Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-07-31 10:51:34 -0700 (Fri, 31 Jul 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (180532)
2BiocGenerics (133432)
3IRanges (117723)
4Biobase (117651)
5AnnotationDbi (110191)
6GenomeInfoDb (96217)
7zlibbioc (84243)
8S4Vectors (78047)
9limma (73739)
10Biostrings (71471)
11GenomicRanges (70501)
12XVector (68376)
13annotate (60225)
14Rsamtools (54293)
15BiocParallel (54132)
16genefilter (53707)
17graph (50567)
18biomaRt (50446)
19rtracklayer (49321)
20GenomicAlignments (47271)
21GenomicFeatures (46571)
22preprocessCore (44242)
23affy (41522)
24BSgenome (38993)
25affyio (37321)
26geneplotter (36316)
27edgeR (35446)
28RBGL (32059)
29multtest (30802)
30DESeq2 (30699)
31Rgraphviz (26406)
32VariantAnnotation (26013)
33impute (24662)
34GEOquery (24343)
35biovizBase (23796)
36DESeq (23415)
37qvalue (19170)
38Gviz (19086)
39rhdf5 (19011)
40GSEABase (18723)
41gcrma (17402)
42Category (17268)
43ShortRead (16345)
44AnnotationForge (15952)
45vsn (15363)
46GOstats (14602)
47cummeRbund (13744)
48illuminaio (13287)
49affyPLM (13244)
50siggenes (13219)
51ggbio (12000)
52DNAcopy (11665)
53oligoClasses (11181)
54marray (10799)
55OrganismDbi (10606)
56minfi (10600)
57affxparser (10422)
58EBImage (10249)
59simpleaffy (10249)
60topGO (10228)
61KEGGREST (10214)
62sva (10192)
63bumphunter (9974)
64oligo (9886)
65lumi (9669)
66annaffy (8880)
67methylumi (8777)
68mzR (8621)
69pcaMethods (8141)
70KEGGgraph (8127)
71DynDoc (7895)
72DEXSeq (7639)
73xcms (7165)
74snpStats (7041)
75Heatplus (6890)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Aug/201436638680771
Sep/201448363780498
Oct/201444593824616
Nov/201432728816800
Dec/201430622721197
Jan/2015317211091008
Feb/201531961751161
Mar/201538387948940
Apr/201538853947720
May/201537784873428
Jun/201536463885064
Jul/201534646954661
All months29774810275864

A

a4 (2227)
a4Base (2398)
a4Classif (2199)
a4Core (2450)
a4Preproc (2435)
a4Reporting (2183)
ABAFuncData (3)
ABarray (2151)
ABSSeq (1699)
acde (22)
acepack (1)
aCGH (2917)
ACME (2137)
ADaCGH2 (1927)
adSplit (1943)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10422)
affy (41522)
affycomp (2946)
AffyCompatible (2186)
affyContam (2032)
affycoretools (5536)
affydata (2)
AffyExpress (2130)
affyILM (1893)
affyio (37321)
affylmGUI (3221)
affyPara (1913)
affypdnn (2347)
affyPLM (13244)
affyQCReport (5392)
AffyRNADegradation (1847)
AffyTiling (1880)
AGDEX (1817)
Agi4x44PreProcess (504)
agilp (2437)
AgiMicroRna (2333)
AIMS (422)
ALDEx2 (1173)
AllelicImbalance (1815)
alsace (1565)
altcdfenvs (1939)
ampliQueso (1644)
AnalysisPageServer (346)
annaffy (8880)
AnnBuilder (26)
annmap (1057)
annotate (60225)
annotation (262)
AnnotationDbi (110191)
AnnotationForge (15952)
AnnotationFuncs (1965)
AnnotationHub (4122)
annotationTools (2658)
anota (1955)
antiProfiles (1693)
apComplex (1987)
applera (1)
aroma.light (5679)
ArrayExpress (4754)
ArrayExpressHTS (1078)
arrayMagic (14)
arrayMvout (1816)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (2529)
arrayQualityMetrics (5220)
arrays (398)
ArrayTools (2374)
ArrayTV (1632)
ARRmNormalization (1687)
ASEB (1741)
ASGSCA (1077)
AshkenazimSonChr21 (3)
asmn (1306)
ASSET (1643)
ASSIGN (1561)
AtlasRDF (1617)
attract (1783)

B

BAC (1754)
BADER (1624)
BAGS (1612)
ballgown (1866)
bamsignals (377)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1655)
Basic4Cseq (1744)
BatchJobs (1)
BayesPeak (2927)
baySeq (4732)
BBmisc (1)
BCRANK (2055)
beadarray (6595)
beadarraySNP (1966)
BeadDataPackR (6201)
BeadExplorer (4)
BEAT (1514)
BEclear (321)
betr (2103)
bgafun (1707)
BGmix (989)
bgx (1848)
BHC (2302)
BicARE (1892)
BiGGR (1666)
bigmemoryExtras (1000)
bioassayR (1969)
Biobase (117651)
BiocCaseStudies (1836)
BiocCheck (2396)
biocDatasets (21)
BiocGenerics (133432)
biocGraph (1944)
BiocInstaller (180532)
Biocinstaller (1)
BiocParallel (54132)
BiocStyle (5980)
biocViews (3323)
bioDist (4171)
biomaRt (50446)
BioMVCClass (1759)
biomvRCNS (1678)
BioNet (3163)
BioSeqClass (1906)
Biostrings (71471)
biosvd (1539)
biovizBase (23796)
BiRewire (1740)
birta (1767)
birte (354)
BiSeq (2425)
bitops (1)
BitSeq (2664)
blima (1085)
BRAIN (2130)
BrainStars (1751)
brew (1)
bridge (1779)
BridgeDbR (1023)
BrowserViz (274)
BrowserVizDemo (214)
BSgenome (38993)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (1)
bsseq (3163)
BubbleTree (399)
BufferedMatrix (1800)
BufferedMatrixMethods (1738)
bumphunter (9974)
BUS (1635)

C

CAFE (1545)
CAGEr (1948)
CALIB (1712)
CAMERA (3500)
canceR (339)
cancerclass (1671)
CancerMutationAnalysis (1818)
CAnD (306)
caOmicsV (3)
Cardinal (382)
casper (1721)
Category (17268)
categoryCompare (1668)
CausalR (13)
ccrepe (1522)
cellGrowth (1663)
cellHTS (1720)
cellHTS2 (2714)
CellNOptR (2059)
CexoR (1597)
CFAssay (979)
CGEN (1937)
CGHbase (2465)
CGHcall (2290)
cghMCR (3057)
CGHnormaliter (1686)
CGHregions (1801)
ChAMP (2838)
charm (1972)
checkmate (1)
ChemmineOB (2283)
ChemmineR (3763)
chimera (2721)
chipenrich (1619)
ChIPpeakAnno (6327)
ChIPQC (1859)
ChIPseeker (2654)
chipseq (4221)
ChIPseqR (2100)
ChIPsim (2008)
ChIPXpress (945)
chopsticks (1988)
chroGPS (1625)
chromDraw (309)
ChromHeatMap (1791)
ChromoViz (3)
cisPath (1627)
ClassifyR (1085)
cleanUpdTSeq (1472)
cleaver (1937)
clippda (1602)
clipper (1858)
Clomial (1446)
Clonality (1609)
clonotypeR (1509)
clst (1613)
clstutils (1515)
clusterProfiler (4381)
clusterStab (1864)
CMA (2183)
cn.farms (1635)
cn.mops (3058)
CNAnorm (1790)
CNEr (1830)
CNORdt (1555)
CNORfeeder (1503)
CNORfuzzy (1538)
CNORode (1640)
CNTools (2075)
cnvGSA (1568)
CNVPanelizer (10)
CNVrd2 (1521)
CNVtools (1774)
cobindR (1504)
CoCiteStats (1709)
codelink (1753)
CODEX (483)
CoGAPS (1133)
cogena (355)
coGPS (1542)
COHCAP (1692)
colorspace (1)
coMET (380)
COMPASS (1462)
compcodeR (1654)
compEpiTools (1122)
CompGO (1475)
ComplexHeatmap (658)
ConsensusClusterPlus (3322)
conumee (346)
convert (2863)
copa (1698)
COPDSexualDimorphism (1227)
CopyhelpeR (4)
copynumber (2046)
CopyNumber450k (1512)
CopywriteR (378)
CoRegNet (1078)
Cormotif (1590)
CorMut (1625)
coRNAi (1518)
CORREP (1627)
cosmiq (987)
cosmo (106)
cosmoGUI (108)
COSNet (945)
CoverageView (1043)
cpvSNP (309)
cqn (2252)
CRImage (1854)
CRISPRseek (1713)
crlmm (2847)
CSAR (2140)
csaw (1204)
CSSP (1458)
ctc (3996)
cummeRbund (13744)
cummerbund (1)
customProDB (1670)
cycle (1659)
cytofkit (354)

D

dagLogo (1493)
daMA (1602)
DART (1548)
DASiR (1483)
DAVIDQuery (2057)
DBChIP (1731)
DBI (1)
ddCt (2156)
ddgraph (1597)
DECIPHER (2013)
DeconRNASeq (1665)
DEDS (1643)
deepSNV (1789)
DEGraph (1875)
DEGreport (997)
DEGseq (3692)
deltaGseg (1410)
DeMAND (8)
derfinder (1203)
derfinderData (4)
derfinderHelper (1182)
derfinderPlot (1041)
DESeq (23415)
deseq (1)
DESeq2 (30699)
destiny (1)
DEXSeq (7639)
dexus (1585)
DFP (1587)
dichromat (1)
DiffBind (4050)
diffGeneAnalysis (1617)
diffHic (345)
digest (1)
diggit (305)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2205)
dks (1467)
DMRcaller (312)
DMRcate (1769)
DMRforPairs (1455)
DNAcopy (11665)
DNaseR (1288)
domainsignatures (1610)
DOQTL (1084)
DOSE (4862)
DriverNet (1603)
DrugVsDisease (1646)
DSS (1998)
DTA (1550)
dualKS (1568)
DupChecker (927)
dyebias (1588)
DynDoc (7895)

E

EasyqpcR (1852)
easyRNASeq (3854)
EBarrays (2398)
EBcoexpress (1618)
EBImage (10249)
EBSeq (3866)
EBSeqHMM (1023)
ecolitk (1619)
EDASeq (3810)
edd (45)
EDDA (1530)
edge (461)
edgeR (35446)
eiR (925)
eisa (1946)
ELBOW (1438)
ELMER (19)
ELMER.data (8)
EMDomics (334)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (310)
ENmix (344)
EnrichmentBrowser (1146)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (379)
ensemblVEP (2256)
ENVISIONQuery (1562)
epigenomix (1578)
epivizr (1937)
eQTL (31)
erccdashboard (1128)
erma (7)
ExiMiR (1690)
exomeCopy (2258)
exomePeak (1612)
exonfindR (251)
exonmap (87)
explorase (1274)
ExpressionView (1605)
externalVector (132)

F

fabia (2231)
facopy (989)
facopy.annot (5)
factDesign (1803)
fail (1)
farms (1762)
fastLiquidAssociation (1030)
fastseg (1611)
fbat (18)
fCI (1)
fdrame (1664)
FEM (1043)
ffpe (1618)
FGNet (1962)
FISHalyseR (299)
flagme (1633)
flipflop (1563)
flowBeads (1433)
flowBin (1403)
flowcatchR (991)
flowCHIC (975)
flowCL (1420)
flowClean (1001)
flowClust (2729)
flowCore (6855)
flowCyBar (1395)
flowDensity (1213)
flowFit (1467)
flowFlowJo (1451)
flowFP (1799)
flowMap (1510)
flowMatch (1431)
flowMeans (2059)
flowMerge (1873)
flowPeaks (1695)
flowPhyto (1297)
flowPlots (1628)
flowQ (1352)
flowQB (1541)
FlowRepositoryR (297)
FlowSOM (329)
flowStats (3686)
flowTrack (2)
flowTrans (1689)
flowType (1704)
flowUtils (1999)
flowViz (5297)
flowVS (319)
flowWorkspace (4437)
fmcsR (2276)
focalCall (971)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (1039)
FRGEpistasis (1356)
frma (2718)
frmaTools (1800)
FunciSNP (1741)

G

gaga (1764)
gage (4926)
gaggle (1566)
gaia (1530)
gaucho (1375)
gCMAP (1820)
gCMAPWeb (1545)
gcrma (17402)
gdsfmt (2734)
geecc (975)
genArise (1610)
GENE.E (1867)
gene2pathway (119)
GeneAnswers (2592)
GeneExpressionSignature (1707)
genefilter (53707)
genefu (2306)
GeneGA (929)
GeneGroupAnalysis (104)
GeneMeta (2112)
GeneNetworkBuilder (1697)
GeneOverlap (1528)
geneplotter (36316)
GeneR (65)
geneRecommender (1656)
GeneRegionScan (1571)
generegulation (67)
GeneRfold (34)
geneRxCluster (1390)
GeneSelectMMD (1520)
GeneSelector (1994)
GENESIS (315)
GeneSpring (38)
geNetClassifier (1723)
GeneticsBase (16)
GeneticsDesign (1644)
GeneticsPed (1722)
GeneTraffic (31)
GeneTS (5)
genoCN (1605)
genomation (427)
GenomeGraphs (3677)
GenomeInfoDb (96217)
genomeIntervals (4764)
genomes (1894)
GenomicAlignments (47271)
GenomicFeatures (46571)
GenomicFiles (1933)
GenomicInteractions (1001)
GenomicRanges (70501)
GenomicTuples (990)
Genominator (2055)
genoset (2553)
genotypeeval (2)
GenoView (929)
GEOmetadb (2808)
GEOquery (24343)
geoquery (1)
GEOsubmission (1616)
gespeR (311)
GEWIST (1445)
gff3Plotter (2)
GGBase (2918)
ggbio (12000)
GGtools (2335)
ggtree (707)
girafe (2078)
GLAD (2711)
GlobalAncova (2004)
globaltest (4312)
gmapR (928)
GOexpress (1279)
GOFunction (1948)
GoogleGenomics (340)
goProfiles (2152)
GOSemSim (5637)
goseq (5383)
GOSim (1975)
GOstats (14602)
GOsummaries (1152)
GOTHiC (1463)
goTools (2256)
gpls (2276)
gprege (1519)
gQTLBase (474)
gQTLstats (481)
graph (50567)
GraphAlignment (1597)
GraphAT (1530)
graphite (3321)
GraphPAC (1474)
GRENITS (1610)
GreyListChIP (301)
grndata (4)
groHMM (1004)
GSAR (1028)
GSCA (1435)
GSEABase (18723)
GSEAlm (2232)
GSReg (953)
GSRI (1590)
GSVA (2545)
gtrellis (307)
Gviz (19086)
gwascat (2167)
GWASTools (3053)

H

h5vc (1594)
hapFabia (1544)
Harshlight (1570)
HCsnip (1510)
HDTD (937)
Heatplus (6890)
HELP (1609)
HEM (1558)
hexbin (155)
hiAnnotator (970)
HIBAG (340)
hierGWAS (1)
highthroughputassays (45)
HilbertVis (3164)
HilbertVisGUI (1235)
hiReadsProcessor (930)
HiTC (1761)
Hmisc (1)
HMMcopy (1813)
hopach (2957)
hpar (1939)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2818)
HTSanalyzeR (2030)
HTSandGeneCentricLabs (2)
HTSeqGenie (482)
htSeqTools (2041)
HTSFilter (1843)
HybridMTest (1481)
hyperdraw (1823)
hypergraph (2456)

I

iASeq (1465)
iBBiG (1583)
ibh (1455)
iBMQ (1521)
Icens (3215)
iChip (1533)
iClusterPlus (4671)
IdeoViz (1024)
idiogram (1620)
IdMappingAnalysis (1456)
IdMappingRetrieval (1483)
iFlow (99)
illuminaio (13287)
imageHTS (1658)
immunoClust (305)
IMPCdata (874)
impute (24662)
InPAS (297)
INPower (1311)
inSilicoDb (2438)
inSilicoMerging (2302)
INSPEcT (5)
intansv (1545)
interactiveDisplay (4947)
interactiveDisplayBase (4630)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (6)
inveRsion (1493)
IONiseR (9)
iontree (1478)
iPAC (1576)
IPPD (1835)
IRanges (117723)
iSeq (1582)
isobar (2094)
IsoGeneGUI (1598)
iSPlot (2)
ITALICS (1530)
iterativeBMA (1579)
iterativeBMAsurv (1545)
iterators (1)
IVAS (283)

J

jmosaics (1484)
joda (1498)

K

KCsmart (1557)
kebabs (1121)
KEGGgraph (8127)
keggorth (16)
keggorthology (1834)
KEGGprofile (2272)
KEGGREST (10214)
KEGGSOAP (264)
KFAS (1)

L

labeling (1)
lapmix (1511)
latticeExtra (1)
LBE (1799)
LEA (369)
LedPred (1)
les (1589)
liftOver (17)
limma (73739)
limmaGUI (2782)
LiquidAssociation (1530)
lmdme (1589)
LMGene (1790)
logicFS (2243)
logitT (1545)
lol (1495)
LowMACA (300)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (1905)
LPEadj (1506)
lpNet (1464)
lumi (9669)
LVSmiRNA (1642)

M

M3D (1012)
maanova (2284)
macat (1589)
maCorrPlot (1517)
maDB (127)
made4 (3943)
maigesPack (1575)
MAIT (1086)
makecdfenv (3216)
makePlatformDesign (27)
MANOR (1579)
manta (1517)
MantelCorr (1506)
mAPKL (335)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1483)
marray (10799)
maSigPro (2713)
maskBAD (1488)
MassArray (1591)
massiR (1417)
MassSpecWavelet (3267)
matchBox (1498)
matchprobes (104)
MatrixRider (287)
MBAmethyl (885)
MBASED (1042)
MBCB (1580)
mBPCR (1530)
mcaGUI (1521)
MCRestimate (1600)
mdgsa (296)
mdqc (1736)
MeasurementError.cor (1471)
MEDIPS (2403)
MEDME (1608)
MEIGOR (895)
MergeMaid (2179)
MeSHDbi (1765)
meshr (1497)
MeSHSim (297)
messina (1326)
metaArray (2097)
Metab (1006)
metabomxtr (924)
metagene (980)
metagenomeSeq (3967)
metahdep (1536)
metaMS (1533)
metaSeq (1552)
metaseqR (1578)
MethTargetedNGS (283)
methVisual (1599)
methyAnalysis (2228)
MethylAid (1101)
MethylMix (1090)
methylMnM (1479)
methylPipe (1244)
MethylSeekR (1709)
methylumi (8777)
Mfuzz (4043)
MGFM (934)
mgsa (1698)
MiChip (1529)
microRNA (2277)
MIMOSA (1374)
MineICA (1501)
minet (4578)
minfi (10600)
MinimumDistance (1562)
minionSummaryData (4)
MiPP (1542)
MiRaGE (1550)
mirIntegrator (7)
miRLAB (3)
miRNApath (1756)
miRNAtap (1024)
Mirsynergy (1359)
missMethyl (1116)
mitoODE (1349)
MLInterfaces (3179)
MLP (1561)
MLSeq (1585)
MMDiff (1592)
mmnet (1513)
MmPalateMiRNA (1565)
mogsa (305)
monocle (1526)
MoPS (883)
mosaics (1795)
MotifDb (2711)
motifRG (1614)
motifStack (2784)
MotIV (2997)
MPFE (879)
mQTL.NMR (935)
msa (401)
MSGFgui (1182)
MSGFplus (1256)
msmsEDA (1566)
msmsTests (1570)
MSnbase (3966)
MSnID (1191)
msQC (5)
MSstats (1926)
mtbls2 (2)
Mulcom (1830)
MultiMed (879)
multiscan (1498)
multtest (30802)
munsell (1)
muscle (506)
MVCClass (1625)
mvGST (947)
mygene (1504)
mzID (3143)
mzR (8621)

N

NanoStringQCPro (323)
NarrowPeaks (1554)
ncdfFlow (3790)
NCIgraph (1903)
neaGUI (1679)
nem (1720)
netbenchmark (337)
netbiov (1005)
nethet (295)
NetPathMiner (1443)
netresponse (1529)
NetSAM (1431)
networkBMA (1600)
NGScopy (919)
NGScopyData (4)
nnNorm (1530)
NOISeq (3602)
nondetects (1368)
NormqPCR (2141)
npGSEA (1439)
NTW (1430)
nucleR (1672)
nudge (1490)
NuPoP (1506)

O

occugene (1419)
OCplus (1871)
OGSA (2)
oligo (9886)
oligoClasses (11181)
OLIN (1582)
OLINgui (1527)
omicade4 (1661)
OmicCircos (2354)
OmicsMarkeR (295)
OncoSimulR (773)
oneChannelGUI (2313)
ontoCAT (1663)
ontoTools (41)
openCyto (1831)
OperaMate (5)
oposSOM (1071)
OrderedList (2692)
org.Hs.eg.db (1)
OrganismDbi (10606)
OSAT (1435)
OTUbase (1586)
OutlierD (1654)

P

PAA (1012)
PADOG (1571)
paircompviz (1432)
pairseqsim (4)
pamr (41)
pandaR (323)
PAnnBuilder (1682)
panp (1680)
PANR (1506)
PAPi (1517)
parglms (279)
parody (2123)
pathifier (1597)
PathNet (1523)
pathRender (1520)
pathview (6294)
PatientGeneSets (38)
paxtoolsr (1212)
Pbase (951)
pbcmc (1)
pcaGoPromoter (1561)
pcaMethods (8141)
pcot2 (1697)
PCpheno (1460)
pdInfoBuilder (2340)
pdmclass (1584)
PECA (1338)
pepStat (933)
pepXMLTab (911)
PGA (4)
PGSEA (2486)
pgUtils (147)
phenoDist (1448)
phenoTest (1747)
PhenStat (1311)
phyloseq (6444)
piano (2663)
pickgene (1507)
PICS (2243)
PING (1613)
pint (1567)
pkgDepTools (1812)
plateCore (1548)
plethy (1417)
plgem (1617)
plier (3079)
PLPE (1515)
plrs (1436)
plw (1500)
plyr (1)
pmm (284)
podkat (297)
polyester (1099)
Polyfit (916)
ppiStats (1623)
prada (3296)
prebs (1483)
PREDA (1523)
predictionet (842)
preprocessCore (44242)
Prize (3)
proBAMr (870)
PROcess (2267)
procoil (1430)
ProCoNA (1455)
pRoloc (1842)
pRolocdata (4)
pRolocGUI (1003)
PROMISE (1505)
PROPER (317)
prot2D (1463)
proteinProfiles (1383)
proteomics (15)
proteoQC (984)
ProtGenerics (1734)
PSEA (903)
PSICQUIC (1693)
puma (2032)
pvac (1567)
pvca (1781)
Pviz (996)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1968)
pwOmics (224)

Q

qcmetrics (1419)
QDNAseq (1633)
qpcrNorm (1634)
qpgraph (2615)
qrqc (2141)
QUALIFIER (1505)
quantro (1077)
quantsmooth (3816)
QuartPAC (283)
QuasR (3153)
qusage (1510)
qvalue (19170)

R

R3CPET (283)
r3Cseq (1789)
R453Plus1Toolbox (1602)
rain (1017)
rama (1717)
RamiGO (2045)
randPack (1492)
RankProd (4064)
RareVariantVis (9)
Rariant (1357)
RbcBook1 (1640)
RBGL (32059)
RBioinf (1640)
rBiopaxParser (1744)
RBM (303)
Rbowtie (3197)
rbsurv (1540)
Rcade (1482)
RCASPAR (1427)
rcellminer (324)
rcellminerData (4)
rCGH (2)
Rchemcpp (1413)
RchyOptimyx (1575)
RColorBrewer (1)
Rcpi (1960)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (207)
RCytoscape (3722)
RDAVIDWebService (3117)
Rdbi (42)
RdbiPgSQL (22)
Rdisop (2027)
RDRToolbox (2184)
ReactomePA (2703)
ReadqPCR (2221)
reb (1502)
RedeR (2239)
REDseq (1702)
RefNet (1375)
RefPlus (1610)
regioneR (294)
regionReport (959)
Repitools (3068)
ReportingTools (6265)
ReQON (1469)
Resourcerer (678)
rflowcyt (43)
rfPred (1354)
rGADEM (3474)
RGalaxy (1504)
Rgraphviz (26406)
rGREAT (299)
RGSEA (992)
rgsepd (286)
rhdf5 (19011)
Rhtslib (427)
rHVDM (1529)
riboSeq (26)
riboSeqR (1024)
Ringo (3558)
rintact (1)
Rintact (26)
RIPSeeker (1674)
Risa (1502)
RLMM (1484)
RMAGEML (17)
Rmagpie (1525)
RMAPPER (671)
RMassBank (1659)
rMAT (1045)
RmiR (1788)
RNAinteract (1469)
RNAither (1562)
RNAprobR (277)
rnaseqcomp (6)
rnaseqGene (833)
rnaSeqMap (1699)
RNASeqPower (1877)
RnaSeqSampleSize (312)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (618)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (930)
roar (1330)
ROC (5585)
Roleswitch (1405)
Rolexa (1592)
rols (1946)
ROntoTools (1632)
ropls (6)
RPA (1641)
RpsiXML (1761)
rpx (1994)
Rqc (977)
rqubic (1658)
rRDP (911)
rRDPData (5)
Rredland (11)
RRHO (1467)
Rsamtools (54293)
rsbml (2034)
rSFFreader (849)
RSNPper (17)
RSQLite (1)
Rsubread (4343)
RSVSim (1608)
rTANDEM (2047)
RTCA (1571)
RTCGAToolbox (59)
RTN (1640)
RTools4TB (38)
RTopper (1539)
rtracklayer (49321)
Rtreemix (1495)
rTRM (1428)
rTRMui (1369)
Ruuid (58)
RUVcorr (294)
RUVnormalize (989)
RUVnormalizeData (3)
RUVSeq (1907)
RWebServices (333)

S

S4Vectors (78047)
safe (2051)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1491)
SAGx (2061)
SamSPECTRAL (1612)
sangerseqR (2366)
SANTA (1453)
sapFinder (1333)
saps (321)
savR (1465)
SBMLR (1592)
scales (1)
SCAN.UPC (1943)
ScISI (1662)
SCLCBam (4)
scsR (1306)
SeattleIntro2010 (8)
segmentSeq (1824)
SELEX (293)
SemDist (870)
SemSim (15)
sendmailR (1)
seq2pathway (333)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1632)
seqbias (1689)
seqCNA (1455)
SeqGSEA (2402)
seqLogo (6737)
seqPattern (287)
seqplots (1190)
seqTools (986)
SequenceAnalysis (3)
SequenceAnalysisData (25)
sequencing (15)
SeqVarTools (1464)
SGSeq (945)
shinyMethyl (1275)
shinyTANDEM (1433)
ShortRead (16345)
sidap (5)
sigaR (1601)
SigCheck (938)
SigFuge (1406)
siggenes (13219)
sigPathway (2256)
sigsquared (274)
SIM (1605)
SIMAT (283)
SimBindProfiles (1369)
similaRpeak (273)
simpleaffy (10249)
simulatorAPMS (23)
simulatorZ (903)
sincell (374)
sizepower (1783)
SJava (382)
skewr (277)
SLGI (1520)
SLqPCR (1651)
SMAP (1487)
SNAGEE (1413)
snapCGH (2004)
snm (1773)
SNPchip (3231)
snpMatrix (236)
SNPRelate (2383)
snpStats (7041)
soGGi (298)
SomatiCA (1474)
SomaticSignatures (1712)
SpacePAC (1399)
spade (2149)
specL (927)
SpeCond (1735)
SPEM (1363)
SPIA (3371)
spikeLI (1447)
spkTools (1482)
splicegear (1478)
spliceR (1993)
spliceSites (1380)
SplicingGraphs (1723)
splots (2791)
spotSegmentation (1665)
SQUADD (1414)
SRAdb (4603)
sRAP (1692)
sscore (1463)
sSeq (1493)
ssize (1860)
SSPA (1750)
ssviz (919)
stam (9)
STAN (1012)
staRank (1396)
Starr (1686)
STATegRa (943)
stepNorm (1490)
stepwiseCM (1500)
Streamer (1474)
STRINGdb (2117)
stringr (1)
StudentGWAS (1)
SummarizedExperiment (484)
supraHex (1839)
survcomp (3941)
Sushi (1900)
sva (10192)
SVM2CRM (285)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1311)
switchBox (928)
synapter (1860)
systemPipeR (2044)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1416)
TargetSearch (1621)
TCC (2189)
TDARACNE (1611)
TEQC (1714)
ternarynet (1388)
TFBSTools (2022)
tigre (1557)
tilingArray (2143)
timecourse (2045)
TimerQuant (1)
TIN (314)
TitanCNA (1480)
tkWidgets (6671)
ToPASeq (1030)
topGO (10228)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (300)
tracktables (893)
trackViewer (1509)
tRanslatome (1550)
TransView (1519)
traseR (2)
triform (1400)
trigger (1475)
trio (1710)
triplex (1421)
TRONCO (292)
TSCAN (898)
tspair (1685)
TSSi (1462)
TurboNorm (1502)
tweeDEseq (1700)
twilight (2820)
TypeInfo (1473)

U

UNDO (1347)
unifiedWMWqPCR (1333)
UniProt.ws (2153)

V

VanillaICE (1822)
VariantAnnotation (26013)
VariantFiltering (1651)
variants (165)
VariantTools (941)
vbmp (2060)
Vega (1448)
VegaMC (1465)
viper (1432)
virtualArray (910)
vsn (15363)
vtpnet (1429)

W

wateRmelon (3467)
wavClusteR (963)
waveTiling (1446)
weaver (1732)
webbioc (1568)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6867)

X

XBSeq (1)
xcms (7165)
XDE (1515)
xmapbridge (1440)
xmapcore (73)
XML (1)
xps (2182)
XVector (68376)

Y

yaqcaffy (1835)

Z

zlibbioc (84243)