tidySingleCellExperiment provides a bridge between Bioconductor single-cell packages [@amezquita2019orchestrating] and the tidyverse [@wickham2019welcome]. It creates an invisible layer that enables viewing the Bioconductor SingleCellExperiment object as a tidyverse tibble, and provides SingleCellExperiment-compatible dplyr, tidyr, ggplot and plotly functions. This allows users to get the best of both Bioconductor and tidyverse worlds.
| SingleCellExperiment-compatible Functions | Description |
|---|---|
all |
After all tidySingleCellExperiment is a SingleCellExperiment object, just better |
| tidyverse Packages | Description |
|---|---|
dplyr |
All dplyr tibble functions (e.g. tidySingleCellExperiment::select) |
tidyr |
All tidyr tibble functions (e.g. tidySingleCellExperiment::pivot_longer) |
ggplot2 |
ggplot (tidySingleCellExperiment::ggplot) |
plotly |
plot_ly (tidySingleCellExperiment::plot_ly) |
| Utilities | Description |
|---|---|
tidy |
Add tidySingleCellExperiment invisible layer over a SingleCellExperiment object |
as_tibble |
Convert cell-wise information to a tbl_df |
join_features |
Add feature-wise information, returns a tbl_df |
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("tidySingleCellExperiment")
Load libraries used in this vignette.
# Bioconductor single-cell packages
library(scater)
library(scran)
library(SingleR)
library(SingleCellSignalR)
# Tidyverse-compatible packages
library(ggplot2)
library(purrr)
library(tidyHeatmap)
# Both
library(tidySingleCellExperiment)
tidySingleCellExperiment, the best of both worlds!This is a SingleCellExperiment object but it is evaluated as a tibble. So it is compatible both with SingleCellExperiment and tidyverse.
pbmc_small_tidy <- tidySingleCellExperiment::pbmc_small
It looks like a tibble
pbmc_small_tidy
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 17
## [90m# Features=230 | Assays=counts, logcounts[39m
But it is a SingleCellExperiment object after all
assay(pbmc_small_tidy)
## 230 x 80 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
##
## MS4A1 . . . . . . . . . . 2 2 4 4 2 3 3 4 2 3 . . . .
## CD79B 1 . . . . . . . . 1 2 4 3 3 2 3 1 2 2 5 . . . .
## CD79A . . . . . . . . . . . 5 2 2 5 8 1 5 5 12 . . 1 .
## HLA-DRA . 1 . . 1 1 . 1 . . 14 28 18 7 15 28 7 26 10 16 7 22 . 10
## TCL1A . . . . . . . . . . 3 . 2 4 . . 3 3 3 2 . . . .
## HLA-DQB1 1 . . . . . . . . . 1 6 2 2 2 8 2 2 1 2 . 3 . .
## HVCN1 . . . . . . . . . . 3 1 . . 2 . 2 1 1 2 1 . 1 .
## HLA-DMB . . . . . . . . . . . 4 1 1 2 2 1 2 . 1 . 1 . 1
## LTB 3 7 11 13 3 4 6 4 2 21 2 9 2 4 4 . 3 6 5 7 1 . . 1
## LINC00926 . . . . . . . . . . . 2 . 1 1 1 . . 1 . . . . .
## FCER2 . . . . . . . . . . . 1 1 . . . 1 1 . 1 . . . .
## SP100 1 . 1 1 . . . . . 1 . 3 2 . 1 2 2 . 1 . . . 1 .
## NCF1 . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . 1 2 2 . . . 1 .
## PPP3CC . . . . . 1 . . . . . 1 . 1 . 3 . . 1 . . . . .
## EAF2 . . . . . . . . . . 3 . 1 . 1 1 . . . . . . . .
## PPAPDC1B . . . . . . . . . . . 3 . 1 . . . 1 . 2 . . . .
## CD19 . . . . . . . . . . . 1 . 2 . 1 . . 1 . . . . .
## KIAA0125 . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . 1 . 3 . . . .
## CYB561A3 . . . . . . . . . . . . . . . 1 2 1 . 1 . . . .
## CD180 . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 1 1 . . . . . .
## RP11-693J15.5 . . . . . . . . . . 1 . 1 1 . . . . 1 . . . . .
## FAM96A . 1 . . . . . . . . 1 . . . 2 . . 2 1 . . . . .
## CXCR4 1 1 . 6 . 2 4 1 . 4 2 . 4 1 . . 4 2 6 2 3 . . .
## STX10 . . 1 . . 1 . 1 . . 2 . . . 2 . . . 1 1 . . . 1
## SNHG7 . 2 . . . . . . . 1 . 1 1 . 2 3 . 1 . 1 . . . .
## NT5C . . . . . . . . . . 2 2 1 . . . 1 . 1 1 . . . .
## BANK1 . 1 . . . . . . . . . 4 . . 1 1 . 1 . . . . . .
## IGLL5 . . . . . . . . . . 1 . 15 . . . . 23 . . . . . .
## CD200 . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . . . .
## FCRLA . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 1 . . 1 . . . .
## CD3D 4 4 4 5 4 4 3 2 2 2 . . . . . . . . . . . . . .
## NOSIP . 3 2 2 3 1 1 3 2 1 . . . . . 2 . . . . . 2 . .
## SAFB2 . 1 . 1 . 1 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## CD2 1 . 2 2 . 1 . 1 2 1 . . . . . . . . . . . . . .
## IL7R 5 2 1 2 2 . 1 12 . 9 . . . . 1 . . . 1 . 1 . . .
## PIK3IP1 . . 1 . . 2 3 2 3 . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . .
## MPHOSPH6 1 1 . . . . 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . .
## KHDRBS1 . 1 1 1 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## MAL 1 1 . 1 . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## CCR7 . 5 . . 2 . 1 1 . 1 . . . . . . . . . 1 . . . .
## THYN1 . 2 1 1 . 2 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## TAF7 . 2 . 2 1 2 . 2 3 1 1 1 . . . . . . . . . . . .
## LDHB 3 2 1 6 5 3 4 . 1 6 . 1 . . . . 2 . 1 . 1 2 . 2
## TMEM123 3 3 . 4 2 1 1 2 1 1 . 1 1 . . . 1 3 1 1 . . . .
## CCDC104 . . . 2 . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## EPC1 1 . 1 . . 1 . 1 1 1 . . . . 1 1 . . 1 . . . . .
## EIF4A2 3 1 2 5 2 4 3 2 3 . . 2 1 1 5 . . 1 . . . . . .
## CD3E . 2 1 4 3 1 3 4 2 . . . . . . . . 1 1 1 1 . . .
## TMUB1 1 . . . . 1 1 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## BLOC1S4 1 . 2 . 2 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## ACSM3 1 2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TMEM204 1 . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## SRSF7 2 . 1 1 54 2 1 1 1 3 1 2 . 1 . . . . . . . 2 . .
## ACAP1 . . 1 2 . 1 2 2 . 1 . 1 . . . . . . . . . . . .
## TNFAIP8 1 3 2 3 2 . . . 1 . . . . . 1 1 . . 1 1 . . . .
## CD7 2 2 2 3 2 1 . . 3 . . 1 . . . . . . . . . . . .
## TAGAP 1 1 1 1 . . . 1 2 . . . . . . . 1 . . . . . . .
## DNAJB1 2 . . 2 . . 2 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . .
## ASNSD1 1 . . 1 . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## S1PR4 . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . 1 . . . . . .
## CTSW . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## GZMK . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## NKG7 . . . . 1 . . . . . . . . 2 . . . 1 . . 2 1 . .
## IL32 1 . 9 8 1 . 3 3 . 3 . . . . . . . . . . . . . .
## DNAJC2 . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . .
## LYAR . 1 1 1 3 . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . .
## CST7 . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . .
## LCK . 3 2 . 1 1 2 . . 2 . . . . . . . . . . . . . .
## CCL5 . . . 2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## HNRNPH1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## SSR2 . 2 2 4 1 1 . . . 6 . 1 . . 1 1 . 1 . . . . . .
## DLGAP1-AS1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GIMAP1 . 2 . . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . 1 1 1
## MMADHC . . . . 1 . . . . . . 2 . . . . . . . 1 . . 1 .
## ZNF76 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## CD8A . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PTPN22 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## GYPC 1 2 2 . . 1 . . 2 1 . . . . . . . . . 2 . . . .
## HNRNPF . . . 1 . 1 . 1 2 . . 2 1 . 1 . . 1 . 1 1 . . .
## RPL7L1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . .
## KLRG1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## CRBN 1 . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . .
## SATB1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## SIT1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## PMPCB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NRBP1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TCF7 . . 1 . 1 . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . .
## HNRNPA3 . . . 1 2 . . . . . 1 1 . . . . . . 1 . 2 . . .
## S100A8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 5 25 5
## S100A9 . 1 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 30 12 51 22
## LYZ 1 1 1 . . 1 . . 1 . 1 4 . 1 . . . 1 1 . 50 29 25 49
## CD14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 2 2 4
## FCN1 1 1 . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . 10 6 5 9
## TYROBP . . . 2 . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . 14 13 3 10
## ASGR1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2 . .
## NFKBIA . . 1 1 . . . . . 4 . 1 1 . 1 . . . 1 1 3 13 5 .
## TYMP . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 4 7 1 6
## CTSS 1 1 . . 1 2 . 1 1 1 1 . 1 . . . 1 2 . 2 15 9 1 5
## TSPO . . . . 1 1 1 . . 1 . 1 . . . 1 1 . . . 1 2 6 .
## RBP7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
## CTSB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 4
## LGALS1 1 . 1 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . 2 14 10 8
## FPR1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 1 .
## VSTM1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## BLVRA . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . 1 3 1 2
## MPEG1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 1 . 1
## BID 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 27 . 1
## SMCO4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . 2
## CFD . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 4 2 1
## LINC00936 . . . 1 . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . 5 1 . .
## LGALS2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 12 6 2 1
## MS4A6A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1
## FCGRT . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 2 . . 1
## LGALS3 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . 4
## NUP214 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SCO2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 .
## IL17RA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## IFI6 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 5 3 . .
## HLA-DPA1 . . . . . . . . . . 3 8 2 2 5 9 . 5 1 5 . 13 2 1
## FCER1A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CLEC10A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DMA . . 1 . . . . . . . . 1 . . . 4 1 1 . 1 . 4 1 1
## RGS1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DPB1 . . . . . . . . . . 4 10 4 4 8 23 7 . 4 6 . 18 1 2
## HLA-DQA1 . . . 1 . . . . . . . 4 4 1 . 8 1 5 . 1 1 5 . .
## RNF130 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## HLA-DRB5 . . . . . . 1 . . . 1 4 3 . 4 8 1 2 2 4 . 8 1 1
## HLA-DRB1 . . . . . . . . . . 2 10 6 1 5 16 5 11 5 8 2 12 1 5
## CST3 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 1 13 28 15 11
## IL1B . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . . .
## POP7 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## HLA-DQA2 . . . . . . . . . . . 2 . . 1 . 1 1 . . . 2 . .
## CD1C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GSTP1 . . 1 . 1 . . . . . . . . . . 3 . 1 . . 2 3 1 6
## EIF3G 1 1 1 1 2 . . 1 . 2 . 1 . . . 2 . . . . . . 1 .
## VPS28 . . . 3 . . . . 1 . . . 1 . 2 . . . . . . . . 1
## LY86 . . . . . . . . . . 1 1 . 1 . . . 2 1 1 . . . .
## ZFP36L1 . . 1 . 1 1 . . . . . . . . 1 . . . . 1 . 1 . .
## ZNF330 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ANXA2 . . . . 1 1 . . . 1 . 1 1 . . 1 . . . . 1 3 . 3
## GRN . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1 1 .
## CFP . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 7 1 1
## HSP90AA1 2 . 1 2 3 2 2 1 . 3 . . 1 . . 2 4 . . 1 . . . .
## FUOM . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## LST1 . . . 3 2 1 . . . . . . . . . . . . 1 . 3 6 1 4
## AIF1 2 . 1 . . . 2 1 . . . . . . 1 . . . . 1 5 7 6 5
## PSAP . . 2 . 3 2 . . . . . . . . 2 . . . . . 6 5 1 5
## YWHAB . . . 1 1 . . 1 . 1 . . 2 . 1 . . 1 1 . 1 . . 1
## MYO1G . . 2 1 . 1 . . . . . 1 1 . 1 . . . . . . 1 1 .
## SAT1 . 1 . . . 1 1 1 1 2 . 1 . . 2 5 . . . . 4 15 8 5
## RGS2 . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . .
## SERPINA1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 6 4 . 2
## IFITM3 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 5 . .
## FCGR3A . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . . . . . . 1 1 . .
## LILRA3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## S100A11 2 . 1 2 1 . . 1 1 . . 1 . . . . . . . . 2 10 4 2
## FCER1G . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 6 3 4 6
## TNFRSF1B . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . .
## IFITM2 3 . 3 3 1 3 3 1 . 3 . 1 2 . 1 . . . 2 3 6 4 . .
## WARS 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . .
## IFI30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## MS4A7 . . . 1 . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . .
## C5AR1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . .
## HCK . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## COTL1 . . 4 2 1 2 . 1 1 3 . 2 . . . 1 . 1 . . 6 15 2 4
## LGALS9 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . .
## CD68 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 4 .
## RP11-290F20.3 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## RHOC . . . 1 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . .
## CARD16 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1 1 1
## LRRC25 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . .
## COPS6 . . 1 . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## ADAR . . . 1 1 . . . . . . 1 . 1 . . . . 1 . . 1 1 .
## PPBP . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## GPX1 . . . 1 1 1 . 1 . 1 . 1 1 . 1 . 1 . . . 4 5 3 5
## TPM4 . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## PF4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SDPR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NRGN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## SPARC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GNG11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CLU . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HIST1H2AC . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## NCOA4 . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## GP9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FERMT3 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ODC1 1 . . . . 1 . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . .
## CD9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
## RUFY1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . .
## TUBB1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TALDO1 1 2 . . 2 . . . . . . . . . 1 2 . . . . 1 1 2 3
## TREML1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NGFRAP1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PGRMC1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CA2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ITGA2B . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## MYL9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TMEM40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PARVB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PTCRA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ACRBP 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TSC22D1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## VDAC3 . . . 1 . . 1 . . 1 . 29 . . . . . . . . . . . .
## GZMB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## GZMA . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GNLY . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FGFBP2 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## AKR1C3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CCL4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## PRF1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GZMH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## XBP1 1 . 1 1 2 . . 1 . . . 1 . . 1 . . . . . 1 . . .
## GZMM . 1 . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PTGDR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## IGFBP7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TTC38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## KLRD1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ARHGDIA . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . .
## IL2RB . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## CLIC3 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## PPP1R18 . 1 . . . 1 . . . 1 . . 1 . 1 . . . 1 . . 2 . .
## CD247 . 1 1 . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ALOX5AP 1 . . . 1 . . 1 . . 1 . . . . 2 1 . 1 . . . . .
## XCL2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## C12orf75 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## RARRES3 1 . . 3 . 1 1 . 1 . . 2 . . 1 . . . . . . . . .
## PCMT1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
## LAMP1 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SPON2 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## S100B . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## MS4A1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD79B . . . . . 1 1 . 2 . . . . . . . . . . . . .
## CD79A . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DRA 6 . 4 3 7 13 . 1 . . 1 . 1 1 . . . . . . . 1
## TCL1A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DQB1 . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HVCN1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DMB . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## LTB 1 . . . . 1 1 . . 1 . . . . . . . 1 1 1 7 1
## LINC00926 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FCER2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SP100 . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . 1 .
## NCF1 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## PPP3CC . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . .
## EAF2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PPAPDC1B . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## KIAA0125 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CYB561A3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD180 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## RP11-693J15.5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM96A . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . .
## CXCR4 . . 1 . . . . . . . . 1 . . 4 . 7 1 3 . 6 1
## STX10 . . . 1 . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . 1 .
## SNHG7 . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . 1 .
## NT5C . . . . . . . . 1 . 1 . . . . 1 . . . . . 3
## BANK1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## IGLL5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD200 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FCRLA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD3D 1 . . . . . . 7 . . . . 1 . 1 . . 2 3 . 3 15
## NOSIP 1 . . . . . 1 . 1 1 . . . 2 . . 1 . . . . .
## SAFB2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD2 . . . . . . . 2 . . . . . . . 2 . . . . . .
## IL7R . 1 . . . 1 2 . . . . . . . . . . 1 3 1 1 1
## PIK3IP1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## MPHOSPH6 . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## KHDRBS1 . . . . 1 . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . .
## MAL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CCR7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## THYN1 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 .
## TAF7 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1
## LDHB 1 . 1 . . . . . . 2 2 . 1 . . . 2 1 4 . 4 4
## TMEM123 3 . . . . 1 . . . . . . . . . . 2 2 . 1 . .
## CCDC104 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## EPC1 . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . .
## EIF4A2 1 . 1 1 . 1 2 2 . 2 . . . 1 3 1 1 . . 1 2 .
## CD3E . . . . . . . 1 . 1 . . . . 1 . 1 . 2 . 1 2
## TMUB1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## BLOC1S4 . . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . . . . . .
## ACSM3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TMEM204 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SRSF7 1 . . . . 3 1 . 1 15 . . . . . 1 2 1 3 1 . 1
## ACAP1 . . . . . . . . . 1 . . . 1 . 1 . . 1 . . .
## TNFAIP8 1 . . 1 . . . . . 1 . . 1 . . . . . 1 . . .
## CD7 . . . . . . 3 . 1 1 1 3 4 2 1 1 2 1 4 . 2 .
## TAGAP 1 . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
## DNAJB1 . . . . 1 . . . . 1 . . 2 . . . . 1 . . . .
## ASNSD1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## S1PR4 1 . . . 1 . 1 . . . . . 1 1 1 . . 1 1 1 . .
## CTSW . . . . . . 1 3 2 3 2 4 8 6 1 11 1 4 1 2 1 2
## GZMK . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 2 1 2 .
## NKG7 . . 1 . . 1 35 14 12 30 20 27 28 10 25 27 31 22 7 2 4 14
## IL32 . . . . . . . 2 . 5 4 . . . . 7 8 5 5 . 7 1
## DNAJC2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## LYAR . . . . . . . . . . . 2 . . 1 1 . 1 1 2 47 .
## CST7 . . . . . . 4 4 2 7 2 4 3 3 2 5 2 3 1 1 . 2
## LCK . . . . . . . 1 . 2 1 1 1 2 1 . 1 1 2 . 1 2
## CCL5 . . . . . 1 . 2 5 14 . 29 1 7 5 25 . 14 27 3 13 17
## HNRNPH1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . 1 . . 1
## SSR2 3 . 1 . 1 . . 2 . . 1 . 1 . 1 2 1 2 1 1 1 2
## DLGAP1-AS1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
## GIMAP1 1 . . . . . . . 1 1 . 2 . 1 1 1 1 . 2 1 . .
## MMADHC . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 1 2 . 1 1 1
## ZNF76 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
## CD8A . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 3 . 1 3
## PTPN22 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## GYPC . . . . 1 . 1 1 . 1 1 . . 1 . 1 . 1 3 . 1 .
## HNRNPF 1 . . . . 1 . . . . . 1 1 1 2 1 1 2 1 1 1 .
## RPL7L1 . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . 1 . 1
## KLRG1 . . . . . . . . . . 2 . . 3 . 2 . 1 . . . .
## CRBN . . . . . 1 1 1 1 . . . . . . 2 1 1 . 1 1 1
## SATB1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 1 . . .
## SIT1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 1 2
## PMPCB . . . . . . . 1 1 1 . . . . . . 1 . . . 2 1
## NRBP1 . . . . . 1 . . . . . . 2 . . . . 1 . 1 1 .
## TCF7 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 1 2 .
## HNRNPA3 . . . . . . . . . 2 2 1 1 1 1 . 2 1 2 . 2 1
## S100A8 25 6 24 40 16 11 1 . . . . 1 . . . . . . . . . .
## S100A9 85 3 54 55 35 17 . . . 1 1 . 1 . . . . . . . . .
## LYZ 98 11 59 28 34 16 . . 1 . 2 . . 1 . . . 1 1 . . .
## CD14 1 . 1 1 3 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FCN1 7 1 1 2 8 7 . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## TYROBP 16 4 13 12 19 12 3 . 4 3 6 7 3 4 5 15 2 . 1 1 . .
## ASGR1 1 . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NFKBIA 11 . 2 3 5 10 . 1 . 1 . 1 . . . . 5 1 1 . . .
## TYMP 5 1 6 4 5 1 . . . 2 . . . . . 1 . . . . . .
## CTSS 7 3 4 4 11 7 . . 1 . . . 1 . . 4 1 1 . . 1 .
## TSPO 36 1 5 . 3 5 1 . . . . . 1 1 1 . 1 1 . . 2 .
## RBP7 2 1 4 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CTSB 1 1 7 1 1 2 . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## LGALS1 11 4 6 7 22 37 3 4 9 6 1 3 14 2 1 4 1 3 . . . .
## FPR1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## VSTM1 1 . 1 2 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## BLVRA . 1 . 1 1 3 . . . 1 . . . . . . . . 1 . . .
## MPEG1 1 1 . . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## BID 1 1 . . 1 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## SMCO4 1 . 1 . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## CFD 1 . . 2 15 2 . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## LINC00936 1 1 . . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## LGALS2 6 . . . 5 2 . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## MS4A6A 2 2 1 3 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## FCGRT 14 1 2 . 1 2 . . . . . . . . . . . . . . . .
## LGALS3 4 1 3 . 2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## NUP214 1 1 3 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SCO2 . . . 2 . 5 . . . . . . . . . . . . . . . .
## IL17RA 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## IFI6 3 . 1 5 . 4 . . . . 1 . 1 1 2 . . . . . . .
## HLA-DPA1 . 1 . . 7 6 . 1 . 2 . . 1 . . . . . . . 1 3
## FCER1A . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## CLEC10A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DMA . . . . 1 2 . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## RGS1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DPB1 . 3 . 1 7 7 2 4 . . . . . . . . . 4 . . 1 2
## HLA-DQA1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## RNF130 2 . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DRB5 . . . . 4 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . 1
## HLA-DRB1 1 . 3 . 5 3 . 2 . 1 . . . . 1 . . . . . . 3
## CST3 13 7 37 5 20 18 1 . . . . . 1 1 . . . . . . . .
## IL1B . 1 . . 2 3 . . . . . . . . . . . . . . . .
## POP7 . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . .
## HLA-DQA2 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## CD1C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GSTP1 5 1 3 1 4 2 1 2 . 1 2 . 1 2 . 1 2 . . . . .
## EIF3G 2 . . 1 2 1 3 . 1 . 3 . . 1 . 3 1 1 . . . .
## VPS28 2 . 1 1 1 . . . 1 1 1 . 1 1 1 1 . . . . . .
## LY86 2 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ZFP36L1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## ZNF330 . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . .
## ANXA2 1 1 1 . 2 3 1 . . 4 1 . 4 1 . 1 . . 1 . . .
## GRN 1 . 5 1 . 2 . . . . . . . . . . . . . . . .
## CFP 1 . 2 . 2 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## HSP90AA1 . . . . 3 3 1 4 5 1 1 . 1 . . . . . . 2 . 1
## FUOM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## LST1 8 3 5 . 7 13 . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## AIF1 4 3 1 2 10 12 1 . . . . . . . . . . . . . 2 .
## PSAP 3 2 1 1 6 4 . 1 2 . 1 . 1 1 . . 3 1 . . 1 .
## YWHAB 2 . . 1 2 . 2 . 1 1 . 1 . 1 . 2 . 1 1 . . 1
## MYO1G . . . . 2 . 1 . 1 . . . . . 1 1 1 1 . . 1 1
## SAT1 4 2 8 2 11 18 3 . . . . . 1 . 1 1 . 1 3 . . .
## RGS2 3 . 1 1 1 1 . 1 . . . . . . . . 1 . 1 . . .
## SERPINA1 . . 1 . 3 3 . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## IFITM3 . 2 4 1 2 7 . . . . . . . . . . . . . . . .
## FCGR3A . . . . . 1 6 2 2 1 . 1 2 1 2 6 2 . . . . .
## LILRA3 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## S100A11 2 2 1 6 5 6 6 . . . . . 1 1 . . 1 . . . 1 1
## FCER1G 1 2 4 4 9 8 8 . 3 1 2 5 6 6 1 6 3 . . . . .
## TNFRSF1B 1 . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . .
## IFITM2 1 1 . 1 3 6 8 2 3 5 2 1 5 1 3 2 7 4 2 2 5 1
## WARS . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## IFI30 1 . . 2 . 2 . . . . . . . . . . . . . . . .
## MS4A7 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## C5AR1 . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HCK . . 1 . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## COTL1 7 3 6 . 4 20 . 1 1 . . . 1 . . . 1 2 . . 5 1
## LGALS9 . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . .
## CD68 . . 3 . 1 3 . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## RP11-290F20.3 . . . . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## RHOC . . . . . 1 2 . . 1 . 1 3 1 1 2 . . . . . .
## CARD16 1 1 1 . . 2 . 2 1 . . . . . . . . . . . . 1
## LRRC25 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## COPS6 . . . . . . . . 1 . . . 1 . . 3 . 1 . . . .
## ADAR . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## PPBP 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GPX1 12 1 15 2 3 1 . 1 . . . . 2 . 1 . . . . 1 1 .
## TPM4 1 . 1 . . . 2 1 . . . . 1 1 1 . . . . . . .
## PF4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SDPR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NRGN . . . . . 2 . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## SPARC . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## GNG11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CLU . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HIST1H2AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NCOA4 . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GP9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FERMT3 . . . 1 1 . 1 . . . . . . 1 . . . 1 . 1 . .
## ODC1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## RUFY1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## TUBB1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TALDO1 5 1 2 . 3 2 . . . . . . . . . 2 1 . . . . .
## TREML1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NGFRAP1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PGRMC1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## CA2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ITGA2B . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## MYL9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TMEM40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PARVB . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## PTCRA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ACRBP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TSC22D1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## VDAC3 1 . . . . 1 . . . . . . 2 . . 1 1 . . . . .
## GZMB 1 . . . . . 27 2 1 10 8 5 10 7 4 11 3 . . . . .
## GZMA . . . . . . 2 5 3 4 10 8 12 10 3 13 1 8 2 1 . .
## GNLY . . . . . . 35 . 15 3 29 11 22 15 18 18 10 . . 3 . .
## FGFBP2 . . 1 . . . 5 3 9 2 6 3 6 8 2 5 4 1 . . . 2
## AKR1C3 . . . . . . 7 . 1 1 . 1 5 4 1 1 . . . . . .
## CCL4 . . . . . . 5 3 1 . 3 1 1 2 1 1 3 . . . . .
## PRF1 . . . . . . 14 1 4 9 7 10 10 2 4 7 6 13 . . . .
## GZMH . . . . . . . 3 5 7 1 . 3 1 . 2 6 . . . . .
## XBP1 . . . . . . 1 1 2 2 4 1 . 2 1 3 1 . . . . .
## GZMM . . . . . . . 4 2 1 1 2 3 2 2 6 2 1 . . 1 .
## PTGDR . . . . . . . 1 1 1 . . 1 . 1 51 . . . . 1 .
## IGFBP7 . . 1 . 1 . 4 . . 3 . 1 7 4 . 3 1 . . . . .
## TTC38 . . . . . . 2 1 1 1 . . 1 . 1 1 1 . . . . .
## KLRD1 . . . . 1 . 1 . 1 1 . 1 2 2 1 . 1 . 1 . . .
## ARHGDIA . . 1 1 1 . 1 1 1 1 1 . 1 . 1 25 1 . . . . .
## IL2RB . . . . . . 1 . . . 2 1 1 1 . 3 . . . . . .
## CLIC3 . . . . . . 3 . 4 . 1 2 3 . 1 . . . . . . .
## PPP1R18 . . . 1 . . 2 2 1 1 1 1 3 . 3 1 . 1 2 . . 1
## CD247 . . . . . 1 3 1 1 3 . 2 2 . 1 1 2 1 . . . .
## ALOX5AP . . . 1 . . 3 . 2 1 1 3 1 2 1 2 . 2 . . . .
## XCL2 . . . . . . . 1 3 2 . . . . 1 2 . 1 . . . .
## C12orf75 . . . . . . 4 1 . 1 . . 4 2 1 2 . 1 . . . .
## RARRES3 . . 1 . . . 7 3 2 . 1 3 3 5 . 1 . 2 1 1 . 2
## PCMT1 . 1 . . . 2 1 . 58 . . 1 . 2 1 . . 1 . . . .
## LAMP1 . . . . . . . . 1 2 1 3 2 1 2 1 . 1 . 1 . .
## SPON2 1 . . . . . 3 5 1 3 . . 1 2 . 2 3 . . . . .
## S100B . . . . . . . . . . 10 . . 1 . 1 . . . . . .
##
## MS4A1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD79B . . . . 1 . 1 1 2 2 . . 3 . . . . 4 1 . .
## CD79A . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 . . .
## HLA-DRA 1 1 . . 10 10 4 1 6 28 10 13 5 8 108 93 41 42 138 77 76
## TCL1A . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . . .
## HLA-DQB1 . . . . . 1 1 . 2 . . 1 1 . 21 21 3 5 11 11 10
## HVCN1 . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . .
## HLA-DMB . . . . . . . 1 1 . . 1 . 1 3 2 1 4 5 2 1
## LTB . 1 5 3 1 2 . . 1 1 1 1 2 1 . 1 . 5 . . .
## LINC00926 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FCER2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SP100 . . . . . . . . 1 . 1 . . . 1 . . 3 1 . .
## NCF1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## PPP3CC . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## EAF2 . . . . 1 . . . 1 . . . . . 1 . . . 1 . 1
## PPAPDC1B . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## CD19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## KIAA0125 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CYB561A3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD180 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## RP11-693J15.5 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## FAM96A . . . . . . . . 1 1 1 1 . . 2 . . . . 1 .
## CXCR4 . 1 . 1 . 1 . 1 . . . . 1 2 12 3 1 3 . 1 2
## STX10 . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## SNHG7 . . . . . . . . . . . . . 1 . 2 1 1 . . .
## NT5C . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 1 1 . .
## BANK1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## IGLL5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD200 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FCRLA . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . .
## CD3D 1 3 6 4 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NOSIP 1 . . 1 . 2 . . . 1 1 . . . 1 1 . . . 1 .
## SAFB2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD2 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1 .
## IL7R . 2 . 2 . . . . . . . . . . 1 1 1 . 1 . .
## PIK3IP1 . 1 . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## MPHOSPH6 . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## KHDRBS1 . . 2 . . . . . . . 1 . 1 . 1 . . . 1 . 1
## MAL . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## CCR7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## THYN1 . 1 . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## TAF7 1 . . . . . . . . 2 3 . . 1 . . 1 1 1 1 .
## LDHB . . . 2 . . 1 . . 2 . 1 . 1 2 . . 5 2 2 .
## TMEM123 . 1 . . 1 1 . 1 1 . . . . 1 . . . 2 3 1 .
## CCDC104 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## EPC1 . . . . . . . . . 2 . . . 1 . . . . . . .
## EIF4A2 2 3 . 1 . 2 . . 2 . 1 . 2 1 4 . . 4 2 4 1
## CD3E . 1 5 2 . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## TMUB1 . . . . 1 . . . . . . 1 . . . 1 . . . . .
## BLOC1S4 . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . 1 .
## ACSM3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TMEM204 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## SRSF7 1 1 . 1 . 1 . . . 1 . 3 1 . . 2 1 1 3 . 1
## ACAP1 . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## TNFAIP8 . . . . 1 . . . . 1 . . . 1 . 1 1 . 4 . 2
## CD7 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TAGAP . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . .
## DNAJB1 . . . 1 1 1 1 . . . 1 . . 1 . 2 . 2 . 1 .
## ASNSD1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## S1PR4 1 . 39 . . . . . . . 1 . . 2 3 . . 2 . . 1
## CTSW 2 1 5 1 . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . .
## GZMK . 2 . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NKG7 16 4 29 8 5 3 . . . . 5 . . . . 1 . . 1 3 .
## IL32 6 7 6 1 . . . . . . 1 1 . . . . . . 1 . .
## DNAJC2 1 1 1 1 . . . . . . 1 . . 1 . . . 1 . 1 .
## LYAR 1 1 1 1 . 2 . . . . 2 . 1 . . . . . . 1 .
## CST7 8 4 5 2 . . . . . . . . . . . . . . 1 1 .
## LCK 1 1 1 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## CCL5 7 3 16 12 3 1 . . . . . . . . . 1 . . 1 1 .
## HNRNPH1 . 1 1 . . . . . . . . . . . 2 . . . 1 . .
## SSR2 4 1 2 4 2 1 . . 2 . 3 1 3 1 . 2 3 . 1 3 2
## DLGAP1-AS1 . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GIMAP1 1 1 17 . . . 1 . 1 . 1 . 2 . 1 . . 1 1 . .
## MMADHC . 1 1 . 1 . . . . . . . . . 1 . . 1 2 2 .
## ZNF76 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CD8A 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PTPN22 . 1 1 2 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GYPC . 7 . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## HNRNPF 1 2 . 2 . 1 . . . . 1 1 . 1 . . 1 1 . . 2
## RPL7L1 . 1 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 1
## KLRG1 1 4 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CRBN 1 . 1 . . . . . . . . . 2 . 1 . 1 . 1 . .
## SATB1 . . . 13 . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## SIT1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PMPCB . 1 . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . 1 . .
## NRBP1 . 1 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## TCF7 . . . 1 . . . . . . . . . 1 1 . . . . . 1
## HNRNPA3 . 1 2 . . 1 . . . 2 1 1 . 1 1 . . . 1 4 .
## S100A8 . . . . 2 2 . 4 3 . 1 1 2 . . 2 . 2 1 9 1
## S100A9 . . . . 20 6 1 . 10 4 8 6 . . . . 1 10 . 41 11
## LYZ . 1 . . 41 4 3 3 14 17 7 6 9 6 76 20 24 79 53 53 87
## CD14 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 2 2 1 1
## FCN1 1 . . 2 13 7 5 1 4 3 1 1 2 . . . 3 1 2 4 6
## TYROBP . . . . 11 21 2 5 21 13 16 9 16 17 2 8 6 9 11 14 10
## ASGR1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 .
## NFKBIA 1 . 1 . 2 2 2 . 2 1 1 1 2 9 2 2 . 1 1 6 1
## TYMP . . . . 6 5 1 1 6 4 3 2 4 5 1 3 2 5 14 11 3
## CTSS . . . . 8 8 7 3 10 15 18 19 4 17 5 3 1 5 . 3 6
## TSPO 1 . . . 2 4 . 1 2 3 6 4 2 5 1 . . 4 2 5 10
## RBP7 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## CTSB . . 1 . 4 . 1 . 1 . 3 . . 2 1 1 . 2 . 2 2
## LGALS1 1 . 1 . 5 12 4 2 16 10 6 2 12 16 8 13 21 9 20 10 23
## FPR1 . . . . . . . . 2 . 1 . 2 1 . . . . . 2 1
## VSTM1 . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . .
## BLVRA . 1 . . . . . . 2 2 5 1 2 . 1 . 1 . . . 1
## MPEG1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . 2 1 .
## BID . . . . 1 1 1 . 3 6 1 2 2 4 2 2 2 2 . . 3
## SMCO4 . . . . . 1 1 . 1 2 1 1 . . . . . . . . .
## CFD . . . . 4 5 2 . . 5 2 3 2 3 . . . . 1 2 .
## LINC00936 . . . . . . . . 1 . . 1 3 1 2 1 1 . 3 1 1
## LGALS2 . . . . 3 . . . . . . . . . 3 10 1 2 3 4 4
## MS4A6A . . . . . . 1 . . . . . . . 4 1 . 7 7 . 2
## FCGRT . . . . 3 2 . 1 3 1 1 . 1 1 3 1 . 2 2 3 3
## LGALS3 . 1 . . 2 2 . . 4 2 . 2 1 . . 5 1 . 6 2 7
## NUP214 . . . . . . . . 2 . 1 2 . . . . 1 1 . 1 .
## SCO2 . . . . 1 . . . 1 1 . . 1 2 . . 2 . 1 . .
## IL17RA . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## IFI6 . . 1 . . 2 . 1 1 3 1 3 . 2 . 4 . 2 6 2 5
## HLA-DPA1 . . 1 . 12 4 2 1 5 5 7 14 5 11 75 52 11 19 54 23 45
## FCER1A . . . . . . . . . . . . . . 16 1 2 4 8 5 8
## CLEC10A . . . . . . . . . . . . . . . 5 2 4 2 3 6
## HLA-DMA . . . . 1 . . . . 4 . . . . 6 6 5 4 6 5 6
## RGS1 . . . . . . . . . . . . . . 3 3 1 3 . 1 3
## HLA-DPB1 . . . . 8 3 5 2 3 7 6 5 9 4 102 78 23 25 69 24 43
## HLA-DQA1 . . . . . 2 . . . 1 1 2 . . 25 39 5 2 16 6 11
## RNF130 . . . . . . . 1 . . 1 1 2 2 2 2 . 1 1 1 6
## HLA-DRB5 . . . . 4 5 . . 3 3 6 3 6 2 11 26 5 2 31 21 21
## HLA-DRB1 . . . . 8 4 . . 7 7 13 6 6 4 50 53 10 9 68 36 49
## CST3 . 1 . . 16 32 7 9 11 17 33 10 15 25 61 31 25 14 58 112 37
## IL1B . . . . . . . . . . . . 1 . 1 8 . 3 1 2 3
## POP7 . . . . . . . . . . 2 1 . . . 1 1 33 . . .
## HLA-DQA2 . . . . . . . . . . 1 2 . . 7 9 1 . 6 1 4
## CD1C . . . . . . . . . . . . . . 2 5 . . 3 3 .
## GSTP1 . . 1 . 4 1 2 . 1 5 . . 1 1 9 4 5 7 2 5 12
## EIF3G 2 1 1 1 3 3 . 1 2 2 . 1 2 . 1 . 1 2 1 . 1
## VPS28 . . . . 1 1 . 1 . . . 2 3 . 4 3 . 1 . 1 38
## LY86 . . . . . . . . . . . 2 . . 2 . 3 2 3 1 2
## ZFP36L1 . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 1 . 21
## ZNF330 . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . .
## ANXA2 1 1 . 2 9 3 1 . 4 2 3 2 . 6 5 1 5 1 22 10 9
## GRN . . . . 2 . 1 1 2 3 . 1 1 3 6 1 . 2 5 4 8
## CFP . . . . 2 1 3 . . 1 1 . 3 2 4 . 2 . 1 39 1
## HSP90AA1 . 1 3 . 3 1 . . . 1 . . 1 1 3 1 . 2 64 2 3
## FUOM . . . . . . . . . . . . . . . 4 1 . 1 . .
## LST1 . . . . 15 17 8 11 18 13 36 17 12 27 12 7 7 4 8 10 4
## AIF1 . . . . 7 12 7 6 32 33 12 19 18 29 6 7 1 3 11 7 9
## PSAP . 1 2 1 8 8 6 2 9 9 10 8 5 10 1 2 1 6 6 4 4
## YWHAB 2 2 1 1 2 2 1 . 50 1 1 1 3 1 5 . . . 2 5 4
## MYO1G . . 1 . . 1 . . 3 3 1 27 1 1 . . . . . . 2
## SAT1 . . 2 1 21 25 6 10 26 26 16 15 11 22 10 5 5 16 2 3 16
## RGS2 1 . . . 2 3 16 . 1 11 3 5 4 6 8 1 1 . . . 1
## SERPINA1 . . . . 2 1 1 1 3 4 5 5 3 6 1 1 . 3 . 1 .
## IFITM3 . . . . 5 3 4 1 11 9 2 5 7 10 . 12 2 1 3 4 4
## FCGR3A 1 . . . . 5 1 2 14 4 18 9 5 11 . . . . . . 1
## LILRA3 . . . . 1 1 3 . . 1 1 . 1 1 . . . . . . .
## S100A11 . 1 . . 17 13 1 2 9 12 14 8 7 13 5 4 5 3 11 9 9
## FCER1G . . . . 12 12 2 4 35 16 24 9 9 30 8 8 3 3 13 8 7
## TNFRSF1B . . . . . 2 1 . 3 4 1 2 1 1 . . . . . 1 .
## IFITM2 1 4 1 2 5 10 1 4 17 8 33 8 14 19 4 7 4 3 2 2 .
## WARS . . . 1 . 2 2 1 1 . 3 1 1 2 . . . . . 2 1
## IFI30 . . . . 3 3 . 1 2 1 6 1 5 6 6 . 3 1 1 3 3
## MS4A7 . . . . . 5 1 . 2 4 3 1 . 2 . . 1 . . . .
## C5AR1 . . . . 2 4 2 1 1 3 . 1 . . . . . 1 . . .
## HCK . . . . 1 2 . 1 . 3 1 2 3 5 . 1 . . 1 1 .
## COTL1 . . 2 . 9 20 9 3 6 9 91 11 18 18 18 2 9 11 12 11 7
## LGALS9 . . . . 2 3 . . 6 . . 3 . 3 . . 1 1 . 1 .
## CD68 . . . . 6 4 1 . 4 3 . 4 2 8 . . . . 1 1 .
## RP11-290F20.3 . . . . . 5 . . 4 . 5 2 1 4 . . . . . . .
## RHOC 1 1 . . 1 6 . 1 1 2 7 2 6 3 2 . 1 . 2 . .
## CARD16 1 . . . 2 2 . 2 2 1 . 6 3 6 1 . . 1 2 1 .
## LRRC25 . . . . 1 . 1 . 1 6 4 1 . 2 . 1 1 . . . 1
## COPS6 . . 1 . . 26 . . 2 2 1 . . 1 . . . 1 1 1 1
## ADAR . . . . . . 1 1 2 25 . 1 . . . . . . . . .
## PPBP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GPX1 1 2 . . 5 3 . . 1 1 . 1 1 2 6 7 2 6 24 16 28
## TPM4 . . . . 2 . . . . . . . . 1 1 . . . 1 2 1
## PF4 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## SDPR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NRGN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 .
## SPARC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## GNG11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CLU . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## HIST1H2AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NCOA4 . . . . . . 1 . . . 1 . . 2 1 1 . . 1 . .
## GP9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FERMT3 . . . . 1 1 . . 1 . . . . 2 . . . 2 . . 1
## ODC1 . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . 2 . 1
## CD9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## RUFY1 . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . .
## TUBB1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TALDO1 . . 1 . 1 2 . . . 2 2 2 1 2 1 . . 1 3 1 3
## TREML1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## NGFRAP1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PGRMC1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CA2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ITGA2B . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## MYL9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TMEM40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PARVB . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## PTCRA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ACRBP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## TSC22D1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## VDAC3 . . 1 . . 1 . . . . . . . 2 1 . . . . . .
## GZMB 6 . 2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## GZMA . 3 3 2 . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## GNLY 4 1 3 . . . . . . . 1 . . 1 . . 1 . . . .
## FGFBP2 9 . 3 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## AKR1C3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CCL4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## PRF1 6 . 5 3 . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . .
## GZMH 10 . 9 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## XBP1 1 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . 2
## GZMM 3 2 . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## PTGDR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## IGFBP7 . . . . 1 . . 1 . . . . 1 1 . . . 1 3 2 .
## TTC38 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## KLRD1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ARHGDIA . . . . 2 . 1 . . 3 2 1 . . 1 . 1 1 1 2 4
## IL2RB . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## CLIC3 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## PPP1R18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 .
## CD247 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ALOX5AP . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 1 .
## XCL2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## C12orf75 . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1
## RARRES3 2 . 1 1 . . . . 2 . . . . . . 1 . . 2 1 1
## PCMT1 1 . . . . 1 . . 2 . 1 . . . 2 . . . 4 2 1
## LAMP1 1 2 . 1 . 1 . . . . . . . 3 . . . . . . 1
## SPON2 3 1 3 . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . .
## S100B . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## MS4A1 1 . . . . . . . . . . . .
## CD79B . . . . . . . . . . . . .
## CD79A . 1 . . . . . . . . . . .
## HLA-DRA 15 19 104 1 . . . 2 1 1 . 2 7
## TCL1A . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DQB1 1 2 11 . . . . . . . . . 1
## HVCN1 . . . . . . . . . . . . .
## HLA-DMB 1 1 5 . . . . . . . . . .
## LTB . 1 4 . . 1 . . . . . . .
## LINC00926 . . . . . . . . . . . . .
## FCER2 . . . . . . . . . . . . .
## SP100 . . 1 . . . . . . . . . .
## NCF1 . . . . . . . . . . . . 1
## PPP3CC . . . . . . . . . . . . .
## EAF2 . . . . . . . . . . . . .
## PPAPDC1B . . . . . . . . . . . . .
## CD19 . . . . . . . . . . . . .
## KIAA0125 . . . . . . . . . . . . .
## CYB561A3 . . . . . . . . . . . . .
## CD180 . . . . . . . . . . . . .
## RP11-693J15.5 . . . . . . . . . . . . .
## FAM96A . . . . . . . . . . . . .
## CXCR4 . . 2 . . . . . . . . . .
## STX10 . . . . . . . . . . . . .
## SNHG7 . . . . . . . . 1 . . . .
## NT5C . 1 . . . . . . . . . . 1
## BANK1 . 1 . . . . . . 1 . . . .
## IGLL5 . . . . . . . . . . . . .
## CD200 . . . . . . . . . . . . .
## FCRLA . . . . . . . . . . . . .
## CD3D . . 1 . . . . . . . . . .
## NOSIP 1 . 1 . . . . . . . . . .
## SAFB2 . . . . . . . . . . . . .
## CD2 . . . . . . . . . . . . .
## IL7R 1 . . . . . . . 1 . . . .
## PIK3IP1 . . . . . . . . . . . . .
## MPHOSPH6 . . . . . . . . . . . . .
## KHDRBS1 . . 2 . . . . . . . . . .
## MAL . . . . . . . . . . . . .
## CCR7 . . . . . . . . . . . . .
## THYN1 . . . . . . . . . . . . .
## TAF7 1 . . . . . . . . . . . 1
## LDHB 1 2 . 1 . . . . 1 . . . 1
## TMEM123 . . . . . . . . . . 1 . 1
## CCDC104 . . . . . . . . . . . . .
## EPC1 . . . . . . . . . . . . .
## EIF4A2 . . 1 . . . . . . . . . .
## CD3E . . 1 . . . . . . . . 1 .
## TMUB1 . . . . . . . . . . . . .
## BLOC1S4 . . . . . . . . . . . . .
## ACSM3 . . . . . . . . . . . . .
## TMEM204 . . . . . . . . . . . . .
## SRSF7 5 13 2 . . . . . . . . . .
## ACAP1 . . . . . . . . . . . . .
## TNFAIP8 . . . . . . . . . . . . .
## CD7 . . 1 . . . . . . . . . .
## TAGAP . . . . . . . . . . . . .
## DNAJB1 . 1 . . . . . . . . . . .
## ASNSD1 . . . . . . . . . . . . 1
## S1PR4 . . . . . . . . . . . . .
## CTSW . 1 . . . . . . . . . . .
## GZMK . . 1 . . . . . . . . . .
## NKG7 1 . 1 . . . . . . . . . .
## IL32 . . . . . . . . . . . . 1
## DNAJC2 . . . . . . . . . . . . .
## LYAR . . . . . 1 . . . . . . .
## CST7 . . 1 . . . . . . . . . .
## LCK . . . . . . . . . . . . .
## CCL5 . . . 8 5 4 10 11 30 8 5 9 2
## HNRNPH1 . . . . . . . . . . . . .
## SSR2 . 4 2 . . . . . . . . . .
## DLGAP1-AS1 . . . . . . . . . . . . .
## GIMAP1 1 . . . . . . . . . . . .
## MMADHC . . . . . . . . . . . . .
## ZNF76 . . . . . . . . . . . . .
## CD8A . . 1 . . . . . . . . . .
## PTPN22 . . . . . . . . . . . . .
## GYPC . . 2 . . . . . . . . . .
## HNRNPF . . . . . . . . . . . . .
## RPL7L1 . . . . . . . . . . . . .
## KLRG1 . . . . . . . . . . . . .
## CRBN . . . . . 1 . . . . . . .
## SATB1 . . . . . . . . . . . . .
## SIT1 . . . . . . . . . . . . .
## PMPCB . . . . . . . . . . . . .
## NRBP1 . . . . . . 1 . . . . . .
## TCF7 . . . . . . . . . . . . .
## HNRNPA3 1 . 2 . . . . . . . . . .
## S100A8 23 4 . . 1 . . . 1 . . . 2
## S100A9 32 17 . 3 . . . . . . . . 7
## LYZ 76 42 114 3 1 1 . 1 . . . . 22
## CD14 1 . . . . . . . . . . . .
## FCN1 1 . . . . . . . . . . . .
## TYROBP 10 6 7 . . . . . . . . . 14
## ASGR1 . 1 1 . . . . . . . . . .
## NFKBIA 3 2 4 . . . . . . . . . 6
## TYMP 4 8 4 . . . . . . . . . 2
## CTSS 2 . 3 1 . . . . . . . . 3
## TSPO 6 4 2 . . . . . 2 . . . 3
## RBP7 . . . . . . . . . . . . .
## CTSB 1 . . . . . . 1 . . . . 1
## LGALS1 5 28 13 . . . . 1 . . . . 10
## FPR1 . . . . . . . . . . . . .
## VSTM1 . . . . . . . . . . . . .
## BLVRA . . . . . . . . . . . . .
## MPEG1 1 . . . . . . . 1 . . . .
## BID 1 . 2 . . . . . . . . . .
## SMCO4 1 . . . . . . . . . . . .
## CFD . . . . . . . . . . . . 3
## LINC00936 1 1 1 . . . . . . . . . 1
## LGALS2 1 3 6 . . . . . . . . . 3
## MS4A6A 1 2 . . . . . . . . . . 1
## FCGRT 1 4 3 . . . . . . . . . 2
## LGALS3 2 2 . . . . . . 1 . . . 1
## NUP214 1 . . . . . . . . . . . 1
## SCO2 . . . . . . . . . . . . .
## IL17RA . . . . . . . . . . . . .
## IFI6 1 . . . . . . . . . . . 4
## HLA-DPA1 10 23 37 . . . . . . . . . 5
## FCER1A 4 7 . . . . . . . . . . .
## CLEC10A 4 2 1 . . . . . . . . . 1
## HLA-DMA 5 3 5 . . . . . . . . . 1
## RGS1 . 1 2 . . . . . . . . . .
## HLA-DPB1 8 10 50 1 . . . . . . . . 5
## HLA-DQA1 3 4 9 . . . . . . . . . .
## RNF130 3 5 1 . . . . . . . . . .
## HLA-DRB5 2 3 10 . . . . . . . . . 1
## HLA-DRB1 3 9 26 . . . . . . . . . 4
## CST3 18 29 125 5 1 . . 5 1 3 . . 16
## IL1B 6 1 . . . 1 . . . . . . 5
## POP7 . 1 3 . . . . . . . . . .
## HLA-DQA2 1 . 5 . . . . . . . . . .
## CD1C . . 1 . . . . . . . . . .
## GSTP1 7 10 18 . . . . 1 . . . . 4
## EIF3G 1 3 43 . . . . . . . . . 3
## VPS28 . . 1 . . 1 . . 2 . . . 2
## LY86 . 1 8 1 . . . . . . . . .
## ZFP36L1 . 1 . . . . . . . . . . .
## ZNF330 1 32 . . . . . . . . . . .
## ANXA2 1 3 3 . . . . . . . . . 4
## GRN 2 4 5 . 1 . . . . . . . .
## CFP 3 5 1 . . . . . . . . . 1
## HSP90AA1 1 1 1 . . . . . . . . . .
## FUOM 1 . . . . . . . . . . . .
## LST1 2 6 6 . . . . . . . . . 7
## AIF1 4 1 4 . . . . 1 . . . . 5
## PSAP 2 2 7 . . 1 1 1 . . . . 1
## YWHAB . 1 3 . . . . . . . . . 1
## MYO1G 2 1 2 . . . . . . . . . 1
## SAT1 3 4 5 3 4 2 6 3 17 3 6 4 3
## RGS2 1 1 2 . . . . . . . . . .
## SERPINA1 . . 1 . . . . . . . . . 2
## IFITM3 . . 1 . . . . . . . . . 1
## FCGR3A . 1 . . . . . . . . . . .
## LILRA3 . . . . . . . . . . . . .
## S100A11 4 5 2 . . . . . . . . . 1
## FCER1G 5 8 3 . . . 1 . . . 1 . 4
## TNFRSF1B . . 2 . . . . . . . . . .
## IFITM2 1 6 4 . . . . 1 1 . . . 1
## WARS . 1 . . . . . . . . . . .
## IFI30 . 1 4 . . . . . . . . . 1
## MS4A7 . 1 1 . . . . . . . . . .
## C5AR1 . . . . . . . . . . . . .
## HCK . 1 4 . . . . . . . . . 1
## COTL1 5 4 25 1 2 . 3 . 2 3 . 4 7
## LGALS9 1 1 1 . . . . . . . . . .
## CD68 . . 1 . . . . 1 . . 1 1 1
## RP11-290F20.3 . . . . . . . . . . . . .
## RHOC . . . . . . . . . . 1 . .
## CARD16 1 . 1 . . . . . . . . . .
## LRRC25 1 . 2 . . . . . . . . . 1
## COPS6 . 1 . . . . . . . . . . 1
## ADAR . 1 . . . . . . . . . . .
## PPBP . . . 43 41 36 55 58 54 66 34 30 6
## GPX1 3 6 3 18 8 12 18 18 28 11 13 16 9
## TPM4 . 1 1 4 4 2 2 2 15 2 1 3 2
## PF4 . . . 14 11 14 18 23 62 9 14 6 .
## SDPR . . 1 11 3 13 8 8 29 3 6 5 2
## NRGN . . . 1 5 3 3 2 7 3 1 1 2
## SPARC . . . 8 3 2 2 3 9 3 3 4 2
## GNG11 . . . 6 5 9 10 7 23 12 6 11 1
## CLU . . . 14 5 8 11 15 6 4 3 5 2
## HIST1H2AC . . . 5 3 5 5 2 42 2 1 2 1
## NCOA4 . . . 8 2 . 12 8 7 3 2 6 .
## GP9 . . . 1 3 3 2 3 11 6 5 3 .
## FERMT3 . . 1 2 5 4 4 1 6 . 4 . 1
## ODC1 . . . 3 . 1 2 1 14 2 . 4 1
## CD9 . . . 6 4 4 3 4 3 4 20 5 .
## RUFY1 . . . 3 3 2 3 2 9 . . 1 .
## TUBB1 . . . 4 3 5 2 14 32 2 . 8 .
## TALDO1 1 1 2 2 . 1 2 1 10 37 . 2 3
## TREML1 . . . 3 . 2 7 4 . 1 3 5 2
## NGFRAP1 . . . 4 1 2 . 2 3 1 2 4 .
## PGRMC1 . . . 4 1 . 4 2 6 2 2 . .
## CA2 1 . . 3 1 4 1 3 8 . 13 2 .
## ITGA2B . . . 5 1 4 2 4 1 4 1 . .
## MYL9 . . . 4 . 3 4 8 1 2 . . 1
## TMEM40 . . . . . 3 1 1 2 1 2 3 .
## PARVB . . . 5 4 1 4 . . 1 . . .
## PTCRA . . . 2 . 4 . . 20 2 2 1 .
## ACRBP . . . 1 . 1 . . 25 . 3 1 1
## TSC22D1 . . . . . 6 1 . 26 1 . . 1
## VDAC3 . . . . 41 . . 2 1 . 1 1 1
## GZMB . . . . . . . . . . . . .
## GZMA . . . . . . . . . . . . .
## GNLY . . 1 . . . . . . . . . .
## FGFBP2 . . 1 . . . . . . . . . .
## AKR1C3 . . . . . . . . . . . . .
## CCL4 . . . . . . . . . . . . .
## PRF1 . . . . . . . 1 . . . . .
## GZMH . . . . . . . . . . . . .
## XBP1 . . . . . . . . . . . . .
## GZMM . . . . . . . . . . . . .
## PTGDR . . . . . . . . 1 . . . .
## IGFBP7 . 1 . . . . . . . . . . .
## TTC38 . . . . . . . . . . . . .
## KLRD1 . . . . . . . . . . . . .
## ARHGDIA 1 . . . . . . . 1 . . . .
## IL2RB . . . . . . . . . . . . .
## CLIC3 . . . . . . . . . . . . .
## PPP1R18 . . 1 . . . . . . . . . 1
## CD247 . . . . . . . . . . . . .
## ALOX5AP . 1 . . . . . . . . . . .
## XCL2 . . . . . . . . . . . . .
## C12orf75 . . . . . . 2 . . . . . .
## RARRES3 . . . . . 1 . . 1 . . . .
## PCMT1 . 3 1 . . . . . . . . . .
## LAMP1 . . . . . . . . 1 . . . .
## SPON2 1 . . . . . . . . . . . .
## S100B . . . . . . . . . . . . .
We may have a column that contains the directory each run was taken from, such as the “file” column in pbmc_small_tidy.
pbmc_small_tidy$file[1:5]
## [1] "../data/sample2/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
## [2] "../data/sample1/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
## [3] "../data/sample2/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
## [4] "../data/sample2/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
## [5] "../data/sample2/outs/filtered_feature_bc_matrix/"
We may want to extract the run/sample name out of it into a separate column. Tidyverse extract can be used to convert a character column into multiple columns using regular expression groups.
# Create sample column
pbmc_small_polished <-
pbmc_small_tidy %>%
extract(file, "sample", "../data/([a-z0-9]+)/outs.+", remove=FALSE)
# Reorder to have sample column up front
pbmc_small_polished %>%
select(sample, everything())
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 18
## [90m# Features=230 | Assays=counts, logcounts[39m
Set colours and theme for plots.
# Use colourblind-friendly colours
friendly_cols <- dittoSeq::dittoColors()
# Set theme
custom_theme <-
list(
scale_fill_manual(values=friendly_cols),
scale_color_manual(values=friendly_cols),
theme_bw() +
theme(
panel.border=element_blank(),
axis.line=element_line(),
panel.grid.major=element_line(size=0.2),
panel.grid.minor=element_line(size=0.1),
text=element_text(size=12),
legend.position="bottom",
aspect.ratio=1,
strip.background=element_blank(),
axis.title.x=element_text(margin=margin(t=10, r=10, b=10, l=10)),
axis.title.y=element_text(margin=margin(t=10, r=10, b=10, l=10))
)
)
We can treat pbmc_small_polished as a tibble for plotting.
Here we plot number of features per cell.
pbmc_small_polished %>%
tidySingleCellExperiment::ggplot(aes(nFeature_RNA, fill=groups)) +
geom_histogram() +
custom_theme
Here we plot total features per cell.
pbmc_small_polished %>%
tidySingleCellExperiment::ggplot(aes(groups, nCount_RNA, fill=groups)) +
geom_boxplot(outlier.shape=NA) +
geom_jitter(width=0.1) +
custom_theme
Here we plot abundance of two features for each group.
pbmc_small_polished %>%
join_features(features=c("HLA-DRA", "LYZ")) %>%
ggplot(aes(groups, .abundance_counts + 1, fill=groups)) +
geom_boxplot(outlier.shape=NA) +
geom_jitter(aes(size=nCount_RNA), alpha=0.5, width=0.2) +
scale_y_log10() +
custom_theme
We can also treat pbmc_small_polished as a SingleCellExperiment object and proceed with data processing with Bioconductor packages, such as scran [@lun2016pooling] and scater [@mccarthy2017scater].
# Identify variable genes with scran
variable_genes <-
pbmc_small_polished %>%
modelGeneVar() %>%
getTopHVGs(prop=0.1)
# Perform PCA with scater
pbmc_small_pca <-
pbmc_small_polished %>%
runPCA(subset_row=variable_genes)
pbmc_small_pca
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 18
## [90m# Features=230 | Assays=counts, logcounts[39m
If a tidyverse-compatible package is not included in the tidySingleCellExperiment collection, we can use as_tibble to permanently convert tidySingleCellExperiment into a tibble.
# Create pairs plot with GGally
pbmc_small_pca %>%
as_tibble() %>%
select(contains("PC"), everything()) %>%
GGally::ggpairs(columns=1:5, ggplot2::aes(colour=groups)) +
custom_theme
We can proceed with cluster identification with scran.
pbmc_small_cluster <- pbmc_small_pca
# Assign clusters to the 'colLabels' of the SingleCellExperiment object
colLabels(pbmc_small_cluster) <-
pbmc_small_pca %>%
buildSNNGraph(use.dimred="PCA") %>%
igraph::cluster_walktrap() %$%
membership %>%
as.factor()
# Reorder columns
pbmc_small_cluster %>% select(label, everything())
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 19
## [90m# Features=230 | Assays=counts, logcounts[39m
And interrogate the output as if it was a regular tibble.
# Count number of cells for each cluster per group
pbmc_small_cluster %>%
tidySingleCellExperiment::count(groups, label)
## # A tibble: 8 × 3
## groups label n
## <chr> <fct> <int>
## 1 g1 1 12
## 2 g1 2 14
## 3 g1 3 14
## 4 g1 4 4
## 5 g2 1 10
## 6 g2 2 11
## 7 g2 3 10
## 8 g2 4 5
We can identify and visualise cluster markers combining SingleCellExperiment, tidyverse functions and tidyHeatmap [@mangiola2020tidyheatmap]
# Identify top 10 markers per cluster
marker_genes <-
pbmc_small_cluster %>%
findMarkers(groups=pbmc_small_cluster$label) %>%
as.list() %>%
map(~ .x %>%
head(10) %>%
rownames()) %>%
unlist()
# Plot heatmap
pbmc_small_cluster %>%
join_features(features=marker_genes) %>%
group_by(label) %>%
heatmap(.feature, .cell, .abundance_counts, .scale="column")
We can calculate the first 3 UMAP dimensions using the SingleCellExperiment framework and scater.
pbmc_small_UMAP <-
pbmc_small_cluster %>%
runUMAP(ncomponents=3)
And we can plot the result in 3D using plotly.
pbmc_small_UMAP %>%
plot_ly(
x=~`UMAP1`,
y=~`UMAP2`,
z=~`UMAP3`,
color=~label,
colors=friendly_cols[1:4]
)
We can infer cell type identities using SingleR [@aran2019reference] and manipulate the output using tidyverse.
# Get cell type reference data
blueprint <- celldex::BlueprintEncodeData()
# Infer cell identities
cell_type_df <-
assays(pbmc_small_UMAP)$logcounts %>%
Matrix::Matrix(sparse = TRUE) %>%
SingleR::SingleR(
ref = blueprint,
labels = blueprint$label.main,
method = "single"
) %>%
as.data.frame() %>%
as_tibble(rownames="cell") %>%
select(cell, first.labels)
# Join UMAP and cell type info
pbmc_small_cell_type <-
pbmc_small_UMAP %>%
left_join(cell_type_df, by="cell")
# Reorder columns
pbmc_small_cell_type %>%
tidySingleCellExperiment::select(cell, first.labels, everything())
## # A SingleCellExperiment-tibble abstraction: 80 × 23
## [90m# Features=230 | Assays=counts, logcounts[39m
We can easily summarise the results. For example, we can see how cell type classification overlaps with cluster classification.
# Count number of cells for each cell type per cluster
pbmc_small_cell_type %>%
count(label, first.labels)
## # A tibble: 11 × 3
## label first.labels n
## <fct> <chr> <int>
## 1 1 CD4+ T-cells 2
## 2 1 CD8+ T-cells 8
## 3 1 NK cells 12
## 4 2 B-cells 10
## 5 2 CD4+ T-cells 6
## 6 2 CD8+ T-cells 2
## 7 2 Macrophages 1
## 8 2 Monocytes 6
## 9 3 Macrophages 1
## 10 3 Monocytes 23
## 11 4 Erythrocytes 9
We can easily reshape the data for building information-rich faceted plots.
pbmc_small_cell_type %>%
# Reshape and add classifier column
pivot_longer(
cols=c(label, first.labels),
names_to="classifier", values_to="label"
) %>%
# UMAP plots for cell type and cluster
ggplot(aes(UMAP1, UMAP2, color=label)) +
geom_point() +
facet_wrap(~classifier) +
custom_theme
We can easily plot gene correlation per cell category, adding multi-layer annotations.
pbmc_small_cell_type %>%
# Add some mitochondrial abundance values
mutate(mitochondrial=rnorm(dplyr::n())) %>%
# Plot correlation
join_features(features=c("CST3", "LYZ"), shape="wide") %>%
ggplot(aes(CST3 + 1, LYZ + 1, color=groups, size=mitochondrial)) +
geom_point() +
facet_wrap(~first.labels, scales="free") +
scale_x_log10() +
scale_y_log10() +
custom_theme
A powerful tool we can use with tidySingleCellExperiment is tidyverse nest. We can easily perform independent analyses on subsets of the dataset. First we classify cell types into lymphoid and myeloid, and then nest based on the new classification.
pbmc_small_nested <-
pbmc_small_cell_type %>%
filter(first.labels != "Erythrocytes") %>%
mutate(cell_class=dplyr::if_else(`first.labels` %in% c("Macrophages", "Monocytes"), "myeloid", "lymphoid")) %>%
nest(data=-cell_class)
pbmc_small_nested
## # A tibble: 2 × 2
## cell_class data
## <chr> <list>
## 1 lymphoid <SnglCllE[,40]>
## 2 myeloid <SnglCllE[,31]>
Now we can independently for the lymphoid and myeloid subsets (i) find variable features, (ii) reduce dimensions, and (iii) cluster using both tidyverse and SingleCellExperiment seamlessly.
pbmc_small_nested_reanalysed <-
pbmc_small_nested %>%
mutate(data=map(
data, ~ {
.x <- runPCA(.x, subset_row=variable_genes)
variable_genes <-
.x %>%
modelGeneVar() %>%
getTopHVGs(prop=0.3)
colLabels(.x) <-
.x %>%
buildSNNGraph(use.dimred="PCA") %>%
igraph::cluster_walktrap() %$%
membership %>%
as.factor()
.x %>% runUMAP(ncomponents=3)
}
))
pbmc_small_nested_reanalysed
## # A tibble: 2 × 2
## cell_class data
## <chr> <list>
## 1 lymphoid <SnglCllE[,40]>
## 2 myeloid <SnglCllE[,31]>
We can then unnest and plot the new classification.
pbmc_small_nested_reanalysed %>%
# Convert to tibble otherwise SingleCellExperiment drops reduced dimensions when unifying data sets.
mutate(data=map(data, ~ .x %>% as_tibble())) %>%
unnest(data) %>%
# Define unique clusters
unite("cluster", c(cell_class, label), remove=FALSE) %>%
# Plotting
ggplot(aes(UMAP1, UMAP2, color=cluster)) +
geom_point() +
facet_wrap(~cell_class) +
custom_theme
We can perform a large number of functional analyses on data subsets. For example, we can identify intra-sample cell-cell interactions using SingleCellSignalR [@cabello2020singlecellsignalr], and then compare whether interactions are stronger or weaker across conditions. The code below demonstrates how this analysis could be performed. It won’t work with this small example dataset as we have just two samples (one for each condition). But some example output is shown below and you can imagine how you can use tidyverse on the output to perform t-tests and visualisation.
pbmc_small_nested_interactions <-
pbmc_small_nested_reanalysed %>%
# Unnest based on cell category
unnest(data) %>%
# Create unambiguous clusters
mutate(integrated_clusters=first.labels %>% as.factor() %>% as.integer()) %>%
# Nest based on sample
tidySingleCellExperiment::nest(data=-sample) %>%
tidySingleCellExperiment::mutate(interactions=map(data, ~ {
# Produce variables. Yuck!
cluster <- colData(.x)$integrated_clusters
data <- data.frame(assays(.x) %>% as.list() %>% .[[1]] %>% as.matrix())
# Ligand/Receptor analysis using SingleCellSignalR
data %>%
cell_signaling(genes=rownames(data), cluster=cluster) %>%
inter_network(data=data, signal=., genes=rownames(data), cluster=cluster) %$%
`individual-networks` %>%
map_dfr(~ bind_rows(as_tibble(.x)))
}))
pbmc_small_nested_interactions %>%
select(-data) %>%
unnest(interactions)
If the dataset was not so small, and interactions could be identified, you would see something like below.
tidySingleCellExperiment::pbmc_small_nested_interactions
## # A tibble: 100 × 9
## sample ligand recep…¹ ligan…² recep…³ origin desti…⁴ inter…⁵ LRscore
## <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl>
## 1 sample1 cluster 1.PTMA cluste… PTMA VIPR1 clust… cluste… paracr… 0.723
## 2 sample1 cluster 1.B2M cluste… B2M KLRD1 clust… cluste… paracr… 0.684
## 3 sample1 cluster 1.IL16 cluste… IL16 CD4 clust… cluste… paracr… 0.659
## 4 sample1 cluster 1.HLA… cluste… HLA-B KLRD1 clust… cluste… paracr… 0.643
## 5 sample1 cluster 1.CAL… cluste… CALM1 VIPR1 clust… cluste… paracr… 0.616
## 6 sample1 cluster 1.HLA… cluste… HLA-E KLRD1 clust… cluste… paracr… 0.585
## 7 sample1 cluster 1.GNAS cluste… GNAS VIPR1 clust… cluste… paracr… 0.582
## 8 sample1 cluster 1.B2M cluste… B2M HFE clust… cluste… paracr… 0.548
## 9 sample1 cluster 1.PTMA cluste… PTMA VIPR1 clust… cluste… paracr… 0.704
## 10 sample1 cluster 1.CAL… cluste… CALM1 VIPR1 clust… cluste… paracr… 0.594
## # … with 90 more rows, and abbreviated variable names ¹receptor, ²ligand.name,
## # ³receptor.name, ⁴destination, ⁵interaction.type
sessionInfo()
## R version 4.2.1 (2022-06-23)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 20.04.5 LTS
##
## Matrix products: default
## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRblas.so
## LAPACK: /home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRlapack.so
##
## locale:
## [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
## [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE=C
## [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
## [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
##
## attached base packages:
## [1] stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods
## [8] base
##
## other attached packages:
## [1] tidySingleCellExperiment_1.8.0 ttservice_0.2.2
## [3] tidyHeatmap_1.8.1 purrr_0.3.5
## [5] SingleCellSignalR_1.10.0 SingleR_2.0.0
## [7] scran_1.26.0 scater_1.26.0
## [9] ggplot2_3.3.6 scuttle_1.8.0
## [11] SingleCellExperiment_1.20.0 SummarizedExperiment_1.28.0
## [13] Biobase_2.58.0 GenomicRanges_1.50.0
## [15] GenomeInfoDb_1.34.0 IRanges_2.32.0
## [17] S4Vectors_0.36.0 BiocGenerics_0.44.0
## [19] MatrixGenerics_1.10.0 matrixStats_0.62.0
## [21] knitr_1.40
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] circlize_0.4.15 plyr_1.8.7
## [3] igraph_1.3.5 lazyeval_0.2.2
## [5] splines_4.2.1 BiocParallel_1.32.0
## [7] digest_0.6.30 foreach_1.5.2
## [9] htmltools_0.5.3 magick_2.7.3
## [11] viridis_0.6.2 fansi_1.0.3
## [13] magrittr_2.0.3 ScaledMatrix_1.6.0
## [15] cluster_2.1.4 doParallel_1.0.17
## [17] limma_3.54.0 ComplexHeatmap_2.14.0
## [19] colorspace_2.0-3 ggrepel_0.9.1
## [21] xfun_0.34 dplyr_1.0.10
## [23] crayon_1.5.2 RCurl_1.98-1.9
## [25] jsonlite_1.8.3 survival_3.4-0
## [27] iterators_1.0.14 glue_1.6.2
## [29] gtable_0.3.1 zlibbioc_1.44.0
## [31] XVector_0.38.0 SIMLR_1.24.0
## [33] GetoptLong_1.0.5 DelayedArray_0.24.0
## [35] BiocSingular_1.14.0 shape_1.4.6
## [37] scales_1.2.1 pheatmap_1.0.12
## [39] DBI_1.1.3 GGally_2.1.2
## [41] edgeR_3.40.0 Rcpp_1.0.9
## [43] viridisLite_0.4.1 clue_0.3-62
## [45] dqrng_0.3.0 rsvd_1.0.5
## [47] dittoSeq_1.10.0 metapod_1.6.0
## [49] htmlwidgets_1.5.4 httr_1.4.4
## [51] FNN_1.1.3.1 gplots_3.1.3
## [53] RColorBrewer_1.1-3 ellipsis_0.3.2
## [55] reshape_0.8.9 pkgconfig_2.0.3
## [57] farver_2.1.1 uwot_0.1.14
## [59] locfit_1.5-9.6 utf8_1.2.2
## [61] tidyselect_1.2.0 labeling_0.4.2
## [63] rlang_1.0.6 munsell_0.5.0
## [65] tools_4.2.1 cli_3.4.1
## [67] generics_0.1.3 ggridges_0.5.4
## [69] evaluate_0.17 stringr_1.4.1
## [71] fastmap_1.1.0 caTools_1.18.2
## [73] dendextend_1.16.0 sparseMatrixStats_1.10.0
## [75] pracma_2.4.2 compiler_4.2.1
## [77] beeswarm_0.4.0 plotly_4.10.0
## [79] png_0.1-7 tibble_3.1.8
## [81] statmod_1.4.37 stringi_1.7.8
## [83] highr_0.9 RSpectra_0.16-1
## [85] lattice_0.20-45 bluster_1.8.0
## [87] Matrix_1.5-1 multtest_2.54.0
## [89] vctrs_0.5.0 pillar_1.8.1
## [91] lifecycle_1.0.3 BiocManager_1.30.19
## [93] GlobalOptions_0.1.2 RcppAnnoy_0.0.20
## [95] BiocNeighbors_1.16.0 data.table_1.14.4
## [97] cowplot_1.1.1 bitops_1.0-7
## [99] irlba_2.3.5.1 patchwork_1.1.2
## [101] R6_2.5.1 KernSmooth_2.23-20
## [103] gridExtra_2.3 vipor_0.4.5
## [105] codetools_0.2-18 MASS_7.3-58.1
## [107] gtools_3.9.3 assertthat_0.2.1
## [109] rjson_0.2.21 withr_2.5.0
## [111] GenomeInfoDbData_1.2.9 parallel_4.2.1
## [113] grid_4.2.1 beachmat_2.14.0
## [115] tidyr_1.2.1 DelayedMatrixStats_1.20.0
## [117] Cairo_1.6-0 Rtsne_0.16
## [119] ggbeeswarm_0.6.0