### R code from vignette source 'CCPROMISE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: Load CCPROMISE package and data ################################################### library(CCPROMISE) data(exmplESet) data(exmplMSet) data(exmplGeneSet) data(exmplPat) ################################################### ### code chunk number 3: Display phPatt ################################################### exmplPat ################################################### ### code chunk number 4: CCPROMISE at gene level ################################################### test1 <- CCPROMISE(geneSet=exmplGeneSet, ESet=exmplESet, MSet=exmplMSet, promise.pattern=exmplPat, strat.var=NULL, prlbl=c('LC50', 'MRD22', 'EFS', 'PR3'), EMlbl=c("Expr", "Methyl"), nbperm=TRUE, max.ntail=10, nperms=100, seed=13) ################################################### ### code chunk number 5: Gene Level Result ################################################### head(test1$PRres) ################################################### ### code chunk number 6: PROMISE at probe pair level ################################################### test2 <- PrbPROMISE(geneSet=exmplGeneSet, ESet=exmplESet, MSet=exmplMSet, promise.pattern=exmplPat, strat.var=NULL, prlbl=c('LC50', 'MRD22', 'EFS', 'PR3'), EMlbl=c("Expr", "Methyl"), nbperm=TRUE, max.ntail=10, nperms=100, seed=13) ################################################### ### code chunk number 7: Gene Level Result ################################################### head(test2$CORres) ################################################### ### code chunk number 8: Gene Level Result ################################################### head(test2$PRres)