### R code from vignette source 'immunoClust.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: stage0 ################################################### library(immunoClust) ################################################### ### code chunk number 3: stage1data ################################################### data(dat.fcs) dat.fcs ################################################### ### code chunk number 4: stage1cluster ################################################### pars=c("FSC-A","SSC-A","FITC-A","PE-A","APC-A","APC-Cy7-A","Pacific Blue-A") res.fcs <- cell.process(dat.fcs, parameters=pars) ################################################### ### code chunk number 5: stage1summary ################################################### summary(res.fcs) ################################################### ### code chunk number 6: stage1bias ################################################### res2 <- cell.process(dat.fcs, bias=0.25) summary(res2) ################################################### ### code chunk number 7: stage1trans ################################################### dat.transformed <- trans.ApplyToData(res.fcs, dat.fcs) ################################################### ### code chunk number 8: stage1splom ################################################### splom(res.fcs, dat.transformed, N=1000) ################################################### ### code chunk number 9: stage1plot ################################################### plot(res.fcs, data=dat.transformed, subset=c(1,2)) ################################################### ### code chunk number 10: stage2data ################################################### data(dat.exp) meta<-meta.process(dat.exp, meta.bias=0.3) ################################################### ### code chunk number 11: stage2plot1 ################################################### plot(meta, c(), plot.subset=c(1,2)) ################################################### ### code chunk number 12: stage2scatter ################################################### cls <- clusters(meta,c()) inc <- mu(meta,cls,1) > 20000 & mu(meta,cls,1) < 150000 addLevel(meta,c(1),"leucocytes") <- cls[inc] cls <- clusters(meta,c(1)) sort(mu(meta,cls,2)) inc <- (mu(meta,cls,2)) < 40000 addLevel(meta,c(1,1), "ly") <- cls[inc] addLevel(meta,c(1,2), "mo") <- c() inc <- (mu(meta,cls,2)) > 100000 addLevel(meta,c(1,3), "gr") <- cls[inc] move(meta,c(1,2)) <- unclassified(meta,c(1)) ################################################### ### code chunk number 13: stage2plot2 ################################################### plot(meta, c(1)) ################################################### ### code chunk number 14: stage2annotation ################################################### cls <- clusters(meta,c(1,1)) sort(mu(meta,cls,7)) ## CD3 expression sort(mu(meta,cls,6)) ## CD4 expression inc <- mu(meta,cls,7) > 5 & mu(meta,cls,6) > 4 addLevel(meta,c(1,1,1), "CD3+CD4+") <- cls[inc] inc <- mu(meta,cls,7) > 5 & mu(meta,cls,6) < 4 addLevel(meta,c(1,1,2), "CD3+CD4-") <- cls[inc] cls <- unclassified(meta,c(1,1)) inc <- (mu(meta,cls,4)) > 3 addLevel(meta,c(1,1,3), "CD19+") <- cls[inc] cls <- clusters(meta,c(1,2)) inc <- mu(meta,cls,3) > 5 & mu(meta,cls,7) < 5 addLevel(meta,c(1,2,1), "CD14+") <- cls[inc] cls <- clusters(meta,c(1,3)) inc <- mu(meta,cls,5) > 3 & mu(meta,cls,7) < 5 addLevel(meta,c(1,3,1), "CD15+") <- cls[inc] ################################################### ### code chunk number 15: stage2export ################################################### tbl <- meta.numEvents(meta, out.unclassified=FALSE) tbl[,1:5] ################################################### ### code chunk number 16: stage2final ################################################### plot(meta, c(1,2,1), plot.subset=c(1,2,3,4)) ################################################### ### code chunk number 17: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())