### R code from vignette source 'GeneRegionScan.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: gettingProbesets ################################################### library(GeneRegionScan) ################################################### ### code chunk number 2: gettingProbesetsNotRunPart (eval = FALSE) ################################################### ## transcriptClustersFile<-"~/HuEx-1-0-st-v2.na26.hg18.transcript.csv" ## mpsToPsFile<-"~/HuEx-1-0-st-v2.r2.dt1.hg18.full.mps" ## listOfProbesets<-getProbesetsFromRegionOfInterest("HuEx-1-0-st-v2", "chr2", 215889955,216106710, transcriptClustersFile=transcriptClustersFile, mpsToPsFile=mpsToPsFile) ################################################### ### code chunk number 3: gettingProbeevelSet (eval = FALSE) ################################################### ## aptCelExtractPath<-"~/apt-bin/apt-cel-extract" ## clfPath<-"~/HuEx-1-0-st-v2.r2.clf" ## pgfPath<-"~/HuEx-1-0-st-v2.r2.pgf" ## ## myProbeLevelSet<-getLocalProbeIntensities(listOfProbesets,"~/test-cels", aptCelExtractPath=aptCelExtractPath, pgfPath=pgfPath, clfPath=clfPath) ################################################### ### code chunk number 4: getSequence (eval = FALSE) ################################################### ## getSequence(myProbeLevelSet,1:5) ################################################### ### code chunk number 5: loadData ################################################### data(exampleProbeLevelSet) pData(exampleProbeLevelSet)[1:3,] ################################################### ### code chunk number 6: plot1 ################################################### plotOnGene(exampleProbeLevelSet, mrna) ################################################### ### code chunk number 7: plot2 ################################################### plotOnGene(exampleProbeLevelSet, mrna, summaryType="dots", interval=c(500,1000)) exonStructure(mrna, genomic) ################################################### ### code chunk number 8: plot3 ################################################### plotOnGene(exampleProbeLevelSet, mrna, label="gender", testType="wilcoxon", verbose=FALSE) exonStructure(mrna, genomic) ################################################### ### code chunk number 9: plot4 ################################################### plotOnGene(exampleProbeLevelSet, mrna, label="genotype1", testType="linear model", verbose=FALSE) exonStructure(mrna, genomic) ################################################### ### code chunk number 10: plot5 ################################################### mrna_subset<-mrna[[1]] mrna_subset<-mrna_subset[500:1000] plotCoexpression(exampleProbeLevelSet, gene=mrna_subset, correlationCutoff=0.5, probeLevelInfo=c("probeid","sequence"), verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 11: plot6 (eval = FALSE) ################################################### ## geneRegionScan(exampleProbeLevelSet, gene=mrna, genomicData=genomic, label="genotype3", testType="linear model", correlationCutoff=0.5, probeLevelInfo=c("probeid","sequence"), verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 12: sessioninfo ################################################### sessionInfo()