Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-10-31 08:16:56 -0700 (Fri, 31 Oct 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (140353)
2BiocGenerics (106659)
3IRanges (101065)
4Biobase (100511)
5AnnotationDbi (87340)
6limma (65449)
7zlibbioc (65183)
8Biostrings (59004)
9GenomicRanges (56734)
10annotate (52048)
11XVector (49640)
12genefilter (46234)
13Rsamtools (45429)
14biomaRt (43660)
15rtracklayer (40843)
16GenomeInfoDb (40805)
17graph (40571)
18affy (39949)
19GenomicFeatures (38763)
20preprocessCore (38601)
21BSgenome (37483)
22affyio (35207)
23geneplotter (29890)
24edgeR (29072)
25multtest (28079)
26RBGL (25099)
27DESeq (23868)
28GEOquery (22929)
29Rgraphviz (22869)
30impute (22212)
31GenomicAlignments (21500)
32BiocParallel (21259)
33biovizBase (21032)
34DESeq2 (20136)
35VariantAnnotation (18232)
36flowCore (18170)
37gcrma (17799)
38mzR (17121)
39ShortRead (16735)
40xcms (16596)
41qvalue (15884)
42Gviz (15257)
43vsn (15229)
44GSEABase (14413)
45AnnotationForge (14410)
46rhdf5 (14114)
47cummeRbund (14060)
48affyPLM (13655)
49Category (13250)
50GOstats (12479)
51siggenes (12121)
52simpleaffy (11903)
53ggbio (11719)
54marray (10953)
55affxparser (10770)
56oligoClasses (10674)
57DNAcopy (10597)
58illuminaio (10171)
59oligo (9987)
60annaffy (9813)
61minfi (9616)
62lumi (9045)
63topGO (8719)
64methylumi (8376)
65DynDoc (8355)
66EBImage (8236)
67bumphunter (8153)
68DEXSeq (7752)
69sva (7431)
70KEGGREST (7064)
71KEGGgraph (6957)
72tkWidgets (6927)
73S4Vectors (6924)
74widgetTools (6918)
75beadarray (6895)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201443210771225
All months2834619081097

A

a4 (2454)
a4Base (2564)
a4Classif (2408)
a4Core (2562)
a4Preproc (2580)
a4Reporting (2381)
ABarray (2346)
ABSSeq (1128)
aCGH (3138)
ACME (2292)
ADaCGH2 (2182)
adSplit (2166)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10770)
affy (39949)
affycomp (3290)
AffyCompatible (2459)
affyContam (2209)
affycoretools (5550)
affydata (1)
AffyExpress (2440)
affyILM (2144)
affyio (35207)
affylmGUI (3438)
affyPara (2157)
affypdnn (2566)
affyPLM (13655)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6337)
AffyRNADegradation (2135)
AffyTiling (2300)
AGDEX (2053)
Agi4x44PreProcess (1566)
agilp (2428)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2626)
AIMS (1)
ALDEx2 (65)
AllelicImbalance (1821)
alsace (1067)
altcdfenvs (2225)
ampliQueso (1750)
annaffy (9813)
AnnBuilder (31)
annmap (1014)
annotate (52048)
annotation (293)
AnnotationDbi (87340)
AnnotationForge (14410)
AnnotationFuncs (2244)
AnnotationHub (3254)
annotationTools (2873)
anota (2164)
antiProfiles (1973)
apcluster (1)
apComplex (2290)
aroma.light (5482)
ArrayExpress (4771)
ArrayExpressHTS (1231)
arrayMagic (16)
arrayMvout (2085)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2819)
arrayQualityMetrics (5369)
arrays (507)
ArrayTools (2550)
ArrayTV (1801)
ARRmNormalization (1851)
ASEB (1937)
ASGSCA (53)
asmn (1097)
ASSET (1644)
ASSIGN (1041)
AtlasRDF (1099)
attract (2051)

B

BAC (1978)
BADER (1892)
BAGS (1674)
ballgown (164)
BaseSpaceR (1875)
Basic4Cseq (1181)
BayesPeak (3063)
baySeq (4474)
bcellViper (3)
BCRANK (2329)
beadarray (6895)
beadarraySNP (2252)
BeadDataPackR (6275)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (2)
BEAT (1054)
betr (2154)
bgafun (2076)
BGmix (1096)
bgx (2040)
BHC (2496)
BicARE (2063)
BiGGR (1765)
bigmemoryExtras (1157)
bioassayR (1973)
Biobase (100511)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2098)
BiocCheck (1459)
biocDatasets (34)
BiocGenerics (106659)
biocGraph (2245)
BiocInstaller (140353)
biocinstaller (3)
BiocParallel (21259)
BiocStyle (3948)
biocViews (2875)
bioDist (4743)
biomaRt (43660)
BioMVCClass (2250)
biomvRCNS (1728)
BioNet (3329)
BioSeqClass (2130)
Biostrings (59004)
biostrings (1)
biosvd (1078)
biovizbase (1)
biovizBase (21032)
BiRewire (1747)
birta (1971)
BiSeq (2319)
BitSeq (2555)
blima (140)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2240)
BrainStars (1980)
bridge (2024)
BridgeDbR (56)
BSgenome (37483)
bsseq (2528)
BufferedMatrix (2000)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1930)
bumphunter (8153)
BUS (1857)

C

CAFE (1035)
CAGEr (1959)
CALIB (1862)
CAMERA (3355)
cancerclass (1849)
CancerMutationAnalysis (1941)
casper (1799)
Category (13250)
categoryCompare (1881)
ccrepe (1053)
cellGrowth (1814)
cellhts (1)
cellHTS (1945)
cellHTS2 (2794)
CellNOptR (2186)
CexoR (1622)
CFAssay (55)
CGEN (1949)
CGHbase (2513)
CGHcall (2357)
cghcall (1)
cghMCR (1944)
CGHnormaliter (1842)
CGHregions (1922)
ChAMP (2751)
charm (2143)
ChemmineOB (2279)
ChemmineR (3525)
chemminer (3)
chimera (2688)
chipenrich (1592)
ChIPpeakAnno (5038)
ChIPQC (1202)
ChIPseeker (1454)
chipseq (4086)
ChIPseqR (2069)
ChIPsim (2012)
ChIPXpress (956)
chopsticks (2161)
chroGPS (1786)
ChromHeatMap (1965)
cisPath (1744)
ClassifyR (73)
cleanUpdTSeq (1544)
cleaver (1857)
clippda (1764)
clipper (1933)
Clomial (981)
Clonality (1810)
clonotypeR (1517)
clst (1771)
clstutils (1726)
clusterProfiler (3461)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2066)
CMA (2541)
cn.farms (1811)
cn.mops (3114)
cnanorm (1)
CNAnorm (1914)
CNEr (1155)
CNORdt (1684)
CNORfeeder (1657)
CNORfuzzy (1709)
CNORode (1749)
CNTools (2130)
cnvGSA (1758)
CNVrd2 (1575)
CNVtools (2000)
cnvtools (1)
cobindR (1553)
CoCiteStats (1943)
codelink (1897)
CoGAPS (513)
coGPS (1685)
COHCAP (1151)
COHCAPanno (3)
COMPASS (1008)
compcodeR (1149)
compEpiTools (79)
CompGO (1010)
ConsensusClusterPlus (2988)
convert (3136)
copa (1981)
COPDSexualDimorphism (949)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1984)
CopyNumber450k (997)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (58)
Cormotif (1698)
CorMut (1757)
coRNAi (1747)
CORREP (1824)
cosmiq (109)
cosmo (164)
cosmoGUI (203)
COSNet (45)
CoverageView (623)
cqn (2496)
CRImage (2075)
CRISPRseek (1194)
crlmm (3480)
CSAR (2237)
csaw (66)
CSSP (1529)
ctc (4441)
cummeRbund (14060)
cummerbund (1)
customProDB (1660)
cycle (1908)

D

dagLogo (1498)
dama (2)
daMA (1750)
DART (1757)
DASiR (1790)
DAVIDQuery (2396)
DBChIP (1909)
ddCt (2324)
ddgraph (1815)
DECIPHER (1989)
DeconRNASeq (1764)
DEDS (1827)
deepSNV (1932)
DEGraph (2056)
DEGreport (110)
DEGseq (3891)
degseq (1)
deltaGseg (1589)
derfinder (70)
derfinderData (4)
derfinderHelper (63)
derfinderPlot (61)
DESeq (23868)
DESeq2 (20136)
DEXSeq (7752)
dexus (1742)
DFP (1741)
DiffBind (3930)
diffGeneAnalysis (1961)
DirichletMultinomial (2036)
dks (1691)
DMRcate (1090)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (973)
DNAcopy (10597)
DNaseR (1619)
domainsignatures (1880)
DOQTL (136)
DOSE (3763)
DriverNet (1723)
DrugVsDisease (1728)
DSS (2052)
DTA (1718)
dualKS (1293)
DupChecker (102)
dyebias (1750)
DynDoc (8355)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1926)
easyRNASeq (4733)
EBarrays (2481)
EBcoexpress (1863)
EBImage (8236)
EBSeq (3379)
EBSeqHMM (52)
ecolitk (1840)
EDASeq (3056)
edd (60)
EDDA (1038)
edger (1)
edgeR (29072)
eiR (968)
eisa (2233)
ELBOW (981)
EnrichmentBrowser (54)
ensemblVEP (2436)
ENVISIONQuery (1764)
epigenomix (1672)
epivizr (1732)
eQTL (28)
erccdashboard (62)
ExiMiR (1832)
exomeCopy (2381)
exomePeak (1591)
exonfindR (60)
exonmap (121)
explorase (1401)
ExpressionView (1814)
expressionview (1)
externalVector (335)

F

fabia (2291)
facopy (47)
facopy.annot (5)
factDesign (2051)
farms (1979)
fastLiquidAssociation (942)
fastseg (1812)
fbat (32)
fdrame (1867)
FEM (50)
ffpe (1723)
FGNet (1722)
flagme (1846)
flipflop (1522)
flowBeads (1515)
flowBin (1009)
flowcatchR (53)
flowCHIC (53)
flowCL (970)
flowClean (108)
flowClust (2916)
flowCore (18170)
flowCyBar (971)
flowDensity (129)
flowFit (1510)
flowFlowJo (1919)
flowFP (2023)
flowMap (1558)
flowMatch (1002)
flowMeans (2258)
flowMerge (2092)
flowPeaks (1827)
flowPhyto (1730)
flowPlots (1830)
flowq (1)
flowQ (1417)
flowQB (1670)
flowStats (3863)
flowTrans (1924)
flowType (1992)
flowUtils (2160)
flowViz (5800)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4844)
fmcsR (2318)
focalCall (48)
fOptions (1)
FourCSeq (58)
FRGEpistasis (947)
frma (2828)
frmaTools (2000)
FunciSNP (1952)

G

gaga (1923)
gage (4526)
gaggle (1752)
gaia (1739)
gaucho (951)
gCMAP (1810)
gCMAPWeb (1640)
gcrma (17799)
geecc (52)
genArise (1731)
GENE.E (1962)
gene2pathway (250)
GeneAnswers (3901)
GeneExpressionSignature (1843)
genefilter (46234)
genefu (2348)
GeneGA (1047)
GeneGroupAnalysis (295)
GeneMeta (2274)
GeneNetworkBuilder (1782)
GeneOverlap (1065)
geneplotter (29890)
GeneR (79)
geneRecommender (1999)
GeneRegionScan (1743)
generegulation (100)
GeneRfold (39)
geneRxCluster (996)
GeneSelectMMD (1764)
GeneSelector (2115)
GeneSpring (32)
geNetClassifier (1680)
GeneticsBase (31)
GeneticsDesign (1852)
GeneticsPed (2025)
GeneTraffic (62)
GeneTS (3)
genoCN (1781)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3923)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (40805)
genomeIntervals (4717)
genomes (2041)
GenomicAlignments (21500)
GenomicFeatures (38763)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1145)
GenomicInteractions (53)
GenomicRanges (56734)
GenomicTuples (66)
Genominator (2291)
genoset (2691)
GenoView (48)
GEOmetadb (2877)
GEOquery (22929)
geoquery (1)
GEOsubmission (1764)
GEWIST (1665)
gff3Plotter (3)
GGBase (3487)
ggbio (11719)
GGtools (2654)
girafe (2103)
GLAD (2626)
GlobalAncova (2216)
globaltest (4319)
gmapR (1122)
GOexpress (88)
gofunction (1)
GOFunction (2079)
goProfiles (2322)
goprofiles (2)
GOSemSim (4623)
gosemsim (1)
goseq (4903)
GOSim (2117)
gostats (1)
GOstats (12479)
GOsummaries (74)
GOTHiC (1033)
goTools (2486)
gpls (2585)
gprege (1670)
graph (40571)
GraphAlignment (1798)
GraphAT (1756)
graphite (3050)
GraphPAC (1596)
GRENITS (1861)
groHMM (57)
GSAR (125)
GSBenchMark (4)
GSCA (966)
gseabase (1)
GSEABase (14413)
GSEAlm (2386)
GSReg (71)
GSRI (1781)
GSVA (2610)
Gviz (15257)
gwascat (2001)
GWASTools (3147)

H

h5vc (1694)
hapFabia (1709)
Harshlight (1794)
HCsnip (1592)
HDTD (111)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6635)
HELP (1763)
HEM (1710)
hexbin (204)
hiAnnotator (127)
highthroughputassays (31)
HilbertVis (3163)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1611)
hiReadsProcessor (52)
HiTC (1873)
HMMcopy (1927)
hopach (3050)
hpar (1849)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2886)
HTSanalyzeR (2231)
HTSeqGenie (460)
htseqtools (2)
htSeqTools (2086)
HTSFilter (1905)
HybridMTest (1675)
hyperdraw (1955)
hypergraph (2524)

I

iASeq (1901)
iBBiG (1727)
ibh (1642)
iBMQ (1580)
Icens (3403)
iChip (1727)
iClusterPlus (4256)
IdeoViz (48)
idiogram (1808)
IdMappingAnalysis (1648)
IdMappingRetrieval (1693)
iFlow (295)
illuminaio (10171)
imageHTS (1881)
IMPCdata (43)
impute (22212)
INPower (925)
inSilicoDb (2519)
inSilicoMerging (2365)
intansv (1605)
interactiveDisplay (2438)
interactiveDisplayBase (247)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (31)
inveRsion (1675)
inversion (1)
iontree (1672)
iPAC (1745)
IPPD (1851)
IRanges (101065)
iranges (1)
iSeq (1737)
isobar (2071)
IsoGeneGUI (1753)
iSPlot (2)
ITALICS (1708)
iterativeBMA (1731)
iterativeBMAsurv (1730)

J

jmosaics (1596)
joda (1681)

K

KCsmart (1739)
kebabs (62)
KEGGgraph (6957)
keggorth (18)
keggorthology (2017)
KEGGprofile (2159)
KEGGREST (7064)
KEGGSOAP (607)

L

lapmix (1855)
LBE (2029)
les (1773)
limma (65449)
limmaGUI (3120)
LiquidAssociation (1745)
liquidassociation (1)
lmdme (1683)
LMGene (2046)
logicFS (2288)
logitt (1)
logitT (1777)
lol (1723)
LPE (2175)
LPEadj (1697)
lpNet (1644)
lumi (9045)
LVSmiRNA (1848)

M

M3D (63)
maanova (2505)
macat (1749)
maCorrPlot (1701)
maDB (536)
madb (1)
made4 (4236)
maigesPack (1736)
MAIT (63)
makecdfenv (3428)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1738)
manta (1734)
MantelCorr (1729)
maPredictDSC (1487)
marray (10953)
maSigPro (2737)
maskBAD (1653)
MassArray (1843)
massiR (961)
MassSpecWavelet (3268)
matchBox (1677)
matchprobes (126)
MBAmethyl (46)
MBASED (66)
MBCB (1766)
mBPCR (1701)
mcaGUI (1768)
MCRestimate (1950)
mdqc (1937)
MeasurementError.cor (1646)
MEDIPS (2564)
MEDME (1742)
MEIGOR (66)
MergeMaid (2452)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1097)
meshr (988)
messina (951)
metaArray (2384)
Metab (52)
metabomxtr (52)
metagene (59)
metagenomeSeq (2468)
metahdep (1686)
metaMS (1025)
metaMSdata (3)
metaSeq (1532)
metaseqR (984)
methVisual (1821)
methyAnalysis (2471)
MethylAid (116)
MethylMix (55)
methylMnM (1550)
methylPipe (120)
MethylSeekR (1795)
methylumi (8376)
Mfuzz (3734)
mfuzz (1)
MGFM (53)
mgsa (1924)
MiChip (1682)
microRNA (2565)
MIMOSA (975)
MineICA (1622)
minet (4010)
minfi (9616)
MinimumDistance (1671)
MiPP (1751)
MiRaGE (1695)
miRNApath (2014)
miRNAtap (53)
Mirsynergy (991)
missMethyl (94)
mitoODE (1388)
MLInterfaces (3085)
MLP (1780)
MLSeq (1031)
MMDiff (1690)
mmnet (1058)
MmPalateMiRNA (1801)
monocle (234)
MoPS (99)
mosaics (2061)
MotifDb (3039)
motifRG (1796)
motifStack (2802)
MotIV (3094)
MPFE (41)
mQTL.NMR (68)
MSGFgui (56)
MSGFplus (54)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1500)
msmsTests (1466)
MSnbase (3458)
MSnID (46)
msQC (55)
MSstats (1873)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1790)
MultiMed (56)
multiscan (1681)
multtest (28079)
MVCClass (1831)
mvGST (49)
mygene (61)
mzID (2077)
mzR (17121)

N

NarrowPeaks (1741)
ncdfFlow (4209)
NCIgraph (2105)
neaGUI (1569)
nem (1826)
netbiov (72)
NetPathMiner (1002)
netresponse (1727)
NetSAM (1565)
networkBMA (1668)
NGScopy (43)
NGScopyData (4)
nnNorm (1698)
NOISeq (3338)
nondetects (965)
NormqPCR (2139)
npGSEA (991)
NTW (1678)
nucleR (1817)
nucler (1)
nudge (1668)
NuPoP (1734)

O

occugene (1765)
OCplus (1944)
oligo (9987)
oligoClasses (10674)
oligoclasses (1)
OLIN (1832)
OLINgui (1689)
omicade4 (1625)
OmicCircos (2090)
OncoSimulR (43)
oneChannelGUI (2596)
ontoCAT (1863)
ontoTools (47)
openCyto (1634)
oposSOM (101)
OrderedList (2618)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (3508)
OSAT (1651)
OTUbase (1826)
OutlierD (1835)

P

PAA (47)
PADOG (1690)
paircompviz (1486)
pairseqsim (7)
pamr (58)
PAnnBuilder (1873)
panp (1950)
PANR (1664)
PAPi (1628)
parody (2192)
pathifier (1500)
PathNet (1599)
pathRender (1856)
pathview (5413)
PatientGeneSets (72)
paxtoolsr (58)
Pbase (76)
pcaGoPromoter (2022)
pcaMethods (6738)
pcot2 (1688)
PCpheno (1709)
pdInfoBuilder (2581)
pdmclass (1782)
PECA (1074)
pepDat (4)
pepStat (49)
pepXMLTab (43)
PGSEA (2402)
pgUtils (660)
phenoDist (1573)
phenoTest (1832)
PhenStat (1002)
phyloseq (4897)
piano (2610)
pickgene (1687)
PICS (2474)
PING (1792)
pint (1764)
pkgDepTools (2039)
plateCore (1756)
plethy (1473)
plgem (1722)
plier (3152)
PLPE (1804)
plrs (1570)
plw (1679)
polyester (55)
Polyfit (76)
ppiStats (1821)
prada (3475)
prebs (1613)
PREDA (1731)
predictionet (976)
preprocessCore (38601)
proBAMr (34)
PROcess (2338)
procoil (1645)
ProCoNA (1485)
pRoloc (1675)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (99)
PROMISE (1705)
prot2D (1533)
proteinProfiles (1483)
proteoQC (75)
PSEA (44)
PSICQUIC (1678)
puma (2045)
pvac (1717)
pvca (1786)
Pviz (90)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2072)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1401)
QDNAseq (1092)
qpcrNorm (1852)
qpgraph (2872)
qrqc (2140)
QUALIFIER (1442)
quantro (53)
quantsmooth (3587)
QuasR (3957)
qusage (1511)
qvalue (15884)

R

r3Cseq (1786)
R453Plus1Toolbox (1812)
rain (58)
rama (1866)
RamiGO (2267)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1634)
RankProd (4272)
Rariant (961)
RbcBook1 (1863)
RBGL (25099)
rbioinf (1)
RBioinf (1892)
rBiopaxParser (1830)
Rbowtie (3838)
rbsurv (1839)
Rcade (1632)
RCASPAR (1679)
Rchemcpp (1528)
RchyOptimyx (1799)
Rcpi (1637)
RCytoscape (4072)
RDAVIDWebService (2271)
Rdbi (47)
RdbiPgSQL (37)
Rdisop (2095)
RDRToolbox (2105)
ReactomePA (2645)
ReadqPCR (2178)
reb (1676)
RedeR (2337)
REDseq (1905)
RefNet (946)
RefNet.db (3)
RefPlus (1751)
regionReport (56)
Repitools (3076)
ReportingTools (5534)
ReQON (1691)
Resourcerer (1678)
rflowcyt (34)
rfPred (1463)
rGADEM (3476)
RGalaxy (1771)
Rgraphviz (22869)
RGSEA (104)
rhdf5 (14114)
rHVDM (1666)
riboSeq (48)
riboSeqR (53)
ringo (1)
Ringo (3553)
Rintact (18)
RIPSeeker (1824)
Risa (1724)
RLMM (1688)
RMAGEML (12)
rmagpie (1)
Rmagpie (1691)
RMAPPER (1609)
RMassBank (1759)
rMAT (1077)
RmiR (2022)
RNAinteract (1709)
RNAither (1788)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1854)
RNASeqPower (1826)
Rnits (55)
roar (1005)
ROC (5314)
Roleswitch (1469)
Rolexa (1850)
rols (1922)
ROntoTools (1683)
RPA (1932)
RpsiXML (2003)
rpx (1101)
Rqc (59)
rqubic (1701)
rRDP (47)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1588)
rsamtools (3)
Rsamtools (45429)
rsbml (2222)
rSFFreader (959)
RSNPper (10)
Rsubread (3234)
RSVSim (1627)
rTANDEM (1943)
RTCA (1768)
RTN (1654)
RTools4TB (26)
RTopper (1718)
rtracklayer (40843)
Rtreemix (1711)
rTRM (1546)
rTRMui (1467)
Ruuid (65)
RUVnormalize (57)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (333)
RWebServices (397)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (6924)
safe (2012)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1739)
SAGx (2103)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1820)
sangerseqR (1063)
SANTA (1548)
sapFinder (979)
savR (895)
SBMLR (1830)
SCAN.UPC (2108)
ScISI (1862)
scsR (911)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1831)
SemDist (55)
SemSim (22)
SeqArray (1715)
seqbias (1896)
seqCNA (1506)
SeqGSEA (2363)
seqLogo (6150)
Seqnames (31)
seqplots (78)
seqTools (55)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (49)
SeqVarTools (1516)
SGSeq (48)
shinyMethyl (126)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1485)
ShortRead (16735)
sigaR (1735)
SigCheck (53)
SigFuge (1491)
siggenes (12121)
sigPathway (2319)
SIM (1761)
SimBindProfiles (1404)
simpleaffy (11903)
simulatorAPMS (45)
simulatorZ (46)
sizepower (2104)
SJava (495)
SLGI (1742)
slgi (1)
SLqPCR (2094)
SMAP (1685)
SNAGEE (1505)
snapCGH (2235)
snm (1962)
SNPchip (3406)
snpMatrix (293)
SNPRelate (172)
snpStats (5975)
SomatiCA (1637)
SomaticSignatures (1197)
SpacePAC (1436)
spade (2354)
specL (54)
SpeCond (1746)
SPEM (1506)
SPIA (3182)
spikeLI (1635)
spkTools (1641)
splicegear (1699)
spliceR (2049)
spliceSites (1463)
SplicingGraphs (1680)
splots (2835)
spotSegmentation (1806)
SQUADD (1588)
SRAdb (3841)
sRAP (1681)
sscore (1640)
sSeq (1479)
ssize (2103)
SSPA (1899)
ssviz (99)
stam (7)
STAN (61)
staRank (1597)
Starr (1878)
STATegRa (48)
stepNorm (1646)
stepwiseCM (1627)
Streamer (1868)
STRINGdb (1779)
StudentGWAS (5)
supraHex (1598)
survcomp (3693)
Sushi (1197)
sva (7431)
SwimR (1370)
switchBox (54)
synapter (1804)
systemPipeR (56)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1501)
TargetSearch (1802)
TCC (2095)
TDARACNE (1816)
TEQC (1885)
ternarynet (1607)
tfbstools (1)
TFBSTools (1937)
tigre (1793)
tilingArray (2486)
timecourse (2196)
TitanCNA (1011)
tkWidgets (6927)
ToPASeq (47)
topGO (8719)
tracktables (50)
trackViewer (1099)
tRanslatome (1589)
TransView (1701)
triform (1587)
trigger (1703)
trio (1703)
triplex (1625)
TSCAN (49)
tspair (1847)
TSSi (1717)
TurboNorm (1748)
tweeDEseq (2032)
twilight (2723)
typeinfo (1)
TypeInfo (1723)

U

UNDO (938)
unifiedWMWqPCR (948)
UniProt.ws (2137)

V

VanillaICE (2052)
VariantAnnotation (18232)
VariantFiltering (1147)
variants (171)
VariantTools (1017)
vbmp (2125)
Vega (1694)
VegaMC (1699)
viper (955)
virtualArray (2298)
vsn (15229)
vtpnet (1485)

W

wateRmelon (3252)
wavClusteR (125)
waveTiling (1625)
weaver (2200)
webbioc (1779)
widgetTools (6918)

X

xcms (16596)
XDE (1707)
xmapbridge (1640)
xmapcore (253)
XML2R (2)
xps (2603)
xtable (1)
XVector (49640)

Y

yaqcaffy (2037)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (65183)