Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-06-19 07:30:30 -0400 (Tue, 19 Jun 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (31033)
2BiocGenerics (24608)
3IRanges (21905)
4S4Vectors (21655)
5Biobase (20425)
6AnnotationDbi (18601)
7zlibbioc (16799)
8GenomicRanges (16143)
9limma (15367)
10XVector (14837)
11GenomeInfoDb (13915)
12Biostrings (13663)
13BiocParallel (13166)
14SummarizedExperiment (13120)
15annotate (10858)
16GenomicAlignments (10325)
17biomaRt (10240)
18rtracklayer (10012)
19Rsamtools (9729)
20genefilter (9709)
21DelayedArray (9634)
22GenomicFeatures (8790)
23graph (8715)
24edgeR (8176)
25preprocessCore (7547)
26DESeq2 (7420)
27geneplotter (7213)
28affy (5930)
29BSgenome (5853)
30affyio (5581)
31rhdf5 (5393)
32RBGL (5205)
33multtest (5160)
34Rgraphviz (5076)
35VariantAnnotation (4776)
36impute (4767)
37qvalue (4373)
38GEOquery (4118)
39AnnotationHub (4108)
40ShortRead (3986)
41ensembldb (3801)
42interactiveDisplayBase (3557)
43ProtGenerics (3556)
44GSEABase (3258)
45DNAcopy (3178)
46DESeq (3159)
47biovizBase (3077)
48sva (2889)
49AnnotationFilter (2696)
50KEGGREST (2675)
51vsn (2667)
52Gviz (2648)
53GOSemSim (2549)
54fgsea (2520)
55DOSE (2461)
56clusterProfiler (2450)
57Category (2313)
58AnnotationForge (2310)
59pcaMethods (2272)
60topGO (2171)
61ComplexHeatmap (2131)
62OrganismDbi (2107)
63phyloseq (2062)
64EBImage (2058)
65GOstats (2042)
66pathview (2006)
67BiocStyle (1999)
68KEGGgraph (1952)
69tximport (1879)
70illuminaio (1782)
71aroma.light (1760)
72biomformat (1731)
73Rsubread (1728)
74ggbio (1711)
75gcrma (1661)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (131)
a4Base (155)
a4Classif (125)
a4Core (173)
a4Preproc (166)
a4Reporting (127)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (115)
ABarray (124)
ABSSeq (129)
acde (108)
aCGH (193)
ACME (131)
ADaCGH2 (109)
adaptest (8)
adSplit (111)
affxparser (1313)
affy (5930)
affycomp (184)
AffyCompatible (117)
affyContam (113)
affycoretools (457)
affydata (0)
AffyExpress (119)
affyILM (106)
affyio (5581)
affylmGUI (173)
affyPara (115)
affypdnn (147)
affyPLM (1221)
affyqcreport (0)
affyQCReport (321)
AffyRNADegradation (109)
AffyTiling (15)
AGDEX (102)
Agi4x44PreProcess (7)
agilp (178)
AgiMicroRna (150)
agimicrorna (0)
AIMS (221)
ALDEx2 (176)
AllelicImbalance (117)
alpine (107)
alsace (105)
altcdfenvs (121)
AMOUNTAIN (97)
amplican (48)
ampliQueso (97)
AnalysisPageServer (98)
anamiR (98)
Anaquin (94)
AneuFinder (111)
ANF (42)
annaffy (517)
AnnBuilder (2)
annmap (85)
annotate (10858)
AnnotationDbi (18601)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (2696)
AnnotationForge (2310)
AnnotationFuncs (143)
AnnotationHub (4108)
AnnotationHubData (133)
annotationTools (152)
annotatr (168)
anota (112)
anota2seq (46)
antiProfiles (101)
apcluster (0)
apComplex (121)
apcomplex (0)
apeglm (188)
applera (1)
aroma.light (1760)
ArrayExpress (451)
ArrayExpressHTS (64)
arrayMagic (1)
arraymvout (0)
arrayMvout (100)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (132)
arrayQualityMetrics (457)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (158)
ArrayTV (103)
ARRmNormalization (102)
ASAFE (84)
ASEB (101)
ASGSCA (101)
ASICS (6)
asmn (2)
ASpli (123)
ASSET (105)
ASSIGN (102)
ATACseqQC (166)
AtlasRDF (74)
attract (101)
AUCell (89)

B

BaalChIP (90)
BAC (99)
bacon (107)
BADER (101)
BadRegionFinder (88)
BAGS (93)
ballgown (848)
bamsignals (178)
banocc (74)
basecallQC (83)
BaseSpaceR (122)
Basic4Cseq (106)
BASiCS (75)
BasicSTARRseq (89)
BatchQC (147)
BayesKnockdown (81)
BayesPeak (147)
baySeq (491)
BBCAnalyzer (93)
BCRANK (118)
bcSeq (13)
beachmat (656)
beadarray (626)
beadarraySNP (115)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (594)
BeadExplorer (1)
BEARscc (10)
BEAT (96)
BEclear (97)
betr (33)
bgafun (98)
BgeeDB (127)
BGmix (56)
bgx (95)
BHC (165)
BicARE (154)
BiFET (9)
BiGGR (110)
BigMatrix (0)
bigmelon (88)
bigmemoryExtras (88)
bim (0)
bioassayR (123)
biobase (0)
Biobase (20425)
biobroom (197)
bioCancer (98)
BiocCaseStudies (101)
BiocCheck (436)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (248)
BiocGenerics (24608)
biocGraph (203)
biocinstaller (1)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (31033)
biocLite (0)
BiocOncoTK (4)
Bioconductor (0)
BioCor (86)
BiocParallel (13166)
BiocSklearn (39)
BiocStyle (1999)
BiocVersion (4)
biocViews (815)
BiocWorkflowTools (105)
bioDist (293)
biomaRt (10240)
BioMedR (80)
biomformat (1731)
BioMVCClass (95)
biomvRCNS (96)
BioNet (299)
bionet (0)
BioNetStat (6)
BioQC (94)
BioSeqClass (113)
biosigner (100)
biostrings (0)
Biostrings (13663)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (94)
biotmle (84)
biovizBase (3077)
BiRewire (143)
birta (104)
birte (92)
BiSeq (180)
BitSeq (204)
blima (95)
BLMA (81)
bnbc (40)
BPRMeth (86)
BRAIN (191)
BrainStars (100)
branchpointer (75)
bridge (98)
BridgeDbR (115)
BrowserViz (87)
BrowserVizDemo (62)
BSgenome (5853)
bsseq (729)
BubbleTree (99)
BufferedMatrix (108)
BufferedMatrixMethods (103)
BUMHMM (76)
bumphunter (1597)
BUS (94)
BuxcoR (0)

C

CAFE (91)
CAGEfightR (7)
CAGEr (142)
CALIB (108)
CAMERA (422)
CAMTHC (0)
canceR (97)
cancerclass (99)
CancerInSilico (82)
CancerMutationAnalysis (107)
CancerSubtypes (148)
CAnD (89)
caOmicsV (87)
Cardinal (137)
casper (101)
CATALYST (90)
Category (2313)
categoryCompare (88)
CausalR (100)
cbaf (40)
ccfindR (5)
ccmap (100)
CCPROMISE (81)
ccrepe (106)
cellbaseR (78)
cellGrowth (100)
cellHTS (14)
cellHTS2 (228)
cellity (99)
CellMapper (87)
CellNOptR (145)
cellscape (91)
CellScore (9)
CellTrails (0)
cellTree (110)
CEMiTool (73)
CexoR (95)
CFAssay (96)
CGEN (113)
CGHbase (213)
CGHcall (194)
cghMCR (154)
CGHnormaliter (97)
CGHregions (115)
ChAMP (412)
CHARGE (9)
charm (112)
ChemmineOB (195)
ChemmineR (432)
chemminer (0)
ChIC (5)
Chicago (109)
chimera (137)
chimeraviz (111)
ChIPanalyser (40)
ChIPComp (100)
chipenrich (128)
ChIPexoQual (79)
ChIPpeakAnno (733)
ChIPQC (222)
ChIPseeker (747)
chipseq (441)
ChIPseqR (149)
ChIPSeqSpike (11)
ChIPsim (144)
ChIPXpress (75)
chopsticks (272)
chroGPS (96)
chromDraw (95)
ChromHeatMap (108)
ChromoViz (1)
chromPlot (107)
chromstaR (93)
chromswitch (42)
chromVAR (57)
CHRONOS (97)
CINdex (78)
cisPath (100)
ClassifyR (106)
cleanUpdTSeq (94)
cleaver (209)
clippda (104)
clipper (143)
Clomial (97)
Clonality (99)
clonotypeR (98)
clst (102)
clstutils (91)
clustComp (88)
clusterExperiment (169)
ClusterJudge (41)
clusterProfiler (2450)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (97)
clusterStab (143)
CMA (163)
cn.farms (98)
cn.mops (210)
CNAnorm (116)
cnanorm (0)
CNEr (347)
CNORdt (99)
CNORfeeder (96)
CNORfuzzy (97)
CNORode (119)
CNPBayes (89)
CNTools (257)
cnvGSA (95)
CNVPanelizer (104)
CNVrd2 (99)
CNVtools (112)
cnvtools (0)
cobindR (92)
CoCiteStats (100)
codelink (106)
CODEX (145)
coexnet (50)
CoGAPS (105)
cogena (133)
coGPS (91)
COHCAP (110)
coMET (123)
COMPASS (108)
compcodeR (107)
compEpiTools (114)
CompGO (106)
ComplexHeatmap (2131)
CONFESS (81)
ConsensusClusterPlus (1299)
consensusOV (48)
consensusSeekeR (91)
contiBAIT (83)
conumee (122)
convert (203)
copa (99)
COPDSexualDimorphism (2)
copynumber (243)
CopyNumber450k (9)
CopywriteR (134)
CoRegNet (116)
Cormotif (95)
CorMut (95)
coRNAi (57)
CORREP (96)
coseq (92)
cosmiq (101)
cosmo (5)
cosmoGUI (2)
COSNet (93)
CountClust (124)
covEB (77)
CoverageView (110)
covRNA (79)
cpvSNP (89)
cqn (196)
CRImage (124)
CRISPRseek (143)
crisprseekplus (87)
CrispRVariants (118)
crlmm (199)
crossmeta (102)
CSAR (151)
csaw (241)
CSSP (100)
ctc (340)
CTDquerier (9)
ctsGE (94)
cummeRbund (1054)
cummerbund (0)
customProDB (133)
CVE (94)
cycle (97)
cydar (93)
CytoDx (5)
cytofkit (296)
cytolib (214)
CytoML (96)

D

dada2 (674)
dagLogo (89)
daMA (94)
DaMiRseq (85)
DAPAR (130)
DART (101)
DASC (31)
DASiR (9)
DAVIDQuery (11)
DBChIP (132)
dcGSA (79)
DChIPRep (95)
ddCt (150)
ddgraph (80)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (9)
debrowser (129)
DECIPHER (504)
DEComplexDisease (10)
DeconRNASeq (123)
decontam (8)
DEDS (121)
DeepBlueR (106)
deepSNV (127)
DEFormats (192)
DEGraph (97)
DEGreport (136)
DEGseq (292)
DelayedArray (9634)
DelayedMatrixStats (232)
deltaGseg (90)
DeMAND (96)
DEP (63)
derfinder (324)
derfinderHelper (273)
derfinderPlot (131)
DEScan2 (6)
deseq (0)
DESeq (3159)
DESeq2 (7420)
DEsingle (8)
destiny (720)
DEsubs (103)
DEXSeq (685)
dexus (102)
DFP (93)
DiffBind (604)
diffcoexp (8)
diffcyt (8)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (89)
diffHic (128)
DiffLogo (93)
diffloop (105)
diffuStats (47)
diggit (90)
Director (80)
DirichletMultinomial (361)
discordant (77)
dks (90)
DMCHMM (41)
DMRcaller (98)
DMRcate (468)
DMRforPairs (94)
DMRScan (73)
dmrseq (9)
DNABarcodes (113)
DNAcopy (3178)
DNaseR (3)
DNAshapeR (105)
domainsignatures (92)
DominoEffect (9)
doppelgangR (85)
DOQTL (118)
Doscheda (38)
DOSE (2461)
drawProteins (14)
DRIMSeq (130)
DriverNet (109)
DropletUtils (36)
DrugVsDisease (94)
dSimer (80)
DSS (532)
DTA (90)
dualKS (91)
DupChecker (88)
dupRadar (982)
dyebias (97)
DynDoc (579)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (147)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (200)
EBarrays (169)
EBcoexpress (97)
EBImage (2058)
EBSEA (80)
EBSeq (532)
EBSeqHMM (116)
ecolitk (97)
EDASeq (1438)
edd (2)
EDDA (97)
edge (141)
edger (0)
edgeR (8176)
eegc (84)
EGAD (96)
EGSEA (187)
eiR (61)
eisa (117)
ELBOW (86)
ELMER (255)
EMDomics (92)
EmpiricalBrownsMethod (101)
ENCODExplorer (113)
ENmix (134)
EnrichedHeatmap (160)
EnrichmentBrowser (230)
enrichplot (195)
ensembldb (3801)
ensemblVEP (142)
ENVISIONQuery (87)
EpiCluster (0)
EpiDISH (51)
epigenomix (103)
epiNEM (72)
epivizr (128)
epivizrChart (42)
epivizrData (117)
epivizrServer (113)
epivizrStandalone (96)
erccdashboard (119)
erma (199)
esATAC (81)
esetVis (86)
eudysbiome (81)
EventPointer (84)
EWCE (42)
ExiMiR (97)
exomeCopy (266)
exomecopy (0)
exomePeak (129)
exonfindR (0)
exonmap (6)
ExperimentHub (216)
ExperimentHubData (87)
explorase (81)
ExpressionAtlas (101)
ExpressionView (91)
exprExternal (1)
externalVector (2)

F

fabia (182)
facopy (86)
factDesign (103)
FamAgg (91)
farms (108)
fastLiquidAssociation (88)
FastqCleaner (1)
fastseg (351)
fbat (1)
fCCAC (78)
fCI (86)
fdrame (96)
FELLA (7)
FEM (315)
ffpe (108)
FGNet (162)
fgsea (2520)
FindMyFriends (114)
FISHalyseR (87)
FitHiC (105)
flagme (94)
flipflop (103)
flowAI (130)
flowBeads (88)
flowBin (86)
flowcatchR (89)
flowCHIC (87)
flowCL (136)
flowClean (127)
flowClust (296)
flowCore (1241)
flowCyBar (91)
flowDensity (144)
flowFit (93)
flowFlowJo (6)
flowFP (112)
flowMap (92)
flowMatch (91)
flowMeans (197)
flowMerge (136)
flowPeaks (142)
flowPhyto (3)
flowPloidy (86)
flowPlots (93)
flowq (0)
flowQ (121)
flowQB (91)
FlowRepositoryR (93)
FlowSOM (359)
flowStats (320)
flowTime (68)
flowTrans (115)
flowType (115)
flowUtils (401)
flowViz (572)
flowVS (93)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (531)
fmcsR (187)
focalCall (88)
FourCSeq (106)
FRGEpistasis (94)
frma (238)
frmaTools (110)
FunChIP (77)
FunciSNP (106)
funtooNorm (68)

G

GA4GHclient (75)
GA4GHshiny (48)
gaga (102)
gage (916)
gaggle (88)
gaia (171)
GAprediction (75)
garfield (78)
GARS (6)
GateFinder (6)
gaucho (82)
gcapc (79)
gcatest (83)
gCMAP (74)
gCMAPWeb (57)
gCrisprTools (81)
gcrma (1661)
GDCRNATools (23)
GDSArray (6)
gdsfmt (828)
geecc (81)
GEM (83)
genArise (99)
genbankr (140)
GENE.E (55)
gene2pathway (3)
GeneAnswers (158)
geneAttribution (77)
GeneBreak (84)
geneClassifiers (69)
GeneExpressionSignature (100)
genefilter (9709)
genefu (228)
GeneGA (75)
GeneGeneInteR (86)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (128)
GeneNetworkBuilder (103)
GeneOverlap (159)
geneplast (80)
geneplotter (7213)
GeneR (3)
geneRecommender (93)
GeneRegionScan (88)
GeneRfold (2)
geneRxCluster (81)
GeneSelectMMD (99)
GeneSelector (130)
GENESIS (156)
GeneSpring (2)
GeneStructureTools (7)
geNetClassifier (124)
GeneticsBase (1)
GeneticsDesign (116)
GeneticsPed (150)
GeneTraffic (2)
GeneTS (1)
geneXtendeR (85)
GENIE3 (133)
genoCN (92)
GenoGAM (88)
genomation (309)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (247)
GenomeInfoDb (13915)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (348)
genomeintervals (0)
genomes (114)
GenomicAlignments (10325)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (173)
GenomicFeatures (8790)
GenomicFiles (599)
GenomicInteractions (158)
GenomicRanges (16143)
GenomicScores (209)
GenomicTuples (93)
Genominator (107)
genoset (222)
genotypeeval (87)
GenoView (6)
genphen (75)
GenRank (82)
GenVisR (279)
GEOmetadb (252)
GEOquery (4118)
GEOsearch (67)
GEOsubmission (94)
gep2pep (11)
gespeR (102)
GEWIST (83)
gff3Plotter (1)
GGBase (150)
ggbio (1711)
ggcyto (296)
GGtools (139)
ggtree (1146)
GIGSEA (1)
girafe (143)
GISPA (67)
GLAD (207)
Glimma (594)
GlobalAncova (190)
globalSeq (83)
globaltest (545)
gmapR (89)
GMRP (70)
goCluster (1)
GOexpress (153)
GOfuncR (11)
GOFunction (110)
GoogleGenomics (96)
GOpro (87)
goProfiles (146)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2549)
goseq (927)
GOSim (140)
goSTAG (75)
gostats (0)
GOstats (2042)
GOsummaries (139)
GOTHiC (114)
goTools (131)
gotools (0)
gpls (183)
gprege (84)
gQTLBase (202)
gQTLstats (205)
graph (8715)
GraphAlignment (100)
GraphAT (89)
graphite (788)
GraphPAC (100)
GRENITS (92)
GreyListChIP (92)
GRmetrics (114)
groHMM (104)
GRridge (71)
GSALightning (77)
GSAR (159)
GSCA (89)
GSEABase (3258)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (13)
GSEAlm (149)
gsean (10)
GSReg (87)
GSRI (88)
GSVA (562)
gtrellis (126)
GUIDEseq (94)
Guitar (98)
Gviz (2648)
gwascat (198)
GWASTools (312)
gwasurvivr (0)

H

h5vc (98)
hapFabia (97)
Harman (89)
Harshlight (92)
harshlight (0)
HCsnip (78)
HDF5Array (1182)
HDTD (83)
heatmaps (116)
Heatplus (646)
HelloRanges (97)
HELP (95)
HEM (90)
hexbin (6)
hiAnnotator (102)
HIBAG (110)
HiCcompare (47)
hicrep (81)
hierGWAS (85)
HilbertCurve (127)
HilbertVis (308)
HilbertVisGUI (79)
hipathia (6)
hiReadsProcessor (70)
HiTC (214)
hmdbQuery (11)
HMMcopy (158)
hopach (221)
hpar (225)
HTqPCR (216)
HTSanalyzeR (153)
HTSeqGenie (64)
htseqtools (0)
htSeqTools (159)
HTSFilter (169)
HybridMTest (94)
hyperdraw (122)
hypergraph (157)

I

iASeq (86)
iasva (1)
iBBiG (142)
ibh (86)
iBMQ (80)
iCARE (82)
Icens (315)
icetea (0)
iCheck (92)
iChip (86)
iClusterPlus (150)
iCNV (7)
iCOBRA (89)
ideal (84)
ideogram (0)
IdeoViz (122)
idiogram (89)
IdMappingAnalysis (82)
IdMappingRetrieval (83)
iFlow (3)
iGC (82)
igvR (5)
IHW (426)
illuminaio (1782)
imageHTS (101)
IMAS (72)
Imetagene (80)
IMMAN (6)
ImmuneSpaceR (90)
immunoClust (87)
IMPCdata (78)
ImpulseDE (84)
ImpulseDE2 (81)
impute (4767)
InPAS (83)
INPower (82)
inSilicoDb (34)
inSilicoMerging (32)
insilicomerging (0)
INSPEcT (91)
InTAD (6)
intansv (103)
InteractionSet (199)
interactiveDisplay (268)
interactiveDisplayBase (3557)
IntEREst (73)
InterMineR (43)
IntramiRExploreR (38)
inversion (0)
inveRsion (85)
IONiseR (117)
iontree (89)
iPAC (106)
IPO (147)
IPPD (163)
IRanges (21905)
IrisSpatialFeatures (34)
iSEE (12)
iSeq (91)
iSNetwork (1)
isobar (190)
IsoformSwitchAnalyzeR (77)
IsoGeneGUI (89)
ISoLDE (77)
isomiRs (88)
iSPlot (1)
ITALICS (90)
iterativeBMA (95)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (89)
iterClust (41)
iteremoval (11)
IVAS (85)
ivygapSE (34)
IWTomics (66)

J

JASPAR2018 (61)
jmosaics (10)
joda (89)
JunctionSeq (137)

K

karyoploteR (220)
KCsmart (86)
kebabs (156)
KEGGgraph (1952)
KEGGlincs (85)
keggorth (1)
keggorthology (123)
KEGGprofile (196)
KEGGREST (2675)
KEGGSOAP (5)
kimod (80)
kissDE (10)

L

lapmix (88)
LBE (139)
ldblock (185)
LEA (266)
LedPred (80)
les (91)
lfa (205)
limma (15367)
limmaGUI (147)
LINC (82)
LineagePulse (12)
Linnorm (121)
LiquidAssociation (89)
lmdme (95)
LMGene (104)
LOBSTAHS (93)
loci2path (13)
logicFS (223)
logitT (89)
Logolas (109)
lol (85)
LOLA (148)
LowMACA (84)
LPE (110)
LPEadj (88)
lpNet (85)
lpsymphony (482)
lumi (898)
LVSmiRNA (92)
LymphoSeq (90)

M

M3C (35)
M3D (87)
M3Drop (173)
maanova (118)
macat (90)
maCorrPlot (93)
MACPET (8)
maDB (2)
madb (0)
made4 (351)
MADSEQ (79)
maftools (568)
MAGeCKFlute (11)
maigesPack (95)
MAIT (119)
makecdfenv (222)
makePlatformDesign (2)
MANOR (91)
manta (90)
MantelCorr (88)
mAPKL (81)
maPredictDSC (88)
mapscape (69)
marray (1176)
martini (6)
maser (1)
maSigPro (277)
maskBAD (87)
MassArray (95)
massarray (0)
massiR (86)
MassSpecWavelet (781)
MAST (412)
matchBox (83)
matchprobes (2)
Matrix (0)
MatrixRider (85)
matter (119)
MaxContrastProjection (67)
MBAmethyl (76)
MBASED (92)
MBCB (91)
mBPCR (90)
MBttest (68)
mcaGUI (91)
MCbiclust (76)
MCRestimate (92)
mCSEA (9)
mdgsa (96)
mdp (6)
mdqc (96)
MDTS (6)
MEAL (85)
MeasurementError.cor (88)
MEDIPS (156)
MEDME (87)
MEIGOR (101)
mergemaid (0)
MergeMaid (136)
Mergeomics (83)
MeSHDbi (172)
meshes (91)
meshr (126)
MeSHSim (43)
messina (80)
metaArray (123)
metaarray (0)
Metab (101)
metabomxtr (93)
MetaboSignal (84)
metaCCA (86)
MetaCyto (38)
metagene (115)
metagenomeFeatures (91)
metagenomeSeq (568)
MetaGxOvarian (6)
metahdep (86)
metaMS (111)
MetaNeighbor (9)
metaR (0)
metaSeq (96)
metaseqR (112)
metavizr (82)
metaX (9)
MetCirc (82)
methimpute (36)
methInheritSim (44)
MethPed (74)
MethTargetedNGS (79)
methVisual (93)
methyAnalysis (173)
MethylAid (101)
methylInheritance (70)
methylKit (370)
MethylMix (113)
methylMnM (83)
methylPipe (125)
MethylSeekR (105)
methylumi (1009)
methyvim (39)
mfa (47)
Mfuzz (300)
mfuzz (0)
MGFM (84)
MGFR (76)
mgsa (107)
MiChip (86)
microbiome (150)
microRNA (177)
MIGSA (76)
mimager (66)
MIMOSA (89)
MineICA (92)
minet (776)
minfi (1544)
MinimumDistance (86)
MiPP (91)
MIRA (40)
MiRaGE (90)
miRBaseConverter (47)
miRcomp (79)
mirIntegrator (85)
miRLAB (98)
miRmine (34)
miRNAmeConverter (87)
miRNApath (108)
miRNAtap (135)
miRsponge (39)
Mirsynergy (91)
missMethyl (481)
missRows (5)
mitoODE (79)
MLInterfaces (339)
MLP (105)
MLSeq (125)
MMDiff (11)
MMDiff2 (80)
mmgmos (1)
mmnet (45)
MmPalateMiRNA (91)
MODA (84)
mogsa (93)
monocle (908)
MoonlightR (85)
MoPS (82)
mosaics (156)
motifbreakR (109)
motifcounter (69)
MotifDb (312)
motifmatchr (61)
motifRG (125)
motifStack (403)
MotIV (372)
MPFE (79)
mpra (40)
mQTL.NMR (94)
msa (686)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (66)
MSGFgui (159)
MSGFplus (193)
msmsEDA (183)
msmsTests (177)
MSnbase (1165)
MSnID (181)
msPurity (84)
msQC (0)
MSstats (264)
MSstatsQC (42)
MSstatsQCgui (5)
mtbls2 (0)
Mulcom (136)
MultiAssayExperiment (419)
multiClust (123)
MultiDataSet (108)
MultiMed (80)
multiMiR (62)
multiOmicsViz (71)
multiscan (86)
multtest (5160)
muscle (174)
MutationalPatterns (155)
MVCClass (91)
mvGST (82)
MWASTools (89)
mygene (353)
myvariant (102)
mzID (1028)
mzR (1296)

N

NADfinder (67)
NanoStringDiff (117)
NanoStringQCPro (110)
NarrowPeaks (89)
ncdfFlow (459)
NCIgraph (102)
ndexr (46)
neaGUI (16)
nem (155)
netbenchmark (94)
netbiov (109)
NetCRG (0)
nethet (86)
NetPathMiner (108)
netprioR (73)
netReg (69)
netresponse (95)
NetSAM (84)
netSmooth (6)
networkBMA (94)
NGScopy (84)
nnNorm (91)
NOISeq (512)
nondetects (95)
normalize450K (75)
NormqPCR (262)
normr (82)
npGSEA (96)
NTW (83)
nucleoSim (81)
nucleR (102)
nucler (0)
nudge (85)
NuPoP (91)

O

occugene (83)
OCplus (146)
odseq (76)
OGSA (78)
oligo (1418)
oligoClasses (1461)
OLIN (95)
OLINgui (89)
OmaDB (3)
omicade4 (110)
omiccircos (0)
OmicCircos (271)
omicplotR (7)
omicRexposome (25)
OmicsMarkeR (103)
omicsPrint (10)
Onassis (31)
oncomix (36)
OncoScore (93)
OncoSimulR (98)
oneChannelGUI (91)
oneSENSE (38)
onlineFDR (0)
ontoCAT (101)
ontoProc (35)
ontoTools (2)
openCyto (228)
openPrimeR (43)
openPrimeRui (34)
OperaMate (67)
oposSOM (104)
oppar (73)
OPWeight (47)
OrderedList (253)
ORFik (6)
Organism.dplyr (148)
OrganismDbi (2107)
OSAT (98)
Oscope (92)
OTUbase (92)
OutlierD (103)

P

PAA (107)
PADOG (187)
paircompviz (91)
pairseqsim (1)
pamr (4)
PAN (0)
pandaR (98)
panelcn.mops (39)
PAnnBuilder (105)
panp (110)
PANR (88)
PanVizGenerator (83)
PAPi (101)
parglms (77)
parody (157)
Path2PPI (95)
pathifier (221)
PathNet (106)
PathoStat (101)
pathprint (66)
pathRender (91)
pathVar (80)
pathview (2006)
PathwaySplice (39)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (137)
Pbase (102)
pbcmc (81)
pcaExplorer (238)
pcaGoPromoter (140)
pcaMethods (2272)
PCAN (77)
pcot2 (129)
PCpheno (88)
pcxn (36)
pdInfoBuilder (175)
pdmclass (67)
PECA (93)
pepStat (89)
pepXMLTab (91)
perturbatr (7)
PGA (93)
pgca (66)
PGSEA (212)
pgUtils (2)
phantasus (7)
PharmacoGx (129)
phenoDist (85)
phenopath (48)
phenoTest (124)
PhenStat (88)
philr (92)
phosphonormalizer (72)
phyloseq (2062)
Pi (85)
piano (346)
pickgene (90)
PICS (146)
Pigengene (85)
PING (90)
pint (92)
pkgDepTools (118)
plateCore (94)
plethy (82)
plgem (100)
plier (226)
PLPE (89)
plrs (83)
plw (84)
plyranges (8)
pmm (76)
podkat (86)
pogos (9)
polyester (154)
Polyfit (83)
POST (63)
PowerExplorer (7)
powerTCR (8)
PPInfer (79)
ppiStats (98)
pqsfinder (88)
prada (259)
prebs (86)
PREDA (94)
predictionet (53)
preprocessCore (7547)
Prize (80)
proBAMr (95)
PROcess (183)
procoil (91)
ProCoNA (85)
proFIA (85)
profileScoreDist (71)
progeny (43)
pRoloc (238)
pRolocGUI (101)
PROMISE (86)
PROPER (105)
PROPS (35)
Prostar (113)
prot2D (88)
proteinProfiles (83)
ProteomicsAnnotationHubData (85)
proteoQC (100)
ProtGenerics (3556)
PSEA (85)
psichomics (95)
PSICQUIC (111)
psygenet2r (96)
puma (146)
PureCN (123)
pvac (94)
pvca (152)
Pviz (100)
PWMEnrich (140)
pwOmics (88)
pxr (0)

Q

qcmetrics (94)
QDNAseq (174)
qpcrNorm (98)
qpgraph (206)
qrqc (170)
qsea (82)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (98)
quantro (117)
quantsmooth (348)
QuartPAC (83)
QuasR (292)
QuaternaryProd (76)
QUBIC (117)
qusage (174)
qvalue (4373)

R

R3CPET (79)
r3Cseq (138)
R453Plus1Toolbox (90)
R4RNA (85)
RaggedExperiment (260)
rain (103)
rama (95)
ramigo (0)
RamiGO (129)
ramwas (73)
RandomWalkRestartMH (5)
randPack (88)
RankProd (393)
RareVariantVis (81)
Rariant (88)
RbcBook1 (102)
RBGL (5205)
RBioinf (94)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (166)
RBM (76)
Rbowtie (299)
Rbowtie2 (80)
rbsurv (107)
Rcade (95)
RCAS (86)
RCASPAR (85)
rcellminer (102)
rCGH (102)
Rchemcpp (97)
RchyOptimyx (100)
RcisTarget (16)
RConferoMapping (0)
Rcpi (133)
RCy3 (187)
RCyjs (83)
RCytoscape (263)
RDAVIDWebService (375)
Rdbi (2)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (89)
Rdisop (266)
RDRToolbox (187)
ReactomePA (682)
readat (95)
ReadqPCR (274)
reb (84)
recount (247)
recoup (80)
RedeR (179)
REDseq (129)
RefNet (83)
RefPlus (90)
regioneR (764)
regionReport (162)
regsplice (79)
REMP (86)
Repitools (264)
ReportingTools (787)
reposTools (1)
ReQON (83)
Resourcerer (3)
restfulSE (42)
rexposome (38)
rfcdmin (0)
rflowcyt (2)
rfPred (87)
rGADEM (447)
RGalaxy (94)
Rgin (6)
RGMQL (11)
RGraph2js (75)
Rgraphviz (5076)
rGREAT (135)
RGSEA (112)
rgsepd (84)
rhdf5 (5393)
rhdf5client (45)
Rhdf5lib (1121)
Rhtslib (593)
rHVDM (81)
RiboProfiling (111)
riboSeq (0)
riboSeqR (102)
RImmPort (84)
Ringo (297)
Rintact (1)
RIPSeeker (145)
Risa (100)
RITAN (67)
RIVER (74)
RJMCMCNucleosomes (72)
RLMM (87)
RMAGEML (1)
Rmagpie (87)
RMAPPER (3)
RMassBank (116)
rMAT (77)
RmiR (87)
rmir (0)
Rmmquant (0)
RNAdecay (4)
RNAinteract (87)
RNAither (90)
rnaither (0)
RNAprobR (81)
rnaseqcomp (86)
RnaSeqGeneEdgeRQL (94)
rnaSeqMap (94)
RNASeqPower (167)
RnaSeqSampleSize (113)
RnBeads (253)
Rnits (88)
roar (102)
ROC (741)
Roleswitch (107)
Rolexa (10)
rols (215)
roma (4)
ROntoTools (109)
ropls (307)
ROTS (151)
RPA (125)
RProtoBufLib (235)
RpsiXML (111)
rpx (302)
Rqc (128)
rqt (71)
rqubic (134)
rRDP (83)
Rredland (1)
RRHO (105)
Rsamtools (9729)
rsbml (134)
RSeqAn (4)
rSFFreader (56)
RSNPper (1)
Rsubread (1728)
RSVSim (95)
rTANDEM (201)
RTCA (95)
RTCGA (384)
RTCGAToolbox (364)
RTN (135)
RTNduals (71)
RTNsurvival (42)
RTools4TB (2)
RTopper (90)
rtracklayer (10012)
Rtreemix (90)
rTRM (95)
rTRMui (86)
runibic (44)
Ruuid (2)
RUVcorr (92)
RUVnormalize (103)
RUVSeq (515)
RVS (37)
RWebServices (5)
rWikiPathways (8)

S

S4Vectors (21655)
safe (323)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (86)
SAGx (163)
samExploreR (59)
sampleClassifier (69)
SamSPECTRAL (126)
sangerseqR (241)
SANTA (93)
sapFinder (82)
saps (6)
savR (98)
sbgr (4)
SBMLR (106)
SC3 (472)
Scale4C (37)
SCAN.UPC (136)
scater (1395)
scDD (125)
scde (366)
scFeatureFilter (9)
scfind (58)
ScISI (100)
scmap (81)
scmeth (6)
SCnorm (95)
scone (141)
Sconify (6)
scoreInvHap (38)
scPipe (49)
scran (893)
scsR (78)
SDAMS (5)
segmentSeq (136)
SELEX (84)
SemDist (80)
semisup (70)
SemSim (2)
SEPA (81)
SEPIRA (6)
seq2pathway (92)
SeqArray (208)
seqbias (99)
seqCAT (34)
seqCNA (93)
seqcombo (42)
SeqGSEA (192)
seqLogo (919)
Seqnames (0)
seqPattern (295)
seqplots (155)
seqsetvis (6)
SeqSQC (35)
seqTools (107)
SeqVarTools (167)
sesame (0)
sevenbridges (108)
sevenC (5)
SGSeq (145)
shinyMethyl (154)
shinyTANDEM (93)
ShortRead (3986)
shortread (0)
SIAMCAT (5)
SICtools (47)
sidap (0)
sigaR (99)
SigCheck (82)
sigFeature (1)
SigFuge (83)
siggenes (1619)
sights (75)
signeR (107)
signet (13)
sigPathway (161)
sigsquared (78)
SIM (87)
SIMAT (89)
SimBindProfiles (81)
similaRpeak (85)
SIMLR (188)
simpleaffy (801)
simulatorAPMS (2)
simulatorZ (82)
sincell (111)
SingleCellExperiment (743)
singleCellTK (7)
singscore (6)
SISPA (77)
sizepower (107)
SJava (5)
skewr (75)
slalom (44)
SLGI (90)
slingshot (0)
SLqPCR (104)
SMAP (83)
SMITE (91)
SNAData (1)
SNAGEE (85)
snapCGH (107)
snm (159)
snpAssoc (0)
SNPchip (244)
SNPediaR (88)
SNPhood (88)
snpMatrix (8)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (693)
snpStats (895)
soGGi (91)
SomatiCA (15)
SomaticSignatures (235)
SpacePAC (88)
spade (31)
sparseDOSSA (67)
SparseSignatures (6)
specL (94)
SpeCond (127)
SPEM (90)
SPIA (430)
SpidermiR (119)
spikeLI (82)
spkTools (89)
splatter (157)
splicegear (87)
spliceR (156)
spliceSites (87)
SplicingGraphs (133)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (80)
SPLINTER (78)
splots (223)
SPONGE (35)
spotSegmentation (92)
SQUADD (82)
SRAdb (534)
sRAP (86)
SRGnet (71)
srnadiff (9)
sscore (91)
sscu (76)
sSeq (112)
ssize (126)
SSPA (216)
ssviz (86)
stageR (38)
stam (1)
STAN (94)
staRank (84)
StarBioTrek (79)
Starr (94)
STATegRa (95)
statTarget (124)
stepNorm (90)
stepwiseCM (45)
Streamer (86)
STRINGdb (407)
STROMA4 (68)
subSeq (98)
SummarizedBenchmark (7)
SummarizedExperiment (13120)
supraHex (474)
survcomp (455)
Sushi (256)
sva (2889)
SVAPLSseq (74)
SVM2CRM (75)
SWATH2stats (103)
SwathXtend (75)
swfdr (65)
SwimR (78)
switchBox (96)
switchde (83)
synapter (170)
synergyfinder (114)
synlet (73)
systemPipeR (687)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (94)
TargetSearch (90)
targetsearch (0)
TarSeqQC (91)
TCC (200)
TCGAbiolinks (1064)
TCGAbiolinksGUI (161)
TCGAutils (6)
TCseq (83)
TDARACNE (91)
tdaracne (0)
tenXplore (34)
TEQC (117)
ternarynet (80)
TFARM (35)
TFBSTools (377)
TFEA.ChIP (10)
TFHAZ (35)
TFutils (6)
tiger (0)
tigre (94)
tilingArray (133)
timecourse (123)
TimerQuant (0)
timescape (70)
TIN (78)
TissueEnrich (6)
TitanCNA (114)
tkWidgets (555)
TMixClust (47)
TnT (41)
tofsims (82)
ToPASeq (59)
topdownr (38)
topGO (2171)
topicmodels (0)
TPP (103)
tracktables (89)
trackViewer (208)
transcriptogramer (36)
transcriptR (80)
tRanslatome (86)
TransView (88)
traseR (83)
treeio (802)
trena (31)
TReNA (27)
Trendy (11)
triform (80)
trigger (84)
trio (110)
triplex (90)
tRNAscanImport (5)
TRONCO (117)
TSCAN (192)
tspair (104)
TSRchitect (76)
TSSi (87)
TTMap (7)
TurboNorm (84)
TVTB (76)
tweeDEseq (115)
twilight (248)
twoddpcr (74)
tximport (1879)
TxRegInfra (4)
TypeInfo (83)

U

Ularcirc (1)
UNDO (83)
unifiedWMWqPCR (81)
UniProt.ws (241)
Uniquorn (74)
uSORT (74)

V

VanillaICE (122)
variancePartition (137)
VariantAnnotation (4776)
VariantFiltering (129)
VariantTools (128)
vbmp (140)
Vega (84)
VegaMC (81)
vidger (7)
viper (157)
virtualArray (14)
vsn (2667)
vtpnet (78)
vulcan (35)

W

wateRmelon (518)
wavClusteR (91)
waveTiling (85)
weaver (113)
webbioc (94)
widgetInvoke (1)
widgetTools (567)
wiggleplotr (77)

X

XBSeq (92)
xcms (968)
XDE (82)
xmapbridge (84)
xmapcore (2)
xps (96)
XVector (14837)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (88)
YAPSA (85)
yaqcaffy (116)
yarn (89)

Z

zFPKM (45)
zinbwave (127)
zlibbioc (16799)