Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2016-05-27 08:32:58 -0700 (Fri, 27 May 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (24266)
2IRanges (17405)
3BiocGenerics (17335)
4S4Vectors (15360)
5Biobase (14504)
6AnnotationDbi (13776)
7GenomeInfoDb (12335)
8zlibbioc (11605)
9Biostrings (10947)
10GenomicRanges (10328)
11limma (10241)
12XVector (9785)
13BiocParallel (8846)
14rtracklayer (7630)
15annotate (7401)
16Rsamtools (7304)
17biomaRt (7167)
18genefilter (7040)
19GenomicFeatures (7018)
20GenomicAlignments (6757)
21graph (6248)
22preprocessCore (5556)
23edgeR (5012)
24BSgenome (4861)
25affy (4676)
26DESeq2 (4669)
27geneplotter (4565)
28affyio (4260)
29SummarizedExperiment (4152)
30VariantAnnotation (3757)
31RBGL (3704)
32Rgraphviz (3697)
33multtest (3606)
34impute (3027)
35DESeq (2868)
36GEOquery (2841)
37biovizBase (2670)
38qvalue (2616)
39Gviz (2527)
40rhdf5 (2347)
41GSEABase (2147)
42ShortRead (2032)
43AnnotationForge (1902)
44Category (1885)
45gcrma (1773)
46vsn (1704)
47KEGGREST (1645)
48GOstats (1638)
49illuminaio (1544)
50siggenes (1525)
51cummeRbund (1494)
52OrganismDbi (1482)
53DNAcopy (1457)
54ggbio (1444)
55minfi (1403)
56sva (1378)
57oligo (1361)
58oligoClasses (1360)
59topGO (1351)
60EBImage (1305)
61affxparser (1287)
62affyPLM (1285)
63bumphunter (1249)
64marray (1153)
65pcaMethods (1141)
66AnnotationHub (1084)
67lumi (1078)
68KEGGgraph (1038)
69mzR (1023)
70methylumi (976)
71interactiveDisplayBase (945)
72DEXSeq (942)
73simpleaffy (933)
74BiocStyle (931)
75genomeIntervals (898)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (177)
a4Base (194)
a4Classif (169)
a4Core (201)
a4Preproc (200)
a4Reporting (174)
ABAData (1)
ABAEnrichment (56)
ABAFuncData (1)
ABarray (172)
ABSSeq (141)
acde (54)
acepack (0)
aCGH (255)
ACME (176)
ADaCGH2 (155)
adSplit (152)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1287)
affy (4676)
affycomp (237)
AffyCompatible (174)
affyContam (158)
affycoretools (464)
affydata (2)
AffyExpress (170)
affyILM (149)
affyio (4260)
affylmGUI (268)
affyPara (156)
affypdnn (204)
affyPLM (1285)
affyQCReport (438)
AffyRNADegradation (147)
AffyTiling (152)
AGDEX (141)
Agi4x44PreProcess (36)
agilp (232)
AgiMicroRna (198)
AIMS (160)
ALDEx2 (133)
AllelicImbalance (168)
alsace (124)
altcdfenvs (169)
ampliQueso (125)
AnalysisPageServer (109)
AneuFinder (2)
AneuFinderData (1)
annaffy (704)
AnnBuilder (6)
annmap (101)
annotate (7401)
annotation (23)
AnnotationDbi (13776)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1902)
AnnotationFuncs (175)
AnnotationHub (1084)
AnnotationHubData (59)
Annotations (0)
annotationTools (220)
anota (156)
antiProfiles (128)
apcluster (0)
apComplex (175)
applera (2)
aroma.light (764)
ArrayExpress (498)
ArrayExpressHTS (78)
arrayMagic (5)
arraymvout (0)
arrayMvout (144)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (191)
arrayQualityMetrics (494)
arrays (38)
ArrayTools (212)
ArrayTV (134)
ARRmNormalization (131)
ASEB (145)
ASGSCA (120)
AshkenazimSonChr21 (1)
asmn (22)
ASSET (134)
ASSIGN (131)
AtlasRDF (127)
attract (139)

B

BAC (145)
bacon (1)
BADER (130)
BadRegionFinder (2)
BAGS (128)
ballgown (269)
bamsignals (132)
base64enc (0)
BaseSpaceR (140)
Basic4Cseq (139)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (6)
BatchJobs (0)
BatchQC (3)
BayesPeak (230)
baySeq (493)
BBCAnalyzer (48)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (154)
beadarray (698)
beadarraySNP (167)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (628)
BeadExplorer (3)
BEAT (121)
BEclear (100)
betr (206)
bgafun (138)
BgeeDB (2)
BGmix (75)
bgx (149)
BHC (229)
BicARE (154)
BiGGR (134)
BigMatrix (0)
bigmelon (1)
bigmemoryExtras (73)
bim (2)
bioassayR (167)
Biobase (14504)
biobroom (65)
bioCancer (1)
BiocCaseStudies (150)
BiocCheck (261)
biocDatasets (6)
BiocGenerics (17335)
biocGraph (189)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (24266)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (8846)
BiocStyle (931)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (407)
bioDist (374)
biodist (0)
biomaRt (7167)
biomformat (7)
BioMVCClass (138)
biomvRCNS (134)
BioNet (319)
BioQC (4)
BioSeqClass (151)
biosigner (3)
biostrings (0)
Biostrings (10947)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (121)
biovizBase (2670)
BiRewire (172)
birta (138)
birte (106)
BiSeq (258)
bitops (0)
BitSeq (321)
blima (119)
blimaTestingData (0)
BRAIN (190)
BrainStars (134)
brew (0)
bridge (146)
BridgeDbR (117)
BrowserViz (95)
BrowserVizDemo (78)
BSgenome (4861)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (360)
BubbleTree (126)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (152)
BufferedMatrixMethods (144)
bumphunter (1249)
BUS (136)
BuxcoR (0)

C

CAFE (118)
CAGEr (173)
CALIB (138)
CAMERA (358)
camera (0)
canceR (107)
cancerclass (129)
CancerMutationAnalysis (140)
CAnD (101)
caOmicsV (51)
Cardinal (135)
casper (136)
Category (1885)
categoryCompare (132)
CausalR (51)
ccrepe (128)
cellGrowth (135)
cellHTS (145)
cellHTS2 (262)
cellity (8)
CellMapper (0)
CellMapperData (0)
cellnoptr (0)
CellNOptR (181)
cellTree (4)
CexoR (126)
CFAssay (112)
CGEN (170)
CGHbase (267)
CGHcall (221)
cghMCR (185)
CGHnormaliter (137)
CGHregions (155)
cghregions (0)
ChAMP (290)
ChAMPdata (0)
charm (162)
checkmate (0)
ChemmineOB (186)
ChemmineR (373)
Chicago (7)
chimera (205)
ChIPComp (58)
chipenrich (135)
chipenrich.data (0)
ChIPpeakAnno (630)
ChIPQC (194)
ChIPseeker (394)
ChipSeq (0)
chipseq (426)
chipseqDB (6)
ChIPseqR (216)
ChIPsim (201)
ChIPXpress (89)
chopsticks (168)
chroGPS (124)
chromDraw (97)
ChromHeatMap (143)
ChromoViz (4)
chromPlot (5)
chromstaR (1)
chromstaRData (1)
CHRONOS (1)
CINdex (2)
cisPath (141)
ClassifyR (135)
cleanUpdTSeq (123)
cleaver (184)
clippda (137)
clipper (177)
Clomial (118)
Clonality (130)
clonotypeR (123)
clst (132)
clstutils (124)
clustComp (2)
clusterProfiler (792)
clusterprofiler (0)
ClusterSignificance (3)
clusterStab (190)
CMA (192)
cn.farms (131)
cn.mops (280)
CNAnorm (154)
cnanorm (0)
CNEr (196)
CNORdt (134)
CNORfeeder (133)
CNORfuzzy (123)
CNORode (142)
CNPBayes (46)
CNTools (250)
cnvGSA (126)
CNVPanelizer (52)
CNVrd2 (127)
CNVtools (149)
cnvtools (0)
cobindR (118)
CoCiteStats (142)
codelink (150)
codetoolsBioC (0)
CODEX (133)
CoGAPS (117)
cogena (106)
coGPS (123)
COHCAP (149)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (116)
COMPASS (129)
compcodeR (137)
compEpiTools (138)
CompGO (127)
ComplexHeatmap (316)
CONFESS (2)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (428)
consensusSeekeR (3)
contiBAIT (5)
conumee (111)
convert (249)
copa (146)
COPDSexualDimorphism (15)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (217)
CopyNumber450k (129)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (128)
CoRegNet (125)
Cormotif (131)
CorMut (132)
coRNAi (129)
CORREP (135)
cosmiq (110)
cosmo (17)
cosmoGUI (15)
COSNet (112)
CountClust (3)
CoverageView (111)
covRNA (0)
cpvSNP (98)
cqn (204)
CRImage (161)
CRISPRseek (162)
CrispRVariants (5)
crlmm (272)
CSAR (214)
csaw (206)
CSSP (129)
ctc (370)
cummeRbund (1494)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (159)
cycle (137)
cytofkit (129)

D

dada2 (4)
dagLogo (115)
daMA (133)
DAPAR (51)
DAPARdata (1)
DART (124)
DASiR (121)
DAVIDQuery (172)
davidquery (0)
DBChIP (150)
DBI (0)
dcGSA (5)
DChIPRep (48)
ddCt (196)
ddgraph (126)
DDiGGER (0)
debrowser (3)
DECIPHER (219)
DeconRNASeq (141)
DEDS (138)
deepSNV (155)
DEFormats (2)
DEGraph (157)
DEGreport (113)
DEGseq (348)
deltaGseg (132)
DeMAND (51)
derfinder (154)
derfinderData (0)
derfinderHelper (141)
derfinderPlot (125)
deseq (0)
DESeq (2868)
DESeq2 (4669)
destiny (77)
DEXSeq (942)
dexus (132)
DFP (131)
dichromat (0)
DiffBind (514)
diffGeneAnalysis (134)
diffHic (130)
DiffLogo (47)
diffloop (1)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (98)
diggitdata (0)
Director (0)
DirichletMultinomial (224)
dks (120)
DMRcaller (104)
DMRcate (205)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (115)
DNABarcodes (49)
DNAcopy (1457)
DNaseR (21)
DNAshapeR (3)
domainsignatures (134)
doppelgangR (4)
DOQTL (135)
DOSE (804)
DRIMSeq (2)
DriverNet (134)
DrugVsDisease (138)
dSimer (1)
DSS (205)
DTA (125)
dualKS (126)
DupChecker (104)
dupRadar (43)
DvDdata (0)
dyebias (132)
DynDoc (784)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (0)
EasyqpcR (158)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (356)
EBarrays (216)
EBcoexpress (136)
EBImage (1305)
EBSEA (2)
EBSeq (448)
EBSeqHMM (126)
ecolitk (135)
EDASeq (590)
edd (10)
EDDA (118)
edge (159)
edger (0)
edgeR (5012)
EfficientR (0)
EGAD (0)
EGSEA (1)
EGSEAdata (1)
eiR (82)
eisa (161)
ELBOW (113)
ELMER (68)
ELMER.data (1)
EMDomics (101)
EmpiricalBrownsMethod (4)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (112)
ENmix (107)
EnrichedHeatmap (52)
EnrichmentBrowser (169)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (403)
ensemblVEP (196)
ENVISIONQuery (124)
EpiCluster (4)
epigenomix (124)
epivizr (162)
epivizrData (1)
epivizrServer (2)
epivizrStandalone (0)
eQTL (4)
erccdashboard (148)
erma (61)
eudysbiome (44)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (6)
ExiMiR (137)
exomeCopy (226)
exomePeak (140)
exonfindR (0)
exonmap (13)
ExperimentHub (5)
ExperimentHubData (6)
explorase (116)
ExpressionAtlas (2)
expressionview (0)
ExpressionView (132)
exprExternal (2)
externalVector (14)

F

fabia (200)
facopy (114)
facopy.annot (0)
factDesign (151)
fail (0)
FamAgg (4)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (143)
fastLiquidAssociation (90)
fastseg (143)
fbat (7)
fCI (45)
fdrame (136)
FEM (128)
ffpe (134)
FGNet (179)
FindMyFriends (56)
FISHalyseR (93)
flagme (130)
Fletcher2013a (0)
flipflop (132)
flowAI (3)
flowBeads (117)
flowBin (115)
flowcatchR (113)
flowCHIC (110)
flowCL (113)
flowClean (111)
flowClust (281)
flowCore (803)
flowCyBar (115)
flowDensity (144)
flowFit (114)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (33)
flowFP (146)
flowMap (118)
flowMatch (114)
flowMeans (180)
flowMerge (158)
flowPeaks (138)
flowPhyto (26)
flowPlots (129)
flowq (0)
flowQ (139)
flowQB (120)
FlowRepositoryR (94)
FlowSOM (106)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (292)
flowTrack (1)
flowTrans (137)
flowType (147)
flowUtils (229)
flowViz (508)
flowVS (103)
flowWorkspace (407)
fmcsR (205)
focalCall (106)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (129)
FRGEpistasis (108)
frma (294)
frmaTools (158)
fucci (1)
FunciSNP (147)
furrowSeg (1)

G

gaga (144)
gage (629)
gaggle (131)
gaia (124)
garfield (4)
gaucho (110)
gcatest (41)
gCMAP (155)
gCMAPWeb (122)
gcrma (1773)
gdsfmt (520)
geecc (105)
genArise (130)
genbankr (2)
GENE.E (153)
gene2pathway (14)
GeneAnswers (210)
GeneBreak (43)
GeneExpressionSignature (136)
genefilter (7040)
genefu (227)
GeneGA (85)
GeneGroupAnalysis (9)
GeneMeta (182)
GeneNetworkBuilder (137)
GeneOverlap (141)
geneplotter (4565)
GeneR (12)
geneRecommender (137)
GeneRegionScan (129)
generegulation (6)
GeneRfold (6)
geneRxCluster (108)
GeneSelectMMD (128)
GeneSelector (183)
GENESIS (108)
GeneSpring (11)
geNetClassifier (164)
GeneticsBase (5)
GeneticsDesign (148)
GeneticsPed (159)
GeneTraffic (10)
GeneTS (5)
genetw12 (0)
genoCN (130)
GenoGAM (1)
genomation (167)
genomationData (0)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (325)
GenomeInfoDb (12335)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (898)
genomes (166)
GenomicAlignments (6757)
GenomicFeatures (7018)
GenomicFiles (361)
GenomicInteractions (133)
GenomicRanges (10328)
GenomicTuples (111)
Genominator (155)
genoset (236)
genotypeeval (46)
GenoView (101)
genphen (3)
GenRank (3)
GenVisR (6)
GEOmetadb (283)
geoquery (0)
GEOquery (2841)
GEOsearch (46)
GEOsubmission (129)
geosubmission (0)
gespeR (96)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (114)
gff3Plotter (2)
GGBase (225)
ggbio (1444)
ggcyto (4)
GGtools (190)
ggtree (384)
girafe (206)
GLAD (268)
Glimma (3)
GlobalAncova (178)
globalSeq (5)
globaltest (451)
gmapR (96)
GMRP (3)
GOAL (1)
goCluster (2)
GOexpress (170)
GOFunction (153)
GoogleGenomics (108)
goProfiles (174)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (810)
goseq (598)
GOSim (156)
gostats (0)
GOstats (1638)
GOsummaries (144)
GOTHiC (143)
goTools (202)
gotools (0)
gpls (202)
gprege (119)
gQTLBase (166)
gQTLstats (159)
graph (6248)
GraphAlignment (127)
GraphAT (127)
graphite (400)
GraphPAC (130)
greengenes13.5MgDb (1)
GRENITS (130)
GreyListChIP (95)
grndata (0)
groHMM (121)
GSALightning (6)
GSAR (117)
GSBenchMark (0)
GSCA (112)
GSE64985 (0)
GSEABase (2147)
GSEAlm (218)
GSReg (102)
GSRI (126)
GSVA (288)
gtkWidgets (0)
gtrellis (95)
GUIDEseq (45)
Guitar (46)
Gviz (2527)
gwascat (200)
GWASTools (313)

H

h5vc (140)
hapFabia (119)
Harman (1)
HarmanData (1)
Harshlight (132)
harshlight (0)
HCsnip (119)
HDF5Array (2)
HDTD (101)
healthyFlowData (0)
Heatplus (673)
HELP (135)
HEM (132)
hexbin (23)
hiAnnotator (110)
HIBAG (108)
hierGWAS (42)
highthroughputassays (8)
HilbertCurve (46)
hilbertvis (0)
HilbertVis (415)
HilbertVisGUI (117)
hiReadsProcessor (101)
HiTC (172)
Hmisc (0)
HMMcopy (156)
hopach (282)
hpar (199)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (251)
HTSanalyzeR (193)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (77)
htseqtools (0)
htSeqTools (209)
HTSFilter (167)
HybridMTest (116)
hyperdraw (150)
hypergraph (225)

I

iASeq (119)
iBBiG (133)
ibh (117)
iBMQ (116)
iCARE (8)
Icens (321)
iCheck (47)
iChip (122)
iClusterPlus (141)
iCOBRA (4)
ideogram (0)
IdeoViz (121)
idiogram (130)
IdMappingAnalysis (118)
IdMappingRetrieval (119)
iFlow (7)
iGC (44)
IHW (7)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1544)
imageHTS (136)
Imetagene (45)
ImmuneSpaceR (1)
immunoClust (96)
IMPCdata (95)
impute (3027)
InPAS (102)
INPower (102)
inSilicoDb (251)
inSilicoMerging (191)
insilicomerging (0)
INSPEcT (41)
intansv (131)
InteractionSet (3)
interactiveDisplay (363)
interactiveDisplayBase (945)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (124)
IONiseR (53)
iontree (120)
iPAC (136)
IPPD (171)
iranges (0)
IRanges (17405)
iSeq (128)
iSNetwork (2)
isobar (197)
IsoGeneGUI (123)
ISoLDE (2)
isomiRs (1)
iSPlot (2)
ITALICS (124)
iterativeBMA (127)
iterativeBMAsurv (129)
iterators (0)
IVAS (92)
IWB2011 (0)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (1)
jmosaics (118)
joda (120)
JunctionSeq (4)

K

KCsmart (125)
kebabs (147)
KEGGgraph (1038)
keggorth (6)
keggorthology (149)
KEGGprofile (207)
KEGGREST (1645)
KEGGSOAP (27)
KFAS (0)
kimod (5)

L

labeling (0)
lapmix (129)
latticeExtra (0)
LBE (161)
ldblock (43)
LEA (122)
LedPred (46)
les (130)
leukemiasEset (0)
lfa (108)
liftOver (10)
limma (10241)
limmaGUI (215)
Linnorm (1)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (126)
lmdme (126)
LMGene (149)
LOBSTAHS (1)
logicFS (214)
logitt (0)
logitT (122)
lol (124)
LOLA (57)
LowMACA (100)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (168)
LPEadj (134)
LPEseq (1)
lpNet (117)
lpsymphony (7)
lumi (1078)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (133)
LymphoSeq (2)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (118)
maanova (178)
macat (135)
maCorrPlot (125)
maDB (13)
made4 (352)
MADSEQ (1)
maftools (1)
MAGEML (0)
maigesPack (133)
MAIT (131)
makecdfenv (280)
makePlatformDesign (8)
MANOR (129)
manta (122)
MantelCorr (122)
mAPKL (97)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (113)
marray (1153)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (289)
maskBAD (119)
MassArray (132)
massiR (115)
MassSpecWavelet (307)
matchBox (115)
matchprobes (12)
Matrix (0)
MatrixRider (92)
MBAmethyl (97)
MBASED (115)
MBCB (126)
mBPCR (127)
MBttest (3)
mcaGUI (120)
MCRestimate (128)
mdgsa (93)
mdqc (140)
MEAL (49)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (122)
MEDIPS (227)
MEDME (127)
MEIGOR (100)
MergeMaid (193)
Mergeomics (5)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (156)
meshr (145)
MeSHSim (91)
messina (103)
metaArray (187)
Metab (115)
metabomxtr (104)
metaCCA (4)
metagene (121)
metagenomeFeatures (45)
metagenomeSeq (487)
metahdep (125)
metaMS (130)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (118)
metaseqR (138)
metaX (54)
MethPed (3)
MethTargetedNGS (93)
methVisual (133)
methyAnalysis (216)
MethylAid (125)
MethylAidData (1)
MethylMix (125)
methylMnM (114)
methylPipe (157)
MethylSeekR (134)
methylumi (976)
Mfuzz (475)
MGFM (101)
mgsa (143)
MiChip (125)
microrna (0)
microRNA (201)
MIMOSA (112)
MineICA (122)
minet (432)
minfi (1403)
MinimumDistance (126)
minionSummaryData (1)
mipp (0)
MiPP (127)
MiRaGE (121)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (45)
miRcompData (1)
mirIntegrator (49)
miRLAB (52)
miRNAmeConverter (3)
miRNApath (151)
miRNAtap (130)
Mirsynergy (109)
missMethyl (149)
mitoODE (104)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (314)
MLP (131)
MLSeq (130)
MMDiff (129)
MMDiff2 (1)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (3)
mmnet (125)
MmPalateMiRNA (127)
mogsa (103)
monocle (240)
MoPS (99)
mosaics (155)
motifbreakR (55)
MotifDb (287)
motifRG (137)
motifStack (293)
MotIV (287)
MPFE (99)
mQTL.NMR (105)
msa (245)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (153)
MSGFplus (172)
MSIseqData (0)
msmsEDA (158)
msmsTests (158)
MSnbase (506)
MSnID (165)
msPurity (1)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (192)
mtbls2 (1)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (192)
MultiAssayExperiment (3)
multiClust (6)
MultiDataSet (2)
MultiMed (99)
multiscan (121)
multtest (3606)
munsell (0)
muscle (208)
MVCClass (129)
mvGST (101)
mygene (242)
myvariant (47)
mzID (408)
mzR (1023)

N

NanoStringDiff (45)
NanoStringQCPro (111)
NarrowPeaks (128)
ncdfFlow (328)
NCIgraph (157)
neaGUI (156)
nem (155)
netbenchmark (113)
netbiov (113)
nethet (98)
NetPathMiner (126)
netresponse (129)
NetSAM (116)
networkBMA (137)
NGScopy (110)
NGScopyData (0)
nnNorm (125)
NOISeq (414)
nondetects (117)
normalize450K (4)
NormqPCR (192)
npGSEA (142)
NTW (114)
nucleoSim (3)
nucleR (137)
nudge (119)
NuPoP (122)

O

occugene (114)
OCplus (197)
odseq (3)
OGSA (44)
oligo (1361)
oligoClasses (1360)
OLIN (133)
OLINgui (125)
omicade4 (139)
OmicCircos (249)
OmicsMarkeR (102)
OncoScore (3)
OncoSimulR (99)
oneChannelGUI (178)
ontoCAT (141)
ontoTools (10)
openCyto (188)
OperaMate (45)
oposSOM (119)
oppar (1)
OrderedList (243)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
OrganismDbi (1482)
OSAT (115)
Oscope (55)
OTUbase (129)
OutlierD (138)

P

PAA (130)
PADOG (122)
paircompviz (116)
pairseqsim (3)
pamr (13)
PAN (0)
pandaR (100)
PAnnBuilder (150)
panp (147)
PANR (127)
PanVizGenerator (3)
PAPi (128)
parglms (88)
parody (187)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (46)
pathifier (153)
PathNet (155)
PathNetData (0)
pathRender (125)
pathVar (41)
pathview (837)
PatientGeneSets (6)
paxtoolsr (168)
Pbase (117)
pbcmc (2)
pcaExplorer (2)
pcaGoPromoter (122)
pcaMethods (1141)
PCAN (2)
pcot2 (175)
PCpheno (133)
pdInfoBuilder (240)
pdmclass (135)
PECA (116)
pepDat (0)
pepStat (98)
pepXMLTab (114)
PGA (46)
PGSEA (265)
pgUtils (10)
phenoDist (112)
phenoTest (155)
PhenStat (108)
phyloseq (833)
piano (271)
pickgene (125)
PICS (209)
Pigengene (1)
PING (128)
pint (123)
pkgDepTools (153)
pkgdeptools (0)
plateCore (125)
plethy (111)
plgem (149)
plier (326)
PLPE (136)
plrs (112)
plw (122)
plyr (0)
pmm (89)
podkat (102)
polyester (138)
Polyfit (99)
ppiStats (144)
pqsfinder (1)
prada (309)
prebs (121)
prebsdata (0)
PREDA (123)
predictionet (62)
preprocessCore (5556)
Prize (42)
proBAMr (115)
PROcess (224)
procoil (129)
ProCoNA (125)
profileScoreDist (5)
pRoloc (205)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (125)
PROMISE (119)
PROPER (102)
Prostar (45)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (126)
proteinProfiles (112)
proteomics (10)
ProteomicsAnnotationHubData (37)
proteoQC (117)
ProtGenerics (723)
PSEA (101)
PSICQUIC (144)
psygenet2r (3)
PtH2O2lipids (1)
puma (206)
PureCN (1)
pvac (128)
pvca (149)
Pviz (121)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (200)
pwOmics (87)
pxr (0)

Q

qcmetrics (124)
QDNAseq (169)
qpcrNorm (134)
qpgraph (242)
qrqc (229)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (127)
quantro (125)
quantsmooth (385)
QuartPAC (98)
QuasR (388)
QuaternaryProd (3)
QUBIC (1)
QUBICdata (1)
qusage (151)
qvalue (2616)

R

R3CPET (93)
r3Cseq (184)
R453Plus1Toolbox (130)
R4RNA (5)
rain (133)
rama (135)
ramigo (0)
RamiGO (183)
randPack (117)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (426)
RareVariantVis (46)
Rariant (107)
RbcBook1 (129)
rbcbook1 (0)
RBGL (3704)
RBioinf (129)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (161)
RBM (91)
Rbowtie (325)
rbsurv (129)
Rcade (122)
RCASPAR (128)
rcellminer (113)
rcellminerData (0)
rCGH (49)
Rchemcpp (140)
RchyOptimyx (130)
RColorBrewer (0)
Rcpi (140)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (43)
RCyjs (76)
RCytoscape (363)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (382)
Rdbi (9)
RdbiPgSQL (5)
rdisop (0)
Rdisop (186)
RDRToolbox (205)
ReactomePA (360)
ReadqPCR (199)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (125)
recoup (1)
RedeR (246)
REDseq (170)
RefNet (113)
RefNet.db (0)
RefPlus (130)
regioneR (306)
regionReport (114)
Repitools (296)
ReportingTools (580)
reposTools (3)
ReQON (116)
Resourcerer (23)
rfcdmin (2)
rflowcyt (10)
rfPred (108)
rGADEM (370)
RGalaxy (124)
RGraph2js (5)
Rgraphviz (3697)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (97)
RGSEA (120)
rgsepd (89)
rhdf5 (2347)
Rhtslib (152)
rHVDM (123)
RiboProfiling (48)
riboSeq (0)
riboSeqR (120)
RImmPort (4)
Ringo (331)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (155)
Risa (122)
RLMM (121)
RMAGEML (4)
Rmagpie (121)
RMAPPER (19)
RMassBank (133)
rMAT (96)
rmat (0)
RmiR (148)
rmir (0)
RNAinteract (120)
RNAither (131)
RNAprobR (95)
rnaseqcomp (47)
rnaseqGene (128)
rnaSeqMap (128)
RNASeqPower (177)
RnaSeqSampleSize (103)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (250)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (103)
roar (103)
ROC (612)
Roleswitch (115)
RoleswitchData (0)
Rolexa (126)
rols (190)
ROntoTools (139)
ropls (90)
ROTS (3)
RPA (131)
RpsiXML (155)
rpx (205)
Rqc (127)
rqubic (135)
rRDP (102)
rRDPData (0)
Rredland (3)
RRHO (118)
Rsamtools (7304)
rsbml (168)
rSFFreader (62)
RSNPper (6)
RSQLite (0)
Rsubread (608)
RSVSim (131)
rTANDEM (193)
RTCA (128)
RTCGA (79)
RTCGAToolbox (93)
RTN (146)
RTools4TB (9)
RTopper (118)
rtracklayer (7630)
Rtreemix (125)
rTRM (119)
rTRMui (106)
Ruuid (12)
RUVcorr (97)
RUVnormalize (116)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (268)
RWebServices (40)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (15360)
safe (231)
SAGElyzer (4)
sagenhaft (123)
sagx (0)
SAGx (213)
SamSPECTRAL (140)
sangerseqR (230)
SANTA (124)
sapFinder (117)
saps (94)
savR (142)
sbgr (52)
SBMLR (136)
SC3 (6)
scales (0)
SCAN.UPC (183)
scater (7)
scde (12)
ScISI (147)
SCLCBam (0)
scran (4)
scsR (101)
SeattleIntro2010 (1)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (189)
SELEX (89)
SemDist (92)
SemSim (6)
sendmailR (0)
SEPA (43)
seq2pathway (115)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (140)
seqbias (138)
seqCNA (116)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (257)
seqLogo (782)
Seqnames (0)
seqPattern (133)
seqplots (158)
seqTools (121)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (2)
sequencing (36)
SeqVarTools (122)
sevenbridges (4)
SGSeq (123)
shinyMethyl (141)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (123)
ShortRead (2032)
SICtools (23)
sidap (0)
sigaR (127)
SigCheck (111)
SigFuge (109)
siggenes (1525)
sigPathway (222)
sigsquared (88)
SIM (131)
SIMAT (88)
SimBindProfiles (106)
similaRpeak (88)
simpleaffy (933)
simulatorAPMS (10)
simulatorZ (101)
sincell (115)
SISPA (42)
sizepower (163)
SJava (42)
skewr (88)
SLGI (130)
SLqPCR (137)
SMAP (121)
SMITE (5)
SNAData (2)
SNAGEE (114)
snapCGH (164)
snm (187)
snpAssoc (0)
SNPchip (304)
SNPhood (47)
SNPhoodData (1)
snpMatrix (25)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (398)
snpStats (864)
SNPtools (0)
soGGi (96)
SomatiCA (122)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (218)
SpacePAC (124)
spade (206)
spbtest (1)
SPEC (1)
specL (113)
SpeCond (172)
SPEM (106)
SPIA (371)
SpidermiR (2)
spikeLI (116)
spkTools (119)
splicegear (124)
spliceR (163)
spliceSites (123)
SplicingGraphs (175)
splineTCDiffExpr (5)
splineTimeR (1)
splots (254)
spotSegmentation (129)
SQUADD (114)
SRAdb (583)
sRAP (129)
sscore (121)
sscu (3)
sSeq (120)
ssize (168)
ssizeRNA (0)
SSPA (164)
ssviz (109)
stam (4)
STAN (112)
staRank (110)
Starr (131)
STATegRa (116)
stemHypoxia (0)
stepNorm (123)
stepwiseCM (118)
Streamer (120)
STRINGdb (225)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (44)
SummarizedExperiment (4152)
supraHex (227)
survcomp (405)
Sushi (192)
sva (1378)
SVM2CRM (91)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (49)
SwathXtend (3)
SwimR (104)
switchBox (105)
synapter (169)
synlet (41)
systemPipeR (507)
systemPipeRdata (1)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (113)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (133)
TarSeqQC (42)
TCC (248)
TCGAbiolinks (167)
TDARACNE (129)
TEQC (148)
ternarynet (109)
tetradR (1)
TFBSTools (210)
tiger (0)
tigre (126)
tilingArray (187)
timecourse (169)
TimerQuant (1)
TIN (91)
TitanCNA (125)
tkWidgets (696)
tofsims (5)
ToPASeq (124)
topGO (1351)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (114)
tracktables (108)
trackViewer (143)
transcriptR (5)
tRanslatome (121)
TransView (118)
traseR (45)
Travis (1)
triform (114)
trigger (121)
trio (164)
triplex (112)
TRONCO (95)
TSCAN (105)
tspair (136)
TSSi (120)
TurboNorm (116)
tweeDEseq (146)
twilight (248)
tximport (20)
tximportData (1)
TypeInfo (125)

U

UNDO (107)
unifiedWMWqPCR (104)
UniProt.ws (222)
Uniquorn (2)
useR2012 (0)

V

VanillaICE (187)
variancePartition (49)
VariantAnnotation (3757)
VariantFiltering (157)
variants (16)
VariantTools (115)
vbmp (167)
Vega (116)
VegaMC (113)
viper (124)
virtualArray (35)
vsn (1704)
vtpnet (104)

W

wateRmelon (382)
wavClusteR (109)
waveTiling (111)
weaver (144)
webbioc (128)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (2)
widgetTools (717)

X

XBSeq (47)
xcms (736)
XDE (123)
xmapbridge (115)
xmapcore (6)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (166)
xtable (0)
XVector (9785)

Y

y2hStat (2)
yaqcaffy (164)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (11605)