Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-04-24 07:31:11 -0400 (Tue, 24 Apr 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (30738)
2BiocGenerics (23999)
3IRanges (21739)
4S4Vectors (21524)
5Biobase (19955)
6AnnotationDbi (18226)
7zlibbioc (16373)
8GenomicRanges (15749)
9limma (14962)
10XVector (14720)
11GenomeInfoDb (13607)
12Biostrings (13386)
13BiocParallel (13150)
14SummarizedExperiment (12588)
15annotate (10218)
16GenomicAlignments (9961)
17biomaRt (9923)
18Rsamtools (9907)
19rtracklayer (9896)
20genefilter (9398)
21GenomicFeatures (8897)
22graph (8481)
23DelayedArray (8432)
24edgeR (7770)
25preprocessCore (7361)
26DESeq2 (7134)
27geneplotter (6920)
28affy (5842)
29BSgenome (5760)
30affyio (5480)
31rhdf5 (5180)
32RBGL (5055)
33multtest (4963)
34Rgraphviz (4921)
35VariantAnnotation (4811)
36impute (4547)
37AnnotationHub (4185)
38qvalue (4151)
39GEOquery (3936)
40ShortRead (3848)
41ensembldb (3627)
42interactiveDisplayBase (3511)
43DNAcopy (3370)
44ProtGenerics (3173)
45GSEABase (3157)
46DESeq (3088)
47biovizBase (3030)
48sva (2703)
49Gviz (2678)
50KEGGREST (2628)
51vsn (2558)
52GOSemSim (2333)
53AnnotationFilter (2315)
54AnnotationForge (2289)
55Category (2262)
56clusterProfiler (2257)
57fgsea (2256)
58DOSE (2244)
59pcaMethods (2163)
60OrganismDbi (2079)
61topGO (2066)
62EBImage (2005)
63GOstats (1999)
64BiocStyle (1938)
65ComplexHeatmap (1925)
66pathview (1920)
67phyloseq (1915)
68KEGGgraph (1892)
69tximport (1753)
70Rsubread (1734)
71illuminaio (1724)
72ggbio (1689)
73gcrma (1667)
74aroma.light (1632)
75biomformat (1600)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (135)
a4Base (161)
a4Classif (129)
a4Core (176)
a4Preproc (166)
a4Reporting (132)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (117)
ABarray (128)
ABSSeq (132)
acde (108)
aCGH (202)
ACME (134)
ADaCGH2 (112)
adaptest (0)
adSplit (112)
affxparser (1308)
affy (5842)
affycomp (202)
AffyCompatible (123)
affyContam (118)
affycoretools (463)
affydata (1)
AffyExpress (123)
affyILM (109)
affyio (5480)
affylmGUI (177)
affyPara (117)
affypdnn (151)
affyPLM (1215)
affyqcreport (0)
affyQCReport (327)
AffyRNADegradation (113)
AffyTiling (16)
AGDEX (106)
Agi4x44PreProcess (9)
agilp (185)
AgiMicroRna (153)
agimicrorna (0)
AIMS (230)
ALDEx2 (166)
AllelicImbalance (119)
alpine (106)
alsace (106)
altcdfenvs (125)
AMOUNTAIN (98)
amplican (28)
ampliQueso (99)
AnalysisPageServer (101)
anamiR (98)
Anaquin (94)
AneuFinder (110)
ANF (26)
annaffy (527)
AnnBuilder (2)
annmap (87)
annotate (10218)
AnnotationDbi (18226)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (2315)
AnnotationForge (2289)
AnnotationFuncs (146)
AnnotationHub (4185)
AnnotationHubData (136)
annotationTools (159)
annotatr (154)
anota (115)
anota2seq (29)
antiProfiles (106)
apcluster (0)
apComplex (126)
apcomplex (0)
apeglm (96)
applera (1)
aroma.light (1632)
ArrayExpress (456)
ArrayExpressHTS (65)
arrayMagic (1)
arraymvout (0)
arrayMvout (104)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (144)
arrayQualityMetrics (460)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (169)
ArrayTV (105)
ARRmNormalization (106)
ASAFE (85)
ASEB (106)
ASGSCA (104)
ASICS (0)
asmn (2)
ASpli (120)
ASSET (107)
ASSIGN (105)
ATACseqQC (134)
AtlasRDF (86)
attract (105)
AUCell (56)

B

BaalChIP (91)
BAC (103)
bacon (111)
BADER (103)
BadRegionFinder (89)
BAGS (97)
ballgown (815)
bamsignals (180)
banocc (67)
basecallQC (75)
BaseSpaceR (124)
Basic4Cseq (110)
BASiCS (47)
BasicSTARRseq (91)
BatchQC (145)
BayesKnockdown (83)
BayesPeak (152)
baySeq (491)
BBCAnalyzer (94)
BCRANK (122)
bcSeq (5)
beachmat (460)
beadarray (640)
beadarraySNP (118)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (601)
BeadExplorer (1)
BEARscc (3)
BEAT (98)
BEclear (97)
betr (51)
bgafun (102)
BgeeDB (124)
BGmix (57)
bgx (100)
BHC (169)
BicARE (156)
BiFET (2)
BiGGR (111)
BigMatrix (0)
bigmelon (89)
bigmemoryExtras (87)
bim (1)
bioassayR (127)
biobase (0)
Biobase (19955)
biobroom (193)
bioCancer (99)
BiocCaseStudies (105)
BiocCheck (435)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (175)
BiocGenerics (23999)
biocGraph (193)
biocinstaller (1)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (30738)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (78)
BiocParallel (13150)
BiocSklearn (23)
BiocStyle (1938)
biocViews (687)
BiocWorkflowTools (101)
bioDist (305)
biomaRt (9923)
BioMedR (79)
biomformat (1600)
BioMVCClass (99)
biomvRCNS (101)
BioNet (291)
bionet (0)
BioNetStat (0)
BioQC (95)
BioSeqClass (116)
biosigner (104)
biostrings (0)
Biostrings (13386)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (97)
biotmle (75)
biovizBase (3030)
BiRewire (146)
birta (105)
birte (96)
BiSeq (184)
BitSeq (217)
blima (97)
BLMA (72)
bnbc (24)
BPRMeth (87)
BRAIN (184)
BrainStars (105)
branchpointer (68)
bridge (101)
BridgeDbR (117)
BrowserViz (85)
BrowserVizDemo (64)
BSgenome (5760)
bsseq (703)
BubbleTree (103)
BufferedMatrix (111)
BufferedMatrixMethods (106)
BUMHMM (69)
bumphunter (1536)
BUS (97)
BuxcoR (0)

C

CAFE (94)
CAGEr (145)
CALIB (111)
CAMERA (409)
canceR (99)
cancerclass (102)
CancerInSilico (83)
CancerMutationAnalysis (109)
CancerSubtypes (139)
CAnD (91)
caOmicsV (90)
Cardinal (136)
casper (104)
CATALYST (78)
Category (2262)
categoryCompare (87)
CausalR (100)
cbaf (25)
ccmap (97)
CCPROMISE (81)
ccrepe (107)
cellbaseR (69)
cellGrowth (104)
cellHTS (16)
cellHTS2 (226)
cellity (100)
CellMapper (88)
CellNOptR (146)
cellscape (84)
CellScore (2)
cellTree (110)
CEMiTool (48)
CexoR (100)
CFAssay (99)
CGEN (120)
CGHbase (211)
CGHcall (195)
cghMCR (164)
CGHnormaliter (102)
CGHregions (120)
ChAMP (409)
CHARGE (2)
charm (116)
ChemmineOB (193)
ChemmineR (439)
chemminer (0)
ChIC (0)
Chicago (110)
chimera (145)
chimeraviz (99)
ChIPanalyser (25)
ChIPComp (100)
chipenrich (127)
ChIPexoQual (71)
ChIPpeakAnno (705)
ChIPQC (228)
ChIPseeker (664)
chipseq (439)
ChIPseqR (155)
ChIPSeqSpike (3)
ChIPsim (150)
ChIPXpress (77)
chopsticks (301)
chroGPS (96)
chromDraw (96)
ChromHeatMap (120)
ChromoViz (1)
chromPlot (104)
chromstaR (91)
chromswitch (25)
chromVAR (33)
CHRONOS (99)
CINdex (81)
cisPath (103)
ClassifyR (108)
cleanUpdTSeq (96)
cleaver (200)
clippda (106)
clipper (145)
Clomial (100)
Clonality (102)
clonotypeR (100)
clst (105)
clstutils (94)
clustComp (87)
clusterExperiment (147)
ClusterJudge (25)
clusterProfiler (2257)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (71)
ClusterSignificance (97)
clusterStab (146)
CMA (167)
cn.farms (98)
cn.mops (216)
CNAnorm (121)
cnanorm (0)
CNEr (316)
CNORdt (103)
CNORfeeder (100)
CNORfuzzy (99)
CNORode (119)
CNPBayes (90)
CNTools (263)
cnvGSA (97)
CNVPanelizer (106)
CNVrd2 (99)
CNVtools (114)
cnvtools (0)
cobindR (93)
CoCiteStats (103)
codelink (106)
CODEX (147)
coexnet (32)
CoGAPS (108)
cogena (132)
coGPS (94)
COHCAP (112)
coMET (122)
COMPASS (107)
compcodeR (109)
compEpiTools (117)
CompGO (107)
ComplexHeatmap (1925)
CONFESS (83)
ConsensusClusterPlus (1192)
consensusOV (29)
consensusSeekeR (90)
contiBAIT (83)
conumee (122)
convert (204)
copa (102)
COPDSexualDimorphism (2)
copynumber (243)
CopyNumber450k (11)
CopywriteR (135)
CoRegNet (119)
Cormotif (99)
CorMut (98)
coRNAi (65)
CORREP (101)
coseq (85)
cosmiq (102)
cosmo (5)
cosmoGUI (3)
COSNet (93)
CountClust (126)
covEB (79)
CoverageView (110)
covRNA (79)
cpvSNP (91)
cqn (194)
CRImage (129)
CRISPRseek (148)
crisprseekplus (84)
CrispRVariants (118)
crlmm (201)
crossmeta (99)
CSAR (156)
csaw (245)
CSSP (110)
ctc (331)
CTDquerier (2)
ctsGE (91)
cummeRbund (1088)
cummerbund (0)
customProDB (140)
CVE (94)
cycle (98)
cydar (87)
CytoDx (0)
cytofkit (279)
cytolib (147)
CytoML (91)

D

dada2 (602)
dagLogo (91)
daMA (96)
DaMiRseq (75)
DAPAR (126)
DART (103)
DASC (21)
DASiR (10)
DAVIDQuery (13)
DBChIP (136)
dcGSA (80)
DChIPRep (97)
ddCt (154)
ddgraph (87)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (1)
debrowser (134)
DECIPHER (468)
DEComplexDisease (3)
DeconRNASeq (124)
decontam (0)
DEDS (120)
DeepBlueR (108)
deepSNV (127)
DEFormats (181)
DEGraph (103)
DEGreport (125)
DEGseq (299)
DelayedArray (8432)
DelayedMatrixStats (51)
deltaGseg (94)
DeMAND (98)
DEP (37)
derfinder (324)
derfinderHelper (268)
derfinderPlot (130)
DEScan2 (1)
deseq (0)
DESeq (3088)
DESeq2 (7134)
DEsingle (0)
destiny (673)
DEsubs (104)
DEXSeq (680)
dexus (107)
DFP (97)
DiffBind (623)
diffcoexp (1)
diffcyt (0)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (92)
diffHic (131)
DiffLogo (95)
diffloop (101)
diffuStats (30)
diggit (92)
Director (76)
DirichletMultinomial (320)
discordant (68)
dks (94)
DMCHMM (25)
DMRcaller (100)
DMRcate (463)
DMRforPairs (95)
DMRScan (65)
dmrseq (1)
DNABarcodes (110)
DNAcopy (3370)
DNaseR (3)
DNAshapeR (107)
domainsignatures (97)
DominoEffect (1)
doppelgangR (87)
DOQTL (119)
Doscheda (24)
DOSE (2244)
drawProteins (3)
DRIMSeq (119)
DriverNet (112)
DropletUtils (6)
DrugVsDisease (98)
dSimer (81)
DSS (508)
DTA (92)
dualKS (93)
DupChecker (91)
dupRadar (986)
dyebias (99)
DynDoc (574)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (150)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (212)
EBarrays (169)
EBcoexpress (100)
EBImage (2005)
EBSEA (81)
EBSeq (528)
EBSeqHMM (119)
ecolitk (100)
EDASeq (1348)
edd (3)
EDDA (99)
edge (143)
edger (0)
edgeR (7770)
eegc (83)
EGAD (97)
EGSEA (185)
eiR (60)
eisa (119)
ELBOW (87)
ELMER (228)
EMDomics (93)
EmpiricalBrownsMethod (98)
ENCODExplorer (114)
ENmix (133)
EnrichedHeatmap (147)
EnrichmentBrowser (212)
enrichplot (14)
ensembldb (3627)
ensemblVEP (145)
ENVISIONQuery (90)
EpiCluster (0)
EpiDISH (30)
epigenomix (103)
epiNEM (67)
epivizr (132)
epivizrChart (27)
epivizrData (114)
epivizrServer (114)
epivizrStandalone (95)
erccdashboard (117)
erma (184)
esATAC (40)
esetVis (82)
eudysbiome (82)
EventPointer (76)
EWCE (58)
ExiMiR (100)
exomeCopy (269)
exomecopy (0)
exomePeak (126)
exonfindR (0)
exonmap (8)
ExperimentHub (194)
ExperimentHubData (87)
explorase (84)
ExpressionAtlas (101)
ExpressionView (93)
exprExternal (1)
externalVector (3)

F

fabia (189)
facopy (87)
factDesign (107)
FamAgg (88)
farms (110)
fastLiquidAssociation (89)
fastseg (342)
fbat (2)
fCCAC (79)
fCI (89)
fdrame (99)
FELLA (1)
FEM (292)
ffpe (109)
FGNet (163)
fgsea (2256)
FindMyFriends (116)
FISHalyseR (91)
FitHiC (106)
flagme (96)
flipflop (104)
flowAI (123)
flowBeads (91)
flowBin (89)
flowcatchR (89)
flowCHIC (88)
flowCL (134)
flowClean (123)
flowClust (288)
flowCore (1207)
flowCyBar (92)
flowDensity (147)
flowFit (96)
flowFlowJo (6)
flowFP (115)
flowMap (95)
flowMatch (94)
flowMeans (198)
flowMerge (139)
flowPeaks (148)
flowPhyto (4)
flowPloidy (82)
flowPlots (96)
flowq (0)
flowQ (129)
flowQB (94)
FlowRepositoryR (93)
FlowSOM (317)
flowStats (322)
flowTime (62)
flowTrans (119)
flowType (121)
flowUtils (368)
flowViz (572)
flowVS (96)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (512)
fmcsR (188)
focalCall (89)
FourCSeq (107)
FRGEpistasis (95)
frma (244)
frmaTools (115)
FunChIP (76)
FunciSNP (113)
funtooNorm (64)

G

GA4GHclient (67)
GA4GHshiny (29)
gaga (105)
gage (898)
gaggle (90)
gaia (159)
GAprediction (76)
garfield (80)
GARS (1)
GateFinder (0)
gaucho (85)
gcapc (69)
gcatest (84)
gCMAP (78)
gCMAPWeb (64)
gCrisprTools (81)
gcrma (1667)
GDCRNATools (7)
gdsfmt (803)
geecc (83)
GEM (82)
genArise (101)
genbankr (138)
GENE.E (76)
gene2pathway (3)
GeneAnswers (162)
geneAttribution (77)
GeneBreak (85)
geneClassifiers (62)
GeneExpressionSignature (104)
genefilter (9398)
genefu (227)
GeneGA (77)
GeneGeneInteR (89)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (137)
GeneNetworkBuilder (101)
GeneOverlap (155)
geneplast (81)
geneplotter (6920)
GeneR (4)
geneRecommender (96)
GeneRegionScan (91)
GeneRfold (2)
geneRxCluster (84)
GeneSelectMMD (102)
GeneSelector (136)
GENESIS (155)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (1)
geNetClassifier (126)
GeneticsBase (2)
GeneticsDesign (124)
GeneticsPed (147)
GeneTraffic (2)
GeneTS (1)
geneXtendeR (86)
GENIE3 (90)
genoCN (96)
GenoGAM (89)
genomation (298)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (249)
GenomeInfoDb (13607)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (369)
genomeintervals (0)
genomes (119)
GenomicAlignments (9961)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (138)
GenomicFeatures (8897)
GenomicFiles (592)
GenomicInteractions (155)
GenomicRanges (15749)
GenomicScores (177)
GenomicTuples (96)
Genominator (111)
genoset (225)
genotypeeval (88)
GenoView (8)
genphen (78)
GenRank (84)
GenVisR (270)
GEOmetadb (256)
GEOquery (3936)
GEOsearch (76)
GEOsubmission (99)
gep2pep (5)
gespeR (105)
GEWIST (87)
gff3Plotter (1)
GGBase (155)
ggbio (1689)
ggcyto (280)
GGtools (147)
ggtree (1077)
girafe (148)
GISPA (62)
GLAD (208)
Glimma (573)
GlobalAncova (174)
globalSeq (84)
globaltest (508)
gmapR (92)
GMRP (77)
goCluster (1)
GOexpress (152)
GOfuncR (4)
GOFunction (113)
GoogleGenomics (95)
GOpro (85)
goProfiles (148)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2333)
goseq (904)
GOSim (143)
goSTAG (69)
gostats (0)
GOstats (1999)
GOsummaries (139)
GOTHiC (115)
goTools (138)
gotools (0)
gpls (185)
gprege (87)
gQTLBase (207)
gQTLstats (211)
graph (8481)
GraphAlignment (102)
GraphAT (92)
graphite (726)
GraphPAC (103)
GRENITS (94)
GreyListChIP (95)
GRmetrics (110)
groHMM (104)
GRridge (64)
GSALightning (78)
GSAR (162)
GSCA (91)
GSEABase (3157)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (0)
GSEAlm (158)
gsean (4)
GSReg (89)
GSRI (91)
GSVA (540)
gtrellis (121)
GUIDEseq (95)
Guitar (97)
Gviz (2678)
gwascat (205)
GWASTools (307)

H

h5vc (104)
hapFabia (102)
Harman (88)
Harshlight (94)
harshlight (0)
HCsnip (87)
HDF5Array (904)
HDTD (85)
heatmaps (103)
Heatplus (638)
HelloRanges (97)
HELP (98)
HEM (92)
hexbin (9)
hiAnnotator (101)
HIBAG (111)
HiCcompare (29)
hicrep (72)
hierGWAS (86)
HilbertCurve (126)
HilbertVis (317)
HilbertVisGUI (79)
hipathia (0)
hiReadsProcessor (71)
HiTC (204)
hmdbQuery (3)
HMMcopy (158)
hopach (221)
hpar (214)
HTqPCR (217)
HTSanalyzeR (153)
HTSeqGenie (65)
htseqtools (0)
htSeqTools (165)
HTSFilter (167)
HybridMTest (93)
hyperdraw (124)
hypergraph (161)

I

iASeq (89)
iBBiG (142)
ibh (88)
iBMQ (84)
iCARE (82)
Icens (312)
iCheck (93)
iChip (89)
iClusterPlus (146)
iCNV (1)
iCOBRA (84)
ideal (74)
ideogram (0)
IdeoViz (122)
idiogram (92)
IdMappingAnalysis (85)
IdMappingRetrieval (86)
iFlow (3)
iGC (83)
igvR (0)
IHW (394)
illuminaio (1724)
imageHTS (105)
IMAS (66)
Imetagene (82)
IMMAN (0)
ImmuneSpaceR (86)
immunoClust (89)
IMPCdata (81)
ImpulseDE (84)
ImpulseDE2 (72)
impute (4547)
InPAS (87)
INPower (85)
inSilicoDb (37)
inSilicoMerging (35)
insilicomerging (0)
INSPEcT (94)
InTAD (0)
intansv (105)
InteractionSet (194)
interactiveDisplay (264)
interactiveDisplayBase (3511)
IntEREst (64)
InterMineR (27)
IntramiRExploreR (23)
inversion (0)
inveRsion (90)
IONiseR (123)
iontree (94)
iPAC (109)
IPO (138)
IPPD (159)
IRanges (21739)
IrisSpatialFeatures (21)
iSEE (1)
iSeq (96)
iSNetwork (1)
isobar (183)
IsoformSwitchAnalyzeR (45)
IsoGeneGUI (89)
ISoLDE (79)
isomiRs (90)
iSPlot (1)
ITALICS (89)
iterativeBMA (93)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (91)
iterClust (24)
iteremoval (3)
IVAS (88)
ivygapSE (20)
IWTomics (61)

J

JASPAR2018 (38)
jmosaics (12)
joda (92)
JunctionSeq (134)

K

karyoploteR (179)
KCsmart (90)
kebabs (161)
KEGGgraph (1892)
KEGGlincs (86)
keggorth (1)
keggorthology (124)
KEGGprofile (191)
KEGGREST (2628)
KEGGSOAP (6)
kimod (83)
kissDE (4)

L

lapmix (92)
LBE (144)
ldblock (174)
LEA (265)
LedPred (84)
les (95)
lfa (209)
limma (14962)
limmaGUI (152)
LINC (83)
LineagePulse (5)
Linnorm (113)
LiquidAssociation (92)
lmdme (95)
LMGene (105)
LOBSTAHS (95)
loci2path (6)
logicFS (223)
logitT (92)
Logolas (90)
lol (91)
LOLA (147)
LowMACA (86)
LPE (119)
LPEadj (93)
lpNet (89)
lpsymphony (448)
lumi (899)
LVSmiRNA (97)
LymphoSeq (91)

M

M3C (21)
M3D (91)
M3Drop (169)
maanova (124)
macat (95)
maCorrPlot (93)
MACPET (2)
maDB (3)
madb (0)
made4 (353)
MADSEQ (79)
maftools (474)
MAGeCKFlute (4)
maigesPack (97)
MAIT (120)
makecdfenv (231)
makePlatformDesign (2)
MANOR (95)
manta (93)
MantelCorr (91)
mAPKL (83)
maPredictDSC (89)
mapscape (65)
marray (1164)
martini (1)
maSigPro (279)
maskBAD (89)
MassArray (99)
massarray (0)
massiR (90)
MassSpecWavelet (749)
MAST (376)
matchBox (87)
matchprobes (3)
Matrix (0)
MatrixRider (86)
matter (116)
MaxContrastProjection (62)
MBAmethyl (80)
MBASED (95)
MBCB (93)
mBPCR (92)
MBttest (73)
mcaGUI (93)
MCbiclust (66)
MCRestimate (96)
mCSEA (2)
mdgsa (97)
mdp (0)
mdqc (100)
MDTS (1)
MEAL (86)
MeasurementError.cor (92)
MEDIPS (157)
MEDME (92)
MEIGOR (100)
mergemaid (0)
MergeMaid (142)
Mergeomics (84)
MeSHDbi (167)
meshes (87)
meshr (130)
MeSHSim (60)
messina (83)
metaArray (134)
metaarray (0)
Metab (101)
metabomxtr (94)
MetaboSignal (89)
metaCCA (85)
MetaCyto (23)
metagene (118)
metagenomeFeatures (90)
metagenomeSeq (579)
MetaGxOvarian (2)
metahdep (90)
metaMS (111)
MetaNeighbor (3)
metaR (0)
metaSeq (100)
metaseqR (112)
metavizr (75)
metaX (11)
MetCirc (84)
methimpute (22)
methInheritSim (29)
MethPed (76)
MethTargetedNGS (80)
methVisual (97)
methyAnalysis (177)
MethylAid (105)
methylInheritance (61)
methylKit (354)
MethylMix (113)
methylMnM (85)
methylPipe (127)
MethylSeekR (107)
methylumi (994)
methyvim (22)
mfa (31)
Mfuzz (303)
mfuzz (0)
MGFM (86)
MGFR (76)
mgsa (109)
MiChip (88)
microbiome (85)
microRNA (185)
MIGSA (67)
mimager (59)
MIMOSA (91)
MineICA (93)
minet (815)
minfi (1510)
MinimumDistance (89)
MiPP (93)
MIRA (23)
MiRaGE (91)
miRBaseConverter (29)
miRcomp (80)
mirIntegrator (85)
miRLAB (98)
miRmine (20)
miRNAmeConverter (90)
miRNApath (118)
miRNAtap (138)
miRsponge (23)
Mirsynergy (91)
missMethyl (446)
missRows (0)
mitoODE (83)
MLInterfaces (306)
MLP (103)
MLSeq (128)
MMDiff (13)
MMDiff2 (81)
mmgmos (1)
mmnet (59)
MmPalateMiRNA (94)
MODA (84)
mogsa (95)
monocle (786)
MoonlightR (83)
MoPS (85)
mosaics (160)
motifbreakR (111)
motifcounter (62)
MotifDb (327)
motifmatchr (34)
motifRG (129)
motifStack (375)
MotIV (356)
MPFE (83)
mpra (23)
mQTL.NMR (94)
msa (647)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (58)
MSGFgui (153)
MSGFplus (184)
msmsEDA (173)
msmsTests (170)
MSnbase (1062)
MSnID (171)
msPurity (83)
msQC (0)
MSstats (252)
MSstatsQC (25)
mtbls2 (0)
Mulcom (144)
MultiAssayExperiment (347)
multiClust (115)
MultiDataSet (106)
MultiMed (81)
multiMiR (39)
multiOmicsViz (65)
multiscan (90)
multtest (4963)
muscle (176)
MutationalPatterns (139)
MVCClass (94)
mvGST (88)
MWASTools (83)
mygene (366)
myvariant (101)
mzID (943)
mzR (1257)

N

NADfinder (61)
NanoStringDiff (113)
NanoStringQCPro (110)
NarrowPeaks (93)
ncdfFlow (463)
NCIgraph (108)
ndexr (29)
neaGUI (18)
nem (150)
netbenchmark (96)
netbiov (106)
NetCRG (0)
nethet (87)
NetPathMiner (110)
netprioR (71)
netReg (62)
netresponse (101)
NetSAM (85)
networkBMA (91)
NGScopy (86)
nnNorm (91)
NOISeq (498)
nondetects (95)
normalize450K (77)
NormqPCR (259)
normr (83)
npGSEA (99)
NTW (88)
nucleoSim (81)
nucleR (104)
nucler (0)
nudge (89)
NuPoP (94)

O

occugene (87)
OCplus (159)
odseq (78)
OGSA (79)
oligo (1418)
oligoClasses (1449)
OLIN (96)
OLINgui (90)
omicade4 (111)
omiccircos (0)
OmicCircos (263)
omicplotR (2)
omicRexposome (10)
OmicsMarkeR (100)
omicsPrint (3)
Onassis (17)
oncomix (22)
OncoScore (92)
OncoSimulR (99)
oneChannelGUI (106)
oneSENSE (25)
ontoCAT (109)
ontoProc (21)
ontoTools (2)
openCyto (225)
openPrimeR (24)
openPrimeRui (21)
OperaMate (75)
oposSOM (105)
oppar (76)
OPWeight (29)
OrderedList (246)
Organism.dplyr (127)
OrganismDbi (2079)
OSAT (98)
Oscope (95)
OTUbase (95)
OutlierD (103)

P

PAA (109)
PADOG (188)
paircompviz (93)
pairseqsim (1)
pamr (4)
PAN (0)
pandaR (103)
panelcn.mops (24)
PAnnBuilder (109)
panp (112)
PANR (91)
PanVizGenerator (84)
PAPi (103)
parglms (78)
parody (162)
Path2PPI (94)
pathifier (216)
PathNet (109)
PathoStat (99)
pathprint (62)
pathRender (93)
pathVar (83)
pathview (1920)
PathwaySplice (22)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (137)
Pbase (104)
pbcmc (82)
pcaExplorer (229)
pcaGoPromoter (145)
pcaMethods (2163)
PCAN (80)
pcot2 (134)
PCpheno (90)
pcxn (21)
pdInfoBuilder (181)
pdmclass (79)
PECA (95)
pepStat (89)
pepXMLTab (94)
perturbatr (1)
PGA (96)
pgca (59)
PGSEA (216)
pgUtils (3)
phantasus (1)
PharmacoGx (123)
phenoDist (88)
phenopath (31)
phenoTest (126)
PhenStat (91)
philr (86)
phosphonormalizer (70)
phyloseq (1915)
Pi (85)
piano (349)
pickgene (93)
PICS (154)
Pigengene (84)
PING (95)
pint (93)
pkgDepTools (124)
plateCore (96)
plethy (86)
plgem (104)
plier (237)
PLPE (92)
plrs (85)
plw (87)
plyranges (0)
pmm (80)
podkat (89)
pogos (3)
polyester (157)
Polyfit (85)
POST (58)
PowerExplorer (0)
powerTCR (2)
PPInfer (71)
ppiStats (101)
pqsfinder (87)
prada (266)
prebs (88)
PREDA (96)
predictionet (54)
preprocessCore (7361)
Prize (81)
proBAMr (96)
PROcess (184)
procoil (92)
ProCoNA (88)
proFIA (87)
profileScoreDist (73)
progeny (26)
pRoloc (230)
pRolocGUI (103)
PROMISE (89)
PROPER (111)
PROPS (21)
Prostar (110)
prot2D (94)
proteinProfiles (87)
ProteomicsAnnotationHubData (85)
proteoQC (101)
ProtGenerics (3173)
PSEA (88)
psichomics (89)
PSICQUIC (116)
psygenet2r (97)
puma (151)
PureCN (117)
pvac (97)
pvca (152)
Pviz (104)
PWMEnrich (141)
pwOmics (90)
pxr (0)

Q

qcmetrics (95)
QDNAseq (170)
qpcrNorm (102)
qpgraph (211)
qrqc (173)
qsea (82)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (102)
quantro (119)
quantsmooth (344)
QuartPAC (85)
QuasR (281)
QuaternaryProd (77)
QUBIC (116)
qusage (167)
qvalue (4151)

R

R3CPET (81)
r3Cseq (143)
R453Plus1Toolbox (89)
R4RNA (84)
RaggedExperiment (199)
rain (106)
rama (100)
ramigo (0)
RamiGO (133)
ramwas (63)
randPack (89)
RankProd (404)
RareVariantVis (82)
Rariant (86)
RbcBook1 (102)
RBGL (5055)
RBioinf (96)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (166)
RBM (78)
Rbowtie (294)
Rbowtie2 (42)
rbsurv (102)
Rcade (97)
RCAS (84)
RCASPAR (90)
rcellminer (102)
rCGH (101)
Rchemcpp (100)
RchyOptimyx (104)
RcisTarget (4)
RConferoMapping (0)
Rcpi (134)
RCy3 (170)
RCyjs (85)
RCytoscape (286)
RDAVIDWebService (362)
Rdbi (2)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (88)
Rdisop (248)
RDRToolbox (192)
ReactomePA (638)
readat (93)
ReadqPCR (270)
reb (89)
recount (238)
recoup (80)
RedeR (177)
REDseq (135)
RefNet (86)
RefPlus (94)
regioneR (721)
regionReport (160)
regsplice (77)
REMP (76)
Repitools (269)
ReportingTools (758)
reposTools (1)
ReQON (85)
Resourcerer (4)
restfulSE (25)
rexposome (22)
rfcdmin (1)
rflowcyt (3)
rfPred (87)
rGADEM (433)
RGalaxy (97)
Rgin (1)
RGMQL (3)
RGraph2js (77)
Rgraphviz (4921)
rGREAT (134)
RGSEA (109)
rgsepd (85)
rhdf5 (5180)
rhdf5client (28)
Rhdf5lib (546)
Rhtslib (584)
rHVDM (84)
RiboProfiling (110)
riboSeq (0)
riboSeqR (104)
RImmPort (84)
Ringo (284)
Rintact (2)
RIPSeeker (141)
Risa (103)
RITAN (55)
RIVER (65)
RJMCMCNucleosomes (64)
RLMM (90)
RMAGEML (2)
Rmagpie (87)
RMAPPER (4)
RMassBank (118)
rMAT (79)
RmiR (93)
rmir (0)
RNAinteract (91)
RNAither (92)
rnaither (0)
RNAprobR (82)
rnaseqcomp (86)
RnaSeqGeneEdgeRQL (91)
rnaSeqMap (98)
RNASeqPower (178)
RnaSeqSampleSize (118)
RnBeads (252)
Rnits (90)
roar (103)
ROC (701)
Roleswitch (106)
Rolexa (12)
rols (203)
roma (3)
ROntoTools (112)
ropls (294)
ROTS (143)
RPA (124)
RProtoBufLib (154)
RpsiXML (113)
rpx (297)
Rqc (128)
rqt (65)
rqubic (136)
rRDP (86)
Rredland (1)
RRHO (107)
Rsamtools (9907)
rsbml (136)
RSeqAn (0)
rSFFreader (56)
RSNPper (1)
Rsubread (1734)
RSVSim (98)
rTANDEM (203)
RTCA (96)
RTCGA (367)
RTCGAToolbox (336)
RTN (134)
RTNduals (65)
RTNsurvival (27)
RTools4TB (2)
RTopper (92)
rtracklayer (9896)
Rtreemix (91)
rTRM (95)
rTRMui (86)
runibic (26)
Ruuid (3)
RUVcorr (95)
RUVnormalize (106)
RUVSeq (490)
RVS (23)
RWebServices (6)
rWikiPathways (0)

S

S4Vectors (21524)
safe (313)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (89)
SAGx (171)
samExploreR (53)
sampleClassifier (62)
SamSPECTRAL (131)
sangerseqR (239)
SANTA (94)
sapFinder (87)
saps (7)
savR (98)
sbgr (5)
SBMLR (108)
SC3 (458)
Scale4C (22)
SCAN.UPC (136)
scater (1311)
scDD (112)
scde (356)
scFeatureFilter (3)
scfind (38)
ScISI (104)
scmap (50)
scmeth (1)
SCnorm (65)
scone (121)
Sconify (1)
scoreInvHap (24)
scPipe (31)
scran (813)
scsR (79)
SDAMS (0)
segmentSeq (142)
SELEX (85)
SemDist (80)
semisup (63)
SemSim (3)
SEPA (82)
SEPIRA (0)
seq2pathway (94)
SeqArray (204)
seqbias (101)
seqCAT (20)
seqCNA (97)
seqcombo (26)
SeqGSEA (201)
seqLogo (888)
Seqnames (0)
seqPattern (291)
seqplots (152)
seqsetvis (0)
SeqSQC (20)
seqTools (108)
SeqVarTools (165)
sevenbridges (95)
SGSeq (143)
shinyMethyl (152)
shinyTANDEM (95)
ShortRead (3848)
shortread (0)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (102)
SigCheck (85)
SigFuge (86)
siggenes (1571)
sights (75)
signeR (103)
signet (4)
sigPathway (165)
sigsquared (80)
SIM (90)
SIMAT (88)
SimBindProfiles (83)
similaRpeak (85)
SIMLR (176)
simpleaffy (815)
simulatorAPMS (2)
simulatorZ (83)
sincell (114)
SingleCellExperiment (510)
singleCellTK (0)
SISPA (79)
sizepower (118)
SJava (6)
skewr (77)
slalom (27)
SLGI (93)
SLqPCR (109)
SMAP (88)
SMITE (91)
SNAData (1)
SNAGEE (86)
snapCGH (114)
snm (163)
snpAssoc (0)
SNPchip (243)
SNPediaR (86)
SNPhood (88)
snpMatrix (10)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (673)
snpStats (838)
soGGi (96)
SomatiCA (18)
SomaticSignatures (233)
SpacePAC (92)
spade (34)
sparseDOSSA (60)
SparseSignatures (0)
specL (95)
SpeCond (133)
SPEM (89)
SPIA (408)
SpidermiR (120)
spikeLI (85)
spkTools (90)
splatter (131)
splicegear (90)
spliceR (157)
spliceSites (92)
SplicingGraphs (137)
splineTCDiffExpr (2)
splineTimeR (80)
SPLINTER (78)
splots (226)
SPONGE (20)
spotSegmentation (94)
SQUADD (85)
SRAdb (533)
sRAP (89)
SRGnet (71)
srnadiff (4)
sscore (93)
sscu (76)
sSeq (114)
ssize (139)
SSPA (204)
ssviz (84)
stageR (23)
stam (1)
STAN (96)
staRank (86)
StarBioTrek (79)
Starr (98)
STATegRa (97)
statTarget (122)
stepNorm (91)
stepwiseCM (62)
Streamer (89)
STRINGdb (385)
STROMA4 (61)
subSeq (96)
SummarizedBenchmark (1)
SummarizedExperiment (12588)
supraHex (530)
survcomp (432)
Sushi (251)
sva (2703)
SVAPLSseq (75)
SVM2CRM (77)
SWATH2stats (102)
SwathXtend (76)
swfdr (60)
SwimR (81)
switchBox (98)
switchde (81)
synapter (163)
synergyfinder (108)
synlet (76)
systemPipeR (661)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (94)
TargetSearch (95)
targetsearch (0)
TarSeqQC (91)
TCC (204)
TCGAbiolinks (1004)
TCGAbiolinksGUI (127)
TCseq (72)
TDARACNE (92)
tdaracne (0)
tenXplore (20)
TEQC (121)
ternarynet (84)
TFARM (21)
TFBSTools (342)
TFEA.ChIP (3)
TFHAZ (21)
TFutils (0)
tiger (0)
tigre (100)
tilingArray (140)
timecourse (125)
TimerQuant (0)
timescape (65)
TIN (80)
TissueEnrich (0)
TitanCNA (112)
tkWidgets (545)
TMixClust (29)
TnT (24)
tofsims (85)
ToPASeq (60)
topdownr (21)
topGO (2066)
topicmodels (0)
TPP (108)
tracktables (92)
trackViewer (205)
transcriptogramer (21)
transcriptR (80)
tRanslatome (90)
TransView (90)
traseR (86)
treeio (648)
trena (19)
TReNA (20)
Trendy (2)
triform (83)
trigger (87)
trio (112)
triplex (90)
tRNAscanImport (1)
TRONCO (115)
TSCAN (190)
tspair (104)
TSRchitect (65)
TSSi (93)
TTMap (2)
TurboNorm (84)
TVTB (73)
tweeDEseq (117)
twilight (241)
twoddpcr (67)
tximport (1753)
TypeInfo (86)

U

UNDO (85)
unifiedWMWqPCR (84)
UniProt.ws (236)
Uniquorn (76)
uSORT (74)

V

VanillaICE (124)
variancePartition (136)
VariantAnnotation (4811)
VariantFiltering (135)
VariantTools (128)
vbmp (140)
Vega (88)
VegaMC (84)
vidger (1)
viper (152)
virtualArray (14)
vsn (2558)
vtpnet (80)
vulcan (21)

W

wateRmelon (490)
wavClusteR (91)
waveTiling (86)
weaver (118)
webbioc (97)
widgetInvoke (1)
widgetTools (559)
wiggleplotr (69)

X

XBSeq (90)
xcms (927)
XDE (85)
xmapbridge (86)
xmapcore (2)
xps (102)
XVector (14720)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (88)
YAPSA (83)
yaqcaffy (120)
yarn (90)

Z

zFPKM (27)
zinbwave (84)
zlibbioc (16373)