Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-08-21 10:52:19 -0700 (Fri, 21 Aug 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (180467)
2BiocGenerics (132661)
3IRanges (116402)
4Biobase (116386)
5AnnotationDbi (109576)
6GenomeInfoDb (97238)
7zlibbioc (83819)
8S4Vectors (83571)
9limma (73488)
10Biostrings (71372)
11GenomicRanges (69059)
12XVector (68586)
13annotate (59093)
14BiocParallel (55262)
15Rsamtools (53274)
16genefilter (53125)
17graph (50189)
18biomaRt (49669)
19rtracklayer (49347)
20GenomicAlignments (46424)
21GenomicFeatures (46318)
22preprocessCore (43761)
23affy (40377)
24BSgenome (37928)
25affyio (36551)
26geneplotter (35961)
27edgeR (34646)
28RBGL (31625)
29DESeq2 (30717)
30multtest (30244)
31VariantAnnotation (25970)
32Rgraphviz (25910)
33impute (24226)
34GEOquery (24111)
35biovizBase (23257)
36DESeq (22664)
37qvalue (18948)
38rhdf5 (18616)
39Gviz (18598)
40GSEABase (18521)
41Category (17014)
42gcrma (16933)
43ShortRead (16032)
44AnnotationForge (15633)
45vsn (14962)
46GOstats (14316)
47illuminaio (13177)
48cummeRbund (13109)
49siggenes (13037)
50affyPLM (12820)
51ggbio (11751)
52DNAcopy (11346)
53oligoClasses (10964)
54OrganismDbi (10864)
55marray (10514)
56minfi (10398)
57EBImage (10201)
58sva (10119)
59affxparser (10118)
60KEGGREST (10080)
61topGO (10063)
62bumphunter (9856)
63simpleaffy (9823)
64oligo (9659)
65lumi (9374)
66annaffy (8560)
67methylumi (8539)
68mzR (8328)
69KEGGgraph (8023)
70pcaMethods (7982)
71DynDoc (7706)
72snpStats (7417)
73DEXSeq (7272)
74xcms (6860)
75widgetTools (6754)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Sep/201447918769627
Oct/201444219810191
Nov/201432447809116
Dec/201430368711995
Jan/2015314981057746
Feb/201531853728656
Mar/201538125910551
Apr/201538687904407
May/201537628856559
Jun/201536345868015
Jul/201535349975173
Aug/201524185557662
All months2892659959698

A

a4 (2082)
a4Base (2263)
a4Classif (2055)
a4Core (2312)
a4Preproc (2298)
a4Reporting (2044)
ABAData (4)
ABAFuncData (3)
ABarray (2015)
ABSSeq (1597)
acde (22)
aCGH (2747)
ACME (1970)
ADaCGH2 (1799)
adSplit (1802)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10118)
affy (40377)
affycomp (2753)
AffyCompatible (2037)
affyContam (1898)
affycoretools (5296)
affydata (3)
AffyExpress (1997)
affyILM (1770)
affyio (36551)
affylmGUI (3059)
affyPara (1798)
affypdnn (2193)
affyPLM (12820)
affyQCReport (5157)
AffyRNADegradation (1722)
AffyTiling (1756)
AGDEX (1706)
Agi4x44PreProcess (443)
agilp (2323)
AgiMicroRna (2211)
AIMS (489)
ALDEx2 (1227)
AllelicImbalance (1696)
alsace (1472)
altcdfenvs (1818)
ampliQueso (1513)
AnalysisPageServer (397)
annaffy (8560)
AnnBuilder (27)
annmap (1006)
annotate (59093)
annotation (254)
AnnotationDbi (109576)
AnnotationForge (15633)
AnnotationFuncs (1844)
AnnotationHub (4087)
annotationTools (2321)
anota (1827)
antiProfiles (1583)
apComplex (1870)
applera (2)
aroma.light (5595)
ArrayExpress (4587)
ArrayExpressHTS (972)
arrayMagic (15)
arrayMvout (1675)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (2332)
arrayQualityMetrics (4939)
arrays (385)
ArrayTools (2251)
ArrayTV (1528)
ARRmNormalization (1577)
ASEB (1631)
ASGSCA (1123)
asmn (1164)
ASSET (1537)
ASSIGN (1482)
AtlasRDF (1524)
attract (1665)

B

BAC (1640)
BADER (1519)
BAGS (1513)
ballgown (1927)
bamsignals (449)
BaseSpaceR (1538)
Basic4Cseq (1622)
BayesPeak (2781)
baySeq (4603)
BCRANK (1918)
beadarray (6323)
beadarraySNP (1824)
BeadDataPackR (5987)
BeadExplorer (4)
BEAT (1411)
BEclear (380)
betr (1992)
bgafun (1589)
BGmix (901)
bgx (1716)
BHC (2200)
BicARE (1776)
BiGGR (1537)
bigmemoryExtras (915)
bim (1)
bioassayR (1842)
Biobase (116386)
BiocCaseStudies (1705)
BiocCheck (2279)
biocDatasets (21)
BiocGenerics (132661)
biocGraph (1827)
BiocInstaller (180467)
BiocParallel (55262)
BiocStyle (5891)
biocViews (3202)
bioDist (4002)
biomaRt (49669)
BioMVCClass (1628)
biomvRCNS (1577)
BioNet (2946)
BioSeqClass (1737)
Biostrings (71372)
biosvd (1442)
biovizBase (23257)
BiRewire (1631)
birta (1651)
birte (408)
BiSeq (2338)
BitSeq (2545)
blima (1127)
BRAIN (2029)
BrainStars (1621)
bridge (1670)
BridgeDbR (1076)
BrowserViz (301)
BrowserVizDemo (243)
BSgenome (37928)
bsseq (3009)
BubbleTree (475)
BufferedMatrix (1673)
BufferedMatrixMethods (1619)
bumphunter (9856)
BUS (1510)

C

CAFE (1436)
CAGEr (1807)
CALIB (1573)
CAMERA (3373)
canceR (392)
cancerclass (1547)
CancerMutationAnalysis (1660)
CAnD (354)
caOmicsV (3)
Cardinal (437)
casper (1592)
Category (17014)
categoryCompare (1546)
CausalR (12)
ccrepe (1425)
cellGrowth (1533)
cellHTS (1588)
cellHTS2 (2556)
CellNOptR (1927)
CexoR (1485)
CFAssay (1023)
CGEN (1832)
CGHbase (2325)
CGHcall (2141)
cghMCR (2899)
CGHnormaliter (1563)
CGHregions (1666)
ChAMP (2719)
charm (1839)
ChemmineOB (2100)
ChemmineR (3561)
chimera (2502)
ChIPComp (9)
chipenrich (1510)
ChIPpeakAnno (6060)
ChIPQC (1745)
ChIPseeker (2594)
chipseq (4056)
ChIPseqR (1998)
ChIPsim (1901)
ChIPXpress (858)
chopsticks (1864)
chroGPS (1512)
chromDraw (359)
ChromHeatMap (1648)
ChromoViz (4)
cisPath (1509)
ClassifyR (1114)
cleanUpdTSeq (1359)
cleaver (1841)
clippda (1462)
clipper (1737)
Clomial (1335)
Clonality (1476)
clonotypeR (1397)
clst (1475)
clstutils (1388)
clusterProfiler (4375)
clusterStab (1778)
CMA (2040)
cn.farms (1503)
cn.mops (2851)
CNAnorm (1663)
CNEr (1702)
CNORdt (1442)
CNORfeeder (1386)
CNORfuzzy (1425)
CNORode (1520)
CNTools (1949)
cnvGSA (1433)
CNVPanelizer (10)
CNVrd2 (1408)
CNVtools (1658)
cobindR (1387)
CoCiteStats (1582)
codelink (1626)
CODEX (553)
CoGAPS (1130)
cogena (408)
coGPS (1415)
COHCAP (1601)
coMET (443)
COMPASS (1351)
compcodeR (1544)
compEpiTools (1158)
CompGO (1369)
ComplexHeatmap (784)
ConsensusClusterPlus (3212)
conumee (400)
convert (2700)
copa (1580)
COPDSexualDimorphism (1071)
copynumber (1919)
CopyNumber450k (1416)
CopywriteR (436)
CoRegNet (1119)
Cormotif (1484)
CorMut (1499)
coRNAi (1398)
CORREP (1497)
cosmiq (1022)
cosmo (103)
cosmoGUI (100)
COSNet (979)
CoverageView (984)
cpvSNP (358)
cqn (2117)
CRImage (1708)
CRISPRseek (1612)
crlmm (2641)
CSAR (2018)
csaw (1269)
CSSP (1352)
ctc (3793)
cummeRbund (13109)
cummerbund (1)
customProDB (1561)
cycle (1541)
cytofkit (426)

D

dagLogo (1372)
daMA (1479)
DART (1422)
DASiR (1366)
DAVIDQuery (1938)
DBChIP (1575)
ddCt (2005)
ddgraph (1470)
DECIPHER (1902)
DeconRNASeq (1512)
DEDS (1520)
deepSNV (1665)
DEGraph (1734)
DEGreport (1025)
DEGseq (3546)
deltaGseg (1316)
DeMAND (12)
derfinder (1240)
derfinderHelper (1218)
derfinderPlot (1074)
DESeq (22664)
deseq (1)
DESeq2 (30717)
destiny (11)
DEXSeq (7272)
dexus (1476)
DFP (1478)
DiffBind (3869)
diffGeneAnalysis (1485)
diffHic (396)
diggit (352)
DirichletMultinomial (2057)
dks (1349)
DMRcaller (360)
DMRcate (1677)
DMRforPairs (1340)
DNAcopy (11346)
DNaseR (1136)
domainsignatures (1482)
DOQTL (1119)
DOSE (4802)
DriverNet (1485)
DrugVsDisease (1526)
DSS (1871)
DTA (1444)
dualKS (1457)
DupChecker (966)
dyebias (1476)
DynDoc (7706)

E

EasyqpcR (1722)
easyRNASeq (3601)
EBarrays (2267)
EBcoexpress (1513)
EBImage (10201)
EBSeq (3788)
EBSeqHMM (1074)
ecolitk (1475)
EDASeq (3783)
edd (44)
EDDA (1434)
edge (542)
edgeR (34646)
eiR (810)
eisa (1798)
ELBOW (1316)
ELMER (26)
EMDomics (389)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (365)
ENmix (399)
EnrichmentBrowser (1181)
ensembldb (442)
ensemblVEP (2094)
ENVISIONQuery (1433)
epigenomix (1448)
epivizr (1771)
eQTL (29)
erccdashboard (1172)
erma (9)
ExiMiR (1559)
exomeCopy (2128)
exomePeak (1511)
exonfindR (245)
exonmap (86)
explorase (1207)
ExpressionView (1479)
externalVector (115)

F

fabia (2102)
facopy (1029)
factDesign (1657)
farms (1631)
fastLiquidAssociation (898)
fastseg (1489)
fbat (18)
fCI (1)
fdrame (1533)
FEM (1083)
ffpe (1520)
FGNet (1823)
FISHalyseR (345)
flagme (1499)
flipflop (1480)
flowBeads (1321)
flowBin (1305)
flowcatchR (1037)
flowCHIC (1026)
flowCL (1313)
flowClean (1004)
flowClust (2554)
flowCore (6501)
flowCyBar (1304)
flowDensity (1217)
flowFit (1343)
flowFlowJo (1260)
flowFP (1623)
flowMap (1395)
flowMatch (1321)
flowMeans (1911)
flowMerge (1701)
flowPeaks (1550)
flowPhyto (1127)
flowPlots (1499)
flowQ (1241)
flowQB (1381)
FlowRepositoryR (347)
FlowSOM (375)
flowStats (3352)
flowTrack (1)
flowTrans (1552)
flowType (1580)
flowUtils (1839)
flowViz (4932)
flowVS (382)
flowWorkspace (3975)
fmcsR (2122)
focalCall (1007)
FourCSeq (1081)
FRGEpistasis (1258)
frma (2596)
frmaTools (1680)
FunciSNP (1610)

G

gaga (1618)
gage (4720)
gaggle (1451)
gaia (1419)
gaucho (1295)
gCMAP (1696)
gCMAPWeb (1424)
gcrma (16933)
gdsfmt (2922)
geecc (1007)
genArise (1482)
GENE.E (1719)
gene2pathway (113)
GeneAnswers (2375)
GeneExpressionSignature (1587)
genefilter (53125)
genefu (2120)
GeneGA (863)
GeneGroupAnalysis (90)
GeneMeta (1968)
GeneNetworkBuilder (1572)
GeneOverlap (1443)
geneplotter (35961)
GeneR (58)
geneRecommender (1530)
GeneRegionScan (1438)
generegulation (74)
GeneRfold (37)
geneRxCluster (1281)
GeneSelectMMD (1405)
GeneSelector (1855)
GENESIS (381)
GeneSpring (35)
geNetClassifier (1622)
GeneticsBase (15)
GeneticsDesign (1530)
GeneticsPed (1581)
GeneTraffic (29)
GeneTS (5)
genoCN (1495)
genomation (500)
GenomeGraphs (3502)
GenomeInfoDb (97238)
genomeIntervals (4760)
genomes (1762)
GenomicAlignments (46424)
GenomicFeatures (46318)
GenomicFiles (1822)
GenomicInteractions (1048)
GenomicRanges (69059)
GenomicTuples (1018)
Genominator (1893)
genoset (2400)
genotypeeval (2)
GenoView (969)
GEOmetadb (2675)
GEOquery (24111)
geoquery (1)
GEOsubmission (1480)
gespeR (360)
GEWIST (1330)
gff3Plotter (3)
GGBase (2688)
ggbio (11751)
GGtools (2153)
ggtree (844)
girafe (1990)
GLAD (2580)
GlobalAncova (1870)
globaltest (4146)
gmapR (854)
GOAL (1)
GOexpress (1329)
GOFunction (1804)
GoogleGenomics (409)
goProfiles (2010)
GOSemSim (5582)
goseq (5131)
GOSim (1832)
GOstats (14316)
GOsummaries (1196)
GOTHiC (1376)
goTools (2114)
gpls (2140)
gprege (1396)
gQTLBase (543)
gQTLstats (551)
graph (50189)
GraphAlignment (1466)
GraphAT (1411)
graphite (3198)
GraphPAC (1367)
GRENITS (1457)
GreyListChIP (348)
groHMM (1041)
GSAR (1058)
GSCA (1354)
GSEABase (18521)
GSEAlm (2106)
GSReg (984)
GSRI (1449)
GSVA (2417)
gtrellis (352)
Gviz (18598)
gwascat (2025)
GWASTools (2911)

H

h5vc (1458)
hapFabia (1407)
Harshlight (1453)
HCsnip (1387)
HDTD (970)
Heatplus (6637)
HELP (1497)
HEM (1430)
hexbin (154)
hiAnnotator (989)
HIBAG (408)
hierGWAS (1)
highthroughputassays (53)
HilbertVis (3091)
HilbertVisGUI (1122)
hiReadsProcessor (946)
HiTC (1654)
HMMcopy (1690)
hopach (2810)
hpar (1836)
HTqPCR (2628)
HTSanalyzeR (1901)
HTSandGeneCentricLabs (2)
HTSeqGenie (467)
htSeqTools (1953)
HTSFilter (1710)
HybridMTest (1361)
hyperdraw (1689)
hypergraph (2320)

I

iASeq (1359)
iBBiG (1472)
ibh (1344)
iBMQ (1385)
Icens (3110)
iChip (1403)
iClusterPlus (4547)
IdeoViz (1061)
idiogram (1489)
IdMappingAnalysis (1346)
IdMappingRetrieval (1357)
iFlow (73)
illuminaio (13177)
imageHTS (1530)
immunoClust (363)
IMPCdata (914)
impute (24226)
InPAS (355)
INPower (1215)
inSilicoDb (2303)
inSilicoMerging (2128)
INSPEcT (5)
intansv (1413)
interactiveDisplay (4872)
interactiveDisplayBase (4865)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (5)
inveRsion (1372)
IONiseR (11)
iontree (1356)
iPAC (1462)
IPPD (1715)
IRanges (116402)
iSeq (1455)
iSNetwork (1)
isobar (1956)
IsoGeneGUI (1469)
iSPlot (3)
ITALICS (1399)
iterativeBMA (1459)
iterativeBMAsurv (1443)
IVAS (337)

J

jmosaics (1367)
joda (1360)

K

KCsmart (1421)
kebabs (1162)
KEGGgraph (8023)
keggorth (16)
keggorthology (1704)
KEGGprofile (2162)
KEGGREST (10080)
KEGGSOAP (246)
KFAS (1)

L

lapmix (1397)
LBE (1651)
ldblock (2)
LEA (422)
LedPred (2)
les (1449)
liftOver (29)
limma (73488)
limmaGUI (2641)
LiquidAssociation (1398)
lmdme (1472)
LMGene (1653)
logicFS (2120)
logitT (1418)
lol (1375)
LowMACA (349)
LPE (1779)
LPEadj (1397)
lpNet (1351)
lumi (9374)
LVSmiRNA (1494)

M

M3D (1046)
maanova (2158)
macat (1464)
maCorrPlot (1396)
maDB (111)
made4 (3735)
maigesPack (1460)
MAIT (1131)
makecdfenv (3033)
makePlatformDesign (24)
MANOR (1450)
manta (1388)
MantelCorr (1366)
mAPKL (382)
maPredictDSC (1371)
marray (10514)
maSigPro (2603)
maskBAD (1372)
MassArray (1460)
massiR (1318)
MassSpecWavelet (3137)
matchBox (1375)
matchprobes (97)
MatrixRider (335)
MBAmethyl (919)
MBASED (1085)
MBCB (1463)
mBPCR (1415)
mcaGUI (1398)
MCRestimate (1472)
mdgsa (344)
mdqc (1612)
MeasurementError.cor (1342)
MEDIPS (2226)
MEDME (1480)
MEIGOR (930)
MergeMaid (2037)
MeSHDbi (1658)
meshr (1385)
MeSHSim (343)
messina (1228)
metaArray (1960)
Metab (1048)
metabomxtr (960)
metagene (1020)
metagenomeSeq (3951)
metahdep (1415)
metaMS (1426)
metaSeq (1412)
metaseqR (1489)
metaX (3)
MethTargetedNGS (342)
methVisual (1470)
methyAnalysis (2079)
MethylAid (1120)
MethylMix (1135)
methylMnM (1317)
methylPipe (1265)
MethylSeekR (1572)
methylumi (8539)
Mfuzz (3987)
MGFM (969)
mgsa (1581)
MiChip (1406)
microRNA (2090)
MIMOSA (1257)
MineICA (1362)
minet (4423)
minfi (10398)
MinimumDistance (1427)
MiPP (1410)
MiRaGE (1417)
mirIntegrator (7)
miRLAB (7)
miRNApath (1628)
miRNAtap (1066)
Mirsynergy (1244)
missMethyl (1148)
mitoODE (1244)
MLInterfaces (3055)
MLP (1447)
MLSeq (1475)
MMDiff (1471)
mmgmos (1)
mmnet (1346)
MmPalateMiRNA (1440)
mogsa (363)
monocle (1569)
MoPS (909)
mosaics (1657)
MotifDb (2590)
motifRG (1483)
motifStack (2662)
MotIV (2852)
MPFE (913)
mQTL.NMR (962)
msa (474)
MSGFgui (1236)
MSGFplus (1315)
msmsEDA (1463)
msmsTests (1459)
MSnbase (3849)
MSnID (1244)
MSstats (1834)
mtbls2 (2)
Mulcom (1717)
MultiMed (916)
multiscan (1374)
multtest (30244)
muscle (577)
MVCClass (1498)
mvGST (970)
mygene (1622)
mzID (3043)
mzR (8328)

N

NanoStringQCPro (383)
NarrowPeaks (1431)
ncdfFlow (3405)
NCIgraph (1763)
neaGUI (1551)
nem (1603)
netbenchmark (388)
netbiov (999)
nethet (345)
NetPathMiner (1337)
netresponse (1400)
NetSAM (1321)
networkBMA (1502)
NGScopy (960)
nnNorm (1399)
NOISeq (3525)
nondetects (1279)
NormqPCR (2023)
npGSEA (1349)
NTW (1313)
nucleR (1548)
nudge (1374)
NuPoP (1367)

O

occugene (1298)
OCplus (1777)
OGSA (2)
oligo (9659)
oligoClasses (10964)
OLIN (1445)
OLINgui (1394)
omicade4 (1522)
OmicCircos (2216)
OmicsMarkeR (357)
OncoSimulR (805)
oneChannelGUI (2087)
ontoCAT (1510)
ontoTools (42)
openCyto (1715)
OperaMate (5)
oposSOM (1109)
OrderedList (2554)
org.Hs.eg.db (1)
OrganismDbi (10864)
OSAT (1319)
Oscope (2)
OTUbase (1482)
OutlierD (1531)

P

PAA (1056)
PADOG (1461)
paircompviz (1327)
pairseqsim (5)
pamr (37)
pandaR (374)
PAnnBuilder (1565)
panp (1556)
PANR (1399)
PAPi (1418)
parglms (319)
parody (2005)
Path2PPI (2)
pathifier (1508)
PathNet (1408)
pathRender (1392)
pathview (6128)
PatientGeneSets (36)
paxtoolsr (1223)
Pbase (983)
pbcmc (1)
pcaGoPromoter (1435)
pcaMethods (7982)
pcot2 (1607)
PCpheno (1329)
pdInfoBuilder (2195)
pdmclass (1457)
PECA (1246)
pepStat (961)
pepXMLTab (948)
PGA (7)
PGSEA (2372)
pgUtils (128)
phenoDist (1319)
phenoTest (1637)
PhenStat (1227)
phyloseq (6308)
piano (2507)
pickgene (1381)
PICS (2095)
PING (1413)
pint (1419)
pkgDepTools (1673)
plateCore (1420)
plethy (1301)
plgem (1509)
plier (2974)
PLPE (1409)
plrs (1316)
plw (1382)
pmm (332)
podkat (360)
polyester (1140)
Polyfit (942)
ppiStats (1494)
prada (3121)
prebs (1352)
PREDA (1416)
predictionet (752)
preprocessCore (43761)
Prize (3)
proBAMr (902)
PROcess (2172)
procoil (1322)
ProCoNA (1351)
pRoloc (1743)
pRolocGUI (1039)
PROMISE (1380)
PROPER (364)
prot2D (1342)
proteinProfiles (1279)
proteomics (23)
proteoQC (1016)
ProtGenerics (1993)
PSEA (940)
PSICQUIC (1556)
puma (1931)
pvac (1467)
pvca (1670)
Pviz (1027)
PWMEnrich (1847)
pwOmics (255)

Q

qcmetrics (1313)
QDNAseq (1514)
qpcrNorm (1528)
qpgraph (2429)
qrqc (2040)
QUALIFIER (1384)
quantro (1115)
quantsmooth (3730)
QuartPAC (330)
QuasR (3079)
qusage (1405)
qvalue (18948)

R

R3CPET (328)
r3Cseq (1703)
R453Plus1Toolbox (1482)
rain (1057)
rama (1611)
RamiGO (1914)
randPack (1367)
RankProd (3917)
RareVariantVis (6)
Rariant (1213)
RbcBook1 (1480)
RBGL (31625)
RBioinf (1490)
rBiopaxParser (1628)
RBM (348)
Rbowtie (3098)
rbsurv (1411)
Rcade (1367)
RCASPAR (1317)
rcellminer (370)
rCGH (5)
Rchemcpp (1320)
RchyOptimyx (1448)
Rcpi (1800)
RCyjs (235)
RCytoscape (3512)
RDAVIDWebService (3016)
Rdbi (42)
RdbiPgSQL (20)
Rdisop (1906)
RDRToolbox (2060)
ReactomePA (2602)
ReadqPCR (2083)
reb (1388)
RedeR (2033)
REDseq (1606)
RefNet (1258)
RefPlus (1477)
regioneR (356)
regionReport (992)
Repitools (2899)
ReportingTools (6064)
ReQON (1345)
Resourcerer (489)
rflowcyt (38)
rfPred (1250)
rGADEM (3339)
RGalaxy (1384)
Rgraphviz (25910)
rGREAT (354)
RGSEA (1025)
rgsepd (331)
rhdf5 (18616)
Rhtslib (477)
rHVDM (1377)
riboSeq (19)
riboSeqR (1059)
Ringo (3371)
Rintact (20)
RIPSeeker (1570)
Risa (1379)
RLMM (1367)
RMAGEML (20)
Rmagpie (1416)
RMAPPER (480)
RMassBank (1552)
rMAT (969)
RmiR (1656)
RNAinteract (1361)
RNAither (1417)
RNAprobR (326)
rnaseqcomp (9)
rnaseqGene (891)
rnaSeqMap (1562)
RNASeqPower (1764)
RnaSeqSampleSize (360)
RnBeads (728)
Rnits (966)
roar (1219)
ROC (5466)
Roleswitch (1302)
Rolexa (1480)
rols (1846)
ROntoTools (1510)
ropls (10)
RPA (1491)
RpsiXML (1647)
rpx (1894)
Rqc (1015)
rqubic (1542)
rRDP (944)
Rredland (11)
RRHO (1352)
Rsamtools (53274)
rsbml (1900)
rSFFreader (756)
RSNPper (16)
Rsubread (4244)
RSVSim (1487)
rTANDEM (1940)
RTCA (1435)
RTCGA (4)
RTCGAToolbox (63)
RTN (1505)
RTools4TB (38)
RTopper (1420)
rtracklayer (49347)
Rtreemix (1372)
rTRM (1322)
rTRMui (1266)
Ruuid (55)
RUVcorr (351)
RUVnormalize (1020)
RUVSeq (2005)
RWebServices (319)

S

S4Vectors (83571)
safe (1945)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1383)
SAGx (1963)
SamSPECTRAL (1464)
sangerseqR (2326)
SANTA (1346)
sapFinder (1232)
saps (373)
savR (1377)
SBMLR (1457)
SCAN.UPC (1809)
ScISI (1526)
scsR (1210)
SeattleIntro2010 (8)
segmentSeq (1726)
SELEX (341)
SemDist (904)
SemSim (14)
seq2pathway (383)
SeqArray (1486)
seqbias (1567)
seqCNA (1344)
SeqGSEA (2317)
seqLogo (6552)
seqPattern (337)
seqplots (1238)
seqTools (1029)
SequenceAnalysis (3)
SequenceAnalysisData (24)
sequencing (43)
SeqVarTools (1345)
SGSeq (985)
shinyMethyl (1308)
shinyTANDEM (1346)
ShortRead (16032)
sidap (5)
sigaR (1483)
SigCheck (979)
SigFuge (1295)
siggenes (13037)
sigPathway (2147)
sigsquared (317)
SIM (1490)
SIMAT (324)
SimBindProfiles (1262)
similaRpeak (316)
simpleaffy (9823)
simulatorAPMS (24)
simulatorZ (930)
sincell (420)
sizepower (1653)
SJava (344)
skewr (326)
SLGI (1364)
SLqPCR (1509)
SMAP (1357)
SNAGEE (1308)
snapCGH (1866)
snm (1655)
SNPchip (3074)
snpMatrix (220)
SNPRelate (2520)
snpStats (7417)
soGGi (339)
SomatiCA (1385)
SomaticSignatures (1618)
SpacePAC (1295)
spade (2023)
specL (964)
SpeCond (1630)
SPEM (1250)
SPIA (3236)
spikeLI (1338)
spkTools (1354)
splicegear (1353)
spliceR (1861)
spliceSites (1273)
SplicingGraphs (1611)
splots (2647)
spotSegmentation (1526)
SQUADD (1303)
SRAdb (4487)
sRAP (1562)
sscore (1335)
sSeq (1401)
ssize (1712)
SSPA (1607)
ssviz (951)
stam (10)
STAN (1041)
staRank (1266)
Starr (1543)
STATegRa (977)
stepNorm (1371)
stepwiseCM (1384)
Streamer (1345)
STRINGdb (1998)
StudentGWAS (1)
SummarizedExperiment (582)
supraHex (1755)
survcomp (3759)
Sushi (1808)
sva (10119)
SVM2CRM (331)
SwimR (1210)
switchBox (962)
synapter (1739)
synlet (1)
systemPipeR (2218)

T

TargetScore (1324)
TargetSearch (1522)
TCC (2140)
TCGAbiolinks (10)
TDARACNE (1487)
TEQC (1597)
ternarynet (1264)
TFBSTools (1909)
tigre (1438)
tilingArray (2014)
timecourse (1939)
TIN (357)
TitanCNA (1364)
tkWidgets (6547)
ToPASeq (1074)
topGO (10063)
TPP (356)
tracktables (922)
trackViewer (1396)
tRanslatome (1439)
TransView (1402)
traseR (4)
triform (1283)
trigger (1359)
trio (1616)
triplex (1303)
TRONCO (337)
TSCAN (945)
tspair (1552)
TSSi (1341)
TurboNorm (1383)
tweeDEseq (1580)
twilight (2694)
TypeInfo (1361)

U

UNDO (1239)
unifiedWMWqPCR (1238)
UniProt.ws (2024)

V

VanillaICE (1674)
variancePartition (2)
VariantAnnotation (25970)
VariantFiltering (1526)
variants (167)
VariantTools (889)
vbmp (1906)
Vega (1332)
VegaMC (1331)
viper (1334)
virtualArray (699)
vsn (14962)
vtpnet (1273)

W

wateRmelon (3363)
wavClusteR (986)
waveTiling (1324)
weaver (1601)
webbioc (1428)
widgetInvoke (1)
widgetTools (6754)

X

XBSeq (4)
xcms (6860)
XDE (1395)
xmapbridge (1332)
xmapcore (66)
xps (1999)
XVector (68586)

Y

yaqcaffy (1712)

Z

zlibbioc (83819)