### R code from vignette source 'maPredictDSC.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: maPredictDSC.Rnw:72-77 ################################################### library(maPredictDSC) library(LungCancerACvsSCCGEO) data(LungCancerACvsSCCGEO) anoLC gsLC ################################################### ### code chunk number 2: maPredictDSC.Rnw:95-100 ################################################### modlist=predictDSC(ano=anoLC, celfile.path=system.file("extdata/lungcancer",package="LungCancerACvsSCCGEO"), annotation="hgu133plus2.db", preprocs=c("rma"), filters=c("mttest","ttest"),classifiers=c("LDA","kNN"), CVP=2,NF=4, NR=1,FCT=1.0) ################################################### ### code chunk number 3: maPredictDSC.Rnw:110-111 ################################################### modlist[["rma_ttest_LDA"]] ################################################### ### code chunk number 4: maPredictDSC.Rnw:119-121 ################################################### trainingAUC=sort(unlist(lapply(modlist,"[[","best_AUC")),decreasing=TRUE) cbind(trainingAUC) ################################################### ### code chunk number 5: maPredictDSC.Rnw:129-135 ################################################### perF=function(out){ perfDSC(pred=out$predictions,gs=gsLC) } testPerf=t(data.frame(lapply(modlist,perF))) testPerf=testPerf[order(testPerf[,"AUC"],decreasing=TRUE),] testPerf ################################################### ### code chunk number 6: maPredictDSC.Rnw:141-145 ################################################### best3=names(trainingAUC)[1:3] aggpred=aggregateDSC(modlist[best3]) #test the aggregated model on the test data perfDSC(aggpred,gsLC)