### R code from vignette source 'vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: vignette.Rnw:27-28 ################################################### library(rfPred) ################################################### ### code chunk number 3: vignette.Rnw:31-33 ################################################### data(variant_list_Y) print(variant_list_Y) ################################################### ### code chunk number 4: vignette.Rnw:36-40 ################################################### result=rfPred_scores(variant_list=variant_list_Y, data=system.file("extdata/chrY_rfPred.txtz", package="rfPred"), index=system.file("extdata/chrY_rfPred.txtz.tbi", package="rfPred")) print(result) ################################################### ### code chunk number 5: vignette.Rnw:45-49 ################################################### result2=rfPred_scores(variant_list=variant_list_Y[,1:4], data=system.file("extdata/chrY_rfPred.txtz", package="rfPred"), index=system.file("extdata/chrY_rfPred.txtz.tbi", package="rfPred")) print(result2) ################################################### ### code chunk number 6: vignette.Rnw:59-63 ################################################### result3=rfPred_scores(variant_list=variant_list_Y, data=system.file("extdata/chrY_rfPred.txtz", package="rfPred"), index=system.file("extdata/chrY_rfPred.txtz.tbi", package="rfPred"), file.export="results.csv")