### R code from vignette source 'PECA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: peptides_data ################################################### filePath <- system.file("extdata", "peptides.tsv", package="PECA") data <- read.csv(file=filePath, sep="\t") head(data) ################################################### ### code chunk number 2: peptides_peca ################################################### library(PECA) group1 <- c("A1", "A2", "A3") group2 <- c("B1", "B2", "B3") results <- PECA_tsv(filePath, group1, group2) ################################################### ### code chunk number 3: peptides_results ################################################### head(results) ################################################### ### code chunk number 4: microarray_data ################################################### library(SpikeIn) data(SpikeIn133) ################################################### ### code chunk number 5: microarray_peca ################################################### data <- SpikeIn133[,c(1,15,29,2,16,30)] results <- PECA_AffyBatch(normalize="true", affy=data) ################################################### ### code chunk number 6: microarray_results ################################################### head(results)