### R code from vignette source 'FELLA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: 01_graph ################################################### library(FELLA) set.seed(1) # Filter overview pathways graph <- buildGraphFromKEGGREST( organism = "hsa", filter.path = c("01100", "01200", "01210", "01212", "01230")) ################################################### ### code chunk number 3: 01_database ################################################### tmpdir <- paste0(tempdir(), "/my_database") # Mke sure the database does not exist from a former vignette build # Otherwise the vignette will rise an error # because FELLA will not overwrite an existing database unlink(tmpdir, recursive = TRUE) buildDataFromGraph( keggdata.graph = graph, databaseDir = tmpdir, internalDir = FALSE, matrices = "diffusion", normality = "diffusion", niter = 50) ################################################### ### code chunk number 4: 01_loadkegg ################################################### fella.data <- loadKEGGdata( databaseDir = tmpdir, internalDir = FALSE, loadMatrix = "diffusion" ) ################################################### ### code chunk number 5: 01_summary ################################################### fella.data ################################################### ### code chunk number 6: 01_info ################################################### cat(getInfo(fella.data)) ################################################### ### code chunk number 7: 02_compounds ################################################### compounds.epithelial <- c( "C02862", "C00487", "C00025", "C00064", "C00670", "C00073", "C00588", "C00082", "C00043") ################################################### ### code chunk number 8: 02_mapcompounds ################################################### analysis.epithelial <- defineCompounds( compounds = compounds.epithelial, data = fella.data) ################################################### ### code chunk number 9: 02_mapped ################################################### getInput(analysis.epithelial) getExcluded(analysis.epithelial) ################################################### ### code chunk number 10: 02_print ################################################### analysis.epithelial ################################################### ### code chunk number 11: 03_enrich ################################################### analysis.epithelial <- runDiffusion( object = analysis.epithelial, data = fella.data, approx = "normality") ################################################### ### code chunk number 12: 03_summary ################################################### analysis.epithelial ################################################### ### code chunk number 13: 03_plot ################################################### nlimit <- 150 vertex.label.cex <- .5 plot( analysis.epithelial, method = "diffusion", data = fella.data, nlimit = nlimit, vertex.label.cex = vertex.label.cex) ################################################### ### code chunk number 14: 04_graph ################################################### g <- generateResultsGraph( object = analysis.epithelial, method = "diffusion", nlimit = nlimit, data = fella.data) g ################################################### ### code chunk number 15: 04_go ################################################### # GO:0005739 is the term for mitochondrion g.go <- addGOToGraph( graph = g, GOterm = "GO:0005739", godata.options = list( OrgDb = "org.Hs.eg.db", ont = "CC"), mart.options = list( biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")) g.go ################################################### ### code chunk number 16: 04_plot_go ################################################### plotGraph( g.go, vertex.label.cex = vertex.label.cex) ################################################### ### code chunk number 17: 04_table ################################################### tab.all <- generateResultsTable( method = "diffusion", nlimit = 100, object = analysis.epithelial, data = fella.data) # Show head of the table knitr::kable(head(tab.all), format = "latex") ################################################### ### code chunk number 18: 04_enzyme ################################################### tab.enzyme <- generateEnzymesTable( method = "diffusion", nlimit = 100, object = analysis.epithelial, data = fella.data) # Show head of the table knitr::kable(head(tab.enzyme, 10), format = "latex") ################################################### ### code chunk number 19: 04_file ################################################### tmpfile <- tempfile() exportResults( format = "csv", file = tmpfile, method = "diffusion", object = analysis.epithelial, data = fella.data) ################################################### ### code chunk number 20: 04_pajek ################################################### tmpfile <- tempfile() exportResults( format = "pajek", file = tmpfile, method = "diffusion", object = analysis.epithelial, data = fella.data) ################################################### ### code chunk number 21: 05 ################################################### compounds.ovarian <- c( "C00275", "C00158", "C00042", "C00346", "C00122", "C06468") analysis.ovarian <- enrich( compounds = compounds.ovarian, data = fella.data, methods = "diffusion") plot( analysis.ovarian, method = "diffusion", data = fella.data, nlimit = 150, vertex.label.cex = vertex.label.cex, plotLegend = FALSE) ################################################### ### code chunk number 22: 06 ################################################### compounds.malaria <- c( "C05471", "C14831", "C02686", "C06462", "C00735", "C14833", "C18175", "C00550", "C01124", "C05474", "C05469") analysis.malaria <- enrich( compounds = compounds.malaria, data = fella.data, methods = "diffusion") plot( analysis.malaria, method = "diffusion", data = fella.data, nlimit = 50, vertex.label.cex = vertex.label.cex, plotLegend = FALSE) ################################################### ### code chunk number 23: sessioninfo ################################################### toLatex(sessionInfo())