### R code from vignette source 'BufferedMatrix.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BufferedMatrix.Rnw:40-41 ################################################### library(BufferedMatrix) ################################################### ### code chunk number 2: BufferedMatrix.Rnw:55-56 ################################################### X <- createBufferedMatrix(10000) ################################################### ### code chunk number 3: BufferedMatrix.Rnw:59-60 ################################################### X ################################################### ### code chunk number 4: BufferedMatrix.Rnw:63-66 ################################################### AddColumn(X) AddColumn(X) X ################################################### ### code chunk number 5: BufferedMatrix.Rnw:70-71 ################################################### X <- createBufferedMatrix(10000,2) ################################################### ### code chunk number 6: BufferedMatrix.Rnw:94-95 ################################################### RowMode(X) ################################################### ### code chunk number 7: BufferedMatrix.Rnw:98-99 ################################################### ColMode(X) ################################################### ### code chunk number 8: BufferedMatrix.Rnw:104-105 ################################################### X <- createBufferedMatrix(10000,5,bufferrows=500,buffercols=1) ################################################### ### code chunk number 9: BufferedMatrix.Rnw:108-109 ################################################### set.buffer.dim(X,100,2) ################################################### ### code chunk number 10: BufferedMatrix.Rnw:115-125 ################################################### memory.usage(X) disk.usage(X) nrow(X) ncol(X) dim(X) buffer.dim(X) prefix(X) directory(X) is.RowMode(X) is.ColMode(X) ################################################### ### code chunk number 11: BufferedMatrix.Rnw:129-133 ################################################### ReadOnlyMode(X) is.ReadOnlyMode(X) ReadOnlyMode(X) is.ReadOnlyMode(X) ################################################### ### code chunk number 12: BufferedMatrix.Rnw:150-157 ################################################### X <- createBufferedMatrix(20,2) X[1:20,] <- 1:40 B <- X[1:5,] B B[1:2,] <- B[1:2,]^2 B X[1:5,] ################################################### ### code chunk number 13: BufferedMatrix.Rnw:161-163 ################################################### X[1:5,] <- B X[1:5,] ################################################### ### code chunk number 14: BufferedMatrix.Rnw:167-171 ################################################### rownames(X) colnames(X) rownames(X) <- letters[1:20] colnames(X) <- month.abb[1:2] ################################################### ### code chunk number 15: BufferedMatrix.Rnw:174-176 ################################################### X[c("a","b"),"Jan"] X["t",2] <- 0 ################################################### ### code chunk number 16: BufferedMatrix.Rnw:180-181 ################################################### X[rep(c(TRUE,FALSE),10),1] ################################################### ### code chunk number 17: BufferedMatrix.Rnw:193-195 ################################################### Y <- subBufferedMatrix(X,1:5,1:2) Y ################################################### ### code chunk number 18: BufferedMatrix.Rnw:202-210 ################################################### X <- createBufferedMatrix(10,3) X[1:10,] <- (1:30)^2 Max(X) Min(X) mean(X) Sum(X) Var(X) Sd(X) ################################################### ### code chunk number 19: BufferedMatrix.Rnw:214-226 ################################################### rowMeans(X) colMeans(X) rowSums(X) colSums(X) rowVars(X) colVars(X) rowSd(X) colSd(X) rowMax(X) colMax(X) rowMin(X) colMin(X) ################################################### ### code chunk number 20: BufferedMatrix.Rnw:232-236 ################################################### sum.cube.root <- function(x){ sum(x^(1/3)) } colApply(X,sum.cube.root) ################################################### ### code chunk number 21: BufferedMatrix.Rnw:239-243 ################################################### sum.arbitrary.power <- function(x,power=2){ sum(x^power) } rowApply(X,sum.arbitrary.power,power=3) ################################################### ### code chunk number 22: BufferedMatrix.Rnw:249-251 ################################################### Y <- colApply(X,sort,decreasing=TRUE) is(Y,"BufferedMatrix") ################################################### ### code chunk number 23: BufferedMatrix.Rnw:260-264 ################################################### exp(X) log(X) sqrt(X) pow(X,2.0) ################################################### ### code chunk number 24: BufferedMatrix.Rnw:268-272 ################################################### my.function <- function(x){ x^2 +3*abs(x) - 9 } ewApply(X, my.function) ################################################### ### code chunk number 25: BufferedMatrix.Rnw:280-282 ################################################### Z <- as(X,"matrix") class(Z) ################################################### ### code chunk number 26: BufferedMatrix.Rnw:286-288 ################################################### A <- as(Z,"BufferedMatrix") class(A) ################################################### ### code chunk number 27: BufferedMatrix.Rnw:294-309 ################################################### X <- createBufferedMatrix(50,10) X[1:50,] <- 1:500 Y <- as(X,"matrix") my.function <- function(a.matrix){ a.matrix[,1:10] <- a.matrix[,sample(1:10,10)] } X[1:5,] my.function(X) X[1:5,] Y[1:5,] my.function(Y) Y[1:5,] ################################################### ### code chunk number 28: BufferedMatrix.Rnw:316-327 ################################################### X <- createBufferedMatrix(50,10) X[1:50,] <- 1:500 my.function <- function(my.bufmat){ internal.bufmat <- duplicate(my.bufmat) internal.bufmat[,1:10] <- internal.bufmat[,sample(1:10,10)] } X[1:5,] my.function(X) X[1:5,]