### R code from vignette source 'aboutRTCA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadLib ################################################### library(RTCA) ################################################### ### code chunk number 2: dataImport ################################################### ofile <- system.file("extdata/testOutput.csv", package="RTCA") x <- parseRTCA(ofile) ################################################### ### code chunk number 3: dataImportFile (eval = FALSE) ################################################### ## ofile <- file.path("/directory/of/the/file/myFile.txt") ################################################### ### code chunk number 4: printRTCA ################################################### x ################################################### ### code chunk number 5: annotate ################################################### pfile <- system.file("extdata/testOutputPhenoData.csv", package="RTCA") pData <- read.csv(pfile, sep="\t", row.names="Well") metaData <- data.frame(labelDescription=c( "Rack number", "siRNA catalogue number", "siRNA gene symbol", "siRNA EntrezGene ID", "siRNA targeting accession" )) phData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metaData) ################################################### ### code chunk number 6: annotateAssign ################################################### phenoData(x) <- phData ################################################### ### code chunk number 7: annotatedx ################################################### head(pData(x)) ################################################### ### code chunk number 8: alternativeAnnotate (eval = FALSE) ################################################### ## x <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData) ################################################### ### code chunk number 9: plotRTCA ################################################### plot(x[,1:4], type="l", col="black", lty=1:4, xlab="time point", ylab="Cell Index") ################################################### ### code chunk number 10: addTimeLine ################################################### x <- addAction(x, 22, "trasfection") x <- addAction(x, 30, "medium change") ################################################### ### code chunk number 11: extractTimeLine ################################################### timeline(x) ################################################### ### code chunk number 12: timeLineExamples ################################################### tl <- timeline(x) show(tl) tlAdd <- addAction(tl, 35, "normalization"); tlAdd getAction(tl, 22) tlComp <- updateAction(tl, 22, "compound transfection") tlComp tlRm <- rmAction(tlAdd,35 ); tlRm ################################################### ### code chunk number 13: ratioTransform ################################################### xRatio <- ratioTransform(x, 35) plot(xRatio[,1:4], lty=1:4, type="l", col="black",xlab="time point", ylab="Normalized Cell Index") abline(v=35, col="red", lwd=2) ################################################### ### code chunk number 14: plateView ################################################### plateView(x, col="orange") ################################################### ### code chunk number 15: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())