################################################### ### chunk number 1: setup ################################################### library("RbcBook1") library("GO") library("KEGG") library("hgu133a") library("GOstats") library("cMAP") library("annotate") ################################################### ### chunk number 2: lkhgu0 ################################################### library("hgu95av2") ls("package:hgu95av2") ################################################### ### chunk number 3: getBAD ################################################### gsyms <- unlist(as.list(hgu95av2SYMBOL)) whBAD <- grep("^BAD$", gsyms) gsyms[whBAD] ################################################### ### chunk number 4: keggBAD ################################################### BADpath <- hgu95av2PATH$"1861_at" mget(BADpath, KEGGPATHID2NAME) allProbes <- mget(BADpath, hgu95av2PATH2PROBE) sapply(allProbes, length) ################################################### ### chunk number 5: lkyea0 ################################################### library("YEAST") ls("package:YEAST") ################################################### ### chunk number 6: getGIdemo ################################################### ggi <- getGI("M22490") ggi gsq <- getSEQ("M22490") substring(gsq,1,40) ################################################### ### chunk number 7: getGOdemo ################################################### getSYMBOL("1000_at", "hgu95av2") getGO("1000_at", "hgu95av2")[[1]][[1]] ################################################### ### chunk number 8: pmdemo ################################################### hoxa9 <- "37809_at" absts <- pm.getabst(hoxa9, "hgu95av2") substring(abstText(absts[[1]][[1]]),1,60) ################################################### ### chunk number 9: GOcharacteristics ################################################### goTerms <- contents(GOTERM) goCats <- sapply(goTerms, Ontology) gCnums <- table(goCats)[c("BP","CC", "MF")] gCmat <- matrix(as.integer(gCnums), dimnames=list(c("BP","CC", "MF"), "Number of terms")) xtable.matrix(gCmat, display=c("d","d"), caption="Number of GO terms per ontology.", label="ta:GOprops") ################################################### ### chunk number 10: getMFchildren ################################################### get("GO:0008094", GOMFCHILDREN) ################################################### ### chunk number 11: getMFoffspring ################################################### get("GO:0008094", GOMFOFFSPRING) ################################################### ### chunk number 12: showEapply ################################################### hasChr <- eapply(GOTERM, function(x) x[grep("chromosome", Term(x))]) lens <- sapply(hasChr, length) hasChr <- hasChr[lens>0] length(hasChr) ################################################### ### chunk number 13: lkGO6 ################################################### GOTerm2Tag <- function(term) { GTL <- eapply(GOTERM, function(x) { grep(term, x@Term, value=TRUE)}) Gl <- sapply(GTL, length) names(GTL[Gl>0]) } ################################################### ### chunk number 14: lkGO7 ################################################### hasTFA <- GOTerm2Tag("transcription factor binding") hasTFA ################################################### ### chunk number 15: demoLL ################################################### gg1 <- get(GOTerm2Tag("^transcription factor binding$"), GOLOCUSID) table(names(gg1)) ################################################### ### chunk number 16: locusid ################################################### ll1 <- GOLOCUSID2GO[["7355"]] length(ll1) sapply(ll1, function(x) x$Ontology) ################################################### ### chunk number 17: getmappings ################################################### getOntology(ll1, "BP") getEvidence(ll1) zz <- dropECode(ll1, code="IEA") getEvidence(zz) ################################################### ### chunk number 18: loadKEGG ################################################### library("KEGG") library("xtable") tmp1 <- as.list(KEGGPATHID2NAME) pathnames <- ls(KEGGPATHID2EXTID) species <- substr(pathnames, 1, 3) paths <- substr(pathnames, 4, 20) ################################################### ### chunk number 19: spectable ################################################### y <- t(as.matrix(table(species))) dimnames(y)[[1]] <- "Counts" xtable(y, caption="Pathway counts per species", display=c("s", rep("d", ncol(y))), label="ta:speccounts") ################################################### ### chunk number 20: pathdemo ################################################### KEGGPATHID2NAME$"00140" KEGGPATHID2EXTID$hsa00140 KEGGPATHID2EXTID$sce00140 ################################################### ### chunk number 21: KEGGPW ################################################### KEGGEXTID2PATHID$"5058" KEGGEXTID2PATHID$"18479" ################################################### ### chunk number 22: assertionKEGG ################################################### ##we say this is length three in text tmpA1 = KEGGEXTID2PATHID$"5058" stopifnot(length(tmpA1)==3) ################################################### ### chunk number 23: cMAPInteractions ################################################### keggproc <- eapply(cMAPKEGGINTERACTION, function(x) x$process) table(unlist(keggproc)) cartaproc <- eapply(cMAPCARTAINTERACTION, function(x) x$process) length(table(unlist(cartaproc))) ################################################### ### chunk number 24: assertion ################################################### zz<-table(unlist(keggproc)) stopifnot( names(zz) == "reaction") ################################################### ### chunk number 25: preloadCM ################################################### cMK <- ls(cMAPKEGGPATHWAY) cMC <- ls(cMAPCARTAPATHWAY) ################################################### ### chunk number 26: cMAP ################################################### cMK <- ls(cMAPKEGGPATHWAY) spec <- substr(cMK, 1, 3) table(spec) cMK[[2]] pw2 <- cMAPKEGGPATHWAY[[cMK[2]]] names(pw2) pw2$name pw2$component ################################################### ### chunk number 27: lkint ################################################### getI1 <- get("63", cMAPKEGGINTERACTION) unlist(getI1[1:4]) unlist(getI1[[5]][[2]]) ################################################### ### chunk number 28: lkint2 ################################################### get("2", cMAPKEGGMOLECULE)[[2]][7:8] ################################################### ### chunk number 29: loadhsa ################################################### library("hsahomology") ls("package:hsahomology") ################################################### ### chunk number 30: findESR1 ################################################### esrHG <- hsahomologyLL2HGID$"2099" hesr <- get(as.character(esrHG), hsahomologyDATA) sapply(hesr, function(x) x$homoOrg) ################################################### ### chunk number 31: findallH ################################################### hXp <- eapply(hsahomologyDATA, function(x) { gd <- sapply(x, function(x) if(!is.na(x$homoOrg) && x$homoOrg == "xla") TRUE else FALSE) x[gd]}) lh <- sapply(hXp, length) hXp2 <- hXp[lh>0]