Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-12-22 10:37:15 -0800 (Mon, 22 Dec 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (147717)
2BiocGenerics (112515)
3Biobase (103682)
4IRanges (103620)
5AnnotationDbi (91451)
6zlibbioc (69260)
7limma (65332)
8Biostrings (60758)
9GenomicRanges (58703)
10annotate (53986)
11GenomeInfoDb (53735)
12XVector (53387)
13genefilter (47664)
14Rsamtools (47103)
15biomaRt (44817)
16rtracklayer (42973)
17graph (42529)
18affy (40243)
19GenomicFeatures (40145)
20preprocessCore (39458)
21BSgenome (37711)
22affyio (35529)
23geneplotter (31240)
24edgeR (30200)
25multtest (28319)
26GenomicAlignments (27649)
27BiocParallel (27594)
28RBGL (26238)
29GEOquery (23915)
30DESeq (23907)
31Rgraphviz (23385)
32impute (22750)
33DESeq2 (22136)
34biovizBase (21505)
35S4Vectors (20468)
36VariantAnnotation (20134)
37gcrma (17706)
38ShortRead (17012)
39qvalue (15999)
40Gviz (15639)
41rhdf5 (15494)
42vsn (15326)
43GSEABase (15049)
44AnnotationForge (14400)
45cummeRbund (13989)
46Category (13850)
47affyPLM (13669)
48GOstats (12876)
49mzR (12710)
50flowCore (12500)
51siggenes (12312)
52xcms (12129)
53ggbio (11932)
54simpleaffy (11657)
55marray (10928)
56illuminaio (10919)
57DNAcopy (10878)
58oligoClasses (10766)
59affxparser (10706)
60oligo (10105)
61minfi (9743)
62annaffy (9573)
63lumi (9134)
64topGO (9000)
65bumphunter (8610)
66methylumi (8516)
67EBImage (8464)
68DynDoc (8179)
69sva (7923)
70KEGGREST (7650)
71DEXSeq (7580)
72KEGGgraph (7085)
73pcaMethods (7052)
74beadarray (6899)
75widgetTools (6870)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201424698534951
All months2847408827349

A

a4 (2413)
a4Base (2572)
a4Classif (2404)
a4Core (2568)
a4Preproc (2582)
a4Reporting (2389)
ABarray (2304)
ABSSeq (1399)
acepack (1)
aCGH (3118)
ACME (2284)
ADaCGH2 (2176)
adSplit (2144)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10706)
affy (40243)
affycomp (3227)
AffyCompatible (2448)
affyContam (2217)
affycoretools (5704)
affydata (2)
AffyExpress (2415)
affyILM (2123)
affyio (35529)
affylmGUI (3364)
affyPara (2136)
affypdnn (2548)
affyPLM (13669)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6244)
AffyRNADegradation (2126)
AffyTiling (2264)
AGDEX (2053)
Agi4x44PreProcess (1254)
agilp (2465)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2640)
AIMS (14)
ALDEx2 (339)
AllelicImbalance (1847)
alsace (1307)
altcdfenvs (2210)
ampliQueso (1754)
annaffy (9573)
AnnBuilder (36)
annmap (1013)
annotate (53986)
annotation (255)
AnnotationDbi (91451)
AnnotationForge (14400)
AnnotationFuncs (2228)
AnnotationHub (3261)
annotationTools (2849)
anota (2192)
antiProfiles (1976)
apcluster (1)
apComplex (2281)
aroma.light (5386)
ArrayExpress (4756)
ArrayExpressHTS (1269)
arrayMagic (16)
arrayMvout (2069)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2784)
arrayQualityMetrics (5446)
arrays (428)
ArrayTools (2533)
ArrayTV (1851)
ARRmNormalization (1835)
ASEB (1945)
ASGSCA (313)
asmn (1346)
ASSET (1734)
ASSIGN (1286)
AtlasRDF (1344)
attract (2035)

B

BAC (1977)
BADER (1924)
BAGS (1712)
ballgown (468)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1889)
Basic4Cseq (1448)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3041)
baySeq (4544)
BBmisc (1)
bcellViper (3)
BCRANK (2299)
beadarray (6899)
beadarraySNP (2234)
BeadDataPackR (6256)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1292)
betr (2152)
bgafun (2069)
BGmix (1126)
bgx (2028)
BHC (2482)
BicARE (2074)
BiGGR (1806)
bigmemoryExtras (1186)
bioassayR (2081)
Biobase (103682)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2076)
BiocCheck (1783)
biocDatasets (37)
BiocGenerics (112515)
biocGraph (2214)
BiocInstaller (147717)
biocinstaller (3)
BiocParallel (27594)
BiocStyle (4405)
biocViews (3025)
bioDist (4637)
biomaRt (44817)
BioMVCClass (2253)
biomvRCNS (1793)
BioNet (3370)
BioSeqClass (2096)
Biostrings (60758)
biosvd (1319)
biovizbase (1)
biovizBase (21505)
BiRewire (1774)
birta (1958)
BiSeq (2338)
bitops (1)
BitSeq (2514)
blima (400)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2260)
BrainStars (1967)
brew (1)
bridge (2010)
BridgeDbR (314)
BSgenome (37711)
bsseq (2660)
BufferedMatrix (2022)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1965)
bumphunter (8610)
BUS (1874)

C

CAFE (1280)
CAGEr (2031)
CALIB (1886)
CAMERA (3479)
cancerclass (1871)
CancerMutationAnalysis (1953)
casper (1849)
Category (13850)
categoryCompare (1887)
ccrepe (1277)
cellGrowth (1855)
cellhts (1)
cellHTS (1962)
cellHTS2 (2942)
CellNOptR (2276)
CexoR (1683)
CFAssay (302)
CGEN (2021)
CGHbase (2543)
CGHcall (2416)
cghcall (1)
cghMCR (1988)
CGHnormaliter (1883)
CGHregions (1954)
ChAMP (2941)
charm (2167)
checkmate (1)
ChemmineOB (2382)
ChemmineR (3602)
chemminer (3)
chimera (2801)
chipenrich (1659)
ChIPpeakAnno (5989)
ChIPQC (1474)
ChIPseeker (1755)
chipseq (4057)
ChIPseqR (2078)
ChIPsim (2036)
ChIPXpress (1004)
chopsticks (2144)
chroGPS (1805)
ChromHeatMap (1978)
ChromoViz (1)
cisPath (1782)
ClassifyR (323)
cleanUpdTSeq (1573)
cleaver (1987)
clippda (1814)
clipper (1974)
Clomial (1200)
Clonality (1832)
clonotypeR (1574)
clst (1789)
clstutils (1741)
clusterProfiler (3512)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2088)
CMA (2558)
cn.farms (1821)
cn.mops (3159)
cnanorm (1)
CNAnorm (1937)
CNEr (1446)
CNORdt (1756)
CNORfeeder (1688)
CNORfuzzy (1769)
CNORode (1792)
CNTools (2193)
cnvGSA (1792)
CNVrd2 (1623)
CNVtools (2012)
cnvtools (1)
cobindR (1584)
CoCiteStats (1960)
codelink (1905)
CoGAPS (686)
coGPS (1708)
COHCAP (1387)
colorspace (1)
COMPASS (1226)
compcodeR (1399)
compEpiTools (326)
CompGO (1238)
ConsensusClusterPlus (3110)
convert (3135)
copa (2007)
COPDSexualDimorphism (1162)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2045)
CopyNumber450k (1228)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (300)
Cormotif (1729)
CorMut (1778)
coRNAi (1771)
CORREP (1841)
cosmiq (350)
cosmo (156)
cosmoGUI (188)
COSNet (284)
CoverageView (771)
cpvSNP (1)
cqn (2512)
CRImage (2062)
CRISPRseek (1432)
crlmm (3441)
CSAR (2241)
csaw (328)
CSSP (1580)
ctc (4430)
cummeRbund (13989)
cummerbund (1)
customProDB (1709)
cycle (1942)

D

dagLogo (1552)
dama (2)
daMA (1759)
DART (1750)
DASiR (1813)
DAVIDQuery (2415)
DBChIP (1947)
DBI (1)
ddCt (2309)
ddgraph (1834)
DECIPHER (2048)
DeconRNASeq (1786)
DEDS (1837)
deepSNV (1967)
DEGraph (2076)
DEGreport (344)
DEGseq (3833)
degseq (1)
deltaGseg (1612)
derfinder (363)
derfinderData (4)
derfinderHelper (361)
derfinderPlot (318)
DESeq (23907)
DESeq2 (22136)
DEXSeq (7580)
dexus (1756)
DFP (1750)
dichromat (1)
DiffBind (3978)
diffGeneAnalysis (1957)
digest (1)
DirichletMultinomial (2153)
dks (1710)
DMRcate (1347)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1198)
DNAcopy (10878)
DNaseR (1666)
domainsignatures (1916)
DOQTL (394)
DOSE (3871)
DriverNet (1743)
DrugVsDisease (1770)
DSS (2124)
DTA (1725)
dualKS (1427)
DupChecker (329)
dyebias (1783)
DynDoc (8179)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1915)
easyRNASeq (4557)
EBarrays (2512)
EBcoexpress (1863)
EBImage (8464)
EBSeq (3463)
EBSeqHMM (293)
ecolitk (1861)
EDASeq (3218)
edd (50)
EDDA (1273)
edger (1)
edgeR (30200)
eiR (1024)
eisa (2217)
ELBOW (1194)
EnrichmentBrowser (310)
ensemblVEP (2453)
ENVISIONQuery (1794)
epigenomix (1729)
epivizr (1846)
eQTL (33)
erccdashboard (328)
ExiMiR (1859)
exomeCopy (2409)
exomePeak (1681)
exonfindR (255)
exonmap (113)
explorase (1394)
ExpressionView (1822)
expressionview (1)
externalVector (295)

F

fabia (2364)
facopy (279)
facopy.annot (5)
factDesign (2061)
fail (1)
farms (1983)
fastLiquidAssociation (1066)
fastseg (1819)
fbat (34)
fdrame (1877)
FEM (294)
ffpe (1754)
FGNet (1804)
flagme (1879)
flipflop (1580)
flowBeads (1555)
flowBin (1213)
flowcatchR (293)
flowCHIC (293)
flowCL (1184)
flowClean (347)
flowClust (2951)
flowCore (12500)
flowCyBar (1179)
flowDensity (387)
flowFit (1567)
flowFlowJo (1936)
flowFP (2044)
flowMap (1604)
flowMatch (1211)
flowMeans (2299)
flowMerge (2131)
flowPeaks (1887)
flowPhyto (1742)
flowPlots (1853)
flowq (1)
flowQ (1466)
flowQB (1697)
FlowSOM (4)
flowStats (4047)
flowTrans (1949)
flowType (2006)
flowUtils (2187)
flowViz (5831)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5055)
fmcsR (2343)
focalCall (282)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (314)
FRGEpistasis (1156)
frma (2778)
frmaTools (1991)
FunciSNP (1957)

G

gaga (1964)
gage (4700)
gaggle (1783)
gaia (1742)
gaucho (1168)
gCMAP (1834)
gCMAPWeb (1655)
gcrma (17706)
geecc (278)
genArise (1759)
GENE.E (2019)
gene2pathway (221)
GeneAnswers (3925)
GeneExpressionSignature (1849)
genefilter (47664)
genefu (2370)
GeneGA (1085)
GeneGroupAnalysis (260)
GeneMeta (2324)
GeneNetworkBuilder (1821)
GeneOverlap (1277)
geneplotter (31240)
GeneR (70)
geneRecommender (2045)
GeneRegionScan (1755)
generegulation (90)
GeneRfold (34)
geneRxCluster (1196)
GeneSelectMMD (1791)
GeneSelector (2113)
GeneSpring (31)
geNetClassifier (1720)
GeneticsBase (29)
GeneticsDesign (1858)
GeneticsPed (2043)
GeneTraffic (66)
GeneTS (4)
genoCN (1792)
genomation (15)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3872)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (53735)
genomeIntervals (4667)
genomes (2042)
GenomicAlignments (27649)
GenomicFeatures (40145)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1407)
GenomicInteractions (295)
GenomicRanges (58703)
GenomicTuples (318)
Genominator (2277)
genoset (2689)
GenoView (284)
GEOmetadb (2899)
GEOquery (23915)
geoquery (1)
GEOsubmission (1786)
GEWIST (1680)
gff3Plotter (4)
GGBase (3366)
ggbio (11932)
GGtools (2569)
girafe (2083)
GLAD (2655)
GlobalAncova (2253)
globaltest (4365)
gmapR (1117)
GOexpress (339)
gofunction (1)
GOFunction (2090)
goProfiles (2371)
goprofiles (2)
GOSemSim (4805)
gosemsim (1)
goseq (5011)
GOSim (2175)
gostats (1)
GOstats (12876)
GOsummaries (374)
GOTHiC (1216)
goTools (2494)
gpls (2629)
gprege (1681)
gQTLBase (3)
gQTLstats (3)
graph (42529)
GraphAlignment (1807)
GraphAT (1787)
graphite (3160)
GraphPAC (1625)
GRENITS (1884)
groHMM (299)
GSAR (370)
GSBenchMark (4)
GSCA (1185)
gseabase (1)
GSEABase (15049)
GSEAlm (2385)
GSReg (298)
GSRI (1791)
GSVA (2632)
Gviz (15639)
gwascat (2098)
GWASTools (3196)

H

h5vc (1768)
hapFabia (1731)
Harshlight (1818)
HCsnip (1633)
HDTD (336)
Heatplus (6689)
HELP (1778)
HEM (1736)
hexbin (193)
hiAnnotator (356)
highthroughputassays (23)
HilbertVis (3032)
HilbertVisGUI (1560)
hiReadsProcessor (288)
HiTC (1886)
Hmisc (1)
HMMcopy (1956)
hopach (3167)
hpar (1907)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2929)
HTSanalyzeR (2240)
HTSeqGenie (443)
htseqtools (2)
htSeqTools (2066)
HTSFilter (1933)
HybridMTest (1689)
hyperdraw (2001)
hypergraph (2558)

I

iASeq (1924)
iBBiG (1745)
ibh (1667)
iBMQ (1611)
Icens (3427)
iChip (1741)
iClusterPlus (4490)
IdeoViz (285)
idiogram (1826)
IdMappingAnalysis (1670)
IdMappingRetrieval (1701)
iFlow (237)
illuminaio (10919)
imageHTS (1895)
IMPCdata (266)
impute (22750)
INPower (1129)
inSilicoDb (2525)
inSilicoMerging (2402)
intansv (1647)
interactiveDisplay (2851)
interactiveDisplayBase (899)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (16)
inveRsion (1679)
inversion (1)
iontree (1688)
iPAC (1753)
IPPD (1905)
IRanges (103620)
iranges (1)
iSeq (1761)
isobar (2138)
IsoGeneGUI (1768)
iSPlot (2)
ITALICS (1739)
iterativeBMA (1744)
iterativeBMAsurv (1754)
iterators (1)

J

jmosaics (1628)
joda (1708)

K

KCsmart (1759)
kebabs (330)
KEGGgraph (7085)
keggorth (19)
keggorthology (2034)
KEGGprofile (2231)
KEGGREST (7650)
KEGGSOAP (513)

L

labeling (1)
lapmix (1863)
latticeExtra (1)
LBE (2041)
les (1792)
limma (65332)
limmaGUI (3088)
LiquidAssociation (1767)
liquidassociation (1)
lmdme (1718)
LMGene (2035)
logicFS (2354)
logitt (1)
logitT (1795)
lol (1737)
LPE (2180)
LPEadj (1733)
lpNet (1679)
lumi (9134)
LVSmiRNA (1861)

M

M3D (301)
maanova (2533)
macat (1768)
maCorrPlot (1716)
maDB (448)
madb (1)
made4 (4305)
maigesPack (1758)
MAIT (331)
makecdfenv (3459)
makePlatformDesign (40)
MANOR (1749)
manta (1730)
MantelCorr (1751)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1519)
marray (10928)
maSigPro (2740)
maskBAD (1654)
MassArray (1851)
massiR (1163)
MassSpecWavelet (3257)
matchBox (1688)
matchprobes (111)
MBAmethyl (272)
MBASED (304)
MBCB (1775)
mBPCR (1726)
mcaGUI (1758)
MCRestimate (1950)
mdgsa (5)
mdqc (1967)
MeasurementError.cor (1666)
MEDIPS (2546)
MEDME (1773)
MEIGOR (293)
MergeMaid (2449)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1339)
meshr (1203)
messina (1146)
metaArray (2392)
Metab (300)
metabomxtr (280)
metagene (295)
metagenomeSeq (2654)
metahdep (1693)
metaMS (1274)
metaMSdata (3)
metaSeq (1567)
metaseqR (1230)
methVisual (1839)
methyAnalysis (2475)
MethylAid (361)
MethylMix (282)
methylMnM (1573)
methylPipe (391)
MethylSeekR (1827)
methylumi (8516)
Mfuzz (3775)
mfuzz (1)
MGFM (280)
mgsa (1917)
MiChip (1692)
microRNA (2526)
MIMOSA (1178)
MineICA (1640)
minet (4211)
minfi (9743)
MinimumDistance (1695)
MiPP (1745)
MiRaGE (1714)
miRNApath (2023)
miRNAtap (295)
Mirsynergy (1199)
missMethyl (352)
mitoODE (1442)
MLInterfaces (3158)
MLP (1787)
MLSeq (1282)
MMDiff (1719)
mmnet (1265)
MmPalateMiRNA (1796)
monocle (538)
MoPS (316)
mosaics (2115)
MotifDb (3068)
motifRG (1828)
motifStack (2851)
MotIV (3127)
MPFE (266)
mQTL.NMR (294)
MSGFgui (315)
MSGFplus (319)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1551)
msmsTests (1511)
MSnbase (3627)
MSnID (311)
msQC (55)
MSstats (1959)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1807)
MultiMed (279)
multiscan (1692)
multtest (28319)
munsell (1)
MVCClass (1864)
mvGST (285)
mygene (358)
mzID (2354)
mzR (12710)

N

NarrowPeaks (1752)
ncdfFlow (4407)
NCIgraph (2142)
neaGUI (1626)
nem (1844)
netbiov (316)
nethet (3)
NetPathMiner (1221)
netresponse (1731)
NetSAM (1612)
networkBMA (1697)
NGScopy (277)
NGScopyData (4)
nnNorm (1720)
NOISeq (3437)
nondetects (1173)
NormqPCR (2156)
npGSEA (1208)
NTW (1689)
nucleR (1834)
nucler (1)
nudge (1677)
NuPoP (1742)

O

occugene (1778)
OCplus (1928)
oligo (10105)
oligoClasses (10766)
oligoclasses (1)
OLIN (1831)
OLINgui (1702)
omicade4 (1715)
OmicCircos (2188)
OncoSimulR (219)
oneChannelGUI (2549)
ontoCAT (1897)
ontoTools (46)
openCyto (1798)
oposSOM (360)
OrderedList (2670)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (4733)
OSAT (1667)
OTUbase (1865)
OutlierD (1838)

P

PAA (286)
PADOG (1701)
paircompviz (1526)
pairseqsim (6)
pamr (52)
PAnnBuilder (1867)
panp (1933)
PANR (1670)
PAPi (1670)
parody (2225)
pathifier (1552)
PathNet (1652)
pathRender (1878)
pathview (5657)
PatientGeneSets (66)
paxtoolsr (328)
Pbase (306)
pcaGoPromoter (2056)
pcaMethods (7052)
pcot2 (1716)
PCpheno (1712)
pdInfoBuilder (2597)
pdmclass (1785)
PECA (1263)
pepDat (4)
pepStat (277)
pepXMLTab (268)
PGSEA (2405)
pgUtils (568)
phenoDist (1620)
phenoTest (1868)
PhenStat (1201)
phyloseq (5243)
piano (2700)
pickgene (1714)
PICS (2437)
PING (1799)
pint (1764)
pkgDepTools (2029)
plateCore (1769)
plethy (1526)
plgem (1739)
plier (3097)
PLPE (1830)
plrs (1600)
plw (1697)
plyr (1)
polyester (323)
Polyfit (306)
ppiStats (1832)
prada (3566)
prebs (1634)
PREDA (1732)
predictionet (1006)
preprocessCore (39458)
proBAMr (227)
PROcess (2329)
procoil (1659)
ProCoNA (1539)
pRoloc (1755)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (336)
PROMISE (1724)
PROPER (1)
prot2D (1591)
proteinProfiles (1530)
proteoQC (320)
PSEA (275)
PSICQUIC (1756)
puma (2052)
pvac (1742)
pvca (1831)
Pviz (322)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2095)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1440)
QDNAseq (1326)
qpcrNorm (1844)
qpgraph (2848)
qrqc (2105)
QUALIFIER (1578)
quantro (297)
quantsmooth (3655)
QuartPAC (1)
QuasR (4061)
qusage (1537)
qvalue (15999)

R

r3Cseq (1807)
R453Plus1Toolbox (1805)
rain (290)
rama (1912)
RamiGO (2305)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1669)
RankProd (4289)
Rariant (1163)
RbcBook1 (1867)
RBGL (26238)
rbioinf (1)
RBioinf (1891)
rBiopaxParser (1862)
Rbowtie (4002)
rbsurv (1830)
Rcade (1656)
RCASPAR (1690)
Rchemcpp (1554)
RchyOptimyx (1821)
RColorBrewer (1)
Rcpi (1875)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4117)
RDAVIDWebService (2429)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (28)
Rdisop (2170)
RDRToolbox (2229)
ReactomePA (2714)
ReadqPCR (2218)
reb (1704)
RedeR (2335)
REDseq (1911)
RefNet (1154)
RefNet.db (3)
RefPlus (1759)
regionReport (284)
Repitools (3095)
ReportingTools (5781)
ReQON (1716)
Resourcerer (1507)
rflowcyt (34)
rfPred (1508)
rGADEM (3492)
RGalaxy (1802)
Rgraphviz (23385)
RGSEA (339)
rgsepd (3)
rhdf5 (15494)
rHVDM (1673)
riboSeq (48)
riboSeqR (287)
ringo (1)
Ringo (3548)
Rintact (23)
RIPSeeker (1848)
Risa (1746)
RLMM (1693)
RMAGEML (10)
rmagpie (1)
Rmagpie (1722)
RMAPPER (1455)
RMassBank (1810)
rMAT (1098)
RmiR (2043)
RNAinteract (1730)
RNAither (1809)
rnaither (1)
rnaseqGene (70)
rnaSeqMap (1881)
RNASeqPower (1898)
RnaSeqSampleSizeData (4)
Rnits (281)
roar (1205)
ROC (5390)
Roleswitch (1529)
Rolexa (1816)
rols (1977)
ROntoTools (1733)
RPA (1944)
RpsiXML (1997)
rpx (1401)
Rqc (301)
rqubic (1732)
rRDP (276)
rRDPData (5)
Rredland (6)
RRHO (1641)
rsamtools (3)
Rsamtools (47103)
rsbml (2246)
rSFFreader (1001)
RSNPper (14)
RSQLite (1)
Rsubread (3492)
RSVSim (1682)
rTANDEM (2071)
RTCA (1778)
RTN (1702)
RTools4TB (27)
RTopper (1726)
rtracklayer (42973)
Rtreemix (1736)
rTRM (1598)
rTRMui (1516)
Ruuid (63)
RUVnormalize (302)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (700)
RWebServices (372)

S

S4Vectors (20468)
safe (2056)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1735)
SAGx (2135)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1842)
sangerseqR (1425)
SANTA (1577)
sapFinder (1192)
saps (6)
savR (1101)
SBMLR (1816)
scales (1)
SCAN.UPC (2106)
ScISI (1874)
scsR (1109)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
segmentSeq (1825)
SemDist (279)
SemSim (18)
sendmailR (1)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1773)
seqbias (1890)
seqCNA (1564)
SeqGSEA (2429)
seqLogo (6342)
Seqnames (31)
seqplots (342)
seqTools (304)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (29)
SeqVarTools (1564)
SGSeq (284)
shinyMethyl (392)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1558)
ShortRead (17012)
sigaR (1752)
SigCheck (283)
SigFuge (1544)
siggenes (12312)
sigPathway (2306)
SIM (1761)
SimBindProfiles (1455)
simpleaffy (11657)
simulatorAPMS (46)
simulatorZ (274)
sizepower (2101)
SJava (457)
SLGI (1739)
slgi (1)
SLqPCR (2085)
SMAP (1704)
SNAGEE (1538)
snapCGH (2265)
snm (1976)
SNPchip (3415)
snpMatrix (267)
SNPRelate (559)
snpStats (5906)
SomatiCA (1663)
SomaticSignatures (1444)
SpacePAC (1487)
spade (2368)
specL (291)
SpeCond (1746)
SPEM (1536)
SPIA (3224)
spikeLI (1654)
spkTools (1645)
splicegear (1724)
spliceR (2139)
spliceSites (1500)
SplicingGraphs (1702)
splots (2941)
spotSegmentation (1853)
SQUADD (1605)
SRAdb (3985)
sRAP (1739)
sscore (1659)
sSeq (1523)
ssize (2124)
SSPA (1882)
ssviz (333)
stam (10)
STAN (295)
staRank (1614)
Starr (1868)
STATegRa (288)
stepNorm (1678)
stepwiseCM (1645)
Streamer (1886)
STRINGdb (1897)
stringr (1)
StudentGWAS (4)
supraHex (1714)
survcomp (3850)
Sushi (1485)
sva (7923)
SwimR (1418)
switchBox (282)
synapter (1894)
systemPipeR (431)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1548)
TargetSearch (1813)
TCC (2130)
TDARACNE (1836)
TEQC (1886)
ternarynet (1620)
tfbstools (1)
TFBSTools (2054)
tigre (1819)
tilingArray (2495)
timecourse (2213)
TitanCNA (1231)
tkWidgets (6850)
ToPASeq (298)
topGO (9000)
tracktables (279)
trackViewer (1310)
tRanslatome (1659)
TransView (1707)
triform (1601)
trigger (1708)
trio (1740)
triplex (1639)
TRONCO (2)
TSCAN (272)
tspair (1855)
TSSi (1725)
TurboNorm (1746)
tweeDEseq (2017)
twilight (2785)
typeinfo (1)
TypeInfo (1719)

U

UNDO (1148)
unifiedWMWqPCR (1152)
UniProt.ws (2199)

V

VanillaICE (2034)
VariantAnnotation (20134)
VariantFiltering (1389)
variants (155)
VariantTools (1013)
vbmp (2153)
Vega (1695)
VegaMC (1713)
viper (1184)
virtualArray (2097)
vsn (15326)
vtpnet (1522)

W

wateRmelon (3416)
wavClusteR (365)
waveTiling (1630)
weaver (2223)
webbioc (1796)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6870)

X

xcms (12129)
XDE (1725)
xmapbridge (1680)
xmapcore (215)
XML (1)
xps (2579)
XVector (53387)

Y

yaqcaffy (2031)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (69260)