################################################### ### chunk number 1: libs ################################################### library(tools) library("RBioinf") library("DBI") library("RSQLite") dbPath <- "hgu95av2-sqlite.db" ################################################### ### chunk number 2: checkForDB ################################################### ## Verify that the database is found if (!file.exists(dbPath)) stop("SQLite database ", dbPath, " was not found") ################################################### ### chunk number 3: connecting ################################################### drv <- dbDriver("SQLite") db <- dbConnect(drv, dbPath) db ################################################### ### chunk number 4: disconnecting ################################################### dbDisconnect(db) ################################################### ### chunk number 5: exploring ################################################### db <- dbConnect(drv, dbPath) dbListTables(db) dbListFields(db, "go_probe") ################################################### ### chunk number 6: queries1 ################################################### sql <- "select affy_id, evi from go_probe" rs <- dbSendQuery(db, sql) rs ################################################### ### chunk number 7: queries2 ################################################### dbColumnInfo(rs) dbGetStatement(rs) dbGetRowsAffected(rs) ################################################### ### chunk number 8: queries3 ################################################### chunk <- fetch(rs, n=5) chunk ################################################### ### chunk number 9: queries4 ################################################### dbGetRowCount(rs) ################################################### ### chunk number 10: queries5 ################################################### dbClearResult(rs) rs ################################################### ### chunk number 11: buildingRstructures ################################################### sql <- "select * from go_probe" rs <- dbSendQuery(db, sql) dat <- fetch(rs, n=500) goList <- split(dat$go_id, dat$affy_id) ################################################### ### chunk number 12: basicODBCWindows eval=FALSE ################################################### ## library("RODBC") ## if (.Platform$OS.type == "windows") { ## pcomplexXls <- system.file("extdata/pcomplex.xls", package="RBioinf") ## if (pcomplexXls == "") ## stop("couldn't find pcomplex.xls") ## db <- odbcConnectExcel(pcomplexXls) ## } ################################################### ### chunk number 13: proteinComplexData eval=FALSE ################################################### ## if (!is.null(db)) { ## sqlTables(db) ## res <- sqlQuery(db, "select * from [Sheet1$]") ## res[1:5, ] ## } ##