### R code from vignette source 'ABSSeq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ABSSeq.Rnw:27-28 ################################################### library(ABSSeq) ################################################### ### code chunk number 2: ABSSeq.Rnw:33-35 ################################################### data(simuN5) names(simuN5) ################################################### ### code chunk number 3: ABSSeq.Rnw:40-41 ################################################### simuN5$groups ################################################### ### code chunk number 4: ABSSeq.Rnw:46-48 ################################################### obj <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups)) pairedobj <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups),paired=TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: ABSSeq.Rnw:53-58 ################################################### obj1 <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups), normMethod="user",sizeFactor=runif(10,1,2)) normMethod(obj1) normMethod(obj1) <- "geometric" normMethod(obj1) ################################################### ### code chunk number 6: ABSSeq.Rnw:63-65 ################################################### obj <- normalFactors(obj) sFactors(obj) ################################################### ### code chunk number 7: ABSSeq.Rnw:70-71 ################################################### head(counts(obj,norm=TRUE)) ################################################### ### code chunk number 8: ABSSeq.Rnw:76-77 ################################################### obj=callParameter(obj) ################################################### ### code chunk number 9: plotDifftoBase ################################################### obj <- callDEs(obj) plotDifftoBase(obj) ################################################### ### code chunk number 10: plotDifftoBase ################################################### obj <- callDEs(obj) plotDifftoBase(obj) ################################################### ### code chunk number 11: ABSSeq.Rnw:99-101 ################################################### obj <- callDEs(obj) head(results(obj,c("rawFC","lowFC","foldChange","pvalue","adj.pvalue"))) ################################################### ### code chunk number 12: ABSSeq.Rnw:106-107 ################################################### head(results(obj)) ################################################### ### code chunk number 13: ABSSeq.Rnw:112-117 ################################################### data(simuN5) obj <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups)) obj <- ABSSeq(obj) res <- results(obj,c("Amean","Bmean","foldChange","pvalue","adj.pvalue")) head(res) ################################################### ### code chunk number 14: ABSSeq.Rnw:122-130 ################################################### data(simuN5) obj <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups),minRates=0.2, maxRates=0.2) #or by slot functions #minRates(obj) <- 0.2 #maxRates(obj) <- 0.2 obj <- ABSSeq(obj) res <- results(obj,c("Amean","Bmean","foldChange","pvalue","adj.pvalue")) head(res) ################################################### ### code chunk number 15: ABSSeq.Rnw:134-141 ################################################### data(simuN5) obj <- ABSDataSet(simuN5$counts, factor(simuN5$groups),minDispersion=0.1) #or by slot functions #minimalDispersion(obj) <- 0.2 obj <- ABSSeq(obj) res <- results(obj,c("Amean","Bmean","foldChange","pvalue","adj.pvalue")) head(res) ################################################### ### code chunk number 16: ABSSeq.Rnw:146-151 ################################################### data(simuN5) obj <- ABSDataSet(simuN5$counts[,c(1,2)], factor(c(1,2))) obj <- ABSSeq(obj) res <- results(obj,c("Amean","Bmean","foldChange","pvalue","adj.pvalue")) head(res) ################################################### ### code chunk number 17: ABSSeq.Rnw:158-163 ################################################### data(simuN5) obj <- ABSDataSet(counts=simuN5$counts, groups=factor(simuN5$groups)) obj <- ABSSeq(obj, useaFold=TRUE) res <- results(obj,c("Amean","Bmean","foldChange","pvalue","adj.pvalue")) head(res) ################################################### ### code chunk number 18: ABSSeq.Rnw:170-192 ################################################### data(simuN5) obj <- ABSDataSet(counts=simuN5$counts) ##as one group cond <- as.factor(rep("hex",ncol(simuN5$counts))) ##normalization cda <- counts(obj,T) ##variance stabilization sds <- genAFold(cda,cond) ##sds is list vector, which contains variance stabilized read counts in 3rd element ##or expression level adjusted counts in 4th element. 3rd element is more sensitive ##to difference between samples than the 4th one. Here we use the 4th element for a ##PCA analysis. ## log transformation ldat <- log2(sds[[4]]) ## PCA analysis PCA <- prcomp(t(ldat), scale = F) ## Percentage of components percentVar <- round(100*PCA$sdev^2/sum(PCA$sdev^2),1) ## ploting pc1=PCA$x[,1] pc2=PCA$x[,2] #plot(pc1,pc2,main="",pch=16,col="black",xlab="PC1",ylab="PC2",cex=1.2) ################################################### ### code chunk number 19: ABSSeq.Rnw:199-205 ################################################### data(simuN5) groups<-factor(simuN5$groups) obj <- ABSDataSet(counts=simuN5$counts) design <- model.matrix(~0+groups) res <- ABSSeqlm(obj,design,condA=c("groups0"),condB=c("groups1")) head(res) ################################################### ### code chunk number 20: ABSSeq.Rnw:210-212 ################################################### res <- ABSSeqlm(obj,design,condA=c("groups0","groups1")) head(res) ################################################### ### code chunk number 21: ABSSeq.Rnw:217-219 ################################################### res <- ABSSeqlm(obj,design,condA=c("groups0"),condB=c("groups1"),lmodel=FALSE) head(res)