### R code from vignette source 'marrayClasses.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: marrayClasses.Rnw:65-67 ################################################### library("marray") data(swirl) ################################################### ### code chunk number 2: R ################################################### getClassDef("marrayLayout") ################################################### ### code chunk number 3: R ################################################### getClassDef("marrayInfo") ################################################### ### code chunk number 4: R ################################################### getClassDef("marrayRaw") ################################################### ### code chunk number 5: R ################################################### getClassDef("marrayNorm") ################################################### ### code chunk number 6: marrayClasses.Rnw:258-266 ################################################### zebra.RG<-as.data.frame(cbind(c("swirl","WT","swirl","WT"), c("WT","swirl","WT","swirl"))) dimnames(zebra.RG)[[2]]<-c("Cy3","Cy5") zebra.samples<-new("marrayInfo", maLabels=paste("Swirl array ",1:4,sep=""), maInfo=zebra.RG, maNotes="Description of targets for Swirl experiment") zebra.samples ################################################### ### code chunk number 7: marrayClasses.Rnw:283-285 ################################################### L<-slot(swirl, "maLayout") L@maNgr ################################################### ### code chunk number 8: marrayClasses.Rnw:290-292 ################################################### slotNames("marrayLayout") slotNames(swirl) ################################################### ### code chunk number 9: marrayClasses.Rnw:303-304 ################################################### validObject(maLayout(swirl), test=TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: marrayClasses.Rnw:314-316 (eval = FALSE) ################################################### ## showMethods(classes="marrayLayout") ## showMethods("show",classes="marrayLayout") ################################################### ### code chunk number 11: marrayClasses.Rnw:324-325 ################################################### showMethods("summary") ################################################### ### code chunk number 12: marrayClasses.Rnw:331-332 ################################################### summary(swirl) ################################################### ### code chunk number 13: marrayClasses.Rnw:346-347 ################################################### swirl[1:100,2:3] ################################################### ### code chunk number 14: marrayClasses.Rnw:376-382 ################################################### swirl.layout<-maLayout(swirl) maNspots(swirl) maNspots(swirl.layout) maNgr(swirl) maNgc(swirl.layout) maPrintTip(swirl[1:10,3]) ################################################### ### code chunk number 15: marrayClasses.Rnw:395-398 ################################################### maNotes(swirl.layout) maNotes(swirl.layout)<- "New value" maNotes(swirl.layout) ################################################### ### code chunk number 16: marrayClasses.Rnw:403-406 ################################################### L<-new("marrayLayout") L maNgr(L)<-4 ################################################### ### code chunk number 17: marrayClasses.Rnw:422-423 ################################################### swirl.norm<-as(swirl, "marrayNorm") ################################################### ### code chunk number 18: marrayClasses.Rnw:438-439 ################################################### maPlate(swirl)<-maCompPlate(swirl,n=384)