### R code from vignette source 'Fletcher2013b.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Ropts ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: Load DE gene lists (eval = FALSE) ################################################### ## library(Fletcher2013b) ## data(rtni1st) ## data(rtni2nd) ## data(rtniNormals) ## data(rtniTALL) ################################################### ### code chunk number 3: Load DE gene lists (eval = FALSE) ################################################### ## sigt <- Fletcher2013pipeline.deg(what="Exp1",idtype="entrez") ## MRA1 <- Fletcher2013pipeline.mra1st(hits=sigt$E2FGF10, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: Run MRA analysis (eval = FALSE) ################################################### ## MRA2 <- Fletcher2013pipeline.mra2nd(hits=sigt$E2FGF10) ## MRA3 <- Fletcher2013pipeline.mraNormals(hits=sigt$E2FGF10) ## MRA4 <- Fletcher2013pipeline.mraTALL(hits=sigt$E2FGF10) ################################################### ### code chunk number 5: Plot regulons from master regulators (eval = FALSE) ################################################### ## Fletcher2013pipeline.consensusnet() ################################################### ### code chunk number 6: Plot enrichment map (eval = FALSE) ################################################### ## Fletcher2013pipeline.enrichmap() ################################################### ### code chunk number 7: Session information ################################################### print(sessionInfo(), locale=FALSE)