### R code from vignette source 'ACME.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ACME.Rnw:37-38 ################################################### library(ACME) ################################################### ### code chunk number 2: ACME.Rnw:45-49 ################################################### datdir <- system.file('extdata',package='ACME') fnames <- dir(datdir) example.agff <- read.resultsGFF(fnames,path=datdir) example.agff ################################################### ### code chunk number 3: ACME.Rnw:54-55 ################################################### calc <- do.aGFF.calc(example.agff,window=1000,thresh=0.95) ################################################### ### code chunk number 4: ACME.Rnw:62-63 ################################################### plot(calc,chrom='chr1',sample=1) ################################################### ### code chunk number 5: ACME.Rnw:68-70 ################################################### regs <- findRegions(calc) regs[1:5,] ################################################### ### code chunk number 6: ACME.Rnw:77-81 ################################################### # write both calculated values and raw data write.sgr(calc) # OR write only calculated data write.sgr(calc,raw=FALSE) ################################################### ### code chunk number 7: ACME.Rnw:86-88 ################################################### # or for the UCSC genome browser write.bedGraph(calc)