### R code from vignette source 'plgem.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: PLGEMwrapper ################################################### library(plgem) data(LPSeset) set.seed(123) LPSdegList <- run.plgem(esdata=LPSeset) ################################################### ### code chunk number 2: modelFitting ################################################### LPSfit <- plgem.fit(data=LPSeset, covariate=1, fitCondition='C', p=10, q=0.5, plot.file=FALSE, fittingEval=TRUE, verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: observedSTN ################################################### LPSobsStn <- plgem.obsStn(data=LPSeset, covariate=1, baselineCondition=1, plgemFit=LPSfit, verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: resampledSTN ################################################### set.seed(123) LPSresampledStn <- plgem.resampledStn(data=LPSeset, plgemFit=LPSfit, iterations="automatic", verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: Pvalues ################################################### LPSpValues <- plgem.pValue(observedStn=LPSobsStn, plgemResampledStn=LPSresampledStn, verbose=TRUE) head(LPSpValues) ################################################### ### code chunk number 6: DEGselection ################################################### LPSdegList <- plgem.deg(observedStn=LPSobsStn, plgemPval=LPSpValues, delta=0.001, verbose=TRUE) head(LPSdegList$significant[["0.001"]][["LPS_vs_C"]]) ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### sessionInfo()