### R code from vignette source 'COHCAP.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: inputVariables ################################################### library("COHCAP") dir = system.file("extdata", package="COHCAP") beta.file = file.path(dir,"GSE42308_truncated.txt") sample.file = file.path(dir,"sample_GSE42308.txt") expression.file = file.path(dir,"expression-Average_by_Island_truncated.txt") project.folder = tempdir() project.name = "450k_avg_by_island_test" ################################################### ### code chunk number 2: annotation ################################################### beta.table = COHCAP.annotate(beta.file, project.name, project.folder, platform="450k-UCSC") ################################################### ### code chunk number 3: site ################################################### filtered.sites = COHCAP.site(sample.file, beta.table, project.name, project.folder, ref="parental") ################################################### ### code chunk number 4: island ################################################### island.list = COHCAP.avg.by.island(sample.file, filtered.sites, beta.table, project.name, project.folder, ref="parental") ################################################### ### code chunk number 5: integrate ################################################### COHCAP.integrate.avg.by.island(island.list, project.name, project.folder, expression.file, sample.file)