### R code from vignette source 'CoverageView.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=40) ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library(CoverageView) ################################################### ### code chunk number 3: example-CoverageBamFile ################################################### treatBAMfile<-system.file("extdata","treat.bam",package="CoverageView") trm<-CoverageBamFile(treatBAMfile,reads_mapped=28564510) ################################################### ### code chunk number 4: example-Wigfile ################################################### treatBigWIGfile<-system.file("extdata","treat.bw",package="CoverageView") trm<-CoverageBigWigFile(treatBigWIGfile,reads_mapped=28564510) ################################################### ### code chunk number 5: example-cov.matrix-1 (eval = FALSE) ################################################### ## # get the FoxA1 BAM file for chr19 ## FoxA1_chr19_BAM_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/FoxA1.chr19.bam" ## download.file(FoxA1_chr19_BAM_url,"./FoxA1.chr19.bam") ## # get the FoxA1 BAM index file ## FoxA1_chr19_BAI_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/FoxA1.chr19.bam.bai" ## download.file(FoxA1_chr19_BAI_url,"./FoxA1.chr19.bam.bai") ## ## ## # now instantiate a CoverageBamFile object ## trm<-CoverageBamFile("./FoxA1.chr19.bam",reads_mapped=168042) ## tss_chr19_bed<-system.file("extdata","FoxA1.chr19.bed",package="CoverageView") ################################################### ### code chunk number 6: example-cov.matrix-1b ################################################### data(FoxA1_chr19) ################################################### ### code chunk number 7: example-cov.matrix-2 (eval = FALSE) ################################################### ## FoxA1_chr19<-cov.matrix(trm,coordfile=tss_chr19_bed,extend=1000,num_cores=2, ## bin_width=10) ################################################### ### code chunk number 8: example-cov.matrix-2b ################################################### FoxA1_chr19[1:3,1:5] ################################################### ### code chunk number 9: example-cov.matrix-profile ################################################### draw.profile(FoxA1_chr19,ylab="avg coverage",outfile="FoxA1_chr19.png", main="FoxA1 chr19") ################################################### ### code chunk number 10: example-cov.matrix-profile ################################################### write.profile(FoxA1_chr19,outfile="FoxA1_chr19.txt") ################################################### ### code chunk number 11: example-cov.matrix-heatmap ################################################### draw.heatmap(FoxA1_chr19,outfile="FoxA1_chr19_heatmap.png") ################################################### ### code chunk number 12: example-cov.matrix-histone-1 (eval = FALSE) ################################################### ## # get the sample BAM file for chr19 ## H3K4me3_BAM_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/H3K4me3.chr19.bam" ## download.file(H3K4me3_BAM_url,"./H3K4me3.chr19.bam") ## # get also the index for the previous file ## H3K4me3_BAI_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/H3K4me3.chr19.bam.bai" ## download.file(H3K4me3_BAI_url,"./H3K4me3.chr19.bam.bai") ## ## #get the control BAM file for chr19 ## H3K4me3_Control_BAM_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/H3K4me3_Control.chr19.bam" ## download.file(H3K4me3_Control_BAM_url,"./H3K4me3_Control.chr19.bam") ## # get also the index for the previous file ## H3K4me3_Control_BAI_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/H3K4me3_Control.chr19.bam.bai" ## download.file(H3K4me3_Control_BAI_url,"./H3K4me3_Control.chr19.bam.bai") ################################################### ### code chunk number 13: example-cov.matrix-histone-2 (eval = FALSE) ################################################### ## trm<-CoverageBamFile("./H3K4me3.chr19.bam",reads_mapped=864924) ## ctl<-CoverageBamFile("./H3K4me3_Control.chr19.bam",reads_mapped=319369) ################################################### ### code chunk number 14: example-cov.matrix-histone-3 ################################################### H3K4me3_chr19_bed<-system.file("extdata","H3K4me3.chr19.bed", package="CoverageView") ################################################### ### code chunk number 15: example-cov.matrix-histone-4 (eval = FALSE) ################################################### ## DF_H3K4me3<-cov.matrix(trm,coordfile=H3K4me3_chr19_bed,no_windows=100, ## offset=10,num_cores=2,normalization="rpm") ## DF_H3K4me3_ctl<-cov.matrix(ctl,coordfile=H3K4me3_chr19_bed,no_windows=100, ## offset=10,num_cores=2,normalization="rpm") ################################################### ### code chunk number 16: example-cov.matrix-histone-4b ################################################### data(DF_H3K4me3) data(DF_H3K4me3_ctl) ################################################### ### code chunk number 17: example-cov.matrix-histone-5 ################################################### input_list=list(DF_H3K4me3,DF_H3K4me3_ctl) draw.profile(data=input_list,ylab="avg coverage",outfile="H3K4me3cmp.png" ,main="H3K4me3") ################################################### ### code chunk number 18: example-cov.matrix-histone-6 ################################################### input_list=list(DF_H3K4me3,DF_H3K4me3_ctl) draw.heatmap(data=input_list,outfile="H3K4me3cmp_heatmap.png") ################################################### ### code chunk number 19: example-cov.matrix-histone-7 ################################################### data(DF_H3K36me3) data(DF_H3K36me3_control) ################################################### ### code chunk number 20: example-cov.matrix-histone-8 ################################################### input_list=list(DF_H3K4me3,DF_H3K4me3_ctl,DF_H3K36me3,DF_H3K36me3_control) draw.heatmap(data=input_list,outfile="H3K4me3VSH3K36me3_heatmap.png") ################################################### ### code chunk number 21: example-cov.matrix-histone-9 (eval = FALSE) ################################################### ## H3K4me3_chr19_nopeaks_bed<-system.file("extdata","H3K4me3.chr19.nopeaks.bed", ## package="CoverageView") ## DF_H3K4me3_nopeaks_ratios=cov.matrix(trm,ctl,coordfile=H3K4me3_chr19_nopeaks_bed, ## no_windows=100,offset=10,num_cores=2,normalization="rpm",do="log2ratio") ## save(DF_H3K4me3_nopeaks_ratios,file="DF_H3K4me3_nopeaks_ratios.RData") ################################################### ### code chunk number 22: example-cov.matrix-histone-9b ################################################### data(DF_H3K4me3_nopeaks_ratios) ################################################### ### code chunk number 23: example-cov.matrix-histone-10 ################################################### draw.profile(DF_H3K4me3_nopeaks_ratios,ylab="avg coverage", outfile="H3K4me3nopeaks_ratios.png",main="H3K4me3 ratio") ################################################### ### code chunk number 24: example-cov.interval-histone-1 (eval = FALSE) ################################################### ## # get the sample BAM file for chr19 ## H3K4me3_BAM_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/H3K4me3.chr19.bam" ## download.file(H3K4me3_BAM_url,"./H3K4me3.chr19.bam") ## # get also the index file for previous file ## H3K4me3_BAI_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/H3K4me3.chr19.bam.bai" ## download.file(H3K4me3_BAI_url,"./H3K4me3.chr19.bam.bai") ## ## #get the control BAM file for chr19 ## H3K4me3_Control_BAM_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/H3K4me3_Control.chr19.bam" ## download.file(H3K4me3_Control_BAM_url,"./H3K4me3_Control.chr19.bam") ## # get also the index file for previous file ## H3K4me3_Control_BAI_url="http://www.ebi.ac.uk/~ernesto/H3K4me3_Control.chr19.bam.bai" ## download.file(H3K4me3_Control_BAI_url,"./H3K4me3_Control.chr19.bam.bai") ################################################### ### code chunk number 25: example-cov.interval-histone-2 (eval = FALSE) ################################################### ## trm<-CoverageBamFile("./H3K4me3.chr19.bam",reads_mapped=864924) ## ctl<-CoverageBamFile("./H3K4me3_Control.chr19.bam",reads_mapped=319369) ################################################### ### code chunk number 26: example-cov.interval-histone-3 (eval = FALSE) ################################################### ## chr19_246050_247000.ratios=cov.interval(trm,ctl,bin_width=1,chr="chr19", ## start=246050,end=247000,do='ratio') ################################################### ### code chunk number 27: example-cov.interval-histone-4 (eval = FALSE) ################################################### ## export.wig(chr19_246050_247000.ratios,outfile="chr19_246050_247000.ratios.wig") ################################################### ### code chunk number 28: example-cov.interval-histone-5 (eval = FALSE) ################################################### ## chr19.ratios=cov.interval(trm,ctl,bin_width=1,chr="chr19",do='ratio')