### R code from vignette source 'DO.db.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DO.db.Rnw:48-50 ################################################### library(DO.db) help(DO.db) ################################################### ### code chunk number 2: DO.db.Rnw:58-65 ################################################### FirstTenDOBimap <- DOTERM[1:10] ##grab thet ten class(FirstTenDOBimap) xx <- as.list(FirstTenDOBimap) DOID(xx[[2]]) Term(xx[[2]]) Synonym(xx[[2]]) Secondary(xx[[2]]) ################################################### ### code chunk number 3: DO.db.Rnw:82-87 ################################################### xx <- as.list(DOANCESTOR) # Remove DO IDs that do not have any ancestor xx <- xx[!is.na(xx)] # Display the first 4 DOID's ancestor xx[1:4] ################################################### ### code chunk number 4: DO.db.Rnw:98-103 ################################################### xx <- as.list(DOPARENTS) # Remove DO IDs that do not have any ancestor xx <- xx[!is.na(xx)] # Display the first 4 DOID's ancestor xx[1:4] ################################################### ### code chunk number 5: DO.db.Rnw:117-122 ################################################### xx <- as.list(DOOFFSPRING) # Remove DO IDs that do not have any ancestor xx <- xx[!is.na(xx)] # Display the first 4 DOID's ancestor xx[1] ################################################### ### code chunk number 6: DO.db.Rnw:135-140 ################################################### xx <- as.list(DOCHILDREN) # Remove DO IDs that do not have any ancestor xx <- xx[!is.na(xx)] # Display the first 4 DOID's ancestor xx[1] ################################################### ### code chunk number 7: DO.db.Rnw:147-148 ################################################### DO_dbschema() ################################################### ### code chunk number 8: DO.db.Rnw:153-155 ################################################### DOMAPCOUNTS