See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Thu. 01 Oct 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (75077) 26 BiocFileCache (28834) 51 assorthead (18350)
2 BiocGenerics (72581) 27 clusterProfiler (28277) 52 preprocessCore (18113)
3 S4Vectors (71329) 28 fgsea (28115) 53 BiocSingular (17724)
4 IRanges (66405) 29 Rhdf5lib (27724) 54 ScaledMatrix (16811)
5 Biobase (62174) 30 DOSE (27650) 55 BiocNeighbors (15542)
6 XVector (61699) 31 Rhtslib (27077) 56 cigarillo (15536)
7 BiocParallel (59395) 32 qvalue (26662) 57 GEOquery (15140)
8 SparseArray (57080) 33 rhdf5 (26538) 58 AnnotationHub (14980)
9 Biostrings (56539) 34 GOSemSim (26457) 59 genefilter (14751)
10 DelayedArray (55119) 35 GenomicAlignments (25979) 60 BiocBaseUtils (14549)
11 GenomicRanges (54879) 36 UCSC.utils (25756) 61 h5mread (14237)
12 SummarizedExperiment (51426) 37 rhdf5filters (25296) 62 BSgenome (13988)
13 S4Arrays (51179) 38 rtracklayer (25022) 63 impute (13931)
14 MatrixGenerics (50856) 39 graph (24779) 64 multtest (13850)
15 AnnotationDbi (46133) 40 biomaRt (24127) 65 scuttle (13225)
16 KEGGREST (44525) 41 SingleCellExperiment (23110) 66 GSEABase (12795)
17 limma (43595) 42 ComplexHeatmap (22994) 67 ProtGenerics (12729)
18 Seqinfo (43319) 43 BiocIO (22124) 68 AnnotationFilter (12453)
19 GenomeInfoDb (39421) 44 annotate (21615) 69 GSVA (12154)
20 ggtree (33233) 45 zlibbioc (21220) 70 dir.expiry (12078)
21 DESeq2 (31269) 46 beachmat (21081) 71 scater (11534)
22 treeio (30763) 47 sparseMatrixStats (20442) 72 Rgraphviz (10808)
23 edgeR (30355) 48 HDF5Array (19320) 73 ensembldb (10715)
24 Rsamtools (29738) 49 DelayedMatrixStats (19041) 74 ExperimentHub (10548)
25 enrichplot (29029) 50 GenomicFeatures (18728) 75 sva (10538)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (729)

a4Base (790)

a4Classif (653)

a4Core (672)

a4Preproc (813)

a4Reporting (538)

ABAEnrichment (231)

ABarray (771)

abseqR (604)

ABSSeq (737)

acde (767)

ACE (644)

aCGH (1057)

ACME (971)

ADaCGH2 (768)

ADAM (561)

ADAMgui (523)

ADAPT (213)

adaptest (80)

adductomicsR (393)

ADImpute (593)

adSplit (841)

adverSCarial (411)

Aerith (347)

AffiXcan (617)

affxparser (3007)

affy (9988)

affycomp (957)

AffyCompatible (337)

affyContam (691)

affycoretools (1161)

AffyExpress (301)

affyILM (689)

affyio (10067)

affylmGUI (924)

affyPara (327)

affypdnn (289)

affyPLM (2127)

affyQCReport (286)

AffyRNADegradation (599)

AffyTiling (168)

AGDEX (671)

aggregateBioVar (616)

Agi4x44PreProcess (121)

agilp (510)

AgiMicroRna (858)

AHMassBank (393)

AIMS (1038)

airpart (536)

alabaster (412)

alabaster.base (5504)

alabaster.bumpy (406)

alabaster.files (415)

alabaster.mae (427)

alabaster.matrix (5230)

alabaster.ranges (5152)

alabaster.sce (1650)

alabaster.schemas (5022)

alabaster.se (5134)

alabaster.sfe (231)

alabaster.spatial (466)

alabaster.string (422)

alabaster.vcf (428)

ALDEx2 (2240)

alevinQC (689)

AllelicImbalance (848)

AlphaBeta (558)

AlphaMissenseR (489)

alpine (310)

ALPS (82)

AlpsNMR (683)

alsace (178)

altcdfenvs (868)

AMARETTO (669)

AMOUNTAIN (574)

amplican (885)

ampliQueso (187)

AnalysisPageServer (120)

anamiR (107)

anansi (435)

Anaquin (558)

ANCOMBC (2711)

AneuFinder (447)

ANF (543)

anglemania (495)

animalcules (759)

annaffy (950)

AnnBuilder (75)

anndataR (1469)

annmap (657)

annoLinker (334)

annotate (21615)

AnnotationDbi (46133)

AnnotationFilter (12453)

AnnotationForge (2837)

AnnotationFuncs (225)

AnnotationHub (14980)

AnnotationHubData (1289)

annotationTools (740)

annotatr (1298)

anota (668)

anota2seq (672)

antiProfiles (509)

AnVIL (1166)

AnVILAz (374)

AnVILBase (855)

AnVILBilling (448)

AnVILGCP (410)

AnVILPublish (438)

AnVILVRS (86)

AnVILWorkflow (268)

APAlyzer (510)

apComplex (790)

apeglm (6970)

APL (550)

applera (45)

appreci8R (672)

aroma.light (2272)

ArrayExpress (990)

ArrayExpressHTS (223)

arrayMagic (138)

arrayMvout (811)

arrayQCplot (33)

arrayQuality (721)

arrayQualityMetrics (1103)

ArrayTools (320)

ArrayTV (247)

ARRmNormalization (535)

artMS (574)

ASAFE (421)

ASEB (510)

ASGSCA (570)

ASICS (744)

asmn (42)

ASpediaFI (158)

ASpli (890)

AssessORF (665)

ASSET (621)

ASSIGN (742)

assorthead (18350)

ASURAT (615)

asuri (350)

ATACCoGAPS (111)

atacInferCnv (275)

ATACseqQC (958)

ATACseqTFEA (604)

atena (567)

AtlasRDF (84)

atSNP (637)

attract (927)

AUCell (4315)

augere.core (104)

augere.de (110)

augere.gsea (112)

augere.screen (88)

augere.solo (118)

autonomics (669)

Autotuner (80)

AWAggregator (324)

AWFisher (532)

awst (494)

B

BaalChIP (596)

BAC (289)

bacon (749)

BADER (534)

BadRegionFinder (632)

BAGS (483)

ballgown (1843)

bambu (885)

BamScale (112)

bamsignals (1959)

BANDITS (604)

bandle (618)

Banksy (1007)

banocc (433)

barbieQ (453)

barcodetrackR (209)

barmixR (78)

basecallQC (445)

BaseSpaceR (619)

Basic4Cseq (703)

BASiCS (954)

BASiCStan (456)

BasicSTARRseq (547)

basilisk (5292)

basilisk.utils (3326)

batchCorr (378)

BatChef (250)

batchelor (5393)

BatchQC (628)

BatchSVG (391)

Battlefield (346)

BayesKnockdown (492)

BayesPeak (243)

BayesSpace (1086)

bayNorm (613)

baySeq (1124)

BBCAnalyzer (738)

BCRANK (884)

bcSeq (442)

BDMMAcorrect (171)

beachmat (21081)

beachmat.hdf5 (564)

beachmat.tiledb (270)

beadarray (1452)

beadarraySNP (426)

BeadDataPackR (1031)

BeadExplorer (37)

BEARscc (224)

BEAT (828)

BEclear (571)

bedbaser (397)

beer (403)

benchdamic (624)

BenchHub (121)

BERT (389)

betaHMM (479)

betr (198)

betterChromVAR (275)

bettr (447)

BG2 (404)

bgafun (262)

BgeeCall (732)

BgeeDB (641)

BGmix (272)

bgx (497)

BHC (277)

BicARE (755)

BiFET (503)

BiGGR (306)

bigmelon (711)

bigmemoryExtras (148)

bigPint (199)

bim (40)

BindingSiteFinder (628)

bioassayR (648)

Biobase (62174)

biobroom (727)

biobtreeR (415)

Bioc.gff (360)

bioCancer (806)

BioCartaImage (431)

BiocAzul (257)

BiocBaseUtils (14549)

BiocBook (444)

BiocBuildReporter (272)

BiocCaseStudies (322)

BiocCheck (3050)

biocDatasets (30)

BiocDockerManager (107)

BiocDuckDB (7)

BiocFHIR (507)

BiocFileCache (28834)

BiocGenerics (72581)

biocGraph (822)

BiocHail (291)

BiocHubsShiny (459)

BiocInstaller (299)

BiocIO (22124)

BiocMaintainerApp (261)

biocmake (6361)

BiocNeighbors (15542)

BiocOncoTK (332)

BioCor (662)

BiocParallel (59395)

BiocPkgDash (287)

BiocPkgTools (808)

biocroxytest (353)

BiocSet (768)

BiocSingular (17724)

BiocSklearn (511)

BiocStyle (8264)

biocthis (1044)

BiocVersion (75077)

biocViews (5691)

BiocWorkflowTools (600)

biodb (638)

biodbChebi (254)

biodbExpasy (103)

biodbHmdb (170)

biodbKegg (141)

biodbLipidmaps (110)

biodbMirbase (82)

biodbNcbi (159)

biodbNci (153)

biodbUniprot (158)

bioDist (801)

BioGA (363)

biomaRt (24127)

BioMedR (43)

biomformat (7522)

BioMM (178)

BioMVCClass (674)

biomvRCNS (707)

BioNAR (547)

BioNERO (732)

BioNet (1034)

BioNetStat (206)

BioQC (789)

BioSeqClass (276)

biosigner (642)

Biostrings (56539)

biosvd (185)

BioTIP (651)

biotmle (620)

biovizBase (6373)

BiRewire (500)

birta (223)

birte (146)

biscuiteer (754)

BiSeq (833)

BitSeq (407)

blacksheepr (622)

blase (481)

blima (665)

BLMA (696)

BloodGen3Module (498)

bluster (9951)

bnbc (740)

bnem (581)

BOBaFIT (519)

borealis (499)

BPRMeth (428)

BRAIN (797)

brainflowprobes (184)

brainImageR (40)

BrainSABER (115)

BrainStars (219)

branchpointer (741)

breakpointR (634)

BreastSubtypeR (492)

brendaDb (537)

BREW3R.r (449)

BRGenomics (317)

bridge (317)

BridgeDbR (682)

broadSeq (451)

BrowserViz (620)

BrowserVizDemo (44)

BSgenome (13988)

BSgenomeForge (559)

bsseq (2409)

BubbleTree (374)

BufferedMatrix (585)

BufferedMatrixMethods (563)

bugsigdbr (681)

BulkSignalR (589)

BUMHMM (617)

bumphunter (3795)

BumpyMatrix (1140)

BUS (668)

BUScorrect (625)

BUSpaRse (762)

BUSseq (567)

C

CaDrA (416)

CAEN (420)

CAFE (939)

CAGEfightR (853)

cageminer (539)

CAGEr (876)

CALIB (290)

CalibraCurve (369)

calm (378)

CAMERA (1297)

CAMTHC (91)

CaMutQC (491)

canceR (587)

cancerclass (909)

CancerInSilico (195)

CancerMutationAnalysis (286)

CancerSubtypes (289)

CAnD (202)

caOmicsV (269)

cardelino (589)

Cardinal (1111)

CardinalIO (609)

CARDspa (542)

carnation (269)

CARNIVAL (622)

casper (713)

CATALYST (1059)

Category (2145)

categoryCompare (870)

CatsCradle (467)

CausalR (554)

cbaf (586)

CBEA (151)

cBioPortalData (1099)

CBN2Path (314)

CBNplot (541)

cbpManager (538)

CCAFE (473)

ccfindR (477)

ccImpute (496)

ccmap (277)

CCPlotR (474)

CCPROMISE (571)

ccrepe (508)

CDI (510)

celaref (697)

celda (1934)

CellaRepertorium (192)

CellBarcode (605)

cellbaseR (635)

CellBench (733)

cellGrowth (193)

cellHTS (309)

cellHTS2 (577)

CelliD (564)

cellity (659)

CellMapper (582)

CellMentor (306)

cellmig (435)

cellmigRation (466)

CellMixS (790)

cellNexus (78)

CellNOptR (821)

cellscape (415)

CellScore (267)

CellTrails (669)

cellTree (290)

cellxgenedp (483)

CEMiTool (739)

censcyt (514)

Cepo (663)

ceRNAnetsim (445)

CeTF (684)

CexoR (790)

CFAssay (443)

cfdnakit (540)

cfDNAPro (616)

cfTools (253)

CGEN (535)

CGHbase (1086)

CGHcall (1035)

cghMCR (735)

CGHnormaliter (693)

CGHregions (677)

CGRphylo2 (92)

ChAMP (1403)

CHARGE (82)

charm (270)

ChemmineOB (842)

ChemmineR (1592)

CHETAH (624)

chevreulPlot (350)

chevreulProcess (458)

chevreulShiny (473)

ChIC (131)

Chicago (687)

chihaya (592)

chimera (314)

chimeraviz (827)

ChIPanalyser (681)

ChIPComp (522)

chipenrich (778)

ChIPexoQual (720)

ChIPpeakAnno (1648)

ChIPQC (973)

ChIPseeker (3552)

chipseq (1351)

ChIPseqR (836)

ChIPSeqSpike (120)

ChIPsim (769)

ChIPXpress (560)

chopsticks (661)

chroGPS (269)

Chromatograms (404)

chromDraw (526)

ChromHeatMap (750)

ChromoViz (81)

chromPlot (691)

ChromSCape (743)

chromstaR (459)

chromswitch (227)

chromVAR (1974)

CHRONOS (557)

cicero (908)

cigarillo (15536)

CIMICE (488)

CINdex (334)

circRNAprofiler (759)

CircSeqAlignTk (440)

cisPath (255)

CiteFuse (654)

CLAMP (123)

ClassifyR (980)

cleanUpdTSeq (923)

CleanUpRNAseq (507)

cleaver (844)

clevRvis (442)

clippda (708)

clipper (887)

cliProfiler (526)

cliqueMS (547)

Clomial (511)

Clonality (275)

ClonalSim (297)

clonotypeR (203)

clst (605)

clstutils (621)

CluMSID (554)

ClustAll (449)

clustComp (541)

clusterExperiment (938)

ClusterFoldSimilarity (437)

ClusterGVis (405)

ClusterJudge (572)

clusterProfiler (28277)

clusterSeq (595)

ClusterSignificance (556)

clusterStab (690)

clustifyr (757)

ClustIRR (468)

clustSIGNAL (424)

CMA (816)

cmapR (1046)

cn.farms (839)

cn.mops (1019)

CNAnorm (611)

CNEr (2440)

CNORdt (533)

CNORfeeder (731)

CNORfuzzy (660)

CNORode (598)

CNPBayes (167)

CNTools (705)

CNVfilteR (607)

CNVgears (136)

cnvGSA (611)

CNViz (441)

CNVMetrics (543)

CNVPanelizer (665)

CNVRanger (665)

CNVrd2 (772)

CNVtools (179)

cobindR (226)

CoCiteStats (597)

COCOA (739)

codelink (989)

CODEX (764)

coexnet (179)

CoGAPS (769)

cogena (809)

cogeqc (573)

Cogito (471)

coGPS (614)

COHCAP (243)

cola (871)

comapr (487)

combi (550)

coMET (355)

coMethDMR (585)

compartmap (259)

COMPASS (597)

compcodeR (882)

CompensAID (312)

compEpiTools (822)

CompGO (207)

ComplexHeatmap (22994)

CompoundDb (955)

ComPrAn (406)

compSPOT (367)

CONCERTDR (6)

conclus (97)

concordexR (501)

condcomp (32)

condiments (633)

CONFESS (711)

consensus (509)

ConsensusClusterPlus (3709)

consensusDE (350)

consensusOV (706)

consensusSeekeR (673)

consICA (545)

CONSTANd (480)

contiBAIT (397)

conumee (766)

convert (779)

copa (668)

COPDSexualDimorphism (45)

copynumber (471)

CopyNumber450k (100)

CopyNumberPlots (637)

CopywriteR (302)

Coralysis (410)

coRdon (803)

CoRegFlux (74)

CoRegNet (331)

CoreGx (988)

Cormotif (629)

CorMut (152)

coRNAi (169)

CorNetto (5)

corral (568)

CORREP (281)

coseq (730)

CoSIA (473)

cosmiq (618)

cosmo (137)

cosmoGUI (80)

cosmosR (559)

COSNet (547)

COTAN (543)

CountClust (183)

countsimQC (844)

covEB (536)

CoverageView (673)

covRNA (582)

CPSM (433)

cpvSNP (721)

cqn (896)

CrcBiomeScreen (292)

CRImage (894)

CRISPRball (420)

crisprBase (624)

crisprBowtie (562)

crisprBwa (385)

crisprDesign (658)

crisprScore (661)

CRISPRseek (753)

crisprseekplus (235)

crisprShiny (420)

CrispRVariants (852)

crisprVerse (455)

crisprViz (622)

crlmm (1182)

CrossICC (53)

crossmeta (345)

crumblr (418)

crupR (468)

CSAR (705)

csaw (1281)

csdR (408)

CSOA (365)

CSSP (209)

CSSQ (600)

ctc (795)

CTdata (561)

CTDquerier (777)

CTexploreR (536)

ctgGEM (97)

cTRAP (730)

ctsGE (606)

CTSV (444)

cummeRbund (617)

CuratedAtlasQueryR (349)

customCMPdb (506)

customProDB (630)

CVE (124)

cyanoFilter (545)

cycle (662)

cydar (721)

cypress (477)

CySA (12)

CytoDx (475)

cytofast (86)

cytofkit (144)

CyTOFpower (475)

cytofQC (452)

CytoGLMM (480)

cytoKernel (505)

cytolib (3555)

cytomapper (969)

CytoMDS (484)

cytoMEM (492)

CytoML (1366)

CytoPipeline (541)

CytoPipelineGUI (434)

CytoTree (91)

cytoviewer (550)

D

dada2 (3791)

dagLogo (866)

daMA (716)

DAMEfinder (716)

damidBind (396)

DaMiRseq (817)

Damsel (484)

dandelionR (351)

DAPAR (767)

DaparToolshed (93)

dar (477)

DART (703)

DASC (17)

DASiR (109)

dasper (126)

DAssemble (76)

DAVIDQuery (119)

daVis (116)

DBChIP (259)

dbSequence (80)

dcanr (746)

DCATS (441)

dce (246)

dcGSA (451)

DChIPRep (212)

ddCt (752)

ddgraph (152)

ddPCRclust (571)

dearseq (628)

debCAM (293)

debrowser (730)

decemedip (337)

DECIPHER (4465)

deco (199)

DEComplexDisease (185)

decompTumor2Sig (590)

DeconRNASeq (657)

decontam (2721)

decontX (997)

DeconvoBuddies (498)

deconvR (631)

decoupleR (3259)

DEDS (338)

DeeDeeExperiment (469)

DeepBlueR (261)

DeepPINCS (462)

deepSNV (1003)

DeepTarget (429)

DEFormats (829)

DegCre (468)

DegNorm (623)

DEGraph (502)

DEGreport (1223)

DEGseq (819)

DelayedArray (55119)

DelayedDataFrame (588)

DelayedMatrixStats (19041)

DelayedRandomArray (464)

DelayedTensor (528)

DELocal (483)

deltaCaptureC (505)

deltaGseg (545)

DeMAND (417)

DeMixT (667)

demuxmix (515)

demuxSNP (518)

DenoIST (326)

densvis (1025)

DEP (999)

DepecheR (575)

DepInfeR (479)

DeProViR (41)

DEqMS (862)

derfinder (1307)

derfinderHelper (1021)

derfinderPlot (865)

DEScan2 (767)

DESeq (1025)

DESeq2 (31269)

DEsingle (637)

DESpace (678)

destiny (1765)

DEsubs (735)

DEWSeq (657)

DExMA (541)

DEXSeq (2497)

dexus (236)

DFP (681)

DFplyr (428)

DIAlignR (170)

DiffBind (2131)

diffcoexp (529)

diffcyt (982)

DifferentialRegulation (525)

diffGeneAnalysis (502)

diffHic (926)

DiffLogo (563)

diffloop (315)

diffuStats (565)

diffUTR (588)

diggit (551)

Dino (553)

dinoR (458)

dir.expiry (12078)

Director (177)

DirichletMultinomial (5974)

discordant (578)

DiscoRhythm (639)

distinct (676)

dittoSeq (1704)

divergence (509)

dks (487)

DMCFB (595)

DMCHMM (601)

dmGsea (441)

DMRcaller (825)

DMRcate (1662)

DMRforPairs (306)

DMRScan (736)

dmrseq (958)

DNABarcodeCompatibility (433)

DNABarcodes (603)

DNAcopy (4779)

DNAcycP2 (406)

dnaEPICO (158)

DNAfusion (613)

DNaseR (62)

DNAshapeR (786)

DNEA (403)

domainsignatures (177)

dominatR (341)

DominoEffect (597)

dominoSignal (471)

doppelgangR (678)

DOQTL (218)

Doscheda (687)

DOSE (27650)

doseR (621)

DOtools (361)

DOTSeq (359)

doubletrouble (599)

dpeak (135)

drawProteins (599)

dreamlet (759)

DRIMSeq (1009)

DriverNet (517)

DropletUtils (3701)

drugfindR (329)

drugTargetInteractions (486)

DrugVsDisease (691)

dSimer (141)

DspikeIn (483)

DSS (1465)

dStruct (475)

DTA (530)

dualKS (304)

DuckDBArray (34)

DuckDBDataFrame (23)

DuckDBGRanges (27)

DuckDBSpatial (15)

Dune (449)

DupChecker (123)

DuplexDiscovereR (420)

dupRadar (630)

dyebias (797)

DynDoc (2288)

E

easier (669)

EasyCellType (525)

easylift (455)

EasyqpcR (219)

easyreporting (565)

easyRNASeq (809)

EBarrays (1047)

EBcoexpress (694)

EBImage (3790)

EBSEA (489)

EBSeq (986)

EBSeqHMM (238)

ecolitk (844)

EDASeq (2353)

edd (138)

EDDA (213)

edge (705)

edgeR (30355)

EDIRquery (429)

eds (575)

eegc (271)

EGAD (597)

EGSEA (882)

eiR (621)

eisa (376)

eisaR (688)

ELBOW (216)

ELMER (698)

ELViS (443)

EMDomics (627)

EMMA (120)

EmpiricalBrownsMethod (531)

EMTscore (86)

ENCODExplorer (165)

EnhancedVolcano (7418)

enhancerHomologSearch (579)

EnMCB (616)

ENmix (911)

EnrichDO (452)

EnrichedHeatmap (1720)

EnrichmentBrowser (1198)

enrichplot (29029)

enrichTF (206)

enrichViewNet (492)

ensembldb (10715)

ensemblVEP (298)

ENVISIONQuery (181)

epialleleR (598)

EpiCompare (569)

epidecodeR (520)

EpiDISH (1534)

epigenomix (742)

epigraHMM (700)

epihet (130)

EpiMix (593)

epimutacions (595)

epiNEM (656)

EpipwR (318)

epiregulon (463)

epiregulon.extra (489)

epiRomics (258)

epiSeeker (367)

epistack (604)

epistasisGA (478)

EpiTxDb (625)

epivizr (875)

epivizrChart (711)

epivizrData (707)

epivizrServer (561)

epivizrStandalone (634)

erccdashboard (783)

erma (396)

ERSSA (624)

esATAC (864)

escape (956)

escheR (660)

esetVis (702)

eudysbiome (732)

evaluomeR (569)

EventPointer (671)

EWCE (780)

ExCluster (443)

ExiMiR (765)

exomeCopy (561)

exomePeak (271)

exomePeak2 (242)

exonmap (86)

ExperimentHub (10548)

ExperimentHubData (1059)

ExperimentSubset (548)

explorase (175)

ExploreModelMatrix (708)

exploreSE (31)

ExpoRiskR (268)

ExpressionAtlas (649)

ExpressionView (268)

exprExternal (34)

externalVector (77)

extraChIPs (657)

F

fabia (751)

facopy (209)

factDesign (726)

factR (458)

faers (551)

FamAgg (644)

famat (620)

Fancy (12)

farms (352)

fastLiquidAssociation (595)

FastqCleaner (697)

fastRanges (341)

fastreeR (509)

fastseg (1661)

fbat (91)

FCBF (209)

fCCAC (730)

fCI (571)

fcoex (176)

fcScan (516)

fdrame (582)

FEAST (710)

FeatSeekR (402)

fedup (515)

FELLA (791)

FEM (188)

fenr (488)

ffpe (706)

fgga (519)

FGNet (755)

fgsea (28115)

FilterFFPE (593)

findIPs (441)

FindIT2 (608)

FindMyFriends (206)

FinfoMDS (317)

FISHalyseR (491)

fishash (53)

fishpond (1191)

FitHiC (396)

flagme (634)

FLAMES (622)

flipflop (182)

flowAI (1096)

flowBeads (694)

flowBin (651)

flowcatchR (824)

flowCHIC (659)

flowCL (219)

flowClean (789)

flowClust (2018)

flowCore (4175)

flowCut (710)

flowCyBar (458)

flowDensity (904)

flowFit (182)

flowFlowJo (126)

flowFP (996)

flowGate (492)

flowGraph (495)

flowMap (331)

flowMatch (765)

flowMeans (911)

flowMerge (717)

flowPeaks (705)

flowPhyto (112)

flowPloidy (553)

flowPlots (495)

flowQ (255)

flowQB (182)

FlowRepositoryR (174)

FlowSOM (1860)

flowSpecs (670)

flowSpy (77)

flowStats (1527)

flowTime (634)

flowTrans (662)

flowType (260)

flowUtils (359)

flowViz (2093)

flowVS (749)

flowWorkspace (2473)

fmcsR (892)

fmrs (421)

fobitools (576)

focalCall (155)

FoldGO (230)

FourCSeq (285)

fourSynergy (351)

fRagmentomics (349)

fraq (270)

FRASER (775)

frenchFISH (332)

FRGEpistasis (441)

frma (858)

frmaTools (680)

FScanR (102)

FunChIP (245)

FunciSNP (292)

funOmics (341)

funtooNorm (625)

FuseSOM (530)

G

G4SNVHunter (436)

GA4GHclient (573)

GA4GHshiny (547)

gaga (751)

gage (1665)

gaggle (360)

gaia (216)

GAPGOM (133)

GAprediction (449)

garfield (415)

GARS (547)

GateFinder (532)

gatom (529)

gaucho (126)

GBScleanR (490)

gcapc (816)

gcatest (523)

gCMAP (230)

gCMAPWeb (243)

GCPtools (590)

gCrisprTools (871)

gcrma (2064)

GCSConnection (66)

GCSFilesystem (54)

GCSscore (188)

GDCRNATools (859)

gDNAx (505)

gDR (396)

gDRcore (438)

gDRimport (518)

gDRstyle (481)

gDRutils (427)

GDSArray (587)

gdscloud (5)

gdsfmt (3118)

GeDi (385)

geecc (167)

GEM (525)

gemini (473)

gemma.R (559)

genArise (604)

genbankr (383)

GENE.E (95)

gene2pathway (77)

GeneAccord (156)

GeneAnswers (296)

geneAttribution (582)

GeneBreak (739)

geneClassifiers (576)

geneClusterPattern (5)

GeneExpressionSignature (763)

genefilter (14751)

genefu (1304)

GeneGA (336)

GeneGeneInteR (298)

GeneGroupAnalysis (45)

GeneMeta (980)

GeneNetworkBuilder (883)

GeneOverlap (1477)

geneplast (676)

geneplotter (4500)

GeneR (111)

geneRecommender (609)

GeneRegionScan (979)

GeneRfold (35)

geneRxCluster (586)

GeneSelectMMD (700)

GeneSelector (236)

GENESIS (1193)

GeneSpring (94)

GeneStructureTools (648)

geNetClassifier (784)

GeneticsBase (82)

GeneticsDesign (177)

GeneticsPed (510)

GeneTonic (782)

GeneTraffic (83)

GeneTS (70)

geneXtendeR (606)

GENIE3 (2097)

genoCN (295)

GenoGAM (236)

genomation (1523)

GenomAutomorphism (539)

GenomeBase (30)

GenomeGraphs (283)

GenomeInfoDb (39421)

genomeIntervals (795)

genomes (514)

GenomicAlignments (25979)

GenomicCoordinates (261)

GenomicDataCommons (1656)

GenomicDistributions (674)

GenomicFeatures (18728)

GenomicFiles (1566)

genomicInstability (492)

GenomicInteractionNodes (472)

GenomicInteractions (1169)

GenomicOZone (573)

GenomicPlot (536)

GenomicRanges (54879)

GenomicScores (1260)

GenomicSuperSignature (695)

GenomicTuples (714)

Genominator (273)

genoset (289)

genotypeeval (236)

GenoView (68)

genphen (207)

GenProSeq (369)

GenRank (104)

GenVisR (942)

GeoDiff (564)

GEOexplorer (207)

GEOfastq (330)

GEOmetadb (844)

geomeTriD (475)

GeomxTools (872)

GEOquery (15140)

GEOsearch (84)

GEOsubmission (599)

GeoTcgaData (570)

gep2pep (480)

gesel (84)

gespeR (333)

getDEE2 (433)

geva (504)

GEWIST (469)

GExPipe (120)

geyser (394)

gff3Plotter (40)

gg4way (497)

GGBase (357)

ggbio (3230)

ggcyto (1882)

ggkegg (830)

ggmanh (598)

ggmsa (1090)

GGPA (515)

ggsc (492)

ggseqalign (367)

ggspavis (951)

GGtools (420)

ggtree (33233)

ggtreeDendro (409)

ggtreeExtra (2530)

ggtreeSpace (369)

GIGSEA (448)

ginmappeR (374)

gINTomics (450)

girafe (603)

GISPA (242)

GLAD (887)

GladiaTOX (547)

Glimma (1582)

glmGamPoi (6747)

glmSparseNet (671)

GlobalAncova (1830)

globalSeq (547)

globaltest (2617)

GloScope (488)

glycoTraitR (290)

gmapR (586)

GmicR (591)

gmoviz (697)

GMRP (639)

GNET2 (361)

GNOSIS (481)

GOaGO (335)

goatea (402)

goCluster (32)

GOexpress (814)

GOfan (284)

GOfuncR (687)

GOFunction (278)

GoogleGenomics (138)

GOpro (705)

goProfiles (848)

GOSemSim (26457)

goseq (2116)

GOSim (351)

goSorensen (469)

goSTAG (696)

GOstats (2179)

GOsummaries (302)

GOTHiC (929)

goTools (674)

GPA (394)

gpart (186)

GPlinksR (66)

gpls (857)

gprege (216)

gpuMagic (246)

gQTLBase (209)

gQTLstats (214)

GrafGen (480)

gramm4R (53)

GRaNIE (796)

granulator (193)

graper (498)

graph (24779)

GraphAlignment (510)

GraphAT (778)

GraphExperiment (326)

graphite (6612)

GraphPAC (321)

GRENITS (506)

GreyListChIP (1714)

GRmetrics (664)

groHMM (874)

growkar (10)

GRridge (233)

GSABenchmark (273)

GSALightning (518)

GSAR (796)

GSCA (634)

gscreend (575)

GSEABase (12795)

GSEABenchmarkeR (656)

GSEAlens (49)

GSEAlm (825)

GSEAmining (498)

gsean (558)

GSgalgoR (532)

GSReg (623)

GSRI (725)

GSVA (12154)

gtrellis (760)

GUIDEseq (957)

Guitar (794)

gVenn (386)

Gviz (4312)

GWAS.BAYES (525)

gwascat (1283)

GWASTools (1384)

gwasurvivr (562)

GWENA (619)

gypsum (4960)

H

h5mread (14237)

h5vc (1057)

hammers (298)

hapFabia (669)

Harman (784)

HarmonizR (416)

Harshlight (453)

hca (214)

HCABrowser (88)

HCAExplorer (54)

HCAMatrixBrowser (32)

HCsnip (163)

HDF5Array (19320)

HDTD (438)

hdxmsqc (505)

heatmaps (910)

Heatplus (939)

HelloRanges (749)

HELP (705)

HEM (711)

hermes (667)

HERON (467)

Herper (373)

hexbin (141)

HGC (436)

hiAnnotator (392)

HIBAG (703)

HicAggR (491)

HiCaptuRe (397)

HiCBricks (788)

HiCcompare (939)

HiCDCPlus (578)

HiCDOC (583)

HiCExperiment (585)

HiContacts (681)

HiCool (289)

HiCParser (372)

HiCPotts (357)

hicrep (74)

hicVennDiagram (451)

hierGWAS (569)

hierinf (360)

HilbertCurve (741)

HilbertVis (794)

HilbertVisGUI (298)

HiLDA (654)

hipathia (786)

HIPPO (460)

hiReadsProcessor (342)

HIREewas (530)

HiSpaR (231)

HistoImagePlot (309)

HiTC (950)

hmdbQuery (450)

HMMcopy (896)

HoloFoodR (441)

hoodscanR (532)

hopach (1090)

HPAanalyze (698)

hpar (1122)

HPAStainR (79)

HPiP (527)

HTqPCR (869)

HTSanalyzeR (284)

HTSeqGenie (172)

htSeqTools (268)

HTSFilter (946)

HuBMAPR (405)

HubPub (971)

HumanTranscriptomeCompendium (220)

hummingbird (516)

HVP (369)

HybridExpress (459)

HybridMTest (607)

hypeR (493)

hyperdraw (661)

hypergraph (735)

I

iASeq (443)

iasva (565)

iBBiG (443)

Ibex (358)

ibh (538)

iBMQ (423)

iCARE (554)

Icens (991)

icetea (654)

iCheck (631)

iChip (706)

iClusterPlus (770)

iCNV (524)

iCOBRA (982)

ideal (892)

IdeoViz (698)

idiogram (927)

IdMappingAnalysis (218)

IdMappingRetrieval (183)

idpr (584)

idr2d (598)

IFAA (364)

iFlow (53)

igblastr (752)

iGC (595)

IgGeneUsage (540)

igvR (788)

igvShiny (528)

IHW (1689)

illuminaio (4011)

ILoReg (577)

ImageArray (334)

imageFeatureTCGA (259)

imageHTS (367)

imageTCGA (370)

imageTCGAutils (319)

IMAS (427)

imcRtools (858)

Imetagene (169)

IMMAN (450)

immApex (811)

immGLIPH (91)

immLynx (288)

immReferent (384)

ImmuneSpaceR (258)

immunoClust (682)

immunogenViewer (352)

immunotation (443)

iModMix (305)

IMPCdata (403)

ImpulseDE (80)

ImpulseDE2 (116)

impute (13931)

INDEED (402)

iNETgrate (511)

infercnv (2442)

infinityFlow (533)

Informeasure (423)

InPAS (903)

INPower (533)

inSilicoDb (161)

inSilicoMerging (111)

INSPEcT (908)

INTACT (426)

InTAD (636)

intansv (740)

interacCircos (377)

InteractionSet (2275)

InteractiveComplexHeatmap (954)

interactiveDisplay (693)

interactiveDisplayBase (2840)

InterCellar (563)

IntEREst (737)

InterMineR (299)

IntOMICS (71)

IntramiRExploreR (521)

inveRsion (191)

IONiseR (775)

iontree (131)

iPAC (361)

iPath (419)

ipdDb (549)

IPO (640)

IPPD (208)

IRanges (66405)

IRISFGM (139)

IrisSpatialFeatures (39)

ISAnalytics (635)

iscream (426)

iSEE (1053)

iSEEde (503)

iSEEfier (423)

iSEEhex (509)

iSEEhub (575)

iSEEid (103)

iSEEindex (476)

iSEEpathways (501)

iSEEtree (495)

iSEEu (661)

iSeq (526)

ISLET (501)

islify (379)

iSNetwork (48)

isobar (882)

IsoBayes (466)

IsoCorrectoR (523)

IsoCorrectoRGUI (450)

IsoformSwitchAnalyzeR (1143)

IsoGeneGUI (357)

ISoLDE (442)

isomiRs (781)

iSPlot (49)

ITALICS (709)

iterativeBMA (592)

iterativeBMAsurv (489)

iterClust (178)

iteremoval (129)

IVAS (702)

ivygapSE (511)

IWTomics (597)

J

jazzPanda (500)

jmosaics (111)

joda (220)

JunctionSeq (172)

jvecfor (251)

K

karyoploteR (1767)

katdetectr (556)

KBoost (360)

KCsmart (778)

kebabs (853)

KEGGemUP (52)

KEGGgraph (6654)

KEGGlincs (653)

keggorth (50)

keggorthology (896)

KEGGprofile (223)

KEGGREST (44525)

KEGGSOAP (120)

kimod (109)

KinSwingR (500)

kissDE (583)

kmcut (391)

KnowSeq (553)

knowYourCG (324)

koinar (393)

L

LACE (663)

LACHESIS (379)

lapmix (368)

LBE (737)

lcmsPlot (330)

ldblock (602)

LEA (1235)

leapR (262)

LedPred (472)

lefser (1118)

lemur (545)

les (683)

levi (495)

lfa (606)

Lheuristic (326)

limma (43595)

limmaGUI (859)

limpa (467)

limpca (470)

LimROTS (426)

LINC (139)

LineagePulse (187)

lineagespot (420)

LinkHD (549)

linkSet (189)

Linnorm (847)

LinTInd (249)

lionessR (636)

LIPIDIFy (1)

lipidr (644)

LipidTrend (330)

LiquidAssociation (621)

lisaClust (634)

lmdme (634)

LMGene (326)

lncRna (294)

LOBSTAHS (572)

loci2path (575)

logicFS (675)

logitT (297)

Logolas (116)

lol (149)

LOLA (848)

looking4clusters (360)

LoomExperiment (965)

LowMACA (245)

LPE (661)

LPEadj (295)

lpNet (525)

lpsymphony (1815)

LRBaseDbi (543)

LRcell (531)

LRDE (243)

lumi (2095)

lute (104)

LVSmiRNA (241)

LymphoSeq (660)

M

M3C (925)

M3D (209)

M3Drop (845)

m6Aboost (526)

maanova (394)

Maaslin2 (1496)

maaslin3 (691)

Macarron (425)

macat (467)

maCorrPlot (618)

MACPET (168)

MACSQuantifyR (479)

MACSr (516)

maDB (150)

made4 (1031)

MADSEQ (393)

maftools (3342)

MAGAR (528)

MAGeCKFlute (330)

magpie (543)

magrene (478)

MAI (524)

maigesPack (453)

MAIT (592)

makecdfenv (1017)

makePlatformDesign (56)

MANOR (645)

manta (262)

MantelCorr (569)

MAPFX (467)

mAPKL (295)

maPredictDSC (544)

mapscape (510)

mariner (460)

markeR (429)

marr (550)

marray (2902)

martini (555)

maser (752)

maSigPro (1040)

maskBAD (668)

MassArray (513)

massiR (702)

MassSpecWavelet (2814)

MAST (3420)

mastR (610)

matchBox (492)

matchprobes (107)

MatrixGenerics (50856)

MatrixQCvis (602)

MatrixRider (652)

matter (939)

MaxContrastProjection (97)

MBAmethyl (418)

MBASED (700)

MBCB (544)

MBECS (505)

mbkmeans (1197)

mbOmic (55)

mBPCR (733)

MBQN (529)

mbQTL (404)

MBttest (635)

mcaGUI (211)

MCbiclust (796)

MCRestimate (233)

mCSEA (740)

mdgsa (239)

mdp (570)

mdqc (618)

MDSvis (267)

MDTS (488)

MEAL (799)

MeasurementError.cor (487)

MEAT (709)

MEB (566)

MEDIPS (880)

MEDME (686)

megadepth (560)

MEIGOR (615)

Melissa (347)

MeLSI (266)

memes (676)

MergeMaid (325)

Mergeomics (616)

MeSHDbi (797)

meshes (693)

meshr (789)

MeSHSim (66)

MesKit (693)

messina (652)

metaArray (307)

Metab (277)

metabCombiner (565)

metabinR (539)

MetaboAnnotation (695)

MetaboAnnotatoR (279)

MetaboCoreUtils (3750)

MetaboDynamics (426)

metabolomicsWorkbenchR (606)

metabom8 (315)

metabomxtr (595)

MetaboSignal (772)

metaCCA (464)

MetaCyto (531)

MetaDICT (367)

metagene (441)

metagene2 (747)

metagenomeFeatures (192)

metagenomeSeq (2633)

metahdep (489)

metaMS (784)

MetaNeighbor (401)

MetaPathNet (66)

MetaPhOR (513)

metapod (8389)

metapone (544)

MetaProViz (333)

metaSeq (712)

metaseqR (286)

metaseqR2 (737)

metavizr (216)

MetaVolcanoR (171)

metaX (48)

MetCirc (612)

MethCP (153)

methimpute (645)

methInheritSim (613)

methodical (435)

MethPed (816)

MethReg (530)

methrix (757)

MethTargetedNGS (528)

methVisual (241)

methyAnalysis (307)

MethylAid (853)

methylCC (736)

methylclock (712)

methylGSA (748)

methyLImp2 (422)

methylInheritance (683)

methylKit (1597)

MethylMix (750)

methylMnM (811)

methylPipe (797)

methylscaper (593)

MethylSeekR (889)

methylSig (624)

methylumi (2439)

methyvim (118)

MetID (493)

MetMashR (463)

MetNet (745)

mfa (351)

Mfuzz (2084)

MGFM (699)

MGFR (592)

MGnifyR (515)

mgsa (632)

mia (2710)

miaDash (399)

miaSim (507)

miaTime (492)

miaViz (885)

MiChip (642)

microbiome (2902)

microbiomeDASim (482)

microbiomeExplorer (581)

microbiomeMarker (477)

MicrobiomeProfiler (493)

MicrobiotaProcess (1009)

microRNA (1379)

microSTASIS (112)

MICSQTL (472)

midasHLA (450)

MIGSA (240)

miloR (1848)

mimager (632)

MIMOSA (254)

mina (470)

MineICA (599)

minet (1370)

minfi (3610)

MinimumDistance (897)

MiPP (686)

miQC (701)

MIRA (680)

MiRaGE (898)

miRBaseConverter (740)

miRcomp (721)

mirIntegrator (720)

MIRit (485)

miRLAB (675)

miRmine (289)

miRNAmeConverter (529)

miRNApath (545)

miRNAtap (726)

miRSM (684)

miRsponge (68)

miRspongeR (585)

Mirsynergy (162)

mirTarRnaSeq (593)

missMethyl (1757)

missRows (549)

mist (388)

mistyR (563)

mitch (544)

mitoClone2 (520)

mitology (459)

mitoODE (150)

mixOmics (5060)

MLInterfaces (1364)

mlm4omics (43)

MLP (927)

MLSeq (751)

MMAPPR2 (114)

MMDiff (161)

MMDiff2 (761)

mmgmos (49)

mmnet (113)

MmPalateMiRNA (247)

MMUPHin (660)

mnem (715)

moanin (449)

mobileRNA (448)

MobilityTransformR (104)

MODA (517)

ModCon (390)

Modstrings (667)

MOFA (83)

MOFA2 (1736)

MOGAMUN (437)

mogsa (837)

MoleculeExperiment (441)

MOMA (667)

monaLisa (829)

monocle (4255)

Moonlight2R (562)

MoonlightR (784)

MoPS (160)

mosaics (918)

mosbi (382)

MOSClip (458)

mosdef (730)

MOSim (745)

Motif2Site (561)

motifbreakR (685)

motifcounter (396)

MotifDb (1625)

motifmatchr (2407)

MotifPeeker (353)

motifRG (240)

motifStack (1511)

motifTestR (493)

MotIV (303)

MouseFM (507)

MPAC (368)

MPFE (420)

mpra (726)

MPRAnalyze (542)

MQmetrics (128)

mQTL.NMR (149)

msa (2726)

MSA2dist (547)

MsBackendMassbank (512)

MsBackendMassIVE (62)

MsBackendMetaboLights (383)

MsBackendMetabolomicsWorkbench (59)

MsBackendMgf (1192)

MsBackendMsp (748)

MsBackendRawFileReader (512)

MsBackendSql (523)

MsCoreUtils (4821)

MsDataHub (586)

MSEADbi (37)

MsExperiment (2104)

MsFeatures (2338)

msgbsR (592)

MSGFgui (218)

MSGFplus (181)

msImpute (578)

mslp (340)

msmsEDA (732)

msmsTests (772)

MSnbase (5048)

MSnID (990)

mspms (491)

MSPrep (410)

msPurity (606)

msqrob2 (789)

MsQuality (534)

MsStash (70)

MSstats (1336)

MSstatsBig (378)

MSstatsBioNet (411)

MSstatsConvert (1044)

MSstatsLiP (589)

MSstatsLOBD (415)

MSstatsPTM (740)

MSstatsQC (574)

MSstatsQCgui (400)

MSstatsResponse (409)

MSstatsSampleSize (162)

MSstatsShiny (505)

MSstatsTMT (862)

MSstatsTMTPTM (45)

MSTree (71)

MTseeker (67)

MuData (551)

Mulcom (681)

MultiAssayExperiment (9054)

MultiAssaySpatialExperiment (10)

MultiBaC (497)

multiClust (665)

multicrispr (623)

MultiDataSet (2567)

multiGSEA (615)

multiHiCcompare (790)

MultiMed (555)

multiMiR (1322)

MultimodalExperiment (532)

MultiOmicsBridge (111)

multiOmicsViz (230)

MultipleAlignment (126)

multipointR (58)

MultiRNAflow (516)

multiscan (659)

multiSight (128)

multistateQTL (421)

multiWGCNA (504)

multtest (13850)

mumosa (573)

MungeSumstats (1082)

muscat (1671)

muscle (887)

musicatk (689)

MutationalPatterns (1056)

mutscan (426)

MutSeqR (366)

MVCClass (647)

mvGST (141)

MWASTools (736)

mygene (897)

myvariant (674)

mzID (4294)

mzR (5194)

N

NADfinder (815)

NanoMethViz (631)

NanoStringDiff (596)

NanoStringNCTools (996)

NanoStringQCPro (248)

nanotatoR (178)

NanoTube (574)

NarrowPeaks (231)

NBAMSeq (530)

NBSplice (163)

ncdfFlow (2280)

ncGTW (546)

NCIgraph (434)

ncRNAtools (540)

ndexr (481)

neaGUI (115)

nearBynding (382)

Nebulosa (1844)

NeighborNet (174)

nem (460)

nempi (489)

NetActivity (489)

netbenchmark (129)

netbiov (297)

netboost (454)

netboxr (121)

netDx (146)

nethet (656)

netOmics (127)

NetPathMiner (580)

netprioR (416)

netReg (96)

netresponse (716)

NetSAM (645)

netSmooth (682)

networkBMA (227)

netZooR (227)

NeuCA (156)

NewWave (509)

NGScopy (156)

ngsReports (653)

nipalsMCIA (549)

nnNorm (654)

nnSVG (669)

NOISeq (1127)

nondetects (633)

NoRCE (602)

normalize450K (607)

NormalyzerDE (763)

NormqPCR (706)

normr (819)

normScore (6)

notame (416)

notameStats (336)

notameViz (374)

NPARC (569)

npGSEA (726)

NTW (513)

nucleoSim (598)

nucleR (903)

nuCpos (511)

nudge (211)

nullranges (688)

NuPoP (613)

NxtIRFcore (140)

O

OAtools (277)

occugene (504)

OCplus (827)

octad (529)

ODER (107)

odseq (499)

OGRE (527)

OGSA (166)

oligo (3807)

oligoClasses (3166)

OLIN (859)

OLINgui (670)

omada (313)

OmaDB (625)

omicade4 (787)

OmicCircos (728)

omicplotR (481)

omicRexposome (687)

omicsGMF (382)

OmicsLonDA (176)

OmicsMarkeR (148)

OmicsMLRepoR (296)

OMICsPCA (665)

omicsPrint (762)

omicsViewer (537)

Omixer (466)

OmnipathR (2338)

ompBAM (496)

omXplore (444)

Onassis (151)

oncomix (548)

oncoscanR (472)

OncoScore (600)

OncoSimulR (632)

oneChannelGUI (267)

oneSENSE (155)

onlineFDR (418)

ontoCAT (174)

ontoProc (736)

ontoProc2 (76)

ontoTools (143)

openCyto (1791)

openPrimeR (731)

openPrimeRui (197)

OpenStats (395)

OperaMate (80)

oposSOM (659)

oppar (763)

oppti (182)

optimalFlow (482)

OPWeight (556)

OrderedList (694)

ORFhunteR (530)

ORFik (889)

Organism.dplyr (480)

OrganismDbi (3439)

orthogene (1156)

orthos (500)

OSAT (623)

Oscope (680)

OSTA.data (446)

OTUbase (770)

OutlierD (270)

OUTRIDER (879)

OutSplice (540)

OVESEG (573)

P

PAA (823)

packFinder (573)

padma (562)

PADOG (830)

pageRank (462)

PAIRADISE (575)

paircompviz (556)

pairedGSEA (472)

pairkat (503)

pairseqsim (23)

pamr (139)

pandaR (780)

panelcn.mops (667)

PAnnBuilder (188)

PanomiR (561)

panoramic (100)

panp (836)

PANR (647)

PanViz (141)

PanVizGenerator (164)

PAPi (208)

parati (303)

pareg (117)

parglms (624)

parody (678)

partCNV (252)

PAST (604)

Path2PPI (611)

pathifier (576)

pathlinkR (523)

pathMED (238)

PathNet (566)

PathoStat (651)

pathprint (107)

pathRender (692)

pathVar (248)

pathview (5549)

pathwayPCA (612)

PathwaySplice (162)

PatientGeneSets (49)

paxtoolsr (253)

Pbase (223)

pbcmc (100)

pcaExplorer (973)

pcaGoPromoter (185)

pcaMethods (7029)

PCAN (693)

PCAtools (1683)

pcot2 (371)

PCpheno (377)

pcxn (164)

PDATK (604)

pdInfoBuilder (939)

pdmclass (274)

PeacoQC (807)

peakCombiner (358)

peakPantheR (564)

PECA (632)

peco (549)

Pedixplorer (471)

pengls (382)

PepSetTest (381)

PepsNMR (583)

pepStat (706)

pepVet (12)

pepXMLTab (525)

PERFect (158)

periodicDNA (672)

perturbatr (111)

pfamAnalyzeR (611)

PFP (104)

PGA (303)

pgca (384)

pgen2gds (70)

PGSEA (436)

pgUtils (85)

pgxRpi (316)

phantasus (713)

phantasusLite (411)

PharmacoGx (1081)

phemd (227)

phenoDist (172)

PhenoGeneRanker (320)

phenomis (422)

phenopath (751)

phenoTest (880)

PhenStat (358)

philr (772)

PhIPData (559)

phosphonormalizer (479)

PhosR (850)

phylobar (114)

PhyloProfile (587)

phyloseq (7929)

Pi (314)

piano (1274)

PICB (477)

pickgene (540)

PICS (527)

Pigengene (722)

PING (510)

PinPath (128)

pint (173)

pipeComp (659)

pipeFrame (586)

PIPETS (353)

Pirat (446)

PIUMA (474)

pkgDepTools (356)

plaid (324)

planet (689)

planttfhunter (459)

plasmut (364)

plateCore (294)

plethy (321)

plgem (837)

plier (746)

PlinkMatrix (313)

PloGO2 (155)

plotgardener (761)

plotGrouper (487)

PLPE (617)

plrs (253)

PLSDAbatch (463)

plw (278)

plyinteractions (561)

plyranges (1752)

plyxp (567)

pmm (449)

pmp (658)

PMScanR (366)

PoDCall (465)

podkat (900)

poem (452)

pogos (596)

polyester (433)

Polyfit (174)

polyICSFlow (6)

PolySTest (425)

Polytect (352)

POMA (672)

posDemux (349)

POST (102)

PostChicago (72)

postNet (428)

PoTRA (116)

PowerExplorer (89)

powerTCR (678)

POWSC (547)

ppcseq (541)

PPInfer (583)

ppiStats (413)

pqsfinder (820)

prada (339)

pram (678)

prebs (703)

preciseTAD (700)

PrecisionTrialDrawer (114)

PREDA (841)

predictionet (191)

preprocessCore (18113)

primirTSS (693)

PrInCE (564)

Prize (110)

proActiv (702)

proBAMr (692)

proBatch (603)

PROcess (684)

procoil (779)

ProCoNA (189)

proDA (820)

proFIA (200)

profileplyr (736)

profileScoreDist (541)

progeny (1686)

projectR (709)

pRoloc (1360)

pRolocGUI (755)

PROMISE (617)

PRONE (531)

PROPER (693)

PROPS (624)

Prostar (659)

prot2D (199)

proteasy (106)

ProteinBatcher (8)

proteinProfiles (453)

ProteoDisco (628)

ProteomicsAnnotationHubData (176)

ProteoMM (568)

proteoQC (181)

protGear (577)

ProtGenerics (12729)

PSEA (325)

psichomics (793)

PSICQUIC (232)

PSMatch (3631)

psygenet2r (356)

ptairMS (612)

PTMods (1022)

PubScore (106)

pulsedSilac (115)

puma (983)

PureCN (1042)

pvac (640)

pvca (837)

Pviz (669)

pwalign (9023)

PWMEnrich (987)

pwOmics (415)

pwrEWAS (129)

Q

qckitfastq (187)

qcmetrics (897)

QDNAseq (1087)

QFeatures (4280)

QFeaturesGUI (4)

qmtools (527)

qpcrNorm (701)

qpgraph (1191)

qPLEXanalyzer (684)

qrqc (323)

QRscore (396)

qsea (749)

qsmooth (631)

QSutils (637)

qsvaR (549)

QTLExperiment (452)

Qtlizer (492)

QUALIFIER (229)

quantiseqr (1538)

quantMSImageR (22)

quantro (1009)

quantsmooth (1141)

QuartPAC (279)

QuasR (1291)

QuaternaryProd (412)

QUBIC (585)

queeems (266)

qusage (1134)

qvalue (26662)

R

R3CPET (691)

r3Cseq (903)

R453Plus1Toolbox (816)

R4RNA (1189)

RadioGx (657)

raer (594)

RaggedExperiment (1646)

RAIDS (491)

rain (696)

rama (332)

RamiGO (136)

ramr (567)

ramwas (753)

RandomWalkRestartMH (185)

randPack (601)

randRotation (332)

RankMap (287)

RankProd (939)

RAREsim (385)

RareVariantVis (759)

Rariant (306)

Rarr (803)

rawDiag (378)

rawrr (554)

RbcBook1 (1036)

Rbec (345)

RBedMethyl (308)

RBGL (10415)

RBioFormats (686)

RBioinf (460)

rBiopaxParser (1147)

rBLAST (472)

RBM (561)

Rbowtie (997)

Rbowtie2 (731)

RbowtieCuda (154)

RBPEqBind (3)

RBPSpecificity (94)

rbsurv (635)

Rbwa (353)

Rcade (406)

RCAS (803)

RCASPAR (458)

rcellminer (776)

rCGH (988)

Rchemcpp (216)

RchyOptimyx (205)

RcisTarget (1618)

RCM (644)

Rcollectl (160)

Rcpi (759)

RCSL (506)

Rcwl (492)

RcwlPipelines (467)

RCX (523)

RCy3 (1589)

RCyjs (656)

RCytoscape (142)

RDAVIDWebService (221)

Rdbi (103)

RdbiPgSQL (42)

rDGIdb (197)

Rdisop (1301)

RDRToolbox (621)

ReactomeContentService4R (115)

ReactomeGraph4R (100)

ReactomeGSA (677)

ReactomePA (6363)

readat (135)

ReadqPCR (717)

reb (352)

REBET (444)

rebook (510)

receptLoss (166)

reconsi (396)

recount (1152)

recount3 (1343)

recountmethylation (679)

recoup (866)

RedeR (1001)

RedisParam (435)

REDseq (725)

ReducedExperiment (442)

RefNet (210)

RefPlus (487)

Rega (267)

RegEnrich (586)

regionalpcs (387)

RegionalST (539)

regioneR (2720)

regioneReloaded (508)

regionReport (813)

regsplice (612)

regutools (605)

REMP (666)

Repitools (638)

ReportingTools (1402)

reposTools (44)

RepViz (490)

ReQON (334)

ResidualMatrix (5285)

RESOLVE (494)

Resourcerer (127)

restfulSE (269)

retrofit (480)

ReUseData (370)

rexposome (877)

rfaRm (539)

Rfastp (607)

RFGeneRank (170)

RFLOMICS (519)

rflowcyt (150)

rfPred (726)

rGADEM (557)

RGalaxy (261)

rGenomeTracks (434)

Rgin (111)

RGMQL (174)

RgnTX (211)

rgoslin (563)

RGraph2js (632)

Rgraphviz (10808)

rGREAT (1397)

RGSEA (687)

rgsepd (741)

rhdf5 (26538)

rhdf5client (621)

rhdf5filters (25296)

Rhdf5lib (27724)

rhinotypeR (414)

Rhisat2 (679)

Rhtslib (27077)

rHVDM (356)

RiboCrypt (562)

RiboDiPA (577)

RiboProfiling (533)

ribor (560)

riboSeqR (814)

ribosomeProfilingQC (715)

rifi (468)

rifiComparative (403)

Rigraphlib (2420)

rigvf (288)

RImmPort (487)

Ringo (601)

Rintact (65)

RIPAT (172)

RIPSeeker (264)

Risa (413)

RITAN (565)

RIVER (604)

RJMCMCNucleosomes (654)

RLassoCox (396)

RLMM (536)

RLSeq (120)

RMAGEML (60)

Rmagpie (640)

RMAPPER (97)

RMassBank (885)

rMAT (215)

rmelting (464)

RmiR (228)

Rmmquant (562)

rmspc (490)

RmzTabM (53)

RNAAgeCalc (652)

RNAdecay (467)

rnaEditr (547)

RNAinteract (331)

RNAither (316)

RNAmodR (691)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (606)

RNAmodR.ML (631)

RNAmodR.RiboMethSeq (566)

RNAprobR (200)

RNAsense (513)

rnaseqcomp (619)

RNAseqCovarImpute (443)

rnaSeqMap (327)

RNASeqPower (585)

RNASeqR (136)

RnaSeqSampleSize (648)

RNAshapeQC (304)

RnBeads (1010)

Rnits (688)

roar (771)

roastgsa (486)

ROC (1951)

ROCpAI (481)

RolDE (452)

Roleswitch (210)

Rolexa (161)

rols (1114)

ROntoTools (835)

ropls (2656)

ROSeq (645)

ROTS (772)

RPA (741)

rprimer (571)

RProtoBufLib (3476)

RpsiXML (472)

rpx (1159)

Rqc (948)

rqt (515)

rqubic (499)

rRDP (402)

Rredland (57)

RRHO (551)

rrvgo (1266)

Rsamtools (29738)

rsbml (550)

rScudo (591)

rsemmed (475)

RSeqAn (464)

rSFFreader (188)

RSNPper (71)

Rsubread (2655)

RSVSim (731)

rSWeeP (505)

rTANDEM (238)

RTCA (589)

RTCGA (1005)

RTCGAToolbox (1264)

RTN (808)

RTNduals (562)

RTNsurvival (591)

RTools4TB (41)

RTopper (775)

Rtpca (529)

rtracklayer (25022)

Rtreemix (436)

rTRM (862)

rTRMui (623)

RUCova (478)

runibic (307)

Ruuid (112)

RUVcorr (594)

RUVnormalize (583)

RUVSeq (1551)

Rvisdiff (475)

RVS (530)

RWebServices (64)

rWikiPathways (855)

S

S4Arrays (51179)

S4Cartographer (85)

S4Vectors (71329)

safe (1355)

SAGElyzer (56)

sagenhaft (654)

SAGx (341)

SAIGEgds (544)

samExploreR (93)

sampleClassifier (523)

SamSPECTRAL (618)

sangeranalyseR (740)

sangerseqR (1207)

SanityR (365)

SANTA (703)

sapFinder (237)

saps (47)

SARC (119)

sarks (521)

saseR (449)

satuRn (926)

savR (172)

SBGNview (625)

sbgr (19)

SBMLR (638)

SC3 (1125)

scafari (511)

Scale4C (628)

ScaledMatrix (16811)

scAlign (123)

SCAN.UPC (826)

scanMiR (558)

scanMiRApp (586)

scAnnotatR (558)

SCANVIS (458)

SCArray (591)

SCArray.sat (444)

SCATE (124)

scater (11534)

scatterHatch (415)

scBatchQC (92)

scBFA (560)

SCBN (438)

scBubbletree (532)

scCB2 (545)

scCertify (6)

scClassifR (60)

scClassify (673)

sccomp (684)

scCompoundDE (80)

scConform (291)

scDataviz (637)

scDblFinder (5191)

scDD (805)

scDDboost (496)

scde (994)

scDesign3 (498)

scDiagnostics (493)

scDotPlot (465)

scds (1315)

scECODA (407)

SCFA (492)

scFastDE (83)

scFeatureFilter (646)

scFeatures (561)

scfind (89)

scGPS (637)

scGraphVerse (359)

schex (640)

scHiCcompare (374)

scHOT (625)

scider (470)

scifer (496)

ScISI (432)

scLANE (449)

scLang (326)

scMAGeCK (82)

scmap (1049)

scMerge (960)

scMET (534)

scmeth (659)

scMitoMut (417)

scMultiSim (537)

SCnorm (764)

scone (785)

Sconify (550)

SCOPE (583)

scoreInvHap (626)

scoup (376)

scp (703)

scPassport (243)

scPCA (617)

scPipe (691)

scQTLtools (412)

scran (9110)

scrapper (2647)

scReClassify (564)

scRecover (508)

screenCounter (468)

ScreenR (447)

scRepertoire (1342)

scRNAseqApp (531)

scruff (722)

scry (905)

scShapes (376)

scsR (212)

scTensor (644)

scTGIF (648)

scTHI (497)

scToppR (360)

scTreeViz (570)

scTypeEval (297)

scuttle (13225)

scviR (308)

SDAMS (530)

seahtrue (428)

sechm (604)

segmenter (605)

segmentSeq (904)

selectKSigs (457)

SELEX (653)

SemDist (695)

semisup (468)

SEMPLR (359)

SemSim (64)

SEPA (107)

SEPIRA (232)

seq.hotSPOT (379)

seq2pathway (572)

seqArchR (209)

seqArchRplus (186)

SeqArray (1688)

seqbias (358)

seqCAT (645)

seqCNA (260)

seqcombo (436)

SeqGate (489)

SeqGSEA (788)

Seqinfo (43319)

seqLogo (4286)

seqPattern (1535)

seqplots (286)

seqsetvis (689)

SeqSQC (770)

Seqtometry (303)

seqTools (342)

SeqVarTools (1207)

SEraster (401)

sesame (1498)

SETA (411)

SEtools (557)

sevenbridges (672)

sevenC (702)

sfi (316)

SGCP (300)

SGSeq (1017)

SharedObject (600)

shiny.gosling (372)

shinybiocloader (294)

shinyDSP (429)

shinyepico (583)

shinyMethyl (829)

shinyTANDEM (168)

ShortRead (7612)

SIAMCAT (654)

SICtools (566)

sigaR (228)

SigCheck (682)

sigFeature (717)

SigFuge (418)

siggenes (4483)

sights (571)

signatureSearch (742)

signeR (753)

signet (70)

signifinder (473)

sigPathway (365)

SigsPack (587)

sigsquared (561)

sigvar (8)

SIM (664)

SIMAT (600)

SimBindProfiles (308)

SimBu (477)

SIMD (474)

SimFFPE (535)

SimiCviz (70)

similaRpeak (687)

SIMLR (791)

simona (1278)

simPIC (507)

simpleaffy (402)

simpleSeg (693)

simplifyEnrichment (1680)

simulatorAPMS (81)

simulatorZ (224)

sincell (661)

singIST (250)

single (191)

SingleCellAlleleExperiment (470)

SingleCellExperiment (23110)

SingleCellSignalR (722)

singleCellTK (1000)

SingleMoleculeFootprinting (334)

SingleR (6419)

singscore (2678)

SiPSiC (391)

SISPA (206)

sitadela (515)

Site2Target (375)

sitePath (528)

sizepower (557)

SJava (60)

sketchR (472)

skewr (648)

slalom (368)

SLGI (426)

slingshot (4192)

slinky (137)

SLqPCR (525)

SMAD (463)

SMAP (352)

smartid (418)

SmartPhos (265)

SMITE (745)

smoothclust (417)

smoppix (428)

SMTrackR (314)

SNAGEE (535)

snapCGH (486)

snapcount (524)

snifter (917)

snm (618)

SNPchip (367)

SNPediaR (458)

SNPhood (918)

snpMatrix (78)

SNPRelate (2523)

snpStats (3084)

soGGi (605)

sojourner (131)

SomatiCA (129)

SomaticSignatures (806)

SOMNiBUS (505)

sosta (526)

SpaceMarkers (455)

SpacePAC (370)

SpaceTrooper (491)

spacexr (784)

spade (122)

Spaniel (668)

SpaNorm (550)

spARI (342)

sparrow (821)

SparseArray (57080)

sparseDOSSA (204)

sparseMatrixStats (20442)

sparsenetgls (457)

SparseSignatures (659)

spaSim (526)

SpatialArtifacts (385)

SpatialCPie (553)

spatialdataR (15)

spatialDE (610)

SpatialDecon (730)

SpatialExperiment (9980)

SpatialExperimentIO (469)

spatialFDA (432)

SpatialFeatureExperiment (731)

spatialHeatmap (472)

SpatialOmicsOverlay (565)

spatialSimGP (377)

spatzie (197)

speckle (1075)

specL (691)

SpeCond (670)

Spectra (4238)

SpectralTAD (583)

SpectraQL (387)

SpectraStash (6)

SpectriPy (422)

SPEM (596)

SPIA (1583)

SPIAT (621)

SPICEY (381)

spicyR (742)

SpidermiR (243)

SpiecEasi (427)

spikeLI (569)

spiky (490)

spillR (409)

spkTools (653)

splatter (1278)

splicegear (276)

SpliceImpactR (310)

splicelogic (266)

spliceR (218)

spliceSites (206)

SpliceWiz (737)

SplicingFactory (443)

SplicingGraphs (886)

SplineDV (425)

splineTCDiffExpr (7)

splineTimeR (632)

SPLINTER (681)

splots (679)

SpNeigh (309)

SPONGE (822)

spoon (396)

SpotClean (574)

SPOTlight (942)

spotSegmentation (191)

SpotSweeper (603)

spqn (575)

SPsimSeq (564)

SQLDataFrame (231)

SQUADD (242)

squallms (395)

sRACIPE (596)

SRAdb (1049)

sRAP (173)

SRGnet (116)

srnadiff (662)

sscore (398)

sscu (611)

sSeq (665)

ssize (600)

sSNAPPY (581)

SSPA (366)

ssPATHS (548)

ssrch (479)

ssviz (637)

StabMap (448)

STADyUM (368)

stageR (805)

stam (83)

STAN (288)

standR (676)

staRank (274)

StarBioTrek (271)

staRgate (364)

Starr (303)

STATegRa (907)

StatescopeR (354)

Statial (557)

statTarget (732)

STdeconvolve (152)

stepNorm (624)

stepwiseCM (140)

stJoincount (350)

stPipe (465)

strandCheckR (611)

Streamer (426)

STRINGdb (4170)

STROMA4 (269)

struct (677)

Structstrings (622)

structToolbox (652)

StructuralVariantAnnotation (728)

SubCellBarCode (573)

subSeq (762)

SUITOR (417)

SummarizedBenchmark (278)

SummarizedExperiment (51426)

Summix (372)

SuperCellCyto (426)

supersigs (497)

supraHex (497)

surfaltr (543)

SurfR (431)

survClust (363)

survcomp (2219)

survtype (486)

Sushi (323)

sva (10538)

svaNUMT (552)

SVAPLSseq (136)

svaRetro (591)

SVM2CRM (149)

SVMDO (387)

SVP (441)

SwarnSeq (12)

SWATH2stats (612)

SwathXtend (366)

swfdr (581)

SwimR (185)

switchBox (541)

switchde (589)

synapsis (518)

synapter (517)

synergyfinder (698)

SynExtend (552)

synlet (538)

SynMut (470)

syntenet (636)

systemPipeR (2170)

systemPipeShiny (581)

systemPipeTools (523)

T

tadar (476)

TADCompare (535)

tanggle (534)

TAPseq (661)

target (627)

TargetDecoy (547)

TargetScore (634)

TargetSearch (639)

TarSeqQC (267)

TaxSEA (387)

TBSignatureProfiler (687)

TCC (939)

TCGAbiolinks (6553)

TCGAbiolinksGUI (147)

TCGAutils (1449)

TCseq (998)

TDARACNE (260)

TDbasedUFE (444)

TDbasedUFEadv (469)

TEKRABber (550)

TENET (433)

TENxIO (669)

tenXplore (667)

TEQC (780)

terapadog (365)

ternarynet (548)

terraTCGAdata (443)

TFARM (526)

TFBSTools (4382)

TFEA.ChIP (857)

TFHAZ (726)

TFutils (822)

TiDEomics (125)

tidybulk (896)

tidyCoverage (494)

tidyexposomics (402)

tidyFlowCore (387)

tidyomics (377)

tidyprint (285)

tidysbml (332)

tidySingleCellExperiment (826)

tidySpatialExperiment (541)

tidySummarizedExperiment (704)

tidytof (76)

tigre (787)

TileDBArray (531)

tilingArray (970)

timecourse (881)

timeOmics (576)

timescape (416)

TimeSeriesExperiment (148)

TimiRGeN (174)

TIN (734)

TissueEnrich (766)

TitanCNA (451)

tkWidgets (2507)

tLOH (404)

TMixClust (584)

TMSig (442)

TNBC.CMS (182)

TnT (597)

TOAST (1221)

tofsims (160)

tomoda (526)

tomoseqr (468)

TOP (440)

ToPASeq (174)

topconfects (706)

topdownr (668)

topGO (2974)

toppgene (178)

ToxicoGx (700)

TPP (891)

TPP2D (583)

tpSVG (436)

tracktables (759)

trackViewer (1444)

tradeSeq (2076)

TraianProt (80)

TrajectoryGeometry (381)

TrajectoryUtils (4174)

transcriptogramer (747)

transcriptR (785)

transformGamPoi (539)

transite (457)

tRanslatome (747)

transmogR (459)

transomics2cytoscape (460)

TransView (547)

TraRe (101)

traseR (853)

Travel (39)

traviz (181)

TreeAndLeaf (633)

treeclimbR (435)

treeio (30763)

treekoR (615)

TreeSummarizedExperiment (3256)

TREG (521)

trena (292)

TReNA (16)

Trendy (633)

TRESS (554)

tricycle (955)

TrIdent (331)

triform (191)

trigger (368)

trio (691)

triplex (806)

tripr (571)

tRNA (697)

tRNAdbImport (582)

tRNAscanImport (637)

TRONCO (807)

TSAR (404)

TSCAN (1148)

tscR (130)

TSENAT (97)

tspair (279)

TSRchitect (226)

TSSi (207)

TSSr (4)

ttgsea (403)

TTMap (639)

TurboNorm (771)

TVTB (729)

tweeDEseq (682)

twilight (793)

twoddpcr (662)

txcutr (505)

txdbmaker (5571)

tximeta (2275)

tximport (5400)

TxRegInfra (93)

TypeInfo (325)

U

UCell (3430)

UCSC.utils (25756)

Ularcirc (647)

UMI4Cats (675)

uncoverappLib (601)

UNDO (691)

unifiedWMWqPCR (592)

UniProt.ws (1421)

Uniquorn (700)

universalmotif (1909)

updateObject (531)

UPDhmm (426)

uSORT (682)

V

VAExprs (457)

VanillaICE (1049)

VarCon (576)

variancePartition (2808)

VariantAnnotation (9559)

VariantExperiment (300)

VariantFiltering (936)

VariantTools (847)

vasp (46)

VaSP (647)

vbmp (754)

VCFArray (624)

VDJdive (432)

Vega (174)

VegaMC (729)

velociraptor (651)

veloviz (420)

VennDetail (632)

VERSO (450)

vidger (766)

viper (1846)

virtualArray (57)

ViSEAGO (807)

VisiumIO (597)

visiumStitched (448)

vissE (585)

VISTA (258)

vmrseq (423)

Voyager (697)

VplotR (676)

vsclust (548)

vsn (7123)

vtpnet (613)

vulcan (554)

W

waddR (293)

wateRmelon (1483)

wavClusteR (751)

waveTiling (248)

wavFeatExt (244)

weaver (554)

webbioc (778)

weitrix (806)

widgetInvoke (32)

widgetTools (2392)

wiggleplotr (700)

wpm (552)

wppi (332)

Wrench (2421)

wSIR (83)

X

XAItest (374)

XBSeq (255)

xCell2 (559)

XCIR (64)

xcms (3164)

xcore (562)

XDE (886)

XeniumIO (374)

xenLite (449)

Xeva (585)

XINA (530)

xmapbridge (578)

xmapcore (44)

XNAString (227)

xps (291)

XVector (61699)

Y

y2hStat (47)

yamss (723)

YAPSA (819)

yaqcaffy (372)

yarn (773)

Z

ZarrArray (259)

zellkonverter (3980)

zenith (654)

zFPKM (548)

zinbwave (1387)

zitools (405)

zlibbioc (21220)

ZygosityPredictor (456)