### R code from vignette source 'LPE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LPE.Rnw:108-109 (eval = FALSE) ################################################### ## packageDescription("LPE") ################################################### ### code chunk number 2: LPE.Rnw:118-119 ################################################### set.seed(0) ################################################### ### code chunk number 3: LPE.Rnw:123-124 ################################################### library(LPE) ################################################### ### code chunk number 4: LPE.Rnw:134-138 ################################################### data(Ley) dim(Ley) head(Ley) Ley.subset <- Ley[seq(1000),] ################################################### ### code chunk number 5: LPE.Rnw:155-158 ################################################### Ley.normalized <- Ley.subset Ley.normalized[,2:7] <- preprocess(Ley.subset[,2:7], data.type = "MAS5") Ley.normalized[1:3,] ################################################### ### code chunk number 6: LPE.Rnw:163-166 ################################################### Ley.final <- Ley.normalized[substring(Ley.normalized$ID,1,4) !="AFFX",] dim(Ley.final) Ley.final[1:3,] ################################################### ### code chunk number 7: LPE.Rnw:175-178 ################################################### var.Naive <- baseOlig.error(Ley.final[,2:4],q=0.01) dim(var.Naive) var.Naive[1:3,] ################################################### ### code chunk number 8: LPE.Rnw:184-187 ################################################### var.Activated <- baseOlig.error(Ley.final[,5:7], q=0.01) dim(var.Activated) var.Activated[1:3,] ################################################### ### code chunk number 9: LPE.Rnw:198-206 ################################################### lpe.val <- data.frame(lpe(Ley.final[,5:7], Ley.final[,2:4], var.Activated, var.Naive, probe.set.name=Ley.final$ID) ) lpe.val <- round(lpe.val, digits=2) dim (lpe.val) lpe.val[1:3,] ################################################### ### code chunk number 10: LPE.Rnw:219-222 ################################################### fdr.BH <- fdr.adjust(lpe.val, adjp="BH") dim(fdr.BH) round(fdr.BH[1:4, ],2) ################################################### ### code chunk number 11: LPE.Rnw:231-233 ################################################### fdr.resamp <- fdr.adjust(lpe.val, adjp="resamp", iterations=2) fdr.resamp ################################################### ### code chunk number 12: LPE.Rnw:249-251 ################################################### Bonferroni.adjp <- fdr.adjust(lpe.val, adjp="Bonferroni") head(Bonferroni.adjp)