### R code from vignette source 'geNetClassifier-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: geNetClassifier-vignette.Rnw:81-84 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("geNetClassifier") ################################################### ### code chunk number 2: geNetClassifier-vignette.Rnw:90-91 (eval = FALSE) ################################################### ## BiocManager::install("leukemiasEset") ################################################### ### code chunk number 3: geNetClassifier-vignette.Rnw:97-100 ################################################### library(leukemiasEset) data(leukemiasEset) leukemiasEset ################################################### ### code chunk number 4: geNetClassifier-vignette.Rnw:102-103 ################################################### summary(leukemiasEset$LeukemiaType) ################################################### ### code chunk number 5: geNetClassifier-vignette.Rnw:105-106 (eval = FALSE) ################################################### ## pData(leukemiasEset) ################################################### ### code chunk number 6: geNetClassifier-vignette.Rnw:109-110 (eval = FALSE) ################################################### ## ?leukemiasEset ################################################### ### code chunk number 7: geNetClassifier-vignette.Rnw:116-118 (eval = FALSE) ################################################### ## data(geneSymbols) ## head(geneSymbols) ################################################### ### code chunk number 8: geNetClassifier-vignette.Rnw:122-128 (eval = FALSE) ################################################### ## load("genes-human-annotation.R") ## leukEset_protCoding <- leukemiasEset[featureNames(leukemiasEset) ## %in% rownames(genes.human.Annotation[genes.human.Annotation$biotype ## %in% "protein_coding",]),] ## dim(leukemiasEset) ## dim(leukEset_protCoding) ################################################### ### code chunk number 9: geNetClassifier-vignette.Rnw:156-157 ################################################### library(geNetClassifier) ################################################### ### code chunk number 10: geNetClassifier-vignette.Rnw:160-164 (eval = FALSE) ################################################### ## # List available vignettes for package geNetClassifier: ## vignette(package="geNetClassifier") ## # Open vignette named "geNetClassifier-vignette": ## vignette("geNetClassifier-vignette") ################################################### ### code chunk number 11: geNetClassifier-vignette.Rnw:167-168 ################################################### options(width=80) ################################################### ### code chunk number 12: geNetClassifier-vignette.Rnw:170-171 ################################################### objects("package:geNetClassifier") ################################################### ### code chunk number 13: geNetClassifier-vignette.Rnw:173-174 (eval = FALSE) ################################################### ## ?geNetClassifier ################################################### ### code chunk number 14: geNetClassifier-vignette.Rnw:178-180 (eval = FALSE) ################################################### ## library(leukemiasEset) ## data(leukemiasEset) ################################################### ### code chunk number 15: geNetClassifier-vignette.Rnw:184-186 ################################################### trainSamples <- c(1:10, 13:22, 25:34, 37:46, 49:58) summary(leukemiasEset$LeukemiaType[trainSamples]) ################################################### ### code chunk number 16: geNetClassifier-vignette.Rnw:219-220 ################################################### data(leukemiasClassifier) ################################################### ### code chunk number 17: geNetClassifier-vignette.Rnw:224-227 (eval = FALSE) ################################################### ## leukemiasClassifier <- geNetClassifier(leukEset_protCoding[,trainSamples], ## sampleLabels="LeukemiaType", plotsName="leukemiasClassifier", ## estimateGError=TRUE, geneLabels=geneSymbols) ################################################### ### code chunk number 18: geNetClassifier-vignette.Rnw:233-236 (eval = FALSE) ################################################### ## leukemiasClassifier <- geNetClassifier(eset=leukemiasEset[,trainSamples], ## sampleLabels="LeukemiaType", plotsName="leukemiasClassifier", ## skipInteractions=TRUE, maxGenesTrain=20, geneLabels=geneSymbols) ################################################### ### code chunk number 19: geNetClassifier-vignette.Rnw:239-241 (eval = FALSE) ################################################### ## leukemiasClassifier <- geNetClassifier(eset=leukemiasEset[,trainSamples], ## sampleLabels="LeukemiaType", plotsName="leukemiasClassifier") ################################################### ### code chunk number 20: geNetClassifier-vignette.Rnw:244-247 (eval = FALSE) ################################################### ## leukemiasClassifier <- geNetClassifier(eset=leukemiasEset[,trainSamples], ## sampleLabels="LeukemiaType", plotsName="leukemiasClassifier", ## estimateGError=TRUE) ################################################### ### code chunk number 21: geNetClassifier-vignette.Rnw:260-262 (eval = FALSE) ################################################### ## getwd() ## save(leukemiasClassifier, file="leukemiasClassifier.RData") ################################################### ### code chunk number 22: geNetClassifier-vignette.Rnw:270-271 ################################################### options(width=50) ################################################### ### code chunk number 23: geNetClassifier-vignette.Rnw:273-274 ################################################### names(leukemiasClassifier) ################################################### ### code chunk number 24: geNetClassifier-vignette.Rnw:276-277 ################################################### options(width=80) ################################################### ### code chunk number 25: geNetClassifier-vignette.Rnw:282-283 ################################################### leukemiasClassifier@call ################################################### ### code chunk number 26: geNetClassifier-vignette.Rnw:301-302 ################################################### leukemiasClassifier ################################################### ### code chunk number 27: geNetClassifier-vignette.Rnw:326-327 ################################################### leukemiasClassifier@genesRanking ################################################### ### code chunk number 28: geNetClassifier-vignette.Rnw:331-332 ################################################### numGenes(leukemiasClassifier@genesRanking) ################################################### ### code chunk number 29: geNetClassifier-vignette.Rnw:336-337 ################################################### subRanking <- getTopRanking(leukemiasClassifier@genesRanking, 10) ################################################### ### code chunk number 30: geNetClassifier-vignette.Rnw:341-342 ################################################### getRanking(subRanking) ################################################### ### code chunk number 31: geNetClassifier-vignette.Rnw:345-346 ################################################### getRanking(subRanking, showGeneID=TRUE)$geneID[,1:4] ################################################### ### code chunk number 32: geNetClassifier-vignette.Rnw:352-353 ################################################### genesDetails(subRanking)$AML ################################################### ### code chunk number 33: geNetClassifier-vignette.Rnw:357-358 (eval = FALSE) ################################################### ## options(width=200) ################################################### ### code chunk number 34: geNetClassifier-vignette.Rnw:386-387 ################################################### numSignificantGenes(leukemiasClassifier@genesRanking) ################################################### ### code chunk number 35: geNetClassifier-vignette.Rnw:391-392 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(leukemiasClassifier@genesRanking) ################################################### ### code chunk number 36: geNetClassifier-vignette.Rnw:396-398 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(leukemiasClassifier@genesRanking, ## numGenesPlot=3000, lpThreshold=0.80) ################################################### ### code chunk number 37: geNetClassifier-vignette.Rnw:409-410 ################################################### leukemiasClassifier@classifier ################################################### ### code chunk number 38: geNetClassifier-vignette.Rnw:415-416 ################################################### leukemiasClassifier@classificationGenes ################################################### ### code chunk number 39: geNetClassifier-vignette.Rnw:418-420 ################################################### numGenes(leukemiasClassifier@classificationGenes) genesDetails(leukemiasClassifier@classificationGenes)$ALL ################################################### ### code chunk number 40: geNetClassifier-vignette.Rnw:479-480 ################################################### leukemiasClassifier@generalizationError ################################################### ### code chunk number 41: geNetClassifier-vignette.Rnw:483-484 (eval = FALSE) ################################################### ## overview(leukemiasClassifier@generalizationError) ################################################### ### code chunk number 42: geNetClassifier-vignette.Rnw:490-491 ################################################### leukemiasClassifier@generalizationError@confMatrix ################################################### ### code chunk number 43: geNetClassifier-vignette.Rnw:495-496 ################################################### leukemiasClassifier@generalizationError@probMatrix ################################################### ### code chunk number 44: geNetClassifier-vignette.Rnw:505-506 ################################################### leukemiasClassifier@generalizationError@classificationGenes.stats$CLL ################################################### ### code chunk number 45: geNetClassifier-vignette.Rnw:511-512 ################################################### leukemiasClassifier@generalizationError@classificationGenes.num ################################################### ### code chunk number 46: geNetClassifier-vignette.Rnw:526-528 ################################################### leukemiasClassifier@genesNetwork overview(leukemiasClassifier@genesNetwork$AML) ################################################### ### code chunk number 47: geNetClassifier-vignette.Rnw:533-535 ################################################### getNumEdges(leukemiasClassifier@genesNetwork$AML) getNumNodes(leukemiasClassifier@genesNetwork$AML) ################################################### ### code chunk number 48: geNetClassifier-vignette.Rnw:537-539 ################################################### getEdges(leukemiasClassifier@genesNetwork$AML)[1:5,] getNodes(leukemiasClassifier@genesNetwork$AML)[1:12] ################################################### ### code chunk number 49: geNetClassifier-vignette.Rnw:543-544 (eval = FALSE) ################################################### ## network2txt(leukemiasClassifier@genesNetwork, filePrefix="leukemiasNetwork") ################################################### ### code chunk number 50: geNetClassifier-vignette.Rnw:547-550 (eval = FALSE) ################################################### ## geneNtwsInfo <- lapply(leukemiasClassifier@genesNetwork, ## function(x) write.table(getEdges(x), ## file=paste("leukemiaNtw_",getEdges(x)[1,"class1"],".txt",sep=""))) ################################################### ### code chunk number 51: geNetClassifier-vignette.Rnw:568-570 ################################################### testSamples <- c(1:60)[-trainSamples] testSamples ################################################### ### code chunk number 52: geNetClassifier-vignette.Rnw:574-576 ################################################### queryResult <- queryGeNetClassifier(leukemiasClassifier, leukemiasEset[,testSamples]) ################################################### ### code chunk number 53: geNetClassifier-vignette.Rnw:580-582 ################################################### queryResult$class queryResult$probabilities ################################################### ### code chunk number 54: geNetClassifier-vignette.Rnw:586-588 ################################################### confusionMatrix <- table(leukemiasEset[,testSamples]$LeukemiaType, queryResult$class) ################################################### ### code chunk number 55: geNetClassifier-vignette.Rnw:592-593 ################################################### externalValidation.stats(confusionMatrix) ################################################### ### code chunk number 56: geNetClassifier-vignette.Rnw:597-599 ################################################### externalValidation.probMatrix(queryResult, leukemiasEset[,testSamples]$LeukemiaType, numDecimals=3) ################################################### ### code chunk number 57: geNetClassifier-vignette.Rnw:612-615 ################################################### queryResult_AssignAll <- queryGeNetClassifier(leukemiasClassifier, leukemiasEset[,testSamples], minProbAssignCoeff=0, minDiffAssignCoeff=0) which(queryResult_AssignAll$class=="NotAssigned") ################################################### ### code chunk number 58: geNetClassifier-vignette.Rnw:620-623 ################################################### queryResult_AssignLess <- queryGeNetClassifier(leukemiasClassifier, leukemiasEset[,testSamples], minProbAssignCoeff=1.5, minDiffAssignCoeff=1) queryResult_AssignLess$class ################################################### ### code chunk number 59: geNetClassifier-vignette.Rnw:627-629 ################################################### t(queryResult_AssignLess$probabilities[, queryResult_AssignLess$class=="NotAssigned", drop=FALSE]) ################################################### ### code chunk number 60: geNetClassifier-vignette.Rnw:650-651 ################################################### testSamples <- c(1:60)[-trainSamples] ################################################### ### code chunk number 61: geNetClassifier-vignette.Rnw:655-657 ################################################### queryResult_AsUnkown <- queryGeNetClassifier(leukemiasClassifier, leukemiasEset[,testSamples]) ################################################### ### code chunk number 62: geNetClassifier-vignette.Rnw:661-662 ################################################### names(queryResult_AsUnkown) ################################################### ### code chunk number 63: geNetClassifier-vignette.Rnw:664-665 ################################################### queryResult_AsUnkown$class ################################################### ### code chunk number 64: geNetClassifier-vignette.Rnw:669-671 ################################################### t(queryResult_AsUnkown$probabilities[ , queryResult$class=="NotAssigned"]) ################################################### ### code chunk number 65: geNetClassifier-vignette.Rnw:675-676 ################################################### querySummary(queryResult_AsUnkown, numDecimals=3) ################################################### ### code chunk number 66: geNetClassifier-vignette.Rnw:687-688 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(leukemiasClassifier@genesRanking) ################################################### ### code chunk number 67: geNetClassifier-vignette.Rnw:697-699 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(leukemiasClassifier@genesRanking, numGenesPlot=3000, ## plotTitle="5 classes: ALL, AML, CLL, CML, NoL", lpThreshold=0.80) ################################################### ### code chunk number 68: geNetClassifier-vignette.Rnw:710-712 (eval = FALSE) ################################################### ## ranking <- calculateGenesRanking(leukemiasEset[,trainSamples], ## "LeukemiaType") ################################################### ### code chunk number 69: geNetClassifier-vignette.Rnw:722-723 ################################################### data(geneSymbols) ################################################### ### code chunk number 70: geNetClassifier-vignette.Rnw:725-731 (eval = FALSE) ################################################### ## data(geneSymbols) ## topGenes <- getRanking( ## getTopRanking(leukemiasClassifier@classificationGenes,numGenesClass=1), ## showGeneID=TRUE)$geneID ## plotExpressionProfiles(leukemiasEset, topGenes[,c("ALL","AML"), drop=FALSE], ## sampleLabels="LeukemiaType", geneLabels=geneSymbols) ################################################### ### code chunk number 71: geNetClassifier-vignette.Rnw:742-744 (eval = FALSE) ################################################### ## plotExpressionProfiles(leukemiasEset[,trainSamples], leukemiasClassifier, ## sampleLabels="LeukemiaType", fileName="leukExprs_trainSamples.pdf") ################################################### ### code chunk number 72: geNetClassifier-vignette.Rnw:748-752 (eval = FALSE) ################################################### ## classGenes <- getRanking(leukemiasClassifier@classificationGenes, ## showGeneID=TRUE)$geneID[,"AML"] ## plotExpressionProfiles(leukemiasEset, genes=classGenes, ## sampleLabels="LeukemiaType", geneLabels=geneSymbols, fileName="AML_genes.pdf") ################################################### ### code chunk number 73: geNetClassifier-vignette.Rnw:760-765 (eval = FALSE) ################################################### ## plotExpressionProfiles(leukemiasEset, genes=topGenes[,3, drop=FALSE], ## sampleLabels="LeukemiaType", ## showMean=TRUE, identify=FALSE, ## sampleColors=c("grey","red") ## [(sampleNames(leukemiasEset)%in% c("GSM331386.CEL","GSM331392.CEL"))+1]) ################################################### ### code chunk number 74: geNetClassifier-vignette.Rnw:767-771 (eval = FALSE) ################################################### ## plotExpressionProfiles(leukemiasEset, genes=topGenes[,3, drop=FALSE], ## sampleLabels="LeukemiaType", ## showMean=TRUE, identify=FALSE, ## classColors=c("red","red", "blue","red","red")) ################################################### ### code chunk number 75: geNetClassifier-vignette.Rnw:778-781 (eval = FALSE) ################################################### ## plotExpressionProfiles(leukemiasEset, genes=topGenes[,3, drop=FALSE], ## sampleLabels="LeukemiaType", ## type="boxplot", geneLabels=geneSymbols, sameScale=FALSE) ################################################### ### code chunk number 76: geNetClassifier-vignette.Rnw:801-803 ################################################### plotDiscriminantPower(leukemiasClassifier, classificationGenes="ENSG00000169575") ################################################### ### code chunk number 77: geNetClassifier-vignette.Rnw:807-809 ################################################### plotDiscriminantPower(leukemiasClassifier, classificationGenes="ENSG00000169575") ################################################### ### code chunk number 78: geNetClassifier-vignette.Rnw:817-820 (eval = FALSE) ################################################### ## discPowerTable <- plotDiscriminantPower(leukemiasClassifier, ## classificationGenes=getRanking(leukemiasClassifier@classificationGenes, ## showGeneID=TRUE)$geneID[1:4,"AML",drop=FALSE], returnTable=TRUE) ################################################### ### code chunk number 79: geNetClassifier-vignette.Rnw:824-827 ################################################### discPowerTable <- plotDiscriminantPower(leukemiasClassifier, classificationGenes=getRanking(leukemiasClassifier@classificationGenes, showGeneID=TRUE)$geneID[1:4,"AML",drop=FALSE], returnTable=TRUE) ################################################### ### code chunk number 80: geNetClassifier-vignette.Rnw:844-846 ################################################### clGenesSubNet <- getSubNetwork(leukemiasClassifier@genesNetwork, leukemiasClassifier@classificationGenes) ################################################### ### code chunk number 81: geNetClassifier-vignette.Rnw:857-858 (eval = FALSE) ################################################### ## clGenesInfo <- genesDetails(leukemiasClassifier@classificationGenes) ################################################### ### code chunk number 82: geNetClassifier-vignette.Rnw:868-869 (eval = FALSE) ################################################### ## plotNetwork(genesNetwork=clGenesSubNet$ALL, genesInfo=clGenesInfo) ################################################### ### code chunk number 83: geNetClassifier-vignette.Rnw:881-883 (eval = FALSE) ################################################### ## plotNetwork(genesNetwork=clGenesSubNet$ALL, genesInfo=clGenesInfo, ## plotAllNodesNetwork=FALSE, plotOnlyConnectedNodesNetwork=TRUE) ################################################### ### code chunk number 84: geNetClassifier-vignette.Rnw:887-893 (eval = FALSE) ################################################### ## top30g <- getRanking(leukemiasClassifier@genesRanking, ## showGeneID=TRUE)$geneID[1:30,] ## top30gSubNet <- getSubNetwork(leukemiasClassifier@genesNetwork, top30g) ## top30gInfo <- lapply(genesDetails(leukemiasClassifier@genesRanking), ## function(x) x[1:30,]) ## plotNetwork(genesNetwork=top30gSubNet$AML, genesInfo=top30gInfo$AML) ################################################### ### code chunk number 85: geNetClassifier-vignette.Rnw:906-915 (eval = FALSE) ################################################### ## top100gRanking <- getTopRanking(leukemiasClassifier@genesRanking, ## numGenes=100) ## top100gSubNet <- getSubNetwork(leukemiasClassifier@genesNetwork, ## getRanking(top100gRanking, showGeneID=TRUE)$geneID) ## plotNetwork(genesNetwork=top100gSubNet, ## classificationGenes=leukemiasClassifier@classificationGenes, ## genesRanking=top100gRanking, plotAllNodesNetwork=TRUE, ## plotOnlyConnectedNodesNetwork=TRUE, labelSize=0.4, ## plotType="pdf", fileName="leukemiasNetwork")