeqPower (158)
RNASeqR (42)
RnaSeqSampleSize (128)
RnBeads (282)
Rnits (69)
roar (81)
ROC (936)
Roleswitch (84)
Rolexa (3)
rols (306)
roma (0)
ROntoTools (98)
ropls (482)
ROTS (197)
RPA (90)
RProtoBufLib (496)
RpsiXML (96)
rpx (329)
Rqc (124)
rqt (63)
rqubic (110)
rRDP (99)
Rredland (1)
RRHO (91)
Rsamtools (14104)
rsbml (108)
rScudo (27)
RSeqAn (63)
rSFFreader (48)
RSNPper (1)
Rsubread (1330)
RSVSim (83)
rTANDEM (179)
RTCA (97)
RTCGA (573)
RTCGAToolbox (482)
RTN (161)
RTNduals (86)
RTNsurvival (83)
RTools4TB (1)
RTopper (70)
rtracklayer (13132)
Rtreemix (68)
rTRM (77)
rTRMui (62)
runibic (90)
Ruuid (1)
RUVcorr (78)
RUVnormalize (79)
RUVSeq (896)
RVS (92)
RWebServices (2)
rWikiPathways (157)

S

S4Vectors (26312)
safe (422)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (67)
SAGx (177)
SAIGEgds (1)
samExploreR (81)
sampleClassifier (89)
SamSPECTRAL (134)
sangerseqR (249)
SANTA (76)
sapFinder (69)
saps (2)
savR (93)
SBGNview (6)
sbgr (2)
SBMLR (77)
SC3 (547)
Scale4C (58)
scAlign (20)
SCAN.UPC (139)
SCANVIS (3)
scater (2213)
scBFA (3)
SCBN (37)
scDblFinder (1)
scDD (174)
scde (390)
scds (26)
scFeatureFilter (54)
scfind (120)
scGPS (4)
schex (2)
ScISI (87)
scmap (214)
scMerge (39)
scmeth (87)
SCnorm (216)
scone (197)
Sconify (95)
scoreInvHap (56)
scPCA (1)
scPipe (129)
scran (1424)
scRecover (23)
scruff (56)
scsR (63)
scTensor (37)
scTGIF (1)
SDAMS (91)
segmentSeq (132)
SELEX (74)
SemDist (62)
semisup (59)
SemSim (1)
SEPA (61)
SEPIRA (56)
seq2pathway (76)
SeqArray (443)
seqbias (81)
seqCAT (96)
seqCNA (75)
seqcombo (99)
SeqGSEA (224)
seqLogo (1219)
Seqnames (0)
seqPattern (339)
seqplots (165)
seqsetvis (88)
SeqSQC (62)
seqTools (118)
SeqVarTools (363)
sesame (656)
SEtools (1)
sevenbridges (111)
sevenC (61)
SGSeq (221)
SharedObject (2)
shinyMethyl (134)
shinyTANDEM (79)
ShortRead (4969)
shortread (0)
SIAMCAT (102)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (82)
SigCheck (71)
sigFeature (58)
SigFuge (63)
siggenes (1922)
sights (101)
signatureSearch (1)
signeR (104)
signet (63)
sigPathway (157)
SigsPack (3)
sigsquared (60)
SIM (68)
SIMAT (99)
SimBindProfiles (63)
SIMD (33)
similaRpeak (64)
SIMLR (127)
simpleaffy (719)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (66)
sincell (85)
SingleCellExperiment (3024)
singleCellTK (99)
SingleR (60)
singscore (305)
SISPA (67)
sitePath (15)
sizepower (80)
SJava (2)
skewr (60)
slalom (89)
SLGI (71)
slingshot (292)
slinky (64)
SLqPCR (82)
SMAD (23)
SMAP (67)
SMITE (101)
SNAData (0)
SNAGEE (63)
snapCGH (82)
snm (151)
snpAssoc (0)
SNPchip (241)
SNPediaR (68)
SNPhood (59)
snpMatrix (3)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (975)
snpStats (1262)
soGGi (133)
sojourner (1)
SomatiCA (5)
SomaticSignatures (209)
SpacePAC (74)
spade (14)
Spaniel (1)
sparseDOSSA (62)
sparsenetgls (39)
SparseSignatures (61)
SpatialCPie (17)
specL (71)
SpeCond (132)
SpectralTAD (19)
SPEM (88)
SPIA (519)
SpidermiR (123)
spikeLI (62)
spkTools (64)
splatter (295)
splicegear (64)
spliceR (42)
spliceSites (66)
SplicingGraphs (159)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (70)
SPLINTER (94)
splots (218)
SPONGE (64)
spotSegmentation (63)
SQLDataFrame (10)
SQUADD (61)
sRACIPE (16)
SRAdb (498)
sRAP (68)
SRGnet (59)
srnadiff (85)
sscore (66)
sscu (62)
sSeq (217)
ssize (105)
SSPA (345)
ssPATHS (1)
ssrch (27)
ssviz (97)
stageR (107)
stam (1)
STAN (100)
staRank (77)
StarBioTrek (65)
Starr (71)
STATegRa (73)
statTarget (133)
stepNorm (64)
stepwiseCM (5)
strandCheckR (33)
Streamer (86)
STRINGdb (489)
STROMA4 (89)
Structstrings (18)
StructuralVariantAnnotation (29)
SubCellBarCode (18)
subSeq (119)
SummarizedBenchmark (91)
SummarizedExperiment (17698)
supraHex (298)
survcomp (570)
survtype (17)
Sushi (313)
sva (4709)
SVAPLSseq (75)
SVM2CRM (57)
SWATH2stats (90)
SwathXtend (62)
swfdr (64)
SwimR (65)
switchBox (80)
switchde (102)
synapter (143)
synergyfinder (132)
synlet (89)
SynMut (15)
systemPipeR (978)
systemPipeRdata (0)

T

target (1)
TargetScore (76)
TargetSearch (98)
targetsearch (0)
TarSeqQC (70)
TCC (256)
TCGAbiolinks (1852)
TCGAbiolinksGUI (213)
TCGAutils (488)
TCseq (148)
TDARACNE (69)
tdaracne (0)
tenXplore (87)
TEQC (89)
ternarynet (64)
TFARM (56)
TFBSTools (526)
TFEA.ChIP (97)
TFHAZ (55)
TFutils (66)
tiger (0)
tigre (68)
tilingArray (106)
timecourse (93)
TimerQuant (0)
timescape (84)
TimeSeriesExperiment (77)
TIN (61)
TissueEnrich (98)
TitanCNA (125)
tkWidgets (554)
TMixClust (80)
TNBC.CMS (14)
TnT (66)
TOAST (8)
tofsims (86)
ToPASeq (108)
topconfects (29)
topdownr (65)
topGO (2521)
topicmodels (0)
TPP (123)
TPP2D (19)
tracktables (94)
trackViewer (261)
tradeSeq (1)
transcriptogramer (67)
transcriptR (101)
transite (58)
tRanslatome (67)
TransView (99)
traseR (62)
treeio (1669)
TreeSummarizedExperiment (16)
trena (54)
TReNA (3)
Trendy (88)
triform (64)
trigger (65)
trio (99)
triplex (68)
tRNA (40)
tRNAdbImport (32)
tRNAscanImport (55)
TRONCO (102)
TSCAN (198)
tspair (75)
TSRchitect (72)
TSSi (64)
TTMap (58)
TurboNorm (64)
TVTB (67)
tweeDEseq (122)
twilight (149)
twoddpcr (66)
tximeta (142)
tximport (2370)
TxRegInfra (79)
TypeInfo (63)

U

Ularcirc (40)
UNDO (69)
unifiedWMWqPCR (64)
UniProt.ws (289)
Uniquorn (87)
universalmotif (84)
uSORT (91)

V

VanillaICE (93)
variancePartition (233)
VariantAnnotation (6277)
VariantExperiment (3)
VariantFiltering (76)
VariantTools (118)
vbmp (99)
VCFArray (27)
Vega (69)
VegaMC (63)
VennDetail (20)
vidger (130)
viper (249)
virtualArray (9)
ViSEAGO (7)
vsn (3358)
vtpnet (56)
vulcan (59)

W

waddR (1)
wateRmelon (637)
wavClusteR (100)
waveTiling (62)
weaver (86)
webbioc (69)
widgetInvoke (1)
widgetTools (564)
wiggleplotr (111)
Wrench (193)

X

XBSeq (101)
XCIR (6)
xcms (1190)
XDE (66)
Xeva (17)
XINA (66)
xmapbridge (62)
xmapcore (1)
xps (80)
XVector (20134)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (70)
YAPSA (91)
yaqcaffy (89)
yarn (98)

Z

zFPKM (132)
zinbwave (629)
zlibbioc (21978)