### R code from vignette source 'PLPE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: PLPE.Rnw:111-119 ################################################### library(PLPE) data(plateletSet) x <- exprs(plateletSet) x <- log2(x) #and any normalization cond <- c(1, 2, 1, 2, 1, 2) #two different samples pair <- c(1, 1, 2, 2, 3, 3) #pairing design <- cbind(cond, pair) ################################################### ### code chunk number 2: PLPE.Rnw:128-136 ################################################### out <- lpe.paired(x=x, design=design, q=0.1,data.type="ms") #Compute test statistics out.fdr <- lpe.paired.fdr(x, obj=out) #Compute FDRs out$test.out[1:10,] out.fdr$FDR[1:10,]