Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-08-22 06:42:56 -0700 (Fri, 22 Aug 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 50

1BiocInstaller (126391)
2BiocGenerics (96484)
3IRanges (94313)
4Biobase (92551)
5AnnotationDbi (79404)
6limma (59334)
7zlibbioc (58301)
8Biostrings (53982)
9GenomicRanges (50994)
10annotate (46746)
11genefilter (42180)
12Rsamtools (41468)
13XVector (41216)
14biomaRt (40419)
15rtracklayer (38378)
16affy (37617)
17graph (36654)
18GenomicFeatures (36453)
19preprocessCore (36426)
20BSgenome (33982)
21affyio (33532)
22geneplotter (26843)
23multtest (26220)
24GenomeInfoDb (26134)
25edgeR (25688)
26DESeq (22678)
27RBGL (21998)
28flowCore (20738)
29Rgraphviz (20135)
30impute (20049)
31mzR (18515)
32xcms (18397)
33GEOquery (18245)
34biovizBase (18115)
35gcrma (17252)
36VariantAnnotation (16939)
37DESeq2 (15384)
38ShortRead (15379)
39vsn (14528)
40qvalue (14195)
41BiocParallel (14050)
42GenomicAlignments (13782)
43AnnotationForge (13556)
44Gviz (13499)
45affyPLM (13147)
46GSEABase (13050)
47cummeRbund (12395)
48Category (11864)
49simpleaffy (11732)
50GOstats (11210)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Sep/2013242021083196
Oct/2013312871041153
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436900655894
Aug/201426311442453
All months2501829405741

A

a4 (2269)
a4Base (2350)
a4Classif (2225)
a4Core (2361)
a4Preproc (2363)
a4Reporting (2170)
ABarray (2139)
ABSSeq (709)
aCGH (2927)
ACME (2108)
ADaCGH2 (1979)
adSplit (1974)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (3)
AdvancedR2011Data (5)
affxparser (10129)
affy (37617)
affycomp (3072)
AffyCompatible (2245)
affyContam (2015)
affycoretools (5082)
affydata (1)
AffyExpress (2278)
affyILM (1947)
affyio (33532)
affylmGUI (3231)
affyPara (1969)
affypdnn (2328)
affyPLM (13147)
affyQCReport (6367)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (1968)
AffyTiling (2119)
AGDEX (1851)
Agi4x44PreProcess (1772)
agilp (2197)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2388)
AIMS (1)
AllelicImbalance (1486)
alsace (687)
altcdfenvs (2045)
ampliQueso (1456)
annaffy (9740)
AnnBuilder (28)
annmap (919)
annotate (46746)
annotation (295)
AnnotationDbi (79404)
AnnotationForge (13556)
AnnotationFuncs (2058)
AnnotationHub (2977)
annotationTools (2382)
anota (1970)
antiProfiles (1765)
apcluster (1)
apComplex (2105)
aroma.light (5239)
ArrayExpress (4546)
ArrayExpressHTS (1096)
arrayMagic (6)
arrayMvout (1911)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2559)
arrayQualityMetrics (4854)
arrays (481)
ArrayTools (2313)
ArrayTV (1517)
ARRmNormalization (1658)
ASEB (1757)
asmn (734)
ASSET (1327)
ASSIGN (688)
AtlasRDF (703)
attract (1867)

B

BAC (1800)
BADER (1592)
BAGS (1408)
ballgown (24)
BaseSpaceR (1697)
Basic4Cseq (725)
BayesPeak (2807)
baySeq (4125)
bcellViper (3)
BCRANK (2157)
beadarray (6373)
beadarraySNP (2081)
BeadDataPackR (5784)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (3)
BEAT (710)
betr (2009)
bgafun (1927)
BGmix (972)
bgx (1863)
BHC (2304)
BicARE (1888)
BiGGR (1458)
bigmemoryExtras (1005)
bioassayR (1632)
Biobase (92551)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1942)
BiocCheck (828)
biocDatasets (29)
BiocGenerics (96484)
biocGraph (2081)
BiocInstaller (126391)
biocinstaller (2)
BiocParallel (14050)
BiocStyle (3067)
biocViews (2420)
bioDist (4442)
biomaRt (40419)
BioMVCClass (2066)
biomvRCNS (1507)
BioNet (3079)
BioSeqClass (1945)
Biostrings (53982)
biostrings (1)
biosvd (695)
biovizbase (1)
biovizBase (18115)
BiRewire (1388)
birta (1793)
BiSeq (2096)
BitSeq (2321)
blima (85)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2055)
BrainStars (1775)
bridge (1870)
BSgenome (33982)
bsseq (2200)
BufferedMatrix (1768)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1712)
bumphunter (6962)
BUS (1677)

C

CAFE (633)
CAGEr (1737)
CALIB (1656)
CAMERA (2940)
cancerclass (1629)
CancerMutationAnalysis (1702)
casper (1597)
Category (11864)
categoryCompare (1693)
ccrepe (700)
cellGrowth (1599)
cellhts (1)
cellHTS (1745)
cellHTS2 (2596)
CellNOptR (1944)
CexoR (1287)
CGEN (1796)
CGHbase (2247)
CGHcall (2103)
cghcall (1)
cghMCR (1760)
CGHnormaliter (1671)
CGHregions (1741)
ChAMP (2186)
ChAMPdata (3)
charm (1935)
ChemmineOB (1702)
ChemmineR (3124)
chemminer (3)
chimera (2354)
chipenrich (1312)
chipenrich.data (3)
ChIPpeakAnno (4491)
ChIPQC (769)
ChIPseeker (867)
chipseq (3650)
ChIPseqR (1900)
ChIPsim (1829)
ChIPXpress (820)
chopsticks (2048)
chroGPS (1573)
ChromHeatMap (1803)
cisPath (1567)
cleanUpdTSeq (1286)
cleaver (1576)
clippda (1624)
clipper (1726)
Clomial (627)
Clonality (1660)
clonotypeR (1272)
clst (1627)
clstutils (1586)
clusterProfiler (3051)
clusterprofiler (2)
clusterStab (1925)
CMA (2398)
cn.farms (1647)
cn.mops (2710)
cnanorm (1)
CNAnorm (1797)
CNEr (764)
CNORdt (1532)
CNORfeeder (1483)
CNORfuzzy (1554)
CNORode (1556)
CNTools (1936)
cnvGSA (1601)
CNVrd2 (1216)
CNVtools (1845)
cnvtools (1)
cobindR (1284)
CoCiteStats (1761)
codelink (1741)
CoGAPS (442)
coGPS (1538)
COHCAP (759)
COHCAPanno (3)
COMPASS (662)
compcodeR (756)
CompGO (658)
ConsensusClusterPlus (2760)
convert (2892)
copa (1815)
COPDSexualDimorphism (621)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1724)
CopyNumber450k (658)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1562)
CorMut (1610)
coRNAi (1596)
CORREP (1660)
cosmiq (53)
cosmo (175)
cosmoGUI (216)
CoverageView (398)
cqn (2339)
CRImage (1902)
CRISPRseek (751)
crlmm (3280)
CSAR (2044)
CSSP (1282)
ctc (4001)
cummeRbund (12395)
CummeRbund (1)
customProDB (1370)
cycle (1759)

D

dagLogo (1223)
dama (2)
daMA (1599)
DART (1624)
DASiR (1640)
DAVIDQuery (2229)
DBChIP (1709)
ddCt (2149)
ddgraph (1621)
DECIPHER (1772)
DeconRNASeq (1596)
DEDS (1721)
deepSNV (1770)
DEGraph (1857)
DEGreport (52)
DEGseq (3638)
deltaGseg (1441)
DESeq (22678)
DESeq2 (15384)
DEXSeq (7197)
dexus (1606)
DFP (1585)
DiffBind (3612)
diffGeneAnalysis (1812)
DirichletMultinomial (1723)
dks (1553)
DMRcate (698)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (639)
DNAcopy (9576)
DNaseR (1327)
domainsignatures (1705)
DOQTL (48)
DOSE (3301)
DriverNet (1524)
DrugVsDisease (1559)
DSS (1813)
DTA (1566)
dualKS (1112)
DupChecker (47)
dyebias (1586)
DynDoc (8315)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1726)
easyRNASeq (4313)
EBarrays (2198)
EBcoexpress (1700)
EBImage (7478)
EBSeq (2895)
ecolitk (1686)
EDASeq (2616)
edd (67)
EDDA (660)
edger (1)
edgeR (25688)
eiR (818)
eisa (2069)
ELBOW (650)
ensemblVEP (2205)
ENVISIONQuery (1619)
epigenomix (1502)
epivizr (1348)
eQTL (24)
Evomics2012 (1)
Evomics2012Data (1)
ExiMiR (1667)
exomeCopy (2165)
exomePeak (1301)
exonmap (120)
explorase (1327)
ExpressionView (1689)
expressionview (1)
externalVector (469)

F

fabia (2168)
factDesign (1892)
farms (1812)
fastLiquidAssociation (634)
fastseg (1664)
fbat (26)
fdrame (1734)
ffpe (1570)
FGNet (1401)
flagme (1705)
flipflop (1212)
flowBeads (1284)
flowBin (676)
flowCL (637)
flowClean (44)
flowClust (2608)
flowCore (20738)
flowCyBar (636)
flowDensity (58)
flowFit (1251)
flowFlowJo (1755)
flowFP (1842)
flowMap (1262)
flowMatch (644)
flowMeans (2044)
flowMerge (1905)
flowPeaks (1653)
flowPhyto (1571)
flowPlots (1658)
flowQ (1239)
flowq (1)
flowQB (1517)
flowStats (2793)
flowTrack (1)
flowTrans (1744)
flowType (1792)
flowUtils (1938)
flowViz (4857)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (3397)
fmcsR (2038)
fOptions (1)
FRGEpistasis (626)
frma (2657)
frmaTools (1844)
FunciSNP (1781)

G

gaga (1726)
gage (3990)
gaggle (1607)
gaia (1585)
gaucho (619)
gCMAP (1580)
gCMAPWeb (1462)
gcrma (17252)
genArise (1579)
GENE.E (1732)
gene2pathway (264)
GeneAnswers (3556)
GeneExpressionSignature (1660)
genefilter (42180)
genefu (2107)
GeneGA (917)
GeneGroupAnalysis (425)
GeneMeta (2094)
GeneNetworkBuilder (1590)
GeneOverlap (719)
geneplotter (26843)
GeneR (83)
geneRecommender (1834)
GeneRegionScan (1599)
generegulation (112)
GeneRfold (33)
geneRxCluster (680)
GeneSelectMMD (1619)
GeneSelector (1924)
GeneSpring (26)
geNetClassifier (1490)
GeneticsBase (35)
GeneticsDesign (1700)
GeneticsPed (1875)
GeneTraffic (62)
GeneTS (2)
genoCN (1609)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3698)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (26134)
genomeIntervals (4314)
genomes (1862)
GenomicAlignments (13782)
GenomicFeatures (36453)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (695)
GenomicRanges (50994)
Genominator (2129)
genoset (2476)
GEOmetadb (2706)
GEOquery (18245)
GEOsubmission (1619)
GEWIST (1519)
gff3Plotter (4)
GGBase (3217)
ggbio (10372)
GGtools (2509)
girafe (1933)
GLAD (2391)
GlobalAncova (2030)
globaltest (3908)
gmapR (1046)
GOexpress (1)
gofunction (1)
GOFunction (1911)
goProfiles (2058)
goprofiles (2)
GOSemSim (4057)
gosemsim (1)
goseq (4279)
GOSim (1776)
GOstats (11210)
GOTHiC (708)
goTools (2301)
gpls (2383)
gprege (1541)
graph (36654)
GraphAlignment (1620)
GraphAT (1619)
graphite (2684)
GraphPAC (1434)
GRENITS (1696)
GSAR (67)
GSBenchMark (4)
GSCA (604)
GSEABase (13050)
GSEAlm (2198)
GSReg (12)
GSRI (1594)
GSVA (2345)
Gviz (13499)
gwascat (1782)
GWASTools (2823)

H

h5vc (1412)
hapFabia (1552)
harshlight (1)
Harshlight (1645)
HCsnip (1386)
HDTD (62)
healthyFlowData (3)
Heatplus (5877)
HELP (1609)
HEM (1570)
hem (1)
hexbin (205)
hiAnnotator (75)
highthroughputassays (40)
HilbertVis (2984)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1486)
HiTC (1707)
HMMcopy (1723)
hopach (2860)
hpar (1665)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2612)
HTSanalyzeR (2082)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (435)
htseqtools (2)
htSeqTools (1921)
HTSFilter (1717)
HybridMTest (1534)
hyperdraw (1745)
hypergraph (2253)

I

iASeq (1756)
iBBiG (1586)
ibh (1489)
iBMQ (1382)
Icens (3219)
iChip (1573)
iClusterPlus (709)
idiogram (1666)
IdMappingAnalysis (1512)
IdMappingRetrieval (1536)
iFlow (377)
Illumina450ProbeVariants.db (3)
illuminaio (8406)
imageHTS (1678)
impute (20049)
INPower (601)
inSilicoDb (2244)
inSilicoMerging (2071)
intansv (1357)
interactiveDisplay (1823)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (59)
inveRsion (1527)
inversion (1)
iontree (1519)
iPAC (1572)
IPPD (1701)
IRanges (94313)
iranges (1)
iSeq (1589)
isobar (1932)
IsoGeneGUI (1600)
iSPlot (1)
ITALICS (1539)
iterativeBMA (1588)
iterativeBMAsurv (1587)

J

jmosaics (1425)
joda (1515)

K

KCsmart (1590)
KEGGgraph (6235)
keggorth (8)
keggorthology (1816)
KEGGprofile (1912)
KEGGREST (5766)
KEGGSOAP (857)

L

lapmix (1712)
LBE (1892)
les (1586)
limma (59334)
limmaGUI (2965)
LiquidAssociation (1582)
liquidassociation (1)
lmdme (1514)
LMGene (1898)
logicFS (2075)
logitt (1)
logitT (1615)
lol (1591)
LPE (2050)
LPEadj (1529)
lpNet (1480)
lumi (8680)
LVSmiRNA (1672)

M

maanova (2315)
macat (1582)
maCorrPlot (1541)
maDB (595)
madb (1)
made4 (3869)
maigesPack (1585)
makecdfenv (3144)
makePlatformDesign (31)
MANOR (1578)
manta (1583)
MantelCorr (1552)
maPredictDSC (1225)
marray (10546)
maSigPro (2575)
maskBAD (1483)
MassArray (1729)
massiR (619)
MassSpecWavelet (3028)
matchBox (1503)
matchprobes (130)
MBCB (1596)
mBPCR (1549)
mcaGUI (1580)
MCRestimate (1788)
mdqc (1757)
MeasurementError.cor (1492)
MEDIPS (2335)
MEDME (1581)
MEIGOR (10)
MergeMaid (2303)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (658)
meshr (621)
messina (632)
metaArray (2216)
metabomxtr (2)
metagene (2)
metagenomeSeq (2152)
metahdep (1529)
metaMS (659)
metaMSdata (3)
metaR (41)
metaSeq (1225)
metaseqR (634)
methVisual (1679)
methyAnalysis (2187)
MethylAid (49)
methylMnM (1270)
methylPipe (4)
MethylSeekR (1639)
methylumi (7798)
Mfuzz (3438)
mfuzz (1)
mgsa (1748)
MiChip (1530)
microRNA (2418)
MIMOSA (647)
MineICA (1455)
minet (3455)
minfi (8646)
MinimumDistance (1521)
MiPP (1601)
MiRaGE (1528)
miRNApath (1851)
Mirsynergy (647)
missMethyl (10)
mitoODE (1161)
MLInterfaces (2772)
MLP (1621)
MLSeq (657)
MMDiff (1495)
mmnet (725)
MmPalateMiRNA (1643)
monocle (127)
MoPS (54)
mosaics (1854)
MotifDb (2776)
motifRG (1636)
motifStack (2496)
MotIV (2831)
mQTL.NMR (16)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1236)
msmsTests (1219)
MSnbase (2981)
msQC (55)
MSstats (1518)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1600)
MultiMed (13)
multiscan (1503)
multtest (26220)
MVCClass (1599)
mzID (1611)
mzR (18515)

N

NarrowPeaks (1572)
ncdfFlow (2986)
NCIgraph (1892)
neaGUI (1299)
nem (1647)
netbiov (16)
NetPathMiner (657)
netresponse (1570)
NetSAM (1334)
networkBMA (1479)
NGScopyData (4)
nnNorm (1525)
NOISeq (2801)
nondetects (635)
NormqPCR (1869)
npGSEA (639)
NTW (1530)
nucleR (1650)
nucler (1)
nudge (1529)
NuPoP (1577)

O

occugene (1635)
OCplus (1754)
oligo (9118)
oligoClasses (10001)
OLIN (1665)
OLINgui (1545)
omicade4 (1358)
OmicCircos (1691)
OncoSimulR (4)
oneChannelGUI (2385)
ontoCAT (1714)
ontoTools (49)
openCyto (1216)
oposSOM (31)
OrderedList (2379)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2805)
OSAT (1464)
OTUbase (1659)
OutlierD (1733)

P

PADOG (1516)
paircompviz (1226)
pairseqsim (7)
pamr (52)
PAnnBuilder (1750)
panp (1794)
PANR (1523)
PAPi (1454)
parody (1940)
pathifier (1262)
PathNet (1433)
pathRender (1701)
pathview (4645)
PatientGeneSets (84)
Pbase (24)
pcaGoPromoter (1852)
pcaMethods (6092)
pcot2 (1550)
PCpheno (1551)
pdInfoBuilder (2389)
pdmclass (1679)
PECA (739)
pepDat (4)
pepStat (4)
PGSEA (2211)
pgUtils (720)
phenoDist (1380)
phenoTest (1694)
PhenStat (682)
phyloseq (4090)
piano (2254)
pickgene (1535)
PICS (2306)
PING (1644)
pint (1623)
pkgDepTools (1846)
pkgdeptools (2)
plateCore (1571)
plethy (1202)
plgem (1583)
plier (2930)
PLPE (1664)
plrs (1406)
plw (1521)
Polyfit (22)
ppiStats (1678)
prada (3245)
prebs (1427)
PREDA (1591)
predictionet (880)
preprocessCore (36426)
PROcess (2196)
procoil (1492)
ProCoNA (1241)
pRoloc (1506)
pRolocGUI (35)
PROMISE (1560)
prot2D (1239)
proteinProfiles (1350)
proteoQC (5)
PSICQUIC (1356)
puma (1864)
pvac (1555)
pvca (1624)
Pviz (32)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1823)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1150)
QDNAseq (711)
qpcrNorm (1717)
qpgraph (2662)
qrqc (1996)
QUALIFIER (1172)
quantsmooth (3275)
QuasR (3668)
qusage (1280)
qvalue (14195)

R

r3Cseq (1613)
R453Plus1Toolbox (1677)
rama (1688)
RamiGO (2067)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1480)
RankProd (4039)
Rariant (619)
RbcBook1 (1700)
RBGL (21998)
rbioinf (1)
RBioinf (1725)
rBiopaxParser (1606)
Rbowtie (3499)
rbsurv (1682)
Rcade (1505)
RCASPAR (1518)
Rchemcpp (1307)
RchyOptimyx (1603)
Rcpi (1130)
RCytoscape (3736)
RDAVIDWebService (1785)
Rdbi (42)
RdbiPgSQL (35)
Rdisop (1911)
RDRToolbox (1925)
ReactomePA (2392)
ReadqPCR (1971)
reb (1533)
RedeR (2112)
REDseq (1757)
RefNet (630)
RefNet.db (3)
RefPlus (1596)
Repitools (2750)
ReportingTools (4923)
ReQON (1554)
Resourcerer (1566)
rflowcyt (35)
rfPred (1226)
rGADEM (3214)
RGalaxy (1620)
rgl (1)
Rgraphviz (20135)
RGSEA (46)
rhdf5 (11032)
rHVDM (1518)
riboSeq (32)
Ringo (3213)
Rintact (14)
RIPSeeker (1702)
Risa (1580)
RLMM (1546)
RMAGEML (25)
rmagpie (1)
Rmagpie (1537)
RMAPPER (1514)
RMassBank (1565)
rMAT (949)
RmiR (1869)
RNAinteract (1552)
RNAither (1646)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1611)
RNASeqPower (1621)
roar (665)
ROC (4928)
Roleswitch (1243)
Rolexa (1692)
rols (1734)
ROntoTools (1510)
RPA (1746)
RpsiXML (1849)
rpx (696)
rqubic (1574)
rRDPData (4)
Rredland (7)
RRHO (1323)
rrp (1)
Rsamtools (41468)
rsbml (1946)
rSFFreader (831)
RSNPper (9)
Rsubread (2602)
RSVSim (1485)
rTANDEM (1753)
RTCA (1598)
RTN (1360)
RTools4TB (29)
RTopper (1527)
rtracklayer (38378)
Rtreemix (1585)
rTRM (1308)
rTRMui (1213)
Ruuid (58)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (95)
RWebServices (378)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (1364)
safe (1780)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1618)
SAGx (1938)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1697)
sangerseqR (681)
SANTA (1370)
sapFinder (660)
savR (587)
SBMLR (1652)
SCAN.UPC (1948)
ScISI (1721)
scsR (600)
SeattleIntro2010 (3)
SeattleIntro2011 (2)
SeattleIntro2011Data (2)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1732)
SemSim (21)
SeqArray (1539)
seqbias (1738)
seqCNA (1249)
SeqGSEA (2102)
seqLogo (5651)
Seqnames (31)
SequenceAnalysis (9)
SequenceAnalysisData (95)
SeqVarTools (1289)
shinyMethyl (35)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1190)
ShortRead (15379)
sigaR (1564)
SigFuge (1240)
siggenes (10848)
sigPathway (2153)
SIM (1605)
SimBindProfiles (1172)
simpleaffy (11732)
simulatorAPMS (40)
sizepower (1973)
SJava (472)
SLGI (1554)
slgi (1)
SLqPCR (1937)
SMAP (1540)
SNAGEE (1368)
snapCGH (2049)
snm (1736)
SNPchip (3179)
snpMatrix (298)
snpStats (5550)
SomatiCA (1459)
SomaticSignatures (778)
SpacePAC (1186)
spade (2092)
SpeCond (1604)
SPEM (1338)
SPIA (2927)
spikeLI (1488)
spkTools (1504)
splicegear (1519)
spliceR (1666)
spliceSites (1206)
SplicingGraphs (1527)
splots (2595)
spotSegmentation (1532)
SQUADD (1464)
SRAdb (3359)
sRAP (1331)
sscore (1522)
sSeq (1232)
ssize (1965)
SSPA (1772)
ssviz (45)
stam (6)
STAN (8)
staRank (1446)
Starr (1752)
stepNorm (1534)
stepwiseCM (1501)
Streamer (1716)
STRINGdb (1475)
StudentGWAS (6)
supraHex (1287)
survcomp (3268)
Sushi (737)
sva (6456)
SwimR (1158)
synapter (1627)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1265)
TargetSearch (1647)
TCC (1803)
TDARACNE (1656)
TEQC (1748)
ternarynet (1455)
tfbstools (1)
TFBSTools (1599)
tigre (1630)
tilingArray (2334)
timecourse (1990)
TitanCNA (651)
tkWidgets (6568)
topGO (7133)
trackViewer (675)
tRanslatome (1351)
TransView (1573)
triform (1432)
trigger (1541)
trio (1441)
triplex (1476)
tspair (1673)
TSSi (1582)
TurboNorm (1597)
tweeDEseq (1943)
twilight (2509)
typeinfo (1)
TypeInfo (1589)

U

UNDO (617)
unifiedWMWqPCR (633)
UniProt.ws (1881)

V

VanillaICE (1865)
VariantAnnotation (16939)
VariantFiltering (746)
variants (173)
VariantTools (995)
vbmp (1925)
Vega (1536)
VegaMC (1533)
viper (632)
virtualArray (2193)
vsn (14528)
vtpnet (1223)

W

wateRmelon (2824)
wavClusteR (66)
waveTiling (1486)
weaver (1992)
webbioc (1623)
widgetTools (6534)

X

xcms (18397)
XDE (1590)
xmapbridge (1507)
xmapcore (336)
XML2R (2)
xps (2375)
xtable (1)
XVector (41216)

Y

yaqcaffy (1844)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (58301)