Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-07-28 08:59:38 -0700 (Mon, 28 Jul 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 50

1BiocInstaller (124561)
2BiocGenerics (95211)
3IRanges (93116)
4Biobase (92206)
5AnnotationDbi (78803)
6limma (59174)
7zlibbioc (56492)
8Biostrings (53010)
9GenomicRanges (49745)
10annotate (45769)
11genefilter (41456)
12Rsamtools (40644)
13biomaRt (39657)
14XVector (38285)
15rtracklayer (37633)
16affy (37278)
17graph (36441)
18preprocessCore (36125)
19GenomicFeatures (35673)
20affyio (33400)
21BSgenome (33171)
22geneplotter (26274)
23multtest (25920)
24edgeR (25058)
25DESeq (22405)
26GenomeInfoDb (21897)
27RBGL (21494)
28flowCore (20696)
29Rgraphviz (19722)
30impute (19599)
31mzR (18361)
32xcms (18327)
33GEOquery (17851)
34biovizBase (17675)
35gcrma (17339)
36VariantAnnotation (16270)
37ShortRead (15099)
38vsn (14444)
39DESeq2 (14207)
40qvalue (13883)
41AnnotationForge (13537)
42affyPLM (13215)
43Gviz (13155)
44GSEABase (12786)
45BiocParallel (12086)
46cummeRbund (12069)
47simpleaffy (11823)
48Category (11601)
49GenomicAlignments (11092)
50GOstats (10978)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Aug/201318067688596
Sep/2013242021083196
Oct/2013312871041153
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201432245551868
All months2423829547858

A

a4 (2266)
a4Base (2331)
a4Classif (2212)
a4Core (2355)
a4Preproc (2334)
a4Reporting (2142)
ABarray (2117)
ABSSeq (593)
aCGH (2886)
ACME (2088)
ADaCGH2 (1950)
adSplit (1937)
AdvancedR (2)
AdvancedR2011 (8)
AdvancedR2011Data (8)
affxparser (10083)
affy (37278)
affycomp (3043)
AffyCompatible (2238)
affyContam (1995)
affycoretools (5003)
affydata (1)
AffyExpress (2277)
affyILM (1926)
affyio (33400)
affylmGUI (3236)
affyPara (1951)
affypdnn (2318)
affyPLM (13215)
affyQCReport (6456)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (1942)
AffyTiling (2087)
AGDEX (1825)
Agi4x44PreProcess (1868)
agilp (2144)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2392)
AllelicImbalance (1352)
alsace (562)
altcdfenvs (2024)
ampliQueso (1317)
annaffy (9824)
AnnBuilder (29)
annmap (905)
annotate (45769)
annotation (277)
AnnotationDbi (78803)
AnnotationForge (13537)
AnnotationFuncs (2020)
AnnotationHub (2914)
annotationTools (2317)
anota (1937)
antiProfiles (1719)
apcluster (1)
apComplex (2071)
aroma.light (5206)
ArrayExpress (4504)
ArrayExpressHTS (1052)
arrayMagic (7)
arrayMvout (1886)
arraymvout (1)
arrayQCplot (4)
arrayQuality (2679)
arrayQualityMetrics (4745)
arrays (440)
ArrayTools (2299)
ArrayTV (1391)
ARRmNormalization (1615)
ASEB (1722)
asmn (619)
ASSET (1202)
ASSIGN (571)
AtlasRDF (589)
attract (1849)

B

BAC (1761)
BADER (1470)
BAGS (1292)
ballgown (4)
BaseSpaceR (1655)
Basic4Cseq (583)
BasicASE (1)
BayesPeak (2747)
baySeq (4087)
bcellViper (3)
BCRANK (2135)
beadarray (6311)
beadarraySNP (2049)
BeadDataPackR (5726)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (5)
BEAT (587)
betr (1973)
bgafun (1884)
BGmix (931)
bgx (1829)
BHC (2274)
BicARE (1846)
BiGGR (1327)
bigmemoryExtras (981)
bioassayR (1488)
Biobase (92206)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1911)
BiocCheck (686)
biocDatasets (30)
BiocGenerics (95211)
biocGraph (2058)
BiocInstaller (124561)
biocinstaller (1)
BiocParallel (12086)
BiocStyle (2813)
biocViews (2354)
bioDist (4452)
biomaRt (39657)
BioMVCClass (2028)
biomvRCNS (1462)
BioNet (3007)
BioSeqClass (1921)
Biostrings (53010)
biostrings (1)
biosvd (588)
biovizbase (1)
biovizBase (17675)
BiRewire (1264)
birta (1764)
BiSeq (2054)
BitSeq (2274)
blima (82)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2040)
BrainStars (1739)
bridge (1834)
BSgenome (33171)
bsseq (2147)
BufferedMatrix (1719)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1657)
bumphunter (6570)
BUS (1632)
BuxcoR (21)

C

CAFE (522)
CAGEr (1679)
CALIB (1606)
CAMERA (2877)
cancerclass (1574)
CancerMutationAnalysis (1638)
casper (1537)
Category (11601)
categoryCompare (1655)
ccrepe (586)
cellGrowth (1563)
cellhts (1)
cellHTS (1703)
cellHTS2 (2538)
CellNOptR (1905)
CexoR (1171)
CGEN (1761)
CGHbase (2183)
CGHcall (2032)
cghcall (1)
cghMCR (1724)
CGHnormaliter (1631)
CGHregions (1699)
ChAMP (2034)
ChAMPdata (3)
charm (1878)
ChemmineOB (1514)
ChemmineR (3032)
chemminer (3)
chimera (2259)
chipenrich (1186)
chipenrich.data (3)
ChIPpeakAnno (4342)
ChIPQC (610)
ChIPseeker (697)
chipseq (3564)
ChIPseqR (1855)
ChIPsim (1785)
ChIPXpress (771)
chopsticks (2018)
chroGPS (1522)
ChromHeatMap (1765)
cisPath (1510)
cleanUpdTSeq (1181)
cleaver (1459)
clippda (1582)
clipper (1678)
Clomial (516)
Clonality (1604)
clonotypeR (1159)
clst (1583)
clstutils (1547)
clusterProfiler (2952)
clusterprofiler (2)
clusterStab (1876)
CMA (2361)
cn.farms (1603)
cn.mops (2577)
cnanorm (1)
CNAnorm (1757)
CNEr (632)
CNORdt (1498)
CNORfeeder (1431)
CNORfuzzy (1505)
CNORode (1512)
CNTools (1871)
cnvGSA (1560)
CNVrd2 (1089)
CNVtools (1814)
cnvtools (1)
cobindR (1157)
CoCiteStats (1728)
codelink (1705)
CoGAPS (430)
coGPS (1492)
COHCAP (630)
COHCAPanno (3)
COMPASS (546)
compcodeR (624)
CompGO (539)
ConsensusClusterPlus (2701)
convert (2858)
copa (1789)
COPDSexualDimorphism (511)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1657)
CopyNumber450k (549)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1504)
CorMut (1557)
coRNAi (1555)
CORREP (1629)
cosmiq (44)
cosmo (201)
cosmoGUI (233)
CoverageView (323)
cqn (2286)
CRImage (1854)
CRISPRseek (608)
crlmm (3170)
CSAR (1995)
CSSP (1169)
ctc (3924)
cummeRbund (12069)
CummeRbund (1)
customProDB (1255)
cycle (1724)

D

dagLogo (1099)
dama (2)
daMA (1546)
DART (1597)
DASiR (1590)
DAVIDQuery (2192)
DBChIP (1599)
ddCt (2079)
ddgraph (1576)
DECIPHER (1736)
DeconRNASeq (1559)
DEDS (1692)
deepSNV (1726)
DEGraph (1815)
DEGreport (44)
DEGseq (3567)
deltaGseg (1401)
DESeq (22405)
DESeq2 (14207)
DEXSeq (7042)
dexus (1548)
DFP (1550)
DiffBind (3491)
diffGeneAnalysis (1764)
DirichletMultinomial (1636)
dks (1503)
DMRcate (584)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (523)
DNAcopy (9409)
DNaseR (1212)
domainsignatures (1663)
DOQTL (37)
DOSE (3181)
DriverNet (1470)
DrugVsDisease (1503)
DSS (1741)
DTA (1523)
dualKS (1096)
DupChecker (42)
dyebias (1549)
DynDoc (8410)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1658)
easyRNASeq (4191)
EBarrays (2144)
EBcoexpress (1662)
EBImage (7329)
EBSeq (2726)
ecolitk (1631)
EDASeq (2546)
edd (69)
EDDA (539)
edger (1)
edgeR (25058)
eiR (765)
eisa (2019)
ELBOW (542)
ensemblVEP (2111)
ENVISIONQuery (1572)
epigenomix (1442)
epivizr (1174)
eQTL (19)
Evomics2012 (1)
Evomics2012Data (1)
ExiMiR (1621)
exomeCopy (2110)
exomePeak (1182)
exonmap (130)
explorase (1319)
ExpressionView (1658)
expressionview (1)
externalVector (565)

F

fabia (2126)
factDesign (1849)
farms (1782)
fastLiquidAssociation (522)
fastseg (1626)
fbat (25)
fdrame (1690)
ffpe (1537)
FGNet (1278)
flagme (1672)
Fletcher2013a (3)
flipflop (1107)
flowBeads (1174)
flowBin (568)
flowCL (522)
flowClean (35)
flowClust (2517)
flowCore (20696)
flowCyBar (532)
flowDensity (44)
flowFit (1144)
flowFlowJo (1705)
flowFP (1788)
flowMap (1148)
flowMatch (534)
flowMeans (1989)
flowMerge (1842)
flowPeaks (1574)
flowPhyto (1527)
flowPlots (1617)
flowQ (1186)
flowq (1)
flowQB (1462)
flowStats (2553)
flowTrack (1)
flowTrans (1688)
flowType (1739)
flowUtils (1890)
flowViz (4613)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (3040)
fmcsR (1948)
fOptions (1)
FRGEpistasis (513)
frma (2625)
frmaTools (1796)
FunciSNP (1718)

G

gaga (1682)
gage (3767)
gaggle (1573)
gaia (1549)
gaucho (513)
gCMAP (1505)
gCMAPWeb (1380)
gcrma (17339)
genArise (1547)
GENE.E (1652)
gene2pathway (286)
GeneAnswers (3498)
GeneExpressionSignature (1641)
genefilter (41456)
genefu (2051)
GeneGA (880)
GeneGroupAnalysis (536)
GeneMeta (2056)
GeneNetworkBuilder (1531)
GeneOverlap (604)
geneplotter (26274)
GeneR (85)
geneRecommender (1791)
GeneRegionScan (1558)
generegulation (108)
GeneRfold (34)
geneRxCluster (572)
GeneSelectMMD (1585)
GeneSelector (1881)
GeneSpring (22)
geNetClassifier (1429)
GeneticsBase (37)
GeneticsDesign (1668)
GeneticsPed (1810)
GeneTraffic (61)
GeneTS (2)
genoCN (1581)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3662)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (21897)
genomeIntervals (4218)
genomes (1811)
GenomicAlignments (11092)
GenomicFeatures (35673)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (569)
GenomicRanges (49745)
Genominator (2074)
genoset (2419)
GEOmetadb (2663)
GEOquery (17851)
GEOsubmission (1564)
GEWIST (1478)
gff3Plotter (4)
GGBase (3113)
ggbio (10145)
GGtools (2435)
girafe (1913)
GLAD (2339)
GlobalAncova (1982)
globaltest (3858)
gmapR (990)
GOexpress (1)
gofunction (1)
GOFunction (1874)
goProfiles (2032)
goprofiles (2)
GOSemSim (3935)
gosemsim (1)
goseq (4147)
GOSim (1638)
GOstats (10978)
GOTHiC (611)
goTools (2260)
gpls (2328)
gprege (1502)
graph (36441)
GraphAlignment (1569)
GraphAT (1583)
graphite (2578)
GraphPAC (1405)
GRENITS (1632)
GSAR (58)
GSBenchMark (4)
GSCA (495)
GSEABase (12786)
GSEAlm (2157)
GSReg (3)
GSRI (1548)
GSVA (2286)
Gviz (13155)
gwascat (1727)
GWASTools (2777)

H

h5vc (1275)
hapFabia (1496)
harshlight (1)
Harshlight (1607)
HCsnip (1341)
HDTD (56)
healthyFlowData (3)
Heatplus (5770)
HELP (1583)
HEM (1523)
hem (1)
hexbin (204)
hiAnnotator (60)
highthroughputassays (36)
HilbertVis (2947)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1461)
HiTC (1668)
HMMcopy (1659)
hopach (2824)
hpar (1601)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2531)
HTSanalyzeR (2029)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (438)
htseqtools (2)
htSeqTools (1890)
HTSFilter (1658)
HybridMTest (1492)
hyperdraw (1696)
hypergraph (2198)

I

iASeq (1720)
iBBiG (1558)
ibh (1443)
iBMQ (1282)
Icens (3196)
iChip (1533)
iClusterPlus (596)
idiogram (1622)
IdMappingAnalysis (1465)
IdMappingRetrieval (1483)
iFlow (438)
Illumina450ProbeVariants.db (3)
illuminaio (8096)
imageHTS (1633)
impute (19599)
INPower (505)
inSilicoDb (2170)
inSilicoMerging (2018)
intansv (1240)
interactiveDisplay (1626)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (78)
inveRsion (1482)
inversion (1)
iontree (1481)
iPAC (1537)
IPPD (1660)
IRanges (93116)
iranges (1)
iSeq (1546)
isobar (1878)
IsoGeneGUI (1562)
iSPlot (1)
ITALICS (1503)
iterativeBMA (1545)
iterativeBMAsurv (1541)

J

jmosaics (1378)
joda (1466)

K

KCsmart (1543)
KEGGgraph (6030)
keggorth (8)
keggorthology (1783)
KEGGprofile (1851)
KEGGREST (5311)
KEGGSOAP (1005)

L

lapmix (1670)
LBE (1851)
les (1536)
limma (59174)
limmaGUI (2950)
LiquidAssociation (1538)
liquidassociation (1)
lmdme (1472)
LMGene (1858)
logicFS (1976)
logitt (1)
logitT (1575)
lol (1537)
LPE (2025)
LPEadj (1486)
lpNet (1426)
lumi (8476)
LVSmiRNA (1619)

M

maanova (2290)
macat (1541)
maCorrPlot (1487)
maDB (625)
madb (1)
made4 (3807)
maigesPack (1539)
makecdfenv (3112)
makePlatformDesign (30)
MANOR (1541)
manta (1545)
MantelCorr (1498)
maPredictDSC (1126)
marray (10752)
maSigPro (2530)
maskBAD (1431)
MassArray (1664)
massiR (514)
MassSpecWavelet (2993)
matchBox (1465)
matchprobes (127)
MBCB (1551)
mBPCR (1519)
mcaGUI (1538)
MCRestimate (1751)
mdqc (1728)
MeasurementError.cor (1451)
MEDIPS (2293)
MEDME (1530)
MEIGOR (5)
MergeMaid (2256)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (541)
meshr (508)
messina (515)
metaArray (2162)
metagenomeSeq (2048)
metahdep (1495)
metaMS (535)
metaMSdata (3)
metaR (53)
metaSeq (1114)
metaseqR (517)
methVisual (1644)
methyAnalysis (2102)
MethylAid (41)
methylMnM (1152)
methylPipe (4)
MethylSeekR (1575)
methylumi (7655)
Mfuzz (3370)
mfuzz (1)
mgsa (1713)
MiChip (1488)
microRNA (2357)
MIMOSA (540)
MineICA (1396)
minet (3401)
minfi (8381)
MinimumDistance (1478)
MiPP (1559)
MiRaGE (1477)
miRNApath (1804)
Mirsynergy (527)
mitoODE (1064)
MLInterfaces (2749)
MLP (1586)
MLSeq (542)
MMDiff (1432)
mmnet (597)
MmPalateMiRNA (1599)
monocle (115)
MoPS (45)
mosaics (1799)
MotifDb (2730)
motifRG (1596)
motifStack (2408)
MotIV (2790)
mQTL.NMR (9)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1112)
msmsTests (1088)
MSnbase (2843)
msQC (51)
MSstats (1372)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1524)
MultiMed (4)
multiscan (1461)
multtest (25920)
MVCClass (1536)
mzID (1407)
mzR (18361)

N

NarrowPeaks (1535)
ncdfFlow (2678)
NCIgraph (1843)
neaGUI (1180)
nem (1604)
netbiov (9)
NetPathMiner (525)
netresponse (1518)
NetSAM (1221)
networkBMA (1429)
nnNorm (1480)
NOISeq (2742)
nondetects (520)
NormqPCR (1810)
npGSEA (528)
NTW (1489)
nucleR (1610)
nudge (1486)
NuPoP (1528)

O

occugene (1603)
OCplus (1714)
oligo (9065)
oligoClasses (9894)
OLIN (1625)
OLINgui (1511)
omicade4 (1223)
OmicCircos (1553)
oneChannelGUI (2340)
ontoCAT (1664)
ontoTools (49)
openCyto (1085)
oposSOM (25)
OrderedList (2338)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2647)
OSAT (1421)
OTUbase (1623)
OutlierD (1692)

P

PADOG (1473)
paircompviz (1121)
pairseqsim (6)
pamr (50)
PAnnBuilder (1716)
panp (1755)
PANR (1499)
PAPi (1394)
parody (1900)
pathifier (1167)
PathNet (1389)
pathRender (1650)
pathview (4409)
PatientGeneSets (100)
Pbase (14)
pcaGoPromoter (1797)
pcaMethods (5937)
pcot2 (1509)
PCpheno (1504)
pdInfoBuilder (2347)
pdmclass (1654)
PECA (638)
pepDat (4)
PGSEA (2171)
pgUtils (751)
phenoDist (1319)
phenoTest (1659)
PhenStat (583)
phyloseq (3820)
piano (2227)
pickgene (1497)
PICS (2253)
PING (1599)
pint (1535)
pkgDepTools (1772)
pkgdeptools (2)
plateCore (1522)
plethy (1093)
plgem (1536)
plier (2897)
PLPE (1627)
plrs (1359)
plw (1483)
Polyfit (19)
ppiStats (1634)
prada (3194)
prebs (1370)
PREDA (1540)
predictionet (837)
preprocessCore (36125)
PROcess (2164)
procoil (1450)
ProCoNA (1123)
pRoloc (1446)
pRolocGUI (29)
PROMISE (1517)
prot2D (1113)
proteinProfiles (1296)
PSICQUIC (1215)
puma (1835)
pvac (1527)
pvca (1572)
Pviz (20)
PWMEnrich (1760)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1041)
QDNAseq (590)
qpcrNorm (1676)
qpgraph (2598)
qrqc (1960)
QUALIFIER (1100)
quantsmooth (3207)
QuasR (3563)
qusage (1161)
qvalue (13883)

R

r3Cseq (1573)
R453Plus1Toolbox (1646)
rama (1647)
RamiGO (2014)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1435)
RankProd (3990)
Rariant (512)
RbcBook1 (1669)
RBGL (21494)
rbioinf (1)
RBioinf (1666)
rBiopaxParser (1535)
Rbowtie (3397)
rbsurv (1630)
Rcade (1447)
RCASPAR (1475)
Rchemcpp (1217)
RchyOptimyx (1540)
Rcpi (846)
RCytoscape (3658)
RDAVIDWebService (1636)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (36)
Rdisop (1860)
RDRToolbox (1890)
ReactomePA (2309)
ReadqPCR (1901)
reb (1480)
RedeR (2038)
REDseq (1718)
RefNet (522)
RefNet.db (3)
RefPlus (1554)
Repitools (2688)
ReportingTools (4807)
ReQON (1514)
Resourcerer (1519)
rflowcyt (32)
rfPred (1120)
rGADEM (3163)
RGalaxy (1564)
rgl (1)
Rgraphviz (19722)
RGSEA (42)
rhdf5 (9639)
rHVDM (1486)
riboSeq (23)
Ringo (3149)
Rintact (9)
RIPSeeker (1680)
Risa (1548)
RLMM (1507)
RMAGEML (27)
rmagpie (1)
Rmagpie (1502)
RMAPPER (1468)
RMassBank (1514)
rMAT (902)
RmiR (1826)
RNAinteract (1520)
RNAither (1591)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1535)
RNASeqPower (1541)
roar (562)
ROC (4858)
Roleswitch (1133)
RoleswitchData (3)
Rolexa (1658)
rols (1696)
ROntoTools (1433)
RPA (1680)
RpsiXML (1817)
rpx (557)
rqubic (1528)
Rredland (7)
RRHO (1210)
rrp (1)
Rsamtools (40644)
rsbml (1906)
rSFFreader (793)
RSNPper (5)
Rsubread (2447)
RSVSim (1429)
rTANDEM (1709)
RTCA (1554)
RTN (1224)
RTools4TB (29)
RTopper (1499)
rtracklayer (37633)
Rtreemix (1546)
rTRM (1206)
rTRMui (1104)
Ruuid (57)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (71)
RWebServices (376)
rxSeq (3)

S

S4Vectors (1189)
safe (1721)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1578)
SAGx (1925)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1635)
sangerseqR (569)
SANTA (1325)
sapFinder (555)
savR (485)
SBMLR (1611)
SCAN.UPC (1880)
ScISI (1681)
scsR (486)
SeattleIntro2010 (3)
SeattleIntro2011 (3)
SeattleIntro2011Data (3)
SeattleIntro2012 (3)
SeattleIntro2012Data (4)
segmentSeq (1696)
SemSim (22)
SeqArray (1470)
seqbias (1706)
seqCNA (1148)
SeqGSEA (2036)
seqLogo (5541)
Seqnames (31)
SequenceAnalysis (12)
SequenceAnalysisData (113)
SeqVarTools (1172)
shinyMethyl (16)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1085)
ShortRead (15099)
sigaR (1530)
SigFuge (1126)
siggenes (10689)
sigPathway (2082)
SIM (1572)
SimBindProfiles (1067)
simpleaffy (11823)
simulatorAPMS (39)
sizepower (1941)
SJava (446)
SLGI (1518)
slgi (1)
SLqPCR (1882)
SMAP (1484)
SNAGEE (1318)
snapCGH (1998)
snm (1693)
SNPchip (3140)
snpMatrix (298)
snpStats (5474)
SomatiCA (1411)
SomaticSignatures (656)
SpacePAC (1083)
spade (2096)
SpeCond (1558)
SPEM (1297)
SPIA (2860)
spikeLI (1447)
spkTools (1468)
splicegear (1481)
spliceR (1510)
spliceSites (1093)
SplicingGraphs (1441)
splots (2561)
spotSegmentation (1477)
SQUADD (1433)
SRAdb (3236)
sRAP (1180)
sscore (1482)
sSeq (1133)
ssize (1925)
SSPA (1724)
ssviz (35)
stam (5)
STAN (1)
staRank (1394)
Starr (1717)
stepNorm (1502)
stepwiseCM (1460)
Streamer (1674)
STRINGdb (1343)
StudentGWAS (8)
supraHex (1160)
survcomp (3145)
Sushi (583)
sva (6232)
SwimR (1055)
synapter (1571)

T

TargetScore (1173)
TargetSearch (1606)
TCC (1667)
TDARACNE (1608)
TEQC (1702)
ternarynet (1416)
TFBSTools (1463)
tigre (1595)
tilingArray (2286)
timecourse (1978)
TitanCNA (518)
tkWidgets (6567)
topGO (6986)
trackViewer (565)
tRanslatome (1245)
TransView (1537)
triform (1390)
trigger (1509)
trio (1313)
triplex (1429)
tspair (1626)
TSSi (1549)
TurboNorm (1561)
tweeDEseq (1899)
twilight (2461)
typeinfo (1)
TypeInfo (1554)

U

UNDO (511)
unifiedWMWqPCR (520)
UniProt.ws (1788)

V

VanillaICE (1810)
VariantAnnotation (16270)
VariantFiltering (607)
variants (170)
VariantTools (974)
vbmp (1859)
Vega (1497)
VegaMC (1506)
viper (524)
virtualArray (2172)
vsn (14444)
vtpnet (1101)

W

wateRmelon (2740)
wavClusteR (58)
waveTiling (1440)
weaver (1941)
webbioc (1572)
widgetTools (6536)

X

xcms (18327)
XDE (1554)
xmapbridge (1460)
xmapcore (425)
XML2R (2)
xps (2252)
xtable (1)
XVector (38285)

Y

yaqcaffy (1803)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (56492)