Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-01-23 08:57:16 -0800 (Fri, 23 Jan 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (151166)
2BiocGenerics (114982)
3IRanges (106103)
4Biobase (105384)
5AnnotationDbi (93523)
6zlibbioc (71328)
7limma (65791)
8Biostrings (63005)
9GenomeInfoDb (60375)
10GenomicRanges (59899)
11XVector (55175)
12annotate (54892)
13genefilter (48279)
14Rsamtools (47839)
15biomaRt (45377)
16rtracklayer (43657)
17graph (42947)
18GenomicFeatures (41270)
19affy (40173)
20preprocessCore (39723)
21BSgenome (38149)
22affyio (35459)
23geneplotter (31856)
24BiocParallel (30496)
25edgeR (30343)
26GenomicAlignments (30216)
27multtest (28295)
28RBGL (26793)
29S4Vectors (26653)
30GEOquery (24160)
31DESeq (23740)
32Rgraphviz (23618)
33DESeq2 (23142)
34impute (22880)
35biovizBase (21884)
36VariantAnnotation (20952)
37gcrma (17636)
38ShortRead (17051)
39rhdf5 (16530)
40Gviz (16034)
41qvalue (16029)
42GSEABase (15472)
43vsn (15278)
44AnnotationForge (14445)
45Category (14281)
46cummeRbund (13942)
47affyPLM (13681)
48GOstats (13125)
49siggenes (12349)
50ggbio (12073)
51simpleaffy (11513)
52illuminaio (11151)
53DNAcopy (11091)
54marray (10823)
55oligoClasses (10792)
56affxparser (10760)
57oligo (10116)
58mzR (9757)
59minfi (9742)
60annaffy (9561)
61flowCore (9414)
62lumi (9127)
63xcms (9123)
64topGO (9059)
65bumphunter (8730)
66methylumi (8529)
67EBImage (8418)
68DynDoc (8181)
69sva (8082)
70KEGGREST (7954)
71DEXSeq (7532)
72pcaMethods (7240)
73KEGGgraph (7211)
74widgetTools (6905)
75tkWidgets (6877)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/201523009817241
All months2857849105223

A

a4 (2433)
a4Base (2581)
a4Classif (2414)
a4Core (2589)
a4Preproc (2611)
a4Reporting (2415)
ABarray (2308)
ABSSeq (1528)
acepack (1)
aCGH (3110)
ACME (2285)
ADaCGH2 (2190)
adSplit (2158)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10760)
affy (40173)
affycomp (3261)
AffyCompatible (2453)
affyContam (2236)
affycoretools (5790)
affydata (2)
AffyExpress (2436)
affyILM (2136)
affyio (35459)
affylmGUI (3365)
affyPara (2142)
affypdnn (2585)
affyPLM (13681)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6222)
AffyRNADegradation (2136)
AffyTiling (2262)
AGDEX (2063)
Agi4x44PreProcess (1116)
agilp (2473)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2644)
AIMS (24)
ALDEx2 (468)
AllelicImbalance (1882)
alsace (1428)
altcdfenvs (2208)
ampliQueso (1780)
AnalysisPageServer (10)
annaffy (9561)
AnnBuilder (33)
annmap (1041)
annotate (54892)
annotation (244)
AnnotationDbi (93523)
AnnotationForge (14445)
AnnotationFuncs (2235)
AnnotationHub (3283)
annotationTools (2866)
anota (2215)
antiProfiles (1962)
apcluster (1)
apComplex (2276)
aroma.light (5451)
ArrayExpress (4760)
ArrayExpressHTS (1296)
arrayMagic (16)
arrayMvout (2074)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2771)
arrayQualityMetrics (5448)
arrays (398)
ArrayTools (2581)
ArrayTV (1864)
ARRmNormalization (1851)
ASEB (1963)
ASGSCA (442)
asmn (1449)
ASSET (1781)
ASSIGN (1408)
AtlasRDF (1457)
attract (2029)

B

BAC (1977)
BADER (1916)
BAGS (1741)
ballgown (610)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1908)
Basic4Cseq (1580)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3102)
baySeq (4631)
BBmisc (1)
bcellViper (3)
BCRANK (2298)
beadarray (6850)
beadarraySNP (2232)
BeadDataPackR (6217)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1412)
betr (2170)
bgafun (2079)
BGmix (1154)
bgx (2048)
BHC (2447)
BicARE (2077)
BiGGR (1847)
bigmemoryExtras (1211)
bioassayR (2104)
Biobase (105384)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2075)
BiocCheck (1972)
biocDatasets (37)
BiocGenerics (114982)
biocGraph (2207)
BiocInstaller (151166)
biocinstaller (3)
BiocParallel (30496)
BiocStyle (4595)
biocViews (3073)
bioDist (4608)
biomaRt (45377)
BioMVCClass (2232)
biomvRCNS (1823)
BioNet (3380)
BioSeqClass (2099)
Biostrings (63005)
biosvd (1438)
biovizbase (1)
biovizBase (21884)
BiRewire (1806)
birta (1968)
BiSeq (2369)
bitops (1)
BitSeq (2504)
blima (524)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2264)
BrainStars (1984)
brew (1)
bridge (2007)
BridgeDbR (432)
BSgenome (38149)
bsseq (2700)
BufferedMatrix (2053)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1991)
bumphunter (8730)
BUS (1891)

C

CAFE (1389)
CAGEr (2057)
CALIB (1897)
CAMERA (3516)
cancerclass (1885)
CancerMutationAnalysis (1982)
Cardinal (6)
casper (1871)
Category (14281)
categoryCompare (1915)
ccrepe (1374)
cellGrowth (1875)
cellhts (1)
cellHTS (1969)
cellHTS2 (2912)
CellNOptR (2278)
CexoR (1713)
CFAssay (418)
CGEN (2049)
CGHbase (2556)
CGHcall (2418)
cghcall (1)
cghMCR (2007)
CGHnormaliter (1892)
CGHregions (1977)
ChAMP (3005)
charm (2191)
checkmate (1)
ChemmineOB (2408)
ChemmineR (3662)
chemminer (3)
chimera (2861)
chipenrich (1692)
ChIPpeakAnno (6036)
ChIPQC (1597)
ChIPseeker (1912)
chipseq (4097)
ChIPseqR (2125)
ChIPsim (2074)
ChIPXpress (1028)
chopsticks (2121)
chroGPS (1830)
chromDraw (4)
ChromHeatMap (2000)
ChromoViz (1)
cisPath (1803)
ClassifyR (446)
cleanUpdTSeq (1596)
cleaver (1989)
clippda (1839)
clipper (2001)
Clomial (1308)
Clonality (1842)
clonotypeR (1602)
clst (1809)
clstutils (1757)
clusterProfiler (3554)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2068)
CMA (2528)
cn.farms (1840)
cn.mops (3198)
CNAnorm (1950)
CNEr (1581)
CNORdt (1775)
CNORfeeder (1707)
CNORfuzzy (1778)
CNORode (1822)
CNTools (2206)
cnvGSA (1816)
CNVrd2 (1655)
CNVtools (2015)
cnvtools (1)
cobindR (1615)
CoCiteStats (1978)
codelink (1921)
CODEX (3)
CoGAPS (758)
coGPS (1730)
COHCAP (1506)
colorspace (1)
coMET (9)
COMPASS (1354)
compcodeR (1511)
compEpiTools (449)
CompGO (1345)
ConsensusClusterPlus (3161)
convert (3133)
copa (2004)
COPDSexualDimorphism (1271)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2091)
CopyNumber450k (1343)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (425)
Cormotif (1763)
CorMut (1809)
coRNAi (1794)
CORREP (1854)
cosmiq (457)
cosmo (146)
cosmoGUI (180)
COSNet (393)
CoverageView (854)
cpvSNP (1)
cqn (2520)
CRImage (2056)
CRISPRseek (1530)
crlmm (3454)
CSAR (2265)
csaw (448)
CSSP (1610)
ctc (4387)
cummeRbund (13942)
cummerbund (1)
customProDB (1728)
cycle (1927)

D

dagLogo (1579)
dama (2)
daMA (1779)
DART (1768)
DASiR (1789)
DAVIDQuery (2399)
DBChIP (1976)
DBI (1)
ddCt (2313)
ddgraph (1849)
DECIPHER (2085)
DeconRNASeq (1808)
DEDS (1856)
deepSNV (1989)
DEGraph (2099)
DEGreport (452)
DEGseq (3821)
degseq (1)
deltaGseg (1628)
derfinder (482)
derfinderData (4)
derfinderHelper (479)
derfinderPlot (428)
DESeq (23740)
DESeq2 (23142)
DEXSeq (7532)
dexus (1772)
DFP (1783)
dichromat (1)
DiffBind (4032)
diffGeneAnalysis (1948)
digest (1)
DirichletMultinomial (2195)
dks (1729)
DMRcate (1464)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1303)
DNAcopy (11091)
DNaseR (1679)
domainsignatures (1926)
DOQTL (511)
DOSE (3946)
DriverNet (1744)
DrugVsDisease (1802)
DSS (2175)
DTA (1740)
dualKS (1512)
DupChecker (437)
dyebias (1812)
DynDoc (8181)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1950)
easyRNASeq (4483)
EBarrays (2539)
EBcoexpress (1853)
EBImage (8418)
EBSeq (3459)
EBSeqHMM (401)
ecolitk (1890)
EDASeq (3303)
edd (50)
EDDA (1393)
edger (1)
edgeR (30343)
eiR (1063)
eisa (2201)
ELBOW (1302)
EnrichmentBrowser (430)
ensemblVEP (2501)
ENVISIONQuery (1801)
epigenomix (1746)
epivizr (1931)
eQTL (34)
erccdashboard (445)
ExiMiR (1881)
exomeCopy (2447)
exomePeak (1727)
exonfindR (255)
exonmap (113)
explorase (1376)
ExpressionView (1838)
expressionview (1)
externalVector (277)

F

fabia (2374)
facopy (392)
facopy.annot (5)
factDesign (2067)
fail (1)
farms (2002)
fastLiquidAssociation (1143)
fastseg (1835)
fbat (34)
fdrame (1886)
FEM (418)
ffpe (1769)
FGNet (1851)
flagme (1892)
flipflop (1614)
flowBeads (1578)
flowBin (1306)
flowcatchR (414)
flowCHIC (408)
flowCL (1298)
flowClean (459)
flowClust (2963)
flowCore (9414)
flowCyBar (1282)
flowDensity (503)
flowFit (1600)
flowFlowJo (1959)
flowFP (2043)
flowMap (1636)
flowMatch (1313)
flowMeans (2280)
flowMerge (2136)
flowPeaks (1909)
flowPhyto (1760)
flowPlots (1859)
flowq (1)
flowQ (1489)
flowQB (1733)
FlowSOM (13)
flowStats (4113)
flowTrans (1960)
flowType (2029)
flowUtils (2211)
flowViz (5807)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5103)
fmcsR (2375)
focalCall (387)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (431)
FRGEpistasis (1257)
frma (2757)
frmaTools (1998)
FunciSNP (1950)

G

gaga (1978)
gage (4765)
gaggle (1797)
gaia (1757)
gaucho (1276)
gCMAP (1850)
gCMAPWeb (1671)
gcrma (17636)
gdsfmt (261)
geecc (387)
genArise (1790)
GENE.E (2036)
gene2pathway (211)
GeneAnswers (3951)
GeneExpressionSignature (1864)
genefilter (48279)
genefu (2357)
GeneGA (1114)
GeneGroupAnalysis (231)
GeneMeta (2337)
GeneNetworkBuilder (1842)
GeneOverlap (1372)
geneplotter (31856)
GeneR (69)
geneRecommender (2033)
GeneRegionScan (1765)
generegulation (89)
GeneRfold (37)
geneRxCluster (1293)
GeneSelectMMD (1801)
GeneSelector (2123)
GeneSpring (32)
geNetClassifier (1764)
GeneticsBase (29)
GeneticsDesign (1865)
GeneticsPed (2027)
GeneTraffic (64)
GeneTS (4)
genoCN (1811)
genomation (21)
GenomeGraphs (3870)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (60375)
genomeIntervals (4646)
genomes (2066)
GenomicAlignments (30216)
GenomicFeatures (41270)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1528)
GenomicInteractions (405)
GenomicRanges (59899)
GenomicTuples (424)
Genominator (2309)
genoset (2702)
GenoView (388)
GEOmetadb (2875)
GEOquery (24160)
geoquery (1)
GEOsubmission (1797)
gespeR (6)
GEWIST (1683)
gff3Plotter (4)
GGBase (3362)
ggbio (12073)
GGtools (2586)
ggtree (15)
girafe (2133)
GLAD (2676)
GlobalAncova (2262)
globaltest (4374)
gmapR (1106)
GOexpress (454)
GOFunction (2116)
goProfiles (2394)
goprofiles (2)
GOSemSim (4883)
gosemsim (1)
goseq (5068)
GOSim (2203)
gostats (1)
GOstats (13125)
GOsummaries (501)
GOTHiC (1306)
goTools (2504)
gpls (2586)
gprege (1692)
gQTLBase (12)
gQTLstats (11)
graph (42947)
GraphAlignment (1815)
GraphAT (1793)
graphite (3204)
GraphPAC (1639)
GRENITS (1888)
GreyListChIP (2)
grndata (4)
groHMM (411)
GSAR (475)
GSBenchMark (4)
GSCA (1294)
gseabase (1)
GSEABase (15472)
GSEAlm (2379)
GSReg (397)
GSRI (1801)
GSVA (2631)
Gviz (16034)
gwascat (2121)
GWASTools (3243)

H

h5vc (1797)
hapFabia (1748)
Harshlight (1825)
HCsnip (1656)
HDTD (440)
Heatplus (6704)
HELP (1781)
HEM (1753)
hexbin (183)
hiAnnotator (459)
highthroughputassays (25)
HilbertVis (3011)
HilbertVisGUI (1521)
hiReadsProcessor (389)
HiTC (1916)
Hmisc (1)
HMMcopy (1966)
hopach (3185)
hpar (1919)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2925)
HTSanalyzeR (2238)
HTSeqGenie (447)
htseqtools (2)
htSeqTools (2086)
HTSFilter (1945)
HybridMTest (1688)
hyperdraw (2035)
hypergraph (2591)

I

iASeq (1901)
iBBiG (1765)
ibh (1672)
iBMQ (1612)
Icens (3430)
iChip (1747)
iClusterPlus (4598)
IdeoViz (400)
idiogram (1835)
IdMappingAnalysis (1669)
IdMappingRetrieval (1708)
iFlow (211)
illuminaio (11151)
imageHTS (1901)
IMPCdata (366)
impute (22880)
INPower (1221)
inSilicoDb (2506)
inSilicoMerging (2396)
intansv (1676)
interactiveDisplay (3184)
interactiveDisplayBase (1304)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (11)
inveRsion (1689)
inversion (1)
iontree (1705)
iPAC (1758)
IPPD (1922)
IRanges (106103)
iranges (1)
iSeq (1764)
isobar (2168)
IsoGeneGUI (1776)
iSPlot (2)
ITALICS (1737)
iterativeBMA (1755)
iterativeBMAsurv (1750)
iterators (1)

J

jmosaics (1640)
joda (1720)

K

KCsmart (1768)
kebabs (458)
KEGGgraph (7211)
keggorth (19)
keggorthology (2037)
KEGGprofile (2257)
KEGGREST (7954)
KEGGSOAP (469)

L

labeling (1)
lapmix (1830)
latticeExtra (1)
LBE (2058)
les (1783)
limma (65791)
limmaGUI (3073)
LiquidAssociation (1790)
liquidassociation (1)
lmdme (1737)
LMGene (2018)
logicFS (2376)
logitt (1)
logitT (1786)
lol (1742)
LowMACAdb (3)
LPE (2172)
LPEadj (1739)
lpNet (1679)
lumi (9127)
LVSmiRNA (1876)

M

M3D (410)
maanova (2537)
macat (1782)
maCorrPlot (1722)
maDB (390)
madb (1)
made4 (4323)
maigesPack (1767)
MAIT (461)
makecdfenv (3467)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1772)
manta (1729)
MantelCorr (1760)
mAPKL (1)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1552)
marray (10823)
maSigPro (2761)
maskBAD (1683)
MassArray (1860)
massiR (1261)
MassSpecWavelet (3290)
matchBox (1695)
matchprobes (105)
MBAmethyl (374)
MBASED (415)
MBCB (1788)
mBPCR (1736)
mcaGUI (1759)
MCRestimate (1939)
mdgsa (9)
mdqc (1950)
MeasurementError.cor (1671)
MEDIPS (2560)
MEDME (1784)
MEIGOR (396)
MergeMaid (2437)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1464)
meshr (1306)
MeSHSim (8)
messina (1245)
metaArray (2384)
Metab (411)
metabomxtr (382)
metagene (410)
metagenomeSeq (2859)
metahdep (1713)
metaMS (1384)
metaMSdata (3)
metaSeq (1577)
metaseqR (1352)
methVisual (1843)
methyAnalysis (2481)
MethylAid (474)
MethylMix (400)
methylMnM (1605)
methylPipe (514)
MethylSeekR (1830)
methylumi (8529)
Mfuzz (3787)
mfuzz (1)
MGFM (381)
mgsa (1912)
MiChip (1709)
microRNA (2496)
MIMOSA (1284)
MineICA (1649)
minet (4239)
minfi (9742)
MinimumDistance (1702)
MiPP (1763)
MiRaGE (1723)
miRNApath (2032)
miRNAtap (407)
Mirsynergy (1293)
missMethyl (466)
mitoODE (1453)
MLInterfaces (3184)
MLP (1799)
MLSeq (1412)
MMDiff (1735)
mmnet (1356)
MmPalateMiRNA (1799)
monocle (683)
MoPS (422)
mosaics (2114)
MotifDb (3075)
motifRG (1822)
motifStack (2816)
MotIV (3105)
MPFE (364)
mQTL.NMR (402)
MSGFgui (429)
MSGFplus (437)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1565)
msmsTests (1530)
MSnbase (3699)
MSnID (440)
msQC (55)
MSstats (1998)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1812)
MultiMed (380)
multiscan (1704)
multtest (28295)
munsell (1)
MVCClass (1880)
mvGST (397)
mygene (501)
mzID (2492)
mzR (9757)

N

NarrowPeaks (1772)
ncdfFlow (4457)
NCIgraph (2156)
neaGUI (1667)
nem (1855)
netbenchmark (1)
netbiov (424)
nethet (6)
NetPathMiner (1318)
netresponse (1743)
NetSAM (1610)
networkBMA (1716)
NGScopy (382)
NGScopyData (4)
nnNorm (1732)
NOISeq (3497)
nondetects (1269)
NormqPCR (2170)
npGSEA (1305)
NTW (1690)
nucleR (1853)
nucler (1)
nudge (1684)
NuPoP (1752)

O

occugene (1754)
OCplus (1919)
oligo (10116)
oligoClasses (10792)
oligoclasses (1)
OLIN (1834)
OLINgui (1711)
omicade4 (1734)
OmicCircos (2257)
OncoSimulR (300)
oneChannelGUI (2608)
ontoCAT (1901)
ontoTools (45)
openCyto (1882)
oposSOM (484)
OrderedList (2699)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (5209)
OSAT (1665)
OTUbase (1876)
OutlierD (1841)

P

PAA (387)
PADOG (1732)
paircompviz (1542)
pairseqsim (4)
pamr (53)
PAnnBuilder (1894)
panp (1935)
PANR (1685)
PAPi (1675)
parglms (2)
parody (2247)
pathifier (1577)
PathNet (1669)
pathRender (1856)
pathview (5764)
PatientGeneSets (60)
paxtoolsr (447)
Pbase (413)
pcaGoPromoter (2026)
pcaMethods (7240)
pcot2 (1714)
PCpheno (1720)
pdInfoBuilder (2614)
pdmclass (1803)
PECA (1344)
pepDat (4)
pepStat (383)
pepXMLTab (369)
PGSEA (2397)
pgUtils (500)
phenoDist (1634)
phenoTest (1887)
PhenStat (1283)
phyloseq (5385)
piano (2700)
pickgene (1711)
PICS (2416)
PING (1799)
pint (1771)
pkgDepTools (2045)
plateCore (1796)
plethy (1545)
plgem (1750)
plier (3082)
PLPE (1819)
plrs (1622)
plw (1697)
plyr (1)
polyester (434)
Polyfit (413)
ppiStats (1825)
prada (3544)
prebs (1647)
PREDA (1737)
predictionet (1033)
preprocessCore (39723)
proBAMr (322)
PROcess (2363)
procoil (1666)
ProCoNA (1565)
pRoloc (1787)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (441)
PROMISE (1713)
PROPER (5)
prot2D (1605)
proteinProfiles (1537)
proteoQC (431)
PSEA (376)
PSICQUIC (1778)
puma (2063)
pvac (1740)
pvca (1831)
Pviz (420)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2109)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1458)
QDNAseq (1441)
qpcrNorm (1848)
qpgraph (2877)
qrqc (2129)
QUALIFIER (1637)
quantro (394)
quantsmooth (3685)
QuartPAC (5)
QuasR (4067)
qusage (1552)
qvalue (16029)

R

r3Cseq (1816)
R453Plus1Toolbox (1840)
rain (401)
rama (1932)
RamiGO (2323)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1677)
RankProd (4293)
Rariant (1253)
RbcBook1 (1867)
RBGL (26793)
rbioinf (1)
RBioinf (1888)
rBiopaxParser (1861)
Rbowtie (4029)
rbsurv (1816)
Rcade (1663)
RCASPAR (1681)
Rchemcpp (1565)
RchyOptimyx (1823)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2034)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4123)
RDAVIDWebService (2520)
Rdbi (42)
RdbiPgSQL (25)
Rdisop (2192)
RDRToolbox (2270)
ReactomePA (2720)
ReadqPCR (2226)
reb (1703)
RedeR (2321)
REDseq (1888)
RefNet (1249)
RefPlus (1766)
regionReport (385)
Repitools (3116)
ReportingTools (5873)
ReQON (1723)
Resourcerer (1436)
rflowcyt (35)
rfPred (1531)
rGADEM (3492)
RGalaxy (1809)
Rgraphviz (23618)
RGSEA (445)
rgsepd (6)
rhdf5 (16530)
rHVDM (1684)
riboSeq (48)
riboSeqR (395)
ringo (1)
Ringo (3591)
Rintact (26)
RIPSeeker (1848)
Risa (1744)
RLMM (1699)
RMAGEML (11)
rmagpie (1)
Rmagpie (1721)
RMAPPER (1381)
RMassBank (1815)
rMAT (1122)
RmiR (2048)
RNAinteract (1733)
RNAither (1815)
rnaither (1)
rnaseqGene (137)
rnaSeqMap (1913)
RNASeqPower (1906)
RnaSeqSampleSize (8)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads.hg19 (4)
Rnits (387)
roar (1291)
ROC (5393)
Roleswitch (1536)
Rolexa (1854)
rols (1985)
ROntoTools (1752)
RPA (1912)
RpsiXML (1987)
rpx (1529)
Rqc (404)
rqubic (1748)
rRDP (385)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1631)
rsamtools (3)
Rsamtools (47839)
rsbml (2266)
rSFFreader (1026)
RSNPper (14)
RSQLite (1)
Rsubread (3599)
RSVSim (1687)
rTANDEM (2088)
RTCA (1795)
RTN (1725)
RTools4TB (27)
RTopper (1727)
rtracklayer (43657)
Rtreemix (1736)
rTRM (1622)
rTRMui (1528)
Ruuid (62)
RUVnormalize (412)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (843)
RWebServices (369)

S

S4Vectors (26653)
safe (2064)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1743)
SAGx (2138)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1840)
sangerseqR (1634)
SANTA (1592)
sapFinder (1289)
saps (10)
savR (1199)
SBMLR (1823)
scales (1)
SCAN.UPC (2102)
ScISI (1881)
scsR (1212)
SeattleIntro2010 (4)
segmentSeq (1848)
SemDist (377)
SemSim (15)
sendmailR (1)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1796)
seqbias (1926)
seqCNA (1585)
SeqGSEA (2462)
seqLogo (6402)
Seqnames (31)
seqPattern (5)
seqplots (459)
seqTools (406)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (24)
SeqVarTools (1582)
SGSeq (391)
shinyMethyl (514)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1575)
ShortRead (17051)
sidap (1)
sigaR (1765)
SigCheck (380)
SigFuge (1550)
siggenes (12349)
sigPathway (2312)
SIM (1766)
SimBindProfiles (1477)
simpleaffy (11513)
simulatorAPMS (44)
simulatorZ (377)
sizepower (2078)
SJava (444)
SLGI (1751)
slgi (1)
SLqPCR (2065)
SMAP (1708)
SNAGEE (1547)
snapCGH (2279)
snm (1982)
SNPchip (3415)
snpMatrix (262)
SNPRelate (773)
snpStats (5908)
SomatiCA (1671)
SomaticSignatures (1555)
SpacePAC (1500)
spade (2342)
specL (392)
SpeCond (1762)
SPEM (1541)
SPIA (3241)
spikeLI (1656)
spkTools (1671)
splicegear (1740)
spliceR (2189)
spliceSites (1526)
SplicingGraphs (1711)
splots (2959)
spotSegmentation (1849)
SQUADD (1606)
SRAdb (4117)
sRAP (1760)
sscore (1663)
sSeq (1548)
ssize (2113)
SSPA (1869)
ssviz (433)
stam (10)
STAN (404)
staRank (1624)
Starr (1863)
STATegRa (401)
stepNorm (1686)
stepwiseCM (1646)
Streamer (1874)
STRINGdb (1934)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1759)
survcomp (3857)
Sushi (1620)
sva (8082)
SwimR (1433)
switchBox (381)
synapter (1910)
systemPipeR (570)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1576)
TargetSearch (1829)
TCC (2163)
TDARACNE (1826)
TEQC (1879)
ternarynet (1615)
tfbstools (1)
TFBSTools (2103)
tigre (1829)
tilingArray (2496)
timecourse (2209)
TitanCNA (1340)
tkWidgets (6877)
ToPASeq (406)
topGO (9059)
tracktables (381)
trackViewer (1412)
tRanslatome (1683)
TransView (1709)
triform (1609)
trigger (1720)
trio (1766)
triplex (1647)
TRONCO (7)
TSCAN (374)
tspair (1861)
TSSi (1717)
TurboNorm (1741)
tweeDEseq (1971)
twilight (2826)
typeinfo (1)
TypeInfo (1708)

U

UNDO (1249)
unifiedWMWqPCR (1256)
UniProt.ws (2234)

V

VanillaICE (2044)
VariantAnnotation (20952)
VariantFiltering (1496)
variants (153)
VariantTools (1006)
vbmp (2172)
Vega (1701)
VegaMC (1731)
viper (1292)
virtualArray (1975)
vsn (15278)
vtpnet (1545)

W

wateRmelon (3438)
wavClusteR (468)
waveTiling (1618)
weaver (2199)
webbioc (1798)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6905)

X

xcms (9123)
XDE (1729)
xmapbridge (1678)
xmapcore (193)
XML (1)
xps (2563)
XVector (55175)

Y

yaqcaffy (2067)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (71328)