### R code from vignette source 'query.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: data ################################################### library("annotate") data(sample.ExpressionSet) affys <- featureNames(sample.ExpressionSet)[490:500] affys ################################################### ### code chunk number 2: annotation ################################################### library("hgu95av2.db") ids <- getPMID(affys,"hgu95av2") ids <- unlist(ids,use.names=FALSE) ids <- unique(ids[!is.na(as.numeric(ids))]) length(ids) ids[1:10] ################################################### ### code chunk number 3: getabsts ################################################### x <- pubmed(ids[1:10]) a <- xmlRoot(x) numAbst <- length(xmlChildren(a)) numAbst ################################################### ### code chunk number 4: query.Rnw:170-179 ################################################### arts <- vector("list", length=numAbst) absts <- rep(NA, numAbst) for (i in 1:numAbst) { ## Generate the PubMedAbst object for this abstract arts[[i]] <- buildPubMedAbst(a[[i]]) ## Retrieve the abstract text for this abstract absts[i] <- abstText(arts[[i]]) } arts[[7]] ################################################### ### code chunk number 5: query.Rnw:203-206 ################################################### found <- grep("cDNA",absts) goodAbsts <- arts[found] length(goodAbsts) ################################################### ### code chunk number 6: query.Rnw:222-224 ################################################### y <- genbank(ids[1:10], type="uid") b <- xmlRoot(y) ################################################### ### code chunk number 7: abst2HTML ################################################### fname <- tempfile() pmAbst2HTML(goodAbsts, filename=fname) fnameBase <- tempfile() pmAbst2HTML(goodAbsts, filename=fnameBase, frames=TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: query.Rnw:267-268 ################################################### sessionInfo()