### R code from vignette source 'AffyExtensions.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadData ################################################### library(affyPLM) require(affydata) data(Dilution) # an example dataset provided by the affydata package ##FIXME: drop this after Dilution is updated Dilution = updateObject(Dilution) options(width=36) ################################################### ### code chunk number 2: defaultModel ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution) ################################################### ### code chunk number 3: accessors ################################################### coefs(Pset)[1:5,] se(Pset)[1:5,] ################################################### ### code chunk number 4: seeDefaultOutput ################################################### verify.output.param() ################################################### ### code chunk number 5: noResidNoWeights ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution,output.param=list(residuals=FALSE,weights=FALSE)) ################################################### ### code chunk number 6: noRobustness ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution,model.param=list(max.its=0)) ################################################### ### code chunk number 7: treatmenteffect ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution, MM ~ -1 + liver + scanner + probes,subset = geneNames(Dilution)[1:100]) ################################################### ### code chunk number 8: treatmenteffectexamine ################################################### coefs(Pset)[1,] ################################################### ### code chunk number 9: treatmenteffectexamine2 ################################################### coefs.probe(Pset)[1] ################################################### ### code chunk number 10: treatmenteffectcovariate ################################################### logliver <- log2(c(20,20,10,10)) Pset <- fitPLM(Dilution,model=PM~-1+probes+logliver+scanner, variable.type=c(logliver="covariate"),subset = geneNames(Dilution)[1:100]) coefs(Pset)[1,] ################################################### ### code chunk number 11: MMcovariate ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution, PM ~ MM + samples + probes,subset = geneNames(Dilution)[1:100]) ################################################### ### code chunk number 12: MMcovariateexamine ################################################### coefs(Pset)[1,] coefs.const(Pset)[1,] coefs.probe(Pset)[1] ################################################### ### code chunk number 13: probetype ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution, PMMM ~ liver + probe.type + probes,subset = geneNames(Dilution)[1:100]) ################################################### ### code chunk number 14: probetypeexamine ################################################### coefs(Pset)[1,] coefs.const(Pset)[1,] coefs.probe(Pset)[1] ################################################### ### code chunk number 15: probesInTreatment ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution, PM ~ -1 + liver + liver:probes,subset = geneNames(Dilution)[1:100]) ################################################### ### code chunk number 16: probesInTreatmentexamine ################################################### coefs.probe(Pset)[1] ################################################### ### code chunk number 17: probesInProbetype ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution, PMMM ~ -1 + liver + probe.type:probes,subset = geneNames(Dilution)[1:100]) coefs.probe(Pset)[1] ################################################### ### code chunk number 18: probesInProbetypeInTreatment ################################################### Pset <- fitPLM(Dilution, PMMM ~ -1 + liver + liver:probe.type:probes,subset = geneNames(Dilution)[1:100]) coefs.probe(Pset)[1] ################################################### ### code chunk number 19: constraintExample ################################################### data(Dilution) ##FIXME: remove next line Dilution = updateObject(Dilution) Pset <- fitPLM(Dilution, model = PM ~ probes + samples,constraint.type=c(samples="contr.sum"),subset = geneNames(Dilution)[1:100]) coefs.const(Pset)[1:2] coefs(Pset)[1:2,]