### R code from vignette source 'kissDE.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: options ################################################### options(digits=3, width=80, prompt=" ", continue=" ") ################################################### ### code chunk number 3: installBC (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("BiocManager") ################################################### ### code chunk number 4: install (eval = FALSE) ################################################### ## BiocManager::install("kissDE") ################################################### ### code chunk number 5: library ################################################### library(kissDE) ################################################### ### code chunk number 6: quick_start (eval = FALSE) ################################################### ## counts <- kissplice2counts("output_kissplice.fa") ## conditions <- c(rep("condition_1", 2), rep("condition_2", 2)) ## qualityControl(counts, conditions) ## results <- diffExpressedVariants(counts, conditions) ## writeOutputKissDE(results, output = "kissDE_output.tab") ################################################### ### code chunk number 7: conditionVector_howto ################################################### myConditions <- c(rep("condition_1", 2), rep("condition_2", 2)) ################################################### ### code chunk number 8: conditionVectorRemove_howto (eval = FALSE) ################################################### ## myConditionsRm <- c(rep("condition_1", 2), rep("*", 2), rep("condition_3", 2)) ################################################### ### code chunk number 9: tablecounts_howto ################################################### fpath1 <- system.file("extdata", "table_counts_alt_splicing.txt", package="kissDE") tableCounts <- read.table(fpath1, head = TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: tablecounts_head ################################################### head(tableCounts) ################################################### ### code chunk number 11: kissplice_format ################################################### headfasta <- system.file("extdata", "head_output_kissplice_alt_splicing_fasta.txt", package = "kissDE") writeLines(readLines(headfasta)) ################################################### ### code chunk number 12: kissplice2counts_howto ################################################### fpath2 <- system.file("extdata", "output_kissplice_alt_splicing.fa", package="kissDE") myCounts <- kissplice2counts(fpath2, pairedEnd = TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: kissplice2counts_head ################################################### names(myCounts) head(myCounts$countsEvents) ################################################### ### code chunk number 14: kissplice2counts_k2rg_howto ################################################### fpath3 <- system.file("extdata", "output_k2rg_alt_splicing.txt", package="kissDE") myCounts_k2rg <- kissplice2counts(fpath3, pairedEnd = TRUE, k2rg = TRUE) names(myCounts_k2rg) head(myCounts_k2rg$countsEvents) ################################################### ### code chunk number 15: kissplice2counts_k2rg_ESonly_howto ################################################### myCounts_k2rg_ES <- kissplice2counts(fpath3, pairedEnd = TRUE, k2rg = TRUE, keep = c("ES"), remove = c("MULTI", "altA", "altD", "altAD", "MULTI_altA", "MULTI_altD", "MULTI_altAD")) ################################################### ### code chunk number 16: qualityControl_howto ################################################### qualityControl(myCounts, myConditions) ################################################### ### code chunk number 17: returnPCAdata_howto (eval = FALSE) ################################################### ## PCAdata <- qualityControl(myCounts, myConditions, returnPCAdata = TRUE) ################################################### ### code chunk number 18: diffExpressedVariants_howto ################################################### myResults <- diffExpressedVariants(countsData = myCounts, conditions = myConditions) ################################################### ### code chunk number 19: myResults_description ################################################### names(myResults) ################################################### ### code chunk number 20: hist_pvalue_before_correction (eval = FALSE) ################################################### ## hist(myResults$uncorrectedPVal, main="Histogram of p-values", ## xlab = "p-values", breaks = 50) ################################################### ### code chunk number 21: finaltable_description ################################################### # print(headhead(myResults$finalTable, n = 3), row.names = FALSE) print(str(myResults)) ################################################### ### code chunk number 22: finaltable_write (eval = FALSE) ################################################### ## writeOutputKissDE(myResults, output = "kissDE_results_table.tab") ################################################### ### code chunk number 23: finaltable_thresholds_write (eval = FALSE) ################################################### ## writeOutputKissDE(myResults, output = "kissDE_results_table_filtered.tab", ## adjPvalMax = 0.05, dPSImin = 0.10) ################################################### ### code chunk number 24: krg_output_write (eval = FALSE) ################################################### ## writeOutputKissDE(myResults_K2RG, output = "kissDE_K2RG_results_table.tab", ## adjPvalMax = 0.05, dPSImin = 0.10) ################################################### ### code chunk number 25: fPSItable_description ################################################### # head(myResults$`f/psiTable`, n = 3) ################################################### ### code chunk number 26: fPSItable_write (eval = FALSE) ################################################### ## writeOutputKissDE(myResults, output = "result_PSI.tab", writePSI = TRUE) ################################################### ### code chunk number 27: AS_data ################################################### fileInAS <- system.file("extdata", "output_k2rg_alt_splicing.txt", package = "kissDE") exampleK2RG <- read.table(fileInAS) names(exampleK2RG) <- c("Gene_Id","Gene_name", "Chromosome_and_genomic_position","Strand","Event_type", "Variable_part_length","Frameshift_?","CDS_?","Gene_biotype", "number_of_known_splice_sites/number_of_SNPs") print(head(exampleK2RG[,c(1:10)], 3), row.names = FALSE) ################################################### ### code chunk number 28: AS_counts ################################################### fileInAS <- system.file("extdata", "output_k2rg_alt_splicing.txt", package = "kissDE") myCounts_AS <- kissplice2counts(fileInAS, pairedEnd = TRUE, k2rg = TRUE, counts = 2, exonicReads = FALSE) head(myCounts_AS$countsEvents) ################################################### ### code chunk number 29: AS_condition ################################################### myConditions_AS <- c(rep("SKNSH",2), rep("SKNSH-RA",2)) ################################################### ### code chunk number 30: qualityControl_AS ################################################### qualityControl(myCounts_AS, myConditions_AS) ################################################### ### code chunk number 31: AS_test ################################################### myResult_AS <- diffExpressedVariants(myCounts_AS, myConditions_AS) # head(myResult_AS$finalTable, n = 3) str(myResult_AS) ################################################### ### code chunk number 32: AS_export (eval = FALSE) ################################################### ## writeOutputKissDE(myResults_AS, output = "results_table.tab") ## writeOutputKissDE(myResults_AS, output = "psi_table.tab", writePSI = TRUE) ################################################### ### code chunk number 33: snv_export_result (eval = FALSE) ################################################### ## exploreResults(rdsFile = "results_table.tab.rds") ################################################### ### code chunk number 34: snv_export_result (eval = FALSE) ################################################### ## fileInAS <- system.file("extdata", "output_k2rg_alt_splicing.txt", ## package = "kissDE") ## myConditions_AS <- c(rep("SKNSH",2), rep("SKNSH-RA",2)) ## kissDE(fileName = fileInAS, conditions = myConditions_AS, ## output = "results_table.tab", counts = 2, pairedEnd = TRUE, k2rg = TRUE, ## exonicReads = FALSE, writePSI = TRUE, doQualityControl = TRUE, ## resultsInShiny = TRUE) ################################################### ### code chunk number 35: snv_kissplice_data ################################################### headfasta <- system.file("extdata", "head_output_kissplice_SNV_fasta.txt", package="kissDE") writeLines(readLines(headfasta)) ################################################### ### code chunk number 36: snv_counts ################################################### fileInSNV <- system.file("extdata", "output_kissplice_SNV.fa", package = "kissDE") myCounts_SNV <- kissplice2counts(fileInSNV, counts = 0, pairedEnd = TRUE) head(myCounts_SNV$countsEvents) ################################################### ### code chunk number 37: snv_condition ################################################### myConditions_SNV <- c(rep("TSC",2), rep("CEU",2)) ################################################### ### code chunk number 38: qualityControl_SNV ################################################### qualityControl(myCounts_SNV, myConditions_SNV) ################################################### ### code chunk number 39: snv_test ################################################### myResult_SNV <- diffExpressedVariants(myCounts_SNV, myConditions_SNV) # head(myResult_SNV$finalTable, n = 3) str(myResult_SNV) ################################################### ### code chunk number 40: snv_export_result (eval = FALSE) ################################################### ## writeOutputKissDE(myResults_SNV, output = "final_table_significants.tab", ## adjPvalMax = 0.05) ################################################### ### code chunk number 41: snv_export_result (eval = FALSE) ################################################### ## exploreResults(rdsFile = "final_table_significants.tab.rds") ################################################### ### code chunk number 42: snv_export_result (eval = FALSE) ################################################### ## fileInSNV <- system.file("extdata", "output_kissplice_SNV.fa", ## package = "kissDE") ## myConditions_SNV <- c(rep("TSC",2), rep("CEU",2)) ## kissDE(fileName = fileInSNV, conditions = myConditions_SNV, ## output = "results_table.tab", counts = 2, pairedEnd = TRUE, k2rg = TRUE, ## exonicReads = FALSE, writePSI = TRUE, doQualityControl = TRUE, ## resultsInShiny = TRUE) ################################################### ### code chunk number 43: sessioninfo ################################################### sessionInfo()