### R code from vignette source 'nuCpos-intro.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: nuCpos-intro.Rnw:86-87 ################################################### library(nuCpos) ################################################### ### code chunk number 2: nuCpos-intro.Rnw:99-107 ################################################### load(system.file("extdata", "inseq.RData", package = "nuCpos")) HBA(inseq = inseq, species = "sc") for(i in 1:3) cat(substr(inseq, start = (i-1)*60+1, stop = (i-1)*60+60), "\n") load(system.file("extdata", "INSEQ_DNAString.RData", package = "nuCpos")) INSEQ HBA(inseq = INSEQ, species = "sc") ################################################### ### code chunk number 3: nuCpos-intro.Rnw:135-139 ################################################### localHBA(inseq = inseq, species = "sc") barplot(localHBA(inseq = inseq, species = "sc"), names.arg = LETTERS[1:13], xlab = "Nucleosomal subsegments", ylab = "local HBA", main = "Local HBA scores for inseq")