################################################### ### chunk number 1: initialize ################################################### library("RbcBook1") library("Biobase") stopifnot(package.version("RbcBook1") >= package_version("0.3.0")) ################################################### ### chunk number 2: affydist1 ################################################### library("affy") library("SpikeInSubset") library("RColorBrewer") data(spikein95) hist(spikein95,lwd=1,xlab=expression(log[2](intensity)),col=brewer.pal(8,"Dark2")) ################################################### ### chunk number 3: affydist2 ################################################### boxplot(spikein95,names=1:6,col="#B2DF8A", ylab=expression(log[2](intensity)),xlab="array") ################################################### ### chunk number 4: affydist3 eval=FALSE ################################################### ## library("affy") ## library("SpikeInSubset") ## data("spikein95") ## hist(spikein95) ## boxplot(spikein95) ################################################### ### chunk number 5: biasCalc ################################################### data(spikein133) Index <- which(probeNames(spikein133)%in%colnames(pData(spikein133))) pms <- pm(spikein133)[Index,] genenames <- probeNames(spikein133)[Index] nominal <- t(sapply(probeNames(spikein133)[Index],function(i) pData(spikein133)[,i])) x <- as.vector(log2(nominal)) y <- as.vector(log2(pms)) avg <- tapply(y,x,mean,na.rm=TRUE) ################################################### ### chunk number 6: bias ################################################### plot(jitter(x),y,las=1,pch=".", ylab="Log (Base 2) PM Intensity", xlab="Nominal Log (Base 2) Concentration") lines(as.numeric(names(avg)),avg,lwd=3,col="red") ################################################### ### chunk number 7: lognormalerrors ################################################### qqnorm(y[x==0],pch=".") qqline(y[x==0],col="red")