### R code from vignette source 'RBioinf.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ex1 ################################################### library(RBioinf) setClass("object") setClass("grid-layout", contains="object") setClass("horizontal-grid", contains="grid-layout") setClass("vertical-grid", contains="grid-layout") setClass("hv-grid", contains=c("horizontal-grid", "vertical-grid")) LPO("hv-grid") ################################################### ### code chunk number 2: cpotest ################################################### computeClassLinearization("object") computeClassLinearization("grid-layout") computeClassLinearization("vertical-grid") ################################################### ### code chunk number 3: s1 ################################################### setClass("vh-grid", contains=c("vertical-grid", "horizontal-grid")) setClass("confused", contains=c("hv-grid", "vh-grid")) LPO("vh-grid") tryCatch(LPO("confused"), error=function(x) "this one failed") ################################################### ### code chunk number 4: plotconfG ################################################### library(Rgraphviz) confG = class2Graph("confused") cGa = makeNodeAttrs(confG, shape="ellipse", fill="grey", width=4) plot(confG, nodeAttrs=cGa) ################################################### ### code chunk number 5: showExtends ################################################### setClass("a") setClass("b") setClass("c", contains = c("a", "b")) setClass("d", contains = c("b", "a")) extends("c") extends("d") setClass("e", contains=c("c", "d")) ################################################### ### code chunk number 6: sCdemo ################################################### getAllSuperClasses(getClass("e")) cD = superClassDepth(getClass("e")) cD$label cD$depth superClasses(getClass("e")) ################################################### ### code chunk number 7: c2G ################################################### cH = class2Graph("e") ################################################### ### code chunk number 8: editWin ################################################### setClass("pane", contains="object") setClass("editing-mixin", contains="object") setClass("scrolling-mixin", contains="object") setClass("scrollable-pane", contains=c("pane", "scrolling-mixin")) setClass("editable-pane", contains=c("pane", "editing-mixin")) setClass("editable-scrollable-pane", contains=c("scrollable-pane", "editable-pane")) ################################################### ### code chunk number 9: LPOseW ################################################### LPO("editable-scrollable-pane") LPO("editable-scrollable-pane", C3=TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: eWgraph ################################################### eWG = class2Graph("editable-scrollable-pane") eWGattrs = makeNodeAttrs(eWG, shape="ellipse", fill="grey", width=4) plot(eWG, nodeAttrs=eWGattrs) ################################################### ### code chunk number 11: RBioinf.Rnw:324-325 ################################################### sessionInfo()