### R code from vignette source 'BasicSTARRseq.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BasicSTARRseq.rnw:18-19 ################################################### library(BasicSTARRseq) ################################################### ### code chunk number 2: BasicSTARRseq.rnw:39-45 ################################################### starrseqFileName <- system.file("extdata", "smallSTARR.bam", package="BasicSTARRseq") inputFileName <- system.file("extdata", "smallInput.bam", package="BasicSTARRseq") STARRseqData(sample=starrseqFileName, control=inputFileName, pairedEnd=TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: BasicSTARRseq.rnw:48-50 ################################################### STARRseqData(sample=starrseqFileName, control=inputFileName, pairedEnd=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: BasicSTARRseq.rnw:53-57 ################################################### starrseqGRanges <- granges(readGAlignmentPairs(starrseqFileName)) inputGRanges <- granges(readGAlignmentPairs(inputFileName)) data <- STARRseqData(sample=starrseqGRanges, control=inputGRanges) data ################################################### ### code chunk number 5: BasicSTARRseq.rnw:62-64 ################################################### peaks <- getPeaks(data) peaks ################################################### ### code chunk number 6: BasicSTARRseq.rnw:105-106 ################################################### sessionInfo()