Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-06-30 10:42:24 -0700 (Tue, 30 Jun 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (175877)
2BiocGenerics (130544)
3Biobase (115503)
4IRanges (115412)
5AnnotationDbi (107747)
6GenomeInfoDb (92209)
7zlibbioc (82554)
8limma (72105)
9Biostrings (71308)
10GenomicRanges (68991)
11S4Vectors (68899)
12XVector (66695)
13annotate (59015)
14Rsamtools (53852)
15genefilter (52688)
16BiocParallel (51040)
17biomaRt (49839)
18graph (49530)
19rtracklayer (48325)
20GenomicAlignments (46190)
21GenomicFeatures (46060)
22preprocessCore (43368)
23affy (41282)
24BSgenome (38615)
25affyio (36852)
26geneplotter (35510)
27edgeR (35139)
28RBGL (31332)
29multtest (30501)
30DESeq2 (29666)
31Rgraphviz (26036)
32VariantAnnotation (25454)
33impute (24372)
34GEOquery (24053)
35biovizBase (23560)
36DESeq (23326)
37rhdf5 (19059)
38Gviz (19028)
39qvalue (18865)
40GSEABase (18379)
41gcrma (17373)
42Category (17038)
43ShortRead (16125)
44AnnotationForge (15803)
45vsn (15285)
46GOstats (14453)
47cummeRbund (13930)
48affyPLM (13329)
49siggenes (13034)
50illuminaio (12977)
51ggbio (11862)
52DNAcopy (11547)
53oligoClasses (11207)
54marray (10828)
55minfi (10572)
56simpleaffy (10467)
57affxparser (10393)
58topGO (10049)
59OrganismDbi (9946)
60sva (9907)
61KEGGREST (9894)
62bumphunter (9883)
63EBImage (9860)
64oligo (9825)
65lumi (9630)
66annaffy (9045)
67methylumi (8776)
68mzR (8750)
69KEGGgraph (8036)
70pcaMethods (8012)
71DynDoc (7846)
72DEXSeq (7813)
73xcms (7353)
74snpStats (6944)
75Heatplus (6927)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Jul/201436884655306
Aug/201436638680771
Sep/201448363780498
Oct/201444593824616
Nov/201432728816800
Dec/201430622721197
Jan/2015317211091008
Feb/201531961751161
Mar/201538387948940
Apr/201538853947720
May/201537784873428
Jun/201535505856498
All months2976919947943

A

a4 (2269)
a4Base (2470)
a4Classif (2240)
a4Core (2501)
a4Preproc (2504)
a4Reporting (2221)
ABarray (2200)
ABSSeq (1738)
acde (22)
acepack (1)
aCGH (2972)
ACME (2184)
ADaCGH2 (1978)
adSplit (2001)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10393)
affy (41282)
affycomp (3056)
AffyCompatible (2246)
affyContam (2081)
affycoretools (5657)
affydata (2)
AffyExpress (2204)
affyILM (1943)
affyio (36852)
affylmGUI (3252)
affyPara (1955)
affypdnn (2404)
affyPLM (13329)
affyQCReport (5535)
AffyRNADegradation (1901)
AffyTiling (1944)
AGDEX (1871)
Agi4x44PreProcess (552)
agilp (2411)
AgiMicroRna (2391)
AIMS (322)
ALDEx2 (1078)
AllelicImbalance (1854)
alsace (1597)
altcdfenvs (1991)
ampliQueso (1683)
AnalysisPageServer (252)
annaffy (9045)
AnnBuilder (25)
annmap (1058)
annotate (59015)
annotation (251)
AnnotationDbi (107747)
AnnotationForge (15803)
AnnotationFuncs (2029)
AnnotationHub (3969)
annotationTools (2704)
anota (2002)
antiProfiles (1751)
apComplex (2053)
applera (1)
aroma.light (5532)
ArrayExpress (4770)
ArrayExpressHTS (1124)
arrayMagic (16)
arrayMvout (1889)
arrayQCplot (4)
arrayQuality (2593)
arrayQualityMetrics (5312)
arrays (384)
ArrayTools (2426)
ArrayTV (1682)
ARRmNormalization (1735)
ASEB (1783)
ASGSCA (990)
AshkenazimSonChr21 (3)
asmn (1410)
ASSET (1709)
ASSIGN (1588)
AtlasRDF (1643)
attract (1837)

B

BAC (1807)
BADER (1682)
BAGS (1656)
ballgown (1679)
bamsignals (273)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1712)
Basic4Cseq (1786)
BatchJobs (1)
BayesPeak (2983)
baySeq (4693)
BBmisc (1)
BCRANK (2124)
beadarray (6710)
beadarraySNP (2024)
BeadDataPackR (6209)
BeadExplorer (4)
BEAT (1557)
BEclear (237)
betr (2103)
bgafun (1775)
BGmix (1038)
bgx (1896)
BHC (2311)
BicARE (1952)
BiGGR (1729)
bigmemoryExtras (1038)
bioassayR (2034)
Biobase (115503)
BiocCaseStudies (1895)
BiocCheck (2404)
biocDatasets (23)
BiocGenerics (130544)
biocGraph (2018)
BiocInstaller (175877)
Biocinstaller (1)
BiocParallel (51040)
BiocStyle (5750)
biocViews (3313)
bioDist (4255)
biodist (1)
biomaRt (49839)
BioMVCClass (1849)
biomvRCNS (1728)
BioNet (3199)
BioSeqClass (1967)
Biostrings (71308)
biostrings (1)
biosvd (1580)
biovizBase (23560)
BiRewire (1775)
birta (1815)
birte (269)
BiSeq (2394)
bitops (1)
BitSeq (2666)
blima (1038)
BRAIN (2179)
BrainStars (1810)
brew (1)
bridge (1837)
BridgeDbR (945)
BrowserViz (208)
BrowserVizDemo (157)
BSgenome (38615)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (1)
bsseq (3080)
BubbleTree (285)
BufferedMatrix (1856)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1795)
bumphunter (9883)
BUS (1691)

C

CAFE (1571)
CAGEr (2032)
CALIB (1784)
camera (2)
CAMERA (3546)
canceR (257)
cancerclass (1745)
CancerMutationAnalysis (1870)
CAnD (226)
caOmicsV (2)
Cardinal (292)
casper (1784)
Category (17038)
categoryCompare (1745)
CausalR (10)
ccrepe (1557)
cellGrowth (1702)
cellHTS (1774)
cellHTS2 (2792)
CellNOptR (2108)
cellnoptr (1)
CexoR (1644)
CFAssay (900)
CGEN (2002)
CGHbase (2513)
CGHcall (2348)
cghMCR (3108)
CGHnormaliter (1754)
CGHregions (1853)
cghregions (1)
ChAMP (2903)
charm (2035)
checkmate (1)
ChemmineOB (2356)
ChemmineR (3837)
chimera (2767)
chipenrich (1664)
ChIPpeakAnno (6261)
ChIPQC (1885)
ChIPseeker (2558)
chipseq (4151)
ChIPseqR (2079)
ChIPsim (2000)
ChIPXpress (966)
chopsticks (2046)
chroGPS (1677)
chromDraw (232)
ChromHeatMap (1848)
ChromoViz (3)
cisPath (1700)
ClassifyR (995)
cleanUpdTSeq (1521)
cleaver (2005)
clippda (1662)
clipper (1883)
Clomial (1474)
Clonality (1673)
clonotypeR (1554)
clst (1665)
clstutils (1557)
clusterProfiler (4196)
clusterStab (1877)
CMA (2231)
cn.farms (1687)
cn.mops (3080)
CNAnorm (1841)
CNEr (1854)
CNORdt (1618)
CNORfeeder (1558)
CNORfuzzy (1602)
CNORode (1708)
CNTools (2104)
cnvGSA (1630)
CNVPanelizer (1)
CNVrd2 (1562)
CNVtools (1851)
cobindR (1559)
CoCiteStats (1761)
codelink (1804)
CODEX (371)
CoGAPS (1090)
cogena (261)
coGPS (1597)
COHCAP (1741)
colorspace (1)
coMET (289)
COMPASS (1509)
compcodeR (1672)
compEpiTools (1036)
CompGO (1503)
ComplexHeatmap (462)
ConsensusClusterPlus (3207)
consensusclusterplus (1)
conumee (267)
convert (2987)
copa (1771)
COPDSexualDimorphism (1340)
CopyhelpeR (4)
copynumber (2083)
CopyNumber450k (1539)
CopywriteR (276)
CoRegNet (989)
Cormotif (1647)
CorMut (1685)
coRNAi (1595)
CORREP (1690)
cosmiq (932)
cosmo (108)
cosmoGUI (114)
COSNet (871)
CoverageView (1035)
cpvSNP (231)
cqn (2307)
CRImage (1904)
CRISPRseek (1772)
crlmm (3041)
CSAR (2129)
csaw (1085)
CSSP (1510)
ctc (4095)
cummeRbund (13930)
cummerbund (1)
customProDB (1705)
cycle (1727)
cytofkit (254)

D

dagLogo (1540)
daMA (1659)
DART (1630)
DASiR (1546)
DAVIDQuery (2130)
davidquery (1)
DBChIP (1814)
DBI (1)
ddCt (2191)
ddgraph (1658)
DECIPHER (2029)
DeconRNASeq (1712)
DEDS (1713)
deepSNV (1833)
DEGraph (1929)
DEGreport (937)
DEGseq (3738)
deltaGseg (1457)
DeMAND (3)
derfinder (1096)
derfinderData (4)
derfinderHelper (1079)
derfinderPlot (954)
DESeq (23326)
deseq (1)
DESeq2 (29666)
destiny (1)
DEXSeq (7813)
dexus (1633)
DFP (1644)
dichromat (1)
DiffBind (4046)
diffGeneAnalysis (1694)
diffHic (255)
digest (1)
diggit (223)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2227)
dks (1523)
DMRcaller (228)
DMRcate (1771)
DMRforPairs (1494)
DNAcopy (11547)
DNaseR (1421)
domainsignatures (1675)
DOQTL (1024)
DOSE (4655)
DriverNet (1656)
DrugVsDisease (1721)
DSS (2042)
DTA (1616)
dualKS (1623)
DupChecker (868)
dyebias (1648)
DynDoc (7846)

E

EasyqpcR (1902)
easyRNASeq (4005)
EBarrays (2435)
EBcoexpress (1669)
EBImage (9860)
EBSeq (3728)
EBSeqHMM (922)
ecolitk (1683)
EDASeq (3662)
edd (53)
EDDA (1568)
edge (337)
edgeR (35139)
eiR (978)
eisa (2023)
ELBOW (1484)
ELMER (8)
ELMER.data (8)
EMDomics (248)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (231)
ENmix (264)
EnrichmentBrowser (1035)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (281)
ensemblVEP (2324)
ENVISIONQuery (1606)
epigenomix (1637)
epivizr (1951)
eQTL (31)
erccdashboard (1018)
ExiMiR (1748)
exomeCopy (2283)
exomePeak (1679)
exonfindR (251)
exonmap (90)
explorase (1284)
ExpressionView (1668)
externalVector (145)

F

fabia (2323)
facopy (905)
facopy.annot (5)
factDesign (1873)
fail (1)
farms (1826)
fastLiquidAssociation (1097)
fastseg (1683)
fbat (20)
fCI (1)
fdrame (1722)
FEM (957)
ffpe (1677)
FGNet (1974)
FISHalyseR (217)
flagme (1723)
flipflop (1603)
flowBeads (1484)
flowBin (1442)
flowcatchR (909)
flowCHIC (901)
flowCL (1464)
flowClean (951)
flowClust (2765)
flowCore (6915)
flowCyBar (1434)
flowDensity (1135)
flowFit (1512)
flowFlowJo (1587)
flowFP (1881)
flowMap (1557)
flowMatch (1467)
flowMeans (2114)
flowMerge (1945)
flowPeaks (1751)
flowPhyto (1418)
flowPlots (1687)
flowQ (1387)
flowQB (1601)
FlowRepositoryR (221)
FlowSOM (253)
flowStats (3842)
flowTrack (2)
flowTrans (1766)
flowType (1756)
flowUtils (2051)
flowViz (5472)
flowVS (240)
flowWorkspace (4655)
fmcsR (2341)
focalCall (896)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (955)
FRGEpistasis (1389)
frma (2696)
frmaTools (1860)
FunciSNP (1796)

G

gaga (1818)
gage (4971)
gaggle (1629)
gaia (1590)
gaucho (1415)
gCMAP (1857)
gCMAPWeb (1587)
gcrma (17373)
gdsfmt (2308)
geecc (905)
genArise (1652)
GENE.E (1935)
gene2pathway (131)
GeneAnswers (2633)
GeneExpressionSignature (1755)
genefilter (52688)
genefu (2339)
GeneGA (968)
GeneGroupAnalysis (116)
GeneMeta (2157)
GeneNetworkBuilder (1735)
GeneOverlap (1564)
geneplotter (35510)
GeneR (63)
geneRecommender (1737)
GeneRegionScan (1632)
generegulation (60)
GeneRfold (28)
geneRxCluster (1431)
GeneSelectMMD (1577)
GeneSelector (2051)
GENESIS (223)
GeneSpring (40)
geNetClassifier (1754)
GeneticsBase (18)
GeneticsDesign (1704)
GeneticsPed (1790)
GeneTraffic (43)
GeneTS (5)
genoCN (1652)
genomation (313)
GenomeGraphs (3688)
GenomeInfoDb (92209)
genomeIntervals (4803)
genomes (1951)
GenomicAlignments (46190)
GenomicFeatures (46060)
GenomicFiles (1940)
GenomicInteractions (915)
GenomicRanges (68991)
GenomicTuples (918)
Genominator (2129)
genoset (2609)
GenoView (860)
GEOmetadb (2766)
GEOquery (24053)
geoquery (1)
GEOsubmission (1667)
geosubmission (1)
gespeR (222)
GEWIST (1496)
gff3Plotter (3)
GGBase (2975)
ggbio (11862)
GGtools (2415)
ggtree (535)
girafe (2056)
GLAD (2694)
GlobalAncova (2072)
globaltest (4329)
gmapR (935)
GOexpress (1155)
GOFunction (2000)
GoogleGenomics (239)
goProfiles (2208)
goprofiles (1)
GOSemSim (5476)
goseq (5427)
GOSim (2026)
GOstats (14453)
gostats (1)
GOsummaries (1065)
GOTHiC (1480)
goTools (2288)
gotools (1)
gpls (2369)
gprege (1574)
gQTLBase (366)
gQTLstats (375)
graph (49530)
GraphAlignment (1646)
GraphAT (1591)
graphite (3281)
GraphPAC (1534)
GRENITS (1697)
GreyListChIP (224)
grndata (4)
groHMM (917)
GSAR (961)
GSBenchMark (4)
GSCA (1471)
GSEABase (18379)
GSEAlm (2289)
GSReg (888)
GSRI (1647)
GSVA (2565)
gtrellis (226)
Gviz (19028)
gwascat (2216)
GWASTools (3101)

H

h5vc (1679)
hapFabia (1616)
Harshlight (1633)
HCsnip (1557)
HDTD (890)
Heatplus (6927)
HELP (1661)
HEM (1621)
hexbin (157)
hiAnnotator (907)
HIBAG (247)
highthroughputassays (36)
HilbertVis (3075)
HilbertVisGUI (1275)
hiReadsProcessor (853)
HiTC (1806)
Hmisc (1)
HMMcopy (1876)
hopach (3018)
hpar (1966)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2877)
HTSanalyzeR (2099)
HTSeqGenie (461)
htSeqTools (2014)
htseqtools (5)
HTSFilter (1874)
HybridMTest (1556)
hyperdraw (1877)
hypergraph (2527)

I

iASeq (1544)
iBBiG (1629)
ibh (1513)
iBMQ (1563)
Icens (3283)
iChip (1586)
iClusterPlus (4689)
IdeoViz (933)
idiogram (1689)
IdMappingAnalysis (1517)
IdMappingRetrieval (1542)
iFlow (103)
illuminaio (12977)
imageHTS (1708)
immunoClust (229)
IMPCdata (807)
impute (24372)
InPAS (214)
INPower (1356)
inSilicoDb (2409)
inSilicoMerging (2345)
intansv (1583)
interactiveDisplay (4917)
interactiveDisplayBase (4255)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (7)
inveRsion (1538)
IONiseR (4)
iontree (1524)
iPAC (1635)
IPPD (1878)
IRanges (115412)
iSeq (1644)
isobar (2135)
IsoGeneGUI (1665)
iSPlot (2)
ITALICS (1604)
iterativeBMA (1634)
iterativeBMAsurv (1599)
iterators (1)
IVAS (215)

J

jmosaics (1535)
joda (1560)

K

KCsmart (1629)
kebabs (1023)
KEGGgraph (8036)
keggorth (16)
keggorthology (1889)
KEGGprofile (2297)
KEGGREST (9894)
KEGGSOAP (278)
KFAS (1)

L

labeling (1)
lapmix (1583)
latticeExtra (1)
LBE (1849)
LEA (264)
les (1643)
liftOver (4)
limma (72105)
limmaGUI (2820)
LiquidAssociation (1602)
lmdme (1634)
LMGene (1859)
logicFS (2297)
logitt (1)
logitT (1612)
lol (1560)
LowMACA (225)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (1989)
LPEadj (1570)
lpNet (1522)
lumi (9630)
LVSmiRNA (1718)

M

M3D (939)
maanova (2355)
macat (1639)
maCorrPlot (1582)
maDB (134)
made4 (4044)
maigesPack (1633)
MAIT (1002)
makecdfenv (3272)
makePlatformDesign (30)
MANOR (1637)
manta (1573)
MantelCorr (1568)
mAPKL (259)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1536)
marray (10828)
maSigPro (2697)
maskBAD (1534)
MassArray (1654)
massiR (1440)
MassSpecWavelet (3321)
matchBox (1535)
matchprobes (107)
MatrixRider (213)
MBAmethyl (818)
MBASED (927)
MBCB (1637)
mBPCR (1582)
mcaGUI (1570)
MCRestimate (1673)
mdgsa (225)
mdqc (1780)
MeasurementError.cor (1521)
MEDIPS (2437)
MEDME (1666)
MEIGOR (836)
MergeMaid (2223)
MeSHDbi (1790)
meshr (1517)
MeSHSim (218)
messina (1358)
metaArray (2151)
Metab (918)
metabomxtr (849)
metagene (902)
metagenomeSeq (3867)
metahdep (1583)
metaMS (1564)
metaSeq (1602)
metaseqR (1595)
MethTargetedNGS (208)
methVisual (1671)
methyAnalysis (2279)
MethylAid (1039)
MethylMix (1004)
methylMnM (1533)
methylPipe (1149)
MethylSeekR (1774)
methylumi (8776)
Mfuzz (3903)
MGFM (866)
mgsa (1732)
MiChip (1576)
microRNA (2343)
MIMOSA (1413)
MineICA (1548)
minet (4532)
minfi (10572)
MinimumDistance (1612)
minionSummaryData (4)
mipp (1)
MiPP (1598)
MiRaGE (1608)
mirIntegrator (3)
miRNApath (1805)
miRNAtap (938)
Mirsynergy (1424)
missMethyl (1018)
mitoODE (1402)
MLInterfaces (3177)
MLP (1620)
MLSeq (1628)
MMDiff (1638)
mmnet (1557)
MmPalateMiRNA (1626)
mogsa (214)
monocle (1416)
MoPS (833)
mosaics (1841)
MotifDb (2771)
motifRG (1667)
motifStack (2833)
MotIV (3032)
MPFE (808)
mQTL.NMR (877)
msa (299)
MSGFgui (1082)
MSGFplus (1145)
MSIseqData (4)
msmsEDA (1591)
msmsTests (1603)
MSnbase (3919)
MSnID (1087)
msQC (31)
MSstats (1969)
mtbls2 (1)
Mulcom (1842)
MultiMed (821)
multiscan (1546)
multtest (30501)
munsell (1)
muscle (376)
MVCClass (1679)
mvGST (882)
mygene (1337)
mzID (3125)
mzR (8750)

N

NanoStringQCPro (246)
NarrowPeaks (1611)
ncdfFlow (3963)
NCIgraph (1974)
neaGUI (1708)
nem (1779)
netbenchmark (254)
netbiov (942)
nethet (216)
NetPathMiner (1472)
netresponse (1591)
NetSAM (1478)
networkBMA (1643)
NGScopy (841)
NGScopyData (4)
nnNorm (1577)
NOISeq (3584)
nondetects (1401)
NormqPCR (2148)
npGSEA (1471)
NTW (1498)
nucleR (1739)
nudge (1550)
NuPoP (1560)

O

occugene (1496)
OCplus (1876)
OGSA (1)
oligo (9825)
oligoClasses (11207)
OLIN (1646)
OLINgui (1593)
omicade4 (1698)
OmicCircos (2368)
OmicsMarkeR (213)
OncoSimulR (702)
oneChannelGUI (2403)
ontoCAT (1709)
ontoTools (46)
openCyto (1865)
OperaMate (5)
oposSOM (1013)
OrderedList (2733)
org.Hs.eg.db (1)
OrganismDbi (9946)
OSAT (1496)
OTUbase (1644)
OutlierD (1719)

P

PAA (927)
PADOG (1625)
paircompviz (1490)
pairseqsim (4)
pamr (42)
pandaR (243)
PAnnBuilder (1754)
panp (1728)
PANR (1547)
PAPi (1565)
parglms (202)
parody (2158)
pathifier (1618)
PathNet (1555)
pathRender (1615)
pathview (6314)
PatientGeneSets (39)
paxtoolsr (1098)
Pbase (892)
pcaGoPromoter (1650)
pcaMethods (8012)
pcot2 (1697)
PCpheno (1507)
pdInfoBuilder (2385)
pdmclass (1621)
PECA (1413)
pepStat (859)
pepXMLTab (837)
PGA (2)
PGSEA (2455)
pgUtils (172)
phenoDist (1496)
phenoTest (1792)
PhenStat (1354)
phyloseq (6251)
piano (2730)
pickgene (1565)
PICS (2250)
PING (1683)
pint (1638)
pkgDepTools (1868)
plateCore (1600)
plethy (1462)
plgem (1667)
plier (3111)
PLPE (1583)
plrs (1485)
plw (1555)
plyr (1)
pmm (201)
podkat (223)
polyester (1003)
Polyfit (861)
ppiStats (1681)
prada (3367)
prebs (1537)
PREDA (1574)
predictionet (872)
preprocessCore (43368)
Prize (1)
proBAMr (803)
PROcess (2313)
procoil (1483)
ProCoNA (1507)
pRoloc (1854)
pRolocdata (4)
pRolocGUI (932)
PROMISE (1556)
PROPER (235)
prot2D (1523)
proteinProfiles (1436)
proteomics (7)
proteoQC (904)
ProtGenerics (1298)
PSEA (829)
PSICQUIC (1751)
puma (2035)
pvac (1612)
pvca (1809)
Pviz (939)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2047)
pwOmics (161)

Q

qcmetrics (1465)
QDNAseq (1655)
qpcrNorm (1688)
qpgraph (2639)
qrqc (2109)
QUALIFIER (1565)
quantro (973)
quantsmooth (3759)
QuartPAC (210)
QuasR (3114)
qusage (1537)
qvalue (18865)

R

R3CPET (207)
r3Cseq (1774)
R453Plus1Toolbox (1671)
rain (934)
rama (1770)
RamiGO (2105)
ramigo (1)
randPack (1521)
RankProd (4035)
RareVariantVis (6)
Rariant (1397)
RbcBook1 (1695)
RBGL (31332)
RBioinf (1710)
rbioinf (1)
rBiopaxParser (1786)
RBM (229)
Rbowtie (3174)
rbsurv (1595)
Rcade (1529)
RCASPAR (1487)
rcellminer (237)
rcellminerData (4)
rCGH (1)
Rchemcpp (1449)
RchyOptimyx (1633)
RColorBrewer (1)
Rcpi (1994)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (151)
RCytoscape (3773)
RDAVIDWebService (3030)
Rdbi (41)
RdbiPgSQL (21)
Rdisop (2069)
RDRToolbox (2206)
ReactomePA (2677)
ReadqPCR (2244)
reb (1556)
RedeR (2293)
REDseq (1697)
RefNet (1416)
RefPlus (1654)
regioneR (224)
regionReport (881)
Repitools (3125)
ReportingTools (6287)
ReQON (1514)
Resourcerer (816)
rflowcyt (45)
rfPred (1405)
rGADEM (3456)
RGalaxy (1582)
Rgraphviz (26036)
rGREAT (221)
RGSEA (932)
rgsepd (215)
rhdf5 (19059)
Rhtslib (320)
rHVDM (1578)
riboSeq (45)
riboSeqR (933)
Ringo (3613)
rintact (1)
Rintact (26)
RIPSeeker (1731)
Risa (1556)
RLMM (1541)
RMAGEML (14)
Rmagpie (1590)
RMAPPER (785)
RMassBank (1717)
rMAT (1056)
rmir (1)
RmiR (1840)
RNAinteract (1539)
RNAither (1633)
RNAprobR (201)
rnaseqcomp (1)
rnaseqGene (734)
rnaSeqMap (1765)
RNASeqPower (1913)
RnaSeqSampleSize (227)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (437)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (859)
roar (1366)
ROC (5537)
Roleswitch (1467)
Rolexa (1646)
rols (1961)
ROntoTools (1688)
RPA (1691)
RpsiXML (1824)
rpx (2001)
Rqc (886)
rqubic (1708)
rRDP (832)
rRDPData (5)
Rredland (8)
RRHO (1511)
Rsamtools (53852)
rsbml (2091)
rSFFreader (896)
RSNPper (20)
RSQLite (1)
Rsubread (4276)
RSVSim (1641)
rTANDEM (2093)
RTCA (1624)
RTCGAToolbox (43)
RTN (1686)
RTools4TB (38)
RTopper (1585)
rtracklayer (48325)
Rtreemix (1528)
rTRM (1475)
rTRMui (1421)
Ruuid (57)
RUVcorr (209)
RUVnormalize (909)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (1726)
RWebServices (337)

S

S4Vectors (68899)
safe (2056)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1563)
SAGx (2072)
SamSPECTRAL (1665)
sangerseqR (2366)
SANTA (1479)
sapFinder (1377)
saps (237)
savR (1493)
SBMLR (1650)
scales (1)
SCAN.UPC (2028)
ScISI (1714)
SCLCBam (4)
scsR (1335)
SeattleIntro2010 (7)
segmentSeq (1801)
SELEX (210)
SemDist (803)
SemSim (15)
sendmailR (1)
seq2pathway (243)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1698)
seqbias (1732)
seqCNA (1499)
SeqGSEA (2359)
seqLogo (6727)
seqPattern (210)
seqplots (1079)
seqTools (908)
SequenceAnalysis (3)
SequenceAnalysisData (25)
SeqVarTools (1525)
SGSeq (865)
shinyMethyl (1183)
shinyTANDEM (1486)
ShortRead (16125)
sidap (5)
sigaR (1644)
SigCheck (853)
SigFuge (1455)
siggenes (13034)
sigPathway (2270)
sigsquared (203)
SIM (1665)
SIMAT (211)
SimBindProfiles (1415)
similaRpeak (204)
simpleaffy (10467)
simulatorAPMS (30)
simulatorZ (834)
sincell (270)
sizepower (1826)
SJava (400)
skewr (205)
SLGI (1587)
SLqPCR (1704)
SMAP (1534)
SNAGEE (1462)
snapCGH (2040)
snm (1846)
SNPchip (3305)
snpMatrix (232)
SNPRelate (2105)
snpStats (6944)
soGGi (214)
SomatiCA (1523)
SomaticSignatures (1700)
SpacePAC (1440)
spade (2167)
specL (852)
SpeCond (1721)
SPEM (1396)
SPIA (3371)
spikeLI (1501)
spkTools (1524)
splicegear (1541)
spliceR (2025)
spliceSites (1426)
SplicingGraphs (1709)
splots (2834)
spotSegmentation (1698)
SQUADD (1473)
SRAdb (4510)
sRAP (1756)
sscore (1511)
sSeq (1517)
ssize (1905)
SSPA (1786)
ssviz (874)
stam (9)
STAN (923)
staRank (1446)
Starr (1744)
STATegRa (870)
stepNorm (1537)
stepwiseCM (1543)
Streamer (1541)
STRINGdb (2145)
stringr (1)
StudentGWAS (1)
SummarizedExperiment (300)
supraHex (1863)
survcomp (3972)
Sushi (1902)
sva (9907)
SVM2CRM (208)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1351)
switchBox (855)
synapter (1911)
systemPipeR (1684)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1462)
TargetSearch (1679)
TCC (2186)
TDARACNE (1665)
TEQC (1758)
ternarynet (1431)
TFBSTools (2067)
tigre (1606)
tilingArray (2193)
timecourse (2106)
TIN (233)
TitanCNA (1511)
tkWidgets (6560)
ToPASeq (945)
topGO (10049)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (218)
tracktables (822)
trackViewer (1531)
tRanslatome (1606)
TransView (1578)
triform (1442)
trigger (1542)
trio (1744)
triplex (1481)
TRONCO (215)
TSCAN (823)
tspair (1740)
TSSi (1532)
TurboNorm (1576)
tweeDEseq (1752)
twilight (2863)
TypeInfo (1535)

U

UNDO (1377)
unifiedWMWqPCR (1359)
UniProt.ws (2213)

V

VanillaICE (1898)
VariantAnnotation (25454)
VariantFiltering (1698)
variants (170)
VariantTools (943)
vbmp (2096)
Vega (1507)
VegaMC (1533)
viper (1466)
virtualArray (1068)
vsn (15285)
vtpnet (1495)

W

wateRmelon (3463)
wavClusteR (906)
waveTiling (1505)
weaver (1817)
webbioc (1622)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6762)

X

xcms (7353)
XDE (1583)
xmapbridge (1499)
xmapcore (82)
XML (1)
xps (2266)
XVector (66695)

Y

yaqcaffy (1901)

Z

zlibbioc (82554)