See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2020-10-13 10:37:45 -0400 (Tue, 13 Oct 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (37219)
2BiocGenerics (35688)
3S4Vectors (34432)
4IRanges (32797)
5Biobase (31281)
6zlibbioc (26924)
7AnnotationDbi (26096)
8XVector (25186)
9BiocParallel (24936)
10GenomeInfoDb (24597)
11DelayedArray (24037)
12GenomicRanges (23670)
13SummarizedExperiment (23345)
14limma (22324)
15Biostrings (20049)
16Rsamtools (16872)
17biomaRt (16502)
18annotate (16436)
19genefilter (15599)
20GenomicAlignments (14492)
21Rhtslib (14463)
22graph (14405)
23rtracklayer (13853)
24edgeR (13722)
25GenomicFeatures (12883)
26BiocFileCache (12852)
27DESeq2 (12424)
28Rhdf5lib (12367)
29geneplotter (12269)
30rhdf5 (11670)
31preprocessCore (10212)
32multtest (9460)
33qvalue (8931)
34Rgraphviz (8737)
35RBGL (8001)
36fgsea (7524)
37GOSemSim (7363)
38clusterProfiler (7357)
39BSgenome (7353)
40affyio (7100)
41affy (7037)
42DOSE (6962)
43impute (6784)
44HDF5Array (6692)
45enrichplot (6652)
46ProtGenerics (6303)
47BiocInstaller (5815)
48ensembldb (5804)
49GEOquery (5642)
50ShortRead (5622)
51VariantAnnotation (5565)
52DelayedMatrixStats (5483)
53ComplexHeatmap (5472)
54AnnotationFilter (5371)
55sva (5198)
56GSEABase (5067)
57AnnotationHub (4968)
58KEGGREST (4914)
59SingleCellExperiment (4897)
60interactiveDisplayBase (4511)
61beachmat (4369)
62scater (3959)
63biovizBase (3889)
64DESeq (3823)
65KEGGgraph (3714)
66pathview (3605)
67BiocSingular (3595)
68vsn (3555)
69BiocStyle (3529)
70BiocNeighbors (3519)
71phyloseq (3306)
72pcaMethods (3302)
73biomformat (3083)
74Gviz (3074)
75topGO (2874)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (68)
a4Base (98)
a4Classif (70)
a4Core (119)
a4Preproc (113)
a4Reporting (69)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (69)
ABarray (60)
abseqR (49)
ABSSeq (64)
acde (67)
ACE (58)
aCGH (129)
ACME (75)
ADaCGH2 (55)
ADAM (47)
ADAMgui (42)
adaptest (39)
adductomicsR (44)
adSplit (57)
AffiXcan (44)
affxparser (1524)
affy (7037)
affycomp (84)
AffyCompatible (89)
affyContam (59)
affycoretools (343)
affydata (0)
AffyExpress (59)
affyILM (53)
affyio (7100)
affylmGUI (86)
affyPara (59)
affypdnn (43)
affyPLM (1298)
affyqcreport (0)
affyQCReport (188)
AffyRNADegradation (56)
AffyTiling (2)
AGDEX (53)
aggregateBioVar (0)
Agi4x44PreProcess (1)
agilp (157)
AgiMicroRna (113)
agimicrorna (0)
AIMS (392)
ALDEx2 (343)
alevinQC (56)
AllelicImbalance (72)
AlphaBeta (38)
alpine (78)
ALPS (47)
alsace (60)
altcdfenvs (63)
AMARETTO (48)
AMOUNTAIN (66)
amplican (67)
ampliQueso (8)
AnalysisPageServer (42)
anamiR (35)
Anaquin (52)
ANCOMBC (1)
AneuFinder (73)
ANF (51)
animalcules (50)
annaffy (410)
AnnBuilder (0)
annmap (47)
annotate (16436)
AnnotationDbi (26096)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (5371)
AnnotationForge (2643)
AnnotationFuncs (79)
AnnotationHub (4968)
AnnotationHubData (117)
annotationTools (99)
annotatr (285)
anota (61)
anota2seq (61)
antiProfiles (51)
AnVIL (75)
APAlyzer (44)
apcluster (0)
apComplex (66)
apcomplex (0)
apeglm (1679)
applera (0)
appreci8R (46)
aroma.light (2673)
ArrayExpress (613)
ArrayExpressHTS (40)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (47)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (67)
arrayQualityMetrics (522)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (97)
ArrayTV (47)
ARRmNormalization (51)
artMS (70)
ASAFE (47)
ASEB (51)
ASGSCA (54)
ASICS (68)
asmn (1)
ASpediaFI (36)
ASpli (78)
AssessORF (41)
ASSET (66)
ASSIGN (68)
ATACseqQC (263)
AtlasRDF (3)
atSNP (45)
attract (51)
AUCell (557)
Autotuner (53)
AWFisher (36)

B

BaalChIP (50)
BAC (50)
bacon (85)
BADER (52)
BadRegionFinder (50)
BAGS (49)
ballgown (718)
bamsignals (601)
BANDITS (47)
banocc (52)
basecallQC (66)
BaseSpaceR (62)
Basic4Cseq (57)
BASiCS (96)
BasicSTARRseq (51)
basilisk (100)
basilisk.utils (100)
batchelor (1406)
BatchQC (120)
BayesKnockdown (45)
BayesPeak (75)
bayNorm (77)
baySeq (545)
BBCAnalyzer (49)
BCRANK (66)
bcSeq (46)
BDMMAcorrect (45)
beachmat (4369)
beadarray (744)
beadarraySNP (59)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (674)
BeadExplorer (0)
BEARscc (46)
BEAT (48)
BEclear (61)
betr (5)
bgafun (39)
BgeeCall (24)
BgeeDB (89)
BGmix (40)
bgx (56)
BHC (154)
BicARE (100)
BiFET (54)
BiGGR (51)
BigMatrix (0)
bigmelon (63)
bigmemoryExtras (53)
bigPint (67)
bim (0)
bioassayR (60)
biobase (0)
Biobase (31281)
biobroom (182)
biobtreeR (23)
bioCancer (53)
BiocCaseStudies (57)
BiocCheck (1018)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (19)
BiocFileCache (12852)
BiocGenerics (35688)
biocGraph (230)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (5815)
BiocIO (2)
biocLite (0)
BiocNeighbors (3519)
BiocOncoTK (52)
Bioconductor (0)
BioCor (55)
BiocParallel (24936)
BiocPkgTools (82)
BiocSet (49)
BiocSingular (3595)
BiocSklearn (488)
BiocStyle (3529)
BiocVersion (37219)
biocViews (2648)
BiocWorkflowTools (66)
bioDist (228)
biomaRt (16502)
BioMedR (1)
biomformat (3083)
BioMM (43)
BioMVCClass (49)
biomvRCNS (49)
BioNet (197)
bionet (0)
BioNetStat (56)
BioQC (108)
BioSeqClass (72)
biosigner (65)
biostrings (0)
Biostrings (20049)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (41)
BioTIP (33)
biotmle (52)
biovizBase (3889)
BiRewire (67)
birta (54)
birte (9)
biscuiteer (39)
BiSeq (97)
BitSeq (72)
blacksheepr (34)
blima (49)
BLMA (70)
bluster (80)
bnbc (49)
BPRMeth (61)
BRAIN (131)
brainflowprobes (31)
brainImageR (8)
BrainSABER (8)
BrainStars (46)
branchpointer (51)
breakpointR (46)
brendaDb (36)
BRGenomics (25)
bridge (49)
BridgeDbR (62)
BrowserViz (92)
BrowserVizDemo (3)
BSgenome (7353)
bsseq (978)
BubbleTree (56)
BufferedMatrix (56)
BufferedMatrixMethods (51)
BUMHMM (43)
bumphunter (1954)
BUS (51)
BUScorrect (41)
BUSpaRse (134)
BuxcoR (0)

C

CAFE (42)
CAGEfightR (68)
CAGEr (100)
CALIB (32)
calm (30)
CAMERA (484)
CAMTHC (36)
canceR (59)
cancerclass (51)
CancerInSilico (48)
CancerMutationAnalysis (51)
CancerSubtypes (143)
CAnD (43)
caOmicsV (47)
Cardinal (115)
CARNIVAL (24)
casper (54)
CATALYST (306)
Category (2631)
categoryCompare (49)
CausalR (53)
cbaf (45)
cBioPortalData (56)
ccfindR (56)
ccmap (74)
CCPROMISE (44)
ccrepe (68)
celaref (82)
celda (125)
cellbaseR (51)
CellBench (59)
cellGrowth (32)
cellHTS (1)
cellHTS2 (170)
cellity (52)
CellMapper (51)
CellMixS (51)
CellNOptR (97)
cellscape (60)
CellScore (43)
CellTrails (43)
cellTree (60)
CEMiTool (180)
ceRNAnetsim (24)
CeTF (38)
CexoR (48)
CFAssay (54)
CGEN (67)
CGHbase (260)
CGHcall (230)
cghMCR (62)
CGHnormaliter (48)
CGHregions (57)
ChAMP (552)
CHARGE (36)
charm (17)
ChemmineOB (621)
ChemmineR (401)
chemminer (0)
CHETAH (89)
ChIC (42)
Chicago (77)
chimera (57)
chimeraviz (77)
ChIPanalyser (44)
ChIPComp (57)
chipenrich (86)
ChIPexoQual (49)
ChIPpeakAnno (838)
ChIPQC (275)
ChIPseeker (1128)
chipseq (489)
ChIPseqR (132)
ChIPSeqSpike (55)
ChIPsim (132)
ChIPXpress (38)
chopsticks (122)
chroGPS (29)
chromDraw (51)
ChromHeatMap (75)
ChromoViz (0)
chromPlot (94)
chromstaR (67)
chromswitch (48)
chromVAR (325)
CHRONOS (51)
cicero (177)
cindex (1)
CINdex (50)
circRNAprofiler (43)
cisPath (53)
CiteFuse (24)
ClassifyR (58)
cleanUpdTSeq (50)
cleaver (143)
clippda (50)
clipper (68)
cliqueMS (48)
Clomial (49)
Clonality (55)
clonotypeR (50)
clst (52)
clstutils (48)
CluMSID (50)
clustComp (50)
clusterExperiment (478)
ClusterJudge (45)
clusterProfiler (7357)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (48)
ClusterSignificance (48)
clusterStab (133)
clustifyr (32)
CMA (134)
cmapR (51)
cn.farms (52)
cn.mops (142)
CNAnorm (65)
cnanorm (0)
CNEr (649)
CNORdt (49)
CNORfeeder (50)
CNORfuzzy (49)
CNORode (76)
CNPBayes (11)
CNTools (143)
CNVfilteR (34)
cnvGSA (48)
CNVPanelizer (63)
CNVRanger (69)
CNVrd2 (47)
CNVtools (56)
cnvtools (0)
cobindR (43)
CoCiteStats (52)
COCOA (46)
codelink (56)
CODEX (113)
coexnet (58)
CoGAPS (109)
cogena (77)
coGPS (46)
COHCAP (63)
cola (48)
combi (20)
coMET (74)
compartmap (43)
COMPASS (62)
compcodeR (62)
compEpiTools (61)
CompGO (63)
ComplexHeatmap (5472)
condcomp (6)
CONFESS (43)
consensus (40)
ConsensusClusterPlus (2357)
consensusDE (45)
consensusOV (52)
consensusSeekeR (51)
contiBAIT (45)
conumee (97)
convert (129)
copa (51)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (296)
CopyNumber450k (2)
CopyNumberPlots (56)
CopywriteR (86)
coRdon (90)
CoRegFlux (35)
CoRegNet (70)
CoreGx (58)
Cormotif (46)
CorMut (43)
coRNAi (2)
corral (12)
CORREP (49)
coseq (84)
cosmiq (54)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
COSNet (47)
CountClust (90)
countsimQC (55)
covEB (42)
CoverageView (71)
covRNA (44)
cpvSNP (48)
cqn (192)
CRImage (71)
CRISPRseek (96)
crisprseekplus (44)
CrispRVariants (85)
crlmm (142)
CrossICC (35)
crossmeta (67)
CSAR (138)
csaw (289)
CSSP (48)
CSSQ (24)
ctc (260)
CTDquerier (24)
ctgGEM (19)
cTRAP (47)
ctsGE (51)
cummeRbund (470)
cummerbund (0)
customProDB (84)
CVE (27)
cycle (48)
cydar (79)
CytoDx (53)
cytofast (57)
cytofkit (65)
cytolib (1263)
cytomapper (20)
CytoML (775)
CytoTree (6)

D

dada2 (1514)
dagLogo (51)
daMA (45)
DAMEfinder (23)
DaMiRseq (75)
DAPAR (87)
DART (49)
DASC (2)
DASiR (2)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (90)
dcanr (52)
dcGSA (45)
DChIPRep (43)
ddCt (96)
ddgraph (3)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (43)
dearseq (25)
debCAM (37)
debrowser (221)
DECIPHER (1084)
deco (44)
DEComplexDisease (43)
decompTumor2Sig (50)
DeconRNASeq (181)
decontam (207)
DEDS (51)
DeepBlueR (63)
deepSNV (92)
DEFormats (200)
DegNorm (7)
DEGraph (48)
DEGreport (366)
DEGseq (258)
DelayedArray (24037)
DelayedDataFrame (41)
DelayedMatrixStats (5483)
deltaCaptureC (32)
deltaGseg (47)
DeMAND (51)
DeMixT (61)
DEP (261)
DepecheR (53)
DEqMS (67)
derfinder (465)
derfinderHelper (443)
derfinderPlot (94)
DEScan2 (47)
deseq (0)
DESeq (3823)
DESeq2 (12424)
DEsingle (177)
destiny (781)
DEsubs (49)
DEWSeq (38)
DEXSeq (641)
dexus (51)
DFP (46)
DIAlignR (21)
DiffBind (743)
diffcoexp (52)
diffcyt (203)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (46)
diffHic (83)
DiffLogo (59)
diffloop (105)
diffuStats (63)
diggit (48)
Director (37)
DirichletMultinomial (1179)
discordant (47)
DiscoRhythm (44)
distinct (18)
dittoSeq (47)
divergence (38)
dks (45)
DMCFB (34)
DMCHMM (47)
DMRcaller (82)
DMRcate (698)
DMRforPairs (46)
DMRScan (47)
dmrseq (89)
DNABarcodeCompatibility (40)
DNABarcodes (100)
DNAcopy (2121)
DNaseR (0)
DNAshapeR (79)
domainsignatures (4)
DominoEffect (45)
doppelgangR (52)
DOQTL (20)
Doscheda (43)
DOSE (6962)
doseR (38)
dpeak (19)
drawProteins (87)
DRIMSeq (263)
DriverNet (55)
DropletUtils (794)
DrugVsDisease (53)
dSimer (12)
DSS (759)
DTA (46)
dualKS (49)
Dune (21)
DupChecker (39)
dupRadar (88)
dyebias (47)
DynDoc (482)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (95)
easyreporting (25)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (80)
EBarrays (116)
EBcoexpress (53)
EBImage (2558)
EBSEA (43)
EBSeq (416)
EBSeqHMM (71)
ecolitk (47)
EDASeq (2461)
edd (0)
EDDA (55)
edge (117)
edger (0)
edgeR (13722)
eegc (45)
EGAD (59)
EGSEA (208)
eiR (48)
eisa (59)
eisaR (32)
ELBOW (47)
ELMER (279)
EMDomics (55)
EmpiricalBrownsMethod (75)
ENCODExplorer (72)
EnhancedVolcano (1642)
EnMCB (29)
ENmix (139)
EnrichedHeatmap (157)
EnrichmentBrowser (251)
enrichplot (6652)
enrichTF (45)
ensembldb (5804)
ensemblVEP (118)
ENVISIONQuery (40)
EpiCluster (0)
EpiDISH (136)
epigenomix (52)
epihet (43)
epiNEM (48)
EpiTxDb (22)
epivizr (63)
epivizrChart (43)
epivizrData (66)
epivizrServer (68)
epivizrStandalone (53)
erccdashboard (63)
erma (142)
ERSSA (41)
esATAC (115)
escape (4)
esetVis (67)
eudysbiome (44)
evaluomeR (40)
EventPointer (59)
EWCE (2)
ExCluster (34)
ExiMiR (49)
exomeCopy (213)
exomecopy (0)
exomePeak (39)
exomePeak2 (25)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (2614)
ExperimentHubData (80)
explorase (32)
ExploreModelMatrix (26)
ExpressionAtlas (83)
ExpressionView (50)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (115)
facopy (4)
factDesign (52)
FamAgg (57)
farms (55)
fastLiquidAssociation (45)
FastqCleaner (78)
fastseg (584)
fbat (0)
FCBF (58)
fCCAC (44)
fCI (46)
fcoex (37)
fcScan (32)
fdrame (49)
FELLA (92)
FEM (429)
ffpe (55)
FGNet (87)
fgsea (7524)
FilterFFPE (1)
FindMyFriends (74)
FISHalyseR (46)
fishpond (90)
FitHiC (59)
flagme (49)
flipflop (8)
flowAI (328)
flowBeads (46)
flowBin (47)
flowcatchR (48)
flowCHIC (49)
flowCL (76)
flowClean (153)
flowClust (846)
flowCore (1675)
flowCut (8)
flowCyBar (51)
flowDensity (151)
flowFit (46)
flowFlowJo (0)
flowFP (79)
flowMap (51)
flowMatch (51)
flowMeans (142)
flowMerge (74)
flowPeaks (82)
flowPhyto (0)
flowPloidy (49)
flowPlots (50)
flowq (0)
flowQ (4)
flowQB (10)
FlowRepositoryR (55)
FlowSOM (828)
flowSpecs (37)
flowSpy (39)
flowStats (834)
flowTime (45)
flowTrans (72)
flowType (55)
flowUtils (389)
flowViz (1054)
flowVS (57)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (1057)
fmcsR (161)
fmrs (7)
focalCall (38)
FoldGO (46)
FourCSeq (57)
FRASER (19)
frenchFISH (18)
FRGEpistasis (51)
frma (112)
frmaTools (52)
FScanR (1)
FunChIP (44)
FunciSNP (50)
funtooNorm (42)

G

GA4GHclient (45)
ga4ghclient (1)
GA4GHshiny (44)
gaga (58)
gage (889)
gaggle (45)
gaia (156)
GAPGOM (39)
GAprediction (44)
garfield (53)
GARS (44)
GateFinder (42)
gaucho (4)
gcapc (44)
gcatest (47)
gCMAP (48)
gCMAPWeb (27)
gCrisprTools (54)
gcrma (1740)
GCSConnection (20)
GCSFilesystem (0)
GCSscore (31)
GDCRNATools (376)
GDSArray (72)
gdsfmt (1296)
geecc (37)
GEM (48)
gemini (33)
genArise (52)
genbankr (172)
GENE.E (3)
gene2pathway (0)
GeneAccord (39)
GeneAnswers (88)
geneAttribution (45)
GeneBreak (46)
geneClassifiers (43)
GeneExpressionSignature (61)
genefilter (15599)
genefu (432)
GeneGA (42)
GeneGeneInteR (50)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (73)
GeneNetworkBuilder (73)
GeneOverlap (243)
geneplast (47)
geneplotter (12269)
GeneR (0)
geneRecommender (51)
GeneRegionScan (47)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (46)
GeneSelectMMD (54)
GeneSelector (8)
GENESIS (207)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (56)
geNetClassifier (80)
genetics (1)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (53)
GeneticsPed (102)
GeneTonic (25)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (47)
GENIE3 (424)
genoCN (50)
GenoGAM (48)
genomation (394)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (134)
GenomeInfoDb (24597)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (218)
genomeintervals (0)
genomes (68)
GenomicAlignments (14492)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (861)
GenomicFeatures (12883)
GenomicFiles (803)
GenomicInteractions (182)
GenomicOZone (33)
GenomicRanges (23670)
GenomicScores (323)
GenomicTuples (47)
Genominator (35)
genoset (139)
genotypeeval (47)
GenoView (1)
genphen (44)
GenRank (38)
GenVisR (341)
GEOmetadb (214)
GEOquery (5642)
GEOsearch (2)
GEOsubmission (46)
gep2pep (44)
gespeR (64)
getDEE2 (6)
GEWIST (43)
gff3Plotter (0)
GGBase (97)
ggbio (1760)
ggcyto (893)
GGPA (15)
GGtools (91)
ggtree (2458)
ggtreeExtra (5)
GIGSEA (40)
girafe (135)
GISPA (47)
GLAD (246)
GladiaTOX (38)
Glimma (1120)
glmGamPoi (22)
glmSparseNet (46)
GlobalAncova (364)
globalSeq (45)
globaltest (1044)
gmapR (70)
GmicR (41)
gmoviz (19)
GMRP (47)
GNET2 (39)
goCluster (0)
GOexpress (99)
GOfuncR (120)
GOFunction (53)
GoogleGenomics (6)
GOpro (51)
goProfiles (99)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (7363)
goseq (1164)
GOSim (126)
goSTAG (52)
gostats (0)
GOstats (2449)
GOsummaries (82)
GOTHiC (57)
goTools (74)
gotools (0)
GPA (17)
gpart (57)
gpls (95)
gprege (62)
gpuMagic (24)
gQTLBase (119)
gQTLstats (120)
gramm4R (37)
graper (39)
graph (14405)
GraphAlignment (52)
GraphAT (49)
graphite (1413)
GraphPAC (47)
GRENITS (53)
GreyListChIP (57)
GRmetrics (122)
groHMM (60)
GRridge (50)
GSALightning (49)
GSAR (159)
GSCA (47)
gscreend (35)
GSEABase (5067)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (58)
GSEAlm (89)
GSEAmining (4)
gsean (48)
GSReg (47)
GSRI (47)
GSVA (1939)
gtrellis (128)
GUIDEseq (55)
Guitar (87)
Gviz (3074)
gwascat (424)
GWASTools (440)
gwasurvivr (65)
GWENA (5)

H

h5vc (63)
hapFabia (49)
Harman (188)
Harshlight (44)
harshlight (0)
HCABrowser (39)
HCAExplorer (33)
HCAMatrixBrowser (5)
HCsnip (4)
HDF5Array (6692)
HDTD (47)
heatmaps (252)
Heatplus (524)
HelloRanges (80)
HELP (49)
HEM (46)
hexbin (1)
hiAnnotator (68)
HIBAG (90)
HiCBricks (43)
hicbricks (1)
HiCcompare (112)
hicrep (65)
hierGWAS (51)
hierinf (38)
HilbertCurve (73)
HilbertVis (182)
HilbertVisGUI (30)
HiLDA (35)
hipathia (57)
HIPPO (19)
hiReadsProcessor (49)
HIREewas (40)
HiTC (142)
hmdbQuery (60)
HMMcopy (196)
hopach (222)
HPAanalyze (55)
hpar (235)
HPAStainR (3)
HTqPCR (163)
HTSanalyzeR (78)
HTSeqGenie (33)
htseqtools (0)
htSeqTools (34)
HTSFilter (197)
HumanTranscriptomeCompendium (45)
hummingbird (2)
HybridMTest (68)
hypeR (65)
hyperdraw (69)
hypergraph (102)

I

iASeq (43)
iasva (41)
iBBiG (90)
ibh (45)
iBMQ (35)
iCARE (57)
Icens (276)
icetea (40)
iCheck (46)
iChip (43)
iClusterPlus (176)
iCNV (53)
iCOBRA (95)
ideal (81)
ideogram (0)
IdeoViz (76)
idiogram (48)
IdMappingAnalysis (25)
IdMappingRetrieval (26)
idpr (1)
idr2d (36)
iFlow (1)
iGC (45)
IgGeneUsage (34)
igvR (69)
IHW (843)
illuminaio (2368)
ILoReg (2)
imageHTS (56)
IMAS (43)
Imetagene (46)
IMMAN (43)
ImmuneSpaceR (52)
immunoClust (51)
IMPCdata (42)
ImpulseDE (43)
ImpulseDE2 (90)
impute (6784)
INDEED (39)
infercnv (275)
infinityFlow (5)
Informeasure (0)
InPAS (45)
INPower (45)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (4)
insilicomerging (0)
INSPEcT (56)
InTAD (46)
intansv (63)
InteractionSet (398)
interactiveDisplay (85)
interactiveDisplayBase (4511)
IntEREst (53)
InterMineR (70)
IntramiRExploreR (40)
inversion (0)
inveRsion (46)
IONiseR (59)
iontree (3)
iPAC (53)
ipdDb (39)
IPO (116)
IPPD (104)
IRanges (32797)
IrisSpatialFeatures (2)
ISAnalytics (1)
iSEE (273)
iSEEu (31)
iSeq (45)
iSNetwork (0)
isobar (120)
IsoCorrectoR (51)
IsoCorrectoRGUI (41)
IsoformSwitchAnalyzeR (175)
IsoGeneGUI (43)
ISoLDE (37)
isomiRs (63)
iSPlot (0)
ITALICS (44)
iterativeBMA (49)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (48)
iterClust (47)
iteremoval (39)
IVAS (50)
ivygapSE (46)
IWTomics (44)

J

JASPAR2018 (5)
jmosaics (2)
joda (36)
JunctionSeq (86)

K

karyoploteR (543)
KCsmart (46)
kebabs (109)
KEGGgraph (3714)
KEGGlincs (56)
keggorth (0)
keggorthology (71)
KEGGprofile (199)
KEGGREST (4914)
KEGGSOAP (1)
kimod (38)
KinSwingR (43)
kissDE (50)
kmknn (0)
KnowSeq (39)

L

LACE (16)
lapmix (43)
LBE (187)
ldblock (72)
LEA (315)
LedPred (44)
les (47)
levi (38)
lfa (198)
limma (22324)
limmaGUI (84)
LINC (35)
LineagePulse (44)
LinkHD (33)
Linnorm (111)
lionessR (36)
lipidr (58)
LiquidAssociation (47)
lmdme (50)
LMGene (53)
LOBSTAHS (47)
loci2path (40)
logicFS (97)
logitT (47)
Logolas (58)
lol (27)
LOLA (139)
LoomExperiment (99)
LowMACA (45)
LPE (61)
LPEadj (44)
lpNet (41)
lpsymphony (909)
LRBaseDbi (61)
lumi (1080)
LVSmiRNA (28)
LymphoSeq (63)

M

M3C (366)
M3D (46)
M3Drop (232)
maanova (65)
Maaslin2 (114)
macat (48)
maCorrPlot (46)
MACPET (40)
MACSQuantifyR (30)
maDB (0)
madb (0)
made4 (257)
MADSEQ (41)
maftools (1454)
MAGeCKFlute (240)
maigesPack (51)
MAIT (69)
makecdfenv (131)
makePlatformDesign (0)
MANOR (42)
manta (26)
MantelCorr (44)
mAPKL (48)
maPredictDSC (43)
mapscape (49)
marray (1449)
martini (44)
maser (70)
maSigPro (280)
maskBAD (46)
MassArray (53)
massarray (0)
massiR (51)
MassSpecWavelet (1024)
MAST (937)
matchBox (44)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (46)
MatrixRider (45)
matter (107)
MaxContrastProjection (35)
MBAmethyl (41)
MBASED (51)
MBCB (47)
mbkmeans (55)
mBPCR (47)
MBQN (24)
MBttest (42)
mcaGUI (45)
MCbiclust (49)
MCRestimate (32)
mCSEA (52)
mdgsa (71)
mdp (44)
mdqc (52)
MDTS (40)
MEAL (62)
MeasurementError.cor (45)
MEAT (21)
MEB (30)
MEDIPS (97)
MEDME (46)
MEIGOR (70)
Melissa (41)
mergemaid (0)
MergeMaid (68)
Mergeomics (56)
MeSHDbi (200)
meshes (105)
meshr (94)
MeSHSim (3)
MesKit (4)
messina (44)
metaArray (57)
metaarray (0)
Metab (53)
metabolomicsWorkbenchR (2)
metabomxtr (50)
MetaboSignal (61)
metaCCA (54)
MetaCyto (60)
metagene (74)
metagene2 (50)
metagenomeFeatures (58)
metagenomeSeq (609)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (46)
metaMS (87)
MetaNeighbor (61)
metaR (0)
metaSeq (60)
metaseqR (92)
metaseqR2 (19)
metavizr (49)
MetaVolcanoR (57)
metaX (2)
MetCirc (49)
MethCP (30)
methimpute (49)
methInheritSim (42)
MethPed (42)
MethReg (1)
methrix (38)
MethTargetedNGS (42)
methVisual (44)
methyAnalysis (99)
MethylAid (65)
methylCC (36)
methylGSA (89)
methylInheritance (45)
methylKit (446)
MethylMix (122)
methylMnM (50)
methylPipe (70)
MethylSeekR (128)
methylSig (19)
methylumi (1248)
methyvim (42)
MetID (37)
MetNet (44)
mfa (57)
Mfuzz (302)
mfuzz (0)
MGFM (50)
MGFR (53)
mgsa (77)
MiChip (44)
microbiome (694)
microbiomeDASim (34)
MicrobiotaProcess (33)
microRNA (131)
MIGSA (50)
mimager (42)
MIMOSA (51)
MineICA (60)
minet (534)
minfi (1753)
MinimumDistance (41)
MiPP (45)
MIRA (55)
MiRaGE (46)
miRBaseConverter (88)
miRcomp (44)
mirIntegrator (47)
miRLAB (59)
miRmine (49)
miRNAmeConverter (59)
miRNApath (63)
miRNAtap (109)
miRSM (38)
miRsponge (9)
miRspongeR (51)
Mirsynergy (36)
missMethyl (794)
missRows (41)
mitch (33)
mitoODE (37)
mixOmics (1812)
MLInterfaces (370)
mlm4omics (20)
MLP (80)
MLSeq (193)
MMAPPR2 (22)
MMDiff (2)
MMDiff2 (44)
mmgmos (1)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (39)
MMUPHin (37)
mnem (44)
MODA (57)
Modstrings (70)
MOFA (128)
mogsa (70)
MOMA (18)
monocle (1820)
MoonlightR (60)
MoPS (36)
mosaics (73)
MOSim (34)
motifbreakR (78)
motifcounter (52)
MotifDb (371)
motifmatchr (407)
motifRG (124)
motifStack (475)
MotIV (452)
MouseFM (6)
MPFE (35)
mpra (48)
MPRAnalyze (44)
mQTL.NMR (4)
msa (1008)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (82)
msgbsR (43)
MSGFgui (76)
MSGFplus (220)
msImpute (1)
msmsEDA (132)
msmsTests (132)
MSnbase (1656)
MSnID (189)
msPurity (67)
msQC (0)
MSstats (311)
MSstatsPTM (0)
MSstatsQC (48)
MSstatsQCgui (43)
MSstatsSampleSize (32)
MSstatsTMT (85)
mtbls2 (0)
MTseeker (17)
Mulcom (129)
MultiAssayExperiment (1195)
MultiBaC (4)
multiClust (80)
multicrispr (7)
MultiDataSet (403)
multiGSEA (7)
multiHiCcompare (59)
MultiMed (45)
multiMiR (144)
multiOmicsViz (55)
multiscan (44)
multtest (9460)
muscat (71)
muscle (172)
MutationalPatterns (263)
MVCClass (45)
mvGST (3)
MWASTools (74)
mygene (328)
myvariant (77)
mzID (1534)
mzR (1777)

N

NADfinder (44)
NanoStringDiff (86)
NanoStringQCPro (75)
nanotatoR (39)
NarrowPeaks (43)
NBAMSeq (39)
NBSplice (42)
ncdfFlow (965)
ncGTW (33)
NCIgraph (51)
ncRNAtools (1)
ndexr (55)
neaGUI (2)
nearBynding (1)
Nebulosa (5)
NeighborNet (36)
nem (65)
netbenchmark (46)
netbiov (76)
netboost (29)
netboxr (23)
NetCRG (0)
netDx (26)
nethet (48)
NetPathMiner (63)
netprioR (42)
netReg (39)
netresponse (54)
NetSAM (45)
netSmooth (46)
networkBMA (53)
NGScopy (11)
ngsReports (64)
nnNorm (44)
NOISeq (628)
nondetects (84)
NoRCE (20)
normalize450K (41)
NormalyzerDE (70)
NormqPCR (249)
normr (99)
NPARC (24)
npGSEA (49)
NTW (41)
nucleoSim (44)
nucleR (63)
nucler (0)
nuCpos (38)
nudge (4)
NuPoP (51)

O

occugene (43)
OCplus (133)
odseq (49)
OGSA (34)
oligo (1625)
oligoClasses (1724)
OLIN (47)
OLINgui (45)
OmaDB (60)
omicade4 (79)
omiccircos (0)
OmicCircos (251)
omicplotR (52)
omicRexposome (42)
OmicsLonDA (42)
omicsmarker (1)
OmicsMarkeR (62)
OMICsPCA (37)
omicsPrint (45)
Omixer (2)
OmnipathR (65)
Onassis (47)
oncomix (49)
OncoScore (48)
OncoSimulR (61)
oneChannelGUI (4)
oneSENSE (41)
onlineFDR (45)
ontoCAT (4)
ontoProc (72)
ontoTools (0)
openCyto (804)
openPrimeR (92)
openPrimeRui (54)
OpenStats (16)
OperaMate (2)
oposSOM (60)
oppar (45)
oppti (29)
optimalFlow (11)
OPWeight (50)
OrderedList (94)
ORFik (94)
Organism.dplyr (421)
OrganismDbi (2533)
OSAT (57)
Oscope (58)
OTUbase (43)
OutlierD (59)
OUTRIDER (98)
OVESEG (37)

P

PAA (56)
packFinder (17)
padma (4)
PADOG (239)
pageRank (1)
PAIRADISE (44)
paircompviz (52)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (66)
panelcn.mops (57)
PAnnBuilder (4)
panp (54)
PANR (48)
PanVizGenerator (50)
PAPi (33)
parglms (41)
parody (59)
PAST (48)
Path2PPI (58)
pathifier (210)
PathNet (37)
PathoStat (58)
pathprint (35)
pathRender (48)
pathVar (45)
pathview (3605)
pathwayPCA (60)
PathwaySplice (41)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (81)
Pbase (27)
pbcmc (3)
pcaExplorer (370)
pcaGoPromoter (55)
pcaMethods (3302)
PCAN (50)
PCAtools (438)
pcot2 (124)
PCpheno (44)
pcxn (42)
pdInfoBuilder (108)
pdmclass (2)
PeacoQC (6)
peakPantheR (37)
PECA (55)
peco (18)
PepsNMR (60)
pepStat (48)
pepXMLTab (50)
PERFect (32)
periodicDNA (1)
perturbatr (40)
PGA (53)
pga (1)
pgca (47)
PGSEA (209)
pgUtils (0)
phantasus (66)
PharmacoGx (168)
phemd (41)
phenoDist (3)
phenopath (64)
phenoTest (95)
PhenStat (54)
philr (132)
phosphonormalizer (39)
PhosR (1)
PhyloProfile (47)
phyloseq (3306)
Pi (78)
piano (282)
pickgene (42)
PICS (124)
Pigengene (66)
PING (44)
pint (26)
pipeComp (5)
pipeFrame (57)
pkgDepTools (69)
plateCore (12)
plethy (43)
plgem (66)
plier (181)
PloGO2 (18)
plotGrouper (46)
PLPE (46)
plrs (38)
plw (37)
plyranges (392)
pmm (39)
pmp (29)
podkat (49)
pogos (43)
polyester (123)
Polyfit (45)
POMA (2)
POST (42)
PoTRA (38)
PowerExplorer (34)
powerTCR (81)
PPInfer (62)
ppiStats (55)
pqsfinder (63)
prada (285)
pram (38)
prebs (44)
preciseTAD (1)
PrecisionTrialDrawer (38)
PREDA (70)
predictionet (38)
preprocessCore (10212)
primirTSS (38)
PrInCE (40)
Prize (42)
proActiv (1)
proBAMr (45)
proBatch (50)
PROcess (105)
procoil (48)
ProCoNA (4)
proDA (44)
proFIA (53)
profileplyr (56)
profileScoreDist (40)
progeny (112)
projectR (54)
pRoloc (256)
pRolocGUI (73)
PROMISE (44)
PROPER (69)
PROPS (42)
Prostar (74)
prostar (1)
prot2D (6)
proteinProfiles (44)
ProteomicsAnnotationHubData (44)
ProteoMM (48)
proteoQC (30)
ProtGenerics (6303)
PSEA (49)
psichomics (74)
PSICQUIC (67)
psygenet2r (49)
PubScore (24)
pulsedSilac (31)
puma (127)
PureCN (134)
pvac (46)
pvca (200)
Pviz (51)
PWMEnrich (83)
pwOmics (48)
pwrEWAS (43)
pxr (0)

Q

qckitfastq (41)
qcmetrics (57)
QDNAseq (219)
QFeatures (4)
qpcrNorm (52)
qpgraph (106)
qPLEXanalyzer (46)
qrqc (152)
qsea (54)
qsmooth (51)
QSutils (47)
qtbase (0)
Qtlizer (33)
qtpaint (0)
QUALIFIER (29)
quantro (114)
quantsmooth (447)
QuartPAC (43)
QuasR (311)
QuaternaryProd (71)
QUBIC (90)
qusage (232)
qvalue (8931)

R

R3CPET (45)
r3Cseq (126)
R453Plus1Toolbox (48)
R4RNA (54)
RadioGx (8)
RaggedExperiment (551)
rain (76)
rama (49)
ramigo (0)
RamiGO (10)
ramwas (67)
RandomWalkRestartMH (52)
randPack (49)
randRotation (16)
RankProd (358)
RareVariantVis (48)
Rariant (43)
RbcBook1 (49)
RBGL (8001)
RBioinf (61)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (143)
RBM (43)
Rbowtie (340)
Rbowtie2 (215)
rbsurv (81)
Rcade (60)
RCAS (56)
RCASPAR (45)
rcellminer (59)
rCGH (71)
Rchemcpp (19)
RchyOptimyx (54)
RcisTarget (405)
RCM (50)
RConferoMapping (0)
Rcpi (117)
Rcwl (48)
RcwlPipelines (37)
RCy3 (551)
RCyjs (55)
RCytoscape (11)
RDAVIDWebService (336)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (64)
Rdisop (254)
RDRToolbox (123)
ReactomeGSA (42)
ReactomePA (1266)
readat (45)
ReadqPCR (259)
reb (35)
REBET (36)
rebook (4)
receptLoss (17)
reconsi (19)
recount (397)
recountmethylation (1)
recoup (43)
RedeR (135)
REDseq (121)
RefNet (39)
RefPlus (49)
RegEnrich (4)
regioneR (1469)
regionReport (117)
regsplice (44)
regutools (18)
REMP (60)
Repitools (219)
ReportingTools (840)
reposTools (0)
RepViz (40)
ReQON (47)
ResidualMatrix (5)
Resourcerer (1)
restfulSE (56)
rexposome (59)
rfaRm (17)
Rfastp (2)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (45)
rGADEM (512)
RGalaxy (54)
Rgin (41)
RGMQL (35)
RGraph2js (45)
Rgraphviz (8737)
rGREAT (203)
RGSEA (85)
rgsepd (52)
rhdf5 (11670)
rhdf5client (63)
rhdf5filters (418)
Rhdf5lib (12367)
Rhisat2 (287)
Rhtslib (14463)
rHVDM (9)
RiboProfiling (70)
ribor (19)
riboSeq (0)
riboSeqR (62)
ribosomeProfilingQC (22)
RImmPort (44)
Ringo (251)
Rintact (0)
RIPAT (1)
RIPSeeker (72)
Risa (53)
RITAN (55)
RIVER (43)
RJMCMCNucleosomes (44)
RLMM (46)
RMAGEML (0)
Rmagpie (48)
RMAPPER (0)
RMassBank (79)
rMAT (16)
rmelting (46)
RmiR (46)
rmir (0)
Rmmquant (35)
RNAAgeCalc (21)
RNAdecay (33)
RNAinteract (45)
RNAither (43)
rnaither (0)
RNAmodR (36)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (33)
RNAmodR.ML (32)
RNAmodR.RiboMethSeq (32)
RNAprobR (44)
RNAsense (28)
rnaseqcomp (47)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (50)
RNASeqPower (117)
RNASeqR (48)
RnaSeqSampleSize (52)
RnBeads (241)
Rnits (48)
roar (57)
ROC (1030)
ROCpAI (20)
Roleswitch (55)
Rolexa (1)
rols (284)
roma (0)
ROntoTools (98)
ropls (498)
ROSeq (16)
ROTS (141)
RPA (56)
RProtoBufLib (1041)
RpsiXML (67)
rpx (253)
Rqc (138)
rqt (43)
rqubic (81)
rRDP (46)
Rredland (0)
RRHO (78)
rrvgo (26)
Rsamtools (16872)
rsbml (80)
rScudo (42)
rsemmed (1)
RSeqAn (49)
rSFFreader (8)
RSNPper (0)
Rsubread (1608)
RSVSim (57)
rSWeeP (19)
rTANDEM (118)
RTCA (48)
RTCGA (591)
RTCGAToolbox (487)
RTN (108)
RTNduals (56)
RTNsurvival (54)
RTools4TB (0)
RTopper (46)
Rtpca (4)
rtracklayer (13853)
Rtreemix (49)
rTRM (58)
rTRMui (42)
runibic (64)
Ruuid (0)
RUVcorr (54)
RUVnormalize (59)
RUVSeq (761)
RVS (44)
RWebServices (1)
rWikiPathways (177)

S

S4Vectors (34432)
safe (400)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (40)
SAGx (166)
SAIGEgds (42)
samExploreR (37)
sampleClassifier (34)
SamSPECTRAL (71)
sangeranalyseR (19)
sangerseqR (255)
SANTA (29)
sapFinder (42)
saps (1)
sarks (19)
savR (62)
SBGNview (35)
sbgr (1)
SBMLR (53)
SC3 (407)
Scale4C (43)
scAlign (49)
SCAN.UPC (111)
SCANVIS (31)
SCATE (1)
scater (3959)
scBFA (35)
SCBN (44)
scCB2 (4)
scClassify (18)
scDataviz (4)
scDblFinder (69)
scDD (110)
scde (329)
scds (96)
scFeatureFilter (40)
scfind (51)
scGPS (34)
schex (86)
scHOT (20)
ScISI (58)
scMAGeCK (24)
scmap (158)
scMerge (97)
scmeth (43)
SCnorm (154)
scone (146)
Sconify (43)
SCOPE (20)
scoreInvHap (43)
scPCA (44)
scPipe (84)
scran (1938)
scRecover (47)
scruff (55)
scry (25)
scsR (36)
scTensor (68)
scTGIF (34)
scTHI (20)
scuttle (258)
SDAMS (46)
segmentSeq (123)
selectKSigs (22)
SELEX (46)
SemDist (42)
semisup (41)
SemSim (0)
SEPA (9)
SEPIRA (40)
seq2pathway (54)
SeqArray (486)
seqbias (57)
seqCAT (50)
seqCNA (53)
seqcombo (55)
SeqGate (0)
SeqGSEA (164)
seqLogo (1344)
Seqnames (0)
seqPattern (377)
seqplots (107)
seqsetvis (50)
SeqSQC (49)
seqTools (98)
SeqVarTools (395)
sesame (392)
SEtools (37)
sevenbridges (62)
sevenC (49)
SGSeq (380)
SharedObject (49)
shinyMethyl (94)
shinyTANDEM (51)
ShortRead (5622)
shortread (0)
SIAMCAT (68)
SICtools (34)
sidap (0)
sigaR (52)
SigCheck (45)
sigFeature (79)
SigFuge (43)
siggenes (1998)
sights (50)
signatureSearch (53)
signeR (80)
signet (36)
sigPathway (153)
SigsPack (36)
sigsquared (41)
SIM (46)
SIMAT (48)
SimBindProfiles (41)
SIMD (37)
SimFFPE (19)
similaRpeak (48)
SIMLR (137)
simpleaffy (563)
simpleSingleCell (1)
simplifyEnrichment (8)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (46)
sincell (59)
SingleCellExperiment (4897)
SingleCellSignalR (38)
singleCellTK (85)
SingleR (899)
singscore (441)
SISPA (46)
sitePath (37)
sizepower (55)
SJava (1)
skewr (41)
slalom (52)
SLGI (47)
slingshot (653)
slinky (51)
SLqPCR (58)
SMAD (37)
SMAP (44)
SMITE (53)
SNAData (0)
SNAGEE (41)
snapCGH (54)
snapcount (18)
snifter (5)
snm (144)
snpAssoc (0)
SNPchip (166)
SNPediaR (43)
SNPhood (43)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1045)
snpStats (1306)
soGGi (129)
sojourner (31)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (172)
SpacePAC (48)
spade (3)
Spaniel (36)
sparseDOSSA (46)
sparseMatrixStats (23)
sparsenetgls (37)
SparseSignatures (43)
SpatialCPie (42)
SpatialExperiment (4)
specL (50)
SpeCond (121)
Spectra (6)
SpectralTAD (47)
SPEM (70)
SPIA (442)
spicyR (18)
SpidermiR (77)
spikeLI (41)
spkTools (43)
splatter (370)
splicegear (25)
spliceR (9)
spliceSites (11)
SplicingGraphs (122)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (68)
SPLINTER (44)
splots (178)
SPONGE (49)
spotSegmentation (36)
spqn (17)
SPsimSeq (6)
SQLDataFrame (34)
SQUADD (40)
sRACIPE (41)
SRAdb (459)
sRAP (38)
SRGnet (42)
srnadiff (34)
sscore (46)
sscu (45)
sSeq (211)
ssize (78)
SSPA (373)
ssPATHS (30)
ssrch (44)
ssviz (47)
stageR (118)
stam (0)
STAN (50)
staRank (44)
StarBioTrek (48)
Starr (42)
STATegRa (51)
statTarget (87)
stepNorm (47)
stepwiseCM (2)
strandCheckR (37)
Streamer (47)
STRINGdb (503)
STROMA4 (44)
struct (23)
Structstrings (60)
structToolbox (22)
StructuralVariantAnnotation (103)
SubCellBarCode (36)
subSeq (70)
SummarizedBenchmark (47)
SummarizedExperiment (23345)
supraHex (276)
survcomp (769)
survtype (40)
Sushi (270)
sva (5198)
SVAPLSseq (36)
SVM2CRM (9)
SWATH2stats (62)
SwathXtend (43)
swfdr (47)
SwimR (43)
switchBox (56)
switchde (51)
synapter (119)
synergyfinder (142)
SynExtend (16)
synlet (41)
SynMut (37)
systemPipeR (914)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (0)

T

TADCompare (10)
TAPseq (22)
target (32)
TargetScore (53)
TargetSearch (55)
targetsearch (0)
TarSeqQC (43)
TBSignatureProfiler (18)
TCC (280)
TCGAbiolinks (2244)
TCGAbiolinksGUI (137)
TCGAutils (546)
TCseq (105)
TDARACNE (51)
tdaracne (0)
tenXplore (43)
TEQC (61)
ternarynet (42)
TFARM (42)
TFBSTools (675)
TFEA.ChIP (56)
TFHAZ (42)
TFutils (39)
tidybulk (38)
tiger (0)
tigre (46)
TileDBArray (1)
tilingArray (77)
timecourse (70)
timeOmics (19)
TimerQuant (0)
timescape (76)
TimeSeriesExperiment (51)
TimiRGeN (1)
TIN (43)
TissueEnrich (88)
TitanCNA (93)
tkWidgets (463)
TMixClust (68)
TNBC.CMS (39)
TnT (51)
TOAST (47)
tofsims (53)
ToPASeq (61)
topconfects (73)
topdownr (45)
topGO (2874)
topicmodels (0)
ToxicoGx (8)
TPP (91)
TPP2D (39)
tracktables (76)
trackViewer (237)
tradeSeq (120)
transcriptogramer (43)
transcriptR (50)
transite (43)
tRanslatome (47)
transomics2cytoscape (3)
TransView (46)
traseR (44)
TreeAndLeaf (19)
treeio (2116)
TreeSummarizedExperiment (56)
trena (36)
TReNA (1)
Trendy (55)
triform (33)
trigger (45)
trio (77)
triplex (49)
tRNA (59)
tRNAdbImport (40)
tRNAscanImport (47)
TRONCO (74)
TSCAN (158)
tscR (21)
tspair (53)
TSRchitect (48)
TSSi (10)
TTMap (42)
TurboNorm (42)
TVTB (53)
tweeDEseq (93)
twilight (100)
twoddpcr (48)
tximeta (706)
tximport (2588)
TxRegInfra (42)
TypeInfo (43)

U

Ularcirc (43)
UMI4Cats (2)
uncoverappLib (1)
UNDO (48)
unifiedWMWqPCR (47)
UniProt.ws (282)
Uniquorn (42)
universalmotif (126)
uSORT (43)

V

VanillaICE (67)
variancePartition (284)
VariantAnnotation (5565)
VariantExperiment (32)
VariantFiltering (55)
VariantTools (95)
vasp (18)
vbmp (66)
VCFArray (39)
Vega (38)
VegaMC (42)
velociraptor (0)
VennDetail (79)
vidger (82)
viper (275)
virtualArray (1)
ViSEAGO (103)
VplotR (2)
vsn (3555)
vtpnet (38)
vulcan (49)

W

waddR (36)
wateRmelon (691)
wavClusteR (51)
waveTiling (25)
weaver (57)
webbioc (47)
weitrix (15)
widgetInvoke (0)
widgetTools (468)
wiggleplotr (78)
wpm (5)
Wrench (466)

X

XBSeq (53)
XCIR (31)
xcms (1198)
XDE (43)
Xeva (44)
XINA (37)
xmapbridge (41)
xmapcore (0)
xps (49)
XVector (25186)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (49)
YAPSA (83)
yaqcaffy (58)
yarn (63)

Z

zellkonverter (6)
zFPKM (93)
zinbwave (598)
zlibbioc (26924)