See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2020-01-17 13:14:38 -0500 (Fri, 17 Jan 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocGenerics (29801)
2IRanges (27160)
3BiocVersion (26557)
4S4Vectors (26533)
5Biobase (26046)
6zlibbioc (21986)
7BiocParallel (21979)
8AnnotationDbi (21902)
9XVector (20174)
10GenomicRanges (19200)
11GenomeInfoDb (19114)
12limma (18300)
13SummarizedExperiment (18039)
14Biostrings (17724)
15DelayedArray (16914)
16BiocInstaller (16263)
17annotate (15015)
18Rsamtools (14411)
19genefilter (13466)
20biomaRt (13436)
21GenomicAlignments (13222)
22rtracklayer (13104)
23GenomicFeatures (12016)
24graph (11594)
25edgeR (11493)
26DESeq2 (10638)
27geneplotter (10220)
28Rhdf5lib (9879)
29preprocessCore (9546)
30rhdf5 (8820)
31Rhtslib (7562)
32RBGL (7372)
33qvalue (7296)
34Rgraphviz (6872)
35multtest (6802)
36affyio (6738)
37affy (6688)
38BSgenome (6480)
39impute (6142)
40VariantAnnotation (6065)
41ensembldb (5591)
42fgsea (5507)
43DOSE (5408)
44ProtGenerics (5225)
45clusterProfiler (5089)
46GEOquery (5080)
47ShortRead (4975)
48sva (4775)
49GOSemSim (4714)
50enrichplot (4505)
51AnnotationFilter (4361)
52HDF5Array (4360)
53ComplexHeatmap (4259)
54GSEABase (4177)
55DESeq (3983)
56KEGGREST (3929)
57AnnotationHub (3868)
58DelayedMatrixStats (3825)
59biovizBase (3690)
60vsn (3310)
61SingleCellExperiment (3300)
62BiocFileCache (3235)
63phyloseq (3158)
64pathview (3121)
65Gviz (3064)
66interactiveDisplayBase (3057)
67KEGGgraph (2999)
68biomformat (2915)
69Category (2875)
70pcaMethods (2820)
71beachmat (2716)
72aroma.light (2553)
73AnnotationForge (2551)
74topGO (2523)
75illuminaio (2510)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (87)
a4Base (108)
a4Classif (88)
a4Core (134)
a4Preproc (126)
a4Reporting (88)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (86)
ABarray (90)
abseqR (44)
ABSSeq (79)
acde (83)
ACE (54)
aCGH (146)
ACME (96)
ADaCGH2 (71)
ADAM (33)
ADAMgui (25)
adaptest (59)
adductomicsR (30)
adSplit (73)
AffiXcan (40)
affxparser (1578)
affy (6688)
affycomp (117)
AffyCompatible (92)
affyContam (75)
affycoretools (384)
affydata (1)
AffyExpress (76)
affyILM (72)
affyio (6738)
affylmGUI (117)
affyPara (73)
affypdnn (91)
affyPLM (1341)
affyqcreport (0)
affyQCReport (243)
AffyRNADegradation (75)
AffyTiling (4)
AGDEX (73)
Agi4x44PreProcess (2)
agilp (168)
AgiMicroRna (111)
agimicrorna (0)
AIMS (324)
ALDEx2 (291)
alevinQC (29)
AllelicImbalance (81)
AlphaBeta (7)
alpine (78)
ALPS (9)
alsace (81)
altcdfenvs (80)
AMARETTO (28)
AMOUNTAIN (75)
amplican (113)
ampliQueso (43)
AnalysisPageServer (64)
anamiR (70)
Anaquin (101)
AneuFinder (127)
ANF (67)
animalcules (26)
annaffy (454)
AnnBuilder (1)
annmap (63)
annotate (15015)
AnnotationDbi (21902)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (4361)
AnnotationForge (2551)
AnnotationFuncs (107)
AnnotationHub (3868)
AnnotationHubData (122)
annotationTools (123)
annotatr (254)
anota (78)
anota2seq (107)
antiProfiles (68)
APAlyzer (6)
apcluster (0)
apComplex (124)
apcomplex (0)
apeglm (1367)
applera (0)
appreci8R (44)
aroma.light (2553)
ArrayExpress (551)
ArrayExpressHTS (48)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (64)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (87)
arrayQualityMetrics (517)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (110)
ArrayTV (73)
ARRmNormalization (68)
artMS (85)
ASAFE (64)
ASEB (73)
ASGSCA (72)
ASICS (83)
asmn (1)
ASpediaFI (4)
ASpli (128)
AssessORF (41)
ASSET (80)
ASSIGN (80)
ATACseqQC (232)
AtlasRDF (7)
atSNP (30)
attract (94)
AUCell (442)
Autotuner (11)
AWFisher (7)

B

BaalChIP (63)
BAC (68)
bacon (122)
BADER (70)
BadRegionFinder (63)
BAGS (67)
ballgown (897)
bamsignals (484)
BANDITS (27)
banocc (66)
basecallQC (70)
BaseSpaceR (83)
Basic4Cseq (107)
BASiCS (145)
BasicSTARRseq (65)
batchelor (408)
BatchQC (116)
BayesKnockdown (61)
BayesPeak (111)
bayNorm (86)
baySeq (482)
BBCAnalyzer (65)
BCRANK (86)
bcSeq (91)
BDMMAcorrect (72)
beachmat (2716)
beadarray (677)
beadarraySNP (80)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (663)
BeadExplorer (0)
BEARscc (91)
BEAT (80)
BEclear (79)
betr (6)
bgafun (66)
BgeeDB (102)
BGmix (48)
bgx (70)
BHC (163)
BicARE (114)
BiFET (93)
BiGGR (76)
BigMatrix (0)
bigmelon (73)
bigmemoryExtras (64)
bigPint (32)
bim (1)
bioassayR (111)
biobase (0)
Biobase (26046)
biobroom (182)
biobtreeR (0)
bioCancer (93)
BiocCaseStudies (77)
BiocCheck (281)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (3235)
BiocGenerics (29801)
biocGraph (243)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (16263)
biocLite (0)
BiocNeighbors (1708)
BiocOncoTK (93)
Bioconductor (0)
BioCor (98)
BiocParallel (21979)
BiocPkgTools (98)
BiocSet (5)
BiocSingular (1273)
BiocSklearn (138)
BiocStyle (2147)
BiocVersion (26557)
biocViews (1965)
BiocWorkflowTools (81)
bioDist (238)
biomaRt (13436)
BioMedR (1)
biomformat (2915)
BioMM (26)
BioMVCClass (65)
biomvRCNS (62)
BioNet (247)
bionet (0)
BioNetStat (74)
BioQC (108)
BioSeqClass (149)
biosigner (82)
biostrings (0)
Biostrings (17724)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (68)
BioTIP (4)
biotmle (65)
biovizBase (3690)
BiRewire (85)
birta (74)
birte (44)
biscuiteer (5)
BiSeq (129)
BitSeq (137)
blacksheepr (4)
blima (63)
BLMA (74)
bnbc (61)
BPRMeth (77)
BRAIN (177)
brainflowprobes (4)
brainImageR (33)
BrainStars (65)
branchpointer (59)
breakpointR (41)
brendaDb (7)
bridge (67)
BridgeDbR (85)
BrowserViz (99)
BrowserVizDemo (16)
BSgenome (6480)
bsseq (871)
BubbleTree (66)
BufferedMatrix (73)
BufferedMatrixMethods (70)
BUMHMM (89)
bumphunter (1833)
BUS (65)
BUScorrect (37)
BUSpaRse (22)
BuxcoR (0)

C

CAFE (58)
CAGEfightR (69)
CAGEr (120)
CALIB (74)
calm (6)
CAMERA (584)
CAMTHC (42)
canceR (77)
cancerclass (71)
CancerInSilico (63)
CancerMutationAnalysis (70)
CancerSubtypes (132)
CAnD (61)
caOmicsV (67)
Cardinal (163)
casper (99)
CATALYST (270)
Category (2875)
categoryCompare (66)
CausalR (80)
cbaf (80)
ccfindR (96)
ccmap (89)
CCPROMISE (60)
ccrepe (80)
celaref (88)
celda (44)
cellbaseR (70)
CellBench (32)
cellGrowth (72)
cellHTS (3)
cellHTS2 (239)
cellity (105)
CellMapper (67)
CellMixS (25)
CellNOptR (147)
cellscape (76)
CellScore (55)
CellTrails (74)
cellTree (113)
CEMiTool (198)
ceRNAnetsim (1)
CexoR (64)
CFAssay (74)
CGEN (100)
CGHbase (245)
CGHcall (222)
cghMCR (79)
CGHnormaliter (63)
CGHregions (75)
ChAMP (535)
CHARGE (54)
charm (69)
ChemmineOB (282)
ChemmineR (439)
chemminer (0)
CHETAH (51)
ChIC (51)
Chicago (97)
chimera (79)
chimeraviz (126)
ChIPanalyser (56)
ChIPComp (69)
chipenrich (129)
ChIPexoQual (59)
ChIPpeakAnno (826)
ChIPQC (277)
ChIPseeker (1029)
chipseq (464)
ChIPseqR (138)
ChIPSeqSpike (96)
ChIPsim (139)
ChIPXpress (52)
chopsticks (138)
chroGPS (64)
chromDraw (66)
ChromHeatMap (81)
ChromoViz (1)
chromPlot (106)
chromstaR (84)
chromswitch (73)
chromVAR (221)
CHRONOS (81)
cicero (154)
CINdex (62)
circRNAprofiler (9)
cisPath (74)
ClassifyR (94)
cleanUpdTSeq (72)
cleaver (167)
clippda (72)
clipper (89)
cliqueMS (8)
Clomial (68)
Clonality (72)
clonotypeR (65)
clst (70)
clstutils (63)
CluMSID (37)
clustComp (64)
clusterExperiment (448)
ClusterJudge (55)
clusterProfiler (5089)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (61)
ClusterSignificance (62)
clusterStab (143)
CMA (142)
cn.farms (67)
cn.mops (181)
CNAnorm (73)
cnanorm (0)
CNEr (527)
CNORdt (85)
CNORfeeder (99)
CNORfuzzy (64)
CNORode (125)
CNPBayes (55)
CNTools (175)
CNVfilteR (4)
cnvGSA (68)
CNVPanelizer (79)
CNVRanger (36)
CNVrd2 (65)
CNVtools (84)
cnvtools (0)
cobindR (65)
CoCiteStats (70)
COCOA (62)
codelink (70)
CODEX (162)
coexnet (68)
CoGAPS (138)
cogena (86)
coGPS (63)
COHCAP (80)
cola (25)
coMET (88)
compartmap (68)
COMPASS (112)
compcodeR (113)
compEpiTools (78)
CompGO (81)
ComplexHeatmap (4259)
condcomp (29)
CONFESS (56)
consensus (56)
ConsensusClusterPlus (2447)
consensusDE (76)
consensusOV (63)
consensusSeekeR (63)
contiBAIT (87)
conumee (107)
convert (154)
copa (73)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (292)
CopyNumber450k (2)
CopyNumberPlots (26)
CopywriteR (136)
coRdon (88)
CoRegFlux (21)
CoRegNet (83)
Cormotif (63)
CorMut (70)
coRNAi (6)
CORREP (63)
coseq (116)
cosmiq (70)
cosmo (1)
cosmoGUI (1)
COSNet (61)
CountClust (125)
countsimQC (73)
covEB (84)
CoverageView (115)
covRNA (57)
cpvSNP (64)
cqn (231)
CRImage (88)
CRISPRseek (134)
crisprseekplus (58)
CrispRVariants (124)
crlmm (152)
CrossICC (5)
crossmeta (81)
CSAR (144)
csaw (261)
CSSP (65)
CSSQ (0)
ctc (285)
CTDquerier (55)
cTRAP (46)
ctsGE (99)
cummeRbund (612)
cummerbund (0)
customProDB (141)
CVE (64)
cycle (66)
cydar (126)
CytoDx (64)
cytofast (35)
cytofkit (133)
cytolib (645)
CytoML (234)

D

dada2 (1371)
dagLogo (61)
daMA (61)
DaMiRseq (89)
DAPAR (134)
DART (68)
DASC (4)
DASiR (3)
DAVIDQuery (3)
DBChIP (105)
dcanr (28)
dcGSA (87)
DChIPRep (62)
ddCt (128)
ddgraph (7)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (53)
debCAM (5)
debrowser (240)
DECIPHER (1048)
deco (33)
DEComplexDisease (54)
decompTumor2Sig (30)
DeconRNASeq (159)
decontam (167)
DEDS (105)
DeepBlueR (89)
deepSNV (100)
DEFormats (227)
DEGraph (66)
DEGreport (279)
DEGseq (282)
DelayedArray (16914)
DelayedDataFrame (33)
DelayedMatrixStats (3825)
deltaCaptureC (5)
deltaGseg (65)
DeMAND (67)
DeMixT (39)
DEP (267)
DepecheR (32)
DEqMS (82)
derfinder (437)
derfinderHelper (392)
derfinderPlot (98)
DEScan2 (87)
deseq (0)
DESeq (3983)
DESeq2 (10638)
DEsingle (136)
destiny (789)
DEsubs (65)
DEWSeq (5)
DEXSeq (699)
dexus (82)
DFP (62)
DiffBind (680)
diffcoexp (62)
diffcyt (187)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (62)
diffHic (95)
DiffLogo (71)
diffloop (108)
diffuStats (68)
diggit (67)
Director (56)
DirichletMultinomial (727)
discordant (90)
DiscoRhythm (23)
divergence (23)
dks (62)
DMCFB (5)
DMCHMM (59)
DMRcaller (132)
DMRcate (601)
DMRforPairs (60)
DMRScan (59)
dmrseq (133)
DNABarcodeCompatibility (27)
DNABarcodes (117)
DNAcopy (2379)
DNaseR (1)
DNAshapeR (95)
domainsignatures (7)
DominoEffect (66)
doppelgangR (78)
DOQTL (69)
Doscheda (87)
DOSE (5408)
doseR (24)
drawProteins (86)
DRIMSeq (274)
DriverNet (77)
DropletUtils (654)
DrugVsDisease (67)
dSimer (44)
DSS (775)
DTA (63)
dualKS (62)
DupChecker (63)
dupRadar (102)
dyebias (64)
DynDoc (542)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (110)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (158)
EBarrays (138)
EBcoexpress (68)
EBImage (2038)
EBSEA (59)
EBSeq (523)
EBSeqHMM (117)
ecolitk (66)
EDASeq (2506)
edd (1)
EDDA (82)
edge (129)
edger (0)
edgeR (11493)
eegc (59)
EGAD (69)
EGSEA (243)
eiR (62)
eisa (81)
ELBOW (66)
ELMER (379)
EMDomics (68)
EmpiricalBrownsMethod (91)
ENCODExplorer (92)
EnhancedVolcano (832)
ENmix (167)
EnrichedHeatmap (151)
EnrichmentBrowser (299)
enrichplot (4505)
enrichTF (25)
ensembldb (5591)
ensemblVEP (141)
ENVISIONQuery (62)
EpiCluster (0)
EpiDISH (124)
epigenomix (69)
epihet (27)
epiNEM (61)
epivizr (86)
epivizrChart (55)
epivizrData (86)
epivizrServer (87)
epivizrStandalone (72)
erccdashboard (110)
erma (186)
ERSSA (68)
esATAC (194)
esetVis (73)
eudysbiome (59)
evaluomeR (21)
EventPointer (71)
EWCE (3)
ExCluster (61)
ExiMiR (64)
exomeCopy (244)
exomecopy (0)
exomePeak (108)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (1484)
ExperimentHubData (76)
explorase (46)
ExpressionAtlas (91)
ExpressionView (67)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (130)
facopy (20)
factDesign (71)
FamAgg (88)
farms (72)
fastLiquidAssociation (63)
FastqCleaner (54)
fastseg (597)
fbat (1)
FCBF (62)
fCCAC (57)
fCI (69)
fcoex (5)
fcScan (7)
fdrame (66)
FELLA (100)
FEM (418)
ffpe (71)
FGNet (113)
fgsea (5507)
FindMyFriends (89)
FISHalyseR (62)
fishpond (32)
FitHiC (76)
flagme (65)
flipflop (46)
flowAI (266)
flowBeads (92)
flowBin (93)
flowcatchR (60)
flowCHIC (92)
flowCL (129)
flowClean (138)
flowClust (457)
flowCore (1584)
flowCyBar (66)
flowDensity (187)
flowFit (67)
flowFlowJo (2)
flowFP (131)
flowMap (67)
flowMatch (95)
flowMeans (181)
flowMerge (98)
flowPeaks (130)
flowPhyto (1)
flowPloidy (66)
flowPlots (67)
flowq (0)
flowQ (20)
flowQB (55)
FlowRepositoryR (71)
FlowSOM (747)
flowSpecs (5)
flowSpy (5)
flowStats (437)
flowTime (87)
flowTrans (113)
flowType (82)
flowUtils (708)
flowViz (777)
flowVS (75)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (652)
fmcsR (173)
focalCall (59)
FoldGO (44)
FourCSeq (79)
FRGEpistasis (67)
frma (189)
frmaTools (69)
FunChIP (56)
FunciSNP (69)
funtooNorm (55)

G

GA4GHclient (58)
GA4GHshiny (56)
gaga (104)
gage (936)
gaggle (60)
gaia (173)
GAPGOM (24)
GAprediction (58)
garfield (67)
GARS (52)
GateFinder (86)
gaucho (20)
gcapc (60)
gcatest (61)
gCMAP (63)
gCMAPWeb (41)
gCrisprTools (99)
gcrma (1736)
GCSscore (4)
GDCRNATools (282)
GDSArray (75)
gdsfmt (1178)
geecc (61)
GEM (65)
gemini (6)
genArise (67)
genbankr (141)
GENE.E (7)
gene2pathway (1)
GeneAccord (35)
GeneAnswers (113)
geneAttribution (59)
GeneBreak (59)
geneClassifiers (58)
GeneExpressionSignature (74)
genefilter (13466)
genefu (290)
GeneGA (58)
GeneGeneInteR (61)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (91)
GeneNetworkBuilder (89)
GeneOverlap (247)
geneplast (61)
geneplotter (10220)
GeneR (1)
geneRecommender (66)
GeneRegionScan (62)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (61)
GeneSelectMMD (68)
GeneSelector (53)
GENESIS (213)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (92)
geNetClassifier (96)
genetics (1)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (80)
GeneticsPed (124)
GeneTraffic (0)
GeneTS (1)
geneXtendeR (62)
GENIE3 (359)
genoCN (64)
GenoGAM (78)
genomation (338)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (211)
GenomeInfoDb (19114)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (233)
genomeintervals (0)
genomes (87)
GenomicAlignments (13222)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (697)
GenomicFeatures (12016)
GenomicFiles (700)
GenomicInteractions (144)
GenomicOZone (6)
GenomicRanges (19200)
GenomicScores (287)
GenomicTuples (65)
Genominator (76)
genoset (161)
genotypeeval (62)
GenoView (2)
genphen (77)
GenRank (61)
GenVisR (357)
GEOmetadb (249)
GEOquery (5080)
GEOsearch (5)
GEOsubmission (62)
gep2pep (55)
gespeR (111)
GEWIST (57)
gff3Plotter (0)
GGBase (116)
ggbio (1737)
ggcyto (461)
GGtools (101)
ggtree (1880)
GIGSEA (36)
girafe (138)
GISPA (62)
GLAD (230)
GladiaTOX (18)
Glimma (956)
glmSparseNet (41)
GlobalAncova (307)
globalSeq (60)
globaltest (931)
gmapR (109)
GmicR (5)
GMRP (60)
GNET2 (21)
goCluster (0)
GOexpress (157)
GOfuncR (109)
GOFunction (77)
GoogleGenomics (37)
GOpro (63)
goProfiles (125)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4714)
goseq (1089)
GOSim (120)
goSTAG (65)
gostats (0)
GOstats (2412)
GOsummaries (108)
GOTHiC (106)
goTools (93)
gotools (0)
gpart (68)
gpls (137)
gprege (64)
gpuMagic (7)
gQTLBase (176)
gQTLstats (211)
gramm4R (7)
graper (28)
graph (11594)
GraphAlignment (68)
GraphAT (62)
graphite (1355)
GraphPAC (70)
GRENITS (73)
GreyListChIP (67)
GRmetrics (137)
groHMM (75)
GRridge (65)
GSALightning (61)
GSAR (160)
GSCA (65)
gscreend (4)
GSEABase (4177)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (89)
GSEAlm (122)
gsean (78)
GSReg (63)
GSRI (63)
GSVA (1284)
gtrellis (138)
GUIDEseq (95)
Guitar (113)
Gviz (3064)
gwascat (279)
GWASTools (377)
gwasurvivr (51)

H

h5vc (71)
hapFabia (64)
Harman (194)
Harshlight (61)
harshlight (0)
HCABrowser (25)
HCAExplorer (5)
HCsnip (8)
HDF5Array (4360)
HDTD (61)
heatmaps (208)
Heatplus (541)
HelloRanges (89)
HELP (67)
HEM (62)
hexbin (2)
hiAnnotator (81)
HIBAG (102)
HiCBricks (38)
HiCcompare (102)
hicrep (86)
hierGWAS (66)
hierinf (34)
HilbertCurve (95)
HilbertVis (213)
HilbertVisGUI (43)
HiLDA (7)
hipathia (92)
hiReadsProcessor (58)
HIREewas (38)
HiTC (169)
hmdbQuery (74)
HMMcopy (193)
hopach (232)
HPAanalyze (47)
hpar (245)
HTqPCR (165)
HTSanalyzeR (165)
HTSeqGenie (40)
htseqtools (0)
htSeqTools (132)
HTSFilter (208)
HumanTranscriptomeCompendium (32)
HybridMTest (86)
hypeR (32)
hyperdraw (89)
hypergraph (129)

I

iASeq (59)
iasva (67)
iBBiG (113)
ibh (58)
iBMQ (50)
iCARE (68)
Icens (286)
icetea (64)
iCheck (60)
iChip (60)
iClusterPlus (164)
iCNV (77)
iCOBRA (107)
ideal (105)
ideogram (0)
IdeoViz (98)
idiogram (62)
IdMappingAnalysis (57)
IdMappingRetrieval (59)
idr2d (5)
iFlow (1)
iGC (60)
IgGeneUsage (6)
igvR (68)
IHW (768)
illuminaio (2510)
imageHTS (97)
IMAS (85)
Imetagene (56)
IMMAN (62)
ImmuneSpaceR (103)
immunoClust (64)
IMPCdata (57)
ImpulseDE (65)
ImpulseDE2 (134)
impute (6142)
INDEED (41)
infercnv (121)
InPAS (67)
INPower (59)
inSilicoDb (16)
inSilicoMerging (16)
insilicomerging (0)
INSPEcT (97)
InTAD (79)
intansv (69)
InteractionSet (326)
interactiveDisplay (124)
interactiveDisplayBase (3057)
IntEREst (95)
InterMineR (87)
IntramiRExploreR (51)
inversion (0)
inveRsion (64)
IONiseR (77)
iontree (6)
iPAC (76)
ipdDb (36)
IPO (141)
IPPD (136)
IRanges (27160)
IrisSpatialFeatures (16)
iSEE (233)
iSeq (66)
iSNetwork (0)
isobar (179)
IsoCorrectoR (51)
IsoCorrectoRGUI (32)
IsoformSwitchAnalyzeR (171)
IsoGeneGUI (60)
ISoLDE (59)
isomiRs (105)
iSPlot (0)
ITALICS (58)
iterativeBMA (65)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (63)
iterClust (61)
iteremoval (52)
IVAS (96)
ivygapSE (57)
IWTomics (58)

J

JASPAR2018 (11)
jmosaics (3)
joda (59)
JunctionSeq (147)

K

karyoploteR (467)
KCsmart (62)
kebabs (132)
KEGGgraph (2999)
KEGGlincs (66)
keggorth (1)
keggorthology (84)
KEGGprofile (203)
KEGGREST (3929)
KEGGSOAP (2)
kimod (62)
KinSwingR (41)
kissDE (58)
kmknn (0)
KnowSeq (12)

L

lapmix (60)
LBE (103)
ldblock (101)
LEA (311)
LedPred (60)
les (65)
levi (37)
lfa (193)
limma (18300)
limmaGUI (97)
LINC (55)
LineagePulse (84)
LinkHD (4)
Linnorm (159)
lionessR (4)
lipidr (26)
LiquidAssociation (65)
lmdme (66)
LMGene (72)
LOBSTAHS (71)
loci2path (52)
logicFS (168)
logitT (63)
Logolas (74)
lol (64)
LOLA (132)
LoomExperiment (84)
LowMACA (74)
LPE (82)
LPEadj (66)
lpNet (59)
lpsymphony (736)
LRBaseDbi (55)
lumi (1018)
LVSmiRNA (66)
LymphoSeq (77)

M

M3C (183)
M3D (69)
M3Drop (241)
maanova (83)
Maaslin2 (11)
macat (64)
maCorrPlot (63)
MACPET (52)
MACSQuantifyR (3)
maDB (1)
madb (0)
made4 (330)
MADSEQ (63)
maftools (1288)
MAGeCKFlute (166)
maigesPack (68)
MAIT (107)
makecdfenv (156)
makePlatformDesign (1)
MANOR (60)
manta (93)
MantelCorr (60)
mAPKL (61)
maPredictDSC (61)
mapscape (60)
marray (1404)
martini (59)
maser (55)
maSigPro (278)
maskBAD (61)
MassArray (69)
massarray (0)
massiR (64)
MassSpecWavelet (1094)
MAST (756)
matchBox (59)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (57)
matter (149)
MaxContrastProjection (85)
MBAmethyl (57)
MBASED (68)
MBCB (63)
mbkmeans (38)
mBPCR (60)
MBQN (1)
MBttest (56)
mcaGUI (59)
MCbiclust (94)
MCRestimate (67)
mCSEA (91)
mdgsa (78)
mdp (85)
mdqc (68)
MDTS (52)
MEAL (66)
MeasurementError.cor (59)
MEB (4)
MEDIPS (122)
MEDME (58)
MEIGOR (84)
Melissa (26)
mergemaid (0)
MergeMaid (96)
Mergeomics (69)
MeSHDbi (178)
meshes (85)
meshr (109)
MeSHSim (5)
messina (58)
metaArray (86)
metaarray (0)
Metab (73)
metabomxtr (101)
MetaboSignal (75)
metaCCA (69)
MetaCyto (82)
metagene (83)
metagene2 (22)
metagenomeFeatures (102)
metagenomeSeq (628)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (61)
metaMS (116)
MetaNeighbor (103)
metaR (0)
metaSeq (71)
metaseqR (108)
metavizr (71)
MetaVolcanoR (17)
metaX (4)
MetCirc (69)
MethCP (4)
methimpute (60)
methInheritSim (59)
MethPed (84)
methrix (6)
MethTargetedNGS (59)
methVisual (67)
methyAnalysis (120)
MethylAid (81)
methylCC (4)
methylGSA (87)
methylInheritance (58)
methylKit (448)
MethylMix (125)
methylMnM (64)
methylPipe (85)
MethylSeekR (98)
methylumi (1167)
methyvim (56)
MetID (34)
MetNet (70)
mfa (98)
Mfuzz (298)
mfuzz (0)
MGFM (67)
MGFR (99)
mgsa (87)
MiChip (60)
microbiome (529)
microbiomeDASim (5)
microRNA (141)
MIGSA (64)
mimager (56)
MIMOSA (82)
MineICA (74)
minet (554)
minfi (1896)
MinimumDistance (58)
MiPP (61)
MIRA (104)
MiRaGE (91)
miRBaseConverter (86)
miRcomp (60)
mirIntegrator (62)
miRLAB (73)
miRmine (55)
miRNAmeConverter (70)
miRNApath (77)
miRNAtap (127)
miRSM (39)
miRsponge (73)
miRspongeR (31)
Mirsynergy (62)
missMethyl (682)
missRows (51)
mitch (1)
mitoODE (60)
mixOmics (1504)
MLInterfaces (400)
mlm4omics (33)
MLP (87)
MLSeq (179)
MMAPPR2 (9)
MMDiff (4)
MMDiff2 (60)
mmgmos (0)
mmnet (4)
MmPalateMiRNA (60)
MMUPHin (4)
mnem (23)
MODA (66)
Modstrings (26)
MOFA (63)
mogsa (74)
monocle (1782)
MoonlightR (70)
MoPS (60)
mosaics (100)
MOSim (4)
motifbreakR (85)
motifcounter (67)
MotifDb (321)
motifmatchr (314)
motifRG (115)
motifStack (429)
MotIV (441)
MPFE (58)
mpra (61)
MPRAnalyze (70)
mQTL.NMR (20)
msa (816)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (83)
MSGFgui (133)
MSGFplus (236)
msmsEDA (186)
msmsTests (148)
MSnbase (1578)
MSnID (208)
msPurity (118)
msQC (0)
MSstats (296)
MSstatsQC (69)
MSstatsQCgui (60)
MSstatsSampleSize (4)
MSstatsTMT (101)
mtbls2 (0)
MTseeker (36)
Mulcom (141)
MultiAssayExperiment (1065)
multiClust (102)
MultiDataSet (158)
multiHiCcompare (46)
MultiMed (61)
multiMiR (114)
multiOmicsViz (60)
multiscan (58)
multtest (6802)
muscat (12)
muscle (167)
MutationalPatterns (237)
MVCClass (62)
mvGST (7)
MWASTools (91)
mygene (345)
myvariant (91)
mzID (1475)
mzR (1743)

N

NADfinder (68)
NanoStringDiff (103)
NanoStringQCPro (89)
nanotatoR (22)
NarrowPeaks (66)
NBAMSeq (21)
NBSplice (68)
ncdfFlow (647)
ncGTW (7)
NCIgraph (67)
ndexr (99)
neaGUI (3)
NeighborNet (34)
nem (115)
netbenchmark (66)
netbiov (101)
netboost (20)
netboxr (1)
NetCRG (0)
nethet (66)
NetPathMiner (84)
netprioR (56)
netReg (66)
netresponse (70)
NetSAM (60)
netSmooth (60)
networkBMA (65)
NGScopy (58)
ngsReports (34)
nnNorm (61)
NOISeq (627)
nondetects (72)
normalize450K (55)
NormalyzerDE (64)
NormqPCR (270)
normr (70)
NPARC (0)
npGSEA (66)
NTW (58)
nucleoSim (57)
nucleR (86)
nucler (0)
nuCpos (34)
nudge (20)
NuPoP (67)

O

occugene (58)
OCplus (140)
odseq (59)
OGSA (58)
oligo (1603)
oligoClasses (1727)
OLIN (64)
OLINgui (60)
OmaDB (94)
omicade4 (95)
omiccircos (0)
OmicCircos (243)
omicplotR (89)
omicRexposome (87)
OmicsLonDA (30)
OmicsMarkeR (90)
OMICsPCA (39)
omicsPrint (67)
OmnipathR (7)
Onassis (59)
oncomix (58)
OncoScore (60)
OncoSimulR (70)
oneChannelGUI (10)
oneSENSE (80)
onlineFDR (37)
ontoCAT (10)
ontoProc (72)
ontoTools (1)
openCyto (402)
openPrimeR (89)
openPrimeRui (61)
OperaMate (6)
oposSOM (82)
oppar (59)
oppti (4)
OPWeight (93)
OrderedList (127)
ORFik (107)
Organism.dplyr (359)
OrganismDbi (2342)
OSAT (73)
Oscope (100)
OTUbase (64)
OutlierD (77)
OUTRIDER (89)
OVESEG (24)

P

PAA (78)
PADOG (227)
PAIRADISE (25)
paircompviz (67)
pairseqsim (0)
pamr (2)
PAN (0)
pandaR (80)
panelcn.mops (70)
PAnnBuilder (22)
panp (69)
PANR (78)
PanVizGenerator (65)
PAPi (102)
parglms (57)
parody (85)
PAST (26)
Path2PPI (74)
pathifier (224)
PathNet (64)
PathoStat (70)
pathprint (58)
pathRender (62)
pathVar (61)
pathview (3121)
pathwayPCA (38)
PathwaySplice (92)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (104)
Pbase (69)
pbcmc (19)
pcaExplorer (357)
pcaGoPromoter (102)
pcaMethods (2820)
PCAN (59)
PCAtools (120)
pcot2 (133)
PCpheno (65)
pcxn (57)
pdInfoBuilder (129)
pdmclass (8)
peakPantheR (5)
PECA (73)
PepsNMR (76)
pepStat (65)
pepXMLTab (70)
PERFect (4)
perturbatr (53)
PGA (72)
pgca (63)
PGSEA (232)
pgUtils (1)
phantasus (64)
PharmacoGx (158)
phemd (29)
phenoDist (20)
phenopath (91)
phenoTest (108)
PhenStat (75)
philr (127)
phosphonormalizer (61)
PhyloProfile (9)
phyloseq (3158)
Pi (71)
piano (308)
pickgene (59)
PICS (134)
Pigengene (113)
PING (58)
pint (60)
pipeFrame (25)
pkgDepTools (84)
plateCore (65)
plethy (61)
plgem (117)
plier (206)
plotGrouper (43)
PLPE (65)
plrs (59)
plw (61)
plyranges (258)
pmm (56)
podkat (62)
pogos (85)
polyester (136)
Polyfit (75)
POST (55)
PoTRA (22)
PowerExplorer (60)
powerTCR (57)
PPInfer (71)
ppiStats (79)
pqsfinder (88)
prada (305)
pram (23)
prebs (90)
PrecisionTrialDrawer (27)
PREDA (85)
predictionet (43)
preprocessCore (9546)
primirTSS (36)
PrInCE (27)
Prize (63)
proBAMr (93)
proBatch (30)
PROcess (149)
procoil (67)
ProCoNA (19)
proDA (8)
proFIA (68)
profileplyr (27)
profileScoreDist (54)
progeny (119)
projectR (33)
pRoloc (313)
pRolocGUI (81)
PROMISE (62)
PROPER (98)
PROPS (54)
Prostar (118)
prot2D (38)
proteinProfiles (59)
ProteomicsAnnotationHubData (61)
ProteoMM (71)
proteoQC (65)
ProtGenerics (5225)
PSEA (63)
psichomics (108)
PSICQUIC (88)
psygenet2r (62)
PubScore (0)
pulsedSilac (4)
puma (139)
PureCN (141)
pvac (65)
pvca (190)
Pviz (75)
PWMEnrich (105)
pwOmics (63)
pwrEWAS (7)
pxr (0)

Q

qckitfastq (25)
qcmetrics (104)
QDNAseq (206)
qpcrNorm (72)
qpgraph (139)
qPLEXanalyzer (54)
qrqc (158)
qsea (68)
qsmooth (30)
QSutils (45)
qtbase (0)
Qtlizer (5)
qtpaint (0)
QUALIFIER (97)
quantro (114)
quantsmooth (391)
QuartPAC (63)
QuasR (285)
QuaternaryProd (78)
QUBIC (108)
qusage (262)
qvalue (7296)

R

R3CPET (58)
r3Cseq (130)
R453Plus1Toolbox (66)
R4RNA (66)
RaggedExperiment (537)
rain (92)
rama (68)
ramigo (0)
RamiGO (34)
ramwas (69)
RandomWalkRestartMH (66)
randPack (66)
RankProd (368)
RareVariantVis (60)
Rariant (57)
RbcBook1 (68)
RBGL (7372)
RBioinf (76)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (152)
RBM (59)
Rbowtie (297)
Rbowtie2 (177)
rbsurv (96)
Rcade (80)
RCAS (68)
RCASPAR (67)
rcellminer (76)
rCGH (80)
Rchemcpp (102)
RchyOptimyx (67)
RcisTarget (328)
RCM (28)
RConferoMapping (0)
Rcpi (146)
Rcwl (35)
RcwlPipelines (24)
RCy3 (498)
RCyjs (70)
RCytoscape (28)
RDAVIDWebService (366)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (71)
Rdisop (291)
RDRToolbox (155)
ReactomeGSA (6)
ReactomePA (1075)
readat (92)
ReadqPCR (276)
reb (57)
REBET (33)
recount (397)
recoup (88)
RedeR (152)
REDseq (122)
RefNet (57)
RefPlus (64)
regioneR (1231)
regionReport (140)
regsplice (88)
REMP (72)
Repitools (229)
ReportingTools (1018)
reposTools (1)
RepViz (22)
ReQON (58)
Resourcerer (1)
restfulSE (114)
rexposome (65)
rfcdmin (1)
rflowcyt (1)
rfPred (60)
rGADEM (524)
RGalaxy (67)
Rgin (55)
RGMQL (52)
RGraph2js (57)
Rgraphviz (6872)
rGREAT (191)
RGSEA (111)
rgsepd (97)
rhdf5 (8820)
rhdf5client (121)
Rhdf5lib (9879)
Rhisat2 (131)
Rhtslib (7562)
rHVDM (50)
RiboProfiling (86)
riboSeq (0)
riboSeqR (80)
RImmPort (60)
Ringo (263)
Rintact (1)
RIPSeeker (112)
Risa (64)
RITAN (77)
RIVER (60)
RJMCMCNucleosomes (54)
RLMM (61)
RMAGEML (1)
Rmagpie (65)
RMAPPER (1)
RMassBank (96)
rMAT (60)
rmelting (24)
RmiR (62)
rmir (0)
Rmmquant (62)
RNAdecay (51)
RNAinteract (89)
RNAither (89)
rnaither (0)
RNAmodR (10)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (8)
RNAmodR.ML (9)
RNAmodR.RiboMethSeq (9)
RNAprobR (58)
RNAsense (4)
rnaseqcomp (63)
RnaSeqGeneEdgeRQL (5)
rnaSeqMap (97)
RNASeqPower (148)
RNASeqR (43)
RnaSeqSampleSize (121)
RnBeads (277)
Rnits (63)
roar (75)
ROC (926)
Roleswitch (78)
Rolexa (3)
rols (300)
roma (0)
ROntoTools (94)
ropls (487)
ROTS (191)
RPA (82)
RProtoBufLib (553)
RpsiXML (88)
rpx (325)
Rqc (122)
rqt (56)
rqubic (103)
rRDP (94)
Rredland (1)
RRHO (84)
Rsamtools (14411)
rsbml (97)
rScudo (31)
RSeqAn (58)
rSFFreader (39)
RSNPper (1)
Rsubread (1345)
RSVSim (76)
rTANDEM (169)
RTCA (92)
RTCGA (573)
RTCGAToolbox (461)
RTN (156)
RTNduals (81)
RTNsurvival (78)
RTools4TB (1)
RTopper (64)
rtracklayer (13104)
Rtreemix (62)
rTRM (72)
rTRMui (56)
runibic (80)
Ruuid (1)
RUVcorr (72)
RUVnormalize (73)
RUVSeq (856)
RVS (87)
RWebServices (2)
rWikiPathways (167)

S

S4Vectors (26533)
safe (402)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (59)
SAGx (172)
SAIGEgds (5)
samExploreR (77)
sampleClassifier (85)
SamSPECTRAL (125)
sangerseqR (250)
SANTA (67)
sapFinder (63)
saps (2)
savR (88)
SBGNview (10)
sbgr (2)
SBMLR (72)
SC3 (525)
Scale4C (54)
scAlign (30)
SCAN.UPC (134)
SCANVIS (8)
scater (2476)
scBFA (7)
SCBN (40)
scDblFinder (7)
scDD (166)
scde (372)
scds (35)
scFeatureFilter (51)
scfind (112)
scGPS (8)
schex (14)
ScISI (81)
scmap (209)
scMerge (49)
scmeth (82)
SCnorm (209)
scone (191)
Sconify (91)
scoreInvHap (52)
scPCA (6)
scPipe (121)
scran (1505)
scRecover (30)
scruff (61)
scsR (57)
scTensor (47)
scTGIF (5)
SDAMS (87)
segmentSeq (126)
selectKSigs (1)
SELEX (66)
SemDist (56)
semisup (54)
SemSim (1)
SEPA (51)
SEPIRA (51)
seq2pathway (70)
SeqArray (456)
seqbias (75)
seqCAT (91)
seqCNA (67)
seqcombo (95)
SeqGSEA (214)
seqLogo (1206)
Seqnames (0)
seqPattern (329)
seqplots (158)
seqsetvis (85)
SeqSQC (57)
seqTools (110)
SeqVarTools (374)
sesame (726)
SEtools (7)
sevenbridges (105)
sevenC (57)
SGSeq (237)
SharedObject (5)
shinyMethyl (118)
shinyTANDEM (74)
ShortRead (4975)
shortread (0)
SIAMCAT (99)
SICtools (43)
sidap (0)
sigaR (77)
SigCheck (65)
sigFeature (63)
SigFuge (57)
siggenes (1867)
sights (95)
signatureSearch (6)
signeR (97)
signet (60)
sigPathway (151)
SigsPack (7)
sigsquared (55)
SIM (62)
SIMAT (94)
SimBindProfiles (57)
SIMD (35)
similaRpeak (59)
SIMLR (118)
simpleaffy (655)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (60)
sincell (79)
SingleCellExperiment (3300)
singleCellTK (93)
SingleR (142)
singscore (365)
SISPA (62)
sitePath (20)
sizepower (74)
SJava (2)
skewr (55)
slalom (83)
SLGI (66)
slingshot (356)
slinky (65)
SLqPCR (76)
SMAD (28)
SMAP (61)
SMITE (95)
SNAData (0)
SNAGEE (58)
snapCGH (74)
snm (148)
snpAssoc (0)
SNPchip (232)
SNPediaR (61)
SNPhood (53)
snpMatrix (2)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (983)
snpStats (1237)
soGGi (133)
sojourner (4)
SomatiCA (4)
SomaticSignatures (193)
SpacePAC (69)
spade (13)
Spaniel (4)
sparseDOSSA (56)
sparsenetgls (39)
SparseSignatures (55)
SpatialCPie (22)
specL (66)
SpeCond (127)
SpectralTAD (24)
SPEM (80)
SPIA (479)
SpidermiR (119)
spikeLI (57)
spkTools (59)
splatter (305)
splicegear (58)
spliceR (34)
spliceSites (55)
SplicingGraphs (152)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (67)
SPLINTER (89)
splots (204)
SPONGE (60)
spotSegmentation (58)
SQLDataFrame (13)
SQUADD (56)
sRACIPE (21)
SRAdb (487)
sRAP (61)
SRGnet (54)
srnadiff (81)
sscore (61)
sscu (57)
sSeq (209)
ssize (96)
SSPA (339)
ssPATHS (3)
ssrch (33)
ssviz (92)
stageR (105)
stam (1)
STAN (93)
staRank (71)
StarBioTrek (59)
Starr (65)
STATegRa (64)
statTarget (126)
stepNorm (60)
stepwiseCM (4)
strandCheckR (34)
Streamer (81)
STRINGdb (480)
STROMA4 (84)
Structstrings (24)
StructuralVariantAnnotation (42)
SubCellBarCode (22)
subSeq (113)
SummarizedBenchmark (87)
SummarizedExperiment (18039)
supraHex (282)
survcomp (575)
survtype (22)
Sushi (288)
sva (4775)
SVAPLSseq (70)
SVM2CRM (48)
SWATH2stats (82)
SwathXtend (56)
swfdr (58)
SwimR (60)
switchBox (72)
switchde (97)
synapter (135)
synergyfinder (129)
synlet (83)
SynMut (20)
systemPipeR (956)
systemPipeRdata (0)

T

target (3)
TargetScore (69)
TargetSearch (93)
targetsearch (0)
TarSeqQC (63)
TCC (252)
TCGAbiolinks (1939)
TCGAbiolinksGUI (203)
TCGAutils (509)
TCseq (144)
TDARACNE (65)
tdaracne (0)
tenXplore (82)
TEQC (80)
ternarynet (58)
TFARM (52)
TFBSTools (546)
TFEA.ChIP (95)
TFHAZ (50)
TFutils (61)
tiger (0)
tigre (62)
tilingArray (98)
timecourse (88)
TimerQuant (0)
timescape (84)
TimeSeriesExperiment (79)
TIN (56)
TissueEnrich (93)
TitanCNA (121)
tkWidgets (521)
TMixClust (75)
TNBC.CMS (19)
TnT (60)
TOAST (14)
tofsims (82)
ToPASeq (103)
topconfects (39)
topdownr (62)
topGO (2523)
topicmodels (0)
TPP (119)
TPP2D (24)
tracktables (89)
trackViewer (258)
tradeSeq (7)
transcriptogramer (60)
transcriptR (95)
transite (60)
tRanslatome (61)
TransView (92)
traseR (55)
treeio (1695)
TreeSummarizedExperiment (22)
trena (50)
TReNA (3)
Trendy (83)
triform (58)
trigger (60)
trio (94)
triplex (63)
tRNA (40)
tRNAdbImport (33)
tRNAscanImport (52)
TRONCO (94)
TSCAN (189)
tspair (69)
TSRchitect (66)
TSSi (53)
TTMap (54)
TurboNorm (58)
TVTB (64)
tweeDEseq (122)
twilight (133)
twoddpcr (60)
tximeta (217)
tximport (2327)
TxRegInfra (76)
TypeInfo (58)

U

Ularcirc (41)
UNDO (65)
unifiedWMWqPCR (60)
UniProt.ws (283)
Uniquorn (82)
universalmotif (89)
uSORT (86)

V

VanillaICE (85)
variancePartition (248)
VariantAnnotation (6065)
VariantExperiment (7)
VariantFiltering (69)
VariantTools (108)
vbmp (93)
VCFArray (32)
Vega (64)
VegaMC (57)
VennDetail (29)
vidger (125)
viper (244)
virtualArray (7)
ViSEAGO (19)
vsn (3310)
vtpnet (51)
vulcan (56)

W

waddR (5)
wateRmelon (643)
wavClusteR (95)
waveTiling (56)
weaver (77)
webbioc (63)
widgetInvoke (1)
widgetTools (529)
wiggleplotr (106)
Wrench (248)

X

XBSeq (95)
XCIR (10)
xcms (1204)
XDE (61)
Xeva (23)
XINA (68)
xmapbridge (57)
xmapcore (1)
xps (71)
XVector (20174)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (66)
YAPSA (86)
yaqcaffy (81)
yarn (91)

Z

zFPKM (130)
zinbwave (645)
zlibbioc (21986)