Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-02-27 06:00:26 -0800 (Fri, 27 Feb 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (158783)
2BiocGenerics (120687)
3IRanges (111305)
4Biobase (109623)
5AnnotationDbi (98011)
6zlibbioc (75643)
7GenomeInfoDb (69171)
8limma (66841)
9Biostrings (66060)
10GenomicRanges (62877)
11XVector (58905)
12annotate (57401)
13genefilter (50256)
14Rsamtools (49010)
15biomaRt (47370)
16rtracklayer (45164)
17graph (44887)
18GenomicFeatures (43122)
19preprocessCore (41059)
20affy (40994)
21BSgenome (39308)
22affyio (36292)
23BiocParallel (36055)
24S4Vectors (35545)
25GenomicAlignments (33923)
26geneplotter (33483)
27edgeR (31119)
28multtest (29030)
29RBGL (28037)
30GEOquery (24751)
31Rgraphviz (24677)
32DESeq2 (24535)
33DESeq (24201)
34impute (23530)
35biovizBase (22799)
36VariantAnnotation (22394)
37gcrma (17898)
38rhdf5 (17818)
39ShortRead (17321)
40Gviz (17012)
41qvalue (16402)
42GSEABase (16267)
43vsn (15557)
44AnnotationForge (15126)
45Category (15076)
46cummeRbund (14196)
47affyPLM (13852)
48GOstats (13626)
49siggenes (12674)
50ggbio (12198)
51illuminaio (11735)
52simpleaffy (11506)
53DNAcopy (11279)
54oligoClasses (11129)
55affxparser (11059)
56marray (10866)
57oligo (10272)
58minfi (9992)
59annaffy (9547)
60topGO (9447)
61lumi (9298)
62bumphunter (9109)
63EBImage (8795)
64mzR (8746)
65methylumi (8697)
66KEGGREST (8589)
67sva (8524)
68DynDoc (8146)
69xcms (8089)
70flowCore (7791)
71DEXSeq (7572)
72KEGGgraph (7544)
73pcaMethods (7452)
74beadarray (6971)
75widgetTools (6948)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/2015317201091019
Feb/201529584686504
All months2936779491893

A

a4 (2444)
a4Base (2609)
a4Classif (2437)
a4Core (2629)
a4Preproc (2629)
a4Reporting (2434)
ABarray (2340)
ABSSeq (1651)
acepack (1)
aCGH (3146)
ACME (2307)
ADaCGH2 (2208)
adSplit (2175)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (11059)
affy (40994)
affycomp (3308)
AffyCompatible (2459)
affyContam (2251)
affycoretools (5839)
affydata (2)
AffyExpress (2450)
affyILM (2152)
affyio (36292)
affylmGUI (3422)
affyPara (2148)
affypdnn (2609)
affyPLM (13852)
affyqcreport (2)
affyQCReport (6217)
AffyRNADegradation (2143)
AffyTiling (2244)
AGDEX (2068)
Agi4x44PreProcess (968)
agilp (2522)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2648)
AIMS (34)
ALDEx2 (594)
AllelicImbalance (1918)
alsace (1546)
altcdfenvs (2244)
ampliQueso (1816)
AnalysisPageServer (11)
annaffy (9547)
AnnBuilder (33)
annmap (1045)
annotate (57401)
annotation (243)
AnnotationDbi (98011)
AnnotationForge (15126)
AnnotationFuncs (2255)
AnnotationHub (3320)
annotationTools (2884)
anota (2234)
antiProfiles (1978)
apcluster (1)
apComplex (2307)
applera (1)
aroma.light (5522)
ArrayExpress (4804)
ArrayExpressHTS (1305)
arrayMagic (15)
arrayMvout (2092)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2783)
arrayQualityMetrics (5659)
arrays (375)
ArrayTools (2616)
ArrayTV (1888)
ARRmNormalization (1880)
ASEB (1979)
ASGSCA (564)
asmn (1550)
ASSET (1823)
ASSIGN (1522)
AtlasRDF (1565)
attract (2026)

B

BAC (1993)
BADER (1906)
BAGS (1783)
ballgown (771)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1948)
Basic4Cseq (1699)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3141)
baySeq (4729)
BBmisc (1)
bcellViper (3)
BCRANK (2309)
beadarray (6971)
beadarraySNP (2257)
BeadDataPackR (6369)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (3)
BEAT (1518)
betr (2191)
bgafun (2086)
BGmix (1169)
bgx (2063)
BHC (2441)
BicARE (2102)
BiGGR (1887)
bigmemoryExtras (1206)
bioassayR (2150)
Biobase (109623)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2098)
BiocCheck (2158)
biocDatasets (41)
BiocGenerics (120687)
biocGraph (2225)
BiocInstaller (158783)
biocinstaller (3)
BiocParallel (36055)
BiocStyle (4913)
biocViews (3187)
bioDist (4649)
biomaRt (47370)
BioMVCClass (2216)
biomvRCNS (1884)
BioNet (3357)
BioSeqClass (2127)
Biostrings (66060)
biosvd (1552)
biovizbase (1)
biovizBase (22799)
BiRewire (1865)
birta (2003)
birte (5)
BiSeq (2393)
bitops (1)
BitSeq (2558)
blima (638)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2326)
BrainStars (2008)
brew (1)
bridge (2019)
BridgeDbR (551)
BSgenome (39308)
bsseq (2802)
BubbleTree (1)
BufferedMatrix (2097)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (2026)
bumphunter (9109)
BUS (1929)

C

CAFE (1507)
CAGEr (2125)
CALIB (1924)
CAMERA (3602)
cancerclass (1923)
CancerMutationAnalysis (2024)
Cardinal (11)
casper (1930)
Category (15076)
categoryCompare (1950)
CausalR (1)
ccrepe (1487)
cellGrowth (1906)
cellhts (1)
cellHTS (1993)
cellHTS2 (2928)
CellNOptR (2345)
CexoR (1753)
CFAssay (527)
CGEN (2104)
CGHbase (2596)
CGHcall (2472)
cghcall (1)
cghMCR (2818)
CGHnormaliter (1938)
CGHregions (2027)
ChAMP (3024)
charm (2216)
checkmate (1)
ChemmineOB (2466)
ChemmineR (3781)
chemminer (3)
chimera (2970)
chipenrich (1745)
ChIPpeakAnno (6112)
ChIPQC (1736)
ChIPseeker (2130)
chipseq (4156)
ChIPseqR (2162)
ChIPsim (2112)
ChIPXpress (1030)
chopsticks (2184)
chroGPS (1873)
chromDraw (6)
ChromHeatMap (2027)
ChromoViz (1)
cisPath (1861)
ClassifyR (564)
cleanUpdTSeq (1649)
cleaver (2068)
clippda (1870)
clipper (2069)
Clomial (1409)
Clonality (1872)
clonotypeR (1648)
clst (1842)
clstutils (1776)
clusterProfiler (3733)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2062)
CMA (2563)
cn.farms (1843)
cn.mops (3245)
CNAnorm (1997)
CNEr (1722)
CNORdt (1807)
CNORfeeder (1750)
CNORfuzzy (1816)
CNORode (1865)
CNTools (2228)
cnvGSA (1841)
CNVrd2 (1699)
CNVtools (2057)
cnvtools (1)
cobindR (1659)
CoCiteStats (1967)
codelink (1935)
CODEX (27)
CoGAPS (839)
coGPS (1748)
COHCAP (1613)
colorspace (1)
coMET (14)
COMPASS (1451)
compcodeR (1634)
compEpiTools (573)
CompGO (1451)
ConsensusClusterPlus (3256)
convert (3192)
copa (2037)
COPDSexualDimorphism (1367)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2147)
CopyNumber450k (1450)
CoRegNet (555)
Cormotif (1787)
CorMut (1847)
coRNAi (1813)
CORREP (1874)
cosmiq (564)
cosmo (144)
cosmoGUI (174)
COSNet (497)
CoverageView (917)
cpvSNP (4)
cqn (2542)
CRImage (2077)
CRISPRseek (1634)
crlmm (3400)
CSAR (2286)
csaw (559)
CSSP (1662)
ctc (4408)
cummeRbund (14196)
cummerbund (1)
customProDB (1763)
cycle (1915)

D

dagLogo (1622)
dama (2)
daMA (1792)
DART (1781)
DASiR (1786)
DAVIDQuery (2427)
DBChIP (2013)
DBI (1)
ddCt (2363)
ddgraph (1866)
DECIPHER (2119)
DeconRNASeq (1830)
DEDS (1881)
deepSNV (2027)
DEGraph (2128)
DEGreport (566)
DEGseq (3829)
degseq (1)
deltaGseg (1657)
derfinder (608)
derfinderData (4)
derfinderHelper (602)
derfinderPlot (536)
DESeq (24201)
DESeq2 (24535)
DEXSeq (7572)
dexus (1798)
DFP (1817)
dichromat (1)
DiffBind (4115)
diffGeneAnalysis (1940)
digest (1)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2286)
dks (1737)
DMRcate (1592)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1400)
DNAcopy (11279)
DNaseR (1716)
domainsignatures (1937)
DOQTL (627)
DOSE (4171)
DriverNet (1786)
DrugVsDisease (1841)
DSS (2197)
DTA (1760)
dualKS (1590)
DupChecker (536)
dyebias (1838)
DynDoc (8146)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (2007)
easyRNASeq (4492)
EBarrays (2589)
EBcoexpress (1885)
EBImage (8795)
EBSeq (3628)
EBSeqHMM (511)
ecolitk (1899)
EDASeq (3421)
edd (48)
EDDA (1506)
edger (1)
edgeR (31119)
eiR (1082)
eisa (2216)
ELBOW (1393)
EnrichmentBrowser (570)
ensemblVEP (2568)
ENVISIONQuery (1815)
epigenomix (1778)
epivizr (1998)
eQTL (30)
erccdashboard (558)
ExiMiR (1903)
exomeCopy (2464)
exomePeak (1771)
exonfindR (255)
exonmap (106)
explorase (1384)
ExpressionView (1853)
expressionview (1)
externalVector (262)

F

fabia (2410)
facopy (500)
facopy.annot (5)
factDesign (2080)
fail (1)
farms (2008)
fastLiquidAssociation (1204)
fastseg (1869)
fbat (35)
fdrame (1897)
FEM (532)
ffpe (1797)
FGNet (1961)
flagme (1906)
flipflop (1659)
flowBeads (1616)
flowBin (1407)
flowcatchR (527)
flowCHIC (516)
flowCL (1404)
flowClean (566)
flowClust (3021)
flowCore (7791)
flowCyBar (1383)
flowDensity (634)
flowFit (1622)
flowFlowJo (1971)
flowFP (2068)
flowMap (1686)
flowMatch (1400)
flowMeans (2307)
flowMerge (2164)
flowPeaks (1940)
flowPhyto (1777)
flowPlots (1885)
flowq (1)
flowQ (1484)
flowQB (1755)
FlowSOM (17)
flowStats (4119)
flowTrans (1997)
flowType (2022)
flowUtils (2248)
flowViz (5787)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5123)
fmcsR (2439)
focalCall (495)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (547)
FRGEpistasis (1349)
frma (2775)
frmaTools (2030)
FunciSNP (1974)

G

gaga (2016)
gage (4884)
gaggle (1819)
gaia (1783)
gaucho (1375)
gCMAP (1882)
gCMAPWeb (1699)
gcrma (17898)
gdsfmt (736)
geecc (490)
genArise (1810)
GENE.E (2061)
gene2pathway (196)
GeneAnswers (3988)
GeneExpressionSignature (1901)
genefilter (50256)
genefu (2413)
GeneGA (1112)
GeneGroupAnalysis (220)
GeneMeta (2364)
GeneNetworkBuilder (1863)
GeneOverlap (1477)
geneplotter (33483)
GeneR (62)
geneRecommender (2022)
GeneRegionScan (1793)
generegulation (89)
GeneRfold (30)
geneRxCluster (1380)
GeneSelectMMD (1816)
GeneSelector (2163)
GeneSpring (36)
geNetClassifier (1806)
GeneticsBase (31)
GeneticsDesign (1891)
GeneticsPed (2044)
GeneTraffic (59)
GeneTS (3)
genoCN (1824)
genomation (23)
GenomeGraphs (3919)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (69171)
genomeIntervals (4699)
genomes (2116)
GenomicAlignments (33923)
GenomicFeatures (43122)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1702)
GenomicInteractions (513)
GenomicRanges (62877)
GenomicTuples (536)
Genominator (2354)
genoset (2744)
GenoView (490)
GEOmetadb (2921)
GEOquery (24751)
geoquery (1)
GEOsubmission (1812)
gespeR (6)
GEWIST (1702)
gff3Plotter (4)
GGBase (3378)
ggbio (12198)
GGtools (2600)
ggtree (50)
girafe (2165)
GLAD (2744)
GlobalAncova (2300)
globaltest (4412)
gmapR (1071)
GOexpress (610)
GOFunction (2147)
goProfiles (2443)
goprofiles (2)
GOSemSim (5026)
gosemsim (1)
goseq (5192)
GOSim (2206)
gostats (1)
GOstats (13626)
GOsummaries (633)
GOTHiC (1397)
goTools (2541)
gpls (2589)
gprege (1718)
gQTLBase (15)
gQTLstats (15)
graph (44887)
GraphAlignment (1841)
GraphAT (1809)
graphite (3312)
GraphPAC (1678)
GRENITS (1905)
GreyListChIP (2)
grndata (4)
groHMM (519)
GSAR (587)
GSBenchMark (4)
GSCA (1400)
gseabase (1)
GSEABase (16267)
GSEAlm (2408)
GSReg (510)
GSRI (1830)
GSVA (2634)
Gviz (17012)
gwascat (2160)
GWASTools (3317)

H

h5vc (1816)
hapFabia (1761)
Harshlight (1845)
HCsnip (1697)
HDTD (541)
Heatplus (6932)
HELP (1806)
HEM (1775)
hexbin (173)
hiAnnotator (567)
HIBAG (1)
highthroughputassays (22)
HilbertVis (3002)
HilbertVisGUI (1526)
hiReadsProcessor (495)
HiTC (1948)
Hmisc (1)
HMMcopy (2005)
hopach (3199)
hpar (1993)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (3012)
HTSanalyzeR (2245)
HTSeqGenie (431)
htseqtools (2)
htSeqTools (2130)
HTSFilter (2002)
HybridMTest (1712)
hyperdraw (2079)
hypergraph (2658)

I

iASeq (1887)
iBBiG (1786)
ibh (1694)
iBMQ (1647)
Icens (3459)
iChip (1768)
iClusterPlus (4684)
IdeoViz (509)
idiogram (1858)
IdMappingAnalysis (1701)
IdMappingRetrieval (1729)
iFlow (189)
illuminaio (11735)
imageHTS (1936)
IMPCdata (470)
impute (23530)
INPower (1312)
inSilicoDb (2538)
inSilicoMerging (2458)
intansv (1724)
interactiveDisplay (3645)
interactiveDisplayBase (1814)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (10)
inveRsion (1703)
inversion (1)
iontree (1719)
iPAC (1790)
IPPD (1979)
IRanges (111305)
iranges (1)
iSeq (1787)
isobar (2233)
IsoGeneGUI (1824)
iSPlot (2)
ITALICS (1767)
iterativeBMA (1780)
iterativeBMAsurv (1755)
iterators (1)
IVAS (1)

J

jmosaics (1667)
joda (1747)

K

KCsmart (1807)
kebabs (575)
KEGGgraph (7544)
keggorth (19)
keggorthology (2059)
KEGGprofile (2338)
KEGGREST (8589)
KEGGSOAP (430)

L

labeling (1)
lapmix (1829)
latticeExtra (1)
LBE (2097)
les (1817)
limma (66841)
limmaGUI (3097)
LiquidAssociation (1814)
liquidassociation (1)
lmdme (1767)
LMGene (2023)
logicFS (2390)
logitt (1)
logitT (1801)
lol (1754)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (2206)
LPEadj (1768)
lpNet (1688)
lumi (9298)
LVSmiRNA (1880)

M

M3D (538)
maanova (2576)
macat (1805)
maCorrPlot (1746)
maDB (338)
madb (1)
made4 (4428)
maigesPack (1791)
MAIT (572)
makecdfenv (3505)
makePlatformDesign (40)
MANOR (1796)
manta (1755)
MantelCorr (1776)
mAPKL (5)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1620)
marray (10866)
maSigPro (2814)
maskBAD (1699)
MassArray (1882)
massiR (1360)
MassSpecWavelet (3424)
matchBox (1719)
matchprobes (100)
MBAmethyl (475)
MBASED (520)
MBCB (1789)
mBPCR (1751)
mcaGUI (1774)
MCRestimate (1939)
mdgsa (11)
mdqc (1959)
MeasurementError.cor (1689)
MEDIPS (2589)
MEDME (1799)
MEIGOR (495)
MergeMaid (2469)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1590)
meshr (1407)
MeSHSim (10)
messina (1336)
metaArray (2425)
Metab (518)
metabomxtr (481)
metagene (510)
metagenomeSeq (3115)
metahdep (1744)
metaMS (1486)
metaMSdata (3)
metaSeq (1617)
metaseqR (1468)
methVisual (1872)
methyAnalysis (2489)
MethylAid (599)
MethylMix (527)
methylMnM (1641)
methylPipe (666)
MethylSeekR (1900)
methylumi (8697)
Mfuzz (3896)
mfuzz (1)
MGFM (474)
mgsa (1939)
MiChip (1734)
microRNA (2523)
MIMOSA (1379)
MineICA (1686)
minet (4320)
minfi (9992)
MinimumDistance (1741)
MiPP (1779)
MiRaGE (1747)
miRNApath (2058)
miRNAtap (508)
Mirsynergy (1375)
missMethyl (584)
mitoODE (1480)
MLInterfaces (3212)
MLP (1808)
MLSeq (1527)
MMDiff (1788)
mmnet (1452)
MmPalateMiRNA (1813)
monocle (843)
MoPS (521)
mosaics (2107)
MotifDb (3045)
motifRG (1851)
motifStack (2853)
MotIV (3155)
MPFE (460)
mQTL.NMR (504)
MSGFgui (572)
MSGFplus (596)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1603)
msmsTests (1571)
MSnbase (3779)
MSnID (572)
msQC (55)
MSstats (2025)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1832)
MultiMed (479)
multiscan (1729)
multtest (29030)
munsell (1)
MVCClass (1910)
mvGST (495)
mygene (656)
mzID (2669)
mzR (8746)

N

NarrowPeaks (1796)
ncdfFlow (4459)
NCIgraph (2194)
neaGUI (1714)
nem (1885)
netbenchmark (1)
netbiov (527)
nethet (6)
NetPathMiner (1425)
netresponse (1755)
NetSAM (1626)
networkBMA (1763)
NGScopy (476)
NGScopyData (4)
nnNorm (1753)
NOISeq (3612)
nondetects (1366)
NormqPCR (2233)
npGSEA (1406)
NTW (1700)
nucleR (1889)
nucler (1)
nudge (1700)
NuPoP (1776)

O

occugene (1758)
OCplus (1929)
OGSA (1)
oligo (10272)
oligoClasses (11129)
oligoclasses (1)
OLIN (1852)
OLINgui (1736)
omicade4 (1782)
OmicCircos (2337)
OncoSimulR (377)
oneChannelGUI (2636)
ontoCAT (1922)
ontoTools (45)
openCyto (1930)
oposSOM (605)
OrderedList (2777)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (5924)
OSAT (1690)
OTUbase (1888)
OutlierD (1867)

P

PAA (493)
PADOG (1766)
paircompviz (1576)
pairseqsim (3)
pamr (52)
PAnnBuilder (1935)
panp (1957)
PANR (1712)
PAPi (1714)
parglms (2)
parody (2297)
pathifier (1629)
PathNet (1710)
pathRender (1852)
pathview (6097)
PatientGeneSets (58)
paxtoolsr (562)
Pbase (524)
pcaGoPromoter (2003)
pcaMethods (7452)
pcot2 (1739)
PCpheno (1738)
pdInfoBuilder (2646)
pdmclass (1824)
PECA (1422)
pepDat (4)
pepStat (474)
pepXMLTab (475)
PGSEA (2437)
pgUtils (433)
phenoDist (1667)
phenoTest (1903)
PhenStat (1365)
phyloseq (5665)
piano (2749)
pickgene (1729)
PICS (2411)
PING (1818)
pint (1786)
pkgDepTools (2066)
plateCore (1825)
plethy (1581)
plgem (1780)
plier (3142)
PLPE (1815)
plrs (1672)
plw (1718)
plyr (1)
polyester (546)
Polyfit (512)
ppiStats (1864)
prada (3561)
prebs (1684)
PREDA (1764)
predictionet (1042)
preprocessCore (41059)
proBAMr (422)
PROcess (2421)
procoil (1689)
ProCoNA (1598)
pRoloc (1828)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (543)
PROMISE (1716)
PROPER (7)
prot2D (1631)
proteinProfiles (1580)
proteoQC (535)
PSEA (473)
PSICQUIC (1823)
puma (2100)
pvac (1759)
pvca (1871)
Pviz (528)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2137)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1499)
QDNAseq (1562)
qpcrNorm (1878)
qpgraph (2944)
qrqc (2172)
QUALIFIER (1657)
quantro (509)
quantsmooth (3803)
QuartPAC (5)
QuasR (4228)
qusage (1584)
qvalue (16402)

R

r3Cseq (1836)
R453Plus1Toolbox (1869)
rain (517)
rama (1957)
RamiGO (2356)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1704)
RankProd (4318)
Rariant (1347)
RbcBook1 (1888)
RBGL (28037)
rbioinf (1)
RBioinf (1922)
rBiopaxParser (1909)
Rbowtie (4200)
rbsurv (1828)
Rcade (1697)
RCASPAR (1705)
Rchemcpp (1574)
RchyOptimyx (1838)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2153)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4178)
RDAVIDWebService (2655)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (23)
Rdisop (2227)
RDRToolbox (2343)
ReactomePA (2760)
ReadqPCR (2283)
reb (1732)
RedeR (2403)
REDseq (1885)
RefNet (1334)
RefPlus (1801)
regionReport (492)
Repitools (3176)
ReportingTools (5994)
ReQON (1739)
Resourcerer (1371)
rflowcyt (40)
rfPred (1557)
rGADEM (3547)
RGalaxy (1824)
Rgraphviz (24677)
rGREAT (1)
RGSEA (557)
rgsepd (6)
rhdf5 (17818)
rHVDM (1707)
riboSeq (48)
riboSeqR (525)
ringo (1)
Ringo (3663)
Rintact (26)
RIPSeeker (1914)
Risa (1766)
RLMM (1717)
RMAGEML (9)
rmagpie (1)
Rmagpie (1736)
RMAPPER (1319)
RMassBank (1841)
rMAT (1130)
RmiR (2068)
RNAinteract (1756)
RNAither (1844)
rnaither (1)
rnaseqGene (229)
rnaSeqMap (1963)
RNASeqPower (1956)
RnaSeqSampleSize (9)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (4)
RnBeads.hg19 (4)
Rnits (488)
roar (1367)
ROC (5518)
Roleswitch (1586)
Rolexa (1882)
rols (2044)
ROntoTools (1793)
RPA (1925)
RpsiXML (2026)
rpx (1693)
Rqc (509)
rqubic (1790)
rRDP (484)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1647)
rsamtools (3)
Rsamtools (49010)
rsbml (2311)
rSFFreader (1034)
RSNPper (14)
RSQLite (1)
Rsubread (3763)
RSVSim (1728)
rTANDEM (2144)
RTCA (1844)
RTN (1749)
RTools4TB (28)
RTopper (1750)
rtracklayer (45164)
Rtreemix (1750)
rTRM (1641)
rTRMui (1550)
Ruuid (60)
RUVnormalize (515)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (1014)
RWebServices (355)

S

S4Vectors (35545)
safe (2130)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1743)
SAGx (2161)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1879)
sangerseqR (1849)
SANTA (1627)
sapFinder (1379)
saps (12)
savR (1277)
SBMLR (1841)
scales (1)
SCAN.UPC (2144)
ScISI (1913)
scsR (1296)
SeattleIntro2010 (3)
segmentSeq (1879)
SemDist (475)
SemSim (15)
sendmailR (1)
seq2pathway (2)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1813)
seqbias (1945)
seqCNA (1627)
SeqGSEA (2456)
seqLogo (6592)
Seqnames (21)
seqPattern (5)
seqplots (585)
seqTools (513)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (28)
SeqVarTools (1627)
SGSeq (492)
shinyMethyl (656)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1617)
ShortRead (17321)
sidap (3)
sigaR (1789)
SigCheck (482)
SigFuge (1577)
siggenes (12674)
sigPathway (2384)
SIM (1793)
SimBindProfiles (1501)
simpleaffy (11506)
simulatorAPMS (44)
simulatorZ (472)
sincell (18)
sizepower (2083)
SJava (421)
SLGI (1783)
slgi (1)
SLqPCR (2046)
SMAP (1725)
SNAGEE (1567)
snapCGH (2304)
snm (2011)
SNPchip (3463)
snpMatrix (264)
SNPRelate (1042)
snpStats (6103)
SomatiCA (1695)
SomaticSignatures (1664)
SpacePAC (1536)
spade (2365)
specL (488)
SpeCond (1784)
SPEM (1574)
SPIA (3342)
spikeLI (1686)
spkTools (1697)
splicegear (1752)
spliceR (2206)
spliceSites (1565)
SplicingGraphs (1752)
splots (2989)
spotSegmentation (1884)
SQUADD (1634)
SRAdb (4229)
sRAP (1801)
sscore (1688)
sSeq (1599)
ssize (2161)
SSPA (1911)
ssviz (529)
stam (9)
STAN (514)
staRank (1638)
Starr (1878)
STATegRa (501)
stepNorm (1716)
stepwiseCM (1670)
Streamer (1858)
STRINGdb (2006)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1887)
survcomp (3980)
Sushi (1760)
sva (8524)
SwimR (1458)
switchBox (483)
synapter (1969)
systemPipeR (714)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1609)
TargetSearch (1850)
TCC (2212)
TDARACNE (1843)
TEQC (1906)
ternarynet (1635)
tfbstools (1)
TFBSTools (2152)
tigre (1823)
tilingArray (2523)
timecourse (2249)
TitanCNA (1435)
tkWidgets (6886)
ToPASeq (517)
topGO (9447)
tracktables (475)
trackViewer (1488)
tRanslatome (1725)
TransView (1728)
triform (1635)
trigger (1731)
trio (1798)
triplex (1682)
TRONCO (9)
TSCAN (463)
tspair (1890)
TSSi (1734)
TurboNorm (1748)
tweeDEseq (1971)
twilight (2916)
typeinfo (1)
TypeInfo (1727)

U

UNDO (1344)
unifiedWMWqPCR (1343)
UniProt.ws (2287)

V

VanillaICE (2048)
VariantAnnotation (22394)
VariantFiltering (1616)
variants (156)
VariantTools (993)
vbmp (2222)
Vega (1720)
VegaMC (1743)
viper (1386)
virtualArray (1859)
vsn (15557)
vtpnet (1573)

W

wateRmelon (3519)
wavClusteR (575)
waveTiling (1641)
weaver (2175)
webbioc (1817)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6948)

X

xcms (8089)
XDE (1751)
xmapbridge (1704)
xmapcore (179)
XML (1)
xps (2533)
XVector (58905)

Y

yaqcaffy (2103)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (75643)