### R code from vignette source 'DECIPHERing.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DECIPHERing.Rnw:49-51 ################################################### options(continue=" ") options(width=80) ################################################### ### code chunk number 2: startup ################################################### library(DECIPHER) ################################################### ### code chunk number 3: expr1 (eval = FALSE) ################################################### ## # access a sequence file included in the package: ## gen <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.gen", package="DECIPHER") ## ## # connect to a database: ## dbConn <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), ":memory:") ## ## # import the sequences into the sequence database ## Seqs2DB(gen, "GenBank", dbConn, "Bacteria") ################################################### ### code chunk number 4: expr2 (eval = FALSE) ################################################### ## BrowseDB(dbConn) ################################################### ### code chunk number 5: expr3 (eval = FALSE) ################################################### ## l <- IdLengths(dbConn) ## head(l) ## Add2DB(l, dbConn, verbose=FALSE) ## BrowseDB(dbConn, maxChars=20) ################################################### ### code chunk number 6: expr4 (eval = FALSE) ################################################### ## r <- IdentifyByRank(dbConn, level=3, add2tbl=TRUE) ## BrowseDB(dbConn, maxChars=20) ################################################### ### code chunk number 7: expr5 (eval = FALSE) ################################################### ## dna <- SearchDB(dbConn, identifier="Bacteroidetes") ## BrowseSeqs(subseq(dna, 140, 240)) ################################################### ### code chunk number 8: expr6 (eval = FALSE) ################################################### ## d <- DistanceMatrix(dna, correction="Jukes-Cantor", verbose=FALSE) ## c <- TreeLine(myDistMatrix=d, method="NJ", cutoff=0.05, showPlot=TRUE, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: expr7 (eval = FALSE) ################################################### ## dbDisconnect(dbConn) ################################################### ### code chunk number 10: sessinfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)