Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-10-17 09:42:44 -0700 (Fri, 17 Oct 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (132909)
2BiocGenerics (101510)
3IRanges (96901)
4Biobase (95873)
5AnnotationDbi (83020)
6limma (62414)
7zlibbioc (62207)
8Biostrings (56626)
9GenomicRanges (54212)
10annotate (49653)
11XVector (47028)
12genefilter (44162)
13Rsamtools (43654)
14biomaRt (41743)
15rtracklayer (39256)
16graph (38769)
17affy (38415)
18GenomeInfoDb (37324)
19GenomicFeatures (37184)
20preprocessCore (37104)
21BSgenome (36276)
22affyio (33814)
23geneplotter (28516)
24edgeR (27894)
25multtest (26979)
26RBGL (24076)
27DESeq (23096)
28Rgraphviz (21899)
29impute (21405)
30GEOquery (20918)
31biovizBase (20243)
32GenomicAlignments (19980)
33BiocParallel (19325)
34DESeq2 (18866)
35flowCore (17949)
36VariantAnnotation (17440)
37gcrma (17175)
38mzR (16830)
39xcms (16345)
40ShortRead (16201)
41qvalue (15314)
42Gviz (14658)
43vsn (14655)
44AnnotationForge (13886)
45GSEABase (13817)
46cummeRbund (13601)
47rhdf5 (13465)
48affyPLM (13159)
49Category (12699)
50GOstats (12006)
51siggenes (11652)
52simpleaffy (11500)
53ggbio (11322)
54marray (10574)
55affxparser (10434)
56oligoClasses (10333)
57DNAcopy (10233)
58illuminaio (9668)
59oligo (9662)
60annaffy (9456)
61minfi (9272)
62lumi (8764)
63topGO (8121)
64DynDoc (8067)
65methylumi (8067)
66EBImage (7934)
67bumphunter (7827)
68DEXSeq (7474)
69sva (7150)
70KEGGREST (6741)
71tkWidgets (6673)
72beadarray (6668)
73KEGGgraph (6664)
74widgetTools (6653)
75pcaMethods (6483)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788985
Oct/201427518400299
All months2723798710166

A

a4 (2360)
a4Base (2473)
a4Classif (2325)
a4Core (2470)
a4Preproc (2487)
a4Reporting (2294)
ABarray (2257)
ABSSeq (1060)
aCGH (3022)
ACME (2212)
ADaCGH2 (2105)
adSplit (2089)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10434)
affy (38415)
affycomp (3166)
AffyCompatible (2370)
affyContam (2129)
affycoretools (5360)
affydata (1)
AffyExpress (2362)
affyILM (2069)
affyio (33814)
affylmGUI (3333)
affyPara (2084)
affypdnn (2468)
affyPLM (13159)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6159)
AffyRNADegradation (2074)
AffyTiling (2227)
AGDEX (1990)
Agi4x44PreProcess (1541)
agilp (2349)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2532)
AIMS (1)
ALDEx2 (11)
AllelicImbalance (1759)
alsace (1010)
altcdfenvs (2156)
ampliQueso (1682)
annaffy (9456)
AnnBuilder (30)
annmap (988)
annotate (49653)
annotation (288)
AnnotationDbi (83020)
AnnotationForge (13886)
AnnotationFuncs (2164)
AnnotationHub (3145)
annotationTools (2744)
anota (2095)
antiProfiles (1909)
apcluster (1)
apComplex (2212)
aroma.light (5293)
ArrayExpress (4616)
ArrayExpressHTS (1187)
arrayMagic (9)
arrayMvout (2021)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2719)
arrayQualityMetrics (5171)
arrays (496)
ArrayTools (2461)
ArrayTV (1742)
ARRmNormalization (1792)
ASEB (1878)
ASGSCA (5)
asmn (1047)
ASSET (1584)
ASSIGN (988)
AtlasRDF (1045)
attract (1984)

B

BAC (1914)
BADER (1832)
BAGS (1615)
ballgown (101)
BaseSpaceR (1813)
Basic4Cseq (1120)
BayesPeak (2952)
baySeq (4320)
bcellViper (3)
BCRANK (2255)
beadarray (6668)
beadarraySNP (2176)
BeadDataPackR (6061)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (1)
BEAT (1006)
betr (2084)
bgafun (2018)
BGmix (1057)
bgx (1983)
BHC (2421)
BicARE (1998)
BiGGR (1708)
bigmemoryExtras (1117)
bioassayR (1905)
Biobase (95873)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2033)
BiocCheck (1374)
biocDatasets (33)
BiocGenerics (101510)
biocGraph (2178)
BiocInstaller (132909)
biocinstaller (2)
BiocParallel (19325)
BiocStyle (3723)
biocViews (2761)
bioDist (4573)
biomaRt (41743)
BioMVCClass (2195)
biomvRCNS (1674)
BioNet (3211)
BioSeqClass (2062)
Biostrings (56626)
biostrings (1)
biosvd (1023)
biovizbase (1)
biovizBase (20243)
BiRewire (1683)
birta (1898)
BiSeq (2237)
BitSeq (2477)
blima (93)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2171)
BrainStars (1922)
bridge (1967)
BridgeDbR (11)
BSgenome (36276)
bsseq (2433)
BufferedMatrix (1936)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1872)
bumphunter (7827)
BUS (1799)

C

CAFE (977)
CAGEr (1897)
CALIB (1808)
CAMERA (3239)
cancerclass (1799)
CancerMutationAnalysis (1880)
casper (1743)
Category (12699)
categoryCompare (1816)
ccrepe (1005)
cellGrowth (1761)
cellhts (1)
cellHTS (1889)
cellHTS2 (2687)
CellNOptR (2115)
CexoR (1569)
CFAssay (9)
CGEN (1882)
CGHbase (2431)
CGHcall (2285)
cghcall (1)
cghMCR (1884)
CGHnormaliter (1785)
CGHregions (1861)
ChAMP (2667)
charm (2073)
ChemmineOB (2211)
ChemmineR (3392)
chemminer (3)
chimera (2590)
chipenrich (1545)
ChIPpeakAnno (4842)
ChIPQC (1137)
ChIPseeker (1372)
chipseq (3922)
ChIPseqR (1999)
ChIPsim (1950)
ChIPXpress (921)
chopsticks (2100)
chroGPS (1733)
ChromHeatMap (1898)
cisPath (1687)
ClassifyR (19)
cleanUpdTSeq (1497)
cleaver (1795)
clippda (1712)
clipper (1880)
Clomial (938)
Clonality (1767)
clonotypeR (1471)
clst (1717)
clstutils (1674)
clusterProfiler (3352)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2007)
CMA (2472)
cn.farms (1752)
cn.mops (3005)
cnanorm (1)
CNAnorm (1862)
CNEr (1097)
CNORdt (1640)
CNORfeeder (1613)
CNORfuzzy (1666)
CNORode (1701)
CNTools (2063)
cnvGSA (1702)
CNVrd2 (1532)
CNVtools (1940)
cnvtools (1)
cobindR (1506)
CoCiteStats (1878)
codelink (1835)
CoGAPS (471)
coGPS (1638)
COHCAP (1103)
COHCAPanno (3)
COMPASS (965)
compcodeR (1093)
compEpiTools (26)
CompGO (969)
ConsensusClusterPlus (2872)
convert (3044)
copa (1925)
COPDSexualDimorphism (903)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1916)
CopyNumber450k (953)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (9)
Cormotif (1649)
CorMut (1709)
coRNAi (1696)
CORREP (1770)
cosmiq (67)
cosmo (162)
cosmoGUI (198)
COSNet (5)
CoverageView (586)
cqn (2414)
CRImage (2017)
CRISPRseek (1130)
crlmm (3387)
CSAR (2181)
csaw (10)
CSSP (1490)
ctc (4303)
cummeRbund (13601)
customProDB (1605)
cycle (1854)

D

dagLogo (1445)
dama (2)
daMA (1699)
DART (1709)
DASiR (1743)
DAVIDQuery (2316)
DBChIP (1851)
ddCt (2251)
ddgraph (1770)
DECIPHER (1921)
DeconRNASeq (1716)
DEDS (1775)
deepSNV (1886)
DEGraph (1994)
DEGreport (66)
DEGseq (3764)
deltaGseg (1545)
derfinder (15)
derfinderData (4)
derfinderHelper (14)
derfinderPlot (14)
DESeq (23096)
DESeq2 (18866)
DEXSeq (7474)
dexus (1699)
DFP (1688)
DiffBind (3819)
diffGeneAnalysis (1910)
DirichletMultinomial (1968)
dks (1644)
DMRcate (1038)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (931)
DNAcopy (10233)
DNaseR (1569)
domainsignatures (1819)
DOQTL (78)
DOSE (3621)
DriverNet (1674)
DrugVsDisease (1674)
DSS (1985)
DTA (1668)
dualKS (1240)
DupChecker (56)
dyebias (1697)
DynDoc (8067)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1873)
easyRNASeq (4581)
EBarrays (2386)
EBcoexpress (1812)
EBImage (7934)
EBSeq (3284)
EBSeqHMM (8)
ecolitk (1790)
EDASeq (2919)
edd (59)
EDDA (990)
edger (1)
edgeR (27894)
eiR (938)
eisa (2167)
ELBOW (940)
EnrichmentBrowser (6)
ensemblVEP (2366)
ENVISIONQuery (1716)
epigenomix (1624)
epivizr (1681)
eQTL (27)
erccdashboard (15)
ExiMiR (1779)
exomeCopy (2306)
exomePeak (1545)
exonfindR (6)
exonmap (114)
explorase (1369)
ExpressionView (1766)
expressionview (1)
externalVector (326)

F

fabia (2197)
facopy (6)
facopy.annot (5)
factDesign (1987)
farms (1924)
fastLiquidAssociation (911)
fastseg (1759)
fbat (32)
fdrame (1816)
FEM (7)
ffpe (1675)
FGNet (1654)
flagme (1791)
flipflop (1461)
flowBeads (1470)
flowBin (969)
flowcatchR (10)
flowCHIC (5)
flowCL (930)
flowClean (66)
flowClust (2846)
flowCore (17949)
flowCyBar (931)
flowDensity (82)
flowFit (1462)
flowFlowJo (1857)
flowFP (1966)
flowMap (1513)
flowMatch (955)
flowMeans (2191)
flowMerge (2035)
flowPeaks (1777)
flowPhyto (1682)
flowPlots (1772)
flowq (1)
flowQ (1370)
flowQB (1626)
flowStats (3753)
flowTrans (1869)
flowType (1937)
flowUtils (2101)
flowViz (5645)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4721)
fmcsR (2234)
focalCall (7)
fOptions (1)
FourCSeq (14)
FRGEpistasis (911)
frma (2748)
frmaTools (1943)
FunciSNP (1900)

G

gaga (1859)
gage (4355)
gaggle (1704)
gaia (1689)
gaucho (911)
gCMAP (1748)
gCMAPWeb (1589)
gcrma (17175)
geecc (6)
genArise (1681)
GENE.E (1899)
gene2pathway (245)
GeneAnswers (3818)
GeneExpressionSignature (1783)
genefilter (44162)
genefu (2269)
GeneGA (1012)
GeneGroupAnalysis (292)
GeneMeta (2199)
GeneNetworkBuilder (1735)
GeneOverlap (1019)
geneplotter (28516)
GeneR (76)
geneRecommender (1943)
GeneRegionScan (1693)
generegulation (99)
GeneRfold (37)
geneRxCluster (954)
GeneSelectMMD (1715)
GeneSelector (2056)
GeneSpring (30)
geNetClassifier (1621)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1799)
GeneticsPed (1966)
GeneTraffic (62)
GeneTS (3)
genoCN (1727)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3804)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (37324)
genomeIntervals (4538)
genomes (1978)
GenomicAlignments (19980)
GenomicFeatures (37184)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1094)
GenomicInteractions (9)
GenomicRanges (54212)
GenomicTuples (12)
Genominator (2226)
genoset (2597)
GenoView (7)
GEOmetadb (2774)
GEOquery (20918)
GEOsubmission (1712)
GEWIST (1622)
gff3Plotter (3)
GGBase (3383)
ggbio (11322)
GGtools (2582)
girafe (2035)
GLAD (2540)
GlobalAncova (2149)
globaltest (4127)
gmapR (1094)
GOexpress (29)
gofunction (1)
GOFunction (2018)
goProfiles (2245)
goprofiles (2)
GOSemSim (4429)
gosemsim (1)
goseq (4706)
GOSim (2045)
gostats (1)
GOstats (12006)
GOsummaries (18)
GOTHiC (987)
goTools (2408)
gpls (2504)
gprege (1627)
graph (38769)
GraphAlignment (1739)
GraphAT (1706)
graphite (2930)
GraphPAC (1554)
GRENITS (1808)
groHMM (10)
GSAR (78)
GSBenchMark (4)
GSCA (912)
gseabase (1)
GSEABase (13817)
GSEAlm (2312)
GSReg (25)
GSRI (1723)
GSVA (2530)
Gviz (14658)
gwascat (1911)
GWASTools (3067)

H

h5vc (1642)
hapFabia (1664)
Harshlight (1751)
HCsnip (1548)
HDTD (71)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6381)
HELP (1710)
HEM (1660)
hexbin (196)
hiAnnotator (84)
highthroughputassays (31)
HilbertVis (3070)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1580)
hiReadsProcessor (9)
HiTC (1806)
HMMcopy (1860)
hopach (2924)
hpar (1785)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2777)
HTSanalyzeR (2150)
HTSeqGenie (447)
htseqtools (2)
htSeqTools (2033)
HTSFilter (1846)
HybridMTest (1632)
hyperdraw (1894)
hypergraph (2434)

I

iASeq (1849)
iBBiG (1675)
ibh (1588)
iBMQ (1526)
Icens (3288)
iChip (1675)
iClusterPlus (4188)
IdeoViz (9)
idiogram (1753)
IdMappingAnalysis (1597)
IdMappingRetrieval (1640)
iFlow (291)
illuminaio (9668)
imageHTS (1812)
IMPCdata (4)
impute (21405)
INPower (883)
inSilicoDb (2438)
inSilicoMerging (2275)
intansv (1554)
interactiveDisplay (2304)
interactiveDisplayBase (111)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (31)
inveRsion (1627)
inversion (1)
iontree (1626)
iPAC (1695)
IPPD (1791)
IRanges (96901)
iranges (1)
iSeq (1684)
isobar (2005)
IsoGeneGUI (1700)
iSPlot (2)
ITALICS (1662)
iterativeBMA (1684)
iterativeBMAsurv (1676)

J

jmosaics (1553)
joda (1628)

K

KCsmart (1694)
kebabs (9)
KEGGgraph (6664)
keggorth (18)
keggorthology (1955)
KEGGprofile (2086)
KEGGREST (6741)
KEGGSOAP (598)

L

lapmix (1807)
LBE (1974)
les (1716)
limma (62414)
limmaGUI (3016)
LiquidAssociation (1688)
liquidassociation (1)
lmdme (1632)
LMGene (1992)
logicFS (2220)
logitt (1)
logitT (1727)
lol (1677)
LPE (2113)
LPEadj (1647)
lpNet (1600)
lumi (8764)
LVSmiRNA (1795)

M

M3D (24)
maanova (2430)
macat (1692)
maCorrPlot (1652)
maDB (532)
madb (1)
made4 (4120)
maigesPack (1675)
MAIT (11)
makecdfenv (3310)
makePlatformDesign (36)
MANOR (1680)
manta (1678)
MantelCorr (1678)
maPredictDSC (1441)
marray (10574)
maSigPro (2646)
maskBAD (1605)
MassArray (1790)
massiR (914)
MassSpecWavelet (3141)
matchBox (1625)
matchprobes (125)
MBAmethyl (6)
MBASED (22)
MBCB (1716)
mBPCR (1649)
mcaGUI (1713)
MCRestimate (1893)
mdqc (1879)
MeasurementError.cor (1592)
MEDIPS (2485)
MEDME (1690)
MEIGOR (25)
MergeMaid (2374)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1021)
meshr (941)
messina (908)
metaArray (2304)
Metab (7)
metabomxtr (11)
metagene (15)
metagenomeSeq (2377)
metahdep (1635)
metaMS (977)
metaMSdata (3)
metaSeq (1480)
metaseqR (925)
methVisual (1760)
methyAnalysis (2384)
MethylAid (73)
MethylMix (11)
methylMnM (1505)
methylPipe (62)
MethylSeekR (1737)
methylumi (8067)
Mfuzz (3622)
mfuzz (1)
MGFM (10)
mgsa (1858)
MiChip (1629)
microRNA (2484)
MIMOSA (931)
MineICA (1574)
minet (3822)
minfi (9272)
MinimumDistance (1628)
MiPP (1696)
MiRaGE (1636)
miRNApath (1953)
miRNAtap (11)
Mirsynergy (947)
missMethyl (46)
mitoODE (1338)
MLInterfaces (2952)
MLP (1714)
MLSeq (974)
MMDiff (1640)
mmnet (1010)
MmPalateMiRNA (1742)
monocle (169)
MoPS (62)
mosaics (1993)
MotifDb (2949)
motifRG (1750)
motifStack (2702)
MotIV (2992)
MPFE (5)
mQTL.NMR (27)
MSGFgui (13)
MSGFplus (15)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1449)
msmsTests (1416)
MSnbase (3338)
MSnID (9)
msQC (55)
MSstats (1808)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1729)
MultiMed (21)
multiscan (1625)
multtest (26979)
MVCClass (1773)
mvGST (9)
mygene (10)
mzID (1984)
mzR (16830)

N

NarrowPeaks (1686)
ncdfFlow (4105)
NCIgraph (2035)
neaGUI (1509)
nem (1774)
netbiov (31)
NetPathMiner (956)
netresponse (1671)
NetSAM (1514)
networkBMA (1606)
NGScopy (8)
NGScopyData (4)
nnNorm (1649)
NOISeq (3210)
nondetects (913)
NormqPCR (2056)
npGSEA (939)
NTW (1625)
nucleR (1757)
nucler (1)
nudge (1620)
NuPoP (1683)

O

occugene (1712)
OCplus (1890)
oligo (9662)
oligoClasses (10333)
OLIN (1774)
OLINgui (1637)
omicade4 (1568)
OmicCircos (2005)
OncoSimulR (8)
oneChannelGUI (2530)
ontoCAT (1806)
ontoTools (47)
openCyto (1577)
oposSOM (52)
OrderedList (2520)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (3148)
OSAT (1597)
OTUbase (1770)
OutlierD (1783)

P

PAA (6)
PADOG (1639)
paircompviz (1437)
pairseqsim (7)
pamr (58)
PAnnBuilder (1809)
panp (1891)
PANR (1610)
PAPi (1579)
parody (2104)
pathifier (1449)
PathNet (1546)
pathRender (1801)
pathview (5182)
PatientGeneSets (72)
paxtoolsr (5)
Pbase (36)
pcaGoPromoter (1975)
pcaMethods (6483)
pcot2 (1640)
PCpheno (1652)
pdInfoBuilder (2500)
pdmclass (1730)
PECA (1035)
pepDat (4)
pepStat (10)
pepXMLTab (5)
PGSEA (2311)
pgUtils (653)
phenoDist (1524)
phenoTest (1763)
PhenStat (958)
phyloseq (4696)
piano (2527)
pickgene (1641)
PICS (2408)
PING (1749)
pint (1715)
pkgDepTools (1982)
plateCore (1703)
plethy (1420)
plgem (1670)
plier (3057)
PLPE (1760)
plrs (1530)
plw (1631)
polyester (11)
Polyfit (36)
ppiStats (1764)
prada (3339)
prebs (1566)
PREDA (1679)
predictionet (948)
preprocessCore (37104)
proBAMr (6)
PROcess (2255)
procoil (1589)
ProCoNA (1436)
pRoloc (1631)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (57)
PROMISE (1660)
prot2D (1476)
proteinProfiles (1436)
proteoQC (30)
PSEA (5)
PSICQUIC (1624)
puma (1968)
pvac (1665)
pvca (1732)
Pviz (47)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2018)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1353)
QDNAseq (1043)
qpcrNorm (1793)
qpgraph (2786)
qrqc (2079)
QUALIFIER (1389)
quantro (12)
quantsmooth (3470)
QuasR (3862)
qusage (1453)
qvalue (15314)

R

r3Cseq (1726)
R453Plus1Toolbox (1763)
rain (10)
rama (1807)
RamiGO (2199)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1588)
RankProd (4125)
Rariant (918)
RbcBook1 (1801)
RBGL (24076)
rbioinf (1)
RBioinf (1840)
rBiopaxParser (1772)
Rbowtie (3748)
rbsurv (1786)
Rcade (1588)
RCASPAR (1635)
Rchemcpp (1480)
RchyOptimyx (1746)
Rcpi (1526)
RCytoscape (3938)
RDAVIDWebService (2194)
Rdbi (46)
RdbiPgSQL (36)
Rdisop (2036)
RDRToolbox (2038)
ReactomePA (2559)
ReadqPCR (2106)
reb (1627)
RedeR (2265)
REDseq (1862)
RefNet (902)
RefNet.db (3)
RefPlus (1706)
regionReport (12)
Repitools (2983)
ReportingTools (5323)
ReQON (1652)
Resourcerer (1658)
rflowcyt (34)
rfPred (1421)
rGADEM (3372)
RGalaxy (1719)
Rgraphviz (21899)
RGSEA (60)
rhdf5 (13465)
rHVDM (1622)
riboSeq (48)
riboSeqR (10)
ringo (1)
Ringo (3430)
Rintact (17)
RIPSeeker (1782)
Risa (1674)
RLMM (1645)
RMAGEML (12)
rmagpie (1)
Rmagpie (1646)
RMAPPER (1588)
RMassBank (1712)
rMAT (1040)
RmiR (1968)
RNAinteract (1655)
RNAither (1742)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1794)
RNASeqPower (1764)
Rnits (17)
roar (970)
ROC (5144)
Roleswitch (1425)
Rolexa (1805)
rols (1856)
ROntoTools (1637)
RPA (1885)
RpsiXML (1936)
rpx (1038)
Rqc (14)
rqubic (1657)
rRDP (8)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1545)
rsamtools (3)
Rsamtools (43654)
rsbml (2151)
rSFFreader (929)
RSNPper (10)
Rsubread (3036)
RSVSim (1581)
rTANDEM (1887)
RTCA (1721)
RTN (1604)
RTools4TB (26)
RTopper (1672)
rtracklayer (39256)
Rtreemix (1669)
rTRM (1502)
rTRMui (1425)
Ruuid (64)
RUVnormalize (20)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (261)
RWebServices (392)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (2950)
safe (1948)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1695)
SAGx (2047)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1773)
sangerseqR (998)
SANTA (1504)
sapFinder (942)
savR (857)
SBMLR (1775)
SCAN.UPC (2062)
ScISI (1807)
scsR (869)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1798)
SemDist (13)
SemSim (22)
SeqArray (1673)
seqbias (1848)
seqCNA (1460)
SeqGSEA (2296)
seqLogo (5916)
Seqnames (31)
seqplots (25)
seqTools (9)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (47)
SeqVarTools (1476)
SGSeq (8)
shinyMethyl (79)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1442)
ShortRead (16201)
sigaR (1691)
SigCheck (10)
SigFuge (1447)
siggenes (11652)
sigPathway (2238)
SIM (1708)
SimBindProfiles (1366)
simpleaffy (11500)
simulatorAPMS (45)
simulatorZ (8)
sizepower (2052)
SJava (484)
SLGI (1696)
slgi (1)
SLqPCR (2038)
SMAP (1638)
SNAGEE (1466)
snapCGH (2170)
snm (1912)
SNPchip (3293)
snpMatrix (278)
SNPRelate (89)
snpStats (5754)
SomatiCA (1593)
SomaticSignatures (1134)
SpacePAC (1400)
spade (2289)
specL (10)
SpeCond (1704)
SPEM (1463)
SPIA (3065)
spikeLI (1591)
spkTools (1597)
splicegear (1653)
spliceR (1985)
spliceSites (1422)
SplicingGraphs (1635)
splots (2732)
spotSegmentation (1759)
SQUADD (1545)
SRAdb (3693)
sRAP (1631)
sscore (1597)
sSeq (1430)
ssize (2049)
SSPA (1845)
ssviz (61)
stam (7)
STAN (24)
staRank (1552)
Starr (1828)
STATegRa (8)
stepNorm (1597)
stepwiseCM (1585)
Streamer (1821)
STRINGdb (1722)
StudentGWAS (5)
supraHex (1535)
survcomp (3545)
Sushi (1126)
sva (7150)
SwimR (1332)
switchBox (13)
synapter (1749)
systemPipeR (13)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1458)
TargetSearch (1747)
TCC (2046)
TDARACNE (1759)
TEQC (1829)
ternarynet (1563)
tfbstools (1)
TFBSTools (1881)
tigre (1738)
tilingArray (2410)
timecourse (2128)
TitanCNA (961)
tkWidgets (6673)
ToPASeq (7)
topGO (8121)
tracktables (11)
trackViewer (1046)
tRanslatome (1541)
TransView (1655)
triform (1545)
trigger (1654)
trio (1653)
triplex (1584)
TSCAN (10)
tspair (1797)
TSSi (1673)
TurboNorm (1698)
tweeDEseq (1965)
twilight (2626)
typeinfo (1)
TypeInfo (1680)

U

UNDO (897)
unifiedWMWqPCR (904)
UniProt.ws (2058)

V

VanillaICE (1997)
VariantAnnotation (17440)
VariantFiltering (1086)
variants (166)
VariantTools (991)
vbmp (2061)
Vega (1647)
VegaMC (1655)
viper (908)
virtualArray (2269)
vsn (14655)
vtpnet (1441)

W

wateRmelon (3167)
wavClusteR (80)
waveTiling (1581)
weaver (2143)
webbioc (1727)
widgetTools (6653)

X

xcms (16345)
XDE (1659)
xmapbridge (1591)
xmapcore (247)
XML2R (2)
xps (2526)
xtable (1)
XVector (47028)

Y

yaqcaffy (1970)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (62207)