### R code from vignette source 'Vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Vignette.Rnw:51-54 ################################################### library(oposSOM) env <- opossom.new(list(dataset.name="Tissues", dim.1stLvlSom=20)) ################################################### ### code chunk number 2: Vignette.Rnw:61-65 ################################################### data(opossom.tissues) str(opossom.tissues, vec.len=3) env$indata <- opossom.tissues ################################################### ### code chunk number 3: Vignette.Rnw:71-78 ################################################### data(opossom.tissues) library(Biobase) opossom.tissues.eset = ExpressionSet(assayData=opossom.tissues) opossom.tissues.eset env$indata <- opossom.tissues.eset ################################################### ### code chunk number 4: Vignette.Rnw:88-97 ################################################### env$group.labels <- c(rep("Homeostasis", 2), "Endocrine", "Digestion", "Exocrine", "Epithelium", "Reproduction", "Muscle", rep("Immune System", 2), rep("Nervous System", 2) ) ################################################### ### code chunk number 5: Vignette.Rnw:99-108 ################################################### env$group.colors <- c(rep("gold", 2), "red2", "brown", "purple", "cyan", "pink", "green2", rep("blue2", 2), rep("gray", 2) ) ################################################### ### code chunk number 6: Vignette.Rnw:114-136 ################################################### group.info <- data.frame( group.labels = c(rep("Homeostasis", 2), "Endocrine", "Digestion", "Exocrine", "Epithelium", "Reproduction", "Muscle", rep("Immune System", 2), rep("Nervous System", 2) ), group.colors = c(rep("gold", 2), "red2", "brown", "purple", "cyan", "pink", "green2", rep("blue2", 2), rep("gray", 2) ), row.names=colnames(opossom.tissues)) ################################################### ### code chunk number 7: Vignette.Rnw:138-143 ################################################### opossom.tissues.eset = ExpressionSet(assayData=opossom.tissues, phenoData=AnnotatedDataFrame(group.info) ) opossom.tissues.eset env$indata <- opossom.tissues.eset ################################################### ### code chunk number 8: Vignette.Rnw:153-154 (eval = FALSE) ################################################### ## opossom.run(env) ################################################### ### code chunk number 9: Vignette.Rnw:293-298 ################################################### env$preferences$pairwise.comparison.list <- list(list(c("liver","kidney cortex"), c("accumbens","cerebral cortex")), list(c("tongue","small intestine"), c("accumbens","cerebral cortex"))) ################################################### ### code chunk number 10: Vignette.Rnw:324-327 (eval = FALSE) ################################################### ## library(biomaRt) ## mart<-useMart("ensembl") ## listDatasets(mart) ################################################### ### code chunk number 11: Vignette.Rnw:332-335 (eval = FALSE) ################################################### ## library(biomaRt) ## mart<-useMart(biomart="ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl") ## listFilters(mart) ################################################### ### code chunk number 12: Vignette.Rnw:349-350 ################################################### sessionInfo()