### R code from vignette source 'FRGEpistasis.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: FRGEpistasis.Rnw:72-74 ################################################### geno_info <- read.table(system.file("extdata", "simGeno-chr2.raw", package="FRGEpistasis"),header=TRUE) geno_info[1:5,1:9] ################################################### ### code chunk number 2: FRGEpistasis.Rnw:80-83 ################################################### map_info <- read.table(system.file("extdata", "chr2.map", package="FRGEpistasis")) map_info[1:5,] ################################################### ### code chunk number 3: FRGEpistasis.Rnw:89-91 ################################################### pheno_info <- read.csv(system.file("extdata", "phenotype.csv", package="FRGEpistasis"),header=TRUE) pheno_info[1:5,] ################################################### ### code chunk number 4: FRGEpistasis.Rnw:98-100 ################################################### gene.list<-read.csv(system.file("extdata", "gene.list.csv", package="FRGEpistasis")) gene.list ################################################### ### code chunk number 5: FRGEpistasis.Rnw:108-110 ################################################### geno_files<-read.table(system.file("extdata", "list_geno.txt", package="FRGEpistasis")) geno_files ################################################### ### code chunk number 6: FRGEpistasis.Rnw:113-115 ################################################### map_files<-read.table(system.file("extdata", "list_map.txt", package="FRGEpistasis")) map_files ################################################### ### code chunk number 7: FRGEpistasis.Rnw:129-159 ################################################### library("FRGEpistasis") work_dir <-paste(system.file("extdata", package="FRGEpistasis"),"/",sep="") ##read the list of genotype files geno_files<-read.table(system.file("extdata", "list_geno.txt", package="FRGEpistasis")) ##read the list of map files mapFiles<-read.table(system.file("extdata", "list_map.txt", package="FRGEpistasis")) ##read the phenotype file phenoInfo <- read.csv(system.file("extdata", "phenotype.csv", package="FRGEpistasis"),header=TRUE) ##read the gene annotation file gLst<-read.csv(system.file("extdata", "gene.list.csv", package="FRGEpistasis")) ##define the extension scope of gene region rng=0 fdr=0.05 ## output data structure out_epi <- data.frame( ) ##log transformation phenoInfo [,2]=log(phenoInfo [,2]) ##rank transformation #c=0.5 #phenoInfo[,2]=rankTransPheno(phenoInfo[,2],c) # test epistasis with Functional Regression Model out_epi = fRGEpistasis(work_dir,phenoInfo,geno_files,mapFiles,gLst,fdr,rng) ## output the result to physical file write.csv(out_epi,"Output_Pvalues_Epistasis_Test.csv ") ##if you want to test epistasis with PCA method and pointwise method then ##implement the following command. This method is more slow than FRG method. #out_pp <- data.frame( ) #out_pp <- pCAPiontwiseEpistasis(wDir,out_epi,phenoInfo,gnoFiles,mapFiles,gLst,rng)