See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2023-06-07 00:33:32 -0400 (Wed, 07 Jun 2023).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (52283)
2BiocVersion (50533)
3S4Vectors (49912)
4GenomeInfoDb (49122)
5IRanges (47643)
6Biobase (45105)
7zlibbioc (44354)
8XVector (43129)
9BiocParallel (42569)
10Biostrings (41160)
11DelayedArray (38093)
12GenomicRanges (36692)
13AnnotationDbi (34463)
14MatrixGenerics (34194)
15SummarizedExperiment (33898)
16limma (33245)
17KEGGREST (32567)
18annotate (21597)
19BiocFileCache (21243)
20GenomicAlignments (20646)
21Rhtslib (20038)
22Rsamtools (19886)
23edgeR (19808)
24biomaRt (19727)
25Rhdf5lib (18285)
26rtracklayer (17946)
27DESeq2 (17912)
28genefilter (17324)
29graph (17298)
30rhdf5 (16716)
31ggtree (16521)
32GenomicFeatures (16150)
33rhdf5filters (16100)
34treeio (15876)
35geneplotter (15800)
36BiocIO (15449)
37qvalue (14308)
38enrichplot (14149)
39preprocessCore (13685)
40fgsea (13490)
41clusterProfiler (13381)
42DOSE (13313)
43DelayedMatrixStats (13192)
44SingleCellExperiment (12530)
45GOSemSim (12451)
46sparseMatrixStats (12207)
47beachmat (11938)
48ComplexHeatmap (11443)
49BSgenome (10644)
50HDF5Array (10350)
51ScaledMatrix (10104)
52multtest (10095)
53BiocSingular (9989)
54ProtGenerics (9579)
55impute (9402)
56Rgraphviz (9093)
57RBGL (9048)
58GEOquery (8464)
59AnnotationHub (8415)
60ensembldb (8179)
61interactiveDisplayBase (8060)
62AnnotationFilter (8020)
63scuttle (7805)
64BiocNeighbors (7677)
65affyio (7635)
66affy (7476)
67GSEABase (7346)
68VariantAnnotation (7318)
69BiocStyle (6113)
70sva (6100)
71ShortRead (5514)
72ExperimentHub (5379)
73scater (5286)
74KEGGgraph (4920)
75biovizBase (4711)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (56)
a4Base (81)
a4Classif (54)
a4Core (91)
a4Preproc (103)
a4Reporting (73)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (8)
abaenrichment (1)
ABarray (48)
abc (1)
abc.data (1)
abe (1)
abind (1)
abseqR (45)
ABSOLUTE (1)
ABSSeq (79)
acde (67)
ACE (69)
acepack (1)
aCGH (118)
ACME (64)
adabag (1)
ADaCGH2 (47)
ADAM (47)
ADAMgui (44)
adaptest (2)
adductomicsR (45)
ade4 (1)
adegenet (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (58)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (12)
admixtools (1)
adSplit (44)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (42)
affxparser (1418)
affy (7476)
affycomp (56)
AffyCompatible (49)
affyContam (45)
affycoretools (335)
affydata (1)
AffyExpress (4)
affyILM (42)
affyio (7635)
affylmGUI (51)
affyPara (5)
affypdnn (3)
affyPLM (1411)
affyQCReport (11)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (45)
AffyTiling (2)
AGDEX (46)
aggregateBioVar (47)
aggregation (1)
Agi4x44PreProcess (3)
agilp (102)
AgiMicroRna (131)
agimicrorna (0)
agricolae (3)
AHMassBank (6)
AIMS (336)
airpart (37)
airway (1)
akima (1)
alabaster (10)
alabaster.base (8)
alabaster.bumpy (7)
alabaster.mae (10)
alabaster.matrix (7)
alabaster.ranges (7)
alabaster.sce (6)
alabaster.schemas (8)
alabaster.se (6)
alabaster.spatial (6)
alabaster.string (6)
alabaster.vcf (6)
ald (0)
ALDEx2 (817)
aldvmm (1)
alevinQC (72)
AlgDesign (1)
ALL (5)
AllelicImbalance (59)
AlphaBeta (39)
alphashape3d (1)
alpine (72)
ALPS (4)
AlpsNMR (59)
alsace (8)
altcdfenvs (46)
amap (0)
AMARETTO (52)
Amelia (1)
amgen.okta.client (1)
AMOUNTAIN (67)
amplican (59)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (2)
anamiR (2)
Anaquin (50)
ANCOMBC (839)
AneuFinder (71)
AneuFinderData (1)
ANF (43)
animalcules (93)
animation (1)
annaffy (202)
AnnBuilder (1)
annmap (40)
annotate (21597)
AnnotationDbi (34463)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (8020)
AnnotationForge (2408)
AnnotationFuncs (6)
AnnotationHub (8415)
AnnotationHubData (213)
annotationTools (69)
annotatr (423)
anota (52)
anota2seq (52)
antiProfiles (57)
AnVIL (545)
AnVILBilling (48)
AnVILPublish (38)
AnVILWorkflow (4)
anytime (1)
aod (1)
APAlyzer (54)
apcluster (1)
apComplex (44)
apcomplex (0)
ape (3)
apeglm (3009)
apexcharter (1)
APL (47)
aplot (5)
applera (1)
appreci8R (41)
aqp (1)
argparse (4)
arm (1)
aroma.affymetrix (3)
aroma.apd (3)
aroma.core (4)
aroma.light (1733)
ArrayExpress (441)
ArrayExpressHTS (28)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (1)
arrayMvout (39)
arraymvout (0)
arrayop (1)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (95)
arrayQualityMetrics (503)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (9)
ArrayTV (4)
ARRmNormalization (49)
arrow (6)
arsenal (1)
artMS (59)
arules (14)
ASAFE (51)
ASCAT (1)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (57)
ASExtras4 (1)
ASGSCA (57)
ash (3)
ashr (0)
asht (1)
ASICS (58)
AsioHeaders (1)
askpass (1)
asmn (1)
asnipe (1)
ASpediaFI (30)
ASpli (71)
asremlPlus (1)
assert (1)
assertive.properties (1)
assertr (1)
assertthat (1)
AssessORF (41)
ASSET (79)
ASSIGN (61)
AssotesteR (1)
ASURAT (48)
ATACCoGAPS (22)
ATACseqQC (297)
ATACseqTFEA (27)
ATE (1)
atena (52)
AtlasRDF (1)
atSNP (47)
attachment (0)
attract (43)
AUC (1)
AUCell (1730)
audio (1)
autonomics (46)
Autotuner (3)
av (1)
AWFisher (44)
aws.s3 (3)
aws.signature (3)
awst (44)
Azimuth (1)

B

BaalChIP (49)
babelgene (1)
babelmixr2 (1)
BAC (50)
backports (42)
bacon (81)
bacr (1)
BADER (68)
badger (1)
BadRegionFinder (42)
BAGS (40)
baguette (1)
ballgown (562)
bambu (217)
bamsignals (956)
BANDITS (56)
bandle (37)
banocc (50)
barcodetrackR (37)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base64 (1)
base64enc (1)
base64url (1)
basecallQC (48)
BaseSpaceR (58)
Basic4Cseq (44)
BASiCS (108)
BASiCStan (24)
BasicSTARRseq (48)
basilisk (1718)
basilisk.utils (1689)
batchelor (3065)
BatchJobs (1)
BatchQC (97)
batchtools (1)
BayesFactor (1)
BayesianTools (1)
BayesKnockdown (34)
bayesm (1)
bayesmeta (1)
BayesPeak (9)
bayespeak (0)
BayesPen (1)
bayesplot (4)
BayesSpace (156)
bayestestR (1)
bayNorm (69)
baySeq (466)
bayseq (1)
BB (1)
BBCAnalyzer (38)
BBmisc (1)
bbmle (1)
bbr (1)
BCEE (1)
bcellViper (1)
BCRANK (51)
bcSeq (42)
BDgraph (1)
BDMMAcorrect (45)
bdsmatrix (1)
beachmat (11938)
beadarray (620)
beadarraySNP (47)
BeadDataPackR (642)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (1)
beanplot (1)
BEARscc (35)
BEAT (39)
BEclear (59)
bedr (1)
beer (40)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (37)
BentoBox (0)
betr (3)
BeviMed (1)
bezier (1)
BG2 (7)
bgafun (3)
BgeeCall (42)
BgeeDB (81)
BGLR (0)
BGmix (49)
bgx (44)
BH (42)
BHC (102)
BiasedUrn (4)
bibtex (1)
BicARE (90)
BiFET (40)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
BiGGR (42)
biglm (1)
BigMatrix (0)
bigmelon (46)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (5)
bigparallelr (1)
bigPint (64)
bigreadr (1)
bigrquery (4)
bigsnpr (1)
bigsparser (1)
bigstatsr (1)
bigutils (1)
bigutilsr (1)
billboarder (1)
bim (1)
BindingSiteFinder (43)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binom (1)
binr (1)
bio3d (1)
bioassayR (52)
Biobase (45105)
biobase (1)
biobroom (162)
biobtreeR (52)
bioc::GenomeInfoDbData (1)
bioCancer (51)
BiocBaseUtils (1706)
BiocCaseStudies (3)
BiocCheck (1445)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (49)
BiocFHIR (22)
BiocFileCache (21243)
BiocGenerics (52283)
BioCGenerics (0)
biocGraph (81)
BiocHail (4)
BiocHubsShiny (12)
BiocInstaller (727)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstallerf (0)
BiocIO (15449)
biocLite (0)
BiocManager (15)
BiocNeighbors (7677)
BiocOncoTK (52)
Bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (1)
BioCor (57)
BiocParallel (42569)
BiocPkgTools (106)
BiocSet (168)
BiocSingular (9989)
BiocSklearn (54)
BiocStyle (6113)
biocthis (160)
BiocVersion (50533)
biocViews (3895)
BiocWorkflowTools (150)
biodb (97)
biodbChebi (39)
biodbExpasy (31)
biodbHmdb (38)
biodbKegg (53)
biodbLipidmaps (33)
biodbMirbase (32)
biodbNcbi (36)
biodbNci (30)
biodbUniprot (39)
bioDist (184)
biom (1)
biomaRt (19727)
biomart (0)
biomartr (1)
BioMedR (1)
biomformat (4569)
BioMM (41)
BioMVCClass (41)
biomvRCNS (33)
BioNAR (22)
BioNERO (91)
BioNet (217)
bionet (0)
BioNetStat (57)
BioPlex (17)
BioQC (98)
BioSeqClass (7)
biosigner (66)
biostatUtil (1)
Biostrings (41160)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (2)
BioTIP (41)
biotmle (47)
BioVersion (1)
biovizBase (4711)
BiRewire (90)
birta (6)
birte (1)
biscuiteer (46)
BiSeq (58)
bit (8)
bit64 (2)
bitops (1)
BitSeq (42)
bizdays (1)
blacksheepr (41)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (40)
BLMA (46)
blme (4)
blob (38)
blockcluster (1)
blogdown (1)
BloodGen3Module (52)
bluster (3537)
BMA (1)
BMix (1)
bmp (1)
bnbc (38)
bnem (34)
bnlearn (1)
BOBaFIT (37)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (10)
boot (11)
bootstrap (1)
borealis (32)
Boruta (1)
box (1)
bpcp (1)
BPRMeth (46)
BRAIN (89)
brainflowprobes (37)
brainImageR (1)
BrainSABER (28)
BrainStars (2)
branchpointer (55)
brave (1)
breakpointR (46)
brendaDb (41)
brew (38)
BRGenomics (132)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (1)
brickster (1)
bridge (28)
BridgeDbR (67)
bridgedist (1)
bridgesampling (1)
brio (1)
brms (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (38)
broom.helpers (1)
broom.mixed (1)
BrowserViz (116)
BrowserVizDemo (1)
bs4Dash (1)
BSgenome (10644)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (3)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (4)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (4)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (4)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
BSgenomeForge (6)
bslib (15)
bsplus (1)
bsseq (1193)
bst (1)
btergm (1)
BubbleTree (43)
BufferedMatrix (61)
BufferedMatrixMethods (41)
bugsigdbr (79)
BUMHMM (33)
bumphunter (2255)
BumpyMatrix (302)
BUS (41)
BUScorrect (37)
BUSpaRse (187)
BUSseq (35)
butcher (1)
BuxcoR (0)
bvls (1)
BWStest (1)

C

C50 (1)
ca (1)
cache (1)
cachem (29)
CAEN (32)
CAFE (42)
CAGEfightR (70)
cageminer (34)
CAGEr (94)
Cairo (1)
CALIB (3)
calib (0)
calibrate (1)
callr (40)
callthat (1)
calm (49)
CAMERA (421)
campsismod (1)
CAMTHC (2)
canceR (46)
cancerclass (56)
CancerInSilico (35)
CancerMutationAnalysis (3)
CancerSubtypes (188)
CAnD (16)
caOmicsV (13)
car (36)
carData (1)
cardelino (30)
Cardinal (112)
caret (34)
CARNIVAL (129)
casper (41)
castor (1)
CATALYST (375)
Category (1800)
category (1)
categoryCompare (42)
caTools (1)
CausalR (58)
cba (1)
cbaf (42)
CBEA (32)
cBioPortalData (355)
CBNplot (8)
cbpManager (39)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (4)
ccfindR (70)
ccImpute (21)
ccmap (65)
CCPROMISE (37)
ccrepe (91)
ccube (1)
cdip.datastore (1)
CDr (1)
celaref (60)
celda (331)
CellaRepertorium (46)
CellBarcode (35)
cellbaseR (54)
CellBench (103)
celldex (1)
cellGrowth (3)
cellHTS (2)
cellHTS2 (106)
CelliD (110)
cellity (46)
CellMapper (40)
cellmigRation (47)
CellMixS (57)
CellNOptR (81)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (49)
CellScore (35)
CellTrails (41)
cellTree (31)
cellxgenedp (153)
cem (1)
CEMiTool (129)
censcyt (36)
Cepo (68)
ceRNAnetsim (42)
CeTF (56)
CexoR (35)
CFAssay (57)
cfDNAPro (39)
cfTools (5)
cgdsr (1)
CGEN (64)
CGHbase (343)
CGHcall (314)
cghFLasso (1)
cghMCR (47)
CGHnormaliter (49)
CGHregions (53)
ChAMP (576)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
CHARGE (2)
charm (4)
checkmate (3)
ChemmineOB (220)
ChemmineR (675)
chemminer (0)
chemometrics (1)
CHETAH (68)
ChIC (34)
Chicago (85)
chihaya (8)
chimera (3)
chimeraviz (72)
ChIPanalyser (38)
ChIPComp (43)
chipenrich (80)
ChIPexoQual (39)
ChIPpeakAnno (844)
ChIPQC (338)
ChIPseeker (1701)
chipseq (499)
ChIPseqR (74)
ChIPSeqSpike (5)
ChIPsim (72)
ChIPXpress (35)
chk (1)
chopsticks (82)
CHORD (1)
chroGPS (2)
chromDraw (37)
ChromHeatMap (51)
chromote (1)
ChromoViz (1)
chromPlot (68)
ChromSCape (44)
chromstaR (74)
chromswitch (33)
chromVAR (927)
chron (1)
CHRONOS (47)
cicero (193)
CIMICE (35)
CINdex (45)
cindex (0)
circlesize (1)
circlize (1)
circRNAprofiler (53)
CircSeqAlignTk (18)
circular (1)
cisPath (53)
CiteFuse (76)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (37)
ClassifyR (66)
classInt (5)
cleanUpdTSeq (42)
cleaver (157)
clevRvis (8)
cli (51)
clinfun (1)
clinPK (1)
ClinViz (1)
clippda (38)
clipper (72)
clipr (24)
cliProfiler (38)
cliqueMS (62)
clisymbols (0)
clock (8)
Clomial (47)
Clonality (45)
clonotypeR (21)
clst (47)
clstutils (45)
clue (5)
CluMSID (51)
clustComp (53)
cluster (36)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (290)
clusterGeneration (1)
ClusterJudge (52)
clustermq (1)
clusterprofielr (1)
clusterProfiler (13381)
clusterprofiler (1)
clusterRepro (1)
clusterSeq (32)
ClusterSignificance (48)
clusterSim (0)
clusterStab (73)
clusthaplo (1)
clustifyr (121)
clustree (1)
clValid (1)
CMA (103)
cmapR (275)
cmdstanr (1)
cmprsk (1)
cn.farms (41)
cn.mops (177)
CNAnorm (44)
cnanorm (0)
CNAqc (1)
CNEr (1688)
CNORdt (42)
CNORfeeder (44)
CNORfuzzy (42)
cNORM (1)
CNORode (62)
CNPBayes (2)
CNTools (84)
cntools (1)
CNVfilteR (45)
CNVgears (51)
cnvGSA (38)
CNViz (37)
CNVMetrics (31)
CNVPanelizer (49)
CNVRanger (65)
CNVrd2 (36)
CNVtools (3)
cnvtools (0)
cobalt (1)
cobindR (2)
cobs (1)
CoCiteStats (35)
COCOA (42)
coda (1)
codelink (46)
codetools (7)
CODEX (68)
coexnet (20)
CoGAPS (117)
cogena (74)
cogeqc (43)
Cogito (35)
coGPS (53)
COHCAP (58)
coin (1)
cola (112)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (1)
coloc (4)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (4)
colorspace (16)
colourpicker (1)
colourvalues (1)
comapr (35)
combi (34)
coMET (65)
coMethDMR (35)
ComICS (1)
commentr (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (55)
compartmap (40)
COMPASS (56)
compcodeR (66)
compEpiTools (49)
CompGO (4)
compiler (1)
ComplexHeatmap (11443)
complexheatmap (1)
compositions (1)
CompoundDb (220)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (48)
conclus (24)
concordexR (9)
condcomp (1)
condiments (54)
conditionz (1)
CONFESS (37)
config (1)
conflicted (4)
connectwidgets (1)
conquer (1)
consensus (49)
ConsensusClusterPlus (2666)
consensusDE (38)
consensusOV (49)
consensusSeekeR (78)
consICA (25)
consort (1)
CONSTANd (50)
contfrac (1)
contiBAIT (37)
conumee (119)
convert (107)
copa (40)
COPDSexualDimorphism (1)
copula (1)
copynumber (347)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (89)
CopywriteR (49)
coRdon (111)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (63)
CoreGx (183)
Cormotif (37)
CorMut (5)
coRNAi (2)
coro (1)
corpcor (1)
corral (54)
correlation (1)
CORREP (55)
corrplot (1)
corrr (1)
coseq (83)
CoSIA (10)
cosmiq (37)
cosmo (2)
cosmoGUI (1)
cosmosR (58)
COSNet (58)
COTAN (47)
CountClust (7)
countrycode (0)
countsimQC (72)
covEB (35)
CoverageView (54)
covr (34)
covRNA (38)
CovSel (1)
cowplot (1)
cpp11 (8)
cpvSNP (40)
cqn (204)
crayon (34)
creatr (1)
credentials (1)
CRImage (54)
CRISPR.shinyapp (1)
crisprBase (63)
crisprBowtie (74)
crisprBwa (36)
crisprDesign (49)
crisprScore (78)
CRISPRseek (94)
crisprseekplus (36)
CrispRVariants (77)
crisprVerse (37)
crisprViz (41)
crlmm (103)
CrossICC (2)
crossmeta (63)
crosstalk (36)
crrri (1)
crrry (1)
crul (2)
CSAR (76)
csaw (326)
csawBook (4)
csdR (39)
csSAM (1)
CSSP (56)
CSSQ (34)
csv (1)
ctc (273)
CTdata (11)
CTDquerier (38)
ctgGEM (12)
ctmle (1)
cTRAP (43)
ctree (1)
ctsGE (41)
CTSV (28)
cubature (1)
cubelyr (1)
Cubist (1)
cummeRbund (222)
cummerbund (1)
curatedMetagenomicData (1)
curl (39)
customCMPdb (37)
customProDB (59)
cvAUC (1)
CVE (2)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (1)
cyanoFilter (32)
cycle (37)
cyclocomp (1)
cydar (69)
CytoDx (39)
cytofast (3)
cytofkit (16)
CyTOFpower (32)
cytofQC (5)
CytoGLMM (46)
cytoKernel (36)
cytolib (2220)
cytomapper (174)
cytoMEM (40)
CytoML (772)
CytoPipeline (6)
CytoTree (44)
cytoviewer (6)

D

D0.db (1)
d3Network (1)
d3r (1)
dada2 (2097)
dae (1)
dagLogo (50)
daMA (55)
DAMEfinder (39)
DaMiRseq (56)
DAPAR (99)
DART (59)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (39)
data.table (36)
data.tree (1)
datamods (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
datawizard (1)
DAVIDQuery (2)
dbarts (1)
DBChIP (6)
DBI (6)
DBItest (1)
dbplyr (28)
dbscan (1)
dcanr (76)
DCATS (1)
dce (43)
dcGSA (37)
DChIPRep (2)
ddalpha (1)
ddCt (81)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (36)
deal (1)
dearseq (97)
debCAM (49)
debrowser (111)
debugme (1)
DECIPHER (2020)
deco (31)
DEComplexDisease (31)
decompTumor2Sig (67)
DeconRNASeq (169)
decontam (1046)
deconvR (44)
decoupleR (479)
DEDS (4)
DeepBlueR (44)
DeepPINCS (36)
deepSNV (91)
DEFormats (209)
DegNorm (43)
DEGraph (38)
degraph (1)
DEGreport (443)
DEGseq (169)
degseq (0)
DelayedArray (38093)
DelayedDataFrame (42)
DelayedMatrixStats (13192)
DelayedRandomArray (42)
DelayedTensor (34)
deldir (2)
DELocal (9)
deltaCaptureC (37)
deltaGseg (45)
DeMAND (51)
DeMixT (63)
demuxmix (68)
demuxSNP (1)
dendextend (33)
dendsort (1)
densEstBayes (1)
densityClust (1)
densvis (591)
DEoptim (1)
DEoptimR (2)
DEP (423)
DepecheR (457)
DepInfeR (31)
DEqMS (188)
derfinder (463)
derfinderHelper (461)
derfinderPlot (86)
Deriv (1)
desc (37)
DEScan2 (38)
DescTools (1)
DESeq (374)
deseq (1)
DESeq2 (17912)
deseq2 (1)
DEsingle (258)
deSolve (31)
DESpace (6)
destiny (642)
DEsubs (44)
devtools (38)
DEWSeq (48)
DEXICA (0)
DExMA (45)
DEXSeq (1231)
dexus (3)
dfidx (1)
DFP (34)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (1)
DIAlignR (42)
dials (4)
DiceDesign (1)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (1)
DiffBind (1026)
diffcoexp (67)
diffcyt (221)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (38)
diffGeneAnalysis (45)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (86)
DiffLogo (65)
diffloop (68)
diffobj (1)
diffuStats (56)
diffUTR (35)
digest (57)
diggit (43)
dimRed (1)
Dino (39)
dir.expiry (1636)
directlabels (1)
Director (46)
DirichletMultinomial (2539)
discordant (67)
DiscoRhythm (52)
DiscriMiner (1)
disk.frame (1)
distill (1)
distillery (1)
distinct (106)
distr (1)
distrEx (1)
distributional (5)
DistributionUtils (1)
dittodb (1)
dittoSeq (701)
divergence (32)
diveRsity (1)
dks (43)
dlstats (1)
dm (1)
DMCFB (34)
DMCHMM (36)
DMRcaller (64)
DMRcate (772)
DMRcatedata (1)
DMRforPairs (40)
DMRScan (33)
dmrseq (121)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (34)
DNABarcodes (138)
DNAcopy (4296)
dnacopy (1)
DNAfusion (23)
DNaseR (1)
DNAshapeR (65)
dndscv (1)
do (1)
DO.db (3)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (2)
DoEstRare (1)
doFuture (1)
domainsignatures (2)
doMC (1)
DominoEffect (34)
doParallel (19)
doppelgangR (43)
DOQTL (3)
doRNG (1)
dorothea (1)
Doscheda (34)
DOSE (13313)
DoseFinding (1)
doseR (35)
doSNOW (1)
dotCall64 (1)
doubletrouble (12)
downlit (1)
downloader (1)
dparser (1)
DPClust (1)
dpclust3p (1)
dpeak (38)
dplyr (83)
dqrng (4)
dr (1)
drake (1)
drawProteins (142)
drc (1)
dream (1)
DRIMSeq (356)
DriverNet (56)
DropletUtils (2193)
DRR (1)
drugTargetInteractions (47)
DrugVsDisease (37)
dSimer (1)
DSS (1016)
dStruct (30)
DT (48)
DTA (57)
dtangle (1)
dtplyr (27)
DTRreg (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (3)
duckdb (1)
dummies (1)
Dune (34)
DupChecker (2)
dupRadar (83)
dyebias (39)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1064)
dyndoc (0)

E

e1071 (5)
earth (1)
easier (75)
EasyABC (1)
EasyCellType (26)
easypar (1)
EasyqpcR (4)
easyreporting (46)
easyRNASeq (57)
easyrnaseq (0)
EBarrays (122)
EBcoexpress (52)
EBImage (2301)
ebimage (0)
EBSEA (39)
EBSeq (342)
EBSeqHMM (53)
echarts4r (1)
ecodist (1)
ecolitk (38)
ECOSolveR (1)
EDASeq (1560)
edd (1)
EDDA (2)
edge (92)
edgeR (19808)
edger (1)
EDIRquery (6)
eds (96)
eegc (36)
EGAD (51)
egg (3)
EGSEA (151)
eha (1)
eiR (36)
eisa (5)
eisaR (78)
elasticsearchr (1)
ELBOW (3)
ellipse (31)
ellipsis (3)
elliptic (1)
ELMER (207)
emayili (1)
embed (1)
emdbook (1)
EMDomics (55)
emmeans (34)
EMMREML (1)
EmpiricalBrownsMethod (75)
emulator (1)
enc (1)
ENCODExplorer (3)
encryptr (0)
engitomixmk2 (1)
english (1)
EnhancedVolcano (3444)
enhancedvolcano (1)
enhancerHomologSearch (42)
EnMCB (27)
ENmix (150)
EnrichedHeatmap (429)
EnrichmentBrowser (303)
enrichplot (14149)
enrichTF (62)
EnsDb.Hsapiens.v75 (3)
EnsDb.Hsapiens.v79 (1)
EnsDb.Hsapiens.v86 (4)
ensembldb (8179)
ensemblVEP (112)
ENVISIONQuery (2)
Epi (1)
epialleleR (38)
EpiCluster (0)
EpiCompare (44)
epidecodeR (32)
EpiDISH (282)
epigenomix (37)
epigraHMM (39)
epihet (27)
EpiMix (21)
epimutacions (40)
epiNEM (56)
epiR (1)
epistack (35)
epistasisGA (21)
epitools (1)
EpiTxDb (40)
epivizr (50)
epivizrChart (38)
epivizrData (58)
epivizrServer (81)
epivizrStandalone (49)
erccdashboard (50)
ergm (1)
ergm.count (1)
erma (65)
ERSSA (38)
esATAC (79)
escape (202)
escheR (5)
esetVis (58)
esquisse (1)
estimability (3)
eudysbiome (34)
europepmc (0)
evaluate (61)
evaluomeR (41)
evd (1)
EventPointer (49)
EWCE (106)
Exact (1)
exactRankTests (1)
ExCluster (35)
ExiMiR (40)
exomeCopy (204)
exomecopy (0)
ExomeDepth (1)
exomePeak (10)
exomePeak2 (91)
exonfindR (0)
exonmap (3)
ExperimentHub (5379)
ExperimentHubData (174)
ExperimentSubset (38)
explorase (4)
ExploreModelMatrix (100)
expm (1)
ExpressionAtlas (95)
ExpressionView (3)
exprExternal (1)
expsmooth (1)
expss (1)
externalVector (1)
extraChIPs (37)
extraDistr (3)
extrafont (1)
extrafontdb (1)
extraTrees (1)
extRemes (1)

F

fabia (125)
facets (1)
facopy (1)
factDesign (39)
FactoMineR (30)
factR (27)
fail (1)
FamAgg (62)
famat (35)
fansi (42)
farms (57)
farver (3)
fastcluster (1)
fastDummies (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (1)
fastLiquidAssociation (41)
fastmap (12)
fastmatch (1)
FastqCleaner (80)
fastreeR (54)
fastseg (645)
fasttime (1)
fauxpas (1)
fBasics (1)
fbat (1)
FCBF (71)
fCCAC (37)
fCI (51)
fcoex (54)
fcScan (37)
FD (1)
fda (4)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (3)
fdrame (53)
fdrtool (1)
fds (3)
FEAST (78)
feather (1)
FeatSeekR (11)
feature (1)
FedData (0)
fedup (33)
FELLA (109)
FEM (30)
ff (36)
ffbase (1)
FField (1)
ffpe (51)
fftw (1)
fftwtools (1)
fgga (36)
FGNet (71)
fgsea (13490)
fields (1)
filehash (1)
filelock (2)
filesstrings (1)
FilterFFPE (34)
finalfit (1)
FindIT2 (42)
FindMyFriends (5)
findpython (2)
FISHalyseR (37)
fishHook (1)
fishMod (1)
fishpond (339)
fit.models (1)
fitdistrplus (2)
FitHiC (63)
fixest (1)
flagme (38)
FLAMES (47)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (1)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flextable (5)
flipflop (2)
flock (1)
flowAI (442)
flowBeads (36)
flowBin (39)
flowcatchR (37)
flowCHIC (35)
flowCL (29)
flowClean (199)
flowClust (939)
flowCore (2151)
flowcore (1)
flowCut (69)
flowCyBar (47)
flowDensity (175)
flowFit (4)
flowFlowJo (2)
flowFP (70)
flowGate (7)
flowGraph (45)
flowMap (51)
flowMatch (37)
flowMeans (94)
flowMerge (55)
flowPeaks (116)
flowPhyto (1)
flowPloidy (40)
flowPlots (40)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (1)
FlowRepositoryR (7)
FlowSOM (887)
FlowSorted.Blood.EPIC (5)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (5)
flowSpecs (45)
flowSpy (2)
flowStats (830)
flowTime (39)
flowTrans (51)
flowType (4)
flowUtils (84)
flowViz (1134)
flowVS (76)
flowWorkspace (1246)
flowworkspace (1)
flowWorkspaceData (1)
fma (1)
fmcsR (179)
FME (1)
fmrs (71)
fmsb (1)
FNN (3)
fobitools (38)
focalCall (2)
foghorn (1)
FoldGO (39)
fontawesome (27)
forcats (7)
foreach (4)
forecast (1)
foreign (4)
forestplot (1)
fork (1)
formatR (8)
formattable (0)
formatters (1)
Formula (2)
formula.tools (1)
forrester.metadata (1)
fossil (1)
FourCSeq (5)
fpc (1)
fpp (1)
fracdiff (1)
FRASER (100)
frenchFISH (41)
fresh (2)
FRGEpistasis (46)
frma (83)
frmaTools (42)
fs (74)
FScanR (44)
fstcore (1)
FunChIP (40)
FunciSNP (4)
funtooNorm (35)
furrr (5)
FuseSOM (25)
future (37)
future.apply (5)
future.batchtools (1)
future.callr (1)
fuzzyjoin (1)

G

g3viz (1)
GA (1)
GA4GHclient (44)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (34)
gada (1)
gaga (48)
gage (911)
gaggle (34)
gaia (56)
gam (1)
gamlss (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (1)
gamlss.tr (1)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (1)
GAPGOM (12)
GAprediction (50)
garfield (54)
gargle (22)
GARS (36)
gaston (1)
GateFinder (39)
gaucho (1)
gbm (1)
gbRd (1)
GBScleanR (37)
gcapc (44)
gcatest (41)
gclus (1)
gCMAP (5)
gCMAPWeb (3)
gCrisprTools (43)
gcrma (1392)
GCS (1)
GCSConnection (6)
GCSFilesystem (16)
GCSscore (40)
gdata (2)
GDCRNATools (243)
gdistance (1)
GDSArray (70)
gdsfmt (1803)
gdtools (4)
gee (1)
geecc (2)
geepack (1)
geigen (1)
geiger (1)
GEM (52)
gemini (50)
gemma.R (30)
gemtc (1)
GenABEL (3)
GenABEL.data (3)
genArise (45)
genbankr (168)
GENE.E (3)
gene2pathway (1)
GeneAccord (27)
GeneAnswers (20)
geneAttribution (38)
GeneBreak (51)
geneClassifiers (34)
GeneExpressionSignature (44)
genefilter (17324)
genefu (327)
GeneGA (41)
GeneGeneInteR (37)
GeneGroupAnalysis (1)
geneLenDataBase (5)
GeneMeta (55)
GeneNet (1)
GeneNetworkBuilder (51)
GeneOverlap (261)
geneplast (60)
geneplotter (15800)
GeneR (2)
geneRecommender (37)
GeneRegionScan (39)
GeneRfold (1)
generics (5)
geneRxCluster (39)
GeneSelectMMD (47)
GeneSelector (3)
GENESIS (293)
genesis (1)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (59)
geNetClassifier (82)
genetics (0)
GeneticsBase (1)
GeneticsDesign (4)
GeneticsPed (92)
GeneTonic (105)
GeneTraffic (1)
GeneTS (1)
geneXtendeR (37)
GENIE3 (897)
genoCN (52)
GenoGAM (3)
genomation (540)
GenomAutomorphism (25)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (9)
GenomeInfoDb (49122)
genomeinfodb (0)
GenomeInfoDB (1)
GenomeInfoDbData (11)
genomeIntervals (113)
genomeintervals (0)
GenomelnfoDb (1)
genomes (58)
GenomicAlignments (20646)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (1098)
GenomicDistributions (75)
GenomicFeatures (16150)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (921)
genomicInstability (36)
GenomicInteractionNodes (34)
GenomicInteractions (220)
GenomicOZone (37)
GenomicRanges (36692)
GenomicScores (425)
GenomicSuperSignature (44)
GenomicTuples (37)
Genominator (3)
genoset (15)
genotypeeval (32)
GenoView (1)
genphen (14)
GenProSeq (30)
GenRank (2)
GenSA (1)
GenVisR (394)
GeoDiff (65)
GEOexplorer (55)
GEOfastq (53)
GEOmap (1)
GEOmetadb (168)
geometadb (0)
geometries (1)
geometry (1)
GeomxTools (236)
GEOquery (8464)
geoquery (1)
geoR (1)
GEOsearch (1)
geosphere (4)
GEOsubmission (37)
GeoTcgaData (13)
gep2pep (42)
gert (6)
gespeR (54)
getDEE2 (48)
GetoptLong (1)
getSVCNVperGene0.94 (1)
gettz (1)
geva (46)
GEWIST (47)
gff3Plotter (1)
gfonts (1)
ggalluvial (1)
GGally (1)
gganimate (1)
GGBase (9)
ggbeeswarm (1)
ggbio (1919)
ggbreak (1)
ggcorrplot (1)
ggcyto (1033)
ggdag (1)
ggdendro (3)
ggdist (1)
ggeasy (1)
ggeffects (1)
ggExtra (1)
ggfittext (1)
ggforce (2)
ggforestplot (1)
ggformula (1)
ggfortify (1)
ggfun (5)
gggenes (1)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggiraph (1)
ggm (1)
ggmanh (52)
ggmap (29)
ggmsa (338)
ggnewscale (4)
ggnewscales (0)
GGPA (43)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (42)
ggplotify (1)
ggPMX (1)
ggpointdensity (2)
ggpubr (5)
ggRandomForests (1)
ggraph (1)
ggrastr (1)
ggrepel (6)
ggridges (5)
ggsci (32)
ggseqlogo (3)
ggsignif (1)
ggspavis (68)
ggstance (1)
ggstatsplot (1)
ggsurvfir (1)
ggsurvfit (1)
ggtext (1)
ggthemes (3)
GGtools (8)
ggtree (16521)
ggtreeDendro (28)
ggtreeExtra (750)
ggVennDiagram (1)
ggvis (1)
gh (36)
ghql (1)
GIGSEA (49)
GillespieSSA (1)
girafe (77)
GISPA (40)
git2r (32)
gitcreds (5)
GLAD (223)
GladiaTOX (37)
glasso (1)
gld (1)
Glimma (1141)
gllvm (1)
glmGamPoi (1813)
glmmADMB (1)
glmmML (1)
glmmTMB (1)
glmnet (5)
glmnetUtils (1)
glmSparseNet (81)
GlobalAncova (622)
GlobalOptions (1)
globals (6)
globalSeq (52)
globaltest (1364)
glpgStyle (1)
glpgTesteR (1)
glpkAPI (1)
glue (6)
gmapR (69)
gMCP (1)
GmicR (43)
gmm (1)
gmodels (1)
gmoviz (36)
gmp (5)
GMRP (35)
GNET2 (39)
gnm (1)
GO.db (8)
goCluster (1)
GOexpress (78)
goftest (1)
GOfuncR (198)
GOFunction (3)
golem (1)
gomms (1)
googleAuthR (0)
googledrive (23)
GoogleGenomics (1)
googlesheets4 (27)
GOplot (1)
GOpro (47)
goProfiles (70)
goprofiles (0)
GOSemSim (12451)
gosemsim (0)
goseq (1152)
GOSim (117)
goSorensen (24)
goSTAG (42)
GOstats (1653)
gostats (1)
GOsummaries (54)
GOTHiC (48)
goTools (50)
gotools (0)
gower (4)
GPA (48)
GPArotation (30)
gpart (27)
GPfit (1)
gplots (1)
gpls (101)
gprege (16)
gpuMagic (39)
gQTLBase (5)
gQTLstats (5)
gramm4R (2)
GRaNIE (53)
granulator (117)
graper (51)
graph (17298)
GraphAlignment (56)
GraphAT (36)
graphat (1)
graphics (1)
graphite (2309)
graphlayouts (2)
GraphPAC (39)
graphql (1)
grDevices (1)
GRENITS (51)
GreyListChIP (778)
grf (1)
grid (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridtext (1)
GRmetrics (69)
groHMM (50)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (38)
GSA (1)
gsalib (1)
GSALightning (54)
GSAR (102)
GSCA (41)
gscounts (1)
gscreend (37)
gsDesign (1)
GSEABase (7346)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (49)
GSEAlm (59)
GSEAmining (63)
gsean (44)
GSgalgoR (46)
gsl (1)
gsmoothr (3)
gson (1)
gsrc (1)
GSReg (38)
GSRI (42)
gss (1)
GSVA (4582)
gsw (1)
gt (1)
gtable (45)
gto (1)
gtools (6)
gtrellis (103)
gtsummary (1)
gtx (1)
GUIDEseq (51)
Guitar (108)
gUtils (1)
GUTS (1)
Gviz (3066)
GWAS.BAYES (48)
gwascat (412)
GWASExactHW (3)
gwasrapidd (1)
GWASTools (594)
gwasurvivr (69)
GWENA (93)
gWidgets2tcltk (1)

H

h2o (1)
h5vc (57)
HandTill2001 (1)
hapFabia (36)
HaploSim (0)
hardhat (31)
Harman (139)
harmony (1)
Harshlight (38)
harshlight (0)
haven (7)
hca (52)
HCABrowser (2)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (1)
HDF5Array (10350)
hdf5r (1)
HDInterval (4)
hdm (1)
HDO.db (1)
hdrcde (3)
HDTD (52)
heatmap.plus (1)
heatmap3 (1)
heatmaply (5)
heatmaps (229)
Heatplus (324)
heemod (1)
HelloRanges (83)
HELP (38)
helperMut (1)
HEM (38)
here (1)
hermes (62)
Herper (96)
hexbin (4)
HGC (55)
hgu133a.db (1)
hgu133plus2.db (4)
hgu95a.db (1)
hgug4112a.db (1)
hiAnnotator (61)
HIBAG (95)
HiCBricks (55)
hicbricks (0)
HiCcompare (163)
HiCDCPlus (62)
HiCDOC (27)
HiCExperiment (16)
HiContacts (37)
HiCool (8)
hicrep (8)
hierfstat (1)
hierGWAS (52)
hierinf (43)
highlight (1)
highr (37)
HilbertCurve (65)
HilbertVis (142)
HilbertVisGUI (21)
HiLDA (37)
hipathia (56)
HIPPO (35)
hiReadsProcessor (45)
HIREewas (49)
HiTC (120)
hmdbQuery (63)
Hmisc (2)
HMMcopy (273)
hms (59)
Homo.sapiens (3)
Hoover (1)
hopach (190)
HPAanalyze (97)
hpar (221)
HPAStainR (43)
HPiP (50)
hsm (1)
htmlTable (2)
htmltools (93)
htmlwidgets (92)
HTqPCR (137)
HTSanalyzeR (4)
HTSeqGenie (29)
htSeqTools (5)
htseqtools (0)
HTSFilter (160)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (1)
httpuv (26)
httr (65)
httr2 (17)
HubPub (76)
huge (1)
HumanTranscriptomeCompendium (42)
hummingbird (37)
hunspell (1)
huxtable (1)
hwriter (1)
HWxtest (1)
HybridMTest (68)
hypeR (95)
hyperdraw (51)
hypergeo (1)
hypergraph (68)
hyperSpec (1)

I

iASeq (48)
iasva (36)
iBBiG (91)
ibh (56)
iBMQ (27)
ica (1)
iCARE (91)
Icens (264)
icetea (35)
iCheck (32)
iChip (35)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (298)
iCNV (39)
iCOBRA (128)
ideal (83)
ideogram (0)
IdeoViz (55)
idiogram (40)
IdMappingAnalysis (2)
IdMappingRetrieval (2)
IDPmisc (1)
idpr (46)
idr (1)
idr2d (44)
ids (1)
ieugwasr (1)
IFAA (15)
iFlow (2)
iGasso (1)
iGC (49)
IgGeneUsage (35)
igraph (8)
igvR (88)
IHW (566)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (4)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (3)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (3)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (3)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (3)
illuminaio (2523)
ILoReg (40)
imageHTS (37)
imager (1)
imagerExtra (1)
IMAS (39)
imcRtools (106)
Imetagene (2)
iml (1)
IMMAN (45)
ImmuneSpaceR (50)
immunoClust (40)
immunotation (45)
IMPCdata (46)
ImpulseDE (3)
ImpulseDE2 (10)
impute (9402)
INDEED (45)
ineq (1)
infer (5)
infercnv (942)
infinityFlow (41)
influenceR (2)
Informeasure (47)
ini (1)
InkblotAnalytics (11)
INLA (1)
inline (1)
InPAS (38)
INPower (50)
insight (1)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (8)
insilicomerging (0)
INSPEcT (47)
INTACT (7)
InTAD (36)
intansv (46)
interacCircos (60)
InteractionSet (1307)
InteractiveComplexHeatmap (236)
interactiveDisplay (72)
interactiveDisplayBase (8060)
InterCellar (64)
IntEREst (43)
InterMineR (48)
interp (1)
interpretR (1)
intervals (1)
IntOMICS (8)
IntramiRExploreR (41)
inum (1)
inveRsion (14)
inversion (0)
IONiseR (51)
iontree (2)
iPAC (44)
ipaddress (1)
iPath (35)
ipdDb (35)
ipmisc (1)
IPO (125)
IPPD (5)
ipred (31)
irace (1)
IRanges (47643)
iranges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (36)
IrisSpatialFeatures (1)
IRkernel (1)
irlba (5)
irr (1)
ISAnalytics (45)
iSEE (277)
iSEEhex (52)
iSEEhub (19)
iSEEu (76)
iSeq (51)
ISLET (25)
iSNetwork (1)
Iso (1)
isoband (16)
isobar (70)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (57)
IsoCorrectoRGUI (34)
IsoformSwitchAnalyzeR (228)
IsoGeneGUI (13)
ISoLDE (50)
isomiRs (47)
iSPlot (1)
isva (3)
ISwR (1)
ITALICS (40)
iterativeBMA (42)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (47)
iterativebmasurv (1)
iterators (4)
iterClust (41)
iteremoval (10)
itertools (1)
IVAS (49)
ivpack (1)
ivygapSE (33)
IWTomics (34)

J

JADE (1)
janeaustenr (1)
janitor (1)
JASPAR2018 (1)
JASPAR2020 (2)
JavaGD (1)
JBTools (1)
jiebaR (1)
jiebaRD (1)
JM (1)
jmosaics (1)
joda (3)
joineRML (1)
jomo (1)
jpeg (1)
jquerylib (1)
jsonlite (49)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (1)
JunctionSeq (9)

K

kableExtra (1)
karyoploteR (765)
KaryoploteR (0)
katdetectr (32)
KBoost (46)
KCsmart (38)
kebabs (97)
kedd (1)
KEGG.db (2)
KEGGgraph (4920)
kegggraph (1)
KEGGlincs (44)
keggorth (1)
keggorthology (71)
KEGGprofile (14)
KEGGREST (32567)
KEGGSOAP (2)
keras (1)
kernlab (1)
KernSmooth (2)
keyring (1)
kimod (2)
KinSwingR (40)
kissDE (35)
kknn (1)
klaR (1)
km.ci (1)
kmknn (0)
KMsurv (1)
knitr (43)
knockoff (1)
KnowSeq (42)
KODAMA (1)
kohonen (1)
kpmt (1)
ks (1)
kSamples (1)

L

labdsv (1)
labeling (1)
labelled (1)
LACE (36)
laeken (1)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (35)
later (59)
latex2exp (1)
lattice (7)
latticeExtra (2)
lava (5)
lavaan (33)
lazy (1)
lazyeval (22)
LBE (267)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lda (1)
ldblock (45)
LDheatmap (0)
LEA (432)
leafcutter (1)
leaflet (1)
leaflet.minicharts (0)
leaps (1)
LearnBayes (1)
learnr (1)
LedPred (44)
lefser (259)
leiden (4)
leidenAlg (1)
leidenbase (4)
lemon (1)
les (54)
levi (43)
lfa (324)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (4)
liana (1)
libcoin (1)
LiblineaR (4)
lifecycle (6)
lightgbm (1)
limma (33245)
limmaGUI (47)
LINC (2)
LineagePulse (38)
lineagespot (32)
LinkHD (34)
Linnorm (138)
linprog (1)
LinTInd (33)
lintr (4)
lionessR (45)
lipidr (106)
LiquidAssociation (41)
liquidSVM (1)
lisaClust (83)
listenv (4)
lixoftConnectors (1)
lixoftConnectors.1 (1)
lixoftConnectors.2 (1)
lle (1)
lm.beta (1)
lmdme (42)
lme4 (41)
lmerTest (1)
LMGene (3)
lmom (1)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (1)
LOBSTAHS (48)
lobstr (1)
locfdr (1)
locfit (8)
loci2path (32)
log4r (1)
logcondens (1)
logicFS (77)
logistf (1)
logitT (39)
logitt (1)
Logolas (3)
logolas (1)
logspline (1)
lol (2)
LOLA (149)
longitudinal (1)
longmemo (1)
loo (2)
LoomExperiment (386)
lotri (1)
LowMACA (27)
LowRankQP (0)
LPE (58)
LPEadj (35)
lpNet (45)
lpSolve (1)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1140)
lqa (1)
LRBaseDbi (44)
LRcell (41)
lsa (4)
LSAF (1)
lsei (1)
lubridate (6)
lumi (1031)
LVSmiRNA (3)
LymphoSeq (54)

M

M3C (1089)
M3D (3)
M3Drop (395)
m6Aboost (32)
maanova (46)
Maaslin2 (515)
Macarron (30)
macat (46)
maCorrPlot (47)
MACPET (14)
MACSQuantifyR (41)
MACSr (69)
maDB (3)
madb (0)
made4 (206)
MADSEQ (34)
maftools (2415)
MAGAR (39)
MAGeCKFlute (292)
magic (1)
magick (1)
magpie (6)
magrene (21)
magrittr (16)
MAI (39)
maic (1)
maigesPack (42)
mailR (1)
MAIT (54)
makecdfenv (96)
makePlatformDesign (1)
maketools (1)
MALDIquant (2)
manipulateWidget (1)
MANOR (39)
manta (4)
MantelCorr (44)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKL (32)
mapproj (1)
maPredictDSC (38)
maps (1)
mapscape (44)
maptools (6)
maptree (1)
mariner (11)
Markdown (1)
markdown (41)
marr (33)
marray (1671)
martini (40)
maser (96)
maSigPro (228)
maskBAD (38)
MASS (58)
MassArray (53)
massarray (0)
massiR (39)
MassSpecWavelet (1430)
MAST (1665)
mastR (6)
matchBox (44)
Matching (1)
MatchIt (1)
matchprobes (1)
mathjaxr (3)
Matrix (52)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixGenerics (34194)
MatrixModels (5)
MatrixQCvis (52)
MatrixRider (34)
matrixStats (7)
matter (119)
MaxContrastProjection (2)
MBA (1)
MBAmethyl (45)
MBASED (45)
MBCB (38)
MBECS (34)
mbkmeans (357)
mbOmic (31)
mboost (1)
mBPCR (36)
MBQN (38)
mbQTL (7)
MBttest (44)
mc2d (1)
mcaGUI (3)
MCbiclust (36)
mclogit (1)
mclust (1)
mcmc (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (1)
MCPcounter (1)
MCRestimate (2)
mCSEA (70)
mda (1)
mdgsa (7)
mdp (50)
mdqc (57)
MDTS (41)
MEAL (60)
MeasurementError.cor (45)
MEAT (36)
MEB (31)
medflex (1)
mediation (1)
MEDIPS (95)
MEDME (39)
megadepth (97)
MEIGOR (54)
Melissa (35)
memes (152)
memisc (1)
memoise (7)
MergeMaid (6)
mergemaid (0)
Mergeomics (56)
MeSHDbi (178)
meshes (115)
meshr (80)
MeSHSim (1)
MesKit (59)
messina (48)
meta (1)
metaArray (3)
metaarray (0)
Metab (41)
metabaser (1)
metabCombiner (38)
metabinR (31)
metaBMA (1)
MetaboAnnotation (206)
MetaboCoreUtils (290)
metabolomicsWorkbenchR (52)
metabomxtr (39)
MetaboSignal (86)
metaCCA (92)
MetaCyto (45)
metadat (1)
metafor (1)
metagene (51)
metagene2 (52)
metagenomeFeatures (2)
metagenomeSeq (1085)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (50)
metaMA (4)
metaMS (89)
MetaNeighbor (65)
metap (4)
MetaPhOR (21)
metaplus (1)
metapod (3456)
metapone (46)
metaR (0)
metaSeq (50)
metaseqR (8)
metaseqR2 (48)
MetaSKAT (1)
metavizr (22)
MetaVolcanoR (67)
metaX (3)
MetCirc (39)
MethCP (17)
methimpute (48)
methInheritSim (41)
methods (1)
MethPed (34)
MethReg (54)
methrix (59)
MethTargetedNGS (35)
methVisual (4)
methyAnalysis (10)
MethylAid (46)
methylCC (53)
methylclock (103)
methylGSA (102)
methylInheritance (48)
methylKit (523)
MethylMix (105)
methylMnM (36)
methylPipe (56)
methylscaper (28)
MethylSeekR (121)
methylSig (53)
methylumi (1279)
methyvim (2)
MetID (40)
MetNet (43)
metR (0)
mets (1)
mfa (72)
Mfuzz (882)
mfuzz (1)
mg14 (1)
mgcv (47)
MGFM (38)
MGFR (39)
mgsa (98)
mi (1)
mia (836)
miaSim (52)
miaViz (152)
mice (5)
MiChip (32)
microbenchmark (1)
microbiome (1534)
microbiomeDASim (36)
microbiomeExplorer (55)
microbiomeMarker (248)
MicrobiomeProfiler (69)
MicrobiotaProcess (318)
microRNA (116)
microSTASIS (10)
midasHLA (47)
MIGSA (29)
MIIVsem (1)
miloR (172)
mimager (37)
mime (28)
MIMOSA (39)
mina (43)
MineICA (48)
minerva (1)
minet (540)
minfi (1932)
MinimumDistance (37)
miniUI (1)
minpack.lm (1)
minqa (5)
MiPP (36)
miQC (86)
MIRA (52)
MiRaGE (37)
miRBaseConverter (144)
miRcomp (33)
mirIntegrator (35)
miRLAB (40)
miRmine (32)
miRNAmeConverter (43)
miRNApath (56)
miRNAtap (105)
miRSM (34)
miRsponge (1)
miRspongeR (53)
Mirsynergy (2)
mirt (0)
mirTarRnaSeq (55)
misc3d (1)
miscTools (1)
missMethyl (914)
missRows (38)
mistyR (70)
mitch (60)
mitml (1)
mitoClone2 (33)
mitoODE (2)
mitools (1)
mixOmics (2707)
mixsqp (5)
mixtools (1)
mlbench (1)
mlegp (1)
MLInterfaces (241)
mlm4omics (1)
mlmm.gwas (1)
mlogit (1)
MLP (62)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
MLSeq (103)
mltools (1)
MMAPPR2 (25)
MMDiff (1)
MMDiff2 (39)
mmgmos (1)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (2)
mmrm (1)
MMUPHin (79)
mnem (61)
mnormt (5)
MNP (1)
moanin (54)
MobilityTransformR (31)
mobster (1)
mockery (1)
mockr (1)
MODA (44)
ModCon (39)
modeldata (5)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (27)
modeltools (1)
Modstrings (80)
MOFA (8)
MOFA2 (300)
MOGAMUN (37)
mogsa (109)
MoleculeExperiment (5)
MOMA (50)
monaLisa (75)
monocle (2544)
MoonlightR (42)
MoPS (2)
morpheus (1)
mosaicCore (1)
mosaics (97)
mosbi (39)
MOSim (34)
Motif2Site (33)
motifbreakR (86)
motifcounter (40)
MotifDb (500)
motifmatchr (986)
motifRG (5)
motifStack (570)
MotIV (35)
mouse4302.db (1)
MouseFM (32)
mpath (1)
MPFE (45)
mppR (0)
mpra (40)
MPRAnalyze (47)
MQmetrics (43)
mQTL.NMR (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1227)
MSA2dist (60)
MsBackendMassbank (59)
MsBackendMgf (275)
MsBackendMsp (55)
MsBackendRawFileReader (36)
MsBackendSql (8)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2535)
MsDataHub (11)
MSEADbi (1)
MsExperiment (46)
MsFeatures (1141)
msgbsR (40)
MSGFgui (4)
MSGFplus (13)
msigdbr (1)
msImpute (49)
mslp (26)
msm (1)
msmsEDA (159)
msmsTests (151)
MSnbase (2714)
msnbase (0)
MSnID (136)
MSPrep (41)
msPurity (59)
msQC (0)
msqrob2 (85)
MsQuality (10)
MSstats (383)
MSstatsConvert (329)
MSstatsLiP (37)
MSstatsLOBD (42)
MSstatsPTM (95)
MSstatsQC (38)
MSstatsQCgui (34)
MSstatsSampleSize (37)
MSstatsShiny (38)
MSstatsTMT (196)
MSstatsTMTPTM (1)
MSstatsTMTs (1)
mstate (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (1)
MuData (34)
muhaz (1)
Mulcom (67)
mulcom (0)
multcomp (1)
multcompView (28)
MultiAssayExperiment (3125)
MultiBaC (46)
multiClust (54)
multicrispr (41)
MultiDataSet (741)
multidplyr (1)
multiGSEA (79)
multiHiCcompare (80)
MultiMed (51)
multiMiR (205)
MultimodalExperiment (10)
multinichenetr (1)
multinma (1)
multiOmicsViz (46)
multipanelfigure (1)
multiscan (35)
multiSight (33)
multtest (10095)
MuMIn (1)
mumosa (47)
MungeSumstats (310)
munsell (1)
muscat (207)
muscle (185)
musicatk (48)
MutationalPatterns (334)
MutationTimeR (1)
mutoss (3)
mutSigExtractor (1)
mvabund (1)
MVCClass (56)
mvGST (1)
mvnfast (1)
mvtnorm (1)
MWASTools (84)
mygene (342)
myphd (1)
myvariant (55)
mzID (2428)
mzR (2618)

N

n1qn1 (1)
N2R (1)
nabor (1)
NADA (3)
NADfinder (34)
naniar (1)
NanoMethViz (57)
NanoStringDiff (82)
NanoStringNCTools (252)
NanoStringQCPro (68)
nanostringr (1)
nanotatoR (39)
nanotime (1)
NanoTube (53)
narray (1)
NarrowPeaks (3)
nasapower (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (34)
NBSplice (29)
ncbit (1)
ncdf4 (1)
ncdf4.1 (1)
ncdfFlow (1253)
ncGTW (33)
NCIgraph (39)
ncRNAtools (38)
ndexr (60)
ndjson (1)
neaGUI (1)
nearBynding (33)
Nebulosa (740)
NeighborNet (31)
nem (8)
NEMO (1)
nempi (33)
NetActivity (27)
netbenchmark (2)
netbiov (63)
netboost (31)
netboxr (27)
NetCRG (0)
netDx (38)
nethet (42)
netOmics (37)
NetPathMiner (60)
netprioR (45)
netReg (2)
netresponse (50)
NetSAM (38)
netSmooth (46)
network (1)
networkBMA (23)
networkDynamic (1)
netZooR (40)
NeuCA (33)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (1)
NewWave (39)
NGScopy (1)
ngsReports (66)
nhanesA (1)
nleqslv (1)
nlme (54)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nloptr (37)
NLP (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (3)
NMproject (1)
nnet (34)
NNLM (1)
nnls (1)
nnNorm (36)
nnSVG (53)
NoiseFiltersR (1)
NOISeq (524)
NonCompart (1)
nondetects (64)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (1)
NoRCE (42)
norm (1)
normalize450K (33)
NormalyzerDE (99)
NormqPCR (190)
normr (120)
np (1)
NPARC (39)
npde (1)
npGSEA (45)
npsurv (1)
NTW (45)
nucleoSim (38)
nucleR (54)
nucler (0)
nuCpos (47)
nudge (2)
nullranges (49)
numbat (1)
numDeriv (1)
NuPoP (57)
NxtIRFcore (39)

O

occugene (42)
OceanView (1)
OCplus (74)
octad (22)
odbc (1)
oddsratio (1)
ODER (28)
odseq (52)
officedown (1)
officer (5)
OGRE (36)
OGSA (2)
oligo (1456)
oligoClasses (1476)
OLIN (40)
OLINgui (36)
omada (18)
OmaDB (85)
omicade4 (92)
OmicCircos (159)
omiccircos (0)
omicplotR (42)
omicRexposome (37)
omicsbase (1)
OmicsLonDA (35)
OmicsMarkeR (2)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (39)
omicsPrint (38)
omicsViewer (36)
Omixer (45)
OmnipathR (352)
ompBAM (57)
Onassis (2)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomix (33)
oncoscanR (22)
OncoScore (40)
OncoSimulR (49)
oneChannelGUI (3)
onechannelgui (0)
oneSENSE (27)
onlineFDR (49)
ontoCAT (3)
ontologyIndex (7)
ontoProc (100)
ontoTools (1)
oompaBase (1)
oompaData (1)
openCyto (898)
openPrimeR (83)
openPrimeRui (46)
openssl (85)
OpenStats (47)
openxlsx (6)
OperaMate (1)
operator.tools (1)
oposSOM (54)
oppar (36)
oppti (30)
optextras (1)
optimalFlow (32)
optimx (1)
optmatch (1)
optparse (32)
OPWeight (35)
OrderedList (76)
ordinal (1)
ORFhunteR (37)
ORFik (151)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (7)
org.Hs.eg.db.html (1)
org.Mm.eg.db (5)
org.Rn.eg.db (5)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
Organism.dplyr (332)
OrganismDbi (2837)
orientlib (1)
orthogene (191)
Orthology.eg.db (1)
OSAT (54)
OSCA (6)
OSCA.advanced (11)
OSCA.basic (15)
OSCA.intro (103)
OSCA.multisample (10)
OSCA.workflows (24)
Oscope (49)
osmdata (19)
osqp (1)
OTUbase (36)
OutlierD (4)
OUTRIDER (152)
OutSplice (5)
overlapping (1)
OVESEG (32)

P

PAA (45)
packFinder (36)
packrat (11)
padma (38)
PADOG (168)
padr (1)
pagedown (1)
pageRank (37)
PAIRADISE (71)
paircompviz (39)
pairedGSEA (5)
pairkat (30)
pairseqsim (1)
pairwiseComparisons (1)
pak (1)
paletteer (1)
Palimpsest (1)
palmerpenguins (1)
pals (0)
pamr (3)
PAN (0)
pan (1)
pandaR (96)
pander (1)
panelcn.mops (62)
PAnnBuilder (2)
PanomiR (32)
panp (37)
PANR (37)
PanViz (35)
PanVizGenerator (5)
PAPi (4)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (36)
parameters (1)
ParamHelpers (1)
pareg (25)
parglms (35)
parody (56)
parsedate (1)
parsnip (5)
partCNV (1)
partitions (1)
party (1)
partykit (1)
PAST (38)
pastecs (1)
patchwork (5)
Path2PPI (54)
pathifier (146)
PathNet (53)
PathoStat (44)
pathprint (2)
pathRender (38)
pathVar (42)
pathview (4198)
pathwayPCA (93)
PathwaySplice (2)
PatientGeneSets (1)
paws (4)
paws.analytics (4)
paws.application.integration (4)
paws.common (5)
paws.compute (4)
paws.cost.management (4)
paws.customer.engagement (4)
paws.database (4)
paws.developer.tools (3)
paws.end.user.computing (3)
paws.machine.learning (4)
paws.management (4)
paws.networking (4)
paws.security.identity (4)
paws.storage (4)
paxtoolsr (104)
pbapply (5)
Pbase (2)
pbcmc (1)
pbdZMQ (1)
PBIR (1)
pbivnorm (1)
pbkrest (1)
pbkrtest (42)
pbmcapply (1)
pcaExplorer (355)
pcaGoPromoter (6)
pcaMethods (4441)
PCAN (43)
pcaPP (4)
PCAtools (970)
pcot2 (5)
PCpheno (3)
pctGCdata (1)
pcxn (43)
pd.atdschip.tiling (1)
pd.hg.u133.plus.2 (1)
pd.mouse430.2 (1)
PDATK (36)
pdftools (1)
pdInfoBuilder (89)
pdmclass (2)
pdp (1)
PeacoQC (107)
peakPantheR (44)
peakPick (1)
pec (1)
PECA (46)
peco (29)
pedigree (0)
pegas (1)
pegboard (0)
penalized (1)
pengls (30)
peperr (1)
PepsNMR (73)
pepStat (37)
pepXMLTab (54)
PERFect (47)
performance (1)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (39)
perm (4)
permimp (1)
permute (1)
perturbatr (2)
PFAM.db (5)
pfamAnalyzeR (10)
PFIM (1)
PFP (32)
PGA (4)
pga (0)
pgca (45)
PGSEA (26)
pgUtils (1)
phangorn (1)
phantasus (70)
PharmacoGx (157)
pheatmap (1)
phemd (20)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (41)
phenomis (26)
phenopath (80)
phenoTest (63)
PhenStat (39)
PheWAS (1)
philentropy (1)
philr (179)
PhIPData (45)
phosphonormalizer (39)
PhosR (81)
phyclust (1)
phylobase (1)
PhyloProfile (49)
phyloseq (4529)
phytools (1)
Pi (68)
piano (330)
pickgene (44)
PICS (74)
Pigengene (66)
pillar (81)
pim (1)
PING (40)
pingr (1)
pins (11)
pint (4)
pio (1)
pipeComp (38)
pipeFrame (115)
pkgbuild (37)
pkgcache (1)
pkgconfig (2)
pkgdepends (1)
pkgDepTools (39)
pkgdown (4)
pkgKitten (1)
pkgload (37)
pkgmaker (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
planet (115)
planttfhunter (8)
plateCore (2)
plethy (33)
plgem (54)
plier (110)
plm (1)
PloGO2 (51)
plogr (1)
plot3D (1)
plot3Drgl (1)
plotgardener (164)
plotGrouper (49)
plotly (7)
plotmo (1)
plotrix (1)
PLPE (35)
plrs (2)
pls (1)
plumber (1)
plw (2)
plyr (9)
plyranges (915)
PMCMRplus (1)
pmforest (1)
pmm (44)
pmp (90)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (5)
PoDCall (42)
podkat (44)
pogos (38)
pointblank (1)
PoissonSeq (1)
polspline (1)
polyclip (5)
polyester (107)
Polyfit (3)
polynom (1)
PolynomF (1)
polysat (1)
POMA (60)
pool (1)
poolfstat (1)
poorman (1)
poppr (1)
POST (2)
posterior (5)
PoTRA (18)
PowerExplorer (2)
poweRlaw (3)
powerTCR (315)
POWSC (35)
ppcseq (33)
PPInfer (65)
ppiStats (12)
pqsfinder (61)
pracma (4)
prada (17)
praise (1)
pram (33)
prebs (38)
PreciseSums (1)
preciseTAD (32)
PrecisionTrialDrawer (12)
precommit (1)
PREDA (68)
predictionet (4)
PReMiuM (0)
preprocessCore (13685)
preprocesscore (1)
PreprocessCore (1)
PresenceAbsence (1)
preseqR (1)
presto (1)
prettydoc (1)
prettyunits (9)
primirTSS (38)
PrInCE (39)
prismatic (1)
Prize (2)
proActiv (47)
proBAMr (38)
proBatch (82)
pROC (9)
PROcess (77)
processCore (1)
processx (81)
procoil (35)
ProCoNA (1)
proDA (150)
prodlim (31)
proffer (1)
proFIA (31)
profile (1)
profileModel (1)
profileplyr (162)
profileScoreDist (31)
profvis (8)
progeny (318)
progress (1)
progressr (5)
PROJ (1)
proj (1)
proj4 (1)
projectR (50)
projpred (1)
pRoloc (200)
pRolocdata (5)
pRolocGUI (65)
PROMISE (41)
promises (34)
PROPER (71)
PROPS (34)
Prostar (64)
prostar (0)
prot2D (2)
proteasy (25)
proteinProfiles (43)
ProteoDisco (36)
ProteomicsAnnotationHubData (3)
ProteoMM (56)
proteoQC (2)
protGear (32)
ProtGenerics (9579)
proto (1)
protolite (1)
protr (2)
proxy (1)
PRROC (3)
pryr (4)
ps (94)
PSCBS (4)
pscl (1)
PSEA (37)
psichomics (62)
PSICQUIC (21)
PSMatch (87)
PsNR (1)
pspline (1)
psych (30)
psygenet2r (40)
ptairMS (35)
Publish (1)
PubScore (11)
pulsar (1)
pulsedSilac (11)
puma (83)
PureCN (129)
purr (0)
purrr (43)
pvac (36)
pvca (213)
Pviz (51)
PWMEnrich (79)
pwOmics (40)
pwr (1)
pwrEWAS (44)
pxr (0)

Q

qap (3)
qckitfastq (51)
qcmetrics (46)
qcNvs (1)
QDNAseq (299)
QFeatures (479)
qgam (1)
qgraph (1)
qlcMatrix (2)
qmtools (35)
qpcR (1)
qpcrNorm (39)
qpdf (1)
qpgraph (108)
qPLEXanalyzer (45)
qqconf (1)
qqplotr (1)
qrnn (1)
qrqc (78)
qs (1)
qsea (56)
qsmooth (51)
QSutils (39)
qsvaR (31)
qtbase (0)
qtl (1)
qtl2 (1)
Qtlizer (33)
qtpaint (0)
quadprog (1)
QUALIFIER (2)
qualifier (1)
quantiseqr (253)
quantmod (1)
quantreg (30)
quantro (216)
quantsmooth (638)
quarto (1)
QuartPAC (43)
QuasR (297)
QuaternaryProd (64)
QUBIC (108)
questionr (1)
qusage (331)
qvalue (14308)
qvcalc (1)

R

R.cache (1)
R.devices (4)
R.filesets (4)
R.huge (3)
R.matlab (1)
R.methodsS3 (1)
R.oo (1)
R.rsp (1)
R.utils (6)
r2d3 (1)
R2HTML (0)
R3CPET (39)
r3Cseq (76)
R453Plus1Toolbox (43)
R4RNA (520)
R6 (38)
rAccess (0)
RadioGx (35)
ragg (5)
RaggedExperiment (834)
rain (68)
rainbow (3)
rama (43)
RamiGO (5)
ramigo (0)
ramr (39)
ramwas (66)
randomcoloR (3)
RandomFields (1)
RandomFieldsUtils (1)
randomForest (1)
randomForestSRC (1)
RandomWalkRestartMH (81)
randPack (41)
randRotation (43)
randtoolbox (1)
ranger (1)
RankProd (226)
RANN (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
RApiSerialize (1)
rappdirs (2)
RAREsim (41)
RareVariantVis (38)
Rariant (2)
rARPACK (3)
Rarr (19)
raster (30)
ratelimitr (1)
RAthena (4)
rawrr (164)
RbcBook1 (80)
Rbec (37)
RBesT (1)
RBGL (9048)
rbgl (1)
rbibutils (1)
RBioFormats (13)
RBioinf (48)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (147)
RBM (40)
Rbowtie (414)
Rbowtie2 (272)
rbsurv (47)
Rbwa (72)
Rcade (39)
rcartocolor (1)
RCAS (53)
RCASPAR (43)
rcdk (4)
RCdk (1)
rcdklibs (4)
rcellminer (63)
rCGH (61)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (2)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (3)
RCircos (1)
RcisTarget (871)
rclipboard (1)
RCM (36)
rcmdcheck (32)
Rcollectl (4)
RColorBrewer (4)
RConferoMapping (0)
Rcpi (103)
Rcpp (26)
RcppAnnoy (8)
RcppArmadillo (42)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (0)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (6)
RcppGSL (1)
RcppHNSW (4)
RcppML (1)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (6)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSpdlog (1)
RcppTOML (4)
RcppZiggurat (4)
Rcsdp (1)
RCSL (47)
RCurl (10)
RCurl.back (1)
Rcwl (40)
RcwlPipelines (34)
RCX (64)
RCy3 (647)
RCyjs (43)
RCytoscape (6)
Rd2roxygen (1)
rda (1)
RDAVIDWebService (39)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (74)
Rdisop (451)
Rdpack (1)
RDRToolbox (91)
Rdsdp (1)
reactable (1)
reactlog (1)
reactome.db (1)
ReactomeContentService4R (73)
ReactomeGraph4R (33)
ReactomeGSA (196)
ReactomePA (1868)
readat (4)
readbitmap (1)
readODS (1)
ReadqPCR (204)
readr (34)
readxl (6)
reb (2)
REBET (35)
rebook (151)
receptLoss (30)
recipes (24)
reconsi (30)
recosystem (6)
recount (372)
recount3 (291)
recountmethylation (39)
recoup (38)
reda (1)
RedeR (216)
RedisParam (22)
REDseq (69)
RefManageR (1)
RefNet (2)
RefPlus (60)
RegEnrich (55)
regioneR (1823)
regioneReloaded (21)
regionReport (93)
registry (1)
regsplice (30)
regutools (42)
reldist (2)
remaCor (1)
rematch (1)
rematch2 (1)
remotes (32)
REMP (50)
rentrez (1)
renv (56)
Repitools (278)
ReportingTools (695)
reposTools (1)
repr (1)
reprex (6)
repurrrsive (1)
RepViz (35)
ReQON (36)
resample (1)
reshape (1)
reshape2 (3)
ResidualMatrix (2890)
RESOLVE (26)
Resourcerer (2)
restfulr (3)
restfulSE (48)
reticulate (7)
retrofit (5)
ReUseData (4)
revealgenomics (1)
review (1)
rex (33)
rexposome (63)
rfaRm (35)
Rfast (4)
Rfastp (108)
rfcdmin (1)
rflowcyt (1)
RFOC (1)
rfPred (41)
rGADEM (335)
RGalaxy (5)
rgbif (0)
RGCCA (1)
rgdal (0)
rGenomeTracks (32)
rgeos (4)
rgexf (1)
Rgin (23)
rgl (1)
Rglpk (1)
RGMQL (24)
RgnTX (22)
rgoslin (54)
RGraph2js (34)
Rgraphviz (9093)
rgraphviz (1)
rGREAT (513)
RGSEA (58)
rgsepd (36)
rhdf5 (16716)
rhdf5client (50)
rhdf5filters (16100)
Rhdf5lib (18285)
rhino (1)
Rhisat2 (167)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (20038)
rhub (1)
rHVDM (2)
RiboCrypt (32)
RiboDiPA (41)
RiboProfiling (56)
ribor (36)
riboSeq (0)
riboSeqR (39)
ribosomeProfilingQC (51)
RIdeogram (1)
rifi (25)
rifiComparative (5)
RImmPort (47)
Ringo (292)
RInside (1)
Rintact (1)
rintrojs (1)
rio (1)
RIPAT (33)
RIPSeeker (18)
Risa (43)
riskRegression (1)
RITAN (43)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (31)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (1)
RJDBC (0)
RJMCMCNucleosomes (35)
rjson (8)
RJSONIO (4)
Rlab (1)
rlang (48)
RLassoCox (54)
rle (1)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
RLMM (50)
RLSeq (36)
rly (1)
RMAGEML (1)
Rmagpie (38)
RMAPPER (2)
RMariaDB (1)
rmarkdown (56)
RMassBank (68)
rMAT (4)
rmdformats (0)
rmelting (60)
rmeta (1)
rmio (1)
RmiR (3)
rmir (0)
Rmisc (1)
Rmmquant (36)
Rmpfr (4)
Rmpi (1)
rms (1)
rmspc (40)
RMTstat (1)
rmutil (1)
RMySQL (1)
RNAAgeCalc (58)
RNAdecay (41)
rnaEditr (33)
RNAinteract (42)
RNAither (2)
rnaither (0)
RNAmodR (59)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (39)
RNAmodR.ML (32)
RNAmodR.RiboMethSeq (36)
RNAprobR (2)
RNAsense (31)
rnaseqcomp (57)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (3)
RNASeqPower (117)
RNASeqR (24)
RnaSeqSampleSize (82)
rnaturalearth (1)
RnBeads (179)
RnBeads.hg19 (1)
RnBeads.hg38 (1)
RnBeads.mm10 (1)
rncl (1)
RNeXML (1)
rngtools (1)
rngWELL (1)
Rnits (20)
roar (43)
robust (1)
robustbase (2)
ROC (1032)
ROCpAI (31)
ROCR (1)
RODBC (1)
ROI (1)
RolDE (32)
Roleswitch (3)
Rolexa (2)
rols (261)
roma (0)
ROntoTools (85)
Rook (1)
rootSolve (1)
ropls (749)
roptim (1)
ROracle (0)
ROSeq (31)
rotl (1)
ROTS (149)
roxygen2 (36)
RPA (35)
rpact (1)
rpart (33)
RPMG (1)
RPostgres (4)
RPostgreSQL (1)
rprimer (45)
rprojroot (34)
RProtoBufLib (2085)
RpsiXML (19)
RPushbullet (1)
rpx (255)
Rqc (218)
rqt (36)
rqubic (55)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (4)
rRDP (41)
Rredland (1)
rredlist (1)
RRHO (91)
rrvgo (281)
rsample (5)
Rsamtools (19886)
rsamtools (0)
rsbml (74)
rsconnect (33)
rScudo (35)
RSEIS (1)
rsemmed (42)
RSeqAn (67)
Rserve (1)
rSFFreader (1)
RSiena (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (1)
Rsmlx.2 (1)
RSNNS (1)
RSNPper (1)
Rsolnp (4)
RSpectra (4)
RSQLite (41)
Rssa (1)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (1)
rstan (4)
rstanarm (1)
rstantools (2)
rstatix (5)
rstpm2 (1)
rstudio (0)
rstudioapi (37)
Rsubread (2243)
rsvd (4)
rsvg (1)
RSVSim (43)
rSWeeP (43)
rtables (1)
rTANDEM (6)
RTCA (37)
RTCGA (500)
RTCGAToolbox (550)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (101)
RTNduals (50)
RTNsurvival (54)
RTools4TB (1)
RTopper (34)
Rtpca (31)
rtracklayer (17946)
Rtreemix (40)
rTRM (47)
rTRMui (33)
Rtsne (1)
Rttf2pt1 (1)
runibic (57)
RUnit (1)
runonce (1)
Runuran (1)
Ruuid (1)
ruv (1)
RUVcorr (44)
RUVnormalize (47)
RUVSeq (852)
RUVseq (1)
rvcheck (1)
RVenn (1)
rversions (36)
rvest (6)
rvg (1)
Rvmmin (1)
RVS (34)
RVtests (1)
Rwave (1)
RWebServices (1)
RWiener (1)
rWikiPathways (309)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
rzmq (1)

S

s2 (20)
S4Arrays (1917)
S4Vectors (49912)
saemix (1)
safe (395)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (1)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (33)
SAGx (10)
SAIGEgds (50)
samExploreR (2)
sampleClassifier (40)
sampling (1)
samr (3)
SamSPECTRAL (95)
sandwich (1)
sangeranalyseR (136)
sangerseqR (435)
SANTA (51)
sapFinder (2)
saps (1)
sarks (30)
sas7bdat (1)
sass (38)
satuRn (99)
savR (58)
SBGNview (78)
SBGNview.data (1)
sbgr (1)
SBMLR (56)
SC3 (397)
sc3 (1)
Scale4C (36)
ScaledMatrix (10104)
scales (9)
scAlign (35)
scam (1)
SCAN.UPC (72)
scanMiR (38)
scanMiRApp (33)
scAnnotatR (60)
SCANVIS (50)
SCArray (36)
SCArray.sat (5)
SCATE (39)
scater (5286)
scatterD3 (0)
scatterHatch (39)
scattermore (4)
scatterpie (2)
scatterplot3d (30)
scBFA (35)
SCBN (59)
scBubbletree (22)
scCB2 (39)
scClassifR (3)
scClassify (61)
sccomp (35)
sccore (1)
sccs (1)
scDataviz (55)
scDblFinder (869)
scDC (1)
scDD (131)
scDDboost (25)
scde (297)
scds (495)
SCFA (33)
scFeatureFilter (44)
scFeatures (8)
scfind (2)
scGPS (40)
schex (121)
scHOT (49)
scico (1)
scidb (1)
scifer (20)
ScISI (3)
scistreer (1)
scLinear (1)
scMAGeCK (40)
scmap (413)
scMerge (302)
scMET (25)
scmeth (48)
SCnorm (85)
scone (86)
Sconify (29)
SCOPE (42)
scoreInvHap (33)
scp (72)
scPCA (62)
scPipe (66)
scran (3943)
scReClassify (33)
scRecover (39)
screenCounter (4)
ScreenR (23)
scRepertoire (259)
scrime (3)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (1)
scRNAseqApp (7)
scruff (49)
scry (109)
scrypt (1)
scs (1)
scShapes (30)
scsR (2)
scTensor (48)
scTGIF (37)
scTHI (31)
sctransform (7)
scTreeViz (37)
scuttle (7805)
scviR (5)
SDAMS (36)
SDMTools (1)
sechm (91)
seewave (1)
segmented (1)
segmenter (32)
segmentSeq (58)
selectKSigs (31)
selectr (1)
SELEX (37)
sem (1)
SemDist (39)
semisup (42)
SemSim (1)
semsim (1)
sendmailR (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (1)
SEPIRA (29)
seq.hotSPOT (4)
seq2pathway (42)
seqArchR (43)
seqArchRplus (7)
SeqArray (732)
seqbias (46)
seqCAT (36)
seqCNA (56)
seqcombo (45)
SeqGate (30)
SeqGSEA (58)
seqinr (1)
seqLogo (2201)
seqminer (4)
Seqnames (0)
seqPattern (546)
seqplots (9)
seqsetvis (46)
SeqSQC (44)
seqTools (94)
SeqVarTools (425)
seriation (6)
servr (1)
sesame (433)
sessioninfo (32)
SEtools (73)
sets (1)
Seurat (10)
seurat (1)
SeuratObject (7)
sevenbridges (52)
sevenC (37)
sf (31)
sfsmisc (1)
SGCP (8)
SGSeq (249)
shadowtext (1)
shape (1)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (1)
SharedObject (52)
ShatterSeek (1)
shiny (16)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shinyBS (5)
shinybusy (1)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (2)
shinydashboardPlus (3)
shinyepico (45)
shinyFeedback (1)
shinyfeedback (1)
shinyFiles (5)
shinyglide (1)
shinyhelper (3)
ShinyItemAnalysis (10)
shinyjqui (1)
shinyjs (1)
shinymanager (1)
shinyMethyl (75)
shinyMobile (1)
shinypanel (3)
shinySelect (1)
shinystan (1)
shinyTANDEM (3)
shinytest (1)
shinytest2 (1)
shinythemes (1)
shinyWidgets (7)
ShortRead (5514)
shortread (0)
showtext (1)
SIAMCAT (103)
SICtools (29)
sidap (0)
sigaR (5)
SigCheck (36)
sigFeature (148)
Sigfried (1)
SigFuge (35)
siggenes (2512)
sights (42)
Signac (4)
signal (1)
signature.tools.lib (1)
signature.tools.lib.back (1)
signature.tools.lib.v2.1 (1)
signature.tools.lib.v2.1.2 (1)
signatureSearch (75)
signeR (61)
signet (2)
signifinder (27)
SignifReg (1)
sigPathway (98)
sigpathway (1)
SigsPack (33)
sigsquared (34)
SIM (42)
SIMAT (33)
SimBindProfiles (36)
SimBu (25)
SIMD (31)
SimFFPE (37)
similaRpeak (52)
SIMLR (203)
simpar (1)
simpleaffy (128)
simpleSeg (28)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (330)
SimSeq (1)
simulatorAPMS (1)
simulatorZ (2)
sincell (52)
single (34)
SingleCellExperiment (12530)
SingleCelLExperiment (1)
SingleCellSignalR (133)
singleCellTK (162)
SingleMoleculeFootprinting (36)
SingleR (2870)
singleR (1)
SingleRBook (4)
singscore (898)
SiPSiC (5)
SISPA (38)
sitadela (33)
sitePath (36)
sitmo (4)
sizepower (54)
SJava (2)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (4)
skewr (32)
skimr (1)
slackr (1)
slalom (38)
slam (1)
SLGI (4)
slickR (1)
slider (4)
slingshot (1091)
slinky (4)
SLqPCR (53)
sm (1)
SMAD (42)
SMAP (48)
smartdata (1)
smfishHmrf (1)
SMITE (42)
smldesign (1)
smoother (1)
smoothHR (1)
SMVar (4)
sn (5)
sna (1)
SNAData (1)
SNAGEE (50)
snakecase (1)
snapCGH (49)
snapcount (47)
snifter (96)
snm (135)
snow (3)
SnowballC (1)
snowfall (1)
snpAssoc (0)
SNPchip (14)
SNPediaR (40)
SNPhood (34)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (1)
snpMatrix (4)
snpmatrix (1)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1311)
snpStats (1761)
SOAR (1)
sodium (0)
soGGi (249)
soilDB (1)
sojourner (25)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (137)
SOMbrero (0)
sommer (1)
SOMNiBUS (42)
sortable (1)
soundecology (1)
sourcetools (13)
sp (6)
SpacePAC (37)
spacetime (1)
SPACox (1)
spade (5)
spam (1)
spaMM (1)
Spaniel (62)
sparklyr (5)
SPARQL (1)
sparrow (85)
SparseArray (107)
sparseDOSSA (47)
SparseM (1)
sparseMatrixStats (12207)
sparsenetgls (42)
SparseSignatures (44)
sparsesvd (6)
spaSim (22)
spatial (2)
SpatialCPie (65)
spatialDE (60)
SpatialDecon (129)
SpatialExperiment (817)
SpatialFeatureExperiment (57)
spatialHeatmap (42)
SpatialOmicsOverlay (7)
spatialreg (1)
spatstat (1)
spatstat.core (4)
spatstat.data (4)
spatstat.explore (1)
spatstat.geom (5)
spatstat.linnet (1)
spatstat.random (5)
spatstat.sparse (4)
spatstat.utils (4)
spatzie (32)
spData (1)
spdep (1)
speckle (13)
specL (54)
SpeCond (61)
Spectra (488)
SpectralTAD (66)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (1)
SPEM (48)
spgs (1)
SPIA (435)
SPIAT (37)
spicyR (92)
SpidermiR (58)
spikeLI (43)
spiky (38)
spkTools (32)
splancs (1)
splatter (346)
splicegear (2)
spliceR (7)
spliceSites (3)
SpliceWiz (34)
SplicingFactory (32)
SplicingGraphs (67)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (56)
SPLINTER (34)
splots (126)
spls (1)
SPONGE (71)
SpotClean (43)
SPOTlight (131)
spotSegmentation (3)
spqn (38)
SPsimSeq (67)
SQLDataFrame (35)
SQUADD (42)
SQUAREM (1)
sRACIPE (41)
SRAdb (326)
sRAP (4)
SRGnet (2)
srnadiff (31)
sROC (1)
sscore (38)
sscu (34)
sSeq (122)
ssh.utils (1)
ssize (77)
sSNAPPY (45)
SSPA (81)
ssPATHS (30)
ssrch (50)
ssviz (43)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (169)
stam (1)
STAN (34)
standR (47)
StanHeaders (1)
staRank (34)
StarBioTrek (36)
Starr (3)
startupmsg (1)
STATegRa (41)
Statial (20)
statmod (1)
statnet (1)
statnet.common (1)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (1)
statTarget (90)
STdeconvolve (61)
stepNorm (34)
stepwiseCM (2)
sticky (1)
stinepack (1)
stJoincount (26)
stopwords (1)
storr (1)
strandCheckR (37)
Streamer (42)
strex (1)
string (0)
STRINGdb (823)
stringdist (4)
stringfish (1)
stringi (14)
stringr (19)
STROMA4 (32)
strucchange (1)
struct (91)
Structstrings (68)
structToolbox (64)
StructuralVariantAnnotation (132)
styler (4)
SubCellBarCode (39)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (52)
SUITOR (22)
SummarizedBenchmark (36)
SummarizedExperiment (33898)
Summix (42)
sunburstR (1)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (40)
SuppDists (1)
supraHex (347)
surfaltr (36)
survcomp (801)
survey (1)
survival (45)
survivalROC (1)
survminer (1)
survMisc (1)
survtype (44)
Sushi (131)
susieR (6)
sva (6100)
svaNUMT (31)
SVAPLSseq (2)
svaRetro (31)
svd (1)
svglite (4)
SVM2CRM (1)
SVMDO (9)
svUnit (1)
swagger (0)
SWATH2stats (46)
SwathXtend (57)
swfdr (47)
Swiffer (1)
SwimR (3)
switchBox (91)
switchde (38)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
synapsis (31)
synapter (44)
synergyfinder (168)
SynExtend (44)
synlet (40)
SynMut (34)
syntenet (50)
sys (43)
systemfit (1)
systemfonts (1)
systemPipeR (1069)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (56)
systemPipeTools (39)

T

table1 (1)
tableHTML (0)
tables (1)
TADCompare (58)
TailRank (1)
tanggle (45)
TAPseq (45)
tarchetypes (2)
target (34)
TargetDecoy (36)
targets (2)
TargetScore (53)
TargetSearch (58)
targetsearch (0)
TarSeqQC (30)
taxize (1)
TBSignatureProfiler (42)
TCC (216)
TCGAbiolinks (2859)
TCGAbiolinksGUI (81)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAutils (676)
tcltk (1)
tclust (1)
TCseq (114)
TDARACNE (24)
tdaracne (0)
TDbasedUFE (11)
TDbasedUFEadv (7)
TeachingDemos (1)
TEKRABber (37)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (1)
tensorflow (4)
TENxIO (24)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (32)
TEQC (48)
tergm (1)
ternarynet (32)
terra (30)
terraTCGAdata (31)
testthat (83)
TFARM (29)
tfautograph (1)
TFBSTools (1697)
tfbstools (1)
TFEA.ChIP (50)
TFHAZ (30)
TFisher (1)
TFMPvalue (3)
tfrmt (1)
tfruns (4)
TFutils (40)
tgp (1)
TH.data (1)
threejs (1)
tibble (79)
tictoc (1)
tidybayes (1)
tidybulk (131)
tidycensus (0)
tidygraph (1)
tidyjson (1)
tidymodels (1)
tidyposterior (1)
tidyr (18)
tidyselect (9)
tidySingleCellExperiment (115)
tidySummarizedExperiment (150)
tidytext (1)
tidytree (5)
tidyverse (5)
tidyvpc (1)
tiff (1)
tiger (0)
tigre (41)
tigris (0)
tikzDevice (1)
TileDBArray (34)
tilingArray (66)
timechange (1)
timecourse (49)
timeDate (5)
timeOmics (50)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (72)
timeSeries (1)
TimeSeriesExperiment (20)
TimiRGeN (40)
TIN (37)
TINC (1)
tinkr (0)
tinytest (1)
tinytex (43)
TissueEnrich (82)
TitanCNA (58)
tkrgl (1)
tkrplot (1)
tkWidgets (1040)
tkwidgets (1)
tLOH (32)
tm (1)
TMB (1)
TMixClust (49)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (42)
TnT (36)
TOAST (195)
tofsims (4)
tokenizers (1)
tomoda (29)
tomoseqr (28)
tools (1)
TOP (5)
ToPASeq (3)
topconfects (148)
topdownr (42)
topGO (2715)
topicmodels (1)
torch (1)
ToxicoGx (33)
Tplyr (1)
TPP (64)
TPP2D (38)
tracee (1)
tracktables (121)
trackViewer (297)
tradeSeq (348)
TrajectoryGeometry (39)
TrajectoryUtils (1238)
TraMineR (1)
transcriptogramer (48)
transcriptR (44)
transformGamPoi (38)
transformr (1)
transite (39)
tRanslatome (41)
transomics2cytoscape (31)
TransView (37)
TraRe (22)
traseR (37)
Travel (20)
traviz (32)
tree (1)
TreeAndLeaf (96)
treeio (15876)
treekoR (32)
treemap (1)
TreeSummarizedExperiment (862)
TREG (35)
TReNA (1)
trena (36)
Trendy (45)
TRESS (37)
tricycle (89)
triebeard (1)
triform (3)
trigger (35)
trimcluster (1)
trio (72)
tripack (1)
triplex (39)
tripr (45)
tRNA (64)
tRNAdbImport (42)
tRNAscanImport (47)
TRONCO (54)
truncdist (1)
truncnorm (4)
trust (1)
TSCAN (375)
tscR (45)
tseries (1)
tseriesChaos (1)
tsna (1)
tsne (1)
TSP (7)
tspair (15)
TSRchitect (4)
TSSi (2)
ttdo (1)
ttgsea (52)
TTMap (30)
tune (4)
tuneR (1)
TurboNorm (34)
TVTB (35)
tweeDEseq (80)
tweedie (1)
tweenr (2)
twilight (83)
twoddpcr (37)
TwoSampleMR (1)
txcutr (30)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (3)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (3)
tximeta (1019)
tximport (3071)
tximportData (1)
TxRegInfra (2)
txtq (1)
TypeInfo (45)
tzdb (12)

U

uatools (1)
UCell (624)
ucminf (1)
Ularcirc (35)
umap (4)
UMI4Cats (38)
unbalanced (1)
uncoverappLib (33)
UNDO (40)
unifiedWMWqPCR (35)
UniProt.ws (303)
uniqueAtomMat (1)
Uniquorn (35)
units (19)
universalmotif (389)
updateObject (30)
urca (1)
urltools (1)
uroot (1)
usethis (32)
uSORT (36)
UTAR (0)
utf8 (39)
utils (1)
uuid (1)
uwot (8)

V

V8 (1)
VAExprs (33)
VanillaICE (57)
vaplot (1)
vapour (1)
VarCon (36)
variancePartition (514)
VariantAnnotation (7318)
VariantExperiment (42)
VariantFiltering (48)
VariantTools (96)
vars (1)
vasp (1)
VaSP (33)
vaultr (1)
vbmp (57)
vcd (1)
VCFArray (37)
vcfR (0)
vcr (1)
vctrs (59)
vdiffr (1)
VDJdive (22)
Vega (2)
VegaMC (40)
vegan (1)
vegawidget (1)
velociraptor (86)
veloviz (50)
venn (4)
VennDetail (175)
VennDiagram (1)
venneuler (0)
VERSO (41)
VGAM (2)
vhydeg (1)
VIBER (1)
vidger (88)
VIM (1)
vioplot (1)
viper (604)
viridis (18)
viridisLite (26)
viridislite (1)
virtualArray (3)
visdat (1)
ViSEAGO (106)
visNetwork (1)
vissE (61)
Voyager (36)
vpc (1)
VplotR (45)
vroom (21)
vsclust (26)
vsn (4478)
vtpnet (36)
vulcan (34)

W

waddR (43)
waiter (3)
waldo (26)
warp (1)
wateRmelon (688)
wavClusteR (39)
waveslim (1)
waveTiling (2)
weaver (54)
webbioc (41)
webfakes (1)
webmockr (1)
webshot (6)
webutils (0)
WeightIt (1)
weights (1)
WeightSVM (1)
weitrix (33)
WGCNA (2)
WGScan (1)
WGSmapp (1)
whereami (1)
whisker (43)
widgetInvoke (1)
widgetTools (1064)
widgettools (1)
wiggleplotr (108)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (1)
wikitaxa (1)
withr (22)
wk (34)
workflows (5)
workflowsets (1)
worrms (1)
wpm (42)
wppi (36)
Wrench (1082)
writexl (1)
WriteXLS (1)
WRS2 (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
XBSeq (2)
XCIR (2)
xcms (1290)
xcore (35)
XDE (38)
xdg-utils (1)
Xeva (36)
xfun (92)
xgboost (3)
xgxr (1)
XINA (38)
XLConnect (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (43)
xmapcore (1)
XML (9)
xml2 (54)
xmlparsedata (1)
XNAString (38)
xopen (1)
xpose (1)
xps (6)
xslt (1)
xtable (1)
xts (1)
XVector (43129)
xvector (0)
XVectorb (1)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (48)
yamss (43)
YAPSA (65)
yaqcaffy (5)
yardstick (4)
yarn (97)
ymlthis (1)
yulab.utils (5)

Z

zCompositions (4)
zeallot (1)
zellkonverter (643)
zenith (29)
zFPKM (90)
zinbwave (619)
zip (48)
Ziploc (1)
zlibbioc (44354)
zoo (6)
ZygosityPredictor (5)