### R code from vignette source 'yeastRNASeq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: yeastRNASeq.Rnw:22-23 ################################################### options(width = 70) ################################################### ### code chunk number 2: yeastRNASeq.Rnw:26-27 ################################################### require(yeastRNASeq) ################################################### ### code chunk number 3: yeastRNASeq.Rnw:31-33 ################################################### x <- citation(package = "yeastRNASeq")[[1]] print(x, bibtex = FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: yeastRNASeq.Rnw:38-39 ################################################### citation("yeastRNASeq") ################################################### ### code chunk number 5: yeastRNASeq.Rnw:53-54 ################################################### list.files(file.path(system.file(package = "yeastRNASeq"), "reads")) ################################################### ### code chunk number 6: yeastRNASeq.Rnw:64-70 ################################################### require(ShortRead) files <- list.files(file.path(system.file(package = "yeastRNASeq"), "reads"), pattern = "bowtie", full.names = TRUE) names(files) <- gsub("\\.bowtie.*", "", basename(files)) names(files) aligned <- lapply(files, readAligned, type = "Bowtie") ################################################### ### code chunk number 7: yeastRNASeq.Rnw:78-80 ################################################### data(yeastAligned) yeastAligned[["mut_1_f"]] ################################################### ### code chunk number 8: yeastRNASeq.Rnw:83-84 ################################################### round(sapply(aligned, length) / 500000, 2) ################################################### ### code chunk number 9: yeastRNASeq.Rnw:91-95 ################################################### data(yeastAnno) dim(yeastAnno) head(yeastAnno, n = 2) table(yeastAnno$gene_biotype) ################################################### ### code chunk number 10: yeastRNASeq.Rnw:99-101 ################################################### data(geneLevelData) head(geneLevelData, n = 2)