### R code from vignette source 'HTSeqGenie.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: fastq ################################################### library("HTSeqGenie") library("LungCancerLines") ################################################### ### code chunk number 2: tp53Genome ################################################### tp53Genome <- TP53Genome() tp53GenomicFeatures <- TP53GenomicFeatures() ################################################### ### code chunk number 3: cpars ################################################### rtp53 <- list( ## aligner path.gsnap_genomes=path(directory(tp53Genome)), alignReads.genome=genome(tp53Genome), ## gene model path.genomic_features=dirname(tp53GenomicFeatures), countGenomicFeatures.gfeatures=basename(tp53GenomicFeatures) ) ################################################### ### code chunk number 4: runPipeline ################################################### H1993dir <- do.call(runPipeline, c(## RNASeq TP53genome parameters rtp53, ## input input_file=LungCancerFastqFiles()[["H1993.first"]], input_file2=LungCancerFastqFiles()[["H1993.last"]], paired_ends=TRUE, quality_encoding="illumina1.8", ## output save_dir="H1993", prepend_str="H1993", alignReads.sam_id="H1993", overwrite_save_dir="erase" )) H2073dir <- do.call(runPipeline, c(## RNASeq TP53genome parameters rtp53, ## input input_file=LungCancerFastqFiles()[["H2073.first"]], input_file2=LungCancerFastqFiles()[["H2073.last"]], paired_ends=TRUE, quality_encoding="illumina1.8", ## output save_dir="H2073", prepend_str="H2073", alignReads.sam_id="H2073", overwrite_save_dir="erase" )) ################################################### ### code chunk number 5: genecounts ################################################### library("org.Hs.eg.db") gc1 <- getTabDataFromFile(H1993dir, "counts_gene") gc2 <- getTabDataFromFile(H2073dir, "counts_gene") entrez <- as.character(gc1$name) hgnc <- unlist(as.list(org.Hs.egSYMBOL)[entrez]) hgnc <- hgnc[entrez] data.frame(entrez=entrez, hgnc=hgnc, H1993.count=gc1$count, H2073.count=gc2$count, row.names=NULL) ################################################### ### code chunk number 6: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())