### R code from vignette source 'flowBin.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: stagea ################################################### library(flowBin) library(flowFP) data(fs1) show(fs1) ################################################### ### code chunk number 2: stageb ################################################### fsApply(fs1, function(x){x@parameters@data[,'desc']}) ################################################### ### code chunk number 3: stagex ################################################### aml.sample <- new('FlowSample', name='Example flowSample', tube.set=as.list(fs1@frames), control.tubes=c(1), bin.pars=c(1,2,5), measure.pars=list(c(3,4,6,7))) show(aml.sample) ################################################### ### code chunk number 4: examineTubes ################################################### data(amlsample) tube1.frame <- tube.set(aml.sample)[[1]] show(tube1.frame) plot(exprs(tube1.frame)[,c(5,2)], pch=16, cex=0.6, xlim=c(0,4), ylim=c(0,4)) ################################################### ### code chunk number 5: examineTubes2 ################################################### plot(exprs(tube1.frame)[,c(3,6)], pch=16, cex=0.6, xlim=c(0,4), ylim=c(0,4)) ################################################### ### code chunk number 6: examineTubes ################################################### tube7.frame <- tube.set(aml.sample)[[7]] show(tube7.frame) plot(exprs(tube7.frame)[,c(3,6)], pch=16, cex=0.6, xlim=c(0,4), ylim=c(0,4)) ################################################### ### code chunk number 7: stage1 ################################################### normed.sample <- quantileNormalise(aml.sample) ################################################### ### code chunk number 8: stage2 ################################################### qnorm.check <- checkQNorm(aml.sample, normed.sample, do.plot=F) plot(qnorm.check$sd.before, type='l', lwd=2, ylim=c(0, max(qnorm.check$sd.before)), xlab='Tubes', ylab='Standard deviation of bin densities', main='SD before and after normalisation') lines(qnorm.check$sd.after, lwd=2, col='blue') legend(x=5.5, y=0.35, legend=c('Before', 'After'), lwd=2, col=c('black', 'blue')) ################################################### ### code chunk number 9: flowBinRun ################################################### tube.combined <- flowBin(tube.list=aml.sample@tube.set, bin.pars=aml.sample@bin.pars, control.tubes=aml.sample@control.tubes, expr.method='medianFIDist', scale.expr=T) ################################################### ### code chunk number 10: flowBinPlot ################################################### heatmap(tube.combined, scale='none') ################################################### ### code chunk number 11: flowBinRun2 ################################################### tube.propPos <- flowBin(tube.list=aml.sample@tube.set, bin.pars=aml.sample@bin.pars, control.tubes=aml.sample@control.tubes, expr.method='propPos', scale.expr=T) ################################################### ### code chunk number 12: flowBinPlot2 ################################################### heatmap(tube.propPos, scale='none')